sp|Q9FGR0|CPSF1_ARATH ----> Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
Intron 1 GTGAGTGGAG ... TTCATCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68.53 | 31 | 61 | 74 |
| A2 | 84.16 | 8 | 38 | 47 |
| A3 | 59.69 | 26 | 34 | 43 |
| A4 | 76.39 | 17 | 52 | 58 |
| A5 | 62.5 | 12 | 17 | 23 |
| A6 | 68.42 | 3 | 8 | 5 |
| A7 | 70.83 | 7 | 22 | 12 |
| A8 | 80.65 | 3 | 13 | 12 |
| A9 | 61.29 | 12 | 16 | 22 |
| A10 | 67.21 | 10 | 18 | 23 |
>TRINITY_DN42259_c1_g2_i1 from sample A9 / Example spliced isoformATAGAACCTGTGATGGTCATACTTCATGAGAGGGAGCCTACATGGGCAGGGCGCCTAGCCTGGAAGCATCACACATGCACAATTTCAGCACTTAGCATCAGCATGACTTTAAAGCAGCATCCTCTTATTTGGTCTGCTCCTAACCTTCCACATGATGCCTATAAGCTTCTTGCAGTGCCTTCTCCAATTGGCGGTGTGCT
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TTTCTTTGGTTTATGATGGGAGGACTGTTCAGAGATTGGAACTCTCAAAATCCAAGGCCTCTAGCTTAGCATCATGCATATGCACGGTTGGAGATGCATTCTTTTTTCTCGGTAGTCGCTTGGGCGACAGCCTATTGGTTCAGTTCAGCTGTGGGCTGGCATCATCTTCTTCAATTTCAAGATCAGTAAAAGATGAGGTT
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TAAACTATGACAACTACTGGCCAGTTAAGAAGATTCCTTTGAGAGGAACACCTCATCAGATAACATATTTTGCAGAGAAGAATCTTTATGCCTTAATAGTTTCATTCCCTGTTTCCAAACCAGTGAGTCAGGTACTACCTTCACTGGTTGATCAGGATAATAATCATCTGACAGAGGCAGATAATATTGTTTCTGAAGAT
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GGAGGATGTTGCTGCAAGAGGTCGAATTATCCTTGCATCCATTCAGCAGGATCCAAATAATTCTGATAACTGGGTAACTGAGGTGTATTCGAAAGAACTTAAGGGGGCAATTTCGTCTTTAGCATCCCTTCAGGGTCATCTCCTGATAGCAGCCGGTTCTAAAATTATCCTGCACCAGTGGAATGGTGAAGAATTGAATG
GTTTTGCATTTTATGATGCACCTCATTATGTTGTTAGTGTGAATATTGTGAAAAAGTTTATTTTATTTGGTGATGTTCATAAAAGTATATACTTCTTAAATTGGAAAGAAGAAGGGGCACAGTTGAGTTTGTTAGCAAAGGATTTTGGTTCACTTAATTGCTATGCTACGGAGTTCCTAATTGATGGAACTACTCTGAGC
CTTGTTGTTTCAGATGATAACAAAAACATTCAGATTTTCTATTATGCACCCAAAAGCGTGGAAAGTTGGAAAGGACAGAAGCTTCTTCCTAGGGCTGAGTTTCATGTGGGTGCACATGTATCAAAGTTTTTACGCTTACAGATGCTTCCTACATCACTTTCTGATCGAACCAATCGATATGCTCTTCTATGCGGCACACT
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GAAATCAGTGCAATTTTCTTAGTTTTGTCTTATTGAATTCTACATAAATTGGCATTAAAA
>TRINITY_DN42259_c1_g2_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:ATAGAACCTGTGATGGTCATACTTCATGAGAGGGAGCCTACATGGGCAGGGCGCCTAGCCTGGAAGCATCACACATGCACAATTTCAGCACTTAGCATCAGCATGACTTTAAAGCAGCATCCTCTTATTTGGTCTGCTCCTAACCTTCCACATGATGCCTATAAGCTTCTTGCAGTGCCTTCTCCAATTGGCGGTGTGCT
TGTAATATGTGCCAACAGTCTTCACTATCACAGCCAGTCTGTATCTTGTGCACTGGCATTGAATGATTTCACGATGACTACTGAAGGCAGCTCAGAGATACCGAGGTCAAATATTGATGTGGAGCTTGATTCTGCTCATGCGACCTGGATATCAAGTGATGTGGCACTGTTTTCAACAAAAACAGGGAATCTCCTGTTGC
TTTCTTTGGTTTATGATGGGAGGACTGTTCAGAGATTGGAACTCTCAAAATCCAAGGCCTCTAGCTTAGCATCATGCATATGCACGGTTGGAGATGCATTCTTTTTTCTCGGTAGTCGCTTGGGCGACAGCCTATTGGTTCAGTTCAGCTGTGGGCTGGCATCATCTTCTTCAATTTCAAGATCAGTAAAAGATGAGGTT
GGAGATGTTGAGGGAGAAGCTCCTTCAGCAAAGAGGTTACGCCGGGCATCTTCAGACATTTCCCAAGATGTCgtgagtggagaagagctttcactttacaactcagcacctaataactccgattcatcacagCAGAAGGCTTTTTCATTTGCTGTCAGAGATTCGTTGGTTAATGTTGGTCCATTGAAAGACTTCACTTC
TGGATTGCGAACAAATGCAGATCTTAATGCGACAGGTGTTGCAAAACAAAGCAATTATGAACTGGTAGGTTGTTCCGGTCATGGAAAAAATGGTTCATTATGTGTGCTTCAACAATCTATCCGTCCAGAACTGATCACAGAGGTTGACTTACCAGGCTGCAAAGGGATATGGACAGTATATCACAAGGGTTCACGTAGCC
ATGCATCTGATTCTTCAAAACTAATGCCAGATGAGGATGAATTTCATGCCTATTTGATCATAAGTTTGCAGTCTCGTACTATGGTTCTAGAGACTGCTGATACACTAGGAGAAGTTACAGAAAGTGTTGATTATTATGTTGATGGGTGTACAATCTCAGCAGGCAACTTATTCGGCAGACGACGTGTTGTGCAAGTATAT
GCACGAGGAGTTCGTATCCTTGATGGTGGATACATGACACAGGAATTGTGCATTGAAGTTCCAAATGCTGATACAAGTTCAAGTTCTGATAATGCAGTGGTATCGGCTGTGTCTATTGTTGATCCTTATGTGTTATTGATGATGACTGATGGAAGTATTCGACTCATTGTTGGAGATCCTGCGACTTGCACTGTTGCAAT
TACTTCACCACCCATTTCTCCAAGCTTTTCTGATCCTATTGTTGCATGCTCTCTATATCATGATAAAGGGCCTGATCCCTGGTTACGGAAAACCAGTACTGATGCTTGGCTCTCAACAGGAGCAGCTGATGATCTTGAAGGGACTGATGGTTCACTACAAGATCAGGGTGATATATACTGTGTAATATGTCGGGAGAGTG
GGAGGCTTGATCTTTTCGAAGTTCCCAATTTCAGATGTGTTTTTTCCATTGATAAGTTTACTTCTGGCAAAGGTATCTTGGTGGATACATATCTCCCAGATTTGCCTAGTGATGCCCAGCAAACAGTGAAGGAAGAAACTTCCGAAGCAGATAAGCAAGAAGCTGGACAAAAGATGAAGGTTATTGAAATATGCATGCAA
AAATGGAGTGGGCAATATGGTCGTCCCTTTCTTTTTGCAATATTGAATGATGGGACAATCCTGTGTTATCATGCATATTTTTATGAAGGGCAAGATACTATAGTAAAGATGGAAGGTGGAAGTATGGCGGAAAATGCAGTTAATAGTATCAGTATATCGAGGCTTAGGAATTTGCGATTTAATCGTGTATTTTTAGATTC
ATTGACAAGAGAAGAAACTGAAAAAGGAGTTTCAGGACAACGGATTGTGAATTTTAGTAACATCGGTGGTTATCAAGGTGCTTTCATAGCAGGTACAAGGCCAGCCTGGCTTATGGTGTGTAGAGAACGTCTTCGACTCCATCCACAGTTCTGTGATGGGCCTATTGTAGCATTTACACCTCTTCACAACATAAATTGCA
ACCATGGGTTTATTTATTACACTGAACAGGGATTTCTTAAAATATGTCAACTACCATCTCTAAACTATGACAACTACTGGCCAGTTAAGAAGATTCCTTTGAGAGGAACACCTCATCAGATAACATATTTTGCAGAGAAGAATCTTTATGCCTTAATAGTTTCATTCCCTGTTTCCAAACCAGTGAGTCAGGTACTACCT
TCACTGGTTGATCAGGATAATAATCATCTGACAGAGGCAGATAATATTGTTTCTGAAGATGCACATAAATCATATGTTGTAGATGAATTTGAAGTACGGATTTTAGAACCAGCAAAATCAGGCAGTCAGTGGGAGGCAAGGGCCTCGATACCATTGCAAACATCAGAAAATGCCATATCTGTTCGTATGGTGACACTATT
GAACACTTCAACTAAAGAGAACGAAACATTACTAGCCATTGGGACAGCCTATGTGCAAGGGGAGGATGTTGCTGCAAGAGGTCGAATTATCCTTGCATCCATTCAGCAGGATCCAAATAATTCTGATAACTGGGTAACTGAGGTGTATTCGAAAGAACTTAAGGGGGCAATTTCGTCTTTAGCATCCCTTCAGGGTCATC
TCCTGATAGCAGCCGGTTCTAAAATTATCCTGCACCAGTGGAATGGTGAAGAATTGAATGGTTTTGCATTTTATGATGCACCTCATTATGTTGTTAGTGTGAATATTGTGAAAAAGTTTATTTTATTTGGTGATGTTCATAAAAGTATATACTTCTTAAATTGGAAAGAAGAAGGGGCACAGTTGAGTTTGTTAGCAAAG
GATTTTGGTTCACTTAATTGCTATGCTACGGAGTTCCTAATTGATGGAACTACTCTGAGCCTTGTTGTTTCAGATGATAACAAAAACATTCAGATTTTCTATTATGCACCCAAAAGCGTGGAAAGTTGGAAAGGACAGAAGCTTCTTCCTAGGGCTGAGTTTCATGTGGGTGCACATGTATCAAAGTTTTTACGCTTACA
GATGCTTCCTACATCACTTTCTGATCGAACCAATCGATATGCTCTTCTATGCGGCACACTTGATGGAAGCATTGGATGTGTTGCTCCTCTCGATGAGCTGACTTTTCGGAGGCTCCAAACATTGCAGCGCAAGCTGGTAGATGCTGTCCCTCATGTAGCTGGGTTGAATCCAACAGCATTCAGGCGATTCCGTTCTAATG
GGAATGCTCATCGGCCAGGTCCTGACAATATTGTTGATTGTGAGCTGCTTCGCTATTATGAAATGTTGCCACTTGACGATCAGTTGGAGATAGCGCATCAAATTGGAACCACTCGGTCTCAGATTCTGATTAATTTGAACGATCTCAGTGTTGGCACAAGCTTCTTATAACATTGCGCATTACTCCAGCATCGAATCAGC
AAAATAAAAATGATAGATTAATGGATATAAATAGCCAACACTGAATTCAGAGTTGCTAATGTTTGAACTTTGTATTACTGGGAAAGCACTTATCTGTCGAAGAGAGAAAAATGCAGGACGGTAGCTGTTCTTTTATTCTCATATAGGTCACAGAGATCAGTTGTAGCAGATTTTGATAGAAACGAAATTTGAGGCTTGCC
AATAGTTAGAGGGTGTTTCTTCTGTATGTGTATTTATTCACACTTTACATAGCCTAGTCCTTTGTTGAACAGAAAGGAAAATGCAGCAAAACTGCTGCCTTTGAGTTTCTTCCTTTCTTTGGTTCTTTTCAGAGGAATTTTGAGGAGGAAGGAAAATGCAGTTCAGTTTCTTTTTGTTGATATAGGAGACATGGTGATCT
GTCTACATTTTTCTGTAGAAATACAATTTCAAAGCTTATGTATGCATTTAGGGGGTATTTATGTGAAATTTGAAGGCACATTTCCTTTATTCTTCGTAGATTAGTTGTTATCCCTGGTATCCACTGTTTTTGTTTTTTGTTACAAGTCTGGTTGGCAGCTTGCGTTGCAAGATTTCTTCTATTGCCTATGTCTATGCTAC
AAGAATCAGCGTTCTAATTTCTAGAATTTATCAGAAGCAGTCAACTCTATTTTTGGGAAGGAAATCAGTGCAATTTTCTTAGTTTTGTCTTATTGAATTCTACATAAATTGGCATTAAAA