sp|O81221|ACT_GOSHI ----> Actin

Intron 1 GTCAAAAGGA ... GCTATATAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.31	45.3	17	39.3
A2	33.33	72.7	29	43.7
A3	29.69	99	42	41.7
A4	35.58	54	26	33.7
A5	31.02	43	27	11.7
A6	29.8	123.7	46	59
A7	28.27	245.7	94	99.7
A8	36.19	91.7	42	62
A9	31.29	210	95	96.3
A10	29.19	237.3	96	99.7

>TRINITY_DN43639_c0_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

ATATGCTTCGTGCAACTGTCATAAATGGTTTAAGGACATGGCTCTCATCACGAGTTCCCGGCACCTTGTTGGCGCAATCATGTCCCATTCCCATACCCAATAGTCAATTCCCAACGAGGCGGACAGTACCGAGGTGGGGCGTAGATTCCAGACGAGCATCCAACGCAAATCTAATGGAAGGCGCTTTCTCCAAAAACATG
GCAATGCTGGACACCGAGGAATGTTTGATATGGCATGAACCCAGGTTTGGTTATGTATATATGCCTCAACATTCTTCTCCACCCTATATTGCAAGCTAGCCAAAGGAGAAGGAGAAGGTTATAGCAGGCGAACCAGGACCAGAGCTTCAACCTAAGTGAGCAAAAAAATGGCTGATACAGAGGAAATTCAACCACTTGTC
TGCGACAATGGATCGGGAATGGTTAAGGCTGGATTTGCAGGAGATGATGCTCCTAGGGCAGTGTATCCCAGTATTGTGGGTCGACCACGCCATACTGGAGTCATGGTTGGGATGGGACAGAAAGATGCTTATGTAGGGGACGAGGCTCAATCGAAGAGAGGTATCCTTACTTTAAAGTACCCAATTGAGCATGGGATTGT
GACCAACTGGGATGACATGGAAAAGATCTGGCATCACACATTCTATAATGAACTTCGAGTGGCTCCAGAGGAACACCCTGTACTACTTACTGAAGCACCCTTGAATCCCAAGGCAAACAGGGAAAAGATGACTCAGATTATGTTTGAAACCTTCAATGTGCCAGCCATGTATGTTGCCATTCAGGCTGTTCTATCCCTAT
ATGCAAGTGGGCGTACAACTGGTATTGTTCTCGACTCAGGAGATGGTGTTACACACACTGTGCCAATTTATGAAGGATATGCCCTTCCACATGCTATCCTTAGGTTAGATCTTGCTGGGAGAGATCTGACAGATGCTTTGATGA

>TRINITY_DN43639_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATATGCTTCGTGCAACTGTCATAAATGGTTTAAGGACATGGCTCTCATCACGAGTTCCCGGCACCTTGTTGGCGCAATCATGTCCCATTCCCATACCCAATAGTCAATTCCCAACGAGGCGGACAGTACCGAGGTGGGGCGTAGATTCCAGACGAGCATCCAACGCAAATCTAATGGAAGGCGCTTTCTCCAAAAACATG
GCAATGCTGGACACCGAGGAATGTTTGATATGGCATGAACCCAGgtcaaaaggaggaaaagcttccccatatctggccccctttcttctttttccaaataaaatattagcaaatccattttccaagcctcaacccaccttgtttccctgtttatttatttaattttcagttacagtgtaatttggcttgattttactcca
ctcaacgattcaaccaatttgaatcatttttgctatataagGTTTGGTTATGTATATATGCCTCAACATTCTTCTCCACCCTATATTGCAAGCTAGCCAAAGGAGAAGGAGAAGGTTATAGCAGGCGAACCAGGACCAGAGCTTCAACCTAAGTGAGCAAAAAAATGGCTGATACAGAGGAAATTCAACCACTTGTCTGC
GACAATGGATCGGGAATGGTTAAGGCTGGATTTGCAGGAGATGATGCTCCTAGGGCAGTGTATCCCAGTATTGTGGGTCGACCACGCCATACTGGAGTCATGGTTGGGATGGGACAGAAAGATGCTTATGTAGGGGACGAGGCTCAATCGAAGAGAGGTATCCTTACTTTAAAGTACCCAATTGAGCATGGGATTGTGAC
CAACTGGGATGACATGGAAAAGATCTGGCATCACACATTCTATAATGAACTTCGAGTGGCTCCAGAGGAACACCCTGTACTACTTACTGAAGCACCCTTGAATCCCAAGGCAAACAGGGAAAAGATGACTCAGATTATGTTTGAAACCTTCAATGTGCCAGCCATGTATGTTGCCATTCAGGCTGTTCTATCCCTATATG
CAAGTGGGCGTACAACTGGTATTGTTCTCGACTCAGGAGATGGTGTTACACACACTGTGCCAATTTATGAAGGATATGCCCTTCCACATGCTATCCTTAGGTTAGATCTTGCTGGGAGAGATCTGACAGATGCTTTGATGA

Intron 2 GTGAGTCTTC ... TTCTGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.97	2823.5	5	795
A2	24.34	2464	4	793
A3	23.12	2663	0	801
A4	22.59	2589.5	3	756
A5	24.76	1325	11	436
A6	25.26	5278	4	1784
A7	24.52	6474	4	2103
A8	24.96	3399.5	1	1131
A9	24.62	6112	1	1996
A10	24.09	5732	0	1819

>TRINITY_DN118083_c0_g3_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTAATATTAATTAAATATTAATTTTGGCGTAATTCGGTTTGAATTTATGTGATCCGGCATGAGTGGTGCGCAACCATATTCTCTCTCACAACCCAAAGCCTTTGTATAACCACTCGAGCTGCGGTGAGTGTTGGGAGAGTCTCTGGCGTTGCTGCTGCTGCTGCCCTTCTAGGAGAAGAAGGATCGGACGAGCAGGATC
GATACGTGAATCTCTCTGCAATCGTCTTTACTCAAGTTTGGTTTTGTTTCTGCAGTTATCTAGAAGATGGCTGACGCTGAGGACATTCAACCCCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTTAAGGCTGGATTTGCAGGGGACGATGCACCTAGAGCAGTGTTCCCCAGTATTGTTGGTCGTCCCCGACACACTGGAGT
TATGGTTGGCATGGGCCAGAAAGATGCCTATGTGGGTGATGAGGCTCAGTCGAAAAGAGGTATCCTTACATTGAAATATCCCATCGAGCATGGTATTGTTAGCAACTGGGATGACATGGAGAAGATTTGGCATCACACATTCTACAATGAGCTTCGAGTTGCTCCAGAAGAGCATCCTGTACTTCTTACTGAAGCTCCTC
TGAATCCCAAGGCAAACAGAGAGAAGATGACTCAGATCATGTTTGAAACATTTAATGTGCCTGCTATGTATGTTGCCATTCAGGCTGTTCTGTCTTTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGGTATTGTGCTAGATTCTGGGGATGGTGTTAGTCACACAGTGCCAATTTATGAAGGATATGCCCTGCCTCATGCTATACTT
AGGTTGGATCTTGCGGGGCGAGATTTGACAGATGCATTAATGAAGATCTTGACCGAGAGAGGGTATTCATTCACCACCACGGCAGAGCGGGAAATTGTCCGTGATGTGAAGGAGAAGCTTGCATATGTGGCACTTGATTATGAGCAGGAGCTCGAGACAGCTAAAAGCAGTTCTTCAATTGACAAAAGTTATGAGCTCCC
TGATGGACAGGTGATCACCATTGGTGCTGAACGTTTTAGATGCCCTGAGGTGTTGTTCCAGCCTTCTCTAATTGGGATGGAAGCTGCTGGTATCCATGAGACAACCTACAACTCCATCATGAAGTGCGACGTGGATATTAGGAAGGATCTATATGGAAACATTGTACTTAGTGGTGGGTCTACTATGTTTCCTGGTATTG
CTGACCGTATGAGCAAGGAAATCACTGCACTGGCTCCCAGCAGCATGAAAATCAAGGTGGTTGCACCTCCAGAGAGGAAGTACAGTGTCTGGATTGGAGGTTCTATTTTGGCATCTCTCAGCACATTCCAACAGATGTGGATTGCAAAGGCTGAGTATGATGAATCTGGCCCTTCCATTGTCCACAGAAAATGTTTTTAA
GTTCGGTGCATGCTACTTTAGTGCTTTGTGAAGAAAATTGTGTTCTAGAGATTGTTTGCTTGAGATGGTGGCAATAGTGCTAAGGTCGAGATTCAGGTTATTTTTTATGCAAGGGTTTTAGAGAATATATCTGTGTAATTAGATGCTCTGAAGCATAGTTTTGTGGCTATGTGCCACAGTTATTTGTGTTTGTATTGCTA
GACGTGACCAGAAACCTATCTGTTGCTCATTTTTTGATTTGAACCCTGTAATGTTATGCAAGAAGTAAATGTTGAACATTCTATTGAATGAATGTTAGGATGAATCTTGAAACTTTTGAGGCTAGCTAGTATTCATGTTATAATACCAATGGATATTCTCTCTAATGTATTTTTCCACTGCTTAATTGTTTCTATATTGA
GTTGCAGTTTTGTTACTTTAAAAATGTATATCGAGTCCTTGTATCATTTAGTGAACTATTTTTCAGAAGGAATTGATATTTGAAAAATGTTTTTTTGTTTAACTGGAAGAAATAATTCCTTCCACCCGACCCCAACAGAGGTTGTTGGGAATGGATCATTATGACTTAGTGGAAATTATTTAAAGATGTGTACTAATTAA
TTTAATCTTTGCAAAAGGTGTTTCTTTTGGCAATACATGCAGTAATTCAGTGCTGAATATCCGTTTGGACTCTTCCACGTGGGACATGCCTACTGATTTCTTTTCACATGGAATTGAAGCTCTCAAATAGGATATACATTGAATTTTTACATTTTCAATAGATAGCAGTTATGGCA

>TRINITY_DN118083_c0_g3_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGCAGCAATGAGTAGTGGTATGTTTGTACAAAACTATCTTCTTTTTTATTATCTCTATGTTGTAGTTCGGGATCCTTCTATTCCCAGGTAGGATAAGTATGAAACCAGATCTCAGTCACTAGTGGTTTATTTATAATAGTTAGATTTGGCAATAAATTATAATCAACCAGATTGAATTATTTGAGGTCTCCTTTGACCTC
CATCTCTATTCCCAGGTCCAGTGAGGCCTAGATTTAAACTAGGCATAATAATGTTATTGATTATTTGTGATCTGTTCCAAAGATGAGTAAATATATAACCTCTACCGTCTTATATGCTTCCCGCCATAATCACACAATACATCATTGGTCGCACTGGTGGCCTAACAAATACAGGCCCCTAAGGGACAAAAGTCAACAGT
GGTTGCTGTTTGATGACCGTTCTTAACTAGCAATGGTACAGCTGTTACTGCCACATATATATAGAACGACAGTGTTGGTCTATGATTAGCAAACATTGGCTTTCAGTTTTGGGTAGATCGCCACTAACACTTTCTTTCATGGCTGGTTGTCTCAACAATTGCTTGCATGGTTTCTATGTAAAATAGATCCTACACGCGTA
AGTACTTTACCATTTCAAATGTCTTGTTCCTATGCTTCTTGATGTAGACAGTTTACATTGCTAGCCAACAGATCTTCTACATTGACAAATGTGTCTTGACTCTAGTTAATCACAAGTACGACATGCCTCTAAAACTCTTGTATTCTATACAGTATCGTGTCCTGATCTATTATATGATTTACTTTAATAAGTGAATTTTG
TACAGTCACTTTTTTACTTTTTTGGTTTTGTGCCCTCTCACATATTTCACATTTGTGGATGACATCCTAACCCATGGGCATTTGATCTGGACACCTGTTAGCATAGCCAAATGTCAGATAACATTGGCAACAACTGCTTGAGCTAACCCCTTGGGTTAAATTTTGTTTTAGCTAACTTTGGGTGTGATTATAGTTTTTCG
TCTTGAAATTGTTGGCCATTTAATTTCGTTTTCCTAGCAGCATTTATGATATCATCTGGATACCTGTGACGACCTCACATATCGGCATTGATTATCATTCTAGTAGGTTGTAGGTGGTCCTATGGTTATCCAGCAGTCAAGATTTTAGTCTGTCGATGGATCGTTTTCTCCCTTGTTATAGTTGCATTTTATACATTTAA
CTGTTGTCCTGTCATTTGAAGGGATCTTCCTGTTACTTATCGTTATGTGCTTAGATTGGTTCAGTTTGGTTTTGTTTCTGCAGTTATCTAGAAGATGGCTGACGCTGAGGACATTCAACCCCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTTAAGgtgagtcttcaaatctcaatttctagtctgtttgtgcttggatgta
ttctcttgtcgatgcagtcttgactagagttgacagataatattgcgcatatatattgcctttataagagcttcagtttgataaaggtcatttggcactgtttgttcctgaggtgatttaaacctgtgccttgattctgtacagGCTGGATTTGCAGGGGACGATGCACCTAGAGCAGTGTTCCCCAGTATTGTTGGTCG
TCCCCGACACACTGGAGTTATGGTTGGCATGGGCCAGAAAGATGCCTATGTGGGTGATGAGGCTCAGTCGAAAAGAGGTATCCTTACATTGAAATATCCCATCGAGCATGGTATTGTTAGCAACTGGGATGACATGGAGAAGATTTGGCATCACACATTCTACAATGAGCTTCGAGTTGCTCCAGAAGAGCATCCTGTAC
TTCTTACTGAAGCTCCTCTGAATCCCAAGGCAAACAGAGAGAAGATGACTCAGATCATGTTTGAAACATTTAATGTGCCTGCTATGTATGTTGCCATTCAGGCTGTTCTGTCTTTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGGTATTGTGCTAGATTCTGGGGATGGTGTTAGTCACACAGTGCCAATTTATGAAGGATATGCC
CTGCCTCATGCTATACTTAGGTTGGATCTTGCGGGGCGAGATTTGACAGATGCATTAATGAAGATCTTGACCGAGAGAGGGTATTCATTCACCACCACGGCAGAGCGGGAAATTGTCCGTGATGTGAAGGAGAAGCTTGCATATGTGGCACTTGATTATGAGCAGGAGCTCGAGACAGCTAAAAGCAGTTCTTCAATTGA
CAAAAGTTATGAGCTCCCTGATGGACAGGTGATCACCATTGGTGCTGAACGTTTTAGATGCCCTGAGGTGTTGTTCCAGCCTTCTCTAATTGGGATGGAAGCTGCTGGTATCCATGAGACAACCTACAACTCCATCATGAAGTGCGACGTGGATATTAGGAAGGATCTATATGGAAACATTGTACTTAGTGGTGGGTCTA
CTATGTTTCCTGGTATTGCTGACCGTATGAGCAAGGAAATCACTGCACTGGCTCCCAGCAGCATGAAAATCAAGGTGGTTGCACCTCCAGAGAGGAAGTACAGTGTCTGGATTGGAGGTTCTATTTTGGCATCTCTCAGCACATTCCAACAGATGTGGATTGCAAAGGCTGAGTATGATGAATCTGGCCCTTCCATTGTC
CACAGAAAATGTTTTTAAGTTCGGTGCATGCTACTTTAGTGCTTTGTGAAGAAAATTGTGTTCTAGAGATTGTTTGCTTGAGATGGTGGCAATAGTGCTAAGGTCGAGATTCAGGTTATTTTTTATGCAAGGGTTTTAGAGAATATATCTGTGTAATTAGATGCTCTGAAGCATAGTTTTGTGGCTATGTGCCACAGTTA
TTTGTGTTTGTATTGCTAGACGTGACCAGAAACCTATCTGTTGCTCATTTTTTGATTTGAACCCTGTAATGTTATGCAAGAAGTAAATGTTGAACATTCTATTGAATGAATGTTAGGATGAATCTTGAAACTTTTGAGGCTAGCTAGTATTCATGTTATAATACCAATGGATATTCTCTCTAATGTATTTTTCCACTGCT
TAATTGTTTCTATATTGAGTTGCAGTTTTGTTACTTTAAAAATGTATATCGAGTCCTTGTATCATTTAGTGAACTATTTTTCAGAAGGAATTGATATTTGAAAAATGTTTTTTTGTTTAACTGGAAGAAATAATTCCTTCCACCCGACCCCAACAGAGGTTGTTGGGAATGGATCATTATGACTTAGTGGAAATTATTTA
AAGATGTGTACTAATTAATTTAATCTTTGCAAAAGGTGTTTCTTTTGGCAATACATGCAGTAATTCAGTGCTGAATATCCGTTTGGACTCTTCCACGTGGGACATGCCTACTGATTTCTTTTCACATGGAATTGAAGCTCTCAAATAGGATATACATTGAATTTTTACATTTTCAATAGATAGCAGTTATGGCA

Intron 3 GTGAGTATGC ... TATGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.51	2509	560	815
A2	21.61	2028	453	665
A3	21.33	2278	505	730
A4	22.1	1902	468	611
A5	21.63	1201	311	352
A6	21.7	7008	1474	2411
A7	21.52	7801	1786	2492
A8	21.99	4917	1082	1690
A9	21.54	7125	1671	2240
A10	21.97	6086	1425	2002

>TRINITY_DN103900_c0_g6_i3 from sample A5 / Example spliced isoform

AGTTATCTAGAAGATGGCTGACGCTGAGGACATTCAACCCCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTTAAGGTGAGTCTTCAAATCTCAATTTCTAGTCTGTTTGTGCTTGGATGTATTCTCTTGTCGATGCAGTCTTGACTAGAGTTGACAGATAATATTGCGCATATATATTGCCTTTATAAGAGCTTCAGTTTGA
TAAAGGTCATTTGGCACTGTTTGTTCCTGAGGTGATTTAAACCTGTGCCTTGATTCTGTACAGGCTGGATTTGCAGGGGACGATGCACCTAGAGCAGTGTTCCCCAGTATTGTTGGTCGTCCCCGACACACTGGAGTTATGGTTGGCATGGGCCAGAAAGATGCCTATGTGGGTGATGAGGCTCAGTCGAAAAGAGGTAT
CCTTACATTGAAATATCCCATCGAGCATGGTATTGTTAGCAACTGGGATGACATGGAGAAGATTTGGCATCACACATTCTACAATGAGCTTCGAGTTGCTCCAGAAGAGCATCCTGTACTTCTTACTGAAGCTCCTCTGAATCCCAAGGCAAACAGAGAGAAGATGACTCAGATCATGTTTGAAACATTTAATGTGCCTG
CTATGTATGTTGCCATTCAGGCTGTTCTGTCTTTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGGTATTGTGCTAGATTCTGGGGATGGTGTTAGTCACACAGTGCCAATTTATGAAGGATATGCCCTGCCTCATGCTATACTTAGGTTGGATCTTGCGGGGCGAGATTTGACAGATGCATTAATGAAGATCTTGACCGAGAGAGGG
TATTCATTCACCACCACGGCAGAGCGGGAAATTGTCCGTGATGTGAAGGAGAAGCTTGCATATGTGGCACTTGATTATGAGCAGGAGCTCGAGACAGCTAAAAGCAGTTCTTCAATTGACAAAAGTTATGAGCTCCCTGATGGACAGGTGATCACCATTGGTGCTGAACGTTTTAGATGCCCTGAGGTGTTGTTCCAGCC
TTCTCTAATTGGGATGGAAGCTGCTGGTATCCATGAGACAACCTACAACTCCATCATGAAGTGCGACGTGGATATTAGGAAGGATCTATATGGAAACATTGTACTTAGTGGTGGGTCTACTATGTTTCCTGGTATTGCTGACCGTATGAGCAAGGAAATCACTGCACTGGCTCCCAGCAGCATGAAAATCAAGGTGGTTG
CACCTCCAGAGAGGAAGTACAGTGTCTGGATTGGAGGTTCTATTTTGGCATCTCTCAGCACATTCCAACAGATGTGGATTGCAAAGGCTGAGTATGATGAATCTGGCCCTTCCATTGTCCACAGAAAATGTTTTTAAGTTCGGTGCATGCTACTTTAGTGCTTTGTGAAGAAAATTGTGTTCTAGAGATTGTTTGCTTGA
GATGGTGGCAATAGTGCTAAGGTCGAGATTCAGGTTATTTTTTATGCAAGGGTTTTAGAGAATATATCTGTGTAATTAGATGCTCTGAAGCATAGTTTTGTGGCTATGTGCCACAGTTATTTGTGTTTGTATTGCTAGACGTGACCAGAAACCTATCTGTTGCTCATTTTTTGATTTGAACCCTGTAATGTTATGCAAGA
AGTAAATGTTGAACATTCTATTGAATGAATGTTAGGATGAATCTTGAAACTTTTGAGGCTAGCTAGTATTCATGTTATAATACCAATGGATATTCTCTCTAATGTATTTTTCCACTGCTTAATTGTTTCTATATTGAGTTGCAGTTTTGTTACTTTAAAAATGTATATCGAGTCCTTGTATCATTTAGTGAACTATTTTT
CAGAAGGAATTGATATTTGAAAAATTTTTTTTTGTTTAACTGGAAGAAATAATTCCTTCCACCCGACCCCAACAGAGGTTGTTGGGAATGGATCATTATGACTTAGTGGAAATTATTTAAAGATGTGTACTAATTAATTTAATCTTTGCAAAAGGTGTTTCTTTTGGCAATACATGCAGTAATTCAGTGCTGAATATCCG
TTTGGACTCTTCCACGTGGGACATGCCTACTGATTTCTTTTCACATGGAATTGAAGCTCTCAAATAGGATATACATTGAATTTTTACATTTTCAATAGATAGCAGTTATGGCTTATGGTATGTATGTGATTGTAAAACTTTCCTTT

>TRINITY_DN103900_c0_g6_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AGGCTGGATTTGCAGGGGACGATGCACCTAGAGCAGTGTTCCCCAGTATTGTTGGTCGTCCCCGACACACTGGAGTTATGGTTGGCATGGGCCAGAAAGATGCCTATGTGGGTGATGAGGCTCAGTCGAAAAGAGGTATCCTTACATTGAAATATCCCATCGAGCATGGTATTGTTAGCAACTGGGATGACATGGAGAAG
ATTTGGCATCACACATTCTACAATGAGCTTCGAGTTGCTCCAGAAGAGCATCCTGTACTTCTTACTGAAGCTCCTCTGAATCCCAAGGCAAACAGAGAGAAGATGACTCAGATCATGTTTGAAACATTTAATGTGCCTGCTATGTATGTTGCCATTCAGGCTGTTCTGTCTTTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtga
gtatgcgattgctttgattgatgaaaacttcaagccttcttgtttgtaaacatggcaaggattgctaaaggtctatattgactgtttatctatgtttcagGTATTGTGCTAGATTCTGGGGATGGTGTTAGTCACACAGTGCCAATTTATGAAGGATATGCCCTGCCTCATGCTATACTTAGGTTGGATCTTGCGGGGCG
AGATTTGACAGATGCATTAATGAAGATCTTGACCGAGAGAGGGTATTCATTCACCACCACGGCAGAGCGGGAAATTGTCCGTGATGTGAAGGAGAAGCTTGCATATGTGGCACTTGATTATGAGCAGGAGCTCGAGACAGCTAAAAGCAGTTCTTCAATTGACAAAAGTTATGAGCTCCCTGATGGACAGGTGATCACCA
TTGGTGCTGAACGTTTTAGATGCCCTGAGGTGTTGTTCCAGCCTTCTCTAATTGGGATGGAAGCTGCTGGTATCCATGAGACAACCTACAACTCCATCATGAAGTGCGACGTGGATATTAGGAAGGATCTATATGGAAACATTGTACTTAGTGGTGGGTCTACTATGTTTCCTGGTATTGCTGACCGTATGAGCAAGGAA
ATCACTGCACTGGCTCCCAGCAGCATGAAAATCAAGGTGGTTGCACCTCCAGAGAGGAAGTACAGTGTCTGGATTGGAGGTTCTATTTTGGCATCTCTCAGCACATTCCAACAGATGTGGATTGCAAAGGCTGAGTATGATGAATCTGGCCCTTCCATTGTCCACAGAAAATGTTTTTAAGTTCGGTGCATGCTACTTTA
GTGCTTTGTGAAGAAAATTGTGTTCTAGAGATTGTTTGCTTGAGATGGTGGCAATAGTGCTAAGGTCGAGATTCAGGTTATTTTTTATGCAAGGGTTTTAGAGAATATATCTGTGTAATTAGATGCTCTGAAGCATAGTTTTGTGGCTATGTGCCACAGTTATTTGTGTTTGTATTGCTAGACGTGACCAGAAACCTATC
TGTTGCTCATTTTTTGATTTGAACCCTGTAATGTTATGCAAGAAGTAAATGTTGAACATTCTATTGAATGAATGTTAGGATGAATCTTGAAACTTTTGAGGCTAGCTAGTATTCATGTTATAATACCAATGGATATTCTCTCTAATGTATTTTTCCACTGCTTAATTGTTTCTATATTGAGTTGCAGTTTTGTTACTTTA
AAAATGTATATCGAGTCCTTGTATCATTTAGTGAACTATTTTTCAGAAGGAATTGATATTTGAAAAATTTTTTTTTGTTTAACTGGAAGAAATAATTCCTTCCACCCGACCCCAACAGAGGTTGTTGGGAATGGATCATTATGACTTAGTGGAAATTATTTAAAGATGTGTACTAATTAATTTAATCTTTGCAAAAGGTG
TTTCTTTTGGCAATACATGCAGTAATTCAGTGCTGAATATCCGTTTGGACTCTTCCACGTGGGACATGCCTACTGATTTCTTTTCACATGGAATTGAAGCTCTCAAATAGGATATACATTGAATTTTTACATTTTCAATAGATAGCAGTTATGGCTTATGGTATGTATGTGATTGTAAAACTTTCCTTT

Intron 4 GTATAACTTA ... CTGATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.89	1960	194	386
A2	13.16	1880	194	376
A3	12.97	2096	185	440
A4	12.65	1543	149	298
A5	12.08	961	86	178
A6	13.69	13878	1432	2969
A7	13.3	13393	1430	2679
A8	13.82	14873	1627	3143
A9	13.43	12862	1380	2611
A10	11.57	9680	812	1721

>TRINITY_DN46568_c0_g7_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GTCGTACAACTGGTATTGTGCTAGATTCTGGGGATGGTGTTAGTCACACAGTGCCAATTTATGAAGGATATGCCCTGCCTCATGCTATACTTAGGTTGGATCTTGCGGGGCGAGATTTGACAGATGCATTAATGAAGATCTTGACCGAGAGAGGGTATTCATTCACCACCACGGCAGAGCGGGAAATTGTCCGTGATGTG
AAGGAGAAGCTTGCATATGTGGCACTTGATTATGAGCAGGAGCTCGAGACAGCTAAAAGCAGTTCTTCAATTGACAAAAGTTATGAGCTCCCTGATGGACAGGTGATCACCATTGGTGCTGAACGTTTTAGATGCCCTGAGGTGTTGTTCCAGCCTTCTCTAATTGGGATGGAAGCTGCTGGTATCCATGAGACAACCTA
CAACTCCATCATGAAGTGCGACGTGGATATTAGGAAGGATCTATATGGAAACATTGTACTTAGTGGTGGGTCTACTATGTTTCCTGGTATTGCTGACCGTATGAGCAAGGAAATCACTGCACTGGCTCCCAGCAGCATGAAAATCAAGGTGGTTGCACCTCCAGAGAGGAAGTACAGTGTCTGGATTGGAGGTTCTATTT
TGGCATCTCTCAGCACATTCCAACAGATGTGGATTGCAAAGGCTGAGTATGATGAATCTGGCCCTTCCATTGTCCACAGAAAATGTTTTTAAGTTCGGTGCATGCTACTTTAGTGCTTTGTGAAGAAAATTGTGTTCTAGAGATTGTTTGCTTGAGATGGTGGCAATAGTGCTAAGGTCGAGATTCAGGTTATTTTTTAT
GCAAGGGTTTTAGAGAATATATCTGTGTAATTAGATGCTCTGAAGCATAGTTTTGTGGCTATGTGCCACAGTTATTTGTGTTTGTATTGCTAGACGTGACCAGAAACCTATCTGTTGCTCATTTTTTGATTTGAACCCTGTAATGTTATGCAAGAAGTAAATGTTGAACATTCTATTGAATGAATGTTAGGATGAATCTT
GAAACTTTTGAGGCTAGCTAGTATTCATGTTATAATACCAATGGATATTCTCTCTAATGTATTTTTCCACTGCTTAATTGTTTCTATATTGAGTTGCAGTTTTGTTACTTTAAAAATGTATATCGAGTCCTTGTATCATTTAGTGAACTATTTTTCAGAAGGAATTGATATTTGAAAAATGTTTTTTTGTTTAACTGGAA
GAAATAATTCCTTCCACCCGACCCCAACAGAGGTTGTTGGGAATGGATCATTATGACTTAGTGGAAATTATTTAAAGATGTGTACTAATTAATTTAATCTTTGCAAAAGGTGTTTCTTTTGGCAATACATGCAGTAATTCAGTGCTGAATATCCGTTTGGACTCTTCCACGTGGGACATGCCTG

>TRINITY_DN46568_c0_g7_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTCGTACAACTGGTATTGTGCTAGATTCTGGGGATGGTGTTAGTCACACAGTGCCAATTTATGAAGGATATGCCCTGCCTCATGCTATACTTAGGTTGGATCTTGCGGGGCGAGATTTGACAGATGCATTAATGAAGATCTTGACCGAGAGAGGGTATTCATTCACCACCACGGCAGAGCGGGAAATTGTCCGTGATGTG
AAGGAGAAGCTTGCATATGTGGCACTTGATTATGAGCAGGAGCTCGAGACAGCTAAAAGCAGTTCTTCAATTGACAAAAGTTATGAGCTCCCTGATGGACAGGTGATCACCATTGGTGCTGAACGTTTTAGATGCCCTGAGGTGTTGTTCCAGCCTTCTCTAATTGGGATGGAAGCTGCTGGTATCCATGAGACAACCTA
CAACTCCATCATGAAGTGCGACGTGGATATTAGGAAGGATCTATATGGAAACATTGTACTTAGTGGTGGGTCTACTATGTTTCCTGGTATTGCTGACCGTATGAGCAAGGAAATCACTGCACTGGCTCCCAGCAGCATGAAAATCAAGGTGGTTGCACCTCCAGAGAGGAAGTACAGTGTCTGGATTGGAGGTTCTATTT
TGGCATCTCTCAGCACATTCCAACAGgtataacttatctctgttccatgacatgcatctgctcatgatttcttgttacatcatctgtcagtactgatatgattttttctgaactattcactttacattatttcattttgtgtctgaatttgttgcctctgattgcagATGTGGATTGCAAAGGCTGAGTATGATGAATCT
GGCCCTTCCATTGTCCACAGAAAATGTTTTTAAGTTCGGTGCATGCTACTTTAGTGCTTTGTGAAGAAAATTGTGTTCTAGAGATTGTTTGCTTGAGATGGTGGCAATAGTGCTAAGGTCGAGATTCAGGTTATTTTTTATGCAAGGGTTTTAGAGAATATATCTGTGTAATTAGATGCTCTGAAGCATAGTTTTGTGGC
TATGTGCCACAGTTATTTGTGTTTGTATTGCTAGACGTGACCAGAAACCTATCTGTTGCTCATTTTTTGATTTGAACCCTGTAATGTTATGCAAGAAGTAAATGTTGAACATTCTATTGAATGAATGTTAGGATGAATCTTGAAACTTTTGAGGCTAGCTAGTATTCATGTTATAATACCAATGGATATTCTCTCTAATG
TATTTTTCCACTGCTTAATTGTTTCTATATTGAGTTGCAGTTTTGTTACTTTAAAAATGTATATCGAGTCCTTGTATCATTTAGTGAACTATTTTTCAGAAGGAATTGATATTTGAAAAATGTTTTTTTGTTTAACTGGAAGAAATAATTCCTTCCACCCGACCCCAACAGAGGTTGTTGGGAATGGATCATTATGACTT
AGTGGAAATTATTTAAAGATGTGTACTAATTAATTTAATCTTTGCAAAAGGTGTTTCTTTTGGCAATACATGCAGTAATTCAGTGCTGAATATCCGTTTGGACTCTTCCACGTGGGACATGCCTG