sp|A2XUW1|CDKG2_ORYSI ----> Cyclin-dependent kinase G-2


Intron 1 GTGAACTTCC ... GTATCAATAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A955.3436.151.836
A1060.4737.762.652



>TRINITY_DN110399_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform
GGAATTATAGCAAGGTGAACTTGTGCAGAAGGGAATACAGCAAAGTGGAAATTACGCAGAAGGGAATTATAGCAAGGTGAACTTGTGCAGAAGGGAATTACAGCAAGACATCATTTCTGATGAAATCATCAAGCCTGCATTTCAAGACCAACACTGGCAATGGAAGGATCGTCTTCGAGTGCTCCAGTATTTTATCGAGT
GCACAACCAGGCCTCTTATACCATGTCTTCAGTTGAGGGTTTTAGTGGCCAGGTGAATTTATGCACCTGTATATGTCTTAAAATTTATATTCAAAGATTACATGGTCTCATGAAGTAACTGCAATGTGGCTTAATTACTTTCGTTGGACCAATCTCAATAATGAAATTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATATTATGTGA
TTTGGAATGGCCCTATTATGCTGGCTAAAAAATATGAATAAAGGTTTTGGGGTATCAGGTTGTTATGTCTTAATTGTGTGCCATTTCATATATTTAATTGGAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAGCGCTTGGTGAAAGTGGATATCAAGTTCTTTACTTTTCACACTGCAAAGGTTTCGGGATGAGTAGCTGTATGAAAGGTA
ATTTTGCTGACCTAAAATTTATGGTTCTACTTAATAACAGTTCTTTGATGGTAATCATTAGTGGCGTTAAAGCTATTGCTGGCAGCTGGGAAAGTTGAGGAATCCAAGCATGAGAGATTTAAGGACTGTCTTTGTGTGATCTCTCTTGCTTGGCGGTGTATTTGTTGTTTTGTTTTAATTATATATTCAAAATGACATCG
TGACATGCATAAAATTGTTATATGGTAAGCTGAGTAATTTTGATTTCACCATCCTGGGAGACAATTTACAAGAGCTATTGTTATCTCTAAACAGTACATTTCCAACAAACACAGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGATTGCAATCCGACGAGTCCTGGGTAATGTGTAAAGCATTGGTTGTGA
TATAAATCCTTTAGTGAAATTATTACTTTATGCAAAACATTGTCTACTTTGCCATTAAGGAGTAATTTTTAAGTTGATGCAGGCATGAGAGATTCAAAGACTCTATTTGTGTGATTTTTCTTGCTTTGGGGTGGATTTAATCTGATGTGAAAATTAAAATAACAGTGTGAGATGCTTGAAATTGTTATGGTAAGCTCAGT
GATTTTGATTTCACCTTCATTGGGTACAATTTGCAAGAGGGAGCGTTTATCAATAGGCAGTAAATATACAAGAGAGACTGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGGTGGCAATCTGATGAACCTTGGGCAAATGTGTAAAGCATTGATTAGCATTGGTTTGGGTATTTAAATGGTTTTAGTGAAAG
TATTACTTTATGCAAAACATTGGTTTACTTTGCCAATAAGGAGTAACTAAGTTGTCTGTGACTTCTGGGCATTAAAAAGTTTTTATAAAGATTATTTTTTCTGGTTTGATTTTTCACAGACTTTTTAATTTTAAATTTTCCAAGAAAAAATCTTATATTCAATATTTCAGAGTTCGAAATCAAAATATACATTAAGCTGT
CCTGGACGGGCTCAAAATCAGGAACAATTTCTGCATTGTCTGCAACAGAAATAGAACAAAGTCTACATAATTACAGTCTTCCTTTACTATCAGAAAGATACTAAAATCAACATAAAAAATGAACAACATACATATCCCTAATGAACTATAAGGACCTCCAAGGTTACAAACACATGGTCTGAAAGTCCTCTTCATCATGA
ACTGTTGGCAATGTGAATTAATACAAAGTTTTCTGAAGCTGAAAGGAGAGTGTTTTTGCCTCCTCGATTCAGGTTCACTTAAGGTACCTTCCTCCAAAAACAAAGCTTCTAGACAGTTTATCCATTTTCGAGTTAAATTCTTGGTAAATACTAGAAAAAGTAATAACATCAAAAGTGTTCTTTTTTCACTGACTTATGTA
TAGGAGCATTATATTGGTATGTATTTCTGTCTTTGAGAGCTGATAATAATTGGATACATGATATAACTATATAGAGTCATGAAGATAATATCTTGTACTGTGCTTGCTTTGAAATGTAATATTGATAATAGCTTGTACTGTGCTTGCTTTGATTATTGTGGTATTCGGCTACATTGTCAATGTGTTCTAACTTCTGATAG
TGAATATTAATAGTATGCTGGTGTCTAGACAATATCTTAGCATGTAAAATGTCTTTCGTATTGATGGATTTGTACCTTGGTTTAATACGAGAGTTATTCAGCTATATCTGTCAGTGTCATCTGGTAGTGAATCTCAGTACTATTTCTAGTGAATCTGAGCATGTAAAAGGTCTTTTGCAGTGATGGACTTGGGCCTTTGT
ATAAAACAAGGGTATTCAGCTACATTTGTCGGTGTGTTCTGATAGTGAATCTTAGTACTATGTATAGACAATAGTTTAGCATGTAAAGTCTTTTGGAGTGATGGAGTTGTTCCTTTGTTTAATCATGCTTAAGGTCCACTTTGAAGACTAGGTGATTTTCTAACCTTGATGATTTGAACAATGCTTTTACCTTATTTTCA
GAAATTAGTATGCTCAAACTATATGCATCATGGGAGTGGATTATCTATTATGAATCGTATTTTATATTTTCAAAATTGAGTGAAACCCGTGTAAAGCTAATAACTGTGTTTGTAGATAGCTGCTGTCTTTGTTCCATTTTGGATTAATTAAACCTCTCAGAAGCTCAGATTTTGATTTGCTCAAGATACATAGTCTTCTC
AGTTACTCATGTGATGAATTTGTAAGAACCATGGTTTACCATATTAGGTTCTAGAGTAAGAGTTTTCCTCCAAGGGTGTCCTCCTTTATGATCATGATGCTGATCCTTGTAAGAGTTTTACTTCACATAATATAAATTTTCACAGTATGGCAACTCGGCACATACTGTATTATAATTTTTTATTACTATTTTCGTATAGT
TGTGATTGCATTCTTCAACATGCCTAATATTTCAGCAAAGAGTAACATGTTTGGTCTTATTTTGATTGCAAAGGCATCATGTTATGGTTTGTGTGTGTAATTGGTCTCTACTTGATTGATGCAACAAGCATTTACTTTTGAGAAGAGGTTTTGTGTTTTGATGGTTGCACGATGCATCATTCAGCGGAGCTAAATATTGC
AGCATATATAGTGCCCTTTATTGAGTTGCATGTGTGGATGCCCTTGTGATTGCATTCTTCAACACGCCCTTGTGGTTGCATGTTTAGATTTAATCTGATTGCAAAGACTGGTATGGTTTATGTATGTGATTGGTCTTTGCATCGCATTGTGATTGATATATACAAGTTTCTCTCTTATTGAAGAGTTATTTTTGTATCTT
TTTTTTGCATCCCTCAGCAGAGCTAAATATTGAAGCATATAGTGACCTTATTTAGTTGTATATTGGAATGCCTTTGTGATTGTATTCTTCAACATGTCTAATATTATAGAAAAATATATAATATGTTTGGATTTATTTTGATTAGTGACCTTATTTAGTTGCATATTGGGATGCCGTTGTGATTGTATTTTTCAACATGT
CTAATATTATAGGAAAATATATAATATGTTAGGATTTATTTTGATTGCAAAGACATAGCATTATAGATTATGTATGTAATTGGTCTCTTCTTAGCATTGTAATTGATACAGAGAAGTATTTGGTTTTGAAGAGTTATTTTTGTATATTTATGATAGCATTTTTCAGCAGAGCCG


>TRINITY_DN110399_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GGAATTATAGCAAGGTGAACTTGTGCAGAAGGGAATACAGCAAAGTGGAAATTACGCAGAAGGGAATTATAGCAAGGTGAACTTGTGCAGAAGGGAATTACAGCAAGgtgaacttccaactgggagtttgtttcattgtttttacttgccagtgaatccttttttgaggaactattgtatcataaggaagagtttgtttt
tgatgtatcaatagACATCATTTCTGATGAAATCATCAAGCCTGCATTTCAAGACCAACACTGGCAATGGAAGGATCGTCTTCGAGTGCTCCAGTATTTTATCGAGTGCACAACCAGGCCTCTTATACCATGTCTTCAGTTGAGGGTTTTAGTGGCCAGGTGAATTTATGCACCTGTATATGTCTTAAAATTTATATTCA
AAGATTACATGGTCTCATGAAGTAACTGCAATGTGGCTTAATTACTTTCGTTGGACCAATCTCAATAATGAAATTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATATTATGTGATTTGGAATGGCCCTATTATGCTGGCTAAAAAATATGAATAAAGGTTTTGGGGTATCAGGTTGTTATGTCTTAATTGTGTGCCATTTCATATAT
TTAATTGGAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAGCGCTTGGTGAAAGTGGATATCAAGTTCTTTACTTTTCACACTGCAAAGGTTTCGGGATGAGTAGCTATATGAAAGGTAATTTTGCTGACCTAAAATTTATGGTTCTACTTAATAACAGTTCTTTGATGGTAATCATTAGTGGCGTTAAAGCTATTGCTGGCAGCTGGGAAA
GTTGAGGAATCCAAGCATGAGAGATTTAAGGACTGTCTTTGTGTGATCTCTCTTGCTTGGCGGTGTATTTGTTGTTTTGTTTTAATTATATATTCAAAATGACATCGTGACATGCATAAAATTGTTATATGGTAAGCTGAGTAATTTTGATTTCACCATCCTGGGAGACAATTTACAAGAGCTATTGTTATCTCTAAACA
GTACATTTCCAACAAACACAGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGATTGCAATCCGACGAGTCCTGGGTAATGTGTAAAGCATTGGTTGTGATATATAAATCCTTTAGTGAAATTATTACTTTATGCAAAACATTGTCTACTTTGCCATTAAGGAGTAATTTTTAAGTTGATGCAGGCATGAGAG
ATTCAAAGACTATTTGTGTGATTTTTCTTGCTTTGGGGTGGATTTAATCTGATGTGAAAATTAAAATAACAGTGTGAGATGCTTGAAATTGTTATGGTAAGCTCAGTGATTTTGATTTCACCTTCATTGGGTACAATTTGCAAGAGGGAGCGTTTATCAATAGGCAGTAAATATACAAGAGAGACTGTTTGAGCATGTGC
AGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGGTGGCAATCTGATGAACCTTGGGCAAATGTGTAAAGCATTGATTAGCATTGGTTTGGGTATTTAAATGGTTTTAGTGAAAGTATTACTTTATGCAAAACATTGGTTTACTTTGCCAATAAGGAGTAACTAAGTTGTCTGTGACTTCTGGGCATTAAAAAGTTTTTATAAAGATT
ATTTTTTCTGGTTTGATTTTTCACAGACTTTTTAATTTTAAATTTTCCAAGAAAAAATCTTATATTCAATATTTCAGAGTTCGAAATCAAAATATACATTAAGCTGTCCTGGACGGGCTCAAAATCAGGAACAATTTCTGCATTGTCTGCAACAGAAATAGAACAAAGTCTACATAATTACAGTCTTCCTTTACTATCAG
AAAGATACTAAAATCAACATAAAAAATGAACAACATACATATCCCTAATGAACTATAAGGACCTCCAAGGTTACAAACACATGGTCTGAAAGTCCTCTTCATCATGAACTGTTGGCAATGTGAATTAATACAAAGTTTTCTGAAGCTGAAAGGAGAGTGTTTTTGCCTCCTCGATTCAGGTTCACTTAAGGTACCTTCCT
CCAAAAACAAAGCTTCTAGACAGTTTATCCATTTTCGAGTTAAATTCTTGGTAAATACTAGAAAAAGTAATAACATCAAAAGTGTTCTTTTTTCACTGACTTATGTATAGGAGCATTATATTGGTATGTATTTCTGTCTTTGAGAGCTGATAATAATTGGATACATGATATAACTATATAGAGTCATGAAGATAATATCT
TGTACTGTGCTTGCTTTGAAATGTAATATTGATAATAGCTTGTACTGTGCTTGCTTTGATTATTGTGGTATTCGGCTACATTGTCAATGTGTTCTAACTTCTGATAGTGAATATTAATAGTATGCTGGTGTCTAGACAATATCTTAGCATGTAAAATGTCTTTCGTATTGATGGATTTGTACCTTGGTTTAATACGAGAG
TTATTCAGCTATATCTGTCAGTGTCATCTGGTAGTGAATCTCAGTACTATTTCTAGTGAATCTGAGCATGTAAAAGGTCTTTTGCAGTGATGGACTTGGGCCTTTGTATAAAACAAGGGTATTCAGCTACATTTGTCGGTGTGTTCTGATAGTGAATCTTAGTACTATGTATAGACAATAGTTTAGCATGTAAAGTCTTT
TGGAGTGATGGAGTTGTTCCTTTGTTTAATCATGCTTAAGGTCCACTTTGAAGACTAGGTGATTTTCTAACCTTGATGATTTGAACAATGCTTTTACCTTATTTTCAGAAATTAGTATGCTCAAACTATATGCATCATGGGAGTGGATTATCTATTATGAATCGTATTTTATATTTTCAAAATTGAGTGAAACCCGTGTA
AAGCTAATAACTGTGTTTGTAGATAGCTGCTGTCTTTGTTCCATTTTGGATTAATTAAACCTCTCAGAAGCTCAGATTTTGATTTGCTCAAGATACATAGTCTTCTCAGTTACTCATGTGATGAATTTGTAAGAACCATGGTTTACCATATTAGGTTCTAGAGTAAGAGTTTTCCTCCAAGGGTGTCCTCCTTTATGATC
ATGATGCTGATCCTTGTAAGAGTTTTACTTCACATAATATAAATTTTCACAGTATGGCAACTCGGCACATACTGTATTATAATTTTTTATTACTATTTTCGTATAGTTGTGATTGCATTCTTCAACATGCCTAATATTTCAGCAAAGAGTAACATGTTTGGTCTTATTTTGATTGCAAAGGCATCATGTTATGGTTTGTG
TGTGTAATTGGTCTCTACTTGATTGATGCAACAAGCATTTACTTTTGAGAAGAGGTTTTGTGTTTTGATGGTTGCACGATGCATCATTCAGCGGAGCTAAATATTGCAGCATATATAGTGCCCTTTATTGAGTTGCATGTGTGGATGCCCTTGTGATTGCATTCTTCAACACGCCCTTGTGGTTGCATGTTTAGATTTAA
TCTGATTGCAAAGACTGGTATGGTTTATGTATGTGATTGGTCTTTGCATCGCATTGTGATTGATATATACAAGTTTCTCTCTTATTGAAGAGTTATTTTTGTATCTTTTTTTTGCATCCCTCAGCAGAGCTAAATATTGAAGCATATAGTGACCTTATTTAGTTGTATATTGGAATGCCTTTGTGATTGTATTCTTCAAC
ATGTCTAATATTATAGAAAAATATATAATATGTTTGGATTTATTTTGATTAGTGACCTTATTTAGTTGCATATTGGGATGCCGTTGTGATTGTATTTTTCAACATGTCTAATATTATAGGAAAATATATAATATGTTAGGATTTATTTTGATTGCAAAGACATAGCATTATAGATTATGTATGTAATTGGTCTCTTCTTA
GCATTGTAATTGATACAGAGAAGTATTTGGTTTTGAAGAGTTATTTTTGTATATTTATGATAGCATTTTTCAGCAGAGCCG



Intron 2 GTGAACTTCC ... GTATCAATAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A156.25212430
A228.5725911
A342.31302321
A463.279229
A517.951625
A653.45273131
A764.85295057
A854.91393263
A953.57395436
A1059.18406452



>TRINITY_DN48326_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform
GGGAAGAGTGAAATAGATCAACTAGACAAGATATTCAGAACCTTAGGGACTCCAAATGAGAAGATATGGCCTGATTTTGTTACTTTGCCAGGAGTGAAGTGCAATTTTGTGAAACAACCGTACAATAAACTCCGGGAAAAGTTTCCAGCAGTGTCATTTTCTGGGAGGCCAACTTTATCCGAGGCTGGATTTGACCTTCT
TAATAGTCTTCTTACCTATGATCCTGACAAGCGGATAAGTGCAGAGGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTCAGGGAGCTGCCTTTACCAAAATCAAAGGAGTGTTATGCCAATGTGTCCATCTGAATGATCATGATAGGCAAGCAAGGAGGTTCTTGAAGAGACCAGATCCTTTAAACGATCATCGCAGAAGGGAATTACA
GCAAGCTGAACTTGCAGAGAAGGGAATTACGGCAAGGTGAACTTGTGCAGAAGGGAATACAGCAAAGGGGAAATTGCACAGAAGGGAATTATAGCAAGGTGAACTTGCGCAGAAGGGAATTACAGCAAGACATCATTTCTGATGAAATCATCAAGCCTGCATTTCAAGACCAACACTGGCAATGGAAGGATCGTCTTCGA
GTGCTCCAGTATTTTATCGAGTGCACAACCAGGCCTCTTATACCATGTCTTCAGTTGAGGGTTTTAGTGGCCAGGTGAATTTATGCACCTGTATATGTCTTAAAATTTATATTCAAAGATTACATGGTCTCATGAAGTAACTGCAATGTGGCTTAATTACTTTCGTTGGACCAATCTCAATAATGAAATTGTGTAAATAG
TGATTTGTACCATATTATGTGATTTGGAATGGCCCTATTATGCTGGCTAAAAAATATGAATAAAGGTTTTGGGGTATCAGGTTGTTATGTCTTAATTGTGTGCCATTTCATATATTTAATTGGAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAGCGCTTGGTGAAAGTGGATATCAAGTTCTTTACTTTTCACACTGCAAAGGTTTCGGG
ATGAGTAGCTATATGAAAGTACATTTCCAACAAACACAGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGATTGCAATCCGACGAGTCCTGGGTAATGTGTAAAGCATTGGTTGTGATATATTAATTCCAGCTGGTTTGAGAAGACATAGGCTTATGGTATTTATAGTGCTGCTGACAAAACTTCTGCAGAT
TTTGCTGTTTACCACAGCAAAAGGAATGGCGTTAGAGAGGTATACTCTTATGTTCCAATTCCTTTTTGTTGCCTTATTTTTGTAAAATATTTTTTTCAGAAGATTGCGTTGAAATGTAAATAAGATAATAGAAACAGGTTGATATTAGGTTTTGCAATCTTAAGGTTGTTCTGTGTATATGGATGGTTAGAGAAACCCTT
ATTTGGCATCTGTTATGATCATCATTGGTGATGTTAAATTAATGGTGTAAATCTTGATATGGGTTGTATTCTACTGGCCTCTTCACCGTTATTTAGGATATTGGGTTTAAAAATGTTCTTTTGGAGCATTTGCATTTATGGAAAGGCTTAAATAGCTAGTAATATGCACACTTCAGTTTGTAGAGCTTGCAAATATGCTT
GCCCAAGCAATTTGGAACTCATTAGGGACATGGGAAACATAAAAAGGATCATAATGATATGCAAGTAAGTTAATACCCTTCTTACCCCATTTTACTAGACTTGGGACCTTTGGCACTAGAAAACAGAAGTCCCCCATTTGAAAAGGTGGGGATCATAGAGAAAGGCAAACTACCAGGGGGATAGAATATTGACACTGAAT
CTGCCCAGAGAAGAAGAGGTTGTTTTGCTTGAATGTATTATTAGGTTGTTGGGATTGAAAGATTCACCCAGAAATGATTGTAAAAGCCGAAATTGGAAGGGTGATAAGACAAAGAGG


>TRINITY_DN48326_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GGGAAGAGTGAAATAGATCAACTAGACAAGATATTCAGAACCTTAGGGACTCCAAATGAGAAGATATGGCCTGATTTTGTTACTTTGCCAGGAGTGAAGTGCAATTTTGTGAAACAACCGTACAATAAACTCCGGGAAAAGTTTCCAGCAGTGTCATTTTCTGGGAGGCCAACTTTATCCGAGGCTGGATTTGACCTTCT
TAATAGTCTTCTTACCTATGATCCTGACAAGCGGATAAGTGCAGAGGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTCAGGGAGCTGCCTTTACCAAAATCAAAGGAGTGTTATGCCAATGTGTCCATCTGAATGATCATGATAGGCAAGCAAGGAGGTTCTTGAAGAGACCAGATCCTTTAAACGATCATCGCAGAAGGGAATTACA
GCAAGCTGAACTTGCAGAGAAGGGAATTACGGCAAGGTGAACTTGTGCAGAAGGGAATACAGCAAAGGGGAAATTGCACAGAAGGGAATTATAGCAAGGTGAACTTGCGCAGAAGGGAATTACAGCAAGgtgaacttccaactgggagtttgtttcattgtttatacttgccagtgaatcctttttttgaggaactattg
tatcataaggaagagtttgtttttgatgtatcaatagACATCATTTCTGATGAAATCATCAAGCCTGCATTTCAAGACCAACACTGGCAATGGAAGGATCGTCTTCGAGTGCTCCAGTATTTTATCGAGTGCACAACCAGGCCTCTTATACCATGTCTTCAGTTGAGGGTTTTAGTGGCCAGGTGAATTTATGCACCTGT
ATATGTCTTAAAATTTATATTCAAAGATTACATGGTCTCATGAAGTAACTGCAATGTGGCTTAATTACTTTCGTTGGACCAATCTCAATAATGAAATTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATATTATGTGATTTGGAATGGCCCTATTATGCTGGCTAAAAAATATGAATAAAGGTTTTGGGGTATCAGGTTGTTATGTCT
TAATTGTGTGCCATTTCATATATTTAATTGGAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAGCGCTTGGTGAAAGTGGATATCAAGTTCTTTACTTTTCACACTGCAAAGGTTTCGGGATGAGTAGCTATATGAAAGTACATTTCCAACAAACACAGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGATTGCAATCCGACG
AGTCCTGGGTAATGTGTAAAGCATTGGTTGTGATATATTAATTCCAGCTGGTTTGAGAAGACATAGGCTTATGGTATTTATAGTGCTGCTGACAAAACTTCTGCAGATTTTGCTGTTTACCACAGCAAAAGGAATGGCGTTAGAGAGGTATACTCTTATGTTCCAATTCCTTTTTGTTGCCTTATTTTTGTAAAATATTT
TTTTCAGAAGATTGCGTTGAAATGTAAATAAGATAATAGAAACAGGTTGATATTAGGTTTTGCAATCTTAAGGTTGTTCTGTGTATATGGATGGTTAGAGAAACCCTTATTTGGCATCTGTTATGATCATCATTGGTGATGTTAAATTAATGGTGTAAATCTTGATATGGGTTGTATTCTACTGGCCTCTTCACCGTTAT
TTAGGATATTGGGTTTAAAAATGTTCTTTTGGAGCATTTGCATTTATGGAAAGGCTTAAATAGCTAGTAATATGCACACTTCAGTTTGTAGAGCTTGCAAATATGCTTGCCCAAGCAATTTGGAACTCATTAGGGACATGGGAAACATAAAAAGGATCATAATGATATGCAAGTAAGTTAATACCCTTCTTACCCCATTT
TACTAGACTTGGGACCTTTGGCACTAGAAAACAGAAGTCCCCCATTTGAAAAGGTGGGGATCATAGAGAAAGGCAAACTACCAGGGGGATAGAATATTGACACTGAATCTGCCCAGAGAAGAAGAGGTTGTTTTGCTTGAATGTATTATTAGGTTGTTGGGATTGAAAGATTCACCCAGAAATGATTGTAAAAGCCGAAA
TTGGAAGGGTGATAAGACAAAGAGGTAAATCCTTTAGTGAAATTATTACTTTATGCAAAACATTGTCTACTTTGCCATTAAGGAGTAATTTTTAAGTTGATGCAGGCATGAGAGATTCAAAGACTATTTGTGTGATTTTTCTTGCTTTGGGGTGGATTTAATCTGATGTGAAAATTAAAATAACAGTGTGAGATGCTTGA
AATTGTTATGGTAAGCTCAGTGATTTTGATTTCACCTTCATTGGGTACAATTTGCAAGAGGGAGCGTTTATCAATAGGCAGTAAATATACAAGAGAGACTGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGGTGGCAATCTGATGAACCTTGGGCAAATGTGTAAAGCATTGATTAGCATTGGTTTGGGTA
TTTAAATGGTTTTAGTGAAAGTATTACTTTATGCAAAACATTGGTTTACTTTGCCAATAAGGAGTAACTAAGTTGTCTGTGACTTCTGGGCATTAAAAAGTTTTTATAAAGATTATTTTTTCTGGTTTGATTTTTCACAGACTTTTAAATTTTAAATTTTCCAAGAAAAAATCTTATATTCAATATTTCAGAGTTCGAAA
TCAAAAGATACATTAAGCTGTCCTGGACGGGCTCAAAATCAGGAACAATTTCTGCATTGTCTGCAACAGAAATAGAACAAAGTCTACATAATTACAGTCTTCCTTTACTATCAGAAAGATACTAAAATCAACATAAAAAATGAACAACATACATATCCCTAATGAACTATAAGGACCTCCAAGGTTACAAACACATGGTC
TGAAAGTCCTCTTCATCATGAACTGTTGGCAATGTGAATTAATACAAAGTTTTCTGAAGCTGAAAGGAGAGTGTTTTTGCCTCCTCGATTCAGGTTCACTTAAGGTACCTTCCTCCAAAAACAAAGCTTCTAGACAGTTTATCCATTTTCGAGTTAAATTCTTGGTAAATACTAGAAAAAGTAATAACATCAAAAGTGTT
CTTTTTTCACTGACTTATGTATAGGAGCATTATATTTGTATGTATTTCTGTGTTTGAGAGCTGATAATAATTGGATACATGATAT



Intron 3 GTAATTTTGC ... CTCTAAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A160.61132218
A27593123
A386.0531819
A480.3952417
A5657224
A641.26422831
A735.48302310
A843.88554442
A945.45302921
A1041.9418188



>TRINITY_DN118064_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoform
AGGGAATTACAGCAAGCTGAACTTGCGGAGAAGGGAATTACGGCAAGGTGAACTTGTGCAGAAGGGAATACAGCAAAGGGGAAATTGCACAGAAGGGAATTATAGCAAGGTGAACTTGCGCAGAAGGGAATTACAGCAAGACATCATTTCTGATGAAATCATCAAGCCTGCATTTCAAGACCAACACTGGCAATGGAAGG
ATCGTCTTCGAGTGCTCCAGTATTTTATCGAGTGCACAACCAGGCCTCTTATACCATGTCTTCAGTTGAGGGTTTTAGTGGCCAGGTGAATTTATGCACCTGTATATGTTTTAAAATTTATATTCAAAGATTACATGGTCTCATGAAGTAACTGCAATGTGGCTTAATTACTTTCGTTGGACCAATCTCAATAATGAAAT
TGTGTAAATAGTGATTTGTACCATATTATGTGATTTGGAATGGCCCTATTATGCTGGCTAAAAAATATGAATAAAGGTTTTGGGGTATCAGGTTGTTATGTCTTAATTGTGTGCCATTTCATATATTTAATTGGAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAGCGCTTGGTGAAAGTGGATATCAAGTTCTTTACTTTTCACACTGCA
AAGGTTTCGGGATGAGTAGCTGTATGAAAGTACATTTCCAACAAACACAGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGATTGCAATCCGACGAGTCCTGGGTAATGTGTAAAGCATTGGTTGTGATATAAATCCTTTAGTGAAATTATTACTTTATGCAAAACATTGTCTACTTTGCCATTAAGGAGTA
ATTTTTAAGTTGATGCAGGCATGAGAGATTCAAAGACTCTATTTGTGTGATTTTTCTTGCTTTGGGGTGGATTTAATCTGATGTGAAAATTAAAATAACAATGTGAGATGCTTGAAATTGTTATGGTAAGCTCAGTGATTTTGATTTCACCTTCATTGGGTACAATTTGCAAGAGGGAGCGTTTATCAATAGGCAGTAAA
TATACAAGAGAGACTGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGGTTGCAATCTGATGAACCTTGGGCAAATGTGTAAAGCATTGATTAGCATTGGTTTGGGTATTTAAATGGTTTTAGTGAAAGTATTACTTTATGCAAAACATTGGTTTACTTTGCCAATAAGGAGTAACTAAGTTGTCTGTGACTT
CTGGGCATTAAAAAGTTTTTATAAAGATTATTTTTTCTGGTTTGATTTTTCACAGACTTTTTAATTTTAAATTTTCCAAGAAAAAATCTTATATTCAATATTTCAGAGTTCGAAATCAAAAGATACATTAAGCTGTCCTGGACGGGCTCAAAATCAGGAACAATTTCTGCATTGTCTGCAACAGAAATAGAACAAAGTCT
ACATAATTACAGTCTTCCTTTACTATCAGAAAGATACTAAAATCAACATAAAAAATGAACAACATACATATCCCTAATGAACTATAAGGACCTCCAAGGTTACAAACACATGGTCTGAAAGTCCTCTTCATCATGAACTGTTGGCAATGTGAATTAATACAAAGTTTTCTGAAGCTGAAAGGAGAGTGTTTTTGCCTCCT
CGATTCAGGTTCACTTAAGGTACCTTCCTCCAAAAATAAAGCTTCTAGACAGTTTATCCAATTTCAAGTTAAATTCTTGGTAAATACTAGAAAAAGTAATAACATCAAAAGTGTTCTTTTTTCACTGACTTATGTATAGGAGCATTATATTGGTATGTATTTCTGTCTTTGAGAGCTGATAATAATTGGATACATGATAT
AACTATATAGAGTCATTAAGATAATATCTTGTACTGTGCTTGCTTTGAAATGTAATATTGATAATAGCTTGTACTGTGCTTGCTTTGATTATTGTGGTATTCAGCTACATTGTCAATGTGTTCTAACTTCTGATAGTGAATATTAATAGTATGCTGGTGTCTAGACAATATCTTAGCATGTAAAATGTCTTTCGTATTGA
TGGATTTGTACCTTGGTTTAATACGAGAGTTATTCAGCTATATCTGTCAGTGTCATCTGGTAGTGAATCTCAGTACTATTTCTAGTGAATCTGAGCATGTAAAAGGTCTTTTGCAGTGATGGACTTGGGCCTTTGTATAAAACAAGGGTATTCAGCTACATTTGTCGGTGTGTTCTGATAGTGAATCTTAGTACTATGTA
TAGACAATAGTTTAGCATGTAAAGTCTTTTGGAGTGATGGAGTTGTTCCTTTGTTTAATCATGCTTAAGGTCCACTTTGAAGACTAGGTGATTTTCTAACCTTGATGATTTGAACAATGCTTTTACCTTATTTTCAGAAATTAGTATGCTCAAACTATATGCATCATGGGAGTGGATTATCTATTATGAATCGTATTTTA
TATTTTCAAAATTGAGTGAAACCCGTGTAAAGCGAATAACTGTGTTTGTAGATAGCAGCTGTCTTTGTTCCATTTGGGATTAATTAAACCTCTCAGAAGCTCAGATTTTGATTTGCTCAAGATACATAGTCTTCTCAGTTACTCATGTGATGAATTTGTAAGAACCATGGTTTACCATATTAGGTTCTAGAGTAAGAGTT
TTCCTCCAAGGGTGTCCTCCTTTATGATCATGATGCTGATCCTTGTAAGAGTTTTACTTCACATAATATAAATTTTCACAGTATGGCCACTCGGCACATACTGTATTATAATTTTTTATTACTATTTTCGTATAGTTGTGATTGCATTCTTCAACATGCCTAATATTTCAGCAAAGAGTAACATGTTTGGTCTTATTTTG
ATTGCAAAGGCATCATGTTATGGTTTGTGTGTGTAATTGGTCTCTACTTGATTGATGCAACAAGCATTTACTTTTGAGAAGAGGTTTTGTGTTTTGATGGTTGCACGATGCATCATTCAGCGGAGCTAAATATTGCAGCATATATAGTGCCCTTTATTGAGTTGCATGTGTGGAAGCCCTTGTGATTGCATTCTTCAACA
CGCCCTTGTGGTTGCATGTTTAGATTTAATCTGATTGCAAAGACTGGTATGGTTTATGTATGTGATTGGTCTTTGCATCGCATTGTGATTGATATATACATGTTTCTCTCTTATTGAAGAGTTATTTTTGTATCTTTTTTTTTGCATCCCTCAGCAGAGCTAAATATTGAAGCATATATAGTGACCTTATTTAGTTGTAT
ATTGGAATGCCTTTGTGATTGTATTCTTCAACATGTCTAATATTATAGAAAAATATATAATATGTTTGGATTTATTTTGATTAGTGACCTTATTTAGTTGCATATTGGGATGCCGTTGTGATTGTATTTTTCAACATGTCTAATATTATAGGAAAATATATAATATGTTAGGATTTATTTTGATTGCAAAGACATAGCAT
TATAGATTATGTATGTAATTGGTCTCTTCTTAGCATTGTAATTGATACAGAGAAGTATTTGGTTTTGAAGAGTTATTTTTGTATATTTATGATAGCATCTTTCAGCAGAGCTAAATATGAACTCATATGTTGAGCATTATTTAGTTGTATATTTGGATGCCCATGTGATTGGAAAATGTTTTTATATATCTGGTCATAAG
ATTGGTTAGAATTCTATTCAATTGACTAAATCATGACATTACTTTTTCTGCACATGGCGATCTGCAGTATTAATTCCAGCTGGTTTGAGAAGACATAGGCTTATGGTATTTATAGTGCTGCTGACAAAACTTCTGCAGATTTTGCTGTTTACCACAGCAAAAGGAATGGCGTTAGAGAGGTATACTCTTATGTTCCAATT
CCTTTTTGTTGCCTTATTTTTGTAAAATATTTTTTTCAGAAGATTGCGTTGAAATGTAAATAAGATAATAGAAACAGCTTGATATTAGGTTTTGCAATCTTAAGGTTGTTCTGTGTATATGGATGGTTAGAGAAACCCTTATTTGGCATCTGTTATGATCATCATTGGTGATGTTAAATTAATGGTGTAAATCTTGATAT
GGGT


>TRINITY_DN118064_c0_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:
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