sp|Q9M099|SCP24_ARATH ----> Serine carboxypeptidase 24


Intron 1 GTAAAGTGTT ... CTATATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A14149.825.144
A241.8630.918.526
A338.0550.513.149
A438.9731.216.923
A543.4813416
A621.7241.54.119
A725.8981.320.836
A829.1575.920.542
A925.3996.413.652
A1026.2564.516.929



>TRINITY_DN110951_c1_g3_i14 from sample A2 / Example spliced isoform
GCCAGGTCGCCCCTGCTTCGCTATTTGCTAGGTCGTGCACGGTTTAATTTCATGCCAGGTTATGCCATGCCCGCCCTTCTTTCCGCTCGTCTTGTCTCTACGGCCTCTACACTGTGAGGGCCAAACATTAGGCGCCATCCGGAACCCTTCGACACCATTGCCCTGCTTCCGAATCACTCAGTAGGTGCCCGCAAAAGCAA
ATGTAGGAGAGGCGGCCCACATAAAGATTACTTGCAGACCCACCAAAGCTCCTTCGCTGTTTCAATATCTTCTGGAGCTTTAGTGTATTCTGAAGGAGGATGTACATCTGTACTTCAATTCCATGGCTTTTGGAGTCATGGAGACATTTGTTTGGGGGGTATGATCCTTGCACTGAACAGTATTCCAAAATATAATTTCA
TCTACCTGCAGTACAAGAGGCTCTTCACGCCAATGTTACAAAAATGTGATCTATGTTGTAAATTTACCGAGATAAATATAAGATCTATGAGTATTGGTTCAAGAGTATGAGATCTAACTCCAACATTTATCGTGTCACAATCATTTCTTTAGAACCTACAAGAGTTGAGTGAGTTGAATAGCCATTATATCTCAATTGGA
GACCTTGTATTATGGTACAAAAATTACAGTAAGAAGTACAAGGTTGCAAGCTTGGTTGCCGTAATCAAACTCTTGAGTAAGCTAGATAAACTCAAATGGAGACCTTGTATTATGGTGAAAATATACAATAAGAAGTACAAGATTGCAAGTTCGGTTGCTGTAATCAAACTTCTGAGTAAACTAGCTAAAGTAGAGTGCAT
ACTCCTGTGGACTACATTTCCCAGTCATTATACAAATATGCGCATTTATCTACTTTTTCCTACATCAAGAAGATTGCAATCTCTGGTAGTGTCTTGTTAGATACACGGTGGCTCTGAATTTTTCACAAGGTAACTGAATTTCATTTCGGTAATTTGAATGATTTGTATTTTTAGCCACCTAAAGATATTTCTTCATGTGA
TTCTTGCTCTGCTCTGGATGCTTAAAAATCTGTGCACTCATACTCACATGGTGGTGTGTTTCATATCTGTATACTTATACTCACATGGTGGTGCGTTTCATATGTTATGACTCTGTAACATCAGCTGGAGC


>TRINITY_DN110951_c1_g3_i16 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATAAAACAATATAAAGTTGCACAACAGGAAATTCCATAGTTTAATAACCACTTGGCCAATGATTATGTGAGTTTAAGCAATTGTTATTGAACTATCAAACCAAATGAGATTTCCAGAATTTAAAAGTGAAGTTATTTAGCCAATTTGCTTTAAAGAAAAGTAAGATTATGAACCAACATTAATTAAATAAAACACTTAAG
TTTACTTGCTGTTATATGACATCCATTGAAAGAGTAAATTCATGAGAGAATTTAAATAAACCACTTTAGTCAACAATTAGGAGCAATTTAACAAGTGAAAATTTATATTAACCAAGTAAAACTTTCCAGAAATTTATGCTTGCTGTTCTAGTGACTTTGCAGTAAGAAAATGAGCAAGAAAACTAGAAAAGCTCAGACTT
TAACTCGGACAAAATCATACAGAAATTTAAAGCACTAAAATCTGAATTTAAGAGATGTTCGAATGGCCTAAAAGCTTTACAGAATTAAGAGTATTTGCTGTAATAATTTACAAAATTGTTAAAATGCAAATTTAGTTAATTCAAACCACTAAAACCAGCAAGAAATTTAAGATTTATAACCCAAAAATTTCAGTGATTTA
TTCTACCATGTAACCCTTGAGTAAAACATGAAATTTGAAGACTAGTCAGGGTTATTTTTAACTCTGTTTTTCTGCAAATAAACCAGTGAAATGAAACAGAAATGAACTTGGAAACATTAAGCCTAAAGGATGAAATAATGACCAGAAATTTAAAAGTTTTTCTTAACCATGAGATTATGTGATTTATCCCTTAAACAAAT
AAAAAAGGAATTTATTTTTTATTTTTTTATTTTGGTTGAAGAGATGGAGAAATTAGACTAGTGATTTTGTAGACGTCTGCTACAATTATAGTGGATAGGAAGATATATGTAACCACAAAGTTTTTGCGTATGGAAAGACGTAGAGAATTGAGATTCTGCCCTTTTCTCATAATGAAAAAAAAAACTATTTTTTTTCTACT
TTACAACCTATGGAAGCCCTTCTTTTTTTTTAAAGTTGTTGGTTGAAACGTGACAGTTAGGTCTATGTTCGAGGGAATCTATTCAACACAAACTTAACCACTATGCCACTAGGCAAAACCCATCAATTTCCAACATCTGATTGTCATAAATATTGTCTACTTTGATTGTATATGTTAAAATGCATGAGTTATGACTTAAG
TGTGGATTGCTTGCACGACCAGTTGATGTCTCTACTTTGCATCATCTGTAACATTTGTAAGTTGAAATCAGATAAGGAGCTAACATTTTTGGCCTTTTCATTGGTCGAATGTAAGGAAGGTTTGATTAATGATTTTCATAAATATTGTCTACTTTGATTGTGTATGTTAAAATGCATGAATTATGACTTAAGTGTGGATT
GCTTGCACGACCAGTTGATGTCTCTACTTTGCATCATCTGTAACATTTGTAAGTTGAAATCAGATAAGGAGCTAACATTTTTGGCCTTTTCATTGGTCGAATGTAAGGAAGGTTTGATTAATTATTTTCCCAGAAATCCAGTTTTAAACAAAACAGGTTTTGTTAATAAAATTGTATAGGAGTTTCCTTGGGTTGTCAAA
ATTTGTTTGTACCACACATATATTTGCAGAACACAAATCCTAAATTAACCCGATTACTTTTTTACAATTTAAGGTGAGAGAGATCTCTGTATATGTATGTGGGGTAAGACTCATAAAATTAAATAGAAAACAATTTCATTCCATTTTTAATGTCCCAACAAAAATAACCTAAAGCCACAACTTAAAAATAATAAATAATA
GGCTAAATTTGCATAGATCCAAATTGAACCTGTATCTTTGAAGCATAGGGATGCACTTTTATTCCTTTACTTAAAAAATGCAGATTTAAGATAAATTTATGCTAATTTACCTTATTACCTCTTGCGGGCAAAGTCTCTCAAAACTGCTATATAGGATTCTATCCTTCCCTCACAGAGTCATTTTGTTGGCAGTCATGGAG
ACATTTGTTTGGGGGGTATGATCCTTGCACTGAACAGTATTCCAAAATATAATTTCATCTACCTGCAGTACAAGAGGCTCTTCACGCCAATGTTACAAAAATGgtaaagtgtttgttttcttgtgctggtacttttctactatctataaaatggcattcattggctaatgtgggatgttttgtttcctatatgcagTGAT
CT
ATGTTGTAAATTTACCGAGATAAATATAAGATCTATGAGTATTGGTTCAAGAGTATGAGATCTAACTCCAACATTTATCGTGTCACAATCATTTCTTTAGAACCTACAAGAGTTGAGTGAGTTGAATAGCCATTATATCTCAATTGGAGACCTTGTATTATGGTACAAAAATTACAGTAAGAAGTACAAGGTTGCAAG
CTTGGTTGCCGTAATCAAACTCTTGAGTAAGCTAGATAAACTCAAATGGAGACCTTGTATTATGGTGAAAATATACAATAAGAAGTACAAGATTGCAAGTTCGGTTGCTGTAATCAAACTTCTGAGTAAACTAGCTAAAGTAGAGTGCATACTCCTGTGGACTACATTTCCCAGTCATTATACAAATATGCGCATTTATC
TACTTTTTCCTACATCAAGAAGATTGCAATCTCTGGTAGTGTCTTGTTAGATACACGGTGGCTCTGAATTTTTCACAAGCTGGAGCATGTAAGATTATGCCTATTATTCACAATGAGTTAGAGCGGAGAAATTTACAGCCTTCTTATGCCTGTCATGATCTGCTACATGGAAGGGTTGGAAAAATCGCCCTTCGTTATAT
GGGACGAGCTGAGGACTACATCATGATGATTATCAAATAGCTTGGCAACATTGCCAAGAATGATAAGATGGAAGATTTGCATTTGGTAGATCAGGTGACTGAAGCATCTTATTCTTCATATACTGATTGAGATGTATTTTCCAGTCATCATTTGGAAGATGGCATGCCATCTTTAACAATCACAACTAGTGCACCCCTTG
ATTGTGAAAATGATACAGATCTTGGGAAAGACAATTTGGACAAATTGCCCCCGAGCTTGGTTTTGACAATATTATCAACAACTACAATGAATGTTCAATATAGATAGCAGTGGGCATTCTGGTCATCAATATCCTGCAGAGTTGGTCAACGACAGAACACATCCTTATTATGAAAATGATCCAAATTTGGGGAAAGACAT
GGTTGAAGAAATTACCCGAGTTTCTTTTTGACAACATTATCAACAACAACAGGGAGTATTCATGTATAGATAGCAATTACTGTCCTGGTCATCAATATCCTACATAATTGGGGAAAGACATAACGCATCTTGATTGTAAAAATGGTCTAGATTTGGGGAAACACACATGGATAAGCTTGTTTTAGACAATATTATCAAAA
TGAAAGTGACTTTTCTGGTGTAGTTTCTAGCATCCATGTAATCAAGATCAACATCATCAAGATATATTTATTGAGAAATACTTCATGTATTGCACC




Intron 2 GTAAGTGTTT ... GGTTTCACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A126373.613
A226.622.10.48
A325.3623.61.98
A435.527.32.315
A538.676.43.14
A626.8249.1018
A725.0574.90.425
A817.31110.12.123
A918.4171.1016
A1010.9956.80.97



>TRINITY_DN105096_c5_g3_i3 from sample A4 / Example spliced isoform
CAACTTTAACCCAATGGTATAGTTCCAAGTTATCTTTTTGAGCAGATGAAGTAAAAGGAAGCCATTGCCAAGAAATCTTTTCAGTATCTGTTGGAGGATGCTTCTTCAAAGTAGAGATGTGCAACGAAGGCATGACGAGGGGCAAACCGCCTGTGAGTGCGTAGACCTTGCTTGAGATGCTATAGGGCTTCTTTGTAATG
TCTTTAGCAGGTTTGGGGTGTTTCACTTGGGTAGCATGGTGAACAAGAGGGCCTTTCAGAAGTCCTAATATGTTATTGGTTTCCGCCATGGATGATACAATTTTCCTACCTCATGATGATGATCCCCAAACTTCTCATGTTTTCACGAAAATTTTGGGATCCTTTTGTAGATTTTTGCCCCAACTAAAACCTCTGCAACC
TCATGCTCCTTCTGCCTTGACTGAGCAAGCTTTGCGGCCAATGTCCTTTTTTGATCAACAAGAGGATGATGTGTGATGCCCTTTTTTCGATCAATTGACCTCATGTATGATGTTTACGCCGTAGGCGTTCAAACAGGGAAATATGTTTCATGCTATTGTAGCTGGATTCCTCGCTCATTTAGCGAATGGAATCCTACCAC
GTCGCCCACTTCACTATTTGCCAGGTCGCCCCGCTTCGCTATTTGCCAGGTCGCCCCTGCTTCGCTATTTGCTAGGTCGTGCACGGTTTAATTTCATGCCAGGTTATGCCATGCCCGCCCTTCTTTCCGCTCGTCTTGTCTCTACGGCCTCTACACTGTGAGGGCCAAACATTAGGCGCCATCCGGAACCCTTCGACACC
ATTGCCCTGCTTCCGAATCACTCAGTAGGTGCCCGCAAAAGCAAATGTAGGAGAGGCGGCCCACACAAAGATTACTTGCAGACCCACCAAAGCTCCTTCGCTGTTTCAATATCTTCTGGCTGGAGCATGTAAGATTATGCCTATTATTCACAATGAGTTAGAGCGGAGAAATTTACAGCCTTCTTATGCCTGTCATGATC
TG
CTACATGGAAGGGTTGGAAAAATCGCCCTTCGTTATATGGGACGAGCTGAGGACTACATCATGATGATTATCAAATAGCTTGGCAACATTGCCAAGAATGATAAGATGGAAGATTTGCATTTGGTAGATCAGGTGACTGAAGCATCTTATTCTTCATATACTGATTGAGATGTATTTTCCAGTCATCATTTGGAAGAT
GGCATGCCATCTTTAACAATCACAACTAGTGCACCCCTTGATTGTGAAAATGATACAGATCTTGGGAAAGACAATTTGGACAAATTGCC


>TRINITY_DN105096_c5_g3_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CTGAATTTCATTTCGGTAATTTGAATGATTTGTATTTTTAGCCACCTAAAGATATTTCTTCATGTGATTCTTGCTCTGCTCTGGATGCTTAAAAATCTGTGCACTCATACTCACATGGTGGTGTGTTTCATATCTGTATACTTATACTCACATGGTGGTGCGTTTCATATGTTATGACTCTGTAACATCAGCTGGAGCAT
GTAAGATTATGCCTATTATTCACAATGAGTTAGAGCGGAGAAATTTACAGCCTTCTTATGCCTGTCATGATCTGgtaagtgtttatttctgacaagtacatactacagcttccatctatgtgtgtgcatgttgtgcctagtgtagtttctatacatctgttttgtagtaatgaattaggaactgagtgctttgttctggg
tttcacag
CTACATGGAAGGGTTGGAAAAATCGCCCTTCGTTATATGGGACGAGCTGAGGACTACATCATGATGATTATCAAATAGCTTGGCAACATTGCCAAGAATGATAAGATGGAAGATTTGCATTTGGTAGATCAG




Intron 3 GTAACTGAAT ... GTAACATCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A128.625925.623.9
A221.27258.46.9
A331.5299.713.4
A434.04233.712
A537.75104.96.1
A628.74486.819.8
A723.317312.922.6
A838.0310216.363.9
A928.027211.928.9
A1031.866912.233.2



>TRINITY_DN104864_c2_g1_i6 from sample A5 / Example spliced isoform
TTATGACTTAAGTGTGGATTGCTTGCACGACCAGTTGATGTCTCTACTTTGCATCATCTGTAACATTTGTAAGTTGAAATCAGATAAGGAGCTAACATTTTTGGCCTTTTCATTGGTCGAATGTAAGGAAGGTTTGATTAATGATTTTCATAAATATTGTCTACTTTGATTGTGTATGTTAAAATGCATGAATTATGACT
TAAGTGTGGATTGCTTGCACGACCAGTTGATGTCTCTACTTTGCATCATCTGTAACATTTGTAAGTTGAAATCAGATAAGGAGCTAACATTTTTGGCCTTTTCATTGGTCGAATGTAAGGAAGGTTTGATTAATTATTTTCCCAGAAATCCAGTTTTAAACAAAACAGGTTTTGTTAATAAAATTGTATAGGAGTTTCCT
TGGGTTGTCAAAATTTGTTTGTACCACACATATATTTGCAGAACACAAATCCTAAATTAACCCGATTACTTTTTTACAATTTAAGGTGAGAGAGATCTCTGTATATGTATGTGGGGTAAGACTCATAAAATTAAATAGAAAACAATTTCATTCCATTTTTAATGTCCCAACAAAAATAACCTAAAGCCACAACTTAAAAA
TAATAAATAATAGGCTAAATTTGCATAGATCCAAATTGAACCTGTATCTTTGAAGCATAGGGATGCACTTTTATTCCTTTACTTAAAAAATGCAGTTTTAAGATAAATTTATGCTAATTTACCTTATTACCTCTTGCGGGCAAAGTCTCTCAAAACTGCTATATAGGATTCTATCCTTCCCTCACAGAGTCATTTTGTTG
GCAGTCATGGAGACATTTGTTTGGGGGGTATGATCCTTGCACTGAACAGTATTCCAAAATATAATTTCATCTACCTGCAGTACAAGAGGCTCTTCACGCCAATGTTACAAAAATGGTAAAGTGTTTGTTTTCTTGTGCTGGTACTTTTCTACTATCTATAAAATGGCATTCATTGGCTAATGTGGGATGTTTTGTTTCCT
ATATGCAGTGATCTATGTTGTAAATTTACCGAGATAAATATAAGATCTATGAGTATTGGTTCAAGAGTATGAGATCTAACTCCAACATTTATCGTGTCACAATCATTTCTTTAGAACCTACAAGAGTTGAGTGAGTTGAATAGCCATTATATCTCAATTGGAGACCTTGTATTATGGTACAAAAATTACAGTAAGAAGTA
CAAGGTTGCAAGCTTGGTTGCCGTAATCAAACTCTTGAGTAAGCTAGATAAACTCAAATGGAGACCTTGTATTATGGTGAAAATATACAATAAGAAGTACAAGATTGCAAGTTCGGTTGCTGTAATCAAACTTCTGAGTAAACTAGCTAAAGTAGAGTGCATACTCCTGTGGACTACATTTCCCAGTCATTATACAAATA
TGCGCATTTATCTACTTTTTCCTACATCAAGAAGATTGCAATCTCTGGTAGTGTCTTGTTAGATACACGGTGGCTCTGAATTTTTCACAAGCTGGAGCATGTAAGATTATGCCTATTATTCACAATGAGTTAGAGCGGAGAAATTTACAGCCTTCTTATGCCTGTCATGATCTGCTACATGGAAGGGTTGGAAAAATCGC
CCTTCGTTATATGGGACGAGCTGAGGACTACATCATGATGATTATCAAATAGCTTGGCAACATTGCCAAGAATGATAAGATGGAAGATTTGCATTTGGTAGATCAGGTGACTGAAGCATCTTATTCTTCATATACTGATTGAGATGTATTTTCCAGTCATCATTTGGAAGATGGCATGCCATCTTTAACAATCACAACTA
GTGCACCCCTTGATTGTGAAA


>TRINITY_DN104864_c2_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:
AGGTCGCCCCGCTTCGCTATTTGCCAGGTCGCCCCTGCTTCGCTATTTGCTAGGTCGTGCACGGTTTAATTTCATGCCAGGTTATGCCATGCCCGCCCTTCTTTCCGCTCGTCTTGTCTCTACGGCCTCTACACTGTGAGGGCCAAACATTAGGCGCCATCCGGAACCCTTCGACACCATTGCCCTGCTTCCGAATCACT
CAGTAGGTGCCCGCAAAAGCAAATGTAGGAGAGGCGGCCCACATAAAGATTACTTGCAGACCCACCAAAGCTCCTTCGCTGTTTCAATATCTTCTGGTCATGGAGACATTTGTTTGGGGGGTATGATCCTTGCACTGAACAGTATTCCAAAATATAATTTCATCTACCTGCAGTACAAGAGGCTCTTCACGCCAATGTTA
CAAAAATGGTAAAGTGTTTGTTTTCTTGTGCTGGTACTTTTCTACTATCTATAAAATGGCATTCATTGGCTAATGTGGGATGTTTTGTTTCCTATATGCAGTGATCTATGTTGTAAATTTACCGAGATAAATATAAGATCTATGAGTATTGGTTCAAGAGTATGAGATCTAACTCCAACATTTATCGTGTCACAATCATT
TCTTTAGAACCTACAAGAGTTGAGTGAGTTGAATAGCCATTATATCTCAATTGGAGACCTTGTATTATGGTACAAAAATTACAGTAAGAAGTACAAGGTTGCAAGCTTGGTTGCCGTAATCAAACTCTTGAGTAAGCTAGATAAACTCAAATGGAGACCTTGTATTATGGTGAAAATATACAATAAGAAGTACAAGATTG
CAAGTTCGGTTGCTGTAATCAAACTTCTGAGTAAACTAGCTAAAGTAGAGTGCATACTCCTGTGGACTACATTTCCCAGTCATTATACAAATATGCGCATTTATCTACTTTTTCCTACATCAAGAAGATTGCAATCTCTGGTAGTGTCTTGTTAGATACACGGTGGCTCTGAATTTTTCACAAGgtaactgaatttcatt
tcggtaatttgaatgatttgtatttttagccacctaaagatatttcttcatgtgattcttgctctgctctggatgcttaaaaatctgtgcactcatactcacatggtggtgtgtttcatatctgtatacttatactcacatggtggtgcgtttcatatgttatgactctgtaacatcag
CTGGAGCATGTAAGATTATGC
CTATTATTCACAATGAGTTAGAGCGGAGAAATTTACAGCCTTCTTATGCCTGTCATGATCTGGTAAGTGTTTATTTCTGACAAGTACATACTACAGCTTCCATCTATGTGTGTGCATGTTGTGCCTAGTGTAGTTTCTATACATCTGTTTTGTAGTAATGAATTAGGAACTGAGTGCTTTGTTCTGGGTTTCACAGCTAC
ATGGAAGGGTTGGAAAAATCGCCCTTCGTTATATGGGACGAGCTGAGGACTACATCATGATGATTATCAAATAGCTTGGCAACATTGCCAAGAATGATAAGATGGAAGATTTGCATTTGGTAGATCAGGTGACTGAAGCATCTTATTCTTCATATACTGATTGAGATGTATTTTCCAGTCATCATTTGGAAGATGGCATG
CCATCTTTAACAATCACAACTAGTGCACCCCTTGATTGTGAAA




Intron 4 GTAAGTAGGA ... GTTAACAAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A156.52252837
A247.0622.52119
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A439.6146.53130
A538.7815136
A648.73402947
A748.47513065
A834.78612441
A937.83742961
A1040633846



>TRINITY_DN107000_c4_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoform
TGTTGGACGAAGGCCATTTACAACTTTAACCCAATGGTATAGTTCCAAGTTATCTTTTTGAGCAGATGAAGTAAAAGGAAGCCATTGCCAAGAAATCTTTTCAGTATCTGTTGGAGGATGCTTCTTCAAAGTAGAGATGTGCAACGAAGGCATGACGAGGGGCAAACCGCCTGTGAGTGCGTAGACCTTGCTTGAGATGC
TATAGGGCTTCTTTGTAATGTCTTTAGCAGGTTTGGGGTGTTTCACTTGGGTAGCACGGTGAACAAGAGGGCCTTTCAGAAGTCCTAATATGTTATTGGTTTCCGCCATGGATGATACAATTTTCCTACCTCATGATGATGATCCCCAAACTTCTCATGTTTTCACGAAAATTTTGGGATCCTTTTGTAGATTTTTGCCC
CAACTAAAACCTCTGCAACCTCATGCTCCTTCTGCCTTGACTGAGCAAGCTTTGCGGCCAATGTCCTTTTTTGATCAACAAGAGGATGATGTGTGATGCCCTTTTTTCGATCAATTGACCTCATGTATGATGTTTACGCCGTAGGCGTTCAAACAGGGAAATATGTTTCATGCTATTGTAGCTGGATTCCTCGCTCATTT
AGCGAATGGAATCCTACCACGTCGCCCACTTCACTATTTGCCAGGTCGCCCCGCTTCGCTATTTGCCAGGTCGCCCCTGCTTCGCTATTTGCTAGGTCGTGCACGGTTTAATTTCATGCCAGGTTATGCCATGCCCGCCCTTCTTTCCGCTCGTCTTGTCTCTACGGCCTCTACACTGTGAGGGCCAAACATTAGGCGCC
ATCCGGAACCCTTCGACACCATTGCCCTGCTTCCGAATCACTCAGTAGGTGCCCGCAAAAGCAAATGTAGGAGAGGCGGCCCACACAAAGATTACTTGCAGACCCACCAAAGTTCCTTCGCTCTTTCAATATCTTCTGGTCATGGAGACATTTGTTTGGGGGGTATGATCCTTGCACTGAACAGTATTCCAAAATATAAT
TTCATCTACCTGCAGTACAAGAGGCTCTTCACGCCAATGTTACAAAAATGTGATCTATGTTGTAAATTTACCGAGATAAATATAAGATCTATGAGTATTGGTTCAAGAGTATGAGATCTAACTCCAACATTTATCGTGTCACAATCATTTCTTTAGAACCTACAAGAGTTGAGTGAGTTGAATAGCCATTATATCTCAAT
TGGAGACCTTGTATTATGGTACAAAAATTACAGTAAGAAGTACAAGGTTGCAAGCTTGGTTGCCGTAATCAAACTCTTGAGTAAGCTAGATAAACTCAAATGGAGACCTTGTATTATGGTGAAAATATACAATAAGAAGTACAAGATTGCAAGTTCGGTTGCTGTAATCAAACTTCTGAGTAAACTAGCTAAAGTAGAGT
GCATACTCCTGTGGACTACATTTCCCAGTCATTATACAAATATGCGCATTTATCTACTTTTTCCTACATCAAGAAGATTGCAATCTCTGGTAGTGTCTTGTTAGATACACGGTGGCTCTGAATTTTTCACAAGCTGGAGCATGTAAGATTATGCCTATTATTCACAATGAGTTAGAGCGGAGAAATTTACAGCCTTCTTA
TGCCTGTCATGATCTGCTACATGGAAGGGTTGGAAAAATCGCCCTTCGTTATATGGGACGAGCTGAGGACTACATCATGATGATTATCAAATAGCTTGGCAACATTGCCAAGAATGATAAGATGGAAGATTTGCATTTGGTAGATCAGGTGACTGAAGCATCTTATTCTTCATATACTGATTGAGATGTATTTTCCAGTC
ATCATTTGGAAGATGGCATGCCATCTTTAACAATCACAACTAGTGCACCCCTTGATTGTGAAAATGATACAGATCTTGGGAAAGACAATTTGGACAAATTGCCCCCGAGCTTGGTTTTGACAATATTATCAACAACTACAATGAATGTTCAATATAGATAGCAGTGGGCATTCTGGTCATCAATATCCTGCAGAGTTGGT
CAACGACAGAACACATCCTTATTATGAAAATGATCCAAATTTGGGGAAAGACATGGTTGAAGAAATTACCCGAGTTTCTTTTTGACAACATTATCA


>TRINITY_DN107000_c4_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TGTTGGACGAAGGCCATTTACAACTTTAACCCAATGGTATAGTTCCAAGTTATCTTTTTGAGCAGATGAAGTAAAAGGAAGCCATTGCCAAGAAATCTTTTCAGTATCTGTTGGAGGATGCTTCTTCAAAGTAGAGATGTGCAACGAAGGCATGACGAGGGGCAAACCGCCTGTGAGTGCGTAGACCTTGCTTGAGATGC
TATAGGGCTTCTTTGTAATGTCTTTAGCAGGTTTGGGGTGTTTCACTTGGGTAGCACGGTGAACAAGAGGGCCTTTCAGAAGTCCTAATATGTTATTGGTTTCCGCCATGGATGATACAATTTTCCTACCTCATGATGATGATCCCCAAACTTCTCATGTTTTCACGAAAATTTTGGGATCCTTTTGTAGATTTTTGCCC
CAACTAAAACCTCTGCAACCTCATGCTCCTTCTGCCTTGACTGAGCAAGCTTTGCGGCCAATGTCCTTTTTTGATCAACAAGAGGATGATGTGTGATGCCCTTTTTTCGATCAATTGACCTCATGTATGATGTTTACGCCGTAGGCGTTCAAACAGGGAAATATGTTTCATGCTATTGTAGCTGGATTCCTCGCTCATTT
AGCGAATGGAATCCTACCACGTCGCCCACTTCACTATTTGCCAGGTCGCCCCGCTTCGCTATTTGCCAGGTCGCCCCTGCTTCGCTATTTGCTAGGTCGTGCACGGTTTAATTTCATGCCAGGTTATGCCATGCCCGCCCTTCTTTCCGCTCGTCTTGTCTCTACGGCCTCTACACTGTGAGGGCCAAACATTAGGCGCC
ATCCGGAACCCTTCGACACCATTGCCCTGCTTCCGAATCACTCAGTAGGTGCCCGCAAAAGCAAATGTAGGAGAGGCGGCCCACACAAAGATTACTTGCAGACCCACCAAAGTTCCTTCGCTCTTTCAATATCTTCTGGgtaagtaggatttgagtatgtagccatttgaatatgttgctgaatttggccattcctttat
ctgtttaaaatacccaaatgggtttatgggcaaagtcacatgttaatgcgtggattacagtgcgaaaaatccttggcattgttaattttcctctgtatttgttggtccaattttatatatcgctttgcccctcgtttctctgggttcggggtatgtggatcaactgggtctggaacttgcatttctctattagcaaaaaa
acagattttatatatttaaggttgcaccttccatgcgatccaacgcgctgtaagtttggggcattacgtaattggggtaggttaagtcagccggtctataaagcttggcttgcgaaattgaaggttgtgatccagcagggctttccttcttacaataacaagtaaggggcatagcggtgcagagcaatagtaagaaaggc
aatgttggggtttcttttcgctggttttaggcctcaatttcgatgggtttcgacgacggcctccacaagatttcgggttcaagtccttccaagaagctgcattcatggagcatgctgttgttttttttcacatttctcagtttttactcagggttcgaatttccactgttttacctgagtgcattcagaggttgttgttt
tgtattcgcagtcaaggttcaaggttcatgtctgaaacccagttgctatttgtatttattgttttttcaaacactattccttcatttttgtatcagttcaaggatttagagccctaactgttgatacaaattattgttaaaatagaagctatagataaaatatgaaagatgagaaacaacacgtcacgactagatattga
accccttctagatattgaaccccttcagttgtttctctcgtggtataaacttattcccgtgaccggttataatgggagtttgccttgtatcacatccatattcgttcaaataaacattactttagtgaatgagatgactggtagcaaaagatatgagtaccgaggaaacccatatccttagatgagaaggtgtacactct
tggaggaattttttctgcctcctcgtgtctaaccgtcactgccattttcataccaaaaagagtcaccttaaccttttagtgatgtcaatggatagcaacatctgatgcttttttgttgttatgcattggcaaaaaggggttttcaaagttcattcagagctagattttttgcagggtaaattatatttaattcaatctgt
gtccattcacttcacctttccgaagaaatcatattttgaatgcttggcatacaacttagcatgacgtacaagttgtaggcagttctaaatttgttttattgtcttccttgttctttccatttctacttatggttcattgaagtagagtaagtatgcttgctttgttttctcccataagtatttatatcaatgtaactacc
atgtaatgtctttggaatgacaaatctccccctctatatcatttgcagggctatgatgcttcactgctcataagctccacccatgataacaaggcagagagagatgcataaataaatctgtcactgcctggggatgggttcgatgccatcatccgagcgaagattgacattgaataaaaaaaaatcatattcactaaaag
ctattttgcactatgttaagcactttacagtctggattctggaaagactatggctaaataaaccgtgggcactggtattttactgcttacatacctttattctccttttttaaactgtatggaaagtagatgaatcacgcagggtctcaaaacaatggctaaagttgctttagagatttcacaagtgtcttgatcagcag
tggggaaaatgggagggcatgttgtaggccaattcgtcagcctgttattgttgaagctgctgttcatttggcatcaagagactcgagctcattatcaaagaatgttgccttagaatcgcctacagagcgagtcgatgtggatgcttgcaaaggggtggtttttgcgtggcttgcaaagcaacttaacattgatgaggcca
ataatgcatttcaaattttgttcagttgcaaggttaacaaag
TCATGGAGACATTTGTTTGGGGGGTATGATCCTTGCACTGAACAGTATTCCAAAATATAATTTCATCTACCTGCAGTACAAGAGGCTCTTCACGCCAATGTTACAAAAATGGTAAAGTGTTTGTTTTCTTGTGCTGGTACTTTTCTACTATCTATAAA
ATGGCATTCATTGGCTAATGTGGGATGTTTTGTTTCCTATATGCAGTGATCTATGTTGTAAATTTACCGAGATAAATATAAGATCTATGAGTATTGGTTCAAGAGTATGAGATCTAACTCCAACATTTATCGTGTCACAATCATTTCTTTAGAACCTACAAGAGTTGAGTGAGTTGAATAGCCATTATATCTCAATTGGA
GACCTTGTATTATGGTACAAAAATTACAGTAAGAAGTACAAGGTTGCAAGCTTGGTTGCCGTAATCAAACTCTTGAGTAAGCTAGATAAACTCAAATGGAGACCTTGTATTATGGTGAAAATATACAATAAGAAGTACAAGATTGCAAGTTCGGTTGCTGTAATCAAACTTCTGAGTAAACTAGCTAAAGTAGAGTGCAT
ACTCCTGTGGACTACATTTCCCAGTCATTATACAAATATGCGCATTTATCTACTTTTTCCTACATCAAGAAGATTGCAATCTCTGGTAGTGTCTTGTTAGATACACGGTGGCTCTGAATTTTTCACAAGCTGGAGCATGTAAGATTATGCCTATTATTCACAATGAGTTAGAGCGGAGAAATTTACAGCCTTCTTATGCC
TGTCATGATCTGCTACATGGAAGGGTTGGAAAAATCGCCCTTCGTTATATGGGACGAGCTGAGGACTACATCATGATGATTATCAAATAGCTTGGCAACATTGCCAAGAATGATAAGATGGAAGATTTGCATTTGGTAGATCAGGTGACTGAAGCATCTTATTCTTCATATACTGATTGAGATGTATTTTCCAGTCATCA
TTTGGAAGATGGCATGCCATCTTTAACAATCACAACTAGTGCACCCCTTGATTGTGAAAATGATACAGATCTTGGGAAAGACAATTTGGACAAATTGCCCCCGAGCTTGGTTTTGACAATATTATCAACAACTACAATGAATGTTCAATATAGATAGCAGTGGGCATTCTGGTCATCAATATCCTGCAGAGTTGGTCAAC
GACAGAACACATCCTTATTATGAAAATGATCCAAATTTGGGGAAAGACATGGTTGAAGAAATTACCCGAGTTTCTTTTTGACAACATTATCA




Intron 5 GCATGCTATT ... TTGTGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A177.78286
A244.44544
A344.4410610
A483.33146
A544.44535
A634.4320129
A740.911399
A846.24252122
A924.73351211
A1044.838112



>TRINITY_DN43533_c1_g1_i25 from sample A10 / Example spliced isoform
GCGAATGGAAGCCTACCACGTCGCCCACTTCACTATTTGCCAGGTCGCCCCGCTTCGCTATTTGCCAGGTCGCCCCTGCTTCGCTATTTGCTAGGTCGTGCACGGTTTAATTTCATGCCAGGTTATGCCATGCCCGCCCTTCTTTCCGCTCGTCTTGTCTCTACGGCCTCTACACTGTGAGGGCCAAACATTAGGCGCCA
TCCGGAACCCTTCGACACCATTGCCCTGCTTCCGAATCACTCAGTAGGTGCCCGCAAAAGCAAATGTAGGAGAGGCGGCCCACACAAAGATTACTTGCAGACCCACCAAAGCTCCTTCGCTGTTTCAATATCTTCTGGTCATGGAGACATTTGTTTGGGGGGTATGATCCTTGCACTGAACAGTATTCCAAAATATAATT
TCATCTACCTGCAGTACAAGAGGCTCTTCACGCCAATGTTACAAAAATGTGATCTATGTTGTAAATTTACCGAGATAAATATAAGATCTATGAGTATTGGTTCAAGAGTATGAGATCTAACTCCAACATTTATCGTGTCACAATCATTTCTTTAGAACCTACAAGAGTTGAGTGAGTTGAATAGCCATTATATCTCAATT
GGAGACCTTGTATTATGGTACAAAAATTACAGTAAGAAGTACAAGGTTGCAAGCTTGGTTGCCGTAATCAAACTCTTGAGTAAGCTAGATAAACTCAAATGGAGACCTTGTATTATGGTGAAAATATACAATAAGAAGTACAAGATTGCAAGTTCGGTTGCTGTAATCAAACTTCTGAGTAAACTAGCTAAAGTAGAGTG
CATACTCCTGTGGACTACATTTCCCAGTCATTATACAAATATGCGCATTTATCTACTTTTTCCTACATCAAGAAGATTGCAATCTCTGGTAGTGTCTTGTTAGATACACGGTGGCTCTGAATTTTTCACAAGCTGGAGCATGTAAGATTATGCCTATTATTCACAATGAGTTAGAGCGGAGAAATTTACAGCCTTCTTAT
GCCTGTCATGATCTGCTACATGGAAGGGTTGGAAAAATCGCCCTTCGTTATATGGGACGAGCTGAGGACTACATCATGATGATTATCAAATAGCTTGGCAACATTGCCAAGAATGATAAGATGGAAGATTTGCATTTGGTAGATCAGCCAGCTAATGATAACACAGAAAGCATCACAAATGTTGATGGTTGAGGGATGAA
ATCAGGGTAGTGCTTCAATATGAAATGCAGGAAACCACTTTGACTTTCAGGACTGAGATCAGAATCAAGAATCAGAAAGCTGTAGGCATTTCTTCTGCAGCCGAGCAACTGTATGATCTTAAGAAGACTGTGTCGAGGCTTCTCTAAGGCATGTTGAGCTTCCACCTGATGTTGATTGACTTCTTCCCAAGAATCGCCTT
CTGGCTGAACTAAGGCACAGGTCTTCTAATTTAAGGTTGCGAGGCCAATCCTAATGTCATTTTTTTAAGAGTGTGGTGTTCATCCTCTTATTGTTAAGGGTGTGATTTCTTCTGCTTTATGGTTGGGTCCAGAGAAATGGGTTTCATTTTCAGGTAATGGCCATAAAAAAATTCACGTGCTGTATCTGTGCTTGGGGTTT
AGGTTATTGGGTTTAGGATTTGGGCTTTAGATTATTGGGTTTAGGGTTATTGGTTTATTGGTCAATTCCAGTATTTGGAACAGTATTAGATGATCTATATGTTGGGATCCCCGCTTTTGCAAGCTCACCTTGCATAGTACGTATATGGAGAAAATGTTTCTATTTTCAGCATTTTCCTTATTTGTGGTTCTATTACTAGG
TGTTTTGTTAGAAGAGATTAAGGGCCCTGTCCTGGGGGCACATCTATTATTCTTTCACGTGTTGTATCTGTGCTTGGGGTTTAGGTTACTGGGTTTAGGATTTGGTATTTAGGTTATTGGTTTAGGAGTTTGGTCAATTCCAGTTTTGTAATAGTATTAGATGATCTATATGTTGGGATCCCCGCTTTTGCAAGCTCACC
TTGCTTAGTACATATATGGAGAAAATGTTTCTATATTCATCATTATCCTTATTTGTGCTTCTATTACTAGGTGTTTTGTTAGAAGAGATTAAGGGCCCTGTCCTGGGGGCACATCTATTATTCTTTCACGTGTTGTATCTGTGCTTGGGGTTTAGG


>TRINITY_DN43533_c1_g1_i10 from sample A10 / Example unspliced isoform:
GATCTTAGCATTCTTGATGGGGCTATATTTTATTTTATAGTACTGATAGATGTAGTTATTAGATTGAGGGTGTTTCAATAGTGGATTTTAAGATGCAGATCTTTACTAGTCCCATTCATTGCTGCTGGTTGTGTGGAAATTGACATAATATTTTCCATCATTTATTACTCCTTTGCAACTTTGCATTTTCTTATGTGCTT
TTCTTCATATTTTTCTTTTTAACGAGCATTTCTTTGTCAGTGTGCATCGAAAAGGATTAATTCTAGAGGCTTGGAATTTGTGTGTACCATTATTCTACTGATTGCACACTTTCTTGACTGCCTTTAAATTTGTATTGCCAGCCAGCTAATGATAACACAGAAAGCATCACAAATGTTGATGGTTGAGGGATGAAATCAGG
GTAGTGCTTCAATATGAAATGCAGGAAACCACTTTGACTTTCAGGACTGAGATCAGAATCAAGAATCAGAAAGCTGTAGGCATTTCTTCTGCAGCCGAGCAACTGTATGATCTTAAGAAGACTGTGTCGAGGCTTCTCTAAGgcatgctattcagccttttatttcaacgaaattattttattttacagtggtatattct
tgttttccactgttttggcttcagtggaactgtttttgcaggttggattgttcgagctctcattgtttagtttcttccattgacaatcatgggcatttcgtccaaacactgttcttctttattgttttatcgtccggtaaaatgcctcaaacagagtattctggaaaatactacgacgatacctatgagtacagttctaa
ttcatttcctatttgaaggattttaatggtttagcctttgaagttataggttttgggttttatagctcagggttagaaggctaaactcaataaaaacttcctttagtttcagttccagtagggtaaatgctttgtgtcgtgtttgtttttgtgtgcag
GCATGTTGAGCTTCCACCTGATGTTGATTGACTTCTTCCCAA
GAATCGCCTTCTGGCTGAACTAAGGCACAGGTCTTCTAATTTAAGGTTGCGAGGCCAATCCTAATGTCATTTTTTTAAGAGTGTGGTGTTCATCCTCTTATTGTTAAGGGTGTGATTTCTTCTGCTTTATGGTTGGGTCCAGAGAAATGGGTTTCATTTTCAGGTAATGGCCATAAAAAAATTCACGTGCTGTATCTGTG
CTTGGGGTTTAGGTTATTGGGTTTAGGATTTGGGCTTTAGATTATTGGGTTTAGGGTTATTGGTTTATTGGTCAATTCCAGTATTTGGAACAGTATTAGATGATCTATATGTTGGGATCCCCGCTTTTGCAAGCTCACCTTGCATAGTACGTATATGGAGAAAATGTTTCTATTTTCAGCATTTTCCTTATTTGTGGTTC
TATTACTAGGTGTTTTGTTAGAAGAGATTAAGGGCCCTGTCCTGGGGGCACATCTATTATTCTTTCACGTGTTGTATCTGTGCTTGGGGTTTAGGTTACTGGGTTTAGGATTTGGTATTTAGGTTATTGGTTTAGGAGTTTGGTCAATTCCAGTTTTGTAATAGTATTAGATGATCTATATGTTGGGATCCCCGCTTTTG
CAAGCTCACCTTGCTTAGTACATATATGGAGAAAATGTTTCTATATTCATCATTATCCTTATTTGTGCTTCTATTACTAGGTGTTTTGTTAGAAGAGATTAAGGGCCCTGTCCTGGGGGCACATCTATTATTCTTTCACGTGTTGTATCTGTGCTTGGGGTTTAGG




Intron 6 GCATGCTATT ... GTTTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN44067_c1_g2_i7 from sample A6 / Example spliced isoform
AGGCGGCCCACACAAAGATTACTTGCAGACCCACCAAAGCTCCTTCGCTGTTTCAATATCTTCTGGTCATGGAGACATTTGTTTGGGGGGTATGATCCTTGCACTGAACAGTATTCCAAAATATAATTTCATCTACCTGCAGTACAAGAGGCTCTTCACGCCAATGTTACAAAAATGTGATCTATGTTGTAAATTTACCG
AGATAAATATAAGATCTATGAGTATTGGTTCAAGAGTATGAGATCTAACTCCAACATTTATCGTGTCACAATCATTTCTTTAGAACCTACAAGAGTTGAGTGAGTTGAATAGCCATTATATCTCAATTGGAGACCTTGTATTATGGTACAAAAATTACAGTAAGAAGTACAAGGTTGCAAGCTTGGTTGCCGTAATCAAA
CTCTTGAGTAAGCTAGATAAACTCAAATGGAGACCTTGTATTATGGTGAAAATATACAATAAGAAGTACAAGATTGCAAGTTCGGTTGCTGTAATCAAACTTCTGAGTAAACTAGCTAAAGTAGAGTGCATACTCCTGTGGACTACATTTCCCAGTCATTATACAAATATGCGCATTTATCTACTTTTTCCTACATCAAG
AAGATTGCAATCTCTGGTAGTGTCTTGTTAGATACACGGTGGCTCTGAATTTTTCACAAGCTGGAGCATGTAAGATTATGCCTATTATTCACAATGAGTTAGAGCGGAGAAATTTACAGCCTTCTTATGCCTGTCATGATCTGCTACATGGAAGGGTTGGAAAAATCGCCCTTCGTTATATGGGACGAGCTGAGGACTAC
ATCATGATGATTATCAAATAGCTTGGCAACATTGCCAAGAATGATAAGATGGAAGATTTGCATTTGGTAGATCAGCCAGCTAATGATAACACAGAAAGCATCACAAATGTTGATGGTTGAGGGATGAAATCAGGGTAGTGCTTCAATATGAAATGCAGGAAACCACTTTGACTTTCAGGACTGAGATCAGAATCAAGAAT
CAGAAAGCTGTAGGCATTTCTTCTGCAGCCGAGCAACTGTATGATCTTAAGAAGACTGTGTCGAGGCTTCTCTAAGGTTGGATTGTTCGAGCTCTCATTGTTTAGTTTCTTCCATTGACAATCATGGGCATTTCGTCCAAACACTGTTCTTCTTTATTGTTTTATCGTCCGGTAAAATGCCTCAAACAGAGTATTCTGGA
AAATACTACGACGATACCTATGAGCATGTTGAGCTTCCACCTGATGTTGATTGACTTCTTCCCAAGAATCGCCTTCTGGCTGAACTAAGGCACAGGTCTTCTAATTTAAGGTTGCGAGGCCAATCCTAATGTCATTTTTTTAAGAGTGTGGTGTTCATCCTCTTATTGTTAAGGGTGTGATTTCTTCTGCTTTATGGTTG
GGTCCAGAGAAATGGGTTTCATTTTCAGGTAATGGCCATAAAAAAATTCACGTGCTGTATCTGTGCTTGGGGTTTAGGTTATTGGGTTTAGGATTTGGGCTTTAGATTATTGGGTTTAGGGTTATTGGTTTATTGGTCAATTCCAGTATTTGGAACAGTATTAGATGATCTATATGTTGGGATCCCCGCTTTTGCAAGCT
CACCTTGCATAGTACGTATATGGAGAAAATGTTTCTATTTTCAGCATTTTCCTTATTTGTGGTTCTATTACTAGGTGTTTTGTTAGAAGAGATTAAGGGCCCTGTCCTGGGGGCACATCTATTATTCTTTCACGTGTTGTATCTGTGCTTGGGGTTTAGGTTACTGGGTTTAGGATTTGGTATTTAGGTTATTGGTTTAG
GAGTTTGGTCAATTCCAGTTTTGTAATAGTATTAGATGATCTATATGTTGGGATCCCCGCTTTTGCAAGCTCACCTTGCTTAGTACATATATGGAGC


>TRINITY_DN44067_c1_g2_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:
AGGCGGCCCACACAAAGATTACTTGCAGACCCACCAAAGCTCCTTCGCTGTTTCAATATCTTCTGGTCATGGAGACATTTGTTTGGGGGGTATGATCCTTGCACTGAACAGTATTCCAAAATATAATTTCATCTACCTGCAGTACAAGAGGCTCTTCACGCCAATGTTACAAAAATGTGATCTATGTTGTAAATTTACCG
AGATAAATATAAGATCTATGAGTATTGGTTCAAGAGTATGAGATCTAACTCCAACATTTATCGTGTCACAATCATTTCTTTAGAACCTACAAGAGTTGAGTGAGTTGAATAGCCATTATATCTCAATTGGAGACCTTGTATTATGGTACAAAAATTACAGTAAGAAGTACAAGGTTGCAAGCTTGGTTGCCGTAATCAAA
CTCTTGAGTAAGCTAGATAAACTCAAATGGAGACCTTGTATTATGGTGAAAATATACAATAAGAAGTACAAGATTGCAAGTTCGGTTGCTGTAATCAAACTTCTGAGTAAACTAGCTAAAGTAGAGTGCATACTCCTGTGGACTACATTTCCCAGTCATTATACAAATATGCGCATTTATCTACTTTTTCCTACATCAAG
AAGATTGCAATCTCTGGTAGTGTCTTGTTAGATACACGGTGGCTCTGAATTTTTCACAAGCTGGAGCATGTAAGATTATGCCTATTATTCACAATGAGTTAGAGCGGAGAAATTTACAGCCTTCTTATGCCTGTCATGATCTGCTACATGGAAGGGTTGGAAAAATCGCCCTTCGTTATATGGGACGAGCTGAGGACTAC
ATCATGATGATTATCAAATAGCTTGGCAACATTGCCAAGAATGATAAGATGGAAGATTTGCATTTGGTAGATCAGCCAGCTAATGATAACACAGAAAGCATCACAAATGTTGATGGTTGAGGGATGAAATCAGGGTAGTGCTTCAATATGAAATGCAGGAAACCACTTTGACTTTCAGGACTGAGATCAGAATCAAGAAT
CAGAAAGCTGTAGGCATTTCTTCTGCAGCCGAGCAACTGTATGATCTTAAGAAGACTGTGTCGAGGCTTCTCTAAGgcatgctattcagccttttatttcaacgaaattattttattttacagtggtatattcttgttttccactgttttggcttcagtggaactgtttttgcagGTTGGATTGTTCGAGCTCTCATTGT
TTAGTTTCTTCCATTGACAATCATGGGCATTTCGTCCAAACACTGTTCTTCTTTATTGTTTTATCGTCCGGTAAAATGCCTCAAACAGAGTATTCTGGAAAATACTACGACGATACCTATGAGCATGTTGAGCTTCCACCTGATGTTGATTGACTTCTTCCCAAGAATCGCCTTCTGGCTGAACTAAGGCACAGGTCTTC
TAATTTAAGGTTGCGAGGCCAATCCTAATGTCATTTTTTTAAGAGTGTGGTGTTCATCCTCTTATTGTTAAGGGTGTGATTTCTTCTGCTTTATGGTTGGGTCCAGAGAAATGGGTTTCATTTTCAGGTAATGGCCATAAAAAAATTCACGTGCTGTATCTGTGCTTGGGGTTTAGGTTATTGGGTTTAGGATTTGGGCT
TTAGATTATTGGGTTTAGGGTTATTGGTTTATTGGTCAATTCCAGTATTTGGAACAGTATTAGATGATCTATATGTTGGGATCCCCGCTTTTGCAAGCTCACCTTGCATAGTACGTATATGGAGAAAATGTTTCTATTTTCAGCATTTTCCTTATTTGTGGTTCTATTACTAGGTGTTTTGTTAGAAGAGATTAAGGGCC
CTGTCCTGGGGGCACATCTATTATTCTTTCACGTGTTGTATCTGTGCTTGGGGTTTAGGTTACTGGGTTTAGGATTTGGTATTTAGGTTATTGGTTTAGGAGTTTGGTCAATTCCAGTTTTGTAATAGTATTAGATGATCTATATGTTGGGATCCCCGCTTTTGCAAGCTCACCTTGCTTAGTACATATATGGAGC




Intron 7 GTACAGTTCT ... TTGTGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A233.3382.74
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A410001.46
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A720369.19
A836.67389.922
A926.83303.111
A107.69246.72



>TRINITY_DN43194_c1_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoform
ATTAGATCTTCTGAGGTGTTCTCTTTTTAAGTTTTAATAGAAAGTATTCCTTTACTGTAATGCCAATGATTCGACGTCGTTGTTGGTTGCTACTACAATGTGCCAAGTGAATTTTTTGACTACTCTTCCTTTTGGTGTTAAGATTATCCATGCATCATGCCAAGCGCTTGGATTCCCCTCTAATGCTCCAGAGAGGGCAT
TTTCTGAATTATCAAACTGTTCACATAAGTCAAATAGCAAGCTGTCTTGAAATTCACTCCTGTGTACAAGGATGCTAACTAAAAGTTGCCAAACAGGCTGCCAAATTATGATTCCATCTTCTTTGTAGGTCATAGACCTGGGTCATTTGCACAAGGGATAAGGCCATGATTCGTTCTGTTCCAATGATTGATATCCATCT
CGATTTGGTAAAATCAAACTGGGGCCAGCCTCATAAAACCATAGCATGTTGTGATATCTTTCCACATTTCATTACATGCTGCCCATTTTAAACTTTCAGTTCTATGCTTTTGTTTCTTTCCTTTCTGTGTTCTTCACATGGTCCCTTTTGTTTGGTCATTGTATTTGTGAATGGTATTCCTTAATTAAAGCTCCTATTGA
TGACACATGTTCTCAATAGATGTGCAAAGCAACCTTCAGCCTATGGTATTGAATCTTGATAATGCATCCCTGCTATGAATTGACTGGGAGCCTCTAAAGTGATCCAAGGAGAAACGATTTGGGAAATGTTTTTTATTTGAAGTAAGAACATTCCATTATTGACACAATTTCAATCATTCAGTATGTTACTGTATTGTACT
TGTTTATCAGCATACATAAATGATGATGATTACTATCTACTGAGACCAACTTTGGTGTATCATACCTATAAACTTAAAATAATGAGTTTGATTTATCCGGTTGTTTCTACGATTGGTTCATTTGGAAATAAAATTTCTACGTTCTCTATGATTTTTACGAGGTAACAAGTTATAGTTTCTGCTTATTGTTATTTCTTTTC
GAAGGAACTTTGTTTTCAAACAAGTCATCTTTCTTCTTAAACTTATTAAGTTTTTCACTTCCCATTCTTAGAATTTCTTCAAGTCTTTGCGACATTTTAAGGATGTAGAATGACTTCCAGAACTTCGCACAAAACTGTATGGTACGTTTTGCAATACTAAGGTAGATTCAAAACTTATAAGCCATTCAATATTTAATTCT
TGCAATTAAATTTGTTGGTATGTACTGAGGCATACCTTCCTATTCTACCGCCTATGATAAGCATATCCTAGGAGTCTCAGGATTGCATTTTCTTTATTAGCATTCATAATTTAATGTTTGCATTCGTAAGACACAAGAAGGACAATCACAGTGTCTGATCAACCAATTTGTAGGAGAGCTATAGGGCTTGAAGTCGATTT
CTTGAATTCTTAGTAAAACTTTTGTGGCAGATTGGTTATGTTTTTCCAAACTGCACATTGTTTTCATTATTCTATGTTTCTGCATGAAATTCTTGTTTTCTATATGAATTTATTTAAGTGGCTTCGGTATGATCAGCTATGTTTTCATACAGGGGTATCCGATGCCAACATCCACAATATTATTGTAATGCTTGTTGAGC
ATATTTCCTTTGGGATCATTGCTATATGTCTTTCTGGGTGTCTGTGGATGTTCTTGTGCTGTCGTTCCCCAAAGTATACAAGTCAACTTCTCATGAACTGCTGTTCTAACATGCCACTCACAGACTTGGATCTTAGCATTCTTGATGGGGCTATATTTTATTTTATAGTACTGATAGATGTAGTTATTAGATTGAGGGTG
TTTCAATAGTGGATTTTAAGATGCAGATCTTTACTAGTCCCATTCATTGCTGCTGGTTGTGTGGAAATTGACATAATATTTTCCATCATTTATTACTCCTTTGCAACTTTGCATTTTCTTATGTGCTTTTCTTCATATTTTTCTTTTTAACGAGCATTTCTTTGTCAGTGTGCATCGAAAAGGATTAATTCTAGAGGCTT
GGAATTTGTGTGTACCATTATTCTACTGATTGCACACTTTCTTGACTGCCTTTAAATTTGTATTGCCAGCCAGCTAATGATAACACAGAAAGCATCACAAATGTTGATGGTTGAGGGATGAAATCAGGGTAGTGCTTCAATATGAAATGCAGGAAACCACTTTGACTTTCAGGACTGAGATCAGAATCAAGAATCAGAAA
GCTGTAGGCATTTCTTCTGCAGCCGAGCAACTGTATGATCTTAAGAAGACTGTGTCGAGGCTTCTCTAAGGCATGCTATTCAGCCTTTTATTTCAACGAAATTATTTTATTTTACAGTGGTATATTCTTGTTTTCCACTGTTTTGGCTTCAGTGGAACTGTTTTTGCAGGTTGGATTGTTCGAGCTCTCATTGTTTAGTT
TCTTCCATTGACAATCATGGGCATTTCGTCCAAACACTGTTCTTCTTTATTGTTTTATCGTCCGGTAAAATGCCTCAAACAGAGTATTCTGGAAAATACTACGACGATACCTATGAGCATGTTGAGCTTCCACCTGATGTTGATTGACTTCTTCCCAAGAATCGCCTTCTGGCTGAACTAAGGCACAGGTCTTCTAATTT
AAGGTTGCGAGGCCAATCCTAATGTCATTTTTTTAAGAGTGTGGTGTTCATCCTCTTATTGTTAAGGGTGTGATTTCTTCTGCTTTATGGTTGGGTCCAGAGAAATGGGTTTCATTTTCAGGTAATGGCCATAAAAAAATTCACGTGCTGTATCTGTGCTTGGGGTTTAGG


>TRINITY_DN43194_c1_g1_i13 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CTACGACGATACCTATGAgtacagttctaattcatttcctatttgaaggattttaatggtttagcctttgaagttataggttttgggttttatagctcagggttagaaggctaaactcaataaaaacttcctttagtttcagttccagtagggtaaatgctttgtgtcgtgtttgtttttgtgtgcagGCATGTTGAGCT
TCCACCTGATGTTGATTGACTTCTTCCCAAGAATCGCCTTCTGGCTGAACTAAGGCACAGGTCTTCTAATTTAAGGTTGCGAGGCCAATCCTAATGTCATTTTTTTAAGAGTGTGGTGTTCATCCTCTTATTGTTAAGGGTGTGATTTCTTCTGCTTTATGGTTGGGTCCAGAGAAATGGGTTTCATTTTCAGGTAATGG
CCATAAAAAAATTCACGTGCTGTATCTGTGCTTGGGGTTTAGGTTATTGGGTTTAGGATTTGGGCTTTAGATTATTGGGTTTAGGGTTATTGGTTTATTGGTCAATTCCAGTATTTGGAACAGTATTAGATGATCTATATGTTGGGATCCCCGCTTTTGCAAGCTCACCTTGCATAGTACGTATATGGAGAAAATGTTTC
TATTTTCAGCATTTTCCTTATTTGTGGTTCTATTACTAGGTGTTTTGTTAGAAGAGATTAAGGGCCCTGTCCTGGGGGCACATCTATTATTCTTTCACGTGTTGTATCTGTGCTTGGGGTTTAGGTTACTGGGTTTAGGATTTGGTATTTAGGTTATTGGTTTAGGAGTTTGGTCAATTCCAGTTTTGTAATAGTATTAG
ATGATCTATATGTTGGGATCCCCGCTTTTGCAAGCTCACCTTGCTTAGTACATATATGGAGAAAATGTTTCTATATTCATCATTATCCTTATTTGTGCTTCTATTACTAGGTGTTTTGTTAGAAGAGATTAAGGGCCCTGTCCTGGGGGCACATCTATTATTCTTTCACGTGTTGTATCTGTGCTTGGGGTTTAGG




Intron 8 GTAAGTAGGA ... GTTAACAAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A154.95252437
A247.0622.52119
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A439.6146.53130
A537.515126
A648.73402947
A748.47513065
A834.78612441
A937.83742961
A1040633846



>TRINITY_DN107000_c4_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoform
TGTTGGACGAAGGCCATTTACAACTTTAACCCAATGGTATAGTTCCAAGTTATCTTTTTGAGCAGATGAAGTAAAAGGAAGCCATTGCCAAGAAATCTTTTCAGTATCTGTTGGAGGATGCTTCTTCAAAGTAGAGATGTGCAACGAAGGCATGACGAGGGGCAAACCGCCTGTGAGTGCGTAGACCTTGCTTGAGATGC
TATAGGGCTTCTTTGTAATGTCTTTAGCAGGTTTGGGGTGTTTCACTTGGGTAGCACGGTGAACAAGAGGGCCTTTCAGAAGTCCTAATATGTTATTGGTTTCCGCCATGGATGATACAATTTTCCTACCTCATGATGATGATCCCCAAACTTCTCATGTTTTCACGAAAATTTTGGGATCCTTTTGTAGATTTTTGCCC
CAACTAAAACCTCTGCAACCTCATGCTCCTTCTGCCTTGACTGAGCAAGCTTTGCGGCCAATGTCCTTTTTTGATCAACAAGAGGATGATGTGTGATGCCCTTTTTTCGATCAATTGACCTCATGTATGATGTTTACGCCGTAGGCGTTCAAACAGGGAAATATGTTTCATGCTATTGTAGCTGGATTCCTCGCTCATTT
AGCGAATGGAATCCTACCACGTCGCCCACTTCACTATTTGCCAGGTCGCCCCGCTTCGCTATTTGCCAGGTCGCCCCTGCTTCGCTATTTGCTAGGTCGTGCACGGTTTAATTTCATGCCAGGTTATGCCATGCCCGCCCTTCTTTCCGCTCGTCTTGTCTCTACGGCCTCTACACTGTGAGGGCCAAACATTAGGCGCC
ATCCGGAACCCTTCGACACCATTGCCCTGCTTCCGAATCACTCAGTAGGTGCCCGCAAAAGCAAATGTAGGAGAGGCGGCCCACACAAAGATTACTTGCAGACCCACCAAAGTTCCTTCGCTCTTTCAATATCTTCTGGTCATGGAGACATTTGTTTGGGGGGTATGATCCTTGCACTGAACAGTATTCCAAAATATAAT
TTCATCTACCTGCAGTACAAGAGGCTCTTCACGCCAATGTTACAAAAATGTGATCTATGTTGTAAATTTACCGAGATAAATATAAGATCTATGAGTATTGGTTCAAGAGTATGAGATCTAACTCCAACATTTATCGTGTCACAATCATTTCTTTAGAACCTACAAGAGTTGAGTGAGTTGAATAGCCATTATATCTCAAT
TGGAGACCTTGTATTATGGTACAAAAATTACAGTAAGAAGTACAAGGTTGCAAGCTTGGTTGCCGTAATCAAACTCTTGAGTAAGCTAGATAAACTCAAATGGAGACCTTGTATTATGGTGAAAATATACAATAAGAAGTACAAGATTGCAAGTTCGGTTGCTGTAATCAAACTTCTGAGTAAACTAGCTAAAGTAGAGT
GCATACTCCTGTGGACTACATTTCCCAGTCATTATACAAATATGCGCATTTATCTACTTTTTCCTACATCAAGAAGATTGCAATCTCTGGTAGTGTCTTGTTAGATACACGGTGGCTCTGAATTTTTCACAAGCTGGAGCATGTAAGATTATGCCTATTATTCACAATGAGTTAGAGCGGAGAAATTTACAGCCTTCTTA
TGCCTGTCATGATCTGCTACATGGAAGGGTTGGAAAAATCGCCCTTCGTTATATGGGACGAGCTGAGGACTACATCATGATGATTATCAAATAGCTTGGCAACATTGCCAAGAATGATAAGATGGAAGATTTGCATTTGGTAGATCAGGTGACTGAAGCATCTTATTCTTCATATACTGATTGAGATGTATTTTCCAGTC
ATCATTTGGAAGATGGCATGCCATCTTTAACAATCACAACTAGTGCACCCCTTGATTGTGAAAATGATACAGATCTTGGGAAAGACAATTTGGACAAATTGCCCCCGAGCTTGGTTTTGACAATATTATCAACAACTACAATGAATGTTCAATATAGATAGCAGTGGGCATTCTGGTCATCAATATCCTGCAGAGTTGGT
CAACGACAGAACACATCCTTATTATGAAAATGATCCAAATTTGGGGAAAGACATGGTTGAAGAAATTACCCGAGTTTCTTTTTGACAACATTATCA


>TRINITY_DN107000_c4_g1_i13 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TGTTGGACGAAGGCCATTTACAACTTTAACCCAATGGTATAGTTCCAAGTTATCTTTTTGAGCAGATGAAGTAAAAGGAAGCCATTGCCAAGAAATCTTTTCAGTATCTGTTGGAGGATGCTTCTTCAAAGTAGAGATGTGCAACGAAGGCATGACGAGGGGCAAACCGCCTGTGAGTGCGTAGACCTTGCTTGAGATGC
TATAGGGCTTCTTTGTAATGTCTTTAGCAGGTTTGGGGTGTTTCACTTGGGTAGCACGGTGAACAAGAGGGCCTTTCAGAAGTCCTAATATGTTATTGGTTTCCGCCATGGATGATACAATTTTCCTACCTCATGATGATGATCCCCAAACTTCTCATGTTTTCACGAAAATTTTGGGATCCTTTTGTAGATTTTTGCCC
CAACTAAAACCTCTGCAACCTCATGCTCCTTCTGCCTTGACTGAGCAAGCTTTGCGGCCAATGTCCTTTTTTGATCAACAAGAGGATGATGTGTGATGCCCTTTTTTCGATCAATTGACCTCATGTATGATGTTTACGCCGTAGGCGTTCAAACAGGGAAATATGTTTCATGCTATTGTAGCTGGATTCCTCGCTCATTT
AGCGAATGGAATCCTACCACGTCGCCCACTTCACTATTTGCCAGGTCGCCCCGCTTCGCTATTTGCCAGGTCGCCCCTGCTTCGCTATTTGCTAGGTCGTGCACGGTTTAATTTCATGCCAGGTTATGCCATGCCCGCCCTTCTTTCCGCTCGTCTTGTCTCTACGGCCTCTACACTGTGAGGGCCAAACATTAGGCGCC
ATCCGGAACCCTTCGACACCATTGCCCTGCTTCCGAATCACTCAGTAGGTGCCCGCAAAAGCAAATGTAGGAGAGGCGGCCCACACAAAGATTACTTGCAGACCCACCAAAGTTCCTTCGCTCTTTCAATATCTTCTGGgtaagtaggatttgagtatgtagccgtttgaatatgttcgttctttgaaaactgttttgtt
gaatctggccattcctttatctgtttaaaatacccaaatgggtttatgggcaaagtcacatgttaatgcgtggattacagtgcgaaaaatccttggcattgttaattttcctctgtatttgttggtccaattttatatatcgctttgcccctcgtttctctgggttcggggtatgtggatcaactgggtctggaacttgc
atttctctattagcaaaaaaacagattttatatatttaaggttgcaccttccatgcgatccaacgcgctgtaagtttggggcattacgtaattggggtaggttaagtcagccggtctataaagcttggcttgcgaaattgaaggttgtgatccagcagggctttccttcttacaataacaagtaaggggcatagcggtgc
agagcaatagtaagaaaggcaatgttggggtttcttttcgctggttttaggcctcaatttcgatgggtttcgacgacggcctccacaagatttcgggttcaagtccttccaagaagctgcattcatggagcatgctgttgttttttttcacatttctcagtttttactcagggttcgaatttccactgttttacctgagt
gcattcagaggttgttgttttgtattcgcagtcaaggttcaaggttcatgtctgaaacccagttgctatttgtatttattgttttttcaaacactattccttcatttttgtatcagttcaaggatttagagccctaactgttgatacaaattattgttaaaatagaagctatagataaaatatgaaagatgagaaacaac
acgtcacgactagatattgaaccccttctagatattgaaccccttcagttgtttctctcgtggtataaacttattcccgtgaccggttataatgggagtttgccttgtatcacatccatattcgttcaaataaacattactttagtgaatgagatgactggtagcaaaagatatgagtaccgaggaaacccatatcctta
gatgagaaggtgtacactcttggaggaattttttctgcctcctcgtgtctaaccgtcactgccattttcataccaaaaagagtcaccttaaccttttagtgatgtcaatggatagcaacatctgatgcttttttgttgttatgcattggcaaaaaggggttttcaaagttcattcagagctagattttttgcagggtaaa
ttatatttaattcaatctgtgtccattcacttcacctttccgaagaaatcatattttgaatgcttggcatacaacttagcatgacgtacaagttgtaggcagttctaaatttgttttattgtcttccttgttctttccatttctacttatggttcattgaagtagagtaagtatgcttgctttgttttctcccataagta
tttatatcaatgtaactaccatgtaatgtctttggaatgacaaatctccccctctatatcatttgcagggctatgatgcttcactgctcataagctccacccatgataacaaggcagagagagatgcataaataaatctgtcactgcctggggatgggttcgatgccatcatccgagcgaagattgacattgaataaaaa
aaaatcatattcactaaaagctattttgcactatgttaagcactttacagtctggattctggaaagactatggctaaataaaccgtgggcactggtattttactgcttacatacctttattctccttttttaaactgtatggaaagtagatgaatcacgcagggtctcaaaacaatggctaaagttgctttagagatttc
acaagtgtcttgatcagcagtggggaaaatgggagggcatgttgtaggccaattcgtcagcctgttattgttgaagctgctgttcatttggcatcaagagactcgagctcattatcaaagaatgttgccttagaatcgcctacagagcgagtcgatgtggatgcttgcaaaggggtggtttttgcgtggcttgcaaagca
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TCATGGAGACATTTGTTTGGGGGGTATGATCCTTGCACTGAACAGTATTCCAAAATATAATTTCATCTACCTGCAGTACAAGAGGCTCTTCACGCCAATGTTACAAAAATGGTAAAGTGTTTGTTTTCTTGTGCTGGT
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