sp|Q9LHG8|ELC_ARATH ----> Protein ELC

Intron 1 GTAGGAGTTT ... ACTAAATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.32	52.7	221.5	159
A2	79.82	43.8	200.8	146
A3	72.1	67	183.3	163
A4	80.09	43	213	133
A5	77.58	25	95	78
A6	73.44	128.1	318.3	390
A7	71.19	126.8	295.7	331
A8	68.54	76.4	151.8	181
A9	72.99	137	326.3	414
A10	69.72	144	298	365

>TRINITY_DN114640_c0_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CCCATGTCTAAATTCAAATACCATAAGATTCCCATAGATAATATTTCCTTTGATGGATTTGAAAATTTTCATTGAACTCGATTTAAATCATTGATTTATTTTACTTAAGGACATAATCTTCGAATTCTCCGATCCTTTTGGGGGCGAAGAAGAAGAGAAGCAACTCCCAAGAACCCCTTCTTCTTGCCCAGTCACAGGTC
ATCGCATCGATATTGGCTACTGTGAGGATGCCGCCCCCTGTGACAGGACAGAGCACCCATTCATCGGTTCAATTCCTGAACAACGTGCTCTCGCAGAGGGGACCTTCAGCGCTCCCCTATGATGAAGAGGTGAAATGGCTCATAAGGCAGCATCTGGTCTCTGTGATTCAGGAATACCCCAGCCTCCAGGCCAAGACTGC
AATCTTCAATCACAATGATGGGAGAACGGTGAATTTACTGCAGGCCGAGGGAACGGTGCCCATGTATTACCAGGAGGTCATGTACAATATTCCTGTCATAATCTGGCTGTTGGAGTCCTATCCAAGGCAGGCTCCCTGTGCATTTGTAACACCAACAAGGGATATGATAATAAAGAGGGGTCATCCACATGTCAATGCAT
CAGGTATGGTTTCAATTCCCTATCTGCAAACATGGGTTTTTCCTAGCTCTAATCTTGTAGACTTAGTTAGGAATTTGAGTCTGTTATTCGGCCAGGATCCTCCTTTGTATACAAAACAGAGTGCACCACAGCCTCGGCCATCGCCTTCTCGTCCTAATCATACACAGTCAATGCAAATGAACCAAATTCACGGTGCCCAC
ATAGCCTCTTCTTCGTCCCCTCTTGGTCACAATCCCAATGCTCATGGCGTCCATGTTCGACCCCAGGGGCCTCCCAGGGGCTACCTGCCGCCATCGCCACAGAGAGTCCCCAACGCAGATGACCCAGCAGAAGTTTTCAAGAGAAACGCAATCAATAAATTGGTAGAATCGCTGCACACCGACATGGTAGAGTTGAGGAA
GTCAACAGAGGTTGAGATGGATGGGCTGTTCAACACACAGGCAGAGTTGAGGCAGAGGGAAGAGCAGCTTGAAAAAGGCTTGACGGAGATGCAGGAGGAGAAAGAGGGATTAGAGCAGCAATTGCAGCTTATTCTTACCAATACTGATGTATTGGAGACATGGCTGCGGAGTAACGAGGATAAGATTAAGACCAATGTCG
ATATAGATGACGTGTTCGAACCATGTGATGCCTTGTCCAGGCAAATGCTTGAGTGCACTGCTGCAGATCTGGCAATTGAGGACATTTTGTATTCCCTGGATAAGGCTGCTCAAGAGGGTAGCATTCCGGTTGATGCGTATTTGAAGAATGTTAGAGCCCTCTCCCGGGAGCAGTTTTTCCACCGTGCAACAGCTGCAAAA
GTGAGGGCTGCACAGATGCAGTCCCAGGTCGCCAGCATGGCATCCAGAGCCTCTCCTTATGTTTCATAATTTGAAGAACTAAACCTAAGCAACATTGTGGGATATGGATGAAGACCTTGTAGCTTAGGGGTAGGTATGACAATCTACTTTTAAATTCTTCATAGCAAGTATAAATGAAAGTGAACATGCTATATAACGTT
GTAGCTTAAGGTGAATGCATGACTCAGTGCCTTTACATGTATCACATATTGTGTGAGGGGGAAGAGAGGCTGATGATGGAACAGTGGAAATGAGTGTGCAGAGAGCTTGTGGCAGAGCTAGGTAAGAAAAAAGGGCATTGCCCTGTTGTGTTTGAAGTAAGCTTTTGGAAGGGCATATTCTCCGGTGTTCTTCTTGTATG
ATTGTTGCAACTTTCGTTCTTGATTTGAGAGTAGGCTTAGTTTGAAAAACTTAAATCTATAGGTTCTATTATAACCATTGGATTGCTGACAGGTAGATAAGATTTCTTTTGTGATTGGTGTTCTATATTCTGAATTGAGGCGACTTTTCATTTTTTGAGCACCAAGTTCAGTAATTCACATCCTTTTAATAAATTGTTAA
TTTCAGTGTACTTTTAAGAAATTTGTTACCTATGTGTGTATGGGCATATTTGATTTTTCATGGTTTTTTGTCATTCCTTCTATTTGTCATTTTTATATTTTTTTCCTCTTCTCCAAATGAACAGTGAAACTATATATAGAGAGGAGAGGCACTGTTCAGTCAATTGCAAAGGAAACCATGGGAAAGGGTGAAATTGAGAA
AGTTGGCTGTTGACCAGGCTGATGCTAATGATTTTGCGGATGTTCCTTTGGCATCTAACTCCTTGAATGGACTTCCAAGTTCAGCTTCAATAAAAATACAGCTTTCATATGGATATATATTGTATGACATGGTAGAGCATGCTGTCTAGATCTGTTAAGCTGCATAATTTTTTGGTTTCATATTAATGCGAGTGATAATA
ACTAAAAGAATATAGGAATATTGCAAAAAATTAGCAGTGAATCCTGGATGGCAATCATATGTCTGGAGTTTAATTTCAGCCTTAAGCCATTGTAAGAGGTTTCTGCTCAGCATTTTGTACATACATATCTAGATGGACAATTGTAAAATGGCGTTGAAGTTTGTCCATAAAGAAAGCCTTCGAGCCAATGTGCCTTACAA
GAACTAGATCTTAATCCATATCATTTTTACTCAGTAATGGACAGTTACAAATCAGGCGATATAACATGGCATATTCATAATGAGTCATTTATTATGACTAAATCCATGGTCTATGTAGTTGTGAATAACTGAGTGAAAAGTAGAACAAACCAGTTTGGAATAAGTGATCCAAGGTTCCCCAGTCTCTATCCAAGATTCCA
ACCCAGCTCCAAAATTCACCTTAAGGCTTTTATCAATCAACAGAGCAACAAGATACT

>TRINITY_DN114640_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CCCATGTCTAAATTCAAATACCATAAGATTCCCATAGATAATATTTCCTTTGATGGATTTGAAAATTTTCATTGAACTCGATTTAAATCATTGATTTATTTTACTTAAGGACATAATCTTCGAATTCTCCGATCCTTTTGGGGGCGAAGAAGAAGAGAAGCAACTCCCAAGAACCCCTTCTTCTTGCCCAGTCACAGgta
ggagttttgacctttgttatttcgtgggtaaaacccatatttatgccagttgcagctgggaggtttgattatcacacccatcaggaaaattgtcctattgaggctgtttggtcgcattttgtgcatacttctagaggtgttttctgtgttatccggatatcattgctttgaatgctttgaggatattgatccccagatcc
caaatcgtttcttcattcatattgagcctttggatatattggatattattctctgatacttcatcaccatcactaaattagGTCATCGCATCGATATTGGCTACTGTGAGGATGCCGCCCCCTGTGACAGGACAGAGCACCCATTCATCGGTTCAATTCCTGAACAACGTGCTCTCGCAGAGGGGACCTTCAGCGCTCCC
CTATGATGAAGAGGTGAAATGGCTCATAAGGCAGCATCTGGTCTCTGTGATTCAGGAATACCCCAGCCTCCAGGCCAAGACTGCAATCTTCAATCACAATGATGGGAGAACGGTGAATTTACTGCAGGCCGAGGGAACGGTGCCCATGTATTACCAGGAGGTCATGTACAATATTCCTGTCATAATCTGGCTGTTGGAGT
CCTATCCAAGGCAGGCTCCCTGTGCATTTGTAACACCAACAAGGGATATGATAATAAAGAGGGGTCATCCACATGTCAATGCATCAGGTATGGTTTCAATTCCCTATCTGCAAACATGGGTTTTTCCTAGCTCTAATCTTGTAGACTTAGTTAGGAATTTGAGTCTGTTATTCGGCCAGGATCCTCCTTTGTATACAAAA
CAGAGTGCACCACAGCCTCGGCCATCGCCTTCTCGTCCTAATCATACACAGTCAATGCAAATGAACCAAATTCACGGTGCCCACATAGCCTCTTCTTCGTCCCCTCTTGGTCACAATCCCAATGCTCATGGCGTCCATGTTCGACCCCAGGGGCCTCCCAGGGGCTACCTGCCGCCATCGCCACAGAGAGTCCCCAACGC
AGATGACCCAGCAGAAGTTTTCAAGAGAAACGCAATCAATAAATTGGTAGAATCGCTGCACACCGACATGGTAGAGTTGAGGAAGTCAACAGAGGTTGAGATGGATGGGCTGTTCAACACACAGGCAGAGTTGAGGCAGAGGGAAGAGCAGCTTGAAAAAGGCTTGACGGAGATGCAGGAGGAGAAAGAGGGATTAGAGC
AGCAATTGCAGCTTATTCTTACCAATACTGATGTATTGGAGACATGGCTGCGGAGTAACGAGGATAAGATTAAGACCAATGTCGATATAGATGACGTGTTCGAACCATGTGATGCCTTGTCCAGGCAAATGCTTGAGTGCACTGCTGCAGATCTGGCAATTGAGGACATTTTGTATTCCCTGGATAAGGCTGCTCAAGAG
GGTAGCATTCCGGTTGATGCGTATTTGAAGAATGTTAGAGCCCTCTCCCGGGAGCAGTTTTTCCACCGTGCAACAGCTGCAAAAGTGAGGGCTGCACAGATGCAGTCCCAGGTCGCCAGCATGGCATCCAGAGCCTCTCCTTATGTTTCATAATTTGAAGAACTAAACCTAAGCAACATTGTGGGATATGGATGAAGACC
TTGTAGCTTAGGGGTAGGTATGACAATCTACTTTTAAATTCTTCATAGCAAGTATAAATGAAAGTGAACATGCTATATAACGTTGTAGCTTAAGGTGAATGCATGACTCAGTGCCTTTACATGTATCACATATTGTGTGAGGGGGAAGAGAGGCTGATGATGGAACAGTGGAAATGAGTGTGCAGAGAGCTTGTGGCAGA
GCTAGGTAAGAAAAAAGGGCATTGCCCTGTTGTGTTTGAAGTAAGCTTTTGGAAGGGCATATTCTCCGGTGTTCTTCTTGTATGATTGTTGCAACTTTCGTTCTTGATTTGAGAGTAGGCTTAGTTTGAAAAACTTAAATCTATAGGTTCTATTATAACCATTGGATTGCTGACAGGTAGATAAGATTTCTTTTGTGATT
GGTGTTCTATATTCTGAATTGAGGCGACTTTTCATTTTTTGAGCACCAAGTTCAGTAATTCACATCCTTTTAATAAATTGTTAATTTCAGTGTACTTTTAAGAAATTTGTTACCTATGTGTGTATGGGCATATTTGATTTTTCATGGTTTTTTGTCATTCCTTCTATTTGTCATTTTTATATTTTTTTCCTCTTCTCCAA
ATGAACAGTGAAACTATATATAGAGAGGAGAGGCACTGTTCAGTCAATTGCAAAGGAAACCATGGGAAAGGGTGAAATTGAGAAAGTTGGCTGTTGACCAGGCTGATGCTAATGATTTTGCGGATGTTCCTTTGGCATCTAACTCCTTGAATGGACTTCCAAGTTCAGCTTCAATAAAAATACAGCTTTCATATGGATAT
ATATTGTATGACATGGTAGAGCATGCTGTCTAGATCTGTTAAGCTGCATAATTTTTTGGTTTCATATTAATGCGAGTGATAATAACTAAAAGAATATAGGAATATTGCAAAAAATTAGCAGTGAATCCTGGATGGCAATCATATGTCTGGAGTTTAATTTCAGCCTTAAGCCATTGTAAGAGGTTTCTGCTCAGCATTTT
GTACATACATATCTAGATGGACAATTGTAAAATGGCGTTGAAGTTTGTCCATAAAGAAAGCCTTCGAGCCAATGTGCCTTACAAGAACTAGATCTTAATCCATATCATTTTTACTCAGTAATGGACAGTTACAAATCAGGCGATATAACATGGCATATTCATAATGAGTCATTTATTATGACTAAATCCATGGTCTATGT
AGTTGTGAATAACTGAGTGAAAAGTAGAACAAACCAGTTTGGAATAAGTGATCCAAGGTTCCCCAGTCTCTATCCAAGATTCCAACCCAGCTCCAAAATTCACCTTAAGGCTTTTATCAATCAACAGAGCAACAAGATACT

Intron 2 GTAAGAAAAA ... AAATGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	88.77	21	166	4
A2	84.75	30.6	170	3
A3	82.78	26	125	2
A4	84.81	15.4	86	3
A5	89.74	12	105	0
A6	84.97	406.6	2299	3
A7	86	276.8	1699.6	7
A8	83.46	483.4	2439	20
A9	84.39	299.6	1619	15
A10	86.27	166.4	1045.4	6

>TRINITY_DN39076_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

CATCGCATCGATATTGGCTACTGTGAGGATGCCGCCCCCTGTGACAGGACAGAGCACCCATTCATCGGTTCAATTCCTGAACAACGTGCTCTCGCAGAGGGGACCTTCAGCGCTCCCCTATGATGAAGAGGTGAAATGGCTCATAAGGCAGCATCTGGTCTCTGTGATTCAGGAATACCCCAGCCTCCAGGCCAAGACTG
CAATCTTCAATCACAATGATGGGAGAACGGTGAATTTACTGCAGGCCGAGGGAACGGTGCCCATGTATTACCAGGAGGTCATGTACAATATTCCTGTCATAATCTGGCTGTTGGAGTCCTATCCAAGGCAGGCTCCCTGTGCATTTGTAACACCAACAAGGGATATGATAATAAAGAGGGGTCATCCACATGTCAATGCA
TCAGGTATGGTTTCAATTCCCTATCTGCAAACATGGGTTTTTCCTAGCTCTAATCTTGTAGACTTAGTTAGGAATTTGAGTCTGTTATTCGGCCAGGATCCTCCTTTGTATACAAAACAGAGTGCACCACAGCCTCGGCCATCGCCTTCTCGTCCTAATCATACACAGTCAATGCAAATGAACCAAATTCACGGTGCCCA
CATAGCCTCTTCTTCGTCCCCTCTTGGTCACAATCCCAATGCTCATGGCGTCCATGTTCGACCCCAGGGGCCTCCCAGGGGCTACCTGCCGCCATCGCCACAGAGAGTCCCCAACGCAGATGACCCAGCAGAAGTTTTCAAGAGAAACGCAATCAATAAATTGGTAGAATCGCTGCACACCGACATGGTAGAGTTGAGGA
AGTCAACAGAGGTTGAGATGGATGGGCTGTTCAACACACAGGCAGAGTTGAGGCAGAGGGAAGAGCAGCTTGAAAAAGGCTTGACGGAGATGCAGGAGGAGAAAGAGGGATTAGAGCAGCAATTGCAGCTTATTCTTACCAATACTGATGTATTGGAGACATGGCTGCGGAGTAACGAGGATAAGATTAAGACCAATGTC
GATATAGATGACGTGTTCGAACCATGTGATGCCTTGTCCAGGCAAATGCTTGAGTGCACTGCTGCAGATCTGGCAATTGAGGACATTTTGTATTCCCTGGATAAGGCTGCTCAAGAGGGTAGCATTCCGGTTGATGCGTATTTGAAGAATGTTAGAGCCCTCTCCCGGGAGCAGTTTTTCCACCGTGCAACAGCTGCAAA
AGTGAGGGCTGCACAGATGCAGTCCCAGGTCGCCAGCATGGCATCCAGAGCCTCTCCTTATGTTTCATAATTTGAAGAACTAAACCTAAGCAACATTGTGGGATATGGATGAAGACCTTGTAGCTTAGGGGTAGGTATGACAATCTACTTTTAAATTCTTCATAGCAAGTATAAATGAAAGTGAACATGCTATATAACGT
TGTAGCTTAAGGTGAATGCATGACTCAGTGCCTTTACATGTATCACATATTGTGTGAGGGGGAAGAGAGGCTGATGATGGAACAGTGGAAATGAGTGTGCAGAGAGCTTGTGGCAGAGCTAGTGAAACTATATATAGAGAGGAGAGGCACTGTTCAGTCAATTGCAAAGGAAACCATGGGAAAGGGTGAAATTGAGAAAG
TTGGCTGTTGACCAGGCTGATGCTAATGATTTTGCGGATGTTCCTTTGGCATCTAACTCCTTGAATGGACTTCCAAGTTCAGCTTCAATAAAAATACAGCTTTCATATGGATATATATTGTATGACATGGTAGAGCATGCTGTCTAGATCTGTTAAGCTGCATAATTTTTTGGTTTCATATTAATGCGAGTGATAATAAC
TAAAAGAATATAGGAATATTGCAAAAAAATTAGCAGTGAATCCTGGATGGCAATCATATGTCTGGAGTTTAATTTCAGCCTTAAGCCATTGTAAGAGGTTTCTGCTCAGCATTTTGTACATACATATCTAGATGGACAATTGTAAAATGGCGTTGAAGTTTGTCCATAAAGAAAGCCTTCGAGCCAATGTGCCTTACAAG
AACTAGATCTTAATCCATATCATTTTTACTCAGTAATGGACAGTTACAAATCAGGCGATATAACATGGCATA

>TRINITY_DN39076_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTTTTCTTCATCCGTGTAATTCCAAGGCGGTTTGCTTTAGAGAATAGGGGTCCCATGTCTAAATTCAAATACCATAAGATTCCCATAGATAATATTTCCTTTGATGGATTTGAAAATTTTCATTGAACTCGATTTAAATCATTGATTTATTTTACTTAAGGACATAATCTTCGAATTCTCCGATCCTTTTGGGGGCGAAG
AAGAAGAGAAGCAACTCCCAAGAACCCCTTCTTCTTGCCCAGTCACAGGTCATCGCATCGATATTGGCTACTGTGAGGATGCCGCCCCCTGTGACAGGACAGAGCACCCATTCATCGGTTCAATTCCTGAACAACGTGCTCTCGCAGAGGGGACCTTCAGCGCTCCCCTATGATGAAGAGGTGAAATGGCTCATAAGGCA
GCATCTGGTCTCTGTGATTCAGGAATACCCCAGCCTCCAGGCCAAGACTGCAATCTTCAATCACAATGATGGGAGAACGGTGAATTTACTGCAGGCCGAGGGAACGGTGCCCATGTATTACCAGGAGGTCATGTACAATATTCCTGTCATAATCTGGCTGTTGGAGTCCTATCCAAGGCAGGCTCCCTGTGCATTTGTAA
CACCAACAAGGGATATGATAATAAAGAGGGGTCATCCACATGTCAATGCATCAGGTATGGTTTCAATTCCCTATCTGCAAACATGGGTTTTTCCTAGCTCTAATCTTGTAGACTTAGTTAGGAATTTGAGTCTGTTATTCGGCCAGGATCCTCCTTTGTATACAAAACAGAGTGCACCACAGCCTCGGCCATCGCCTTCT
CGTCCTAATCATACACAGTCAATGCAAATGAACCAAATTCACGGTGCCCACATAGCCTCTTCTTCGTCCCCTCTTGGTCACAATCCCAATGCTCATGGCGTCCATGTTCGACCCCAGGGGCCTCCCAGGGGCTACCTGCCGCCATCGCCACAGAGAGTCCCCAACGCAGATGACCCAGCAGAAGTTTTCAAGAGAAACGC
AATCAATAAATTGGTAGAATCGCTGCACACCGACATGGTAGAGTTGAGGAAGTCAACAGAGGTTGAGATGGATGGGCTGTTCAACACACAGGCAGAGTTGAGGCAGAGGGAAGAGCAGCTTGAAAAAGGCTTGACGGAGATGCAGGAGGAGAAAGAGGGATTAGAGCAGCAATTGCAGCTTATTCTTACCAATACTGATG
TATTGGAGACATGGCTGCGGAGTAACGAGGATAAGATTAAGACCAATGTCGATATAGATGACGTGTTCGAACCATGTGATGCCTTGTCCAGGCAAATGCTTGAGTGCACTGCTGCAGATCTGGCAATTGAGGACATTTTGTATTCCCTGGATAAGGCTGCTCAAGAGGGTAGCATTCCGGTTGATGCGTATTTGAAGAAT
GTTAGAGCCCTCTCCCGGGAGCAGTTTTTCCACCGTGCAACAGCTGCAAAAGTGAGGGCTGCACAGATGCAGTCCCAGGTCGCCAGCATGGCATCCAGAGCCTCTCCTTATGTTTCATAATTTGAAGAACTAAACCTAAGCAACATTGTGGGATATGGATGAAGACCTTGTAGCTTAGGGGTAGGTATGACAATCTACTT
TTAAATTCTTCATAGCAAGTATAAATGAAAGTGAACATGCTATATAACGTTGTAGCTTAAGGTGAATGCATGACTCAGTGCCTTTACATGTATCACATATTGTGTGAGGGGGAAGAGAGGCTGATGATGGAACAGTGGAAATGAGTGTGCAGAGAGCTTGTGGCAGAGCTAGgtaagaaaaaagggcattgccctgttgt
gtttgaagtaagcttttggaagggcatattctccggtgttcttcttgtatgattgttgcaactttcgttcttgatttgagagtaggcttagtttgaaaaacttaaatctataggttctattataaccattggattgctgacaggtagataagatttcttttgtgattggtgttctatattctgaattgaggcgacttttc
attttttgagcaccaagttcagtaattcacatccttttaataaattgttaatttcagtgtacttttaagaaatttgttacctatgtgtgtatgggcatatttgatttttcatggttttttgtcattccttctatttgtcatttttatatttttttcctcttctccaaatgaacagTGAAACTATATATAGAGAGGAGAGG
CACTGTTCAGTCAATTGCAAAGGAAACCATGGGAAAGGGTGAAATTGAGAAAGTTGGCTGTTGACCAGGCTGATGCTAATGATTTTGCGGATGTTCCTTTGGCATCTAACTCCTTGAATGGACTTCCAAGTTCAGCTTCAATAAAAATACAGCTTTCATATGGATATATATTGTATGACATGGTAGAGCATGCTGTCTAG
ATCTGTTAAGCTGCATAATTTTTTGGTTTCATATTAATGCGAGTGATAATAACTAAAAGAATATAGGAATATTGCAAAAAAATTAGCAGTGAATCCTGGATGGCAATCATATGTCTGGAGTTTAATTTCAGCCTTAAGCCATTGTAAGAGGTTTCTGCTCAGCATTTTGTACATACATATCTAGATGGACAATTGTAAAA
TGGCGTTGAAGTTTGTCCATAAAGAAAGCCTTCGAGCCAATGTGCCTTACAAGAACTAGATCTTAATCCATATCATTTTTACTCAGTAATGGACAGTTACAAATCAGGCGATATAACATGGCATA

Intron 3 GTTCAGTAAT ... AAATGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.57	21	77	4
A2	69.23	28	63	3
A3	70.63	37	89	2
A4	65.96	16	31	3
A5	73.08	7	19	0
A6	73.45	531	1469	3
A7	74.44	331	964	7
A8	72.14	685	1774	20
A9	72.99	444	1200	15
A10	72.85	186	499	6

>TRINITY_DN39076_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GTTTTCTTCATCCGTGTAATTCCAAGGCGGTTTGCTTTAGAGAATAGGGGTCCCATGTCTAAATTCAAATACCATAAGATTCCCATAGATAATATTTCCTTTGATGGATTTGAAAATTTTCATTGAACTCGATTTAAATCATTGATTTATTTTACTTAAGGACATAATCTTCGAATTCTCCGATCCTTTTGGGGGCGAAG
AAGAAGAGAAGCAACTCCCAAGAACCCCTTCTTCTTGCCCAGTCACAGGTAGGAGTTTTGACCTTTGTTATTTCGTGGGTAAAACCCATATTTATGCCAGTTGCAGCTGGGAGGTTTGATTATCACACCCATCAGGAAAATTGTCCTATTGAGGCTGTTTGGTCGCATTTTGTGCATACTTCTAGAGGTGTTTTCTGTGT
TATCCGGATATCATTGCTTTGAATGCTTTGAGGATATTGATCCCCAGATCCCAAATCGTTTCTTCATTCATATTGAGCCTTTGGATATATTGGATATTATTCTCTGATACTTCATCACCATCACTAAATTAGGTCATCGCATCGATATTGGCTACTGTGAGGATGCCGCCCCCTGTGACAGGACAGAGCACCCATTCATC
GGTTCAATTCCTGAACAACGTGCTCTCGCAGAGGGGACCTTCAGCGCTCCCCTATGATGAAGAGGTGAAATGGCTCATAAGGCAGCATCTGGTCTCTGTGATTCAGGAATACCCCAGCCTCCAGGCCAAGACTGCAATCTTCAATCACAATGATGGGAGAACGGTGAATTTACTGCAGGCCGAGGGAACGGTGCCCATGT
ATTACCAGGAGGTCATGTACAATATTCCTGTCATAATCTGGCTGTTGGAGTCCTATCCAAGGCAGGCTCCCTGTGCATTTGTAACACCAACAAGGGATATGATAATAAAGAGGGGTCATCCACATGTCAATGCATCAGGTATGGTTTCAATTCCCTATCTGCAAACATGGGTTTTTCCTAGCTCTAATCTTGTAGACTTA
GTTAGGAATTTGAGTCTGTTATTCGGCCAGGATCCTCCTTTGTATACAAAACAGAGTGCACCACAGCCTCGGCCATCGCCTTCTCGTCCTAATCATACACAGTCAATGCAAATGAACCAAATTCACGGTGCCCACATAGCCTCTTCTTCGTCCCCTCTTGGTCACAATCCCAATGCTCATGGCGTCCATGTTCGACCCCA
GGGGCCTCCCAGGGGCTACCTGCCGCCATCGCCACAGAGAGTCCCCAACGCAGATGACCCAGCAGAAGTTTTCAAGAGAAACGCAATCAATAAATTGGTAGAATCGCTGCACACCGACATGGTAGAGTTGAGGAAGTCAACAGAGGTTGAGATGGATGGGCTGTTCAACACACAGGCAGAGTTGAGGCAGAGGGAAGAGC
AGCTTGAAAAAGGCTTGACGGAGATGCAGGAGGAGAAAGAGGGATTAGAGCAGCAATTGCAGCTTATTCTTACCAATACTGATGTATTGGAGACATGGCTGCGGAGTAACGAGGATAAGATTAAGACCAATGTCGATATAGATGACGTGTTCGAACCATGTGATGCCTTGTCCAGGCAAATGCTTGAGTGCACTGCTGCA
GATCTGGCAATTGAGGACATTTTGTATTCCCTGGATAAGGCTGCTCAAGAGGGTAGCATTCCGGTTGATGCGTATTTGAAGAATGTTAGAGCCCTCTCCCGGGAGCAGTTTTTCCACCGTGCAACAGCTGCAAAAGTGAGGGCTGCACAGATGCAGTCCCAGGTCGCCAGCATGGCATCCAGAGCCTCTCCTTATGTTTC
ATAATTTGAAGAACTAAACCTAAGCAACATTGTGGGATATGGATGAAGACCTTGTAGCTTAGGGGTAGGTATGACAATCTACTTTTAAATTCTTCATAGCAAGTATAAATGAAAGTGAACATGCTATATAACGTTGTAGCTTAAGGTGAATGCATGACTCAGTGCCTTTACATGTATCACATATTGTGTGAGGGGGAAGA
GAGGCTGATGATGGAACAGTGGAAATGAGTGTGCAGAGAGCTTGTGGCAGAGCTAGGTAAGAAAAAAGGGCATTGCCCTGTTGTGTTTGAAGTAAGCTTTTGGAAGGGCATATTCTCCGGTGTTCTTCTTGTATGATTGTTGCAACTTTCGTTCTTGATTTGAGAGTAGGCTTAGTTTGAAAAACTTAAATCTATAGGTT
CTATTATAACCATTGGATTGCTGACAGGTAGATAAGATTTCTTTTGTGATTGGTGTTCTATATTCTGAATTGAGGCGACTTTTCATTTTTTGAGCACCAATGAAACTATATATAGAGAGGAGAGGCACTGTTCAGTCAATTGCAAAGGAAACCATGGGAAAGGGTGAAATTGAGAAAGTTGGCTGTTGACCAGGCTGATG
CTAATGATTTTGCGGATGTTCCTTTGGCATCTAACTCCTTGAATGGACTTCCAAGTTCAGCTTCAATAAAAATACAGCTTTCATATGGATATATATTGTATGACATGGTAGAGCATGCTGTCTAGATCTGTTAAGCTGCATAATTTTTTGGTTTCATATTAATGCGAGTGATAATAACTAAAAGAATATAGGAATATTGC
AAAAAAATTAGCAGTGAATCCTGGATGGCAATCATATGTCTGGAGTTTAATTTCAGCCTTAAGCCATTGTAAGAGGTTTCTGCTCAGCATTTTGTACATACATATCTAGATGGACAATTGTAAAATGGCGTTGAAGTTTGTCCATAAAGAAAGCCTTCGAGCCAATGTGCCTTACAAGAACTAGATCTTAATCCATATCA
TTTTTACTCAGTAATGGACAGTTACAAATCAGGCGATATAACATGGCATA

>TRINITY_DN39076_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTTTTCTTCATCCGTGTAATTCCAAGGCGGTTTGCTTTAGAGAATAGGGGTCCCATGTCTAAATTCAAATACCATAAGATTCCCATAGATAATATTTCCTTTGATGGATTTGAAAATTTTCATTGAACTCGATTTAAATCATTGATTTATTTTACTTAAGGACATAATCTTCGAATTCTCCGATCCTTTTGGGGGCGAAG
AAGAAGAGAAGCAACTCCCAAGAACCCCTTCTTCTTGCCCAGTCACAGGTCATCGCATCGATATTGGCTACTGTGAGGATGCCGCCCCCTGTGACAGGACAGAGCACCCATTCATCGGTTCAATTCCTGAACAACGTGCTCTCGCAGAGGGGACCTTCAGCGCTCCCCTATGATGAAGAGGTGAAATGGCTCATAAGGCA
GCATCTGGTCTCTGTGATTCAGGAATACCCCAGCCTCCAGGCCAAGACTGCAATCTTCAATCACAATGATGGGAGAACGGTGAATTTACTGCAGGCCGAGGGAACGGTGCCCATGTATTACCAGGAGGTCATGTACAATATTCCTGTCATAATCTGGCTGTTGGAGTCCTATCCAAGGCAGGCTCCCTGTGCATTTGTAA
CACCAACAAGGGATATGATAATAAAGAGGGGTCATCCACATGTCAATGCATCAGGTATGGTTTCAATTCCCTATCTGCAAACATGGGTTTTTCCTAGCTCTAATCTTGTAGACTTAGTTAGGAATTTGAGTCTGTTATTCGGCCAGGATCCTCCTTTGTATACAAAACAGAGTGCACCACAGCCTCGGCCATCGCCTTCT
CGTCCTAATCATACACAGTCAATGCAAATGAACCAAATTCACGGTGCCCACATAGCCTCTTCTTCGTCCCCTCTTGGTCACAATCCCAATGCTCATGGCGTCCATGTTCGACCCCAGGGGCCTCCCAGGGGCTACCTGCCGCCATCGCCACAGAGAGTCCCCAACGCAGATGACCCAGCAGAAGTTTTCAAGAGAAACGC
AATCAATAAATTGGTAGAATCGCTGCACACCGACATGGTAGAGTTGAGGAAGTCAACAGAGGTTGAGATGGATGGGCTGTTCAACACACAGGCAGAGTTGAGGCAGAGGGAAGAGCAGCTTGAAAAAGGCTTGACGGAGATGCAGGAGGAGAAAGAGGGATTAGAGCAGCAATTGCAGCTTATTCTTACCAATACTGATG
TATTGGAGACATGGCTGCGGAGTAACGAGGATAAGATTAAGACCAATGTCGATATAGATGACGTGTTCGAACCATGTGATGCCTTGTCCAGGCAAATGCTTGAGTGCACTGCTGCAGATCTGGCAATTGAGGACATTTTGTATTCCCTGGATAAGGCTGCTCAAGAGGGTAGCATTCCGGTTGATGCGTATTTGAAGAAT
GTTAGAGCCCTCTCCCGGGAGCAGTTTTTCCACCGTGCAACAGCTGCAAAAGTGAGGGCTGCACAGATGCAGTCCCAGGTCGCCAGCATGGCATCCAGAGCCTCTCCTTATGTTTCATAATTTGAAGAACTAAACCTAAGCAACATTGTGGGATATGGATGAAGACCTTGTAGCTTAGGGGTAGGTATGACAATCTACTT
TTAAATTCTTCATAGCAAGTATAAATGAAAGTGAACATGCTATATAACGTTGTAGCTTAAGGTGAATGCATGACTCAGTGCCTTTACATGTATCACATATTGTGTGAGGGGGAAGAGAGGCTGATGATGGAACAGTGGAAATGAGTGTGCAGAGAGCTTGTGGCAGAGCTAGGTAAGAAAAAAGGGCATTGCCCTGTTGT
GTTTGAAGTAAGCTTTTGGAAGGGCATATTCTCCGGTGTTCTTCTTGTATGATTGTTGCAACTTTCGTTCTTGATTTGAGAGTAGGCTTAGTTTGAAAAACTTAAATCTATAGGTTCTATTATAACCATTGGATTGCTGACAGGTAGATAAGATTTCTTTTGTGATTGGTGTTCTATATTCTGAATTGAGGCGACTTTTC
ATTTTTTGAGCACCAAgttcagtaattcacatccttttaataaattgttaatttcagtgtacttttaagaaatttgttacctatgtgtgtatgggcatatttgatttttcatggttttttgtcattccttctatttgtcatttttatatttttttcctcttctccaaatgaacagTGAAACTATATATAGAGAGGAGAGG
CACTGTTCAGTCAATTGCAAAGGAAACCATGGGAAAGGGTGAAATTGAGAAAGTTGGCTGTTGACCAGGCTGATGCTAATGATTTTGCGGATGTTCCTTTGGCATCTAACTCCTTGAATGGACTTCCAAGTTCAGCTTCAATAAAAATACAGCTTTCATATGGATATATATTGTATGACATGGTAGAGCATGCTGTCTAG
ATCTGTTAAGCTGCATAATTTTTTGGTTTCATATTAATGCGAGTGATAATAACTAAAAGAATATAGGAATATTGCAAAAAAATTAGCAGTGAATCCTGGATGGCAATCATATGTCTGGAGTTTAATTTCAGCCTTAAGCCATTGTAAGAGGTTTCTGCTCAGCATTTTGTACATACATATCTAGATGGACAATTGTAAAA
TGGCGTTGAAGTTTGTCCATAAAGAAAGCCTTCGAGCCAATGTGCCTTACAAGAACTAGATCTTAATCCATATCATTTTTACTCAGTAATGGACAGTTACAAATCAGGCGATATAACATGGCATA

Intron 4 GTATGGTTTC ... ATTCGGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.7	65	128	121
A2	64.56	56	106	98
A3	66.38	77	161	143
A4	70.96	44	93	122
A5	74.87	25	75	74
A6	64.93	222	394	428
A7	62.47	249	416	413
A8	64.71	141	256	261
A9	69.87	177	417	404
A10	63.9	196	370	324

>TRINITY_DN99379_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GAAAATTTTCATTGAACTCGATTTAAATCATTGATTTATTTTACTTAAGGACATAATCTTCGAATTCTCCGATCCTTTTGGGGGCGAAGAAGAAGAGAAGCAACTCCCAAGAACCCCTTCTTCTTGCCCAGTCACAGGTAGGAGTTTTGACCTTTGTTATTTCGTGGGTAAAACCCATATTTATGCCAGTTGCAGCTGGG
AGGTTTGATTATCACACCCATCAGGAAAATTGTCCTATTGAGGCTGTTTGGTCGCATTTTGTGCATACTTCTAGAGGTGTTTTCTGTGTTATCCGGATATCATTGCTTTGAATGCTTTGAGGATATTGATCCCCAGATCCCAAATCGTTTCTTCATTCATATTGAGCCTTTGGATATATTGGATATTATTCTCTGATACT
TCATCACCATCACTAAATTAGGTCATCGCATCGATATTGGCTACTGTGAGGATGCCGCCCCCTGTGACAGGACAGAGCACCCATTCATCGGTTCAATTCCTGAACAACGTGCTCTCGCAGAGGGGACCTTCAGCGCTCCCCTATGATGAAGAGGTGAAATGGCTCATAAGGCAGCATCTGGTCTCTGTGATTCAGGAATA
CCCCAGCCTCCAGGCCAAGACTGCAATCTTCAATCACAATGATGGGAGAACGGTGAATTTACTGCAGGCCGAGGGAACGGTGCCCATGTATTACCAGGAGGTCATGTACAATATTCCTGTCATAATCTGGCTGTTGGAGTCCTATCCAAGGCAGGCTCCCTGTGCATTTGTAACACCAACAAGGGATATGATAATAAAGA
GGGGTCATCCACATGTCAATGCATCAGGATCCTCCTTTGTATACAAAACAGAGTGCACCACAGCCTCGGCCATCGCCTTCTCGTCCTAATCATACACAGTCAATGCAAATGAACCAAATTCACGGTGCCCACATAGCCTCTTCTTCGTCCCCTCTTGGTCACAATCCCAATGCTCATGGCGTCCATGTTCGACCCCAGGG
GCCTCCCAGGGGCTACCTGCCGCCATCGCCACAGAGAGTCCCCAACGCAGATGACCCAGCAGAAGTTTTCAAGAGAAACGCAATCAATAAATTGGTAGAATCGCTGCACACCGACATGGTAGAGTTGAGGAAGTCAACAGAGGTTGAGATGGATGGGCTGTTCAACACACAGGCAGAGTTGAGGCAGAGGGAAGAGCAGC
TTGAAAAAGGCTTGACGGAGATGCAGGAGGAGAAAGAGGGATTAGAGCAGCAATTGCAGCTTATTCTTACCAATACTGATGTATTGGAGACATGGCTGCGGAGTAACGAGGATAAGATTAAGACCAATGTCGATATAGATGACGTGTTCGAACCATGTGATGCCTTGTCCAGGCAAATGCTTGAGTGCACTGCTGCAGAT
CTGGCAATTGAGGACATTTTGTATTCCCTGGATAAGGCTGCTCAAGAGGGTAGCATTCCGGTTGATGCGTATTTGAAGAATGTTAGAGCCCTCTCCCGGGAGCAGTTTTTCCACCGTGCAACAGCTGCAAAAGTGAGGGCTGCACAGATGCAGTCCCAGGTCGCCAGCATGGCATCCAGAGCCTCTCCTTATGTTTCATA
ATTTGAAGAACTAAACCTAAGCAACATTGTGGGATATGGATGAAGACCTTGTAGCTTAGGGGTAGGTATGACAATCTACTTTTAAATTCTTCATAGCAAGTATAAATGAAAGTGAACATGCTATATAACGTTGTAGCTTAAGGTGAATGCATGACTCAGTGCCTTTACATGTATCACATATTGTCTGAGGGGGAAGAGAG
GCTGATGATGGAACAGTGGAAATGAGTGTGCAGAGAGCTTGTGGCAGAGCTAGGTAAGAAAAAAGGGCATTGCCCTGTTGTGTTTGAAGTAAGCTTTTGGAAGGGCATATTCTCCGGTGTTCTTCTTGTATGATTGTTGCAACTTTCGTTCTTGATTTGAGAGTAGGCTTAGTTTGAAAAACTTAAATCTATAGGTTCTA
TTATAACCATTGGATTGCTGACAGGTAGATAAGATTTCTTTTGTGATTGGTGTTCTATATTCTGAATTGAGGCGACTTTTCATTTTTTGAGCACCAAGTTCAGTAATTCACATCCTTTTAATAAATTGTTAATTTCAGTGTACTTTTAAGAAATTTGTTACCAAAA

>TRINITY_DN99379_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAAAATTTTCATTGAACTCGATTTAAATCATTGATTTATTTTACTTAAGGACATAATCTTCGAATTCTCCGATCCTTTTGGGGGCGAAGAAGAAGAGAAGCAACTCCCAAGAACCCCTTCTTCTTGCCCAGTCACAGGTCATCGCATCGATATTGGCTACTGTGAGGATGCCGCCCCCTGTGACAGGACAGAGCACCCAT
TCATCGGTTCAATTCCTGAACAACGTGCTCTCGCAGAGGGGACCTTCAGCGCTCCCCTATGATGAAGAGGTGAAATGGCTCATAAGGCAGCATCTGGTCTCTGTGATTCAGGAATACCCCAGCCTCCAGGCCAAGACTGCAATCTTCAATCACAATGATGGGAGAACGGTGAATTTACTGCAGGCCGAGGGAACGGTGCC
CATGTATTACCAGGAGGTCATGTACAATATTCCTGTCATAATCTGGCTGTTGGAGTCCTATCCAAGGCAGGCTCCCTGTGCATTTGTAACACCAACAAGGGATATGATAATAAAGAGGGGTCATCCACATGTCAATGCATCAGgtatggtttcaattccctatctgcaaacatgggtttttcctagctctaatcttgtag
acttagttaggaatttgagtctgttattcggccagGATCCTCCTTTGTATACAAAACAGAGTGCACCACAGCCTCGGCCATCGCCTTCTCGTCCTAATCATACACAGTCAATGCAAATGAACCAAATTCACGGTGCCCACATAGCCTCTTCTTCGTCCCCTCTTGGTCACAATCCCAATGCTCATGGCGTCCATGTTCGA
CCCCAGGGGCCTCCCAGGGGCTACCTGCCGCCATCGCCACAGAGAGTCCCCAACGCAGATGACCCAGCAGAAGTTTTCAAGAGAAACGCAATCAATAAATTGGTAGAATCGCTGCACACCGACATGGTAGAGTTGAGGAAGTCAACAGAGGTTGAGATGGATGGGCTGTTCAACACACAGGCAGAGTTGAGGCAGAGGGA
AGAGCAGCTTGAAAAAGGCTTGACGGAGATGCAGGAGGAGAAAGAGGGATTAGAGCAGCAATTGCAGCTTATTCTTACCAATACTGATGTATTGGAGACATGGCTGCGGAGTAACGAGGATAAGATTAAGACCAATGTCGATATAGATGACGTGTTCGAACCATGTGATGCCTTGTCCAGGCAAATGCTTGAGTGCACTG
CTGCAGATCTGGCAATTGAGGACATTTTGTATTCCCTGGATAAGGCTGCTCAAGAGGGTAGCATTCCGGTTGATGCGTATTTGAAGAATGTTAGAGCCCTCTCCCGGGAGCAGTTTTTCCACCGTGCAACAGCTGCAAAAGTGAGGGCTGCACAGATGCAGTCCCAGGTCGCCAGCATGGCATCCAGAGCCTCTCCTTAT
GTTTCATAATTTGAAGAACTAAACCTAAGCAACATTGTGGGATATGGATGAAGACCTTGTAGCTTAGGGGTAGGTATGACAATCTACTTTTAAATTCTTCATAGCAAGTATAAATGAAAGTGAACATGCTATATAACGTTGTAGCTTAAGGTGAATGCATGACTCAGTGCCTTTACATGTATCACATATTGTCTGAGGGG
GAAGAGAGGCTGATGATGGAACAGTGGAAATGAGTGTGCAGAGAGCTTGTGGCAGAGCTAGGTAAGAAAAAAGGGCATTGCCCTGTTGTGTTTGAAGTAAGCTTTTGGAAGGGCATATTCTCCGGTGTTCTTCTTGTATGATTGTTGCAACTTTCGTTCTTGATTTGAGAGTAGGCTTAGTTTGAAAAACTTAAATCTAT
AGGTTCTATTATAACCATTGGATTGCTGACAGGTAGATAAGATTTCTTTTGTGATTGGTGTTCTATATTCTGAATTGAGGCGACTTTTCATTTTTTGAGCACCAAGTTCAGTAATTCACATCCTTTTAATAAATTGTTAATTTCAGTGTACTTTTAAGAAATTTGTTACCAAAA