sp|Q94BY9|GAP22_ARATH ----> Rab GTPase-activating protein 22

Intron 1 GCTATAGTAA ... TTTTGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.06	195	14	92
A2	25.18	205	11	69
A3	36.58	267	28	154
A4	23.64	168	20	52
A5	34.32	111	4	58
A6	32.84	45	0	22
A7	34.38	210	7	110
A8	28.28	71	3	28
A9	31.19	225	7	102
A10	31.39	317	20	145

>TRINITY_DN42096_c1_g3_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

GGGTGAAAACTTTAGTTTATAGCAGGCAGCAATAATTATCATTCATAATAACAATAACAGAAAAATTAAAAAAAGACATATAATAATTACAGTGTGTATGACGAGGTCAACTATGGTTGCTTGCAGGTGATGAGATTTCCATCTGTTATCGTTCTCCTATTATCTGCATTGCGTTGTTTCCAACTGATTCGAATTTTCAC
TCTGGTAGCCCAGCTCTGCCCGTCCTTCCCTGCCTCGGTGGCCCCATGTGACCACGACCTTAACGGATAACAGGGAGAGCGAACATCTTTTTCTTGTTGTTGTTGCAGCGGAGAATGGATGGAGCGCATTCCTGTCGCCCTCGCCGTCGGCTGTTTTGAGGGCTGGAGGATCTATGAAGAGAAGAGGCCGTTAAGATGGT
GATGATATGAGATGAATTAGGGGCGGGGGAGATGGTTTCGATGTCGATTGACTGGGAGGAGAAAAAATGGATGTGCGGTGGAGGCGGAGGCGTGAATTTGTGCAGGGTGGCTTCCATTGTTCGCGATCGGAGGGGGGGCAGAGGAGGAGGAGGCAGAGGGGCAGGCGGCAGCGGTGACAGCGGGGGGGCGGGGCCTTCTT
CTTCTTCTTCTTCTTCTTCCCCTTTCAAGGGAAGAAAGATACTTAAGCCAGACAAATGGCGAGCAGCTTTTGACAGTGAGGGCAGGCCTGTGGGGTTCCAGAAGGCTCTCAAGACAATTATTTTTGGGGGTGTGGATGCATCTATAAGGGCAGAAGTTTGGGAATATTTGCTTGGTTGTTATGCGCTTAGCAGCACTGCA
GAGTATCGGCAGCAGCTAAGGATATCTCGAAGGAAGAGATATAGAGATTTGATCGACCAATGTCAAATGATGCACTCTAGCATTGGTACTGGTTCCCTTGCTTACACTGTTGGGTCTAAAGTAATGGATGTGCGGATAATGTCTAAAGATAGTGCCAAGAAAGAAGCAAAAATGGGTGTTGAGCGCATTACTCAAGAGGC
AAAGTCTAAGCTTGAATCATCTCGTGGTATGTGGAATAGTGGAAGGATTGAAGCATCAGTTGCTTATGAGAATGATAGACAGAGCTCTACAGATTCAACAGACTTTGGAAGTGCCAGGGAAAACCCAAATTATACAACCTTGAATTCTTCATACGGTATGTCTAGTGCAGGTCTAGACAGTGGCGTTGGTTCAGAATCTG
AAAGAGAATACGATGGGACACTTGATAGGCAAAACAGTTTTGATTTTCCCTATCTGCCCGTTACAAACCTTTTTGAAAGAAGCGATACAGAAATTGTGGAATCTGAAGCAATTTCACCGAGGCGACGAGCAGTGGAAAATACAGATCATAATTCAAAAAGAAATGACAATAAAGGAGGAGATTTACTTATGGAAGATGCT
ATATTTAGATTAGAATATGATACTAAAACCACTACTTCAAACATAGAATCAGCAGGGAAGGATAACATTGACTATTTGGAAGACACAACTTATCATAAAAAGGAGAAATTTACTTTGGCTAAAGCTTTGGTGCAAGAGCAGGTGCCAGGAATCAATGGGTCGGAGCATCAACCAGGAACTATTGGAAGGATGAAGATATC
AGATGCTCCAGAACTAGGTGACTCGCCTCTAATGAATCCAGTAGTAGCACTTGGGGTCAATGTGAATGAAGACAGAGTTGCAGATTGGCTCTGGACACTTCACAGGATTGTTGTGGATGTTGTAAGAACAGATAGGCATCTTGAATTCTATGGAGATGCAAAAAACATGGCTCGGATGTCAGATATCCTTGCTGTATATG
CCTGGGTGGATCCCACAACTGGTTATTGCCAAGGTATGAGTGATTTGTTATCTCCATTCATTATTCTTTTTGAGGATGATGCGGATGCATTCTGGTGCTTTGAGAGTCTTCTCCGAAGAATGAGACCAAATTTCCAGATGGAAGGCCCCATTGGTGTGATGAAACAATTAGAAGCCCTGGGAAAAATATTAGAGTTGACT
GACCTTCAATTATTCAAGCACTTGTCTCAGATTGGTGCAGAAAGTCTTCTTTTTGCATTTCGCATGCTGCTTGTCCTCTTTCGCCGGGAATTGTCGTTCGAGGATGCACTTTGTATGTGGGAGATGATGTGGGCTGCTGATTTTGATGAAGCTATGTCATGGGCATTGGAAAATAACTGCCTTGAACCACTGGTCTTGAG
CCCTCTAAATGCTTTACATGGAGATACCAACATTGAAAATGGAGAAAACACCCCTTGTTCAAAGAGTGATCAATCTGAACTACCTGATGCAGATATTTCCGTTTCTGGAAACAGTGATGCCAAATATCTTTCTAGAAGCCCGTTATGTGGCTTGAGACCAGGCAATTTCTGGCCTAAACAAAGTCAGCAACAGATTTGTA
CTATGAGTTCACTCCTCAAGAAAAATGGGGATGATGAACTATCTGTCTTTTGTGTAGCAGCTATTCTTGTCCTCAATAGGTCAAAGTTCATCAAGGAGATTCATTCGATGGATGATGCCATTAAGATGTTCAACGACATGCCGTTTGAAATTAAGGTGAAGAGATGTATACGAATGGCCATTAAATTGCGGAAAAAATAT
CTCCATAAGTTGACCAAGAAAGCAGGAATCAGGATATTATCAGCTAAACAGCCCTCATGAGTGATAATGAATGGTGCCAAATAAGGTGCCTATATTATTTTGTCCATCTGAATAAACACAAGTGGTGAGGATGATGCCTTCTTCAGATATGGGGTTGTAGCATTAGATGTTATCTACATCAACCGCTCTGATTCTGTTTT
GCAGCTATTGTATTTTCCAAACTATTGAGTTGAGTTGCTCAAGCATCCAGACTATATTAAGCAGTTAAGAAATAGTTCACTGAATGTTTGGAGGTTTGGTAGAAGCTGGGTATGGAACTGCCATTGTTTCCGGGTTGTGTAGCTTAATACCTGTGCAAGAGGCCTTGAATTGCAGGTGTAAAGCATTTGTACAGGTAATG
CGATGCGTCCTTTATACGTAGAGTGAGAAAGAATTGACTCTGAACTGAGTCCTGTTCAGTTTAAATTGTTTCAAATGTTGATTGACAGAAATTATTGCCGGGATATTCACAGATAAATCTTGGGGAACTGCATACATCTTCCAGAAATTCTGTAATCCATGAGCTGTAAGATCTAATTTTCCACTTCTGTATTTTCAGCT
TTGAATTGCTCCCCCGTGGTTCTATGCTCTTGGTTGTTTTTTCTTCTAAGCAACATTAACATGTATGTTATGGCTTCCATGAATTGGATAAGAACATGGTGCATATCAAGGTTTTTGAGCAGTTGGCCTGGAAATTTAAGAACAAGCATTAAAGATATGCTGTTCATTCCAACTGATTTTCTAAATGATACGGGAATTTG
TAAGTCTAGTTGAGTCCAACATGTGAAGATATTCTCAAAAGATTCTAGAATGATCCGAGTTGTTTCTACTGTTTCTTATTATCCATGGAAATGTTCAAGCATGATATATTGGAACAAAGAATCACATCACACTTGCATGCATGTTTACAAAGAACACTAGATTAAAGTTAGGGCTGCCTCTTTTACATTTGATGTGTTTG
TAATATATTTAATTTTGACCAAGCTATTTTTCTAAGTGGAATTCAAGATAAAGTTAATTTCACACACATTGACACTGTTGTGGACCTGTGGTATTGTCAAGCAAGGTTTAGTGCTTCTCTTGATAGATTGAAGATGCTCAAAGTTTGTAAAAGTACAATGATACAAAGGAGATGAAAATTTCCATGGGACTAATTTTTTG
GAACAAGGTAGATAGCGCATTTTTGCTTTGTTATATTTATGATGTTACAAATTTCTTATCCCACTTTTAACCAAAG

>TRINITY_DN42096_c1_g3_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGGTGAAAACTTTAGTTTATAGCAGGCAGCAATAATTATCATTCATAATAACAATAACAGAAAAATTAAAAAAAGACATATAATAATTACAGTGTGTATGACGAGGTCAACTATGGTTGCTTGCAGGTGATGAGATTTCCATCTGTTATCGTTCTCCTATTATCTGCATTGCGTTGTTTCCAACTGATTCGAATTTTCAC
TCTGGTAGCCCAGCTCTGCCCGTCCTTCCCTGCCTCGGTGGCCCCATGTGACCACGACCTTAACGGATAACAGGGAGAGCGAACATCTTTTTCTTGTTGTTGTTGCAGCGGAGAATGGATGGAGCGCATTCCTGTCGCCCTCGCCGTCGGCTGTTTTGAGGGAAGAAAGATACTTAAGCCAGACAAATGGCGAGCAGCTT
TTGACAGTGAGGGCAGGCCTGTGGGGTTCCAGAAGGCTCTCAAGACAATTATTTTTGGGgctatagtaaagggcacttcttttctttttttgttcagGGTGTGGATGCATCTATAAGGGCAGAAGTTTGGGAATATTTGCTTGGTTGTTATGCGCTTAGCAGCACTGCAGAGTATCGGCAGCAGCTAAGGATATCTCGAA
GGAAGAGATATAGAGATTTGATCGACCAATGTCAAATGATGCACTCTAGCATTGGTACTGGTTCCCTTGCTTACACTGTTGGGTCTAAAGTAATGGATGTGCGGATAATGTCTAAAGATAGTGCCAAGAAAGAAGCAAAAATGGGTGTTGAGCGCATTACTCAAGAGGCAAAGTCTAAGCTTGAATCATCTCGTGGTATG
TGGAATAGTGGAAGGATTGAAGCATCAGTTGCTTATGAGAATGATAGACAGAGCTCTACAGATTCAACAGACTTTGGAAGTGCCAGGGAAAACCCAAATTATACAACCTTGAATTCTTCATACGGTATGTCTAGTGCAGGTCTAGACAGTGGCGTTGGTTCAGAATCTGAAAGAGAATACGATGGGACACTTGATAGGCA
AAACAGTTTTGATTTTCCCTATCTGCCCGTTACAAACCTTTTTGAAAGAAGCGATACAGAAATTGTGGAATCTGAAGCAATTTCACCGAGGCGACGAGCAGTGGAAAATACAGATCATAATTCAAAAAGAAATGACAATAAAGGAGGAGATTTACTTATGGAAGATGCTATATTTAGATTAGAATATGATACTAAAACCA
CTACTTCAAACATAGAATCAGCAGGGAAGGATAACATTGACTATTTGGAAGACACAACTTATCATAAAAAGGAGAAATTTACTTTGGCTAAAGCTTTGGTGCAAGAGCAGGTGCCAGGAATCAATGGGTCGGAGCATCAACCAGGAACTATTGGAAGGATGAAGATATCAGATGCTCCAGAACTAGGTGACTCGCCTCTA
ATGAATCCAGTAGTAGCACTTGGGGTCAATGTGAATGAAGACAGAGTTGCAGATTGGCTCTGGACACTTCACAGGATTGTTGTGGATGTTGTAAGAACAGATAGGCATCTTGAATTCTATGGAGATGCAAAAAACATGGCTCGGATGTCAGATATCCTTGCTGTATATGCCTGGGTGGATCCCACAACTGGTTATTGCCA
AGGTATGAGTGATTTGTTATCTCCATTCATTATTCTTTTTGAGGATGATGCGGATGCATTCTGGTGCTTTGAGAGTCTTCTCCGAAGAATGAGACCAAATTTCCAGATGGAAGGCCCCATTGGTGTGATGAAACAATTAGAAGCCCTGGGAAAAATATTAGAGTTGACTGACCTTCAATTATTCAAGCACTTGTCTCAGA
TTGGTGCAGAAAGTCTTCTTTTTGCATTTCGCATGCTGCTTGTCCTCTTTCGCCGGGAATTGTCGTTCGAGGATGCACTTTGTATGTGGGAGATGATGTGGGCTGCTGATTTTGATGAAGCTATGTCATGGGCATTGGAAAATAACTGCCTTGAACCACTGGTCTTGAGCCCTCTAAATGCTTTACATGGAGATACCAAC
ATTGAAAATGGAGAAAACACCCCTTGTTCAAAGAGTGATCAATCTGAACTACCTGATGCAGATATTTCCGTTTCTGGAAACAGTGATGCCAAATATCTTTCTAGAAGCCCGTTATGTGGCTTGAGACCAGGCAATTTCTGGCCTAAACAAAGTCAGCAACAGATTTGTACTATGAGTTCACTCCTCAAGAAAAATGGGGA
TGATGAACTATCTGTCTTTTGTGTAGCAGCTATTCTTGTCCTCAATAGGTCAAAGTTCATCAAGGAGATTCATTCGATGGATGATGCCATTAAGATGTTCAACGACATGCCGTTTGAAATTAAGGTGAAGAGATGTATACGAATGGCCATTAAATTGCGGAAAAAATATCTCCATAAGTTGACCAAGAAAGCAGGAATCA
GGATATTATCAGCTAAACAGCCCTCATGAGTGATAATGAATGGTGCCAAATAAGGTGCCTATATTATTTTGTCCATCTGAATAAACACAAGTGGTGAGGATGATGCCTTCTTCAGATATGGGGTTGTAGCATTAGATGTTATCTACATCAACCGCTCTGATTCTGTTTTGCAGCTATTGTATTTTCCAAACTATTGAGTT
GAGTTGCTCAAGCATCCAGACTATATTAAGCAGTTAAGAAATAGTTCACTGAATGTTTGGAGGTTTGGTAGAAGCTGGGTATGGAACTGCCATTGTTTCCGGGTTGTGTAGCTTAATACCTGTGCAAGAGGCCTTGAATTGCAGGTGTAAAGCATTTGTACAGGTAATGCGATGCGTCCTTTATACGTAGAGTGAGAAAG
AATTGACTCTGAACTGAGTCCTGTTCAGTTTAAATTGTTTCAAATGTTGATTGACAGAAATTATTGCCGGGATATTCACAGATAAATCTTGGGGAACTGCATACATCTTCCAGAAATTCTGTAATCCATGAGCTGTAAGATCTAATTTTCCACTTCTGTATTTTCAGCTTTGAATTGCTCCCCCGTGGTTCTATGCTCTT
GGTTGTTTTTTCTTCTAAGCAACATTAACATGTATGTTATGGCTTCCATGAATTGGATAAGAACATGGTGCATATCAAGGTTTTTGAGCAGTTGGCCTGGAAATTTAAGAACAAGCATTAAAGATATGCTGTTCATTCCAACTGATTTTCTAAATGATACGGGAATTTGTAAGTCTAGTTGAGTCCAACATGTGAAGATA
TTCTCAAAAGATTCTAGAATGATCCGAGTTGTTTCTACTGTTTCTTATTATCCATGGAAATGTTCAAGCATGATATATTGGAACAAAGAATCACATCACACTTGCATGCATGTTTACAAAGAACACTAGATTAAAGTTAGGGCTGCCTCTTTTACATTTGATGTGTTTGTAATATATTTAATTTTGACCAAGCTATTTTT
CTAAGTGGAATTCAAGATAAAGTTAATTTCACACACATTGACACTGTTGTGGACCTGTGGTATTGTCAAGCAAGGTTTAGTGCTTCTCTTGATAGATTGAAGATGCTCAAAGTTTGTAAAAGTACAATGATACAAAGGAGATGAAAATTTCCATGGGACTAATTTTTTGGAACAAGGTAGATAGCGCATTTTTGCTTTGT
TATATTTATGATGTTACAAATTTCTTATCCCACTTTTAACCAAAG

Intron 2 GTGACAAATT ... TTTACATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.5	458	0	133
A2	19.88	258	0	64
A3	17.65	322	0	69
A4	19.71	330	0	81
A5	21.3	85	0	23
A6	21.1	243	0	65
A7	22.39	655	3	189
A8	23.26	792	1	240
A9	23.79	711	1	222
A10	24.61	573	1	187

>TRINITY_DN42096_c1_g3_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

GGGTGAAAACTTTAGTTTATAGCAGGCAGCAATAATTATCATTCATAATAACAATAACAGAAAAATTAAAAAAAGACATATAATAATTACAGTGTGTATGACGAGGTCAACTATGGTTGCTTGCAGGTGATGAGATTTCCATCTGTTATCGTTCTCCTATTATCTGCATTGCGTTGTTTCCAACTGATTCGAATTTTCAC
TCTGGTAGCCCAGCTCTGCCCGTCCTTCCCTGCCTCGGTGGCCCCATGTGACCACGACCTTAACGGATAACAGGGAGAGCGAACATCTTTTTCTTGTTGTTGTTGCAGCGGAGAATGGATGGAGCGCATTCCTGTCGCCCTCGCCGTCGGCTGTTTTGAGGGAAGAAAGATACTTAAGCCAGACAAATGGCGAGCAGCTT
TTGACAGTGAGGGCAGGCCTGTGGGGTTCCAGAAGGCTCTCAAGACAATTATTTTTGGGGCTATAGTAAAGGGCACTTCTTTTCTTTTTTTGTTCAGGGTGTGGATGCATCTATAAGGGCAGAAGTTTGGGAATATTTGCTTGGTTGTTATGCGCTTAGCAGCACTGCAGAGTATCGGCAGCAGCTAAGGATATCTCGAA
GGAAGAGATATAGAGATTTGATCGACCAATGTCAAATGATGCACTCTAGCATTGGTACTGGTTCCCTTGCTTACACTGTTGGGTCTAAAGTAATGGATGTGCGGATAATGTCTAAAGATAGTGCCAAGAAAGAAGCAAAAATGGGTGTTGAGCGCATTACTCAAGAGGCAAAGTCTAAGCTTGAATCATCTCGTGGTATG
TGGAATAGTGGAAGGATTGAAGCATCAGTTGCTTATGAGAATGATAGACAGAGCTCTACAGATTCAACAGACTTTGGAAGTGCCAGGGAAAACCCAAATTATACAACCTTGAATTCTTCATACGGTATGTCTAGTGCAGGTCTAGACAGTGGCGTTGGTTCAGAATCTGAAAGAGAATACGATGGGACACTTGATAGGCA
AAACAGTTTTGATTTTCCCTATCTGCCCGTTACAAACCTTTTTGAAAGAAGCGATACAGAAATTGTGGAATCTGAAGCAATTTCACCGAGGCGACGAGCAGTGGAAAATACAGATCATAATTCAAAAAGAAATGACAATAAAGGAGGAGATTTACTTATGGAAGATGCTATATTTAGATTAGAATATGATACTAAAACCA
CTACTTCAAACATAGAATCAGCAGGGAAGGATAACATTGACTATTTGGAAGACACAACTTATCATAAAAAGGAGAAATTTACTTTGGCTAAAGCTTTGGTGCAAGAGCAGGTGCCAGGAATCAATGGGTCGGAGCATCAACCAGGAACTATTGGAAGGATGAAGATATCAGATGCTCCAGAACTAGGTGACTCGCCTCTA
ATGAATCCAGTAGTAGCACTTGGGGTCAATGTGAATGAAGACAGAGTTGCAGATTGGCTCTGGACACTTCACAGGATTGTTGTGGATGTTGTAAGAACAGATAGGCATCTTGAATTCTATGGAGATGCAAAAAACATGGCTCGGATGTCAGATATCCTTGCTGTATATGCCTGGGTGGATCCCACAACTGGTTATTGCCA
AGGTATGAGTGATTTGTTATCTCCATTCATTATTCTTTTTGAGGATGATGCGGATGCATTCTGGTGCTTTGAGAGTCTTCTCCGAAGAATGAGACCAAATTTCCAGATGGAAGGCCCCATTGGTGTGATGAAACAATTAGAAGCCCTGGGAAAAATATTAGAGTTGACTGACCTTCAATTATTCAAGCACTTGTCTCAGA
TTGGTGCAGAAAGTCTTCTTTTTGCATTTCGCATGCTGCTTGTCCTCTTTCGCCGGGAATTGTCGTTCGAGGATGCACTTTGTATGTGGGAGATGATGTGGGCTGCTGATTTTGATGAAGCTATGTCATGGGCATTGGAAAATAACTGCCTTGAACCACTGGTCTTGAGCCCTCTAAATGCTTTACATGGAGATACCAAC
ATTGAAAATGGAGAAAACACCCCTTGTTCAAAGAGTGATCAATCTGAACTACCTGATGCAGATATTTCCGTTTCTGGAAACAGTGATGCCAAATATCTTTCTAGAAGCCCGTTATGTGGCTTGAGACCAGGCAATTTCTGGCCTAAACAAAGTCAGCAACAGATTTGTACTATGAGTTCACTCCTCAAGAAAAATGGGGA
TGATGAACTATCTGTCTTTTGTGTAGCAGCTATTCTTGTCCTCAATAGGTCAAAGTTCATCAAGGAGATTCATTCGATGGATGATGCCATTAAGATGTTCAACGACATGCCGTTTGAAATTAAGGTGAAGAGATGTATACGAATGGCCATTAAATTGCGGAAAAAATATCTCCATAAGTTGACCAAGAAAGCAGGAATCA
GGATATTATCAGCTAAACAGCCCTCATGAGTGATAATGAATGGTGCCAAATAAGGTGCCTATATTATTTTGTCCATCTGAATAAACACAAGTGGTGAGGATGATGCCTTCTTCAGATATGGGGTTGTAGCATTAGATGTTATCTACATCAACCGCTCTGATTCTGTTTTGCAGCTATTGTATTTTCCAAACTATTGAGTT
GAGTTGCTCAAGCATCCAGACTATATTAAGCAGTTAAGAAATAGTTCACTGAATGTTTGGAGGTTTGGTAGAAGCTGGGTATGGAACTGCCATTGTTTCCGGGTTGTGTAGCTTAATACCTGTGCAAGAGGCCTTGAATTGCAGGTGTAAAGCATTTGTACAGGTAATGCGATGCGTCCTTTATACGTAGAGTGAGAAAG
AATTGACTCTGAACTGAGTCCTGTTCAGTTTAAATTGTTTCAAATGTTGATTGACAGAAATTATTGCCGGGATATTCACAGATAAATCTTGGGGAACTGCATACATCTTCCAGAAATTCTGTAATCCATGAGCTGTAAGATCTAATTTTCCACTTCTGTATTTTCAGCTTTGAATTGCTCCCCCGTGGTTCTATGCTCTT
GGTTGTTTTTTCTTCTAAGCAACATTAACATGTATGTTATGGCTTCCATGAATTGGATAAGAACATGGTGCATATCAAGGTTTTTGAGCAGTTGGCCTGGAAATTTAAGAACAAGCATTAAAGATATGCTGTTCATTCCAACTGATTTTCTAAATGATACGGGAATTTGTAAGTCTAGTTGAGTCCAACATGTGAAGATA
TTCTCAAAAGATTCTAGAATGATCCGAGTTGTTTCTACTGTTTCTTATTATCCATGGAAATGTTCAAGCATGATATATTGGAACAAAGAATCACATCACACTTGCATGCATGTTTACAAAGAACACTAGATTAAAGTTAGGGCTGCCTCTTTTACATTTGATGTGTTTGTAATATATTTAATTTTGACCAAGCTATTTTT
CTAAGTGGAATTCAAGATAAAGTTAATTTCACACACATTGACACTGTTGTGGACCTGTGGTATTGTCAAGCAAGGTTTAGTGCTTCTCTTGATAGATTGAAGATGCTCAAAGTTTGTAAAAGTACAATGATACAAAGGAGATGAAAATTTCCATGGGACTAATTTTTTGGAACAAGGTAGATAGCGCATTTTTGCTTTGT
TATATTTATGATGTTACAAATTTCTTATCCCACTTTTAACCAAAG

>TRINITY_DN42096_c1_g3_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGCGGAAAAAATATCTCCATAAGgtgacaaatttttttctgttgattctagtttaaacagagtactaaaattagaatattctgtggttgatatatcttgtttacatttgtgtttgaattacttccatgtgaatcatgtaacagactgataaataaatattattgtccttttacattagTTGACCAAGAAAGCAGGAATCA
GGATATTATCAGCTAAACAGCCCTCATGAGTGATAATGAATGGTGCCAAATAAGGTGCCTATATTATTTTGTCCATCTGAATAAACACAAGTGGTGAGGATGATGCCTTCTTCAGATATGGGGTTGTAGCATTAGATGTTATCTACATCAACCGCTCTGATTCTGTTTTGCAGCTATTGTATTTTCCAAACTATTGAGTT
GAGTTGCTCAAGCATCCAGACTATATTAAGCAGTTAAGAAATAGTTCACTGAATGTTTGGAGGTTTGGTAGAAGCTGGGTATGGAACTGCCATTGTTTCCGGGTTGTGTAGCTTAATACCTGTGCAAGAGGCCTTGAATTGCAGGTGTAAAGCATTTGTACAGGTAATGCGATGCGTCCTTTATACGTAGAGTGAGAAAG
AATTGACTCTGAACTGAGTCCTGTTCAGTTTAAATTGTTTCAAATGTTGATTGACAGAAATTATTGCCGGGATATTCACAGATAAATCTTGGGGAACTGCATACATCTTCCAGAAATTCTGTAATCCATGAGCTGTAAGATCTAATTTTCCACTTCTGTATTTTCAGCTTTGAATTGCTCCCCCGTGGTTCTATGCTCTT
GGTTGTTTTTTCTTCTAAGCAACATTAACATGTATGTTATGGCTTCCATGAATTGGATAAGAACATGGTGCATATCAAGGTTTTTGAGCAGTTGGCCTGGAAATTTAAGAACAAGCATTAAAGATATGCTGTTCATTCCAACTGATTTTCTAAATGATACGGGAATTTGTAAGTCTAGTTGAGTCCAACATGTGAAGATA
TTCTCAAAAGATTCTAGAATGATCCGAGTTGTTTCTACTGTTTCTTATTATCCATGGAAATGTTCAAGCATGATATATTGGAACAAAGAATCACATCACACTTGCATGCATGTTTACAAAGAACACTAGATTAAAGTTAGGGCTGCCTCTTTTACATTTGATGTGTTTGTAATATATTTAATTTTGACCAAGCTATTTTT
CTAAGTGGAATTCAAGATAAAGTTAATTTCACACACATTGACACTGTTGTGGACCTGTGGTATTGTCAAGCAAGGTTTAGTGCTTCTCTTGATAGATTGAAGATGCTCAAAGTTTGTAAAAGTACAATGATACAAAGGAGATGAAAATTTCCATGGGACTAATTTTTTGGAACAAGGTAGATAGCGCATTTTTGCTTTGT
TATATTTATGATGTTACAAATTTCTTATCCCACTTTTAACCAAAG

Intron 3 GTAATGCGAT ... ATATTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.19	215	465	377
A2	62.47	182	340	266
A3	62.25	198	379	274
A4	62.28	162	315	220
A5	67.66	38	94	65
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A7	66.97	727	1582	1366
A8	66.86	1009	2060	2011
A9	65.18	716	1413	1267
A10	64.27	546	1060	904

>TRINITY_DN39238_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTGCTTGCAGGTGATGAGATTTCCATCTGTTATCGTTCTCCTATTATCTGCATTGCGTTGTTTCCAACTGATTCGAATTTTCACTCTGGTAGCCCAGCTCTGCCCGTCCTTCCCTGCCTCGGTGGCCCCATGTGACCACGACCTTAACGGATAACAGGGAGAGCGAACATCTTTTTCTTGTTGTTGTTGCAGCGGAGAA
TGGATGGAGCGCATTCCTGTCGCCCTCGCCGTCGGCTGTTTTGAGGTAATTCGTCTTTATTCCTTTGTCATTTAACGGCAACGGACGGGATTCGAGCGCATGACGTTTTCTGCAAGGTCGCATCGTCGCGTCATGTGTTTGAATCCCAACCCCGCCCGTCTGGTCTAGTAACTGGAAGATGAAAATGACGTCTCATGGGT
GATGGCAGGGCTGGAGGATCTATGAAGAGAAGAGGCCGTTAAGATGGTGATGATATGAGATGAATTAGGGGCGGGGGAGATGGTTTCGATGTCGATTGACTGGGAGGAGAAAAAATGGATGTGCGGTGGAGGCGGAGGCGTGAATTTGTGCAGGGTGGCTTCCATTGTTCGCGATCGGAGGGGGGGCAGAGGAGGAGGAG
GCAGAGGGGCAGGCGGCAGCGGTGACAGCGGGGGGGCGGGGCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCCCTTTCAAGGGAAGAAAGATACTTAAGCCAGACAAATGGCGAGCAGCTTTTGACAGTGAGGGCAGGCCTGTGGGGTTCCAGAAGGCTCTCAAGACAATTATTTTTGGGGGTGTGGATGCATCTATAAGGGCA
GAAGTTTGGGAATATTTGCTTGGTTGTTATGCGCTTAGCAGCACTGCAGAGTATCGGCAGCAGCTAAGGATATCTCGAAGGAAGAGATATAGAGATTTGATCGACCAATGTCAAATGATGCACTCTAGCATTGGTACTGGTTCCCTTGCTTACACTGTTGGGTCTAAAGTAATGGATGTGCGGATAATGTCTAAAGATAG
TGCCAAGAAAGAAGCAAAAATGGGTGTTGAGCGCATTACTCAAGAGGCAAAGTCTAAGCTTGAATCATCTCGTGGTATGTGGAATAGTGGAAGGATTGAAGCATCAGTTGCTTATGAGAATGATAGACAGAGCTCTACAGATTCAACAGACTTTGGAAGTGCCAGGGAAAACCCAAATTATACAACCTTGAATTCTTCAT
ACGGTATGTCTAGTGCAGGTCTAGACAGTGGCGTTGGTTCAGAATCTGAAAGAGAATACGATGGGACACTTGATAGGCAAAACAGTTTTGATTTTCCCTATCTGCCCGTTACAAACCTTTTTGAAAGAAGCGATACAGAAATTGTGGAATCTGAAGCAATTTCACCGAGGCGAGGAGCAGTGGAAAATACAGATCATAAT
TCAAAAAGAAATGACAATAAAGGAGGAGATTTACTTATGGAAGATGCTATATTTAGATTAGAATATGATACTAAAACCACTACTTCAAACATAGAATCAGCAGGGAAGGATAACATTGACTATTTGGAAGACACAACTTATCATAAAAAGGAGAAATTTACTTTGGCTAAAGCTTTGGTGCAAGAGCAGGTGCCAGGAAT
CAATGGGTCGGAGCATCAACCAGGAACTATTGGAAGGATGAAGATATCAGATGCTCCAGAACTAGGTGACTCGCCTCTAATGAATCCAGTAGTAGCACTTGGGGTCAATGTGAATGAAGACAGAGTTGCAGATTGGCTCTGGACACTTCACAGGATTGTTGTGGATGTTGTAAGAACAGATAGGCATCTTGAATTCTATG
GAGATGCAAAAAACATGGCTCGGATGTCAGATATCCTTGCTGTATATGCCTGGGTGGATCCCACAACTGGTTATTGCCAAGGTATGAGTGATTTGTTATCTCCATTCATTATTCTTTTTGAGGATGATGCGGATGCATTCTGGTGCTTTGAGAGTCTTCTCCGAAGAATGAGACCAAATTTCCAGATGGAAGGCCCCATT
GGTGTGATGAAACAATTAGAAGCCCTGGGAAAAATATTAGAGTTGACTGACCTTCAATTATTCAAGCACTTGTCTCAGATTGGTGCAGAAAGTCTTCTTTTTGCATTTCGCATGCTGCTTGTCCTCTTTCGCCGGGAATTGTCGTTCGAGGATGCACTTTGTATGTGGGAGATGATGTGGGCTGCTGATTTTGATGAAGC
TATGTCATGGGCATTGGAAAATAACTGCCTTGAACCACTGGTCTTGAGCCCTCTAAATGCTTTACATGGAGATACCAACATTGAAAATGGAGAAAACACCCCTTGTTCAAAGAGTGATCAATCTGAACTACCTGATGCAGATATTTCCGTTTCTGGAAACAGTGATGCCAAATATCTTTCTAGAAGCCCGTTATGTGGCT
TGAGACCAGGCAATTTCTGGCCTAAACAAAGTCAGCAACAGATTTGTACTATGAGTTCACTCCTCAAGAAAAATGGGGATGATGAACTATCTGTCTTTTGTGTAGCAGCTATTCTTGTCCTCAATAGGTCAAAGTTCATCAAGGAGATTCATTCGATGGATGATGCCATTAAGATGTTCAACGACATGCCGTTTGAAATT
AAGGTGAAGAGATGTATACGAATGGCCATTAAATTGCGGAAAAAATATCTCCATAAGTTGACCAAGAAAGCAGGAATCAGGATATTATCAGCTAAACAGCCCTCATGAGTGATAATGAATGGTGCCAAATAAGGTGCCTATATTATTTTGTCCATCTGAATAAACACAAGTGGTGAGGATGATGCCTTCTTCAGATATGG
GGTTGTAGCATTAGATGTTATCTACATCAACCGCTCTGATTCTGTTTTGCAGCTATTGTATTTTCCAAACTATTGAGTTGAGTTGCTCAAGCATCCAGACTATATTAAGCAGTTAAGAAATAGTTCACTGAATGTTTGGAGGTTTGGTAGAAGCTGGGTATGGAACTGCCATTGTTTCCGGGTTGTGTAGCTTAATACCT
GTGCAAGAGGCCTTGAATTGCAGGTGTAAAGCATTTGTACAGATAAATCTTGGGGAACTGCATACATCTTCCAGAAATTCTGTAATCCATGAGCTGTAAGATCTAATTTTCCACTTCTGTATTTTCAGCTTTGAATTGCTCCCCCGTGGTTCTATGCTCTTGGTTGTTTTTTCTTCTAAGCAACATTAACATGTATGTTA
TGGCTTCCATGAATTGGATAAGAACATGGTGCATATCAAGGTTTTTGAGCAGTTGGCCTGGAAATTTAAGAACAAGCATTAAAGATATGCTGTTCATTCCAACTGATTTTCTAAATGATACGGGAATTTGTAAGTCTAGTTGAGTCCAACATGTGAAGATATTCTCAAAAGATTCTAGAATGATCCGAGTTGTTTCTACT
GTTTCTTATTATCCATGGAAATGTTCAAGCATGATATATTGGAACAAAGAATCACATCACACTTGCATGCATGTTTACAAAGAACACTAGATTAAAGTTAGGGCTGCCTCTTTTACATTTGATGTGTTTGTAATATATTTAATTTTGACCAAGCTATTTTTCTAAGTGGAATTCAAGATAAAGTTAATTTCACACACATT
GACACTGTTGTGGACCTGTGGTATTGTCAAGCAAGGTTTAGTGCTTCTCTTGATAGATTGAAGATGCTCAAAGTTTGTAAAAGTACAATGATACAAAGGAGATGAAAATTTCCATGGGACTAATTTTTTGGAACAAGGTAGATAGCGCATTTTTGCTTTGTTATATTTATGATGTTACAAATTTCTTATCCCACTTTTAA
CCAAAG

>TRINITY_DN39238_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAGAGTCTTCTCCGAAGAATGGTATTGCTTCATGACATGAATATATCAAGATGGGCTTTTGTGCATAGTATCGTCTTCTTTTTGTTGTGGTTTTAACTATGTATAAACATATTTCTTTCATCTTTCATTAAGATCAACTATTTTAATAACTTTTTCTATTAACTGGGAATATTGATGGTGTTTTTGCAGAGACCAAATTT
CCAGATGGAAGGCCCCATTGGTGTGATGAAACAATTAGAAGCCCTGGGAAAAATATTAGAGTTGACTGACCTTCAATTATTCAAGCACTTGTCTCAGATTGGTGCAGAAAGTCTTCTTTTTGCATTTCGCATGCTGCTTGTCCTCTTTCGCCGGGAATTGTCGTTCGAGGATGCACTTTGTATGTGGGAGATGATGTGGG
CTGCTGATTTTGATGAAGCTATGTCATGGGCATTGGAAAATAACTGCCTTGAACCACTGGTCTTGAGCCCTCTAAATGCTTTACATGGAGATACCAACATTGAAAATGGAGAAAACACCCCTTGTTCAAAGAGTGATCAATCTGAACTACCTGATGCAGATATTTCCGTTTCTGGAAACAGTGATGCCAAATATCTTTCT
AGAAGCCCGTTATGTGGCTTGAGACCAGGCAATTTCTGGCCTAAACAAAGTCAGCAACAGATTTGTACTATGAGTTCACTCCTCAAGAAAAATGGGGATGATGAACTATCTGTCTTTTGTGTAGCAGCTATTCTTGTCCTCAATAGGTCAAAGTTCATCAAGGAGATTCATTCGATGGATGATGCCATTAAGATGTTCAA
CGACATGCCGTTTGAAATTAAGGTGAAGAGATGTATACGAATGGCCATTAAATTGCGGAAAAAATATCTCCATAAGTTGACCAAGAAAGCAGGAATCAGGATATTATCAGCTAAACAGCCCTCATGAGTGATAATGAATGGTGCCAAATAAGGTGCCTATATTATTTTGTCCATCTGAATAAACACAAGTGGTGAGGATG
ATGCCTTCTTCAGATATGGGGTTGTAGCATTAGATGTTATCTACATCAACCGCTCTGATTCTGTTTTGCAGCTATTGTATTTTCCAAACTATTGAGTTGAGTTGCTCAAGCATCCAGACTATATTAAGCAGTTAAGAAATAGTTCACTGAATGTTTGGAGGTTTGGTAGAAGCTGGGTATGGAACTGCCATTGTTTCCGG
GTTGTGTAGCTTAATACCTGTGCAAGAGGCCTTGAATTGCAGGTGTAAAGCATTTGTACAGgtaatgcgatgcgtcctttatacgtagagtgagaaagaattgactctgaactgagtcctgttcagtttaaattgtttcaaatgttgattgacagaaattattgccgggatattcacagATAAATCTTGGGGAACTGCAT
ACATCTTCCAGAAATTCTGTAATCCATGAGCTGTAAGATCTAATTTTCCACTTCTGTATTTTCAGCTTTGAATTGCTCCCCCGTGGTTCTATGCTCTTGGTTGTTTTTTCTTCTAAGCAACATTAACATGTATGTTATGGCTTCCATGAATTGGATAAGAACATGGTGCATATCAAGGTTTTTGAGCAGTTGGCCTGGAA
ATTTAAGAACAAGCATTAAAGATATGCTGTTCATTCCAACTGATTTTCTAAATGATACGGGAATTTGTAAGTCTAGTTGAGTCCAACATGTGAAGATATTCTCAAAAGATTCTAGAATGATCCGAGTTGTTTCTACTGTTTCTTATTATCCATGGAAATGTTCAAGCATGATATATTGGAACAAAGAATCACATCACACT
TGCATGCATGTTTACAAAGAACACTAGATTAAAGTTAGGGCTGCCTCTTTTACATTTGATGTGTTTGTAATATATTTAATTTTGACCAAGCTATTTTTCTAAGTGGAATTCAAGATAAAGTTAATTTCACACACATTGACACTGTTGTGGACCTGTGGTATTGTCAAGCAAGGTTTAGTGCTTCTCTTGATAGATTGAAG
ATGCTCAAAGTTTGTAAAAGTACAATGATACAAAGGAGATGAAAATTTCCATGGGACTAATTTTTTGGAACAAGGTAGATAGCGCATTTTTGCTTTGTTATATTTATGATGTTACAAATTTCTTATCCCACTTTTAACCAAAG

Intron 4 GTATTGCTTC ... GTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.28	566.8	9	58
A2	9.15	466.4	0	47
A3	8.93	540.8	0	53
A4	8.36	580.8	2	53
A5	4.27	224.4	0	10
A6	7.58	243.8	0	20
A7	9.95	805.2	1	89
A8	8.81	455.4	0	44
A9	9.22	748.4	0	76
A10	9.6	772.4	0	82

>TRINITY_DN39238_c0_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTGCTTGCAGGTGATGAGATTTCCATCTGTTATCGTTCTCCTATTATCTGCATTGCGTTGTTTCCAACTGATTCGAATTTTCACTCTGGTAGCCCAGCTCTGCCCGTCCTTCCCTGCCTCGGTGGCCCCATGTGACCACGACCTTAACGGATAACAGGGAGAGCGAACATCTTTTTCTTGTTGTTGTTGCAGCGGAGAA
TGGATGGAGCGCATTCCTGTCGCCCTCGCCGTCGGCTGTTTTGAGGGCTGGAGGATCTATGAAGAGAAGAGGCCGTTAAGATGGTGATGATATGAGATGAATTAGGGGCGGGGGAGATGGTTTCGATGTCGATTGACTGGGAGGAGAAAAAATGGATGTGCGGTGGAGGCGGAGGCGTGAATTTGTGCAGGGTGGCTTCC
ATTGTTCGCGATCGGAGGGGGGGCAGAGGAGGAGGAGGCAGAGGGGCAGGCGGCAGCGGTGACAGCGGGGGGGCGGGGCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCCCTTTCAAGGGAAGAAAGATACTTAAGCCAGACAAATGGCGAGCAGCTTTTGACAGTGAGGGCAGGCCTGTGGGGTTCCAGAAGGCTCTCAAGAC
AATTATTTTTGGGGGTGTGGATGCATCTATAAGGGCAGAAGTTTGGGAATATTTGCTTGGTTGTTATGCGCTTAGCAGCACTGCAGAGTATCGGCAGCAGCTAAGGATATCTCGAAGGAAGAGATATAGAGATTTGATCGACCAATGTCAAATGATGCACTCTAGCATTGGTACTGGTTCCCTTGCTTACACTGTTGGGT
CTAAAGTAATGGATGTGCGGATAATGTCTAAAGATAGTGCCAAGAAAGAAGCAAAAATGGGTGTTGAGCGCATTACTCAAGAGGCAAAGTCTAAGCTTGAATCATCTCGTGGTATGTGGAATAGTGGAAGGATTGAAGCATCAGTTGCTTATGAGAATGATAGACAGAGCTCTACAGATTCAACAGACTTTGGAAGTGCC
AGGGAAAACCCAAATTATACAACCTTGAATTCTTCATACGGTATGTCTAGTGCAGGTCTAGACAGTGGCGTTGGTTCAGAATCTGAAAGAGAATACGATGGGACACTTGATAGGCAAAACAGTTTTGATTTTCCCTATCTGCCCGTTACAAACCTTTTTGAAAGAAGCGATACAGAAATTGTGGAATCTGAAGCAATTTC
ACCGAGGCGAGGAGCAGTGGAAAATACAGATCATAATTCAAAAAGAAATGACAATAAAGGAGGAGATTTACTTATGGAAGATGCTATATTTAGATTAGAATATGATACTAAAACCACTACTTCAAACATAGAATCAGCAGGGAAGGATAACATTGACTATTTGGAAGACACAACTTATCATAAAAAGGAGAAATTTACTT
TGGCTAAAGCTTTGGTGCAAGAGCAGGTGCCAGGAATCAATGGGTCGGAGCATCAACCAGGAACTATTGGAAGGATGAAGATATCAGATGCTCCAGAACTAGGTGACTCGCCTCTAATGAATCCAGTAGTAGCACTTGGGGTCAATGTGAATGAAGACAGAGTTGCAGATTGGCTCTGGACACTTCACAGGATTGTTGTG
GATGTTGTAAGAACAGATAGGCATCTTGAATTCTATGGAGATGCAAAAAACATGGCTCGGATGTCAGATATCCTTGCTGTATATGCCTGGGTGGATCCCACAACTGGTTATTGCCAAGGTATGAGTGATTTGTTATCTCCATTCATTATTCTTTTTGAGGATGATGCGGATGCATTCTGGTGCTTTGAGAGTCTTCTCCG
AAGAATGAGACCAAATTTCCAGATGGAAGGCCCCATTGGTGTGATGAAACAATTAGAAGCCCTGGGAAAAATATTAGAGTTGACTGACCTTCAATTATTCAAGCACTTGTCTCAGATTGGTGCAGAAAGTCTTCTTTTTGCATTTCGCATGCTGCTTGTCCTCTTTCGCCGGGAATTGTCGTTCGAGGATGCACTTTGTA
TGTGGGAGATGATGTGGGCTGCTGATTTTGATGAAGCTATGTCATGGGCATTGGAAAATAACTGCCTTGAACCACTGGTCTTGAGCCCTCTAAATGCTTTACATGGAGATACCAACATTGAAAATGGAGAAAACACCCCTTGTTCAAAGAGTGATCAATCTGAACTACCTGATGCAGATATTTCCGTTTCTGGAAACAGT
GATGCCAAATATCTTTCTAGAAGCCCGTTATGTGGCTTGAGACCAGGCAATTTCTGGCCTAAACAAAGTCAGCAACAGATTTGTACTATGAGTTCACTCCTCAAGAAAAATGGGGATGATGAACTATCTGTCTTTTGTGTAGCAGCTATTCTTGTCCTCAATAGGTCAAAGTTCATCAAGGAGATTCATTCGATGGATGA
TGCCATTAAGATGTTCAACGACATGCCGTTTGAAATTAAGGTGAAGAGATGTATACGAATGGCCATTAAATTGCGGAAAAAATATCTCCATAAGTTGACCAAGAAAGCAGGAATCAGGATATTATCAGCTAAACAGCCCTCATGAGTGATAATGAATGGTGCCAAATAAGGTGCCTATATTATTTTGTCCATCTGAATAA
ACACAAGTGGTGAGGATGATGCCTTCTTCAGATATGGGGTTGTAGCATTAGATGTTATCTACATCAACCGCTCTGATTCTGTTTTGCAGCTATTGTATTTTCCAAACTATTGAGTTGAGTTGCTCAAGCATCCAGACTATATTAAGCAGTTAAGAAATAGTTCACTGAATGTTTGGAGGTTTGGTAGAAGCTGGGTATGG
AACTGCCATTGTTTCCGGGTTGTGTAGCTTAATACCTGTGCAAGAGGCCTTGAATTGCAGGTGTAAAGCATTTGTACAGGTAATGCGATGCGTCCTTTATACGTAGAGTGAGAAAGAATTGACTCTGAACTGAGTCCTGTTCAGTTTAAATTGTTTCAAATGTTGATTGACAGAAATTATTGCCGGGATATTCACAGATA
AATCTTGGGGAACTGCATACATCTTCCAGAAATTCTGTAATCCATGAGCTGTAAGATCTAATTTTCCACTTCTGTATTTTCAGCTTTGAATTGCTCCCCCGTGGTTCTATGCTCTTGGTTGTTTTTTCTTCTAAGCAACATTAACATGTATGTTATGGCTTCCATGAATTGGATAAGAACATGGTGCATATCAAGGTTTT
TGAGCAGTTGGCCTGGAAATTTAAGAACAAGCATTAAAGATATGCTGTTCATTCCAACTGATTTTCTAAATGATACGGGAATTTGTAAGTCTAGTTGAGTCCAACATGTGAAGATATTCTCAAAAGATTCTAGAATGATCCGAGTTGTTTCTACTGTTTCTTATTATCCATGGAAATGTTCAAGCATGATATATTGGAAC
AAAGAATCACATCACACTTGCATGCATGTTTACAAAGAACACTAGATTAAAGTTAGGGCTGCCTCTTTTACATTTGATGTGTTTGTAATATATTTAATTTTGACCAAGCTATTTTTCTAAGTGGAATTCAAGATAAAGTTAATTTCACACACATTGACACTGTTGTGGACCTGTGGTATTGTCAAGCAAGGTTTAGTGCT
TCTCTTGATAGATTGAAGATGCTCAAAGTTTGTAAAAGTACAATGATACAAAGGAGATGAAAATTTCCATGGGACTAATTTTTTGGAACAAGGTAGATAGCGCATTTTTGCTTTGTTATATTTATGATGTTACAAATTTCTTATCCCACTTTTAACCAAAG

>TRINITY_DN39238_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAGAGTCTTCTCCGAAGAATGgtattgcttcatgacatgaatatatcaagatgggcttttgtgcatagtatcgtcttctttttgttgtggttttaactatgtataaacatatttctttcatctttcattaagatcaactattttaataactttttctattaactgggaatattgatggtgtttttgcagAGACCAAATTT
CCAGATGGAAGGCCCCATTGGTGTGATGAAACAATTAGAAGCCCTGGGAAAAATATTAGAGTTGACTGACCTTCAATTATTCAAGCACTTGTCTCAGATTGGTGCAGAAAGTCTTCTTTTTGCATTTCGCATGCTGCTTGTCCTCTTTCGCCGGGAATTGTCGTTCGAGGATGCACTTTGTATGTGGGAGATGATGTGGG
CTGCTGATTTTGATGAAGCTATGTCATGGGCATTGGAAAATAACTGCCTTGAACCACTGGTCTTGAGCCCTCTAAATGCTTTACATGGAGATACCAACATTGAAAATGGAGAAAACACCCCTTGTTCAAAGAGTGATCAATCTGAACTACCTGATGCAGATATTTCCGTTTCTGGAAACAGTGATGCCAAATATCTTTCT
AGAAGCCCGTTATGTGGCTTGAGACCAGGCAATTTCTGGCCTAAACAAAGTCAGCAACAGATTTGTACTATGAGTTCACTCCTCAAGAAAAATGGGGATGATGAACTATCTGTCTTTTGTGTAGCAGCTATTCTTGTCCTCAATAGGTCAAAGTTCATCAAGGAGATTCATTCGATGGATGATGCCATTAAGATGTTCAA
CGACATGCCGTTTGAAATTAAGGTGAAGAGATGTATACGAATGGCCATTAAATTGCGGAAAAAATATCTCCATAAGTTGACCAAGAAAGCAGGAATCAGGATATTATCAGCTAAACAGCCCTCATGAGTGATAATGAATGGTGCCAAATAAGGTGCCTATATTATTTTGTCCATCTGAATAAACACAAGTGGTGAGGATG
ATGCCTTCTTCAGATATGGGGTTGTAGCATTAGATGTTATCTACATCAACCGCTCTGATTCTGTTTTGCAGCTATTGTATTTTCCAAACTATTGAGTTGAGTTGCTCAAGCATCCAGACTATATTAAGCAGTTAAGAAATAGTTCACTGAATGTTTGGAGGTTTGGTAGAAGCTGGGTATGGAACTGCCATTGTTTCCGG
GTTGTGTAGCTTAATACCTGTGCAAGAGGCCTTGAATTGCAGGTGTAAAGCATTTGTACAGGTAATGCGATGCGTCCTTTATACGTAGAGTGAGAAAGAATTGACTCTGAACTGAGTCCTGTTCAGTTTAAATTGTTTCAAATGTTGATTGACAGAAATTATTGCCGGGATATTCACAGATAAATCTTGGGGAACTGCAT
ACATCTTCCAGAAATTCTGTAATCCATGAGCTGTAAGATCTAATTTTCCACTTCTGTATTTTCAGCTTTGAATTGCTCCCCCGTGGTTCTATGCTCTTGGTTGTTTTTTCTTCTAAGCAACATTAACATGTATGTTATGGCTTCCATGAATTGGATAAGAACATGGTGCATATCAAGGTTTTTGAGCAGTTGGCCTGGAA
ATTTAAGAACAAGCATTAAAGATATGCTGTTCATTCCAACTGATTTTCTAAATGATACGGGAATTTGTAAGTCTAGTTGAGTCCAACATGTGAAGATATTCTCAAAAGATTCTAGAATGATCCGAGTTGTTTCTACTGTTTCTTATTATCCATGGAAATGTTCAAGCATGATATATTGGAACAAAGAATCACATCACACT
TGCATGCATGTTTACAAAGAACACTAGATTAAAGTTAGGGCTGCCTCTTTTACATTTGATGTGTTTGTAATATATTTAATTTTGACCAAGCTATTTTTCTAAGTGGAATTCAAGATAAAGTTAATTTCACACACATTGACACTGTTGTGGACCTGTGGTATTGTCAAGCAAGGTTTAGTGCTTCTCTTGATAGATTGAAG
ATGCTCAAAGTTTGTAAAAGTACAATGATACAAAGGAGATGAAAATTTCCATGGGACTAATTTTTTGGAACAAGGTAGATAGCGCATTTTTGCTTTGTTATATTTATGATGTTACAAATTTCTTATCCCACTTTTAACCAAAG

Intron 5 GTAATTCGTC ... GTGATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.59	146.3	34.7	113
A2	49.79	128.1	31.3	127
A3	57.19	176	57	235
A4	48.61	106.8	24.8	101
A5	52.89	82	29.1	92
A6	36.71	41.4	7.9	24
A7	52.65	129.6	26.1	144
A8	49.94	41.1	7.1	41
A9	47.38	125.6	25.3	113
A10	56.04	165.6	30.7	211

>TRINITY_DN114585_c0_g3_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TATCATTCATAATAACAATAACAGAAAAATTAAAAAAAGACATATAATAATTACAGTGTGTATGACGAGGTCAACTATGGTTGCTTGCAGGTGATGAGATTTCCATCTGTTATCGTTCTCCTATTATCTGCATTGCGTTGTTTCCAACTGATTCGAATTTTCACTCTGGTAGCCCAGCTCTGCCCGTCCTTCCCTGCCTC
GGTGGCCCCATGTGACCACGACCTTAACGGATAACAGGGAGAGCGAACATCTTTTTCTTGTTGTTGTTGCAGCGGAGAATGGATGGAGCGCATTCCTGTCGCCCTCGCCGTCGGCTGTTTTGAGGGCTGGAGGATCTATGAAGAGAAGAGGCCGTTAAGATGGTGATGATATGAGATGAATTAGGGGCGGGGGAGATGGT
TTCGATGTCGATTGACTGGGAGGAGAAAAAATGGATGTGCGGTGGAGGCGGAGGCGTGAATTTGTGCAGGGTGGCTTCCATTGTTCGCGATCGGAGGGGGGGCAGAGGAGGAGGAGGCAGAGGGGCAGGCGGCAGC

>TRINITY_DN114585_c0_g3_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TATCATTCATAATAACAATAACAGAAAAATTAAAAAAAGACATATAATAATTACAGTGTGTATGACGAGGTCAACTATGGTTGCTTGCAGGTGATGAGATTTCCATCTGTTATCGTTCTCCTATTATCTGCATTGCGTTGTTTCCAACTGATTCGAATTTTCACTCTGGTAGCCCAGCTCTGCCCGTCCTTCCCTGCCTC
GGTGGCCCCATGTGACCACGACCTTAACGGATAACAGGGAGAGCGAACATCTTTTTCTTGTTGTTGTTGCAGCGGAGAATGGATGGAGCGCATTCCTGTCGCCCTCGCCGTCGGCTGTTTTGAGgtaattcgtctttattcctttgtcatttaacggcaacggacgggattcgagcgcatgacgttttctgcaaggtcgc
atcgtcgcgtcatgtgtttgaatcccaaccccgcccgtctggtctagtaactggaagatgaaaatgacgtctcatgggtgatggcagGGCTGGAGGATCTATGAAGAGAAGAGGCCGTTAAGATGGTGATGATATGAGATGAATTAGGGGCGGGGGAGATGGTTTCGATGTCGATTGACTGGGAGGAGAAAAAATGGATG
TGCGGTGGAGGCGGAGGCGTGAATTTGTGCAGGGTGGCTTCCATTGTTCGCGATCGGAGGGGGGGCAGAGGAGGAGGAGGCAGAGGGGCAGGCGGCAGC