sp|Q9LUW5|RH53_ARATH ----> DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 53, mitochondrial
Intron 1 GTATCTTGAT ... CTTGTGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 0.95 | 520 | 4 | 5 |
| A2 | 1.96 | 400 | 2 | 8 |
| A3 | 0.91 | 542 | 2 | 5 |
| A4 | 3 | 226 | 1 | 7 |
| A5 | 2.31 | 211 | 1 | 5 |
| A6 | 0 | 1991 | 0 | 0 |
| A7 | 0.07 | 2896 | 0 | 2 |
| A8 | 0.12 | 3279 | 1 | 4 |
| A9 | 0.34 | 2637 | 2 | 9 |
| A10 | 0.15 | 2664 | 0 | 4 |
>TRINITY_DN36844_c1_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformGCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTCCTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTCGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTAAACAACCATGGCTGC
TTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCCTAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCTGGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCTGGGGTTTCACGCGAA
GGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTCAACCAGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGGCTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGAGACGCGTCGGATTCG
GAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGACGCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACATGATTGGTCGTGCCAG
GACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGAGAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTTATGGGGGTGTACCTA
TAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAACCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGTTTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGGTTGCCGAAAAAGCGC
CAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAGGAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAACTGAACATGCTAAAGG
GGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCCGGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAGAAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTGGTCTTGATATTCCTA
ATGTTGACCTGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCAACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGCTGGCTAGGATCAAAGAGGAAATAGAC
GATAAGCTTGGTGGTTATGGTGATTCAGGAGGCAGCCGTTTTGGAAGTTATGGTGGTTCAGGAGGGAGCCGTTTTGGAAGTTCTGGTGGTTCAGGGGGAAGCCGTTTTGGAAATTCTGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTTTGGAAGCTATGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTCTGGTGGTTCAAGTTATGGCGGATCAGG
AGGAGATTATGGGGGTTCAAGTAATGGCAGATCTGGAGGCAGTTATGGTAGTGGATCAGGAGGTAGCTATGGTGGTGGATCAGGTGGTGGCTATGGTGGTTCTGGATCCCGCCGTTTTAGTGACTATGGGGAGTCTTCTAGTTCTCAGACAAGGACCAGTCAGTTTGGCAACTCCAGTAGCAGGTTTGGAAATTATGGGG
GCCGTTCGGAGTAATAGATGAGATATTAAGATATTTGTGGGAGTTTAGTAGCAGGAGTTTTGAAGTTGGTATTAATAGAAGGCCGGGTTCAAGTGAGAACAATCTGTTTGAAATTACAAAGTACCATGCGAGCCTCTATGCTTTGTGAATGAGCTTTGTCGGAATCAGTTCCAGAGAATGAATAGAATTGCTGGAATATA
ACATCTATGTAGCCACCATGAAAGAGGCAGATTTTTGGTTCTACATTGGATTCACTCTGATTTTCTTAGTTTAGAAATGTTAGCCGTGTATGAAATATCTCTTTTGAAAAGAATATGCACATTGTATCTACCATCAAGTGCAAATGAATTGTATCCTCTGTAGCATATTTTAGTGAAAAACAGAGATCTCAGCTCCAGTG
ATCTTCGTGTAGAACAAACGCAATATACAAACTATTGTTGAAGTTTCGATGCTATATTTAGATATTTATTCCGTCACATATCAACGAAAACAAGGTTTATTTAGCGCAGCTTTTGAGTTTTCTAGACATAATTGATTTATAGTATATTCGAGTATATTTCTATTATATTCGAGTATTTTCAGATGCATTCGAGAATCAGA
ATTATTACGGGCATAAGTGTTGGAATGTGAAATCGGTTTTAAGCTAGCCTACCTAAAGTACAAAATTCTTGAAATGATGTTTTGCTTGAAATTGGAGTTTCGTTAATGATTTCAAAGTTCATAATATTGTTAATGTGTTGTTTCAAAGTTCATAAAATATGTATTCGGATAAAGGTGAGATGAGG
>TRINITY_DN36844_c1_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:GTTTGGCAACTCCAGTAGCAGgtatcttgattagatatgctttgatgtatgaaagcttaattatgtttgcatatgagcagattgactagtgaagtacctgtgaatttctatcttaaattatgctctgctttgaaacctttcaataattgctttgatacactatgtacaccactagatgtcattaactgttgcgattctgc
attgatgtaaaactaacctggtaaatgatgagcacaaatgctaaccacaatatttcttgtgtcagGTTTGGAAATTATGGGGGCCGTTCGGAGTAATAGATGAGATATTAAGATATTTGTGGGAGTTTAGTAGCAGTTTGGAGCTCTGATTATTGACTTATTTCTATTGTATGGTGTACAGTCATTGTTTATCTTTTCAA
TACTGCATTGAAAAAGAGTTAAACTTCTTTTAATGCAGCATTGAAAAATCAGAATTAGACTTTTATAAATGTTTTGCCACGATGTTGAGAACAGGGATTTAAAGTAATAAAGTCGGTCTTTGTTGGTGCTGTT
Intron 2 GTAAGTGCTG ... ATATGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.61 | 193 | 50 | 76 |
| A2 | 25.18 | 153 | 47 | 56 |
| A3 | 24.52 | 274 | 71 | 107 |
| A4 | 22.86 | 135 | 29 | 51 |
| A5 | 19.88 | 137 | 29 | 39 |
| A6 | 21.2 | 628 | 142 | 196 |
| A7 | 21.46 | 1131 | 275 | 343 |
| A8 | 20.78 | 1054 | 221 | 332 |
| A9 | 21.07 | 918 | 216 | 274 |
| A10 | 20.69 | 868 | 203 | 250 |
>TRINITY_DN116425_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoformACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTTCTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTA
AACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCCTAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCTGGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCT
GGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTCAACCAGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGGCTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGA
GACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGACGCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACAT
GATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGAGAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTT
ATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAATCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGTTTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGG
TTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAGGAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAAC
TGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCCGGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAGAAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTG
GTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCAACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGCTGGCTAGGATC
AAAGAGGAAATAGACGATAAGCTTGGTGGTTATGGTGATTCAGGAGGCAGCCGTTTTGGAAGTTATGGTGGTTCAGGAGGGAGCCGTTTTGGAAGTTCTGGTGGTTCAGGGGGAAGCCGTTTTGGAAATTCTGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTTTGGAAGCTATGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTCTGGTGGTTCAAG
TTATGGCGGATCAGGAGGAGATTATGGGGGTTCAAGTAATGGCAGATCTGGAGGCAGTTATGGTAGTGGATCAGGAGGTAGCTATGGTGGTGGATCAGGTGGTGGCTATGGTGGTTCTGGATCCCGCCGTTTTAGTGACTATGGGGAGTCTTCTAGTTCTCAGACAAGGACCAGTCAGTTTGGCAACTCCAGTAGCAGGT
TTGGAAATTATGGGGGCCGTTCGGAGTAATAGATGAGATATTAAGATATTTGTGGGAGTTTAGTAGCAGGAGTTTTGAAGTTGGTATTAATAGAAGGCCGGGTTCAAGTGAGAACAATCTGTTTGAAATTACAAAGTACCATGCGAGCCTCTATGCTTTGTGAATGAGCTTTGTCGGAATCAGTTCCAGAGAATGAATAG
AATTGCTGGAATATAACATCTATGTAGCCACCATGAAAGAGGCAGATTTTTGGTTCTACATTGGATTCACTCTGATTTTCTTAGTTTAGAAATGTTAGCCGTGTATGAAATATCTCTTTTGAAAAGAATATGCACATTGTATCTACCATCAAGTGCAAATGAATTGTATCCTCTGTAGCATATTTTAGTGAAAAACAGAG
ATCTCAGCTCCAGTGATCTTCGTGTAGAACAAACGCAATATACAAACTATTGTTGAAGTTTCGATGCTATATTTAGATATTTATTCCGTCACATATCAACGAAAACAAGGTTTATTTAGCGCAGCTTTTGAGTTTTCTAGACATAATTGATTTATAGTATATTCGAGTATATTTCTATTATATTCGAGTATTTTCAGATG
CATTCGAGAATCAGAATTATTACGGGCATAAGTGTTGGAATGTGAAATCGGTTTTAAGCTAGCCTACCTAAAGTACAAAATTCTTGAAATGATGTTTTGCTTGAAATTGGAGTTTCGTTAATGATTTCAAAGTTCATAATATTGTTAATGTGTTGTTTCAAAGTTCATAAAATATGTATTCGGATAAAGGTGAGATGAGG
TGTTGTGTATAAAAATACAAAATTTATAAAATGATGTTTTGTTTGAAATTTGAGTTTCTTAAATGGTT
>TRINITY_DN116425_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:ACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTTCTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTA
AACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCCTAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCTGGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCT
GGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTCAACCAGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGGCTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGA
GACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGACGCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACAT
GATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGAGAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTT
ATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAATCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGTTTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGG
TTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAGGAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAAC
TGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCCGGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAGAAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTG
GTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCAACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGgtaagtgctgta
actccgtagtgaacttcatcctatgctgtaatttccatctttaaatattgaactccaagcatatgacatgttaatttagattacattggtccaccttggcagcatccagaaaagaaatgcccaaatagagtcccagactttttcttttttaaactttgttttcttaggtgaagattttccggatttgcccttgtttgtaa
catgaccattggtaggcatcaccttggaattacaatcacaattatatatttttttcgcttggataaaaatcacaattttatttatataaacaaaatcacatattgtagacttctcagccttccttatacctgtagcttaaagatcacttacctcatccaggagcaaaaactgacagcaatttattcagaataggtctggt
ctactatgctcatatacagtcatcctcaaaacaggtccatttttcaaaaattacagtcatacataacatgacagcaaaaactaccacccaatcatcataaaatgtcatagagacttcatcagaaagtttgtatcagattctgagaactaaatgaaaggtccaggatctaatttagtcacaattatattattcagatatgg
aattgtagttctcttttgatcctccagtcatgtcttttttatatttcaagtaggtttcaggtttttctttttgtttcctttctctctgaattttgtcattttcaattttcaaacatgattgtgtagaattgaagtggaccgttttttcatgaaagttggtgtttattactttaactggttgaacaactaaacccctcatg
attattacatggcccatagaatatgaatggcagcgcatctgtttgattacctctattgcttggatgctctaaaattgtggtcagcataaagattattattcgaagctgtggatatttctctttgagaaattatcacaggaactgagtttggttgcaactttgccatccgtaaccttctgagtgactccattttgactgga
tttctatatatttgaccttggacttcagttttcttaaagccaaagttttgtccacaaacttgtattgggtcatgatagataagtagtctcttccatgatcctatttgtctatcatattcaatatgaatatgttcagagcaagatctgttttattatctgtggataatgatgagcaaggatgtagttaaggaatctatttt
ttttactgtattcatctcaaattaatgaagtatgagtaaaagatcttattataaccttgtgtccatgtctctttacactgaaaacaggtaatgctcctagaaaattggtttcttggctatgttttctgttggactataaaatattttaatttctaaataccatataaatggctttcttgttgctctttaaattaattctt
tgcaatgttcagaaagtctagtacatagtccttcctcccaggacatgaggtagactcatgtcctagaggtaggttttattgaagtgcaacgaatcttgtttttatcaacgagtgacaacaggaaatacataggttgtacagatgggaagtattctaactgatgatgggtaaggaaatattgtcaaaagtttttgattact
tattaagttatttgtaatgacagctaatagtttgttgtctgtttgcctgtggatatgtgcagCTGGCTAGGATCAAAGAGGAAATAGACGATAAGCTTGGTGGTTATGGTGATTCAGGAGGCAGCCGTTTTGGAAGTTATGGTGGTTCAGGAGGGAGCCGTTTTGGAAGTTCTGGTGGTTCAGGGGGAAGCCGTTTTGGA
AATTCTGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTTTGGAAGCTATGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTCTGGTGGTTCAAGTTATGGCGGATCAGGAGGAGATTATGGGGGTTCAAGTAATGGCAGATCTGGAGGCAGTTATGGTAGTGGATCAGGAGGTAGCTATGGTGGTGGATCAGGTGGTGGCTATGGTGGTTCTGGATCCCG
CCGTTTTAGTGACTATGGGGAGTCTTCTAGTTCTCAGACAAGGACCAGTCAGTTTGGCAACTCCAGTAGCAGGTTTGGAAATTATGGGGGCCGTTCGGAGTAATAGATGAGATATTAAGATATTTGTGGGAGTTTAGTAGCAGGAGTTTTGAAGTTGGTATTAATAGAAGGCCGGGTTCAAGTGAGAACAATCTGTTTGA
AATTACAAAGTACCATGCGAGCCTCTATGCTTTGTGAATGAGCTTTGTCGGAATCAGTTCCAGAGAATGAATAGAATTGCTGGAATATAACATCTATGTAGCCACCATGAAAGAGGCAGATTTTTGGTTCTACATTGGATTCACTCTGATTTTCTTAGTTTAGAAATGTTAGCCGTGTATGAAATATCTCTTTTGAAAAG
AATATGCACATTGTATCTACCATCAAGTGCAAATGAATTGTATCCTCTGTAGCATATTTTAGTGAAAAACAGAGATCTCAGCTCCAGTGATCTTCGTGTAGAACAAACGCAATATACAAACTATTGTTGAAGTTTCGATGCTATATTTAGATATTTATTCCGTCACATATCAACGAAAACAAGGTTTATTTAGCGCAGCT
TTTGAGTTTTCTAGACATAATTGATTTATAGTATATTCGAGTATATTTCTATTATATTCGAGTATTTTCAGATGCATTCGAGAATCAGAATTATTACGGGCATAAGTGTTGGAATGTGAAATCGGTTTTAAGCTAGCCTACCTAAAGTACAAAATTCTTGAAATGATGTTTTGCTTGAAATTGGAGTTTCGTTAATGATT
TCAAAGTTCATAATATTGTTAATGTGTTGTTTCAAAGTTCATAAAATATGTATTCGGATAAAGGTGAGATGAGGTGTTGTGTATAAAAATACAAAATTTATAAAATGATGTTTTGTTTGAAATTTGAGTTTCTTAAATGGTT
Intron 3 GTCTGTCCAA ... ATGCAATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.92 | 412 | 88 | 117 |
| A2 | 21.76 | 329 | 81 | 102 |
| A3 | 17.98 | 358 | 71 | 86 |
| A4 | 17.16 | 333 | 78 | 60 |
| A5 | 19.73 | 240 | 48 | 70 |
| A6 | 18.4 | 306 | 70 | 68 |
| A7 | 18.4 | 785 | 161 | 193 |
| A8 | 20 | 210 | 59 | 46 |
| A9 | 17.52 | 579 | 116 | 130 |
| A10 | 18.23 | 704 | 142 | 172 |
>TRINITY_DN116425_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoformACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTTCTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTA
AACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCCTAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCTGGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCT
GGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTCAACCAGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGGCTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGA
GACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGACGCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACAT
GATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGAGAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTT
ATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAATCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGTTTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGG
TTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAGGAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAAC
TGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCCGGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAGAAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTG
GTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCAACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGCTGGCTAGGATC
AAAGAGGAAATAGACGATAAGCTTGGTGGTTATGGTGATTCAGGAGGCAGCCGTTTTGGAAGTTATGGTGGTTCAGGAGGGAGCCGTTTTGGAAGTTCTGGTGGTTCAGGGGGAAGCCGTTTTGGAAATTCTGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTTTGGAAGCTATGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTCTGGTGGTTCAAG
TTATGGCGGATCAGGAGGAGATTATGGGGGTTCAAGTAATGGCAGATCTGGAGGCAGTTATGGTAGTGGATCAGGAGGTAGCTATGGTGGTGGATCAGGTGGTGGCTATGGTGGTTCTGGATCCCGCCGTTTTAGTGACTATGGGGAGTCTTCTAGTTCTCAGACAAGGACCAGTCAGTTTGGCAACTCCAGTAGCAGGT
TTGGAAATTATGGGGGCCGTTCGGAGTAATAGATGAGATATTAAGATATTTGTGGGAGTTTAGTAGCAGGAGTTTTGAAGTTGGTATTAATAGAAGGCCGGGTTCAAGTGAGAACAATCTGTTTGAAATTACAAAGTACCATGCGAGCCTCTATGCTTTGTGAATGAGCTTTGTCGGAATCAGTTCCAGAGAATGAATAG
AATTGCTGGAATATAACATCTATGTAGCCACCATGAAAGAGGCAGATTTTTGGTTCTACATTGGATTCACTCTGATTTTCTTAGTTTAGAAATGTTAGCCGTGTATGAAATATCTCTTTTGAAAAGAATATGCACATTGTATCTACCATCAAGTGCAAATGAATTGTATCCTCTGTAGCATATTTTAGTGAAAAACAGAG
ATCTCAGCTCCAGTGATCTTCGTGTAGAACAAACGCAATATACAAACTATTGTTGAAGTTTCGATGCTATATTTAGATATTTATTCCGTCACATATCAACGAAAACAAGGTTTATTTAGCGCAGCTTTTGAGTTTTCTAGACATAATTGATTTATAGTATATTCGAGTATATTTCTATTATATTCGAGTATTTTCAGATG
CATTCGAGAATCAGAATTATTACGGGCATAAGTGTTGGAATGTGAAATCGGTTTTAAGCTAGCCTACCTAAAGTACAAAATTCTTGAAATGATGTTTTGCTTGAAATTGGAGTTTCGTTAATGATTTCAAAGTTCATAATATTGTTAATGTGTTGTTTCAAAGTTCATAAAATATGTATTCGGATAAAGGTGAGATGAGG
TGTTGTGTATAAAAATACAAAATTTATAAAATGATGTTTTGTTTGAAATTTGAGTTTCTTAAATGGTT
>TRINITY_DN116425_c0_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:ACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTTCTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTA
AACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCCTAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCTGGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCT
GGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTTAACCGGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGGCTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGA
GACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGACGCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGgtctgtccaaaaatgttttccaactcttctttatttga
gcgattttatggttttttattcagtcgtgtgcatttttgctttggatatgtttatttttactgtttcagatggacgacttgggggttgacataataaaaaattataatctcacatttcttcgatttagttcactgcttaccggggtttggcatcgtaaagattgtatggtgaatattttttaatggaacctggttgttcc
cagtactacaagtccaatcatctcactgaagcagccaatagaccacattaccgtgggctattactattattcttattttatattttggcaatgaagaaatgaattatattaaacagatagatacatacctcaaagcactggtcctgttgaaggctgtaatgacaatggaaattataatcatcaaaactgatataaaatca
aatttaaagttcaggctgagattgcccattggtcatgtctgaacagtacaaagaactgtcaaagattgaaatggctgagattgtccagtggtcctgtctgatgtatctaaagtatatatgtggcttgtgtctggtttctgaaaatttgaagaagttaaaaagcatttagggataataacttataaggttgctcacctatt
ttcagagtgttgttgtttgctagcaatgcttatttttagcggatttctatttcaagagttttctttgatctggtgtcggaaattgtcttagaatatttgtctccagatcaagattaagattatgcatcaatgtgtagtatgtgaaataattaaaggtttttggaatgtacttcaatgtgggtaagttttaaatttgctgt
atttcggattacctgttttgactttttccaagtggtgtaattttctactgttagattgtgaataagtgctaatcctattcttcatgcaattagAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACATGATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTAT
TCAACACAACCGTAAAAATGGGTTTGTCCTGACTCTGTAGTGGAAGTTTGTCTATCTTTTTAACTTTGAAAAATGAAATCGCTATATCAAAGAGATCTGCCTGGTATTTTAAGCAAAAAATTTGAGAGATTTTTGTTTATAACAAAAACAAAAATTGTTTTATTGCGAGGCGCATTCTACAGCCCATTAGGGGGATGTGT
AACTCCTTCCGTCCTCATCCTGGAGATACGTGTTCTCTTTGAAAAATAATAAAATATTATAAAAATAACATGTTGGCTC
Intron 4 GTCTGTCCAA ... ATGCAATTAG
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| A3 | 17.98 | 358 | 71 | 86 |
| A4 | 17.16 | 333 | 78 | 60 |
| A5 | 19.73 | 240 | 48 | 70 |
| A6 | 18.4 | 306 | 70 | 68 |
| A7 | 18.4 | 785 | 161 | 193 |
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| A9 | 17.52 | 579 | 116 | 130 |
| A10 | 18.23 | 704 | 142 | 172 |
>TRINITY_DN102068_c6_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformCACAAAAGCGCGAAGCCGAGGAGATATAGGGTTTAGCTAGCATTCAACCCAAATGACACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTCCTCCACTTGT
TCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTCGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTAAACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCCTAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCTGGAGTCTCCC
CGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCTGGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTTCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTCAACCAGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGGCTGCAGGGCG
GGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGAGACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGACGCGGTATTGC
CAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACATGATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGAGAACTTGCAC
GTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTTATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAACCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGTTTTGGATGAG
GCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGGTTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAGGAATCACTCT
TTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAACTGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCCGGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAGAAGACTCTTG
CTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTGGTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCAACAGATTAGA
CAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGGTAAGTGCTGTAACTCCGTAGTGAACTTCATCCTATGCTGTAATTTCCATCTTTAAATATTGAACTCCAAGCATATGACATGTTAATTTAGATTACATTGGTCCACCTTGGCAGCATCCAGAAAAGAAATGCCCAAATAGAGTCCCAGACTTTTT
CTTTTTTAAACTTTGTTTTCTTAGGTGAAGATTTTCCGGATTTGCCCTTGTTTGTAACATGACCATTGGTAGGCATCACCTTGGAATTACAATCACAATTATATATTTTTTTCGCTTGGATAAAAATCACAATTTTATTTATATAAACAAAATCACATATTGTAGACTTCTCAGCCTTCCTTATACCTGTAGCTTAAAGA
TCACTTACCTCATCCAGGAGCAAAAACTGACAGCAATTTATTCAGAATAGGTCTGGTCTACTATGCTCATATACAGTCATCCTCAAAACAGGTCCATTTTTCAAAAATTACAGTCATACATAACATGACAGCAAAAACTACCACCCAATCATCATAAAATGTCATAGAGACTTCATCAGAAAGTTTGTATCAGATTCTGA
GAACTAAATGAAAGGTCCAGGATCTAATTTAGC
>TRINITY_DN102068_c6_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:CACAAAAGCGCGAAGCCGAGGAGATATAGGGTTTAGCTAGCATTCAACCCAAATGACACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTCCTCCACTTGT
TCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTCGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTAAACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCCTAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCTGGAGTCTCCC
CGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCTGGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTTCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTCAACCAGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGGCTGCAGGGCG
GGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGAGACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGACGCGGTATTGC
CAGATTGTTCCCCATTCAGgtctgtccaaaaatgttttccaactcttctttatttgagcgattttatggttttttattcagtcgtgtgcatttttgctttggatatgtttatttttactgtttcagatggacgacttgggggttgacataataaaaaattataatctcacatttcttcgatttagttcactgcttaccgg
ggtttggcatcgtaaagattgtatggtgaatattttttaatggaacctggttgttcccagtattacaagtccaatcatctcactgaagcagccaatagaccacattaccgtgggctattactattattcttattttatattttggcaatgaagaaatgaattatattaaacagatagacacatacctcaaagcactggtc
ctgttgaaggctgtaatgacaatggaaattataatcatcaaaactgatataaaatcaaatttaaagttcaggctgagattgcccattggtcatgtctgaacagtacaaagaactgtcaaagattgaaatggctgagattgtccagtggtcttgtctgatgtatctaaagtatatatgtggttttttctcagtagtgttct
tccctctaattgtatttttgtttctagtgcaaacaatttcagaatcattgttatgcagtgtgaataaaaaatctttcttgtgtctggtttctgaaaatttgaagaagttaaaaagcatttagggaaaataacttataaggttgctcacctattttcagagtgttgttgtttgctagcaatgcttatttttagcggatttc
tatttcaagagttttctttgatctggtgtcggaaattgtcttagaatatttgtctccagatcaagattaagattatgcatcaatgtgtagtatgtgaaataattaaaggtttttggaatgtacttcaatgtgggtaagttttaaatttgctgtatttcggattacctgttttgactttttccaagtggtgtaattttcta
ctgttagattgtgaataagtgctaatcctattcttcatgcaattagAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACATGATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGTTTGTCCTGACTCTGTAGTGGAAGT
TTGTCTATCTTTTTAACTTTGAAAAATGAAATCGCTATATCAAAGAGATCTGCCTGGTATTTTAAGCAAAAAATTTGAGAGATTTTTGTTTATAACAAAAACAAAAATTGTTTTATTGCGAGGCGCATTCTACAGCCCATTAGGGGGATGTGTAACTCCTTCCGTCCTCATCCTGGAGATACGTGTTCTCTTTGAAAAAT
AATAAAATATTATAAAAATAACATGTTGGCTCAAATTAGATTTAA
Intron 5 GTCTGTCCAA ... ATGCAATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.92 | 412 | 88 | 117 |
| A2 | 21.76 | 329 | 81 | 102 |
| A3 | 17.98 | 358 | 71 | 86 |
| A4 | 17.16 | 333 | 78 | 60 |
| A5 | 19.73 | 240 | 48 | 70 |
| A6 | 18.4 | 306 | 70 | 68 |
| A7 | 18.4 | 785 | 161 | 193 |
| A8 | 20 | 210 | 59 | 46 |
| A9 | 17.52 | 579 | 116 | 130 |
| A10 | 18.23 | 704 | 142 | 172 |
>TRINITY_DN116425_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoformACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTTCTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTA
AACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCCTAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCTGGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCT
GGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTCAACCAGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGGCTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGA
GACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGACGCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACAT
GATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGAGAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTT
ATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAATCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGTTTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGG
TTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAGGAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAAC
TGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCCGGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAGAAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTG
GTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCAACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGCTGGCTAGGATC
AAAGAGGAAATAGACGATAAGCTTGGTGGTTATGGTGATTCAGGAGGCAGCCGTTTTGGAAGTTATGGTGGTTCAGGAGGGAGCCGTTTTGGAAGTTCTGGTGGTTCAGGGGGAAGCCGTTTTGGAAATTCTGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTTTGGAAGCTATGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTCTGGTGGTTCAAG
TTATGGCGGATCAGGAGGAGATTATGGGGGTTCAAGTAATGGCAGATCTGGAGGCAGTTATGGTAGTGGATCAGGAGGTAGCTATGGTGGTGGATCAGGTGGTGGCTATGGTGGTTCTGGATCCCGCCGTTTTAGTGACTATGGGGAGTCTTCTAGTTCTCAGACAAGGACCAGTCAGTTTGGCAACTCCAGTAGCAGGT
TTGGAAATTATGGGGGCCGTTCGGAGTAATAGATGAGATATTAAGATATTTGTGGGAGTTTAGTAGCAGGAGTTTTGAAGTTGGTATTAATAGAAGGCCGGGTTCAAGTGAGAACAATCTGTTTGAAATTACAAAGTACCATGCGAGCCTCTATGCTTTGTGAATGAGCTTTGTCGGAATCAGTTCCAGAGAATGAATAG
AATTGCTGGAATATAACATCTATGTAGCCACCATGAAAGAGGCAGATTTTTGGTTCTACATTGGATTCACTCTGATTTTCTTAGTTTAGAAATGTTAGCCGTGTATGAAATATCTCTTTTGAAAAGAATATGCACATTGTATCTACCATCAAGTGCAAATGAATTGTATCCTCTGTAGCATATTTTAGTGAAAAACAGAG
ATCTCAGCTCCAGTGATCTTCGTGTAGAACAAACGCAATATACAAACTATTGTTGAAGTTTCGATGCTATATTTAGATATTTATTCCGTCACATATCAACGAAAACAAGGTTTATTTAGCGCAGCTTTTGAGTTTTCTAGACATAATTGATTTATAGTATATTCGAGTATATTTCTATTATATTCGAGTATTTTCAGATG
CATTCGAGAATCAGAATTATTACGGGCATAAGTGTTGGAATGTGAAATCGGTTTTAAGCTAGCCTACCTAAAGTACAAAATTCTTGAAATGATGTTTTGCTTGAAATTGGAGTTTCGTTAATGATTTCAAAGTTCATAATATTGTTAATGTGTTGTTTCAAAGTTCATAAAATATGTATTCGGATAAAGGTGAGATGAGG
TGTTGTGTATAAAAATACAAAATTTATAAAATGATGTTTTGTTTGAAATTTGAGTTTCTTAAATGGTT
>TRINITY_DN116425_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:ACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTTCTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTA
AACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCCTAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCTGGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCT
GGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTTAACCGGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGGCTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGA
GACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGACGCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGgtctgtccaaaaatgttttccaactcttctttatttga
gcgattttatggttttttattcagtcgtgtgcatttttgctttggatatgtttatttttactgtttcagatggacgacttgggggttgacataataaaaaattataatctcacatttcttcgatttagttcactgcttaccggggtttggcatcgtaaagattgtatggtgaatattttttaatggaacctggttgttcc
cagtactacaagtccaatcatctcactgaagcagccaatagaccacattaccgtgggctattactattattcttattttatattttggcaatgaagaaatgaattatattaaacagatagatacatacctcaaagcactggtcctgttgaaggctgtaatgacaatggaaattataatcatcaaaactgatataaaatca
aatttaaagttcaggctgagattgcccattggtcatgtctgaacagtacaaagaactgtcagaacagtacaaagaactgtcaaagattgaaatggctgagattgtccagtggtcctgtctgatgtatctaaagtatatatgtggttttttctcagtagtgttcttccctctaattgtatttttgtttctagtgcaaacaa
tttcagaatcattgttatgcagtgtgaataaaaaatctttcttgtgtctggtttctgaaaatttgaagaagttaaaaagcatttagggataataacttataaggttgctcacctattttcagagtgttgttgtttgctagcaatgcttatttttagcggatttctatttcaagagttttctttgatctggtgtcggaaat
tgtcttagaatatttgtctccagatcaagattaagattatgcatcaatgtgtagtatgtgaaataattaaaggtttttggaatgtacttcaatgtgggtaagttttaaatttgctgtatttcggattacctgttttgactttttccaagtggtgtaattttctactgttagattgtgaataagtgctaatcctattcttc
atgcaattagAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACATGATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGTTTGTCCTGACTCTGTAGTGGAAGTTTGTCTATCTTTTTAACTTTGAAAAATGAAATCGCT
ATATCAAAGAGATCTGCCTGGTATTTTAAGCAAAAAATTTGAGAGATTTTTGTTTATAACAAAAACAAAAATTGTTTTATTGCGAGGCGCATTCTACAGCCCATTAGGGGGATGTGTAACTCCTTCCGTCCTCATCCTGGAGATACGTGTTCTCTTTGAAAAATAATAAAATATTATAAAAATAACATGTTGGCTC
Intron 6 GTATAATTTT ... AAATGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.94 | 285 | 62 | 80 |
| A2 | 19.79 | 227 | 54 | 58 |
| A3 | 18.14 | 273 | 52 | 69 |
| A4 | 17.82 | 196 | 52 | 33 |
| A5 | 18.99 | 128 | 42 | 18 |
| A6 | 16.76 | 658 | 132 | 133 |
| A7 | 16.89 | 1033 | 224 | 196 |
| A8 | 14.9 | 997 | 161 | 188 |
| A9 | 17.05 | 910 | 190 | 184 |
| A10 | 16.05 | 837 | 183 | 137 |
>TRINITY_DN119895_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGAAGAATCACCACAAAAGCGCGAAGCCGAGGAGATATAGGGTTTAGCTAGCATTCAACCCAAATGACACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTC
CTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTAAACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCATAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCT
GGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCTGGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTTAACCGGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGG
CTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGAGACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGAC
GCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACATGATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGA
GAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTTATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAACCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGT
TTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGGTTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAG
GAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAACTGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCCGGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAG
AAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTGGTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCA
ACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGCTGGCTAGGATCAAAGAGGAAATAGACGATAAGCTTGGTGGTTATGGTGATTCAGGAGGCAGCCGTTTTGGAAGTTATGGTGGTTCAGGAGGGAGCCGTTTTGGAAGTTCTGGTGGTTCAGGGGGAAGCCGTTTTGGAAATTCTG
GTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTTTGGAAGCTATGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTCTGGTGGTTCAAGTTATGGCGGATCAGGAGGAGATTATGGGGGTTCAAGTAATGGCAGATCTGGAGGCAGTTATGGTAGTGGATCAGGAGGTAGCTATGGTGGTGGATCAGGTGGTGGCTATGGTGGTTCTGGATCCCGCCGTTTT
AGTGACTATGGGGAGTCTTCTAGTTCTCAGACAAGGACCAGTCAGTTTGGCAACTCCAGTAGCAGGTTTGGAAATTATGGGGGCCGTTCGGAGTAATAGATGAGATATTAAGATATTTGTGGGAGTTTAGTAGCAGGAGTTTTGAAGTTGGTATTAATAGAAGGCCGGGTTCAAGTGAGAACAATCTGTTTGAAATTACA
AAGTACCATGCGAGCCTCTATGCTTTGTGAATGAGCTTTGTCGGAATCAGTTCCAGAGAATGAATAGAATTGCTGGAATATAACATCTATGTAGCCACCATGAAAGAGGCAGATTTTTGGTTCTACATTGGATTCACTCTGATTTTCTTAGTTTAGAAATGTTAGCCGTGTATGAAATATCTCTTTTGAAAAGAATATGC
ACATTGTATCTACCATCAAGTGCAAATGAATTGTATCCTCTGTAGCATATTTTAGTGAAAAACAGAGATCTCAGCTCCAGTGATCTTCGTGTAGAACAAACGCAATATACAAACTATTGTTGAAGTTTCGATGCTATATTTAGATATTTATTCCGTCACATATCAACGAAAACAAGGTTTATTTAGCGCAGCTTTTGAGT
TTTCTAGACATAATTGATTTATAGTATATTCGAGTATATTTCTATTATATTCGAGTATTTTCAGATGCATTCGAGAATCAGAATTATTACGGGCATAAGTGTTGGAATGTGAAATCGGTTTTAAGCTAGCCTACCTAAAGTACAAAATTCTTGAAATGATGTTTTGCTTGAAATTGGAGTTTCGTTAATGATTTCAAAGT
TCATAATATTGTTAATGTGTTGTTTCAAAGTTCATAAAATATGTATTCGGATAAAGGTGAGATGAGGTGTTGTGTATAAAAATACAAAATTTATAAAATGATGTTTTGTTTGAAATTGGAGTTTCTTAAATGGTTCCAAAGTTCAAAGAATGTTTGATGGGTTGTTTAAAAGTTTGTAAATATTAATGTGTCCAATCAAA
TTGAGTTTAATATGGTGATATACGG
>TRINITY_DN119895_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAAGAATCACCACAAAAGCGCGAAGCCGAGGAGATATAGGGTTTAGCTAGCATTCAACCCAAATGACACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTC
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GGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCTGGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTTAACCGGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGG
CTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGAGACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGAC
GCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACATGATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGA
GAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTTATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAACCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGT
TTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGGTTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTAAGTTATAAAATAGCTTTGTTTTTCTGGT
GGAATTTATTAACAAGAATATATTTGTCCTGATGCTGTGTTTGTTGCCCAAGCATGTCTTATCAACCAGGATATTTTCTAGGTTGTCTGACCCATAATCTGCTTGTCTTAGGGAGTCTGTATATTGTTCCTATCTATGTTTGTGTTTGTATGCTTATCTATATTTTTGTTTGTAAGGACTAAAAATTTCCATGTTCCTTC
AAAAATTTAGATTCATCAATCAGTGTTTCATAATATTTATATCCTTTCTTAATTTGGTTGGTTGCAGGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAGGAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAACTGTATGGTCCTTACATTTTTGAGATGATCTTTTGG
TTGTGCCATGTATCTAATATCTATCCTAGGGTTCTTTGTTTGCAGTCTAAATATTCCATGTGGGGTACTGATTAACAGGTGTGGTGTGTCTAAGGTGCATATTACAGTGTTTGGAGGACTTTCAACATGAAAGTAGTAAATTGGAAGGAAATGTAGAAGTGATCATTTTTGAAGATGAGATTTTTATCTAACAACATAAA
ATTCAGTACTGTATTGTGTGATTAACTTTGACAAATGAACAGTATCATAATTTTGATGATAGTCCTATAATATCAATGTAGATGATAGTCCTATGATATCAATGTACATAATGATCTGCTCAGTGTTTATTTGGGTATTATTGTAATTAGAAACTTATGTTTTTTTTTTCTACTCTTACTATTGTACACTTAACAAAGTA
ATATGTTCATGGTTAGATTAATTAGTCTGAAGCTACTGTAGATTTTGATTCCTCCTGGTGATAAGTGTTTGTTATGTTTTTGGGTTCATAATTTTATAATCACTTCCCCTCCTATCTTCAGGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCC
GGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAGAAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTGGTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGgtataattttcttcttgtgttacttgtaccccttagatagtttaaacttcggta
agagataaatttgctactgaaaactaagcttctcatattacatgattttcaaatttaacgatatggttgtgttggaaatatggaagcactgtcttcagagttttggaaatatgaaggatgcataattatttaatgttctttggtcacttggctctaaagttgtttcaactttcattttttgtgatatcagagttttgatg
ttttcatgcaaccttgattttgtaaatgttcagGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCAACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGGTAAG
TGCTGTAACTCCGTAGTGAACTTCATCCTATGCTGTAATTTCCATCTTTAAATATTGAACTCCAAGCATATGACATGTTAATTTAGATTACATTGGTCCACCTTGGCAGCATCCAGAAAAGAAATGCCCAAATAGAGTCCCAGACTTTTTCTTTTTTAAACTTTGTTTTCTTAGGTGAAGATTTTCCGGATTTGCCCTTG
TTTGTAACATGACCATTGGTAGGCATCACCTTGGAATTACAATCACAATTATATATTTTTTTCGCTTGGATAAAAATCACAATTTTATTTATATAAACAAAATCACATATTGTAGACTTCTCAGCCTTCCTTATACCTGTAGCTTAAAGATCACTTACCTCATCCAGGACCAAAAACTGACAGCAATTTATTCAGAATAG
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GACTGGATTTCTATATATTTGACCTTGGACTTCAGTTTTCTTAAAGCCAAAGTTTTGTCCACAAACTTGTATTGGGTCATGATAGATAAGTAGTCTCTTCCATGATCCTATTTGTCTATCATATTCAATATGAATATGTTCAGAGCAAGATCTGTTTTATTATCTGTGGATAACGATGAGCG
Intron 7 GTATGGTCCT ... CTATCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.78 | 391.8 | 56.6 | 79 |
| A2 | 19.06 | 225 | 43 | 53 |
| A3 | 16.75 | 318 | 52.6 | 64 |
| A4 | 15.1 | 253 | 35.4 | 45 |
| A5 | 14.85 | 120.4 | 22.4 | 21 |
| A6 | 8.21 | 358 | 61.6 | 32 |
| A7 | 11.08 | 650.2 | 90.8 | 81 |
| A8 | 10.58 | 540.8 | 74 | 64 |
| A9 | 13.33 | 610.8 | 77.6 | 94 |
| A10 | 13.36 | 583.6 | 83.8 | 90 |
>TRINITY_DN119895_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGAAGAATCACCACAAAAGCGCGAAGCCGAGGAGATATAGGGTTTAGCTAGCATTCAACCCAAATGACACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTC
CTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTAAACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCATAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCT
GGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCTGGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTTAACCGGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGG
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TTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGGTTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAG
GAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAACTGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCCGGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAG
AAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTGGTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCA
ACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGCTGGCTAGGATCAAAGAGGAAATAGACGATAAGCTTGGTGGTTATGGTGATTCAGGAGGCAGCCGTTTTGGAAGTTATGGTGGTTCAGGAGGGAGCCGTTTTGGAAGTTCTGGTGGTTCAGGGGGAAGCCGTTTTGGAAATTCTG
GTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTTTGGAAGCTATGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTCTGGTGGTTCAAGTTATGGCGGATCAGGAGGAGATTATGGGGGTTCAAGTAATGGCAGATCTGGAGGCAGTTATGGTAGTGGATCAGGAGGTAGCTATGGTGGTGGATCAGGTGGTGGCTATGGTGGTTCTGGATCCCGCCGTTTT
AGTGACTATGGGGAGTCTTCTAGTTCTCAGACAAGGACCAGTCAGTTTGGCAACTCCAGTAGCAGGTTTGGAAATTATGGGGGCCGTTCGGAGTAATAGATGAGATATTAAGATATTTGTGGGAGTTTAGTAGCAGGAGTTTTGAAGTTGGTATTAATAGAAGGCCGGGTTCAAGTGAGAACAATCTGTTTGAAATTACA
AAGTACCATGCGAGCCTCTATGCTTTGTGAATGAGCTTTGTCGGAATCAGTTCCAGAGAATGAATAGAATTGCTGGAATATAACATCTATGTAGCCACCATGAAAGAGGCAGATTTTTGGTTCTACATTGGATTCACTCTGATTTTCTTAGTTTAGAAATGTTAGCCGTGTATGAAATATCTCTTTTGAAAAGAATATGC
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TTGAGTTTAATATGGTGATATACGG
>TRINITY_DN119895_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAAGAATCACCACAAAAGCGCGAAGCCGAGGAGATATAGGGTTTAGCTAGCATTCAACCCAAATGACACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTC
CTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTAAACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCATAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCT
GGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCTGGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTTAACCGGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGG
CTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGAGACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGAC
GCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACATGATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGA
GAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTTATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAACCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGT
TTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGGTTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTAAGTTATAAAATAGCTTTGTTTTTCTGGT
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ttgtgccatgtatctaatatctatcctagggttctttgtttgcagtctaaatattccatgtggggtactgattaacaggtgtggtgtgtctaaggtgcatattacagtgtttggaggactttcaacatgaaagtagtaaattggaaggaaatgtagaagtgatcatttttgaagatgagatttttatctaacaacataaa
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GGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAGAAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTGGTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTATAATTTTCTTCTTGTGTTACTTGTACCCCTTAGATAGTTTAAACTTCGGTA
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TTTTCATGCAACCTTGATTTTGTAAATGTTCAGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCAACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGGTAAG
TGCTGTAACTCCGTAGTGAACTTCATCCTATGCTGTAATTTCCATCTTTAAATATTGAACTCCAAGCATATGACATGTTAATTTAGATTACATTGGTCCACCTTGGCAGCATCCAGAAAAGAAATGCCCAAATAGAGTCCCAGACTTTTTCTTTTTTAAACTTTGTTTTCTTAGGTGAAGATTTTCCGGATTTGCCCTTG
TTTGTAACATGACCATTGGTAGGCATCACCTTGGAATTACAATCACAATTATATATTTTTTTCGCTTGGATAAAAATCACAATTTTATTTATATAAACAAAATCACATATTGTAGACTTCTCAGCCTTCCTTATACCTGTAGCTTAAAGATCACTTACCTCATCCAGGACCAAAAACTGACAGCAATTTATTCAGAATAG
GTCTGGTCTACTATGCTCATATACAGTCATCCTCAAAACAGGTCCATTTTTCAAAAATTACAGTCATACATAACATGACAGCAAAAACTACCACCCAATCATCATAAAATGTCATAGAGACTTCATCAGAAAGTTTGTATCAGATTCTGAGAACTAAATGAAAGGTCCAGGATCTAATTTAGTCACAATTATATTATTCA
GATATGGAATTGTAGTTCTCTTTTGATCCTCCAGTCATGTCTTTTTTATATTTCAAGTAGGTTTCAGGTTTTTCTTTTTGTTTCCTTTCTCTCTGAATTTTGTCATTTTCAATTTTCAAACATGATTGTGTAGAATTGAAGTGGACCGTTTTTTCATGAAAGTTGGTGTTTATTACTTTAACTGGTTGAACAACTAAACC
CCTCATGATTATTACATGGCCCATAGAATATGAATGGCAGCGCATCTGTTTGATTACCTCTATTGCTTGGATGCTCTAAAATTGTGGTCAGCATAAAGATTATTATTCGAAGCTGTGGATATTTCTCTTTGAGAAATTATCACAGGAACTGAGTTTGGTTGCAACTTTGCCATCCGTAACCTTCTGAGTGACTCCATTTT
GACTGGATTTCTATATATTTGACCTTGGACTTCAGTTTTCTTAAAGCCAAAGTTTTGTCCACAAACTTGTATTGGGTCATGATAGATAAGTAGTCTCTTCCATGATCCTATTTGTCTATCATATTCAATATGAATATGTTCAGAGCAAGATCTGTTTTATTATCTGTGGATAACGATGAGCG
Intron 8 GTATCTTGAT ... CTTGTGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 5.66 | 493.2 | 43.4 | 31.5 |
| A2 | 5.22 | 389.4 | 39.2 | 21.8 |
| A3 | 4.79 | 522.6 | 46.6 | 27.5 |
| A4 | 7.3 | 219.2 | 19 | 17.5 |
| A5 | 6.86 | 203 | 18.6 | 15.5 |
| A6 | 4.55 | 1904 | 132.2 | 97 |
| A7 | 4.66 | 2770.2 | 204.2 | 145 |
| A8 | 5.48 | 3116 | 230.2 | 195.5 |
| A9 | 5.51 | 2512 | 190.6 | 156.5 |
| A10 | 4.73 | 2551.8 | 212.6 | 135.5 |
>TRINITY_DN119895_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGAAGAATCACCACAAAAGCGCGAAGCCGAGGAGATATAGGGTTTAGCTAGCATTCAACCCAAATGACACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTC
CTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTAAACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCATAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCT
GGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCTGGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTTAACCGGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGG
CTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGAGACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGAC
GCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACATGATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGA
GAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTTATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAACCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGT
TTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGGTTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAG
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AAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTGGTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCA
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AGTGACTATGGGGAGTCTTCTAGTTCTCAGACAAGGACCAGTCAGTTTGGCAACTCCAGTAGCAGGTTTGGAAATTATGGGGGCCGTTCGGAGTAATAGATGAGATATTAAGATATTTGTGGGAGTTTAGTAGCAGGAGTTTTGAAGTTGGTATTAATAGAAGGCCGGGTTCAAGTGAGAACAATCTGTTTGAAATTACA
AAGTACCATGCGAGCCTCTATGCTTTGTGAATGAGCTTTGTCGGAATCAGTTCCAGAGAATGAATAGAATTGCTGGAATATAACATCTATGTAGCCACCATGAAAGAGGCAGATTTTTGGTTCTACATTGGATTCACTCTGATTTTCTTAGTTTAGAAATGTTAGCCGTGTATGAAATATCTCTTTTGAAAAGAATATGC
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TTGAGTTTAATATGGTGATATACGG
>TRINITY_DN119895_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAAGAATCACCACAAAAGCGCGAAGCCGAGGAGATATAGGGTTTAGCTAGCATTCAACCCAAATGACACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTC
CTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTAAACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCATAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCT
GGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCTGGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTTAACCGGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGG
CTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGAGACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGAC
GCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACATGATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGA
GAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTTATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAACCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGT
TTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGGTTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAG
GAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAACTGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCCGGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAG
AAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTGGTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCA
ACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGCTGGCTAGGATCAAAGAGGAAATAGACGATAAGCTTGGTGGTTATGGTGATTCAGGAGGCAGCCGTTTTGGAAGTTATGGTGGTTCAGGAGGGAGCCGTTTTGGAAGTTCTGGTGGTTCAGGGGGAAGCCGTTTTGGAAATTCTG
GTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTTTGGAAGCTATGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTCTGGTGGTTCAAGTTATGGCGGATCAGGAGGAGATTATGGGGGTTCAAGTAATGGCAGATCTGGAGGCAGTTATGGTAGTGGATCAGGAGGTAGCTATGGTGGTGGATCAGGTGGTGGCTATGGTGGTTCTGGATCCCGCCGTTTT
AGTGACTATGGGGAGTCTTCTAGTTCTCAGACAAGGACCAGTCAGTTTGGCAACTCCAGTAGCAGgtatcttgattagatatgctttgatgtatgaaagcttaattatgtttgcatatgagcagattgactagtgaagtacctgtgaatttctatcttaaattatgctctgctttgaaacctttcaataattgctttgat
acactatgtacaccactagatgtcattaactgttgcgattctgcattgatgtaaaactaacctggtaaatgatgagcacaaatgcatttaaccacaatatttcttgtgtcagGTTTGGAAATTATGGGGGCCGTTCGGAGTAATAGATGAGATATTAAGATATTTGTGGGAGTTTAGTAGCAGGTATGTTTTGTTGACAA
ACCTTTGCATATGGAAAGCTTAATTGTCTGCACATCAAAGCATATCTGTTCTTTCTGTTTGGCATAGATCTTATACACTTTAAAATCAATTTTAAACTAATGATTGGAAATATTAAATAGTAAGTATTTTCAGATTTCTTTGGAGCATCTTCTCCCTTCTGATAGCCCTCCAAGTTATTCATTGTACATGTATCTGATAT
CATTTTATTTTTCATGTCAGTTTGGAGCTCTGATTATTGACTTATTTCTATTGTATGGTGTACAGTCATTGTTTATCTTTTCAATACTGCATTGAAAAAGAGTTAAACTTCTTTTAATGCAGCATTGAAAAATCAGAATTAGACTTTTATAAATGTTTTGCCACGATGTTGAGAACAGGGATTTAAAGTAATAAAGTCGG
TCTTTGTTGGTGCTGTTACTTTATGCTTTAGAGCAAGAATGAACTTGTCAGTGACATTATTTCAAAGTTGTATAGTGTTTGAGTTGTGATAGTAACCTTTTGTATGTCTACTATGTAGACTAAATATCCCATGCTTTTTGAAACAAGTTATTGGACTATGTTTAGGAAAAGTCTTAGAAATGAGGCCTCGAAAGAAGTGA
GGGACACTCTATATCCCAGTCAGTGGTGTCATGATGGTGTCATGAAGGTGGGTAACACTAGTAAACTAAAATGAAAAAAAAGGTGAGGCCTACTTTATTAATGTGTAAGGCTAATAAAAATTAGCATGGATTCATCTTAACCTTGGATCTTTAAGCAACGTGAAGTTTTATTCCCACTCATTTTATCACTCCGGGTTTAA
GATTGGTCTATTCTACTTTTACTATTGTCCACAGATGACAAAAATTGTAGGACAATGGAAGTGCAATATTACCATATTGTTGGAGCTAAAGTATGAAGTATAAAATAAAATAAGGTAAACTACTAAATATGAGATGTAGCAAAAAATATAAGCATTGTAGGACAATGGAAGTACATTATTACCAAATTGCTAGTGCTAAA
GTATGAAGTATAAAATAAAATAAGGTAAACTACTAAATATGAGATGTAGCAAAAAACGTAAGAATAGATATAACATGATAAAGAGCTACACAACATCACATTTAGATCTAGATGTTGAATCATAGTGGGCAGCTATTTCACAGGGTTCATTGAATTCAAACCTTTAGGTTTGAAATTCGATGAACAGCCAAAAATTGAAT
TTCTTGCGATGGGTGACTTGGTTTTTATAGAATCCCCGTAATTTATGATTGAGACAAGGCGACTATATCTTCTCTAGAAAATGTGAAATTTACATTCTTTTGTAGCTCATATTTTTATTTCGGGACAACACTAATTGGATTTTTCCCTTTGGATAGGGTTTGCAGTCGTATTGCTTTTCGACATCTACATTGTGTTGATG
CAAGAACTATTCCTTTTTAACTACTTATAACTCTTAGATTTTCCACTTCCACCATTGTGACTTGGCTTCGTAGTTTCCAAGCTCGTTAGCTTTGTAGGTTCCAAGCTCGTTAGTCAAAGCAAACTCTATTTTGAAAGGTAAGGGGTTGTCATTAATCGTTTGGTATTATAAAATATTATTTATAAGTATTTTTTTATTAT
AATGTTTTTTTGTACAAGGGGAAATGACAACTGGGATGGAGATGGTACTTGTGTGACACATGGTTCGTGGGTCCAATCTCATTCACTACCACTAAACCCCTAGGTGCACCCACACAGCCCCAAGCATGGGGCACGTGTAAGTCGGGGTGTATTGAACTTGTGAC
Intron 9 GTAAGTTATA ... TTGGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.55 | 382 | 75.8 | 9.6 |
| A2 | 19.07 | 295 | 75.6 | 8.8 |
| A3 | 16.91 | 364 | 80.3 | 6.2 |
| A4 | 16.2 | 215 | 45.1 | 7.6 |
| A5 | 19.95 | 122 | 33.5 | 0.6 |
| A6 | 16.46 | 473 | 101.4 | 3.6 |
| A7 | 20 | 860 | 240.8 | 4.8 |
| A8 | 17.56 | 612 | 143.5 | 10.2 |
| A9 | 15.46 | 730 | 144.9 | 4.2 |
| A10 | 17.14 | 685 | 155.4 | 7.8 |
>TRINITY_DN119895_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGAAGAATCACCACAAAAGCGCGAAGCCGAGGAGATATAGGGTTTAGCTAGCATTCAACCCAAATGACACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTC
CTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTAAACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCATAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCT
GGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCTGGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTTAACCGGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGG
CTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGAGACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGAC
GCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACATGATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGA
GAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTTATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAACCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGT
TTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGGTTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAG
GAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAACTGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCCGGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAG
AAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTGGTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCA
ACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGCTGGCTAGGATCAAAGAGGAAATAGACGATAAGCTTGGTGGTTATGGTGATTCAGGAGGCAGCCGTTTTGGAAGTTATGGTGGTTCAGGAGGGAGCCGTTTTGGAAGTTCTGGTGGTTCAGGGGGAAGCCGTTTTGGAAATTCTG
GTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTTTGGAAGCTATGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTCTGGTGGTTCAAGTTATGGCGGATCAGGAGGAGATTATGGGGGTTCAAGTAATGGCAGATCTGGAGGCAGTTATGGTAGTGGATCAGGAGGTAGCTATGGTGGTGGATCAGGTGGTGGCTATGGTGGTTCTGGATCCCGCCGTTTT
AGTGACTATGGGGAGTCTTCTAGTTCTCAGACAAGGACCAGTCAGTTTGGCAACTCCAGTAGCAGGTTTGGAAATTATGGGGGCCGTTCGGAGTAATAGATGAGATATTAAGATATTTGTGGGAGTTTAGTAGCAGGAGTTTTGAAGTTGGTATTAATAGAAGGCCGGGTTCAAGTGAGAACAATCTGTTTGAAATTACA
AAGTACCATGCGAGCCTCTATGCTTTGTGAATGAGCTTTGTCGGAATCAGTTCCAGAGAATGAATAGAATTGCTGGAATATAACATCTATGTAGCCACCATGAAAGAGGCAGATTTTTGGTTCTACATTGGATTCACTCTGATTTTCTTAGTTTAGAAATGTTAGCCGTGTATGAAATATCTCTTTTGAAAAGAATATGC
ACATTGTATCTACCATCAAGTGCAAATGAATTGTATCCTCTGTAGCATATTTTAGTGAAAAACAGAGATCTCAGCTCCAGTGATCTTCGTGTAGAACAAACGCAATATACAAACTATTGTTGAAGTTTCGATGCTATATTTAGATATTTATTCCGTCACATATCAACGAAAACAAGGTTTATTTAGCGCAGCTTTTGAGT
TTTCTAGACATAATTGATTTATAGTATATTCGAGTATATTTCTATTATATTCGAGTATTTTCAGATGCATTCGAGAATCAGAATTATTACGGGCATAAGTGTTGGAATGTGAAATCGGTTTTAAGCTAGCCTACCTAAAGTACAAAATTCTTGAAATGATGTTTTGCTTGAAATTGGAGTTTCGTTAATGATTTCAAAGT
TCATAATATTGTTAATGTGTTGTTTCAAAGTTCATAAAATATGTATTCGGATAAAGGTGAGATGAGGTGTTGTGTATAAAAATACAAAATTTATAAAATGATGTTTTGTTTGAAATTGGAGTTTCTTAAATGGTTCCAAAGTTCAAAGAATGTTTGATGGGTTGTTTAAAAGTTTGTAAATATTAATGTGTCCAATCAAA
TTGAGTTTAATATGGTGATATACGG
>TRINITY_DN119895_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAAGAATCACCACAAAAGCGCGAAGCCGAGGAGATATAGGGTTTAGCTAGCATTCAACCCAAATGACACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTC
CTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTAAACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCATAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCT
GGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCTGGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTTAACCGGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGG
CTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGAGACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGAC
GCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACATGATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGA
GAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTTATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAACCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGT
TTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGGTTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTgtaagttataaaatagctttgtttttctggt
ggaatttattaacaagaatatatttgtcctgatgctgtgtttgttgcccaagcatgtcttatcaaccaggatattttctaggttgtctgacccataatctgcttgtcttagggagtctgtatattgttcctatctatgtttgtgtttgtatgcttatctatatttttgtttgtaaggactaaaaatttccatgttccttc
aaaaatttagattcatcaatcagtgtttcataatatttatatcctttcttaatttggttggttgcagGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAGGAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAACTGTATGGTCCTTACATTTTTGAGATGATCTTTTGG
TTGTGCCATGTATCTAATATCTATCCTAGGGTTCTTTGTTTGCAGTCTAAATATTCCATGTGGGGTACTGATTAACAGGTGTGGTGTGTCTAAGGTGCATATTACAGTGTTTGGAGGACTTTCAACATGAAAGTAGTAAATTGGAAGGAAATGTAGAAGTGATCATTTTTGAAGATGAGATTTTTATCTAACAACATAAA
ATTCAGTACTGTATTGTGTGATTAACTTTGACAAATGAACAGTATCATAATTTTGATGATAGTCCTATAATATCAATGTAGATGATAGTCCTATGATATCAATGTACATAATGATCTGCTCAGTGTTTATTTGGGTATTATTGTAATTAGAAACTTATGTTTTTTTTTTCTACTCTTACTATTGTACACTTAACAAAGTA
ATATGTTCATGGTTAGATTAATTAGTCTGAAGCTACTGTAGATTTTGATTCCTCCTGGTGATAAGTGTTTGTTATGTTTTTGGGTTCATAATTTTATAATCACTTCCCCTCCTATCTTCAGGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCC
GGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAGAAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTGGTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTATAATTTTCTTCTTGTGTTACTTGTACCCCTTAGATAGTTTAAACTTCGGTA
AGAGATAAATTTGCTACTGAAAACTAAGCTTCTCATATTACATGATTTTCAAATTTAACGATATGGTTGTGTTGGAAATATGGAAGCACTGTCTTCAGAGTTTTGGAAATATGAAGGATGCATAATTATTTAATGTTCTTTGGTCACTTGGCTCTAAAGTTGTTTCAACTTTCATTTTTTGTGATATCAGAGTTTTGATG
TTTTCATGCAACCTTGATTTTGTAAATGTTCAGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCAACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGGTAAG
TGCTGTAACTCCGTAGTGAACTTCATCCTATGCTGTAATTTCCATCTTTAAATATTGAACTCCAAGCATATGACATGTTAATTTAGATTACATTGGTCCACCTTGGCAGCATCCAGAAAAGAAATGCCCAAATAGAGTCCCAGACTTTTTCTTTTTTAAACTTTGTTTTCTTAGGTGAAGATTTTCCGGATTTGCCCTTG
TTTGTAACATGACCATTGGTAGGCATCACCTTGGAATTACAATCACAATTATATATTTTTTTCGCTTGGATAAAAATCACAATTTTATTTATATAAACAAAATCACATATTGTAGACTTCTCAGCCTTCCTTATACCTGTAGCTTAAAGATCACTTACCTCATCCAGGACCAAAAACTGACAGCAATTTATTCAGAATAG
GTCTGGTCTACTATGCTCATATACAGTCATCCTCAAAACAGGTCCATTTTTCAAAAATTACAGTCATACATAACATGACAGCAAAAACTACCACCCAATCATCATAAAATGTCATAGAGACTTCATCAGAAAGTTTGTATCAGATTCTGAGAACTAAATGAAAGGTCCAGGATCTAATTTAGTCACAATTATATTATTCA
GATATGGAATTGTAGTTCTCTTTTGATCCTCCAGTCATGTCTTTTTTATATTTCAAGTAGGTTTCAGGTTTTTCTTTTTGTTTCCTTTCTCTCTGAATTTTGTCATTTTCAATTTTCAAACATGATTGTGTAGAATTGAAGTGGACCGTTTTTTCATGAAAGTTGGTGTTTATTACTTTAACTGGTTGAACAACTAAACC
CCTCATGATTATTACATGGCCCATAGAATATGAATGGCAGCGCATCTGTTTGATTACCTCTATTGCTTGGATGCTCTAAAATTGTGGTCAGCATAAAGATTATTATTCGAAGCTGTGGATATTTCTCTTTGAGAAATTATCACAGGAACTGAGTTTGGTTGCAACTTTGCCATCCGTAACCTTCTGAGTGACTCCATTTT
GACTGGATTTCTATATATTTGACCTTGGACTTCAGTTTTCTTAAAGCCAAAGTTTTGTCCACAAACTTGTATTGGGTCATGATAGATAAGTAGTCTCTTCCATGATCCTATTTGTCTATCATATTCAATATGAATATGTTCAGAGCAAGATCTGTTTTATTATCTGTGGATAACGATGAGCG
Intron 10 GTATGTTTTG ... TTCATGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.31 | 66.9 | 86.3 | 8 |
| A2 | 63.63 | 43.9 | 64.9 | 9 |
| A3 | 65.02 | 61.1 | 78.6 | 4 |
| A4 | 67.11 | 30.1 | 47 | 6 |
| A5 | 65.65 | 25.7 | 34.4 | 1 |
| A6 | 56.3 | 218.6 | 269 | 12 |
| A7 | 58.1 | 319.4 | 396.7 | 9 |
| A8 | 60.82 | 380.1 | 487.1 | 13 |
| A9 | 59.53 | 286.7 | 359.6 | 17 |
| A10 | 55.7 | 295.3 | 355.9 | 22 |
>TRINITY_DN39808_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoformGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTTCTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTCGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTAAACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAG
AGTATGGCAGGCGGACAGCTAAGCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCATAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCTGGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCTGGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTTCGAAGCCT
GCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTTAACCGGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGGCTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGAGACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAA
AAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGACGCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACATGATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTT
GCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGAGAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTTATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCT
TAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAATCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGTTTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGGTTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTA
CAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAGGAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAACTGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACT
CAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCCGGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAGAAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTGGTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTTATTCATTA
CGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCAACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGCTGGCTAGGATCAAAGAGGAAATAGACGATAAGCTTGGTGGTTATGGTG
ATTCAGGAGGCAGCCGTTTTGGAAGTTATGGTGGTTCAGGAGGGAGCCGTTTTGGAAGTTCTGGTGGTTCAGGGGGAAGCCGTTTTGGAAATTCTGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTTTGGAAGCTATGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTCTGGTGGTTCAAGTTATGGCGGATCAGGAGGAGATTATGGGGGTTCAAGT
AATGGCAGATCTGGAGGCAGTTATGGTAGTGGATCAGGAGGTAGCTATGGTGGTGGATCAGGTGGTGGCTATGGTGGTTCTGGATCCCGCCGTTTTAGTGACTATGGGGAGTCTTCTAGTTCTCAGACAAGGACCAGTCAGTTTGGCAACTCCAGTAGCAGGTTTGGAAATTATGGGGGCCGTTCGGAGTAATAGATGAG
ATATTAAGATATTTGTGGGAGTTTAGTAGCAGTTTGGAGCTCTGATTATTGACTTATTTCTATTGTATGGTGTACAGTCATTGTTTATCTTTTCAATACTGCATTGAAAAAGAGTTAAACTTCTTTTAATGCAGCATTGAAAAATCAGAATTAGACTTTTATAAATGTTTTGCCACGATGTTGAGAACAGGGATTTAAAG
TAATAAAGTCGGTCTTTGTTGGTGCTGTC
>TRINITY_DN39808_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:ATTACAGTTAATGTGCATTGTTGTTTTAAAGGGTAAGTTTTAGGTTATGTTCTTGATCGGTCATGTCTTGTTCTCTCTTAAAAAGCAGTGTTGTCATGTACAGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGAGAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGAT
ACTCTTTGCTGTTATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAATCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGTTTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGT
CATTATGGAAAGGTTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAGGAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCA
ACCCGTTGATAACTGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCCGGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAGAAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGAT
GTAGCTGCCCGTGGTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCAACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGA
GCTGGCTAGGATCAAAGAGGAAATAGACGATAAGCTTGGTGGTTATGGTGATTCAGGAGGCAGCCGTTTTGGAAGTTATGGTGGTTCAGGAGGGAGCCGTTTTGGAAGTTCTGGTGGTTCAGGGGGAAGCCGTTTTGGAAATTCTGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTTTTGGAAGCTATGGTGGTTCAGGAGGGGGCCGTT
CTGGTGGTTCAAGTTATGGCGGATCAGGAGGAGATTATGGGGGTTCAAGTAATGGCAGATCTGGAGGCAGTTATGGTAGTGGATCAGGAGGTAGCTATGGTGGTGGATCAGGTGGTGGCTATGGTGGTTCTGGATCCCGCCGTTTTAGTGACTATGGGGAGTCTTCTAGTTCTCAGACAAGGACCAGTCAGTTTGGCAAC
TCCAGTAGCAGGTTTGGAAATTATGGGGGCCGTTCGGAGTAATAGATGAGATATTAAGATATTTGTGGGAGTTTAGTAGCAGgtatgttttgttgacaaacctttgcatatggaaagcttaattgtctgcacatcaaagcatatctgttctttctgtttggcatagatcttatacactttaaaatcaattttaaactaat
gattggaaatattaaatagtaagtattttcagatttctttggagcatcttctcccttctgatagccctccaagttattcattgtacatgtatctgatatcattttatttttcatgtcagTTTGGAGCTCTGATTATTGACTTATTTCTATTGTATGGTGTACAGTCATTGTTTATCTTTTCAATACTGCATTGAAAAAGA
GTTAAACTTCTTTTAATGCAGCATTGAAAAATCAGAATTAGACTTTTATAAATGTTTTGCCACGATGTTGAGAACAGGGATTTAAAGTAATAAAGTCGGTCTTTGTTGGTGCTGTC
Intron 11 GTAACTTATT ... TGATTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80.65 | 9 | 18 | 57 |
| A2 | 68.42 | 15 | 33 | 32 |
| A3 | 68.29 | 13 | 20 | 36 |
| A4 | 66.15 | 11 | 15 | 28 |
| A5 | 57.58 | 7 | 8 | 11 |
| A6 | 68.12 | 44 | 70 | 118 |
| A7 | 76.43 | 33 | 65 | 149 |
| A8 | 72.51 | 51 | 95 | 174 |
| A9 | 69.57 | 56 | 80 | 176 |
| A10 | 71.97 | 22 | 48 | 65 |
>TRINITY_DN116425_c0_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoformGTGGGATGGCATGGAGAATACGAGCAATCCTTCTATTTTGGAGTTGGTATCTTATGCGGTCTTCGGCCTTAGCCCCCAGGCTTATCACGAGCGATTTCATGGGGATCAATTGCAAGTATTCCAGCCGCAGGTTCGCCAATTGCTATTATGACAACCTTTCTCCTTCTTAGAATTCTTGGTGCCTCAGTTGTGGAGGTAGC
CACTGATGCTTTGGTTGCAGAATGTGGTAAAAAGGACCAGGGTATTTCATCGGGTGAGCTTCAATCCTTTGCATGGATGGCATTGGCTACAGGGAGTGTCCTGGGGAGGACTCCTTTGGTCTTGTAGTATGAAGCAAACTAAGGTTGCACCATATCCAAGCCCAATCAAGAGTAAGTCGCAGGAGGCATCATCTTTTTAC
AAATCGATTACTGGTGCATCTATGAATGGTATAATTGGTCTAGAGTGGAGGAAGATGTCTATAATGAGAAACAACACGAATCAGGTCTCAGATATTTTAGGAGTCACAAGGAGACCATAAATTGCATATCCTCTTACTTTGTTTGCTGCATCTATTGGAAATTGGAATGACACCACTTTTAACAGGACCTATGTTTTTCT
ATCACACACAACATTTGAAGATTCATCCACGCTTTTTTCTACCACACAGAACATTTGAAAATTCATCCACGCATCTTGGCATTTGCAAAGGTGGTTGGGCATATGAGCCTTCTATTAGGAAGTTACATCTACAATCGCTTCTTGAAGAAAGTTCCATTGAGGAAGCTAGTCGACTTTGTGCAGATTCTTCTGCCAATATT
TATGTTAACTGACATTTTCCTCGTGAAGCAACTAAATATTCAATTGGGAATACCAAATGAAGCTTATATTATAGGAGCGT
>TRINITY_DN116425_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:ACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTTCTCCACTTGTTCAAGCGGCCGTATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTA
AACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAATCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCCTAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCTGGAGTCTCCCCGTCTTCGTTTCTTCTAAAGAATCCCATTCCCATAAACCCCTTTTCGCCTGTCTCCT
GGGGTTTCACGCGAAGGATTTCAATCCTCCGAAGCCTGCAATCCGCCAGTCAGTACGATGTCAGGAGAGCTAAAATCATCAACGGCGATGTCAACCAGACGAGAGGTTTCCATTCTCCGGTCGGAGCGTTCGGCTGCAGGGCGGGTTCCCCGTTGCTGGCGGAATATGCAGTCGCAGAGGATGAGAGGCATGCGGGTCGA
GACGCGTCGGATTCGGAATACGGTGACTACGATAAAAAAGCCGGAGCCAAAAAGAAATCCGGTGGCGATGACCAAGGGCTCGAAGTTGCCAAGCTCGGAATTGATGAAGAAATTGTTAGCGCGCTCGCTAGACGCGGTATTGCCAGATTGTTCCCCATTCAGAAAGCGGTGTTGGAACCAGCAATGCAAGGTCGTGACAT
GATTGGTCGTGCCAGGACGGGAACTGGAAAGACTCTTGCCTTCGGAATCCCAATCCTAGACAAAATTATTCAACACAACCGTAAAAATGGGCGTGGATCATATCCCTTGGCACTCGTTTTGGCTCCAACACGAGAACTTGCACGTCAAGTTGATAAGGAATTCCAAGAATCTGCTCCAAGCTTAGATACTCTTTGCTGTT
ATGGGGGTGTACCTATAATGAGCCAAATCAATGTTCTTAGAAGGGGTTTGGATATTGTCGTTGGAACACCTGGTCGCATTATTGATCTAATCAATCGAGGTGCTCTAGTCTTGTCAGAAGTACAGTTTATTGTTTTGGATGAGGCTGACCAGATGCTTAATGTGGGATTTGATGAAGATGTTGAGGTCATTATGGAAAGG
TTGCCGAAAAAGCGCCAGAGTATGCTTTTTTCTGCTACAATGCCTGTCTGGGTGCAGAGGCTTTCAAGGAAATACTTAAATGAACCACTTGTTGTTGATCTTGTTGGTGAATCATCTCAGAAGTTGGCAGAAGGAATCACTCTTTATTCTATCACTGCATCCACCCTTGGGAAACGCTCCATTCTCAACCCGTTGATAAC
TGAACATGCTAAAGGGGGCAAATGTATCATTTTCACTCAAACAAAGCGAGATGCAGATAGCCTGTCAATGGCACTGGGCCGGGTCCTTGCATGTGAACCTTTGCATGGTGACATCTCACAAAATCAGCGAGAGAAGACTCTTGCTGGCTTTCGGGAGGGACGTTTTAACGTGCTGATTGCTACTGATGTAGCTGCCCGTG
GTCTTGATATTCCTAATGTTGACCTGGTTATTCATTACGAGCTCCCAACGACTTCAGAAATTTTTGTGCATAGATCAGGGAGAACAGGGCGTGCTGGAAGGACGGGCAACGCTATCCTCATCCATACCGAGCAACAGATTAGACAAGTTAAGATGATTGAAGGCGATATAGGTTCTAAGTTTAAAGAGGCTTATCACGAG
CGATTTCATGGGGATCAATTGCAAGTATTCCAGCCGCAGGTTCGCCAATTGCTATTATGACAACCTTTCTCCTTCTTAGAATTCTTGGTGCCTCAGTTGTGGAGGTAGCCACTGATGCTTTGGTTGCAGAATGTGGTAAAAAGGACCAGGGTATTTCATCGGGTGAGCTTCAATCCTTTGCATGGATGGCATTGGCTACA
GGGAGTGTCCTGGgtaacttatttgataggatttttgtgaccaagttgatgcaaggactatgttcatttttcttttaactttgagcattcaagttgggacttccttgattttcagGGAGGACTCCTTTGGTCTTGTAGTATGAAGCAAACTAAGGTTGCACCATATCCAAGCCCAATCAAGAGTAAGTCGCAGGAGGCAT
CATCTTTTTACAAATCGATTACTGGTGCATCTATGAATGGTATAATTGGTCTAGAGTGGAGGAAGATGTCTATAATGAGAAACAACACGAATCAGGTCTCAGATATTTTAGGAGTCACAAGGAGACCATAAATTGCATATCCTCTTACTTTGTTTGCTGCATCTATTGGAAATTGGAATGACACCACTTTTAACAGGACC
TATGTTTTTCTATCACACACAACATTTGAAGATTCATCCACGCTTTTTTCTACCACACAGAACATTTGAAAATTCATCCACGCATCTTGGCATTTGCAAAGGTGGTTGGGCATATGAGCCTTCTATTAGGAAGTTACATCTACAATCGCTTCTTGAAGAAAGTTCCATTGAGGAAGCTAGTCGACTTTGTGCAGATTCTT
CTGCCAATATTTATGTTAACTGACATTTTCCTCGTGAAGCAACTAAATATTCAATTGGGAATACCAAATGAAGCTTATATTATAGGAGCGTTAGCATCTGTAGAAGCTATTGCTCAGTTCAAATTACTTCCCTTTACAGTGCTGCTTGCTCAACTATGCCCTGTTGGCTGCGAGGGCTCTCTTATGGCCCTTTTCATGTC
AGTGCAGTGCTTGGCTAGCATAGTGAGTGGTTATTCAGGTGCTTCCCTTGCATCATTTCTGGGTGTTTCATCAGGGGACTATTCCAGATTGCCATTGGGTATTTTCATTCAATCCATGGTAACGTTGGTTCCATTAACTTGGATATCATTCATACCTGATGCAAAGCCTGTTGTTGAAAGTAATAAGAAAAGCAGCAAAG
TACTCTGAAAGTCACTGAAGGGATAAGA
Intron 12 GTCTGTCCAA ... ACTGTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 7.27 | 102 | 2 | 8 |
| A2 | 15.46 | 82 | 0 | 15 |
| A3 | 8.7 | 84 | 0 | 8 |
| A4 | 17.53 | 80 | 4 | 17 |
| A5 | 27.69 | 47 | 8 | 18 |
| A6 | 3.7 | 78 | 0 | 3 |
| A7 | 9.23 | 177 | 3 | 18 |
| A8 | 2.9 | 67 | 0 | 2 |
| A9 | 5.63 | 134 | 0 | 8 |
| A10 | 6.98 | 160 | 3 | 12 |
>TRINITY_DN44244_c0_g1_i8 from sample A10 / Example spliced isoformGAAGCCGAGGAGATATAGGGTTTAGCTAGCATTCAACCCAAATGACACGCGAGTAGGCTTTTCACCCCGCAATACATTGATCAGAAAATATTAAAACAAATACTACGGAATATCCCAGGGATATTTTGTTCGAGGTTCAAGGGCTTAGGGTTTAAGACTCCGATAATTGTCTATATGTTCTCCACTTGTTCAAGCGGCCG
TATGCATGCTTAAACCCCAGTAGACTGTAGGGTTTCTAGGGTTTTAAACAACCATGGCTGCTTCAATTGTTCCGAGAATGCAGAGTATGGCAGGCGGACAGCTAAGCTCGAAGGTAGGCAAAGCCGCAGCGGCTTTGCCCCTAGTGAGAAGCCTCAACGGAGGAGGACCATCCAGGGCTGGAGTCTCCCCGTCTTCGTTT
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>TRINITY_DN44244_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:CCAGATTGTTCCCCATTCAGgtctgtccaaaaatgttttccaactcttctttatttgagcgattttatggttttttattcagtcgtgtgcatttttgctttggatatgtttatttttactgtttcagATGGACGACTTGGGGGTTGACATAATAAAAAATTATAATCTCACATTTCTTCGATTTAGTTCACTGCTTACCG
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