sp|Q9FH05|SCP42_ARATH ----> Serine carboxypeptidase-like 42

Intron 1 GTAAAGACTT ... TTTCATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.61	2	9	6
A2	87.5	0.8	5	4.8
A3	80	1.5	8	1
A4	75	0.5	2	0
A5	72.72	1.5	5	0
A6	84.9	6.3	38	29.3
A7	92.99	1.8	23	22.8
A8	87.92	9	52	76.5
A9	84.73	4.5	25	22.5
A10	81.74	5.3	28	17.3

>TRINITY_DN101641_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

ATATAAATGTGCTTGCTTATGCTTTAAACGTCTCGTGTTTCGCTCTAACTTAGGGTAAGAAAAATGAGGAGTTACACGAGCCGTTAATTACTAGGCGTTCTTTGTAAAAAAACAGAGCCGGAAAATGAGGATGATATTGCCGCTCACCTAATTACTAATTGAAAGCGTTTTGTCTTCGCCAAATTTCATCGAATAAGGCC
GAAATTAGCTCGACTTAAGTCGAAGAATGAGATTACTTTAGTGGTTTCGGCTATAACTTTGGCAGGAATTGCGGATTTGGGAAAAATACATGCTTGGCGTGCCGTAAAAGTTTGTAACGGCTTATTCGTTGAATCCGAGACAGGCTTCTTGATGCTTTTATCTTTTTGGCTTTTATAATTAAGTTTTCTTCTGTATAAGT
TTGCATGGACTTGCATGCAAATTTTATGGAATTTCTTAATAGAACACGACTCGAGATATAATTTTTTGAGACCATAGCCCGTGTTGGATGTGATTGGTTTATTGACATTTATGAAGACTATGACGATATGAAGGGTATGCTTTGCTCTTGAATCCAGTGGCGCCTCGATTACTGAGTAAACTCTGAATGAGCTTGCGCGT
TTCTTGACTGGACAGTTGGATCCACCGCTCTCCAGCTCAGAGAAAATTATTCGAGCTGTTGGTTGCCGTCATCAGCAGGGAAAGTTGGATGGAGTTGCAGCCAAAATTGCAGCGATGGCTGTGTTTGGTTATGTATGTGTTATTTGGCATAGCCGTGGAAATTAGTGGAGGTCCGGCGGAGGATTTAATTGATAGGCTGC
CTGGTCAGCCAAAAGTAAATTTCAAACAATATGCTGGATACATCACGGTCAATGAGCACGCTGGCCGCGCATTGTTTTATTATTTTGCTGAAGCAGAGGATGATTCGGATTCCAAGCCAGTTGCTTTATGGTTAAATGGAGGTCCAGGCTGTTCTTCAGTTGGGGGTGGTGCATTTACGGAGCTAGGCCCATTTTATCCA
CAAGATGATGGCCACGGACTTAGAAAAAATTTGCAATCCTGGAACAAAGTATCAAACCTCCTTTTCGTAGAATCACCTGCTGGAGTTGGTTGGTCGTATTCAAATACCACTTCAGACTACACATGCGGTGATGAATCTACAGCGAAGAATATGCTTGTGTTTCTTTCTAGGTGGTTTAAAAGGTTTCCTGAATATGCATC
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ACGAGTCTAATATTGCTCTCCTGAAAAGTTGCAAATTTGACAAGCGTATCGAAAATGTTGATGTCGTTGATATTTCCAAAGAGTGTGAGGATATATTAAAGCAGGTAGAAGAGGAAGTTGGTGAGTATGTTAATGAATATGACGTGATACTCGATGTTTGCCCCCCATCACTTATTGAACAGGAGCTTCGATTAAGAAAA
CGGGTCAGCCATATGAGCCTAGGAGTTGATGTCTGCATGTCCAGCGAGAGACGTTTTTATTTCAACTTGCCGAAAGTTCAAAAGGCACTGCATGCAAATAGAACAAATTTGCCATACGAGTGGAGTATGTGTAGCAGTGTCCTGAATTACACATCATATGACGAAGGCATCAACATTCTTCCCGTCCTTAAGGACATCAT
TCAACAAGGCATACGTGTTTGGATTTTCAGTGGAGATCAGGACTCGGTAGTGCCATTGATGGGTTCGCGAACTAATGTTCGTAACATAGCTAATGACTTAAAGCTGCCTGTCAAAGTACCTTACCGTGCTTGGTATCATGAAGGGCAGGTAGCTGGATGGACGGCCGTTTATGGAGACTTGCTGACCTTTGCAACAGTGC
GAGGAGCATCTCACATGGTTCCATATTCTCAGCCTGCTAGAGCACTGCATTTGTTTAAAACATTCCTATCTGTAAACAAATGGACAAACAAAACAGCGACGTCTAAGGAGATTGTTGATGGCAAAATAAAATATTTTTTCAGAACTCTGCTGCC

>TRINITY_DN101641_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATATAAATGTGCTTGCTTATGCTTTAAACGTCTCGTGTTTCGCTCTAACTTAGGGTAAGAAAAATGAGGAGTTACACGAGCCGTTAATTACTAGGCGTTCTTTGTAAAAAAACAGAGCCGGAAAATGAGGATGATATTGCCGCTCACCTAATTACTAATTGAAAGCGTTTTGTCTTCGCCAAATTTCATCGAATAAGGCC
GAAATTAGCTCGACTTAAGTCGAAGAATGAGATTACTTTAGTGGTTTCGGCTATAACTTTGGCAGGAATTGCGGATTTGGGAAAAATACATGCTTGGCGTGCCGTAAAAGTTTGTAACGGCTTATTCGTTGAATCCGAGACAGGCTTCTTGATGCTTTTATCTTTTTGGCTTTTATAATTAAGTTTTCTTCTGTATAAGT
TTGCATGGACTTGCATGCAAATTTTATGGAATTTCTTAATAGAACACGACTCGAGATATAATTTTTTGAGACCATAGCCCGTGTTGGATGTGATTGGTTTATTGACATTTATGAAGACTATGACGATATGAAGGGTATGCTTTGCTCTTGAATCCAGTGGCGCCTCGATTACTGAGTAAACTCTGAATGAGCTTGCGCGT
TTCTTGACTGGACAGTTGGATCCACCGCTCTCCAGCTCAGAGAAAATTATTCGAGCTGTTGGTTGCCGTCATCAGCAGGGAAAGTTGGATGGAGTTGCAGCCAAAATTGCAGCGATGGCTGTGTTTGGTTATGTATGTGTTATTTGGCATAGCCGTGGAAATTAGTGGAGGTCCGGCGGAGGATTTAATTGATAGGCTGC
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CAAGATGATGGCCACGGACTTAGAAAAAATTTGCAATCCTGGAACAAAGTATCAAACCTCCTTTTCGTAGAATCACCTGCTGGAGTTGGTTGGTCGTATTCAAATACCACTTCAGACTACACATGCGGTGATGAATCTACAGCGAAGAATATGCTTGTGTTTCTTTCTAGGTGGTTTAAAAGGTTTCCTGAATATGCATC
CAGAGATTTATTCTTAACTGGCGAAAGCTATGCAGGGCATTATATACCACAGTTAGCGAACAAATTGCTAAAATACAACAAAGCGTCCAAAATATATAAATTCAACCTTAAGGGAATATCTATTGGCAACCCATTGCTTAGTCTTAATGTTGATACAGCAGCTACTTATGAGTTTTTATGGTCACATGGGCTGATTTCTG
ACGAGTCTAATATTGCTCTCCTGAAAAGTTGCAAATTTGACAAGCGTATCGAAAATGTTGATGTCGTTGATATTTCCAAAGAGTGTGAGGATATATTAAAGCAGGTAGAAGAGGAAGTTGGTGAGTATGTTAATGAATATGACGTGATACTCGATGTTTGCCCCCCATCACTTATTGAACAGGAGCTTCGATTAAGAAAA
CGGGTCAGCCATATGAGCCTAGGAGTTGATGTCTGCATGTCCAGCGAGAGACGTTTTTATTTCAACTTGCCGAAAGTTCAAAAGGCACTGCATGCAAATAGAACAAATTTGCCATACGAGTGGAGTATGTGTAGCAGTGTCCTGAATTACACATCATATGACGAAGGCATCAACATTCTTCCCGTCCTTAAGGACATCAT
TCAACAAGGCATACGTGTTTGGATTTTCAGTGGAGATCAGGACTCGGTAGTGCCATTGATGGGTTCGCGAACTAATGTTCGTAACATAGCTAATGACTTAAAGCTGCCTGTCAAAGTACCTTACCGTGCTTGGTATCATGAAGGGCAGGTAGCTGGATGGACGGCCGTTTATGGAGACTTGCTGACCTTTGCAACAGTGC
GAGGAGCATCTCACATGGTTCCATATTCTCAGCCTGCTAGAGCACTGCATTTGTTTAAAACATTCCTATCTGgtaaagacttaccggaccagcaatgaattcttgcaaaataaattgtcctaatctggtaaagacttaccagaccagcaatgaattcttgcaaaataaagcgtccatgaaataaaagaaacacatcttat
tatcagaggccaaatgtgtctcgaaaacccaaaattaaaatcctccctttttaagtaatttatttggtgcaagaatgtgggcttcatagagcgcagatatccaaccatgcttatgtattattattgttttcatacagTAAACAAATGGACAAACAAAACAGCGACGTCTAAGGAGATTGTTGATGGCAAAATAAAATATT
TTTTCAGAACTCTGCTGCC