sp|Q6NQ51|RRT4_ARATH ----> Rhamnogalacturonan I rhamnosyltransferase 1
Intron 1 GTTTGTGTTT ... TTGCTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.67 | 31 | 24 | 45 |
| A2 | 60.29 | 27 | 35 | 47 |
| A3 | 49.28 | 35 | 28 | 40 |
| A4 | 41.9 | 52 | 40 | 35 |
| A5 | 58.62 | 24 | 31 | 37 |
| A6 | 45.83 | 13 | 7 | 15 |
| A7 | 48.53 | 35 | 28 | 38 |
| A8 | 62.5 | 6 | 14 | 6 |
| A9 | 46.43 | 30 | 14 | 38 |
| A10 | 47.31 | 49 | 41 | 47 |
>TRINITY_DN115981_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTCCAAATTAATTAAACAACTGAACACTGGCCATTTCAAACTCCCTGCTGATGTCATCCTGAGAACGGGCATACCCACAGAGCCTACTCCCCGATCGTTCACCGGCGATTGCCGGTCGAAAGAAAGCCAAGAGAGAAACGTTAGGTGGTGGGGTTTGAATGCGCTCTGAGCAGAGCAAGTGCATTTATGCTTTTTCTTGCC
GTGTCTGTGAGCATACGGAGAACTTGATAGCAAGGTGGATCCTGTCTCATCCTGTACACACAACAGCTCCATATTATGCGGCCTTTGCGGCCACGAGAGCGTTCTATCGATCCCAGCGATCTCGCTTTTGTCTGTGTTACATCTGTGATTTGGGTTGCCTACCCAGGGTTTTTACCGGATACAGCCCGTATGGTGCCAAT
TTTCTAGGGCCTTGCTTTGATCGATTGCACAATGCAGGTCGTTTTATAAGATCCCGGGAGTTCTCAAACTCAATTCCCCAGTTCGGCTTCTGGGGTTTCCGAATTTTTATCTGGGCGATAACAGTAAGCTTGATTTTAGCTTGGTATAATGGGCGTTTTGAGATTGAGGATTCCAATGTAGGAACAATGGTGTGAGGTCT
TTTTAGGAATGGGGATATGTGGCATCATCTATATCAGATAATGGACTTGAAATCTGTGGCCTATCAGTTGAAGTGTGGTAAGGCCAAGCCTCCAATGCTTCCCAGGGCTCGGTTACAGGTTTGGTTTGTACGAGTCAGTTCGAGCATACTTCTCTGGACATGCATTGTTCAGTTGATGGCCCTGGGAGAGATTTGGCATC
CTCATCTGCCTGTGGGGTGGCCTACTTGTTTCAATCGCCACGACTTTGCTGATCGGATTCCGAACATGACTCAATTGGCCGTTGTTGAACCGAATAATGCGCCTCCGCCTCCTGCTCTTCCTTTACCAAGAATATACAGGAATAATGGTTATCTGATGGTGTCATGCAATGGAGGCCTAAATCAAATGAGAGCTGCGATT
TGTGATATGGTGACCATAGCACGCTACTTGAATTTGACTTTGGTTGTTCCGGAGCTTGATAAGACATCATTTTGGGCTGATCCCAGTGAGTTTGGTGACATATTTAATACGAGACACTTCATCACTTCCTTGAGAGATGAAGTGCGCATCATAAAGGAGCTCCCAAAAAAATTTAGTCGGAAGGCACGAAGCAAACGATT
TGTAATGCCGCCTATAAGCTGGTCAAATGAGAAATATTACTTGAAACAGATTCTACCCTTGTTTCGCAAACATAAGGTAATCCATTTTAACAAGACGGATGCACGATTGGCAAATAATGGCCTTCCCATGGAGCTTCAGAAGTTGCGGTGTCGAGTTAATTATAACGCTTTAAAATTTACTCCCCACATAGAGGATCTGG
GTCGGAGACTGGTCAAGATGCTTCAAGAAAAAGGCTTTTTTATAGTTCTACATCTAAGATATGAAATGGACATGCTTGCATTTTCTGGCTGTACTCATGGCTGCACCGAGGAAGAAGCAAATGAACTTACACGAATGAGATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGTTGGAAGGC
CTGTGTCCGCTCACACCAGAGGAGACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATGATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGGTCAAATCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAGAATCATTC
GTCACAAATGGCTGCATTAGACTATTTGGTGTCAATTGCAAGTGATGTCTTCATTCCTAGTTATGATGGGAACATGGCAAAACTTGTTGAAGGGCATCGCAGATATTTGGGATTCCGTAAAACTGTTCTGTTAGACCGGAAAAAGTTAGTTGAGCTGCTTGATATGCGTCAAAACCAAACACTTCAGTGGGATGAATTTG
CACAAGCAGTGAGACAGGTGCATAAGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCCAAAAGAAGAGGACTATTTCTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATTGATAAAGG
CAAATTACTTTATTACATGCATTCTGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTTATGCAACTCTTACCATTACAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTTGTAATTCA
AGAGCAATATTCCTTCTTGCAATTAAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACACACCTACATTTCCTGAGAGCTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATTCTTTGTCC
GATGCTAGTTGATTCATTTAGATGTCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATGTTAATGAAACATGTTCTACCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCTACAAATTG
TTCAGGAAAAAAGTACAAGACACCTAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGTTTGTTATACGTTGTTCTGAGCT
>TRINITY_DN115981_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCCAAATTAATTAAACAACTGAACACTGGCCATTTCAAACTCCCTGCTGATGTCATCCTGAGAACGGGCATACCCACAGAGCCTACTCCCCGATCGTTCACCGGCGATTGCCGGTCGAAAGAAAGCCAAGAGAGAAACGTTAGGTGGTGGGGTTTGAATGCGCTCTGAGCAGAGCAAGTGCATTTATGCTTTTTCTTGCC
GTGTCTGTGAGCATACGGAGAACTTGATAGCAAGGTGGATCCTGTCTCATCCTGTACACACAACAGCTCCATATTATGCGGCCTTTGCGGCCACGAGAGCGTTCTATCGATCCCAGCGATCTCGCTTTTGTCTGTGTTACATCTGTGATTTGGGTTGCCTACCCAGGGTTTTTACCGGATACAGCCCGTATGGTGCCAAT
TTTCTAGGGCCTTGCTTTGATCGATTGCACAATGCAGGTCGTTTTATAAGATCCCGGGAGTTCTCAAACTCAATTCCCCAGTTCGGCTTCTGGGGTTTCCGAATTTTTATCTGGGCGATAACAGTAAGCTTGATTTTAGgtttgtgtttgttgtttgactcgttcgtagtcgtgggttcaagcccaggactgcttcttcc
attggattggtcttattatttaatggcaacaaactttgttttgggcattttttgattttttttcccatttattaccgtggtcatgttgacctattgattttggagtatttgtcaaaacttttctttgtgggttttgtttgcttgtagCTTGGTATAATGGGCGTTTTGAGATTGAGGATTCCAATGTAGGAACAATGGTG
TGAGGTCTTTTTAGGAATGGGGATATGTGGCATCATCTATATCAGATAATGGACTTGAAATCTGTGGCCTATCAGTTGAAGTGTGGTAAGGCCAAGCCTCCAATGCTTCCCAGGGCTCGGTTACAGGTTTGGTTTGTACGAGTCAGTTCGAGCATACTTCTCTGGACATGCATTGTTCAGTTGATGGCCCTGGGAGAGAT
TTGGCATCCTCATCTGCCTGTGGGGTGGCCTACTTGTTTCAATCGCCACGACTTTGCTGATCGGATTCCGAACATGACTCAATTGGCCGTTGTTGAACCGAATAATGCGCCTCCGCCTCCTGCTCTTCCTTTACCAAGAATATACAGGAATAATGGTTATCTGATGGTGTCATGCAATGGAGGCCTAAATCAAATGAGAG
CTGCGATTTGTGATATGGTGACCATAGCACGCTACTTGAATTTGACTTTGGTTGTTCCGGAGCTTGATAAGACATCATTTTGGGCTGATCCCAGTGAGTTTGGTGACATATTTAATACGAGACACTTCATCACTTCCTTGAGAGATGAAGTGCGCATCATAAAGGAGCTCCCAAAAAAATTTAGTCGGAAGGCACGAAGC
AAACGATTTGTAATGCCGCCTATAAGCTGGTCAAATGAGAAATATTACTTGAAACAGATTCTACCCTTGTTTCGCAAACATAAGGTAATCCATTTTAACAAGACGGATGCACGATTGGCAAATAATGGCCTTCCCATGGAGCTTCAGAAGTTGCGGTGTCGAGTTAATTATAACGCTTTAAAATTTACTCCCCACATAGA
GGATCTGGGTCGGAGACTGGTCAAGATGCTTCAAGAAAAAGGCTTTTTTATAGTTCTACATCTAAGATATGAAATGGACATGCTTGCATTTTCTGGCTGTACTCATGGCTGCACCGAGGAAGAAGCAAATGAACTTACACGAATGAGATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGT
TGGAAGGCCTGTGTCCGCTCACACCAGAGGAGACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATGATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGGTCAAATCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAG
AATCATTCGTCACAAATGGCTGCATTAGACTATTTGGTGTCAATTGCAAGTGATGTCTTCATTCCTAGTTATGATGGGAACATGGCAAAACTTGTTGAAGGGCATCGCAGATATTTGGGATTCCGTAAAACTGTTCTGTTAGACCGGAAAAAGTTAGTTGAGCTGCTTGATATGCGTCAAAACCAAACACTTCAGTGGGA
TGAATTTGCACAAGCAGTGAGACAGGTGCATAAGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCCAAAAGAAGAGGACTATTTCTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATT
GATAAAGGCAAATTACTTTATTACATGCATTCTGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTTATGCAACTCTTACCATTACAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTT
GTAATTCAAGAGCAATATTCCTTCTTGCAATTAAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACACACCTACATTTCCTGAGAGCTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATT
CTTTGTCCGATGCTAGTTGATTCATTTAGATGTCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATGTTAATGAAACATGTTCTACCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCT
ACAAATTGTTCAGGAAAAAAGTACAAGACACCTAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGTTTGTTATACGTTGTTCTGAGCT
Intron 2 GTTTGTCTCC ... AGTGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.77 | 36 | 6.1 | 16 |
| A2 | 24.44 | 34 | 2.2 | 11 |
| A3 | 22.22 | 49 | 7.2 | 14 |
| A4 | 14.81 | 23 | 10.7 | 4 |
| A5 | 38.46 | 16 | 1 | 10 |
| A6 | 30.36 | 39 | 7.2 | 17 |
| A7 | 31.4 | 59 | 2.9 | 27 |
| A8 | 25.8 | 48.9 | 7.7 | 17 |
| A9 | 35.14 | 48 | 5.8 | 26 |
| A10 | 28.92 | 59 | 5.8 | 24 |
>TRINITY_DN115981_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformTCCAAATTAATTAAACAACTGAACACTGGCCATTTCAAACTCCCTGCTGATGTCATCCTGAGAACGGGCATACCCACAGAGCCTACTCCCCGATCGTTCACCGGCGATTGCCGGTCGAAAGAAAGCCAAGAGAGAAACGTTAGGTGGTGGGGTTTGAATGCGCTCTGAGCAGAGCAAGTGCATTTATGCTTTTTCTTGCC
GTGTCTGTGAGCATACGGAGAACTTGATAGCAAGGTGGATCCTGTCTCATCCTGTACACACAACAGCTCCATATTATGCGGCCTTTGCGGCCACGAGAGCGTTCTATCGATCCCAGCGATCTCGCTTTTGTCTGTGTTACATCTGTGATTTGGGTTGCCTACCCAGGGTTTTTACCGGATACAGCCCGTATGGTGCCAAT
TTTCTAGGGCCTTGCTTTGATCGATTGCACAATGCAGGTCGTTTTATAAGATCCCGGGAGTTCTCAAACTCAATTCCCCAGTTCGGCTTCTGGGGTTTCCGAATTTTTATCTGGGCGATAACAGTAAGCTTGATTTTAGGTTTGTGTTTGTTGTTTGACTCGTTCGTAGTCGTGGGTTCAAGCCCAGGACTGCTTCTTCC
ATTGGATTGGTCTTATTATTTAATGGCAACAAACTTTGTTTTGGGCATTTTTTGATTTTTTTTCCCATTTATTACCGTGGTCATGTTGACCTATTGATTTTGGAGTATTTGTCAAAACTTTTCTTTGTGGGTTTTGTTTGCTTGTAGCTTGGTATAATGGGCGTTTTGAGATTGAGGATTCCAATGTAGGAACAATGGTG
TGAGGTCTTTTTAGGAATGGGGATATGTGGCATCATCTATATCAGATAATGGACTTGAAATCTGTGGCCTATCAGTTGAAGTGTGGTAAGGCCAAGCCTCCAATGCTTCCCAGGGCTCGGTTACAGGTTTGGTTTGTACGAGTCAGTTCGAGCATACTTCTCTGGACATGCATTGTTCAGTTGATGGCCCTGGGAGAGAT
TTGGCATCCTCATCTGCCTGTGGGGTGGCCTACTTGTTTCAATCGCCACGACTTTGCTGATCGGATTCCGAACATGACTCAATTGGCCGTTGTTGAACCGAATAATGCGCCTCCGCCTCCTGCTCTTCCTTTACCAAGAATATACAGGAATAATGGTTATCTGATGGTGTCATGCAATGGAGGCCTAAATCAAATGAGAG
CTGCGATTTGTGATATGGTGACCATAGCACGCTACTTGAATTTGACTTTGGTTGTTCCGGAGCTTGATAAGACATCATTTTGGGCTGATCCCAGTGAGTTTGGTGACATATTTAATACGAGACACTTCATCACTTCCTTGAGAGATGAAGTGCGCATCATAAAGGAGCTCCCAAAAAAATTTAGTCGGAAGGCACGAAGC
AAACGATTTGTAATGCCGCCTATAAGCTGGTCAAATGAGAAATATTACTTGAAACAGATTCTACCCTTGTTTCGCAAACATAAGGTAATCCATTTTAACAAGACGGATGCACGATTGGCAAATAATGGCCTTCCCATGGAGCTTCAGAAGTTGCGGTGTCGAGTTAATTATAACGCTTTAAAATTTACTCCCCACATAGA
GGATCTGGGTCGGAGACTGGTCAAGATGCTTCAAGAAAAAGGCTTTTTTATAGTTCTACATCTAAGATATGAAATGGACATGCTTGCATTTTCTGGCTGTACTCATGGCTGCACCGAGGAAGAAGCAAATGAACTTACACGAATGAGGTTTGCAGGCCAGATATATGATTATTGTAAACTTATTATAGTTGGTTTTATAG
CTTACTCATCAGCTTTCTTTGATGGTTGACTTTGAAGATTGGCGACATTTCAGATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGTTGGAAGGCCTGTGTCCGCTCACACCAGAGGAGACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATGATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGG
TCAAATCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAGAATCATTCGTCACAAATGGCTGCATTAGACTATTTGGTGTCAATTGCAAGTGATGTCTTCATTCCTAGTTATGATGGGAACATGGCAAAACTTG
TTGAAGGGCATCGCAGATATTTGGGATTCCGTAAAACTGTTCTGTTAGACCGGAAAAAGTTAGTTGAGCTGCTTGATATGCGTCAAAACCAAACACTTCAGTGGGATGAATTTGCACAAGCAGTGAGACAGGTGCATAAGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCCAAAAGAAGAGGAC
TATTTCTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATTGATAAAGGCAAATTACTTTATTACATGCATTCTGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTTATGCAACTCTTAC
CATTACAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTTGTAATTCAAGAGCAATATTCCTTCTTGCAATTAAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACACACCTACATTTCCT
GAGAGCTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATTCTTTGTCCGATGCTAGTTGATTCATTTAGATGTCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATGTTAATGAAACATG
TTCTACCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCTACAAATTGTTCAGGAAAAAAGTACAAGACACCTAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGTTTGTTATACGTTG
TTCTGAGCT
>TRINITY_DN115981_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATGAGAAATATTACTTGAAACAGgtttgtctccataaagcgacatttatatgaaatgcctaaattttgagctcgtatactttatcatatcatggcatttttaagaagtggtctcactagaattggcagtgttgcagATTCTACCCTTGTTTCGCAAACATAAGGTAATCCATTTTAACAAGACGGATGCACGATTGGCAA
ATAATGGCCTTCCCATGGAGCTTCAGAAGTTGCGGTGTCGAGTTAATTATAACGCTTTAAAATTTACTCCCCACATAGAGGATCTGGGTCGGAGACTGGTCAAGATGCTTCAAGAAAAAGGCTTTTTTATAGTTCTACATCTAAGATATGAAATGGACATGCTTGCATTTTCTGGCTGTACTCATGGCTGCACCGAGGAA
GAAGCAAATGAACTTACACGAATGAGGTTTGCAGGCCAGATATATGATTATTGTAAACTTATTATAGTTGGTTTTATAGCTTACTCATCAGCTTTCTTTGATGGTTGACTTTGAAGATTGGCGACATTTCAGATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGTTGGAAGGCCTGTGTC
CGCTCACACCAGAGGAGACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATGATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGGTCAAATCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAGAATCATTCGTCACAA
ATGGCTGCATTAGACTATTTGGTGTCAATTGCAAGTGATGTCTTCATTCCTAGTTATGATGGGAACATGGCAAAACTTGTTGAAGGGCATCGCAGATATTTGGGATTCCGTAAAACTGTTCTGTTAGACCGGAAAAAGTTAGTTGAGCTGCTTGATATGCGTCAAAACCAAACACTTCAGTGGGATGAATTTGCACAAGC
AGTGAGACAGGTGCATAAGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCCAAAAGAAGAGGACTATTTCTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATTGATAAAGGCAAATTA
CTTTATTACATGCATTCTGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTTATGCAACTCTTACCATTACAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTTGTAATTCAAGAGCAA
TATTCCTTCTTGCAATTAAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACACACCTACATTTCCTGAGAGCTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATTCTTTGTCCGATGCTA
GTTGATTCATTTAGATGTCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATGTTAATGAAACATGTTCTACCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCTACAAATTGTTCAGGA
AAAAAGTACAAGACACCTAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGTTTGTTATACGTTGTTCTGAGCT
Intron 3 GTATGCATAG ... TTTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28 | 36 | 5.5 | 14 |
| A2 | 30 | 35 | 2 | 15 |
| A3 | 34.69 | 32 | 2 | 17 |
| A4 | 38.67 | 46 | 4 | 29 |
| A5 | 24 | 19 | 0 | 6 |
| A6 | 38.3 | 29 | 0 | 18 |
| A7 | 29.73 | 52 | 4.5 | 22 |
| A8 | 24.53 | 40 | 5 | 13 |
| A9 | 24.19 | 47 | 0 | 15 |
| A10 | 27.78 | 52 | 1.4 | 20 |
>TRINITY_DN115981_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformTCCAAATTAATTAAACAACTGAACACTGGCCATTTCAAACTCCCTGCTGATGTCATCCTGAGAACGGGCATACCCACAGAGCCTACTCCCCGATCGTTCACCGGCGATTGCCGGTCGAAAGAAAGCCAAGAGAGAAACGTTAGGTGGTGGGGTTTGAATGCGCTCTGAGCAGAGCAAGTGCATTTATGCTTTTTCTTGCC
GTGTCTGTGAGCATACGGAGAACTTGATAGCAAGGTGGATCCTGTCTCATCCTGTACACACAACAGCTCCATATTATGCGGCCTTTGCGGCCACGAGAGCGTTCTATCGATCCCAGCGATCTCGCTTTTGTCTGTGTTACATCTGTGATTTGGGTTGCCTACCCAGGGTTTTTACCGGATACAGCCCGTATGGTGCCAAT
TTTCTAGGGCCTTGCTTTGATCGATTGCACAATGCAGGTCGTTTTATAAGATCCCGGGAGTTCTCAAACTCAATTCCCCAGTTCGGCTTCTGGGGTTTCCGAATTTTTATCTGGGCGATAACAGTAAGCTTGATTTTAGGTTTGTGTTTGTTGTTTGACTCGTTCGTAGTCGTGGGTTCAAGCCCAGGACTGCTTCTTCC
ATTGGATTGGTCTTATTATTTAATGGCAACAAACTTTGTTTTGGGCATTTTTTGATTTTTTTTCCCATTTATTACCGTGGTCATGTTGACCTATTGATTTTGGAGTATTTGTCAAAACTTTTCTTTGTGGGTTTTGTTTGCTTGTAGCTTGGTATAATGGGCGTTTTGAGATTGAGGATTCCAATGTAGGAACAATGGTG
TGAGGTCTTTTTAGGAATGGGGATATGTGGCATCATCTATATCAGATAATGGACTTGAAATCTGTGGCCTATCAGTTGAAGTGTGGTAAGGCCAAGCCTCCAATGCTTCCCAGGGCTCGGTTACAGGTTTGGTTTGTACGAGTCAGTTCGAGCATACTTCTCTGGACATGCATTGTTCAGTTGATGGCCCTGGGAGAGAT
TTGGCATCCTCATCTGCCTGTGGGGTGGCCTACTTGTTTCAATCGCCACGACTTTGCTGATCGGATTCCGAACATGACTCAATTGGCCGTTGTTGAACCGAATAATGCGCCTCCGCCTCCTGCTCTTCCTTTACCAAGAATATACAGGAATAATGGTTATCTGATGGTGTCATGCAATGGAGGCCTAAATCAAATGAGAG
CTGCGATTTGTGATATGGTGACCATAGCACGCTACTTGAATTTGACTTTGGTTGTTCCGGAGCTTGATAAGACATCATTTTGGGCTGATCCCAGTGAGTTTGGTGACATATTTAATACGAGACACTTCATCACTTCCTTGAGAGATGAAGTGCGCATCATAAAGGAGCTCCCAAAAAAATTTAGTCGGAAGGCACGAAGC
AAACGATTTGTAATGCCGCCTATAAGCTGGTCAAATGAGAAATATTACTTGAAACAGATTCTACCCTTGTTTCGCAAACATAAGGTAATCCATTTTAACAAGACGGATGCACGATTGGCAAATAATGGCCTTCCCATGGAGCTTCAGAAGTTGCGGTGTCGAGTTAATTATAACGCTTTAAAATTTACTCCCCACATAGA
GGATCTGGGTCGGAGACTGGTCAAGATGCTTCAAGAAAAAGGCTTTTTTATAGTTCTACATCTAAGATATGAAATGGACATGCTTGCATTTTCTGGCTGTACTCATGGCTGCACCGAGGAAGAAGCAAATGAACTTACACGAATGAGGTTTGCAGGCCAGATATATGATTATTGTAAACTTATTATAGTTGGTTTTATAG
CTTACTCATCAGCTTTCTTTGATGGTTGACTTTGAAGATTGGCGACATTTCAGATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGTTGGAAGGCCTGTGTCCGCTCACACCAGAGGAGACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATGATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGG
TCAAATCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAGAATCATTCGTCACAAATGGCTGCATTAGACTATTTGGTGTCAATTGCAAGTGATGTCTTCATTCCTAGTTATGATGGGAACATGGCAAAACTTG
TTGAAGGGCATCGCAGATATTTGGGATTCCGTAAAACTGTTCTGTTAGACCGGAAAAAGTTAGTTGAGCTGCTTGATATGCGTCAAAACCAAACACTTCAGTGGGATGAATTTGCACAAGCAGTGAGACAGGTGCATAAGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCCAAAAGAAGAGGAC
TATTTCTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATTGATAAAGGCAAATTACTTTATTACATGCATTCTGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTTATGCAACTCTTAC
CATTACAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTTGTAATTCAAGAGCAATATTCCTTCTTGCAATTAAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACACACCTACATTTCCT
GAGAGCTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATTCTTTGTCCGATGCTAGTTGATTCATTTAGATGTCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATGTTAATGAAACATG
TTCTACCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCTACAAATTGTTCAGGAAAAAAGTACAAGACACCTAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGTTTGTTATACGTTG
TTCTGAGCT
>TRINITY_DN115981_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:CATTGGTAAGATGGCTGTTGTACTGGGTCACTGACAGTGCCCTGATAATTGAAGGGAGCACAACATAGGTAGGTGAGGAGTGGTTTGACTATTTTTAATCTCCTATTGCCTAAGCCCTGCTATGGTCTAATTATAATATCAGGTTGAAACCCATGCAGTGCCTTCCTTGCTATAGCCATTTGCTGCGAGTTGATTTTGGT
TGGCTTCTTGTGCTTAACCAATTTGCATTAGATTATGAAAAGACAAAGTTGTTCTCATCCAGTGGCTTTGATTATTTTGATCAGTTATACAGAATACACAACAGTGCTACAATATTTCAAATTTAATGCACAAGTCTGTTAAATAGATCACTTTCATGCAGTTCAAGGAAGTATCAATGCATCTGAAGTTCACGCAGATG
TCTGCAACTTTTTCACTTATTTGCAGGAGCTGCTTATGTGTTAGAAGTCATATGAATCACCTCAATTTGCCACTCCTTTTATTTGAAAAGAAACTTTAATAAGCATCTATCTGTTAGTATCCACATATGAAAAAAACTGACTGATCTGATAAGTTGAAGAAATCTTTGTCTAAGTATTTGTAAAACTTTATGCCAGTAGT
TATCCTAAGAATGAACCCATTCATCATTGCAGGAATATACAGGAATAATGGTTATCTGATGGTGTCATGCAATGGAGGCCTAAATCAAATGAGAGCTGCGGTATGTTCATTATTTAGTTGCCTGCTTAAAAAAATACTATGTTGGCTGAGATGGAAGTTGCCAGCGGGCATTGTTACGGCGTTATATCAACATTACATTT
ATGTATCTAAGCTTTTAATGCTTCAACGCTGCTGATATTTTCAATTTTAGATGGAATATTTAATTCAATATAATTGAGAGTAATGTAAAAGCTATAAATTTCTGATATAATGACCGCTTGAATAGATTTGTGATATGGTGACCATAGCACGCTACTTGAATTTGACTTTGGTTGTTCCGGAGCTTGATAAGACATCATTT
TGGGCTGATCCCAGgtatgcataggttcaggtctgcgcttaaatgttatagtgatttagaagacagttgtggtttacttcctttcttttaatgtacaaatattgtcaatggtggcaattacttggtattaatctctatatcttcatttttgtgcagTGAGTTTGGTGACATATTTAATACGAGACACTTCATCACTTCCT
TGAGAGATGAAGTGCGCATCATAAAGGAGCTCCCAAAAAAATTTAGTCGGAAGGCACGAAGCAAACGATTTGTAATGCCGCCTATAAGCTGGTCAAATGAGAAATATTACTTGAAACAGATTCTACCCTTGTTTCGCAAACATAAGGTAATCCATTTTAACAAGACGGATGCACGATTGGCAAATAATGGCCTTCCCATG
GAGCTTCAGAAGTTGCGGTGTCGAGTTAATTATAACGCTTTAAAATTTACTCCCCACATAGAGGATCTGGGTCGGAGACTGGTCAAGATGCTTCAAGAAAAAGGCTTTTTTATAGTTCTACATCTAAGATATGAAATGGACATGCTTGCATTTTCTGGCTGTACTCATGGCTGCACCGAGGAAGAAGCAAATGAACTTAC
ACGAATGAGGTTTGCAGGCCAGATATATGATTATTGTAAACTTATTATAGTTGGTTTTATAGCTTACTCATCAGCTTTCTTTGATGGTTGACTTTGAAGATTGGCGACATTTCAGATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGTTGGAAGGCCTGTGTCCGCTCACACCAGAGGAG
ACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATGATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGGTCAAATCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAGAATCATTCGTCACAAATGGCTGCATTAGACTA
TTTGGTGTCAATTGCAAGTGATGTCTTCATTCCTAGTTATGATGGGAACATGGCAAAACTTGTTGAAGGGCATCGCAGATATTTGGGATTCCGTAAAACTGTTCTGTTAGACCGGAAAAAGTTAGTTGAGCTGCTTGATATGCGTCAAAACCAAACACTTCAGTGGGATGAATTTGCACAAGCAGTGAGACAGGTGCATA
AGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCCAAAAGAAGAGGACTATTTCTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATTGATAAAGGCAAATTACTTTATTACATGCATTC
TGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTTATGCAACTCTTACCATTACAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTTGTAATTCAAGAGCAATATTCCTTCTTGCAATT
AAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACACACCTACATTTCCTGAGAGCTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATTCTTTGTCCGATGCTAGTTGATTCATTTAGATG
TCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATGTTAATGAAACATGTTCTACCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCTACAAATTGTTCAGGAAAAAAGTACAAGACACC
TAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGTTTGTTATACGTTGTTCTGAGCT
Intron 4 GTAAATATAC ... TATTCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.64 | 48 | 7.6 | 11 |
| A2 | 14.29 | 30 | 2.1 | 5 |
| A3 | 5.41 | 35 | 2.8 | 2 |
| A4 | 8.11 | 34 | 3.4 | 3 |
| A5 | 16.67 | 10 | 2.4 | 2 |
| A6 | 6.52 | 43 | 5.5 | 3 |
| A7 | 20.65 | 73 | 7.8 | 19 |
| A8 | 12.5 | 56 | 6.9 | 8 |
| A9 | 19.72 | 57 | 11.1 | 14 |
| A10 | 14.74 | 81 | 6.2 | 14 |
>TRINITY_DN40102_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoformTCATCAGCTTTCTTTGATGGTTGACTTTGAAGATTGGCGACATTTCAGATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGTTGGAAGGCCTGTGTCCGCTCACACCAGAGGAGACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATGATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGGTCAAA
TCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAGAATCATTCGTCACAAATGGCTGCATTAGACTATTTGGTGTCAATTGCAAGTGATGTCTTCATTCCTAGTTATGATGGGAACATGGCAAAACTTGTTGAA
GGGCATCGCAGATATTTGGGATTCCGTAAAACTGTTCTGTTAGACCGGAAAAAGTTAGTTGAGCTGCTTGATATGCGTCAAAACCAAACACTTCAGTGGGATGAATTTGCACAAGCAGTGAGACAGGTGCATAAGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCCAAAAGAAGAGGACTATTT
CTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATTGATAAAGGCAAATTACTTTATTACATGCATTCTGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTTATGCAACTCTTACCATTA
CAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTTGTAATTCAAGAGCAATATTCCTTCTTGCAATTAAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACACACCTACATTTCCTGAGAG
CTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATTCTTTGTCCGATGCTAGTTGATTCATTTAGATGTCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATGTTAATGAAACATGTTCTA
CCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCTACAAATTGTTCAGGAAAAAAGTACAAGACACCTAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGTTTGTTATACGTTGTTCTG
AGCTTTGCTTGCCTGGCAATCTTCTAAACCTAATATTGTGCATTGGGCACTGCACAATTGCATTTTTCTAAAGATAGAATATAGGCCTTATATATAAGATAGAATATAATGAATGTAAGTCTTATATATAAGATAGAATATAATGGATGTTAAAAAGTCTTATATATAACATAGAATATAATGAATGTTTTCTTACCAGA
TCAATGGAGGATCTCTTTCTTAACAAATCGATTTCCTTAAATAAAGTAAAGATGGGTTGATCAAAGTTCACAAG
>TRINITY_DN40102_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:CGGGCATACCCACAGAGCCTACTCCCCGATCGTTCACCGGCGATTGCCGGTCGAAAGAAAGCCAAGAGAGAAACGTTAGGTGGTGGGGTTTGAATGCGCTCTGAGCAGAGCAAGTGCATTTATGCTTTTTCTTGCCGTGTCTGTGAGCATACGGAGAACTTGATAGCAAGGTGGATCCTGTCTCATCCTGTACACACAAC
AGCTCCATATTATGCGGCCTTTGCGGCCACGAGAGCGTTCTATCGATCCCAGCGATCTCGCTTTTGTCTGTGTTACATCTGTGATTTGGGTTGCCTACCCAGGGTTTTTACCGGATACAGCCCGTATGGTGCCAATTTTCTAGGGCCTTGCTTTGATCGATTGCACAATGCAGGTCGTTTTATAAGATCCCGGGAGTTCT
CAAACTCAATTCCCCAGTTCGGCTTCTGGGGTTTCCGAATTTTTATCTGGGCGATAACAGTAAGCTTGATTTTAGGTTTGTGTTTGTTGTTTGACTCGTTCGTAGTCGTGGGTTCAAGCCCAGGACTGCTTCTTCCATTGGATTGGTCTTATTATTTAATGGCAACAAACTTTGTTTTGGGCATTTTTTGATTTTTTTTC
CCATTTATTACCGTGGTCATGTTGACCTATTGATTTTGGAGTATTTGTCAAAACTTTTCTTTGTGGGTTTTGTTTGCTTGTAGCTTGGTATAATGGGCGTTTTGAGATTGAGGATTCCAATGTAGGAACAATGGTGTGAGGTCTTTTTAGGAATGGGGATATGTGGCATCATCTATATCAGATAATGGACTTGAAATCTG
TGGCCTATCAGTTGAAGTGTGGTAAGGCCAAGCCTCCAATGCTTCCCAGGGCTCGGTTACAGGTTTGGTTTGTACGAGTCAGTTCGAGCATACTTCTCTGGACATGCATTGTTCAGTTGATGGCCCTGGGAGAGATTTGGCATCCTCATCTGCCTGTGGGGTGGCCTACTTGTTTCAATCGCCACGACTTTGCTGATCGG
ATTCCGAACATGACTCAATTGGCCGTTGTTGAACCGAATAATGCGCCTCCGCCTCCTGCTCTTCCTTTACCAAGAATATACAGGAATAATGGTTATCTGATGGTGTCATGCAATGGAGGCCTAAATCAAATGAGAGCTGCGATTTGTGATATGGTGACCATAGCACGCTACTTGAATTTGACTTTGGTTGTTCCGGAGCT
TGATAAGACATCATTTTGGGCTGATCCCAGTGAGTTTGGTGACATATTTAATACGAGACACTTCATCACTTCCTTGAGAGATGAAGTGCGCATCATAAAGGAGCTCCCAAAAAAATTTAGTCGGAAGGCACGAAGCAAACGATTTGTAATGCCGCCTATAAGCTGGTCAAATGAGAAATATTACTTGAAACAGATTCTAC
CCTTGTTTCGCAAACATAAGGTAATCCATTTTAACAAGACGGATGCACGATTGGCAAATAATGGCCTTCCCATGGAGCTTCAGAAGTTGCGGTGTCGAGTTAATTATAACGCTTTAAAATTTACTCCCCACATAGAGGATCTGGGTCGGAGACTGGTCAAGATGCTTCAAGAAAAAGGCTTTTTTTATAGTTCTACATCT
AAGATATGAAATGGACATGCTTGCATTTTCTGGCTGTACTCATGGCTGCACCGAGGAAGAAGCAAATGAACTTACACGAATGAGATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGTTGGAAGGCCTGTGTCCGCTCACACCAGAGGAGACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATG
ATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGGTCAAATCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTgtaaatatactctgcatttcctttcttcgttcttgctttcaggatggtgatataaatttattggatgcatctctgttgattttggatctagattgactcatttttttggtc
ttgtttagtcaaccactgtgttacaacactagtactcgtttaactcagattcaatctattttattcttcagGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAGAATCATTCGTCACAAATGGCTGCATTAGACTATTTGGTGTCAATTGCAAGTGATGTCTTCATTCCTAGTTATGATGGGAAC
ATGGCAAAACTTGTTGAAGGGCATCGCAGATATTTGGGATTCCGTAAAACTGTTCTGTTAGACCGGAAAAAGTTAGTTGAGCTGCTTGATATGCGTCAAAACCAAACACTTCAGTGGGATGAATTTGCACAAGCAGTGAGACAGGTGCATAAGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCC
AAAAGAAGAGGACTATTTCTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATTGATAAAGGCAAATTACTTTATTACATGCATTCTGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTT
ATGCAACTCTTACCATTACAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTTGTAATTCAAGAGCAATATTCCTTCTTGCAATTAAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACAC
ACCTACATTTCCTGAGAGCTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATTCTTTGTCCGATGCTAGTTGATTCATTTAGATGTCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATG
TTAATGAAACATGTTCTACCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCTACAAATTGTTCAGGAAAAAAGTACAAGACACCTAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGT
TTGTTATACGTTGTTCTGAGCTTTGCTTGCCTGGCAATCTTCTAAACCTAATATTGTGCATTGGGCACTGCACAATTGCATTTTTCTAAAGATAGAATATAGGCCTTATATATAAGATAGAATATAATGAATGTAAGTCTTATATATAAGATAGAATATAATGGATGTTAAAAAGTCTTATATATAACATAGAATATAAT
GAATGTTTTCTTACCAGATCAATGGAGGATCTCTTTCTTAACAAATCGATTTCCTTAAATAAAGTAAAGATGGGTTGATCAAAGTTCACAAG
Intron 5 GTTTGCAGGC ... GACATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.5 | 55 | 4.6 | 33 |
| A2 | 41.18 | 40 | 13.4 | 28 |
| A3 | 24.71 | 64 | 8.9 | 21 |
| A4 | 35.38 | 42 | 0.9 | 23 |
| A5 | 21.21 | 26 | 6.3 | 7 |
| A6 | 22.5 | 31 | 2.3 | 9 |
| A7 | 30.95 | 116 | 23.3 | 52 |
| A8 | 26.8 | 71 | 11.3 | 26 |
| A9 | 25 | 54 | 9.4 | 18 |
| A10 | 33.88 | 80 | 5.6 | 41 |
>TRINITY_DN115981_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformTCCAAATTAATTAAACAACTGAACACTGGCCATTTCAAACTCCCTGCTGATGTCATCCTGAGAACGGGCATACCCACAGAGCCTACTCCCCGATCGTTCACCGGCGATTGCCGGTCGAAAGAAAGCCAAGAGAGAAACGTTAGGTGGTGGGGTTTGAATGCGCTCTGAGCAGAGCAAGTGCATTTATGCTTTTTCTTGCC
GTGTCTGTGAGCATACGGAGAACTTGATAGCAAGGTGGATCCTGTCTCATCCTGTACACACAACAGCTCCATATTATGCGGCCTTTGCGGCCACGAGAGCGTTCTATCGATCCCAGCGATCTCGCTTTTGTCTGTGTTACATCTGTGATTTGGGTTGCCTACCCAGGGTTTTTACCGGATACAGCCCGTATGGTGCCAAT
TTTCTAGGGCCTTGCTTTGATCGATTGCACAATGCAGGTCGTTTTATAAGATCCCGGGAGTTCTCAAACTCAATTCCCCAGTTCGGCTTCTGGGGTTTCCGAATTTTTATCTGGGCGATAACACTTGGTATAATGGGCGTTTTGAGATTGAGGATTCCAATGTAGGAACAATGGTGTGAGGTCTTTTTAGGAATGGGGAT
ATGTGGCATCATCTATATCAGATAATGGACTTGAAATCTGTGGCCTATCAGTTGAAGTGTGGTAAGGCCAAGCCTCCAATGCTTCCCAGGGCTCGGTTACAGGTTTGGTTTGTACGAGTCAGTTCGAGCATACTTCTCTGGACATGCATTGTTCAGTTGATGGCCCTGGGAGAGATTTGGCATCCTCATCTGCCTGTGGG
GTGGCCTACTTGTTTCAATCGCCACGACTTTGCTGATCGGATTCCGAACATGACTCAATTGGCCGTTGTTGAACCGAATAATGCGCCTCCGCCTCCTGCTCTTCCTTTACCAAGAATATACAGGAATAATGGTTATCTGATGGTGTCATGCAATGGAGGCCTAAATCAAATGAGAGCTGCGATTTGTGATATGGTGACCA
TAGCACGCTACTTGAATTTGACTTTGGTTGTTCCGGAGCTTGATAAGACATCATTTTGGGCTGATCCCAGTGAGTTTGGTGACATATTTAATACGAGACACTTCATCACTTCCTTGAGAGATGAAGTGCGCATCATAAAGGAGCTCCCAAAAAAATTTAGTCGGAAGGCACGAAGCAAACGATTTGTAATGCCGCCTATA
AGCTGGTCAAATGAGAAATATTACTTGAAACAGATTCTACCCTTGTTTCGCAAACATAAGGTAATCCATTTTAACAAGACGGATGCACGATTGGCAAATAATGGCCTTCCCATGGAGCTTCAGAAGTTGCGGTGTCGAGTTAATTATAACGCTTTAAAATTTACTCCCCACATAGAGGATCTGGGTCGGAGACTGGTCAA
GATGCTTCAAGAAAAAGGCTTTTTTATAGTTCTACATCTAAGATATGAAATGGACATGCTTGCATTTTCTGGCTGTACTCATGGCTGCACCGAGGAAGAAGCAAATGAACTTACACGAATGAGATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGTTGGAAGGCCTGTGTCCGCTCACAC
CAGAGGAGACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATGATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGGTCAAATCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAGAATCATTCGTCACAAATGGCTGCA
TTAGACTATTTGGTGTCAATTGCAAGTGATGTCTTCATTCCTAGTTATGATGGGAACATGGCAAAACTTGTTGAAGGGCATCGCAGATATTTGGGATTCCGTAAAACTGTTCTGTTAGACCGGAAAAAGTTAGTTGAGCTGCTTGATATGCGTCAAAACCAAACACTTCAGTGGGATGAATTTGCACAAGCAGTGAGACA
GGTGCATAAGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCCAAAAGAAGAGGACTATTTCTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATTGATAAAGGCAAATTACTTTATTAC
ATGCATTCTGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTTATGCAACTCTTACCATTACAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTTGTAATTCAAGAGCAATATTCCTTC
TTGCAATTAAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACACACCTACATTTCCTGAGAGCTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATTCTTTGTCCGATGCTAGTTGATTCA
TTTAGATGTCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATGTTAATGAAACATGTTCTACCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCTACAAATTGTTCAGGAAAAAAGTAC
AAGACACCTAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGTTTGTTATACGTTGTTCTGAGCT
>TRINITY_DN115981_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCCAAATTAATTAAACAACTGAACACTGGCCATTTCAAACTCCCTGCTGATGTCATCCTGAGAACGGGCATACCCACAGAGCCTACTCCCCGATCGTTCACCGGCGATTGCCGGTCGAAAGAAAGCCAAGAGAGAAACGTTAGGTGGTGGGGTTTGAATGCGCTCTGAGCAGAGCAAGTGCATTTATGCTTTTTCTTGCC
GTGTCTGTGAGCATACGGAGAACTTGATAGCAAGGTGGATCCTGTCTCATCCTGTACACACAACAGCTCCATATTATGCGGCCTTTGCGGCCACGAGAGCGTTCTATCGATCCCAGCGATCTCGCTTTTGTCTGTGTTACATCTGTGATTTGGGTTGCCTACCCAGGGTTTTTACCGGATACAGCCCGTATGGTGCCAAT
TTTCTAGGGCCTTGCTTTGATCGATTGCACAATGCAGGTCGTTTTATAAGATCCCGGGAGTTCTCAAACTCAATTCCCCAGTTCGGCTTCTGGGGTTTCCGAATTTTTATCTGGGCGATAACAGTAAGCTTGATTTTAGGTTTGTGTTTGTTGTTTGACTCGTTCGTAGTCGTGGGTTCAAGCCCAGGACTGCTTCTTCC
ATTGGATTGGTCTTATTATTTAATGGCAACAAACTTTGTTTTGGGCATTTTTTGATTTTTTTTCCCATTTATTACCGTGGTCATGTTGACCTATTGATTTTGGAGTATTTGTCAAAACTTTTCTTTGTGGGTTTTGTTTGCTTGTAGCTTGGTATAATGGGCGTTTTGAGATTGAGGATTCCAATGTAGGAACAATGGTG
TGAGGTCTTTTTAGGAATGGGGATATGTGGCATCATCTATATCAGATAATGGACTTGAAATCTGTGGCCTATCAGTTGAAGTGTGGTAAGGCCAAGCCTCCAATGCTTCCCAGGGCTCGGTTACAGGTTTGGTTTGTACGAGTCAGTTCGAGCATACTTCTCTGGACATGCATTGTTCAGTTGATGGCCCTGGGAGAGAT
TTGGCATCCTCATCTGCCTGTGGGGTGGCCTACTTGTTTCAATCGCCACGACTTTGCTGATCGGATTCCGAACATGACTCAATTGGCCGTTGTTGAACCGAATAATGCGCCTCCGCCTCCTGCTCTTCCTTTACCAAGAATATACAGGAATAATGGTTATCTGATGGTGTCATGCAATGGAGGCCTAAATCAAATGAGAG
CTGCGATTTGTGATATGGTGACCATAGCACGCTACTTGAATTTGACTTTGGTTGTTCCGGAGCTTGATAAGACATCATTTTGGGCTGATCCCAGTGAGTTTGGTGACATATTTAATACGAGACACTTCATCACTTCCTTGAGAGATGAAGTGCGCATCATAAAGGAGCTCCCAAAAAAATTTAGTCGGAAGGCACGAAGC
AAACGATTTGTAATGCCGCCTATAAGCTGGTCAAATGAGAAATATTACTTGAAACAGATTCTACCCTTGTTTCGCAAACATAAGGTAATCCATTTTAACAAGACGGATGCACGATTGGCAAATAATGGCCTTCCCATGGAGCTTCAGAAGTTGCGGTGTCGAGTTAATTATAACGCTTTAAAATTTACTCCCCACATAGA
GGATCTGGGTCGGAGACTGGTCAAGATGCTTCAAGAAAAAGGCTTTTTTATAGTTCTACATCTAAGATATGAAATGGACATGCTTGCATTTTCTGGCTGTACTCATGGCTGCACCGAGGAAGAAGCAAATGAACTTACACGAATGAGgtttgcaggccagatatatgattattgtaaacttattatagttggttttatag
cttactcatcagctttctttgatggttgactttgaagattggcgacatttcagATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGTTGGAAGGCCTGTGTCCGCTCACACCAGAGGAGACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATGATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGG
TCAAATCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAGAATCATTCGTCACAAATGGCTGCATTAGACTATTTGGTGTCAATTGCAAGTGATGTCTTCATTCCTAGTTATGATGGGAACATGGCAAAACTTG
TTGAAGGGCATCGCAGATATTTGGGATTCCGTAAAACTGTTCTGTTAGACCGGAAAAAGTTAGTTGAGCTGCTTGATATGCGTCAAAACCAAACACTTCAGTGGGATGAATTTGCACAAGCAGTGAGACAGGTGCATAAGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCCAAAAGAAGAGGAC
TATTTCTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATTGATAAAGGCAAATTACTTTATTACATGCATTCTGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTTATGCAACTCTTAC
CATTACAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTTGTAATTCAAGAGCAATATTCCTTCTTGCAATTAAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACACACCTACATTTCCT
GAGAGCTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATTCTTTGTCCGATGCTAGTTGATTCATTTAGATGTCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATGTTAATGAAACATG
TTCTACCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCTACAAATTGTTCAGGAAAAAAGTACAAGACACCTAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGTTTGTTATACGTTG
TTCTGAGCT
Intron 6 GTATGTTCAT ... GCTTGAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 28 | 6.2 | 7 |
| A2 | 17.2 | 33 | 3.6 | 6.9 |
| A3 | 7.55 | 29 | 8.2 | 2.6 |
| A4 | 13.26 | 37 | 6.8 | 5.7 |
| A5 | 27.03 | 17 | 1.4 | 6.6 |
| A6 | 17.33 | 19 | 1.8 | 4.2 |
| A7 | 19.04 | 33 | 3.5 | 8.1 |
| A8 | 11.04 | 22 | 2.9 | 3.3 |
| A9 | 12.21 | 32 | 3.7 | 5.2 |
| A10 | 19.23 | 34 | 1.7 | 8.5 |
>TRINITY_DN115981_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformTCCAAATTAATTAAACAACTGAACACTGGCCATTTCAAACTCCCTGCTGATGTCATCCTGAGAACGGGCATACCCACAGAGCCTACTCCCCGATCGTTCACCGGCGATTGCCGGTCGAAAGAAAGCCAAGAGAGAAACGTTAGGTGGTGGGGTTTGAATGCGCTCTGAGCAGAGCAAGTGCATTTATGCTTTTTCTTGCC
GTGTCTGTGAGCATACGGAGAACTTGATAGCAAGGTGGATCCTGTCTCATCCTGTACACACAACAGCTCCATATTATGCGGCCTTTGCGGCCACGAGAGCGTTCTATCGATCCCAGCGATCTCGCTTTTGTCTGTGTTACATCTGTGATTTGGGTTGCCTACCCAGGGTTTTTACCGGATACAGCCCGTATGGTGCCAAT
TTTCTAGGGCCTTGCTTTGATCGATTGCACAATGCAGGTCGTTTTATAAGATCCCGGGAGTTCTCAAACTCAATTCCCCAGTTCGGCTTCTGGGGTTTCCGAATTTTTATCTGGGCGATAACAGTAAGCTTGATTTTAGGTTTGTGTTTGTTGTTTGACTCGTTCGTAGTCGTGGGTTCAAGCCCAGGACTGCTTCTTCC
ATTGGATTGGTCTTATTATTTAATGGCAACAAACTTTGTTTTGGGCATTTTTTGATTTTTTTTCCCATTTATTACCGTGGTCATGTTGACCTATTGATTTTGGAGTATTTGTCAAAACTTTTCTTTGTGGGTTTTGTTTGCTTGTAGCTTGGTATAATGGGCGTTTTGAGATTGAGGATTCCAATGTAGGAACAATGGTG
TGAGGTCTTTTTAGGAATGGGGATATGTGGCATCATCTATATCAGATAATGGACTTGAAATCTGTGGCCTATCAGTTGAAGTGTGGTAAGGCCAAGCCTCCAATGCTTCCCAGGGCTCGGTTACAGGTTTGGTTTGTACGAGTCAGTTCGAGCATACTTCTCTGGACATGCATTGTTCAGTTGATGGCCCTGGGAGAGAT
TTGGCATCCTCATCTGCCTGTGGGGTGGCCTACTTGTTTCAATCGCCACGACTTTGCTGATCGGATTCCGAACATGACTCAATTGGCCGTTGTTGAACCGAATAATGCGCCTCCGCCTCCTGCTCTTCCTTTACCAAGAATATACAGGAATAATGGTTATCTGATGGTGTCATGCAATGGAGGCCTAAATCAAATGAGAG
CTGCGATTTGTGATATGGTGACCATAGCACGCTACTTGAATTTGACTTTGGTTGTTCCGGAGCTTGATAAGACATCATTTTGGGCTGATCCCAGTGAGTTTGGTGACATATTTAATACGAGACACTTCATCACTTCCTTGAGAGATGAAGTGCGCATCATAAAGGAGCTCCCAAAAAAATTTAGTCGGAAGGCACGAAGC
AAACGATTTGTAATGCCGCCTATAAGCTGGTCAAATGAGAAATATTACTTGAAACAGATTCTACCCTTGTTTCGCAAACATAAGGTAATCCATTTTAACAAGACGGATGCACGATTGGCAAATAATGGCCTTCCCATGGAGCTTCAGAAGTTGCGGTGTCGAGTTAATTATAACGCTTTAAAATTTACTCCCCACATAGA
GGATCTGGGTCGGAGACTGGTCAAGATGCTTCAAGAAAAAGGCTTTTTTATAGTTCTACATCTAAGATATGAAATGGACATGCTTGCATTTTCTGGCTGTACTCATGGCTGCACCGAGGAAGAAGCAAATGAACTTACACGAATGAGGTTTGCAGGCCAGATATATGATTATTGTAAACTTATTATAGTTGGTTTTATAG
CTTACTCATCAGCTTTCTTTGATGGTTGACTTTGAAGATTGGCGACATTTCAGATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGTTGGAAGGCCTGTGTCCGCTCACACCAGAGGAGACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATGATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGG
TCAAATCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAGAATCATTCGTCACAAATGGCTGCATTAGACTATTTGGTGTCAATTGCAAGTGATGTCTTCATTCCTAGTTATGATGGGAACATGGCAAAACTTG
TTGAAGGGCATCGCAGATATTTGGGATTCCGTAAAACTGTTCTGTTAGACCGGAAAAAGTTAGTTGAGCTGCTTGATATGCGTCAAAACCAAACACTTCAGTGGGATGAATTTGCACAAGCAGTGAGACAGGTGCATAAGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCCAAAAGAAGAGGAC
TATTTCTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATTGATAAAGGCAAATTACTTTATTACATGCATTCTGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTTATGCAACTCTTAC
CATTACAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTTGTAATTCAAGAGCAATATTCCTTCTTGCAATTAAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACACACCTACATTTCCT
GAGAGCTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATTCTTTGTCCGATGCTAGTTGATTCATTTAGATGTCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATGTTAATGAAACATG
TTCTACCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCTACAAATTGTTCAGGAAAAAAGTACAAGACACCTAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGTTTGTTATACGTTG
TTCTGAGCT
>TRINITY_DN115981_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:CATTGGTAAGATGGCTGTTGTACTGGGTCACTGACAGTGCCCTGATAATTGAAGGGAGCACAACATAGGTAGGTGAGGAGTGGTTTGACTATTTTTAATCTCCTATTGCCTAAGCCCTGCTATGGTCTAATTATAATATCAGGTTGAAACCCATGCAGTGCCTTCCTTGCTATAGCCATTTGCTGCGAGTTGATTTTGGT
TGGCTTCTTGTGCTTAACCAATTTGCATTAGATTATGAAAAGACAAAGTTGTTCTCATCCAGTGGCTTTGATTATTTTGATCAGTTATACAGAATACACAACAGTGCTACAATATTTCAAATTTAATGCACAAGTCTGTTAAATAGATCACTTTCATGCAGTTCAAGGAAGTATCAATGCATCTGAAGTTCACGCAGATG
TCTGCAACTTTTTCACTTATTTGCAGGAGCTGCTTATGTGTTAGAAGTCATATGAATCACCTCAATTTGCCACTCCTTTTATTTGAAAAGAAACTTTAATAAGCATCTATCTGTTAGTATCCACATATGAAAAAAACTGACTGATCTGATAAGTTGAAGAAATCTTTGTCTAAGTATTTGTAAAACTTTATGCCAGTAGT
TATCCTAAGAATGAACCCATTCATCATTGCAGGAATATACAGGAATAATGGTTATCTGATGGTGTCATGCAATGGAGGCCTAAATCAAATGAGAGCTGCGgtatgttcattatttagttgcctgcttaaaaaaatactatgttggctgagatggaagttgccagcgggcattgttacggcgttatatcaacattacattt
atgtatctaagcttttaatgcttcaacgctgctgatattttcaattttagatggaatatttaattcaatataattgagagtaatgtaaaagctataaatttctgatataatgaccgcttgaatagATTTGTGATATGGTGACCATAGCACGCTACTTGAATTTGACTTTGGTTGTTCCGGAGCTTGATAAGACATCATTT
TGGGCTGATCCCAGGTATGCATAGGTTCAGGTCTGCGCTTAAATGTTATAGTGATTTAGAAGACAGTTGTGGTTTACTTCCTTTCTTTTAATGTACAAATATTGTCAATGGTGGCAATTACTTGGTATTAATCTCTATATCTTCATTTTTGTGCAGTGAGTTTGGTGACATATTTAATACGAGACACTTCATCACTTCCT
TGAGAGATGAAGTGCGCATCATAAAGGAGCTCCCAAAAAAATTTAGTCGGAAGGCACGAAGCAAACGATTTGTAATGCCGCCTATAAGCTGGTCAAATGAGAAATATTACTTGAAACAGATTCTACCCTTGTTTCGCAAACATAAGGTAATCCATTTTAACAAGACGGATGCACGATTGGCAAATAATGGCCTTCCCATG
GAGCTTCAGAAGTTGCGGTGTCGAGTTAATTATAACGCTTTAAAATTTACTCCCCACATAGAGGATCTGGGTCGGAGACTGGTCAAGATGCTTCAAGAAAAAGGCTTTTTTATAGTTCTACATCTAAGATATGAAATGGACATGCTTGCATTTTCTGGCTGTACTCATGGCTGCACCGAGGAAGAAGCAAATGAACTTAC
ACGAATGAGGTTTGCAGGCCAGATATATGATTATTGTAAACTTATTATAGTTGGTTTTATAGCTTACTCATCAGCTTTCTTTGATGGTTGACTTTGAAGATTGGCGACATTTCAGATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGTTGGAAGGCCTGTGTCCGCTCACACCAGAGGAG
ACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATGATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGGTCAAATCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAGAATCATTCGTCACAAATGGCTGCATTAGACTA
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AGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCCAAAAGAAGAGGACTATTTCTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATTGATAAAGGCAAATTACTTTATTACATGCATTC
TGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTTATGCAACTCTTACCATTACAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTTGTAATTCAAGAGCAATATTCCTTCTTGCAATT
AAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACACACCTACATTTCCTGAGAGCTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATTCTTTGTCCGATGCTAGTTGATTCATTTAGATG
TCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATGTTAATGAAACATGTTCTACCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCTACAAATTGTTCAGGAAAAAAGTACAAGACACC
TAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGTTTGTTATACGTTGTTCTGAGCT
Intron 7 GTAAGCTTGA ... TTGCTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 51.43 | 34 | 27 | 45 |
| A2 | 63.2 | 23 | 32 | 47 |
| A3 | 45.88 | 46 | 38 | 40 |
| A4 | 40.1 | 62 | 48 | 35 |
| A5 | 56.92 | 28 | 37 | 37 |
| A6 | 42.42 | 19 | 13 | 15 |
| A7 | 49.63 | 34 | 29 | 38 |
| A8 | 57.89 | 8 | 16 | 6 |
| A9 | 49.53 | 27 | 15 | 38 |
| A10 | 42.45 | 61 | 43 | 47 |
>TRINITY_DN115981_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformTCCAAATTAATTAAACAACTGAACACTGGCCATTTCAAACTCCCTGCTGATGTCATCCTGAGAACGGGCATACCCACAGAGCCTACTCCCCGATCGTTCACCGGCGATTGCCGGTCGAAAGAAAGCCAAGAGAGAAACGTTAGGTGGTGGGGTTTGAATGCGCTCTGAGCAGAGCAAGTGCATTTATGCTTTTTCTTGCC
GTGTCTGTGAGCATACGGAGAACTTGATAGCAAGGTGGATCCTGTCTCATCCTGTACACACAACAGCTCCATATTATGCGGCCTTTGCGGCCACGAGAGCGTTCTATCGATCCCAGCGATCTCGCTTTTGTCTGTGTTACATCTGTGATTTGGGTTGCCTACCCAGGGTTTTTACCGGATACAGCCCGTATGGTGCCAAT
TTTCTAGGGCCTTGCTTTGATCGATTGCACAATGCAGGTCGTTTTATAAGATCCCGGGAGTTCTCAAACTCAATTCCCCAGTTCGGCTTCTGGGGTTTCCGAATTTTTATCTGGGCGATAACACTTGGTATAATGGGCGTTTTGAGATTGAGGATTCCAATGTAGGAACAATGGTGTGAGGTCTTTTTAGGAATGGGGAT
ATGTGGCATCATCTATATCAGATAATGGACTTGAAATCTGTGGCCTATCAGTTGAAGTGTGGTAAGGCCAAGCCTCCAATGCTTCCCAGGGCTCGGTTACAGGTTTGGTTTGTACGAGTCAGTTCGAGCATACTTCTCTGGACATGCATTGTTCAGTTGATGGCCCTGGGAGAGATTTGGCATCCTCATCTGCCTGTGGG
GTGGCCTACTTGTTTCAATCGCCACGACTTTGCTGATCGGATTCCGAACATGACTCAATTGGCCGTTGTTGAACCGAATAATGCGCCTCCGCCTCCTGCTCTTCCTTTACCAAGAATATACAGGAATAATGGTTATCTGATGGTGTCATGCAATGGAGGCCTAAATCAAATGAGAGCTGCGATTTGTGATATGGTGACCA
TAGCACGCTACTTGAATTTGACTTTGGTTGTTCCGGAGCTTGATAAGACATCATTTTGGGCTGATCCCAGTGAGTTTGGTGACATATTTAATACGAGACACTTCATCACTTCCTTGAGAGATGAAGTGCGCATCATAAAGGAGCTCCCAAAAAAATTTAGTCGGAAGGCACGAAGCAAACGATTTGTAATGCCGCCTATA
AGCTGGTCAAATGAGAAATATTACTTGAAACAGATTCTACCCTTGTTTCGCAAACATAAGGTAATCCATTTTAACAAGACGGATGCACGATTGGCAAATAATGGCCTTCCCATGGAGCTTCAGAAGTTGCGGTGTCGAGTTAATTATAACGCTTTAAAATTTACTCCCCACATAGAGGATCTGGGTCGGAGACTGGTCAA
GATGCTTCAAGAAAAAGGCTTTTTTATAGTTCTACATCTAAGATATGAAATGGACATGCTTGCATTTTCTGGCTGTACTCATGGCTGCACCGAGGAAGAAGCAAATGAACTTACACGAATGAGATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGTTGGAAGGCCTGTGTCCGCTCACAC
CAGAGGAGACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATGATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGGTCAAATCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAGAATCATTCGTCACAAATGGCTGCA
TTAGACTATTTGGTGTCAATTGCAAGTGATGTCTTCATTCCTAGTTATGATGGGAACATGGCAAAACTTGTTGAAGGGCATCGCAGATATTTGGGATTCCGTAAAACTGTTCTGTTAGACCGGAAAAAGTTAGTTGAGCTGCTTGATATGCGTCAAAACCAAACACTTCAGTGGGATGAATTTGCACAAGCAGTGAGACA
GGTGCATAAGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCCAAAAGAAGAGGACTATTTCTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATTGATAAAGGCAAATTACTTTATTAC
ATGCATTCTGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTTATGCAACTCTTACCATTACAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTTGTAATTCAAGAGCAATATTCCTTC
TTGCAATTAAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACACACCTACATTTCCTGAGAGCTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATTCTTTGTCCGATGCTAGTTGATTCA
TTTAGATGTCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATGTTAATGAAACATGTTCTACCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCTACAAATTGTTCAGGAAAAAAGTAC
AAGACACCTAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGTTTGTTATACGTTGTTCTGAGCT
>TRINITY_DN115981_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCCAAATTAATTAAACAACTGAACACTGGCCATTTCAAACTCCCTGCTGATGTCATCCTGAGAACGGGCATACCCACAGAGCCTACTCCCCGATCGTTCACCGGCGATTGCCGGTCGAAAGAAAGCCAAGAGAGAAACGTTAGGTGGTGGGGTTTGAATGCGCTCTGAGCAGAGCAAGTGCATTTATGCTTTTTCTTGCC
GTGTCTGTGAGCATACGGAGAACTTGATAGCAAGGTGGATCCTGTCTCATCCTGTACACACAACAGCTCCATATTATGCGGCCTTTGCGGCCACGAGAGCGTTCTATCGATCCCAGCGATCTCGCTTTTGTCTGTGTTACATCTGTGATTTGGGTTGCCTACCCAGGGTTTTTACCGGATACAGCCCGTATGGTGCCAAT
TTTCTAGGGCCTTGCTTTGATCGATTGCACAATGCAGGTCGTTTTATAAGATCCCGGGAGTTCTCAAACTCAATTCCCCAGTTCGGCTTCTGGGGTTTCCGAATTTTTATCTGGGCGATAACAgtaagcttgattttaggtttgtgtttgttgtttgactcgttcgtagtcgtgggttcaagcccaggactgcttcttcc
attggattggtcttattatttaatggcaacaaactttgttttgggcattttttgattttttttcccatttattaccgtggtcatgttgacctattgattttggagtatttgtcaaaacttttctttgtgggttttgtttgcttgtagCTTGGTATAATGGGCGTTTTGAGATTGAGGATTCCAATGTAGGAACAATGGTG
TGAGGTCTTTTTAGGAATGGGGATATGTGGCATCATCTATATCAGATAATGGACTTGAAATCTGTGGCCTATCAGTTGAAGTGTGGTAAGGCCAAGCCTCCAATGCTTCCCAGGGCTCGGTTACAGGTTTGGTTTGTACGAGTCAGTTCGAGCATACTTCTCTGGACATGCATTGTTCAGTTGATGGCCCTGGGAGAGAT
TTGGCATCCTCATCTGCCTGTGGGGTGGCCTACTTGTTTCAATCGCCACGACTTTGCTGATCGGATTCCGAACATGACTCAATTGGCCGTTGTTGAACCGAATAATGCGCCTCCGCCTCCTGCTCTTCCTTTACCAAGAATATACAGGAATAATGGTTATCTGATGGTGTCATGCAATGGAGGCCTAAATCAAATGAGAG
CTGCGATTTGTGATATGGTGACCATAGCACGCTACTTGAATTTGACTTTGGTTGTTCCGGAGCTTGATAAGACATCATTTTGGGCTGATCCCAGTGAGTTTGGTGACATATTTAATACGAGACACTTCATCACTTCCTTGAGAGATGAAGTGCGCATCATAAAGGAGCTCCCAAAAAAATTTAGTCGGAAGGCACGAAGC
AAACGATTTGTAATGCCGCCTATAAGCTGGTCAAATGAGAAATATTACTTGAAACAGATTCTACCCTTGTTTCGCAAACATAAGGTAATCCATTTTAACAAGACGGATGCACGATTGGCAAATAATGGCCTTCCCATGGAGCTTCAGAAGTTGCGGTGTCGAGTTAATTATAACGCTTTAAAATTTACTCCCCACATAGA
GGATCTGGGTCGGAGACTGGTCAAGATGCTTCAAGAAAAAGGCTTTTTTATAGTTCTACATCTAAGATATGAAATGGACATGCTTGCATTTTCTGGCTGTACTCATGGCTGCACCGAGGAAGAAGCAAATGAACTTACACGAATGAGATATGCATATCCATGGTGGAAGGAGAAAGAAATAAAATCTGAACAGAAAAGGT
TGGAAGGCCTGTGTCCGCTCACACCAGAGGAGACTGCACTGGTTTTGAAGGCTTTGAGTTATGATAAAAGTACTCAAATTTATATTGCTGCTGGTCAAATCTATGGCGGTGAAAAAAGATTGGCAGCCTTGCATGCAATGTATCCAAACATTGTGCGGAAGGAGATGCTTTTGAATCCAAATGATTTGAAGCCCTTTCAG
AATCATTCGTCACAAATGGCTGCATTAGACTATTTGGTGTCAATTGCAAGTGATGTCTTCATTCCTAGTTATGATGGGAACATGGCAAAACTTGTTGAAGGGCATCGCAGATATTTGGGATTCCGTAAAACTGTTCTGTTAGACCGGAAAAAGTTAGTTGAGCTGCTTGATATGCGTCAAAACCAAACACTTCAGTGGGA
TGAATTTGCACAAGCAGTGAGACAGGTGCATAAGAAACGCATTGGTGCACCTATGCGTAGGAAAGTAATCTCTGACAGGCCAAAAGAAGAGGACTATTTCTATGCCAACCCTCATGAATGTTTATGTAATACTTCCTTACGGTCTTCCATCAAATCTGAATAATAGGTTTTGAAGAATATGCGAATTATTTATGGAGATT
GATAAAGGCAAATTACTTTATTACATGCATTCTGTAAGCCACATTTTGAAGATGGAATGTAGCATGTGGAGGGGTTGATTTATGCAACTCTTACCATTACAGAGGCATGAAAAGCAATACTTTCTGATTCGGGGGGTTCATGTTAATGCAAAGGAAGAAGCCTCTTCCGTAGAAGTAGCCAAGACAGAGAGAGGAAGGTT
GTAATTCAAGAGCAATATTCCTTCTTGCAATTAAAAAATTATCAATTGGAGATGGCAGATCGACTTTTTGGATTGGAACACACCTACATTTCCTGAGAGCTTCTACAAGAATCTGCAATTTAAAGCTGATTTCTGGAAGCTGTTTGAGGGCCAGAGTGGCACATTGTTAGTTGTGTTATCAATTCTATTTTTGACACATT
CTTTGTCCGATGCTAGTTGATTCATTTAGATGTCCCAGTTGAGAATGTTCTTTTGGCCTCCTCATGGGTCTCAAAACAATGTTAATGAAACATGTTCTACCTATAAATAAAATAGAGATTCATTCTTTCCTGGAGAAAATGGCATTATAATTTCTGGTGTCTAGCGATTTGGTTTATGGTATGCTCTGTGCCGGATCCCT
ACAAATTGTTCAGGAAAAAAGTACAAGACACCTAACATCGGCAGTTAATACATCTCCCTCCATTTTCTCAATGGAATAGGTTTGTTATACGTTGTTCTGAGCT