sp|Q6YZE2|GSA_ORYSJ ----> Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase, chloroplastic

Intron 1 GTGCTTTATA ... TGTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.84	11	19	40
A2	57.65	18	35	14
A3	49.15	15	21	8
A4	61.54	10	14	18
A5	63.64	4	3	11
A6	55.08	137	174	162
A7	54.35	126	155	145
A8	59	139	196	204
A9	55.94	126	159	161
A10	63.01	64	108	110

>TRINITY_DN107791_c2_g3_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

CTAGTTTTATGTATACCAATTTTACCCGTCTTCTCACACGCACTACCAACTAACTTTGAATCAGCTTCACGAGTCGAGCCAGTTTTATGTATACCAATTTTTACAAGTCTCTTCACACGCACTACCAATTTTTACAAGTCTCCTCACACGCACTATATATATATAAAACCAATACGGTCACAAGATAAGATATATATGTG
TTGAAGGTGGTGGCAGGACCTATCATCAAGGAAGGGAGAAGAAATTTAATCCAATCCAGTGGGGAATAGCAGCATGGCAGCTACAATTGTTCCCGCCAGCACTTCTTGTTTAGATGGAGAATGGGTTGGGTTGGCAAGGAAGACATCCACTAACTCACCGATTGGACCGTTGGCCCTGTTTTCACAATGCCCATTTGGGG
CTGCTAAATCTCGAGGTGGCAGAGTGGTGAGAATGGCTGCTGTTTCAGTGGAAAAGAAGAAATACACCACCCAAAAATCAAATGAGATCTTCACTGCTGCCCAGGATCTAATGCCGGGAGGTGTGAACTCACCAGTCAGAGCTTTCAAGTCAGTTGGCGGGAAACCCATTGTTTTTGATTCTGTAAAAGGTTCGCATATT
TGGGATGTGGATGGAAATGAGTACATTGATTACGTTGGCACATGGGGCCCAGCAATAATTGGTCATGCAGATGATAAGGTTAATGCTGCTCTGATTGAAGCCCTGAGAAAAGGTACTAGCTTTGGTGCTCCATGTATTGAAGAGAATATTCTGGCCGAGATGGTTATTAACGCAGTACCTAGCATAGAAATGGTCCGCTT
TGTCAATTCAGGCACTGAAGCATGCATGGGCATGTTACGTTTGGCACGTGCCTTCACAGGCAGGGATAAGATAATTAAGTTTGAAGGCAATTATCATGGTCATGCAGATCCTTTTTTGGTAAAAGCAGGAAGTGGTGTTGCAACTCTTGGGCTTCCTGATTCTCCCGGGGTCCCCAAAGCTGCTACATTTGGAACTCTTT
CAGCACCCTTCAATGACATAAATGGTGTGGAGCAACTATTCAGTGAGAACAAAGGAGAGATTGCTGCTGTGATTCTTGAGCCTGTAGTTGGCAATTCTGGTTTCATCGCTCCTGAAAAGGGGTTTTTGCAGGGACTGAGGGAGATTACAAGAGCAGAAGGAGCACTTCTGGTCTTTGATGAGGTTATGACAGGCTTCAGG
ATAGCATATGGAGGTGCCCAAGAGTATTTTGGTGTCACCCCAGACCTTACAACACTTGGGAAGATCATAGGAGGGGGGCTTCCAGTTGGGGCATATGGAGGCAGAAGGGAGATAATGGAGATGGTAGCTCCAGCAGGGCCAATGTATCAAGCTGGAACACTAAGTGGGAATCCACTGGCCATGACTGCAGGAATATGCAC
CCTTCAGAGATTGCAACAAGCTGGTAGTTACGAATACCTGGATAAAGTAACTGGTCGGTTAGTGGAAGGTCTCCTTGAAGCCGGGAGGAATGCAGGTCATGAGATCTGTGGTGGATATATTCGTGGTATGTTTGGTTTTTTCTTTAATGCAGGGCCAGTTCATAACTTTGAAGATGCAAAAAGAAGTGATACTGCCAAAT
TTGCAAGGTTTCACAGGGGCATGCTGGAGCAGGGTGTATACCTTGCTCCCTCACAGTTTGAAGCTGGGTTTACGAGTTTAACCCACACTGAACAAGATATAGATTCTACCATAGCCGCAGCAAAAAGGGTCTTTGAAAGTATTTGAAATCGTCATCAGAAGCATTGGCCTAGTACATTACAATCAGTTGAGGTGCGGATT
TTCCCAGCTATGGTGAGAATGTGGGTGCCTATTAAGCATGGACTTGAAGGCACGAGCTTTGTCAGCGCAAAATCAAAATGATCTGAACACTGTACTTCATTGCTGTGTTTGAAATGGTTTATTATTTATGTTAAACTTGGAGCTAACCCAGCAGCATAATCAGTCTTCTTTCTGAATATTTCTTTAACAAGTTAAGAAGT
GCTCGTGACTTCCTATGAATAACCAATGAAAGAAGTGCATAATATTTATAATCAGAGTTTAACAGGTCAAGTATTGATTTTCAAGGGAGTCCACCCATGCAAATGCAAATGTCCATTTCATAATAAAC

>TRINITY_DN107791_c2_g3_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CTAGTTTTATGTATACCAATTTTACCCGTCTTCTCACACGCACTACCAACTAACTTTGAATCAGCTTCACGAGTCGAGCCAGTTTTATGTATACCAATTTTTACAAGTCTCTTCACACGCACTACCAATTTTTACAAGTCTCCTCACACGCACTATATATATATAAAACCAATACGGTCACAAGATAAGATATATATGTG
TTGAAGGTGGTGGCAGGACCTATCATCAAGGAAGGGAGAAGAAATTTAATCCAATCCAGTGGGGAATAGCAGCATGGCAGCTACAATTGTTCCCGCCAGCACTTCTTGTTTAGATGGAGAATGGGTTGGGTTGGCAAGGAAGACATCCACTAACTCACCGATTGGACCGTTGGCCCTGTTTTCACAATGCCCATTTGGGG
CTGCTAAATCTCGAGGTGGCAGAGTGGTGAGAATGGCTGCTGTTTCAGTGGAAAAGAAGAAATACACCACCCAAAAATCAAATGAGATCTTCACTGCTGCCCAGGATCTAATGCCGGGAGGTGTGAACTCACCAGTCAGAGCTTTCAAGTCAGTTGGCGGGAAACCCATTGTTTTTGATTCTGTAAAAGGTTCGCATATT
TGGGATGTGGATGGAAATGAGTACATTGATTACGTTGGCACATGGGGCCCAGCAATAATTGGTCATGCAGATGATAAGGTTAATGCTGCTCTGATTGAAGCCCTGAGAAAAGGTACTAGCTTTGGTGCTCCATGTATTGAAGAGAATATTCTGGCCGAGATGGTTATTAACGCAGTACCTAGCATAGAAATGGTCCGCTT
TGTCAATTCAGGCACTGAAGCATGCATGGGCATGTTACGTTTGGCACGTGCCTTCACAGGCAGGGATAAGATAATTAAGTTTGAAGGCAATTATCATGGTCATGCAGATCCTTTTTTGGTAAAAGCAGGAAGTGGTGTTGCAACTCTTGGGCTTCCTGATTCTCCCGGGGTCCCCAAAGCTGCTACATTTGGAACTCTTT
CAGCACCCTTCAATGACATAAATGGTGTGGAGCAACTATTCAGTGAGAACAAAGGAGAGATTGCTGCTGTGATTCTTGAGCCTGTAGTTGGCAATTCTGGTTTCATCGCTCCTGAAAAGGGGTTTTTGCAGGGACTGAGGGAGATTACAAGAGCAGAAGGAGCACTTCTGGTCTTTGATGAGGTTATGACAGGCTTCAGG
ATAGCATATGGAGGTGCCCAAGAGTATTTTGGTGTCACCCCAGACCTTACAACACTTGGGAAGATCATAGGAGGGGGGCTTCCAGTTGGGGCATATGGAGGCAGAAGGGAGATAATGGAGATGGTAGCTCCAGCAGGGCCAATGTATCAAGCTGGAACACTAAGTGGGAATCCACTGGCCATGACTGCAGGAATATGCAC
CCTTCAGAGATTGCAACAAGCTGGTAGTTACGAATACCTGGATAAAGTAACTGGTCGGTTAGTGGAAGGTCTCCTTGAAGCCGGGAGGAATGCAGGTCATGAGATCTGTGGTGGATATATTCGTGGTATGTTTGGTTTTTTCTTTAATGCAGGGCCAGTTCATAACTTTGAAGATGCAAAAAGAAGTGATACTGCCAAAT
TTGCAAGGTTTCACAGGGGCATGCTGGAGCAGGGTGTATACCTTGCTCCCTCACAGTTTGAAGCTGGGTTTACGAGTTTAACCCACACTGAACAAGATATAGATTCTACCATAGCCGCAGCAAAAAGGGTCTTTGAAAGTATTTGAAATCGTCATCAGAAGCATTGGCCTAGTACATTACAATCAGTTGAGgtgctttat
aatccatttgtgctttttcccaattattcttgttctagtccatcttaatattgtttcaatttgtggtgatgacaagagtgctaatcatccaatgctttctcatccgacatgtacaaattatgaatttgcacagctttttccaaggtgctccatgtgctgcagGTGCGGATTTTCCCAGCTATGGTGAGAATGTGGGTGCC
TATTAAGCATGGACTTGAAGGCACGAGCTTTGTCAGCGCAAAATCAAAATGATCTGAACACTGTACTTCATTGCTGTGTTTGAAATGGTTTATTATTTATGTTAAACTTGGAGCTAACCCAGCAGCATAATCAGTCTTCTTTCTGAATATTTCTTTAACAAGTTAAGAAGTGCTCGTGACTTCCTATGAATAACCAATGA
AAGAAGTGCATAATATTTATAATCAGAGTTTAACAGGTCAAGTATTGATTTTCAAGGGAGTCCACCCATGCAAATGCAAATGTCCATTTCATAATAAAC

Intron 2 GTGCTTTATA ... ATTTGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.04	51	19	41
A2	40.68	35	35	13
A3	38.1	26	21	11
A4	40.54	22	14	16
A5	25.58	16	3	8
A6	40.93	223	174	135
A7	40.25	213	155	132
A8	40.5	288	196	196
A9	36.85	269	159	155
A10	44.38	141	108	117

>TRINITY_DN93978_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

ACGCACTACCAACTAACTTTGAATCAGCTTCACGAGTCGAGCCAGTTTTATGTATACCAATTTTTACAAGTCTCTTCACACGCACTACCAATTTTTACAAGTCTCCTCACACGCACTATATATATATAAAACCAATACGGTCACAAGATAAGATATATATGTGTTGAAGGTGGTGGCAGGACCTATCATCAAGGAAGGGA
GAAGAAATTTAATCCAATCCAGTGGGGAATAGCAGCATGGCAGCTACAATTGTTCCCGCCAGCACTTCTTGTTTAGATGGAGAATGGGTTGGGTTGGCAAGGAAGACATCCACTAACTCACCGATTGGACCGTTGGCCCTGTTTTCACAATGCCCATTTGGGGCTGCTAAATCTCGAGGTGGCAGAGTGGTGAGAATGGC
TGCTGTTTCAGTGGAAAAGAAGAAATACACCACCCAAAAATCAAATGAGATCTTCACTGCTGCCCAGGATCTAATGCCGGGAGGTGTGAACTCACCAGTCAGAGCTTTCAAGTCAGTTGGCGGGAAACCCATTGTTTTTGATTCTGTAAAAGGTTCGCATATTTGGGATGTGGATGGAAATGAGTACATTGATTACGTTG
GCACATGGGGCCCAGCAATAATTGGTCATGCAGATGATAAGGTTAATGCTGCTCTGATTGAAGCCCTGAGAAAAGGTACTAGCTTTGGTGCTCCATGTATTGAAGAGAATATTCTGGCCGAGATGGTTATTAACGCAGTACCTAGCATAGAAATGGTCCGCTTTGTCAATTCAGGCACTGAAGCATGCATGGGCATGTTA
CGTTTGGCACGTGCCTTCACAGGCAGGGATAAGATAATTAAGTTTGAAGGCAATTATCATGGTCATGCAGATCCTTTTTTGGTAAAAGCAGGAAGTGGTGTTGCAACTCTTGGGCTTCCTGATTCTCCCGGGGTCCCCAAAGCTGCTACATTTGGAACTCTTTCAGCACCCTTCAATGACATAAATGGTGTGGAGCAACT
ATTCAGTGAGAACAAAGGAGAGATTGCTGCTGTGATTCTTGAGCCTGTAGTTGGCAATTCTGGTTTCATCGCTCCTGAAAAGGGGTTTTTGCAGGGACTGAGGGAGATTACAAGAGCAGAAGGAGCACTTCTGGTCTTTGATGAGGTTATGACAGGCTTCAGGATAGCATATGGAGGTGCCCAAGAGTATTTTGGTGTCA
CCCCAGACCTTACAACACTTGGGAAGATCATAGGAGGGGGGCTTCCAGTTGGGGCATATGGAGGCAGAAGGGAGATAATGGAGATGGTAGCTCCAGCAGGGCCAATGTATCAAGCTGGAACACTAAGTGGGAATCCACTGGCCATGACTGCAGGAATATGCACCCTTCAGAGATTGCAACAAGCTGGTAGTTACGAATAC
CTGGATAAAGTAACTGGTCGGTTAGTGGAAGGTCTCCTTGAAGCCGGGAGGAATGCAGGTCATGAGATCTGTGGTGGATATATTCGTGGTATGTTTGGTTTTTTCTTTAATGCAGGGCCAGTTCATAACTTTGAAGATGCAAAAAGAAGTGATACTGCCAAATTTGCAAGGTTTCACAGGGGCATGCTGGAGCAGGGTGT
ATACCTTGCTCCCTCACAGTTTGAAGCTGGGTTTACGAGTTTAACCCACACTGAACAAGATATAGATTCTACCATAGCCGCAGCAAAAAGGGTCTTTGAAAGTATTTGAAATCGTCATCAGAAGCATTGGCCTAGTACATTACAATCAGTTGAGCTTTTTCCAAGGTGCTCCATGTGCTGCAGGTGCGGATTTTCCCAGC
TATGGTGAGAATGTGGGTGCCTATTAAGCATGGACTTGAAGGCACGAGCTTTGTCAGCGCAAAATCAAAATGATCTGAACACTGTACTTCATTGCTGTGTTTGAAATGGTTTATTATTTATGTTAAACTTGGAGCTAACCCAGCAGCATAATCAGTCTTCTTTCTGAATATATCTTTAACAAGTTAAGAAGTGCTCGTGA
CTTCCTATGAATAACCAATGAAAGAAGTGCATAATATTTATAATCAGAGTTTAACAGGTCAAGTATTGATTTTCAAGGGAGTCCACCCATGCAAATGCAAATGTCCATTTCATAATAAACCCTAAAAGTAAAGAATGGTGAT

>TRINITY_DN93978_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACGCACTACCAACTAACTTTGAATCAGCTTCACGAGTCGAGCCAGTTTTATGTATACCAATTTTTACAAGTCTCTTCACACGCACTACCAATTTTTACAAGTCTCCTCACACGCACTATATATATATAAAACCAATACGGTCACAAGATAAGATATATATGTGTTGAAGGTGGTGGCAGGACCTATCATCAAGGAAGGGA
GAAGAAATTTAATCCAATCCAGTGGGGAATAGCAGCATGGCAGCTACAATTGTTCCCGCCAGCACTTCTTGTTTAGATGGAGAATGGGTTGGGTTGGCAAGGAAGACATCCACTAACTCACCGATTGGACCGTTGGCCCTGTTTTCACAATGCCCATTTGGGGCTGCTAAATCTCGAGGTGGCAGAGTGGTGAGAATGGC
TGCTGTTTCAGTGGAAAAGAAGAAATACACCACCCAAAAATCAAATGAGATCTTCACTGCTGCCCAGGATCTAATGCCGGGAGGTGTGAACTCACCAGTCAGAGCTTTCAAGTCAGTTGGCGGGAAACCCATTGTTTTTGATTCTGTAAAAGGTTCGCATATTTGGGATGTGGATGGAAATGAGTACATTGATTACGTTG
GCACATGGGGCCCAGCAATAATTGGTCATGCAGATGATAAGGTTAATGCTGCTCTGATTGAAGCCCTGAGAAAAGGTACTAGCTTTGGTGCTCCATGTATTGAAGAGAATATTCTGGCCGAGATGGTTATTAACGCAGTACCTAGCATAGAAATGGTCCGCTTTGTCAATTCAGGCACTGAAGCATGCATGGGCATGTTA
CGTTTGGCACGTGCCTTCACAGGCAGGGATAAGATAATTAAGTTTGAAGGCAATTATCATGGTCATGCAGATCCTTTTTTGGTAAAAGCAGGAAGTGGTGTTGCAACTCTTGGGCTTCCTGATTCTCCCGGGGTCCCCAAAGCTGCTACATTTGGAACTCTTTCAGCACCCTTCAATGACATAAATGGTGTGGAGCAACT
ATTCAGTGAGAACAAAGGAGAGATTGCTGCTGTGATTCTTGAGCCTGTAGTTGGCAATTCTGGTTTCATCGCTCCTGAAAAGGGGTTTTTGCAGGGACTGAGGGAGATTACAAGAGCAGAAGGAGCACTTCTGGTCTTTGATGAGGTTATGACAGGCTTCAGGATAGCATATGGAGGTGCCCAAGAGTATTTTGGTGTCA
CCCCAGACCTTACAACACTTGGGAAGATCATAGGAGGGGGGCTTCCAGTTGGGGCATATGGAGGCAGAAGGGAGATAATGGAGATGGTAGCTCCAGCAGGGCCAATGTATCAAGCTGGAACACTAAGTGGGAATCCACTGGCCATGACTGCAGGAATATGCACCCTTCAGAGATTGCAACAAGCTGGTAGTTACGAATAC
CTGGATAAAGTAACTGGTCGGTTAGTGGAAGGTCTCCTTGAAGCCGGGAGGAATGCAGGTCATGAGATCTGTGGTGGATATATTCGTGGTATGTTTGGTTTTTTCTTTAATGCAGGGCCAGTTCATAACTTTGAAGATGCAAAAAGAAGTGATACTGCCAAATTTGCAAGGTTTCACAGGGGCATGCTGGAGCAGGGTGT
ATACCTTGCTCCCTCACAGTTTGAAGCTGGGTTTACGAGTTTAACCCACACTGAACAAGATATAGATTCTACCATAGCCGCAGCAAAAAGGGTCTTTGAAAGTATTTGAAATCGTCATCAGAAGCATTGGCCTAGTACATTACAATCAGTTGAGgtgctttataatccatttgtgctttttcccaattattcttgttcta
gtccatcttaatattgtttcaatttgtggtgatgacaagagtgctaatcatccaatgctttctcatccgacatgtacaaattatgaatttgcacagCTTTTTCCAAGGTGCTCCATGTGCTGCAGGTGCGGATTTTCCCAGCTATGGTGAGAATGTGGGTGCCTATTAAGCATGGACTTGAAGGCACGAGCTTTGTCAGC
GCAAAATCAAAATGATCTGAACACTGTACTTCATTGCTGTGTTTGAAATGGTTTATTATTTATGTTAAACTTGGAGCTAACCCAGCAGCATAATCAGTCTTCTTTCTGAATATATCTTTAACAAGTTAAGAAGTGCTCGTGACTTCCTATGAATAACCAATGAAAGAAGTGCATAATATTTATAATCAGAGTTTAACAGG
TCAAGTATTGATTTTCAAGGGAGTCCACCCATGCAAATGCAAATGTCCATTTCATAATAAACCCTAAAAGTAAAGAATGGTGAT