sp|Q42877|RPB2_SOLLC ----> DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
Intron 1 GTCTGTGAAT ... AATATATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.27 | 141 | 11.2 | 22.2 |
| A2 | 16.38 | 99 | 11.8 | 20 |
| A3 | 18.6 | 144 | 11.6 | 34.4 |
| A4 | 17.31 | 126 | 9.6 | 27.6 |
| A5 | 19.19 | 75 | 6.8 | 18 |
| A6 | 23.34 | 17 | 1.6 | 5.6 |
| A7 | 15.11 | 73 | 2 | 13.6 |
| A8 | 19.3 | 17 | 2.2 | 4.2 |
| A9 | 12.63 | 48 | 6.8 | 7.2 |
| A10 | 16.7 | 91 | 2.4 | 19.2 |
>TRINITY_DN129852_c0_g3_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGCGGGCGCGGTGGATAAATAAATAAATAAGGAAGAAGGCCCACAAAACACTGAATCACTATTCCTCTATTTCTCCTCGTATATATGTTGTTGTTTTGCCCTTCTTTATCCGTTTTAACTAAAACCCCACCGGGTGAATCAACAAGGAGGAGGACTGGAGAGACTAAATACGCAGCCAAATACGAGGGCCTTGTAAAATAT
ATACTCGATTCGCCTCTCCATTAAAAGGATTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTTGATTTTATTTGATTGCTGAAGATCACTGTTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTAGTTCCTGGAAGCGAAAGTAATCACGGTGAGAACTAATATTGATTTTCGTTGCTTCTGGTAATCTTTCCAAGGGACATACCCAGTC
GTCAATTAGGGTTTTGTGAGGCGTGAAATTTGATTTCTTCTGGTGGGGTTTTAAGTGGTGTTATAGCAAGAGGACAAGATGTATGGAGGGGAAGAGGAAGAATATGTAAATGAAGATGAAGAGATAACGCAGGAAGATGCATGGGCAGTTATCAGTGCGTACTTTGAAGAGAAAGGGCTGGTCCGCCAGCAGCTCGATTC
CTTCGATGAATTTATTCAAAATACCATGCAGGAAATCGTGGATGAGTCTGCCGACATCGAGATTCGACCCGAATCCCAACATAATCCAGGCAGACAAACTGACTTCACAGAGACTATCTTCAAGATCAGCTTTGGTCAAATATATCTCAGTAAACCCATGATGACAGAATCTGATGGGGAAACTGCTACATTGTTTCCTA
AGGCAGCACGATTAAGAAATTTGACCTATTCAGCTCCGTTATATGTTGATGTCACAAAACGAGTGTTCAAGAAGGGCTTTGATTGTGAAGAGCTGTCAGAAAAACAAGAGCTTACGAAAGTTTTCATTGGGAAGGTACCGATAATGCTGCGTTCTGCATATTGCACATTGTCCCCTACAAATGAAAAAGATCTCCAAGAG
CTTGGAGAGTGTCCATACGATCAAGGTGGATACTTTATTATCAATGGCAGTGAGAAGGTTCTGATTGCCCAAGAAAAAATGAGTACAAACCATGTTTACGTTTTTAAGAAACGGCAACCAAATAAATTCTCTTATGTTGCTGAGGTGAGGTCTATGGCTGAAGCACAAAACAGGCCACCAAGTAGTATGTTTGTTCGCAT
GCTTTCAAGAGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACACTTCCATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGACAAAGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTGATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGG
CATTTGTTATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAGAAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTA
TGTGCTCTTGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTC
TAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGACAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGA
TGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGT
ATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCATTGTTTGTTGTGGAGAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATT
ACAGGAACGGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACAAGAGGTTTTATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAAGCATATTCGCATACGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTG
TTTGTGCATCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGTCTCCACGTAACACGTACCAGTCAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGGTATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGGATACCTTAGCATATGTACTCTATTATCCACAGAAGCCACTTGTTACAACGCGTGCCATGGAACATTTGCACTTTAGGCAGCTG
CCAGCAGGAATTAATGCGATTGTAGCTATTTCCTGCTATTCTGGATACAATCAGGAAGATTCTGTCATCATGAACCAATCTTCTATAGACCGTGGATTTTTTCGTTCGTTATTTTTTCGGTCTTACAGAGATGAAGAAAAGAGGATGGGGACACTTGTTAAAGAAGAATTTGGCTGTCCAAACAGGGAGAATACATTAAA
CATGCGACATGGTTCATATGATAAATTGGACGATGATGGGCTTGCACCTCCTGGGACTAGGGTCTCAGGAGAGGATGTCATCATTGGTAAAACAACACCTGTAGCACAGGAAGAGACAACAGGTCAGCAACAACGTTACATAAAGCGGGATCAGAGTACAGCCTTGCGTCATAGTGAAAGTGGGATGGTTGATCAGGTTC
TGCTGACAACGAATCAGGATGGTTTGCGGTTTGTCAAAGTTAGAATGAGATCTGTGCGTATACCACAGATTGGGGATAAGTTTAGTAGTAGGCACGGTCAGAAGGGAACTGTAGGTATGACGTACACCCAGGAGGATATGCCTTGGACAAGTGAGGGAATTACACCTGATATTATAGTGAATCCACATGCTATTCCCTCT
CGAATGACTATTGGCCAACTCATTGAATGTATCATGGGAAAGGTTGCTGCACACATGGGGAAAGAAGGAGATGCAACTCCTTTCACTGATGTCACTGTGGATAGCATCAGCAAGGCGCTTCATAAATGTGGTTATCAAATGAGAGGTTTTGAGACCATGTACAATGGACACACGGGTAGAAAATTATCTGCTATGATATT
TCTAGGTCCTACATATTACCAACGATTAAAGCATATGGTGGATGACAAGATCCATTCTCGTGGTCGTGGCCCTGTTCAAATTCTCACCCGACAACCGGCAGAAGGACGTTCTCGTGATGGAGGTCTACGTTTTGGAGAGATGGAACGTGATTGTATGATAGCCCATGGAGCTGCTCATTTCCTGAAAGAAAGGCTATTTG
ATCAAAGTGATGCATATAGGGTCCATGTTTGTGAGCGCTGTGGTTTAATTGCCATTGCAAATTTGAAGAAAAATTCTTTTGATTGTAGAGGCTGCAAGAACAAGACTGATATTGTGCAGGTGCACATACCATATGCTTGTAAGTTATTGTTTCAAGAACTCATGGCCATGGCCATTGCACCAAGAATGTTCACTAAAGAA
GTTAAGGATCTAAAAGACCAAAAGAAGAAGGCAGGAGCTTGAACATTGTTTCTTCATCTGGGTTCTCTGTGCAACTAATTGGAATATGATCTCCTCAGCAGTGGAAGATATCTGTTTTTGAAAACTGGACTGGAAACAGTGTGTCAAAACTGCCATTCTAGCATTGTGATCTGAATTAAAATGAAATAAATTTGTGGGTC
AAAGTGAGATCAATTTCATTAGGTCGAGTGAGAAATTTCTTTAGGTTGGCTAGGCCAAAGTTGGTATGTAATAATGTTCTTTTGCCCCAGGTTAATGGGCTACCATTCTGACTACCTCCTTATATAAACTCTTAGCTTAGCTCAGCCAACAGCCTTTCTTATACTGTATTGCTGATGTATAATGTTTAGTAAAGAATTGC
ACTTAAAGCAGTGCATGGGCTCTTGTTTGTGCAAATTATTCCAATATGCTGCAGGGCCCTGGGCTATCCGATGTCAGGTCAGGAACATTAGATAGCGGGAAAAGATTGAATTGCTTGGATGCCTTCTGATTTTATACCTATGTCATAGAATTGGTGTTGTTGCTGAAGTTGTGACAATGAACTGTTGAGCATACAAGTTA
CGAAAATTTTGAAAGAGGCGCTTCTAGAATTGAGAGGATGAACTGTTGAGCATATTAATTATGCAAATTCTGAACTCTTATTAGAACATCCAAGTGTGGATTGAAAATTTTAAACTCTTTTTAGAACTAACAAGTGTTTATTATCATTAATACCTTTGTTTAGAACTACTATCAAGTGTGCAATGTTA
>TRINITY_DN129852_c0_g3_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCGGGCGCGGTGGATAAATAAATAAATAAGGAAGAAGGCCCACAAAACACTGAATCACTATTCCTCTATTTCTCCTCGTATATATGTTGTTGTTTTGCCCTTCTTTATCCGTTTTAACTAAAACCCCACCGGGTGAATCAACAAGGAGGAGGACTGGAGAGACTAAATACGCAGCCAAATACGAGGGCCTTGTAAAATAT
ATACTCGATTCGCCTCTCCATTAAAAGGATTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTTGATTTTATTTGATTGCTGAAGATCACTGTTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTAGTTCCTGGAAGCGAAAGTAATCACGGTGAGAACTAATATTGATTTTCGTTGCTTCTGGTAATCTTTCCAAGGGACATACCCAGTC
GTCAATTAGGGTTTTGTGAGGCGTGAAATTTGATTTCTTCTGGTGGGGTTTTAAGTGGTGTTATAGCAAGAGGACAAGATGTATGGAGGGGAAGAGGAAGAATATGTAAATGAAGATGAAGAGATAACGCAGGAAGATGCATGGGCAGTTATCAGTGCGTACTTTGAAGAGAAAGGGCTGGTCCGCCAGCAGCTCGATTC
CTTCGATGAATTTATTCAAAATACCATGCAGGAAATCGTGGATGAGTCTGCCGACATCGAGATTCGACCCGAATCCCAACATAATCCAGGCAGACAAACTGACTTCACAGAGACTATCTTCAAGATCAGCTTTGGTCAAATATATCTCAGTAAACCCATGATGACAGAATCTGATGGGGAAACTGCTACATTGTTTCCTA
AGGCAGCACGATTAAGAAATTTGACCTATTCAGCTCCGTTATATGTTGATGTCACAAAACGAGTGTTCAAGAAGGGCTTTGATTGTGAAGAGCTGTCAGAAAAACAAGAGCTTACGAAAGTTTTCATTGGGAAGGTACCGATAATGCTGCGTTCTGCATATTGCACATTGTCCCCTACAAATGAAAAAGATCTCCAAGAG
CTTGGAGAGTGTCCATACGATCAAGGTGGATACTTTATTATCAATGGCAGTGAGAAGGTTCTGATTGCCCAAGAAAAAATGAGTACAAACCATGTTTACGTTTTTAAGAAACGGCAACCAAATAAATTCTCTTATGTTGCTGAGGTGAGGTCTATGGCTGAAGCACAAAACAGGCCACCAAGTAGTATGTTTGTTCGCAT
GCTTTCAAGAGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACACTTCCATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGACAAAGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTGATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGG
CATTTGTTATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAGAAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTA
TGTGCTCTTGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGgtctgtgaatgcatacttctatctagttgtttaagttcatattttatttgcgttcaaatgatcaaaacatattacattattttttgattctgaaggaagttcac
ttacatactttgtcaatatatcagCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGT
ATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGG
Intron 2 GCAAGAATAT ... TAATGTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.2 | 158 | 43 | 42 |
| A2 | 22.39 | 130 | 46 | 29 |
| A3 | 21.33 | 118 | 34 | 30 |
| A4 | 18.67 | 98 | 30 | 15 |
| A5 | 32.16 | 58 | 25 | 30 |
| A6 | 17.39 | 19 | 4 | 4 |
| A7 | 24.42 | 65 | 22 | 20 |
| A8 | 28.21 | 14 | 8 | 3 |
| A9 | 21.57 | 60 | 18 | 15 |
| A10 | 24.05 | 60 | 21 | 17 |
>TRINITY_DN106719_c0_g1_i10 from sample A5 / Example spliced isoformTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGGTCTGTGAATGCATACTTCTATCTAGTTGTTTAAGTTCATATTTTATTTGCGTTCAAATGATCAAAACATATTACATTATTTTTTGATTCTGAAGGAAGTTCACTTACATACTTTGTCAATATATCAGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTG
TTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGGAGGTTGAACTCTCCAATTGGT
CGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGGCAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATC
TCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCAT
TGTTTGTTGTGGAGAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATTACAGGAACGGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACCAGAGGTTTTATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAA
GCATATTCGCATACGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTGTTTGTGCATCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGTCTCCACGTAACACGTACCAGTCAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGGTATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGGTATTGTACTTTTTTCACTAAACTGAGGA
GAGTGCATTTCAGTAGCAACTTCAGCTTTTCTAGTCTTACTCTTAGCTCTCTAATATTGTTCTGGC
>TRINITY_DN106719_c0_g1_i13 from sample A5 / Example unspliced isoform:TGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGGAGGTTGAACTCTCCAAT
TGGTCGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGGCAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGgcaagaatatttttaaaacatttttctaaaaattaaatttccagtaaacactactcttgaaaactgaagttggagcaagggcttggtgattcattttttcattttgtaatgt
ttagGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGG
TGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTGTGTGGCAACCTGAATTGTTTTTGTTCAGTAATTTTATATTTGATTGAATTTGATTTAGGAGATTAGGTTTTTGTTTATAATATTTTTTTAAGGAGCCCTACAATGTATTCTGTCAAGGGGGATGGGGTTTGTCCTCCTCTGTTTGCTG
Intron 3 GTTTGTCATA ... CTGTGAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.57 | 146.8 | 2 | 56 |
| A2 | 31.08 | 116.8 | 0 | 51 |
| A3 | 27.43 | 158.4 | 1 | 58 |
| A4 | 28.06 | 133.4 | 4 | 50 |
| A5 | 31.52 | 86.4 | 1 | 39 |
| A6 | 20.44 | 31.2 | 0 | 8 |
| A7 | 25.96 | 90 | 0 | 30 |
| A8 | 23.14 | 17.8 | 0 | 5 |
| A9 | 34.23 | 78.2 | 0 | 40 |
| A10 | 24.88 | 110 | 0 | 35 |
>TRINITY_DN129852_c0_g3_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGCGGGCGCGGTGGATAAATAAATAAATAAGGAAGAAGGCCCACAAAACACTGAATCACTATTCCTCTATTTCTCCTCGTATATATGTTGTTGTTTTGCCCTTCTTTATCCGTTTTAACTAAAACCCCACCGGGTGAATCAACAAGGAGGAGGACTGGAGAGACTAAATACGCAGCCAAATACGAGGGCCTTGTAAAATAT
ATACTCGATTCGCCTCTCCATTAAAAGGATTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTTGATTTTATTTGATTGCTGAAGATCACTGTTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTAGTTCCTGGAAGCGAAAGTAATCACGGTGAGAACTAATATTGATTTTCGTTGCTTCTGGTAATCTTTCCAAGGGACATACCCAGTC
GTCAATTAGGGTTTTGTGAGGCGTGAAATTTGATTTCTTCTGGTGGGGTTTTAAGTGGTGTTATAGCAAGAGGACAAGATGTATGGAGGGGAAGAGGAAGAATATGTAAATGAAGATGAAGAGATAACGCAGGAAGATGCATGGGCAGTTATCAGTGCGTACTTTGAAGAGAAAGGGCTGGTCCGCCAGCAGCTCGATTC
CTTCGATGAATTTATTCAAAATACCATGCAGGAAATCGTGGATGAGTCTGCCGACATCGAGATTCGACCCGAATCCCAACATAATCCAGGCAGACAAACTGACTTCACAGAGACTATCTTCAAGATCAGCTTTGGTCAAATATATCTCAGTAAACCCATGATGACAGAATCTGATGGGGAAACTGCTACATTGTTTCCTA
AGGCAGCACGATTAAGAAATTTGACCTATTCAGCTCCGTTATATGTTGATGTCACAAAACGAGTGTTCAAGAAGGGCTTTGATTGTGAAGAGCTGTCAGAAAAACAAGAGCTTACGAAAGTTTTCATTGGGAAGGTACCGATAATGCTGCGTTCTGCATATTGCACATTGTCCCCTACAAATGAAAAAGATCTCCAAGAG
CTTGGAGAGTGTCCATACGATCAAGGTGGATACTTTATTATCAATGGCAGTGAGAAGGTTCTGATTGCCCAAGAAAAAATGAGTACAAACCATGTTTACGTTTTTAAGAAACGGCAACCAAATAAATTCTCTTATGTTGCTGAGGTGAGGTCTATGGCTGAAGCACAAAACAGGCCACCAAGTAGTATGTTTGTTCGCAT
GCTTTCAAGAGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACACTTCCATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGACAAAGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTGATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGG
CATTTGTTATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAGAAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTA
TGTGCTCTTGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTC
TAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGACAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGA
TGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGT
ATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCATTGTTTGTTGTGGAGAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATT
ACAGGAACGGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACAAGAGGTTTTATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAAGCATATTCGCATACGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTG
TTTGTGCATCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGTCTCCACGTAACACGTACCAGTCAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGGTATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGGATACCTTAGCATATGTACTCTATTATCCACAGAAGCCACTTGTTACAACGCGTGCCATGGAACATTTGCACTTTAGGCAGCTG
CCAGCAGGAATTAATGCGATTGTAGCTATTTCCTGCTATTCTGGATACAATCAGGAAGATTCTGTCATCATGAACCAATCTTCTATAGACCGTGGATTTTTTCGTTCGTTATTTTTTCGGTCTTACAGAGATGAAGAAAAGAGGATGGGGACACTTGTTAAAGAAGAATTTGGCTGTCCAAACAGGGAGAATACATTAAA
CATGCGACATGGTTCATATGATAAATTGGACGATGATGGGCTTGCACCTCCTGGGACTAGGGTCTCAGGAGAGGATGTCATCATTGGTAAAACAACACCTGTAGCACAGGAAGAGACAACAGGTCAGCAACAACGTTACATAAAGCGGGATCAGAGTACAGCCTTGCGTCATAGTGAAAGTGGGATGGTTGATCAGGTTC
TGCTGACAACGAATCAGGATGGTTTGCGGTTTGTCAAAGTTAGAATGAGATCTGTGCGTATACCACAGATTGGGGATAAGTTTAGTAGTAGGCACGGTCAGAAGGGAACTGTAGGTATGACGTACACCCAGGAGGATATGCCTTGGACAAGTGAGGGAATTACACCTGATATTATAGTGAATCCACATGCTATTCCCTCT
CGAATGACTATTGGCCAACTCATTGAATGTATCATGGGAAAGGTTGCTGCACACATGGGGAAAGAAGGAGATGCAACTCCTTTCACTGATGTCACTGTGGATAGCATCAGCAAGGCGCTTCATAAATGTGGTTATCAAATGAGAGGTTTTGAGACCATGTACAATGGACACACGGGTAGAAAATTATCTGCTATGATATT
TCTAGGTCCTACATATTACCAACGATTAAAGCATATGGTGGATGACAAGATCCATTCTCGTGGTCGTGGCCCTGTTCAAATTCTCACCCGACAACCGGCAGAAGGACGTTCTCGTGATGGAGGTCTACGTTTTGGAGAGATGGAACGTGATTGTATGATAGCCCATGGAGCTGCTCATTTCCTGAAAGAAAGGCTATTTG
ATCAAAGTGATGCATATAGGGTCCATGTTTGTGAGCGCTGTGGTTTAATTGCCATTGCAAATTTGAAGAAAAATTCTTTTGATTGTAGAGGCTGCAAGAACAAGACTGATATTGTGCAGGTGCACATACCATATGCTTGTAAGTTATTGTTTCAAGAACTCATGGCCATGGCCATTGCACCAAGAATGTTCACTAAAGAA
GTTAAGGATCTAAAAGACCAAAAGAAGAAGGCAGGAGCTTGAACATTGTTTCTTCATCTGGGTTCTCTGTGCAACTAATTGGAATATGATCTCCTCAGCAGTGGAAGATATCTGTTTTTGAAAACTGGACTGGAAACAGTGTGTCAAAACTGCCATTCTAGCATTGTGATCTGAATTAAAATGAAATAAATTTGTGGGTC
AAAGTGAGATCAATTTCATTAGGTCGAGTGAGAAATTTCTTTAGGTTGGCTAGGCCAAAGTTGGTATGTAATAATGTTCTTTTGCCCCAGGTTAATGGGCTACCATTCTGACTACCTCCTTATATAAACTCTTAGCTTAGCTCAGCCAACAGCCTTTCTTATACTGTATTGCTGATGTATAATGTTTAGTAAAGAATTGC
ACTTAAAGCAGTGCATGGGCTCTTGTTTGTGCAAATTATTCCAATATGCTGCAGGGCCCTGGGCTATCCGATGTCAGGTCAGGAACATTAGATAGCGGGAAAAGATTGAATTGCTTGGATGCCTTCTGATTTTATACCTATGTCATAGAATTGGTGTTGTTGCTGAAGTTGTGACAATGAACTGTTGAGCATACAAGTTA
CGAAAATTTTGAAAGAGGCGCTTCTAGAATTGAGAGGATGAACTGTTGAGCATATTAATTATGCAAATTCTGAACTCTTATTAGAACATCCAAGTGTGGATTGAAAATTTTAAACTCTTTTTAGAACTAACAAGTGTTTATTATCATTAATACCTTTGTTTAGAACTACTATCAAGTGTGCAATGTTA
>TRINITY_DN129852_c0_g3_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGgtttgtcatactttatttcacttttttttttttaaaatttactttaaatatgtgtattaatcctataactgtggtactgtgagcagTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAA
ACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGTTAGAATGCTGTATGATTCTGATATATTGATTCTCAACCAAATACAATGGCCTACATTGTTAGATGACTATATCTTCAG
TTACGGTCTTGATGCAACATAGATGTGTTTTTTGATGTGCAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGGCAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTG
GAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTGTGTGGCAACCTGAATTGTTTTTGTTCAGTAATTTTATATTTGATTGAATTTGA
TTTAGGAGATTAAGTTTTTGTTTATAATATTTTTTTAAGGAGCCA
Intron 4 GTAAGTTCCT ... TGTGGAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.39 | 158 | 1 | 38 |
| A2 | 20.13 | 127 | 2 | 32 |
| A3 | 17.57 | 183 | 0 | 39 |
| A4 | 9.84 | 165 | 0 | 18 |
| A5 | 19.26 | 109 | 0 | 26 |
| A6 | 6.67 | 14 | 0 | 1 |
| A7 | 16.9 | 59 | 0 | 12 |
| A8 | 0 | 6 | 0 | 0 |
| A9 | 13.04 | 40 | 0 | 6 |
| A10 | 8.86 | 72 | 0 | 7 |
>TRINITY_DN117955_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformCGCGGTGGATAAATAAATAAATAAGGAAGAAGGCCCACAAAACACTTAATCACTATTCCTCTATTTCTCCTCGTATATATGTTGTTGTTTTGCCCTTCTTTATCCGTTTTAACTAAAACCCCACCGGGTGAATCAACAAGGAGGAGGACTGGAGAGACTAAAGACGCAGCCAAATACGAGGGCCTTGTAAAATATATACT
CGATTCGCCTCTCCATTAAAAGGATTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTTGATTTTATTTGATTGCTGAAGATCACTGTTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTAGTTCCTGGAAGCGAAAGTAATCACGGTGAGAACCAATATTGATTTTCGTTGCTTCTGGTAATCTTTCCAAGGGACATACCCAGTCGTCAA
TTAGGGTTTTGTGAGGCGTGAAATTTGATTTCTTCTGGTGGGGTTTTAAGTGGTGTTATAGCAAGAGGACAAGATGTATGGAGGGGAAGAGGAAGAATATGTAAATGAAGATGAAGAGATAACGCAGGAAGATGCATGGGCAGTTATCAGTGCGTACTTTGAAGAGAAAGGGCTGGTCCGCCAGCAGCTCGATTCCTTCG
ATGAATTTATTCAAAATACCATGCAGGAAATCGTGGATGAGTCTGCCGACATCGAGATTCGACCCGAATCCCAACATAATCCAGGCAGACAAACTGACTTCACAGAGACTATCTTCAAGATCAGCTTTGGTCAAATATATCTCAGTAAACCCATGATGACAGAATCTGATGGGGAAACTGCTACATTGTTTCCTAAGGCA
GCACGATTAAGAAATTTGACCTATTCAGCTCCGTTATATGTTGATGTCACAAAACGAGTGTTCAAGAAGGGCTTTGATTGTGAAGAGCTGTCAGAAAAACAAGAGCTTACGAAAGTTTTCATTGGGAAGGTACCGATAATGCTGCGTTCTGCATATTGCACATTGTCCCCTACAAATGAAAAAGATCTCCAAGAGCTTGG
AGAGTGTCCATACGATCAAGGTGGATACTTTATTATCAATGGCAGTGAGAAGGTTCTGATTGCCCAAGAAAAAATGAGTACAAACCATGTTTACGTTTTTAAGAAACGGCAACCAAATAAATTCTCTTATGTTGCTGAGGTGAGGTCTATGGCTGAAGCACAAAACAGGCCACCAAGTAGTATGTTTGTTCGCATGCTTT
CAAGAGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACACTTCCATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGACAAAGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTGATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGGCATTT
GTTATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAGAAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTATGTGC
TCTTGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTG
GCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGACAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGT
CCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCA
CCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCATTGTTTGTTGTGGAGAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATTACAGG
AACGGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACAAGAGGTTTTATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAAGCATATTCGCATACGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTGTTTGT
GCATCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGTCTCCACGTAACACGTACCAGTCAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGGTATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGGATACCTTAGCATATGTACTCTATTATCCACAGAAGCCACTTGTTACAACGCGTGCCATGGAACATTTGCACTTTAGGCAGCTGCCAGC
AGGAATTAATGCGATTGTAGCTATTTCCTGCTATTCTGGATACAATCAGGAAGATTCTGTCATCATGAACCAATCTTCTATAGACCGTGGATTTTTTCGTTCGTTATTTTTTCGGTCTTACAGAGATGAAGAAAAGAGGATGGGGACACTTGTTAAAGAAGAATTTGGCTGTCCAAACAGGGAGAATACATTAAACATGC
GACATGGTTCATATGATAAATTGGACGATGATGGGCTTGCACCTCCTGGGACTAGGGTCTCAGGAGAGGATGTCATCATTGGTAAAACAACACCTGTAGCACAGGAAGAGACAACAGGTCAGCAACAACGTTACATAAAGCGGGATCAGAGTACAGCCTTGCGTCATAGTGAAAGTGGGATGGTTGATCAGGTTCTGCTG
ACAACGAATCAGGATGGTTTGCGGTTTGTCAAAGTTAGAATGAGATCTGTGCGTATACCACAGATTGGGGATAAGTTTAGTAGTAGGCACGGTCAGAAGGGAACTGTAGGTATGACGTACACCCAGGAGGATATGCCTTGGACAAGTGAGGGAATTACACCTGATATTATAGTGAATCCACATGCTATTCCCTCTCGAAT
GACTATTGGCCAACTCATTGAATGTATCATGGGAAAGGTTGCTGCACACATGGGGAAAGAAGGAGATGCAACTCCTTTCACTGATGTCACTGTGGATAGCATCAGCAAGGCGCTTCATAAATGTGGTTATCAAATGAGAGGTTTTGAGACCATGTACAATGGACACACGGGTAGAAAATTATCTGCTATGATATTTCTAG
GTCCTACATATTACCAACGATTAAAGCATATGGTGGATGACAAGATCCATTCTCGTGGTCGTGGCCCTGTTCAAATTCTCACCCGACAACCGGCAGAAGGACGTTCTCGTGATGGAGGTCTACGTTTTGGAGAGATGGAACGTGATTGTATGATAGCCCATGGAGCTGCTCATTTCCTGAAAGAAAGGCTATTTGATCAA
AGTGATGCATATAGGGTCCATGTTTGTGAGCGCTGTGGTTTAATTGCCATTGCAAATTTGAAGAAAAATTCTTTTGATTGTAGAGGCTGCAAGAACAAGACTGATATTGTGCAGGTGCACATACCATATGCTTGTAAGTTATTGTTTCAAGAACTCATGGCCATGGCCATTGCACCAAGAATGTTCACTAAAGAAGTTAA
GGATCTAAAAGATCAAAAGAAGAAGGCAGGAGCTTGAACATTGTTTCTTCATCTGGGTTCTCTGTGCAACTAATTGGAATATGATCTCCTCAGCAGTGGAAGATATCTGTTTTTGAAAACTGGACTGGAAACAGTGTGTCAAAACTGCCATTCTAGCATTGTGATCTGAATTAAAATGAAATAAATTTGTGGGTCAAAGT
GAGATCAATTTCATTAGGTCGAGTGAGAAATTTCTTTAGGTTGGCTAGGCCAAAGTTGGTATGCAATAATGTTCTTTTGCCCCAGGTTAATGGGCTACCATTCTGACTACCTCCTTATATAAACTCTTAGCTCAGCCAACAGCCTTTCTTATACTGTATTGCTGATGTATAATGTTTAGTAAAGAATTGCACTTAAAGCA
GTGCATGGGCTCTTGTTTGTGCAAATTATTCCAATATGCTGCAGGGCCCTGGGCTATCCGATGTCAGGTCAGGAACATTAGATAGCGGGAAAAGATTGAATTGCTTGGATGCCTTCTGATTTTATACCTATGTCATAGAATTGGTGTTGTTGCTGAAGTTGTGACAATGAACTGTTGAGCATACAAGTTACGAAAATTTT
GAAAGAGGCGCTTCTAGAATTGAGAGGATGAACTGTTGAGCATATTAATTATGCAAATTCTGAACTCTTATTAGAACATCCAAGTGTGGCATGAAAATTTTAAACTCAA
>TRINITY_DN117955_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:TTCAAGAGCTAGTGCAAAAGGGgtaagttcctgtttccttttgaagtgtctgacactgggatgccaagaaatgtccaaaaaatttcaaacaatgtatgtagatatgtcaaaaaatgtgtgtttgatgtatttctgttttctaaatgttaaaaaaaatatctttatgcctattttatttctgtaattttatgcctatttgc
ttttgatttcgttttattaagaacctcggatgggcccttatatctatctttgtattttgtggagcagGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACACTTCCATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGACAAAGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTG
ATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGGCATTTGTTATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAG
AAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTATGTGCTCTTGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAA
GGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGT
TGGCAAAACCCAGACAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATT
CCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCATTGTTTGTTGTGGA
GAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATTACAGGAACGGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACAAGAGGTTTTATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAAGCATATTCGCATA
CGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTGTTTGTGCATCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGTCTCCACGTAACACGTACCAGTCAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGGTATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGGATACCTTAGCATATGTACTCTATTATCCACAGAAGCCACTT
GTTACAACGCGTGCCATGGAACATTTGCACTTTAGGCAGCTGCCAGCAGGAATTAATGCGATTGTAGCTATTTCCTGCTATTCTGGATACAATCAGGAAGATTCTGTCATCATGAACCAATCTTCTATAGACCGTGGATTTTTTCGTTCGTTATTTTTTCGGTCTTACAGAGATGAAGAAAAGAGGATGGGGACACTTGT
TAAAGAAGAATTTGGCTGTCCAAACAGGGAGAATACATTAAACATGCGACATGGTTCATATGATAAATTGGACGATGATGGGCTTGCACCTCCTGGGACTAGGGTCTCAGGAGAGGATGTCATCATTGGTAAAACAACACCTGTAGCACAGGAAGAGACAACAGGTCAGCAACAACGTTACATAAAGCGGGATCAGAGTA
CAGCCTTGCGTCATAGTGAAAGTGGGATGGTTGATCAGGTTCTGCTGACAACGAATCAGGATGGTTTGCGGTTTGTCAAAGTTAGAATGAGATCTGTGCGTATACCACAGATTGGGGATAAGTTTAGTAGTAGGCACGGTCAGAAGGGAACTGTAGGTATGACGTACACCCAGGAGGATATGCCTTGGACAAGTGAGGGA
ATTACACCTGATATTATAGTGAATCCACATGCTATTCCCTCTCGAATGACTATTGGCCAACTCATTGAATGTATCATGGGAAAGGTTGCTGCACACATGGGGAAAGAAGGAGATGCAACTCCTTTCACTGATGTCACTGTGGATAGCATCAGCAAGGCGCTTCATAAATGTGGTTATCAAATGAGAGGTTTTGAGACCAT
GTACAATGGACACACGGGTAGAAAATTATCTGCTATGATATTTCTAGGTCCTACATATTACCAACGATTAAAGCATATGGTGGATGACAAGATCCATTCTCGTGGTCGTGGCCCTGTTCAAATTCTCACCCGACAACCGGCAGAAGGACGTTCTCGTGATGGAGGTCTACGTTTTGGAGAGATGGAACGTGATTGTATGA
TAGCCCATGGAGCTGCTCATTTCCTGAAAGAAAGGCTATTTGATCAAAGTGATGCATATAGGGTCCATGTTTGTGAGCGCTGTGGTTTAATTGCCATTGCAAATTTGAAGAAAAATTCTTTTGATTGTAGAGGCTGCAAGAACAAGACTGATATTGTGCAGGTGCACATACCATATGCTTGTAAGTTATTGTTTCAAGAA
CTCATGGCCATGGCCATTGCACCAAGAATGTTCACTAAAGAAGTTAAGGATCTAAAAGATCAAAAGAAGAAGGCAGGAGCTTGAACATTGTTTCTTCATCTGGGTTCTCTGTGCAACTAATTGGAATATGATCTCCTCAGCAGTGGAAGATATCTGTTTTTGAAAACTGGACTGGAAACAGTGTGTCAAAACTGCCATTC
TAGCATTGTGATCTGAATTAAAATGAAATAAATTTGTGGGTCAAAGTGAGATCAATTTCATTAGGTCGAGTGAGAAATTTCTTTAGGTTGGCTAGGCCAAAGTTGGTATGCAATAATGTTCTTTTGCCCCAGGTTAATGGGCTACCATTCTGACTACCTCCTTATATAAACTCTTAGCTCAGCCAACAGCCTTTCTTATA
CTGTATTGCTGATGTATAATGTTTAGTAAAGAATTGCACTTAAAGCAGTGCATGGGCTCTTGTTTGTGCAAATTATTCCAATATGCTGCAGGGCCCTGGGCTATCCGATGTCAGGTCAGGAACATTAGATAGCGGGAAAAGATTGAATTGCTTGGATGCCTTCTGATTTTATACCTATGTCATAGAATTGGTGTTGTTGC
TGAAGTTGTGACAATGAACTGTTGAGCATACAAGTTACGAAAATTTTGAAAGAGGCGCTTCTAGAATTGAGAGGATGAACTGTTGAGCATATTAATTATGCAAATTCTGAACTCTTATTAGAACATCCAAGTGTGGCATGAAAATTTTAAACTCAA
Intron 5 GTATGCCTTT ... CTTACTTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.26 | 172.2 | 45.9 | 31 |
| A2 | 26.06 | 102.2 | 20.9 | 36 |
| A3 | 13.79 | 125 | 25.5 | 20 |
| A4 | 20.63 | 100 | 14 | 26 |
| A5 | 13.85 | 56 | 8.3 | 9 |
| A6 | 13.33 | 13 | 4.5 | 2 |
| A7 | 14.29 | 18 | 3.8 | 3 |
| A8 | 18.18 | 9 | 1.9 | 2 |
| A9 | 13.51 | 32 | 5.7 | 5 |
| A10 | 15.22 | 39 | 7.6 | 7 |
>TRINITY_DN129852_c0_g3_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGCGGGCGCGGTGGATAAATAAATAAATAAGGAAGAAGGCCCACAAAACACTGAATCACTATTCCTCTATTTCTCCTCGTATATATGTTGTTGTTTTGCCCTTCTTTATCCGTTTTAACTAAAACCCCACCGGGTGAATCAACAAGGAGGAGGACTGGAGAGACTAAATACGCAGCCAAATACGAGGGCCTTGTAAAATAT
ATACTCGATTCGCCTCTCCATTAAAAGGATTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTTGATTTTATTTGATTGCTGAAGATCACTGTTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTAGTTCCTGGAAGCGAAAGTAATCACGGTGAGAACTAATATTGATTTTCGTTGCTTCTGGTAATCTTTCCAAGGGACATACCCAGTC
GTCAATTAGGGTTTTGTGAGGCGTGAAATTTGATTTCTTCTGGTGGGGTTTTAAGTGGTGTTATAGCAAGAGGACAAGATGTATGGAGGGGAAGAGGAAGAATATGTAAATGAAGATGAAGAGATAACGCAGGAAGATGCATGGGCAGTTATCAGTGCGTACTTTGAAGAGAAAGGGCTGGTCCGCCAGCAGCTCGATTC
CTTCGATGAATTTATTCAAAATACCATGCAGGAAATCGTGGATGAGTCTGCCGACATCGAGATTCGACCCGAATCCCAACATAATCCAGGCAGACAAACTGACTTCACAGAGACTATCTTCAAGATCAGCTTTGGTCAAATATATCTCAGTAAACCCATGATGACAGAATCTGATGGGGAAACTGCTACATTGTTTCCTA
AGGCAGCACGATTAAGAAATTTGACCTATTCAGCTCCGTTATATGTTGATGTCACAAAACGAGTGTTCAAGAAGGGCTTTGATTGTGAAGAGCTGTCAGAAAAACAAGAGCTTACGAAAGTTTTCATTGGGAAGGTACCGATAATGCTGCGTTCTGCATATTGCACATTGTCCCCTACAAATGAAAAAGATCTCCAAGAG
CTTGGAGAGTGTCCATACGATCAAGGTGGATACTTTATTATCAATGGCAGTGAGAAGGTTCTGATTGCCCAAGAAAAAATGAGTACAAACCATGTTTACGTTTTTAAGAAACGGCAACCAAATAAATTCTCTTATGTTGCTGAGGTGAGGTCTATGGCTGAAGCACAAAACAGGCCACCAAGTAGTATGTTTGTTCGCAT
GCTTTCAAGAGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACACTTCCATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGACAAAGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTGATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGG
CATTTGTTATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAGAAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTA
TGTGCTCTTGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTC
TAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGACAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGA
TGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGT
ATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCATTGTTTGTTGTGGAGAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATT
ACAGGAACGGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACAAGAGGTTTTATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAAGCATATTCGCATACGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTG
TTTGTGCATCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGTCTCCACGTAACACGTACCAGTCAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGGTATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGGATACCTTAGCATATGTACTCTATTATCCACAGAAGCCACTTGTTACAACGCGTGCCATGGAACATTTGCACTTTAGGCAGCTG
CCAGCAGGAATTAATGCGATTGTAGCTATTTCCTGCTATTCTGGATACAATCAGGAAGATTCTGTCATCATGAACCAATCTTCTATAGACCGTGGATTTTTTCGTTCGTTATTTTTTCGGTCTTACAGAGATGAAGAAAAGAGGATGGGGACACTTGTTAAAGAAGAATTTGGCTGTCCAAACAGGGAGAATACATTAAA
CATGCGACATGGTTCATATGATAAATTGGACGATGATGGGCTTGCACCTCCTGGGACTAGGGTCTCAGGAGAGGATGTCATCATTGGTAAAACAACACCTGTAGCACAGGAAGAGACAACAGGTCAGCAACAACGTTACATAAAGCGGGATCAGAGTACAGCCTTGCGTCATAGTGAAAGTGGGATGGTTGATCAGGTTC
TGCTGACAACGAATCAGGATGGTTTGCGGTTTGTCAAAGTTAGAATGAGATCTGTGCGTATACCACAGATTGGGGATAAGTTTAGTAGTAGGCACGGTCAGAAGGGAACTGTAGGTATGACGTACACCCAGGAGGATATGCCTTGGACAAGTGAGGGAATTACACCTGATATTATAGTGAATCCACATGCTATTCCCTCT
CGAATGACTATTGGCCAACTCATTGAATGTATCATGGGAAAGGTTGCTGCACACATGGGGAAAGAAGGAGATGCAACTCCTTTCACTGATGTCACTGTGGATAGCATCAGCAAGGCGCTTCATAAATGTGGTTATCAAATGAGAGGTTTTGAGACCATGTACAATGGACACACGGGTAGAAAATTATCTGCTATGATATT
TCTAGGTCCTACATATTACCAACGATTAAAGCATATGGTGGATGACAAGATCCATTCTCGTGGTCGTGGCCCTGTTCAAATTCTCACCCGACAACCGGCAGAAGGACGTTCTCGTGATGGAGGTCTACGTTTTGGAGAGATGGAACGTGATTGTATGATAGCCCATGGAGCTGCTCATTTCCTGAAAGAAAGGCTATTTG
ATCAAAGTGATGCATATAGGGTCCATGTTTGTGAGCGCTGTGGTTTAATTGCCATTGCAAATTTGAAGAAAAATTCTTTTGATTGTAGAGGCTGCAAGAACAAGACTGATATTGTGCAGGTGCACATACCATATGCTTGTAAGTTATTGTTTCAAGAACTCATGGCCATGGCCATTGCACCAAGAATGTTCACTAAAGAA
GTTAAGGATCTAAAAGACCAAAAGAAGAAGGCAGGAGCTTGAACATTGTTTCTTCATCTGGGTTCTCTGTGCAACTAATTGGAATATGATCTCCTCAGCAGTGGAAGATATCTGTTTTTGAAAACTGGACTGGAAACAGTGTGTCAAAACTGCCATTCTAGCATTGTGATCTGAATTAAAATGAAATAAATTTGTGGGTC
AAAGTGAGATCAATTTCATTAGGTCGAGTGAGAAATTTCTTTAGGTTGGCTAGGCCAAAGTTGGTATGTAATAATGTTCTTTTGCCCCAGGTTAATGGGCTACCATTCTGACTACCTCCTTATATAAACTCTTAGCTTAGCTCAGCCAACAGCCTTTCTTATACTGTATTGCTGATGTATAATGTTTAGTAAAGAATTGC
ACTTAAAGCAGTGCATGGGCTCTTGTTTGTGCAAATTATTCCAATATGCTGCAGGGCCCTGGGCTATCCGATGTCAGGTCAGGAACATTAGATAGCGGGAAAAGATTGAATTGCTTGGATGCCTTCTGATTTTATACCTATGTCATAGAATTGGTGTTGTTGCTGAAGTTGTGACAATGAACTGTTGAGCATACAAGTTA
CGAAAATTTTGAAAGAGGCGCTTCTAGAATTGAGAGGATGAACTGTTGAGCATATTAATTATGCAAATTCTGAACTCTTATTAGAACATCCAAGTGTGGATTGAAAATTTTAAACTCTTTTTAGAACTAACAAGTGTTTATTATCATTAATACCTTTGTTTAGAACTACTATCAAGTGTGCAATGTTA
>TRINITY_DN129852_c0_g3_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGAAAGTTTTCATTGGGAAGgtatgcctttttttgtgcttattccttttgcatctcacctagaaacaatgttgtctatatgcctcaatatttactttttgttccaaagttatagttatctgttgatccctcactttgggtactagtagtgatgtttttattaaattttttctttgttatatattcattcttaactattga
tgccttacttaagGTACCGATAATGCTGCGTTCTGCATATTGCACATTGTCCCCTACAAATGAAAAAGATCTCCAAGAGCTTGGAGAGTGTCCATACGATCAAGGTGGATACTTTATTATCAATGGCAGTGAGAAGGTTCTGATTGCCCAAGAAAAAATGAGTACAAACCATGTTTACGTTTTTAAGAAACGGCAACCAA
ATAAATTCTCTTATGTTGCTGAGGTGAGGTCTATGGCTGAAGCACAAAACAGGCCACCAAGTAGTATGTTTGTTCGCATGCTTTCAAGAGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACACTTCCATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGAC
AAAGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTGATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGGCATTTGTTATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTT
ACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAGAAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTATGTGCTCTTGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATG
TGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTA
AGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGACAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAG
CACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTGTGTGGCAACCTGAATTGTTTTTGTTCAGTAATTTTATATTTGATTGAATTTGATTTAGGAGATT
AAGTTTTTGTTTATAATATTTTTTTAAGGAGCCA
Intron 6 GTAAAATATA ... TCTTTCCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 77.3 | 58.5 | 208.8 | 189 |
| A2 | 78.74 | 55 | 232 | 175 |
| A3 | 75.15 | 69.3 | 252 | 166 |
| A4 | 78.85 | 54.3 | 236 | 168 |
| A5 | 72.29 | 47.3 | 144.8 | 101 |
| A6 | 74.47 | 6 | 21 | 14 |
| A7 | 86.17 | 8 | 52 | 47 |
| A8 | 77.78 | 1 | 4 | 3 |
| A9 | 84.86 | 7.3 | 45.8 | 35 |
| A10 | 82.88 | 15.5 | 87 | 63 |
>TRINITY_DN117955_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformCGCGGTGGATAAATAAATAAATAAGGAAGAAGGCCCACAAAACACTTAATCACTATTCCTCTATTTCTCCTCGTATATATGTTGTTGTTTTGCCCTTCTTTATCCGTTTTAACTAAAACCCCACCGGGTGAATCAACAAGGAGGAGGACTGGAGAGACTAAAGACGCAGCCAAATACGAGGGCCTTGGACATACCCAGTC
GTCAATTAGGGTTTTGTGAGGCGTGAAATTTGATTTCTTCTGGTGGGGTTTTAAGTGGTGTTATAGCAAGAGGACAAGATGTATGGAGGGGAAGAGGAAGAATATGTAAATGAAGATGAAGAGATAACGCAGGAAGATGCATGGGCAGTTATCAGTGCGTACTTTGAAGAGAAAGGGCTGGTCCGCCAGCAGCTCGATTC
CTTCGATGAATTTATTCAAAATACCATGCAGGAAATCGTGGATGAGTCTGCCGACATCGAGATTCGACCCGAATCCCAACATAATCCAGGCAGACAAACTGACTTCACAGAGACTATCTTCAAGATCAGCTTTGGTCAAATATATCTCAGTAAACCCATGATGACAGAATCTGATGGGGAAACTGCTACATTGTTTCCTA
AGGCAGCACGATTAAGAAATTTGACCTATTCAGCTCCGTTATATGTTGATGTCACAAAACGAGTGTTCAAGAAGGGCTTTGATTGTGAAGAGCTGTCAGAAAAACAAGAGCTTACGAAAGTTTTCATTGGGAAGGTACCGATAATGCTGCGTTCTGCATATTGCACATTGTCCCCTACAAATGAAAAAGATCTCCAAGAG
CTTGGAGAGTGTCCATACGATCAAGGTGGATACTTTATTATCAATGGCAGTGAGAAGGTTCTGATTGCCCAAGAAAAAATGAGTACAAACCATGTTTACGTTTTTAAGAAACGGCAACCAAATAAATTCTCTTATGTTGCTGAGGTGAGGTCTATGGCTGAAGCACAAAACAGGCCACCAAGTAGTATGTTTGTTCGCAT
GCTTTCAAGAGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACACTTCCATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGACAAAGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTGATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGG
CATTTGTTATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAGAAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTA
TGTGCTCTTGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTC
TAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGACAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGA
TGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGT
ATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCATTGTTTGTTGTGGAGAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATT
ACAGGAACGGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACAAGAGGTTTTATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAAGCATATTCGCATACGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTG
TTTGTGCATCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGTCTCCACGTAACACGTACCAGTCAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGGTATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGGATACCTTAGCATATGTACTCTATTATCCACAGAAGCCACTTGTTACAACGCGTGCCATGGAACATTTGCACTTTAGGCAGCTG
CCAGCAGGAATTAATGCGATTGTAGCTATTTCCTGCTATTCTGGATACAATCAGGAAGATTCTGTCATCATGAACCAATCTTCTATAGACCGTGGATTTTTTCGTTCGTTATTTTTTCGGTCTTACAGAGATGAAGAAAAGAGGATGGGGACACTTGTTAAAGAAGAATTTGGCTGTCCAAACAGGGAGAATACATTAAA
CATGCGACATGGTTCATATGATAAATTGGACGATGATGGGCTTGCACCTCCTGGGACTAGGGTCTCAGGAGAGGATGTCATCATTGGTAAAACAACACCTGTAGCACAGGAAGAGACAACAGGTCAGCAACAACGTTACATAAAGCGGGATCAGAGTACAGCCTTGCGTCATAGTGAAAGTGGGATGGTTGATCAGGTTC
TGCTGACAACGAATCAGGATGGTTTGCGGTTTGTCAAAGTTAGAATGAGATCTGTGCGTATACCACAGATTGGGGATAAGTTTAGTAGTAGGCACGGTCAGAAGGGAACTGTAGGTATGACGTACACCCAGGAGGATATGCCTTGGACAAGTGAGGGAATTACACCTGATATTATAGTGAATCCACATGCTATTCCCTCT
CGAATGACTATTGGCCAACTCATTGAATGTATCATGGGAAAGGTTGCTGCACACATGGGGAAAGAAGGAGATGCAACTCCTTTCACTGATGTCACTGTGGATAGCATCAGCAAGGCGCTTCATAAATGTGGTTATCAAATGAGAGGTTTTGAGACCATGTACAATGGACACACGGGTAGAAAATTATCTGCTATGATATT
TCTAGGTCCTACATATTACCAACGATTAAAGCATATGGTGGATGACAAGATCCATTCTCGTGGTCGTGGCCCTGTTCAAATTCTCACCCGACAACCGGCAGAAGGACGTTCTCGTGATGGAGGTCTACGTTTTGGAGAGATGGAACGTGATTGTATGATAGCCCATGGAGCTGCTCATTTCCTGAAAGAAAGGCTATTTG
ATCAAAGTGATGCATATAGGGTCCATGTTTGTGAGCGCTGTGGTTTAATTGCCATTGCAAATTTGAAGAAAAATTCTTTTGATTGTAGAGGCTGCAAGAACAAGACTGATATTGTGCAGGTGCACATACCATATGCTTGTAAGTTATTGTTTCAAGAACTCATGGCCATGGCCATTGCACCAAGAATGTTCACTAAAGAA
GTTAAGGATCTAAAAGATCAAAAGAAGAAGGCAGGAGCTTGAACATTGTTTCTTCATCTGGGTTCTCTGTGCAACTAATTGGAATATGATCTCCTCAGCAGTGGAAGATATCTGTTTTTGAAAACTGGACTGGAAACAGTGTGTCAAAACTGCCATTCTAGCATTGTGATCTGAATTAAAATGAAATAAATTTGTGGGTC
AAAGTGAGATCAATTTCATTAGGTCGAGTGAGAAATTTCTTTAGGTTGGCTAGGCCAAAGTTGGTATGCAATAATGTTCTTTTGCCCCAGGTTAATGGGCTACCATTCTGACTACCTCCTTATATAAACTCTTAGCTCAGCCAACAGCCTTTCTTATACTGTATTGCTGATGTATAATGTTTAGTAAAGAATTGCACTTA
AAGCAGTGCATGGGCTCTTGTTTGTGCAAATTATTCCAATATGCTGCAGGGCCCTGGGCTATCCGATGTCAGGTCAGGAACATTAGATAGCGGGAAAAGATTGAATTGCTTGGATGCCTTCTGATTTTATACCTATGTCATAGAATTGGTGTTGTTGCTGAAGTTGTGACAATGAACTGTTGAGCATACAAGTTACGAAA
ATTTTGAAAGAGGCGCTTCTAGAATTGAGAGGATGAACTGTTGAGCATATTAATTATGCAAATTCTGAACTCTTATTAGAACATCCAAGTGTGGCATGAAAATTTTAAACTCAA
>TRINITY_DN117955_c0_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:CGCGGTGGATAAATAAATAAATAAGGAAGAAGGCCCACAAAACACTTAATCACTATTCCTCTATTTCTCCTCGTATATATGTTGTTGTTTTGCCCTTCTTTATCCGTTTTAACTAAAACCCCACCGGGTGAATCAACAAGGAGGAGGACTGGAGAGACTAAAGACGCAGCCAAATACGAGGGCCTTgtaaaatatatact
cgattcgcctctccattaaaaggatttttcagagtgtttgatttgcagtttttgattttatttgattgctgaagatcactgtttttcagagtgtttgatttgcagttttagttcctggaagcgaaagtaatcacggtgagaaccaatattgattttcgttgcttctggtaatctttccaagGGACATACCCAGTCGTCAA
TTAGGGTTTTGTGAGGCGTGAAATTTGATTTCTTCTGGTGGGGTTTTAAGTGGTGTTATAGCAAGAGGACAAGATGTATGGAGGGGAAGAGGAAGAATATGTAAATGAAGATGAAGAGATAACGCAGGAAGATGCATGGGCAGTTATCAGTGCGTACTTTGAAGAGAAAGGGCTGGTCCGCCAGCAGCTCGATTCCTTCG
ATGAATTTATTCAAAATACCATGCAGGAAATCGTGGATGAGTCTGCCGACATCGAGATTCGACCCGAATCCCAACATAATCCAGGCAGACAAACTGACTTCACAGAGACTATCTTCAAGATCAGCTTTGGTCAAATATATCTCAGTAAACCCATGATGACAGAATCTGATGGGGAAACTGCTACATTGTTTCCTAAGGCA
GCACGATTAAGAAATTTGACCTATTCAGCTCCGTTATATGTTGATGTCACAAAACGAGTGTTCAAGAAGGGCTTTGATTGTGAAGAGCTGTCAGAAAAACAAGAGCTTACGAAAGTTTTCATTGGGAAGGTACCGATAATGCTGCGTTCTGCATATTGCACATTGTCCCCTACAAATGAAAAAGATCTCCAAGAGCTTGG
AGAGTGTCCATACGATCAAGGTGGATACTTTATTATCAATGGCAGTGAGAAGGTTCTGATTGCCCAAGAAAAAATGAGTACAAACCATGTTTACGTTTTTAAGAAACGGCAACCAAATAAATTCTCTTATGTTGCTGAGGTGAGGTCTATGGCTGAAGCACAAAACAGGCCACCAAGTAGTATGTTTGTTCGCATGCTTT
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GTTATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAGAAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTATGTGC
TCTTGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTG
GCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGACAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGT
CCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCA
CCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCATTGTTTGTTGTGGAGAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATTACAGG
AACGGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACAAGAGGTTTTATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGTTAGTATCTTATATGCTACCAGTGGCATCTAATTAGATCGATAATGCAAATACACATTTTCCTTGACATTTTTTTTCCACCCAGATTTTCTT
GAGATAATGAACTTTATGATTTTGTAGGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAAGCATATTCGCATACGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTGTTTGTGCATCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGTCTCCACGTAACACGTACCAGTCAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGG
TATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGGATACCTTAGCATATGTACTCTATTATCCACAGAAGCCACTTGTTACAACGCGTGCCATGGAACATTTGCACTTTAGGCAGCTGCCAGCAGGAATTAATGCGATTGTAGCTATTTCCTGCTATTCTGGATACAATCAGGAAGATTCTGTCATCATGAACCAATCTTCTA
TAGACCGTGGATTTTTTCGTTCGTTATTTTTTCGGTCTTACAGAGATGAAGAAAAGAGGATGGGGACACTTGTTAAAGAAGAATTTGGCTGTCCAAACAGGGAGAATACATTAAACATGCGACATGGTTCATATGATAAATTGGACGATGATGGGCTTGCACCTCCTGGGACTAGGGTCTCAGGAGAGGATGTCATCATT
GGTAAAACAACACCTGTAGCACAGGAAGAGACAACAGGTCAGCAACAACGTTACATAAAGCGGGATCAGAGTACAGCCTTGCGTCATAGTGAAAGTGGGATGGTTGATCAGGTTCTGCTGACAACGAATCAGGATGGTTTGCGGTTTGTCAAAGTTAGAATGAGATCTGTGCGTATACCACAGATTGGGGATAAGTTTAG
TAGTAGGCACGGTCAGAAGGGAACTGTAGGTATGACGTACACCCAGGAGGATATGCCTTGGACAAGTGAGGGAATTACACCTGATATTATAGTGAATCCACATGCTATTCCCTCTCGAATGACTATTGGCCAACTCATTGAATGTATCATGGGAAAGGTTGCTGCACACATGGGGAAAGAAGGAGATGCAACTCCTTTCA
CTGATGTCACTGTGGATAGCATCAGCAAGGCGCTTCATAAATGTGGTTATCAAATGAGAGGTTTTGAGACCATGTACAATGGACACACGGGTAGAAAATTATCTGCTATGATATTTCTAGGTCCTACATATTACCAACGATTAAAGCATATGGTGGATGACAAGATCCATTCTCGTGGTCGTGGCCCTGTTCAAATTCTC
ACCCGACAACCGGCAGAAGGACGTTCTCGTGATGGAGGTCTACGTTTTGGAGAGATGGAACGTGATTGTATGATAGCCCATGGAGCTGCTCATTTCCTGAAAGAAAGGCTATTTGATCAAAGTGATGCATATAGGGTCCATGTTTGTGAGCGCTGTGGTTTAATTGCCATTGCAAATTTGAAGAAAAATTCTTTTGATTG
TAGAGGCTGCAAGAACAAGACTGATATTGTGCAGGTGCACATACCATATGCTTGTAAGTTATTGTTTCAAGAACTCATGGCCATGGCCATTGCACCAAGAATGTTCACTAAAGAAGTTAAGGATCTAAAAGATCAAAAGAAGAAGGCAGGAGCTTGAACATTGTTTCTTCATCTGGGTTCTCTGTGCAACTAATTGGAAT
ATGATCTCCTCAGCAGTGGAAGATATCTGTTTTTGAAAACTGGACTGGAAACAGTGTGTCAAAACTGCCATTCTAGCATTGTGATCTGAATTAAAATGAAATAAATTTGTGGGTCAAAGTGAGATCAATTTCATTAGGTCGAGTGAGAAATTTCTTTAGGTTGGCTAGGCCAAAGTTGGTATGCAATAATGTTCTTTTGC
CCCAGGTTAATGGGCTACCATTCTGACTACCTCCTTATATAAACTCTTAGCTCAGCCAACAGCCTTTCTTATACTGTATTGCTGATGTATAATGTTTAGTAAAGAATTGCACTTAAAGCAGTGCATGGGCTCTTGTTTGTGCAAATTATTCCAATATGCTGCAGGGCCCTGGGCTATCCGATGTCAGGTCAGGAACATTA
GATAGCGGGAAAAGATTGAATTGCTTGGATGCCTTCTGATTTTATACCTATGTCATAGAATTGGTGTTGTTGCTGAAGTTGTGACAATGAACTGTTGAGCATACAAGTTACGAAAATTTTGAAAGAGGCGCTTCTAGAATTGAGAGGATGAACTGTTGAGCATATTAATTATGCAAATTCTGAACTCTTATTAGAACATC
CAAGTGTGGCATGAAAATTTTAAACTCAA
Intron 7 GTTTGAATCT ... CACTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28 | 228 | 88 | 7 |
| A2 | 28.75 | 157.6 | 63 | 0 |
| A3 | 28.6 | 198.2 | 79 | 2 |
| A4 | 29.2 | 119.2 | 49 | 5 |
| A5 | 31.23 | 37.6 | 17 | 0 |
| A6 | 31.6 | 52 | 24 | 0 |
| A7 | 28.71 | 169.4 | 68 | 1 |
| A8 | 30.87 | 76.4 | 34 | 0 |
| A9 | 23.24 | 113.6 | 34 | 0 |
| A10 | 23.27 | 119.8 | 36 | 0 |
>TRINITY_DN105894_c0_g2_i4 from sample A4 / Example spliced isoformCACTATTCCTCTATTTCTCCTCGTATATATGTTGTTGTTTTGCCCTTCTTTATCCGTTTTAACTAAAACCCCACCGGGTGAATCAACAAGGAGGAGGACTGGAGAGACTAAAGACGCAGCCAAATACGAGGGCCTTGTAAAATATATACTCGATTCGCCTCTCCATTAAAAGGATTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTT
TTTGATTTGATTGCTGAAGATCACTGTTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTAGTTCCTGGAAGCGAAAGTAATCACGGTGAGAACTAATATTGATTTTCGTTGCTTCTGGTAATCTTTCCAAGGGACATACCCAATCGTCAATTAGGGTTTTGTGAGGCGTGAAATTTGATTTCTTCTGGTGGGGTTTTAAGTGGTG
TTATAGCAAGAGGACAAGATGTATGGAGGGGAAGAGGAAGAATATGTAAATGAAGATGAAGAGATAACGCAGGAAGATGCATGGGCAGTTATCAGTGCGTACTTTGAAGAGAAAGGGCTGGTCCGCCAGCAGCTCGATTCCTTCGATGAATTTATTCAAAATACCATGCAGGAAATCGTGGATGAGTCTGCCGACATCGA
GATTCGACCCGAATCCCAACATAATCCAGGCAGACAAACTGACTTCACAGAGACCATCTTCAAGATCAGCTTTGGTCAAATATATCTCAGTAAACCCATGATGACAGAATCTGATGGGGAAACTGCTACATTGTTTCCTAAGGCAGCACGATTAAGAAATTTGACCTATTCAGCTCCGTTATATGTTGATGTCACAAAAC
GAGTGTTCAAGAAGGGCTTTGATTGTGAAGAGCTGTCAGAAAAACAAGAGCTTACGAAAGTTTTCATTGGGAAGGTACCGATAATGCTGCGTTCTGCATATTGCACATTGTCCCCTACAAATGAAAAAGATCTCCAAGAGCTTGGAGAGTGTCCATACGATCAAGGTGGATACTTTATTATCAATGGCAGTGAGAAGGTT
CTGATTGCCCAAGAAAAAATGAGTACAAACCATGTTTACGTTTTTAAGAAACGGCAACCAAATAAATTCTCTTATGTTGCTGAGGTGAGGTCTATGGCTGAAGCACAAAACAGGCCACCAAGTAGTATGTTTGTTCGCATGCTTTCAAGAGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACACTTCC
ATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGACAAGGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTGATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGGCATTTGTTATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTG
TCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAGAAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTATGTGCTCTTGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGAT
CTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCAC
AAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGGCAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAA
TGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGAT
GTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCATTGTTTGTTGTGGAGAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATTACAGGAACGGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACAAGAGGTTTTATTGA
GTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAAGCATATTCGCATACGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTGTTTGTGCATCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGTCTCCACGTAACACGTACCAGT
CAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGGTATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGGATACCTTAGCATATGTACTCTATTATCCACAGAAGCCACTTGTTACAACGCGTGCCATGGAACATTTGCACTTTAGGCAGCTGCCAGCAGGAATTAATGCGATTGTAGCTATTTCCTGCTATTCTGGATACAATCAGGAAGAT
TCTGTCATCATGAACCAATCTTCTATAGACCGTGGATTTTTTCGTTCGTTATTTTTTCGGTCTTACAGAGATGAAGAAAAGAGGATGGGGACACTTGTTAAAGAAGAATTTGGCTGTCCAAACAGGGAGAATACATTAAACATGCGACATGGTTCATATGATAAATTGGACGATGATGGGCTTGCACCTCCTGGGACTAG
GGTCTCAGGAGAGGATGTCATCATTGGTAAAACAACACCTGTAGCACAGGAAGAGACAACAGGTCAGCAACAACGTTACATAAAGCGGGATCAGAGTACAGCCTTGCGTCATAGTGAAAGTGGGATGGTTGATCAGGTTCTGTTGACAACGAATCAGGATGGTTTGCGGTTTGTCAAAGTTAGAATGAGATCTGTGCGTA
TACCACAGATTGGGGATAAGTTTAGTAGTAGGCACGGTCAGAAGGGAACTGTAGGTATGACGTACACCCAGGAGGATATGCCTTGGACAAGTGAGGGAATTACACCTGATATTATAGTGAATCCACATGCTATTCCCTCTCGAATGACTATTGGCCAACTCATTGAATGTATCATGGGAAAGGTTGCTGCACACATGGGG
AAAGAAGGAGATGCAACTCCTTTCACTGATGTCACTGTGGATAGCATCAGCAAGGCGCTTCATAAATGTGGTTATCAAATGAGAGGTTTTGAGACCATGTACAATGGACACACGGGTAGAAAATTATCTGCTATGATATTTCTAGGTCCTACATATTACCAACGATTAAAGCATATGGTGGATGACAAGATCCATTCTCG
TGGTCGTGGCCCTGTTCAAATTCTCACCCGACAACCGGCAGAAGGACGTTCTCGTGATGGAGGTCTACGTTTTGGAGAGATGGAACGTGATTGTATGATAGCCCATGGAGCTGCTCATTTCCTGAAAGAAAGGCTATTTGATCAAAGTGATGCATATAGGGTCCATGTTTGTGAGCGCTGTGGTTTAATTGCCATTGCAA
ATTTGAAGAAAAATTCTTTTGATTGTAGAGGCTGCAAGAACAAGACTGATATTGTGCAGGTGCACATACCATATGCTTGTAAGTTATTGTTTCAAGAACTCATGGCCATGGCCATTGCGCCAAGAATGTTCACTAAAGAAGTTAAGGATCTAAAAGACCAAAAGAAGAAGGCAGGAGCTTGAACATTGTTTCTTCATCTG
GGTTCTCTGTGCAACTAATTGGAATATGATCTCCTCAGCAGTGGAAGATATCTGTTTTTGAAAACTGGACTGGAAACAGTGTGTCAAAACTGCCATTCTAGCATTGTGATCTGAATTAAAATGAAATAAATTTGTGGGTCAAAGTGAGATCAATTTCATTAGGTCGAGTGAGAAATTTCTTTAGGTTGGCTAGGCCAAAG
TTGGTATGTAATAATGTTCTTTTGCCCCAGGTTAATGGGCTACCATTCTGACTACCTCCTTATATAAACTCTTAGCTCAGCCAACAGCCTTTCTTATACTGTATTGCTGATGTATAATGTTTAGTAAAGAATTGCACTTAAAGCAGTGCATGGGCTCTTGTTTGTGCAAATTATTCCAATATGCTGCAGGGCCCTGGGCT
ATCCGATGTCAGGTCAGGAACATTAGATAGCGGGAAAAGATTGAATTGCTTGGATGCCTTCTGATTTTATACCTATGTCATAGAATTGGTGTTGTTGCTGAAGTTGTGACAATGAACTGTTGAGCATACAAGTTACGAAAATTTTGAAAGAGGCGCTTCTAGAATTGAGAGGATGAACTGTTGAGCATATTAATTATGCA
AATTCTGAACTCTTATTAGAACATCCAAGTGTGGCATGAAAATTTT
>TRINITY_DN105894_c0_g2_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:CACTATTCCTCTATTTCTCCTCGTATATATGTTGTTGTTTTGCCCTTCTTTATCCGTTTTAACTAAAACCCCACCGGGTGAATCAACAAGGAGGAGGACTGGAGAGACTAAAGACGCAGCCAAATACGAGGGCCTTGTAAAATATATACTCGATTCGCCTCTCCATTAAAAGGATTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTT
TTTGATTTTATTTGATTGCTGAAGATCACTGTTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTAGTTCCTGGAAGCGAAAGTAATCACGGTGAGAACTAATATTGATTTTCGTTGCTTCTGGTAATCTTTCCAAGGGACATACCCAATCGTCAATTAGGGTTTTGTGAGGCGTGAAATTTGATTTCTTCTGGTGGGGTTTTAAG
TGGTGTTATAGCAAGAGGACAAGATGTATGGAGGGGAAGAGGAAGAATATGTAAATGAAGATGAAGAGATAACGCAGGAAGATGCATGGGCAGTTATCAGTGCGTACTTTGAAGAGAAAGGGCTGGTCCGCCAGCAGCTCGATTCCTTCGATGAATTTATTCAAAATACCATGCAGGAAATCGTGGATGAGTCTGCCGAC
ATCGAGATTCGACCCGAATCCCAACATAATCCAGGCAGACAAACTGACTTCACAGAGACCATCTTCAAGATCAGCTTTGGTCAAATATATCTCAGTAAACCCATGATGACAGAATCTGATGGGGAAACTGCTACATTGTTTCCTAAGGCAGCACGATTAAGAAATTTGACCTATTCAGCTCCGTTATATGTTGATGTCAC
AAAACGAGTGTTCAAGAAGGGCTTTGATTGTGAAGAGCTGTCAGAAAAACAAGAGCTTACGAAAGTTTTCATTGGGAAGGTACCGATAATGCTGCGTTCTGCATATTGCACATTGTCCCCTACAAATGAAAAAGATCTCCAAGAGCTTGGAGAGTGTCCATACGATCAAGGTGGATACTTTATTATCAATGGCAGTGAGA
AGGTTCTGATTGCCCAAGAAAAAATGAGTACAAACCATGTTTACGTTTTTAAGAAACGGCAACCAAATAAATTCTCTTATGTTGCTGAGGTGAGGTCTATGGCTGAAGCACAAAACAGGCCACCAAGTAGTATGTTTGTTCGCATGCTTTCAAGAGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACA
CTTCCATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGACAAGGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTGATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGGCATTTGTTATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTC
CACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAGAAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTATGTGCTCTTGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGAT
TGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCT
GGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGGCAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGC
CCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGG
TTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCATTGTTTGTTGTGGAGAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATTACAGGAACGGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACAAGAGGTTTT
ATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGTTAGTATCTTATATGCTACCAGTGGCATCTAATTAGATCGATAATGCAAATACACATTTTCCTTGACATTTTTTTTCCACCCAGATTTTCTTGAGATAATTAACTTTATGATTTTGTAGGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAA
TCCTGCAGAAGCATATTCGCATACGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTGTTTGTGCATCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGgtttgaatctttcacagctctattttatgctacttttagtttgctctaatacattaaagctggatacattctaattaggcttttagtttgctctaat
acattaaagtgcatgccatttatgtattcccactctgcagTCTCCACGTAACACGTACCAGTCAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGGTATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGGTATTGTACTTTTTTCACCAAACTGAGGAGAGTGCATTTCATTAGCAACTTCAGCTTTTCTAGTCTTACTCTTAGCTCTCTA
ATATTGTTCTGGTC
Intron 8 GTATTGTACT ... TACTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.05 | 211 | 39 | 30 |
| A2 | 14.2 | 148 | 30 | 19 |
| A3 | 12.99 | 134 | 23 | 17 |
| A4 | 14.06 | 107 | 18 | 17 |
| A5 | 18.37 | 60 | 17 | 10 |
| A6 | 22.22 | 35 | 11 | 9 |
| A7 | 20.13 | 119 | 28 | 32 |
| A8 | 21.31 | 72 | 13 | 26 |
| A9 | 16.39 | 102 | 24 | 16 |
| A10 | 19.66 | 94 | 26 | 20 |
>TRINITY_DN47361_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoformGGCGCGGTGGATAAATAAATAAATAAGGAAGAAGGCCCACAAAACACTGAATCACTATTCCTCTATTTCTCCTCGTATATATGTTGTTGTTTTGCCCTTCTTTATCCGTTTTAACTAAAACCCCACCGGGTGAATCAACAAGGAGGAGGACTGGAGAGACTAAAGACGCAGCCAAATACGAGGGCCTTGTAAAATATATA
CTCGATTCGCCTCTCCATTAAAAGGATTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTTGATTTGATTGCTGAAGATCACTGTTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTAGTTCCTGGAAGCGAAAGTAATCACGGTGAGAACTAATATTGATTTTCGTTGCTTCTGGTAATCTTTCCAAGGGACATACCCAATCGTCAATTA
GGGTTTTGTGAGGCGTGAAATTTGATTTCTTCTGGTGGGGTTTTAAGTGGTGTTATAGCAAGAGGACAAGATGTATGGAGGGGAAGAGGAAGAATATGTAAATGAAGATGAAGAGATAACGCAGGAAGATGCATGGGCAGTTATCAGTGCGTACTTTGAAGAGAAAGGGCTGGTCCGCCAGCAGCTCGATTCCTTCGATG
AATTTATTCAAAATACCATGCAGGAAATCGTGGATGAGTCTGCCGACATCGAGATTCGACCCGAATCCCAACATAATCCAGGCAGACAAACTGACTTCACAGAGACTATCTTCAAGATCAGCTTTGGTCAAATATATCTCAGTAAACCCATGATGACAGAATCTGATGGGGAAACTGCTACATTGTTTCCTAAGGCAGCA
CGATTAAGAAATTTGACCTATTCAGCTCCGTTATATGTTGATGTCACAAAACGAGTGTTCAAGAAGGGCTTTGATTGTGAAGAGCTGTCAGAAAAACAAGAGCTTACGAAAGTTTTCATTGGGAAGGTACCGATAATGCTGCGTTCTGCATATTGCACATTGTCCCCTACAAATGAAAAAGATCTCCAAGAGCTTGGAGA
GTGTCCATACGATCAAGGTGGATACTTTATTATCAATGGCAGTGAGAAGGTTCTGATTGCCCAAGAAAAAATGAGTACAAACCATGTTTACGTTTTTAAGAAACGGCAACCAAATAAATTCTCTTATGTTGCTGAGGTGAGGTCTATGGCTGAAGCACAAAACAGGCCACCAAGTAGTATGTTTGTTCGCATGCTTTCAA
GAGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACACTTCCATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGACAAGGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTGATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGGCATTTGTT
ATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAGAAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTATGTGCTCT
TGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTGGCC
TGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGGCAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGTCCT
GCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCACCG
TGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCATTGTTTGTTGTGGAGAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATTACAGGAAC
GGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACAAGAGGTTTTATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAAGCATATTCGCATACGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTGTTTGTGCA
TCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGTCTCCACGTAACACGTACCAGTCAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGGTATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGGATACCTTAGCATATGTACTCTATTATCCACAGAAGCCACTTGTTACAACGCGTGCCATGGAACATTTGCACTTTAGGCAGCTGCCAGCAGG
AATTAATGCGATTGTAGCTATTTCCTGCTATTCTGGATACAATCAGGAAGATTCTGTCATCATGAACCAATCTTCTATAGACCGTGGATTTTTTCGTTCGTTATTTTTTCGGTCTTACAGAGATGAAGAAAAGAGGATGGGGACACTTGTTAAAGAAGAATTTGGCTGTCCAAACAGGGAGAATACATTAAACATGCGAC
ATGGTTCATATGATAAATTGGACGATGATGGGCTTGCACCTCCTGGGACTAGGGTCTCAGGAGAGGATGTCATCATTGGTAAAACAACACCTGTAGCACAGGAAGAGACAACAGGTCAGCAACAACGTTACATAAAGCGGGATCAGAGTACAGCCTTGCGTCATAGTGAAAGTGGGATGGTTGATCAGGTTCTGTTGACA
ACGAATCAGGATGGTTTGCGGTTTGTCAAAGTTAGAATGAGATCTGTGCGTATACCACAGATTGGGGATAAGTTTAGTAGTAGGCACGGTCAGAAGGGAACTGTAGGTATGACGTACACCCAGGAGGATATGCCTTGGACAAGTGAGGGAATTACACCTGATATTATAGTGAATCCACATGCTATTCCCTCTCGAATGAC
TATTGGCCAACTCATTGAATGTATCATGGGAAAGGTTGCTGCACACATGGGGAAAGAAGGAGATGCAACTCCTTTCACTGATGTCACTGTGGATAGCATCAGCAAGGCGCTTCATAAATGTGGTTATCAAATGAGAGGTTTTGAGACCATGTACAATGGACACACGGGTAGAAAATTATCTGCTATGATATTTCTAGGTC
CTACATATTACCAACGATTAAAGCATATGGTGGATGACAAGATCCATTCTCGTGGTCGTGGCCCTGTTCAAATTCTCACCCGACAACCGGCAGAAGGACGTTCTCGTGATGGAGGTCTACGTTTTGGAGAGATGGAACGTGATTGTATGATAGCCCATGGAGCTGCTCATTTCCTGAAAGAAAGGCTATTTGATCAAAGT
GATGCATATAGGGTCCATGTTTGTGAGCGCTGTGGTTTAATTGCCATTGCAAATTTGAAGAAAAATTCTTTTGATTGTAGAGGCTGCAAGAACAAGACTGATATTGTGCAGGTGCACATACCATATGCTTGTAAGTTATTGTTTCAAGAACTCATGGCCATGGCCATTGCACCAAGAATGTTCACTAAAGAAGTTAAGGA
TCTAAAAGATCAAAAGAAGAAGGCAGGAGCTTGAACATTGTTTCTTCATCTGGGTTCTCTGTGCAACTAATTGGAATATGATCTCCTCAGCAGTCGAAGATATCTGTTTTTGAAAACTGGACTGGAAACAGTGTGTCAAAACTGCCATTCTAGCATTGTGATCTGAATTAAAATGAAATAAATTTGTGGGTCAAAGTGAG
ATCAATTTCATTAGGTCGAGTGAGAAATTTCTTTAGGTTGGCTAGGCCAAAGTTGGTATGTAATAATGTTCTTTTGCCCCAGGTTAATGGGCTACCATTCTGACTACCTCCTTATATAAACTCTTAGCTTAGCTCAGCCAACAGCCTTTCTTATACTGTATTGCTGATGTATAATGTTTAGTAAAGAATTGCACTTAAAG
CAGTGCATGGGCTCTTGTTTGTGCAAATTATTCCAATATGCTGCAGGGCCCTGGGCTATCCGATGTCAGGTCAGGAACATTAGATAGCGGGAAAAGATTGAATTGCTTGGATGCCTTCTGATTTTATACCTATGTCATAGAATTGGTGTTGTTGCTGAAGTTGTGACAATGAACTGTTGAGCATACAAGTTACGAAAATT
TTGAAAGAGGCGCTTCTAGAATTGAGAGGATGAACTGTTGAGCATATTAATTATGCAAATTCTGAACTCTTATTAGAACATCCAAGTGTGGATTGAAAATTTTAAACTCTTTTTAGAACTAACAAGTGTTTATTATCATTAATACCTTTG
>TRINITY_DN47361_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:GGCGCGGTGGATAAATAAATAAATAAGGAAGAAGGCCCACAAAACACTGAATCACTATTCCTCTATTTCTCCTCGTATATATGTTGTTGTTTTGCCCTTCTTTATCCGTTTTAACTAAAACCCCACCGGGTGAATCAACAAGGAGGAGGACTGGAGAGACTAAAGACGCAGCCAAATACGAGGGCCTTGTAAAATATATA
CTCGATTCGCCTCTCCATTAAAAGGATTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTTGATTTGATTGCTGAAGATCACTGTTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTAGTTCCTGGAAGCGAAAGTAATCACGGTGAGAACTAATATTGATTTTCGTTGCTTCTGGTAATCTTTCCAAGGGACATACCCAATCGTCAATTA
GGGTTTTGTGAGGCGTGAAATTTGATTTCTTCTGGTGGGGTTTTAAGTGGTGTTATAGCAAGAGGACAAGATGTATGGAGGGGAAGAGGAAGAATATGTAAATGAAGATGAAGAGATAACGCAGGAAGATGCATGGGCAGTTATCAGTGCGTACTTTGAAGAGAAAGGGCTGGTCCGCCAGCAGCTCGATTCCTTCGATG
AATTTATTCAAAATACCATGCAGGAAATCGTGGATGAGTCTGCCGACATCGAGATTCGACCCGAATCCCAACATAATCCAGGCAGACAAACTGACTTCACAGAGACTATCTTCAAGATCAGCTTTGGTCAAATATATCTCAGTAAACCCATGATGACAGAATCTGATGGGGAAACTGCTACATTGTTTCCTAAGGCAGCA
CGATTAAGAAATTTGACCTATTCAGCTCCGTTATATGTTGATGTCACAAAACGAGTGTTCAAGAAGGGCTTTGATTGTGAAGAGCTGTCAGAAAAACAAGAGCTTACGAAAGTTTTCATTGGGAAGGTACCGATAATGCTGCGTTCTGCATATTGCACATTGTCCCCTACAAATGAAAAAGATCTCCAAGAGCTTGGAGA
GTGTCCATACGATCAAGGTGGATACTTTATTATCAATGGCAGTGAGAAGGTTCTGATTGCCCAAGAAAAAATGAGTACAAACCATGTTTACGTTTTTAAGAAACGGCAACCAAATAAATTCTCTTATGTTGCTGAGGTGAGGTCTATGGCTGAAGCACAAAACAGGCCACCAAGTAGTATGTTTGTTCGCATGCTTTCAA
GAGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACACTTCCATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGACAAGGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTGATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGGCATTTGTT
ATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAGAAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTATGTGCTCT
TGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTGGCC
TGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGGCAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGTCCT
GCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCACCG
TGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCATTGTTTGTTGTGGAGAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATTACAGGAAC
GGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACAAGAGGTTTTATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAAGCATATTCGCATACGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTGTTTGTGCA
TCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGTCTCCACGTAACACGTACCAGTCAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGGTATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGgtattgtacttttttcactaaactgaggagagtgcatttcagtagcaacttcagcttttctagtcttactcttagctctctaatattgttct
ggtcatctattactttttccattcgttactctgcaggataccttagtgattagaacaactccagttatggtataatttctttgcagtttctcacaagagtcactttttaaatttgttactctgcagGATACCTTAGCATATGTACTCTATTATCCACAGAAGCCACTTGTTACAACGCGTGCCATGGAACATTTGCACTT
TAGGCAGCTGCCAGCAGGAATTAATGCGATTGTAGCTATTTCCTGCTATTCTGGATACAATCAGGAAGATTCTGTCATCATGAACCAATCTTCTATAGACCGTGGATTTTTTCGTTCGTTATTTTTTCGGTCTTACAGAGATGAAGAAAAGAGGATGGGGACACTTGTTAAAGAAGAATTTGGCTGTCCAAACAGGGAGA
ATACATTAAACATGCGACATGGTTCATATGATAAATTGGACGATGATGGGCTTGCACCTCCTGGGACTAGGGTCTCAGGAGAGGATGTCATCATTGGTAAAACAACACCTGTAGCACAGGAAGAGACAACAGGTCAGCAACAACGTTACATAAAGCGGGATCAGAGTACAGCCTTGCGTCATAGTGAAAGTGGGATGGTT
GATCAGGTTCTGTTGACAACGAATCAGGATGGTTTGCGGTTTGTCAAAGTTAGAATGAGATCTGTGCGTATACCACAGATTGGGGATAAGTTTAGTAGTAGGCACGGTCAGAAGGGAACTGTAGGTATGACGTACACCCAGGAGGATATGCCTTGGACAAGTGAGGGAATTACACCTGATATTATAGTGAATCCACATGC
TATTCCCTCTCGAATGACTATTGGCCAACTCATTGAATGTATCATGGGAAAGGTTGCTGCACACATGGGGAAAGAAGGAGATGCAACTCCTTTCACTGATGTCACTGTGGATAGCATCAGCAAGGCGCTTCATAAATGTGGTTATCAAATGAGAGGTTTTGAGACCATGTACAATGGACACACGGGTAGAAAATTATCTG
CTATGATATTTCTAGGTCCTACATATTACCAACGATTAAAGCATATGGTGGATGACAAGATCCATTCTCGTGGTCGTGGCCCTGTTCAAATTCTCACCCGACAACCGGCAGAAGGACGTTCTCGTGATGGAGGTCTACGTTTTGGAGAGATGGAACGTGATTGTATGATAGCCCATGGAGCTGCTCATTTCCTGAAAGAA
AGGCTATTTGATCAAAGTGATGCATATAGGGTCCATGTTTGTGAGCGCTGTGGTTTAATTGCCATTGCAAATTTGAAGAAAAATTCTTTTGATTGTAGAGGCTGCAAGAACAAGACTGATATTGTGCAGGTGCACATACCATATGCTTGTAAGTTATTGTTTCAAGAACTCATGGCCATGGCCATTGCACCAAGAATGTT
CACTAAAGAAGTTAAGGATCTAAAAGATCAAAAGAAGAAGGCAGGAGCTTGAACATTGTTTCTTCATCTGGGTTCTCTGTGCAACTAATTGGAATATGATCTCCTCAGCAGTCGAAGATATCTGTTTTTGAAAACTGGACTGGAAACAGTGTGTCAAAACTGCCATTCTAGCATTGTGATCTGAATTAAAATGAAATAAA
TTTGTGGGTCAAAGTGAGATCAATTTCATTAGGTCGAGTGAGAAATTTCTTTAGGTTGGCTAGGCCAAAGTTGGTATGTAATAATGTTCTTTTGCCCCAGGTTAATGGGCTACCATTCTGACTACCTCCTTATATAAACTCTTAGCTTAGCTCAGCCAACAGCCTTTCTTATACTGTATTGCTGATGTATAATGTTTAGT
AAAGAATTGCACTTAAAGCAGTGCATGGGCTCTTGTTTGTGCAAATTATTCCAATATGCTGCAGGGCCCTGGGCTATCCGATGTCAGGTCAGGAACATTAGATAGCGGGAAAAGATTGAATTGCTTGGATGCCTTCTGATTTTATACCTATGTCATAGAATTGGTGTTGTTGCTGAAGTTGTGACAATGAACTGTTGAGC
ATACAAGTTACGAAAATTTTGAAAGAGGCGCTTCTAGAATTGAGAGGATGAACTGTTGAGCATATTAATTATGCAAATTCTGAACTCTTATTAGAACATCCAAGTGTGGATTGAAAATTTTAAACTCTTTTTAGAACTAACAAGTGTTTATTATCATTAATACCTTTG
Intron 9 GTTTGTCATA ... CTGTGAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 3.15 | 136 | 4 | 2 |
| A2 | 1.93 | 109.3 | 2 | 0 |
| A3 | 1.41 | 148.7 | 2 | 1 |
| A4 | 3.37 | 124.3 | 4 | 2 |
| A5 | 7.07 | 82 | 6 | 0 |
| A6 | 0 | 30.7 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 83.3 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 16.3 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 74.3 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 102.7 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN106719_c0_g1_i10 from sample A5 / Example spliced isoformTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGGTCTGTGAATGCATACTTCTATCTAGTTGTTTAAGTTCATATTTTATTTGCGTTCAAATGATCAAAACATATTACATTATTTTTTGATTCTGAAGGAAGTTCACTTACATACTTTGTCAATATATCAGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTG
TTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGGAGGTTGAACTCTCCAATTGGT
CGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGGCAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATC
TCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCAT
TGTTTGTTGTGGAGAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATTACAGGAACGGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACCAGAGGTTTTATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAA
GCATATTCGCATACGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTGTTTGTGCATCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGTCTCCACGTAACACGTACCAGTCAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGGTATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGGTATTGTACTTTTTTCACTAAACTGAGGA
GAGTGCATTTCAGTAGCAACTTCAGCTTTTCTAGTCTTACTCTTAGCTCTCTAATATTGTTCTGGC
>TRINITY_DN106719_c0_g1_i11 from sample A5 / Example unspliced isoform:TTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGGTCTGTGAATGCATACTTCTATCTAGTTGTTTAAGTTCATATTTTATTTGCGTTCAAATGATCAAAACATATTACATTATTTTTTGATTCTGAAGGAAGTTCACTTACATACTTTGTCAATATATCAGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGgttt
gtcatactttatttcactttttttttttaaaatttactttaaatatgtgtattaatcctataactgtggtactgtgagcagTGTGTTGATGCTGGAAAGGAT
Intron 10 GTTAGAATGC ... TGATGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.2 | 145 | 32 | 46 |
| A2 | 17.76 | 132 | 22 | 35 |
| A3 | 16.18 | 114 | 19 | 25 |
| A4 | 17.86 | 115 | 13 | 37 |
| A5 | 11.58 | 42 | 8 | 3 |
| A6 | 21.31 | 24 | 5 | 8 |
| A7 | 18.37 | 80 | 20 | 16 |
| A8 | 18.92 | 15 | 3 | 4 |
| A9 | 15.44 | 63 | 11 | 12 |
| A10 | 16.59 | 88 | 23 | 12 |
>TRINITY_DN129852_c0_g3_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGCGGGCGCGGTGGATAAATAAATAAATAAGGAAGAAGGCCCACAAAACACTGAATCACTATTCCTCTATTTCTCCTCGTATATATGTTGTTGTTTTGCCCTTCTTTATCCGTTTTAACTAAAACCCCACCGGGTGAATCAACAAGGAGGAGGACTGGAGAGACTAAATACGCAGCCAAATACGAGGGCCTTGTAAAATAT
ATACTCGATTCGCCTCTCCATTAAAAGGATTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTTGATTTTATTTGATTGCTGAAGATCACTGTTTTTCAGAGTGTTTGATTTGCAGTTTTAGTTCCTGGAAGCGAAAGTAATCACGGTGAGAACTAATATTGATTTTCGTTGCTTCTGGTAATCTTTCCAAGGGACATACCCAGTC
GTCAATTAGGGTTTTGTGAGGCGTGAAATTTGATTTCTTCTGGTGGGGTTTTAAGTGGTGTTATAGCAAGAGGACAAGATGTATGGAGGGGAAGAGGAAGAATATGTAAATGAAGATGAAGAGATAACGCAGGAAGATGCATGGGCAGTTATCAGTGCGTACTTTGAAGAGAAAGGGCTGGTCCGCCAGCAGCTCGATTC
CTTCGATGAATTTATTCAAAATACCATGCAGGAAATCGTGGATGAGTCTGCCGACATCGAGATTCGACCCGAATCCCAACATAATCCAGGCAGACAAACTGACTTCACAGAGACTATCTTCAAGATCAGCTTTGGTCAAATATATCTCAGTAAACCCATGATGACAGAATCTGATGGGGAAACTGCTACATTGTTTCCTA
AGGCAGCACGATTAAGAAATTTGACCTATTCAGCTCCGTTATATGTTGATGTCACAAAACGAGTGTTCAAGAAGGGCTTTGATTGTGAAGAGCTGTCAGAAAAACAAGAGCTTACGAAAGTTTTCATTGGGAAGGTACCGATAATGCTGCGTTCTGCATATTGCACATTGTCCCCTACAAATGAAAAAGATCTCCAAGAG
CTTGGAGAGTGTCCATACGATCAAGGTGGATACTTTATTATCAATGGCAGTGAGAAGGTTCTGATTGCCCAAGAAAAAATGAGTACAAACCATGTTTACGTTTTTAAGAAACGGCAACCAAATAAATTCTCTTATGTTGCTGAGGTGAGGTCTATGGCTGAAGCACAAAACAGGCCACCAAGTAGTATGTTTGTTCGCAT
GCTTTCAAGAGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACACTTCCATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGACAAAGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTGATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGG
CATTTGTTATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAGAAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTA
TGTGCTCTTGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTC
TAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGTTGGCAAAACCCAGACAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGA
TGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGT
ATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCATTGTTTGTTGTGGAGAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATT
ACAGGAACGGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACAAGAGGTTTTATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAAGCATATTCGCATACGTACACCCACTGTGAAATTCATCCTTCATTGATTTTGGGTG
TTTGTGCATCAATTATTCCATTTCCTGATCATAATCAGTCTCCACGTAACACGTACCAGTCAGCTATGGGAAAACAAGCAATGGGTATTTATGTCACAAATTACCAGCTTAGAATGGATACCTTAGCATATGTACTCTATTATCCACAGAAGCCACTTGTTACAACGCGTGCCATGGAACATTTGCACTTTAGGCAGCTG
CCAGCAGGAATTAATGCGATTGTAGCTATTTCCTGCTATTCTGGATACAATCAGGAAGATTCTGTCATCATGAACCAATCTTCTATAGACCGTGGATTTTTTCGTTCGTTATTTTTTCGGTCTTACAGAGATGAAGAAAAGAGGATGGGGACACTTGTTAAAGAAGAATTTGGCTGTCCAAACAGGGAGAATACATTAAA
CATGCGACATGGTTCATATGATAAATTGGACGATGATGGGCTTGCACCTCCTGGGACTAGGGTCTCAGGAGAGGATGTCATCATTGGTAAAACAACACCTGTAGCACAGGAAGAGACAACAGGTCAGCAACAACGTTACATAAAGCGGGATCAGAGTACAGCCTTGCGTCATAGTGAAAGTGGGATGGTTGATCAGGTTC
TGCTGACAACGAATCAGGATGGTTTGCGGTTTGTCAAAGTTAGAATGAGATCTGTGCGTATACCACAGATTGGGGATAAGTTTAGTAGTAGGCACGGTCAGAAGGGAACTGTAGGTATGACGTACACCCAGGAGGATATGCCTTGGACAAGTGAGGGAATTACACCTGATATTATAGTGAATCCACATGCTATTCCCTCT
CGAATGACTATTGGCCAACTCATTGAATGTATCATGGGAAAGGTTGCTGCACACATGGGGAAAGAAGGAGATGCAACTCCTTTCACTGATGTCACTGTGGATAGCATCAGCAAGGCGCTTCATAAATGTGGTTATCAAATGAGAGGTTTTGAGACCATGTACAATGGACACACGGGTAGAAAATTATCTGCTATGATATT
TCTAGGTCCTACATATTACCAACGATTAAAGCATATGGTGGATGACAAGATCCATTCTCGTGGTCGTGGCCCTGTTCAAATTCTCACCCGACAACCGGCAGAAGGACGTTCTCGTGATGGAGGTCTACGTTTTGGAGAGATGGAACGTGATTGTATGATAGCCCATGGAGCTGCTCATTTCCTGAAAGAAAGGCTATTTG
ATCAAAGTGATGCATATAGGGTCCATGTTTGTGAGCGCTGTGGTTTAATTGCCATTGCAAATTTGAAGAAAAATTCTTTTGATTGTAGAGGCTGCAAGAACAAGACTGATATTGTGCAGGTGCACATACCATATGCTTGTAAGTTATTGTTTCAAGAACTCATGGCCATGGCCATTGCACCAAGAATGTTCACTAAAGAA
GTTAAGGATCTAAAAGACCAAAAGAAGAAGGCAGGAGCTTGAACATTGTTTCTTCATCTGGGTTCTCTGTGCAACTAATTGGAATATGATCTCCTCAGCAGTGGAAGATATCTGTTTTTGAAAACTGGACTGGAAACAGTGTGTCAAAACTGCCATTCTAGCATTGTGATCTGAATTAAAATGAAATAAATTTGTGGGTC
AAAGTGAGATCAATTTCATTAGGTCGAGTGAGAAATTTCTTTAGGTTGGCTAGGCCAAAGTTGGTATGTAATAATGTTCTTTTGCCCCAGGTTAATGGGCTACCATTCTGACTACCTCCTTATATAAACTCTTAGCTTAGCTCAGCCAACAGCCTTTCTTATACTGTATTGCTGATGTATAATGTTTAGTAAAGAATTGC
ACTTAAAGCAGTGCATGGGCTCTTGTTTGTGCAAATTATTCCAATATGCTGCAGGGCCCTGGGCTATCCGATGTCAGGTCAGGAACATTAGATAGCGGGAAAAGATTGAATTGCTTGGATGCCTTCTGATTTTATACCTATGTCATAGAATTGGTGTTGTTGCTGAAGTTGTGACAATGAACTGTTGAGCATACAAGTTA
CGAAAATTTTGAAAGAGGCGCTTCTAGAATTGAGAGGATGAACTGTTGAGCATATTAATTATGCAAATTCTGAACTCTTATTAGAACATCCAAGTGTGGATTGAAAATTTTAAACTCTTTTTAGAACTAACAAGTGTTTATTATCATTAATACCTTTGTTTAGAACTACTATCAAGTGTGCAATGTTA
>TRINITY_DN129852_c0_g3_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGGTTTGTCATACTTTATTTCACTTTTTTTTTTTTAAAATTTACTTTAAATATGTGTATTAATCCTATAACTGTGGTACTGTGAGCAGTGTGTTGATGCTGGAAAGGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAA
ACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGgttagaatgctgtatgattctgatatattgattctcaaccaaatacaatggcctacattgttagatgactatatcttcag
ttacggtcttgatgcaacatagatgtgttttttgatgtgcagGAAAGTTGGCAAAACCCAGGCAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTG
GAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATTCCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTGTGTGGCAACCTGAATTGTTTTTGTTCAGTAATTTTATATTTGATTGAATTTGA
TTTAGGAGATTAAGTTTTTGTTTATAATATTTTTTTAAGGAGCCA
Intron 11 GTTAGTATCT ... GATTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.35 | 221 | 39.6 | 95 |
| A2 | 25.57 | 202 | 47.8 | 91 |
| A3 | 26.15 | 191 | 34 | 101.3 |
| A4 | 21.52 | 159 | 40.2 | 47 |
| A5 | 26.11 | 86.8 | 28.4 | 33 |
| A6 | 27.38 | 61 | 11 | 35 |
| A7 | 26.12 | 168 | 33.8 | 85 |
| A8 | 27.95 | 74 | 6 | 51.4 |
| A9 | 21.73 | 128 | 24.2 | 46.9 |
| A10 | 23.78 | 140 | 28.4 | 59 |
>TRINITY_DN117955_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoformTTCAAGAGCTAGTGCAAAAGGGGTAAGTTCCTGTTTCCTTTTGAAGTGTCTGACACTGGGATGCCAAGAAATGTCCAAAAAATTTCAAACAATGTATGTAGATATGTCAAAAAATGTGTGTTTGATGTATTTCTGTTTTCTAAATGTTAAAAAAAATATCTTTATGCCTATTTTATTTCTGTAATTTTATGCCTATTTGC
TTTTGATTTCGTTTTATTAAGAACCTCGGATGGGCCCTTATATCTATCTTTGTATTTTGTGGAGCAGGGTTCATCAGGGCAGTTTATTCGAGCAACACTTCCATATATCCGTTCTGACATTCCGATTATTATTGTATTTCGAGCATTGGGGTTTGTTGCTGACAAAGATATTTTAGAACATATATGCTATGACTTTAGTG
ATGCTGCAATGATGGAGTTGCTGAGACCTTCACTAGAGGAGGCATTTGTTATTCAGAATCAACAGGTTGCTTTGGATTACATTGGAAAACGTGGCTCCACTGTCGGTGTTACTAAAGAGAAGCGTATAAAGTATGCAAAAGACATTTTGCAGAAAGAAATGTTACCTCATGTTGGTGTAGGAGAGCTTTATGAGACGAAG
AAAGCATACTTTTTTGGATACATCATCCATCGACTTCTATTATGTGCTCTTGGTCGGCGGCCAGAGGATGACAGAGATCACTACGGGAACAAAAGATTGGATCTGGCTGGTCCTCTTCTTGGAGGATTGTTTAGAATGCTTTTTCGGAAGTTGACCAGGGATGTGAGGTCTTATTTGCAAAAGTGTGTTGATGCTGGAAA
GGATGTAAATCTACAATTTGCAATCAAAGCAAAAACAATTTCTAGTGGCCTGAAATACTCCTTGGCTACTGGAAACTGGGGCCAAGCAAATGCAGCTGGCACAAGGGCTGGAGTATCACAGGTTTTAAATCGTCTGACATTTGCATCAACTTTATCACATTTAAGAAGGTTGAACTCTCCAATTGGTCGTGAAGGAAAGT
TGGCAAAACCCAGACAGTTACATAATTCACACTGGGGTATGATGTGTCCTGCAGAAACCCCAGAAGGACAGGCTTGTGGGCTTGTAAAAAATTTGGCCCTAATGGTGTACATCACTGTTGGTTCTTCTCCTAATCCAATTCTAGAGTTCTTGGAAGAATGGAGCACAGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCAGCAGTTATT
CCAACGGCAACGAAAATTTTTGTAAATGGTTGCTGGGTTGGTATTCACCGTGATCCTGAACTTTTGGTGAAAACATTGAGACAGTTGAGAAGACAGGTTGATGTGAACCCAGAAGTTGGAGTTGTTAGAGACATCCGTCTGAAGGAATTGAGGCTTTATACTGATTATGGGCGATGCAGTCGACCATTGTTTGTTGTGGA
GAAACAACGCCTGAGCATAAAGAAATCAGACATTAACAGATTACAGGAACGGACTAGCCCAGATGAAGGCTGGCATGATCTTGTTACAAGAGGTTTTATTGAGTATGTGGACACAGAGGAAGAGGAGACAACAATGATTTCCATGACAATTAATGACCTTGTGTCTGCAAGAAATAATCCTGCAGAAGCATATTCGCATA
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>TRINITY_DN117955_c0_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:CGCGGTGGATAAATAAATAAATAAGGAAGAAGGCCCACAAAACACTTAATCACTATTCCTCTATTTCTCCTCGTATATATGTTGTTGTTTTGCCCTTCTTTATCCGTTTTAACTAAAACCCCACCGGGTGAATCAACAAGGAGGAGGACTGGAGAGACTAAAGACGCAGCCAAATACGAGGGCCTTGTAAAATATATACT
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