sp|Q9SJ04|SKIP6_ARATH ----> F-box/kelch-repeat protein SKIP6

Intron 1 GTAATTTTCT ... TACTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.02	138.2	39	19.5
A2	23.61	93.8	29	15.8
A3	19.94	172.7	43	17.7
A4	22.22	91	26	7.2
A5	21.48	51.2	14	5
A6	22.56	896	261	139.2
A7	25.86	1452.3	506.7	213.2
A8	21.54	1918.7	526.7	271.7
A9	22.54	1877	546.3	257.3
A10	22.64	1234.2	361.3	165

>TRINITY_DN115869_c1_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TCAGAGAGTTGTTCAGACAAATGGTCATGTTCAGGGTCAGAGAGTTGTTCAGACAAATGGTCATGTTCAGGGTCAGAGAGTTGTTCAGACAAATGGTCATGTTCAGGGTCAGAGAGTTGTTCAGACAAATGTTCAGGGCGACACAAGCAATGGCAAGACAGGCAATGAGGCCGAGAGAGTTGATGTTCAGAACGGGGCAG
GCGTTGAGGATCAAACAGTTGATATTCAAGAAGAAGGAGGCACTGCAGATCAAAGCTCTGTTCAAGAAGAAGGAGGCACTGCAGATCAAAGCTATGTTCAAGAAGGAGCCACTGCAGATCAAAGCTCTGTTCAAGAAGGAGCCACTGCAGATCTTCAAGCGGGAGGCGTTGAAGATGAAAAGGGTTATATTCAGGATCTT
CCTAGCTCTAGTTCTGCCATAAGAATTCCGCGTTCTCGATATTCAAATGTTTGTTTATGGTCTCCGGAAAGTTCATGCCCGTCTTCTTCAGATTCGAGAACACAAACAGATTCATTTATATTATTGACGGAACATTTAAAGCGCAAACGCTTATATGAAGCTTCATTTCTGTTAATGACGGAATTAGAGCGCAAACGGTT
ATATGAATTTTCCTCTTATTGGATTTATGCAAGAACCCTAGACGACCATGAGGTGCAATCCTTCCACGCTATCGACGTACAACAGTACAGACATGCGCACAGCTATGTGCCTATCCCTCCTTATCCCTTGGACGAGCTTGCAGACTCTGCCACAGCCGTTTTGGGTAAAAAGTTATACGTTATCGGTGGTCGAAAGGACA
GCTTCGTATGCAGCGATGTTTACGTGTACGATCCAGCCATGTATAAATGGTCTGGTTTAGCTCCCACCATAATACCCAGGGAAGGGGCTGTTGCTGCCACTGTTGATGGAAGAATTTATATTTTCGGAGGGTGCAGTAATCAAACTGATCCATGGGCTGAAATGTACGAGCCATCTACTAACATATGGACCCCCATTCCC
CGCTCTCAAACACTAATCGATGCACTCCAAATTGGGTTTGATCCCCTACTGAGATCTATTGTTTGGGGTAATAAAATATTCATACGAGGCGCTGCGAAGGGAATAGTATTTGACGTTACATCCTCTGCTTGGTCTTTATTTCCACGAAATTTGTTCAATTACTGGTGGAACGGTGCCTGTACTGCAGCCGTTGTGCAAAA
CATGTTAATCACTTGCCACTGTCAATTTCGCGAGGATCGACTTGTATATGAAATGAGCATCCAGGCCTATGATCCAGACATCGATGCTTGGTTTAAGTTAGAAGGGCTTGACAGCTTTGTTCACACAGATGCATACAGATCGTATTTTATGGCCGTAAATGGTATGTTGGTCCTATATCATATGTGGGATGACGATTATC
TGAGATTCTCAGTAATTGAGATCAATGAAAAATTTCAGACAGGCTTGGCGGTCAATGTTTTATGGAGATGCTGGGTTCCTCGTTTCAAGAATATTGAACGGATTTTAGCGATTCCAGCACATTCATTCTCAGCATGATGATCATGCCTATGAAAACAACAAGTCCAGGAAAGTTGAAATTCAGGACAGCTGCCCGATTTA
TTTGCATACCATATCGATGTGATGAATATCATTCCCATATTTACAACTGAGTATTTGAGAAAAAGGTAGATGAATATGTTCATTTGTAAACCACTGTTCCGAATCACCAAAGCAGTTCAGTTTGGTTGATGCTGCAATCTTATCTATTGTGAAAAGATTATATCATAAAGACATGTTGCTTAACATATTAATGGAATATA
AGCTTTTTATTTTGAGATTTTATTGTATTTGTAGAG

>TRINITY_DN115869_c1_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCAGAGAGTTGTTCAGACAAATGGTCATGTTCAGGGTCAGAGAGTTGTTCAGACAAATGGTCATGTTCAGGGTCAGAGAGTTGTTCAGACAAATGGTCATGTTCAGGGTCAGAGAGTTGTTCAGACAAATGTTCAGGGCGACACAAGCAATGGCAAGACAGGCAATGAGGCCGAGAGAGTTGATGTTCAGAACGGGGCAG
GCGTTGAGGATCAAACAGTTGATATTCAAGAAGAAGGAGGCACTGCAGATCAAAGCTCTGTTCAAGAAGAAGGAGGCACTGCAGATCAAAGCTATGTTCAAGAAGGAGCCACTGCAGATCAAAGCTCTGTTCAAGAAGGAGCCACTGCAGATCTTCAAGCGGGAGGCGTTGAAGATGAAAAGGGTTATATTCAGGATCTT
CCTAGCTCTAGTTCTGCCATAAGAATTCCGCGTTCTCGATATTCAAATGTTTGTTTATGGTCTCCGGAAAGTTCATGCCCGTCTTCTTCAGATTCGAGAACACAAACAGATTCATTTATATTATTGACGGAACATTTAAAGCGCAAACGCTTATATGAAGCTTCATTTCTGTTAATGACGGAATTAGAGCGCAAACGGTT
ATATGAATTTTCCTCTTATTGGATTTATGCAAGAACCCTAGACGACCATGAGGTGCAATCCTTCCACGCTATCGACGTACAACAGTACAGACATGCGCACAGCTATGTGCCTATCCCTCCTTATCCCTTGGACGAGCTTGCAGACTCTGCCACAGCCGTTTTGGGTAAAAAGTTATACGTTATCGGTGGTCGAAAGGACA
GCTTCGTATGCAGCGATGTTTACGTGTACGATCCAGCCATGTATAAATGGTCTGGTTTAGCTCCCACCATAATACCCAGGGAAGGGGCTGTTGCTGCCACTGTTGATGGAAGAATTTATATTTTCGGAGGGTGCAGTAATCAAACTGATCCATGGGCTGAAATGTACGAGCCATCTACTAACATATGGACCCCCATTCCC
CGCTCTCAAACACTAATCGATGCACTCCAAATTGGGTTTGATCCCCTACTGAGATCTATTGTTTGGGGTAATAAAATATTCATACGAGGCGCTGCGAAGGGAATAGTATTTGACGTTACATCCTCTGCTTGGTCTTTATTTCCACGAAATTTGTTCAATTACTGGTGGAACGGTGCCTGTACTGCAGCCGTTGTGCAAAA
CATGTTAATCACTTGCCACTGTCAATTTCGCGAGGATCGACTTGTATATGAAATGAGCATCCAGGCCTATGATCCAGACATCGATGCTTGGTTTAAGTTAGAAGGGCTTGACAGCTTTGTTCACACAGATGCATACAGATCGTATTTTATGGCCGTAAATGGTATGTTGGTCCTATATCATATGTGGGATGACGATTATC
TGAGATTCTCAGTAATTGAGATCAATGAAAAATTTCAGACAGGCTTGGCGGTCAATGTTTTATGGAGATGCTGGGTTCCTCGTTTCAAGAATATTGAACGGATTTTAGCGATgtaattttcttgatcttgacatgctctgcctaaattcaattcttcaacatatttttgaaataatgttattgaatcttgacagacgttt
tcttctacttttcagTCCAGCACATTCATTC

Intron 2 GTAATTTTCT ... TATTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.07	72.5	17	31.5
A2	21.96	67.5	17	21
A3	17.74	76.5	10	23
A4	17.48	42.5	7	11
A5	15.39	27.5	4	6
A6	21.01	572	98	206.3
A7	19.23	778.5	125	245.8
A8	20.15	907	124	333.8
A9	21.87	879	169	323
A10	20.26	666.5	131	207.8

>TRINITY_DN39817_c0_g4_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GAAACAAGAAAGCGTGACCTGGTTTTGAATAATGGGATCCTCCGTTTCCTGCTTTCCCAAACGGAGAGCTCCTCTTCAGTCTCACAGAGATGTTCAGACAAGTGTTCATGACAAGACAGGCGGTGAGGCCGAAAGAGTTGATGTTAAGAACGAGGCAGGGGTTGAGGATCAAACAGTTGATAATCAAGAAGAGGAATCCA
GTGCGGATGAAAGATCTGTTCAAGTTAATGTTTCTAGCTCTAGTACTTCTAGCATAATTATTTCTCGTTCTCCATCGAGTGTTTGTTTACGCTCTCCAGACGGGTCATGCGCCTCTTCTTCAGATTCGACATCATTTCTGTTAATGACGGAATTAGAGCGCAAATGCTTGTATGAATCTTCCTCTTATTGGATTTATGCA
AGAACCCTAGACGACAATCACCTGCAGTCGTTCCACGCTCTCGACATAAAACAGCAAAAACATGAGCACAGCTATGTGCCTCTCCCTCCTTATCCTTTGGAAGAACTTGCAGACTCTGCCACAGCAGTTTTGGATAAAAAGTTGTATGTTATCGGTGGTCGAAAGGGCGAATTTGAGTGCAGCGATGTCTACGAGTACGA
TCCAGCAATGTATAAATGGTGCGGTTTAGCTCCCACCATAATACCCAGGCAAGGGGCTGTTGCGGCCACTGTTGATGGAAGAATTTATGTGTTCGGAGGGTGCAGTAATGAGTGTCCAGGCCTACGATCCAGAAATGGATGCTTGGTTTAAGTTACATGTACTTGACAGCTCTGTTCACGCAAATGCATACAGATCGGAT
TTTATGGCCGTAAATGATATGTTGGTCATATATCATGTGGGATCTCGATCATCTGAGATTCTTAGTAACAGAGACCAGCGAAAAATTTGAGACATGCATGGTGTTGGCGGTCGATTGTTTATGGAGATGCTGGCTTCCTCGTTTCAAGAATGATCTGATTTTAGCGAATCCAGCACATTCATTCTCAGCGTGATGATCAA
GCCCGTGAAAACAACTTACAAGTCCACGAAAGTTGAAATTCAGATATCAAGGACAGCTACCCGATTTATTTGCATACCATATCGATGTGATGAATATCATTCCCATATTTACAGCTGAGTATTTGAGAAAAAGGTAGATGAATATGTTCATTTGTAAACCACTGTTCCAAGCACCAAAGCAGTTGGATTGATGCTGCACA
CTTTTGGCTATTGTGAAAAGATTATGCTGTAACAAAATCTTTTTCATCTTTTTCACATAGTAGTAGCTATTATCAAAGATTTTATCGTAAAGAGATGTTGCTTAATATGTTAATATAATATAATACTTTTTATTTAGAGACTTTATAGGATGTGTAAAGAAATTTTGTTTAAAATATTTACATTAATAGAATAAGATAGT
TT

>TRINITY_DN39817_c0_g4_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAAACAAGAAAGCGTGACCTGGTTTTGAATAATGGGATCCTCCGTTTCCTGCTTTCCCAAACGGAGAGCTCCTCTTCAGTCTCACAGAGATGTTCAGACAAGTGTTCATGACAAGACAGGCGGTGAGGCCGAAAGAGTTGATGTTAAGAACGAGGCAGGGGTTGAGGATCAAACAGTTGATAATCAAGAAGAGGAATCCA
GTGCGGATGAAAGATCTGTTCAAGTTAATGTTTCTAGCTCTAGTACTTCTAGCATAATTATTTCTCGTTCTCCATCGAGTGTTTGTTTACGCTCTCCAGACGGGTCATGCGCCTCTTCTTCAGATTCGACATCATTTCTGTTAATGACGGAATTAGAGCGCAAATGCTTGTATGAATCTTCCTCTTATTGGATTTATGCA
AGAACCCTAGACGACAATCACCTGCAGTCGTTCCACGCTCTCGACATAAAACAGCAAAAACATGAGCACAGCTATGTGCCTCTCCCTCCTTATCCTTTGGAAGAACTTGCAGACTCTGCCACAGCAGTTTTGGATAAAAAGTTGTATGTTATCGGTGGTCGAAAGGGCGAATTTGAGTGCAGCGATGTCTACGAGTACGA
TCCAGCAATGTATAAATGGTGCGGTTTAGCTCCCACCATAATACCCAGGCAAGGGGCTGTTGCGGCCACTGTTGATGGAAGAATTTATGTGTTCGGAGGGTGCAGTAATGAGTGTCCAGGCCTACGATCCAGAAATGGATGCTTGGTTTAAGTTACATGTACTTGACAGCTCTGTTCACGCAAATGCATACAGATCGGAT
TTTATGGCCGTAAATGATATGTTGGTCATATATCATGTGGGATCTCGATCATCTGAGATTCTTAGTAACAGAGACCAGCGAAAAATTTGAGACATGCATGGTGTTGGCGGTCGATTGTTTATGGAGATGCTGGCTTCCTCGTTTCAAGAATGATCTGATTTTAGCGAAgtaattttcttgatctttgacatgctctgccg
caattcttcaacatatttttacatttttgcgattattttattggatcttgacagacgttttcttctatttttcagTCCAGCACATTCATTCTCAGCGTGATGATCAAGCCCGTGAAAACAACTTACAAGTCCACGAAAGTTGAAATTCAGATATCAAGGACAGCTACCCGATTTATTTGCATACCATATCGATGTGATGA
ATATCATTCCCATATTTACAGCTGAGTATTTGAGAAAAAGGTAGATGAATATGTTCATTTGTAAACCACTGTTCCAAGCACCAAAGCAGTTGGATTGATGCTGCACACTTTTGGCTATTGTGAAAAGATTATGCTGTAACAAAATCTTTTTCATCTTTTTCACATAGTAGTAGCTATTATCAAAGATTTTATCGTAAAGA
GATGTTGCTTAATATGTTAATATAATATAATACTTTTTATTTAGAGACTTTATAGGATGTGTAAAGAAATTTTGTTTAAAATATTTACATTAATAGAATAAGATAGTTT

Intron 3 GTAATTTTCT ... ATCTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	39	39	7
A2	46.03	34	29	10
A3	42.57	58	43	0
A4	47.27	29	26	1
A5	45.16	17	14	2
A6	48.42	278	261	35
A7	49.18	524	507	92
A8	47.91	573	527	79
A9	48.71	576	547	97
A10	49.05	377	363	61

>TRINITY_DN42907_c1_g2_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

TCAAGAAGGAGCCACTGCAGATCAAAGCTCTGTTCAAGAAGAAGGAGGCACTGCAGATCAAAGCTATGTTCAAGAAGGAGCCACTGCAGATCAAAGCTCTGTTCAAGAAGGAGCCACTGCAGATCTTCAAGCGGGAGGCGTTGAAGATGAAAAGGGTTATATTCAGGATCTTCCTAGCTCTAGTTCTGCCATAAGAATTC
CGCGTTCTCGATATTCAAATGTTTGTTTATGGTCTCCGGAAAGTTCATGCCCGTCTTCTTCAGATTCGAGAACACAAACAGATTCATTTATATTATTGACGGAACATTTAAAGCGCAAACGCTTATATGAAGCTTCATTTCTGTTAATGACGGAATTAGAGCGCAAACGGTTATATGAATTTTCCTCTTATTGGATTTAT
GCAAGAACCCTAGACGACCATGAGGTGCAATCCTTCCACGCTATCGACGTACAACAGTACAGACATGCGCACAGCTATGTGCCTATCCCTCCTTATCCCTTGGACGAGCTTGCAGACTCTGCCACAGCCGTTTTGGGTAAAAAGTTATACGTTATCGGTGGTCGAAAGGACAGCTTCGTATGCAGCGATGTTTACGTGTA
CGATCCAGCCATGTATAAATGGTCTGGTTTAGCTCCCACCATAATACCCAGGGAAGGGGCTGTTGCTGCCACTGTTGATGGAAGAATTTATATTTTCGGAGGGTGCAGTAATCAAACTGATCCATGGGCTGAAATGTACGAGCCATCTACTAACATATGGACCCCCATTCCCCGCTCTCAAACACTAATCGATGCACTCC
AAATTGGGTTTGATCCCCTACTGAGATCTATTGTTTGGGGTAATAAAATATTCATACGAGGCGCTGCGAAGGGAATAGTATTTGACGTTACATCCTCTGCTTGGTCTTTATTTCCACGAAATTTGTTCAATTACTGGTGGAACGGTGCCTGTACTGCAGCCGTTGTGCAAAACATGTTAATCACTTGCCACTGTCAATTT
CGCGAGGATCGACTTGTATATGAAATGAGCATCCAGGCCTATGATCCAGACATCGATGCTTGGTTTAAGTTAGAAGGGCTTGACAGCTTTGTTCACACAGATGCATACAGATCGTATTTTATGGCCGTAAATGGTATGTTGGTCCTATATCATATGTGGGATGACGATTATCTGAGATTCTCAGTAATTGAGATCAATGA
AAAATTTCAGACAGGCTTGGCGGTCAATGTTTTATGGAGATGCTGGGTTCCTCGTTTCAAGAATATTGAACGGATTTTAGCGATACGTTTTCTTCTACTTTTCAGTCCAGCACATTCATTCTCAGCGTGATGATCAAGCCCGTGAAAACAACTTACAAGTCCACGAAAGTTGAAATTCAGATATCAAGGACAGCTACCCG
ATTTATTTGCATACCATATCGATGTGATGAATATCATTCCCATATTTACAGCTGAGTATTTGAGAAAAAGGTAGATGAATATGTTCATTTGTAAACCACTGTTCC

>TRINITY_DN42907_c1_g2_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TCAAGAAGGAGCCACTGCAGATCAAAGCTCTGTTCAAGAAGAAGGAGGCACTGCAGATCAAAGCTATGTTCAAGAAGGAGCCACTGCAGATCAAAGCTCTGTTCAAGAAGGAGCCACTGCAGATCTTCAAGCGGGAGGCGTTGAAGATGAAAAGGGTTATATTCAGGATCTTCCTAGCTCTAGTTCTGCCATAAGAATTC
CGCGTTCTCGATATTCAAATGTTTGTTTATGGTCTCCGGAAAGTTCATGCCCGTCTTCTTCAGATTCGAGAACACAAACAGATTCATTTATATTATTGACGGAACATTTAAAGCGCAAACGCTTATATGAAGCTTCATTTCTGTTAATGACGGAATTAGAGCGCAAACGGTTATATGAATTTTCCTCTTATTGGATTTAT
GCAAGAACCCTAGACGACCATGAGGTGCAATCCTTCCACGCTATCGACGTACAACAGTACAGACATGCGCACAGCTATGTGCCTATCCCTCCTTATCCCTTGGACGAGCTTGCAGACTCTGCCACAGCCGTTTTGGGTAAAAAGTTATACGTTATCGGTGGTCGAAAGGACAGCTTCGTATGCAGCGATGTTTACGTGTA
CGATCCAGCCATGTATAAATGGTCTGGTTTAGCTCCCACCATAATACCCAGGGAAGGGGCTGTTGCTGCCACTGTTGATGGAAGAATTTATATTTTCGGAGGGTGCAGTAATCAAACTGATCCATGGGCTGAAATGTACGAGCCATCTACTAACATATGGACCCCCATTCCCCGCTCTCAAACACTAATCGATGCACTCC
AAATTGGGTTTGATCCCCTACTGAGATCTATTGTTTGGGGTAATAAAATATTCATACGAGGCGCTGCGAAGGGAATAGTATTTGACGTTACATCCTCTGCTTGGTCTTTATTTCCACGAAATTTGTTCAATTACTGGTGGAACGGTGCCTGTACTGCAGCCGTTGTGCAAAACATGTTAATCACTTGCCACTGTCAATTT
CGCGAGGATCGACTTGTATATGAAATGAGCATCCAGGCCTATGATCCAGACATCGATGCTTGGTTTAAGTTAGAAGGGCTTGACAGCTTTGTTCACACAGATGCATACAGATCGTATTTTATGGCCGTAAATGGTATGTTGGTCCTATATCATATGTGGGATGACGATTATCTGAGATTCTCAGTAATTGAGATCAATGA
AAAATTTCAGACAGGCTTGGCGGTCAATGTTTTATGGAGATGCTGGGTTCCTCGTTTCAAGAATATTGAACGGATTTTAGCGATgtaattttcttgatcttgacatgctctgcctaaattcaattcttcaacatatttttgaaataatgttattgaatcttgacagACGTTTTCTTCTACTTTTCAGTCCAGCACATTCA
TTCTCAGCGTGATGATCAAGCCCGTGAAAACAACTTACAAGTCCACGAAAGTTGAAATTCAGATATCAAGGACAGCTACCCGATTTATTTGCATACCATATCGATGTGATGAATATCATTCCCATATTTACAGCTGAGTATTTGAGAAAAAGGTAGATGAATATGTTCATTTGTAAACCACTGTTCCAAGCACCAAAGCA
GTTGGATTGATGCTGCACACTTTTGGCTATTGTGAAAAGATTATGCTGTAACAAAATCTTTTTCATCTTTTTCACATAGTAGTAGCTATTATCAAAGATTTTATCGTAAAGAGATGTTGCTTAATATGTTAATATAATATAATACTTTTTATTTAGAGACTTTATAG