sp|Q6H849|NRL4_ORYSJ ----> Bifunctional nitrilase/nitrile hydratase NIT4

Intron 1 GTATGAATAA ... TGCTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.83	48	39	39
A2	48.08	54	35	65
A3	38.1	78	39	57
A4	52.66	49	50	59
A5	44.76	29	24	23
A6	42.64	448	317	349
A7	39.07	425	210	335
A8	38.71	327	165	248
A9	40.98	378	221	304
A10	39.51	359	227	242

>TRINITY_DN41534_c0_g3_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

TCAACATATAACCACATTTAGAAAATTTAGGTTTACCTTATTGATCCATGATTTTCCTAATAATGTTAGTCAACATATAACCACATTTAGAAAATTTAGGTTTACCTTATTGATCCATGATTTTCCTAATAATGTTAGTCAACATATAACCACATTTAGAATATTTAAGTGTCTTATATGATTCATTAGACCATGGGATT
TATTAGACACGACAGCACAACCCTATCCACATAGGGTGCAAAATGATTCATCCTCAAGGGGTCACATATGGAACTGCATCACCAATCTTAAATCAACCAAATAACAACAATTATGGCAAACCCTAAATTTATCAAATCCTAGAGATTTTTTTATATAAATCCTAAAAGCCACATTATACTCCAGAAGTCTTTCAGTAAAA
GTTAAATAAAATTAAAAGCATGATTTGTTCCACGACAATAACGTATTCTAGGAATGGCTAACCTAAAACAACGTCATCAAAAACAAAGAGTACGAAAGTTGAGAGTATAACAAGAAAACATGAAGATGCAACCTCGCGTTAAGAGAAATTTCTCGGACCAAAAGACTGGTGGGAAGATTGCAACACCTTTCTCTAACTTG
TCTTGCTCCCTTGAGTATGTAGCAGTACCGTCCTTGATCCATAACATAATATTTGTTTGCAACTTCAAACTTATCTTTACTAGTTGTCCCCTTTATCACTGTGCAACAAATATCCAAGGTGGACATGCATTCCACTTGTTAATTATAGTAGGCAATTCTTTCAAATTTATTTGGCAGCTAAAAATGACTTGGATTTTCTC
TTGGAATAGATCACGAGGTATTTTAATAGAAATCGTAAAAGCGTATTTTTTAAATTGGATATTTTCTTGATTACAGGTTGCAAATGATTCCAATCTCAACAGCTTTGAGATTCCTAAAAAATAAAATAAAATTACTCTAATACCCATGGATGCCTGAAAGCAACCTAGTCACTTCAACTCTCAAGTTGAAACAACAGGTT
TTAAGGATGTCCTTTAAAGAGAAACTAAATGAGTTGTACTTAGATTACAAGAAATAATCCACATGTTGGACAATAATTATCTTATCTGTTAATATGCCATTCCATATAGGCCTTAGACCAGAAGAATAAGCAACACCAGTTAACCCTAAAAATATTTTTTTTAGAGCCTGGTAATGATAATAATATAACCAAATAAAGGT
TTTAAGAGATATTTTCTTATAACGACCAATAATATGTTGGTTTTTGCTTGTCATTACAATTTCAATTGAATTTGGTAATGTTTGTGGGAATTCAATAATGCTTTTGAAGCAAATTTACAATGCAGAAAACAAGTTTTCAAGCACAACATGGCAAAGTTTAAAGTGCAGTAGGAGCCTAACAACGTTTTTTGAGAACTTTT
GAGTGTGCCCGACAAGATTTTAAGTGTAGAAGCAATTTTCGAGCAAATTTAGTATGCAACCATCATGTTTTTGTGCACAGCAACAATCTACAGTTGTTTTCCAATGATTTCAGACAGGTCAATGGAGTGGTTATCTACTAACATCAAACTGCAGGTCATGGGTCTAAAATTCCTATATTCCATGCTGTGAAGCTATCAGC
CATAAATTTGAAGCAGTAGTTAGAGGGAGGCCAAGAATCATTTGTTCAAAATGTGATCCTAAAATTTTAAAAAGAAAAATTGAAATTGGACTTTTAGATATTCCATGTTGATTAAAGTTAAACTATATAAAAAATTGTAATCAAGCAGAAGAGTTTAATAACCTAATGGCTAAATTGATTGAGCAACATTAGTATTATTA
AGAGTTTGTTTTTCTTGGAAGTTCTATATAAGGCATTGGAAGTGTTTTCAATAAGGAGAATGTACCTTTCTATTTAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAGAAAAAGCCCTCTCGAGTCAAATGCCCCATTTCTTTGGGTGCCCAAATTGGCAATACCCGATAGGCTGTCATCGGTGTACAAATTTATCTCCATCTGACAGATGG
TTTGAAATTCATGAATCTTGTTTCCACTCACATTCCTTCTCTGGAATTTCATGGATAAAACCCATTTCCTCAATAAACAATTGATGAGGAATACTTCAAAACACCTTTAGTGGGTAGCTAGTGGTTGGCGTCCGCTGTTGACTTGGGAAAAAGGAAATGTTATGCAAACCAATGAAGTGTGAAGGAAGAATCCATTACAG
GCAGGCATCGATGTTTTGATTTGTGGTACTGGTATTCCAACAATTCAGAAGTCAGTCAATTCTGAGGTGAAAGATCATGTGTCCCTTGCGCATCATTTTGGTGTTTCTTTCGGGCTTGGTGGCTGGATACTTTGCCTGGCAAACGTTCCGGACCAAGGAAGACGAAGCCCAAAACCCACCTCAAATCGATTCAAACACAG
AAGATGCAGCCTCCCACAAATTGGGACTCTTCAGAAAGGTTCTTGCAGTAATTGTTTCAGCATTTTGGACATTTGTGGAGATGGCAAGTGGAAGATACTTGTGGCAGAACTTGGTCAATCACAGCCACAAAACAAATAACAGTTAAATCCTCAAGGCTGTATTGGAGGAAAATGCATATTTCTTTAACTTGTTGTCTCAA
TGCTATTTGTCTCAGCATTGTAATGTATGTAATGTTTATTTTTTGAGCACGACAGAGTTTCTGTCTATTGTTTGGTGAGAGGTTCCATCATGTTCTGAAATCTCATGATTGAATGCACTTATAATAAAGCTGTCAAACTCAGACATCATGTTGTTGATGAGAAATATAATAGTATCATGTGCTATATATGTGTAAGCTTG
TGTATTAGAGAGACCATGCAATCCAAAATTTCTACAGCAAAGAAAGTTGAAGGCTTGAAGCTGATTGTCCTGGTAACCCCAAATTAAACATACAGGGAATGACTTAATAGTTAGGTCAATTAATGGTCTTTTATTCCAATTGGAGCTTATGTACCCCATGTATTTTGTTGGAATGGACTCCTGTAAATGATAAATTTCAG
CATAAAAATGTCTATAAAAATGTCCATGTAGTTACATTTTAG

>TRINITY_DN41534_c0_g3_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCAACATATAACCACATTTAGAAAATTTAGGTTTACCTTATTGATCCATGATTTTCCTAATAATGTTAGTCAACATATAACCACATTTAGAAAATTTAGGTTTACCTTATTGATCCATGATTTTCCTAATAATGTTAGTCAACATATAACCACATTTAGAATATTTAAGTGTCTTATATGATTCATTAGACCATGGGATT
TATTAGACACGACAGCACAACCCTATCCACATAGGGTGCAAAATGATTCATCCTCAAGGGGTCACATATGGAACTGCATCACCAATCTTAAATCAACCAAATAACAACAATTATGGCAAACCCTAAATTTATCAAATCCTAGAGATTTTTTTATATAAATCCTAAAAGCCACATTATACTCCAGAAGTCTTTCAGTAAAA
GTTAAATAAAATTAAAAGCATGATTTGTTCCACGACAATAACGTATTCTAGGAATGGCTAACCTAAAACAACGTCATCAAAAACAAAGAGTACGAAAGTTGAGAGTATAACAAGAAAACATGAAGATGCAACCTCGCGTTAAGAGAAATTTCTCGGACCAAAAGACTGGTGGGAAGATTGCAACACCTTTCTCTAACTTG
TCTTGCTCCCTTGAGTATGTAGCAGTACCGTCCTTGATCCATAACATAATATTTGTTTGCAACTTCAAACTTATCTTTACTAGTTGTCCCCTTTATCACTGTGCAACAAATATCCAAGGTGGACATGCATTCCACTTGTTAATTATAGTAGGCAATTCTTTCAAATTTATTTGGCAGCTAAAAATGACTTGGATTTTCTC
TTGGAATAGATCACGAGGTATTTTAATAGAAATCGTAAAAGCGTATTTTTTAAATTGGATATTTTCTTGATTACAGGTTGCAAATGATTCCAATCTCAACAGCTTTGAGATTCCTAAAAAATAAAATAAAATTACTCTAATACCCATGGATGCCTGAAAGCAACCTAGTCACTTCAACTCTCAAGTTGAAACAACAGGTT
TTAAGGATGTCCTTTAAAGAGAAACTAAATGAGTTGTACTTAGATTACAAGAAATAATCCACATGTTGGACAATAATTATCTTATCTGTTAATATGCCATTCCATATAGGCCTTAGACCAGAAGAATAAGCAACACCAGTTAACCCTAAAAATATTTTTTTTAGAGCCTGGTAATGATAATAATATAACCAAATAAAGGT
TTTAAGAGATATTTTCTTATAACGACCAATAATATGTTGGTTTTTGCTTGTCATTACAATTTCAATTGAATTTGGTAATGTTTGTGGGAATTCAATAATGCTTTTGAAGCAAATTTACAATGCAGAAAACAAGTTTTCAAGCACAACATGGCAAAGTTTAAAGTGCAGTAGGAGCCTAACAACGTTTTTTGAGAACTTTT
GAGTGTGCCCGACAAGATTTTAAGTGTAGAAGCAATTTTCGAGCAAATTTAGTATGCAACCATCATGTTTTTGTGCACAGCAACAATCTACAGTTGTTTTCCAATGATTTCAGACAGGTCAATGGAGTGGTTATCTACTAACATCAAACTGCAGGTCATGGGTCTAAAATTCCTATATTCCATGCTGTGAAGCTATCAGC
CATAAATTTGAAGCAGTAGTTAGAGGGAGGCCAAGAATCATTTGTTCAAAATGTGATCCTAAAATTTTAAAAAGAAAAATTGAAATTGGACTTTTAGATATTCCATGTTGATTAAAGTTAAACTATATAAAAAATTGTAATCAAGCAGAAGAGTTTAATAACCTAATGGCTAAATTGATTGAGCAACATTAGTATTATTA
AGAGTTTGTTTTTCTTGGAAGTTCTATATAAGGCATTGGAAGTGTTTTCAATAAGGAGAATGTACCTTTCTATTTAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAGAAAAAGCCCTCTCGAGTCAAATGCCCCATTTCTTTGGGTGCCCAAATTGGCAATACCCGATAGGCTGTCATCGGTGTACAAATTTATCTCCATCTGACAGATGG
TTTGAAATTCATGAATCTTGTTTCCACTCACATTCCTTCTCTGGAATTTCATGGATAAAACCCATTTCCTCAATAAACAATTGATGAGGAATACTTCAAAACACCTTTAGTGGGTAGCTAGTGGTTGGCGTCCGCTGTTGACTTGGGAAAAAGGAAATGTTATGCAAACCAATGAAGTGTGAAGGAAGAATCCATTACAG
GCAGGCATCGATgtatgaataaatcaaatgaatgaatgattcaacgtgttgaatgtgtggattccgtgtgttccattatctcagtaccaatatcaatccctctacggattgaccttttctgacactgttctatatttaaggattcaggaggacatttgatctcatattgctttacaggttttgtttgtggtggtggtaat
cgaacatttcattgctttacagGTTTTGATTTGTGGTACTGGTATTCCAACAATTCAGAAGTCAGTCAATTCTGAGGTGAAAGATCATGTGTCCCTTGCGCATCATTTTGGTGTTTCTTTCGGGCTTGGTGGCTGGATACTTTGCCTGGCAAACGTTCCGGACCAAGGAAGACGAAGCCCAAAACCCACCTCAAATCGAT
TCAAACACAGAAGATGCAGCCTCCCACAAATTGGGACTCTTCAGAAAGGTTCTTGCAGTAATTGTTTCAGCATTTTGGACATTTGTGGAGATGGCAAGTGGAAGATACTTGTGGCAGAACTTGGTCAATCACAGCCACAAAACAAATAACAGTTAAATCCTCAAGGCTGTATTGGAGGAAAATGCATATTTCTTTAACTT
GTTGTCTCAATGCTATTTGTCTCAGCATTGTAATGTATGTAATGTTTATTTTTTGAGCACGACAGAGTTTCTGTCTATTGTTTGGTGAGAGGTTCCATCATGTTCTGAAATCTCATGATTGAATGCACTTATAATAAAGCTGTCAAACTCAGACATCATGTTGTTGATGAGAAATATAATAGTATCATGTGCTATATATG
TGTAAGCTTGTGTATTAGAGAGACCATGCAATCCAAAATTTCTACAGCAAAGAAAGTTGAAGGCTTGAAGCTGATTGTCCTGGTAACCCCAAATTAAACATACAGGGAATGACTTAATAGTTAGGTCAATTAATGGTCTTTTATTCCAATTGGAGCTTATGTACCCCATGTATTTTGTTGGAATGGACTCCTGTAAATGA
TAAATTTCAGCATAAAAATGTCTATAAAAATGTCCATGTAGTTACATTTTAG

Intron 2 GTAGTGACTC ... CTCTTGGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.86	3	11	18
A2	76.47	2	5	8
A3	77.78	2	5	9
A4	69.23	2	3	6
A5	76	3	11	8
A6	40.43	14	5	14
A7	56.92	14	18	19
A8	86.05	3	19	18
A9	52.94	16	10	26
A10	43.21	23	14	21

>TRINITY_DN41534_c0_g3_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

TTTTTGAGATAGACGAGGGAGATAATCTATCCGTTAAGGAAAAAGTGCGGAAGGGTAGAAGTTGGTGTATATATATGTCTAGACGAATTATAATTGAATCCCTTCTGTTCACATCCTCCTCTTTTATCATTTTCATTTGCAGGGAATTTTCTTTTGTTTGCAGTGGAAGCGCTTCCTCCTGTTCATGCATGTCTGTGTGG
GATGCACATGTTAATGAAGAACGTTGCTGCTCGATGCCATTGAGTTAATAAGTTGAATCGACAGAATGGAGGTAATTACCGTGGAGAGTAGAGGACCGGACCGCAACAACAATATTTGCTGCAGCGCAGCCATAATAGGTATGTGATTTGTATTTATGTCATATTCATGGTTTTGAGTACATAGATTAAATTAGAGTTTT
CTTGGCTAATTAGCAGATCGTCCTTCCTCATCAAAGCCCATGTCCCTCCCAATCAATCTGTCATTCCATCCTTCAATGTGATTTTTCATCCCCTGTTTTGATGAGATTTCCCCTTCTCTGTATTGATGGGGACACGGGACGAAAAATCGCCCCCTGCCTTAACGCCGCTTAACCTTACCGCCACTTAGATTAATGCTCTT
TTTAAAAACTGGGAATGGATAGGGGAGGCTCGATTCAAGCTTCAACCACAATTTCGAATCTATCGCAATTTGTTTTTTCAGGAATTCAAGGCGACCTCTAGATAGGGACCCATTGTTCTGTACTTGGAGGATCGTTATTTACTAGCTAGATCTCGTTGGTCTATAGTTGGGTGTGATCATTGGTCCTTGGTTCTTCAAGT
CATGGACCTACTCGATATTACTCCTCGCTTTCCCTTCCCCGCATTGTTTAGAGCCTTTGATCGCTGCTGAATTAGGGTTTAATAGCTAGATCAATCACATATAAGTAAGGCAAGATGTCCGGGTGCTTTCATTTCCCCTAATTGTTTAGAGCCATTGATCGCTGGTGAATTGGAATTTAATAGCTAGATAAATCATATAC
AAGGCAAGATGCTCAAACAGATAGATCATATATAAGTAACAAATAACAAGAGTAAAACTATATCGAAATCTCTTCCCGAAATGCCGAAATGGAGAGCTTCACCCGTGTGGGAAACTAAGGTAGATCAGAAGATCCAACTGAAATAGTTGTCCAAGAGATCTTAAAAAACCAACTACCATGATCGGTAACGATATATATTA
TGGTATGGTATGGTATTGACGTCACGTCGATCTGAACCCAAGTTGGTTTTCTGAACCCAATAGTTGAAATCATAGTGGTATAGCTCGGAGAAATAAATAAGGGTTTGTTCCTTGCAATAAAACACGCCAAACCAACGTGGCCAGGTGTGGCCTAGACATGCTTTAGCAGAACTGTATCTCCTTCGCCGTGATTTTTTACT
TGACCGTCCAACTGTGAATGTATGTCACGGACGGAGAGAGTGGGGCGTCAGGGTTGGCTAGCGTCCTATTCTCGGGCTTTCATCCACCTATTTCAATGAAGGCACTTCGATCAACCTTTCGAATGATGCTACTTGCAAGCGGGCTGTCGAGTAAAGGGGCGGGTTTAGCACCTATGGATGTGAATGGATTTTCCCATTTT
TATTCATCTGCTTAGGTCCAACCATCTTAGGACTGTATCTTTTCTTATCTTACTAGCAACCAATTCCATACTCCATTCAGTATAGTTTGGATAAGGGGCCTGAAATGAGGGAAGAGGATCAAGTGAAAGTGGTATAGAATTTATTTTTCCTATTTCCATCTGTTTATTGAGATTCTTTGCATTACGGTTGGAGCTAGAAT
AGAGTTTTGTTTCCCGGTTTCCATCGGTTTATTGAGATTCTTTGCATTACGGTTAGAGCTGACCCATAGGAAAGAATAGGTTCTGCCTTCTGTTTACCAAGTTGTTGTACCTCCCCCAAAACTGCTATTATTCTTCCATTAACAACTAGAACCAACAATATGTTTCTAGGTGTCCCGGTTGTCTCAGAATCCATCACGAG
ATCGAATTCCAAAAGAACACTAAACTTGAAGAAACTAAACGAGAAAGCCCACTGTCTCGCTCTCTATGTCGACACGCACTACATGGAGTTAAACATGTATTTATGATTTGGTAAGCCTGGCAGAGTTGGGTTTTTGAATGTGCTCTTGGTTCCCAATCCCCTTAATCCCTCTTAATGCAGTCCTATTGTTTTATCACGTT
TCCCATTGAAGCATTCGATAAATCCGTAATGTAAAAGGCGTCCATCCACCCATAACAAACGGATCAGTGTATCTACCTTTCTCTCGTTAACTATCTATCTGTAAAGAGACTAAAACAAGAAAGCCTCTCTCTTGCTCTGTATTACTCTGTGACTTTCTTTTAAATGAAAGATAATTTACTCTTCTATAAACTAATTTGTC
TGAAGTTTCGGTACCGAAGATTTCTTAGTCTTTTATAAACTAATTTGATTTTTTATATATCGAGGGCAAGAATCGTAACGTCCCGATCATATTTCTTACTCTTAAAAACTAATTTGTTTTTTTATATCGAGGGCAACACGGCTTCGTCAAGACTCGTAACATCCCGATCATATTGCTCGGGGTTGGGTTTGACAATTTCA
GTTCGTTTACGAACGAATCCTACAATTAAAGGCTCGTTTTAGTTAATTGAGATCAGTGCCCAAATAATAGTATATGAGTTGCTTTTATTTTGTTTAAAATAAGGAAAAAGTTAGAATTTTTAGAAAATGGGTTTCTCGATTGGAAGATTTTTACTATTTTATAAACTAATTTGTCATTTTTATATGGAATAATATTATAT
GAGTTGGCT

>TRINITY_DN41534_c0_g3_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTTTTGAGATAGACGAGGGAGATAATCTATCCGTTAAGGAAAAAGTGCGGAAGGGTAGAAGTTGGTGTATATATATGTCTAGACGAATTATAATTGAATCCCTTCTGTTCACATCCTCCTCTTTTATCATTTTCATTTGCAGGGAATTTTCTTTTGTTTGCAGTGGAAGCGCTTCCTCCTGTTCATGCATGTCTGTGTGg
tagtgactctgtgtcttgttcctgtttgtcggtattttgtttctgtgtcgcgttgtgtgtctatctgtatcctgtagtttttttttattttgaatttgatctcttggaagGGATGCACATGTTAATGAAGAACGTTGCTGCTCGATGCCATTGAGTTAATAAGTTGAATCGACAGAATGGAGGTAATTACCGTGGAGAGT
AGAGGACCGGACCGCAACAACAATATTTGCTGCAGCGCAGCCATAATAGTGCATCATTCAGCAAGAAAACACAGGTGTGGAGTCTCAATGGCCTTTAAGCGAAGTTAAGGGATGGTGCTCTCTAAACTGATGCCAACCGCTTTAGAGTGTGATTTGGGGATTTCGTGATGGATCTACATTACATGTGTCATATACAATAG
TTGGCCGCATGCGTGTACTTATATGTTGGGAAAAAACGAATGCCTCTTTTGAGTACAGCTTTGTATGCTAAAGATAAATTATAAAACCATTTGTACTTAATTGCAATTTTGATTGTCTGTAAAATATTAATAAATTAAATAAGAATTTCTCTTCAAATTATACCAGCTCTTCACTTCCAAACCAACGCCCATGAGTAAAA
AAATACATGAATAAGGAACTCTGTAATATAAC