sp|Q339D2|P2C71_ORYSJ ----> Probable protein phosphatase 2C 71

Intron 1 GTAGGACTCA ... TTGGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32	17	10	6
A2	20	20	4	6
A3	26.67	33	7	17
A4	29.82	20	4	13
A5	14.29	6	0	2
A6	19.54	35	8	9
A7	20.74	78.3	15	26
A8	20.8	99	27	25
A9	18.1	95	21	21
A10	17.65	56	10	14

>TRINITY_DN122620_c0_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoform

TCCTTAGCCAAACCTGTGGAGCATCAGTTCTCTGATTAGAACAATTCTACATAACTAGATTCAACAATGTTTTTGACATTACCTTAGCACCTTTCAAGGTTTTAAGATTTGGTTCTAGTTTTGACATAAAATCCAATTCACCAAACATGGGACATTATCGTTTGTTCTCACTTTTCTTCAAGCTTAGCTTATAGAAATAT
GAAAAACAATTAGGACCCGTATTGGGTGAGATCCTTGTCGTTTGGGCTAGAGATGTAGTCTATATATCATACTGGTGACTAATTTAGTTTTAAAGCCTTAACTACAGATTTCATTTAGTTTTCAAGAATGAACACACACACACACACACACGCACACACAATGACTGTAGTGTGTATTGAATTTAGTTCTACACTACAAA
AGCACTTTGAACCCCAAATCTGATCCTTCTTCAAATCCTTTGTTACAACCTCGCCAGCTCTCTTTACACTCATTGGATGGATATGCAGGCACAGGCACATGTAACATGCATTGATGCATAAACTGCAAAATCTTTGGAACCTGAACTAATCAAGGAATATATTTTGGAGGTTGTCCTCATTGATACATGAACTGCAAGAT
CTTTGGAAACGGAGCTAGTTAAGGAATATTTTTTTTGAGTTTGTGCACATTGGTATTTAAACTGCAATATCTTTGGATCTAAACTAATTCACGAATATATTTTTAGGCTGATATTTAATTCCAGAAATTTTATAGATACCATTTGTTTCAAGCAGCTTCTATATTTTCAATCTTGTATCCTAATAATCAAGGTGTCCACA
GACTCTTCATGTTGTAAACCTTGGAGATTCTGGATTTATTGTCATTCGAGGAGGATCTGTTATTGCAAAGTCATCTCCAATGACACATGGATTTAATTTTCCTTACCAGATTGAGAGAGGAGATGATCCATCATTGCTTTTGGAGAGCTATGACATTGCTCTGAATGAGGGAGATGTAATTGTTACAGCTACAGATGGCC
TTTTTGATAACTTATATGATCACGAGATAGCTTCTATTATTCAGAACTCTTTGCAATCAGGTTTGGGACCTAAGGAAATGGCGACTTTACTGGCAGAAAAGGCACACGAGAGAGGCAAGTCGACATCAGGGAACAGCCCCTTTTCAGATGCAGCTCGAGCAGTTGGTTATAACACATACATCGGTGGGAAGCTGGATGAT
GTCACAGTCATTGTATCATTAGTGAAAGGTAGTAGTAAAGAGTAGGAGGAGCTTTATACGGGTTGCCGGCAACCGATTCAGGGTATCAGGTTATCTTCGAAATCTCTCATTTTTGGGGCATATGCTTGTATGTACATTGAAAGCACATTTGCTTAAAAAATATCACGAGACTGTAACATAGAGATGGCAATGGTGTAATC
TTCATGCTAAATGAGAAGGACGTTGTACCATGTGAAATGTATATTGTTATAGGGACACCGATCATTTGAATTCAGTCAATACACAAACAGCAGGAGTTGGTCAACATTCTTGATAAAAAATGATGTAAATTTCCTTTCTTCACCCATCATTGGGTATTTTATATTGATGGGTTTGTTCCATAAACCTGCCCATCCTTTGG
CTACTTTTTAGTAGCCGCGTTCGTCTACGGTGACCGTTCACCAATGCAGACCAAAAACAGGGATTCGACACGGGAATACATTGTCTTGCCTACCCTGTTTAGATGCTTTCCTGTTATAAATGAATGCAAAAAAAATATTTAACTTCCACATAACTTCAGAGTTGGTCTCATTATTGTATTGGTGGTTAGTAAAGATGCAC
CACACTCACACTTCTCTATCATTTATGAAATCACAGTCAATGTTTGACGAGATTGTCTGTTCAGGCTGACATCTGCACATATTCTAAGTCATTAATGAATCCCAATATATTTCCTTACATTGATCCCCTGATTTCAATATGGTGGTAACCATTTTTCGCGTCTTTCTCATTAGACTTATCCATGGGGGCATATACTGCCT
TTATTTTAGAATCACCTTTCCTGG

>TRINITY_DN122620_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGGATACATCAACTTTCCAGGAAAGTTTATCCGATCTTATGATCCGACTCTGTTACACTGTTGTGTGATGGAGGATGTCCGTCACTTGCTTGCAATTTCCGTCTTAATTTTGATTTTATTTTACGGCAATTGCTCCTTACATGCGCAGCCTTTGAATATTTCGGCAGAGTTTTCAGATGGAAGCATTATGTTTCACTTTG
GCATCCCTGAACGAACCGCGGAGGTGGAACAGCTTTGTTCGAATCGGCAGCCGTCGCCCGCATTAGCAGAAGTTGATTTGCAAGCGGATGCTAGCGCAATTAACGGTAATTTTGTCATGGATTCAGGATCGGGGGTTTTTGAGGATTCTTGCGAGTCACAGGCGAGTAAAACTGAGGAAGCTTCTGTTAATAAAAATCAA
ATGTTGTTAGAGAAAGAGGATGTCACTAGCGGCTTTAGTACTACAAAGAAAATGAAGATGTCCGAGGAAGACGTAGGCAGGGTCACAACAATTGCAGTTAAAAATTCCAGGGATGAAACGGAATTTGGTGAAATTAATGAGAAGTTAAAGGAGGATAGGGTTACTGTTGCTTTTGCAAGGTCAAAGGAAAATAATGGGGT
TTCTGGTGAAATTGGAAGTGGAGCTGTGAGCAACACGGAAACAAATTTAGGAGGTGAAACCCGTGAATTTCTATCGAGCGATGTGATAAACTCAGAGGAGAGTGGCGGATCTATCAGCAATGCAAAAGAGACTGGGGCAGTTAACACAATGCTCGAACCTGCGGACAAATTTGCAGAAAATTTGGTTGGACCTGATGCCA
ATGCGGAGATAAAGTTGAATGATGCGGTGCTTGAGAGCATCGAGAAAATCGGAGGACGGTCGTGTGATGAGAACAGTGCAAAGGAAGCTTCTGAACAGAAAGCAGAAAATGGGTGTATATCTGAAATAACTTCTCAATTTCAACAAGAGAGTGAAGAAAAAAGTGAAACTGCAGCTGCTGAAGATTTTGAAACAATTCAT
TCAGAAGGATTAAAGGATGCAGTGGATTTGAAAGAGAAGGATGGAGAAGAGGTTAAACTTGAAACAGAGAGAACATTTAGTCTTCTATCTGGTGTTTTTATGCTTCCACATCCTACTAAGGCGTCTACAGGTGGTGAGGATGCTTACTTTGTAGCACGTAATAATTGGGTTGGGGTTGCTGATGGCGTTGGTCAGTGGGC
ACTTGAAGGAATCAATTCGGGACTTTACGCACAGGAGCTTATGGAAAATTGTAGGAAGCTTGCATCTGAAGAAAGTTCGAGTGCTGACCCAAAGCAAGTACTCGTCATGAGTGCTATGGAGGCAAAGTCTGCAGGCTCATCAACAGTGTTGGTAGCCAGTCTGATTGGTCAGACTCTTCATGTTGTAAACCTTGGAGATT
CTGGATTTATTGTCATTCGAGGAGGATCTGTTATTGCAAAGTCATCTCCAATGACACATGGATTTAATTTTCCTTACCAGATTGAGAGAGGAGATGATCCATCATTGCTTTTGGAGgtaggactcaagttgttgaaattatccatacctgtggtgatttatatttttttgacctaaaatctggaacaatgtttactaatg
gaggtttggataaaattgtctctttctgagctaactctttatttattttctggtagtcaagtgggctctcctaaagttcctgctttgagcttatgagggaaaagagtctgaagatttatcttgataatttgttaatcattgaaaataaaattgtcactgaaatcatgttggttgcagAGCTATGACATTGCTCTGAATGA
GGGAGATGTAATTGTTACAGCTACAGATGGCCTTTTTGATAACTTATATGATCACGAGATAGCTTCTATTATTCAGAACTCTTTGCAATCAGGTTTGGGACCTAAGGAAATGGCGACTTTACTGGCAGAAAAGGCACACGAGAGAGGCAAGTCGACATCAGGGAACAGCCCCTTTTCAGATGCAGCTCGAGCAGTTGGTT
ATAACACATACATCGGTGGGAAGCTGGATGATGTCACAGTCATTGTATCATTAGTGAAAGGTAGTAGTAAAGAGTAGGAGGAGCTTTATACGGGTTGCCGGCAACCGATTCAGGGTATCAGGTTATCTTCGAAATCTCTCATTTTTGGGGCATATGCTTGTATGTACATTGAAAGCACATTTGCTTAAAAAATATCACGA
GACTGTAACATAGAGATGGCAATGGTGTAATCTTCATGCTAAATGAGAAGGACGTTGTACCATGTGAAATGTATATTGTTATAGGGACACCGATCATTTGAATTCAGTCAATACACAAACAGCAGGAGTTGGTCAACATTCTTGATAAAAAATGATGTAAATTTCCTTTCTTCACCCATCATTGGGTATTTTATATTGAT
GGGTTTGTTCCATAAACCTGCCCATCCTTTGGCTACTTTTTAGTAGCCGCGTTCGTCTACGGTGACCGTTCACCAATGCAGACCAAAAACAGGGATTCGACACGGGAATACATTGTCTTGCCTACCCTGTTTAGATGCTTTCCTGTTATAAATGAATGCAAAAAAAATATTTAACTTCCACATAACTTCAGAGTTGGTCT
CATTATTGTATTGGTGGTTAGTAAAGATGCACCACACTCACACTTCTCTATCATTTATGAAATCACAGTCAATGTTTGACGAGATTGTCTGTTCAGGCTGACATCTGCACATATTCTAAGTCATTAATGAATCCCAATATATTTCCTTACATTGATCCCCTGATTTCAATATGGTGGTAACCATTTTTCGCGTCTTTCTC
ATTAGACTTATCCATGGGGGCATATACTGCCTTTATTTTAGAATCACCTTTCCTGG

Intron 2 GTAGGGATCA ... TTTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.96	5	4	13
A2	37.93	9	3	8
A3	69.7	5	10	13
A4	63.16	7	5	19
A5	58.62	6	9	8
A6	61.33	29	34	58
A7	56.21	37	43	52
A8	52.24	32	27	43
A9	64.63	26	45	50
A10	69.81	24	55	56

>TRINITY_DN48635_c0_g4_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

TCTTGTGTAAATGTCTCAGTCGAGTTGATTAAGTGTGGATGTATTGGATCCTTAAATGTGTCTCGATGTGTGAAGATTTCAGATGGTAAATGAAAAAAAAATCCTCGTGATATGGGGGCATCAACCGTTCAAAAATGGTGTTGGATCATTCGCCGAAGGCACCGACAATGAACAAATGCACATATGGAGGGCGATTGCAA
CCTTTTAATCAGGGATTAAGAATGGGCGGCTGTGATTAAGGATCGCAACATATTCTTTCATCGAGCACATCATCCAAGGGCTCGGATTTAGGGTTTACTAACAGGTTACGGAAAAGTCCATTTGTTAAGGAGAAATTGGGTTACGGTTTTTTGCTAATCACATTGTTGCAATGCGGTGGGGAAGGGAATCGATCGGTCAT
CCTCGACGGCCACTTCTTCCAGCAGAGCGGCGTGTTGCTGGGATCTGCTTTGGCGGATATGGACGCGACGCCGACAATAAAGCCTGCACGAATCAGCTCGAGAAGAATTATGTCGAGATGGACAAGTATCCGGTTACCACAGAGTTGCAGAGCTTCATTTCTCTGTGCGAAAAGCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGG
CCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGTGATATGTCGATTCCCAAAGATGCAGTCTATCAGATCATCAGTGACAAGCTCATGCTGGATGCGAACTCCAGACTC
AATCTTGCTTCTTTGTCACCACATGGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCGGATGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGAACGAGTATCCAGTTACCACAGAGTTGCGGAATCGATGTGTGAACATTATAACCAATCTGTTTAATGCCCCCACTCGGCGATGGAGAAGAAGCTGTGGGAGTGGGTACAGTTGG
ATCTTCAGAAGCGATCATGTTGCCAGGCCTTGCATTCAAACGCAAATGGAAAAACAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCATATGACAAGCCAAACATTGTTACTGGTGCAAATGTGCTGGTAACTTGAGATTCTACATCTATATAAGTTGATGTGTATAAATTGGATTAGCCCAAATCCATCTAAATGTGCTTTGTATCAA
TTAAATTAGTCAAATTCATCTAAATTTTGG

>TRINITY_DN48635_c0_g4_i13 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TCTTGTGTAAATGTCTCAGTCGAGTTGATTAAGTGTGGATGTATTGGATCCTTAAATGTGTCTCGATGTGTGAAGATTTCAGATGGTAAATGAAAAAAAAATCCTCGTGATATGGGGGCATCAACCGTTCAAAAATGGTGTTGGATCATTCGCCGAAGGCACCGACAATGAACAAATGCACATATGGAGGGCGATTGCAA
CCTTTTAATCAGGGATTAAGAATGGGCGGCTGTGATTAAGGATCGCAACATATTCTTTCATCGAGCACATCATCCAAGGGCTCGGATTTAGGGTTTACTAACAGGTTACGGAAAAGTCCATTTGTTAAGGAGAAATTGGGTTACGGTTTTTTGCTAATCACATTGTTGCAATGCGGTGGGGAAGGGAATCGATCGGTCAT
CCTCGACGGCCACTTCTTCCAGCAGAGCGGCGgtagggatcatctaccctcggcttttcatcatctacgatattgattctacatttgggaatcgttttgaagtctgctgagagatggggaagaagactctctttgttgcagTGTTGCTGGGATCTGCTTTGGCGGATATGGACGCGACGCCGACAATAAAGCCTGCACGA
ATCAGCTCGAGAAGAATTATGTCGAGATGGACAAGTATCCGGTTACCACAGAGTTGCAGAGCTTCATTTCTCTGTGCGAAAAGCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTC
TTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGTGATATGTCGATTCCCAAAGATGCAGTCTATCAGATCATCAGTGACAAGCTCATGCTGGATGCGAACTCCAGACTCAATCTTGCTTCTTTGTCACCACATGGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCGGATGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGAACGA
GTATCCAGTTACCACAGAGTTGCGGAATCGATGTGTGAACATTATAACCAATCTGTTTAATGCCCCCACTCGGCGATGGAGAAGAAGCTGTGGGAGTGGGTACAGTTGGATCTTCAGAAGCGATCATGTTGCCAGGCCTTGCATTCAAACGCAAATGGAAAAACAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCATATGACAAGCCA
AACATTGTTACTGGTGCAAATGTGCTGGTAACTTGAGATTCTACATCTATATAAGTTGATGTGTATAAATTGGATTAGCCCAAATCCATCTAAATGTGCTTTGTATCAATTAAATTAGTCAAATTCATCTAAATTTTGG

Intron 3 GTAATGGCAG ... TTTGGAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28	36	10	18
A2	30.16	22	1	18
A3	35	13	3	11
A4	24.8	47	12	19
A5	41.18	15	9	12
A6	37.61	73	38	50
A7	37.57	54	28	37
A8	50.88	56	52	64
A9	25.44	107	23	50
A10	28.85	74	35	25

>TRINITY_DN48635_c0_g4_i13 from sample A7 / Example spliced isoform

TCTTGTGTAAATGTCTCAGTCGAGTTGATTAAGTGTGGATGTATTGGATCCTTAAATGTGTCTCGATGTGTGAAGATTTCAGATGGTAAATGAAAAAAAAATCCTCGTGATATGGGGGCATCAACCGTTCAAAAATGGTGTTGGATCATTCGCCGAAGGCACCGACAATGAACAAATGCACATATGGAGGGCGATTGCAA
CCTTTTAATCAGGGATTAAGAATGGGCGGCTGTGATTAAGGATCGCAACATATTCTTTCATCGAGCACATCATCCAAGGGCTCGGATTTAGGGTTTACTAACAGGTTACGGAAAAGTCCATTTGTTAAGGAGAAATTGGGTTACGGTTTTTTGCTAATCACATTGTTGCAATGCGGTGGGGAAGGGAATCGATCGGTCAT
CCTCGACGGCCACTTCTTCCAGCAGAGCGGCGGTAGGGATCATCTACCCTCGGCTTTTCATCATCTACGATATTGATTCTACATTTGGGAATCGTTTTGAAGTCTGCTGAGAGATGGGGAAGAAGACTCTCTTTGTTGCAGTGTTGCTGGGATCTGCTTTGGCGGATATGGACGCGACGCCGACAATAAAGCCTGCACGA
ATCAGCTCGAGAAGAATTATGTCGAGATGGACAAGTATCCGGTTACCACAGAGTTGCAGAGCTTCATTTCTCTGTGCGAAAAGCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTC
TTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGTGATATGTCGATTCCCAAAGATGCAGTCTATCAGATCATCAGTGACAAGCTCATGCTGGATGCGAACTCCAGACTCAATCTTGCTTCTTTGTCACCACATGGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCGGATGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGAACGA
GTATCCAGTTACCACAGAGTTGCGGAATCGATGTGTGAACATTATAACCAATCTGTTTAATGCCCCCACTCGGCGATGGAGAAGAAGCTGTGGGAGTGGGTACAGTTGGATCTTCAGAAGCGATCATGTTGCCAGGCCTTGCATTCAAACGCAAATGGAAAAACAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCATATGACAAGCCA
AACATTGTTACTGGTGCAAATGTGCTGGTAACTTGAGATTCTACATCTATATAAGTTGATGTGTATAAATTGGATTAGCCCAAATCCATCTAAATGTGCTTTGTATCAATTAAATTAGTCAAATTCATCTAAATTTTGG

>TRINITY_DN48635_c0_g4_i11 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTACAATACTTTTGCTGAATTGTTAAATCTTTAGAATACTTTTGCCAAATCTTTACAATACTTTAATATTTAAAACGCTGTTGCTGAATCTTGGCTGCGGTTACTGACATTACTGTAATTTAAAGGATTTGTTGTGTGAATCGGTGAAGACTGGCCTCCTTTGGTTTGTTTCTTTGACTTTTATTTTGCTATCGCATTGG
TCTTCCGGAATTTAAAGTTTAATGTACCACTGTTTCGAATGCCGGATAGGTCGATTCCCAAAGATGCAGTCTATCAGATCATCAGTGACAAGCTCATGCTGGATGCGAACTCCAGACTCAATCTTGCTTCTTTGTCACCACATGGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCGGATGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCG
ACATGAACGAGTATCCAGTTACCACAGAGTTGCGGgtaatggcagcccgtgtgataagcttcgtcttctaatctctcaagatcatctgaaagcccctttcaaatctattttagttatttgggcattgtttatttagtttgtcttcttttctctattttttattctgaaagtgtgagtgctttgatgtttttggatttgga
aaagAATCGATGTGTGAACATTATAACCAATCTGTTTAATGCCCCCACTCGGCGATGGAGAAGAAGCTGTGGGAGTGGGTACAGTTGGATCTTCAGAAGCGATCATGTTGCCAGGCCTTGCATTCAAACGCAAATGGAAAAACAAACGCAAGGCAGAGGGGAAGCCATATGACAAGCCAAACATTGTTACTGGTGCAAAT
GTGCTGGTAACTTGAGATTCTACATCTATATAAGTTGATGTGTATAAATTGGATTAGCCCAAATCCATCTAAATGTGCTTTGTATCAATTAAATTAGTCAAATTCATCTAAATTTTGG

Intron 4 GTAGGGATCA ... GGGGAAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.35	9	4	15
A2	42.86	6	3	6
A3	75.76	4	10	15
A4	71.43	5	5	20
A5	68	4	9	8
A6	64.38	26	34	60
A7	64.71	30	43	67
A8	58.46	27	27	49
A9	71.63	20	45	56
A10	74.42	22	55	73

>TRINITY_DN43737_c1_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

GTTGGATCATTCGCCGAAGGCACCGACAATGAACAAATGCACATATGGAGGGCGATTGCAACCTTTTAATCAGGGATTAAGAATGGGCGGCTGTGATTAAGGATCGCAACATATTCTTTCATCGAGCACATCATCCAAGGGCTCGGATTTAGGGTTTACTAACAGGTTACGGAAAAGTCCATTTGTTAAGGAGAAATTGG
GTTACGGTTTTTTGCTAATCACATTGTTGCAATGCGGTGGGGAAGGGAATCGATCGGTCATCCTCGACGGCCACTTCTTCCAGCAGAGCGGCGACTCTCTTTGTTGCAGTGTTGCTGGGATCTGCTTTGGCGGATATGGACGCGACGCCGACAATAAAGCCTGCACGAATCAGCTCGAGAAGAATTATGTCGAGATGGAC
AAGTATCCGGTTACCACAGAGTTGCAGAGCTTCGTTTCTCTGTGCGAAAATCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTTCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCA
GAGAGTTTTCAGATGGAAGCATTATGTTTCACTTTGGCATCCCTGAACGAACCGCGGAGGTGGAACAGCTTTGTTCGAATCGGCAGCCGTCGCCCGCATTAGCAGAAGTTGATTTGCAAGCGGATGCTAGCGCAATTAACGGTAATTTTGTCATGGATTCAGGATCGGGGGTTTTTGAGGATTCTTGCGAGTCACAGGCG
AGTAAAACTGAGGAAGCTTCTGTTAATAAAAATCAAATGTTGTTAGAGAAAGAGGATGTCACTAGCGGCTTTAGTACTACAAAGAAAATGAAGATGTCCGAGGAAGACGTAGGCAGGGTCACAACAATTGCAGTTAAAAATTCCAGGGATGAAACGGAATTTGGTGAAATTAATGAGAAGTTAAAGGAGGATAGGGTTAC
TGTTGCTTTTGCAAGGTCAAAGGAAAATAATGGGGTTTCTGGTGAAATTGGAAGTGGAGCTGTGAGCAACACGGAAACAAATTTAGGAGGTGAAACCCGTGAATTTCTATCGAGCGATGTGATAAACTCAGAGGAGAGTGGCGGATCTATCAGCAATGCAAAAGAGACTGGGGCAGTTAACACAATGCTCGAACCTGCGG
ACAAATTTGCAGAAAATTTGGTTGGACCTGATGCCAATGCGGAGATAAAGTTGAATGATGCGGTGCTTGAGAGCATCGAGAAAATCGGAGGACGGTCGTGTGATGAGAACAGTGCAAAGGAAGCTTCTGAACAGAAAGCAGAAAATGGGTGTATATCTGAAATAACTTCTCAATTTCAACAAGAGAGTGAAGAAAAAAGT
GAAACTGCAGCTGCTGAAGATTTTGAAACAATTCATTCAGAAGGATTAAAGGATGCAGTGGATTTGAAAGAGAAGGATGGAGAAGAGGTTAAACTTGAAACAGAGAGAACATTTAGTCTTCTATCTGGTGTTTTTATGCTTCCACATCCTACTAAGGCGTCTACAGGTGGTGAGGATGCTTACTTTGTAGCACGTAATAA
TTGGGTTGGGGTTGCTGATGGCGTTGGTCAGTGGGCACTTGAAGGAATCAATTCGGGACTTTACGCACAGGAGCTTATGGAAAATTGTAGGAAGCTTGCATCTGAAGAAAGTTCGAGTGCTGACCCAAAGCAAGTACTCGTCATGAGTGCTATGGAGGCAAAGTCTGCAGGCTCATCAACAGTGTTGGTAGCCAGTCTGA
TTGGTCAGACTCTTCATGTTGTAAACCTTGGAGATTCTGGATTTATTGTCATTCGAGGAGGATCTGTTATTGCAAAGTCATCTCCAATGACACATGGATTTAATTTTCCTTACCAGATTGAGAGAGGAGATGATCCATCATTGCTTTTGGAGAGCTATGACATTGCTCTGAATGAGGGAGATGTAATTGTTACAGCTACA
GATGGCCTTTTTGATAACTTATATGATCACGAGATAGCTTCTATTATTCAGAACTCTTTGCAATCAGGTTTGGGACCTAAGGAAATGGCGACTTTACTGGCAGAAAAGGCACACGAGAGAGGCAAGTCGACATCAGGGAACAGCCCCTTTTCAGATGCAGCTCGAGCAGTTGGTTATAACACATACATCGGTGGGAAGCT
GGATGATGTCACAGTCATTGTATCATTAGTGAAAGGTAGTAGTAAAGAGTAGGAGGAGCTTTATACGGGTTGCCGGCAACCGATTCAGGGTATCAGGTTATCTTCGAAATCTCTCATTTTTGGGGCATATGCTTGTATGTACATTGAAAGCACATTTGCTTAAAAAATATCACGAGACTGTAACATAGAGATGGCAATGG
TGTAATCTTCATGCTAAATGAGAAGGACGTTGTACCATGTGAAATGTATATTGTTATAGGGACACCGATCATTTGAATTCAGTCAATACACAAACAGCAGGAGTTGGTCAACATTCTTGATAAAAAATGATGTAAATTTCCTTTCTTCACCCATCATTGGGTATTTTATATTGATGGGTTTGTTCCATAAACCTGCCCAT
CCTTTGGCTACTTTTTAGTAGCCGCGTTCGTCTACGGTGACCGTTCACCAATGCAGACCAAAAACAGGGATTCGACACGGGAATACATTGTCTTGCCTACCCTGTTTAGATGCTTTCCTGTTATAAATGAATGCAAAAAAAATATTTAACTTCCACATAACTTCAGAGTTGGTCTCATTATTGTATTGGTGGTTAGTAAA
GATGCACCACACTCACACTTCTCTATCATTTATGAAATCACAGTCAATGTTTGACGAGATTGTCTGTTCAGGCTGACATCTGCACATATTCTAAGTCATTAATGAATCCCAATATATTTCCTTACATTGATCCCCTGATTTCAATATGGTGGTAACCATTTTTCGCGTCTTTCTCATTAGACTTATCCATGGGGGCATAT
ACTGCCTTTATTTTAGAATCACCTTTCCTGGTTTGCTGTGTACAGGAACTTTGGATTATTTGTACTTGCCATTAGTGGTTGATAACTCAAAATTGATGGCAAATCACTTTTACTACAATTAGTAATCGACGGGGTGAATGCAAAAGTTTAGATTGACATCAATGTGTTAAAAATCAATGATCTCTTTTTGTTTCTAATTG
ACATTCGTTCAGGAACTTTGGATTATTTGTACTTGCCATTAGTGGTTGATAACTCAAAATTGATGGCAAATCACTTTTACTACAATTAGTAATCGACAGAGAGAATGCAAAAGTTTAGATTGACATCAATGTGTTAAAAATCAATGATCTCTTTTTGTTTCTAATTGACATTCGTTCAGGAACTTTGGATTATTTGTAC

>TRINITY_DN43737_c1_g2_i8 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTTGGATCATTCGCCGAAGGCACCGACAATGAACAAATGCACATATGGAGGGCGATTGCAACCTTTTAATCAGGGATTAAGAATGGGCGGCTGTGATTAAGGATCGCAACATATTCTTTCATCGAGCACATCATCCAAGGGCTCGGATTTAGGGTTTACTAACAGGTTACGGAAAAGTCCATTTGTTAAGGAGAAATTGG
GTTACGGTTTTTTGCTAATCACATTGTTGCAATGCGGTGGGGAAGGGAATCGATCGGTCATCCTCGACGGCCACTTCTTCCAGCAGAGCGGCGgtagggatcatctaccctcggcttttcatcatctacgatattgattctacatttgggaatcgttttgaagtctgctgagagatggggaagaagACTCTCTTTGTTGC
AGTGTTGCTGGGATCTGCTTTGGCGGATATGGACGCGACGCCGACAATAAAGCCTGCACGAATCAGCTCGAGAAGAATTATGTCGAGATGGACAAGTATCCGGTTACCACAGAGTTGCAGAGCTTCGTTTCTCTGTGCGAAAATCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCC
GGCGCTTTTCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGTGATATGTCGATTCCCAAAGATGCAGTCTATCAGATCATCAGTGACAAGCTCATGCTGGATGCGAACTCCAGACTCAATCTTGCTTCTTTGTCACCACATGGATGG
AACCAGAATGCGATAAGCTCCGGATGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGAACGAGTATCCAGTTACCACAGAGTTGCGGAATCGATGTGTGAACATTATAACCGG

Intron 5 GTATTGTTTC ... TGCCGGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.71	18	17	3
A2	26.67	11	3	5
A3	33.33	6	6	0
A4	25.71	13	4	5
A5	50	1	2	0
A6	18.6	35	10	6
A7	19.63	43	10	11
A8	21.95	16	1	8
A9	20.48	33	6	11
A10	21.57	40	10	12

>TRINITY_DN122620_c0_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

GCGTAGGGTGCTTATTGATAGAGGGTATGGTGTGCCTTTGCACCTTCGGGATAATTGTAGCGTATTTCTTGGGTCTAATCCAAGGATATGGTTGTTTTGTCATGTTCGCACAGTTGACCAATTAAAACACGCAGTAACGCACACAAGCTGTTATGTAATCTCATTGAATTGTATTTTCATTCGGTTTCTGCTATTTTTAT
TTTATAGTTGCAGTGCAACATCTGGTTTTAGCTACCAATACCCTGTGAGCAGAGCATCAGGTTACTTTTTAAATAAACCGATTCCCAATAAAGAGATTGACCCGAATAAAATTAATCGGCGGGCCTAAACCTCGGCACGACGAAAGCAAATACAAAATGAAAGTCACCTCGGCGTGGATCTACTGTACTCCCCTCGACAA
ACCCTGGAATATATAATTCTTTAACTTCGCCAGTCAGCATTTTATTTTAATTCGTCCGGACAAAGAGAAAATGCAGAAAGGAATAATTTTGTGATCCATGGAACTGCAAGGAGCTTTAATTATTCTAATCGAAATTAATATCTATAGGGCTAAGAAATGGCGCATTGCGTGGTAGGAAAAATGCTGGATTGCGGTTTAAT
GATTTCGTGTTTACATGGATTCAGAGCTTCATTTCTCTGTGCGAAAAGCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGTG
ATATGTCGATTCCCAAAGATGCAGTCTATCAGATCATCAGTGACAAGCTCATGCTGGATGCGAACTCCAGACTCAATCTTGCTTCTTTGTCACCACATGGATGGAACCAGAATGCGATAAGCTCCGGATGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGAACGAGTATCCAGTTACCACAGG

>TRINITY_DN122620_c0_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCGTAGGGTGCTTATTGATAGAGGGTATGGTGTGCCTTTGCACCTTCGGGATAATTGTAGCGTATTTCTTGGGTCTAATCCAAGGATATGGTTGTTTTGTCATGTTCGCACAGTTGACCAATTAAAACACGCAGTAACGCACACAAGCTGTTATGTAATCTCATTGAATTGTATTTTCATTCGGTTTCTGCTATTTTTAT
TTTATAGTTGCAGTGCAACATCTGGTTTTAGCTACCAATACCCTGTGAGCAGAGCATCAGGTTACTTTTTAAATAAACCGATTCCCAATAAAGAGATTGACCCGAATAAAATTAATCGGCGGGCCTAAACCTCGGCACGACGAAAGCAAATACAAAATGAAAGTCACCTCGGCGTGGATCTACTGTACTCCCCTCGACAA
ACCCTGGAATATATAATTCTTTAACTTCGCCAGTCAGCATTTTATTTTAATTCGTCCGGACAAAGAGAAAATGCAGAAAGGAATAATTTTGTGATCCATGGAACTGCAAGGAGCTTTAATTATTCTAATCGAAATTAATATCTATAGGGCTAAGAAATGGCGCATTGCGTGGTAGGAAAAATGCTGGATTGCGGTTTAAT
GATTTCGTGTTTACATGGATTCAGAGCTTCATTTCTCTGTGCGAAAAGCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGTG
ATATgtattgtttccgacgccatatttacaacatatctttacaatacttttgctgaattgttaaatctttagaatacttttgccaaatctttacaatactttaatatttaaaacgctgttgctgaatcttggctgcggttactgacattactgtaatttaaaggatttgttgtgtgaatcggtgaagactggcctccttt
ggtttgtttctttgacttttattttgctatcgcattggtcttccggaatttaaagtttaatgtaccactgtttcgaatgccggatagGTCGATTCCCAAAGATGCAGTCTATCAGATCATCAGTGACAAGCTCATGCTGGATGCGAACTCCAGACTCAATCTTGCTTCTTTGTCACCACATGGATGGAACCAGAATGCGA
TAAGCTCCGGATGCAGGCAATCAACAAGAATTATGTCGACATGAACGAGTATCCAGTTACCACAGG

Intron 6 GTACTCCCCT ... ATGGATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.57	7	10	22
A2	64.52	11	19	21
A3	48.15	14	9	17
A4	62.5	6	12	8
A5	53.33	7	4	12
A6	56	11	9	19
A7	58.14	18	16	34
A8	70.37	4	3	16
A9	53.25	18	14	27
A10	58.14	18	19	31

>TRINITY_DN122620_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GCGTAGGGTGCTTATTGATAGAGGGTATGGTGTGCCTTTGCACCTTCGGGATAATTGTAGCGTATTTCTTGGGTCTAATCCAAGGATAGGGTTGTTTTGTCATGTTCGCACAATTGACCAATTAAAACATGCAGTAACGCACACAAGCTGTTATGGAATCTCATTAAATTGTATTTTCATTCGGTTTCTATTATTTTTAT
TTTATAGTTGCAGAGCAACATCTGGTTTTAGCTACCAATACCCTGTGAGCAGAGCATCAGGTTACTTTTTAAATAAACCGATTCCCAATAAAGAGATTGACCCGAATAAAATTAATCGGCGGGCCTAAACCTCGGCACGACGAAAGCAAATACAAAATGAAAGTCACCTCGGCGTGGATCTACTAGCTTCATTTCTCTGT
GCGAAAAGCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGAGAGTTTTCAGATGGAAGCATTATGTTTCACTTTGGCATCCC
TGAACGAACCGCGGAGGTGGAACAGCTTTGTTCGAATCGGCAGCCGTCGCCCGCATTAGCAGAAGTTGATTTGCAAGCGGATGCTAGCGCAATTAACGGTAATTTTGTCATGGATTCAGGATCGGGGGTTTTTGAGGATTCTTGCGAGTCACAGGCGAGTAAAACTGAGGAAGCTTCTGTTAATAAAAATCAAATGTTGT
TAGAGAAAGAGGATGTCACTAGCGGCTTTAGTACTACAAAGAAAATGAAGATGTCCGAGGAAGACGTAGGCAGGGTCACAACAATTGCAGTTAAAAATTCCAGGGATGAAACGGAATTTGGTGAAATTAATGAGAAGTTAAAGGAGGATAGGGTTACTGTTGCTTTTGCAAGGTCAAAGGAAAATAATGGGGTTTCTGGT
GAAATTGGAAGTGGAGCTGTGAGCAACACGGAAACAAATTTAGGAGGTGAAACCCGTGAATTTCTATCGAGCGATGTGATAAACTCAGAGGAGAGTGGCGGATCTATCAGCAATGCAAAAGAGACTGGGGCAGTTAACACAATGCTCGAACCTGCGGACAAATTTGCAGAAAATTTGGTTGGACCTGATGCCAATGCGGA
GATAAAGTTGAATGATGCGGTGCTTGAGAGCATCGAGAAAATCGGAGGACGGTCGTGTGATGAGAACAGTGCAAAGGAAGCTTCTGAACAGAAAGCAGAAAATGGGTGTATATCTGAAATAACTTCTCAATTTCAACAAGAGAGTGAAGAAAAAAGTGAAACTGCAGCTGCTGAAGATTTTGAAACAATTCATTCAGAAG
GATTAAAGGATGCAGTGGATTTGAAAGAGAAGGATGGAGAAGAGGTTAAACTTGAAACAGAGAGAACATTTAGTCTTCTATCTGGTGTTTTTATGCTTCCACATCCTACTAAGGTACTAACAAATACCTTCTGTTCTACTTTTTCTGAAGAAG

>TRINITY_DN122620_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCGTAGGGTGCTTATTGATAGAGGGTATGGTGTGCCTTTGCACCTTCGGGATAATTGTAGCGTATTTCTTGGGTCTAATCCAAGGATATGGTTGTTTTGTCATGTTCGCACAGTTGACCAATTAAAACACGCAGTAACGCACACAAGCTGTTATGTAATCTCATTGAATTGTATTTTCATTCGGTTTCTGCTATTTTTAT
TTTATAGTTGCAGTGCAACATCTGGTTTTAGCTACCAATACCCTGTGAGCAGAGCATCAGGTTACTTTTTAAATAAACCGATTCCCAATAAAGAGATTGACCCGAATAAAATTAATCGGCGGGCCTAAACCTCGGCACGACGAAAGCAAATACAAAATGAAAGTCACCTCGGCGTGGATCTACTgtactcccctcgacaa
accctggaatatataattctttaacttcgccagtcagcattttattttaattcgtccggacaaagagaaaatgcagaaaggaataattttgtgatccatggaactgcaaggagctttaattattctaatcgaaattaatatctatagggctaagaaatggcgcattgcgtggtaggaaaaatgctggattgcggtttaat
gatttcgtgtttacatggattcagAGCTTCATTTCTCTGTGCGAAAAGCTTTAAAAACGCTTGTCCGCTAAAGGCCGTAATTCGTCTGCCAAGGAAGCAATGCCGGCGCTTTGCCCTTCCCGTTCATTTGCGGAGAAGATCGGTTTTTGCGGTCAATTCTTCTTCTTCTGGCTCTGAATTTGAGATAATCTCCACCAGAG
AGTTTTCAGATGGAAGCATTATGTTTCACTTTGGCATCCCTGAACGAACCGCGGAGGTGGAACAGCTTTGTTCGAATCGGCAGCCGTCGCCCGCATTAGCAGAAGTTGATTTGCAAGCGGATGCTAGCGCAATTAACGGTAATTTTGTCATGGATTCAGGATCGGGGGTTTTTGAGGATTCTTGCGAGTCACAGGCGAGT
AAAACTGAGGAAGCTTCTGTTAATAAAAATCAAATGTTGTTAGAGAAAGAGGATGTCACTAGCGGCTTTAGTACTACAAAGAAAATGAAGATGTCCGAGGAAGACGTAGGCAGGGTCACAACAATTGCAGTTAAAAATTCCAGGGATGAAACGGAATTTGGTGAAATTAATGAGAAGTTAAAGGAGGATAGGGTTACTGT
TGCTTTTGCAAGGTCAAAGGAAAATAATGGGGTTTCTGGTGAAATTGGAAGTGGAGCTGTGAGCAACACGGAAACAAATTTAGGAGGTGAAACCCGTGAATTTCTATCGAGCGATGTGATAAACTCAGAGGAGAGTGGCGGATCTATCAGCAATGCAAAAGAGACTGGGGCAGTTAACACAATGCTCGAACCTGCGGACA
AATTTGCAGAAAATTTGGTTGGACCTGATGCCAATGCGGAGATAAAGTTGAATGATGCGGTGCTTGAGAGCATCGAGAAAATCGGAGGACGGTCGTGTGATGAGAACAGTGCAAAGGAAGCTTCTGAACAGAAAGCAGAAAATGGGTGTATATCTGAAATAACTTCTCAATTTCAACAAGAGAGTGAAGAAAAAAGTGAA
ACTGCAGCTGCTGAAGATTTTGAAACAATTCATTCAGAAGGATTAAAGGATGCAGTGGATTTGAAAGAGAAGGATGGAGAAGAGGTTAAACTTGAAACAGAGAGAACATTTAGTCTTCTATCTGGTGTTTTTATGCTTCCACATCCTACTAAGGCGTCTACAGGTGGTGAGGATGCTTACTTTGTAGCACGTAATAATTG
GGTTGGGGTTGCTGATGGCGTTGGTCAGTGGGCACTTGAAGGAATCAATTCGGGACTTTACGCACAGGAGCTTATGGAAAATTGTAGGAAGCTTGCATCTGAAGAAAGTTCGAGTGCTGACCCAAAGCAAGTACTCGTCATGAGTGCTATGGAGGCAAAGTCTGCAGGCTCATCAACAGTGTTGGTAGCCAGTCTGATTG
GTCAGACTCTTCATGTTGTAAACCTTGGAGATTCTGGATTTATTGTCATTCGAGGAGGATCTGTTATTGCAAAGTCATCTCCAATGACACATGGATTTAATTTTCCTTACCAGATTGAGAGAGGAGATGATCCATCATTGCTTTTGGAGAGCTATGACATTGCTCTGAATGAGGGAGATGTAATTGTTACAGCTACAGAT
GGCCTTTTTGATAACTTATATGATCACGAGATAGCTTCTATTATTCAGAACTCTTTGCAATCAGGTTTGGGACCTAAGGAAATGGCGACTTTACTGGCAGAAAAGGCACACGAGAGAGGCAAGTCGACATCAGGGAACAGCCCCTTTTCAGATGCAGCTCGAGCAGTTGGTTATAACACATACATCGGTGGGAAGCTGGA
TGATGTCACAGTCATTGTATCATTAGTGAAAGGTAGTAGTAAAGAGTAGGAGGAGCTTTATACGGGTTGCCGGCAACCGATTCAGGGTATCAGGTTATCTTCGAAATCTCTCATTTTTGGGGCATATGCTTGTATGTACATTGAAAGCACATTTGCTTAAAAAATATCACGAGACTGTAACATAGAGATGGCAATGGTGT
AATCTTCATGCTAAATGAGAAGGACGTTGTACCATGTGAAATGTATATTGTTATAGGGACACCGATCATTTGAATTCAGTCAATACACAAACAGCAGGAGTTGGTCAACATTCTTGATAAAAAATGATGTAAATTTCCTTTCTTCACCCATCATTGGGTATTTTATATTGATGGGTTTGTTCCATAAACCTGCCCATCCT
TTGGCTACTTTTTAGTAGCCGCGTTCGTCTACGGTGACCGTTCACCAATGCAGACCAAAAACAGGGATTCGACACGGGAATACATTGTCTTGCCTACCCTGTTTAGATGCTTTCCTGTTATAAATGAATGCAAAAAAAATATTTAACTTCCACATAACTTCAGAGTTGGTCTCATTATTGTATTGGTGGTTAGTAAAGAT
GCACCACACTCACACTTCTCTATCATTTATGAAATCACAGTCAATGTTTGACGAGATTGTCTGTTCAGGCTGACATCTGCACATATTCTAAGTCATTAATGAATCCCAATATATTTCCTTACATTGATCCCCTGATTTCAATATGGTGGTAACCATTTTTCGCGTCTTTCTCATTAGACTTATCCATGGGGGCATATACT
GCCTTTATTTTAGAATCACCTTTCCTGG