sp|Q9LRP1|NPS13_ARATH ----> Novel plant SNARE 13

Intron 1 GTAAGTTATT ... GTGTCGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.53	494	3	84
A2	15.69	430	1	80
A3	16.35	440	0	86
A4	18.58	333	0	76
A5	17.7	172	1	37
A6	16.08	741	0	142
A7	12.12	1799	0	248
A8	16.57	1566	0	311
A9	15.05	1660	0	294
A10	14.5	1397	0	237

>TRINITY_DN37008_c0_g2_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GTGGAAACGTCCCCTGATTTCCAAAATCAATAGGCCTGGTTTGTGTTCCGTACAGAGTTAGGGGGAGCTGAGCTTCAAATTCTTGAAGGGCGGAATCTCTCCAATCCCACTATACACAATATTTCACTGTGCTCTTGACGGACTAAAATGCCGGAAAACGGTTCACAGCAGCCTCGGATCTAGATTTATTTGCACGCATT
TTGAAGATTTTGGGTCATGTTGGCTTAGAAACCTGAAAGGTATCAGGGCTTGATCGGATACTTGTCCGGGTCTTATTTTTGGATCAGCGCGGAGAGTAATTTGACATAATTTCATGAGATCTGAGGTGGATTGCGTTGTGAAGTGGTCAAATTGAGCGGGGAGGGTTTGGATTCGGTGCCAAACTGGGGGTGGAAGGAGG
TGCAGGGCGCTTCGTGCGCTTCAACGAAGTGCCGTCGCCTTCGCACCAGATGGCGACGGATATCGATCTCAGCCCTGCTTTGAGCGACATCGATGGCCAGCTCAGGGATCATTTCCGTGCTCTCTCAAATGGATTTCAGAAATTGGATAAAATCAAAGACACAAACAGACAGAGTAAGCAGTTGGAGGAGCTTACTGGAA
AGATGCGAGAATGCAAACGGCTTATCAAAGAATTTGATCGGGAAATCAAGGAAGAAGAGAGTGGAAATCCTCCTGAGATTAATAAGCAGCTTAACGAGAAAAAACAGGCGCTGATCAAAGAACTCAATTCATATGTTGCATTGCGAAAGACGTATGCAAGTAGTCTTGGAAACAAGAGAGTAGAACTTTTTGATGGTGGA
ACTGCAGGTGGCGAGGCTTTTGCAGAGGAAAATGTTCGAGTTGCATCATCGATGACCAATCAAGAACTGGTCGAAGGTGGAACAAAAATGATGGATGAGACTGATCAAACAATAGAACGGTCAAAAAAGGTAGTAGAAGACACTGTGAATGTTGGTGCACAGACAGCAGCAACATTGAAGACCCAGACAGAGCAAATGGG
AAGGATCGTCAATGAGTTAGATACTATTCAGTTTTCAATCAAAAAGGCTACTCAGCTGGTGAAGGAGATTGGTAGACAGGTTGCTACGGATCGCTGTATCATGGCCTTTCTATTTTTAATAGTCTGTGGTGTAATAGCTATCATTATTGTTAAGATTGTGAATCCAAAGAACAAAAACATTCGTGCTGTTCCTGGATTGG
CACCCCCTGTTGCCAACAGGAAATTATTGTGGAGTCCTGGCTATGACAGTTATGATTTTGTTTTCTGATGGTGGTGGTTGCACAATGGGTGTATGTAATTGGCAAAATGCCATCCATACTATAGGATACTTTCCTTTGGCATTTGTCAAGTTGCAGTTTACTATTTTGCATTTGAATGATTATTTCGGTAGCTGAGTGGG
CTTTTATAATAGTAGTTACGAGACAAGTGATTTCTTATTAGACTCTGGAGCCTGGATGAGACCAGCAAGTACGAGAAGCAGATCTAGTAGGTGATTCATTTATCCTTTTTATTCATTGATATATAGCAGTTTCTTGTTGTTCAGTGTCAGCCCATGCTTTCTGTTGGTATCATATCAATTCTTTTAAGGCACATTTGCAA
CCTTTGAATTAGTAGTAGATATTAGAAGCTATGCAATAATATTTAATTGTTGTCTATATTCTTTTGTGAAACCAATTTCTTTTGTTCTGGACATATTTTTTTTTATCTTCAGATAAGATCTGAGTTACAGTTGTCAGTCGCTTGATCCCTCATGAGTATTGATATTATAGTATACATTGTTATGTAGTGACAGATGTTCT
TCGATGCATCTGTTTTCAACCATTCTGAGGCTTTAACTGTAATGGTTGCATCTTTCATGTTCATATTATTTTG

>TRINITY_DN37008_c0_g2_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGCATTGCGAAAGACgtaagttattctgtcttatgtttcatgcatattaataagtaagcctttgtgtgaatatgtgcacttctggtatgcagttgcatttaattgcatgatggcctcagcagtgaactacttcacaatccagagcttaactatgaacccaacatgatgggctcggatatatgcacaaagtttttaaaaat
gtgtcgttagGTATGCAAGTAGTCTTGGAAACAAGAGAGTAGAACTTTTTGATGGTGGAACTGCAGGTGGCGAGGCTTTTGCAGAGGAAAATGTTCGAGTTGCATCATCGATGACCAATCAAGAACTGGTCGAAGGTGGAACAAAAATGATGGATGAGACTGATCAAACAATAGAACGGTCAAAAAAGGTAGTAGAAGAC
ACTGTGAATGTTGGTGCACAGACAGCAGCAACATTGAAGACCCAGACAGAGCAAATGGGAAGGATCGTCAATGAGTTAGATACTATTCAGTTTTCAATCAAAAAGGCTACTCAGCTGGTGAAGGAGATTGGTAGACAGGTTGCTACGGATCGCTGTATCATGGCCTTTCTATTTTTAATAGTCTGTGGTGTAATAGCTAT
CATTATTGTTAAGATTGTGAATCCAAAGAACAAAAACATTCGTGCTGTTCCTGGATTGGCACCCCCTGTTGCCAACAGGAAATTATTGTGGAGTCCTGGCTATGACAGTTATGATTTTGTTTTCTGATGGTGGTGGTTGCACAATGGGTGTATGTAATTGGCAAAATGCCATCCATACTATAGGATACTTTCCTTTGGCA
TTTGTCAAGTTGCAGTTTACTATTTTGCATTTGAATGATTATTTCGGTAGCTGAGTGGGCTTTTATAATAGTAGTTACGAGACAAGTGATTTCTTATTAGACTCTGGAGCCTGGATGAGACCAGCAAGTACGAGAAGCAGATCTAGTAGGTGATTCATTTATCCTTTTTATTCATTGATATATAGCAGTTTCTTGTTGTT
CAGTGTCAGCCCATGCTTTCTGTTGGTATCATATCAATTCTTTTAAGGCACATTTGCAACCTTTGAATTAGTAGTAGATATTAGAAGCTATGCAATAATATTTAATTGTTGTCTATATTCTTTTGTGAAACCAATTTCTTTTGTTCTGGACATATTTTTTTTTATCTTCAGATAAGATCTGAGTTACAGTTGTCAGTCGC
TTGATCCCTCATGAGTATTGATATTATAGTATACATTGTTATGTAGTGACAGATGTTCTTCGATGCATCTGTTTTCAACCATTCTGAGGCTTTAACTGTAATGGTTGCATCTTTCATGTTCATATTATTTTG

Intron 2 GTGAGTTATA ... AATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.45	553	1	151
A2	25.27	553	0	187
A3	23.14	578	0	174
A4	23.67	287	0	89
A5	20.96	181	0	48
A6	26.77	2451	0	896
A7	25.4	3362	1	1145
A8	25.91	4233	2	1480
A9	25.53	3065	0	1051
A10	24.88	2270	0	752

>TRINITY_DN135222_c4_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GAAACGTCCCCTGATTTCCAAAATCAATAGGCCTGGTTTGTGTTCCGTACAGAGTTAGGGGGAGCTGAGCTTCAAATTCTTGAAGGGCGGAATCTCTCCAATCCCACTATACACAATATTTCACTGTGCTCTTGACGGACTAAAATGCCGGAAAACGGTTCACAGCAGCCTCGGATCTAGATTTATTTGCACGCATTTTG
AAGATTTTGGGTCATGTTGGCTTAGAAACCTGAAAGGTATCAGGGCTTGATCGGATACTTGTCCGGGTCTTATTTTTGGATCAGCGCGGAGAGTAATTTGACATAATTTCATGAGATCTGAGGTGGATTGCGTTGTGAAGTGGTCAAATTGAGCGGGGAGGGTTTGGATTCGGTGCCAAACTGGGGGTGGAAGGAGGTGC
AGGGCGCTTCGTGCGCTTCAACGAAGTGCCGTCGCCTTCGCACCAGATGGCGACGGATATCGATCTCAGCCCTGCTTTGAGCGACATCGATGGCCAGCTCAGGGATCATTTCCGTGCTCTCTCAAATGGATTTCAGAAATTGGATAAAATCAAAGACACAAACAGACAGAGTAAGCAGTTGGAGGAGCTTACTGGAAAGA
TGCGAGAATGCAAACGGCTTATCAAAGAATTTGATCGGGAAATCAAGGAAGAAGAGAGTGGAAATCCTCCTGAGATTAATAAGCAGCTTAACGAGAAAAAACAGGCGCTGATCAAAGAACTCAATTCATATGTTGCATTGCGAAAGACGTATGCAAGTAGTCTTGGAAACAAGAGAGTAGAACTTTTTGATGGTGGAACT
GCAGGTGGCGAGGCTTTTGCAGAGGAAAATGTTCGAGTTGCATCATCGATGACCAATCAAGAACTGGTCGAAGGTGGAACAAAAATGATGGATGAGACTGATCAAACAATAGAACGGTCAAAAAAGGTAGTAGAAGACACTGTGAATGTTGGTGCACAGACAGCAGCAACATTGAAGACCCAGACAGAGCAAATGGGAAG
GATCGTCAATGAGTTAGATACTATTCAGTTTTCAATCAAAAAGGCTACTCAGCTGGTGAAGGAGATTGGTAGACAGGTTGCTACGGATCGCTGTATCATGGCCTTTCTATTTTTAATAGTCTGTGGTGTAATAGCTATCATTATTGTTAAGATTGTGAATCCAAAGAACAAAAACATTCGTGCTGTTCCTGGATTGGCAC
CCCCTGTTGCCAACAGGAAATTATTGTGGAGTCCTGGCTATGACAGTTATGATTTTGTTTTCTGATGGTGGTGGTTGCACAATGGGTGTATGTAATTGGCAAAATGCCATCCATACTATAGGATACTTTCCTTTGGCATTTGTCATGTTGCAGTTTACTATTTTGCATTTGAATGATTATTTCAGTAGCTGAGTGGGCTT
TTATAATAGTAGTTACGAGACAAGTGATTTCTTATTAGACTCTGGAGCCTGGATGAGACCAGCAAGTACGAGAAGCAGATCTAGTAGGTGATTCATTTATCCTTTTTATTCATTGATATATAGCAGTTTCTTGTTGTTCAGTCTCAGCCCATGCTTTCTGTTGGTATCATATCAATTCTTTTAAGGCACATTTGCAACCT
TTGAATTAGTAGTAGATATTAGAAGCTATGCAATAATATTTAATTGTTGTCTATATTCTTTTGTGAAACCAATTTCTTTTGTTCTGGACATATTTTTTTTTATCTTCAGATAAGATCTGAGTTACAGTTGTCAGTCGCTTGATCCCTCATGAGTATTGATATTATAGTATACATTGTTATGTAGTGACAGATGTTCTTCG
ATGCATCTGTTTTCAACCATTCTGAG

>TRINITY_DN135222_c4_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TAATAGCTATCATTATTGTTAAGgtgagttatattcatgttttacattttggtactaactccgagattttgtttggacttttagttgtggcatataatttttatggctgcctgttaattttgcagATTGTGAATCCAAAGAACAAAAACATTCGTGCTGTTCCTGGATTGGCACCCCCTGTTGCCAACAGGAAATTATTG
TGGAGTCCTGGCTATGACAGTTATGATTTTGTTTTCTGATGGTGGTGGTTGCACAATGGGTGTATGTAATTGGCAAAATGCCATCCATACTATAGGATACTTTCCTTTGGCATTTGTCATGTTGCAGTTTACTATTTTGCATTTGAATGATTATTTCAGTAGCTGAGTGGGCTTTTATAATAGTAGTTACGAGACAAGTG
ATTTCTTATTAGACTCTGGAGCCTGGATGAGACCAGCAAGTACGAGAAGCAGATCTAGTAGGTGATTCATTTATCCTTTTTATTCATTGATATATAGCAGTTTCTTGTTGTTCAGTCTCAGCCCATGCTTTCTGTTGGTATCATATCAATTCTTTTAAGGCACATTTGCAACCTTTGAATTAGTAGTAGATATTAGAAGC
TATGCAATAATATTTAATTGTTGTCTATATTCTTTTGTGAAACCAATTTCTTTTGTTCTGGACATATTTTTTTTTATCTTCAGATAAGATCTGAGTTACAGTTGTCAGTCGCTTGATCCCTCATGAGTATTGATATTATAGTATACATTGTTATGTAGTGACAGATGTTCTTCGATGCATCTGTTTTCAACCATTCTGAG