sp|P36428|SYA_ARATH ----> Alanine--tRNA ligase

Intron 1 GTACAAAATG ... CCCCGTGTAG

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A2	57.5	102	183	93
A3	60.98	88	196	79
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A5	65.88	29	81	31
A6	63.27	319	582	517
A7	60.72	384	793	394
A8	62.39	485	946	663
A9	58.6	373	686	370
A10	58.49	286	573	233

>TRINITY_DN117564_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TATTATTTTATTCCCGCTTTGCATCCTTCTCTTTATCACTTCCTTTATTCCCCTGCCACTGACAATTTTAGGGCTTGAAGTCGCTCCGCAACAACAACCAAGCCAGGGTTTGAAGAATTCCCTTGCAGCGATGCCGGGCTGTGAAACGAGCTTTGAAGATAGTAACGGCCTCCAATGGCCGGCCAACCGAGTTCGACAGG
AATTCATAAATTTCTTCGAGTCAAAGGATCACACATTCTGGCAATCCAGTCCAGTCGTTCCCCTGGATGACCCTACTCTCTTATTTGCCAATGCAGGCATGAACCAGTATAAGCCTATTTTCCTCGGAACAGTACATCCAAGTACCCCAATGGGGAAGCTCAAGCGAGCTTGCAACACACAGAAATGTATCCGTGCAGGA
GGCAAGCATAATGATCTTGATGATGTAGGGAAAGATACCTACCATCATACCTTTTTTGAGATGCTTGGCAACTGGTCCTTCGGCGATTATTTCAAACGTGAAGCCATTGGGTGGGCCTGGGAATTGCTGACAGAGGTTTACAAGCAGCCCACAGACCGCTTATATGCAACTTATTTTGGTGGTGATGAAAAGTCGGGACT
TCCAGCTGATATTGAAGCTAGAGATACTTGGCTCAATTATCTACCTCCCGGGCATGTGCTGCCATTTGGTTCCAAGGATAACTTTTGGGAAATGGGTGATACTGGACCTTGTGGGCCATGTTCTGAAATTCACTTTGATAGAGTTGGAAACCGTAATGCAGCTTCTTTAGTCAATAATGATGATCCTACTTGCATTGAAA
TCTGGAACATCGTCTTCATTCAGTTCAACAGGGAAAGTGATAGCTCTCTGAAGAATTTACCAGCAAAACATGTTGATACAGGAATGGGATTTGAACGTCTGACCTCAATTCTCCAAAATAAGATGGGCAATTATGAGACAGATATTTTCATGCCTATATTTGATGCAGTGCAACAGGCAACAGGAGCCCGACCTTACTCT
GGTAAAGTTGGGGTAGATGATGGAGATAAAATTGATATGGCTTATAGGGTAGTGGCAGACCATATAAGAACATTATCATTTGCTATTGCAGATGGTTCTCGCCCAGGCAATGAGGGCCGTGAATATGTACTTCGTCGCATTCTGCGTCGAGCAGTGCGGTATGGACGGGAAGTTCTAAAAGCTCAAGAAGGTTTCTTCAG
TGGGTTGGTGAGCACTGTTGTTGAAGTTATGGGGAATACTTTTCCAGAACTGAAGCAACATGAAGAGAATATCAAGGAAATTATTGCAGAAGAGGAATTGAGCTTTGGCAGGACTTTAATCAAGGGCATTGAAAAGTTCAAGAAGGCTGCTCAAGAGGTCAAGGATAATAAGCTCAGTGGTCAGGATGCTTTCATTTTGT
GGGACACATATGGGTTTCCTATTGATCTGACTCAGCTTATGGCAGAAGAAAGAGGTCTGGAGGTAGACATAGATGGGTTCAACAATGCCATGGAGAAAGCGAGGCAGAAAGCAAGAAATGCCAGGGGAAAGTCAGGTGGGGAATTGCTGGTAATGGAGGCTGAAGCAACTGCTGAATTGTTTAGAAGGAAAGTGGTTCCA
ACAGATGACAGGCACAAGTATTTGTGGAACCAGGTCCATAATAGTGTGGTCAAGGCAATCTACGATGGATCACAGTTTGTAAGCTCTGTGTCAGAAGGTGAGGAAGTTGGAATTGTACTCGAAAGCACTAGTTTCTATGCGGAGCAAGGAGGACAGATCTATGATACTGGAAGTTGTGAAGGTCCATCTGGAACTTTTGA
TGTCAAGAATGTCCAGATTTATGGTGGATATGTGCTTCATATAGGCTCTCTGATTGGTGAAACTGGCAGAATTTCAGTAGGGGATGAAGTCATTTGCAAGGTAGATTATGTAAGGCGGACATTTATTGCTCCAAATCATACTTGCACTCATATGCTAAACTATGCACTGAAGGCTGTACTTGGAGATCACATCGATCAAA
AAGGATCCTTGGTGGCTCCAGACAAGTTGCGCTTCGATTTCTCCCATGGTAAACCTATTCCTGCCAGTGATCTGAGAAAAATAGAGTCAATTGTGAATAAGCAGATTAAAGATGAGCTAGAAGTATATGCAAAAGAAGCTAGCCTGATGGAGTCAAAACGCATAATGGGGCTCCGTGCTGTTTTTGGCGAAGTCTATCCT
GATCCTGTTCGAGTAGTTTCTATTGGAAGACCTGTTGAGGATCTTCTATTAGATCCAGAAAATCCAGAATGGGCATCTTTCTCAACAGAATTTTGTGGTGGAACACACCTGTCAAATACAAGAGAGGCAAAAGCATTTGCTCTTGTATCAGAAGAGGGAATTGCAAAGGGTGTGCGGAGGATTACAGCCTTTACAACTGT
AGCAGCTCTTCAGGCAATTGAAATGGCAGCATCCTTTGATGCATATATAAACAATGCGTCGATGCTTCAGGGAAATGCATTAGAGAAGGAGGTAGCTTCTTTAAAGAGTGCTTTGGATTCTGCCATCATTCCAGCAGCTAAAAAAGCAGAGTTCAGGGTGAAAATTTCTGAACTGCAGGATCGAGTTAAAAAGGCACAAA
AGCAAGCTGCAGAAGCTAATCTGCAGGCAGCAATAAGTACAGCAATTGAATTCATTGACAAATTAACTTTGCAGAATGAAGCTTCATGTGTATTACGAATTGATGTGGGTTTGGATACGAATGCTGTCAGAGAAGCTCTACTAAAAGTTATGGAGAAGAAAAAGGACGTTCCAGTCATGGTGTTTAGTGTGGACGAGCCA
ACAAAAAAAGTTCTTGTCTATGCTGGTGTACCAGAATCAGTACAAAACAAAGGTTTGGTGGTATTGGATTGGTTGAGGAAAGTGTTAGAGCCACTCAAGGGAAAAGGTGGAGGTGGCAAAGGTGGACTGGCACAGGGACAGGGGAACGATGCTACTAGAATAGAAGAGGCTATGAAAATTGCTCGGACTATGGCAGGAGA
AAAGCTGAAGTGACAACTCAGTTTGACAGTTACATTACTATATTAAATAATTGAAAGATCAATTTCAGTGATGAATGGGGTGCACATAAATGGATATCTTCTTCCTTGAAGGAAGAGAGATTCTCAAAACCATTCTCAAATGTACATCCCAAGTGGATTCACAATTTCCTCCACTGGTTTGTGGTGGTATTCTCCAATTT
GTTTCTAAGGCTTTGAGTTGTATTCTATAACAATATATTTTATGGCTTTGAGAAATTTACATTTTACATAGCAGTATCCAGAGTATTGCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTCACTCTACATATTTGAGTTCCCGTTATAAAATATGCAAGTCTTTTCCAG

>TRINITY_DN117564_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TATTATTTTATTCCCGCTTTGCATCCTTCTCTTTATCACTTCCTTTATTCCCCTGCCACTGACAATTTTAGGGCTTGAAGTCGCTCCGCAACAACAACCAAGCCAGGGTTTGAAGAATTCCCTTGCAGCGATGCCGGGCTGTGAAACGAGCTTTGAAGATAGTAACGGCCTCCAATGGCCGGCCAACCGAGTTCGACAGG
AATTCATAAATTTCTTCGAGTCAAAGGATCACACATTCTGGCAATCCAGTCCAGTCGTTCCCCTGGATGACCCTACTCTCTTATTTGCCAATGCAGGCATGAACCAGTATAAGCCTATTTTCCTCGGAACAGTACATCCAAGTACCCCAATGGGGAAGCTCAAGCGAGCTTGCAACACACAGAAATGTATCCGTGCAGGA
GGCAAGCATAATGATCTTGATGATGTAGGGAAAGATACCTACCATCATACCTTTTTTGAGATGCTTGGCAACTGGTCCTTCGGCGATTATTTCAAACGTGAAGCCATTGGGTGGGCCTGGGAATTGCTGACAGAGGTTTACAAGCAGCCCACAGACCGCTTATATGCAACTTATTTTGGTGGTGATGAAAAGTCGGGACT
TCCAGCTGATATTGAAGCTAGAGATACTTGGCTCAATTATCTACCTCCCGGGCATGTGCTGCCATTTGGTTCCAAGGATAACTTTTGGGAAATGGGTGATACTGGACCTTGTGGGCCATGTTCTGAAATTCACTTTGATAGAGTTGGAAACCGTAATGCAGCTTCTTTAGTCAATAATGATGATCCTACTTGCATTGAAA
TCTGGAACATCGTCTTCATTCAGTTCAACAGGGAAAGTGATAGCTCTCTGAAGAATTTACCAGCAAAACATGTTGATACAGGAATGGGATTTGAACGTCTGACCTCAATTCTCCAAAATAAGATGGGCAATTATGAGACAGATATTTTCATGCCTATATTTGATGCAGTGCAACAGGCAACAGGAGCCCGACCTTACTCT
GGTAAAGTTGGGGTAGATGATGGAGATAAAATTGATATGGCTTATAGGGTAGTGGCAGACCATATAAGAACATTATCATTTGCTATTGCAGATGGTTCTCGCCCAGGCAATGAGGGCCGTGAATATGTACTTCGTCGCATTCTGCGTCGAGCAGTGCGGTATGGACGGGAAGTTCTAAAAGCTCAAGAAGGTTTCTTCAG
TGGGTTGGTGAGCACTGTTGTTGAAGTTATGGGGAATACTTTTCCAGAACTGAAGCAACATGAAGAGAATATCAAGGAAATTATTGCAGAAGAGGAATTGAGCTTTGGCAGGACTTTAATCAAGGGCATTGAAAAGTTCAAGAAGGCTGCTCAAGAGGTCAAGGATAATAAGCTCAGTGGTCAGGATGCTTTCATTTTGT
GGGACACATATGGGTTTCCTATTGATCTGACTCAGCTTATGGCAGAAGAAAGAGGTCTGGAGGTAGACATAGATGGGTTCAACAATGCCATGGAGAAAGCGAGGCAGAAAGCAAGAAATGCCAGGGGAAAGTCAGGTGGGGAATTGCTGGTAATGGAGGCTGAAGCAACTGCTGAATTGTTTAGAAGGAAAGTGGTTCCA
ACAGATGACAGGCACAAGTATTTGTGGAACCAGGTCCATAATAGTGTGGTCAAGGCAATCTACGATGGATCACAGTTTGTAAGCTCTGTGTCAGAAGGTGAGGAAGTTGGAATTGTACTCGAAAGCACTAGTTTCTATGCGGAGCAAGGAGGACAGATCTATGATACTGGAAGTTGTGAAGGTCCATCTGGAACTTTTGA
TGTCAAGAATGTCCAGATTTATGGTGGATATGTGCTTCATATAGGCTCTCTGATTGGTGAAACTGGCAGAATTTCAGTAGGGGATGAAGTCATTTGCAAGGTAGATTATGTAAGGCGGACATTTATTGCTCCAAATCATACTTGCACTCATATGCTAAACTATGCACTGAAGGCTGTACTTGGAGATCACATCGATCAAA
AAGGATCCTTGGTGGCTCCAGACAAGTTGCGCTTCGATTTCTCCCATGGTAAACCTATTCCTGCCAGTGATCTGAGAAAAATAGAGTCAATTGTGAATAAGCAGATTAAAGATGAGCTAGAAGTATATGCAAAAGAAGCTAGCCTGATGGAGTCAAAACGCATAATGGGGCTCCGTGCTGTTTTTGGCGAAGTCTATCCT
GATCCTGTTCGAGTAGTTTCTATTGGAAGACCTGTTGAGGATCTTCTATTAGATCCAGAAAATCCAGAATGGGCATCTTTCTCAACAGAATTTTGTGGTGGTAGGCTTGAATTCTAAATTAAAAACCGATTCAGACTTTGTTGTTTATTTTTTTTTTCACATTTAATTGTTAAAATCTTTGGAGCTCTTAGGAACACACC
TGTCAAATACAAGAGAGGCAAAAGCATTTGCTCTTGTATCAGAAGAGGGAATTGCAAAGGGTGTGCGGAGGATTACAGCCTTTACAACTGTAGCAGCTCTTCAGGCAATTGAAATGGCAGCATCCTTTGATGCATATATAAACAATGCGTCGATGCTTCAGGGAAATGCATTAGAGAAGGAGGTAGCTTCTTTAAAGAGT
GCTTTGGATTCTGCCATCATTCCAGCAGCTAAAAAAGCAGAGTTCAGGGTGAAAATTTCTGAACTGCAGGATCGAGTTAAAAAGGCACAAAAGCAAGCTGCAGAAGCTAATCTGCAGGCAGCAATAAGTACAGCAATTGAATTCATTGACAAATTAACTTTGCAGAATGAAGCTTCATGTGTATTACGAATTGATGTGGG
TTTGGATACGAATGCTGTCAGAGAAGCTCTACTAAAAGTTATGGAGAAGAAAAAGGACGTTCCAGTCATGGTGTTTAGTGTGGACGAGCCAACAAAAAAAGTTCTTGTCTATGCTGGTGTACCAGAATCAGTACAAAACAAAGGTTTGGTGGTATTGGATTGGTTGAGGAAAGTGTTAGAGCCACTCAAGGGAAAAGGTG
GAGGTGGCAAAGGTGGACTGGCACAGGGACAGGGGAACGATGCTACTAGAATAGAAGAGGCTATGAAAATTGCTCGGACTATGGCAGGAGAAAAGCTGAAGTGACAACTCAGTTTGACAGTTACATTACTATATTAAATAATTGAAAGgtacaaaatgaatatttttcatagaaaggcatagagtgatgactactgtagg
aggtatgattaatttctcaagggatgtagagggatggatatcatgtgaggtatgattattttctgacaaagaggtgagagtgatggatattatgaggtatgattaggtcaatttgttggcattttgcgtcattggtattcattcatctggagaatagttctatgaaagaagattgctgcaactgctaatgtcgatttata
ttgctgccccgtgtagATCAATTTCAGTGATGAATGGGGTGCACATAAATGGATATCTTCTTCCTTGAAGGAAGAGAGATTCTCAAAACCATTCTCAAATGTACATCCCAAGTGGATTCACAATTTCCTCCACTGGTTTGTGGTGGTATTCTCCAATTTGTTTCTAAGGCTTTGAGTTGTATTCTATAACAATATATTTT
ATGGCTTTGAGAAATTTACATTTTACATAGCAGTATCCAGAGTATTGCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTCACTCTACATATTTGAGTTCCCGTTATAAAATATGCAAGTCTTTTCCAG

Intron 2 GTAGCTAGCT ... GCTGTCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.77	135	0	60
A2	31.98	151	0	71
A3	27.6	160	0	61
A4	29.63	76	1	32
A5	24.72	67	0	22
A6	30.3	391	1	170
A7	28.71	586	0	236
A8	30.3	628	0	273
A9	30.4	545	0	238
A10	30.86	401	0	179

>TRINITY_DN103358_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

CTTCCTTTATTCCCCTGCCATTGACAATTTTAGGGCTTGAAGTCTCTCCGCAACAACAACCAAGCCAGGGTTTGAAGAATTCCCTTGCAGCGATGCCGGGCTGTGAAACGAGCTTTGAAGATAGTAACGGCCTCCAATGGCCGGCCAACCGAGTTCGACAGGAATTCATAAATTTCTTCGAGTCAAAGGATCACACATTC
TGGCAATCCAGTCCAGTCGTTCCCCTGGATGACCCTACTCTCTTATTTGCCAATGCAGGCATGAACCAGTATAAGCCTATTTTCCTCGGAACAGTACATCCAAGTACCCCAATGGGGAAGCTCAAGCGAGCTTGCAACACACAGAAATGTATCCGTGCAGGAGGCAAGCATAATGATCTTGATGATGTAGGGAAAGATAC
CTACCATCATACCTTTTTTGAGATGCTTGGCAACTGGTCCTTTGGCGATTATTTCAAACGTGAAGCCATTGGGTGGGCCTGGGAATTGCTGACAGAGGTTTACAAGCAGCCCACAGACCGCTTATATGCAACTTATTTTGGTGGTGATGAAAAGTCGGGACTTCCAGCTGATATTGAAGCTAGAGATACTTGGCTCAATT
ATCTACCTCCCGGGCATGTGCTGCCATTTGGTTCCAAGGATAACTTTTGGGAAATGGGTGATACTGGACCTTGTGGGCCATGTTCTGAAATTCACTTTGATAGAGTTGGAAACCGTAATGCAGCTTCTTTAGTCAATAATGATGATCCTACTTGCATTGAAATCTGGAACATCGTCTTCATTCAGTTCAACAGGGAAAGT
GATAGCTCTCTGAAGAATTTACCAGCAAAACATGTTGATACAGGAATGGGATTTGAACGTCTGACCTCAATTCTCCAAAATAAGATGGGCAATTATGAGACAGATATTTTCATGCCTATATTTGATGCAGTGCAACAGGCAACAGGAGCCCGACCTTACTCTGGTAAAGTTGGGGTAGATGATGGAGATAAAATTGATAT
GGCTTATAGGGTAGTGGCAGACCATATAAGAACATTATCATTTGCTATTGCAGATGGTTCTCGCCCAGGCAATGAGGGCCGTGAATATGTACTTCGTCGCATTCTGCGTCGAGCAGTGCGGTATGGACGGGAAGTTCTAAAAGCTCAAGAAGGTTTCTTCAGTGGGTTGGTGAGCACTGTTGTTGAAGTTATGGGGAATA
CTTTTCCAGAACTGAAGCAACATGAAGAGAATATCAAGGAAATTATTGCAGAAGAGGAATTGAGCTTTGGCAGGACTTTAATCAAGGGCATTGAAAAGTTCAAGAAGGCTGCTCAAGAGGTCAAGGATAATAAGCTCAGTGGTCAGGATGCTTTCATTTTGTGGGACACATATGGGTTTCCTATTGATCTGACTCAGCTT
ATGGCAGAAGAAAGAGGTCTGGAGGTAGACATAGATGGGTTCAACAATGCCATGGAGAAAGCGAGGCAGAAAGCAAGAAATGCCAGGGGAAAGTCAGGTGGGGAATTGCTGGTAATGGAGGCTGAAGCAACTGCTGAATTGTTTAGAAGGAAAGTGGTTCCAACAGATGACAGGCACAAGTATTTGTGGAACCAGGTCCA
TAATAGTGTGGTCAAGGCAATCTACGATGGATCACAGTTTGTAAGCTCTGTGTCAGAAGGTGAGGAAGTTGGAATTGTACTCGAAAGCACTAGTTTCTATGCGGAGCAAGGAGGACAGATCTATGATACTGGAAGTTGTGAAGGTCCATCTGGAACTTTTGATGTCAAGAATGTCCAGATTTATGGTGGATATGTGCTTC
ATATAGGCTCTCTGATTGGTGAAACTGGCAGAATTTCAGTAGGGGATGAAGTCATTTGCAAGGTAGATTATGTAAGGCGGACATTTATTGCTCCAAATCATACTTGCACTCATATGCTAAACTATGCACTGAAGGCTGTACTTGGAGATCACATCGATCAAAAAGGATCCTTGGTGGCTCCAGACAAGTTGCGCTTCGAT
TTCTCCCATGGTAAACCTATTCCTGCCAGTGATCTGAGAAAAATAGAGTCAATTGTGAATAAGCAGATTAAAGATGAGCTAGAAGTATATGCAAAAGAAGCTAGCCTGATGGAGTCAAAACGCATAATGGGGCTCCGTGCTGTTTTTGGCGAAGTCTATCCTGATCCTGTTCGAGTAGTTTCTATTGGAAGACCTGTTGA
GGATCTTCTATTAGATCCAGAAAATCCAGAATGGGCATCTTTCTCAACAGAATTTTGTGGTGGAACACACCTGTCAAATACAAGAGAGGCAAAAGCATTTGCTCTTGTATCAGAAGAGGGAATTGCAAAGGGTGTGCGGAGGATTACAGCCTTTACAACTGTAGCAGCTCTTCAGGCAATTGAAATGGCAGCATCCTTTG
ATGCATATATAAACAATGCGTCGATGCTTCAGGGAAATGCATTAGAGAAGGAGGTAGCTTCTTTAAAGAGTGCTTTGGATTCTGCCATCATTCCAGCAGCTAAAAAAGCAGAGTTCAGGGTGAAAATTTCTGAACTGCAGGATCGAGTTAAAAAGGCACAAAAGCAAGCTGCAGAAGCTAATCTGCAGGCAGCAATAAGT
ACAGCAATTGAATTCATTGACAAATTAACTTTGCAGAATGAAGCTTCATGTGTATTACGAATTGATGTGGGTTTGGATACGAATGCTGTCAGAGAAGCTCTACTAAAAGTTATGGAGAAGAAAAAGGACGTTCCAGTCATGGTGTTTAGTGTGGACGAGCCAACAAAAAAAGTTCTTGTCTATGCTGGTGTACCAGAATC
AGTACAAAACAAAGGTTTGGTGGTATTGGATTGGTTGAGGAAAGTGTTAGAGCCACTCAAGGGAAAAGGTGGAGGTGGCAAAGGTGGACTGGCACAGGGACAGGGGAACGATGCTACTAGAATAGAAGAGGCTATGAAAATTGCTCGGACTATGGCAGGAGAAAAGCTGAAGTGACAACTCAGTTTGACAGTTACATTAC
TATATTAAATAATTGAAAGGTACAAAATGAATATTTTTCATAGAAAGGCATAGAGTGATGACTACTGTAGGAGGTATGATTAATTTCTCAAGGGATGTAGAGGGATGGATATCATGTGAGGTATGATTATTTTCTGACAAAGAGGTGAGAGTGATGGATATTATGAGGTATGATTAGGTCAATTTGTTGGCATTTTGCGT
CATTGGTATTCATTCATCTGGAGAATAGTTCTATGAAAGAAGATTGCTGCAACTGCTAATGTCGATTTATATTGCTGCCCCGTGTAGATCAATTTCAGTGATGAATGGGGTGCACATAAATGGATATCTTCTTCCTTGAAGGAAGAGAGATTCTCAAAACCATTCTCAAATGTACATCCCAAGTGGATTCACAATTTCCT
CCACTGGTTTGTGGTGGTATTCTCCAATTTGTTTCTAAGGCTTTGAGTTGTATTCTATAACAATATATTTTATGGCTTTGAGAAATTTACATTTTACATAGCAGTATCCAGAGTATTGCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTCACTCTACATATTTGAGTTCCCGTTATAAAATATGCAAGTCTTTTCCAGTTTAATCTATA
ACT

>TRINITY_DN103358_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AGGTGGACTGGCACAGGGACAGgtagctagcttttatactatctatgtaatgctattgtgacagaattatactacaatcaaaatgaaatgaaattagtttaaatccttttgagtttcatattctttttgcattttgttgtgctgcacaagtctaagtcagtgatttgaactagttgtaaatgtttagactaatgactagt
ttggctgtcatagGGGAACGATGCTACTAGAATAGAAGAGGCTATGAAAATTGCTCGGACTATGGCAGGAGAAAAGCTGAAGTGACAACTCAGTTTGACAGTTACATTACTATATTAAATAATTGAAAGGTACAAAATGAATATTTTTCATAGAAAGGCATAGAGTGATGACTACTGTAGGAGGTATGATTAATTTCTCA
AGGGATGTAGAGGGATGGATATCATGTGAGGTATGATTATTTTCTGACAAAGAGGTGAGAGTGATGGATATTATGAGGTATGATTAGGTCAATTTGTTGGCATTTTGCGTCATTGGTATTCATTCATCTGGAGAATAGTTCTATGAAAGAAGATTGCTGCAACTGCTAATGTCGATTTATATTGCTGCCCCGTGTAGATC
AATTTCAGTGATGAATGGGGTGCACATAAATGGATATCTTCTTCCTTGAAGGAAGAGAGATTCTCAAAACCATTCTCAAATGTACATCCCAAGTGGATTCACAATTTCCTCCACTGGTTTGTGGTGGTATTCTCCAATTTGTTTCTAAGGCTTTGAGTTGTATTCTATAACAATATATTTTATGGCTTTGAGAAATTTAC
ATTTTACATAGCAGTATCCAGAGTATTGCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTCACTCTACATCTTTGAGTTCCTGTTATAAAATATGCAAGCCTTTTCCAGTTTAATCTATAACTTTCTTGTGATCAAGTGGACACATTATTTGAAAGAAAGGAAAAACACTAATCAAATGTTTATTATATGCACATGCCCACTTGAATCCC
ATTGTGCCTTTGCTCAGTGCTTATATTTCCAGTCCATCCCTATTATCAATCTAAGGTGGATATTGCAGACATTCAGTTGCAACTTTTATTTTAGATTCTAAGGTAATAAGAGTCTGCATGATGTGTACTTACG

Intron 3 GTAGGCTTGA ... GAGCTCTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.2	151	15.1	25
A2	13.79	125	13.7	20
A3	16.31	116	13.4	22.6
A4	19.3	138	17.5	33
A5	16.07	47	7.7	9
A6	14.49	118	11.9	20
A7	7.71	267	24.9	22.3
A8	20.11	143	10.2	36
A9	13.96	228	18.9	37
A10	8.2	168	13.5	15

>TRINITY_DN117564_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

AAGCAGTTGTGCAGTGGGAGTGCAACAGAACTTGGTATATTTTATTTGTAGTATTTTTTCAATAGAAGTTTTGTTGTGTGATTAACATTTAGCTTTTGTAAATTCACTTTCACAGTCAGGTGGGGAATTGCTGGTAATGGAGGCTGAAGCAACTGCTGAATTGTTTAGAAGGAAAGTGGTTCCAACAGATGACAGGCACA
AGTATTTGTGGAACCAGGTCCATAATAGTGTGGTCAAGGCAATCTACGATGGATCACAGTTTGTAAGCTCTGTGTCAGAAGGTGAGGAAGTTGGAATTGTACTCGAAAGCACTAGTTTCTATGCGGAGCAAGGAGGACAGATCTATGATACTGGAAGTTGTGAAGGTCCATCTGGAACTTTTGATGTCAAGAATGTCCAG
ATTTATGGTGGATATGTGCTTCATATAGGCTCTCTGATTGGTGAAACTGGCAGAATTTCAGTAGGGGATGAAGTCATTTGCAAGGTAGATTATGTAAGGCGGACATTTATTGCTCCAAATCATACTTGCACTCATATGCTAAACTATGCACTGAAGGCTGTACTTGGAGATCACATCGATCAAAAAGGATCCTTGGTGGC
TCCAGACAAGTTGCGCTTCGATTTCTCCCATGGTAAACCTATTCCTGCCAGTGATCTGAGAAAAATAGAGTCAATTGTGAATAAGCAGATTAAAGATGAGCTAGAAGTATATGCAAAAGAAGCTAGCCTGATGGAGTCAAAACGCATAATGGGGCTCCGTGCTGTTTTTGGCGAAGTCTATCCTGATCCTGTTCGAGTAG
TTTCTATTGGAAGACCTGTTGAGGATCTTCTATTAGATCCAGAAAATCCAGAATGGGCATCTTTCTCAACAGAATTTTGTGGTGGAACACACCTGTCAAATACAAGAGAGGCAAAAGCATTTGCTCTTGTATCAGAAGAGGGAATTGCAAAGGGTGTGCGGAGGATTACAGCCTTTACAACTGTAGCAGCTCTTCAGGCA
ATTGAAATGGCAGCATCCTTTGATGCATATATAAACAATGCGTCGATGCTTCAGGGAAATGCATTAGAGAAGGAGGTAGCTTCTTTAAAGAGTGCTTTGGATTCTGCCATCATTCCAGCAGCTAAAAAAGCAGAGTTCAGGGTGAAAATTTCTGAACTGCAGGATCGAGTTAAAAAGGCACAAAAGCAAGCTGCAGAAGC
TAATCTGCAGGCAGCAATAAGTACAGCAATTGAATTCATTGACAAATTAACTTTGCAGAATGAAGCTTCATGTGTATTACGAATTGATGTGGGTTTGGATACGAATGCTGTCAGAGAAGCTCTACTAAAAGTTATGGAGAAGAAAAAGGACGTTCCAGTCATGGTGTTTAGTGTGGACGAGCCAACAAAAAAAGTTCTTG
TCTATGCTGGTGTACCAGAATCAGTACAAAACAAAGGTTTGGTGGTATTGGATTGGTTGAGGAAAGTGTTAGAGCCACTCAAGGGAAAAGGTGGAGGTGGCAAAGGTGGACTGGCACAGGGACAGGGGAACGATGCTACTAGAATAGAAGAGGCTATGAAAATTGCTCGGACTATGGCAGGAGAAAAGCTGAAGTGACAA
CTCAGTTTGACAGTTACATTACTATATTAAATAATTGAAAG

>TRINITY_DN117564_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TATTATTTTATTCCCGCTTTGCATCCTTCTCTTTATCACTTCCTTTATTCCCCTGCCACTGACAATTTTAGGGCTTGAAGTCGCTCCGCAACAACAACCAAGCCAGGGTTTGAAGAATTCCCTTGCAGCGATGCCGGGCTGTGAAACGAGCTTTGAAGATAGTAACGGCCTCCAATGGCCGGCCAACCGAGTTCGACAGG
AATTCATAAATTTCTTCGAGTCAAAGGATCACACATTCTGGCAATCCAGTCCAGTCGTTCCCCTGGATGACCCTACTCTCTTATTTGCCAATGCAGGCATGAACCAGTATAAGCCTATTTTCCTCGGAACAGTACATCCAAGTACCCCAATGGGGAAGCTCAAGCGAGCTTGCAACACACAGAAATGTATCCGTGCAGGA
GGCAAGCATAATGATCTTGATGATGTAGGGAAAGATACCTACCATCATACCTTTTTTGAGATGCTTGGCAACTGGTCCTTCGGCGATTATTTCAAACGTGAAGCCATTGGGTGGGCCTGGGAATTGCTGACAGAGGTTTACAAGCAGCCCACAGACCGCTTATATGCAACTTATTTTGGTGGTGATGAAAAGTCGGGACT
TCCAGCTGATATTGAAGCTAGAGATACTTGGCTCAATTATCTACCTCCCGGGCATGTGCTGCCATTTGGTTCCAAGGATAACTTTTGGGAAATGGGTGATACTGGACCTTGTGGGCCATGTTCTGAAATTCACTTTGATAGAGTTGGAAACCGTAATGCAGCTTCTTTAGTCAATAATGATGATCCTACTTGCATTGAAA
TCTGGAACATCGTCTTCATTCAGTTCAACAGGGAAAGTGATAGCTCTCTGAAGAATTTACCAGCAAAACATGTTGATACAGGAATGGGATTTGAACGTCTGACCTCAATTCTCCAAAATAAGATGGGCAATTATGAGACAGATATTTTCATGCCTATATTTGATGCAGTGCAACAGGCAACAGGAGCCCGACCTTACTCT
GGTAAAGTTGGGGTAGATGATGGAGATAAAATTGATATGGCTTATAGGGTAGTGGCAGACCATATAAGAACATTATCATTTGCTATTGCAGATGGTTCTCGCCCAGGCAATGAGGGCCGTGAATATGTACTTCGTCGCATTCTGCGTCGAGCAGTGCGGTATGGACGGGAAGTTCTAAAAGCTCAAGAAGGTTTCTTCAG
TGGGTTGGTGAGCACTGTTGTTGAAGTTATGGGGAATACTTTTCCAGAACTGAAGCAACATGAAGAGAATATCAAGGAAATTATTGCAGAAGAGGAATTGAGCTTTGGCAGGACTTTAATCAAGGGCATTGAAAAGTTCAAGAAGGCTGCTCAAGAGGTCAAGGATAATAAGCTCAGTGGTCAGGATGCTTTCATTTTGT
GGGACACATATGGGTTTCCTATTGATCTGACTCAGCTTATGGCAGAAGAAAGAGGTCTGGAGGTAGACATAGATGGGTTCAACAATGCCATGGAGAAAGCGAGGCAGAAAGCAAGAAATGCCAGGGGAAAGTCAGGTGGGGAATTGCTGGTAATGGAGGCTGAAGCAACTGCTGAATTGTTTAGAAGGAAAGTGGTTCCA
ACAGATGACAGGCACAAGTATTTGTGGAACCAGGTCCATAATAGTGTGGTCAAGGCAATCTACGATGGATCACAGTTTGTAAGCTCTGTGTCAGAAGGTGAGGAAGTTGGAATTGTACTCGAAAGCACTAGTTTCTATGCGGAGCAAGGAGGACAGATCTATGATACTGGAAGTTGTGAAGGTCCATCTGGAACTTTTGA
TGTCAAGAATGTCCAGATTTATGGTGGATATGTGCTTCATATAGGCTCTCTGATTGGTGAAACTGGCAGAATTTCAGTAGGGGATGAAGTCATTTGCAAGGTAGATTATGTAAGGCGGACATTTATTGCTCCAAATCATACTTGCACTCATATGCTAAACTATGCACTGAAGGCTGTACTTGGAGATCACATCGATCAAA
AAGGATCCTTGGTGGCTCCAGACAAGTTGCGCTTCGATTTCTCCCATGGTAAACCTATTCCTGCCAGTGATCTGAGAAAAATAGAGTCAATTGTGAATAAGCAGATTAAAGATGAGCTAGAAGTATATGCAAAAGAAGCTAGCCTGATGGAGTCAAAACGCATAATGGGGCTCCGTGCTGTTTTTGGCGAAGTCTATCCT
GATCCTGTTCGAGTAGTTTCTATTGGAAGACCTGTTGAGGATCTTCTATTAGATCCAGAAAATCCAGAATGGGCATCTTTCTCAACAGAATTTTGTGGTGgtaggcttgaattctaaattaaaaaccgattcagactttgttgtttattttttttttcacatttaattgttaaaatctttggagctcttagGAACACACC
TGTCAAATACAAGAGAGGCAAAAGCATTTGCTCTTGTATCAGAAGAGGGAATTGCAAAGGGTGTGCGGAGGATTACAGCCTTTACAACTGTAGCAGCTCTTCAGGCAATTGAAATGGCAGCATCCTTTGATGCATATATAAACAATGCGTCGATGCTTCAGGGAAATGCATTAGAGAAGGAGGTAGCTTCTTTAAAGAGT
GCTTTGGATTCTGCCATCATTCCAGCAGCTAAAAAAGCAGAGTTCAGGGTGAAAATTTCTGAACTGCAGGATCGAGTTAAAAAGGCACAAAAGCAAGCTGCAGAAGCTAATCTGCAGGCAGCAATAAGTACAGCAATTGAATTCATTGACAAATTAACTTTGCAGAATGAAGCTTCATGTGTATTACGAATTGATGTGGG
TTTGGATACGAATGCTGTCAGAGAAGCTCTACTAAAAGTTATGGAGAAGAAAAAGGACGTTCCAGTCATGGTGTTTAGTGTGGACGAGCCAACAAAAAAAGTTCTTGTCTATGCTGGTGTACCAGAATCAGTACAAAACAAAGGTTTGGTGGTATTGGATTGGTTGAGGAAAGTGTTAGAGCCACTCAAGGGAAAAGGTG
GAGGTGGCAAAGGTGGACTGGCACAGGGACAGGGGAACGATGCTACTAGAATAGAAGAGGCTATGAAAATTGCTCGGACTATGGCAGGAGAAAAGCTGAAGTGACAACTCAGTTTGACAGTTACATTACTATATTAAATAATTGAAAGGTACAAAATGAATATTTTTCATAGAAAGGCATAGAGTGATGACTACTGTAGG
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