sp|F4ITM1|RGSL1_ARATH ----> E3 ubiquitin-protein ligase RSL1

Intron 1 GTGCGTTTTT ... GTTTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.2	83	9	44
A2	22.39	26	5	10
A3	21.5	42	13	10
A4	19.66	47	4	19
A5	23.08	15	6	3
A6	16.16	511	71	126
A7	16.1	357	47	90
A8	17.7	365	63	94
A9	18.31	299	41	93
A10	15.11	295	37	68

>TRINITY_DN113402_c7_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

AACATCTTCTAACGTTAAAGACTATACATCACCTTTCCTCGTGTCAGATTCGATCTTCCTGGAAATTCGCGAGGGTTTCGGTTGTTTCTTCCTGTTTTCTTAGTGAAGAAGAGGGGGACCGATTCGTTTATCTTTGGCTTGCCCGTCGTCCTCAACAATCAATCCGGCCGGAACAACTCGCTCGCTACAGAATTAGAAAG
CATGGCTCTGGTCACTGTTTCTGCACAATCTGAACCCCGGAAAATTTTTGGCCAGGCCGATTTTGCTCAGTCCGATGACGAGTTCGAACAGCAGTTGCAAGAGGCCGTGGAGGTTTCTAACGACCAATTTGCACTCCAACTTCAGCATGATGAAGTGTTGGAGCTTTCTACTTTTGCTTATGCTTATGCTTTGCAGGTTT
CTGAGATTCTGGCTGAAACGCCATCTGATGGGCTTGGGCTGCTTCAGCTCACAGCCTCAGCCTCAGCTTCTGCTGGTTCGTCCTCAGTGTCGTTTTCTCCACTTGCAGAAGATGAAGAGGAAGGGGAGGAGTATTTCAAGTTTCAAGACAACAGATTAAACCTTCCGATGTTCTACTCTGACGAACATGGACAGGGGTTT
TCAGCCAGAAGAGAAACCGGCAAGAAGATCATTATGGATTCAGGGTTTTCGCTGTTGAAGAAGGATTGTTCCACAATTTCACGATCTGTACCTGTGAAGCTCTGCGGAATTTGTTTTGAGGATTCAGCCGATATGTTCGAGGGCAGCCTCTGTTTACATAGGTTTTGCGAGGCTTGCATGACGCGATATATCCACTCGAT
GCTCGAACAGAGGCGGCATCAGATATATTGCCCCCACGATTCTTGCGGGGAGGCATTGACACTGGATGAATGCAGGTATTTTCTGCCTGCCGAGATATTTGAGCAATGGTCCGCTGTGATGGTGGAGGCAGAAATACCCGAAGCCCTGAAAGTATACTGTCCTTTTCGTGATTGCTCTGGACTTCTTGTAAAGGAAAATG
TTGGAGCCCTGGATGTCGTAGACGTTGAGATGGCTGAATGCCCGTTCTGCAACAGGCTATTCTGCGCGCGATGCAATGTCCCGTGGCATGCCAACCTGCAATGCTCCGAGTTTCAGAGCCTGCCGTCCACCGACAGAACTGAAGCTGATTTTCTGCTTCTCAAGCTTGCCGACGATCGGAATTGGCGCCGCTGCGGAAAG
TGCAAATCGATGGTTGAATTGACTTATGGATGTAATCACATTACTTGCAGGTGCCGACACGAATTCTGTTATGTTTGTGGCATCTCATGGAAAAACGGAAGCCCTGCTTGCAACTGTCCTCGAACCACTGTTGATCGCTTAATACAATGACAAAGCCATAATCACACGAGTTCTGATATATATATATATTTAGATATATA
TATTTATGCACAGGCTTAAAGTGTGTTTTGCCAGGTAATTACTTTGTAATTGGGTTGTATTGAGTTAGTCCGATGAGGACTTTGTGTAGTATTCTCAGAATTATTGTATGTATGAATACACTTCCATGGCAGAGGAGGAGGCAAAGTCTCCTGACGCCATTTGTGTAGCAGTTAGTTAATTGGAATGGAGGATTTGGATG
GAATGTTTTGTATTGATGCAAGTATTATTAAGGTAGGGACTGCGTTATCTTTACAACCCAGAAGGGACTGATTCTGGGTTAATATTCTCTTATAGTCGGTGCTCCAATATAATATAATATACAGGAGCAACTGAGATTTTGGGTGTGATATAAAAAATATACAGAAGCAACATAGATTTGGGTGATATAAAAATACAGAT
TTGAGTGATATAAAATTAAAATTCGTTGATGTTTCATCTGTACTGAGATTGGGGTAATACAGAAATAAAGATTGATATACAGGAGCAACTGAGATTT

>TRINITY_DN113402_c7_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AACATCTTCTAACGTTAAAGACTATACATCACCTTTCCTCGTGTCAGATTCGATCTTCCTGGAAATTCGCGAGGGTTTCGGTTGTTTCTTCCTGTTTTCTTAGTGAAGAAGAGGGGGACCGATTCGTTTATCTTTGGCTTGCCCGTCGTCCTCAACAATCAATCCGGCCGGAACAACTCGCTCGCTACAGAATTAGAAAG
CATGGCTCTGGTCACTGTTTCTGCACAATCTGAACCCCGGAAAATTTTTGGCCAGGCCGATTTTGCTCAGTCCGATGACGAGTTCGAACAGCAGTTGCAAGAGGCCGTGGAGGTTTCTAACGACCAATTTGCACTCCAACTTCAGCATGATGAAGTGTTGGAGCTTTCTACTTTTGCTTATGCTTATGCTTTGCAGGTTT
CTGAGATTCTGGCTGAAACGCCATCTGATGGGCTTGGGCTGCTTCAGCTCACAGCCTCAGCCTCAGCTTCTGCTGGTTCGTCCTCAGTGTCGTTTTCTCCACTTGCAGAAGATGAAGAGGAAGGGGAGGAGTATTTCAAGTTTCAAGACAACAGATTAAACCTTCCGATGTTCTACTCTGACGAACATGGACAGGGGTTT
TCAGCCAGAAGAGAAACCGGCAAGAAGATCATTATGGATTCAGGGTTTTCGCTGTTGAAGAAGGATTGTTCCACAATTTCACGATCTGTACCTGTGAAGCTCTGCGGAATTTGTTTTGAGGATTCAGCCGATATGTTCGAGGGCAGCCTCTGTTTACATAGGTTTTGCGAGGCTTGCATGACGCGATATATCCACTCGAT
GCTCGAACAGAGGCGGCATCAGATATATTGCCCCCACGATTCTTGCGGGGAGGCATTGACACTGGATGAATGCAGGTATTTTCTGCCTGCCGAGATATTTGAGCAATGGTCCGCTGTGATGGTGGAGGCAGAAATACCCGAAGCCCTGAAAGTATACTGTCCTTTTCGTGATTGCTCTGGACTTCTTGTAAAGGAAAATG
TTGGAGCCCTGGATGTCGTAGACGTTGAGATGGCTGAATGCCCGTTCTGCAACAGGCTATTCTGCGCGCGATGCAATGTCCCGTGGCATGCCAACCTGCAATGCTCCGAGTTTCAGAGCCTGCCGTCCACCGACAGAACTGAAGCTGATTTTCTGCTTCTCAAGCTTGCCGACGATCGGAATTGGCGCCGCTGCGGAAAG
TGCAAATCGATGGTTGAATTGACTTATGGATGTAATCACATTACTTGCAGgtgcgttttttcgttttttttttcaattttacattgtcggttgggttctgtagtataacctcatataggacctagggctgacaatcgaacctgggcttcttagttattagagaaactctacaaactgaataatctgtttagagttagttc
agtaattcggggttgatggtggtttatacagGTGCCGACACGAATTCTGTTATGTTTGTGGCATCTCATGGAAAAACGGAAGCCCTGCTTGCAACTGTCCTCGAACCACTGTTGATCGCTTAATACAATGACAAAGCCATAATCACACGAGTTCTGATATATATATATATTTAGATATATATATTTATGCACAGGCTTAA
AGTGTGTTTTGCCAGGTAATTACTTTGTAATTGGGTTGTATTGAGTTAGTCCGATGAGGACTTTGTGTAGTATTCTCAGAATTATTGTATGTATGAATACACTTCCATGGCAGAGGAGGAGGCAAAGTCTCCTGACGCCATTTGTGTAGCAGTTAGTTAATTGGAATGGAGGATTTGGATGGAATGTTTTGTATTGATGC
AAGTATTATTAAGGTAGGGACTGCGTTATCTTTACAACCCAGAAGGGACTGATTCTGGGTTAATATTCTCTTATAGTCGGTGCTCCAATATAATATAATATACAGGAGCAACTGAGATTTTGGGTGTGATATAAAAAATATACAGAAGCAACATAGATTTGGGTGATATAAAAATACAGATTTGAGTGATATAAAATTAA
AATTCGTTGATGTTTCATCTGTACTGAGATTGGGGTAATACAGAAATAAAGATTGATATACAGGAGCAACTGAGATTT

Intron 2 GCAAGCTTAT ... CTATGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.27	129	0	56
A2	21.69	65	0	18
A3	22.22	98	0	28
A4	25.45	82	2	28
A5	24.1	63	0	20
A6	16.67	340	0	68
A7	16.84	242	0	49
A8	25.52	143	0	49
A9	20.63	227	2	59
A10	17.18	217	0	45

>TRINITY_DN99357_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

GTTACGAATTTGTGTGTCAATATCTTCTAATGTTAAAGACTATACATCACCTTTCCTCGTGTCAGATTCGATCTTCCTGGAAATTCGCGAGGGTTTCGGTTGTTTCTTCCTGTTTTCTTAGTGAAGAAGAGGGGGACCGATTCGTTTATCTTTGGCTTGCCCGTCGTCCTCAACAATCAATCCGGCCGGAACAACTCGCT
CGCTACAGAATTAGAAAGCATGGCTCTGGTCACTGTTTCTGCACAATCTGAACCCCGGAAAATTTTTGGCCAGGCCGATTTTGCTCAGTCCGATGACGAGTTCGAACAGCAGTTGCAAGAGGCCGTGGAGGTTTCTAACGACCAATTTGCACTCCAACTTCAGCATGATGAAGTGTTGGAGCTTTCTACTTTTGCTTATG
CTTATGCTTTGCAGGTTTCTGAGATTCTGGCTGAAACGCCATCTGATGGGCTTGGGCTGCTTCAGCTCACAGCCTCAGCCTCAGCTTCTGCTGGTTCGTCCTCAGTGTCGTTTTCTCCACTTGCAGAAGATGAAGAGGAAGGGGAGGAGTATTTCAAGTTTCAAGACAACAGATTAAACCTTCCGATGTTCTACTCTGAC
GAACATGGACAGGGGTTTTCAGCCAGAAGAGAAACCGGCAAGAAGATCATTATGGATTCAGGGTTTTCGCTGTTGAAGAAGGATTGTTCCACAATTTCACGATCTGTACCTGTGAAGCTCTGCGGAATTTGTTTTGAGGATTCAGCCGATATGTTCGAGGGCAGCCTCTGTTTACATAGGTTTTGCGAGGCTTGCATGAC
GCGATATATCCACTCGATGCTCGAACAGAGGCGGCATCAGATATATTGCCCCCACGATTCTTGCGGGGAGGCATTGACACTGGATGAATGCAGGTATTTTCTGCCTGCCGAGATATTTGAGCAATGGTCCGCTGTGATGGTGGAGGCAGAAATACCCGAAGCCCTGAAAGTATACTGTCCTTTTCGTGATTGCTCTGGAC
TTCTTGTAAAGGAAAATGTTGGAGCCCTGGATGTCGTAGACGTTGAGATGGCTGAATGCCCGTTCTGCAACAGGCTATTCTGCGCGCGATGCAATGTCCCGTGGCATGCCAACCTGCAATGCTCCGAGTTTCAGAGCCTGCCGTCCACCGACAGAACTGAAGCTGATTTTCTGCTTCTCAAGCTTGCCGACGATCGGAAT
TGGCGCCGCTGCGGAAAGTGCAAATCGATGGTTGAATTGACTTATGGATGTAATCACATTACTTGCAGGTGCCGACACGAATTCTGTTATGTTTGTGGCATCTCATGGAAAAACGGAAGCCCTGCTTGCAACTGTCCTCGAACCACTGTTGATCGCTTAATACAATGACAAAGCCATAATCACACGAGTTCTGATATATA
TATATATTTAGATATATATATTTATGCACAGGCTTAAAGTGTGTTTTGCCAGGTAATTACTTTGTAATTGGGTTGTATTGAGTTAGTCCGATGAGGACTTTGTGTAGTATTCTCAGAATTATTGTATGTATGAATACACTTCCATGGCAGAGGAGGAGGCAAAGTCTCCTGACGCCATTTGTGTAGCAGTTAGTTAATTG
GAATGGAGGATTTGGATGGAATGTTTTGTATTGATGCAAGTATTATTAAGGTAGGGACTGCGTTATCTTTACAACCCAGAAGGGACTGATTCTGGGTTAATATTCTCTTATAGTCGGTGCTCCAATATAATATAATATACAGGAGCAACTGAGATTTTGGGTGTGATATAAAAAATATACAGAAGCAACATAGATTTGGG
TGATATAAAAATACAGATTTGAGTGATATAAAATTAAAATTCGTTGATGTTTCATCTGTACTGAGATTGGGGTAATACAGAAATAAAGATTGATATACAGGAGCAACTGAGATTTTGGGTGTTATGTAAAAATATACAGAAGTAACATAGATTTGGGTGATATAAAAATACAGATTTGACTGATATAAAAGTTAAAATTC
GTAGATGTTTCATCTGTACTGAGATTCGGGTGATACAGAAATAAAGATTAGAGTGATATAGAATTGAAA

>TRINITY_DN99357_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CTACTCTGACGAACATGGACAGgcaagcttattttaacttaccttacaaagccatgtctctttcctgttgctattcattgcgtttcttttattttatgggggttttatttttctatgttcagGGGTTTTCAGCCAGAAGAGAAACCGGCAAGAAGATCATTATGGATTCAGGGTTTTCGCTGTTGAAGAAGGATTGTTCC
ACAATTTCACGATCTGTACCTGTGAAGCTCTGCGGAATTTGTTTTGAGGATTCAGCCGATATGTTCGAGGGCAGCCTCTGTTTACATAGGTTTTGCGAGGCTTGCATGACGCGATATATCCACTCGATGCTCGAACAGAGGCGGCATCAGATATATTGCCCCCACGATTCTTGCGGGGAGGCATTGACACTGGATGAATG
CAGGTATTTTCTGCCTGCCGAGATATTTGAGCAATGGTCCGCTGTGATGGTGGAGGCAGAAATACCCGAAGCCCTGAAAGTATACTGTCCTTTTCGTGATTGCTCTGGACTTCTTGTAAAGGAAAATGTTGGAGCCCTGGATGTCGTAGACGTTGAGATGGCTGAATGCCCGTTCTGCAACAGGCTATTCTGCGCGCGAT
GCAATGTCCCGTGGCATGCCAACCTGCAATGCTCCGAGTTTCAGAGCCTGCCGTCCACCGACAGAACTGAAGCTGATTTTCTGCTTCTCAAGCTTGCCGACGATCGGAATTGGCGCCGCTGCGGAAAGTGCAAATCGATGGTTGAATTGACTTATGGATGTAATCACATTACTTGCAGGTGCCGACACGAATTCTGTTAT
GTTTGTGGCATCTCATGGAAAAACGGAAGCCCTGCTTGCAACTGTCCTCGAACCACTGTTGATCGCTTAATACAATGACAAAGCCATAATCACACGAGTTCTGATATATATATATATTTAGATATATATATTTATGCACAGGCTTAAAGTGTGTTTTGCCAGGTAATTACTTTGTAATTGGGTTGTATTGAGTTAGTCCG
ATGAGGACTTTGTGTAGTATTCTCAGAATTATTGTATGTATGAATACACTTCCATGGCAGAGGAGGAGGCAAAGTCTCCTGACGCCATTTGTGTAGCAGTTAGTTAATTGGAATGGAGGATTTGGATGGAATGTTTTGTATTGATGCAAGTATTATTAAGGTAGGGACTGCGTTATCTTTACAACCCAGAAGGGACTGAT
TCTGGGTTAATATTCTCTTATAGTCGGTGCTCCAATATAATATAATATACAGGAGCAACTGAGATTTTGGGTGTGATATAAAAAATATACAGAAGCAACATAGATTTGGGTGATATAAAAATACAGATTTGAGTGATATAAAATTAAAATTCGTTGATGTTTCATCTGTACTGAGATTGGGGTAATACAGAAATAAAGAT
TGATATACAGGAGCAACTGAGATTTTGGGTGTTATGTAAAAATATACAGAAGTAACATAGATTTGGGTGATATAAAAATACAGATTTGACTGATATAAAAGTTAAAATTCGTAGATGTTTCATCTGTACTGAGATTCGGGTGATACAGAAATAAAGATTAGAGTGATATAGAATTGAAA