sp|Q9FJR0|RENT1_ARATH ----> Regulator of nonsense transcripts 1 homolog

Intron 1 GTGATTCTAA ... TCCTTGGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.85	9	9	12
A2	50	4	4	4
A3	75	2	2	10
A4	61.9	4	4	9
A5	51.35	9	9	10
A6	44.44	5	5	3
A7	66.67	1	1	3
A8	50	1	1	1
A9	60	2	2	4
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN100374_c0_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoform

GCCTAGAACTAGTTGTTGCCCGAGAATGCTTGGCCAATTTTCTGGAAATTGTCTTTATCCAGAAAATCTAAGTCATGGAGTTTTTGGATTGATTTTTGGCAAGGGTCTGCTTTTTCTTCAGCTAGGGTCTATTTTTTCTTTAGGATATGCAAGAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTCTTGGTAGGTGAT
TCTAAATAGTCCACAAGTAACGAGTGCAAAGTTCTCATGTCATGCTCAAGAATGGGTGTTGAGCAAGAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTCCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCACAAGTAGCGAGTGCAAAGTTCTCATGTCATTGTCAAGAATGGGTGTTGATCTAAGTTGTCTAGAATGCCAGAG
AATGCCCGAGTTCTTATGGCATTCTCAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCATCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCCATTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCACAAGTAGCGAGTGCAAAGTTCTCATGTCATTGTCAAGAATGGGTGTTGATCTAAGTTGTC
TAGAATGCCAGAGAATGCCCGAGTTCTTATGGCATTC

>TRINITY_DN100374_c0_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GCCTAGAACTAGTTGTTGCCCGAGAATGCTTGGCCAATTTTCTGGAAATTGTCTTTATCCAGAAAATCTAAGTCATGGAGTTTTTGGATTGATTTTTGGCAAGGGTCTGCTTTTTCTTCAGCTAGGGTCTATTTTTTCTTTAGGATATGCAAGAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTCTTGGTAGgtgat
tctaaatagtccacaagtaacgagtgcaaagttctcatgtcatgctcaagaatgggtgttgagcaagaggtgaactaatgagctttttaccaatcatcctccttggtagGTGATTCTAAATAGTCCACAAGTAGCGAGTGCAAAGTTCTCATGTCATTGTCAAGAATGGGTGTTGATCTAAGTTGTCTAGAATGCCAGAG
AATGCCCGAGTTCTTATGGCATTCTCAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCATCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCCATTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCACAAGTAGCGAGTGCAAAGTTCTCATGTCATTGTCAAGAATGGGTGTTGATCTAAGTTGTC
TAGAATGCCAGAGAATGCCCGAGTTCTTATGGCATTC

Intron 2 ATGCAAAGTT ... AGAGGTGAAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	6	12
A2	63.64	2	3	4
A3	80.95	2	7	10
A4	42.86	6	3	6
A5	75	2	4	8
A6	100	0	3	4
A7	100	0	2	2
A8	33.33	2	2	0
A9	100	0	0	4
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN117196_c7_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

AATGGGTGTTGATCTAAGTTGTCTAGAATGCCAGAGAATGCCCGAGTTCTTATGGCATTCTCAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCCATATGCAAAGTTCTCATGTCATGCTCAAGAATGGGTGTTGAGCAAGAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCC
TTCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCACAAGTAGCGAGTGCAAAGTTCTCATGTCATTGTTAAGAATGGGTGTTGATCTAAGTTGTCCGGAATGTCAGAGTTCTTATGGCATTGTCATCTACACATGTAGATGGCATTGTTAAGAACATATCTTGATCTAAGATTTCCAGAATGCCAGAGTTTTAATGGCATTTTTAAC
AACACATGTAGATGACATTGTTAAGAACACATGTTGATGTAAGACTAGAATGCCATAGAATGCCAGAGTTCTTATGGCATTCTCAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCCATTAATGAGCTTTTTACCAATCATC

>TRINITY_DN117196_c7_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AATGGGTGTTGATCTAAGTTGTCTAGAATGCCAGAGAATGCCCGAGTTCTTATGGCATTCTCAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCCATatgcaaagttctcatgtcatgctcaagaatgggtgttgagcaagaggtgaacTAATGAGCTTTTTACCAATCATCC
TTCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCACAAGTAGCGAGTGCAAAGTTCTCATGTCATTGTTAAGAATGGGTGTTGATCTAAGTTGTCCGGAATGTCAGAGTTCTTATGGCATTGTCATCTACACATGTAGATGGCATTGTTAAGAACATATCTTGATCTAAGATTTCCAGAATGCCAGAGTTTTAATGGCATTTTTAAC
AACACATGTAGATGACATTGTTAAGAACACATGTTGATGTAAGACTAGAATGCCATAGAATGCCAGAGTTCTTATGGCATTCTCAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCCATTAATGAGCTTTTTACCAATCATC

Intron 3 GTGATTCTAA ... TTCTTGGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.64	6	11	10
A2	73.91	3	13	4
A3	83.33	2	14	6
A4	87.5	2	15	13
A5	45.45	3	4	1
A6	0	3	0	0
A7	60	2	4	2
A8	57.14	3	6	2
A9	100	0	1	1
A10	100	0	4	2

>TRINITY_DN99442_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

AATGGGTGTTGATCTAAGTTGTCTAGAATGCCAGAGAATGCCAGAGTTCTTATGGCATTCCCAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCATGCAAAGTTCTCATGTCATGCTCAAGAATGGGTGTTGAGCAAGAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTC
TTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCACAAGTAGCGAGTGCAAAGTTCTCATGTCATTGTCAAGAATGGGTGTTGATCTAAGTTGTCCGGAATGTCAGAGTTCTTATGGCATTGTCATCTACACATGTAGATGGCATTGTTAAGAACATATCTTGATCTAAGATTTCCAGAATGCCAGAGTTTTAATGGCATTTTTAACAAC
ACATGTAGATGACATTGTTAAGAACACATGTTGATGTAAGATGTCCAGAATGCTAGAGTTCTCATGGTATTCTTAAGAACACATCTTGATTTAAGATGTCCAGAATGCCAGAGTTCTTATGGCATTCCCAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCCATTAATGAGCT
TTTTACCAATCATCCTTCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCTGTAAGAACATATGTAGATGACATTGTTAAGAACACATGTTGATGTAAGATGTCCAGAATGCTAGAGTTCTCATGGTATTCTTAAGAACACATCTTGATTTAAGATGTCCAGAATGCCAGAGTTCTTATGGCA

>TRINITY_DN99442_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AATGGGTGTTGATCTAAGTTGTCTAGAATGCCAGAGAATGCCAGAGTTCTTATGGCATTCCCAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTCTTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCATGCAAAGTTCTCATGTCATGCTCAAGAATGGGTGTTGAGCAAGAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTC
TTGGTAGGTGATTCTAAATAGTCCACAAGTAGCGAGTGCAAAGTTCTCATGTCATTGTCAAGAATGGGTGTTGATCTAAGTTGTCTAGAATGCCAGAGAATGCCAGAGTTCTTATGGCATTCCCAGGTGAACTAATGAGCTTTTTACCAATCATCCTTCTTGGTAGgtgattctaaatagtcccattaatgagcttttta
ccaatcatccttcttggtagGTGATTCTAAATAGTCC