sp|C0LGH8|Y1634_ARATH ----> Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g63430


Intron 1 GTCAGTCTCT ... TTACTAGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A125.16582217
A223.18581916
A327.27522811
A420.25631616
A524.53401610
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A824.491484650
A922.331604547
A1021.411344726



>TRINITY_DN103333_c5_g1_i20 from sample A4 / Example spliced isoform
ATCCGATTCGATTTCATACCTTGGTACTGACTCCTCTTGACGTCAATTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCGTTCGAAGCCCATAAACTCCGCTGCAACGGCACGGCAATGCATTTCTTTATTCTTGTTCCTTGTTCTTGTTTGTTTACTTCACTTACTGACAGTGGAAGTATTTTTCTTTTGGAGTAGTAAGCCTGCAGAA
TCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAG
TTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAGGCATTGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGA
AGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCAAGCCCTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTT
CCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAAATTTGTCAAGCATTGCCAGAATCTTCTTGGAGGGCAATAATTTGACAGGTAGCATACCTCCAGAA
CTTGGGGATTTGGAGAAACTTGAAGAATTGCGTCTGCAGGGTAACAGGCTGCAAGGAACTATTCCTGGCGACAGTCAATCAATGAATGTGACTCCAAATCTTCAAGGACCGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAAT
TCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAGGAGCAGTGCGGATATAATGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCACACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGC
TAGTACCTCTTGAAATTATTATGGGAAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAACACAGAACCAATGCTACCATAATAATTCCTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAACAAAAGGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTT
GAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATGCGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCATTTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAA
ATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTT
CGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAGTTGGCAGACTTTGAGATATGGAAAACCATATTTGCAAAGAATGAAAGGAGGTCAATCTTCAAGGGCAGTGCAACCGCGGCTCGTGATTCTGTAGAATCCTCAGAGAGAGATGCAACAGATATTGAATTGAACTTGTTTAGCTTTGGAGTG
CTGCTACTGGAGATTATCACTGGGCGATTTCCATATTCCAAGGACCAGGGATCCTTGCTTGACTGGGCACAAGAATATCTGGAGGTCCCTGAAGTCATTTCGTACTTGGTTGATCCTTCACTCAGGCATTTTCGTTACGGTGACCTCCAAACAGTTTGTGAGGTGGTGAGGCTCTGCATTAAAGCTGACCATACAAAGAG
ACCATCCATGAATCAGATCGTTAGTCTGCTTGAAGCTGGTATTAACCCATCATATGAGACTGCAGATCTAAAAGAGTCTCCCTTGGTGTGGGCAGAGGTCACACTTCTATCCTAATTGTATATGAGGGAAGCTGATACGCTTATTTTCTTACCCTAATTTTTGTTCAAAGCGAAGTTATATGCTTACTTTGACATCAGTT
TACTGTACATCTACATTTTCCTTCTGTTAACAGAAGCGAATGCATAGACTAGGTCATAATTTGCCTGGCATCATGATAATCCATGTGCCCCTCTCATATATAATTGTATCATACCTGGAGGTTGGAGCTTCCATTTCTCACCCTCTTTCTAATACCGAAATTCTTTCATTGATTGATTCAATGCAGTTATCTCTTCCAAG
GTAAGGAAGATTGTACAAAGATAAGTATAATTACTCCTTATGTTCTCCAGACCAGACACATCATCATCATTTTTTGTCTTCTGTATGAAACCAAAATGTTCGCGATAGGCAGTTTACCGTTTACCATGGAGTCCATCTTCTGTGGACATTGTGTCAATTTTCAAATTGGCTTTTAATCAAGATATATACCCAACATGTAT
GTTGAATAAAACCCAACATATATTGTGAATGTCATTTTCAAATCGATCTGTTATGTAATAAAGGACTGTCTATTATTGCCCCTGCCTTTGGCAGATGACTATGAAATGAGCTCGACTT


>TRINITY_DN103333_c5_g1_i11 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CCTGGGTAATGGATATGATTAATATTGAAAATTGAAACTATGTGGCCTATTTTGCGTAAATTTGCATTTCTTATATTCGTAAATGAAATACTGGGCTTTATAGAGGGTAGAGGAAATGACCTGAACTACTGGGTTTTATAGAGGGTACAGCAAATAATCTTTCTTACATTAATTATGGACCTCCCACAATTTTCTGTCGA
TAAACTCAGAGAAGTATTTATTACCAAAGTCTAGTTTTAACTTCACTACAACGAATAATAACATTCTCGTAATTTCTCTTCAGGATATAATGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCACACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGCTAGTACCTCTTGAAA
TTATTATGGGAAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAACACAGAACCAATGCTACCATAATAATTCCTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAACAAAAGGCATTGATCACAGgtcagtctcttatttcaaaaaatctctactttttccatgttcccaggattttcttttgtatc
ggataagagtagcaaacagtgaaggctttctatacaaatggcacgagacattatcttttatagtaaatggaaggaaacttgaaaaaatagctcttcgaatttaaatttagcaacttaaagattttttattaaaaaacgtcatataatatgatgcttttcttgggaagaagagggttttaaaattttcgtcagaatattta
aatatgtaaaggcattttcggtttcttgttcggggtaaactgcatcaacctgatgatgggccacgctagatggctagaaacgttgacttaaatatctacaattcagtttatccggaacaagaaacgaaaactgattccaacatcaggagtcttagaaatgataatataagatatatatagcatcaattgaagtgtaaaag
atctgcataggctaagacacacaatctgtaaagaatggaacgaaaagatgtgtggagtctggagataacttgaactcatggataatttttctttggtgtgcaaattcatgtaacgtggaagtggcaaggtacctacaaactgtaatagtgaaactaattctcttaaatttcaattactagcagATGTTGGAGCAATCAAC
GGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATGCGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCATTTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGGTAATAATTTG
ACATTGATCAAAATGTTTTCATGTAATATTTTATGTTCTGGTCTTTCCTTGCAGGCATAGTTTGTGAATGTGTTCTCTAACTTGAACCCATGCCGAGAATATCTTCAGAAATAGTATACTAGGGACTTCACATCTTTCCCCTTTCTTGACATGCCTTCCGGATGCTCTATTGCATTAGACCGACCTGCTAGCGTCTTGTC
GTTATTACAGGGATTATACACTATAACTGTTGCCATCTATGACTTGGGTATTGACCTCAGATTGTTATGATGTCTTTGGATACTAGCCTAAGATTTCAATATTACTTTCCAAGTTTACATTTTCTGGACCATGCTCCAGGAAGGTACCGGTAACTTGGGGTCATTCCCGTTCCAAATCGCAC



Intron 2 GTATAATGTA ... GTCTGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A157.216681.386
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A349.9158.347.559.3
A454.425458.863
A546.941813.317.5
A655.6263.87081.5
A756.3872.568.396
A861.2641.85267.5
A954.7269.566.585.8
A1059.1587.3105124.3



>TRINITY_DN126592_c9_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
CTTCTTGGAGGGCAATAATTTGACAGGTAGCATACCTCCAGAACTTGGGGATTTGGAGAAACTTGAAGAATTGCGTCTGCAGGGTAACAGGCTGCAAGGAACTATTCCTGGCGACAGTCAATCAATGAATGTGACTCCAAATCTTCAAGGACCTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTG
GAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTAC


>TRINITY_DN126592_c9_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATA
ATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTACGTCAATTGACGACGATCCGATTCGATTTCATACCTTGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGA
TGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATT
GAGATAAAGACGATGAAGGCATTGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCC
TTATGGAGCTTCTGTTCAAGCCCTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCA
TTCCCAATGAAATTGGAAATTTGTCAAGCATTGCCAGAATCTTCTTGGAGGGCAATAATTTGACAGGTAGCATACCTCCAGAACTTGGGGATTTGGAGAAACTTGAAGAATTGCGTCTGCAGGGTAACAGGCTGCAAGGAACTATTCCTGGCGACAGTCAATCAATGAATGTGACTCCAAATCTTCAAGGACCgtataat
gtacagggaagaaaatctggtctgtgcagTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTAC



Intron 3 GTGAGTCTCT ... TGTTTTCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A118.56136031
A217.1487018
A319.01115027
A419.5199024
A514.295419
A618.68296068
A719.4349184
A821.794021112
A918.86370186
A1021.58338093



>TRINITY_DN103333_c5_g1_i20 from sample A4 / Example spliced isoform
ATCCGATTCGATTTCATACCTTGGTACTGACTCCTCTTGACGTCAATTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCGTTCGAAGCCCATAAACTCCGCTGCAACGGCACGGCAATGCATTTCTTTATTCTTGTTCCTTGTTCTTGTTTGTTTACTTCACTTACTGACAGTGGAAGTATTTTTCTTTTGGAGTAGTAAGCCTGCAGAA
TCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAG
TTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAGGCATTGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGA
AGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCAAGCCCTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTT
CCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAAATTTGTCAAGCATTGCCAGAATCTTCTTGGAGGGCAATAATTTGACAGGTAGCATACCTCCAGAA
CTTGGGGATTTGGAGAAACTTGAAGAATTGCGTCTGCAGGGTAACAGGCTGCAAGGAACTATTCCTGGCGACAGTCAATCAATGAATGTGACTCCAAATCTTCAAGGACCGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAAT
TCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAGGAGCAGTGCGGATATAATGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCACACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGC
TAGTACCTCTTGAAATTATTATGGGAAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAACACAGAACCAATGCTACCATAATAATTCCTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAACAAAAGGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTT
GAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATGCGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCATTTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAA
ATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTT
CGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAGTTGGCAGACTTTGAGATATGGAAAACCATATTTGCAAAGAATGAAAGGAGGTCAATCTTCAAGGGCAGTGCAACCGCGGCTCGTGATTCTGTAGAATCCTCAGAGAGAGATGCAACAGATATTGAATTGAACTTGTTTAGCTTTGGAGTG
CTGCTACTGGAGATTATCACTGGGCGATTTCCATATTCCAAGGACCAGGGATCCTTGCTTGACTGGGCACAAGAATATCTGGAGGTCCCTGAAGTCATTTCGTACTTGGTTGATCCTTCACTCAGGCATTTTCGTTACGGTGACCTCCAAACAGTTTGTGAGGTGGTGAGGCTCTGCATTAAAGCTGACCATACAAAGAG
ACCATCCATGAATCAGATCGTTAGTCTGCTTGAAGCTGGTATTAACCCATCATATGAGACTGCAGATCTAAAAGAGTCTCCCTTGGTGTGGGCAGAGGTCACACTTCTATCCTAATTGTATATGAGGGAAGCTGATACGCTTATTTTCTTACCCTAATTTTTGTTCAAAGCGAAGTTATATGCTTACTTTGACATCAGTT
TACTGTACATCTACATTTTCCTTCTGTTAACAGAAGCGAATGCATAGACTAGGTCATAATTTGCCTGGCATCATGATAATCCATGTGCCCCTCTCATATATAATTGTATCATACCTGGAGGTTGGAGCTTCCATTTCTCACCCTCTTTCTAATACCGAAATTCTTTCATTGATTGATTCAATGCAGTTATCTCTTCCAAG
GTAAGGAAGATTGTACAAAGATAAGTATAATTACTCCTTATGTTCTCCAGACCAGACACATCATCATCATTTTTTGTCTTCTGTATGAAACCAAAATGTTCGCGATAGGCAGTTTACCGTTTACCATGGAGTCCATCTTCTGTGGACATTGTGTCAATTTTCAAATTGGCTTTTAATCAAGATATATACCCAACATGTAT
GTTGAATAAAACCCAACATATATTGTGAATGTCATTTTCAAATCGATCTGTTATGTAATAAAGGACTGTCTATTATTGCCCCTGCCTTTGGCAGATGACTATGAAATGAGCTCGACTT


>TRINITY_DN103333_c5_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GACACTGTACGAGCATCTTCATTgtgagtctcttataatgtcatcttatgcaattggttaagtgcatctcacattcaaaggctttgattaagattttgagaggtcacttgactattgttattgttttccagATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGC
AGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAGTTGGCAGACTTTGAGATATGGAAAACCATATTTGCAAAGAATGAAAGGAGGTCAATCTTCAAGGGCAGTGCAACCGCGGCTCGTGATTCTGTAGAATCCTCAGAGAGAGAT
GCAACAGATATTGAATTGAACTTGTTTAGCTTTGGAGTGCTGCTACTGGAGATTATCACTGGGCGATTTCCATATTCCAAGGACCAGGGATCCTTGCTTGACTGGGCACAAGAATATCTGGAGGTCCCTGAAGTCATTTCGTACTTGGTTGATCCTTCACTCAGGCATTTTCGTTACGGTGACCTCCAAACAGTTTGTGA
GGTGGTGAGGCTCTGCATTAAAGCTGACCATACAAAGAGACCATCCATGAATCAGATCGTTAGTCTGCTTGAAGCTGGTATTAACCCATCATATGAGACTGCAGATCTAAAAGAGTCTCCCTTGGTGTGGGCAGAGGTCACACTTCTATCCTAATTGTATATGAGGGAAGCTGATACGCTTATTTTCTTACCCTAATTTT
TGTTCAAAGCGAAGTTATATGCTTACTTTGACATCAGTTTACTGTACATCTACATTTTCCTTCTGTTAACAGAAGCGAATGCATAGACTAGGTCATAATTTGCCTGGCATCATGATAATCCATGTGCCCCTCTCATATATAATTGTATCATACCTGGAGGTTGGAGCTTCCATTTCTCACCCTCTTTCTAATACCGAAAT
TCTTTCATTGATTGATTCAATGCAGTTATCTCTTCCAAGGTAAGGAAGATTGTACAAAGATAAGTATAATTACTCCTTATGTTCTCCAGACCAGACACATCATCATCATTTTTTGTCTTCTGTATGAAACCAAAATGTTCGCGATAGGCAGTTTACCGTTTACCATGGAGTCCATCTTCTGTGGACATTGTGTCAATTTT
CAAATTGGCTTTTAATCAAGATATATACCCAACATGTATGTTGAATAAAACCCAACATATATTGTGAATGTCATTTTCAAATCGATCTGTTATGTAATAAAGGACTGTCTATTATTGCCCCTGCCTTTGGCAGATGACTATGAAATGAGCTCGACTT



Intron 4 GTAATATTAC ... TGGAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A115.58125.622.523.9
A211.1598.514.810
A315.5211612.131.1
A416.04103.918.121.5
A59.94394.73.9
A610.83146.713.722.3
A716.31177.12247.6
A823.8913543.341.1
A914.07139.916.329.7
A1011.62210.930.625.2



>TRINITY_DN113359_c5_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoform
GCCTCACCAACTCTCCAAGGCGCGCCCCAAGAATGATGAGAAGACGAGGCCGGCCGACATCTTTCCACGACATCGTTAACGTTTTCCTGTACTTTGCAGAGAAGGGAGCGCAAGCGAGATTCGAACCCTCTCCCTCCCTGTCGCCGTGCGCCGTAACGGACTTAACAACTCAGCTCGACAATGTCGGACGGACTGGCCGT
GAATGTATTTCAATCCCGTTACTAACTAATTCTCTCCGTCTATTCTACTCGGAAGCGACAGATGCCGTTAGACGGCGCCTACTGCCGACGCCGTCTTATTTATAATTCTCCTTAGATACGTATACATATACGTATAGTACAACTGACGGTAGTGGCCAAGTTCCCGACATTATCATACGAGGGAGCCCAGCTGTTCGGAC
TTCGTTTTTACGTCAATTGACGACGATCCGATTCGATTTCATACCTTGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCG
CTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAGGCAT
TGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCAAGCC
CTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAAATTT
GTCAAGCATTGCCAGAATCTTCTTGGAGGGCAATAATTTGACAGGTAGCATACCTCCAGAACTTGGGGATTTGGAGAAACTTGAAGAATTGCGTCTGCAGGGTAACAGGCTGCAAGGAACTATTCCTGGCGACAGTCAATCAATGAATGTGACTCCAAATCTTCAAGGACCGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCTGGTC
TGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAGGAGCAGTGCGGTTTTCAATTCCTCTTTCTTATCCGGCAACAAAGAATAGGA
GAGCCTTGGAGAAATTGTGCTCAGGACCAGGCCATGAATCAGATCTAGGTTTTTGAAGCTGGTTTGATAGTCTGGCTTTGGTTTGAAATATTTGGCAGCTCCCATGGCCATTCCGAATGATGTGGAATATGTGAGAATTCAGACTTGCTAGCGGAGTCTAGAAGTGTGTGAGGCATGTTGGGGAGACTCAATAATTTTTT
TTGTTATATGTTCAGAAATGGGAATGATGGAGGAAAGAATGGGAAAGAAGAAATGTAATGGAGGTTCAAGCTATTACAACTTAACCCCTCACCTTCTATGCCAAAGCCTTGATTCACGAAGTGAAGACTTAATGGTAACTCGGAGAGGAGGGCCATTGTCACCTCACCATTCGCCTCCCACTCTTTAGGTTATCTATTAT
CTAATTCAAGGGGGGGTCCCTATTGGAAATTCCACTAGAAAGACACTTCAACGCATTTTAGAAATTTCATCTTCTTTCTAAAAGGTTCCACGGGTCTTAACCCCAAAATTTTCTTCCCTAGGCCTGCTGTAAATTATAGTACAAAACAGCTGTAGAAGAAGTACAATAATTCACTTTCAAACATCCATAAAATTCTTGGC
AATAAAAGAGAAAAGACACCAACCAATGAGAAGTTTTCAGTCCTTCTAGGGAAT


>TRINITY_DN113359_c5_g1_i20 from sample A3 / Example unspliced isoform:
AAGCATTGCCAGAATTGTTTATGAATATCCCATGTTAGGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGgtaatattacaactctaatttccattaattgtcatgtagagctat
tgtcatttatattaaaagaaatttatttatccattgattttcattcatttctgagcgaactatctcttgataactctaaactgttggaatgcagATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAGGAGCAGTGCGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGT
CGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATGCGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCATTTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGG
AAACATTGTCAAATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTC
CTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAG



Intron 5 GTATAGGCAT ... GACTGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.279616.726
A225.6875.118.326
A315.69222.217
A4198522.220
A519.1338.19.29
A619.33267.254.264
A717.44309.270.965.3
A820.5937876.398
A921.58247.244.868
A1018.24207.661.446.3



>TRINITY_DN117359_c0_g1_i19 from sample A2 / Example spliced isoform
GGGCTTTGGTTTGTTGCTCAACAACTTGGTTCTTCAAGCTTGAAGAAGTAGAAGATGAAGTGCAACAAAGTGACAATTGAGAAGCTTTACCAAGTCCTGACTAGTTTCATTGAATAGTTTAAGGAGAGAGAGGTGAGGAACAATCATATGTGTGCCATGTTTGAAGAAAAACCACTTAGTATCTTGAAGAATACCTGCAC
AAAACACTTCAAGGGCCAGCAAGGCACACTAGTGAATCTGTATTTTGCTTACATGTTTACACTTTATACCATCTCTTTTTTGTTTATAATCAGACTGCTACGCTAGGATTGTGTAATAGGATAGTAGCATCCATGTTTTGATATGGTAGTATATGTAATCATTATATCTTTGGACTTGTCTATAAGTCCTAGTTTTGGTG
AAGAACTAGATATATATTGAATGCTCTTTTCCAGGGAGCTATATATATAAATATTTTTTACCTGCTTAAAATAGATAAATAAAATCTATCAACTGCAACTCCAAAGGTGAGATATCTAGGATGTGTTCAATTGAAGTTATAGAAGCAATTTTATTTGTAAAATAAGTCAAATGAAAAAGAGTAACTATCGCATAATTGAA
AGTGTTACCTCCCAAAGCTGCACTTCAAATGTTACAGAGTCCTTTAACAAATTGCAACCCAAGGGGCACTTGGAAGATTTCCCATTGTCATCTCGGCAACTCGTGATCCACTCTCTTAAGGCTGGTTCTTTTCCTACACAAGGGGGAAACCTAGAAAAGATTACCAAGACCAATGCCTATCCAATTGGGTTATGGAGTCA
ATACCAATGAACAAGAGGGCTTGAATTTGATAAAGGGGCATAGTTAGGCTATTAACAATATGCTCTAACCAATCACATAGGTCTTTTCAATATTCACAAATTAAAAGGAGGGCCCTTTCAAAGCTGAACCTTACAACAATTATGAAACAGCCAAATATAACATGCAACCATGAACAAGAAAAGGGACAGCAACAGCCTCT
TAGGATGCAGAAATGTAGCATCAATACTCATCAAGTGAACAATTACAACAAGAGGTAAGGAGGGTTACAACACAAATATCTCATCTTAATAGAGCAGTTTGTACTTTGTAAGCGTAATTCCAACCATCAAATCAACTCACGGAAAGTACAAAAAAAAGATGAAAACCTCAACTTGAACTTGTCCTTCTTCAGTCCTCGCA
AAATATGTTCAAGGAAGTACTTGTCGGGAACTCTATATCTTCCAACTATGCCTGTTGCAAAGACCAATACTCTTTATTTACAGGCCTCCATCCTTGGTAAACCTAAACTAGGGATGAGCACTTTTAGGTTTTAAAAGTGAGAAAGTGCTATTTTGAAGCTAGAAGTTTGTCCTCCTACCAAGGGACCCCTTTTATGTGTT
TTAGGGTTCTTCAAACCCTAATGCACTTCCATGTGACTTTGAGGGCTATCTAACCTTGGTGTTCTTCTCCTTGAGTGAATATTATGCCTTTTTTTATTTTTCCTTACCCCTTATATGTCTATTTGTGACTTGGGGATCATTTCCCCTTTTGAATAGGTCATTATGCCACTTGTCATCTTTCTATTCCATGAGATCCTCTT
AAGTATGCATTTATTATTTGTTTGAGGGTTGAACCATGTCAACAATGCCACATGGCATATGCTCATGCCAAGGACTCTACTCCAAATTTGTAGCAATTCCTTGAGTAAAGTGCCCTTACCCCAAATACCTCATAGGTGAAATATGCCTCTGAGTATGTGAAATATGACTCGAATAATGTATAATGCCCCATGGGACATCT
TCATGGTGAAATACGCCTCCAAATATGTGGAAGCTCCTCCATTAGGGTTATTTCACCCCCTTCTTGCCAAGTGTCATGTTGTAGCAGCCTCCTTGAAGAGAGCATTCTACATTAACTAGTCCTTTGACTGTGCCAAGTGCAGTTTTAGTGTCAGATGGCACCTTTACAAGTAGGTATTTTCTCCATTGGACCTTGTTTGA
CCCCTAACTTGTCATAAGTTGTGCCTTAGACATTTCCCAAGGTAGGGAGTGCTTAATCTAGGTCCCTTCAAGCTTACATCATCCATCCATGGTCCTGGGACTCTAGATACCACCCATGTGTAGGACACTCCAACAAAGATGCAACCAAGTAGTGATACTTACCTCCAAGTTGCAACCTATAACTATATCCAAGGATTCTC
TACTGTGTTAGTGAGAACTAGAGTAGAGTCCATGAAAATTGAAAATGAGCCATGCATTTTCAAGCAGTGACAAAAAGTATGATCTGCAACAAAATAACAAAAATAATTTCTGAGCTGGTAAAGGATAGGTGATTTCAAGAACTATTGTGCAAGTAGGATGTAGAATATCTATATATTCAAGTAGTCTCCAATATGTTTGT
AATATAAGGTCAATTTCAAAAAATAGTTTATAGATGTTAAGATTGTAGCTTTGAAAATGCCATCCATGGGAACTACCGAAGGTGGTGTAAAATTGCACAGTTTATAATGGGGGCTCTATGATTAATCTGTTGAATTATCATCAATTGGAATCCAGTTAATCTTGGATTAGGTTATTTTTCCAAAAATTTAACAATACATA
ATATTAATCTACTTACTATTATTACAGCATAGTTTCTTCTCATAAAGGATTCTTGTTAGGAAACTGCTTACTAAGCAGAACATAAATGGAGAAGAGCAAGCCCATAAGAGGTTACACATCTTTTCTCAATTTGTACTGTCTTTGCTTGGAACAAAAAACAATTAATAATTTTCAATTTGTTCTTCTATTGCATATACAAA
ATCTTGTTTTGAGTTCTATTAATGTGTTTTAACCCTTTACATTACACATCCAAGGTTGGATCAAATAGCATCAACTTGGGGTGGACCTTTGGATCAATTTCAGTGAATCATTAATTAAGGCATTATCCATGGAACATGGAGGCTTCTATACACAGTTGCTTTTAAAGCAATGCAAATATGACTGCCATACTTATAAATAA
AAAAAAATGGAATCATGGAACATATTTTTTAAATTTAGAAATTGAGATTTTGAAAGCTCCAAAACAACTATGATGCAATATGAAAATACATTGGAGTTGCAATTGATTCACGGAGCATTATATGTTATTGGCATATGTTTGCTATTTTGCGTTTCCAGGCATACTTATCTCTGAATGAAGAAACGTGAGATCTTAAACGC
TAGTAACAGTGTTTATGAATATCCCATGTTAGGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCA
ACGCCCACAGGAGCAGTGCGGATATAATGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCACACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGCTAGTACCTCTTGAAATTATTATGGGAAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAAC
ACAGAACCAATGCTACCATAATAATTCCTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAACAAAAGGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAG
GGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATGCGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCATTTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAAATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTA
CGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAGTTGGCAGACTTTGAGATATGGAAAACCA
TATTTGCAAAGAATGAAAGGAGGTCAATCTTCAAGGGCAGTGCAACCGCGGCTCGTGATTCTGTAGAATCCTCAGAGAGAGATGCAACAGATATTGAATTGAACTTGTTTAGCTTTGGAGTGCTGCTACTGGAGATTATCACTGGGCGATTTCCATATTCCAAGGACCAGGGATCCTTGCTTGACTGGGCACAAGAATAT
CTGGAGGTCCCTGAAGTCATTTCGTACTTGGTTGATCCTTCACTCAGGCATTTTCGTTACGGTGACCTCCAAACAGTTTGTGAGGTGGTGAGGCTCTGCATTAAAGCTGACCATACAAAGAGACCATCCATGAATCAGATCGTTAGTCTGCTTGAAGCTGGTATTAACCCATCATATGAGACTGCAGATCTAAAAGAGTC
TCCCTTGGTGTGGGCAGAGGTCACACTTCTATCCTAATTGTATATGAGGGAAGCTGATACGCTTATTTTCTTACCCTAATTTTTGTTCAAAGCGAAGTTATATGCTTACTTTGACATCAGTTTACTGTACATCTACATTTTCCTTCTGTTAACAGAAGCGAATGCATAGACTAGGTCATAATTTGCCTGGCATCATGATA
ATCCATGTGCCCCTCTCATATATAATTGTATCATACCTGGAGGTTGGAGCTTCCATTTCTCACCCTCTTTCTAATACCGAAATTCTTTCATTGATTGATTCAATGCAGTTATCTCTTCCAAGGTAAGGAAGATTGTACAAAGATAAGTATAATTACTCCTTATGTTCTCCAGACCAGACACATCATCATCATTTTTTGTC
TTCTGTATGAAACCAAAATGTTCGCGATAGGCAGTTTACCGTTTACCATGGAGTCCATCTTCTGTGGACATTGTGTCAATTTTCAAATTGGCTTTTAATCAAGATATATACCCAACATGTATGTTGAATAAAACCCAACATATATTGTGAATGTCATTTTCAAATCGATCTGTTATGTAATAAAGGACTGTCTATTATTG
CCCCTGCCTTTGGCAGATGACTATGAAATGAGCTCGACTTTAACTCCTTATTTTTCGCCACTATATTTCAGTTGAAACACGCTGAAATACTCCACATAGCCTGGAATAGGTAACCTTTCTGGTACCATATTGCAGAGATTGATATTGACTTCGTGTTGGCCTTTCTTGCAAAGTTTGTAGACAATGGTTTGTTCACTTGA
CTTATTAATGGAAAATTTTGGTTTCATCTTAGAATTAACTAGATTTCGCATCAGTTAGTTGAATGGGAAGTTGAAAATGCA


>TRINITY_DN117359_c0_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATCACTATGTCAAAATCAAAGCATTTACAAGGACGACTGTCTTCTTCGAGGTGCATACACTTGACTCAATCATATTTGGACAAATGAGGTGGGATTTAGTTGACTAACTGACTCAAGATGGAGGATAAAGGGTTCTTATGTAAGTCCACCAATAGTACGAACAAATAGGGAAGTGTTTTAAAACGGGTGTGTGTTCTGAG
GTACCTTTCTCCTTTGATCCTAACAATAACGTTTCCCTTTCTTTCTTTCTTTTCTTTTTCTTTCTTTCTTGCTTTCTTTTCTTTCATTCATTCATTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCGTTCGAAGCCCATAAACTCCGCTGCAACGGCACGGCAATGCATTTCTTTATTCTTGTTCCTTGTTCTTGTTTGTTTACTTCAC
TTACTGACAGTGGAAGTATTTTTCTTTTGGAGTAGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTT
TACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAGGCATTGTTAATAATGGT
GGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCAAGCCCTAAATCTGCCAT
GCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAAATTTGTCAAGCATTGCC
AGAATGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAGGAGCAGTGCGGATATAA
TGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCACACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGCTAGTACCTCTTGAAATTATTATGGGAAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAACACAGAACCAATGCTACCATAATAATTC
CTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAACAAAAGGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATG
CGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCATTTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAAATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGG
GCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAGGTGGGTGGTGATGATTTAAGATGAAACTACTTGGTTTTGTTTATTTGTCCTTAAC
CTGGAGAAGGAAAGAAAATAAAATTCAATATAACGATTTGTGTTATGTTATTCGAACCTCTAGCACTAGGTGTCGGAAATGCGTTTTCACGTTTGCAGCTTAGGTTTTATGGTTAGTTTATCGTCTATTGTATCTCCACTTTGATGGTTTTGATGTCAGCTTTATGCTAATGAATGCTTTTAATTGTAAGAAGGTGTCTT
AGAATGCACGATCACTAGATAATTAATAACATATATAACAAATTGTCTGTTGAACTGTTGTAAAAAGGCCTTGTTCCATGAATTCCCCTTATGAAATTGAGTTGTTTTGGGGGGAGTTCATCGAGTTTCAACTTGTCACTAGATAATTAATAAGATGTATAACAAATAGTCTGTTGAACTATTGCAAAAAGGCCTTGTTC
CATGAATTCCTCTCATGAAATTGAGTTGTTTTGGGGAGTTCATTGAGTTTCAACTCGTGCTACCTGCGACGAGGTGGTGAATCCTGCCGAGCAATACAAACTTCTTGTGTCAATGCTTTGGACAGTTGAGATTGTAGATACACTAAGTCCCTTTTGTTTTCCCTGTTCAGTTGGCAGACTTTGAGATATGGAAAACCATA
TTTGCAAAGAATGAAAGGAGGTCAATCTTCAAGGGCAGTGCAACCGCGGCTCGTGATTCTGTAGAATCCTCAGAGAGAGATGCAACAGATATTGAATTGAACTTGTTTAGCTTTGGAGTGCTGCTACTGGAGATTATCACTGGGCGATTTCCATATTCCAAGGACCAGGGATCCTTGCTTGACTGGgtataggcatctag
tttctcttcatctaacattttacaaaaccccaactagaaactaaagctgaactttgactgtgcagGCACAAGAATATCTGGAGGTCCCTGAAGTCATTTCGTACTTGGTTGATCCTTCACTCAGGCATTTTCGTTACGGTGACCTCCAAACAGTTTGTGAGGTGGTGAGGCTCTGCATTAAAGCTGACCATACAAAGAGA
CCATCCATGAATCAGATCGTTAGTCTGCTTGAAGCTGGTATTAACCCATCATATGAGACTGCAGATCTAAAAGAGTCTCCCTTGGTGTGGGCAGAGGTCACACTTCTATCCTAATTGTATATGAGGGAAGCTGATACGCTTATTTTCTTACCCTAATTTTTGTTCAAAGCGAAGTTATATGCTTACTTTGACATCAGTTT
ACTGTACATCTACATTTTCCTTCTGTTAACAGAAGCGAATGCATAGACTAGGTCATAATTTGCCTGGCATCATGATAATCCATGTGCCCCTCTCATATATAATTGTATCATACCTGGAGGTTGGAGCTTCCATTTCTCACCCTCTTTCTAATACCGAAATTCTTTCATTGATTGATTCAATGCAGTTATCTCTTCCAAGG
TAAGGAAGATTGTACAAAGATAAGTATAATTACTCCTTATGTTCTCCAGACCAGACACATCATCATCATTTTTTGTCTTCTGTATGAAACCAAAATGTTCGCGATAGGCAGTTTACCGTTTACCATGGAGTCCATCTTCTGTGGACATTGTGTCAATTTTCAAATTGGCTTTTAATCAAGATATATACCCAACATGTATG
TTGAATAAAACCCAACATATATTGTGAATGTCATTTTCAAATCGATCTGTTATGTAATAAAGGACTGTCTATTATTGCCCCTGCCTTTGGCAGATGACTATGAAATGAGCTCGACTTTAACTCCTTATTTTTCGCCACTATATTTCAGTTGAAACACGCTGAAATACTCCACATAGCCTGGAATAGGTAACCTTTCTGGT
ACCATATTGCAGAGATTGATATTGACTTCGTGTTGGCCTTTCTTGCAAAGTTTGTAGACAATGGTTTGTTCACTTGACTTATTAATGGAAAATTTTGGTTTCATCTTAGAATTAACTAGATTTCGCATCAGTTAGTTGAATGGGAAGTTGAAAATGCA



Intron 6 GTACTGACTC ... TTTGGAGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN113359_c5_g1_i24 from sample A3 / Example spliced isoform
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GAATGTATTTCAATCCCGTTACTAACTAATTCTCTCCGTCTATTCTACTCGGAAGCGACAGATGCCGTTAGACGGCGCCTACTGCCGACGCCGTCTTATTTATAATTCTCCTTAGATACGTATACATATACGTATAGTACAACTGACGGTAGTGGCCAAGTTCCCGACATTATCATACGAGGGAGCCCAGCTGTTCGGAC
TTCGTTTTTACGTCAATTGACGACGATCCGATTCGATTTCATACCTTGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCG
CTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAGGCAT
TGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCAAGCC
CTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAAATTT
GTCAAGCATTGCCAGAATCTTCTTGGAGGGCAATAATTTGACAGGTAGCATACCTCCAGAACTTGGGGATTTGGAGAAACTTGAAGAATTGCGTCTGCAGGGTAACAGGCTGCAAGGAACTATTCCTGGCGACAGTCAATCAATGAATGTGACTCCAAATCTTCAAGGACCGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCTGGTC
TGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAGGAGCAGTGCGGATATAATGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCACACA
AGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGCTAGTACCTCTTGAAATTATTATGGGAAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAACACAGAACCAATGCTACCATAATAATTCCTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAACAAAA
GGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATGCGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCATTTAG
AGATTTATTTCCAAAGAAAGGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAAATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATA
GTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAGTTGGCAGACTTTGAGATATGGAAAACCATATTTGCAAAGAATGAAAGGAGGTCAATCTTCAAGGGCAGTGCAACCGCGGCTCGTGATTC
TGTAGAATCCTCAGAGAGAGATGCAACAGATATTGAATTGAACTTGTTTAGCTTTGGAGTGCTGCTACTGGAGATTATCACTGGGCGATTTCCATATTCCAAGGACCAGGGATCCTTGCTTGACTGGGCACAAGAATATCTGGAGGTCCCTGAAGTCATTTCGTACTTGGTTGATCCTTCACTCAGGCATTTTCGTTACG
GTGACCTCCAAACAGTTTGTGAGGTGGTGAGGCTCTGCATTAAAGCTGACCATACAAAGAGACCATCCATGAATCAGATCGTTAGTCTGCTTGAAGCTGGTATTAACCCATCATATGAGACTGCAGATCTAAAAGAGTCTCCCTTGGTGTGGGCAGAGGTCACACTTCTATCCTAATTGTATATGAGGGAAGCTGATACG
CTTATTTTCTTACCCTAATTTTTGTTCAAAGCGAAGTTATATGCTTACTTTGACATCAGTTTACTGTACATCTACATTTTCCTTCTGTTAACAGAAGCGAATGCATAGACTAGGTCATAATTTGCCTGGCATCATGATAATCCATGTGCCCCTCTCATATATAATTGTATCATACCTGGAGGTTGGAGCTTCCATTTCTC
ACCCTCTTTCTAATACCGAAATTCTTTCATTGATTGATTCAATGCAGTTATCTCTTCCAAGGTAAGGAAGATTGTACAAAGATAAGTATAATTACTCCTTATGTTCTCCAGACCAGACACATCATCATCATTTTTTGTCTTCTGTATGAAACCAAAATGTTCGCGATAGGCAGTTTACCGTTTACCATGGAGTCCATCTT
CTGTGGACATTGTGTCAATTTTCAAATTGGCTTTTAATCAAGATATATACCCAACATGTATGTTGAATAAAACCCAACATATATTGTGAATGTCATTTTCAAATCGATCTGTTATGTAATAAAGGACTGTCTATTATTGCCCCTGCCTTTGGCAGATGACTATGAAATGAGCTCGACTTTAACTCCTTATTTTTCGCCAC
TATATTTCAGTTGAAACACGCTGAAATACTCCACATAGCCTGGAATAGGTAACCTTTCTGGTACCATATTGCAGAGATTGATATTGACTTCGTGTTGGCCTTTCTTGCAAAG


>TRINITY_DN113359_c5_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:
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GAATGTATTTCAATCCCGTTACTAACTAATTCTCTCCGTCTATTCTACTCGGAAGCGACAGATGCCGTTAGACGGCGCCTACTGCCGACGCCGTCTTATTTATAATTCTCCTTAGATACGTATACATATACGTATAGTACAACTGACGGTAGTGGCCAAGTTCCCGACATTATCATACGAGGGAGCCCAGCTGTTCGGAC
TTCGTTTTTACGTCAATTGACGACGATCCGATTCGATTTCATACCTTGgtactgactcctcttgacgtcaattctttctttctttctttctttcgttcgaagcccataaactccgctgcaacggcacggcaatgcatttctttattcttgttccttgttcttgtttgtttacttcacttactgacagtgaagtatttttc
ttttggagtagTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAG
CTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAGGCATTGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGCC
AGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCAAGCCCTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAG
CACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAAATTTGTCAAGCATTGCCAGAATCTTCTTGGAGGGCAATAAT
TTGACAGGTAGCATACCTCCAGAACTTGGGGATTTGGAGAAACTTGAAGAATTGCGTCTGCAGGGTAACAGGCTGCAAGGAACTATTCCTGGCGACAGTCAATCAATGAATGTGACTCCAAATCTTCAAGGACCGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTC
TTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAGGAGCAGTGCGGATATAATGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCACACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAA
GGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGCTAGTACCTCTTGAAATTATTATGGGAAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAACACAGAACCAATGCTACCATAATAATTCCTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAACAAAAGGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTT
CCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATGCGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCATTTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGGTGGCAGACCTGGCAAA
GTTGAATCACGGAAACATTGTCAAATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATG
AACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAGTTGGCAGACTTTGAGATATGGAAAACCATATTTGCAAAGAATGAAAGGAGGTCAATCTTCAAGGGCAGTGCAACCGCGGCTCGTGATTCTGTAGAATCCTCAGAGAGAGATGCAACAGATATTGAA
TTGAACTTGTTTAGCTTTGGAGTGCTGCTACTGGAGATTATCACTGGGCGATTTCCATATTCCAAGGACCAGGGATCCTTGCTTGACTGGGCACAAGAATATCTGGAGGTCCCTGAAGTCATTTCGTACTTGGTTGATCCTTCACTCAGGCATTTTCGTTACGGTGACCTCCAAACAGTTTGTGAGGTGGTGAGGCTCTG
CATTAAAGCTGACCATACAAAGAGACCATCCATGAATCAGATCGTTAGTCTGCTTGAAGCTGGTATTAACCCATCATATGAGACTGCAGATCTAAAAGAGTCTCCCTTGGTGTGGGCAGAGGTCACACTTCTATCCTAATTGTATATGAGGGAAGCTGATACGCTTATTTTCTTACCCTAATTTTTGTTCAAAGCGAAGT
TATATGCTTACTTTGACATCAGTTTACTGTACATCTACATTTTCCTTCTGTTAACAGAAGCGAATGCATAGACTAGGTCATAATTTGCCTGGCATCATGATAATCCATGTGCCCCTCTCATATATAATTGTATCATACCTGGAGGTTGGAGCTTCCATTTCTCACCCTCTTTCTAATACCGAAATTCTTTCATTGATTGA
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GCCTGGAATAGGTAACCTTTCTGGTACCATATTGCAGAGATTGATATTGACTTCGTGTTGGCCTTTCTTGCAAAG



Intron 7 GTACTGACTC ... TTTGGAGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A153.57781.790
A252.86660.274
A355.37791.398
A446.79833.373
A546.84420.837
A650.39630.464
A746.881022.890
A851.4351054
A941.581110.679
A1043.35984.475



>TRINITY_DN113359_c5_g1_i16 from sample A3 / Example spliced isoform
GCCTCACCAACTCTCCAAGGCGCGCCCCAAGAATGATGAGAAGACGAGGCCGGCCGACATCTTTCCACGACATCGTTAACGTTTTCCTGTACTTTGCAGAGAAGGGAGCGCAAGCGAGATTCGAACCCTCTCCCTCCCTGTCGCCGTGCGCCGTAACGGACTTAACAACTCAGCTCGACAATGTCGGACGGACTGGCCGT
GAATGTATTTCAATCCCGTTACTAACTAATTCTCTCCGTCTATTCTACTCGGAAGCGACAGATGCCGTTAGACGGCGCCTACTGCCGACGCCGTCTTATTTATAATTCTCCTTAGATACGTATACATATACGTATAGTACAACTGACGGTAGTGGCCAAGTTCCCGACATTATCATACGAGGGAGCCCAGCTGTTCGGAC
TTCGTTTTTACGTCAATTGACGACGATCCGATTCGATTTCATACCTTGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCG
CTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAGGCAT
TGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCAAGCC
CTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAAATTT
GTCAAGCATTGCCAGAATGTAAGATAAATCCAAACTGGTGCACTTCGATTATCTCCGACGCCGGATATTATTAACAAAAACATTAGTCTGTTCCCCAGTTGATTACTTTTAAATGCACTCGCATAAGTATCTAACTTCTTGTGCAGCTTCTTGGAGGGCAATAATTTGACAGGTAGCATACCTCCAGAACTTGGGGATTT
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ATGAACTAGGATGACTAGGGAAATACCGAAGAAATTAATTATAAACGAATCAAGTACATGAATAATAAAACAATATGCTACTGTACGTTTCCTAGATAGGAGATGGCTTCAATTATGTAACAACTATTACAACTAACGGTCACTACTCTTCCTTTTCAATCACCATAAATTCCCCTAAAATCCAGACATGGATGTTATCT
GAGTCTGCAGTTATGGGGGTGTTGTGTGAAATCCTCGTAGGAATGGAATTGCCCTCAATAATAAAGGTATGTGATTGTCATATTATTCCACAATTTTTTGTGAATAACTTGCAAAAACGCTCTTTGTAGGTTTTGGTCCTTGGATGACCTTGTTGGGACGTTGGTATTGCTGCAAGAATGTCTACTATTACGATAAAACA
TGAAACATTTCTTCTTTTGAGCGCTGAATGACCAAGCAAAGAATTTTTGTTTGGACATTAGTGAAGCTACTAATAGCCTTCACAATTTTTAATCTTTTTTCTACATTGGTTGTGAAGACTGATCCACAGTAGCACAAACTTTTGCTTGCTTGGCCCTCCCTTCGCTCTTCTCTATGGCTTTTGTGTGTGTGAGAGAGAAT
AATAGCAGTTGGATGCACCTATCTTATAGTGTCTTGGAATAGCTTCCACAACAATAAATTCTCCTTCCTACCTTCTACCTGACTTTAAAACTAATCATGTACCAAAAGGTACTTAGTCTATCATCTAGTTTAAGTATAGTAAGAATAGATGTCAACATTTTTGTAAAGTTGGTGAATGTTCCTCTTGCTCAACACTTTAC
CTACACTCTAGAGGACTAATGACCAGCTTTTAACCTATCTCATCATGGGTGAGAAAGCAGACCATATCTAGCACAGTATTGTCAGTGTTGGTGTGATTGTAGGCATTCCTAAACCTCTCTCACTTTTCAATACTAGCATATAGTCCTTGCCGTGGCAAGCCTTTTTAAAATATCTGAAAGGCACTATACTAATTTGTATC
ACTGATGCGCTTATCTTCATGCTGGAATAATTAAAAACATTTGATGGAATGGTTAGGGCATGAAAACCCCCTTGAGCTGATTTCCTCTCCAACAGATATTCTTTTACAGTTTTTGCAAGTTAGTCAAGTCATTTTTAAGATGTAGGCATCTCCATCTTAAGCATTAGCAATGGTAACAATTAGGTTGAATGGTATTTTCT
TCCAAGATGGTTTTACATGAAGACTACCTTCTTTGATGTTTATGTTTCCTAAGTACTTTAAGCCTTGGGCTCTCTAAGGGTTTTAACAATCTATCTGGCATAAAGGACAAGCTTTTGACTATAAATGTTAATGATGTCCAACCCTCTTCTTTAACTGGGAGTATAACGTAACTCTCACTCTACTCTATGCAAGATCTTTT
GCTTTCAACAAACACATGCAGAGATTGTTCGTCATTCTAGTTGGCTTCATATAAGTTGCCCTGAAGAGACCTAGATAAAGTAGTAAGTTCTGATAACTTGATAGCAATATGAATTCTGTTTGTCCGTTTGTTCTACCAAAGGACTCTGCATCTCTGAAAGAGAGGCCGTGACAGTGAAACCAAATTGGATGAAAGATCCA
AGCTCAATTGTATTCAATAAATCTGCTTGTGGTATAAGAAGGGCTTTGCATTTATTATCCTTTTACAGTAGGTTGTGGAGATTAAGGCACCATAAGGAAGGATGTGGTTCTCCGCATCAGCAACACAGTAACATCTAAACAATATATACCGGGGATGGTATTCTACATCCCATTAAGCATTCTATGCAGCTTTTTCTTTG
TTTCATGCAAATGTATCCCTAATAATTAACGTAGGGATTATAGATGTCAAGCCATGCAATGCTTGGTTAGGGTTAATATATACCGGGGATGGTATTCTACATCCCATTAAGCATTCTATGCAGCTTTTTCTTTGTTTCATGCAAATGTATCCCTAATAATTAACGTAGGGATTATAGATGTCAAGCCATGCAATGCTTGC
ATAGTGGACATGCACTGCCTTATTCCAGGGAGTCATATGGCCAATTCACCCTTTAGGC


>TRINITY_DN113359_c5_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GCCTCACCAACTCTCCAAGGCGCGCCCCAAGAATGATGAGAAGACGAGGCCGGCCGACATCTTTCCACGACATCGTTAACGTTTTCCTGTACTTTGCAGAGAAGGGAGCGCAAGCGAGATTCGAACCCTCTCCCTCCCTGTCGCCGTGCGCCGTAACGGACTTAACAACTCAGCTCGACAATGTCGGACGGACTGGCCGT
GAATGTATTTCAATCCCGTTACTAACTAATTCTCTCCGTCTATTCTACTCGGAAGCGACAGATGCCGTTAGACGGCGCCTACTGCCGACGCCGTCTTATTTATAATTCTCCTTAGATACGTATACATATACGTATAGTACAACTGACGGTAGTGGCCAAGTTCCCGACATTATCATACGAGGGAGCCCAGCTGTTCGGAC
TTCGTTTTTACGTCAATTGACGACGATCCGATTCGATTTCATACCTTGgtactgactcctcttgacgtcaattctttctttctttctttctttcgttcgaagcccataaactccgctgcaacggcacggcaatgcatttctttattcttgttccttgttcttgtttgtttacttcacttactgacagtggaagtattttt
cttttggagtagTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGA
GCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAGGCATTGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGC
CAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCAAGCCCTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTA
GCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAAATTTGTCAAGCATTGCCAGAATGTATAATGTACAGGGAAG
AAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAGGAGCAGTGCGGATATAATGTTGTTGGATGGAACCCCGCAC
CAAACCACACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGCTAGTACCTCTTGAAATTATTATGGGAAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAACACAGAACCAATGCTACCATAATAATTCCTTGGAAGAAATTATTGAGTGGC
CGTGAACAAAAGGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATGCGCTTTGCCAGAGAAGATTGGAC
CACCCATTTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAAATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAA
TGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAGTTGGCAGACTTTGAGATATGGAAAACCATATTTGCAAAGAATGAAAGGAGGTCAATCTTCAAGGGCAGTGCAACCGCG
GCTCGTGATTCTGTAGAATCCTCAGAGAGAGATGCAACAGATATTGAATTGAACTTGTTTAGCTTTGGAGTGCTGCTACTGGAGATTATCACTGGGCGATTTCCATATTCCAAGGACCAGGGATCCTTGCTTGACTGGGCACAAGAATATCTGGAGGTCCCTGAAGTCATTTCGTACTTGGTTGATCCTTCACTCAGGCA
TTTTCGTTACGGTGACCTCCAAACAGTTTGTGAGGTGGTGAGGCTCTGCATTAAAGCTGACCATACAAAGAGACCATCCATGAATCAGATCGTTAGTCTGCTTGAAGCTGGTATTAACCCATCATATGAGACTGCAGATCTAAAAGAGTCTCCCTTGGTGTGGGCAGAGGTCACACTTCTATCCTAATTGTATATGAGGG
AAGCTGATACGCTTATTTTCTTACCCTAATTTTTGTTCAAAGCGAAGTTATATGCTTACTTTGACATCAGTTTACTGTACATCTACATTTTCCTTCTGTTAACAGAAGCGAATGCATAGACTAGGTCATAATTTGCCTGGCATCATGATAATCCATGTGCCCCTCTCATATATAATTGTATCATACCTGGAGGTTGGAGC
TTCCATTTCTCACCCTCTTTCTAATACCGAAATTCTTTCATTGATTGATTCAATGCAGTTATCTCTTCCAAGGTAAGGAAGATTGTACAAAGATAAGTATAATTACTCCTTATGTTCTCCAGACCAGACACATCATCATCATTTTTTGTCTTCTGTATGAAACCAAAATGTTCGCGATAGGCAGTTTACCGTTTACCATG
GAGTCCATCTTCTGTGGACATTGTGTCAATTTTCAAATTGGCTTTTAATCAAGATATATACCCAACATGTATGTTGAATAAAACCCAACATATATTGTGAATGTCATTTTCAAATCGATCTGTTATGTAATAAAGGACTGTCTATTATTGCCCCTGCCTTTGGCAGATGACTATGAAATGAGCTCGACTTTAACTCCTTA
TTTTTCGCCACTATATTTCAGTTGAAACACGCTGAAATACTCCACATAGCCTGGAATAGGTAACCTTTCTGGTACCATATTGCAGAGATTGATATTGACTTCGTGTTGGCCTTTCTTGCAAAG



Intron 8 GTAAGTGCCA ... TCTTGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN126592_c9_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform
GTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATA
ATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTACGTCAATTGACGACGATCCGATTCGATTTCATACCTTGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGA
TGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATT
GAGATAAAGACGATGAAGGCATTGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCC
TTATGGAGCTTCTGTTCAAGCCCTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCA
TTCCCAATGAAATTGGAAATTTGTCAAGCATTGCCAGAATCTTCTTGGAGGGCAATAATTTGACAGGTAGCATACCTCCAGAACTTGGGGATTTGGAGAAACTTGAAGAATTGCGTCTGCAGGGTAACAGGCTGCAAGGAACTATTCCTGGCGACAGTCAATCAATGAATGTGACTCCAAATCTTCAAGGACCGTATAAT
GTACAGGGAAGAAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTAC


>TRINITY_DN126592_c9_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTAACTAGTTGTATTGATATTTTGTAAATGTTCTAAAAAATTTGAATCTTTTTATCTATACTTTATTTTTGTATTTGTAATTATATATATATATATATATAAAACCTGTGTTGCGTTTCAACATATCCGATATCTTATGCCAAACACTTGTATCCGTGTGTCTCACATGTCCCCTAGTCTCATGTGACATAGTATCTCAT
GTAAATGGAATCACATATATATTTTTAATTTGAAATTAATTGAATTGAAAGAACATTTCAGGTTTTAAGACCAAAATTATTTGTCTAGGGCCTTTCTTTCCCTTGATTTGTTAAGTCGTTCCAAGATGGTTGAATAGGTTACTTCTTGTTTTGTTTTGATGCATTGTATGCTTGAGATTCGAAGTTCTTGAAATAAGTTT
AAAAAAATTATGTGCAGAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTgtaagtgccaatttctcaaatgaaacttgcacatgaggcaaccttttgtcctgtcataacttagtctaggaatatgcacacgttcgccaaactgttgacattaccaacttc
gagcaaattgggatcttgtgcagGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAAATTTGTCAAGCATTGCCAGAATGTAAGATAAATCCAAACTGGTGCACTTCGATTA
TCTCCGACGCCGGATATTATTAACAAAAACATTAGTCTGTTCCCCAGTTGATTACTTTTAAATGCACTCGCATAAGTATCTAACTTCTTGTGCAGCTTCTTGGAGGGCAATAATTTGACAGGTAGCATACCTCCAGAACTTGGGGATTTGGAGAAACTTGAAGAATTGCGTCTGCAGGGTAACAGGCTGCAAGGAACTAT
TCCTGGCGACAGTCAATCAATGAATGTGACTCCAAATCTTCAAGGACCGTGAGTGGATAACGCTTGTTTTCATTTAACTTTCATGAACAAGATGAACTAGGATAACTACGAGAGTACTAATGTTTATCAATTTAACTTTAACGAATGAGATGAACTAGGATGACTAGGGAAATACCGAAGAAATTAATTATAAACGAATC
AAGTACATGAATAATAAAACAATATGCTACTGTACGTTTCCTAGATAGGAGATGGCTTCAATTATGTAACAACTATTACAACTAACGGTCACTACTCTTCCTTTTCAATCACCATAAATTCCCCTAAAATCCAGACATGGATGTTATCTGAGTCTGCAGTTATGGGGGTGTTGTGTGAAATCCTCGTAGGAATGGAATTG
CCCTCAATAATAAAGGTATGTGATTGTCATATTATTCCACAATTTTTTGTGAATAACTTGCAAAAACGCTCTTTGTAGGTTTTGGTCCTTGGATGACCTTGTTGGGACGTTGGTATTGCTGCAAGAATGTCTACTATTACGATAAAACATGAAACATTTCTTCTTTTGAGCGCTGAATGACCAAGCAAAGAATTTTTGTT
TGGACATTAGTGAAGCTACTAATAGCCTTCACAATTTTTAATCTTTTTTCTACATTGGTTGTGAAGACTGATCCACAGTAGCACAAACTTTTGCTTGCTTGGCCCTCCCTTCGCTCTTCTCTATGGCTTTTGTGTGTGTGAGAGAGAATAATAGCAGTTGGATGCACCTATCTTATAGTGTCTTGGAATAGCTTCCACAA
CAATAAATTCTCCTTCCTACCTTCTACCTGACTTTAAAACTAATCATGTACCAAAAGGTACTTAGTCTATCATCTAGTTTAAGTATAGTAAGAATAGATGTCAACATTTTTGTAAAGTTGGTGAATGTTCCTCTTGCTCAACACTTTACCTACACTCTAGAGGACTAATGACCAGCTTTTAACCTATCTCATCATGGGTG
AGAAAGCAGACCATATCTAGCACAGTATTGTCAGTGTTGGTGTGATTGTAGGCATTCCTAAACCTCTCTCACTTTTCAATACTAGCATATAGTCCTTGCCGTGGCAAGCCTTTTTAAAATATCTGAAAGGCACTATACTAATTTGTATCACTGATGCGCTTATCTTCATGCTGGAATAATTAAAAACATTTGATGGAATG
GTTAGGGCATGAAAACCCCCTTGAGCTGATTTCCTCTCCAACAGATATTCTTTTACAGTTTTTGCAAGTTAGTCAAGTCATTTTTAAGATGTAGGCATCTCCATCTTAAGCATTAGCAATGGTAACAATTAGGTTGAATGGTATTTTCTTCCAAGATGGTTTTACATGAAGACTACCTTCTTTGATGTTTATGTTTCCTA
AGTACTTTAAGCCTTGGGCTCTCTAAGGGTTTTAACAATCTATCTGGCATAAAGGACAAGCTTTTGACTATAAATGTTAATGATGTCCAACCCTCTTCTTTAACTGGGAGTATAACGTAACTCTCACTCTACTCTATGCAAGATCTTTTGCTTTCAACAAACACATGCAGAGATTGTTCGTCATTCTAGTTGGCTTCATA
TAAGTTGCCCTGAAGAGACCTAGATAAAGTAGTAAGTTCTGATAACTTGATAGCAATATGAATTCTGTTTGTCCGTTTGTTCTACCAAAGGACTCTGCATCTCTGAAAGAGAGGCCGTGACAGTGAAACCAAATTGGATGAAAGATCCAAGCTCAATTGTATTCAATAAATCTGCTTGTGGTATAAGAAGGGCTTTGCAT
TTATTATCCTTTTACAGTAGGTTGTGGAGATTAAGGCACCATAAGGAAGGATGTGGTTCTCCGCATCAGCAACACAGTAACATCTAAACAATATATACCGGGGATGGTATTCTACATCCCATTAAGCATTCTATGCAGCTTTTTCTTTGTTTCATGCAAATGTATCCCTAATAATTAACGTAGGGATTATAGATGTCAAG
CCATGCAATGCTTGGTTAGGGTTAATATATACCGGGGATGGTATTCTACATCCCATTAAGCATTCTATGCAGCTTTTTCTTTGTTTCATGCAAATGTATCCCTAATAATTAACGTAGGGATTATAGATGTCAAGCCATGCAATGCTTGCATAGTGGACATGCACTGCCTTATTCCAGGGAGTCATATGGCCAATTCACCC
TTTAGGCCCCAAGTAATCAACCTGTGGGTCAGTGCTGCGTACAGTTGCCTCTCCTGACACATGGGCGTAGCTCAACACAGCTGCACCTCTCATCCATAAGAAATCTAGCAAAATATCACCTCTGTAGTGCTAAGGAAGACATCATTCCTCAATAAAAAAAGGAGTTGAATCATATAACAATAAGGTTAGTTCCCCATTAA
CATGCCTAGATATATTTTGTAACTCTTATGGCCAAGATGAGTAACCATGGTGTTCCAAGTACCTCAATGCATACACCTCATATAGATGTATATCTTGAGTCAAAGTGGTCTATATAACTAGGGTTAGTTGTCCGTTTCTACTAGCTAGGCCAGTTCATGTCACATGTGAACCTTATTACGACGTTAGATGATCACAATTC
ACTTCAGACATAAATTACCACCCTAGGGTCTCATACATCTATGCTTCATGGCATCAATTACTACCCCCACCTCATACATCTTTGGTTCATGGCATCATGATGTATAAGATAATTCTGCATAACACACAAATATATGTTTTATAGCCATAAAAATGACATAGAAATTAGATCGCCATCAATGAAACATAATCCCATATAAT
GTGTACCACTATCCATATGTAAACAAACGGTCAAAACATTGTGCATACTTGTTCATGAAAAGTGATAAAGAATGTTGAAATGAAGAACTTCTTAGAGATTTATAGTTCTAGTCCCATAGTCTTCTGTATCACGTTGGTTTAGTTGTTGAAATTTTACCATACATGAAAATTGTTGTGATGTAATTTTCAATACATATCTC
AGAATCAAATTGTGTCTATGCCAATGCGTGGACCTTTTTGCGGCACCCCAAAATCTTGTATTATTTAAATTTTACTTCAGATGCAAAAGTATGATTGCTACAATGTTACTCGTCCTCATTCTACACTCCTCACTCCTCACGACTAGACTCAGTTGCTCAAGAGTCAAGTCTCGACTCTCGACTCCCATGCAGAGCCGCAG
CTTGTAGGCATTTGCTGAAGCCATCGCTAAAGTTGGAAGTTGGAACAAGCTACAAATTTACAATTTGCAGTTGCACTAATGTTGAAGCTTTAAATTCATTATTTATTGATCACTGTTTATTGTTTTAAATTCAATTGGTTTTAATAAATCCACTGGATTTAATAAATATTGGTATTCATAACTTACACGGGAGAAGAATG
TACAAAACAGTTAATTCATTGTTTATAAGTTATAACTTATAACTTATAGTTCTTTGTTTATTGATCATGGTGTTTAGTCATATATGTTTATGTAAATTTTCATTATTTTGTAGTATATTATATTTTTAAATTTAATAATTATTTATATATACACACACATACACAAAACTTAAGCTGAATCTCAACTAAACCTCATCGAA
AAATTTGAATTCGAATCAAGTCAATAGGTTGTTGAATTCGAACCATGTGACTTAGAAATAAATCAAGTAGAAAAACCCTTTTCTTAGGTTGACGAGCTTCTCCCAAGAAATCTAGGCTATCACACCCACAATCTCAACAGGGTCAAATACCTCCCTTGGGTAATTTCCAGCTGAAATACAAGCCCCCTCTTACTCAAAAG
TGATTCTTAGTCAAAATCTAGCTCTAATACCATGTAAAATTTTTGCGTTGGTGATGAATGCAAAACATAAATTTCACCTTGAACCTTAGAGGTTTCTCGGATCTTGACCTTGTGAATTTTCAGCCTTTGGGATTGTTGCCACCGGAATGTGCACCTGGTTAATGCAGCAAAAATCTCTGCTACTGCTCGATGCGCCCTTG
GGGGCAAGTCTCGAGTCAAGGCTGTCACTTGATCTTGACTCCTCTGTTTAGGCCAACTCCTAACCAAAGCCGAGGGGGGTAGTCCCTACGGAATGTTTCTCA



Intron 9 GTGGGTGGTG ... CCCTGTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A134.29693614
A238.95583712
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A742.0926018944
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A949.3820419945
A1036.3920811928



>TRINITY_DN117359_c0_g1_i19 from sample A2 / Example spliced isoform
GGGCTTTGGTTTGTTGCTCAACAACTTGGTTCTTCAAGCTTGAAGAAGTAGAAGATGAAGTGCAACAAAGTGACAATTGAGAAGCTTTACCAAGTCCTGACTAGTTTCATTGAATAGTTTAAGGAGAGAGAGGTGAGGAACAATCATATGTGTGCCATGTTTGAAGAAAAACCACTTAGTATCTTGAAGAATACCTGCAC
AAAACACTTCAAGGGCCAGCAAGGCACACTAGTGAATCTGTATTTTGCTTACATGTTTACACTTTATACCATCTCTTTTTTGTTTATAATCAGACTGCTACGCTAGGATTGTGTAATAGGATAGTAGCATCCATGTTTTGATATGGTAGTATATGTAATCATTATATCTTTGGACTTGTCTATAAGTCCTAGTTTTGGTG
AAGAACTAGATATATATTGAATGCTCTTTTCCAGGGAGCTATATATATAAATATTTTTTACCTGCTTAAAATAGATAAATAAAATCTATCAACTGCAACTCCAAAGGTGAGATATCTAGGATGTGTTCAATTGAAGTTATAGAAGCAATTTTATTTGTAAAATAAGTCAAATGAAAAAGAGTAACTATCGCATAATTGAA
AGTGTTACCTCCCAAAGCTGCACTTCAAATGTTACAGAGTCCTTTAACAAATTGCAACCCAAGGGGCACTTGGAAGATTTCCCATTGTCATCTCGGCAACTCGTGATCCACTCTCTTAAGGCTGGTTCTTTTCCTACACAAGGGGGAAACCTAGAAAAGATTACCAAGACCAATGCCTATCCAATTGGGTTATGGAGTCA
ATACCAATGAACAAGAGGGCTTGAATTTGATAAAGGGGCATAGTTAGGCTATTAACAATATGCTCTAACCAATCACATAGGTCTTTTCAATATTCACAAATTAAAAGGAGGGCCCTTTCAAAGCTGAACCTTACAACAATTATGAAACAGCCAAATATAACATGCAACCATGAACAAGAAAAGGGACAGCAACAGCCTCT
TAGGATGCAGAAATGTAGCATCAATACTCATCAAGTGAACAATTACAACAAGAGGTAAGGAGGGTTACAACACAAATATCTCATCTTAATAGAGCAGTTTGTACTTTGTAAGCGTAATTCCAACCATCAAATCAACTCACGGAAAGTACAAAAAAAAGATGAAAACCTCAACTTGAACTTGTCCTTCTTCAGTCCTCGCA
AAATATGTTCAAGGAAGTACTTGTCGGGAACTCTATATCTTCCAACTATGCCTGTTGCAAAGACCAATACTCTTTATTTACAGGCCTCCATCCTTGGTAAACCTAAACTAGGGATGAGCACTTTTAGGTTTTAAAAGTGAGAAAGTGCTATTTTGAAGCTAGAAGTTTGTCCTCCTACCAAGGGACCCCTTTTATGTGTT
TTAGGGTTCTTCAAACCCTAATGCACTTCCATGTGACTTTGAGGGCTATCTAACCTTGGTGTTCTTCTCCTTGAGTGAATATTATGCCTTTTTTTATTTTTCCTTACCCCTTATATGTCTATTTGTGACTTGGGGATCATTTCCCCTTTTGAATAGGTCATTATGCCACTTGTCATCTTTCTATTCCATGAGATCCTCTT
AAGTATGCATTTATTATTTGTTTGAGGGTTGAACCATGTCAACAATGCCACATGGCATATGCTCATGCCAAGGACTCTACTCCAAATTTGTAGCAATTCCTTGAGTAAAGTGCCCTTACCCCAAATACCTCATAGGTGAAATATGCCTCTGAGTATGTGAAATATGACTCGAATAATGTATAATGCCCCATGGGACATCT
TCATGGTGAAATACGCCTCCAAATATGTGGAAGCTCCTCCATTAGGGTTATTTCACCCCCTTCTTGCCAAGTGTCATGTTGTAGCAGCCTCCTTGAAGAGAGCATTCTACATTAACTAGTCCTTTGACTGTGCCAAGTGCAGTTTTAGTGTCAGATGGCACCTTTACAAGTAGGTATTTTCTCCATTGGACCTTGTTTGA
CCCCTAACTTGTCATAAGTTGTGCCTTAGACATTTCCCAAGGTAGGGAGTGCTTAATCTAGGTCCCTTCAAGCTTACATCATCCATCCATGGTCCTGGGACTCTAGATACCACCCATGTGTAGGACACTCCAACAAAGATGCAACCAAGTAGTGATACTTACCTCCAAGTTGCAACCTATAACTATATCCAAGGATTCTC
TACTGTGTTAGTGAGAACTAGAGTAGAGTCCATGAAAATTGAAAATGAGCCATGCATTTTCAAGCAGTGACAAAAAGTATGATCTGCAACAAAATAACAAAAATAATTTCTGAGCTGGTAAAGGATAGGTGATTTCAAGAACTATTGTGCAAGTAGGATGTAGAATATCTATATATTCAAGTAGTCTCCAATATGTTTGT
AATATAAGGTCAATTTCAAAAAATAGTTTATAGATGTTAAGATTGTAGCTTTGAAAATGCCATCCATGGGAACTACCGAAGGTGGTGTAAAATTGCACAGTTTATAATGGGGGCTCTATGATTAATCTGTTGAATTATCATCAATTGGAATCCAGTTAATCTTGGATTAGGTTATTTTTCCAAAAATTTAACAATACATA
ATATTAATCTACTTACTATTATTACAGCATAGTTTCTTCTCATAAAGGATTCTTGTTAGGAAACTGCTTACTAAGCAGAACATAAATGGAGAAGAGCAAGCCCATAAGAGGTTACACATCTTTTCTCAATTTGTACTGTCTTTGCTTGGAACAAAAAACAATTAATAATTTTCAATTTGTTCTTCTATTGCATATACAAA
ATCTTGTTTTGAGTTCTATTAATGTGTTTTAACCCTTTACATTACACATCCAAGGTTGGATCAAATAGCATCAACTTGGGGTGGACCTTTGGATCAATTTCAGTGAATCATTAATTAAGGCATTATCCATGGAACATGGAGGCTTCTATACACAGTTGCTTTTAAAGCAATGCAAATATGACTGCCATACTTATAAATAA
AAAAAAATGGAATCATGGAACATATTTTTTAAATTTAGAAATTGAGATTTTGAAAGCTCCAAAACAACTATGATGCAATATGAAAATACATTGGAGTTGCAATTGATTCACGGAGCATTATATGTTATTGGCATATGTTTGCTATTTTGCGTTTCCAGGCATACTTATCTCTGAATGAAGAAACGTGAGATCTTAAACGC
TAGTAACAGTGTTTATGAATATCCCATGTTAGGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCA
ACGCCCACAGGAGCAGTGCGGATATAATGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCACACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGCTAGTACCTCTTGAAATTATTATGGGAAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAAC
ACAGAACCAATGCTACCATAATAATTCCTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAACAAAAGGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAG
GGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATGCGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCATTTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAAATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTA
CGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAGTTGGCAGACTTTGAGATATGGAAAACCA
TATTTGCAAAGAATGAAAGGAGGTCAATCTTCAAGGGCAGTGCAACCGCGGCTCGTGATTCTGTAGAATCCTCAGAGAGAGATGCAACAGATATTGAATTGAACTTGTTTAGCTTTGGAGTGCTGCTACTGGAGATTATCACTGGGCGATTTCCATATTCCAAGGACCAGGGATCCTTGCTTGACTGGGCACAAGAATAT
CTGGAGGTCCCTGAAGTCATTTCGTACTTGGTTGATCCTTCACTCAGGCATTTTCGTTACGGTGACCTCCAAACAGTTTGTGAGGTGGTGAGGCTCTGCATTAAAGCTGACCATACAAAGAGACCATCCATGAATCAGATCGTTAGTCTGCTTGAAGCTGGTATTAACCCATCATATGAGACTGCAGATCTAAAAGAGTC
TCCCTTGGTGTGGGCAGAGGTCACACTTCTATCCTAATTGTATATGAGGGAAGCTGATACGCTTATTTTCTTACCCTAATTTTTGTTCAAAGCGAAGTTATATGCTTACTTTGACATCAGTTTACTGTACATCTACATTTTCCTTCTGTTAACAGAAGCGAATGCATAGACTAGGTCATAATTTGCCTGGCATCATGATA
ATCCATGTGCCCCTCTCATATATAATTGTATCATACCTGGAGGTTGGAGCTTCCATTTCTCACCCTCTTTCTAATACCGAAATTCTTTCATTGATTGATTCAATGCAGTTATCTCTTCCAAGGTAAGGAAGATTGTACAAAGATAAGTATAATTACTCCTTATGTTCTCCAGACCAGACACATCATCATCATTTTTTGTC
TTCTGTATGAAACCAAAATGTTCGCGATAGGCAGTTTACCGTTTACCATGGAGTCCATCTTCTGTGGACATTGTGTCAATTTTCAAATTGGCTTTTAATCAAGATATATACCCAACATGTATGTTGAATAAAACCCAACATATATTGTGAATGTCATTTTCAAATCGATCTGTTATGTAATAAAGGACTGTCTATTATTG
CCCCTGCCTTTGGCAGATGACTATGAAATGAGCTCGACTTTAACTCCTTATTTTTCGCCACTATATTTCAGTTGAAACACGCTGAAATACTCCACATAGCCTGGAATAGGTAACCTTTCTGGTACCATATTGCAGAGATTGATATTGACTTCGTGTTGGCCTTTCTTGCAAAGTTTGTAGACAATGGTTTGTTCACTTGA
CTTATTAATGGAAAATTTTGGTTTCATCTTAGAATTAACTAGATTTCGCATCAGTTAGTTGAATGGGAAGTTGAAAATGCA


>TRINITY_DN117359_c0_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATCACTATGTCAAAATCAAAGCATTTACAAGGACGACTGTCTTCTTCGAGGTGCATACACTTGACTCAATCATATTTGGACAAATGAGGTGGGATTTAGTTGACTAACTGACTCAAGATGGAGGATAAAGGGTTCTTATGTAAGTCCACCAATAGTACGAACAAATAGGGAAGTGTTTTAAAACGGGTGTGTGTTCTGAG
GTACCTTTCTCCTTTGATCCTAACAATAACGTTTCCCTTTCTTTCTTTCTTTTCTTTTTCTTTCTTTCTTGCTTTCTTTTCTTTCATTCATTCATTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCGTTCGAAGCCCATAAACTCCGCTGCAACGGCACGGCAATGCATTTCTTTATTCTTGTTCCTTGTTCTTGTTTGTTTACTTCAC
TTACTGACAGTGGAAGTATTTTTCTTTTGGAGTAGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTT
TACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAGGCATTGTTAATAATGGT
GGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCAAGCCCTAAATCTGCCAT
GCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAAATTTGTCAAGCATTGCC
AGAATGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAGGAGCAGTGCGGATATAA
TGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCACACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGCTAGTACCTCTTGAAATTATTATGGGAAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAACACAGAACCAATGCTACCATAATAATTC
CTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAACAAAAGGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATG
CGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCATTTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAAATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGG
GCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAGgtgggtggtgatgatttaagatgaaactacttggttttgtttatttgtccttaac
ctggagaaggaaagaaaataaaattcaatataacgatttgtgttatgttattcgaacctctagcactaggtgtcggaaatgcgttttcacgtttgcagcttaggttttatggttagtttatcgtctattgtatctccactttgatggttttgatgtcagctttatgctaatgaatgcttttaattgtaagaaggtgtctt
agaatgcacgatcactagataattaataacatatataacaaattgtctgttgaactgttgtaaaaaggccttgttccatgaattccccttatgaaattgagttgttttggggggagttcatcgagtttcaacttgtcactagataattaataagatgtataacaaatagtctgttgaactattgcaaaaaggccttgttc
catgaattcctctcatgaaattgagttgttttggggagttcattgagtttcaactcgtgctacctgcgacgaggtggtgaatcctgccgagcaatacaaacttcttgtgtcaatgctttggacagttgagattgtagatacactaagtcccttttgttttccctgttcagTTGGCAGACTTTGAGATATGGAAAACCATA
TTTGCAAAGAATGAAAGGAGGTCAATCTTCAAGGGCAGTGCAACCGCGGCTCGTGATTCTGTAGAATCCTCAGAGAGAGATGCAACAGATATTGAATTGAACTTGTTTAGCTTTGGAGTGCTGCTACTGGAGATTATCACTGGGCGATTTCCATATTCCAAGGACCAGGGATCCTTGCTTGACTGGGTATAGGCATCTAG
TTTCTCTTCATCTAACATTTTACAAAACCCCAACTAGAAACTAAAGCTGAACTTTGACTGTGCAGGCACAAGAATATCTGGAGGTCCCTGAAGTCATTTCGTACTTGGTTGATCCTTCACTCAGGCATTTTCGTTACGGTGACCTCCAAACAGTTTGTGAGGTGGTGAGGCTCTGCATTAAAGCTGACCATACAAAGAGA
CCATCCATGAATCAGATCGTTAGTCTGCTTGAAGCTGGTATTAACCCATCATATGAGACTGCAGATCTAAAAGAGTCTCCCTTGGTGTGGGCAGAGGTCACACTTCTATCCTAATTGTATATGAGGGAAGCTGATACGCTTATTTTCTTACCCTAATTTTTGTTCAAAGCGAAGTTATATGCTTACTTTGACATCAGTTT
ACTGTACATCTACATTTTCCTTCTGTTAACAGAAGCGAATGCATAGACTAGGTCATAATTTGCCTGGCATCATGATAATCCATGTGCCCCTCTCATATATAATTGTATCATACCTGGAGGTTGGAGCTTCCATTTCTCACCCTCTTTCTAATACCGAAATTCTTTCATTGATTGATTCAATGCAGTTATCTCTTCCAAGG
TAAGGAAGATTGTACAAAGATAAGTATAATTACTCCTTATGTTCTCCAGACCAGACACATCATCATCATTTTTTGTCTTCTGTATGAAACCAAAATGTTCGCGATAGGCAGTTTACCGTTTACCATGGAGTCCATCTTCTGTGGACATTGTGTCAATTTTCAAATTGGCTTTTAATCAAGATATATACCCAACATGTATG
TTGAATAAAACCCAACATATATTGTGAATGTCATTTTCAAATCGATCTGTTATGTAATAAAGGACTGTCTATTATTGCCCCTGCCTTTGGCAGATGACTATGAAATGAGCTCGACTTTAACTCCTTATTTTTCGCCACTATATTTCAGTTGAAACACGCTGAAATACTCCACATAGCCTGGAATAGGTAACCTTTCTGGT
ACCATATTGCAGAGATTGATATTGACTTCGTGTTGGCCTTTCTTGCAAAGTTTGTAGACAATGGTTTGTTCACTTGACTTATTAATGGAAAATTTTGGTTTCATCTTAGAATTAACTAGATTTCGCATCAGTTAGTTGAATGGGAAGTTGAAAATGCA



Intron 10 GTAATAATTT ... CGTCGTTCAG

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>TRINITY_DN40810_c1_g1_i9 from sample A6 / Example spliced isoform
CTCAGCCTCACCAACTCTCCAAGGCGCGCCCCAAGAATGATGAGAAGACGAGGCCGGCCGACATCTTTCCACGACATCGTTAACGTTTTCCTGTACTTTGCAGAGAAGGGAGCGCAAGCGAGATTCGAACCCTCTCCCTCCCTGTCGCCGTGCGCCGTAACGGACTTAACAACTCAGCTCGACAATGTCGGACGGACTGG
CCGTGAATGTATTTCAATCCCGCTACTAACTAATTCTCTCCGTCTATTCTACTCGGAAGCGACAGATGCCGTTAGACGGCGCCTACTGCCGACGCCGTCTTATTTATAATTCTCCTTAGATACGTATACATATACGTATAGTACAACTGACGGTAGTGGCCAAGTTCCCGACATTATCATACGAGGGAGCCCAGCTGTTC
GGACTTCGTTTTTACGTCAATTGACGACGATCCGATTCGATTTCATACCTTGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTG
GCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAG
GCATTGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCA
AGCCCTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAA
ATTTGTCAAGCATTGCCAGAATGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAG
GAGCAGTGCGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATGCGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCATTTAGAGAT
TTATTTCCAAAGAAAGGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAAATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAG
GAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAGTTGGCAGACTTTGAGATATGGAAAACCATATTTGCAAAGAATGAAAGGAGGTCAATCTTCAAGGGCAGTGCAACCGCGGCTCGTGATTCTGTA
GAATCCTCAGAGAGAGATGCAACAGATATTGAATTGAACTTGTTTAGCTTTGGAGTGCTGCTACTGGAGATTATCACTGGGCGATTTCCATATTCCAAGGACCAGGGATCCTTGCTTGACTGGGCACAAGAATATCTGGAGGTCCCTGAAGTCATTTCGTACTTGGTTGATCCTTCACTCAGGCATTTTCGTTACGGTGA
CCTCCAAACAGTTTGTGAGGTGGTGAGGCTCTGCATTAAAGCTGACCATACAAAGAGACCATCCATGAATCAGATCGTTAGTCTGCTTGAAGCTGGTATTAACCCATCATATGAGACTGCAGATCTAAAAGAGTCTCCCTTGGTGTGGGCAGAGGTCACACTTCTATCCTAATTGTATATGAGGGAAGCTGATACGCTTA
TTTTCTTACCCTAATTTTTGTTCAAAGCGAAGTTATATGCTTACTTTGACATCAGTTTACTGTACATCTACATTTTCCTTCTGTTAACAGAAGCGAATGCATAGACTAGGTCATAATTTGCCTGGCATCATGATAATCCATGTGCCCCTCTCATATATAATTGTATCATACCTGGAGGTTGGAGCTTCCATTTCTCACCC
TCTTTCTAATACCGAAATTCTTTCATTGATTGATTCAATGCAGTTATCTCTTCCAAGGTAAGGAAGATTGTACAAAGATAAGTATAATTACTCCTTATGTTCTCCAGACCAGACACATCATCATCATTTTTTGTCTTCTGTATGAAACCAAAATGTTCGCGATAGGCAGTTTACCGTTTACCATGGAGTCCATCTTCTGT
GGACATTGTGTCAATTTTCAAATTGGCTTTTAATCAAGATATATACCCAACATGTATGTTGAATAAAACCCAACATATATTGTGAATGTCATTTTCAAATCGATCTGTTATGTAATAAAGGACTGTCTATTATTGCCCCTGCCTTTGGCAGATGACTATGAAATGAGCTCGACTTTAACTCCTTATTTTTCGCCACTATA
TTTCAGTTGAAACACGCTGAAATACTCCACATAGCCTGGAATAGGTAACCTTTCTGGTACCATATTGCAGAGATTGATATTGACTTCGTGTTGGCCTTTCTTGCAAAGTTTGTAGACAATGGTTTGTTCACTTGACTTATTAATGGAA


>TRINITY_DN40810_c1_g1_i10 from sample A6 / Example unspliced isoform:
CTCAGCCTCACCAACTCTCCAAGGCGCGCCCCAAGAATGATGAGAAGACGAGGCCGGCCGACATCTTTCCACGACATCGTTAACGTTTTCCTGTACTTTGCAGAGAAGGGAGCGCAAGCGAGATTCGAACCCTCTCCCTCCCTGTCGCCGTGCGCCGTAACGGACTTAACAACTCAGCTCGACAATGTCGGACGGACTGG
CCGTGAATGTATTTCAATCCCGCTACTAACTAATTCTCTCCGTCTATTCTACTCGGAAGCGACAGATGCCGTTAGACGGCGCCTACTGCCGACGCCGTCTTATTTATAATTCTCCTTAGATACGTATACATATACGTATAGTACAACTGACGGTAGTGGCCAAGTTCCCGACATTATCATACGAGGGAGCCCAGCTGTTC
GGACTTCGTTTTTACGTCAATTGACGACGATCCGATTCGATTTCATACCTTGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTG
GCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAG
GCATTGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCA
AGCCCTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAA
ATTTGTCAAGCATTGCCAGAATCTTCTTGGAGGGCAATAATTTGACAGGTAGCATACCTCCAGAACTTGGGGATTTGGAGAAACTTGAAGAATTGCGTCTGCAGGGTAACAGGCTGCAAGGAACTATTCCTGGCGACAGTCAATCAATGAATGTGACTCCAAATCTTCAAGGACCGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCT
GGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAGGAGCAGTGCGGATATAATGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCA
CACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGCTAGTACCTCTTGAAATTATTATGGGAAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAACACAGAACCAATGCTACCATAATAATTCCTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAAC
AAAAGGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATGCGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCAT
TTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGgtaataatttgacattgatcaaaatgttttcatgtaatattttatgttctggtctttccttgcaggcatagtttgtgaatgtgttctctaacttgaacccatgccgagaatatcttcagaaatagtatactagggacttcacatctttcccctttcttgacatgccttccggatgc
tctattgcattagaccgacctgctagcgtcttgtcgttattacagggattatacactataactgttgccatctatgacttgggtattgacctcagattgttatgatgtctttggatactagcctaagatttcaatattactttccaagtttacattttctggaccatgctccaggaaggtaccggtaacttggggtcatt
cccgttccaaatcgcacgcatttagatggactgttaaaatagaactttgtcccattaatgaatattggtttgaagtcaaattttattttgttccggtgctttttaatttaaattttgcagtatagataacagtttgacattaggacacgtcgttcagGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAAAT
TGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCG
GACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAG



Intron 11 GTAGCGTCTT ... GTTATTACAG

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A1050303030



>TRINITY_DN40810_c1_g1_i10 from sample A6 / Example spliced isoform
CTCAGCCTCACCAACTCTCCAAGGCGCGCCCCAAGAATGATGAGAAGACGAGGCCGGCCGACATCTTTCCACGACATCGTTAACGTTTTCCTGTACTTTGCAGAGAAGGGAGCGCAAGCGAGATTCGAACCCTCTCCCTCCCTGTCGCCGTGCGCCGTAACGGACTTAACAACTCAGCTCGACAATGTCGGACGGACTGG
CCGTGAATGTATTTCAATCCCGCTACTAACTAATTCTCTCCGTCTATTCTACTCGGAAGCGACAGATGCCGTTAGACGGCGCCTACTGCCGACGCCGTCTTATTTATAATTCTCCTTAGATACGTATACATATACGTATAGTACAACTGACGGTAGTGGCCAAGTTCCCGACATTATCATACGAGGGAGCCCAGCTGTTC
GGACTTCGTTTTTACGTCAATTGACGACGATCCGATTCGATTTCATACCTTGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTG
GCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAG
GCATTGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCA
AGCCCTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAA
ATTTGTCAAGCATTGCCAGAATCTTCTTGGAGGGCAATAATTTGACAGGTAGCATACCTCCAGAACTTGGGGATTTGGAGAAACTTGAAGAATTGCGTCTGCAGGGTAACAGGCTGCAAGGAACTATTCCTGGCGACAGTCAATCAATGAATGTGACTCCAAATCTTCAAGGACCGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCT
GGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAGGAGCAGTGCGGATATAATGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCA
CACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGCTAGTACCTCTTGAAATTATTATGGGAAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAACACAGAACCAATGCTACCATAATAATTCCTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAAC
AAAAGGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATGCGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCAT
TTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGGTAATAATTTGACATTGATCAAAATGTTTTCATGTAATATTTTATGTTCTGGTCTTTCCTTGCAGGCATAGTTTGTGAATGTGTTCTCTAACTTGAACCCATGCCGAGAATATCTTCAGAAATAGTATACTAGGGACTTCACATCTTTCCCCTTTCTTGACATGCCTTCCGGATGC
TCTATTGCATTAGACCGACCTGCTAGCGTCTTGTCGTTATTACAGGGATTATACACTATAACTGTTGCCATCTATGACTTGGGTATTGACCTCAGATTGTTATGATGTCTTTGGATACTAGCCTAAGATTTCAATATTACTTTCCAAGTTTACATTTTCTGGACCATGCTCCAGGAAGGTACCGGTAACTTGGGGTCATT
CCCGTTCCAAATCGCACGCATTTAGATGGACTGTTAAAATAGAACTTTGTCCCATTAATGAATATTGGTTTGAAGTCAAATTTTATTTTGTTCCGGTGCTTTTTAATTTAAATTTTGCAGTATAGATAACAGTTTGACATTAGGACACGTCGTTCAGGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAAAT
TGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCG
GACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAG


>TRINITY_DN40810_c1_g1_i17 from sample A6 / Example unspliced isoform:
TAATAAACAAGCAAATGCAATTCAAAATCTACATGGAAAATAATTCCCAAAGGCTTGAAGAAATGGAGGAGAAAATGGGGATGCTTCAGGACATAATTGCAAAGTTGGAGATGGAGAAAAGGTCAACAGTTGAGGTTATAAAGTCAGAAGTTCCTCCAATTCTTTTTTTCCGGATCTTTTGGGGTGGACCATTAGAGGGA
AAAGGAGTAAGACACAATGCAATAGGAACCAACTCAAGCAGAGAAGCAGTCCTCTGTCATCCAATCATCCAAGGATATAATGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCACACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGCTAGTACCTCTTGAAATTATTATGGG
AAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAACACAGAACCAATGCTACCATAATAATTCCTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAACAAAAGGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCA
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CATAGTTTGTGAATGTGTTCTCTAACTTGAACCCATGCCGAGAATATCTTCAGAAATAGTATACTAGGGACTTCACATCTTTCCCCTTTCTTGACATGCCTTCCGGATGCTCTATTGCATTAGACCGACCTGCTAGCGTCTTGTCGTTATTACAGgtagcgtcttgtcgttattacagGGATTATACACTATAACTGTTG
CCATCTATGACTTGGGTATTGACCTCAGATTGTTATGATGTCTTTGGATACTAGCCTAAGATTTCAATATTACTTTCCAAGTTTACATTTTCTGGACCATGCTCCAGGAAGGTACCGGTAACTTGGGGTCATTCCCGTTCCAAATCGCACGCATTTAGATGGACTGTTAAAATAGAACTTTGTCCCATTAATGAATATTG
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GACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAG



Intron 12 GTAATAATTT ... CGTCGTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A127.121292076
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A522.5836516
A622.32705897
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A826.7628661148
A920.5134150126
A1024.5728753134



>TRINITY_DN40810_c1_g1_i9 from sample A6 / Example spliced isoform
CTCAGCCTCACCAACTCTCCAAGGCGCGCCCCAAGAATGATGAGAAGACGAGGCCGGCCGACATCTTTCCACGACATCGTTAACGTTTTCCTGTACTTTGCAGAGAAGGGAGCGCAAGCGAGATTCGAACCCTCTCCCTCCCTGTCGCCGTGCGCCGTAACGGACTTAACAACTCAGCTCGACAATGTCGGACGGACTGG
CCGTGAATGTATTTCAATCCCGCTACTAACTAATTCTCTCCGTCTATTCTACTCGGAAGCGACAGATGCCGTTAGACGGCGCCTACTGCCGACGCCGTCTTATTTATAATTCTCCTTAGATACGTATACATATACGTATAGTACAACTGACGGTAGTGGCCAAGTTCCCGACATTATCATACGAGGGAGCCCAGCTGTTC
GGACTTCGTTTTTACGTCAATTGACGACGATCCGATTCGATTTCATACCTTGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTG
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AGCCCTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAA
ATTTGTCAAGCATTGCCAGAATGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAG
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TTATTTCCAAAGAAAGGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAAATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAG
GAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAGTTGGCAGACTTTGAGATATGGAAAACCATATTTGCAAAGAATGAAAGGAGGTCAATCTTCAAGGGCAGTGCAACCGCGGCTCGTGATTCTGTA
GAATCCTCAGAGAGAGATGCAACAGATATTGAATTGAACTTGTTTAGCTTTGGAGTGCTGCTACTGGAGATTATCACTGGGCGATTTCCATATTCCAAGGACCAGGGATCCTTGCTTGACTGGGCACAAGAATATCTGGAGGTCCCTGAAGTCATTTCGTACTTGGTTGATCCTTCACTCAGGCATTTTCGTTACGGTGA
CCTCCAAACAGTTTGTGAGGTGGTGAGGCTCTGCATTAAAGCTGACCATACAAAGAGACCATCCATGAATCAGATCGTTAGTCTGCTTGAAGCTGGTATTAACCCATCATATGAGACTGCAGATCTAAAAGAGTCTCCCTTGGTGTGGGCAGAGGTCACACTTCTATCCTAATTGTATATGAGGGAAGCTGATACGCTTA
TTTTCTTACCCTAATTTTTGTTCAAAGCGAAGTTATATGCTTACTTTGACATCAGTTTACTGTACATCTACATTTTCCTTCTGTTAACAGAAGCGAATGCATAGACTAGGTCATAATTTGCCTGGCATCATGATAATCCATGTGCCCCTCTCATATATAATTGTATCATACCTGGAGGTTGGAGCTTCCATTTCTCACCC
TCTTTCTAATACCGAAATTCTTTCATTGATTGATTCAATGCAGTTATCTCTTCCAAGGTAAGGAAGATTGTACAAAGATAAGTATAATTACTCCTTATGTTCTCCAGACCAGACACATCATCATCATTTTTTGTCTTCTGTATGAAACCAAAATGTTCGCGATAGGCAGTTTACCGTTTACCATGGAGTCCATCTTCTGT
GGACATTGTGTCAATTTTCAAATTGGCTTTTAATCAAGATATATACCCAACATGTATGTTGAATAAAACCCAACATATATTGTGAATGTCATTTTCAAATCGATCTGTTATGTAATAAAGGACTGTCTATTATTGCCCCTGCCTTTGGCAGATGACTATGAAATGAGCTCGACTTTAACTCCTTATTTTTCGCCACTATA
TTTCAGTTGAAACACGCTGAAATACTCCACATAGCCTGGAATAGGTAACCTTTCTGGTACCATATTGCAGAGATTGATATTGACTTCGTGTTGGCCTTTCTTGCAAAGTTTGTAGACAATGGTTTGTTCACTTGACTTATTAATGGAA


>TRINITY_DN40810_c1_g1_i17 from sample A6 / Example unspliced isoform:
TAATAAACAAGCAAATGCAATTCAAAATCTACATGGAAAATAATTCCCAAAGGCTTGAAGAAATGGAGGAGAAAATGGGGATGCTTCAGGACATAATTGCAAAGTTGGAGATGGAGAAAAGGTCAACAGTTGAGGTTATAAAGTCAGAAGTTCCTCCAATTCTTTTTTTCCGGATCTTTTGGGGTGGACCATTAGAGGGA
AAAGGAGTAAGACACAATGCAATAGGAACCAACTCAAGCAGAGAAGCAGTCCTCTGTCATCCAATCATCCAAGGATATAATGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCACACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGCTAGTACCTCTTGAAATTATTATGGG
AAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAACACAGAACCAATGCTACCATAATAATTCCTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAACAAAAGGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCA
ATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATGCGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCATTTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGgtaataatttgacattgatcaaaatgttttcatgtaatattttatgttctggtctttccttgcagg
catagtttgtgaatgtgttctctaacttgaacccatgccgagaatatcttcagaaatagtatactagggacttcacatctttcccctttcttgacatgccttccggatgctctattgcattagaccgacctgctagcgtcttgtcgttattacaggtagcgtcttgtcgttattacagggattatacactataactgttg
ccatctatgacttgggtattgacctcagattgttatgatgtctttggatactagcctaagatttcaatattactttccaagtttacattttctggaccatgctccaggaaggtaccggtaacttggggtcattcccgttccaaatcgcacgcatttagatggactgttaaaatagaactttgtcccattaatgaatattg
gtttgaagtcaaattttattttgttccggtgctttttaatttaaattttgcagtatagataacagtttgacattaggacacgtcgttcagGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAAATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGG
GACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGGGCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAG



Intron 13 GCATACTTAT ... CCCATGTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A530.8214.658
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>TRINITY_DN117359_c0_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform
ATCACTATGTCAAAATCAAAGCATTTACAAGGACGACTGTCTTCTTCGAGGTGCATACACTTGACTCAATCATATTTGGACAAATGAGGTGGGATTTAGTTGACTAACTGACTCAAGATGGAGGATAAAGGGTTCTTATGTAAGTCCACCAATAGTACGAACAAATAGGGAAGTGTTTTAAAACGGGTGTGTGTTCTGAG
GTACCTTTCTCCTTTGATCCTAACAATAACGTTTCCCTTTCTTTCTTTCTTTTCTTTTTCTTTCTTTCTTGCTTTCTTTTCTTTCATTCATTCATTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCGTTCGAAGCCCATAAACTCCGCTGCAACGGCACGGCAATGCATTTCTTTATTCTTGTTCCTTGTTCTTGTTTGTTTACTTCAC
TTACTGACAGTGGAAGTATTTTTCTTTTGGAGTAGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTT
TACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAGGCATTGTTAATAATGGT
GGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCAAGCCCTAAATCTGCCAT
GCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAAATTTGTCAAGCATTGCC
AGAATGTATAATGTACAGGGAAGAAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAGGAGCAGTGCGGATATAA
TGTTGTTGGATGGAACCCCGCACCAAACCACACAAGTACTGGAAAACAAGAACATGGAGCATCTAAGGGAAGGCACATTTCAAAGCCTCCCTGGCTAGTACCTCTTGAAATTATTATGGGAAGTATTGTGGCTTTGTTTTTTGTGCTTGCTGCCATTATGTCCATCTTCAAACACAGAACCAATGCTACCATAATAATTC
CTTGGAAGAAATTATTGAGTGGCCGTGAACAAAAGGCATTGATCACAGATGTTGGAGCAATCAACGGCGTTCCAATGATGAGTCGAGCAGAGCTTGAAACAGCATGTGAGGATTTCAGCAATGTTATTGGCTCATCTCCTGATAGTATGGTCTATAAAGGTATATTATCTCAGGGAATAGAAATTGCCGTAACAAACATG
CGCTTTGCCAGAGAAGATTGGACCACCCATTTAGAGATTTATTTCCAAAGAAAGGTGGCAGACCTGGCAAAGTTGAATCACGGAAACATTGTCAAATTGTTGGGATATTGCGCAGAAAATGAGCCATTCACAAGAATGCTTGTGTTTGAATATGCTTCCAATGGGACACTGTACGAGCATCTTCATTATGGCGAGCCAGG
GCAGTTAAGCTGGTCTGCTCGAATGAAAATTATAGTAGGAGTGGCGCATGGGTTGCAGTACATGCACCATGAACTCATACCTCCTGTTGCTATTTCGGACTTGGACTCCAATGCCGTATACCTGACGGAAGACTTCTCGCCAAAGGTGGGTGGTGATGATTTAAGATGAAACTACTTGGTTTTGTTTATTTGTCCTTAAC
CTGGAGAAGGAAAGAAAATAAAATTCAATATAACGATTTGTGTTATGTTATTCGAACCTCTAGCACTAGGTGTCGGAAATGCGTTTTCACGTTTGCAGCTTAGGTTTTATGGTTAGTTTATCGTCTATTGTATCTCCACTTTGATGGTTTTGATGTCAGCTTTATGCTAATGAATGCTTTTAATTGTAAGAAGGTGTCTT
AGAATGCACGATCACTAGATAATTAATAACATATATAACAAATTGTCTGTTGAACTGTTGTAAAAAGGCCTTGTTCCATGAATTCCCCTTATGAAATTGAGTTGTTTTGGGGGGAGTTCATCGAGTTTCAACTTGTCACTAGATAATTAATAAGATGTATAACAAATAGTCTGTTGAACTATTGCAAAAAGGCCTTGTTC
CATGAATTCCTCTCATGAAATTGAGTTGTTTTGGGGAGTTCATTGAGTTTCAACTCGTGCTACCTGCGACGAGGTGGTGAATCCTGCCGAGCAATACAAACTTCTTGTGTCAATGCTTTGGACAGTTGAGATTGTAGATACACTAAGTCCCTTTTGTTTTCCCTGTTCAGTTGGCAGACTTTGAGATATGGAAAACCATA
TTTGCAAAGAATGAAAGGAGGTCAATCTTCAAGGGCAGTGCAACCGCGGCTCGTGATTCTGTAGAATCCTCAGAGAGAGATGCAACAGATATTGAATTGAACTTGTTTAGCTTTGGAGTGCTGCTACTGGAGATTATCACTGGGCGATTTCCATATTCCAAGGACCAGGGATCCTTGCTTGACTGGGTATAGGCATCTAG
TTTCTCTTCATCTAACATTTTACAAAACCCCAACTAGAAACTAAAGCTGAACTTTGACTGTGCAGGCACAAGAATATCTGGAGGTCCCTGAAGTCATTTCGTACTTGGTTGATCCTTCACTCAGGCATTTTCGTTACGGTGACCTCCAAACAGTTTGTGAGGTGGTGAGGCTCTGCATTAAAGCTGACCATACAAAGAGA
CCATCCATGAATCAGATCGTTAGTCTGCTTGAAGCTGGTATTAACCCATCATATGAGACTGCAGATCTAAAAGAGTCTCCCTTGGTGTGGGCAGAGGTCACACTTCTATCCTAATTGTATATGAGGGAAGCTGATACGCTTATTTTCTTACCCTAATTTTTGTTCAAAGCGAAGTTATATGCTTACTTTGACATCAGTTT
ACTGTACATCTACATTTTCCTTCTGTTAACAGAAGCGAATGCATAGACTAGGTCATAATTTGCCTGGCATCATGATAATCCATGTGCCCCTCTCATATATAATTGTATCATACCTGGAGGTTGGAGCTTCCATTTCTCACCCTCTTTCTAATACCGAAATTCTTTCATTGATTGATTCAATGCAGTTATCTCTTCCAAGG
TAAGGAAGATTGTACAAAGATAAGTATAATTACTCCTTATGTTCTCCAGACCAGACACATCATCATCATTTTTTGTCTTCTGTATGAAACCAAAATGTTCGCGATAGGCAGTTTACCGTTTACCATGGAGTCCATCTTCTGTGGACATTGTGTCAATTTTCAAATTGGCTTTTAATCAAGATATATACCCAACATGTATG
TTGAATAAAACCCAACATATATTGTGAATGTCATTTTCAAATCGATCTGTTATGTAATAAAGGACTGTCTATTATTGCCCCTGCCTTTGGCAGATGACTATGAAATGAGCTCGACTTTAACTCCTTATTTTTCGCCACTATATTTCAGTTGAAACACGCTGAAATACTCCACATAGCCTGGAATAGGTAACCTTTCTGGT
ACCATATTGCAGAGATTGATATTGACTTCGTGTTGGCCTTTCTTGCAAAGTTTGTAGACAATGGTTTGTTCACTTGACTTATTAATGGAAAATTTTGGTTTCATCTTAGAATTAACTAGATTTCGCATCAGTTAGTTGAATGGGAAGTTGAAAATGCA


>TRINITY_DN117359_c0_g1_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GCGAGATTCGAACCCTCTCCCTCCCTGTCGCCGTGCGCCGTAACGGACTTAACAACTCAGCTCGACAATGTCGGACGGACTGGCCGTGAATGTATTTCAATCCCGTTACTAACTAATTCTCTCCGTCTATTCTACTCGGAAGCGACAGATGCCGTTAGACGGCGCCTACTGCCGACGCCGTCTTATTTATAATTCTCCTT
AGATACGTATACATATACGTATAGTACAACTGACGGTAGTGGCCAAGTTCCCGACATTATCATACGAGGGAGCCCAGCTGTTCGGACTTCGTTTTTACGTCAATTGACGACGATCCGATTCGATTTCATACCTTGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGAT
TCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCT
TACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATTGAGATAAAGACGATGAAGGCATTGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCG
GTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCCTTATGGAGCTTCTGTTCAAGCCCTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAG
AGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAAATTTGTCAAGCATTGCCAGAATgcatacttatctctgaatgaagaaacgtgagatcttaaacgctagtaacagtgtttatgaatatcccatgttagGTATAATGTACAGGGAAGAAA
ATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTACCAAGATCTAGTTTTGAATGGAACTGCTTGCAAGACAGTGGAGCCGATTTGCATCAACGCCCACAGGAGCAGTGCGGTTTTCAATTCCTCTTTCTTATCCGGCAACAAA
GAATAGGAGAGCCTTGGAGAAATTGTGCTCAGGACCAGGCCATGAATCAGATCTAGGTTTTTGAAGCTGGTTTGATAGTCTGGCTTTGGTTTGAAATATTTGGCAGCTCCCATGGCCATTCCGAATGATGTGGAATATGTGAGAATTCAGACTTGCTAGCGGAGTCTAGAAGTGTGTGAGGCATGTTGGGGAGACTCAAT
AATTTTTTTTGTTATATGTTCAGAAATGGGAATGATGGA



Intron 14 GTAAGATAAA ... TCTTGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A920.28571910
A1016.365.119.36



>TRINITY_DN126592_c9_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform
GTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGATGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATA
ATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTACGTCAATTGACGACGATCCGATTCGATTTCATACCTTGTAAGCCTGCAGAATCAAGATATTCAGGTAGGAATTGAGTTGAGTACCAGATTCGAACCTCTGGATTCCGGAAGAAAATTCAATGGTTTCAAGAAACAGAAACAGGCCGCTGTAAATTTTACTAAATGTGA
TGTGAGGATCGAACCTTGGCCGCTAGCAAAATTTTTACCCTCGGGGGCCGAAGGCGGAGCTAAATTATAATACATAATGCGAGTTCTTGAAATTCTTTTTGTCAAATGGCCGAGTTGGGATCTCAGGGAGAGGCTTACAGTTTTGATCTAATAGAGGTTTAGTCAGGCTAGAATTCATCTTGATTCTTAGAATTCAGATT
GAGATAAAGACGATGAAGGCATTGTTAATAATGGTGGTAGTATACGGCGCTATTCTGCCAGGGTGCAGCTCTATTTCTGATGAAGGTCTGGCTCTGCTGGCATTCAAAGATGCCATATACGACGATCCCTACGCGGTTTTGTCGAATTGGAACGCTCTTGATGAACAACCCTGCAATTGGTCCGGGATCAACTGCTCGCC
TTATGGAGCTTCTGTTCAAGCCCTAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCA
TTCCCAATGAAATTGGAAATTTGTCAAGCATTGCCAGAATCTTCTTGGAGGGCAATAATTTGACAGGTAGCATACCTCCAGAACTTGGGGATTTGGAGAAACTTGAAGAATTGCGTCTGCAGGGTAACAGGCTGCAAGGAACTATTCCTGGCGACAGTCAATCAATGAATGTGACTCCAAATCTTCAAGGACCGTATAAT
GTACAGGGAAGAAAATCTGGTCTGTGCAGTTCAAAGCAGTTGAAGATTGCAAATTTCTCTTATAATTTTCTTGTTGGAAGAATTCCTACATGCTTGAAATACTTAC


>TRINITY_DN126592_c9_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTAACTAGTTGTATTGATATTTTGTAAATGTTCTAAAAAATTTGAATCTTTTTATCTATACTTTATTTTTGTATTTGTAATTATATATATATATATATATAAAACCTGTGTTGCGTTTCAACATATCCGATATCTTATGCCAAACACTTGTATCCGTGTGTCTCACATGTCCCCTAGTCTCATGTGACATAGTATCTCAT
GTAAATGGAATCACATATATATTTTTAATTTGAAATTAATTGAATTGAAAGAACATTTCAGGTTTTAAGACCAAAATTATTTGTCTAGGGCCTTTCTTTCCCTTGATTTGTTAAGTCGTTCCAAGATGGTTGAATAGGTTACTTCTTGTTTTGTTTTGATGCATTGTATGCTTGAGATTCGAAGTTCTTGAAATAAGTTT
AAAAAAATTATGTGCAGAAATCTGCCATGCTCATCTCTTAAAGGATTTCTAGCACCAGACTTGGGCTTTCTAGCTTCCCTGCAGACACTGTAAGTGCCAATTTCTCAAATGAAACTTGCACATGAGGCAACCTTTTGTCCTGTCATAACTTAGTCTAGGAATATGCACACGTTCGCCAAACTGTTGACATTACCAACTTC
GAGCAAATTGGGATCTTGTGCAGGAACCTTCGTGCAAACAATATATTGGGTACCATACCAAGAGAACTTGGTCGACTTAAGAATCTACAGAACCTGGATCTGGCTCTAAATCAGCTTACTGGTGCCATTCCCAATGAAATTGGAAATTTGTCAAGCATTGCCAGAATgtaagataaatccaaactggtgcacttcgatta
tctccgacgccggatattattaacaaaaacattagtctgttccccagttgattacttttaaatgcactcgcataagtatctaacttcttgtgcagCTTCTTGGAGGGCAATAATTTGACAGGTAGCATACCTCCAGAACTTGGGGATTTGGAGAAACTTGAAGAATTGCGTCTGCAGGGTAACAGGCTGCAAGGAACTAT
TCCTGGCGACAGTCAATCAATGAATGTGACTCCAAATCTTCAAGGACCGTGAGTGGATAACGCTTGTTTTCATTTAACTTTCATGAACAAGATGAACTAGGATAACTACGAGAGTACTAATGTTTATCAATTTAACTTTAACGAATGAGATGAACTAGGATGACTAGGGAAATACCGAAGAAATTAATTATAAACGAATC
AAGTACATGAATAATAAAACAATATGCTACTGTACGTTTCCTAGATAGGAGATGGCTTCAATTATGTAACAACTATTACAACTAACGGTCACTACTCTTCCTTTTCAATCACCATAAATTCCCCTAAAATCCAGACATGGATGTTATCTGAGTCTGCAGTTATGGGGGTGTTGTGTGAAATCCTCGTAGGAATGGAATTG
CCCTCAATAATAAAGGTATGTGATTGTCATATTATTCCACAATTTTTTGTGAATAACTTGCAAAAACGCTCTTTGTAGGTTTTGGTCCTTGGATGACCTTGTTGGGACGTTGGTATTGCTGCAAGAATGTCTACTATTACGATAAAACATGAAACATTTCTTCTTTTGAGCGCTGAATGACCAAGCAAAGAATTTTTGTT
TGGACATTAGTGAAGCTACTAATAGCCTTCACAATTTTTAATCTTTTTTCTACATTGGTTGTGAAGACTGATCCACAGTAGCACAAACTTTTGCTTGCTTGGCCCTCCCTTCGCTCTTCTCTATGGCTTTTGTGTGTGTGAGAGAGAATAATAGCAGTTGGATGCACCTATCTTATAGTGTCTTGGAATAGCTTCCACAA
CAATAAATTCTCCTTCCTACCTTCTACCTGACTTTAAAACTAATCATGTACCAAAAGGTACTTAGTCTATCATCTAGTTTAAGTATAGTAAGAATAGATGTCAACATTTTTGTAAAGTTGGTGAATGTTCCTCTTGCTCAACACTTTACCTACACTCTAGAGGACTAATGACCAGCTTTTAACCTATCTCATCATGGGTG
AGAAAGCAGACCATATCTAGCACAGTATTGTCAGTGTTGGTGTGATTGTAGGCATTCCTAAACCTCTCTCACTTTTCAATACTAGCATATAGTCCTTGCCGTGGCAAGCCTTTTTAAAATATCTGAAAGGCACTATACTAATTTGTATCACTGATGCGCTTATCTTCATGCTGGAATAATTAAAAACATTTGATGGAATG
GTTAGGGCATGAAAACCCCCTTGAGCTGATTTCCTCTCCAACAGATATTCTTTTACAGTTTTTGCAAGTTAGTCAAGTCATTTTTAAGATGTAGGCATCTCCATCTTAAGCATTAGCAATGGTAACAATTAGGTTGAATGGTATTTTCTTCCAAGATGGTTTTACATGAAGACTACCTTCTTTGATGTTTATGTTTCCTA
AGTACTTTAAGCCTTGGGCTCTCTAAGGGTTTTAACAATCTATCTGGCATAAAGGACAAGCTTTTGACTATAAATGTTAATGATGTCCAACCCTCTTCTTTAACTGGGAGTATAACGTAACTCTCACTCTACTCTATGCAAGATCTTTTGCTTTCAACAAACACATGCAGAGATTGTTCGTCATTCTAGTTGGCTTCATA
TAAGTTGCCCTGAAGAGACCTAGATAAAGTAGTAAGTTCTGATAACTTGATAGCAATATGAATTCTGTTTGTCCGTTTGTTCTACCAAAGGACTCTGCATCTCTGAAAGAGAGGCCGTGACAGTGAAACCAAATTGGATGAAAGATCCAAGCTCAATTGTATTCAATAAATCTGCTTGTGGTATAAGAAGGGCTTTGCAT
TTATTATCCTTTTACAGTAGGTTGTGGAGATTAAGGCACCATAAGGAAGGATGTGGTTCTCCGCATCAGCAACACAGTAACATCTAAACAATATATACCGGGGATGGTATTCTACATCCCATTAAGCATTCTATGCAGCTTTTTCTTTGTTTCATGCAAATGTATCCCTAATAATTAACGTAGGGATTATAGATGTCAAG
CCATGCAATGCTTGGTTAGGGTTAATATATACCGGGGATGGTATTCTACATCCCATTAAGCATTCTATGCAGCTTTTTCTTTGTTTCATGCAAATGTATCCCTAATAATTAACGTAGGGATTATAGATGTCAAGCCATGCAATGCTTGCATAGTGGACATGCACTGCCTTATTCCAGGGAGTCATATGGCCAATTCACCC
TTTAGGCCCCAAGTAATCAACCTGTGGGTCAGTGCTGCGTACAGTTGCCTCTCCTGACACATGGGCGTAGCTCAACACAGCTGCACCTCTCATCCATAAGAAATCTAGCAAAATATCACCTCTGTAGTGCTAAGGAAGACATCATTCCTCAATAAAAAAAGGAGTTGAATCATATAACAATAAGGTTAGTTCCCCATTAA
CATGCCTAGATATATTTTGTAACTCTTATGGCCAAGATGAGTAACCATGGTGTTCCAAGTACCTCAATGCATACACCTCATATAGATGTATATCTTGAGTCAAAGTGGTCTATATAACTAGGGTTAGTTGTCCGTTTCTACTAGCTAGGCCAGTTCATGTCACATGTGAACCTTATTACGACGTTAGATGATCACAATTC
ACTTCAGACATAAATTACCACCCTAGGGTCTCATACATCTATGCTTCATGGCATCAATTACTACCCCCACCTCATACATCTTTGGTTCATGGCATCATGATGTATAAGATAATTCTGCATAACACACAAATATATGTTTTATAGCCATAAAAATGACATAGAAATTAGATCGCCATCAATGAAACATAATCCCATATAAT
GTGTACCACTATCCATATGTAAACAAACGGTCAAAACATTGTGCATACTTGTTCATGAAAAGTGATAAAGAATGTTGAAATGAAGAACTTCTTAGAGATTTATAGTTCTAGTCCCATAGTCTTCTGTATCACGTTGGTTTAGTTGTTGAAATTTTACCATACATGAAAATTGTTGTGATGTAATTTTCAATACATATCTC
AGAATCAAATTGTGTCTATGCCAATGCGTGGACCTTTTTGCGGCACCCCAAAATCTTGTATTATTTAAATTTTACTTCAGATGCAAAAGTATGATTGCTACAATGTTACTCGTCCTCATTCTACACTCCTCACTCCTCACGACTAGACTCAGTTGCTCAAGAGTCAAGTCTCGACTCTCGACTCCCATGCAGAGCCGCAG
CTTGTAGGCATTTGCTGAAGCCATCGCTAAAGTTGGAAGTTGGAACAAGCTACAAATTTACAATTTGCAGTTGCACTAATGTTGAAGCTTTAAATTCATTATTTATTGATCACTGTTTATTGTTTTAAATTCAATTGGTTTTAATAAATCCACTGGATTTAATAAATATTGGTATTCATAACTTACACGGGAGAAGAATG
TACAAAACAGTTAATTCATTGTTTATAAGTTATAACTTATAACTTATAGTTCTTTGTTTATTGATCATGGTGTTTAGTCATATATGTTTATGTAAATTTTCATTATTTTGTAGTATATTATATTTTTAAATTTAATAATTATTTATATATACACACACATACACAAAACTTAAGCTGAATCTCAACTAAACCTCATCGAA
AAATTTGAATTCGAATCAAGTCAATAGGTTGTTGAATTCGAACCATGTGACTTAGAAATAAATCAAGTAGAAAAACCCTTTTCTTAGGTTGACGAGCTTCTCCCAAGAAATCTAGGCTATCACACCCACAATCTCAACAGGGTCAAATACCTCCCTTGGGTAATTTCCAGCTGAAATACAAGCCCCCTCTTACTCAAAAG
TGATTCTTAGTCAAAATCTAGCTCTAATACCATGTAAAATTTTTGCGTTGGTGATGAATGCAAAACATAAATTTCACCTTGAACCTTAGAGGTTTCTCGGATCTTGACCTTGTGAATTTTCAGCCTTTGGGATTGTTGCCACCGGAATGTGCACCTGGTTAATGCAGCAAAAATCTCTGCTACTGCTCGATGCGCCCTTG
GGGGCAAGTCTCGAGTCAAGGCTGTCACTTGATCTTGACTCCTCTGTTTAGGCCAACTCCTAACCAAAGCCGAGGGGGGTAGTCCCTACGGAATGTTTCTCA