sp|Q8RW90|FAH_ARATH ----> Fumarylacetoacetase

Intron 1 GTATACTCTT ... TGATTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.79	48	54	108
A2	64	36	32	96
A3	70.24	25	40	78
A4	64.71	15	30	25
A5	52.08	23	14	36
A6	67.29	176	204	520
A7	72.78	129	251	439
A8	68.53	231	351	655
A9	69.63	164	256	496
A10	69.08	107	186	292

>TRINITY_DN125128_c1_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

CCCAATTATTCCTGTTGACACTGATGTCTCTTTTATAACATCCCTGCCAACATTGTCCATTGGAATTCCACGCACACCTGTCCTTCCTCTTATCCTATTCTTTCAAACAGTCATCAATCCGTCATGTCAGCTAATCTAGCGCAATGTGGTAGGAAAAAATCGTAAATCCATGGCTGACACAGCTCAATGTCTCCTTCCAT
GACTCGCGATCATATCCTATACTTCCAGTTGCGTGTTACATTACGATATTCGATCCCAGTTGCGTGTTGCTGAACGACGCTCGATTATGCTATAAATGCCGAAAAACCTCAGCAGAATTAGCGTTTGAATTAGATTAATTCTGAGCGTGCAGAGTGTGAACAGGAGGAAGGAATAATGGCGAGCGGAAGTCTCGTTTCGT
TCTTGAACATCCCTCAGAATTCGCATTTTTCAATGCAAAATCTACCTTATGGAGTGTTCAGGCCTACGCCCGAACAGCAGCCGAGGCCCGGCGTGGCCATTGGCGAGTATGTTTTGGACCTTAGTGCCTTGGCCCGCGCTGGGCTTTTCGATGGCCCTTTGCTCAAGGGTTCCGATTGTTTTCTTCAGCCATCTCTGAAT
GCTTTCATGGCGATGGGAAGACCTGCATGGAAGGAGGCACGCAAAACAATTCAGAAACTTTTGTCAGTTGATGAACCGACCTTGCGAGATAATGCTGAATTGCATAAAAGTGCTTTGTTACTAATGAGCCAGGTCCAATTGATGCTGCCTTCTGTAATAGGGGACTATACCGACTTTTTTACCTCCAAGTATCATACAAT
GAACTGTGGAATTATATTTCGTGGTCCTGAAAATCCTCTTCCCCCAAACTGGCTGCATCTTCCTGTTGCATATCATGGAAGAGCATCATCTGTTGTTATCTCTGGAACAGATCTTCACAGACCTAGAGGTCAAAAACGTCCAGTGGGAAAGCCTACACCAGGATTTGGACCAACTGCAAAACTTGATTTTGAGCTAGAAA
TGGCTATGCTAGTTGGACCTGGAAATGAGTTGGGAACATCTGTAAATGTGGATGATGCAGCTGATCATATTTTTGGGCTGGTTCTAATGAATGATTGGAGTGCAAGGGATATACAAGCGTGGGAATATCAACCTCTTGGGCCATTTTTGGGAAAGAGCTTTGGAACAAGTGTCTCACCCTGGATTGTCACTCTAGAGGCC
TTAGAACCTTTCACTTGTGAAGCGCCTGTACAGGATCCACCTCCTCTGCCCTATCTAACTGGGAAAAGTTGCAAAACCTATGATATCCCTTTAGAGGTTGCCTTAAAACCATCTGGGGAAGACAAAGCTTCTGTTATTTGTAAGAGCAACTTTAAGCACCTATATTGGACAATTGAACAACAACTTGCACACCATACCAT
CAACGGTTGTAATTTGAGGCCTGGAGATTTGCTAGGATCTGGAACCATAAGTGGGCCTGAACCTGAAAGTTTTGGTTCCCTATTAGAGCTATCCTGGGATGGGAAGAATCCACTGAAGCTTGGAGATAATATATCTCGAACATTTGTGGAAGATGGTGATGAGGTCAGTTTAACAGCATGCTGTCAGGGAGATGGATATA
AGGTGGGATTTGGTACATGCTCTGGGAAGATATTACCAGCAATTTCCTGAAAACTTGAAAAGTAAAGGCACTGTGGTCCCCTGTGCTAAACCTTGTCAAGCCTAATGGCGTTATTTTTCTTCTTTCATGCATGTGTTTTGTCTGAGATTCTTGAACACTCAAGTCTGATACTTCACTTGTCTTGCTTGTTGCTATGGTAG
AATTTTTGTATTTACAACTACCAGATGCTTCAGCATATAATATTTAAGTTGCCTATATCTTAAAAATGTTATTTTCCGAGGCAATTTTAAAACAGACCTTGCATAGAAATTGAATGTTGTTTACATTGGATTAATTTCAGGCTTTCATAATATAGACATATTTTAACAAGATTTGCTAAATCCAATAAATTATTTTTTGA
ACTGGGAACAGATAATTCTATAATCCATCAAGGGTTGTGATTAAAGTCAGATGTGTTAGAAAGATGAGGCAACAAGATGAGTTTTGAATTTTACCAAGTACAAGGACACTGTTTGGAGAAATGTAGAATGGAAGATTTGCAGCATCTAGGAATATCCATGGGTGTATCCATTAGATCTGATATGATAATTAGCCATATTG
ACTGTATAATTCAACTTTATGTGGCCTTGAGATGTATCAGTTAAATTTATAAAATATTTTATCATTATCTATCAGTTCTTTAAACATCTCATTTACTACTTCAAACTTTTGCATTATGCATCCATAATAGTGTTTTTAGATCAAAACAATACGATTTGCTGTTTTTAAAGGAATAAGACCCTACTTCTATTATAAAAC

>TRINITY_DN125128_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTAAAGATTGGGCGTCTTTGATCATTAGAGGGACCTTAGCCTTATTCGTTCAGTTGTAAATCTTATAGGTATTGCTGTAGGATCTGGGACTTGATGCCCTGTTTTGAATCTTGATACTGCAAGTGCTCTGTTGCACCACATTTAGACAGAAATGTAATTGCCTTAGTTTTCTCCCCTTGATATTGCTTTGAAGGTGGTTG
TGAGTCCCATCGAGTACTTTTCATCATTTGAATACATTAGTATAATTCTTTTTTTCAAACATTTGAAAGCTCCAAAGGGTTGATGCGTTGTTTACTCTGGATCTCTCCAATTCCCTTTCCCCTCTCTCTTGCTTTCTTAATCACCCTTTATTTTCCTCTCTGTTCGTCCCCGTCCTTTCTTTCTCTCTACAACTTCGGGA
TGAATGACAGCCTACTAAATTACTAATATCATGTTTGAGTTGTTTTTCCTCCCTTTAATGAATGGTCAATTTATGTCTTCTAGTGCCTGCTTTTTTAGGTTGGCAGATAGTAATGTCAATATCAACATTCATTCATTTTTAATTTTTGAAGTGCATTTCTAGTAAGGGAGTGCGATTTAGGGTGTGCAGAAGTAACATTT
AGTTAAAGAATTTTTTTTCTTCCATTGAACTGTTCATATGTGAGTTTAATCTTGTATATTGATACAGATATATAGATTTTTTCTTGCCTAGTTAAAAGATTCTATATTGAGTTTTTCTATTGCGAAAGTTTGGACAGATACTTGACAGAGTGTGCATTACTTGTATGGGATATGGTAAGAAGTTAACCATTTTGCATCAA
TTCAATTGTCAGGCAACAAAACATGAGTATTTACTAGTCATAAAAATACGAAGTATTTTTCATTGAAATGAGATAGCTAGGAGATTTTCATATAATTTTGATTAATTTATTATAATACTTGCATGCAGGATCCACCTCCTCTGCCCTATCTAACTGGGAAAAGTTGCAAAACCTATGATATCCCTTTAGAGGTTGCCTTA
AAACCATCTGGGGAAGACAAAGCTTCTGTTATTTGTAAGAGCAACTTTAAGCACCTATATTGGACAATTGAACAACAACTTGCACACCATACCATCAACGGTTGTAATTTGAGGCCTGGAGATTTGCTAGGATCTGGAACCATAAGTGGGCCTGAACCTGAAAGTTTTGGTTCCCTATTAGAGCTATCCTGGGATGGGAA
GAATCCACTGAAGCTTGGAGATAATATATCTCGAACATTTGTGGAAGATGGTGATGAGGTCAGTTTAACAGCATGCTGTCAGGGAGATGGATATAAGGTGGGATTTGGTACATGCTCTGGGAAGATATTACCAGCAATTTCCTGAAAACTTGAAAAGTAAAGgtatactctttgtttcctactctatggcacatcttcaa
gactttgctgggtgaatttttttagggaggctgaattgtgatatcgttatgtgcttttgcacgacacaattgactggtaattctatttcagataaaggatttaaagcagcagaattgtcaaggaattggcaaattttgttatttgtcagaagttacataccagattgtcaattgctagataagttgatgacccctgggaa
gtattatcttgttttgttgattctcagGCACTGTGGTCCCCTGTGCTAAACCTTGTCAAGCCTAATGGCGTTATTTTTCTTCTTTCATGCATGTGTTTTGTCTGAGATTCTTGAACACTCAAGTCTGATACTTCACTTGTCTTGCTTGTTGCTATGGTAGAATTTTTGTATTTACAACTACCAGATGCTTCAGCATATAA
TATTTAAGTTGCCTATATCTTAAAAATGTTATTTTCCGAGGCAATTTTAAAACAGACCTTGCATAGAAATTGAATGTTGTTTACATTGGATTAATTTCAGGCTTTCATAATATAGACATATTTTAACAAGATTTGCTAAATCCAATAAATTATTTTTTGAACTGGGAACAGATAATTCTATAATCCATCAAGGGTTGTGA
TTAAAGTCAGATGTGTTAGAAAGATGAGGCAACAAGATGAGTTTTGAATTTTACCAAGTACAAGGACACTGTTTGGAGAAATGTAGAATGGAAGATTTGCAGCATCTAGGAATATCCATGGGTGTATCCATTAGATCTGATATGATAATTAGCCATATTGACTGTATAATTCAACTTTATGTGGCCTTGAGATGTATCAG
TTAAATTTATAAAATATTTTATCATTATCTATCAGTTCTTTAAACATCTCATTTACTACTTCAAACTTTTGCATTATGCATCCATAATAGTGTTTTTAGATCAAAACAATACGATTTGCTGTTTTTAAAGGAATAAGACCCTACTTCTATTATAAAAC

Intron 2 GTCAGGACAT ... TTTGTTGAAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.56	4	2	5
A2	66.67	3	0	6
A3	-1	0	3	0
A4	-1	0	0	0
A5	100	0	2	2
A6	66.67	3	0	6
A7	100	0	0	2
A8	75	1	0	3
A9	100	0	1	5
A10	100	0	0	5

>TRINITY_DN38276_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

TCAGTTTAACAGCATGCTGTCAGTGTCACTTCTGTACAAATCAGTAACGTCCTGGCACCAAAGCTTCAGAAAGCAGCATCTTCATCTTCAAATTTGATAAGAAGCCTTGTTCAGTTCAGGGATTTTACTCGCTGTAGTCCAAATATTGATCTCTAATGCCGACCCTATGAATCTGATTCCCAGCCTACCACTGCATGCAA
TGCGTTAACAATCAGCAACTATTATGCTATTTATTACAGATCTGCTTGTCAGGAAAAAGAAACAACAAAGAATATTAAACTATTGAAACCTATCCTTCTTACTGCTGTTAGGCCACCTTGATCAAAGTCCAGAAGATGGATAGCTTGGTTTATTAGGTCAGAGTGCTACATGCTCTGGGTGCTTTGATGAAAATTGTTAC
GAAGAATATGTGAGAATGAAAAGCCTGTACTGTACAGAGTTCCATAGTAGTTGATGATCCTCTTTGGTCCCGAGTATTAAGGGATGATTGCCAATGCCTATTCTACTGATTTGGAATATTTTATAAATTTTATTTGATATAAAATATAATTTTCCTCTTTGGTCCCAAATCTGTTAGGGATGATTTTCAATACCAATTCC
ACTGACTGGGAGTATTTAATATATTTTATGTCGC

>TRINITY_DN38276_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CAGTTTAACAGCATGCTGTCAGgtcaggacatctactttattaagtattttgcttctgaagtatgatgattttctattaacctgttatatgccagtggaaaagtaaaatttttgttgaatagcagtgtcatcgtgttatttgataggaaagttgtagtgtgtgcaagaaatgccaattcaatattctgcttttgcatctt
tttcctctatgtttgtattcttggcagttatgaaaccaccagtttggtatttcaatgtttggtattaaaaaatttcaccatgttcatctgtccttagaaaatggtactaaatttacaatattgaatatgatgtatgaagttatgaacaccttatttaaccctagctatattgaactgctgaggaatgaaaacaatattta
ctgttagagatatcagatccacaccttactcctaatatgataatgtgtgagtattctctatttgttgaagTGTCACTTCTGTACAAATCAGTAACGTCCTGGCACCAAAGCTTCAGAAAGCAGCATCTTCATCTTCAAATTTGATAAGAAGCCTTGTTCAGTTCAGGGATTTTACTCGCTGTAGTCCAAATATTGATCTC
TAATGCCGACCCTATGAATCTGATTCCCAGCCTACCACTGCATGCAATGCGTTAACAATCAGCAACTATTATGCTATTTATTACAGATCTGCTTGTCAGGAAAAAGAAACAACAAAGAATATTAAACTATTGAAACCTATCCTTCTTACTGCTGTTAGGCCACCTTGATCAAAGTCCAGAAGATGGATAGCTTGGTTTAT
TAGGTCAGAGTGCTACATGCTCTGGGTGCTTTGATGAAAATTGTTACGAAGAATATGTGAGAATGAAAAGCCTGTACTGTACAGAGTTCCATAGTAGTTGATGATCCTCTTTGGTCCCGAGTATTAAGGGATGATTGCCAATGCCTATTCTACTGATTTGGAATATTTTATAAATTTTATTTGATATAAAATATAATTTT
CCTCTTTGGTCCCAAATCTGTTAGGGATGATTTTCAATACCAATTCCACTGACTGGGAGTATTTAATATATTTTATGTCGC

Intron 3 GTCAGGACAT ... TACAAATCAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	2	2	4
A2	66.67	3	0	6
A3	-1	0	3	0
A4	50	2	0	2
A5	-1	0	2	0
A6	61.54	5	0	8
A7	50	2	0	2
A8	50	9	0	9
A9	100	0	1	5
A10	100	0	0	1

>TRINITY_DN41895_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

TCAGTTTAACAGCATGCTGTCAGTAACGTCCTGGCACCAAAGCTTCAGAAAGCAGCATCTTCATCTTCAAATTTGATAAGAAGCCTTGTTCAGTTCAGGGATTTTACTCGCTGTAGTCCAAATATTGATCTCTAATGCCGACCCTATGAATCTGATTCCCAGCCTACCACTGCATGCAATGCGTTAACAATCAGCAACTA
TTATGCTATTTATTACAGATCTGCTTGTCAGGAAAAAGAAACAACAAAGAATATTAAACTATTGAAACCTATCCTTCTTACTGCTGTTAGGCCACCTTGATCAAAGTCCAGAAGATGGATAGCTTGGTTTATTAGGTCAGAGTGCTACATGCTCTGGGTGCTTTGATGAAAATTGTTACGAAGAATATGTGAGAATGAAA
AGCCTGTACTGTACAGAGTTCCATAGTAGTTGATGATCCTCTTTGGTCCCGAGTATTAAGGGATGATTGCCAATGCCTATTCTACTGATTTGGAATATTTTATAAATTTTATTTGATATAAAATATAATTTTCCTCTTTGGTCCCAAATCTGTTAGGGATGATTTTCAATACCAATTCCAC

>TRINITY_DN41895_c0_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAGTTTAACAGCATGCTGTCAGgtcaggacatctactttattaagtattttgcttctgaagtatgatgattttctattaacctgttatatgccagtggaaaagtaaaatttttgttgaatagcagtgtcatcgtgttatttgataggaaagttgtagtgtgtgcaagaaatgccaattcaatattctgcttttgcatctt
tttcctctatgtttgtattcttggcagttatgaaaccaccagtttggtatttcaatgtttggtattaaaaaatttcaccatgttcatctgtccttagaaaatggtactaaatttacaatattgaatatgatgtatgaagttatgaacaccttatttaaccctagctatattgaactgctgaggaatgaaaacaatattta
ctgttagagatatcagatccacaccttactcctaatatgataatgtgtgagtattctctatttgttgaagtgtcacttctgtacaaatcagTAACGTCCTGGCACCAAAGCTTCAGAAAGCAGCATCTTCATCTTCAAATTTGATAAGAAGCCTTGTTCAGTTCAGGGATTTTACTCGCTGTAGTCCAAATATTGATCTC
TAATGCCGACCCTATGAATCTGATTCCCAGCCTACCACTGCATGCAATGCGTTAACAATCAGCAACTATTATGCTATTTATTACAGATCTGCTTGTCAGGAAAAAGAAACAACAAAGAATATTAAACTATTGAAACCTATCCTTCTTACTGCTGTTAGGCCACCTTGATCAAAGTCCAGAAGATGGATAGCTTGGTTTAT
TAGGTCAGAGTGCTACATGCTCTGGGTGCTTTGATGAAAATTGTTACGAAGAATATGTGAGAATGAAAAGCCTGTACTGTACAGAGTTCCATAGTAGTTGATGATCCTCTTTGGTCCCGAGTATTAAGGGATGATTGCCAATGCCTATTCTACTGATTTGGAATATTTTATAAATTTTATTTGATATAAAATATAATTTT
CCTCTTTGGTCCCAAATCTGTTAGGGATGATTTTCAATACCAATTCCAC

Intron 4 GTATACTCTT ... TCTATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.46	79	54	49
A2	32.7	71	32	37
A3	30.25	83	40	32
A4	41.88	34	30	19
A5	33.33	24	14	10
A6	37.41	343	204	206
A7	38.41	392	251	238
A8	42.91	475	351	363
A9	39.81	390	256	260
A10	40.19	256	186	158

>TRINITY_DN125128_c1_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GAATTTAGAACTTTCAATAATCACGTGCTAACACGGATTCTCCATAAGGTCTACCATATGGTCAAAAAATCGCACCTCCTGTTCATCATCTGCCCATCCATGGGATTTAAAAGGGTAGTCAGTGGTCTCGTTAATCTAGTCAGAAGGGGCCTCACTAACTCAGGAGCTGCTGCTGAATTTGAATTCGACAAGCAAGGAAG
GAAGAAGGTCAGAGCAGATTGATGACGACCATGAAATCTTTCATCCCAATAAGTCCGGACTCCCATTTCTCTCTGCAGAATCTGCCCTATGGAGTCTTCAAGCCCAACCAGACGAACGAAGCGCGGCCTGGTGTGGCCGTTGGCGAGTATGTGTTGGACCTCAGCGTGCTGTCTCGAGCTGGTCTTTTCAATGGACCTTT
GCTCAGCGGATCCGACTGCTTCTTTCAGCCATCTCTGAATGCTTTCATGGCGATGGGAAGACCTGCATGGAAGGAGGCACGCAAAACAATTCAGAAACTTTTGTCAGTTGATGAACCGACCTTGCGAGATAATGCTGAATTGCATAAAAGTGCTTTGTTACTAATGAGCCAGGTCCAATTGATGCTGCCTTCTGTAATAG
GGGACTATACCGACTTTTTTACCTCCAAGTATCATACAATGAACTGTGGAATTATATTTCGTGGTCCTGAAAATCCTCTTCCCCCAAACTGGCTGCATCTTCCTGTTGCATATCATGGAAGAGCATCATCTGTTGTTATCTCTGGAACAGATCTTCACAGACCTAGAGGTCAAAAACGTCCAGTGGGAAAGCCTACACCA
GGATTTGGACCAACTGCAAAACTTGATTTTGAGCTAGAAATGGCTATGCTAGTTGGACCTGGAAATGAGTTGGGAACATCTGTAAATGTGGATGATGCAGCTGATCATATTTTTGGGCTGGTTCTAATGAATGATTGGAGTGCAAGGGATATACAAGCGTGGGAATATCAACCTCTTGGGCCATTTTTGGGAAAGAGCTT
TGGAACAAGTGTCTCACCCTGGATTGTCACTCTAGAGGCCTTAGAACCTTTCACTTGTGAAGCGCCTGTACAGGATCCACCTCCTCTGCCCTATCTAACTGGGAAAAGTTGCAAAACCTATGATATCCCTTTAGAGGTTGCCTTAAAACCATCTGGGGAAGACAAAGCTTCTGTTATTTGTAAGAGCAACTTTAAGCACC
TATATTGGACAATTGAACAACAACTTGCACACCATACCATCAACGGTTGTAATTTGAGGCCTGGAGATTTGCTAGGATCTGGAACCATAAGTGGGCCTGAACCTGAAAGTTTTGGTTCCCTATTAGAGCTATCCTGGGATGGGAAGAATCCACTGAAGCTTGGAGATAATATATCTCGAACATTTGTGGAAGATGGTGAT
GAGGTCAGTTTAACAGCATGCTGTCAGGGAGATGGATATAAGGTGGGATTTGGTACATGCTCTGGGAAGATATTACCAGCAATTTCCTGAAAACTTGAAAAGTAAAGATAAAGGATTTAAAGCAGCAGAATTGTCAAGGAATTGGCAAATTTTGTTATTTGTCAGAAGTTACATACCAGATTGTCAATTGCTAGATAAGT
TGATGACCCCTGGGAAGTATTATCTTGTTTTGTTGATTCTCAGGCACTGTGGTCCCCTGTGCTAAACCTTGTCAAGCCTAATGGCGTTATTTTTCTTCTTTCATGCATGTGTTTTGTCTGAGATTCTTGAACACTCAAGTCTGATACTTCACTTGTCTTGCTTGTTGCTATGGTAGAATTTTTGTATTTACAACTACCAG
ATGCTTCAGCATATAATATTTAAGTTGCCTATATCTTAAAAATGTTATTTTCCGAGGCAATTTTAAAACAGACCTTGCATAGAAATTGAATGTTGTTTACATTGGATTAATTTCAGGCTTTCATAATATAGACATATTTTAACAAGATTTGCTAAATCCAATAAATTATTTTTTGAACTGGGAACAGATAATTCTATAAT
CCATCAAGGGTTGTGATTAAAGTCAGATGTGTTAGAAAGATGAGGCAACAAGATGAGTTTTGAATTTTACCAAGTACAAGGACACTGTTTGGAGAAATGTAGAATGGAAGATTTGCAGCATCTAGGAATATCCATGGGTGTATCCATTAGATCTGATATGATAATTAGCCATATTGACTGTATAATTCAACTTTATGTGG
CCTTGAGATGTATCAGTTAAATTTATAAAATATTTTATCATTATCTATCAGTTCTTTAAACATCTCATTTACTACTTCAAACTTTTGCATTATGCATCCATAATAGTGTTTTTAGATCAAAACAATACGATTTGCTGTTTTTAAAGGAATAAGACCCTACTTCTATTATAAAAC

>TRINITY_DN125128_c1_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAATTTAGAACTTTCAATAATCACGTGCTAACACGGATTCTCCATAAGGTCTACCATATGGTCAAAAAATCGCACCTCCTGTTCATCATCTGCCCATCCATGGGATTTAAAAGGGTAGTCAGTGGTCTCGTTAATCTAGTCAGAAGGGGCCTCACTAACTCAGGAGCTGCTGCTGAATTTGAATTCGACAAGCAAGGAAG
GAAGAAGGTCAGAGCAGATTGATGACGACCATGAAATCTTTCATCCCAATAAGTCCGGACTCCCATTTCTCTCTGCAGAATCTGCCCTATGGAGTCTTCAAGCCCAACCAGACGAACGAAGCGCGGCCTGGTGTGGCCGTTGGCGAGTATGTGTTGGACCTCAGCGTGCTGTCTCGAGCTGGTCTTTTCAATGGACCTTT
GCTCAGCGGATCCGACTGCTTCTTTCAGCCATCTCTGAATGCTTTCATGGCGATGGGAAGACCTGCATGGAAGGAGGCACGCAAAACAATTCAGAAACTTTTGTCAGTTGATGAACCGACCTTGCGAGATAATGCTGAATTGCATAAAAGTGCTTTGTTACTAATGAGCCAGGTCCAATTGATGCTGCCTTCTGTAATAG
GGGACTATACCGACTTTTTTACCTCCAAGTATCATACAATGAACTGTGGAATTATATTTCGTGGTCCTGAAAATCCTCTTCCCCCAAACTGGCTGCATCTTCCTGTTGCATATCATGGAAGAGCATCATCTGTTGTTATCTCTGGAACAGATCTTCACAGACCTAGAGGTCAAAAACGTCCAGTGGGAAAGCCTACACCA
GGATTTGGACCAACTGCAAAACTTGATTTTGAGCTAGAAATGGCTATGCTAGTTGGACCTGGAAATGAGTTGGGAACATCTGTAAATGTGGATGATGCAGCTGATCATATTTTTGGGCTGGTTCTAATGAATGATTGGAGTGCAAGGGATATACAAGCGTGGGAATATCAACCTCTTGGGCCATTTTTGGGAAAGAGCTT
TGGAACAAGTGTCTCACCCTGGATTGTCACTCTAGAGGCCTTAGAACCTTTCACTTGTGAAGCGCCTGTACAGGATCCACCTCCTCTGCCCTATCTAACTGGGAAAAGTTGCAAAACCTATGATATCCCTTTAGAGGTTGCCTTAAAACCATCTGGGGAAGACAAAGCTTCTGTTATTTGTAAGAGCAACTTTAAGCACC
TATATTGGACAATTGAACAACAACTTGCACACCATACCATCAACGGTTGTAATTTGAGGCCTGGAGATTTGCTAGGATCTGGAACCATAAGTGGGCCTGAACCTGAAAGTTTTGGTTCCCTATTAGAGCTATCCTGGGATGGGAAGAATCCACTGAAGCTTGGAGATAATATATCTCGAACATTTGTGGAAGATGGTGAT
GAGGTCAGTTTAACAGCATGCTGTCAGGGAGATGGATATAAGGTGGGATTTGGTACATGCTCTGGGAAGATATTACCAGCAATTTCCTGAAAACTTGAAAAGTAAAGgtatactctttgtttcctactctatggcacatcttcaagactttgctgggtgaatttttttagggaggctgaattgtgatatcgttatgtgct
tttgcacgacacaattgactggtaattctatttcagATAAAGGATTTAAAGCAGCAGAATTGTCAAGGAATTGGCAAATTTTGTTATTTGTCAGAAGTTACATACCAGATTGTCAATTGCTAGATAAGTTGATGACCCCTGGGAAGTATTATCTTGTTTTGTTGATTCTCAGGCACTGTGGTCCCCTGTGCTAAACCTTG
TCAAGCCTAATGGCGTTATTTTTCTTCTTTCATGCATGTGTTTTGTCTGAGATTCTTGAACACTCAAGTCTGATACTTCACTTGTCTTGCTTGTTGCTATGGTAGAATTTTTGTATTTACAACTACCAGATGCTTCAGCATATAATATTTAAGTTGCCTATATCTTAAAAATGTTATTTTCCGAGGCAATTTTAAAACAG
ACCTTGCATAGAAATTGAATGTTGTTTACATTGGATTAATTTCAGGCTTTCATAATATAGACATATTTTAACAAGATTTGCTAAATCCAATAAATTATTTTTTGAACTGGGAACAGATAATTCTATAATCCATCAAGGGTTGTGATTAAAGTCAGATGTGTTAGAAAGATGAGGCAACAAGATGAGTTTTGAATTTTACC
AAGTACAAGGACACTGTTTGGAGAAATGTAGAATGGAAGATTTGCAGCATCTAGGAATATCCATGGGTGTATCCATTAGATCTGATATGATAATTAGCCATATTGACTGTATAATTCAACTTTATGTGGCCTTGAGATGTATCAGTTAAATTTATAAAATATTTTATCATTATCTATCAGTTCTTTAAACATCTCATTTA
CTACTTCAAACTTTTGCATTATGCATCCATAATAGTGTTTTTAGATCAAAACAATACGATTTGCTGTTTTTAAAGGAATAAGACCCTACTTCTATTATAAAAC

Intron 5 GTACTCCCTA ... GTATTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	3.57	135	5	3
A2	2.73	107	3	1
A3	0.77	129	1	0
A4	0	110	0	0
A5	3.28	59	2	0
A6	0.99	301	3	0
A7	1.28	387	5	0
A8	3.37	287	10	0
A9	1.9	309	6	0
A10	2.77	351	10	0

>TRINITY_DN125128_c1_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

GAATTTAGAACTTTCAATAATCACGTGCTAACACGGATTCTCCATAAGGTCTACCATATGGTCAAAAAATCGCACCTCCTGTTCATCATCTGCCCATCCATGGGATTTAAAAGGGTAGTCAGTGGTCTCGTTAATCTAGTCAGAAGGGGCCTCACTAACTCAGGAGCTGCTGCTGAATTTGAATTCGACAAGCAAGGAAG
GAAGAAGGTCAGAGCAGATTGATGACGACCATGAAATCTTTCATCCCAATAAGTCCGGACTCCCATTTCTCTCTGCAGAATCTGCCCTATGGAGTCTTCAAGCCCAACCAGACGAACGAAGCGCGGCCTGGTGTGGCCGTTGGCGAGTATGTGTTGGACCTCAGCGTGCTGTCTCGAGCTGGTCTTTTCAATGGACCTTT
GCTCAGCGGATCCGACTGCTTCTTTCAGCCATCTCTGAATGCTTTCATGGCGATGGGAAGACCTGCATGGAAGGAGGCACGCAAAACAATTCAGAAACTTTTGTCAGTTGATGAACCGACCTTGCGAGATAATGCTGAATTGCATAAAAGTGCTTTGTTACTAATGAGCCAGGTCCAATTGATGCTGCCTTCTGTAATAG
GGGACTATACCGACTTTTTTACCTCCAAGTATCATACAATGAACTGTGGAATTATATTTCGTGGTCCTGAAAATCCTCTTCCCCCAAACTGGCTGCATCTTCCTGTTGCATATCATGGAAGAGCATCATCTGTTGTTATCTCTGGAACAGATCTTCACAGACCTAGAGGTCAAAAACGTCCAGTGGGAAAGCCTACACCA
GGATTTGGACCAACTGCAAAACTTGATTTTGAGCTAGAAATGGCTATGCTAGTTGGACCTGGAAATGAGTTGGGAACATCTGTAAATGTGGATGATGCAGCTGATCATATTTTTGGGCTGGTTCTAATGAATGATTGGAGTGCAAGGGATATACAAGCGTGGGAATATCAACCTCTTGGGCCATTTTTGGGAAAGAGCTT
TGGAACAAGTGTCTCACCCTGGATTGTCACTCTAGAGGCCTTAGAACCTTTCACTTGTGAAGCGCCTGTACAGGTAACATAGATTTTGATTTTCTTTATTGTAAATTGTTATTGCGTTTCCATGATTAGTTCTTGTCCTGAAAGTTACTGATCTGTAACATGCATATTTAGCTGCACAAAATGCTTCTTATGGAATATTA
TTTTTTATTTTTTTTATTGAATTAAAATATGTATGCAAAAAACATCGTTAGGTTTCTCGTTAAAGAAAAAACTAGTTAAACAGTTGGAAGCAAGTTACAAATATTAGAATTTGAAATTGTTTAATTTCATGACAGTGCCCTCTTTTGTAAATTTCAGACCCTAGATGATTGCTGTCC

>TRINITY_DN125128_c1_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTATAATTCAATATCCCATTGAAAAGTAGTGTTAACCGAAATTTGGGTTTGTTTTTACTTTTCAGGCTATGCTAGTTGGACCTGGAAATGAGTTGGGAACATCTGTAAATGTGGATGATGCAGCTGATCATATTTTTGGGCTGGTTCTAATGAATGATTGGAGTGgtactccctatttaagaaactaaactttttttatg
agaatggcctctggttttaagtgaattcattagcccggattgtcaatcatggcaataatagcctttaaaaaacatgttggcaatttttggttatgtcacatgataaaattacttttggttctcagccaatatattagctgaaataaccatcaaatcatagtatttataatcagacaatggtattggcagCAAGGGATATA
CAAGCGTGGGA