NA ----> NA

Intron 1 GTAACAGACA ... CGACCTCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.31	12	15	46
A2	76.74	10	12	33
A3	81.36	11	5	48
A4	71.83	20	10	51
A5	61.29	12	14	19
A6	68.18	7	8	15
A7	76.36	13	12	42
A8	78.95	4	3	15
A9	66.67	18	15	36
A10	68.42	12	14	26

>TRINITY_DN43803_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTACTT
GCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTGGTG
GCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGATTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCATCT
GGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTATCA
AGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGATAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCGTGA
AGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTTCGA
ATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACCCAT
GAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTCTAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACCTGT
CTTCTCTCACTTGGAATCATCCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTTCA
TCTTCTACAGAGCCATTACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAATGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGGTATGATTGCAGAAAAAGAAAGAAAGAGGAACACAAC
TGACTATTATGATGCTTTGCATAGAAACAGATATGGTTTTGACGATTTAAAGGATGAATTAATGGCACCTGCATCATTAACTACTTTTTATATACTTTGTAGAGAGCAGGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTGGCTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAGTGGCCAA
AACTGCTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCCAGTGGTT
GAAGATTTAGAATGGGTTGGAGGACTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCATTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAAACAAATT
TGATGTACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAATCTACAGA
AATTAAAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGTATATCGCACTCCTCTTCTTTCAGTGTTCTTAGATCTTCTAATGGAGTTACTTGTAAAAAATAGAAGAATTTGTCTGGCTGGAGTTTCACAAGGAGGA
AGGAATGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGCTTAAGCT
CCTCCATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCCCAACAGG
CTGTGGTGCATGTAAAATCTTTGCGGACTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCTTCATGAT
GCAGCAGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCTCTCTCGA
GAAGTTGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAATGGGATTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGCGTTGTAATATATGTATGTA
ACATATACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAGTCTTTAATCTACTATATGCAATACAGGTATGAGGTCTCATAGGCCG

>TRINITY_DN43803_c0_g1_i10 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTACTT
GCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTGGTG
GCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGATTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCATCT
GGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTATCA
AGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGATAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCGTGA
AGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTTCGA
ATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACCCAT
GAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTCTAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACCTGT
CTTCTCTCACTTGGAATCATCCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGgtaacagacagaaacacatctgatatcttttgctgattctacaatgaatgggtgtcatcggaatggatgttgcagttaagaattcatccatcatggatctttgtga
tgctgctggtggtagtggagtaatctctgacccaagttcagttgcaaaagctactgctgctcttcgacctcaagGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTTCATCTTCTACAGAGCCATTACA
TCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAATGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGGTATGATTGCAGAAAAAGAAAGAAAGAGGAACACAACTGACTATTATGATGCTTTGC
ATAGAAACAGATATGGTTTTGACGATTTAAAGGATGAATTAATGGCACCTGCATCATTAACTACTTTTTATATACTTTGTAGAGAGCAGGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTGGCTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAGTGGCCAAAACTGCTTGCAGCTCTGCCT
TTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCCAGTGGTTGAAGATTTAGAATGGGTTGG
AGGACTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCATTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAAACAAATTTGATGTACAATCTGCTGTAA
TTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAATCTACAGAAATTAAAAACATCCTTGGTG
AACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGTATATCGCACTCCTCTTCTTTCAGTGTTCTTAGATCTTCTAATGGAGTTACTTGTAAAAAATAGAAGAATTTGTCTGGCTGGAGTTTCACAAGGAGGAAGGAATGGACTGAAACAAGA
AGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGCTTAAGCTCCTCCATTTCCAGGGTTATG
ACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCCCAACAGGCTGTGGTGCATGTAAAATCT
TTGCGGACTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCTTCATGATGCAGCAGTGGCTGCTTTCAG
GCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCTCTCTCGAGAAGTTGGCTAAACTTATGT
ATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAATGGGATTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGCGTTGTAATATATGTATGTAACATATACATCAACTTTATT
ACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAGTCTTTAATCTACTATATGCAATACAGGTATGAGGTCTCATAGGCCG

Intron 2 GTGAACTCTG ... TGGATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.57	37	13	5
A2	23.64	21	6	7
A3	30.86	28	17	8
A4	20	32	3	13
A5	14.29	18	2	4
A6	16.67	5	0	2
A7	10.77	29	5	2
A8	15.79	8	3	0
A9	27.27	16	2	10
A10	19.59	39	9	10

>TRINITY_DN112762_c0_g1_i21 from sample A3 / Example spliced isoform

CATCATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTA
CTTGCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTG
GTGGCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGACTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCA
TCTGGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTA
TCAAGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGATAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCG
TGAAGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTT
CGAATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACC
CATGAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTCTAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACC
TGTCTTCTCTCACTTGGAATCATCCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGTTTGTTAGGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATGGATCTTTGCGATGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTT
CAGTTGCAAAAGCTACTGCTGCTCTTCGACCTCAAGGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTTCATCTTCTACAGAGCCATTACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAA
TGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGGTATGATTGCAGAAAAAGAAAGAAAGAGGAACACAACTGACTATTATGATGCTTTGCATAGAAACAGATATGGTTTTGACGATTTAAAGGATGAA
TTAATGGCACCTGCATCATTAACTACTTTTTATATACTTTGTAGAGAGCAGGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTGGCTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAGTGGCCAAAACTGCTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCT
GGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCCAGTGGTTGAAGATTTAGAATGGGTTGGAGGATTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATG
AGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCATTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAAACAAATTTGATGTACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGT
GCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAATCTACAGAAATTAAAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGA
ACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGTATATCGCACTCCTCTTCTTTCAGTGTTCTTAGATCTTCTAATGGAGTTACTTGTAAAAAATAGAAGAATTTGTCTGGCTGGAGTTTCACAAGGAGGAAGGAATGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGG
TGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGCTTAAGCTCCTCCATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTA
GTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCCCAACAGGCTGTGGTGCATGTAAAATCTTTGCGGACTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAG
AGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCTTCATGATGCAGCAGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGT
TCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCTCTCTCGAGAAGTTGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATAT
TTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAATGGGATTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGCGTTGTAATATATGTATGTAACATATACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGA
AGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAG

>TRINITY_DN112762_c0_g1_i22 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CATCATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTA
CTTGCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTG
GTGGCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGACTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCA
TCTGGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTA
TCAAGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGATAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCG
TGAAGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTT
CGAATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACC
CATGAGGAGgtgaactctgttagctgctgtttggttcttctaagcatcaatattgtaatcttatttgcttgatattgtttaattatcattgctttgttgcctgtataatgtgttctatgtattctgatcataactcttggatttcagGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGT
AGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTCTAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACCTGTCTTCTCTCACTTGGAATCATCCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTT
CAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGGTAACAGACAGAAACACATCTGATATCTTTTGCTGATTCTACAATGAATGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATGGATCTTTGCGATGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTTCAGTTGCAAAAGCTACTGCT
GCTCTTCGACCTCAAGGTCCAATTAATAGTACCGAGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTTCATCTTCTACAGAGCCATTACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAAT
GACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTGGCTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAGTGGCCAAAACTG
CTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCCAGTGGTTGAAGA
TTTAGAATGGGTTGGAGGATTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCATTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAAACAAATTTGATG
TACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAATCTACAGAAATTA
AAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGTATATCGCACTCCTCTTCTTTCAGTGTTCTTAGATCTTCTAATGGAGTTACTTGTAAAAAATAGAAGAATTTGTCTGGCTGGAGTTTCACAAGGAGGAAGGAA
TGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGCTTAAGCTCCTCC
ATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCCCAACAGGCTGTG
GTGCATGTAAAATCTTTGCGGACTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCTTCATGATGCAGC
AGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCTCTCTCGAGAAGT
TGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAATGGGATTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGCGTTGTAATATATGTATGTAACATA
TACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAG

Intron 3 GTATGATTGC ... TAGAGAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.32	21.4	35.1	30
A2	57.25	28	47	28
A3	54.94	8	12	7.5
A4	65.74	18.8	42	30
A5	67.74	5	8	13
A6	72.09	6	11	20
A7	64.86	13	23	25
A8	71.43	3	7	8
A9	67.27	8.8	18	18
A10	67.44	7	17	12

>TRINITY_DN112455_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

CATCATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTA
CTTGCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTG
GTGGCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGACTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCA
TCTGGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTA
TCAAGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGATAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCG
TGAAGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTT
CGAATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACC
CATGAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTCTAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACC
TGTCTTCTCTCACTTGGAATCATCCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGGTAACAGACAGAAACACATCTGATATCTTTTGCTGATTCTACAATGAATGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATGGATCTTTG
TGATGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTTCAGTTGCAAAAGCTACTGCTGCTCTTCGACCTCAAGGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTTCATCTTCTACAGAGCCATT
ACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAATGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTGGCTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCA
TTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAGTGGCCAAAACTGCTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAG
AAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCCAGTGGTTGAAGATTTAGAATGGGTTGGAGGATTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCATTGGTTGCACTCCGAACAT
TGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAAACAAATTTGATGTACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCC
ATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAATCTACAGAAATTAAAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGTATATCGCACTCCTCTTCTTTCAGTGTTCTTAGATCTTCTAATGGAGTTACTTGTAAAAAA
TAGAAGAATTTGTCTGGCTGGAGTTTCACAAGGAGGAAGGAATGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCAAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCT
CGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGCTTAAGCTCCTCCATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTAT
CCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCCCAACAGGCTGTGGTGCATGTAAAATCTTTGCGGACTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGA
GCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCTTCATGATGCAGCAGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAA
AAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCTCTCTCGAGAAGTTGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAGTGGGAGTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGC
CTCCCCACTTGATGACGCGTTGTAATATATGTATGTAACATATACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAG

>TRINITY_DN112455_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CATCATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTA
CTTGCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTG
GTGGCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGACTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCA
TCTGGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTA
TCAAGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGATAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCG
TGAAGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTT
CGAATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACC
CATGAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTCTAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACC
TGTCTTCTCTCACTTGGAATCATCCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGGTAACAGACAGAAACACATCTGATATCTTTTGCTGATTCTACAATGAATGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATGGATCTTTG
TGATGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTTCAGTTGCAAAAGCTACTGCTGCTCTTCGACCTCAAGGTCCAATTAATAGTACCGAGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTT
CATCTTCTACAGAGCCATTACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAATGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGgtatgattgcagaaaaagaaagaaagaggaacaca
actgactattatgatgctttgcatagaaacagatatggttttgacgatttaaaggatgaattaatggcacctgcatcattaactactttttatatactttgtagagagcagGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTGGCTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAGTGGCC
AAAACTGCTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCCAGTGG
TTGAAGATTTAGAATGGGTTGGAGGATTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCATTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAAACAAA
TTTGATGTACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAATCTACA
GAAATTAAAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGTATATCGCACTCCTCTTCTTTCAGTGTTCTTAGATCTTCTAATGGAGTTACTTGTAAAAAATAGAAGAATTTGTCTGGCTGGAGTTTCACAAGGAG
GAAGGAATGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCAAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGCTTAAG
CTCCTCCATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCCCAACA
GGCTGTGGTGCATGTAAAATCTTTGCGGACTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCTTCATG
ATGCAGCAGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCTCTCTC
GAGAAGTTGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAATGGGATTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGCGTTGTAATATATGTATG
TAACATATACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAG

Intron 4 GTTGTTACTG ... TTCAATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.31	12.5	31	30
A2	79.22	7	23	26
A3	86.01	4	28	16
A4	86.58	4	32	17
A5	66.3	9.1	21	14
A6	90.23	1.3	14.4	7
A7	79.06	6.6	25	17
A8	72.78	3.6	7	8
A9	83.13	3	21	8
A10	76.41	11	36	22

>TRINITY_DN126635_c3_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CATCATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTA
CTTGCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTG
GTGGCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGACTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCA
TCTGGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTA
TCAAGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGACAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCG
TGAAGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTT
CGAATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACC
CATGAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGGTAACAGACAGAAACACATCTGATATCTTTTGCTGATTCTACAATGAATTT
TGTTAGGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATGGATCTTTGCGATGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTTCAGTTGCAAAAGCTACTGCTGCTCTTCGACCTCAAGGTCCAATTAATAGTACCGAGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGC
TGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTTCATCTTCTACAGAGCCATTACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAATGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCA
GCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGGTATGATTGCAGAAAAAGAAAGAAAGAGGAACACAACTGACTATTATGATGCTTTGCATAGAAACAGATATGGTTTTGACGATTTAAAGGATGAATTAATGGCACCTGCATCATTAACTACTTTTTATATACTTTGTAGAGAGCAGGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTGG
CTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAGTGGCCAAAACTGCTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTAC
TTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCCAGTGGTTGAAGATTTAGAATGGGTTGGAGGACTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCA
CAGCCATTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAAACAAATTTGATGTACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTT
TTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAATCTACAGAAATTAAAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGTATATCGCACTCCTCTTCTTTCAGTGTTCTTAGATC
TTCTAATGGAGTTACTTGTAAAAAATAGAAGAATTTGTCTGGCTGGAGTTTCACAAGGAGGAAGGAATGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCA
CGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGCTTAAGCTCCTCCATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCT
TGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCCCAACAGGCTGTGGTGCATGTAAAATCTTTGCGGATTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTT
GTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCTTCATGATGCAGCAGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAG
AGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCTCTCTCGAGAAGTTGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAGTGGGAGTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGG
GTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGTGTTGTAATATATGTATGTAACATATACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAGC

>TRINITY_DN126635_c3_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CATCATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTA
CTTGCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTG
GTGGCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGACTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCA
TCTGGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTA
TCAAGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGACAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCG
TGAAGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTT
CGAATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACC
CATGAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGgttgttactgactctacactgcagttaggaattgcctttttttgtctagtgcctggtcttctaagtccatcaacaaaaggtttatattatggctgcgtatcatcccttctgagacc
tgtcttctctcacttggaatcatccaatccagGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGGTAACAGACAGAAACACATCTGATATCTTTTGCTGATTCTACAATGAATTTTGTTAGGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATG
GATCTTTGCGATGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTTCAGTTGCAAAAGCTACTGCTGCTCTTCGACCTCAAGGTCCAATTAATAGTACCGAGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCA
TTGCATTTCATCTTCTACAGAGCCATTACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAATGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGGTATGATTGCAGAAAAAGAAAGAAAGA
GGAACACAACTGACTATTATGATGCTTTGCATAGAAACAGATATGGTTTTGACGATTTAAAGGATGAATTAATGGCACCTGCATCATTAACTACTTTTTATATACTTTGTAGAGAGCAGGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTGGCTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATT
CAGTGGCCAAAACTGCTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGT
TCCAGTGGTTGAAGATTTAGAATGGGTTGGAGGACTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCATTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTG
AAAACAAATTTGATGTACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGC
AATCTACAGAAATTAAAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGTATATCGCACTCCTCTTCTTTCAGTGTTCTTAGATCTTCTAATGGAGTTACTTGTAAAAAATAGAAGAATTTGTCTGGCTGGAGTTTC
ACAAGGAGGAAGGAATGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTT
TGCTTAAGCTCCTCCATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACT
GCCCAACAGGCTGTGGTGCATGTAAAATCTTTGCGGATTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCC
CCTTCATGATGCAGCAGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACC
TCTCTCTCGAGAAGTTGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAGTGGGAGTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGTGTTGTAATA
TATGTATGTAACATATACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAGC

Intron 5 GTTTCAACTT ... CTTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.4	47	13	19
A2	17.65	28	6	6
A3	20.93	34	12	6
A4	22.58	24	6	8
A5	14.81	23	4	4
A6	-1	0	0	0
A7	7.14	13	0	2
A8	25	3	2	0
A9	0	3	0	0
A10	15.15	14	3	2

>TRINITY_DN112762_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

CATCATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTA
CTTGCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTG
GTGGCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGACTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCA
TCTGGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTA
TCAAGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGATAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCG
TGAAGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTT
CGAATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACC
CATGAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTCTAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACC
TGTCTTCTCTCACTTGGAATCATCCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGGTAACAGACAGAAACACATCTGATATCTTTTGCTGATTCTACAATGAATGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATGGATCTTTG
CGATGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTTCAGTTGCAAAAGCTACTGCTGCTCTTCGACCTCAAGGTCCAATTAATAGTACCGAGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTT
CATCTTCTACAGAGCCATTACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAATGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTGGCTATCT
TTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAGTGGCCAAAACTGCTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAG
ATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCCAGTGGTTGAAGATTTAGAATGGGTTGGAGGATTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCA
TTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAAACAAATTTGATGTACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAG
TTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAATCTACAGAAATTAAAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGAGGAAGGAATGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACT
TGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGCTTAAGCTCCTCCATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGA
TGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCCCAACAGGCTGTGGTGCATGTAAAATCTTTGCGGACTAATGCAACC
TGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCTTCATGATGCAGCAGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAA
GGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCTCTCTCGAGAAGTTGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATT
GTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAATGGGATTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGCGTTGTAATATATGTATGTAACATATACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCA
TTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAG

>TRINITY_DN112762_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CATCATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTA
CTTGCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTG
GTGGCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGACTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCA
TCTGGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGgtttcaactttcaattatacataggacatgttaatctctttatcttgaaccatcggaactgcttttccatagaaactaatttaatttgtacatttttgagcatctttatcttttac
tattgataatctattacattacataccttttccttggatttctcttgctgaagtatttaggtttcttaagtatgttggggcttcttaagtattagtcttacggccattgactggacattcaatgttgtgctttatgcagATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTT
AATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTATCAAGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGATAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGT
GTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCGTGAAGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCG
GCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTTCGAATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCA
TGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACCCATGAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTC
TAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACCTGTCTTCTCTCACTTGGAATCATCCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGGTAACAGACAGAAACACATCTGATATCTTTTGCTGATTCTACAATGAA
TGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATGGATCTTTGCGATGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTTCAGTTGCAAAAGCTACTGCTGCTCTTCGACCTCAAGGTCCAATTAATAGTACCGAGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCT
GGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTTCATCTTCTACAGAGCCATTACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAATGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCAT
TAAGCCTGTTTCTTCAAGGGGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTGGCTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAGTGGCCAAAACTGCTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTC
AGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCCAGTGGTTGAAGATTTAGAATGGGTTGGAGGATTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACG
TTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCATTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAAACAAATTTGATGTACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATT
GGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAATCTACAGAAATTAAAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCA
TGCAAAAATGAGGTATATCGCACTCCTCTTCTTTCAGTGTTCTTAGATCTTCTAATGGAGTTACTTGTAAAAAATAGAAGAATTTGTCTGGCTGGAGTTTCACAAGGAGGAAGGAATGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGA
GAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGCTTAAGCTCCTCCATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGG
AATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCCCAACAGGCTGTGGTGCATGTAAAATCTTTGCGGACTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCT
GTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCTTCATGATGCAGCAGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAA
GCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCTCTCTCGAGAAGTTGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATT
ACTTGAAAGCAATGGGATTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGCGTTGTAATATATGTATGTAACATATACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGA
G

Intron 6 GTATGATTGC ... CAAAATGCAG

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>TRINITY_DN43803_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

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GCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGATTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCATCT
GGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTATCA
AGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGATAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCGTGA
AGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTTCGA
ATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACCCAT
GAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTCTAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACCTGT
CTTCTCTCACTTGGAATCATCCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGGTAACAGACAGAAACACATCTGATATCTTTTGCTGATTCTACAATGAATGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATGGATCTTTGTGA
TGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTTCAGTTGCAAAAGCTACTGCTGCTCTTCGACCTCAAGGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTTCATCTTCTACAGAGCCATTACA
TCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAATGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGGTATATATTTTGGCTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTG
AAGATATTCAGTGGCCAAAACTGCTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATT
GAAGGTGTTCCAGTGGTTGAAGATTTAGAATGGGTTGGAGGACTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCATTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGA
GGCTGTTGAAAACAAATTTGATGTACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACA
ACAGCTGCAATCTACAGAAATTAAAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGTATATCGCACTCCTCTTCTTTCAGTGTTCTTAGATCTTCTAATGGAGTTACTTGTAAAAAATAGAAGAATTTGTCTGGCT
GGAGTTTCACAAGGAGGAAGGAATGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCAC
TCCAATTTTGCTTAAGCTCCTCCATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCT
TGGAAACTGCCCAACAGGCTGTGGTGCATGTAAAATCTTTGCGGACTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATT
GACCAGCCCCTTCATGATGCAGCAGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATA
CAGTCACCTCTCTCTCGAGAAGTTGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAATGGGATTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGCG
TTGTAATATATGTATGTAACATATACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAGTCTTTAATCTACTATATGCAATACAGGTATGAGGTCTCATAGGCCG

>TRINITY_DN43803_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTACTT
GCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTGGTG
GCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGATTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCATCT
GGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTATCA
AGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGATAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCGTGA
AGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTTCGA
ATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACCCAT
GAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTCTAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACCTGT
CTTCTCTCACTTGGAATCATCCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGGTAACAGACAGAAACACATCTGATATCTTTTGCTGATTCTACAATGAATTTTGTTAGGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATGGAT
CTTTGTGATGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTTCAGTTGCAAAAGCTACTGCTGCTCTTCGACCTCAAGGTCCAATTAATAGTACCGAGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTG
CATTTCATCTTCTACAGAGCCATTACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAATGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGgtatgattgcagaaaaagaaagaaagagga
acacaactgactattatgatgctttgcatagaaacagatatggttttgacgatttaaaggatgaattaatggcacctgcatcattaactactttttatatactttgtagagagcaggtactgcaaaatgcagGTATATATTTTGGCTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAG
TGGCCAAAACTGCTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCC
AGTGGTTGAAGATTTAGAATGGGTTGGAGGACTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCATTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAA
ACAAATTTGATGTACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAAT
CTACAGAAATTAAAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGTATATCGCACTCCTCTTCTTTCAGTGTTCTTAGATCTTCTAATGGAGTTACTTGTAAAAAATAGAAGAATTTGTCTGGCTGGAGTTTCACA
AGGAGGAAGGAATGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGC
TTAAGCTCCTCCATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCC
CAACAGGCTGTGGTGCATGTAAAATCTTTGCGGACTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCT
TCATGATGCAGCAGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCT
CTCTCGAGAAGTTGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAATGGGATTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGCGTTGTAATATAT
GTATGTAACATATACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAGTCTTTAATCTACTATATGCAATACAGGTATGAGGTCTCATAGGCCG

Intron 7 GTATGATTGC ... TACTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.01	18	35.3	26
A2	60.66	24	47	27
A3	52.63	9	12	8
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A5	53.85	9	8	13
A6	67.35	8	11	22
A7	62.16	14	23	23
A8	72.73	3	7	9
A9	66.67	9	18	18
A10	68.18	7	17	13

>TRINITY_DN126635_c3_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform

CATCATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTA
CTTGCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTG
GTGGCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGACTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCA
TCTGGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTA
TCAAGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGACAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCG
TGAAGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTT
CGAATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACC
CATGAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTCTAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACC
TGTCTTCTCTCACTTGGAATCATTCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGGTAACAGACAGAAACACATCTGATATCTTTTGCTGATTCTACAATGAATGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATGGATCTTTG
CGATGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTTCAGTTGCAAAAGCTACTGCTGCTCTTCGACCTCAAGGTCCAATTAATAGTACCGAGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTT
CATCTTCTACAGAGCCATTACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAATGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGAGAGCAGGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTG
GCTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAGTGGCCAAAACTGCTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTA
CTTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCCAGTGGTTGAAGATTTAGAATGGGTTGGAGGACTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGC
ACAGCCATTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAAACAAATTTGATGTACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGT
TTTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAATCTACAGAAATTAAAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGTATATCGCACTCCTCTTCTTTCAGTGTTCTTAGAT
CTTCTAATGGAGTTACTTGTAAAAAATAGAAGAATTTGTCTGGCTGGAGTTTCACAAGGAGGAAGGAATGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGC
ACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGCTTAAGCTCCTCCATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTC
TTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCCCAACAGGCTGTGGTGCATGTAAAATCTTTGCGGATTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGT
TGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCTTCATGATGCAGCAGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAA
GAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCTCTCTCGAGAAGTTGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAGTGGGAGTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTG
GGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGTGTTGTAATATATGTATGTAACATATACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAGC

>TRINITY_DN126635_c3_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CATCATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTA
CTTGCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTG
GTGGCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGACTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCA
TCTGGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTA
TCAAGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGACAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCG
TGAAGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTT
CGAATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACC
CATGAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTCTAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACC
TGTCTTCTCTCACTTGGAATCATCCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGGTAACAGACAGAAACACATCTGATATCTTTTGCTGATTCTACAATGAATGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATGGATCTTTG
CGATGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTTCAGTTGCAAAAGCTACTGCTGCTCTTCGACCTCAAGGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTTCATCTTCTACAGAGCCATT
ACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAATGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGgtatgattgcagaaaaagaaagaaagaggaacacaactgactattatgatgctt
tgcatagaaacagatatggttttgacgatttaaaggatgaattaatggcacctgcatcattaactactttttatatactttgtagAGAGCAGGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTGGCTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAGTGGCCAAAACTGCTTGCAGCTCTG
CCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCCAGTGGTTGAAGATTTAGAATGGGT
TGGAGGACTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCATTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAAACAAATTTGATGTACAATCTGCTG
TAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAATCTACAGAAATTAAAAACATCCTTG
GTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGTATATCGCACTCCTCTTCTTTCAGTGTTCTTAGATCTTCTAATGGAGTTACTTGTAAAAAATAGAAGAATTTGTCTGGCTGGAGTTTCACAAGGAGGAAGGAATGGACTGAAACA
AGAAGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGCTTAAGCTCCTCCATTTCCAGGGTT
ATGACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCCCAACAGGCTGTGGTGCATGTAAAA
TCTTTGCGGATTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCTTCATGATGCAGCAGTGGCTGCTTT
CAGGCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCTCTCTCGAGAAGTTGGCTAAACTTA
TGTATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAGTGGGAGTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGTGTTGTAATATATGTATGTAACATATACATCAACTTT
ATTACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAGC

Intron 8 GTATATCGCA ... GTTTCACAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	58.87	29	40	43
A2	53.57	13	14	16
A3	63.64	14	26	23
A4	62.16	7	15	8
A5	86.67	2	8	18
A6	88.41	4	35	26
A7	67.69	21	59	29
A8	66.32	16	34	29
A9	70.21	14	43	23
A10	67.03	15	27	34

>TRINITY_DN112762_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

CATCATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTA
CTTGCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTG
GTGGCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGACTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCA
TCTGGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTA
TCAAGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGATAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCG
TGAAGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTT
CGAATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACC
CATGAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTCTAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACC
TGTCTTCTCTCACTTGGAATCATCCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGGTAACAGACAGAAACACATCTGATATCTTTTGCTGATTCTACAATGAATGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATGGATCTTTG
CGATGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTTCAGTTGCAAAAGCTACTGCTGCTCTTCGACCTCAAGGTCCAATTAATAGTACCGAGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTT
CATCTTCTACAGAGCCATTACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAATGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTGGCTATCT
TTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAGTGGCCAAAACTGCTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCTGGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAG
ATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCCAGTGGTTGAAGATTTAGAATGGGTTGGAGGATTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATGAGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCA
TTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAAACAAATTTGATGTACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGTGCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAG
TTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAATCTACAGAAATTAAAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGAACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGGAGGAAGGAATGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACT
TGTAGCACAGGAAAGTGCGGTGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGCTTAAGCTCCTCCATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGA
TGATGATTGATGGAGTTCTAGTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCCCAACAGGCTGTGGTGCATGTAAAATCTTTGCGGACTAATGCAACC
TGTAGTGCTGATGTTTTGAGAGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCTTCATGATGCAGCAGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAA
GGTTCTCCCTGGGAGGGTGTTCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCTCTCTCGAGAAGTTGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATT
GTATAGTAATCATGGAATATTTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAATGGGATTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGCGTTGTAATATATGTATGTAACATATACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCA
TTGTAGCTTTTAGAGGCAGAAGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAG

>TRINITY_DN112762_c0_g1_i21 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CATCATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCCTTGTA
CTTGCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAAGACTG
GTGGCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCGTAAGTCTGCATCTGAATTCTATACTAGACTCAACTTGGGCACTGATGCAAAGAGCTGGTGGATTAAAAAATGCAAGAATGAGGGAAGCA
TCTGGAGCAATGAGGCTTTTATTTCAGATATATTGTCTCTGCTTCCAATTGCAGTTTCCCGTTGTCCTGATCTATTAGAACCAGATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACAAACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTA
TCAAGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGATAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCCAATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCG
TGAAGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTTCTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTT
CGAATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGTGCTCATTTGTGCAGGTCACTTACAACCCACC
CATGAGGAGGTTAACTTCTGGCTTCATGCCCTAGGAGGCAAATCAAATTGTTTAGAGGATGTAGCAGTTGGCCATCCTCGCATGGTTGTTACTGACTCTACACTGCAGTTAGGAATTGCCTTTTTTTGTCTAGTGCCTGGTCTTCTAAGTCCATCAACAAAAGGTTTATATTATGGCTGCGTATCATCCCTTCTGAGACC
TGTCTTCTCTCACTTGGAATCATCCAATCCAGGAACAGAAGTGGGAGTGTGGTTAATTGTTCAGCTACTACTACGGCGGTACCCTGATATTGCTATGTTTGTTAGGGGTGTCATCGGAATGGATGTTGCAGTTAAGAATTCATCCATCATGGATCTTTGCGATGCTGCTGGTGGTAGTGGAGTAATCTCTGACCCAAGTT
CAGTTGCAAAAGCTACTGCTGCTCTTCGACCTCAAGGAAAAATGCTGACTTGTTGCTGAGATCTCTCTGCCAGCTTATGCTGTCTGGTCATTTCACGCGCTGTGCAGTTGACATATGTGAAGTTGTTATGCATTGCATTTCATCTTCTACAGAGCCATTACATCCTACTCTTGTTCAACTGGTCCAGATGTTTGCTGAAA
TGACATCTTTGAGCCCTTGGGGAGAAGATTCATTGCAGGAATTCAGAATGCAACCTTTGCCTTGTAGTTTTCTGGATGCAGCCATTAAGCCTGTTTCTTCAAGGGGTATGATTGCAGAAAAAGAAAGAAAGAGGAACACAACTGACTATTATGATGCTTTGCATAGAAACAGATATGGTTTTGACGATTTAAAGGATGAA
TTAATGGCACCTGCATCATTAACTACTTTTTATATACTTTGTAGAGAGCAGGTACTGCAAAATGCAGGTATATATTTTGGCTATCTTTACAGTGGTTCAGATCCATTGCAGTTAGATGACAGTGAAGATATTCAGTGGCCAAAACTGCTTGCAGCTCTGCCTTTGCGCAGCTTGCTTCTCTATATGGAGGATCACTGGCT
GGCATATGAACATTTATTTCCACAGTGGCTCAGCTTGGCTTCTCATATGTTTCCTGAACAACTCCTCGTTCCACAATTACTTCAAGATTCTGAAGAGTCAGACAGAAGAATGGAACTTTCCATTGAAGGTGTTCCAGTGGTTGAAGATTTAGAATGGGTTGGAGGATTTCAAATGATTCTTCCCTCCCTGGATGCAAATG
AGGATAAGGAAAATCATTGTCATTCTCAACGTTTTTTCTCAGTTGATACGGTGTGTAAAGTTTTTAGGAATGCTTTAGCACAGCCATTGGTTGCACTCCGAACATTGAAAGCGATTCAGGTTGAGGCTGTTGAAAACAAATTTGATGTACAATCTGCTGTAATTAATGATCTAGTTCCTTTGCTTCTTGAGGATTCTTGT
GCAAGGCGCTTGCAAAAGTGTTTTTGTGATTGGTGGGGAGGCCTACCACATGCTGAAATGGAGCTTCTTGTTCCACAGTTTTTCAGTTCTATCAAAATTTCCTCCATGGATGTTGACACAGACAACAGCTGCAATCTACAGAAATTAAAAACATCCTTGGTGAACCTGAATCTTTCAAGCTTTGTCACATCATATGCTGA
ACTTTCACAGGAACCTCTAGCCTTGCTAGCATGCAAAAATGAGgtatatcgcactcctcttctttcagtgttcttagatcttctaatggagttacttgtaaaaaatagaagaatttgtctggctggagtttcacaagGAGGAAGGAATGGACTGAAACAAGAAGAAATTATGGGGGCACTTGTAGCACAGGAAAGTGCGG
TGTGTCAAATTCTTTTAGAGGCTTGCTTGGAGAATCCATCAGCTAGAGATGATGTCCAACCAGGTCCCATGCTTGAGGCACGGCAGTTGATTTGTGCATTCATCTCGTCTCTTCTTGATACCACTCCAATTTTGCTTAAGCTCCTCCATTTCCAGGGTTATGACACACAATTGCTCCCGATGATGATTGATGGAGTTCTA
GTGATGGTTCGATGTTTTGAATTTTTACAGGAATTGCTACAGAAATCACAAGAATCCCACATTGTCTTTGCAGTTGCTCTTGTTGCAAATTTGGTTCGGAAGTATCCCAATCACCCTCAAAGCTTGGAAACTGCCCAACAGGCTGTGGTGCATGTAAAATCTTTGCGGACTAATGCAACCTGTAGTGCTGATGTTTTGAG
AGAGACGCTGAAGCCTGCTGCATGGTGTGCTGTTACTTTTCCATCATTGGCATTGGAAGTTACTGCTTTATTACAAAGTTGTTTGCAACCTGCACACCCACTGGAGCAATCTGGCACTGCTATTGACCAGCCCCTTCATGATGCAGCAGTGGCTGCTTTCAGGCTATTTATACAGCAAAAGGTTCTCCCTGGGAGGGTGT
TCTCATAAGGTATGCTGATCATACCAATGAAGCAATTTCTACATCTGAGTAGTGTGTGTCTGTATGTAGGTAGTCCCAAGAGTTGTAACCTGACGTTGTCTGAAAAAATTCTGGAAGAGGCATACAGTCACCTCTCTCTCGAGAAGTTGGCTAAACTTATGTATAAATATTTGGAAAATTGTATAGTAATCATGGAATAT
TTTTTACTCTTCAGTCTTTCCTGCATGCATTACTTGAAAGCAATGGGATTCCCAATTGGATTGCAGTTAATCAGACGTGGGTTTTAGAAGGCTTGATTTTTAGGCCTCCCCACTTGATGACGCGTTGTAATATATGTATGTAACATATACATCAACTTTATTACATTTGCTAACATTTCATTGTAGCTTTTAGAGGCAGA
AGTCCTCTAAAATTTAGAATGGGAAGCACGAG

Intron 9 GTAAGTCTGC ... TTAGAACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.45	30	34	47
A2	69.23	14	35	28
A3	66.23	26	68	34
A4	61.98	23	51	24
A5	54.62	27	42	23
A6	66.67	1	4	0
A7	62.07	11	23	13
A8	100	0	3	3
A9	65.22	4	12	3
A10	62.22	17	42	14

>TRINITY_DN46732_c0_g1_i10 from sample A10 / Example spliced isoform

TTGAACATCATTCTTCCTCTGCTGGAACAGATTGATGAGATTCCAGTTATTCATTTACACTCGAATTTGATTCCAGCAGAGGCAAAAGCAGTGAAGAAGACCGATGGCCGAGAGGATCACGAATTTCCTCAAACACGGAGCTTCACCCTCTCCAGTAAAGTCTGTCAGCCATTCAGAAGCCGATGACTTCATTCCCTCCC
TTGTACTTGCTGCCACAGACGACCCGTCCATCGCACCTTTTCTCCTACTTCCTCTGGTTTCGAACCCTCGAACTCCTAAAGCCCTGGCATACGCGTCGCTCGATTATGACGAAGTCCGTCGATTGGTGTTATCAGAGGAGAGGCAGGAGGCCGAAAATACTAATTTATCAGGTCCGCGGCAGGACGAAGAATCGAACGAA
GACTGGTGGCAGAGAGACTGGGGTTTGCTGAACCGACAATATTCTGTGGACGAATGCTTGACGTTCGAGGCCGCTGATGAGATTAATCGAGCAAAGATTGCAATCAATTCCTTGCATATTCTAGTGAAGGGTCTGCTTACTGCAAAGTGGGGTGCAACTCTTTTAGTAGCCACTTTAATAAATAATCCATTCATCCAACA
AACCACTGCAATGTTGCTTGCAGACTTTTTATCAAGGTTTCTTAAAAAAAATGACAGAAATCCTTTATACCCTGATGTTTGTTCTTTCTCAGAGAACACAGCTTCATATCAAGCTTCTAAAGATGCTAGCCAACATAAGACAAATTCTCCAATTTCTCATTGCATAGAACAAGCGTGTTGGGTTTTTGTTCTTCTCTGCC
AATCTGTTCCTCAGCTAGCTTTTACTTGTCGTGAAGCCCTTGTTAAAAGATGTACCTTTGCAGACATGGTCATGCACATTACTGTTGAACTGTTACACGATGAACTTGAATTTTTTTCAAGATTAATCTTTTCTAATAAAAAGACCTCAGAATGGATCCTTTCTTCTATGTGTTCGGCATCAAAGGAATCAGTGTCTTTT
CTGCCAAAATTGCAGCAAACGAAAAACCTTTCGAATCAATTAAAAGAGTGTTTTGGTTCTCCAGCGGTCCCTGCCTCTGCTAAGGACATGGAGGGGGCTGTTCAGCATGTGCGAAGAGCATTGATTACAGATGCAGAAGTGGCATTTAATGAGCAGGGCTGGAGGGGGCGTTTGCATGGGCACCTTAGGTTATATTGTGT
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>TRINITY_DN46732_c0_g1_i9 from sample A10 / Example unspliced isoform:

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