NA ----> NA


Intron 1 GTAATGTTCT ... TTGAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A123.022198150
A224.711988050
A324.6325710959
A418.481504523
A521.171083523
A618.9964237
A724.8125010956
A828.75572917
A923.791496330
A1023.812569466



>TRINITY_DN44195_c0_g1_i10 from sample A8 / Example spliced isoform
TGCTGAGAGAAAGTAATACACAAAACATGCTTACATACATTGGTAATTCTATTTTCAATATTTGAATGTCTAAACTTCAGCCTTTTTGTTTTGTTTCATTCAGACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCT
GGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGG
TGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTC
CAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTCAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAAT
GCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAG
CAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATT
TGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGC
AGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTGTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCT
ATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCAC
TCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATT
GAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAG
TTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAG


>TRINITY_DN44195_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CCTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTG
GTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACGATGGGAAAGGATT
CTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACAC
AACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGA
TTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCA
TGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAACTAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTA
TTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAATTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAA
GAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGgtaatgttcttgatatacatccaa
gtgagtctgtttaaactggactcttaccataatagcatagtttcagttgttgagattagtgttagcgagtctgtttaaattgactcttgccatgatagcacactttcagttagattagtgttagtgaatctgtttaaatggaacttttaccataatagcacagaatattgttaggttacttgcaactgcaggctattcag
ttttatgcaaagataatctcatattgaagaaattggcatgatgttgaatgcagGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCT
GGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTCAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAA
TCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATG
CCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAG
TATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCACG
TCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTGTGGGCATGG
AGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATAT
TAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCG
AATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGG
ACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGAT
AGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCCGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATA
AAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGC
ATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTCATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTC



Intron 2 GTGAGCCTGA ... CATGCATCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A144.02213174161
A244.36190149154
A345.43230216167
A444.08189158140
A541.811198685
A643.06413230
A746.8410510382
A839.13736
A943.11957866
A1043.72130102100



>TRINITY_DN43547_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform
TTCCTTGCATTCACATTTTTGTATTTAGTTTATTCGTCTGCCTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGC
TGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAG
TCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACTATGGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTGCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCC
CTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGA
TTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATA
CCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAACTAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTAC
AGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAATTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGG
AGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTCAT
ATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACA
TTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGCGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTTAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGA
CTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGT
GGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGA
TGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTACACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTG
GCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTGTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCA
TTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGG
CAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTC
CTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATG
TCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTAC
ATCTCCCTTCTCGGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTC
ATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATT
GCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCCG


>TRINITY_DN43547_c0_g1_i13 from sample A6 / Example unspliced isoform:
TTCCTTGCATTCACATTTTTGTATTTAGTTTATTCGTCTGCCTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGC
TGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAG
TCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACTATGGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTGCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCC
CTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGgtgagcctgaaaaatgtatgtcagtctcatgcatcagAT
CTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACA
GATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAACTAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGG
ATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAATTGCTT
GTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTT
TGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTA
ATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGCGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTTAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCC
TCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGA
GCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGA
AGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTACACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGT
GACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTGTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCA
ATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTC
GGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCG
GGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTC
ACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGT
GGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCGGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAAT
TTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCAC
TTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCCG



Intron 3 GTAGCTTATA ... GAATGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.72173048
A223.91140044
A325.29192065
A426.98138251
A526.0985130
A622.731705
A720.93102027
A83028012
A922.0860017
A1030.94125056



>TRINITY_DN109229_c1_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoform
CTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTACTTGTTGTTGT
GAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAGGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACTAT
GGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGG
AGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAA
TGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCAT
TGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTAC
AAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGG
AAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTCATATAGGCTC
TACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGG
AAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTTAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAG
ACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTC
TGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTG
ACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTACACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAA
AAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGA
TGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATG
AACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCT
GGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATT
AAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCT
TCTCGGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCC
TGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATA
ACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTCCATCACAAATTTACTTCTGAGATAGCCTTTTATAAATTTTAATCCATATGCTTAATTAAGGTAAAAAATCGATCGCACTTTGAACGTTTCAGAACACAAATTGTAATTAAGTCCC
CGCGGATTTATCTTTTGTGTAAGCAACCCTGTTTTCTAAATTTGTTAAATTGGCATATTTATTGGGCAGGCCGAGCAAATTCATTGTCTTGTTTATTAAATTAGCATTTTATATATTAATTGGGCAGGCCAAGCAAATTTGTTGTCTGGTAAATAATTTATTTGCTGACGGG


>TRINITY_DN109229_c1_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:
ATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGgtagcttatacacttgccctaggatattgtcatctacaaatttttttcttgtgtgattttttaccagtttgcacctttaaaatcatagtcaagaacattcctaaatggttcttttatttgggaatgtgcagCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAA
CGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTT
CTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGA
GAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGG
AACAGTCAGGTGATGGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATT
GTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTTAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTA
CAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCA
TTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAAC
AGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTACACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCA
ACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTG
ATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCT
AAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAG
TGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTG
GAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGAT
TTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCGGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCT
TTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTAT
CAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTCCATCACAAATTTACTTCTGAGATAGCCTTTTATAAATTTTAATCCATATGCTTAATTAAGGTAAAAAATCGATCGCACTTTGAACGT
TTCAGAACACAAATTGTAATTAAGTCCCCGCGGATTTATCTTTTGTGTAAGCAACCCTGTTTTCTAAATTTGTTAAATTGGCATATTTATTGGGCAGGCCGAGCAAATTCATTGTCTTGTTTATTAAATTAGCATTTTATATATTAATTGGGCAGGCCAAGCAAATTTGTTGTCTGGTAAATAATTTATTTGCTGACGGG



Intron 4 GTAATGTTCT ... TTGAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A123.022198150
A224.711988050
A324.6325710959
A418.481504523
A521.171083523
A618.9964237
A724.8125010956
A828.75572917
A923.791496330
A1023.812569466



>TRINITY_DN127098_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
AATATAATAATCATTTTCCTCGCATTCACATTTTTGTATTTAGTTTATTCGTCTGCCTGCCAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGG
TTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGAT
AGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACGATGGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAA
TATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATATCTTCCTG
GATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTA
TCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGC
AAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGG
AAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCAT
GATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAA
TGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTCAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCT
CTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTATACTGGATGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTCTAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAG
CAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAA
GCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTG
ACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAA
TGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCG
GGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGCCCATGCGG
GTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCA
CTTGAAATGGGGGTTGGGGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTG
GATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCCGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATT
TGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACT
TCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTCCATCACAAATTTACTTCTGAGATAGCCTTTTATAAATTTTAATCTATATGCTTAATTAAGGTAAAAAATCG
ATCGCACTTTGAACGTTTCAGAACACAAATTGTAATTAAGTCCCCGCGGATTTATCTTTTGTGTAAGCAACCCTGTTTTCTAAATTTGTTAAATTGGCATATTTATTGGGCAGGCCGAGCAAATTCATTGTCTTGTTTATTAAATTAGCATTTTATATATTAATTGGGCAGGCCAAGCAAATTTGTTGTCTGGTAAATAA
TTTATTTGCTGCCG


>TRINITY_DN127098_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AATATAATAATCATTTTCCTCGCATTCACATTTTTGTATTTAGTTTATTCGTCTGCCTGCCAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGG
TTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGAT
AGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACGATGGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAA
TATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATATCTTCCTG
GATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTA
TCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGC
AAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGG
AAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCAT
GATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGgtaatgttcttgatatacatccaagtgagtctgtttaaactggactcttaccataatagcatagtttcagttgttgagattagtgttagcgagtctgtttaaattgactcttgccatgatagcacactttcagttagattagtgttagtgagtctgtttaaatggaact
tttaccataatagcacagaatattgttaggttacttgcaactgcaggctattcagttttatgcaaagatacatctcatattgaagaaattggcatgatgttgaatgcagGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGA
CAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAG
GGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTCAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTATACTGGATGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTCTAATGCT
AAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAG
TGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGA
ACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGT
CATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATC
TCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCC
TTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGCCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAA
ACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGGGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTT
GACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCCGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAA
GGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTC
TGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGA
TCAATTCCATCACAAATTTACTTCTGAGATAGCCTTTTATAAATTTTAATCTATATGCTTAATTAAGGTAAAAAATCGATCGCACTTTGAACGTTTCAGAACACAAATTGTAATTAAGTCCCCGCGGATTTATCTTTTGTGTAAGCAACCCTGTTTTCTAAATTTGTTAAATTGGCATATTTATTGGGCAGGCCGAGCAA
ATTCATTGTCTTGTTTATTAAATTAGCATTTTATATATTAATTGGGCAGGCCAAGCAAATTTGTTGTCTGGTAAATAATTTATTTGCTGCCG



Intron 5 GTGATGGTAA ... TTGAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A124.662239650
A228.58170.486.450
A326.0425712259
A421.571405423
A523.611104523
A620.7563267
A726.324111656
A830.38553117
A927.871327230
A1025.7926912166



>TRINITY_DN44195_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform
CCTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTG
GTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACGATGGGAAAGGATT
CTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACAC
AACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATGTATGTCAGTCTCATGCATCAGATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTA
AATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCT
GGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAACTAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGC
TTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAATTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGC
TTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTCATATA
GGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTC
TTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTCAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTC
AGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGA
AAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGA
ATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCC
TTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTGTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTA
AAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAG
TCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTG
AACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCT
GGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATC
TCCCTTCTCCGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATT
CTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCA
GTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTCATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTC


>TRINITY_DN44195_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CCTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTG
GTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACGATGGGAAAGGATT
CTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACAC
AACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGA
TTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCA
TGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAACTAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTA
TTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAATTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAA
GAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGgtgatggtaatgttcttgatatacatccaa
gtgagtctgtttaaactggactcttaccataatagcatagtttcagttgttgagattagtgttagcgagtctgtttaaattgactcttgccatgatagcacactttcagttagattagtgttagtgaatctgtttaaatggaacttttaccataatagcacagaatattgttaggttacttgcaactgcaggctattcag
ttttatgcaaagataatctcatattgaagaaattggcatgatgttgaatgcagGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCT
GGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTCAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAA
TCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATG
CCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAG
TATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCACG
TCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTGTGGGCATGG
AGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATAT
TAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCG
AATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGG
ACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGAT
AGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCCGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATA
AAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGC
ATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTCATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTC



Intron 6 GTAATTATTG ... TATTTGACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A16.32267729
A26.991931316
A39.752732138
A45.54230621
A511.481081216
A66.124624
A75.52154315
A82.274302
A95.49112013
A109.341651024



>TRINITY_DN118061_c0_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform
CGACAAGACAGTTCTAATTTTTCCACGCAATATTTTATTTATCACAATAATAATATAATAATCATTTTCCTCGCATTCACATTTTTGTATTTAGTTTATTCGTCTGCCTGCCAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCT
CCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTT
GAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACTATGGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAA
AAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCT
TTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGAT
TTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCC
TTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGC
TTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAG
GGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTAATGTTCTTGATATACATCCAAGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAA
TCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGCGG
GGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTTAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGGAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTATACTGGATGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTCTAATGCTAAA
TCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGA
TGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACA
ATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCAT
GTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCA
CAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTT
CCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACT
GATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGGGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATCTAGCATTCTAAAGTTTGAC
ATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCGGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGC
TTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGT
TGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTCAGATCA
ATGCCATCACAAATTTACTTCT


>TRINITY_DN118061_c0_g2_i10 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GTGAAAATCCTGCCAATATTTCTTGTTCGATTTTATTTTTCTGTGAGAAATGAATGTATGAATAGGTAATGTATGGCAAATGTGCCAAAATTGCTTAACTGCATGTGTTTTGTTCCGCAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATA
TGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGgtaattattggatcatgtttgtttgttttcatgatcacttaatacactgaagcccttttgatgctaattgatgtatttatttgacagGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTC
TTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAGTTCAGATTGGTATTTGGTTTGCAGATTTTCTTCTACCATGAACTCAATAACAATCACTGTTGTGTTGGACTTCACT
TTTTGAAGACTTGTATCTATTTAAGTCAAAGAAATCTTGGCACAGATATTAATGCTACCTACTGGGCAGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCA
GAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGT



Intron 7 GTATGTCAGT ... CATGCATCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A143.35215168161
A243.63188137154
A344.69216182167
A444182146140
A540.551187685
A641.43412830
A744.84105.89082
A836836
A942.7387.86566
A1041.3813692100



>TRINITY_DN127098_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
AATATAATAATCATTTTCCTCGCATTCACATTTTTGTATTTAGTTTATTCGTCTGCCTGCCAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGG
TTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGAT
AGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACGATGGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAA
TATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATATCTTCCTG
GATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTA
TCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGC
AAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGG
AAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCAT
GATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAA
TGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTCAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCT
CTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTATACTGGATGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTCTAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAG
CAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAA
GCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTG
ACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAA
TGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCG
GGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGCCCATGCGG
GTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCA
CTTGAAATGGGGGTTGGGGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTG
GATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCCGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATT
TGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACT
TCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTCCATCACAAATTTACTTCTGAGATAGCCTTTTATAAATTTTAATCTATATGCTTAATTAAGGTAAAAAATCG
ATCGCACTTTGAACGTTTCAGAACACAAATTGTAATTAAGTCCCCGCGGATTTATCTTTTGTGTAAGCAACCCTGTTTTCTAAATTTGTTAAATTGGCATATTTATTGGGCAGGCCGAGCAAATTCATTGTCTTGTTTATTAAATTAGCATTTTATATATTAATTGGGCAGGCCAAGCAAATTTGTTGTCTGGTAAATAA
TTTATTTGCTGCCG


>TRINITY_DN127098_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AATATAATAATCATTTTCCTCGCATTCACATTTTTGTATTTAGTTTATTCGTCTGCCTGCCAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGG
TTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGAT
AGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACGATGGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAA
TATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATgtatgtcag
tctcatgcatcagATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGT
GGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGC
TATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGC
TGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCC
TTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCT
GGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTCAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAA
TCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTATACTGGATGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTCTAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATG
CCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAG
TATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCACG
TCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGG
AGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATAT
TAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCG
AATTCTGATGCGGCCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGG
ACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGGGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGAT
AGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCCGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATA
AAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGC
ATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTCCATCACAAATTTACTTCTGAGATAGCCTTTTATAAATTTTAATCTATAT
GCTTAATTAAGGTAAAAAATCGATCGCACTTTGAACGTTTCAGAACACAAATTGTAATTAAGTCCCCGCGGATTTATCTTTTGTGTAAGCAACCCTGTTTTCTAAATTTGTTAAATTGGCATATTTATTGGGCAGGCCGAGCAAATTCATTGTCTTGTTTATTAAATTAGCATTTTATATATTAATTGGGCAGGCCAAGC
AAATTTGTTGTCTGGTAAATAATTTATTTGCTGCCG



Intron 8 GTAAGTTCAG ... TACTGGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A110.8819531.321
A29.8718127.517.1
A39.5166.225.112.9
A410.5717730.814.5
A59.3410518.85.6
A67.84304.21.4
A710.9583.114.88.9
A810.93346.12.9
A99.958310.89.5
A1010.3411318.810.5



>TRINITY_DN118061_c0_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform
CGACAAGACAGTTCTAATTTTTCCACGCAATATTTTATTTATCACAATAATAATATAATAATCATTTTCCTCGCATTCACATTTTTGTATTTAGTTTATTCGTCTGCCTGCCAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCT
CCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTT
GAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACTATGGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAA
AAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCT
TTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGAT
TTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCC
TTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGC
TTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAG
GGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTAATGTTCTTGATATACATCCAAGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAA
TCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGCGG
GGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTTAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGGAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTATACTGGATGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTCTAATGCTAAA
TCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGA
TGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACA
ATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCAT
GTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCA
CAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTT
CCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACT
GATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGGGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATCTAGCATTCTAAAGTTTGAC
ATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCGGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGC
TTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGT
TGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTCAGATCA
ATGCCATCACAAATTTACTTCT


>TRINITY_DN118061_c0_g2_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:
CGACAAGACAGTTCTAATTTTTCCACGCAATATTTTATTTATCACAATAATAATATAATAATCATTTTCCTCGCATTCACATTTTTGTATTTAGTTTATTCGTCTGCCTGCCAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCT
CCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTACTTGTTGTTGTGAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGA
ACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACTATGGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAA
CAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGG
CTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATGTATGTCAGTCTCATGCATCAGATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTT
TGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTG
GGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGT
TTCTTGGTTGAGCTGAAACTGgtaagttcagattggtatttggtttgcagattttcttctaccatgaactcaataacaatcactgttgtgttggacttcactttttgaagacttgtatctatttaagtcaaagaaatcttggcacagatattaatgctacctactgggcagGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGC
AGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTG
CTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGT



Intron 9 GTGAGTCTGT ... TTGAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.341292050
A229.171194850
A326.21383959
A421.93892723
A525.83561623
A621.3535127
A729.971255156
A835.2123817
A926.83903630
A1027.731293366



>TRINITY_DN127098_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
AATATAATAATCATTTTCCTCGCATTCACATTTTTGTATTTAGTTTATTCGTCTGCCTGCCAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGG
TTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGAT
AGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACGATGGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAA
TATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATATCTTCCTG
GATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTA
TCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGC
AAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGG
AAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCAT
GATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTAATGTTCTTGATATACATCCAAGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGG
CTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTCAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACA
AATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTATACTGGATGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTCTAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACA
TGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGG
AGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCA
CGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCAT
GGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGAT
ATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATT
CGAATTCTGATGCGGCCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGT
GGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGGGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAG
ATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCCGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTA
TAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGA
GCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTCCATCACAAATTTACTTCTGAGATAGCCTTTTATAAATTTTAATCTAT
ATGCTTAATTAAGGTAAAAAATCGATCGCACTTTGAACGTTTCAGAACACAAATTGTAATTAAGTCCCCGCGGATTTATCTTTTGTGTAAGCAACCCTGTTTTCTAAATTTGTTAAATTGGCATATTTATTGGGCAGGCCGAGCAAATTCATTGTCTTGTTTATTAAATTAGCATTTTATATATTAATTGGGCAGGCCAA
GCAAATTTGTTGTCTGGTAAATAATTTATTTGCTGCCG


>TRINITY_DN127098_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AATATAATAATCATTTTCCTCGCATTCACATTTTTGTATTTAGTTTATTCGTCTGCCTGCCAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGG
TTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGAT
AGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACGATGGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAA
TATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATATCTTCCTG
GATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTA
TCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGC
AAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGG
AAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCAT
GATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTAATGTTCTTGATATACATCCAAgtgagtctgtttaaactggactcttaccataatagcatagtttcagttgttgagattagtgttagcgagtctgtttaaattgactcttgccatgatagcacactttcagttagattagtgttagtgagtctgtttaaatggaact
tttaccataatagcacagaatattgttaggttacttgcaactgcaggctattcagttttatgcaaagatacatctcatattgaagaaattggcatgatgttgaatgcagGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGA
CAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAG
GGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTCAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTATACTGGATGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTCTAATGCT
AAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAG
TGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGA
ACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGT
CATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATC
TCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCC
TTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGCCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAA
ACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGGGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTT
GACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCCGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAA
GGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTC
TGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGA
TCAATTCCATCACAAATTTACTTCTGAGATAGCCTTTTATAAATTTTAATCTATATGCTTAATTAAGGTAAAAAATCGATCGCACTTTGAACGTTTCAGAACACAAATTGTAATTAAGTCCCCGCGGATTTATCTTTTGTGTAAGCAACCCTGTTTTCTAAATTTGTTAAATTGGCATATTTATTGGGCAGGCCGAGCAA
ATTCATTGTCTTGTTTATTAAATTAGCATTTTATATATTAATTGGGCAGGCCAAGCAAATTTGTTGTCTGGTAAATAATTTATTTGCTGCCG



Intron 10 GTGAGTCTGT ... TTGAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.341292050
A229.171194850
A326.21383959
A421.93892723
A525.83561623
A621.3535127
A729.971255156
A835.2123817
A926.83903630
A1027.731293366



>TRINITY_DN109229_c1_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform
CTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGG
TCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAGGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACTATGGGAAAGGATTC
TCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACA
ACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATGTATGTCAGTCTCATGCATCAGATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAA
ATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTG
GATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCT
TCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCT
TCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTA
ATGTTCTTGATATACATCCAAGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGAT
TTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTTAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAA
CAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCT
TGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATA
GTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTACACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATC
TCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTG
CAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGAT
TGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACA
TTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGG
GGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCT
ATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCGGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGT
TAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGT
ATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTCCATCACAAATTTACTTCTGAGATAGCCTTTTATAAATTTTAATCCATATGCTTAATTAAGGTAAAAAATCGATCGCACTTT
GAACGTTTCAGAACACAAATTGTAATTAAGTCCCCGCGGATTTATCTTTTGTGTAAGCAACCCTGTTTTCTAAATTTGTTAAATTGGCATATTTATTGGGCAGGCCGAGCAAATTCATTGTCTTGTTTATTAAATTAGCATTTTATATATTAATTGGGCAGGCCAAGCAAATTTGTTGTCTGGTAAATAATTTATTTGCT
GACGGG


>TRINITY_DN109229_c1_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGG
TCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAGGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACTATGGGAAAGGATTC
TCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACA
ACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATGTATGTCAGTCTCATGCATCAGATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAA
ATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTG
GATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCT
TCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCT
TCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTA
ATGTTCTTGATATACATCCAAgtgagtctgtttaaactggactcttaccatgatagcatagttcagttgttgagattagtgttagcgagtctgtttaaattgactcttgccatgatagcacactttcagttagattagtgttagtgaatctgtttaaatggaacttttaccataatagcacagaatattgttaggttact
tgcaactgcaggctattcagttttatgcaaagataatctcatattgaagaaattggcatgatgttgaatgcagGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGA
TCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTTAGGACAGA
GATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCA
AGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCAT
TAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATG
CTTGTGCTAAAGCCTACACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAAC
AGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGG
AGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTC
AAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGC
ATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAAC
AGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCGGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAG
ATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCA
TTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTCCATCACAAATTTACTTCTGAGATAGCCTT
TTATAAATTTTAATCCATATGCTTAATTAAGGTAAAAAATCGATCGCACTTTGAACGTTTCAGAACACAAATTGTAATTAAGTCCCCGCGGATTTATCTTTTGTGTAAGCAACCCTGTTTTCTAAATTTGTTAAATTGGCATATTTATTGGGCAGGCCGAGCAAATTCATTGTCTTGTTTATTAAATTAGCATTTTATAT
ATTAATTGGGCAGGCCAAGCAAATTTGTTGTCTGGTAAATAATTTATTTGCTGACGGG



Intron 11 GTGAGTCTGT ... TTGAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.341292050
A229.171194850
A326.21383959
A421.93892723
A525.83561623
A621.3535127
A729.971255156
A835.2123817
A926.83903630
A1027.731293366



>TRINITY_DN44195_c0_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoform
CCTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTG
GTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACGATGGGAAAGGATT
CTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACAC
AACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGA
TTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCA
TGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAACTAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTA
TTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAATTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAA
GAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTAATGTTCTTGATATACATCCAA


GTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCAT
TCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTCAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAG
AAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAAT
CAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACAT
TGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGA
ACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTGTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATT
GCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGAT
CGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGT
ATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAA
GAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGTTGGCTCAAGTGACAGGGACGAAGCATGCAGGCAGGATTTCATTGCTTGAATATGGTTGTATTTGTGTGCC
AGAGTATGATTATGGTTTTATGTGGATTCGTGGTAATGACTATATGATATCTACAGGACTAACTGTTTAAGGCCGTGTTTGAAGAGTCAAGGCGTTTAGCTGCTTGCCGGCAACAGGTCAGCTTGAAGTCACTACAAGATAGGAGCGGCCTTATTAGAATGATAGAAATGAGTTCACTTGAAAGTCTTCGCTCTTGCTTG
AGGTTGTGAAATCCATAACTGGTACTGTGATTTCGTTGAAGATTCAGTGTTCAGTTGGTTATGTTTTTAATTATTATCTTGCATTATTTAATGTGAACGGATATCAGTGTTTGCAGTCCAATATGATTTTTGTCCATGTGATTTGTGCTCTGGAACTCCTTTTGCTATTCTACAGGTGGTTTAATTTTTCAGCAGCAAGC
TGTAAGAAGGGAAAGACAATCAGTTTAGGCTAACCAGTAAAGTATTTAATGAAAAATATGTTCTTGTTTCCTTGGGCTTTTTATGATTCGTGGGTTTCCTCAAACCTTGGTTTCTGAGAAGACCCCTGTTTCCCAATTAGTGTACTACAGTATCACAATTGCAAGTTGAATATGTGATACCCTTCTTTCCAAGGCAGCTG
GTGAATCTTAAAGATTATATCTTTCCCTGGGTTTAGTTTGTAATTGGGTGGGACTGATTTGAGTGGTTATAATTTGTATCTCAGTAGCTTGTGGAATTTAGTGCCCGCGTTAAGTTTGAGTGCTTGATATATTTTTGCTACTGTTTGCAGTAAC


>TRINITY_DN44195_c0_g1_i11 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CCTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTG
GTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACGATGGGAAAGGATT
CTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACAC
AACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGA
TTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCA
TGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAACTAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTA
TTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAATTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAA
GAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTAATGTTCTTGATATACATCCAA


gtgagtctgtttaaactggactcttaccataatagcatagtttcagttgttgagattagtgttagcgagtctgtttaaattgactcttgccatgatagcacactttcagttagattagtgttagtgaatctgtttaaatggaacttttaccataatagcacagaatattgttaggttacttgcaactgcaggctattcag
ttttatgcaaagataatctcatattgaagaaattggcatgatgttgaatgcagGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCT
GGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTCAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAA
TCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATG
CCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAG
TATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTTCACG
TCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTGTGGGCATGG
AGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATAT
TAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCG
AATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGG
ACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGTTGGCTCAAGTGACAGGG
ACGAAGCATGCAGGCAGGATTTCATTGCTTGAATATGGTTGTATTTGTGTGCCAGAGTATGATTATGGTTTTATGTGGATTCGTGGTAATGACTATATGATATCTACAGGACTAACTGTTTAAGGCCGTGTTTGAAGAGTCAAGGCGTTTAGCTGCTTGCCGGCAACAGGTCAGCTTGAAGTCACTACAAGATAGGAGCG
GCCTTATTAGAATGATAGAAATGAGTTCACTTGAAAGTCTTCGCTCTTGCTTGAGGTTGTGAAATCCATAACTGGTACTGTGATTTCGTTGAAGATTCAGTGTTCAGTTGGTTATGTTTTTAATTATTATCTTGCATTATTTAATGTGAACGGATATCAGTGTTTGCAGTCCAATATGATTTTTGTCCATGTGATTTGTG
CTCTGGAACTCCTTTTGCTATTCTACAGGTGGTTTAATTTTTCAGCAGCAAGCTGTAAGAAGGGAAAGACAATCAGTTTAGGCTAACCAGTAAAGTATTTAATGAAAAATATGTTCTTGTTTCCTTGGGCTTTTTATGATTCGTGGGTTTCCTCAAACCTTGGTTTCTGAGAAGACCCCTGTTTCCCAATTAGTGTACTA
CAGTATCACAATTGCAAGTTGAATATGTGATACCCTTCTTTCCAAGGCAGCTGGTGAATCTTAAAGATTATATCTTTCCCTGGGTTTAGTTTGTAATTGGGTGGGACTGATTTGAGTGGTTATAATTTGTATCTCAGTAGCTTGTGGAATTTAGTGCCCGCGTTAAGTTTGAGTGCTTGATATATTTTTGCTACTGTTTG
CAGTAAC



Intron 12 GTAATGTTCT ... TTGAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A123.022198150
A224.711988050
A324.6325710959
A418.481504523
A521.171083523
A618.9964237
A724.8125010956
A828.75572917
A923.791496330
A1023.812569466



>TRINITY_DN109229_c1_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoform
CTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTACTTGTTGTTGT
GAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAGGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACTAT
GGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGG
AGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAA
TGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCAT
TGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTAC
AAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGG
AAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTCATATAGGCTC
TACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGG
AAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTTAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAG
ACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTC
TGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTG
ACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTACACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAA
AAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGA
TGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATG
AACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCT
GGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATT
AAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCT
TCTCGGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCC
TGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATA
ACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTCCATCACAAATTTACTTCTGAGATAGCCTTTTATAAATTTTAATCCATATGCTTAATTAAGGTAAAAAATCGATCGCACTTTGAACGTTTCAGAACACAAATTGTAATTAAGTCCC
CGCGGATTTATCTTTTGTGTAAGCAACCCTGTTTTCTAAATTTGTTAAATTGGCATATTTATTGGGCAGGCCGAGCAAATTCATTGTCTTGTTTATTAAATTAGCATTTTATATATTAATTGGGCAGGCCAAGCAAATTTGTTGTCTGGTAAATAATTTATTTGCTGACGGG


>TRINITY_DN109229_c1_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTTTGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGG
TCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAGGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGATAAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACTATGGGAAAGGATTC
TCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGTTCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACA
ACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAATGTATGTCAGTCTCATGCATCAGATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAA
ATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAACAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTG
GATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCT
TCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCT
TCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGgta
atgttcttgatatacatccaagtgagtctgtttaaactggactcttaccatgatagcatagttcagttgttgagattagtgttagcgagtctgtttaaattgactcttgccatgatagcacactttcagttagattagtgttagtgaatctgtttaaatggaacttttaccataatagcacagaatattgttaggttact
tgcaactgcaggctattcagttttatgcaaagataatctcatattgaagaaattggcatgatgttgaatgcagGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTAGA
TCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTTAGGACAGA
GATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCA
AGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCAT
TAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATG
CTTGTGCTAAAGCCTACACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAAC
AGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGG
AGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTC
AAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGC
ATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAAC
AGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCGGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAG
ATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCA
TTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAATTTTATTAGTTTGATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTCCATCACAAATTTACTTCTGAGATAGCCTT
TTATAAATTTTAATCCATATGCTTAATTAAGGTAAAAAATCGATCGCACTTTGAACGTTTCAGAACACAAATTGTAATTAAGTCCCCGCGGATTTATCTTTTGTGTAAGCAACCCTGTTTTCTAAATTTGTTAAATTGGCATATTTATTGGGCAGGCCGAGCAAATTCATTGTCTTGTTTATTAAATTAGCATTTTATAT
ATTAATTGGGCAGGCCAAGCAAATTTGTTGTCTGGTAAATAATTTATTTGCTGACGGG



Intron 13 GTAATACACA ... TTTCATTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.842041.557
A224.89178059
A319.491911.546.2
A421.87164.30.546
A522.35780.522.5
A633.3332016
A723.49142.30.743.7
A819.57370.59
A931.36120.41.555
A1028.571550.562



>TRINITY_DN111803_c1_g2_i5 from sample A5 / Example spliced isoform
TTTATTTTTCTGTGAGAAATGAATGTATGAATAGGTAATGTATGGCAAATGTGCCAAAATTGCTTAACTGCATGTGTTTGTTCCGCAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGG
TGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACTGGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTG
GTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGCTTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGA
TTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGT


>TRINITY_DN111803_c1_g2_i4 from sample A5 / Example unspliced isoform:
GAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAgtaatacacaaaacatgcttacatacattggtaattctattttcaatatttgaatgtctaaacttcagcctttttgttttgtttcattcagACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGT
CTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTCTTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTGATGGTAATGTTCTTGATATACATCCAAGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCG
TCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTTGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAA
ATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTTAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGAAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACG
GAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGAT
GAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAG
TTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTACACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAA
AATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCC
TCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATC
TAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGGCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAA
ATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGGGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCGGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGA
CAGAAATCTGAAGAGAAAAATGTAGCAGTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCGGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGC
ATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTAT
ATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAGTGACCATGTTCAGTCTGATAAT
TTTATTAGTTTCATTACAATATGGCAATGGAGCTTAGATCAATTCCATCACAAATTTACTTCTGAGATAGCCTTTTGTAAATTTTAATCTATATGTTTAATTAAGGTAAAAAAATCGATCGCACTTTGAACGTTTCAGAACACAAATTGTAATTAAGTGCCCGTGGATTTATCTTTTGTGTAAGCAACCCTGTTTTCTAA
ATTTGTTAAATTGGCATATTTATTGGGCAGGCCGAGCAAATTCATTGTCTTGTTTATTAATTAGCATTTTATATATTAATTGGGCAGGCCAAGCAAATTTGTTGTCTGGTAAATAATTTATTTGCTGACGGGTGTATTAAACATGATAAGTGGCCTTTATTGTAGCATAGAACGATCTTCCAGTTATTTCAAAGTATGAT
GATTACACATTGAGGAA



Intron 14 GTGATGGTAA ... TTGAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A124.662239650
A228.571708650
A326.0425712259
A421.571405423
A523.611104523
A620.7563267
A726.324111656
A830.38553117
A927.871327230
A1025.7926912166



>TRINITY_DN116734_c1_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform
CACAATAATAATATAATAATCATTTTCCTTGCATTCACATTTTTGTATTTAGTTTATTCGTCTGCCTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTT
TGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGAT
AAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACTATGGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGT
TCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAAT
ATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAA
CAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACT
GGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGC
TTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTC
TTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTTAGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTTGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTT
TAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAGTCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTTAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCT
CCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGGAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACGTACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTA
GAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCAAATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTT
GAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGCTGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTACACGTCTCATCCTAGTTCAATAG
GTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTGGATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTT
CAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGATGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAAT
TCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAGCAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGCCCATG
CGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGTTCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAG
TCACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATCTAGCATTCTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATT
GTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCGGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCATTAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGA
ATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATATCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATC
ACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAG


>TRINITY_DN116734_c1_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:
CACAATAATAATATAATAATCATTTTCCTTGCATTCACATTTTTGTATTTAGTTTATTCGTCTGCCTGCAAGTGACCTTCATAACTAAGCAAAACCCAGCCCGATTGCGAAGGAATTTTTTGTACGGGATCAAACCCCTGACCTCGTAACGAATTTCTCCTGTGATCGCCGCCGATAGAGTTCAGAGGCTCTGGTGAGTT
TGCGAAGGGTTTTGAAGTGAAAGCTGCGGGCGGGACGACTAATCATTGCAGGTGAATAGGTGTGGTCTGGAGAAGCAGAAGAAACTGAGATTAAAATATTTCAATCCTTATCATTTATCATGCGGCCATTTGGAAAACTAGCAGGAACAAGTCTGTTTGAACCATCATCAAATACTGAGATGAAGTCCAGGGATCAAGAT
AAATCAGATAGAAAAGGACAGGAGTCTTTTGACAAGCTTATTAGGCAAACTATGGGAAAGGATTCTCTTTTGTCATTTTCACGGTCTGGGGAAAATTCTGTGCACCTGATTAATTTGCTGAATGCCTTGGATCAACATAGTGGGAACAAGCTTTCAAAAAGCTCAACGGTTGAACTTGGAATGGATCCAACTGATTGTGT
TCAAGAGAATATAGGCGGTGGCCCCTTTTTAACAGAGTTGAGTGGTGTAAAGGAGTCAATACACAACAATGTGAAGGAAACAGGATCTGTTGGAAAGGGACTGCAGAATAGTACAGAGCAGATGCCTTCTCTCAAGTTTCCTGAGGCTGTAGTTGCCTTTGCCCAGGCTGCTGCAAAGGTCAACGGTGAGCCTGAAAAAT
ATCTTCCTGGATGGCCCTTGTTATCTAAAGTGCAGATGATTAAATGTGAGAAATGCTCACGGGATTTCTGTTCTCATCTTAACCATCGGAGGCACATTCGAGTACATCGCCGTCTTTTAAATTTTGAAAAGGAGGACTTACTAAAAAAGAGGGCAGATTTGGCTGAATTTTGGGACAAGCTTTCTGTGGATGATGCCAAA
CAGATTGTATCGCTTAAGAACACAACGCTGGAGGAAATACCTGGATCCTCCATTGTTAAATCCATGTCAGCTTTTATTCGAAAACCTGCACTTCCTTCTTTGCCACAGTTATATGTCAAAGCTGGGACTGCTCTTCTGGATGTGGTGCAAAATAAGCCTTCTAAATTTCCACTACCAGCAGCAGAGCTATTTACCATACT
GGATGATGCAAGTGAGAAAACATTTCTTTGTGCAGGTACAGCTTCATCTGTACAAAAATTTGTATTTGGTGCAGAAACAAGAAAGCTGATTCTTGAATTCCGGAACCTGGTTGCTTCCATGGGTTTCTTGGTTGAGCTGAAACTGGTAAATGCCTGGCTTGTTGACAAGGATGCAGAGGCCCTTCGCTGTCAAAAGTTGC
TTGTTGAGGAAGAGGAAGCTGCTGAGAGAAAACGGGCGGAGCTTCTTGAAAGGAAACGTCTTAAGAAATTAAGGCAGAAAGAGTTGAAAGAAAAAGGACAGGCAGTAAATGTGGAGTCTGTTGATTCTGGGGTGAGTTCTACGGATTTTGGTGACGAGGGATCTCTTACAGCTGCTGAATCGAGTCCTTCCAGTTCGTTC
TTTGAGCATGATCTGAATAATCAGGAACAGTCAGgtgatggtaatgttcttgatatacatccaagtgagtctgtttaaactggactcttaccatgatagcatagtttcagttgttgagattagtgttagcgagtctgtttaaattgactcttgccatgatagcacactttcagttagattagtgttagtgagtctgttta
aatggaacttttaccataatagcacagaatattgttaggttacttgcaactgcaggctattcagttttatgcaaagatacatctcatattgaagaaattggcatgatgttgaatgcagGTCATATAGGCTCTACTGATAACGATTTGGAATCCAGGGCTTCTCAAAGTTCGTCAGCAGGAGTTCCAGTGCATTTCGAGTT
AGATGGTGACAATCACCAAGAAGTTCAGCACAAAACTTATGTTGATCGTAAATTTGTGAGGGGCTGGAGAGAGCGAAAGAGTTTTAATGAGACAGATTTGATTGTGTCTGATAATCATTCACATTCTTTGGAAAGGAAAAACCAACAGAGCACTTTGAAGAGAACCAGGAAATCCTATAATGGTCCAACGGCTCGGCAAG
TCTCTCCAGGGGGGGTCACAATTCCAAACTCAGTGTTAGGACAGAGATTTTGTTATAATGACAAATCCATGGTTCGGCGACCCTCCTCTTCTGGGAACAGCTACAGAATTTGGACAAGGAAGACTCAGCAGACATCAAAGGCAAACTCTGAGAAAGTTATTACACTGGACGGAATACCAAAAGACATTGCTGATGCTACG
TACAATGCTAAATCAGTTGATCATGTTCAGTCTTCACCTGATGCAAGGCACAATGGGCCAACATGCCAGGTGACTCTCAATGTAGAGCAAAAAGGCTTGGGCATTCCTACTGTTGAATCAAGTGGAAAGTCTGATCTACATGATGATGCAAGGGTTCTTGGTGCATGTGATGAGAGTGGTACTGGCTATCTAGCAGATCA
AATCAGCAGTGATGAACTGTTAATAGGATCAATGTCTGTATGCATTAATAATTTTCCAAATGGAGTATCAAAGCCAAGGCGGTTGAAGCATGTTATAGTTAACAGTGAACACAAACATTGGGATGAATTTGACTATAGTACAGATGGAAAAATGTGTAATTCGAGTAGCAGTTCTTTTGGAAGTTCCAAGGAATGGCCGC
TGGATTTGAACAATGGAGCCTTACCTCTAAGATCATCTGGTAATGCTTGTGCTAAAGCCTACACGTCTCATCCTAGTTCAATAGGTGACAGTGAATCTCCTCAACATCCAGATGGAGAACCTGGCCTTGAAAAGCCCACCAGGCAGAGTGGGGCCAGTAAGGCTGGGATAAAATTCTGGCGACCAGTTAATCAAGTAGTG
GATTGCAGTCATGTAGAGGGCTTTGGTACAGATGGTACCATGAACAGTAATAACTCTGGGCATGGAGAAGTAGAATTTAATGTTCAATGCAGGGTTGCAATTGATACTGTTGCTGATTGCCCATTAAAGGATGGTACAAATACTTTTGAGAACTTGAGCCATCCTGGTCCCTCTCTGAAGGGGGGGGTTTCCTATACTGA
TGCTCTATCTCACAAAGTTTCTGGTAGTTATTGCAGTGGAAAAGGAGAAACTGTCGACAGGATATTAATTAATGAAAGTGGAATTCGGGTTTTAGATTGTTCTAAAGAAGCACATGATCGTGGCAGTCATGAACAGATTGAAGTAGTTGAAACTATAGATCAGCGAGAATCTAAATTTGGGTCAACCTTTGATGCAGCAG
CAGCACTCCTTTCCCAAAGATGGGAAAATGCAACTGCTTGCAGTCAAGGAGAGGTTGTATATTCGAATTCTGATGCGGCCCATGCGGGTGAGACACATTATAGTGGTGTTTCTTTTGTATCTCCTGAACCTGGGAGGTATGTTACTGGAACAATTTTGGAAACCGATTCAAATTTGCAATCCAGAGATGTAGGTGGCAGT
TCAATTGAAACTGATCAGGGTAGACAAAAGCCTTTTGATGGTGGCATTGGAACTGTGCCAAGTGGACAAGTTACACGGACAAAGTCACTTGAAATGGGGGTTGGAGCTGCTTCTAGAAGAATGTCTGGATTAAAGCCAGAAAAGGGCCATCTCAGGTACATGCCAAGGAGACAGAAATCTGAAGAGAAAAATCTAGCATT
CTAAAGTTTGACATACTTTTTGTAGTGCCCAAGGTCTCAGGTAACAGGTATGTGCAGGCAGAGATAGCTTTCCCTTGGTTTATTGTGGATGAATTCTATGGATTTCATACTCAAATTGTCTACATCTCCCTTCTCGGAATACTGAAGACCTTGTACTGGAATTGTGTACGCATGAATTTCTATGACTATCTTTTCTTCAT
TAGCTCAAAGGCTTATTTGCCTGTGAAAGTTGTATTGGATGTTAGATGCTGCAACGGCTTGTATAAAGTGGAAAGTGAAAGAGAATTTGATGTTTGTTAACCTTTGACATGACTCAATTAGTCATTCTTCCTGGGCCATTGTATTTTTGCATAATTTTTGTTGTTGATTATATGCCAAGTATAAACATCAGCGAGAGATA
TCCCTGTTCTGTTGACTTTCTTAGATTTATTTTTAGCTGTACGCATTTGCTGCACTAATCAGAGCATATTCTTAAATTCTTATCACTTCGATTATGTATGTATCAGGCGACTCTTGATTGATTGCAGTATAACTTCATTACAATTACAG