sp|A9NQL1|CSPL1_PICSI ----> CASP-like protein 1

Intron 1 GTAAATACTA ... TGTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	5.79	179	1	11
A2	7.95	139	0	12
A3	4.55	189	0	9
A4	4.69	183	1	9
A5	4.78	119.5	0	6
A6	7.88	1787	0	153
A7	7.49	1323	0	107
A8	9.75	1194	0	129
A9	9.48	1412.5	0	148
A10	6.34	1092.5	0	74

>TRINITY_DN95785_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

CTGGCACTTAATGATTTTTCGTTTCCGTTCTCTCAAAGAATATGGTCATTGTTGGCAGATCAGCGGAAGGGCAGTGATTTCCCAGAAAGAATAAAAAGAAACGAAGGTGCTGCATTTTTCCAGTCACAGGATGATAAATATCAATCGTTCTTCAAGTTGTCACTGTGGGGAGTCCTGTGTCAATAAGCTGTTTCAACTGT
GAAAAGTGAGCACCATCATTTTGGAACAAAGGTGAAATCGCCAAAGGTTGAACTCTCAAAAGAAGCAAGCATGAATCCAGAAGCCAGGGATGGAGGATCAGGATGGAGATGGATAGCCATATTTGAGTTTCTTCTGCGATTGGCAGCCATTGCTTCCACTTCAATTGCAGTTTATGCGGCCATGGGAAAAACTTTCGTTG
TGGTGGTGAACGGAGTTGCATGTATGTATCTCCTTATGTCCCTTCCGGTCTCCATCTTCAACATAATGAGACCGCATGCTTACCCAGATAACAGAGTCTTTCTTAACATAATGGATATGGTGATGGTGGCACTTGTGACAGCAGGGGCATTGGCAGCAGGAATATTGTATCTGATGGAAAAGGCGGGCAATGCCCATGCC
AGCTGGTTTTCCATCTGGTCACAGTTTGATTCATTTGCTGTCCTTGCCCTCATCCTTCACGTTCTGCTCTCTGGCATCATCCTTTACAAACAAGCACTAAACCTAAAGTTTTAGATATGACTGATTGGGTTCAGTCGAATAAGTAGAGTACGATTTTGTTGATATGTGTTGTGTTTATAGCAATGATTCTGAGCTTGTGT
GTGATGTATACATTATTGAAATGATGGTGATCATTAATACCATAGTGAACTGGAAAAGACTAGTGCAAGAATTGACTTCTATAGCTTACAAAATTGAAGATCTAGTAATATATACAGTATGTTTTTATCTACAAAATTTTGGGCCTTTAAGAGTATGTTGTCTACTAGAATTACCAAATTTTGTCAACAATTTGAAATGT
CCTAGTCTTTAAAAGAATGTTCACAAACTAACAGCTTTTTGCAACAAAAATGCTGGTTGCACAGAAAGAAGCATGGTACCTTACTGAACCCGATATGGGTGGGCTGTCTATCTTTGTCTGCCAACTCCTTATTTTCTGAAAATCTTGCATGCAGTTTTTTACTTTTTGATTTGGTATTTAGTAGATCATATATTACTTAA
TTGATCCTGATTCTAATTCCATTCCCATTGTTATTCTGAGCGGTTATAATTAAATGTTGAAATAAACTATAAAATGATCTTTCTCAGTAAAGCAAGTTTATAG

>TRINITY_DN95785_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTTCTTAACATAATGGATATGgtaaatactaaaaaccaatgaaagttcaatgctgaagattgtctcatgcagttgattatgttttgaagtatgttcttgagatggctatatatatgttttgcagGTGATGGTGGCACTTGTGACAGCAGGGGCATTGGCAGCAGGAATATTGTATCTGATGGAAAAGGCGGGCAATGCCC
ATGCCAGCTGGTTTTCCATCTGGTCACAGTTTGATTCATTTGCTGTCCTTGCCCTCATCCTTCACGTTCTGCTCTCTGGCATCATCCTTTACAAACAAGCACTAAACCTAAAGTTTTAGATATGACTGATTGGGTTCAGTCGAATAAGTAGAGTACGATTTTGTTGATATGTGTTGTGTTTATAGCAATGATTCTGAGCT
TGTGTGTGATGTATACATTATTGAAATGATGGTGATCATTAATACCATAGTGAACTGGAAAAGACTAGTGCAAGAATTGACTTCTATAGCTTACAAAATTGAAGATCTAGTAATATATACAGTATGTTTTTATCTACAAAATTTTGGGCCTTTAAGAGTATGTTGTCTACTAGAATTACCAAATTTTGTCAACAATTTGA
AATGTCCTAGTCTTTAAAAGAATGTTCACAAACTAACAGCTTTTTGCAACAAAAATGCTGGTTGCACAGAAAGAAGCATGGTACCTTACTGAACCCGATATGGGTGGGCTGTCTATCTTTGTCTGCCAACTCCTTATTTTCTGAAAATCTTGCATGCAGTTTTTTACTTTTTGATTTGGTATTTAGTAGATCATATATTA
CTTAATTGATCCTGATTCTAATTCCATTCCCATTGTTATTCTGAGCGGTTATAATTAAATGTTGAAATAAACTATAAAATGATCTTTCTCAGTAAAGCAAGTTTATAG

Intron 2 GTGAGAATTA ... TTATTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.1	188	27	93
A2	26.21	214	38	76
A3	29.39	221	31	92
A4	29.45	194	32	81
A5	28.57	110	11	44
A6	33.4	1416	172	710
A7	30.59	1291	191	569
A8	31.53	1051	161	484
A9	33.59	1293	205	654
A10	31.07	1098	175	495

>TRINITY_DN112636_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

AGATTCTCCTGGAAGCTTCTTCATCTCACTGGCACTTAATGTCTTTTCGTTTCCGTTCTCTCAAAGAATATGGTCATTGTTGGCAGATCAGCGGAAGGGCAGTGATTTCCCAGAAAGAATAAAAAGAAACGAAGGTGCTGCATTTTTCCAGTCACAGGATGATAAATATCAATCGTTCTTCAAGTTGTCACTGTGGGGAG
TCCTGTGTCAATAAGCTGTTTCAACTGTGAAAAGTGAGCACCATCATTTTGGAACAAAGGTGAAATCGCCAAAGGTTGAACTCTCAAAAGAAGCAAGCATGAATCCAGAAGCCAGGGATGGAGGATCAGGATGGAGATGGATAGCCATATTTGAGTTTCTTCTGCGATTGGCAGCCATTGCTTCCACTTCAATTGCAGTT
TATGCGGCCATGGGAAAAACTTTCGTTGTGGTGGTGAACGGAGTTGCATGTATGTATCTCCTTATGTCCCTTCCGGTCTCCATCTTCAACATAATGAGACCGCATGCTTACCCAGATAACAGAGTCTTTCTTAACATAATGGATATGGTGATGGTGGCACTTGTGACAGCAGGGGCATTGGCAGCAGGAATATTGTATCT
GATGGAAAAGGCGGGCAATGCCCATGCCAGCTGGTTTTCCATCTGGTCACAGTTTGATTCATTTGCTGTCCTTGCCCTCATCCTTCACGTTCTGCTCTCTGGCATCATCCTTTACAAACAAGCACTAAACCTAAAGTTTTAGATATGACTGATTGGGTTCAGTCGAATAAGTAGAGTACGATTTTGTTGATATGTGTTGT
GTTTATAGCAATGATTCTGAGCTTGTGTGTGATGTATACATTATTGAAATGATGGTGATCATTAATACCATAGTGAACTGGAAAAGACTAGTGCAAGAATTGACTTCTATAGCTTACAAAATTGAAGATCTAGTAATATATACAGTATGTTTTTATCTACAAAATTTTGGGCCTTTAAGAGTATGTTGTCTACTAGAATT
ACCAAATTTTGTCAACAATTTGAAATGTCCTAGTCTTTAAAAGAATGTTCACAAACTAACAGCTTTTTGCAACAAAAATGCTGGTTGCACAGAAAGAAGCATGGTACCTTACTGAACCCGATATGGGTGGGCTGTCTATCTTTGTCTGCCAACTCCTTATTTTCTGAAAATCTTGCATGCAGTTTTTTACTTTTTGATTT
GGTATTTAGTAGATCATATATTACTTAATTGATCCTGATTCTAATTCCATTCCCATTGTTATTCTGAGCGGTTATAATTAAATGTTGAAATAAACTATAAAATGATCTTTCTCAGTAAAGCAAGTTTATAGAATATAGCGGTTAAGCATAGCAGTCATTGATTGGTTGAAGTAGAATTTACTTCTGTATAGATACATAGA
AAAGCAATTAAAACATGCACTACAAAATGAATGCAATATAGCCTAATCTGTCGGGCTAGGAACAATTTCTATTTTGGAAAAAATAGTTTTTCAAATTTTCACCTAAACAAGACATGGGATGATTGCTATAAAATTTAATCAACGAGTATTTCAGAAATTTCCAATAGGTTT

>TRINITY_DN112636_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGTCTTTGAATATCTCAGGATGATAAATATCAATCGTTCTTCAAGTTGTCACTGTGGGGAGTCCTGTGTCAATAAGCTGTTTCAACTGTGAAAAGTGAGCACCATCATTTTGGAACAAAGGTGAAATCGCCAAAGGTTGAACTCTCAAAAGgtgagaattatttgtttgaacaaagatcaataaagcaatagcattttta
tatcaaaccattgcacccatgaatggcataattagatgttttgctacctgcattattcttcaaaattgagttgctaccaaaatgatttaggtttatgggatgtggttaattacaacataagctcaagcaattagaagaatattaatggcttcaggctgcagaaatcatatatgcaacaaatatgtgacaccactactcca
tgaaatgctgtaaaaacagaaactattttctgagttgtggtcatctctgaaagtttctgattctgaaattaaaaataagatttgaaatacataataaaaaatcctaaaacattacaatagacatttgccaagtgataaatctttgtactatctatctgtaaatggtacacccgcccacctatgctatgctatgctaccaa
gtatgtttatggtagaaggattgtacgtaggctgcagatgctatgtttatgttagaagaattgtatgtagactgcagactgccaagtcctgcgctagacatgtatgtgctaatattaagcaattttaacataatataaatgcgctaactgtgacagatgtaactgctgaacaataagcataaccaaaaatagaacataaa
agagtgaaaaaataacgccaggtatgttaatggccggatggctgtaatatatacataatatatgaatgaagaactagtcatgtttatgctttggtgggtgagggaatattattacaaataatcacaatattctggaggcagggaaaaccaaacagtaatttctattttgaaagaaggccgtccaggccattttagtttag
gtgtttgctttattttcttttgtttaggcttgttttgtgggagcctgcattttctgtttgggagggtgtgattttattagcctgtgttctttttgggaggttgtggtttttgcataactgtactaatgctcatggggacgagggtcaggttggggttctttctgtgtgagtcagttttggctccttcaactgcttacatc
aaccacaatacacaatacagtgttgcattgcaggtggcacatattatatatttccctcccaacaaaacataacattctttggcttggatctgtctctgaagtattctatgttggactatatgtgtatcttggtaactggaaaaaggccataaattatccttcttgttccactgctgcttgttctaagagttgcgagattg
ccttctgtgttttattttgtttctaaagattcagaaattttatttttagAAGCAAGCATGAATCCAGAAGCCAGGGATGGAGGATCAGGATGGAGATGGATAGCCATATTTGAGTTTCTTCTGCGATTGGCAGCCATTGCTTCCACTTCAATTGCAGTTTATGCGGCCATGGGAAAAACGTGCGTCTCTCTTCTTTTCTA
TACTAAAATTTTACCATTAAAGACCATATAGCAAGATGCCTCCTTTCATGTAAAGGCACCCTTGATCTCTCCC

Intron 3 GTGCGTCTCT ... GTGGATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.84	231.5	61	19.5
A2	13.18	270	41	31
A3	15.89	307	58	29
A4	16.22	250.5	48.5	35
A5	15.81	213	40	19.5
A6	15.49	2829.5	518.5	334
A7	13.8	2146	343.5	261.5
A8	15.89	1871	353.5	214.5
A9	16.09	2205.5	423	268.5
A10	17.04	1878.5	386	210

>TRINITY_DN43770_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

CTTCTTCATCTCACTGGCACTTAATGTCTTTTCGTTTCCGTTCTCTCAAAGAATATGGTCATTGTTGGCAGATCAGCGGAAGGGCAGTGATTTCCCAGAAAGAATAAAAAGAAACGAAGGTGCTGCATTTTTCCAGTCACAGGATGATAAATATCAATCGTTCTTCAAGTTGTCACTGTGGGGAGTCCTGTGTCAATAAG
CTGTTTCAACTGTGAAAAGTGAGCACCATCATTTTGGAACAAAGGTGAAATCGCCAAAGGTTGAACTCTCAAAAGAAGCAAGCATGAATCCAGAAGCCAGGGATGGAGGATCAGGATGGAGATGGATAGCCATATTTGAGTTTCTTCTGCGATTGGCAGCCATTGCTTCCACTTCAATTGCAGTTTATGCGGCCATGGGA
AAAACTTTCGTTGTGGTGGTGAACGGAGTTGCATGTATGTATCTCCTTATGTCCCTTCCGGTCTCCATCTTCAACATAATGAGACCGCATGCTTACCCAGATAACAGAGTCTTTCTTAACATAATGGATATGGTGATGGTGGCACTTGTGACAGCAGGGGCATTGGCAGCAGGAATATTGTATCTGATGGAAAAGGCGGG
CAATGCCCATGCCAGCTGGTTTTCCATCTGGTCACAGTTTGATTCATTTGCTGTCCTTGCCCTCATCCTTCACGTTCTGCTCTCTGGCATCATCCTTTACAAACAAGCACTAAACCTAAAGTTTTAGATATGACTGATTGGGTTCAGTCGAATAAGTAGAGTACGATTTTGTTGATATGTGTTGTGTTTATAGCAATGAT
TCTGAGCTTGTGTGTGATGTATACATTATTGAAATGATGGTGATCATTAATACCATAGTGAACTGGAAAAGACTAGTGCAAGAATTGACTTCTATAGCTTACAAAATTGAAGATCTAGTAATATATACAGTATGTTTTTATCTACAAAATTTTGGGCCTTTAAGAGTATGTTGTCTACTAGAATTACCAAATTTTGTCAA
CAATTTGAAATGTCCTAGTCTTTAAAAGAATGTTCACAAACTAACAGCTTTTTGCAACAAAAATGCTGGTTGCACAGAAAGAAGCATGGTACCTTACTGAACCCGATATGGGTGGGCTGTCTATCTTTGTCTGCCAACTCCTTATTTTCTGAAAATCTTGCA

>TRINITY_DN43770_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTTCTTCATCTCACTGGCACTTAATGTCTTTTCGTTTCCGTTCTCTCAAAGAATATGGTCATTGTTGGCAGATCAGCGGAAGGGCAGTGATTTCCCAGAAAGAATAAAAAGAAACGAAGGTGCTGCATTTTTCCAGTCACAGGATGATAAATATCAATCGTTCTTCAAGTTGTCACTGTGGGGAGTCCTGTGTCAATAAG
CTGTTTCAACTGTGAAAAGTGAGCACCATCATTTTGGAACAAAGGTGAAATCGCCAAAGGTTGAACTCTCAAAAGAAGCAAGCATGAATCCAGAAGCCAGGGATGGAGGATCAGGATGGAGATGGATAGCCATATTTGAGTTTCTTCTGCGATTGGCAGCCATTGCTTCCACTTCAATTGCAGTTTATGCGGCCATGGGA
AAAACgtgcgtctctcttcttttctatactaaaattttaccattaaagaccatatagcaagatgcctcctttcatgtaaaggcacccttgatctctccttctaatccaaactatgaaagtttgcagaatttctattgtagaatagcattattgattattataaccttcaaattgttttcatgtggatttagTTTCGTTGT
GGTGGTGAACGGAG