sp|Q0J7U6|TPR2_ORYSJ ----> Protein TOPLESS-RELATED PROTEIN 2
Intron 1 GTGGTGAAAT ... TTGCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 75.38 | 41 | 111 | 140 |
| A2 | 66.82 | 36 | 59 | 86 |
| A3 | 66.67 | 46 | 91 | 93 |
| A4 | 72.24 | 39 | 83 | 120 |
| A5 | 69.47 | 20 | 43 | 48 |
| A6 | 78.22 | 11 | 41 | 38 |
| A7 | 75.6 | 46 | 134 | 151 |
| A8 | 72.59 | 27 | 71 | 72 |
| A9 | 70.59 | 40 | 83 | 109 |
| A10 | 72.71 | 61 | 149 | 176 |
>TRINITY_DN44372_c1_g6_i1 from sample A6 / Example spliced isoformATAGAATTGCTTATCGGTTAACTGATTCTGAACATGTGATGAAGCTATCCAGGGTTGGTCAGGTTGATGAGGTCGCGCAGATCACGCAACTAGGACCAACTCATACTCATACCATATACTCAGAAAATGATCTTCCTAAAATAATTGTGAGAAGCCTCAACCAGGGTTCAAAGGTTGTTAGCATGGATTTTCATCCTCAG
CAGCAGACAACTCTATTAGTTGGAACTAATGTTGGTGATATTGGACTTTGGGAAGTGGCATCAAGTGAAAAGTTAACTCATAAGTCATTCACAGATTGGGATTCCTCAAATCGCACAATGACCCTGGAGGCGGCTTTTTCAAAACAATCAGTTGTGTCAGTGAACCGGTGTATTTGGAGCCCAGATGGAGCATTTGTTGG
AGTGGCATTTTCTGAGCATATAGTTCACATCTATTCTTATAATGAGAATCGAGAGTTGAGACAACATCTTGAGATTGATGCACATATTGGTGGTGTCAATGACATTGCTTTTGTGCACCTTCAAAGAAAGCTCTATGTTATCACTTGTGGGGATGATAAGATCATCAAGGTATGGGATGCAGAAACAGGCCGCAAAAAGT
ACACATTTGAAGGTCATGAAGCACCTGTCTATTCTGTTTGTCCTCACCATAAAGAAAATGTCCCGTTCGTTTTCTCTGTAGATGTTCGCGGAAAGATTAAAGCCTGGTTGTATGATTCTCCAGTATGTCAAGTTGATTATGATGCTCCTGGGCATGGGTGCACTGCAATGGCTTATAGTGTCGATGGATCACGGCTTTTC
ACATGTAGTACAAACAAAGAAGGAGAAATATACTTAGTTGAGTGGAATGAAAATGATGGAGCAATCAAGCGAATGTATTCTGGATTTGAAAAGCAGTCCTCAGAGGAGGCTCGACCTTGTCTCTGTTTCAATAAAAGGGATTCTCTGCTGGCTGTTACAACACGTGACAATGGGATCAAGATCTTAGCTAATGCAGATGG
AGTTAAGCTTCTCCTTATGCCAGAAAATAGAAGGCTGAGGCCAGAGTCAAAGGCTCCACTTTCAAACCTAGTTAATCCAGCAAATACAATTGCCTCTGTTCCTGGGAGGCTACTAGTTGATCCTTCAGACTGGACGTATGGTGACGTAACAGGTCGTCCAGATCTTTTTTGGTCGATGAGATTAATAGATCCACTGCCAA
AAGGAAAGATTGTTAGCTTACTTTACACATCTTCAGGTTCTGTTCTCTTAGCTTTGCACAGTAATGCTGTGCATACGCGATGGATCTGTGCACAAAATGATCGGAATCCATCTGTAAAGGCTACTACAATTGCTCCACCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAA
GTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTGGTGGGGAAGTGGC
>TRINITY_DN44372_c1_g6_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:CGGCTTTTTCAAAACAATCAGTTGTGTCAGTGAACCGGTGTATTTGGAGCCCAGATGGAGCATTTGTTGGAGTGGCATTTTCTGAGCATATAGTTCACATCTATTCTTATAATGAGAATCGAGAGTTGAGACAACATCTTGAGATTGATGCACATATTGGTGGTGTCAATGACATTGCTTTTGTGCACCTTCAAAGAAAG
CTCTATGTTATCACTTGTGGGGATGATAAGATCATCAAGGTATGGGATGCAGAAACAGGCCGCAAAAAGTACACATTTGAAGGTCATGAAGCACCTGTCTATTCTGTTTGTCCTCACCATAAAGAAAATGTCCCGTTCGTTTTCTCTGTAGATGTTCGCGGAAAGATTAAAGCCTGGTTGTATGATTCTCCAGTATGTCA
AGTTGATTATGATGCTCCTGGGCATGGGTGCACTGCAATGGCTTATAGTGTCGATGGATCACGGCTTTTCACATGTAGTACAAACAAAGAAGGAGAAATATACTTAGTTGAGTGGAATGAAAATGATGGAGCAATCAAGCGAATGTATTCTGGATTTGAAAAGCAGTCCTCAGAGGAGgtggtgaaatttgtgacatcaa
aaaataggtttctagcagctggagatgaatgtcaaattaagttttgggacatggataatgtcaatatgttgacaacaactgatgttgagggttgcttgcagGCTCGACCTTGTCTCTGTTTCAATAAAAGGGATTCTCTGCTGGCTGTTACAACACGTGACAATGGGATCAAGATCTTAGCTAATGCAGATGGAGTTAAG
CTTCTCCTTATGCCAGAAAATAGAAGGCTGAGGCCAGAGTCAAAGGCTCCACTTTCAAACCTAGTTAATCCAGCAAATACAATTGCCTCTGTTCCTGGGAGGCTACTAGTTGATCCTTCAGACTGGACGTATGGTGACGTAACAGGTCGTCCAGATCTTTTTTGGTCGATGAGATTAATAGATCCACTGCCAAAAGGAAA
GATTGTTAGCTTACTTTACACATCTTCAGGTTCTGTTCTCTTAGCTTTGCACAGTAATGCTGTGCATACGCGATGGATCTGTGCACAAAATGATCGGAATCCATCTGTAAAGGCTACTACAATTGCTCCACCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTC
CTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTGGTGGGGAAGTGGC
Intron 2 GTGTAAATAT ... ATGTGTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.21 | 146 | 23 | 42 |
| A2 | 18.68 | 74 | 17 | 17 |
| A3 | 24.04 | 79 | 25 | 25 |
| A4 | 18.45 | 84 | 21 | 17 |
| A5 | 22.76 | 56 | 14 | 19 |
| A6 | 23.4 | 18 | 8 | 3 |
| A7 | 23.9 | 78 | 28 | 21 |
| A8 | 25 | 39 | 8 | 18 |
| A9 | 15.49 | 60 | 17 | 5 |
| A10 | 19.59 | 78 | 21 | 17 |
>TRINITY_DN44372_c1_g6_i1 from sample A6 / Example spliced isoformATAGAATTGCTTATCGGTTAACTGATTCTGAACATGTGATGAAGCTATCCAGGGTTGGTCAGGTTGATGAGGTCGCGCAGATCACGCAACTAGGACCAACTCATACTCATACCATATACTCAGAAAATGATCTTCCTAAAATAATTGTGAGAAGCCTCAACCAGGGTTCAAAGGTTGTTAGCATGGATTTTCATCCTCAG
CAGCAGACAACTCTATTAGTTGGAACTAATGTTGGTGATATTGGACTTTGGGAAGTGGCATCAAGTGAAAAGTTAACTCATAAGTCATTCACAGATTGGGATTCCTCAAATCGCACAATGACCCTGGAGGCGGCTTTTTCAAAACAATCAGTTGTGTCAGTGAACCGGTGTATTTGGAGCCCAGATGGAGCATTTGTTGG
AGTGGCATTTTCTGAGCATATAGTTCACATCTATTCTTATAATGAGAATCGAGAGTTGAGACAACATCTTGAGATTGATGCACATATTGGTGGTGTCAATGACATTGCTTTTGTGCACCTTCAAAGAAAGCTCTATGTTATCACTTGTGGGGATGATAAGATCATCAAGGTATGGGATGCAGAAACAGGCCGCAAAAAGT
ACACATTTGAAGGTCATGAAGCACCTGTCTATTCTGTTTGTCCTCACCATAAAGAAAATGTCCCGTTCGTTTTCTCTGTAGATGTTCGCGGAAAGATTAAAGCCTGGTTGTATGATTCTCCAGTATGTCAAGTTGATTATGATGCTCCTGGGCATGGGTGCACTGCAATGGCTTATAGTGTCGATGGATCACGGCTTTTC
ACATGTAGTACAAACAAAGAAGGAGAAATATACTTAGTTGAGTGGAATGAAAATGATGGAGCAATCAAGCGAATGTATTCTGGATTTGAAAAGCAGTCCTCAGAGGAGGCTCGACCTTGTCTCTGTTTCAATAAAAGGGATTCTCTGCTGGCTGTTACAACACGTGACAATGGGATCAAGATCTTAGCTAATGCAGATGG
AGTTAAGCTTCTCCTTATGCCAGAAAATAGAAGGCTGAGGCCAGAGTCAAAGGCTCCACTTTCAAACCTAGTTAATCCAGCAAATACAATTGCCTCTGTTCCTGGGAGGCTACTAGTTGATCCTTCAGACTGGACGTATGGTGACGTAACAGGTCGTCCAGATCTTTTTTGGTCGATGAGATTAATAGATCCACTGCCAA
AAGGAAAGATTGTTAGCTTACTTTACACATCTTCAGGTTCTGTTCTCTTAGCTTTGCACAGTAATGCTGTGCATACGCGATGGATCTGTGCACAAAATGATCGGAATCCATCTGTAAAGGCTACTACAATTGCTCCACCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAA
GTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTGGTGGGGAAGTGGC
>TRINITY_DN44372_c1_g6_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:ATAGAATTGCTTATCGGTTAACTGATTCTGAACATGTGATGAAGCTATCCAGGGTTGGTCAGGTTGATGAGGTCACGCAGATCACTCAACTAGGACCAACTCATACTCATACCATATACTCAGAAAATGATCTTCCTAAAATAATTGTGAGAAGCCTCAACCAGGGTTCAAAGGTTGTTAGCATGGATTTTCATCCTCAG
CAGCAGACAACTCTATTAGTTGGAACTAATGTTGGTGATATTGGACTTTGGGAAGTGGCATCAAGTGAAAAGTTAACTCATAAGTCATTCACAGATTGGGATTCCTCAAATCGCACAATGACCCTGGAGgtgtaaatatcacattttgtttcagtattaagttatttgggtgaagagacatattttgaattttcacattt
tgtttcggtcttaagtgatttgggtgaagagacatcttttatactttattgttcacaacacagatgctttcctataagctgattcttagcagcaaagtgtctttgatgactcaaacacatttcttgttatatgtgtttagGCGGCTTTTTCAAAACAATCAGTTGTGTCAGTGAACCGGTGTATTTGGAGCCCAGATGGA
GCATTTGTTGGAGTGGCATTTTCTGAGCATATAGTTCACATCTATTCTTATAATGAGAATCGAGAGTTGAGACAACATCTTGAGATTGATGCACATATTGGTGGTGTCAATGACATTGCTTTTGTGCACCTTCAAAGAAAGCTCTATGTTATCACTTGTGGGGATGATAAGATCATCAAGGTATGGGATGCAGAAACAGG
CCGCAAAAAGTACACATTTGAAGGTCATGAAGCACCTGTCTATTCTGTTTGTCCTCACCATAAAGAAAATGTCCCGTTCGTTTTCTCTGTAGATGTTCGCGGAAAGATTAAAGCCTGGTTGTATGATTCTCCAGTATGTCAAGTTGATTATGATGCTCCTGGGCATGGGTGCACTGCAATGGCTTATAGTGTCGATGGAT
CACGGCTTTTCACATGTAGTACAAACAAAGAAGGAGAAATATACTTAGTTGAGTGGAATGAAAATGATGGAGCAATCAAGCGAATGTATTCTGGATTTGAAAAGCAGTCCTCAGAGGAGGCTCGACCTTGTCTCTGTTTCAATAAAAGGGATTCTCTGCTGGCTGTTACAACACGTGACAATGGGATCAAGATCTTAGCT
AATGCAGATGGAGTTAAGCTTCTCCTTATGCCAGAAAATAGAAGGCTGAGGCCAGAGTCAAAGGCTCCACTTTCAAACCTAGTTAATCCAGCAAATACAATTGCCTCTGTTCCTGGGAGGCTACTAGTTGATCCTTCAGACTGGACGTATGGTGACGTAACAGGTCGTCCAGATCTTTTTTGGTCGATGAGATTAATAGA
TCCACTGCCAAAAGGAAAGATTGTTAGCTTACTTTACACATCTTCAGGTTCTGTTCTCTTAGCTTTGCACAGTAATGCTGTGCATACGCGATGGATCTGTGCACAAAATGATCGGAATCCATCTGTAAAGGCTACTACAATTGCTCCACCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAG
ACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTGGTGGGGAAGTGGC
Intron 3 GTGAGCCAGT ... TGTCAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.57 | 70 | 28 | 10 |
| A2 | 14.29 | 48 | 8 | 5 |
| A3 | 16.67 | 80 | 16 | 16.5 |
| A4 | 14.42 | 89 | 15 | 14.5 |
| A5 | 15.69 | 43 | 8 | 8.5 |
| A6 | 26.42 | 39 | 14 | 5 |
| A7 | 27.75 | 125 | 48 | 17 |
| A8 | 30.85 | 65 | 29 | 6 |
| A9 | 21.7 | 83 | 23 | 24.5 |
| A10 | 20 | 148 | 37 | 19 |
>TRINITY_DN44435_c2_g3_i1 from sample A7 / Example spliced isoformCACTTGTGGGGATGATAAGATCATCAAGGTATGGGATGCAGAAACAGGCCGCAAAAAGTACACATTTGAAGGTCATGAAGCACCTGTCTATTCTGTTTGTCCTCACCATAAAGAAAATGTCCCGTTCGTTTTCTCTGTAGATGTTCGCGGAAAGATTAAAGCCTGGTTGTATGATTCTCCAGTATGTCAAGTTGATTATG
ATGCTCCTGGGCATGGGTGCACTGCAATGGCTTATAGTGTCGATGGCTCACGGCTTTTCACATGTAGTACAAACAAAGAAGGAGAAATATACTTAGTTGAGTGGAATGAAAATGATGGAGCAATCAAGCGAATGTATTCTGGATTTGAAAAGCAGTCCTCAGAGGAGGTGGTGAAATTTGTGACATCAAAAAATAGGTTT
CTAGCAGCTGGAGATGAATGTCAAATTAAGTTTTGGGACATGGATAATGTCAATATGTTGACAACAACTGATGTTGAGGGTTGCTTGCAGGCTCGACCTTGTCTCTGTTTCAATAAAAGGGATTCTCTGCTGGCTGTTACAACACGTGACAATGGGATCAAGATCTTAGCTAATGCAGATGGAGTTAAGCTTCTCCATAT
GCCAGAAAATAGAAGGCTGAGACCAGAGTCAAAGGCTCCACTTTCAAACCTAGTCAATCCAGCAAATACAATTGCCTCTGTTCCTGGGAGGCTCCTAGTTGATCCTTCAGACTGGACGTATGGTGACGTAACAGGTCGTCCAGATCTTTTTTGGTCGATGAGATTAATAGATCCACTGCCAAAAGGAAAGATTGTTAGCT
TACTTTACACATCTTCAGGTTCTGTTCTCTTAGCTTTGCACAGTAATGCTGTGCATACGCGATGGATCTGTGCACAAAATGATCGGAATCCATCTGTAAAGGCTACTACAATTGCTCCACCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCT
TTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTTGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCCCCTTGGCAACAT
>TRINITY_DN44435_c2_g3_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:CACTTGTGGGGATGATAAGATCATCAAGGTATGGGATGCAGAAACAGGCCGCAAAAAGTACACATTTGAAGGTCATGAAGCACCTGTCTATTCTGTTTGTCCTCACCATAAAGAAAATGTCCCGTTCGTTTTCTCTGTAGATGTTCGCGGAAAGATTAAAGCCTGGTTGTATGATTCTCCAGTATGTCAAGTTGATTATG
ATGCTCCTGGGCATGGGTGCACTGCAATGGCTTATAGTGTCGATGGATCACGGCTTTTCACATGTAGTACAAACAAAGAAGGAGAAATATACTTAGTTGAGTGGAATGAAAATGATGGAGCAATCAAGCGAATGTATTCTGGATTTGAAAAGCAGTCCTCAGAGGAGGTGGTGAAATTTGTGACATCAAAAAATAGGTTT
CTAGCAGCTGGAGATGAATGTCAAATTAAGTTTTGGGACATGGATAATGTCAATATGTTGACAACAACTGATGTTGAGGGTTGCTTGCAGGCTCGACCTTGTCTCTGTTTCAATAAAAGGGATTCTCTGCTGGCTGTTACAACACGTGACAATGGGATCAAGATCTTAGCTAATGCAGATGGAGTTAAGCTTCTCCATAT
GCCAGAAAATAGAAGGCTGAGGCCAGAGTCAAAGGCTCCACTTTCAAACCTAGTTAATCCAGCAAATACAATTGCCTCTGTTCCTGGGgtgagccagtttgttcgaagacttactatgtttggttcttctgtaatatttttacattacttagttaattagcttgtaaaatagatcttattaatggataaaattgaagtaa
tatatatttaattatatctctataattgtcgtgatccacatatcacttttaccactttgatggtgcatgtcaaacagAGGCTCCTAGTTGATCCTTCAGACTGGACGTATGGTGACGTAACAGGTCGTCCAGATCTTTTTTGGTCGATGAGATTAATAGATCCACTGCCAAAAGGAAAGATTGTTAGCTTACTTTACACA
TCTTCAGGTTCTGTTCTCTTAGCTTTGCACAGTAATGCTGTGCATACGCGATGGATCTGTGCACAAAATGATCGGAATCCATCTGTAAAGGCTACTACAATTGCTCCACCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAA
TGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTTGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCCCCTTGGCAACAT
Intron 4 GTGTGTCGTG ... TATTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.84 | 67 | 8 | 10 |
| A2 | 12.82 | 34 | 6 | 4 |
| A3 | 14.71 | 58 | 6 | 14 |
| A4 | 9.09 | 70 | 7 | 7 |
| A5 | 6.33 | 37 | 0 | 5 |
| A6 | 15.45 | 52 | 0 | 19 |
| A7 | 10.97 | 138 | 15 | 19 |
| A8 | 8.57 | 80 | 6 | 9 |
| A9 | 7.44 | 112 | 8 | 10 |
| A10 | 9.77 | 120 | 4 | 22 |
>TRINITY_DN44435_c2_g3_i4 from sample A7 / Example spliced isoformCACTTGTGGGGATGATAAGATCATCAAGGTATGGGATGCAGAAACAGGCCGCAAAAAGTACACATTTGAAGGTCATGAAGCACCTGTCTATTCTGTTTGTCCTCACCATAAAGAAAATGTCCCGTTCGTTTTCTCTGTAGATGTTCGCGGAAAGATTAAAGCCTGGTTGTATGATTCTCCAGTATGTCAAGTTGATTATG
ATGCTCCTGGGCATGGGTGCACTGCAATGGCTTATAGTGTCGATGGATCACGGCTTTTCACATGTAGTACAAACAAAGAAGGAGAAATATACTTAGTTGAGTGGAATGAAAATGATGGAGCAATCAAGCGAATGTATTCTGGATTTGAAAAGCAGTCCTCAGAGGAGGTGGTGAAATTTGTGACATCAAAAAATAGGTTT
CTAGCAGCTGGAGATGAATGTCAAATTAAGTTTTGGGACATGGATAATGTCAATATGTTGACAACAACTGATGTTGAGGGTTGCTTGCAGGCTCGACCTTGTCTCTGTTTCAATAAAAGGGATTCTCTGCTGGCTGTTACAACACGTGACAATGGGATCAAGATCTTAGCTAATGCAGATGGAGTTAAGCTTCTCCATAT
GCCAGAAAATAGAAGGCTGAGGCCAGAGTCAAAGGCTCCACTTTCAAACCTAGTTAATCCAGCAAATACAATTGCCTCTGTTCCTGGGGTGAGCCAGTTTGTTCGAAGACTTACTATGTTTGGTTCTTCTGTAATATTTTTACATTACTTAGTTAATTAGCTTGTAAAATAGATCTTATTAATGGATAAAATTGAAGTAA
TATATATTTAATTATATCTCTATAATTGTCGTGATCCACATATCACTTTTACCACTTTGATGGTGCATGTCAAACAGAGGCTCCTAGTTGATCCTTCAGACTGGACGTATGGTGACGTAACAGGTCGTCCAGATCTTTTTTGGTCGATGAGATTAATAGATCCACTGCCAAAAGGAAAGATTGTTAGCTTACTTTACACA
TCTTCAGGTTCTGTTCTCTTAGCTTTGCACAGTAATGCTGTGCATACGCGATGGATCTGTGCACAAAATGATCGGAATCCATCTGTAAAGGCTACTACAATTGCTCCACCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAA
TGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTTGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCCCCTTGGCAACAT
>TRINITY_DN44435_c2_g3_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:CACTTGTGGGGATGATAAGATCATCAAGGTATGGGATGCAGAAACAGGCCGCAAAAAGTACACATTTGAAGGTCATGAAGCACCTGTCTATTCTGTTTGTCCTCACCATAAAGAAAATGTCCCGTTCGTTTTCTCTGTAGATGTTCGCGGAAAGATTAAAGCCTGGTTGTATGATTCTCCAGTATGTCAAGTTGATTATG
ATGCTCCTGGGCATGGGTGCACTGCAATGGCTTATAGTGTCGATGGATCACGGCTTTTCACATGTAGTACAAACAAAGAAGGAGAAATATACTTAGTTGAGTGGAATGAAAATGATGGAGCAATCAAGCGAATGTATTCTGGATTTGAAAAGCAGTCCTCAGAGGAGGTGGTGAAATTTGTGACATCAAAAAATAGGTTT
CTAGCAGCTGGAGATGAATGTCAAATTAAGTTTTGGGACATGGATAATGTCAATATGTTGACAACAACTGATGTTGAGGGTTGCTTGCAGGCTCGACCTTGTCTCTGTTTCAATAAAAGGGATTCTCTGCTGGCTGTTACAACACGTGACAATGGGATCAAGATCTTAGCTAATGCAGATGGAGTTAAGCTTCTCCATAT
GCCAGAAAATAGAAGGCTGAGGCCAGAGTCAAAGGCTCCACTTTCAAACCTAGTTAATCCAGCAAATACAATTGCCTCTGTTCCTGGGGTGAGCCAGTTTGTTCGAAGACTTACTATGTTTGGTTCTTCTGTAATATTTTTACATTACTTAGTTAATTAGCTTGTAAAATAGATCTTATTAATGGATAAAATTGAAGTAA
TATATATTTAATTATATCTCTATAATTGTCGTGATCCACATATCACTTTTACCACTTTGATGGTGCATGTCAAACAGAGGCTCCTAGTTGATCCTTCAGACTGGACGTATGGTGACGTAACAGGTCGTCCAGATCTTTTTTGGTCGATGAGATTAATAGATCCACTGCCAAAAGGAAAGGCAAGTTCTTATATATATATA
GTATAAGTACAAATTGAATGGGTTTTATAGTTAAGAATATATATTTTCTCCTCTAAAATTCAAATCCTAAAGGGATAAAATTTGATTATTATTATTATTTGTTATTATATTAAAACTATTCAATCATGTTTTCATGTTCCCTCACACTATAAAATCTCCTACTAAGACAACTGTACCTTTTTTGGGTGAATTCTACAGAT
TGTTAGCTTACTTTACACATCTTCAGGTTCTGTTCTCTTAGCTTTGCACAGTAATGCTGTGCATACGCGATGGATCTGTGCACAAAATGATCGGAATCCATCTGTAAAGgtgtgtcgtggtcggaatcgatctgtagagttgtgtctttcaaatgtagtgtaacttccagcttcagttgcagtagttgaatgtcattttt
cccgtccatttaagttgaataatatttgcaacttattttgcagGCTACTACAATTGCTCCACCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTTGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCC
CCTTGGCAACAT
Intron 5 GCAAGTTCTT ... AATTCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 6.37 | 73.5 | 6 | 4 |
| A2 | 8.8 | 57 | 2 | 9 |
| A3 | 5.47 | 95 | 4 | 7 |
| A4 | 2.84 | 102.5 | 3 | 3 |
| A5 | 1.58 | 62.5 | 2 | 0 |
| A6 | 2.15 | 45.5 | 1 | 1 |
| A7 | 4 | 192 | 6 | 10 |
| A8 | 3.54 | 95.5 | 1 | 6 |
| A9 | 5.94 | 158.5 | 14 | 6 |
| A10 | 2.95 | 181 | 4 | 7 |
>TRINITY_DN44435_c2_g3_i4 from sample A7 / Example spliced isoformCACTTGTGGGGATGATAAGATCATCAAGGTATGGGATGCAGAAACAGGCCGCAAAAAGTACACATTTGAAGGTCATGAAGCACCTGTCTATTCTGTTTGTCCTCACCATAAAGAAAATGTCCCGTTCGTTTTCTCTGTAGATGTTCGCGGAAAGATTAAAGCCTGGTTGTATGATTCTCCAGTATGTCAAGTTGATTATG
ATGCTCCTGGGCATGGGTGCACTGCAATGGCTTATAGTGTCGATGGATCACGGCTTTTCACATGTAGTACAAACAAAGAAGGAGAAATATACTTAGTTGAGTGGAATGAAAATGATGGAGCAATCAAGCGAATGTATTCTGGATTTGAAAAGCAGTCCTCAGAGGAGGTGGTGAAATTTGTGACATCAAAAAATAGGTTT
CTAGCAGCTGGAGATGAATGTCAAATTAAGTTTTGGGACATGGATAATGTCAATATGTTGACAACAACTGATGTTGAGGGTTGCTTGCAGGCTCGACCTTGTCTCTGTTTCAATAAAAGGGATTCTCTGCTGGCTGTTACAACACGTGACAATGGGATCAAGATCTTAGCTAATGCAGATGGAGTTAAGCTTCTCCATAT
GCCAGAAAATAGAAGGCTGAGGCCAGAGTCAAAGGCTCCACTTTCAAACCTAGTTAATCCAGCAAATACAATTGCCTCTGTTCCTGGGGTGAGCCAGTTTGTTCGAAGACTTACTATGTTTGGTTCTTCTGTAATATTTTTACATTACTTAGTTAATTAGCTTGTAAAATAGATCTTATTAATGGATAAAATTGAAGTAA
TATATATTTAATTATATCTCTATAATTGTCGTGATCCACATATCACTTTTACCACTTTGATGGTGCATGTCAAACAGAGGCTCCTAGTTGATCCTTCAGACTGGACGTATGGTGACGTAACAGGTCGTCCAGATCTTTTTTGGTCGATGAGATTAATAGATCCACTGCCAAAAGGAAAGATTGTTAGCTTACTTTACACA
TCTTCAGGTTCTGTTCTCTTAGCTTTGCACAGTAATGCTGTGCATACGCGATGGATCTGTGCACAAAATGATCGGAATCCATCTGTAAAGGCTACTACAATTGCTCCACCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAA
TGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTTGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCCCCTTGGCAACAT
>TRINITY_DN44435_c2_g3_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:CACTTGTGGGGATGATAAGATCATCAAGGTATGGGATGCAGAAACAGGCCGCAAAAAGTACACATTTGAAGGTCATGAAGCACCTGTCTATTCTGTTTGTCCTCACCATAAAGAAAATGTCCCGTTCGTTTTCTCTGTAGATGTTCGCGGAAAGATTAAAGCCTGGTTGTATGATTCTCCAGTATGTCAAGTTGATTATG
ATGCTCCTGGGCATGGGTGCACTGCAATGGCTTATAGTGTCGATGGATCACGGCTTTTCACATGTAGTACAAACAAAGAAGGAGAAATATACTTAGTTGAGTGGAATGAAAATGATGGAGCAATCAAGCGAATGTATTCTGGATTTGAAAAGCAGTCCTCAGAGGAGGTGGTGAAATTTGTGACATCAAAAAATAGGTTT
CTAGCAGCTGGAGATGAATGTCAAATTAAGTTTTGGGACATGGATAATGTCAATATGTTGACAACAACTGATGTTGAGGGTTGCTTGCAGGCTCGACCTTGTCTCTGTTTCAATAAAAGGGATTCTCTGCTGGCTGTTACAACACGTGACAATGGGATCAAGATCTTAGCTAATGCAGATGGAGTTAAGCTTCTCCATAT
GCCAGAAAATAGAAGGCTGAGGCCAGAGTCAAAGGCTCCACTTTCAAACCTAGTTAATCCAGCAAATACAATTGCCTCTGTTCCTGGGGTGAGCCAGTTTGTTCGAAGACTTACTATGTTTGGTTCTTCTGTAATATTTTTACATTACTTAGTTAATTAGCTTGTAAAATAGATCTTATTAATGGATAAAATTGAAGTAA
TATATATTTAATTATATCTCTATAATTGTCGTGATCCACATATCACTTTTACCACTTTGATGGTGCATGTCAAACAGAGGCTCCTAGTTGATCCTTCAGACTGGACGTATGGTGACGTAACAGGTCGTCCAGATCTTTTTTGGTCGATGAGATTAATAGATCCACTGCCAAAAGGAAAGgcaagttcttatatatatata
gtataagtacaaattgaatgggttttatagttaagaatatatattttctcctctaaaattcaaatcctaaagggataaaatttgattattattattatttgttattatattaaaactattcaatcatgttttcatgttccctcacactataaaatctcctactaagacaactgtaccttttttgggtgaattctacagAT
TGTTAGCTTACTTTACACATCTTCAGGTTCTGTTCTCTTAGCTTTGCACAGTAATGCTGTGCATACGCGATGGATCTGTGCACAAAATGATCGGAATCCATCTGTAAAGGTGTGTCGTGGTCGGAATCGATCTGTAGAGTTGTGTCTTTCAAATGTAGTGTAACTTCCAGCTTCAGTTGCAGTAGTTGAATGTCATTTTT
CCCGTCCATTTAAGTTGAATAATATTTGCAACTTATTTTGCAGGCTACTACAATTGCTCCACCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAATGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTTGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCC
CCTTGGCAACAT
Intron 6 GTAACAAAGG ... TGAAACGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.51 | 82 | 36 | 4 |
| A2 | 40 | 45 | 30 | 1 |
| A3 | 29.9 | 68 | 29 | 0 |
| A4 | 38.93 | 80 | 51 | 7 |
| A5 | 27.87 | 44 | 17 | 9 |
| A6 | 30.91 | 38 | 17 | 0 |
| A7 | 30.94 | 154 | 69 | 0 |
| A8 | 30.3 | 69 | 30 | 3 |
| A9 | 30.77 | 90 | 40 | 2 |
| A10 | 32.31 | 132 | 63 | 0 |
>TRINITY_DN44435_c2_g3_i4 from sample A7 / Example spliced isoformCACTTGTGGGGATGATAAGATCATCAAGGTATGGGATGCAGAAACAGGCCGCAAAAAGTACACATTTGAAGGTCATGAAGCACCTGTCTATTCTGTTTGTCCTCACCATAAAGAAAATGTCCCGTTCGTTTTCTCTGTAGATGTTCGCGGAAAGATTAAAGCCTGGTTGTATGATTCTCCAGTATGTCAAGTTGATTATG
ATGCTCCTGGGCATGGGTGCACTGCAATGGCTTATAGTGTCGATGGATCACGGCTTTTCACATGTAGTACAAACAAAGAAGGAGAAATATACTTAGTTGAGTGGAATGAAAATGATGGAGCAATCAAGCGAATGTATTCTGGATTTGAAAAGCAGTCCTCAGAGGAGGTGGTGAAATTTGTGACATCAAAAAATAGGTTT
CTAGCAGCTGGAGATGAATGTCAAATTAAGTTTTGGGACATGGATAATGTCAATATGTTGACAACAACTGATGTTGAGGGTTGCTTGCAGGCTCGACCTTGTCTCTGTTTCAATAAAAGGGATTCTCTGCTGGCTGTTACAACACGTGACAATGGGATCAAGATCTTAGCTAATGCAGATGGAGTTAAGCTTCTCCATAT
GCCAGAAAATAGAAGGCTGAGGCCAGAGTCAAAGGCTCCACTTTCAAACCTAGTTAATCCAGCAAATACAATTGCCTCTGTTCCTGGGGTGAGCCAGTTTGTTCGAAGACTTACTATGTTTGGTTCTTCTGTAATATTTTTACATTACTTAGTTAATTAGCTTGTAAAATAGATCTTATTAATGGATAAAATTGAAGTAA
TATATATTTAATTATATCTCTATAATTGTCGTGATCCACATATCACTTTTACCACTTTGATGGTGCATGTCAAACAGAGGCTCCTAGTTGATCCTTCAGACTGGACGTATGGTGACGTAACAGGTCGTCCAGATCTTTTTTGGTCGATGAGATTAATAGATCCACTGCCAAAAGGAAAGATTGTTAGCTTACTTTACACA
TCTTCAGGTTCTGTTCTCTTAGCTTTGCACAGTAATGCTGTGCATACGCGATGGATCTGTGCACAAAATGATCGGAATCCATCTGTAAAGGCTACTACAATTGCTCCACCAAAGTTTTGGCAGTCACGTACCTTTATGATAAATGACAGAAGTGACAGAGACCTAGAAGAAGTTGTTCCTTGCATGGCTTTGTCAAATAA
TGATTCATATGTATTGTCTGCTTCTTGTGGGGAAGTGGCTTTGTTCCCCTTGGCAACAT
>TRINITY_DN44435_c2_g3_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTTTTCACATGTAGTACAAACAAAGAAGGAGAAATATACTTAGTTGAGTGGAATGAAAATGATGGAGCAATCAAGCGAATGTATTCTGGATTTGAAAAGCAGTCCTCAGAGGAGGTGGTGAAATTTGTGACATCAAAAAATAGGTTTCTAGCAGCTGGAGATGAATGTCAAATTAAGTTTTGGGACATGGATAATGTCAA
TATGTTGACAACAACTGATGTTGAGGGTTGCTTGCAGGCTCGACCTTGTCTCTGTTTCAATAAAAGGGATTCTCTGCTGGCTGTTACAACACGTGACAATGGGATCAAGATCTTAGCTAATGCAGATGGAGTTAAGCTTCTCCATATGCCAGAAAATAGAAGGCTGAGGCCAGAGTCAAAGgtaacaaaggcagtaagac
gctaaattgcacattcactttgcatatgtccaaattcatggccaaaaattaattgtggcatctctgaaacgcagGCTCCACTTTCAAACCTAGTCAATCCAGCAAATACAATTGCCTCTGTTCCTGGGGTGAGCCAGTTTGTTCGAAGATTTACTATGTTTGGTTCTTCTGCG