NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTATCT ... TCTCATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.95	81	5	9
A2	10.46	68.5	9	7
A3	14.69	61	15	6
A4	5.04	66	6	1
A5	6.8	48	5	2
A6	4.85	98	6	4
A7	4.96	191.5	9	11
A8	12.6	111	17	15
A9	10.57	110	16	10
A10	8.31	165.5	25	5

>TRINITY_DN45163_c0_g2_i18 from sample A8 / Example spliced isoform

CGGTAATTAGGCCAAAAAATTAAAAATACAGAGAAAAAAATATAACAGAGATACTCGAATAAAAGAGTGCACAGGTGGGTCAACTGCGTACCTCGAGATTGCATGATTCGTTCCCCGGCTGAGAACTATGCGTGGGTCAATCGAATTTTTCTGTCGAAGCTTTCCAGCGTTCTGACGCGGACAAATTGGTTAAATACCGA
TTGTCATTTCCCCATAGGGTGCCCCTTTTCTCAACTGTTTTTGGCCTTGATCAAGTTTCTTTTGACTGCTTTCTGCCATGCAGGAACTGGGTTTCACTTAAAATCGAGTTTTGAAGGCTTTGGAAAAGAGAAAATATATCTTATTTGGTTATTGAGAGGCGAATAAGTGGATATTTAGGCTGCCCATCTGATGATTTTGA
TTGAATCTGCTAATCAATAGAATGGCAGAATAGGGAGAATCGCGATTGGGAGTTCGTCTTTTCTATATTTCTATTTCTATTGAATCATATTTTACTTTCACTGAAGTGGAATCATGGTGCAGGGTGGCTTTTATGGGGGATTCAATCGCAATTTTTATGGTAACAATAATAATAAAACTGAATCAAGTTTTGGGCTGGGG
ATTAACCTTGGTGGAAATAGAGCTCGATTTAAGGAGGAAGCCTTTTCACCAATGGTGGATGGTGATCCTATGAGTAAAAATCATAGCGGCACTGTAAAAATAGATTTGGGTGAAGCTGCTGCTGAGGAACGCCCTCAGAGACACAAGCGTATCAAGTATTATCATCTGGGGCGCCCTGTAACAAGCACAATATTCTCTCA
AGGTATTTCTTTACATCCATTGGAGGAGCCTAGCCCATTGGGTTTAACACTCAAGAAAACCCCTTCCTTCATAGAACTTATTCAAATGAATCTTTCACAAAGGGACTTGGCAGTTCCCTTAGCTGTTAATAATTCAAGCCTAGAGGCGGGAAGAATGAAAGATTCAAAATGTACAGCAGGATCAACTATTGCTGACAAGC
ACAAGGCCTCAAATTTTCCAGCCTCAGTTTTGAGAATTGGTTCTTGGGAGCGTATTTCAAGATACGAAGGTGACTTGGTGGCAAAATGCTATTATGCAAAGCGTAAGCTTGTCTGGGAAGTCTTGGAGGGTGGTCTAAAGAGCAAGATAGAGGTTCAGTGGTCAGATATAACCTCTTTGAATGCCATTTTTTTGGACAAT
GAACCTGGCACCCTAGAGATTGAAGTATCCAGGCCTCCACTTTTCTTCAGGGAGACGGATCCTCAGCCAAGAAAGCATACTGTTTGGCAGGCTACTTCTGACTTTACAGGAGGCCAAGCATCTATATGCAGAAGACATTTGTTGCAGTGTGCTCAAGGAATACTTGAGAGACATTATGAGAAACTTTTACAATGTGATCA
TCGGTTAAACTTGCTAAGTAAGGAAGGTATCATGGGTGGCGATTCCCCATATTTTGATTCTAGTGGTGCAGTATTTCAAGATCAGAATGAACATGCTTGTTATGGTGCAGCACACGAGCATAAATCTCATTTGTTTCCACAGTTTGATCATTCGAAAGATAACTATCTACCACCTTTCTCAAGTCTTCCAGATACAGGAA
GCCCTAGGGTTTCACCATCAGTTCAAAAAATTGAACATCTTGAGTTCGATGGCAGGGTTTTGGATGCTGCATCACAGGACACACCTTCACCCTGCTCAGTAATGGACTCACGGGCTACTGAAGAAAGTGGAATCAGCGATGTTGATGACCTGCACATGAATGTGACTGCTAAGTGCGAGCAAATTATATTTGCAGCACCC
TATGGTGGTTTGGGAAATCAAGGCTCTGATTTGCTATCAGTGAATTCCATGGACCCTCTAGTAAACCAAACAGTTTCTTGCTCATCAGAGAACAAGTGCGCTAACTATTCAGTTCCTACTACTGAAGAGACCTGGCAAACAAATAAAAAGATAATTGATGACATCGCACAACATTTGCTAAGTGATTCGTTCTTATCAGC
TGCATATGATGAGCAAAAGGTTATTGCACGTGTCAATTCAATGTATTCTCTTTTAGAGAAGGATGTCTCTACAGCACATGCATCCAATGGGAATACTGAAAGCTTAGAAAATTCAGGGACAGGTTATGGTCTTGGAAGGCTAACAAAAGGTGAAGATGATGGACAAGTTTGCGAAGATGATGGACAAGTTTGTGAGATAA
ATGATGATACGGCAGAAGCAGTTTTGAGTAGGGATGACAGAATTAGCTCTCAAGTGAATGTAATGGAAGCTGGTTATATACATTGTAAACAATTGGCAGGTATTCCCAGGCAAGATTCATTCGCAGATTTGCTAGTGAATATTCCTCGAATTACATCTTTTCCTCAGCTTTTTGTTGATTCTTCTGATGAATTCATCACA
AGTGCTGAGCAACCGGGAACAGCTGGATGGAACCCTTTTCAATGAAATGTGATTGCTTGTGGCAATAGAGCTAGAAATCAATTGCTGGGGATCATGTATTCAGTATTTGTACTTCTTGTAGACTGTAGTTGAAATATTGGTTTAGAAAACTGCAAGGTCCTGTAGCTTTTTGGGTTGAGTAACATCAGCCTTATGTTGTT
ATTTTTGTCTTGGAAGGCACTAAGCATGGTCTATAACACAGTATTTGGATTTCAGACTACATGAAAGTAAGGAAACGGTGTCACACATTTTGAATAAATGTACATGTACATCTCAACCTATGAGTATTTTCTCGACTAATAAAATTCTAGACCTTGCAATTCCAAGGTATGGAAAACTATTCAAACTATTGGGTTTTCAG
AGAGTTGTATTGCTTGCCTATGACTCAGGTTAGCTGTTATGAAATTTGCAATGAATTATGCAAAGATGAGTGCATGGTTTAATATTGGATGTTTTTTTCCCCTGAAGTACTGACATGGTTTAGCTTTTGTTTTTCATTAATTAATGTATGGTAGGAACCGAAATCAAATTTGAATATATTATATTTGATATTGAACTGCT
GGAGGTACATTGTAGAGAACTTCATAAGCAGTGGGGTCTTTTTAGCATTTTCTATGATTTTTCTTCTTTTGTGATCTAGTCTGTTATTATCTTGAGAGGCT

>TRINITY_DN45163_c0_g2_i8 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CGGTAATTAGGCCAAAAAATTAAAAATACAGAGAAAAAAATATAACAGAGATACTCGAATAAAAGAGTGCACAGGTGGGTCAACTGCGTACCTCGAGATTGCATGATTCGTTCCCCGGCTGAGAACTATGCGTGGGTCAATCGAATTTTTCTGTCGAAGCTTTCCAGCGTTCTGACGCGGACAAATTGGTTAAATACCGA
TTGTCATTTCCCCATAGGGTGCCCCTTTTCTCAACTGTTTTTGGCCTTGATCAAGTTTCTTTTGACTGCTTTCTGCCATGCAGGAACTGGGTTTCACTTAAAATCGAGTTTTGAAGGCTTTGGAAAAGAGAAAATATATCTTATTTGGTTATTGAGAGGCGAATAAGTGGATATTTAGGCTGCCCATCTGATGATTTTGA
TTGAATCTGCTAATCAATAGAATGGCAGAATAGGGAGAATCGCGATTGGGAGTTCGTCTTTTCTATATTTCTATTTCTATTGAATCATATTTTACTTTCACTGAAGTGGAATCATGGTGCAGGGTGGCTTTTATGGGGGATTCAATCGCAATTTTTATGGTAACAATAATAATAAAACTGAATCAAGTTTTGGGCTGGGG
ATTAACCTTGGTGGAAATAGAGCTCGATTTAAGGAGGAAGCCTTTTCACCAATGGTGGATGGTGATCCTATGAGTAAAAATCATAGCGGCACTGTAAAAATAGATTTGGGTGAAGCTGCTGCTGAGGAACGCCCTCAGAGACACAAGCGTATCAAGTATTATCATCTGGGGCGCCCTGTAACAAGCACAATATTCTCTCA
AGGTATTTCTTTACATCCATTGGAGGAGCCTAGCCCATTGGGTTTAACACTCAAGAAAACCCCTTCCTTCATAGAACTTATTCAAATGAATCTTTCACAAAGGGACTTGGCAGTTCCCTTAGCTGTTAATAATTCAAGCCTAGAGGCGGGAAGAATGAAAGATTCAAAATGTACAGCAGGATCAACTATTGCTGACAAGC
ACAAGGCCTCAAATTTTCCAGCCTCAGTTTTGAGAATTGGTTCTTGGGAGCGTATTTCAAGATACGAAGGTGACTTGGTGGCAAAATGCTATTATGCAAAGCGTAAGCTTGTCTGGGAAGTCTTGGAGGGTGGTCTAAAGAGCAAGATAGAGGTTCAGTGGTCAGATATAACCTCTTTGAATGCCATTTTTTTGGACAAT
GAACCTGGCACCCTAGAGATTGAAgtaagtatctgtgttgtttatttttcatgtctgaactgatgccatgctaaagtacatgtctttttgatctttctgaagcagtatcttttcttctatctcatacagGTATCCAGGCCTCCACTTTTCTTCAGGGAGACGGATCCTCAGCCAAGAAAGCATACTGTTTGGCAGGCTAC
TTCTGACTTTACAGGAGGCCAAGCATCTATATGCAGAAGACATTTGTTGCAGTGTGCTCAAGGAATACTTGAGAGACATTATGAGAAACTTTTACAATGTGATCATCGGTTAAACTTGCTAAGTAAGGAAGGTATCATGGGTGGCGATTCCCCATATTTTGATTCTAGTGGTGCAGTATTTCAAGATCAGAATGAACATG
CTTGTTATGGTGCAGCACACGAGCATAAATCTCATTTGTTTCCACAGTTTGATCATTCGAAAGATAACTATCTACCACCTTTCTCAAGTCTTCCAGATACAGGAAGCCCTAGGGTTTCACCATCAGTTCAAAAAATTGAACATCTTGAGTTCGATGGCAGGGTTTTGGATGCTGCATCACAGGACACACCTTCACCCTGC
TCAGTAATGGACTCACGGGCTACTGAAGAAAGTGGAATCAGCGATGTTGATGACCTGCACATGAATGTGACTGCTAAGTGCGAGCAAATTATATTTGCAGCACCCTATGGTGGTTTGGGAAATCAAGGCTCTGATTTGCTATCAGTGAATTCCATGGACCCTCTAGTAAACCAAACAGTTTCTTGCTCATCAGAGAACAA
GTGCGCTAACTATTCAGTTCCTACTACTGAAGAGACCTGGCAAACAAATAAAAAGATAATTGATGACATCGCACAACATTTGCTAAGTGATTCGTTCTTATCAGCTGCATATGATGAGCAAAAGGTTATTGCACGTGTCAATTCAATGTATTCTCTTTTAGAGAAGGATGTCTCTACAGCACATGCATCCAATGGGAATA
CTGAAAGCTTAGAAAATTCAGGGACAGGTTATGGTCTTGGAAGGCTAACAAAAGGTGAAGATGATGGACAAGTTTGCGAAGATGATGGACAAGTTTGTGAGATAAATGATGATACGGCAGAAGCAGTTTTGAGTAGGGATGACAGAATTAGCTCTCAAGTGAATGTAATGGAAGCTGGTTATATACATTGTAAACAATTG
GCAGGTATTCCCAGGCAAGATTCATTCGCAGATTTGCTAGTGAATATTCCTCGAATTACATCTTTTCCTCAGCTTTTTGTTGATTCTTCTGATGAATTCATCACAAGTGCTGAGCAACCGGGAACAGCTGGATGGAACCCTTTTCAATGAAATGTGATTGCTTGTGGCAATAGAGCTAGAAATCAATTGCTGGGGATCAT
GTATTCAGTATTTGTACTTCTTGTAGACTGTAGTTGAAATATTGGTTTAGAAAACTGCAAGGTCCTGTAGCTTTTTGGGTTGAGTAACATCAGCCTTATGTTGTTATTTTTGTCTTGGAAGGCACTAAGCATGGTCTATAACACAGTATTTGGATTTCAGACTACATGAAAGTAAGGAAACGGTGTCACACATTTTGAAT
AAATGTACATGTACATCTCAACCTATGAGTATTTTCTCGACTAATAAAATTCTAGACCTTGCAATTCCAAGGTATGGAAAACTATTCAAACTATTGGGTTTTCAGAGAGTTGTATTGCTTGCCTATGACTCAGGTTAGCTGTTATGAAATTTGCAATGAATTATGCAAAGATGAGTGCATGGTTTAATATTGGATGTTTT
TTTCCCCTGAAGTACTGACATGGTTTAGCTTTTGTTTTTCATTAATTAATGTATGGTAGGAACCGAAATCAAATTTGAATATATTATATTTGATATTGAACTGCTGGAGGTACATTGTAGAGAACTTCATAAGCAGTGGGGTCTTTTTAGCATTTTCTATGATTTTTCTTCTTTTGTGATCTAGTCTGTTATTATCTTGA
GAGGCT

Intron 2 GTAGGTAGAA ... TTGGAGGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.05	14	4	47
A2	87.74	13	6	93
A3	78.81	25	16	93
A4	82.54	11	19	52
A5	86.49	5	0	32
A6	77.89	21	6	74
A7	78.49	40	28	146
A8	76.39	17	7	55
A9	76.92	33	8	110
A10	79.89	35	13	139

>TRINITY_DN115317_c0_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoform

TCGCCGGACCGAGGAGAAAATATAAAAGGGCGAAGAGCAAAATTGAACAAAACAGTGCACAGGGGAGCCCTGTAACAAGCACGACATTCTCTCAGGGTCTTTCTTTACATCCATTGGAGCAGCCTAGCCCATTGGGTTTAAAGCTGAAGAAAACCCCTTCCTTCATAGAACTTATTCAAATGAGTCTTTCTCAAGGAGAC
TCGGCAGTTCCCTCAGTCGTAAAAAATTCAAGTCCAGAGGTGGGAAGAAAGAACGATTCAAAGTGTGCTGCAAGAAGAGCTGGTGCTGACAAGCACAAGGCCTCAAATTTTCCAGCCTTGTTCTTGAGAATTGGTTCTTGGGAGTGCATTTCAAGATACGAAGGTGACTTGGTAGCAAAATGCTATTTTGCAAAGCGTAA
GCTTGTTTGGGAAGTCTTGGAGGGTGGTCTGAAGAGCAAGATAGAGATTCAGTGGTCAGATATAACCTCTTTGAATGCTAGTTTTCCCGACAATGAACCTGCCACCCTAGAGGTTGAAGTATCCAGGCCTCCACTTTTCTTTAGGGAGACAGATCCTCAGCCAAGAAAGCACACTGTTTGGCACGTTACTGATGACTTTA
CAGGAGGGCAAGCATGTACACGCAGAAGACATTTGTTGCAGTTTGCTGAAGGAATACTTGAGAGACATTATGAGAAACTCTTACAATGTGATGATCGGTTAAATTTGCTAAGTAAGAAAGGCATCATGGGTGGGGATTCCCCATATTTTGATTCTAGTACTGGTGCAGTATTTCAAGTTCAGAATGAACAGAATTGTCAT
GGTGCAGCAGATGAGCGTAAATCTGATTTGTTTCTGCAGTTGGATAGTCTGAAAAGAAGGGTTTTGGATGCTGCACCACAGGACACACCTTCACCCTGCTCAGTAATGGACTCACGGGCTACTGAAGAAAGTGGAAT

>TRINITY_DN115317_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TCGCCGGACCGAGGAGAAAATATAAAAGGGCGAAGAGCAAAATTGAACAAAACAGTGCACAGgtaggtagaacagattttgtgtacctcgagattgcaagtttggttcactcgtcgaggaatgatttgcggcatttcgaatttttcttgaaactttctcaaacgcggacaaattgattataaagccattgtcaatcccca
atagggcgccccgtcttttcctaactttttccggcctgggtcaagtttatctgatctgctttctgctctgcaagaatgtgcctcagtaaaatagagctttgaaggcttcagtatggagaaaatatatcttatttggttattgagagaagaataagtagttatatagattgtccagttgatgattttctttttcttttttg
ggtcagtctgctaatcaatagaagcacgcttgggggcttggcttttatatatttctatttctgttttatcctatcatggtgcaaggtggattttatgggggatttaagagaattttttatggtaacaataacaataaaactgaggccagttttgggccgggagttgttaaccttggaggaattcaaactgggtttaagga
gggagttgttaaccttggaggaattcaaactgggtttaaggagggagttgttaaccttggaggaattcaaactgggtttaaggaggaagcttttctaccaatgctgggtgattattctatgagtaaaaatcatggcggaactgtaaaaatggaagtgggtgaagctgctactgaagaacaccctctgagacacaagcgta
tcaagaattatgagatgagttgttaaccttggaggaagGGGAGCCCTGTAACAAGCACGACATTCTCTCAGGGTCTTTCTTTACATCCATTGGAGCAGCCTAGCCCATTGGGTTTAAAGCTGAAGAAAACCCCTTCCTTCATAGAACTTATTCAAATGAGTCTTTCTCAAGGAGACTCGGCAGTTCCCTCAGTCGTAAAA
AATTCAAGTCCAGAGGTGGGAAGAAAGAACGATTCAAAGTGTGCTGCAAGAAGAGCTGGTGCTGACAAGCACAAGGCCTCAAATTTTCCAGCCTTGTTCTTGAGAATTGGTTCTTGGGAGTGCATTTCAAGATACGAAGGTGACTTGGTAGCAAAATGCTATTTTGCAAAGCGTAAGCTTGTTTGGGAAGTCTTGGAGGG
TGGTCTGAAGAGCAAGATAGAGATTCAGTGGTCAGATATAACCTCTTTGAATGCTAGTTTTCCCGACAATGAACCTGCCACCCTAGAGGTTGAAGTATCCAGGCCTCCACTTTTCTTTAGGGAGACAGATCCTCAGCCAAGAAAGCACACTGTTTGGCACGTTACTGATGACTTTACAGGAGGGCAAGCATGTACACGCA
GAAGACATTTGTTGCAGTTTGCTGAAGGAATACTTGAGAGACATTATGAGAAACTCTTACAATGTGATGATCGGTTAAATTTGCTAAGTAAGAAAGGCATCATGGGTGGGGATTCCCCATATTTTGATTCTAGTACTGGTGCAGTATTTCAAGTTCAGAATGAACAGAATTGTCATGGTGCAGCAGATGAGCGTAAATCT
GATTTGTTTCTGCAGTTGGATAATCTGAAAAGAAGGGTTTTGGATGCTGCACCACAGGACACACCTTCACCCTGCTCAGTAATGGACTCACGGGCTACTGAAGAAAGTGGAATGAGTGATGCTGATGACCTTCATGTCAATATGACTGCTACGCATGACCAAATGATATTTGCAGAACCCTATGGTCGTTTTGGAAATCA
AAGCTCTGATTTACTATCAGTGAAATCCATGGATAATTTACTTAACCGTACAGTTTCTCGCTTATCAGAGAAGAAGTTCTCTCACAATTCGGTTCCAACTGGTGAAGAGAGCTGGCAAGCAACTGAAATGATACTTGATGATATTGCACAACATTTGCTGAGTGATACGCTCTCATCAGCTGCATGTGATGAGCAAAAGG
TTATTGCACGTGTCAATTCAATGTATTCTCTGATTGAGAATGATGTTTCTGCAGCACATTCATCCAGTGTGAATACTGAAAGTCTAGAAAATTCACGGGTAGGTTATGGTCTGGGCAGGCTGCCGAAAGGAGAAGATGATGGACAAGTTTGTGAGAGAAATGATGGTATGATGGAAGCAGTTTTGAATAGGGATGACAGA
ATTAACACTCAAGTGAATGAAATGGAAGATGGTTACATACATTGTAAACAATCTACAGGGATTCCCAGGCAAGATTCAGTATCAGATTTGCTAGTGAATATTCCTCGAATTGCATCTTTTCCTCGTCTTTTTGTTGATTCTTCTGATGAATTCATCACAAGTGCTGATCAACCCGAAACAGATGGATGGAATTTTTTTCA
ATGAAATGTGATTGCTCATGGTGACAAAACTAGAAATCAATTTCTAGGATCATGTGTTTGTACTTCTTATAGGCTGTAATTGAAACATTGGCTCAGAGAACTGCAGTCTCCTGAAGCCTTTTGGGTTAACATCAGCATTGTGTTGATATTTTTCGCTTGGAAGGTGCTAAGCATGGTCTATTATTTGGGAACAGAGTATT
TGGATTTCAGACTACATGAAAGTAAGGAAATGGTGTCACAAATTTTGAATTAATATAAATGTGCATCTCAATCTATGAGTATGTTCTTGAATTAATAAAATTCTAGACCTTGCAATTCCAGGGGATGGAAAACTATTCAAACTCTTCGCTTTTTCAGGAAGTCTTGTTTACTTGCCTATGATTCAGGTTAGCTGTTATGA
ACTTTGCAATGAATTATACAGAGATGAGTGCATGGTTAAGATTTGATTTTTTTTCCCCTTAG

Intron 3 GTATCTGCCA ... TGGATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.1	41	26	47
A2	50.85	29	21	39
A3	48.45	25	10	37
A4	52.86	33	31	43
A5	40.91	13	6	12
A6	50.75	49	45	56
A7	45.98	84	72	71
A8	39.76	75	47	52
A9	54.26	59	53	87
A10	57.71	59	73	88

>TRINITY_DN115317_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoform

CAAATTTTGAACGTCTGTAGGAATCTTGATTGTCTTTTAAGGTATCAATAATTATAAATTATTATATATTCCTTTGTGTGTTATTGACATTGTTCAGGAAGGTCAGAAAATTGTGTTTTTCTGCAAAACTTTGTTGAGTCTTTGCATGGTGTGGATTTCCTTAGGGTATTTTTGTAACTAACAAATTGTTCTCTTGGGTA
TTGATGTTTCTATTTCATGTTGGGTGAATTGGCAGGGGAGCCCTGTAACAAGCACGACATTCTCTCAGGGTCTTTCTTTACATCCATTGGAGCAGCCTAGCCCATTGGGTTTAAAGCTGAAGAAAACCCCTTCCTTCATAGAACTTATTCAAATGAGTCTTTCTCAAGGAGACTCGGCAGTTCCCTCAGTCGTAAAAAAT
TCAAGTCCAGAGGTGGGAAGAAAGAACGATTCAAAGTGTGCTGCAAGAAGAGCTGGTGCTGACAAGCACAAGGCCTCAAATTTTCCAGCCTTGTTCTTGAGAATTGGTTCTTGGGAGTGCATTTCAAGATACGAAGGTGACTTGGTAGCAAAATGCTATTTTGCAAAGCGTAAGCTTGTTTGGGAAGTCTTGGAGGGTGG
TCTGAAGAGCAAGATAGAGATTCAGTGGTCAGATATAACCTCTTTGAATGCTAGTTTTCCCGACAATGAACCTGCCACCCTAGAGGTTGAAGTATCCAGGCCTCCACTTTTCTTTAGGGAGACAGATCCTCAGCCAAGAAAGCACACTGTTTGGCACGTTACTGATGACTTTACAGGAGGGCAAGCATGTACACGCAGAA
GACATTTGTTGCAGTTTGCTGAAGGAATACTTGAGAGACATTATGAGAAACTCTTACAATGTGATGATCGGTTAAATTTGCTAAGTAAGAAAGGCATCATGGGTGGGGATTCCCCATATTTTGATTCTAGTACTGGTGCAGTATTTCAAGTTCAGAATGAACAGAATTGTCATGGTGCAGCAGATGAGCGTAAATCTGAT
TTGTTTCTGCAGTTGGATAGTCTGAAAAGAAGGGTTTTGGATGCTGCACCACAGGACACACCTTCACCCTGCTCAGTAATGGACTCACGGGCTACTGAAGAAAGTGGAAT

>TRINITY_DN115317_c0_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TCGCCGGACCGAGGAGAAAATATAAAAGGGCGAAGAGCAAAATTGAACAAAACAGTGCACAGGTAGGTAGAACAGATTTTGTGTACCTCGAGATTGCAAGTTTGGTTCACTCGTCGAGGAATGATTTGCGGCATTTCGAATTTTTCTTGAAACTTTCTCAAACGCGGACAAATTGATTATAAAGCCATTGTCAATCCCCA
ATAGGGCGCCCCGTCTTTTCCTAACTTTTTCCGGCCTGGGTCAAGTTTATCTGATCTGCTTTCTGCTCTGCAAGAATGTGCCTCAGTAAAATAGAGCTTTGAAGGCTTCAGTATGGAGAAAATATATCTTATTTGGTTATTGAGAGAAGAATAAGTAGTTATATAGATTGTCCAGTTGATGATTTTCTTTTTCTTTTTTG
GGTCAGTCTGCTAATCAATAGAAGCACGCTTGGGGGCTTGGCTTTTATATATTTCTATTTCTGTTTTATCCTATCATGGTGCAAGGTGGATTTTATGGGGGATTTAAGAGAATTTTTTATGGTAACAATAACAATAAAACTGAGGCCAGTTTTGGGCCGGGAGTTGTTAACCTTGGAGGAATTCAAACTGGGTTTAAGGA
GGGAGTTGTTAACCTTGGAGGAATTCAAACTGGGTTTAAGGAGGGAGTTGTTAACCTTGGAGGAATTCAAACTGGGTTTAAGGAGGAAGCTTTTCTACCAATGCTGGGTGATTATTCTATGAGTAAAAATCATGGCGGAACTGTAAAAATGGAAGTGGGTGAAGCTGCTACTGAAGAACACCCTCTGAGACACAAGCGTA
TCAAGAATTATGAGATGAGTTGTTAACCTTGGAGGAAGGGGAGCCCTGTAACAAGCACGACATTCTCTCAGGGTCTTTCTTTACATCCATTGGAGCAGCCTAGCCCATTGGGTTTAAAGCTGAAGAAAACCCCTTCCTTCATAGAACTTATTCAAATGAGTCTTTCTCAAGGAGACTCGGCAGTTCCCTCAGTCGTAAAA
AATTCAAGTCCAGAGGTGGGAAGAAAGAACGATTCAAAGTGTGCTGCAAGAAGAGCTGGTGCTGACAAGCACAAGGCCTCAAATTTTCCAGCCTTGTTCTTGAGAATTGGTTCTTGGGAGTGCATTTCAAGATACGAAGGTGACTTGGTAGCAAAATGCTATTTTGCAAAGCGTAAGCTTGTTTGGGAAGTCTTGGAGGG
TGGTCTGAAGAGCAAGATAGAGATTCAGTGGTCAGATATAACCTCTTTGAATGCTAGTTTTCCCGACAATGAACCTGCCACCCTAGAGGTTGAAGTATCCAGGCCTCCACTTTTCTTTAGGGAGACAGATCCTCAGCCAAGAAAGCACACTGTTTGGCACGTTACTGATGACTTTACAGGAGGGCAAGCATGTACACGCA
GAAGACATTTGTTGCAGTTTGCTGAAGGAATACTTGAGAGACATTATGAGAAACTCTTACAATGTGATGATCGGTTAAATTTGCTAAGTAAGAAAGGCATCATGGGTGGGGATTCCCCATATTTTGATTCTAGTACTGGTGCAGTATTTCAAGTTCAGAATGAACAGAATTGTCATGGTGCAGCAGATGAGCGTAAATCT
GATTTGTTTCTGCAGTTGGATAGTCTGAAAAGAAGgtatctgccacttttgtcgagtctttcaggtacagaattcctagggtttcaaagctggtcccaaaaattgaacctcttgaattggatggcagGGTTTTGGATGCTGCACCACAGGACACACCTTCACCCTGCTCAGTAATGGACTCACGGGCTACTGAAGAAAGT
GGAATGAGTGATGCTGATGACCTTCATGTCAATATGACTGCTACGCATGACCAAATGATATTTGCAGAACCCTATGGTCGTTTTGGAAATCAAAGCTCTGATTTACTATCAGTGAAATCCATGGATAATTTACTTAACCGTACAGTTTCTCGCTTATCAGAGAAGAAGTTCTCTCACAATTCGGTTCCAACTGGTGAAGA
GAGCTGGCAAGCAACTGAAATGATACTTGATGATATTGCACAACATTTGCTGAGTGATACGCTCTCATCAGCTGCATGTGATGAGCAAAAGGTTATTGCACGTGTCAATTCAATGTATTCTCTGATTGAGAATGATGTTTCTGCAGCACATTCATCCAGTGTGAATACTGAAAGTCTAGAAAATTCACGGGTAGGTTATG
GTCTGGGCAGGCTGCCGAAAGGAGAAGATGATGGACAAGTTTGTGAGAGAAATGATGGTATGATGGAAGCAGTTTTGAATAGGGATGACAGAATTAACACTCAAGTGAATGAAATGGAAGATGGTTACATACATTGTAAACAATCTACAGGGATTCCCAGGCAAGATTCAGTATCAGATTTGCTAGTGAATATTCCTCGA
ATTGCATCTTTTCCTCGTCTTTTTGTTGATTCTTCTGATGAATTCATCACAAGTGCTGATCAACCCGAAACAGATGGATGGAATTTTTTTCAATGAAATGTGATTGCTCATGGTGACAAAACTAGAAATCAATTTCTAGGATCATGTGTTTGTACTTCTTATAGGCTGTAATTGAAACATTGGCTCAGAGAACTGCAGTC
TCCTGAAGCCTTTTGGGTTAACATCAGCATTGTGTTGATATTTTTCGCTTGGAAGGTGCTAAGCATGGTCTATTATTTGGGAACAGAGTATTTGGATTTCAGACTACATGAAAGTAAGGAAATGGTGTCACAAATTTTGAATTAATATAAATGTGCATCTCAATCTATGAGTATGTTCTTGAATTAATAAAATTCTAGAC
CTTGCAATTCCAGGGGATGGAAAACTATTCAAACTCTTCGCTTTTTCAGGAAGTCTTGTTTACTTGCCTATGATTCAGGTTAGCTGTTATGAACTTTGCAATGAATTATACAGAGATGAGTGCATGGTTAAGATTTGATTTTTTTTCCCCTTAG

Intron 4 GTAATGCACA ... ACAATTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.64	57	6	9
A2	24.05	60	2	19
A3	23.73	45	1	14
A4	28.57	30	3	12
A5	13.33	26	1	4
A6	17.24	48	2	10
A7	17.91	110	9	24
A8	28.99	49	1	20
A9	20.41	78	2	20
A10	25.96	77	13	27

>TRINITY_DN106298_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

CATGATTCGTTCCCCGGCTGAGAACTATGCGTGGGTCAATCGAATTTTTCTGTCGAAGCTTTCCAGCGTTCTGACGCGGACAAATTGGTTAAATACCGATTGTCATTTCCCCATAGGGTGCCCCTTTTCTCAACTGTTTTTGGCCTGGATCAAGTTTCTTTTGACTGCTTTCTGCCATGCAGGAACTGGGTTTCACTTAA
AATCGAGTTTTGAAGGCTTTGGAAAAGAGAAAATATATCTTATTTGGTTATTGAGAGGCGAATAAGTGGATATTTAGGCTGCCCATCTGATGATTTTGATTGAATCTGCTAATCAATAGAATGGCAGAATAGGGAGAATCGCGATTGGGAGTTCGTCTTTTCTATATTTCTATTTCTATTGAATCATATTTTACTTTCAC
TGAAGTGGAATCATGGTGCAGGGTGGCTTTTATGGGGGATTCAATCGCAATTTTTATGGTAACAATAATAATAAAACTGAATCAAGTTTTGGGCTGGGGATTAACCTTGGTGGAAATAGAGCTCGATTTAAGGAGGAAGCCTTTTCACCAATGGTGGATGGTGATCCTATGAGTAAAAATCATAGCGGCACTGTAAAAAT
AGATTTGGGTGAAGCTGCTGCTGAGGAACGCCCTCAGAGACACAAGCGTATCAAGTATTATCATCTGGGGCGCCCTGTAACAAGCACAATATTCTCTCAAGGTATTTCTTTACATCCATTGGAGGAGCCTAGCCCATTGGGTTTAACACTCAAGAAAACCCCTTCCTTCATAGAACTTATTCAAATGAATCTTTCACAAA
GGGACTTGGCAGTTCCCTTAGCTGTAAATAATTCAAGCCTAGAGGCGGGAAGAATGAAAGATTCAAAATGTACAGCAGGATCAACTATTGCTGACAAGCACAAGGCCTCAAATTTTCCAGCCTCAGTTTTGAGAATTGGTTCTTGGGAGCGTATTTCAAGATACGAAGGTGACTTGGTGGCAAAATGCTATTATGCAAAG
CGTAAGCTTGTCTGGGAAGTCTTGGAGGGTGGTCTAAAGAGCAAGATAGAGGTTCAGTGGTCAGATATAACCTCTTTGAATGCCATTTTTTTGGACAATGAACCTGGCACCCTAGAGATTGAAGTATCCAGGCCTCCACTTTTCTTCAGGGAGACGGATCCTCAGCCAAGAAAGCATACTGTTTGGCAGGCTACTTCTGA
CTTTACAGGAGGCCAAGCATCTATATGCAGAAGACATTTGTTGCAGTGTGCTCAAGGAATACTTGAGAGACATTATGAGAAACTTTTACAATGTGATCATCGGTTAAACTTGCTAAGTAAGGAAGGTATCATGGGTGGCGATTCCCCATATTTTGATTCTAGTGGTGCAGTATTTCAAGATCAGAATGAACATGCTTGTT
ATGGTGCAGCACACGAGCATAAATCTCATTTGTTTCCACAGTTTGATCATTCGAAAGATAACTATCTACCACCTTTCTCAAGTCTTCCAGATACAGGAAGCCCTAGGGTTTCACCATCAGTTCAAAAAATTGAACATCTTGAGTTCGATGGCAGGGTTTTGGATGCTGCATCACAGGACACACCTTCACCCTGCTCAGTA
ATGGACTCACGGGCTACTGAAGAAAGTGGAATCAGCGATGTTGATGACCTGCACATGAATGTGACTGCTAAGTGCGAGCAAATTATATTTGCAGCACCCTATGGTGGTTTGGGAAATCAAGGCTCTGATTTGCTATCAGTGAATTCCATGGACCCTCTAGTAAACCAAACAGTTTCTTGCTCATCAGAGAACAAGTGCGC
TAACTATTCAGTTCCTACTACTGAAGAGACCTGGCAAACAAATAAAAAGATAATTGATGACATCGCACAACATTTGCTAAGTGATTCGTTCTTATCAGCTGCATATGATGAGCAAAAGGTTATTGCACGTGTCAATTCAATGTATTCTCTTTTAGAGAAGGATGTCTCTACAGCACATGCATCCAATGGGAATACTGAAA
GCTTAGAAAATTCAGGGACAGGTTATGGTCTTGGAAGGCTAACAAAAGGTGAAGATGATGGACAAGTTTGCGAAGATGATGGACAAGTTTGTGAGATAAATGATGATACGGCAGAAGCAGTTTTGAGTAGGGATGACAGAATTAGCTCTCAAGTGAATGTAATGGAAGCTGGTTATATACATTGTAAACAATTGGCAGGT
ATTCCCAGGCAAGATTCATTCGCAGATTTGCTAGTGAATATTCCTCGAATTACATCTTTTCCTCAGCTTTTTGTTGATTCTTCTGATGAATTCATCACAAGTGCTGAGCAACCGGGAACAGCTGGATGGAACCCTTTTCAATGAAATGTGATTGCTTGTGGCAATAGAGCTAGAAATCAATTGCTGGGGATCATGTATTC
AGTATTTGTACTTCTTGTAGACTGTAGTTGAAATATTGGTTTAGAAAACTGCAAGGTCCTGTAGCTTTTTGGGTTGAGTAACATCAGCCTTATGTTGTTATTTTTGTCTTGGAAGGCACTAAGCATGGTCTATAACACAGTATTTGGATTTCAGACTACATGAAAGTAAGGAAACGGTGTCACACATTTTGAATAAATGT
ACATGTACATCTCAACCTATGAGTATTTTCTCGACTAATAAAATTCTAGACCTTGCAATTCCAAGGTATGGAAAACTATTCAAACTATTGGGTTTTCAGAGAGTTGTATTGCTTGCCTATGACTCAGGTTAGCTGTTATGAAATTTGCAATGAATTATGCAAAGATGAGTG

>TRINITY_DN106298_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CATGATTCGTTCCCCGGCTGAGAACTATGCGTGGGTCAATCGAATTTTTCTGTCGAAGCTTTCCAGCGTTCTGACGCGGACAAATTGGTTAAATACCGATTGTCATTTCCCCATAGGGTGCCCCTTTTCTCAACTGTTTTTGGCCTGGATCAAGTTTCTTTTGACTGCTTTCTGCCATGCAGGAACTGGGTTTCACTTAA
AATCGAGTTTTGAAGGCTTTGGAAAAGAGAAAATATATCTTATTTGGTTATTGAGAGGCGAATAAGTGGATATTTAGGCTGCCCATCTGATGATTTTGATTGAATCTGCTAATCAATAGAATGGCAGAATAGGGAGAATCGCGATTGGGAGTTCGTCTTTTCTATATTTCTATTTCTATTGAATCATATTTTACTTTCAC
TGAAGTGGAATCATGGTGCAGGGTGGCTTTTATGGGGGATTCAATCGCAATTTTTATGGTAACAATAATAATAAAACTGAATCAAGTTTTGGGCTGGGGATTAACCTTGGTGGAAATAGAGCTCGATTTAAGGAGGAAGCCTTTTCACCAATGGTGGATGGTGATCCTATGAGTAAAAATCATAGCGGCACTGTAAAAAT
AGATTTGGGTGAAGCTGCTGCTGAGGAACGCCCTCAGAGACACAAGCGTATCAAGTATTATCATCTGGGGCGCCCTGTAACAAGCACAATATTCTCTCAAGGTATTTCTTTACATCCATTGGAGGAGCCTAGCCCATTGGGTTTAACACTCAAGAAAACCCCTTCCTTCATAGAACTTATTCAAATGAATCTTTCACAAA
GGGACTTGGCAGTTCCCTTAGCTGTAAATAATTCAAGCCTAGAGGCGGGAAGAATGAAAGATTCAAAATGTACAGCAGGATCAACTATTGCTGACAAGCACAAGGCCTCAAATTTTCCAGCCTCAGTTTTGAGAATTGGTTCTTGGGAGgtaatgcacaagaattaaccatcaagttgcatatataaattcataaatctt
gtcaggacataaatgtttttgttcacttaacaaggtttttgatagccacatatggaaacttgcaaaatggtactaagtaactcagatttaatgactttgcattaacataaagatgcccacaattccagCGTATTTCAAGATACGAAGGTGACTTGGTGGCAAAATGCTATTATGCAAAGCGTAAGCTTGTCTGGGAAGTC
TTGGAGGGTGGTCTAAAGAGCAAGATAGAGGTTCAGTGGTCAGATATAACCTCTTTGAATGCCATTTTTTTGGACAATGAACCTGGCACCCTAGAGATTGAAGTATCCAGGCCTCCACTTTTCTTCAGGGAGACGGATCCTCAGCCAAGAAAGCATACTGTTTGGCAGGCTACTTCTGACTTTACAGGAGGCCAAGCATC
TATATGCAGAAGACATTTGTTGCAGTGTGCTCAAGGAATACTTGAGAGACATTATGAGAAACTTTTACAATGTGATCATCGGTTAAACTTGCTAAGTAAGGAAGGTATCATGGGTGGCGATTCCCCATATTTTGATTCTAGTGGTGCAGTATTTCAAGATCAGAATGAACATGCTTGTTATGGTGCAGCACACGAGCATA
AATCTCATTTGTTTCCACAGTTTGATCATTCGAAAGATAACTATCTACCACCTTTCTCAAGTCTTCCAGATACAGGAAGCCCTAGGGTTTCACCATCAGTTCAAAAAATTGAACATCTTGAGTTCGATGGCAGGGTTTTGGATGCTGCATCACAGGACACACCTTCACCCTGCTCAGTAATGGACTCACGGGCTACTGAA
GAAAGTGGAATCAGCGATGTTGATGACCTGCACATGAATGTGACTGCTAAGTGCGAGCAAATTATATTTGCAGCACCCTATGGTGGTTTGGGAAATCAAGGCTCTGATTTGCTATCAGTGAATTCCATGGACCCTCTAGTAAACCAAACAGTTTCTTGCTCATCAGAGAACAAGTGCGCTAACTATTCAGTTCCTACTAC
TGAAGAGACCTGGCAAACAAATAAAAAGATAATTGATGACATCGCACAACATTTGCTAAGTGATTCGTTCTTATCAGCTGCATATGATGAGCAAAAGGTTATTGCACGTGTCAATTCAATGTATTCTCTTTTAGAGAAGGATGTCTCTACAGCACATGCATCCAATGGGAATACTGAAAGCTTAGAAAATTCAGGGACAG
GTTATGGTCTTGGAAGGCTAACAAAAGGTGAAGATGATGGACAAGTTTGCGAAGATGATGGACAAGTTTGTGAGATAAATGATGATACGGCAGAAGCAGTTTTGAGTAGGGATGACAGAATTAGCTCTCAAGTGAATGTAATGGAAGCTGGTTATATACATTGTAAACAATTGGCAGGTATTCCCAGGCAAGATTCATTC
GCAGATTTGCTAGTGAATATTCCTCGAATTACATCTTTTCCTCAGCTTTTTGTTGATTCTTCTGATGAATTCATCACAAGTGCTGAGCAACCGGGAACAGCTGGATGGAACCCTTTTCAATGAAATGTGATTGCTTGTGGCAATAGAGCTAGAAATCAATTGCTGGGGATCATGTATTCAGTATTTGTACTTCTTGTAGA
CTGTAGTTGAAATATTGGTTTAGAAAACTGCAAGGTCCTGTAGCTTTTTGGGTTGAGTAACATCAGCCTTATGTTGTTATTTTTGTCTTGGAAGGCACTAAGCATGGTCTATAACACAGTATTTGGATTTCAGACTACATGAAAGTAAGGAAACGGTGTCACACATTTTGAATAAATGTACATGTACATCTCAACCTATG
AGTATTTTCTCGACTAATAAAATTCTAGACCTTGCAATTCCAAGGTATGGAAAACTATTCAAACTATTGGGTTTTCAGAGAGTTGTATTGCTTGCCTATGACTCAGGTTAGCTGTTATGAAATTTGCAATGAATTATGCAAAGATGAGTG

Intron 5 GTAAGGAAGG ... GTTTCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.53	18	74	26
A2	82.72	7	41	26
A3	65.79	13	33	17
A4	74.79	15	53	36
A5	80	3	16	8
A6	79.44	11	71	14
A7	73.86	23	75	55
A8	75.41	15	68	24
A9	79.25	11	76	8
A10	78.29	19	92	45

>TRINITY_DN115317_c0_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoform

CAGAGATACTCGAATAAAAGAGTGCACAGGTGGGTCAACTGCGTACCTCGAGATTGCATGATTCGTTCCCCGGCTGAGAACTATGCGTGGGTCAATCGAATTTTTCTGTCGAAGCTTTCCAGCGTTCTGACGCGGACAAATTGGTTAAATACCGATTGTCATTTCCCCATAGGGTGCCCCTTTTCTCAACTGTTTTTGGC
CTGGATCAAGTTTCTTTTGACTGCTTTCTGCCATGCAGGAACTGGGTTTCACTTAAAATCGAGTTTTGAAGGCTTTGGAAAAGAGAAAATATATCTTATTTGGTTATTGAGAGGCGAATAAGTGGATATTTAGGCTGCCCATCTGATGATTTTGATTGAATCTGCTAATCAATAGAATGGCAGAATAGGGAGAATCGCGA
TTGGGAGTTCGTCTTTTCTATATTTCTATTTCTATTGAATCATATTTTACTTTCACTGAAGTGGAATCATGGTGCAGGGTGGCTTTTATGGGGGATTCAATCGCAATTTTTATGGTAACAATAATAATAAAACTGAATCAAGTTTTGGGCTGGGGATTAACCTTGGTGGAAATAGAGCTCGATTTAAGGAGGAAGCCTTT
TCACCAATGGTGGATGGTGATCCTATGAGTAAAAATCATAGCGGCACTGTAAAAATAGATTTGGGTGAAGCTGCTGCTGAGGAACGCCCTCAGAGACACAAGCGTATCAAGTATTATCATCTGGGGCGCCCTGTAACAAGCACAATATTCTCTCAAGGTATTTCTTTACATCCATTGGAGGAGCCTAGCCCATTGGGTTT
AACACTCAAGAAAACCCCTTCCTTCATAGAACTTATTCAAATGAATCTTTCACAAAGGGACTTGGCAGTTCCCTTAGCTGTTAATAATTCAAGCCTAGAGGCGGGAAGAATGAAAGATTCAAAATGTACAGCAGGATCAACTATTGCTGACAAGCACAAGGCCTCAAATTTTCCAGCCTCAGTTTTGAGAATTGGTTCTT
GGGAGCGTATTTCAAGATACGAAGGTGACTTGGTGGCAAAATGCTATTATGCAAAGCGTAAGCTTGTCTGGGAAGTCTTGGAGGGTGGTCTAAAGAGCAAGATAGAGGTTCAGTGGTCAGATATAACCTCTTTGAATGCCATTTTTTTGGACAATGAACCTGGCACCCTAGAGATTGAAGTATCCAGGCCTCCACTTTTC
TTCAGGGAGACGGATCCTCAGCCAAGAAAGCATACTGTTTGGCAGGCTACTTCTGACTTTACAGGAGGCCAAGCATCTATATGCAGAAGACATTTGTTGCAGTGTGCTCAAGGAATACTTGAGAGACATTATGAGAAACTTTTACAATGTGATCATCGGTTAAACTTGCTAATTTGATCATTCGAAAGATAACTATCTAC
CACCTTTCTCAAGTCTTCCAGATACAGGAAGCCCTAGGGTTTCACCATCAGTTCAAAAAATTGAACATCTTGAGTTCGATGGCAGGGTTTTGGATGCTGCATCACAGGACACACCTTCACCCTGCTCAGTAATGGACTCACGGGCTACTGAAGAAAGTGGAATCAGCGATGTTGATGACCTGCACATGAATGTGACTGCT
AAGTGCGAGCAAATTATATTTGCAGCACCCTATGGTGGTTTGGGAAATCAAGGCTCTGATTTGCTATCAGTGAATTCCATGGACCCTCTAGTAAACCAAACAGTTTCTTGCTCATCAGAGAACAAGTGCGCTAACTATTCAGTTCCTACTACTGAAGAGACCTGGCAAACAAATAAAAAGATAATTGATGACATCGCACA
ACATTTGCTAAGTGATTCGTTCTTATCAGCTGCATATGATGAGCAAAAGGTTATTGCACGTGTCAATTCAATGTATTCTCTTTTAGAGAAGGATGTCTCTACAGCACATGCATCCAATGGGAATACTGAAAGCTTAGAAAATTCAGGGACAGGTTATGGTCTTGGAAGGCTAACAAAAGGTGAAGATGATGGACAAGTTT
GCGAAGATGATGGACAAGTTTGTGAGATAAATGATGATACGGCAGAAGCAGTTTTGAGTAGGGATGACAGAATTAGCTCTCAAGTGAATGTAATGGAAGCTGGTTATATACATTGTAAACAATTGGCAGGTATTCCCAGGCAAGATTCATTCGCAGATTTGCTAGTGAATATTCCTCGAATTACATCTTTTCCTCAGCTT
TTTGTTGATTCTTCTGATGAATTCATCACAAGTGCTGAGCAACCGGGAACAGCTGGATGGAACCCTTTTCAATGAAATGTGATTGCTTGTGGCAATAGAGCTAGAAATCAATTGCTGGGGATCATGTATTCAGTATTTGTACTTCTTGTAGACTGTAGTTGAAATATTGGTTTAGAAAACTGCAAGGTCCTGTAGCTTTT
TGGGTTGAGTAACATCAGCCTTATGTTGTTATTTTTGTCTTGGAAGGCACTAAGCATGGTCTATAACACAGTATTTGGATTTCAGACTACATGAAAGTAAGGAAACGGTGTCACACATTTTGAATAAATGTACATGTACATCTCAACCTATGAGTATTTTCTCGACTAATAAAATTCTAGACCTTGCAATTCCAGGGGAT
GGAAA

>TRINITY_DN115317_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CAGAGATACTCGAATAAAAGAGTGCACAGGTGGGTCAACTGCGTACCTCGAGATTGCATGATTCGTTCCCCGGCTGAGAACTATGCGTGGGTCAATCGAATTTTTCTGTCGAAGCTTTCCAGCGTTCTGACGCGGACAAATTGGTTAAATACCGATTGTCATTTCCCCATAGGGTGCCCCTTTTCTCAACTGTTTTTGGC
CTGGATCAAGTTTCTTTTGACTGCTTTCTGCCATGCAGGAACTGGGTTTCACTTAAAATCGAGTTTTGAAGGCTTTGGAAAAGAGAAAATATATCTTATTTGGTTATTGAGAGGCGAATAAGTGGATATTTAGGCTGCCCATCTGATGATTTTGATTGAATCTGCTAATCAATAGAATGGCAGAATAGGGAGAATCGCGA
TTGGGAGTTCGTCTTTTCTATATTTCTATTTCTATTGAATCATATTTTACTTTCACTGAAGTGGAATCATGGTGCAGGGTGGCTTTTATGGGGGATTCAATCGCAATTTTTATGGTAACAATAATAATAAAACTGAATCAAGTTTTGGGCTGGGGATTAACCTTGGTGGAAATAGAGCTCGATTTAAGGAGGAAGCCTTT
TCACCAATGGTGGATGGTGATCCTATGAGTAAAAATCATAGCGGCACTGTAAAAATAGATTTGGGTGAAGCTGCTGCTGAGGAACGCCCTCAGAGACACAAGCGTATCAAGTATTATCATCTGGGGCGCCCTGTAACAAGCACAATATTCTCTCAAGGTATTTCTTTACATCCATTGGAGGAGCCTAGCCCATTGGGTTT
AACACTCAAGAAAACCCCTTCCTTCATAGAACTTATTCAAATGAATCTTTCACAAAGGGACTTGGCAGTTCCCTTAGCTGTTAATAATTCAAGCCTAGAGGCGGGAAGAATGAAAGATTCAAAATGTACAGCAGGATCAACTATTGCTGACAAGCACAAGGCCTCAAATTTTCCAGCCTCAGTTTTGAGAATTGGTTCTT
GGGAGCGTATTTCAAGATACGAAGGTGACTTGGTGGCAAAATGCTATTATGCAAAGCGTAAGCTTGTCTGGGAAGTCTTGGAGGGTGGTCTAAAGAGCAAGATAGAGGTTCAGTGGTCAGATATAACCTCTTTGAATGCCATTTTTTTGGACAATGAACCTGGCACCCTAGAGATTGAAGTATCCAGGCCTCCACTTTTC
TTCAGGGAGACGGATCCTCAGCCAAGAAAGCATACTGTTTGGCAGGCTACTTCTGACTTTACAGGAGGCCAAGCATCTATATGCAGAAGACATTTGTTGCAGTGTGCTCAAGGAATACTTGAGAGACATTATGAGAAACTTTTACAATGTGATCATCGGTTAAACTTGCTAAgtaaggaaggtatcatgggtggcgattc
cccatattttgattctagtggtgcagtatttcaagatcagaatgaacatgcttgttatggtgcagcacacgagcataaatctcatttgtttccacagTTTGATCATTCGAAAGATAACTATCTACCACCTTTCTCAAGTCTTCCAGATACAGGAAGCCCTAGGGTTTCACCATCAGTTCAAAAAATTGAACATCTTGAGT
TCGATGGCAGGGTTTTGGATGCTGCATCACAGGACACACCTTCACCCTGCTCAGTAATGGACTCACGGGCTACTGAAGAAAGTGGAATCAGCGATGTTGATGACCTGCACATGAATGTGACTGCTAAGTGCGAGCAAATTATATTTGCAGCACCCTATGGTGGTTTGGGAAATCAAGGCTCTGATTTGCTATCAGTGAAT
TCCATGGACCCTCTAGTAAACCAAACAGTTTCTTGCTCATCAGAGAACAAGTGCGCTAACTATTCAGTTCCTACTACTGAAGAGACCTGGCAAACAAATAAAAAGATAATTGATGACATCGCACAACATTTGCTAAGTGATTCGTTCTTATCAGCTGCATATGATGAGCAAAAGGTTATTGCACGTGTCAATTCAATGTA
TTCTCTTTTAGAGAAGGATGTCTCTACAGCACATGCATCCAATGGGAATACTGAAAGCTTAGAAAATTCAGGGACAGGTTATGGTCTTGGAAGGCTAACAAAAGGTGAAGATGATGGACAAGTTTGCGAAGATGATGGACAAGTTTGTGAGATAAATGATGATACGGCAGAAGCAGTTTTGAGTAGGGATGACAGAATTA
GCTCTCAAGTGAATGTAATGGAAGCTGGTTATATACATTGTAAACAATTGGCAGGTATTCCCAGGCAAGATTCATTCGCAGATTTGCTAGTGAATATTCCTCGAATTACATCTTTTCCTCAGCTTTTTGTTGATTCTTCTGATGAATTCATCACAAGTGCTGAGCAACCGGGAACAGCTGGATGGAACCCTTTTCAATGA
AATGTGATTGCTTGTGGCAATAGAGCTAGAAATCAATTGCTGGGGATCATGTATTCAGTATTTGTACTTCTTGTAGACTGTAGTTGAAATATTGGTTTAGAAAACTGCAAGGTCCTGTAGCTTTTTGGGTTGAGTAACATCAGCCTTATGTTGTTATTTTTGTCTTGGAAGGCACTAAGCATGGTCTATAACACAGTATT
TGGATTTCAGACTACATGAAAGTAAGGAAACGGTGTCACACATTTTGAATAAATGTACATGTACATCTCAACCTATGAGTATTTTCTCGACTAATAAAATTCTAGACCTTGCAATTCCAGGGGATGGAAA