sp|Q9FLW9|PKP2_ARATH ----> Plastidial pyruvate kinase 2

Intron 1 GTGTATATCG ... AATGGCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.24	16.7	15	63
A2	78.83	24.1	34	82
A3	74.62	27.5	26	78
A4	82.21	14.5	24	65
A5	84.42	8	7	42
A6	85.57	9	5	49
A7	72.78	35.8	30	92
A8	88.49	6.9	12	49
A9	76.72	30	32	91
A10	73.59	28	34	77

>TRINITY_DN109561_c0_g1_i14 from sample A4 / Example spliced isoform

GAACAACCACTACAAGCATGAATCTATAAACTCAGAATCGTGGATATTCGGAAAAAAATTACCAATTTGTTGCACCGGATATGCAATTTATATCCATAAAACTCTTGAAAGCTGCAGTTCATCTCTGATTCACACGCAAAACTCGCAGACTTCCTTTTGTCATTTGTAAATTTAATGTTTATAATTGGTGGCCAACAGCC
ACATCACAGTAGGGTGACCTAACACGTTCTCCCACCCTATATGATATTGTTAACTTCGTGGACTCCGCTGACACAGGCAGTGATGAGTGGATCAAG

>TRINITY_DN109561_c0_g1_i12 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GAACAACCACTACAAGCATGAATCTATAAACTCAGAATCGTGGATATTCGGAAAAAAATTACCAATTTGTTGCACCGGATATGCAATTTATATCCATAAAACTCTTGAAAGCTGCAGTTCATCTCTGATTCACACGCAAAACTCGCAGACTTCCTTTTGTCATTTGTAAATTTAATGTTTATAATTGGTGGCCAACAGCC
ACATCACAGTAGGGTGACCTAACACGTTCTCCCACCCTATATGATATTGTTAACTTCGTGGACTCCGCTGACACAGgtgtatatcgccattaaatctctgctttagggattagtttgggcaaacgcattagtgggtttttcactaacagagtttttcttcaagggaaaatggcgcagGCAGTGATGAGTGGATCAAGGCT
GTGTTACAGTACGAAGACCTGTGCTGCCCAGAAGAAGAATTCAGTGCACGAGCAGCTGAGTTCATCCAGACTGTTATGCGGAAGGATTGGAGTCTTTCAGAGGAAGAAAGTAGAACATGAACGGCTTCAGCAAACGGGGTTTACAATCCATGCTACCAGCGTGCGAACCAAGAGAGTGCCTAGGCCGGGGCACAAGATAT
TTCCAGCATCCCCTGAAGGTCTTGTGGAGGATGGGAAAGACAACTTTACACTTGAGGAAGGTCTACAGGCTGAAGAAAAGTCAGCTGGAATATGGACAAAACCAAGTGTACAGCGAAAGACCAAAATTGTATGCACAATTGGTCCTTCTACAAGCACTCCTGAAATGATACATAAGCTTGCTGAGGAAGGGATGAATGTT
GCTCGTCTGAATATGTCTCACGGAGATCATGCATCTCACAAGAAAGTTATCGACCTTGTGAAAGAATACAATGCTCAATCAGCAGACAATGTCATTGCCATTATGTTGGATACCAAGGGTCCTGAAGTTAGGAGTGGAGATTTACCGCAACCTATAATGCTTGGAAAGGGCCAAGAGTTCATTTTCACAATTAAAAGAGG
AGTGGGGTCAGAAAAATGTGTGAGTGTGAATTATGATGATTTTGTGAATGATGTCGAAAAGGGGGACACACTTCTCGTTGATGGAGGAATGATGTCATTGAGGGTGAAGTCAAAAACATCAGATTCAGTAATTTGTGAGGTCATTGATGGGGGAGAGCTTAAATCACGGCGCCACTTAAATGTTCGTGGGAAAAGTGCCA
CCCTGCCTTCCATAACAGACAAAGATTGGGAGGACATCAAATTCGGAGTGGAAAATAAAGTAGACTTTTATGCTGTTTCATTTGTTAAAGATGCTAAGGTTGTTCATGAATTGAAGGATTACCTTAAAAGTTGTAATTCAGACATACATGTGACTGTGAAGATTGAGAGTGCAGACTCAATACCAAATCTGCATTCAATT
ATTTCTGCGTCTGATGGGGCTATGGTTGCTCGAGGTGATCTTGGAGCCGAGCTTCCCATTGAGGAAGTTCCTTTACTCCAGGAAGATATAATTAGAGTATGTCGCAACATGAGAAAGCCAGTAATAGTGGCAACAAATATGTTGGAGAGCATGATCAACCATCCAACACCAACACGGGCAGAGGTTTCAGATATCGCCAT
TGCTGTACGAGAAGGTGCAGATGCTGTCATGCTCTCAGGAGAAACTGCACATGGAAAATATCCTTTAAAAGCTGTGAAAGTGATGCATACTGTTGCATTACGCACTGAAGCAACAATGTTGGAACAAGAACCTCCTGCTAGCTTTGGTCACATTTCTAAGGAATATATGAGTGAGATGTTTGCTTTTCATTCAACCATGA
TGTCAAATACACTTGGCACATCAATCCTGGTTTTTACAAGAACTGGGTTTATGGCTACCTTGTTGAGCCATTATCGGCCTTTTGGCACAATATTTGCATTTACAAACGAGTATGCTTCATGGCTCTGACCTTGTACTGAGAATTTATGCCAAGTATCATGCAAACGGACTGTTTTTATAATTTCATCTTCTTTCTGAAAA
TTGACAAGTGCCAGTTTTTTAATTTCTGTATTTGCTTGCTCAATCCATCTGTTTAGTGTTTTGAAAATGTAAGTTTGATCAATTCAAGGTTTATTAATATATGGGATTGACTGATCTTGTCAATCATTTGCTTGTGG

Intron 2 GTGTATATCG ... TTTCTTCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.9	25	15	51
A2	58.08	35	34	63
A3	51.83	46	26	73
A4	58.52	28	24	55
A5	54.76	19	7	39
A6	61.04	15	5	42
A7	52.11	51	30	81
A8	75.68	9	12	44
A9	52.2	49	32	75
A10	58.24	38	34	72

>TRINITY_DN131859_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

AATGGAACAACCACTACAAGCATGAATCTATAAACTCAGAATCGTGGATATTCGGAAAAAAATTACCAATTTGTTGCACCGGATATGCAATTTATATCCATAAAACTCTTGAAAGCTGCAGTTCATCTCTGATTCACACGCAAAACTCGCAGACTTCCTTTTGTCATTTGTAAATTTAATGTTTATAATTGGTGGCCAAC
AGCCACATCACAGTAGGGTGACCTAACACGTTCTCCCACCCTATATGATATTGTTAACTTCGTGGACTCCGCTGACACAGGGAAAATGGCGCAGGCAGTGATGAGTGGATCAAGGCTGTGTTACAGTACGAAGACCTGTGCTGCCCAGAAGAAGAATTCAGTGCACGAGCAGCTGAGTTCATCCAGACTGTTATGCGGAA
GGATTGGAGTCTTTCAGAGGAAGAAAGTAGAACATGAACGGCTTCAGCAAACGGGGTTTACAATCCATGCTACCAGCGTGCGAACCAAGAGAGTGCCTAGGCCGGGGCACGAGATATTTCCAGCATCCCCTGAAGGTCTTGTGGAGGATGGGAAAGACAACTTTACACTTGAGGAAGGTCTACAGGCTGAAGAAAAGTCA
GCTGGAATATGGACAAAACCAAGTGTACAGCGAAAGACCAAAATTGTATGCACAATTGGTCCTTCTACAAGCACTCCTGAAATGATACATAAGCTTGCTGAGGAAGGGATGAATGTTGCTCGTCTGAATATGTCTCACGGAGATCATGCATCTCACAAGAAAGTTATCGACCTTGTGAAAGAATACAATGCTCAATCAGC
AGACAATGTCATTGCCATTATGTTGGATACCAAGGGTCCTGAAGTTAGGAGTGGAGATTTACCGCAACCTATAATGCTTGGAAAGGGCCAAGAGTTCATTTTCACAATTAAAAGAGGAGTGGGGTCAGAAAAATGTGTGAGTGTGAATTATGATGATTTTGTGAATGATGTCGAAAAGGGGGACACACTTCTCGTTGATG
GAGGAATGATGTCATTGAGGGTGAAGTCAAAAACATCAGATTCAGTAATTTGTGAGGTCATTGATGGGGGAGAGCTTAAATCACGGCGCCACTTAAATGTTCGTGGGAAAAGTGCCACCCTGCCTTCCATAACAGACAAAGATTGGGAGGACATCAAATTCGGAGTGGAAAATAAAGTAGACTTTTATGCTGTTTCATTT
GTTAAAGATGCTAAGGTTGTTCATGAATTGAAGGATTACCTTAAAAGTAAAATTCTGAAGCAAGCCCTGACCCTTTTAATGTGAAAGTATTCATTGTAGCTGGTCTAAGGGTTGAACAAAGATTATGGAACTGATTATGTATGTTTGAAAACTTTATTAAATTCTGGTGATCAAAGCAAAATACTGTGACTGAATTAACT
ACTTGTAAATATTTGCCAGGTTGTAATTCAGACATTCATGTGACTGTGAAGATTGAGAGTGCAGATTCAATACCAAATCTGCATTCAATTATTTCTGCATCTGATGGGGCTATGGTTGCTCGAGGTGATCTTGGAGCCGAGCTTCCCATTGAGGAAGTTCCTTTACTCCAGGAAGATATAATTAGAGTATGTCGCAACAT
GAGAAAGCCAGTAATAGTGGCAACAAATATGTTGGAGAGCATGATCAACCATCCAACACCAACACGGGCAGAGGTTTCAGATATTGCCATTGCTGTACGAGAAGGTGCAGATGCTGTCATGCTCTCAGGAGAAACTGCACATGGAAAATATCCTTTAAAAGCTGTGAAAGTGATGCATACTGTTGCATTACGCACTGAAG
CAACAATGTTGGAAGAAGAACCTCCTGCTAGCTTTGGTCACATTTCTAAGGAATATATGAGTGAGATGTTTGCTTTTCATTCAACCATGATGTCAAATACACTTGGCACATCAATCCTGGTTTTTACAAGAACTGGGTTTATGGCTACCTTGTTGAGCCATTATCGGCCTTTTGGCACAATATTTGCATTTACAAACGAA
GAAAGAGTGAAACAGAGGCTCGCCCTTTATCGGGGCATAAGACCAATATATATGCCATTCTCCAATGATGCTGAGGAGACGTTTTCTAAGGCTCTGTCACTCTTGCAGAAATTGGACATGTTGAAAGAAGGGGAGCAGGTTGCTCTTGTTCAAAGTGGGAGACAACCCATTTGGCGCTCTGAGTCTACACATCATATCCA
AGTTCGAACAGTTCAAGATTGTACACCTACAAAATAACTTTTCATCTACCATTTGGAATACCTGATAATATCTACTTGATGTCTGAAATGATATTGAGCTCTCAAATTTCTTTGAAGGGGATTTATCCACGTTGACTGATAATTATGAGCAGCACCAGCGATTTTATTTGATTAATAACTCTGCACACGATCAATAATTT
ATCACGATTGCTTGTATTTCTTTGTATCATTAATTTTACAGGCTAAGTTTAAGGAACAGGTATCAAGTTTTATTTTGTAGGATTCTTCTTTTCTTTATTTTATGGCTTGTATTAAACAAAAGCTTTCAAAAAA

>TRINITY_DN131859_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AATGGAACAACCACTACAAGCATGAATCTATAAACTCAGAATCGTGGATATTCGGAAAAAAATTACCAATTTGTTGCACCGGATATGCAATTTATATCCATAAAACTCTTGAAAGCTGCAGTTCATCTCTGATTCACACGCAAAACTCGCAGACTTCCTTTTGTCATTTGTAAATTTAATGTTTATAATTGGTGGCCAAC
AGCCACATCACAGTAGGGTGACCTAACACGTTCTCCCACCCTATATGATATTGTTAACTTCGTGGACTCCGCTGACACAGgtgtatatcgccattaaatctctgctttagggattagtttgggcaaacgcattagtgggtttttcactaacagagtttttcttcaagGGAAAATGGCGCAGGCAGTGATGAGTGGATCAA
GGCTGTGTTACAGTACGAAGACCTGTGCTGCCCAGAAGAAGAATTCAGTGCACGAGCAGCTGAGTTCATCCAGACTGTTATGCGGAAGGATTGGAGTCTTTCAGAGGAAGAAAGTAGAACATGAACGGCTTCAGCAAACGGGGTTTACAATCCATGCTACCAGCGTGCGAACCAAGAGAGTGCCTAGGCCGGGGCACGAG
ATATTTCCAGCATCCCCTGAAGGTCTTGTGGAGGATGGGAAAGACAACTTTACACTTGAGGAAGGTCTACAGGCTGAAGAAAAGTCAGCTGGAATATGGACAAAACCAAGTGTACAGCGAAAGACCAAAATTGTATGCACAATTGGTCCTTCTACAAGCACTCCTGAAATGATACATAAGCTTGCTGAGGAAGGGATGAA
TGTTGCTCGTCTGAATATGTCTCACGGAGATCATGCATCTCACAAGAAAGTTATCGACCTTGTGAAAGAATACAATGCTCAATCAGCAGACAATGTCATTGCCATTATGTTGGATACCAAGGGTCCTGAAGTTAGGAGTGGAGATTTACCGCAACCTATAATGCTTGGAAAGGGCCAAGAGTTCATTTTCACAATTAAAA
GAGGAGTGGGGTCAGAAAAATGTGTGAGTGTGAATTATGATGATTTTGTGAATGATGTCGAAAAGGGGGACACACTTCTCGTTGATGGAGGAATGATGTCATTGAGGGTGAAGTCAAAAACATCAGATTCAGTAATTTGTGAGGTCATTGATGGGGGAGAGCTTAAATCACGGCGCCACTTAAATGTTCGTGGGAAAAGT
GCCACCCTGCCTTCCATAACAGACAAAGATTGGGAGGACATCAAATTCGGAGTGGAAAATAAAGTAGACTTTTATGCTGTTTCATTTGTTAAAGATGCTAAGGTTGTTCATGAATTGAAGGATTACCTTAAAAGTTGTAATTCAGACATTCATGTGACTGTGAAGATTGAGAGTGCAGATTCAATACCAAATCTGCATTC
AATTATTTCTGCATCTGATGGGGCTATGGTTGCTCGAGGTGATCTTGGAGCCGAGCTTCCCATTGAGGAAGTTCCTTTACTCCAGGAAGATATAATTAGAGTATGTCGCAACATGAGAAAGCCAGTAATAGTGGCAACAAATATGTTGGAGAGCATGATCAACCATCCAACACCAACACGGGCAGAGGTTTCAGATATTG
CCATTGCTGTACGAGAAGGTGCAGATGCTGTCATGCTCTCAGGAGAAACTGCACATGGAAAATATCCTTTAAAAGCTGTGAAAGTGATGCATACTGTTGCATTACGCACTGAAGCAACAATGTTGGAAGAAGAACCTCCTGCTAGCTTTGGTCACATTTCTAAGGAATATATGAGTGAGATGTTTGCTTTTCATTCAACC
ATGATGTCAAATACACTTGGCACATCAATCCTGGTTTTTACAAGAACTGGGTTTATGGCTACCTTGTTGAGCCATTATCGGCCTTTTGGCACAATATTTGCATTTACAAACGAAGAAAGAGTGAAACAGAGGCTCGCCCTTTATCGGGGCATAAGACCAATATATATGCCATTCTCCAATGATGCTGAGGAGACGTTTTC
TAAGGCTCTGTCACTCTTGCAGAAATTGGACATGTTGAAAGAAGGGGAGCAGGTTGCTCTTGTTCAAAGTGGGAGACAACCCATTTGGCGCTCTGAGTCTACACATCATATCCAAGTTCGAACAGTTCAAGATTGTACACCTACAAAATAACTTTTCATCTACCATTTGGAATACCTGATAATATCTACTTGATGTCTGA
AATGATATTGAGCTCTCAAATTTCTTTGAAGGGGATTTATCCACGTTGACTGATAATTATGAGCAGCACCAGCGATTTTATTTGATTAATAACTCTGCACACGATCAATAATTTATCACGATTGCTTGTATTTCTTTGTATCATTAATTTTACAGGCTAAGTTTAAGGAACAGGTATCAAGTTTTATTTTGTAGGATTCT
TCTTTTCTTTATTTTATGGCTTGTATTAAACAAAAGCTTTCAAAAAA

Intron 3 GTTATTGCTA ... GATAATTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.45	116	9	7
A2	9.32	73	10	5
A3	7	93	2	12
A4	5.88	64	3	5
A5	4.76	30	0	3
A6	8.01	132	2	21
A7	7.61	261	12	31
A8	6.57	135	0	19
A9	5.03	151	2	14
A10	3.29	147	2	8

>TRINITY_DN44180_c0_g2_i12 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTGAAACACAATGGAACAACCACTACAAGCATGAATCTATAAACTCAGAATCGTGGATATTCGGAAAAAAATTACCAATTTGTTGCACCGGATATGCAATTTATATCCATAAAACTCTTGAAAGCTGCAGTTCATCTCTGATTCACACGCAAAACTCGCAGACTTCCTTTTGTCATTTGTAAATTTAATGTTTATAATT
GGTGGCCAACAGCCACATCACAGTAGGGTGACCTAACACGTTCTCCCACCCTATATGATATTGTTAACTTCGTGGACTCCGCTGACACAGGCAGTGATGAGTGGATCAAGGCTGTGTTACAGTACGAAGACCTGTGCTGCCCAGAAGAAGAATTCAGTGCACGAGCAGCTGAGTTCATCCAGACTGTTATGCGGAAGGAT
TGGAGTCTTTCAGAGGAAGAAAGTAGAACATGAACGGCTTCAGCAAACGGGGTTTACAATCCATGCTACCAGCGTGCGAACCAAGAGAGTGCCTAGGCCGGGGCACGAGATATTTCCAGCATCCCCTGAAGGTCTTGTGGAGGATGGGAAAGACAACTTTACACTTGAGGAAGGTCTACAGGCTGAAGAAAAGTCAGCTG
GAATATGGACAAAACCAAGTGTACAGCGAAAGACCAAAATTGTATGCACAATTGGTCCTTCTACAAGCACTCCTGAAATGATACATAAGCTTGCTGAGGAAGGGATGAATGTTGCTCGTCTGAATATGTCTCACGGAGATCATGCATCTCACAAGAAAGTTATCGACCTTGTGAAAGAATACAATGCTCAATCAGCAGAC
AATGTCATTGCCATTATGTTGGATACCAAGGGTCCTGAAGTTAGGAGTGGAGATTTACCGCAACCTATAATGCTTGGAAAGGGCCAAGAGTTCATTTTCACAATTAAAAGAGGAGTGGGGTCAGAAAAATGTGTGAGTGTGAATTATGATGATTTTGTGAATGATGTCGAAAAGGGGGACACACTTCTCGTTGATGGAGG
AATGATGTCATTGATGGTGAAGTCAAAAACATCAGATTCAGTAATTTGTGAGGTCATTGATGGGGGAGAGCTTAAATCACGGCGCCACTTAAATGTTCGTGGGAAAAGTGCCACCCTGCCTTCCATAACAGACAAAGATTGGGAGGACATCAAATTCGGAGTGGAAAATAAAGTAGACTTTTATGCTGTTTCATTTGTTA
AAGATGCTAAGGTTGTTCATGAATTGAAGGATTACCTTAAAAGTTGTAATTCAGACATTCATGTGACTGTGAAGATTGAGAGTGCAGATTCAATACCAAATCTGCATTCAATTATTTCTGCGTCTGATGGGGCTATGGTTGCTCGAGGTGATCTTGGAGCCGAGCTTCCCATTGAGGAAGTTCCTTTACTCCAGGAAGAT
ATAATTAGAGTATGTCGCAACATGAGAAAGCCAGTAATAGTGGCAACAAATATGTTGGAGAGCATGATCAACCATCCAACACCAACACGGGCAGAGGTTTCAGATATCGCCATTGCTGTACGAGAAGGTGCAGATGCTGTCATGCTCTCAGGAGAAACTGCACATGGAAAATATCCTTTAAAAGCTGTGAAAGTGATGCA
TACTGTTGCATTACGCACTGAAGCAACAATGTTGGAAGAAGAACCTCCTGCTAGCTTTGGTCGCACTTCTCAGGAACACATGAGTGAGATGTTTGCTTTTCATGCAACCATGATGTCAAACACGCTTGGAACATCGATTGTGGTTTTTACAAGAACTGGGTTTATGGCTACTTTGTTGAGCCATTATCGGCCTTTTGGCA
CGATATTTGCATTTACAAACCAAGAAAGAGTGAAACAGAGACTTGCCCTTTCTCGGGGCATAAGACCAATATATATGCCATTCTCCAATGATGCCGAGGAGACATTTTCAAAGGCTCTGTCACTCTTGCAGAAGTTGGGCATGTTGAAAGAAGGGGAGCAGGTTGCTCTTGTTCAAAGTGGGAGGCAACCTATTTGGCGC
TCTGAGTCTACACATCATATCCAAGTTCGAACAGTTCAAGATTAAGTTGGGTGTGTTGAAAGAAGGGGAGCAGGTTGCTCTTGTTCAAAGTGCGAGGCAACCTATTTGGTGCTCTGAGTATACACATCATATCGAAGTTCGAACAGTTCAAGATTGTATACCTACAAAATAACTTTTCATCTACCATTTGGAATACCTGA
TAATATCTACTTGAAATATGAAATGATATTGAGTTCTCAAATTTGTTTGAAGGGAATTCACCCATGTTGACTGATAATAATGAGCTGCATCAGCAATTTTATTTGATTAATAACCCTGAGCACGATCAATAATTTGTCACTATTGATTGCTAAGTTTAAGGAACAGGTAACAAGTTCTATTTTATAGAATTCTTCTTTTC
TTTATTTTATAGTTTGTATCAACAAAAGCCTTCAAAATTCGTACATATCATTTATGAATTTGTAGCTATCATATTTTCTCAGATTTTCAGAGGAAGTAATCAAATATGACATTGTCTATTTAGCACATACAGATTACTGGTGTCAAATCATGTCTTGATTCTAAGGACATGATTATGCAGTTACTGCAACATCCCTATTG
TCATTTATACATTTCAAGTTTTTAGAATATTTG

>TRINITY_DN44180_c0_g2_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGTGAAGTCAAAAACATCAGATTCAGTAATTTGTGAGGTCATTGATGGGGGAGAGCTTAAATCACGGCGCCACTTAAATGTTCGTGGGAAAAGTGCCACCCTGCCTTCCATAACAGgttattgctaagattatttatctaactcaagaactcacgatttcaatgataattaagACAAAGATTGGGAGGACATCAAATTCG
GAGTGGAAAATAAAGTAGACTTTTATGCTGTTTCATTTGTTAAAGATGCTAAGGTTGTTCATGAATTGAAGGATTACCTTAAAAGTTGTAATTCAGACATTCATGTGACTGTGAAGATTGAGAGTGCAGATTCAATACCAAATCTGCATTCAATTATTTCTGCGTCTGATGGGGCTATGGTTGCTCGAGGTGATCTTGGA
GCCGAGCTTCCCATTGAGGAAGTTCCTTTACTCCAGGAAGATATAATTAGAGT

Intron 4 GTAAAATTCT ... TATTTGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.67	96	6.4	25
A2	14.21	78	2.9	12.9
A3	16.59	68.1	7.4	13.6
A4	13.47	70.6	4.2	11
A5	17.1	33.9	1.8	7
A6	7.9	143.9	3.6	12.4
A7	9.11	239.5	10.7	24
A8	10.52	189.7	5.5	22.3
A9	9.61	193.6	2.8	20.6
A10	9.58	160.5	3.2	17

>TRINITY_DN131859_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

AATGGAACAACCACTACAAGCATGAATCTATAAACTCAGAATCGTGGATATTCGGAAAAAAATTACCAATTTGTTGCACCGGATATGCAATTTATATCCATAAAACTCTTGAAAGCTGCAGTTCATCTCTGATTCACACGCAAAACTCGCAGACTTCCTTTTGTCATTTGTAAATTTAATGTTTATAATTGGTGGCCAAC
AGCCACATCACAGTAGGGTGACCTAACACGTTCTCCCACCCTATATGATATTGTTAACTTCGTGGACTCCGCTGACACAGGTGTATATCGCCATTAAATCTCTGCTTTAGGGATTAGTTTGGGCAAACGCATTAGTGGGTTTTTCACTAACAGAGTTTTTCTTCAAGGGAAAATGGCGCAGGCAGTGATGAGTGGATCAA
GGCTGTGTTACAGTACGAAGACCTGTGCTGCCCAGAAGAAGAATTCAGTGCACGAGCAGCTGAGTTCATCCAGACTGTTATGCGGAAGGATTGGAGTCTTTCAGAGGAAGAAAGTAGAACATGAACGGCTTCAGCAAACGGGGTTTACAATCCATGCTACCAGCGTGCGAACCAAGAGAGTGCCTAGGCCGGGGCACGAG
ATATTTCCAGCATCCCCTGAAGGTCTTGTGGAGGATGGGAAAGACAACTTTACACTTGAGGAAGGTCTACAGGCTGAAGAAAAGTCAGCTGGAATATGGACAAAACCAAGTGTACAGCGAAAGACCAAAATTGTATGCACAATTGGTCCTTCTACAAGCACTCCTGAAATGATACATAAGCTTGCTGAGGAAGGGATGAA
TGTTGCTCGTCTGAATATGTCTCACGGAGATCATGCATCTCACAAGAAAGTTATCGACCTTGTGAAAGAATACAATGCTCAATCAGCAGACAATGTCATTGCCATTATGTTGGATACCAAGGGTCCTGAAGTTAGGAGTGGAGATTTACCGCAACCTATAATGCTTGGAAAGGGCCAAGAGTTCATTTTCACAATTAAAA
GAGGAGTGGGGTCAGAAAAATGTGTGAGTGTGAATTATGATGATTTTGTGAATGATGTCGAAAAGGGGGACACACTTCTCGTTGATGGAGGAATGATGTCATTGAGGGTGAAGTCAAAAACATCAGATTCAGTAATTTGTGAGGTCATTGATGGGGGAGAGCTTAAATCACGGCGCCACTTAAATGTTCGTGGGAAAAGT
GCCACCCTGCCTTCCATAACAGACAAAGATTGGGAGGACATCAAATTCGGAGTGGAAAATAAAGTAGACTTTTATGCTGTTTCATTTGTTAAAGATGCTAAGGTTGTTCATGAATTGAAGGATTACCTTAAAAGTTGTAATTCAGACATTCATGTGACTGTGAAGATTGAGAGTGCAGATTCAATACCAAATCTGCATTC
AATTATTTCTGCATCTGATGGGGCTATGGTTGCTCGAGGTGATCTTGGAGCCGAGCTTCCCATTGAGGAAGTTCCTTTACTCCAGGAAGATATAATTAGAGTATGTCGCAACATGAGAAAGCCAGTAATAGTGGCAACAAATATGTTGGAGAGCATGATCAACCATCCAACACCAACACGGGCAGAGGTTTCAGATATTG
CCATTGCTGTACGAGAAGGTGCAGATGCTGTCATGCTCTCAGGAGAAACTGCACATGGAAAATATCCTTTAAAAGCTGTGAAAGTGATGCATACTGTTGCATTACGCACTGAAGCAACAATGTTGGAAGAAGAACCTCCTGCTAGCTTTGGTCACATTTCTAAGGAATATATGAGTGAGATGTTTGCTTTTCATTCAACC
ATGATGTCAAATACACTTGGCACATCAATCCTGGTTTTTACAAGAACTGGGTTTATGGCTACCTTGTTGAGCCATTATCGGCCTTTTGGCACAATATTTGCATTTACAAACGAAGAAAGAGTGAAACAGAGGCTCGCCCTTTATCGGGGCATAAGACCAATATATATGCCATTCTCCAATGATGCTGAGGAGACGTTTTC
TAAGGCTCTGTCACTCTTGCAGAAATTGGACATGTTGAAAGAAGGGGAGCAGGTTGCTCTTGTTCAAAGTGGGAGACAACCCATTTGGCGCTCTGAGTCTACACATCATATCCAAGTTCGAACAGTTCAAGATTGTACACCTACAAAATAACTTTTCATCTACCATTTGGAATACCTGATAATATCTACTTGATGTCTGA
AATGATATTGAGCTCTCAAATTTCTTTGAAGGGGATTTATCCACGTTGACTGATAATTATGAGCAGCACCAGCGATTTTATTTGATTAATAACTCTGCACACGATCAATAATTTATCACGATTGCTTGTATTTCTTTGTATCATTAATTTTACAGGCTAAGTTTAAGGAACAGGTATCAAGTTTTATTTTGTAGGATTCT
TCTTTTCTTTATTTTATGGCTTGTATTAAACAAAAGCTTTCAAAAAA

>TRINITY_DN131859_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGCAATTATCTGCTTGTTTCTCCCCTAAAATTCATCTCCTTATCAATTTTTATGGATTGGTGGAAAATTTTCTTATTCATAAGTAATGTCATGTTTGTCATTCTTGAAAAATGTATAGATGTTTTAGGTAATTCATTTCCTGAGTTGTAATATCCGATTCACAATCTTATATAACTCGCTATTGTGAGGTCTGATTGTTG
TTCTCTTTTATTTATTGCAGACAAAGATTGGGAGGACATCAAATTCGGAGTGGAAAATAAAGTAGACTTTTATGCTGTTTCATTTGTTAAAGATGCTAAGGTTGTTCATGAATTGAAGGATTACCTTAAAAgtaaaattctgaagcaagccctgacccttttaatgtgaaagtattcattgtagctggtctaagggttga
acaaagattatggaactgattatgtatgtttgaaaactttattaaattctggtgatcaaagcaaaatactgtgactgaattaactacttgtaaatatttgccagGTTGTAATTCAGACATTCATGTGACTGTGAAGATTGAGAGTGCAGATTCAATACCAAATCTGCATTCAATTATTTCTGCATCTGATGGGGCTATGG
TTGCTCGAGGTGATCTTGGAGCCGAGCTTCCCATTGAGGAAGTTCCTTTACTCCAGGAAGATATAATTAGAGTATGTCGCAACATGAGAAAGCCAGTAATAGTGGCAACAAATATGTTGGAGAGCATGATCAACCATCCAACACCAACACGGGCAGAGGTTTCAGATATTGCCATTGCTGTACGAGAAGGTGCAGATGCT
GTCATGCTCTCAGGAGAAACTGCACATGGAAA