NA ----> NA

Intron 1 GTAAAGGGTT ... TATGATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90.48	1	17	2
A2	100	0	2	0
A3	86.21	2	19	6
A4	41.94	9	10	3
A5	53.85	3	5	2
A6	50	7	14	0
A7	44	14	18	4
A8	55.56	8	9	11
A9	47.62	22	20	20
A10	59.09	9	14	12

>TRINITY_DN41342_c1_g2_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

CGTTATTCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTACCATTCTGGGATCATTTTTCCGCAATTAGATTTTAATTAAAGGAAAT
CGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGTATACATTTATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTATCTACAGGTCGATCGATCGGCGTTTAAGAATAAGAAGGATTGAGTTCTGTTGG
GACGAGGGTTGGGTTTTGTTCTGAGTAGAAGGTTTTTTATTATTTTCTCTGACTTCTGCTTTGCTCTCAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTGT
GATTTGGGATATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTTCTCTGCGCCTCTAGATCAATTAACTAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTA
TAAGATTTGAGGCAGAAACCTTGTGATTTGGGATATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTTCTCTGCGCCTCTAGATCAATTAACTAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTAC
TTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTTGTATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGT

>TRINITY_DN41342_c1_g2_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CGTTATTCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTACCATTCTGGGATCATTTTTCCGCAATTAGATTTTAATTAAAGGAAAT
CGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGTATACATTTATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTgtaaagggtttcagctctcagatctgttgtatgctataacatctatgctctcag
atctgttgtatgctataacatctatgctctcagatctacagtgattccttatttctttgttgtatgctatgattcagATCTACAGGTCGATCGATCGGCGTTTAAGAATAAGAAGGATTGAGTTCTGTTGGGACGAGGGTTGGGTTTTGTTCTGAGTAGAAGGTTTTTTATTATTTTCTCTGACTTCTGCTTTGCTCTCA
GAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTGTGATTTGGGATATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTTCT
CTGCGCCTCTAGATCAATTAACTAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTGTGATTTGGGATATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTC
TCTTCTCTGCGCCTCTAGATCAATTAACTAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTTGTATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCT
CTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCAATTAACTAGATCACATCGCACTCCCATTCCAGTGGATGCCAAAATGGAGGCTAAATCTACTGCAAAAGAAAAGCAAAGCAGGAACAAAATGGAACTGCCTCAGAGATGATGAGGGAAACCCTG

Intron 2 GTTTTTTATT ... TGAGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	87.85	2.5	18	6
A2	100	0	8	4
A3	90.68	2	19	9
A4	100	0	13	1
A5	100	0	15	2
A6	100	0	31	5
A7	91.23	5	52	14
A8	95.73	2.5	56	16
A9	92.21	5.5	63	13
A10	93.16	2.5	34	5

>TRINITY_DN46908_c0_g1_i10 from sample A10 / Example spliced isoform

TATGGATTAGGTTTGAATTAAACCGTTATTCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGAGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTACCATTCTGGGATCATTTTTCCGCA
ATTAGATTTTAATTAAAGGAAATCGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGTATACATTTATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTGTTGTA
TGCTATAACATCTATGCTCTCAGATCTACAGTGATTCCTTATTTCTTTGTTGTATGCTATGATTCAGATCTACAGGTCGATCGATCGGCGTTTAAGAATAAGAAGGATTGAGTTCTGTTGGGACGAGGGTTGGGTTTTGTTCTGAGTAGAAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCAATT
AACTAGATCACATCGCACTCCCATTCCAGGTTTTCCTTCTCCCGCCTCTGACTCTGCGTGCTTATTAATTTTCTTTCTCCCCTCTCTCTGCATATTAATTTACTTTCTCTGTTAGTGTAGCTTGGTTTAGTTCAACCTGCCTATCTGCTTATAATGTTTACTTTAACCGGCCTGTATTATATTTAGAATTAGGGTTTCTC
GGTTTACTCGTTGAGATCATCTTCTTTTCAAAGCTGGC

>TRINITY_DN46908_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TATGGATTAGGTTTGAATTAAACCGTTATTCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGAGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTACCATTCTGGGATCATTTTTCCGCA
ATTAGATTTTAATTAAAGGAAATCGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGTATACATTTATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTGTTGTA
TGCTATAACATCTATGCTCTCAGATCTACAGTGATTCCTTATTTCTTTGTTGTATGCTATGATTCAGATCTACAGGTCGATCGATCGGCGTTTAAGAATAAGAAGGATTGAGTTCTGTTGGGACGAGGGTTGGGTTTTGTTCTGAGTAGAAGgttttttattattttctctgacttctgctttgctctcagaagccgtcg
ctagagctttcagttctgtttttttggccttatgtttttctctcaaaatccctataaaacttcacgcatcaatggtttaaattttttgtactttgtataagatttgaggcagaaaccttgtgatttgggatataaaagattttaaaggttttgtgagttgcagGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCT
CCAGATCAATTAACTAGATCACATCGCACTCCCATTCCAGGTTTTCCTTCTCCCGCCTCTGACTCTGCGTGCTTATTAATTTTCTTTCTCCCCTCTCTCTGCATATTAATTTACTTTCTCTGTTAGTGTAGCTTGGTTTAGTT

Intron 3 GTAAAGGGTT ... TATGATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92.31	1	15	9
A2	100	0	4	6
A3	75.56	2	10.4	2
A4	43.39	9	9.8	4
A5	60	3	5	4
A6	62.96	7	14.8	9
A7	52.66	14	18.2	13
A8	42.44	8	6.8	5
A9	46.45	22	19.2	19
A10	62	9	15.4	14

>TRINITY_DN41342_c1_g2_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

CGTTATTCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTACCATTCTGGGATCATTTTTCCGCAATTAGATTTTAATTAAAGGAAAT
CGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGTATACATTTATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTATCTACAGGTCGATCGATCGGCGTTTAAGAATAAGAAGGATTGAGTTCTGTTGG
GACGAGGGTTGGGTTTTGTTCTGAGTAGAAGGTTTTTTATTATTTTCTCTGACTTCTGCTTTGCTCTCAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTGT
GATTTGGGATATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTTCTCTGCGCCTCTAGATCAATTAACTAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTA
TAAGATTTGAGGCAGAAACCTTGTGATTTGGGATATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTTCTCTGCGCCTCTAGATCAATTAACTAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTAC
TTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTTGTATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGT

>TRINITY_DN41342_c1_g2_i12 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GAATTAATTTGAGTTTCATAACGCTTTATGTTACCGTTGGATGGTAAAAGCTCTCTTGATTCAATTAATTTGTTTTTGAATTAAACCGTTATTCAATTAATTAGCTCTTCCCTTTTTGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCG
GCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTAGCATTCTGGGATCATTTTTCCACAATTAGATTTGAATTAAAGGAAATGGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGCATACATATATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAG
ACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTgtaaagggtttcagctctcagatctacagtgatttcttatttccagaagaagaaattgggcaatcaagtgcaactgcagcggctttcttgtgaagggtttcagctctcagatctacagtgattccttatttctttgttgtatgctatgattcagATCTACAGGTCGATCGATATAG
TTACATCGGAGGTAATCAACTGCAACTGGATCGGCGTTTAAGCTGGGAATAAGAAGAATTGAGTTCTGTTGGGACGAGGGTTGGGTTTTGTTCTGAGTAGAAGGTTTTTTATTATTTTCTCTGACTTCTGCTTTGCTCTCAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAAT
CCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTGTGATTTGGGATATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTTCTCTGCGCCTCTAGATCAATTAACTAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTT
GGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTGTGATTTGGGATATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTTCTCTGCGCCTCTAGATCAATTAACTAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGT
TTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTTGTATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCACATCGCACTCTCATTCCAGG
AAGAAGTCTTTATTGACTATACTCTATTTTATCTTCTCGGGAGGAGTTTGTATTTTCCATTGAATGTACCGATATAGGAGTGGAGTGACTGCTAAAGCTGTTACATCGTTTTGAACATTGTGAAGTTGTTTTTGTTACTTAGATAGGCTGGAAGGCTGGCTACTGATTCTATGTTTTCGTCCTTGGTTAATATCTATTCA
ATTCTGAAACATATTTGATGTCAGTTTTTCTCTATTTTGGGATTTTTCTGCTCTCAAGAAAATTGCGGAAGATTGTGAAGTTGTTTCTCTCAGTTAGAAATGGGAAAATGGGTAGTGAAACTATGTTTTCATGGCAGATTAAGAATCAGAAATCTGACCCATATTTCAAGCCAATTTCATCTAGATTTTTGCAATATTTT
CTGAATGTGATAATGTATTACAGAAACCGGGGTTATCTTTTATAAAGATAACACAGTCCTACTTGTTATCATGGATGATTTCTCTAAATTTGTGACTCTTAAATGTGTTTATTAAACTAGTATGTTTGGTTAAATCATGGGTTTTCTTTCTTCTTCTTTTTTAATTGTCATCTTAAGATTTCAC

Intron 4 GTTTTCCTTC ... TATTTCTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	17
A2	100	0	4	5
A3	73.33	2	3	8
A4	100	0	4	3
A5	100	0	4	2
A6	100	0	1	2
A7	100	0	9	9
A8	100	0	5	2
A9	55.56	4	4	6
A10	100	0	7	0

>TRINITY_DN41342_c1_g2_i12 from sample A9 / Example spliced isoform

GAATTAATTTGAGTTTCATAACGCTTTATGTTACCGTTGGATGGTAAAAGCTCTCTTGATTCAATTAATTTGTTTTTGAATTAAACCGTTATTCAATTAATTAGCTCTTCCCTTTTTGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCG
GCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTAGCATTCTGGGATCATTTTTCCACAATTAGATTTGAATTAAAGGAAATGGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGCATACATATATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAG
ACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTTCTTATTTCCAGAAGAAGAAATTGGGCAATCAAGTGCAACTGCAGCGGCTTTCTTGTGAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTCCTTATTTCTTTGTTGTATGCTATGATTCAGATCTACAGGTCGATCGATATAG
TTACATCGGAGGTAATCAACTGCAACTGGATCGGCGTTTAAGCTGGGAATAAGAAGAATTGAGTTCTGTTGGGACGAGGGTTGGGTTTTGTTCTGAGTAGAAGGTTTTTTATTATTTTCTCTGACTTCTGCTTTGCTCTCAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAAT
CCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTGTGATTTGGGATATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTTCTCTGCGCCTCTAGATCAATTAACTAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTT
GGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTGTGATTTGGGATATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTTCTCTGCGCCTCTAGATCAATTAACTAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGT
TTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTTGTATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCACATCGCACTCTCATTCCAGG
AAGAAGTCTTTATTGACTATACTCTATTTTATCTTCTCGGGAGGAGTTTGTATTTTCCATTGAATGTACCGATATAGGAGTGGAGTGACTGCTAAAGCTGTTACATCGTTTTGAACATTGTGAAGTTGTTTTTGTTACTTAGATAGGCTGGAAGGCTGGCTACTGATTCTATGTTTTCGTCCTTGGTTAATATCTATTCA
ATTCTGAAACATATTTGATGTCAGTTTTTCTCTATTTTGGGATTTTTCTGCTCTCAAGAAAATTGCGGAAGATTGTGAAGTTGTTTCTCTCAGTTAGAAATGGGAAAATGGGTAGTGAAACTATGTTTTCATGGCAGATTAAGAATCAGAAATCTGACCCATATTTCAAGCCAATTTCATCTAGATTTTTGCAATATTTT
CTGAATGTGATAATGTATTACAGAAACCGGGGTTATCTTTTATAAAGATAACACAGTCCTACTTGTTATCATGGATGATTTCTCTAAATTTGTGACTCTTAAATGTGTTTATTAAACTAGTATGTTTGGTTAAATCATGGGTTTTCTTTCTTCTTCTTTTTTAATTGTCATCTTAAGATTTCAC

>TRINITY_DN41342_c1_g2_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GAATTAATTTGAGTTTCATAACGCTTTATGTTACCGTTGGATGGTAAAAGCTCTCTTGATTCAATTAATTTGTTTTTGAATTAAACCGTTATTCAATTAATTAGCTCTTCCCTTTTTGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCG
GCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTAGCATTCTGGGATCATTTTTCCACAATTAGATTTGAATTAAAGGAAATGGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGCATACATATATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAG
ACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTTCTTATTTCCAGAAGAAGAAATTGGGCAATCAAGTGCAACTGCAGCGGCTTTCTTGTGAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTCCTTATTTCTTTGTTGTATGCTATGATTCAGATCTACAGGTCGATCGATATAG
TTACATCGGAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCACATCGCACTCTCATTCCAGgttttccttctcccgcctctgactctgcgtgcttattaattttctttctcccctctgtctgcatattaatttactttctctgttagtgtagcttggtttagtgtaacctgcctatctgcttataa
tgtttactttaaccggcctgttttatatttagaattaagaattgtagttttcggttggttggttgtagatttaagttttaggtttttttctcacttttcttaggagtaccgttgatgatttttatattattaattgatatagggtctgttatatatattttgtgttagatttttaaaaattgtttattatttttatttaa
taggatatttctatatgctttataaataaatatatgatatacctattatattcataatttatagttaagtaattttctgaatgtgcatatacatttatgacatatttttttctttctcgatgaacaagtttctaaccttactatatcctactttcttttatggggaggagtttttgttctacattattctgtatatttga
atgattattttgttataaatgaatgcttatctcgttatatgttatttcttagGAAGAAGTCTTTATTGACTATACTCTATTTTATCTTCTCGGGAGGAGTTTGTATTTTCCATTGAATGTACCGATATAGGAGTGGAGTGACTGCTAAAGCTGTTACATCGTTTTGAACATTGTGAAGTTGTTTTTGTTACTTAGATAGG
CTGGAAGGCTGGCTACTGATTCTATGTTTTCGTCCTTGGTTAATATCTATTCAATTCTGAAACATATTTGATGTCAGTTTTTCTCTATTTTGGGATTTTTCTGCTCTCAAGAAAATTGCGGAAGATTGTGAAGTTGTTTCTCTCAGTTAGAAATGGGAAAATGGGTAGTGAAACTATGTTTTCATGGCAGATTAAGAATC
AGAAATCTGACCCATATTTCAAGCCAATTTCATCTAGATTTTTGCAATATTTTCTGAATGTGATAATGTATTACAGAAACCGGGGTTATCTTTTATAAAGATAACACAGTCCTACTTGTTATCATGGATGATTTCTCTAAATTTGTGACTCTTAAATGTGTTTATTAAACTAGTATGTTTGGTTAAATCATGGGTTTTCT
TTCTTCTTCTTTTTTAATTGTCATCTTAAGATTTCAC

Intron 5 GTAAAGGGTT ... TATGATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90.48	1	17	2
A2	100	0	1	0
A3	100	0	17	5
A4	48.15	7	10	3
A5	63.64	2	5	2
A6	56.25	7	16	2
A7	55.56	8	15	5
A8	75.76	4	12	13
A9	61.11	14	22	22
A10	59.09	9	16	10

>TRINITY_DN46908_c0_g1_i8 from sample A10 / Example spliced isoform

TATGGATTAGGTTTGAATTAAACCGTTATTCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGAGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTACCATTCTGGGATCATTTTTCCGCA
ATTAGATTTTAATTAAAGGAAATCGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGTATACATTTATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTATCTACAGGTCGATCGATCGGCGTTTAAGAA
TAAGAAGGATTGAGTTCTGTTGGGACGAGGGTTGGGTTTTGTTCTGAGTAGAAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCAATTAACTAGATCACATCGCACTCCCATTCCAGGTTTTCCTTCTCCCGCCTCTGACTCTGCGTGCTTATTAATTTTCTTTCTCCCCTCTCTCTGCATATTAA
TTTACTTTCTCTGTTAGTGTAGCTTGGTTTAGTTTAACCTGCGATATCTGCTTATAATGTTTACTTTAACCGGCCTGTTCTATATTTAGAATTAGGGTTTCTCCGTTTTCAAAGCTGGCTAGTTGGTTCGTAGCATCTTGTATATCATGAAATAATTATCTCGTATTGATTAATTAACTTATATTAATTTGAAAACGATT
GGAAAGACTTTTATGATGATTAATTAACTTATATTAATTTGAAAACGATTGGAAAGACTTTTATGATGATTAATTAACTTATATTAATT

>TRINITY_DN46908_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TATGGATTAGGTTTGAATTAAACCGTTATTCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGAGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTACCATTCTGGGATCATTTTTCCGCA
ATTAGATTTTAATTAAAGGAAATCGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGTATACATTTATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTgtaaagggtttcagctctcagatctgttgta
tgctataacatctatgctctcagatctacagtgattccttatttctttgttgtatgctatgattcagATCTACAGGTCGATCGATCGGCGTTTAAGAATAAGAAGGATTGAGTTCTGTTGGGACGAGGGTTGGGTTTTGTTCTGAGTAGAAGGTTTTTTATTATTTTCTCTGACTTCTGCTTTGCTCTCAGAAGCCGTCG
CTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTGTGATTTGGGATATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCT
CCAGATCAATTAACTAGATCACATCGCACTCCCATTCCAGGTTTTCCTTCTCCCGCCTCTGACTCTGCGTGCTTATTAATTTTCTTTCTCCCCTCTCTCTGCATATTAATTTACTTTCTCTGTTAGTGTAGCTTGGTTTAGTT

Intron 6 GTAAAGGGTT ... TATGATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	94.74	1	26	10
A2	100	0	5	7
A3	80	2	14	2
A4	45.45	9	11	4
A5	75	3	11	7
A6	72	7	23	13
A7	56.25	14	18	18
A8	57.89	8	14	8
A9	60.71	22	40	28
A10	67.27	9	20	17

>TRINITY_DN45145_c1_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

TCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTAGCATTCTGGGATCATTTTTCCACAATTAGATTTGAATTAAAGGAAATCGCTAA
ATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGTATACATTTATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTATCTACAGGTCGATCGATCGGCGTTTAAGAATAAGAAGGATTGAGTTCTGTTGGGACGAG
GGTTGGGTTTTGTTCTGAGTAGAAGGTTTTTTATTATTTTCTCTGACTTCTGCTTTGCTCTCAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTGTGATTTG
GGATATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTTCTCTGCGCCTCTAGATCAATTAACTAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTTTTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTT

>TRINITY_DN45145_c1_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTAGCATTCTGGGATCATTTTTCCACAATTAGATTTGAATTAAAGGAAATCGCTAA
ATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGCATACATATATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTgtaaagggtttcagctctcagatctacagtgattccttatttctttgttgtatgctatga
ttcagATCTACAGGTCGATCGATATAGTTACATCGGAGGTAATCAACTGCAACTGGATCGGCGTTTAAGCTGGGAATAAGAAGAATTGAGTTCTGTTGGGACGAGGGTTGGGTTTTGTTCTGAGTAGAAGGTTTTTTATTATTTTCTCTGACTTCTGCTTTGCTCTCAGAAGCCGTCGCTAGAGCTTTCAGTTCTGTTTT
TTTGGCCTTATGTTTTTCTCTCAAAATCCCTATAAAACTTCACGCATCAATGGTTTAAATTTTTTGTACTTTGTATAAGATTTGAGGCAGAAACCTTTGTATAAAAGATTTTAAAGGTTTTGTGAGTTGCAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCAATTAACTAGATCACATCGCACTC
TCATTCCAGGTTTTCCTTCTCCCGCCTCTGACTCTGCGTGCTTATTAATTTTCTTTCTCCCCTCTGTCTGCATATTAATTTACTTTCTCTGTTAGTGTAGCTTGGTTTAGTGTAACCTGCCTATCTGCTTATAATGTTTACTTTAACCGGCCTGTTTTATATTTAGAATTAGGGTTTCTCCGTTTACTCGTTGCGGTCAT
CTTCTTTTCAAAGCTGGCTAGTTGGTTCGTAGCATCTTGTATATCATGAAATAATTATCTCGTATTGATTAATTAACTTATATTAATT

Intron 7 GTATGCTATA ... TGAGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.04	9	12	4.7
A2	100	0	2	4
A3	56.36	8	12	8.7
A4	40	3	3	1
A5	66.67	1	2	2
A6	64.71	3	6	5
A7	64.22	6	12	9.7
A8	61.05	7	8	14
A9	63.97	6	9	12.3
A10	56.52	5	9	4

>TRINITY_DN41342_c1_g2_i9 from sample A9 / Example spliced isoform

CGTTATTCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTACCATTCTGGGATCATTTTTCCGCAATTAGATTTTAATTAAAGGAAAT
CGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGTATACATTTATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTGTTGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCT
TCTCCGCGCCTCCAGATCA

>TRINITY_DN41342_c1_g2_i19 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CGTTATTCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTACCATTCTGGGATCATTTTTCCGCAATTAGATTTTAATTAAAGGAAAT
CGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGTATACATTTATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTGTTgtatgctataacatctatgctctcag
atctgttgtatgctataacatctatgctctcagatctacagtgattccttatttctttgttgtatgctatgattcagatctacaggtcgatcgatcggcgtttaagaataagaaggattgagttctgttgggacgagggttgggttttgttctgagtagaaggttttttattattttctctgacttctgctttgctctca
gaagccgtcgctagagctttcagttctgtttttttggccttatgtttttctctcaaaatccctataaaacttcacgcatcaatggtttaaattttttgtactttgtataagatttgaggcagaaaccttgtgatttgggatataaaagattttaaaggttttgtgagttgcaggtctctctataactgcaggtctcttct
ctgcgcctctagatcaattaactagaagccgtcgctagagctttcagttctgtttttttggccttatgtttttctctcaaaatccctataaaacttcacgcatcaatggtttaaattttttgtactttgtataagatttgaggcagaaaccttgtgatttgggatataaaagattttaaaggttttgtgagttgcaggtc
tcttctctgcgcctctagatcaattaactagaagccgtcgctagagctttcagttctgtttttttggccttatgtttttctctcaaaatccctataaaacttcacgcatcaatggtttaaattttttgtactttgtataagatttgaggcagaaacctttgtataaaagattttaaaggttttgtgagttgcagGTCTCT

CTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCAATTAACTAGATCACATCGCACTCCCATTCCAGGTTTTCCTTCTCCCGCCTCTGATAATGTTTACTTTAACCGGCCTGTTCTATATTTAGAATTAGGGTTTCTCCGTTTTCAAAGCTGGCTAGTTGGTTCGTAGCATCTTGTATATCATGAGATAATTATCT
CGTATTGATTAATTAACTTATATTAATTTGAAAACGATAGGAAAGACTTTTATGAAACCCTGCCTGTTCATGAAATAATTATCTCGTATTGATTAAT

Intron 8 GTAATCAACT ... TGAGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45	11	12	6
A2	80	1	4	4
A3	73.33	2	3	8
A4	66.67	2	6	2
A5	57.14	3	6	2
A6	71.43	3	10	5
A7	63.64	8	16	12
A8	58.97	8	7	16
A9	50.72	17	24	11
A10	58.97	8	19	4

>TRINITY_DN45145_c1_g1_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

TCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTAGCATTCTGGGATCATTTTTCCACAATTAGATTTGAATTAAAGGAAATCGCTAA
ATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGCATACATATATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTCCTTATTTCTTTGTTGTATGCTATGA
TTCAGATCTACAGGTCGATCGATATAGTTACATCGGAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCACATCGCACTCTCATTCCAGGTTTTCCTTCTCCCGCCTCTGACTCTGCGTGCTTATTAATTTTCTTTCTCCCCTCTGTCTGCATATTAATTTACTTTCTCTGTTAGTGTAGCTTGGTT
TAGTGTAACCTGCCTATCTGCTTATAATGTTTACTTTAACCGGCCTGTTTTATATTTAGAATTAGGGTTTCTCCGTTTACTCGTTGCGGTCATCTTCTTTTCAAAGCTGGCTAGTTGGTTCGTAGCATCTTGTATATCATGAAATAATTATCTCGTATTGATTAATTAACTTATATTAATT

>TRINITY_DN45145_c1_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTAGCATTCTGGGATCATTTTTCCACAATTAGATTTGAATTAAAGGAAATCGCTAA
ATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGCATACATATATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTCCTTATTTCTTTGTTGTATGCTATGA
TTCAGATCTACAGGTCGATCGATATAGTTACATCGGAGgtaatcaactgcaactggatcggcgtttaagctgggaataagaagaattgagttctgttgggacgagggttgggttttgttctgagtagaaggttttttattattttctctgacttctgctttgctctcagaagccgtcgctagagctttcagttctgtttt
tttggccttatgtttttctctcaaaatccctataaaacttcacgcatcaatggtttaaattttttgtactttgtataagatttgaggcagaaacctttgtataaaagattttaaaggttttgtgagttgcagGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCAATTAACTAGATCACATCGCACTC
TCATTCCAGGTTTTCCTTCTCCCGCCTCTGACTCTGCGTGCTTATTAATTTTCTTTCTCCCCTCTGTCTGCATATTAATTTACTTTCTCTGTTAGTGTAGCTTGGTTTAGTGTAACCTGCCTATCTGCTTATAATGTTTACTTTAACCGGCCTGTTTTATATTTAGAATTAGGGTTTCTCCGTTTACTCGTTGCGGTCAT
CTTCTTTTCAAAGCTGGCTAGTTGGTTCGTAGCATCTTGTATATCATGAAATAATTATCTCGTATTGATTAATTAACTTATATTAATT

Intron 9 GTAATCAACT ... TGAGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.95	4	12	5
A2	100	0	4	4.5
A3	72.85	2	3	8
A4	65.16	2	6	1.5
A5	80	1	6	2
A6	87.5	1	9	5
A7	64.83	8	16	13.5
A8	68.63	5	7	15
A9	77.99	5	23	12.5
A10	67.74	5	16	5

>TRINITY_DN41342_c1_g2_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

GAATTAATTTGAGTTTCATAACGCTTTATGTTACCGTTGGATGGTAAAAGCTCTCTTGATTCAATTAATTTGTTTTTGAATTAAACCGTTATTCAATTAATTAGCTCTTCCCTTTTTGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCG
GCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTAGCATTCTGGGATCATTTTTCCACAATTAGATTTGAATTAAAGGAAATGGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGCATACATATATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAG
ACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTTCTTATTTCCAGAAGAAGAAATTGGGCAATCAAGTGCAACTGCAGCGGCTTTCTTGTGAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTCCTTATTTCTTTGTTGTATGCTATGATTCAGATCTACAGGTCGATCGATATAG
TTACATCGGAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCACATCGCACTCTCATTCCAGGTTTTCCTTCTCCCGCCTCTGACTCTGCGTGCTTATTAATTTTCTTTCTCCCCTCTGTCTGCATATTAATTTACTTTCTCTGTTAGTGTAGCTTGGTTTAGTGTAACCTGCCTATCTGCTTATAA
TGTTTACTTTAACCGGCCTGTTTTATATTTAGAATTAAGAATTGTAGTTTTCGGTTGGTTGGTTGTAGATTTAAGTTTTAGGTTTTTTTCTCACTTTTCTTAGGAGTACCGTTGATGATTTTTATATTATTAATTGATATAGGGTCTGTTATATATATTTTGTGTTAGATTTTTAAAAATTGTTTATTATTTTTATTTAA
TAGGATATTTCTATATGCTTTATAAATAAATATATGATATACCTATTATATTCATAATTTATAGTTAAGTAATTTTCTGAATGTGCATATACATTTATGACATATTTTTTTCTTTCTCGATGAACAAGTTTCTAACCTTACTATATCCTACTTTCTTTTATGGGGAGGAGTTTTTGTTCTACATTATTCTGTATATTTGA
ATGATTATTTTGTTATAAATGAATGCTTATCTCGTTATATGTTATTTCTTAGGAAGAAGTCTTTATTGACTATACTCTATTTTATCTTCTCGGGAGGAGTTTGTATTTTCCATTGAATGTACCGATATAGGAGTGGAGTGACTGCTAAAGCTGTTACATCGTTTTGAACATTGTGAAGTTGTTTTTGTTACTTAGATAGG
CTGGAAGGCTGGCTACTGATTCTATGTTTTCGTCCTTGGTTAATATCTATTCAATTCTGAAACATATTTGATGTCAGTTTTTCTCTATTTTGGGATTTTTCTGCTCTCAAGAAAATTGCGGAAGATTGTGAAGTTGTTTCTCTCAGTTAGAAATGGGAAAATGGGTAGTGAAACTATGTTTTCATGGCAGATTAAGAATC
AGAAATCTGACCCATATTTCAAGCCAATTTCATCTAGATTTTTGCAATATTTTCTGAATGTGATAATGTATTACAGAAACCGGGGTTATCTTTTATAAAGATAACACAGTCCTACTTGTTATCATGGATGATTTCTCTAAATTTGTGACTCTTAAATGTGTTTATTAAACTAGTATGTTTGGTTAAATCATGGGTTTTCT
TTCTTCTTCTTTTTTAATTGTCATCTTAAGATTTCAC

>TRINITY_DN41342_c1_g2_i11 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GAATTAATTTGAGTTTCATAACGCTTTATGTTACCGTTGGATGGTAAAAGCTCTCTTGATTCAATTAATTTGTTTTTGAATTAAACCGTTATTCAATTAATTAGCTCTTCCCTTTTTGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCG
GCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTAGCATTCTGGGATCATTTTTCCACAATTAGATTTGAATTAAAGGAAATGGCTAAATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGCATACATATATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAG
ACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTTCTTATTTCCAGAAGAAGAAATTGGGCAATCAAGTGCAACTGCAGCGGCTTTCTTGTGAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTCCTTATTTCTTTGTTGTATGCTATGATTCAGATCTACAGGTCGATCGATATAG
TTACATCGGAGgtaatcaactgcaactggatcggcgtttaagctgggaataagaagaattgagttctgttgggacgagggttgggttttgttctgagtagaaggttttttattattttctctgacttctgctttgctctcagaagccgtcgctagagctttcagttctgtttttttggccttatgtttttctctcaaaat
ccctataaaacttcacgcatcaatggtttaaattttttgtactttgtataagatttgaggcagaaaccttgtgatttgggatataaaagattttaaaggttttgtgagttgcaggtctctctataactgcaggtctcttctctgcgcctctagatcaattaactagaagccgtcgctagagctttcagttctgttttttt
ggccttatgtttttctctcaaaatccctataaaacttcacgcatcaatggtttaaattttttgtactttgtataagatttgaggcagaaaccttgtgatttgggatataaaagattttaaaggttttgtgagttgcaggtctcttctctgcgcctctagatcaattaactagaagccgtcgctagagctttcagttctgt
ttttttggccttatgtttttctctcaaaatccctataaaacttcacgcatcaatggtttaaattttttgtactttgtataagatttgaggcagaaacctttggtgatttgggatataaaagattttaaaggttttgtgagttgcagGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCAATTAACTAG
ATCACATCGCACTCCCATTCCAGGTTTTCCTTCTCCCGCCTCTGACTCTGCGTGCTTATTAATTTTCTTTCTCCCCTCTGTCTGCATATTAATTTACTTTCTCTGTTAGTGTAGCTTGGTTTAGTTCAACCTGCCTATCTGCTTATAATGTTTACTTTAACCGGCCTGTATTATATTTAGAATTAGGGTTTCTCGGTTTA
CTCGTTGAGATCATCTTCTTTTCAAAGCTGGCTAGTTGGTTCGTAGCATCTTGTATATCATGAGATAATTATCTCGTATTGATTAATTAACTTATATTAATTTGAAAACGATAGGAAAGACTTTTATGAAACCCTGCCTGTTCATGAAATAATTATCTCGTATTGATTAATTAACTTATATTAATTTGAAAACGATAGGA
AAGACTTTTATGAAACCCTGCCTGTTCATGAAATAATTATCTCGTATT

Intron 10 GTAATCAACT ... TGAGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.17	11	12	4
A2	80	1	4	0
A3	60	2	3	1
A4	75	2	6	1
A5	66.67	3	6	1
A6	76.92	3	10	0
A7	66.67	8	16	8
A8	46.67	8	7	5
A9	58.54	17	24	3
A10	70.37	8	19	2

>TRINITY_DN45145_c1_g1_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

TCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTAGCATTCTGGGATCATTTTTCCACAATTAGATTTGAATTAAAGGAAATCGCTAA
ATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGCATACATATATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTCCTTATTTCTTTGTTGTATGCTATGA
TTCAGATCTACAGGTCGATCGATATAGTTACATCGGAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCACATCGCACTCTCATTCCAGGTTTTCCTTCTCCCGCCTCTGACTCTGCGTGCTTATTAATTTTCTTTCTCCCCTCTGTCTGCATATTAATTTACTTTCTCTGTTAGTGTAGCTTGGTT
TAGTGTAACCTGCCTATCTGCTTATAATGTTTACTTTAACCGGCCTGTTTTATATTTAGAATTAGGGTTTCTCCGTTTACTCGTTGCGGTCATCTTCTTTTCAAAGCTGGCTAGTTGGTTCGTAGCATCTTGTATATCATGAAATAATTATCTCGTATTGATTAATTAACTTATATTAATT

>TRINITY_DN45145_c1_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTAGCATTCTGGGATCATTTTTCCACAATTAGATTTGAATTAAAGGAAATCGCTAA
ATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGCATACATATATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTCCTTATTTCTTTGTTGTATGCTATGA
TTCAGATCTACAGGTCGATCGATATAGTTACATCGGAGgtaatcaactgcaactggatcggcgtttaagctgggaataagaagaattgagttctgttgggacgagggttgggttttgttctgagtagaaggttttttattattttctctgacttctgctttgctctcagaagccgtcgctagagctttcagttctgtttt
tttggccttatgtttttctctcaaaatccctataaaacttcacgcatcaatggtttaaattttttgtacttcgcataagatttgaggcagaagtgcattgtgagttgcagGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCACATCGCACTCTCATTCCAGGTTTTCCTTCTCCCGCCTCTGACTCT
GCGTGCTTATTAATTTTCTTTCTCCCCTCTGTCTGCATATTAATTTACTTTCTCTGTTAGTGTAGCTTGGTTTAGTGTAACCTGCCTATCTGCTTATAATGTTTACTTTAACCGGCCTGTTTTATATTTAGAATTAAGAATTGTAGTTTTCGGTTGGTTGGTTGTAGATTTAAGTTTTAGGTTTTTTTCTCACTTTTCTT
AGGAGTACCGTTGATGATTTTTATATTATTAATTGATATAGGGTCTGTTATATATATTTTGTGTTAG

Intron 11 GTAATCAACT ... TGAGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.54	11	12	3
A2	80	1	4	4
A3	60	2	3	3
A4	66.67	2	6	2
A5	50	3	6	0
A6	70	3	10	4
A7	60	8	16	8
A8	44.83	8	7	6
A9	48.48	17	24	8
A10	58.97	8	19	4

>TRINITY_DN45145_c1_g1_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

TCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTAGCATTCTGGGATCATTTTTCCACAATTAGATTTGAATTAAAGGAAATCGCTAA
ATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGCATACATATATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTCCTTATTTCTTTGTTGTATGCTATGA
TTCAGATCTACAGGTCGATCGATATAGTTACATCGGAGGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTCTCTTCTCCGCGCCTCCAGATCACATCGCACTCTCATTCCAGGTTTTCCTTCTCCCGCCTCTGACTCTGCGTGCTTATTAATTTTCTTTCTCCCCTCTGTCTGCATATTAATTTACTTTCTCTGTTAGTGTAGCTTGGTT
TAGTGTAACCTGCCTATCTGCTTATAATGTTTACTTTAACCGGCCTGTTTTATATTTAGAATTAGGGTTTCTCCGTTTACTCGTTGCGGTCATCTTCTTTTCAAAGCTGGCTAGTTGGTTCGTAGCATCTTGTATATCATGAAATAATTATCTCGTATTGATTAATTAACTTATATTAATT

>TRINITY_DN45145_c1_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCAATTAATTCGCTCTTCCCTTTTTGCTTGATCGCCCGCTCTTCTTCGTTTCTCTGGTTCTGGTGGTCTTTCAGCGGAGAAGTGTGTTCCACATTGCGCTCTCCAGAGGTTTGCCGGCTTTCAGGAGTATCTGGGTCCATCACTTTAGCATTCTGGGATCATTTTTCCACAATTAGATTTGAATTAAAGGAAATCGCTAA
ATGGAATTCAGTTTCATTTTCATTTTCGAGTGTAGATGAGGAGATGGGCATACATATATTGCTGGTAATCAACTTCAGCTGCAGCAGCTTTCTTGGAAACATAAGAAGAAGACCAGACCAGCAACTGCATCGGCTTTCTTGTAAAGGGTTTCAGCTCTCAGATCTACAGTGATTCCTTATTTCTTTGTTGTATGCTATGA
TTCAGATCTACAGGTCGATCGATATAGTTACATCGGAGgtaatcaactgcaactggatcggcgtttaagctgggaataagaagaattgagttctgttgggacgagggttgggttttgttctgagtagaaggttttttattattttctctgacttctgctttgctctcagaagccgtcgctagagctttcagttctgtttt
tttggccttatgtttttctctcaaaatccctataaaacttcacgcatcaatggtttaaattttttgtactttgtataagatttgaggcagaaaccttgtgatttgggatataaaagattttaaaggttttgtgagttgcagGTCTCTCTATAACTGCAGGTCTTTCTTCTCCGCGCCTCCACCTTTTCCTACTTATCAAT
TAAGTAGATCACATCGCTCTCTCATTCCAGGTTAAATCCAAGGGCCAAACCTATTGCAAAAGATGACGCAGAAGCAAATTGCAACCGTGTGAGATTCTGAAGAGAACCCTG