sp|Q42539|PIMT1_ARATH ----> Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase 1

Intron 1 GTAATCTCCA ... CTATCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.25	56	7	4
A2	7.46	57	6.5	5
A3	8.54	68	1	7
A4	11.43	54	3	8
A5	10	32	1	4
A6	12.15	510	23	81.5
A7	11.37	350	20.5	51.5
A8	10.51	432	25.5	57.5
A9	11.4	414	21.5	60.5
A10	11.15	237	9.5	34

>TRINITY_DN43627_c0_g2_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

GGAAATTTCACGCTATATCTTCCCCTATAGATTCTCAAAACGTATGGACCAGAACGGTCAATTGGGGCACAAATTCCTCCCTGCTCCAAACCCTAGCACTCTCGTTCACCAATTCTCACCAATCCTCCGCCATTACACTTCTCCTGATACGTCTAAAGACCAAAACCCATCGATTTCAAACCGTCACAGTGCATTCTAAG
ACCAATTCGAGCAATCTGCTCCGAAGTGTTTTGAAGATTCGAAATTAAATCTCCGAGATGAGCTGGACGTGTCATGGCAAGACCAACAAGGACATGGTTGCCAAATTACATGAATATGGAATTCTTCAATCGAAGGTTGCAGCTGATGCCATGATACAAATTGATCGAGCAGATTATGTTCTAGATCGAAGAAGTGCTTA
TATTGACTCTCCACAGCCTATAGGTTACAATGCAACTATATCTGCTCCGCATATGCATGCCTACTGTCTTGATTATTTGGCAGACCATCTCAAGCCGGGTAATCGTGTACTTGATGTTGGATCTGGTTCTGGGTACTTAGCAGCTGTTTTTGCACTTATGGTTGGAGAGACAGGAAGAACTGTGGGAGTGGAACACATTT
CTCAGCTAGTAGACAGGTCTATTGAATCGTTAAAGAAGGGACCTGCTGCTCATTTGTTAGACAAAGGAGCACTTTCCATTCATGTGGGTGATGGGAAGAAGGGATTTCCAGATGAAGCACCTTATGATGCTATCCATGTAGGTGCGGCAGCTTCAGAAGTGCCTGAAGCCCTGGTAAATCAGCTAAAGCCTGGAGGAAGA
ATAGTTATTCCAGTTGTTGACTCCTTGATGATTATAGACAAACTTGCTGATGGAACACTTAAACAAAAGTCTGTAATGGATGTCAGATATGTGCCTCTTGTATAAGTATAAATGGTGCTTTGCCTTCGTCTACTATAGTATTTCATATTAGTGAAGTCTGTTAGACTTGCACGGTCTGGACTTGTACATGGGTTCTTGTG
AATATGGTATTTATTACATATAAATATATGATATGTTTTGGTTTGAAGAGAATATATTTTTCTCATGAATTAAGATTACTTTGTTTTACTGATGTCATGTGTATGTATGACCACTCAAGTAAGCTATGTTGTTGGAGCCAACATGGAGCTCCAACTTAATTAAACATTATGTTAGCAGAGATTAATGTTAAGTGTTTATA
AAATATGTGGCCAACATTTAGAGGTTAAGGTTAGTGGTTGGTTAAGCCACCTTAACCAACCTAGGGTGCTATAAAATGTTATGATTAAGGGATGATTACCTTGAGAGTGATATATGTAGTGTAGGTATACCTCAGGCTCCTGACGTTGTACTCGCTGTAGCATTAATATATTGACACTTATTATTCTCTTCACATTTATG
TGACTGCTATTTTGTTATGAACACGACATTTATTATTCTCTTTCACATTTATGTGACTGCTATATTGTTATTAACACATATAAAAT

>TRINITY_DN43627_c0_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGAAATTTCACGCTATATCTTCCCCTATAGATTCTCAAAACGTATGGACCAGAACGGTCAATTGGGGCACAAATTCCTCCCTGCTCCAAACCCTAGCACTCTCGTTCACCAATTCTCACCAATCCTCCGCCATTACACTTCTCCTGATACGTCTAAAGACCAAAACCCATCGATTTCAAACCGTCACAGTGCATTCTAAG
ACCAATTCGAGCAATCTGCTCCGAAGTGTTTTGAAGATTCGAAATTAAATCTCCGAGATGAGCTGGACGTGTCATGGCAAGACCAACAAGGACATGGTTGCCAAATTACATGAATATGGAATTCTTCAATCGAAGGTTGCAGCTGATGCCATGATACAAATTGATCGAGCAGATTATGTTCTAGATCGAAGAAGTGCTTA
TATTGACTCTCCACAGCCTATAGGTTACAATGCAACTATATCTGCTCCGCATATGCATGCCTACTGTCTTGATTATTTGGCAGACCATCTCAAGCCGGGTAATCGTGTACTTGATGTTGGATCTGGTTCTGGGTACTTAGCAGCTGTTTTTGCACTTATGGTTGGAGAGACAGGAAGAACTGTGGGAGTGGAACACATTT
CTCAGCTAGTAGACAGGTCTATTGAATCGTTAAAGAAGGGACCTGCTGCTCATTTGTTAGACAAAGGAGCACTTTCCATTCATGTGGGTGATGGGAAGAAGGGATTTCCAGATGAAGCACCTTATGATGCTATCCATGTAGGTGCGGCAGCTTCAGgtaatctccattttgttattttgtgtagttatcttatcataact
ttttcctgcaatttcttaccctgagaagaagcgttgctatccacagAAGTGCCTGAAGCCCG

Intron 2 GTAAGTTTAT ... TTGGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.03	50	4.8	11
A2	14.55	47	0.6	8
A3	3.33	58	0	2
A4	9.38	58	0.6	6
A5	2.94	33	0	1
A6	12.1	545	0	75
A7	11.57	336.4	1.2	44
A8	11.69	468.6	2	62
A9	10.69	426	0	51
A10	12.01	249	0	34

>TRINITY_DN106663_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTGCTCACTATAGACGTTTATTGATTGCTGCTAGTTTTGTCTTTTGTCTAATCACATTTTCTTGACATGTGACAAGTGGGTGATGGGAAGAAGGGATTTCCAGATGAAGCACCTTATGATGCTATCCATGTAGGTGCGGCAGCTTCAGAAGTGCCTGAAGCCCTGGTAAATCAGCTAAAGCCTGGAGGAAGAATAGTTA
TTCCAGTTGTTGACTCCTTGATGATTATAGACAAACTTGCTGATGGAACACTTAAACAAAAGTCTGTAATGGATGTCAGATATGTGCCTCTTGTATAAGTATAAATGGTGCTTTGCCTTCGTCTACTATAGTATTTCATATTAGTGAAGTCTGTTAGACTTGCACGGTCTGGACTTGTACATGGGTTCTTGTGAATATGG
TATTTATTACATATAAATATATGATATGTTTTGGTTTGAAGAGAATATATTTTTCTCATGATAAATAAAAAA

>TRINITY_DN106663_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAATAGTTATTCCAGTTGTTGACgtaagtttattgattatgggtgcacgagaatactttctaggctttattaatttcagagtacgtactttttgattttggctaaagtgattacacactttttggatgcagTCCTTGATGATTATAGACAAACTTGCTGATGGAACACTTAAACAAAAGTCTGTAATGGATGTCAGATAT
GTGCCTCTTGTATAAGTATAAATGGTGCTTTGCCTTCGTCTACTATAGTATTTCATATTAGTGAAGTCTGTTAGACTTGCACGGTCTGGACTTGTACATGGGTTCTTGTGAATATGGTATTTATTACATATAAATATATGATATGTTTTGGTTTGAAGAGAATATATTTTTCTCATGATAAATAAAAAA