NA ----> NA

Intron 1 GTATGTAATG ... TAAGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.66	4.5	2	0
A2	46.43	4.5	3.5	0
A3	23.91	13	11	1
A4	66.89	6.5	10.5	9
A5	22.73	6.5	5	1
A6	41.5	71	57.5	14
A7	29.2	66.5	51.5	8
A8	50.92	41.5	38	7
A9	49.27	49	46.5	4
A10	58.05	47.5	49.5	20

>TRINITY_DN38909_c0_g3_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

CGAATCACACACTCTATGCACTCCGGGATCAATGCTTTATCAAAATGATTTGAACTGCCCAAGAACCCAACATGCATTTTCTCGTATTGGGCTCTTTCATTAACTGATGGAAAGATCGGTTAGTCCTGCCATTCTCTTCCCTCCAGGGAGATACTGATATGGCTCAGTGCACTCCAAATTCTCACCATTCAAACCAACGT
TTCACTCATCCGCAACACTGATGCTCGAAATCCTCCCCACCACTGACCGCCTGCAGTACTTCATCTGCAAGAAGAAAAGAAAAAAACAAAAACATTGTATAGAGAGCGAGCATCCGAGTAACCCTAAACCTTACACAAAAGGCCATGCTGTCTGTGACTAAAATGGCAGCCTCTATTCAATGTTTTTGTTTTTTTCTTTT
CTTCTTGCAGATGAAGTACTGCAGGCGGTCAGTGGTGGGGAGGATTTCGAGCATCAGTGTTGCGGATCTGTGAAACGCTAGCTTGGTTGGTGATAAGGCTGCATGTTTAGATTTAGTAAAGCAACAGTTTGCAGGATGAGTGAAACGTTGGTTTGAATGGTGAGAATTTGGAGTGCACTGAGCCATATCAGTATCTCCCT
GGAGGGAAGAGAATGGCAGGACTAACCGATCTTTCCATCAGTTAATGAAAGAGCCCAATACGAGAAAATGCATGTTGGGTTCTTGGGCAGTTCAAATCATTTTGATAAAGCATTGATCCCGGAGTGCATAGAGTGTGTGATTCGCCACAGCCCGCCAGGATCTCGTCCACCATGGATTGATGATTATGGGCCAGTTTTTT
GGCCATCGGATGCTGCTTCTGGTTGAGTCTATACAACTTCTGTTCTTGAAGTGTAAAAATTCGATTTGTATCCATGCACTCCAAGGAAATCTTTATGGATTTATGGCCAGTAATGTCTGTGGATTTTGAAACAAAATGTATTGACATGATGCCAATATGACTTTGCTTGGTTTTGTGGTATCAGAATTGCTTACTTGCAG
TGCATATTGAATATGCATATTTTAAATAGGTTTTAAGATTTGGAATTCGGTGCTACAATTCGCATTTTAATTACAATTCAGGTTTTGATTTTGCTAGCAAATGATGAATGAATTAGAAGAGGGTATGTTTTGTTTACTGATCTTGCTACTTTGTTAGCGTATGATGAATGAATTAGAAGATGGTACATGTTCTGGTCTCC
AGCCTAATCAATTCTTACTTTGTGGCCAAATGAATTTGCATGTTTAATCAATTGTGA

>TRINITY_DN38909_c0_g3_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CGAATCACACACTCTATGCACTCCGGGATCAATGCTTTATCAAAATGATTTGAACTGCCCAAGAACCCAACATGCATTTTCTCGTATTGGGCTCTTTCATTAACTGATGGAAAGATCGGTTAGTCCTGCCATTCTCTTCCCTCCAGGGAGATACTGATATGGCTCAGTGCACTCCAAATTCTCACCATTCAAACCAACGT
TTCACTCATCCGCAACACTGATGCTCGAAATCCTCCCCACCACTGACCGCCTGCAGTACTTCATCTGCAAGAAGAAAAGAAAAAAACAAAAACATTGTATAGAGAGCGAGCATCCGAGTAACCCTAAACCTTACACAAAAGGCCATGCTGTCTGTGACTAAAATGGCAGCCTCTATTCAATGTTTTTGTTTTTTTCTTTT
CTTCTTGCAGATGAAGTACTGCAGGCGGTCAGTGGTGGGGAGGATTTCGAGCATCAGTGTTGCGgtatgtaatgcttttataacgcttgaggatgatttctccattatggttttgtatgcatgaaggtctctactttttcattttgtgaaaggattttttagatttagtataataataagttgcagGATCTGTGAAACGC
TAGCTTGGTTGGTGATAAGGCTGCATGTTTAGATTTAGTAAAGCAACAGTTTGCAGGATGAGTGAAACGTTGGTTTGAATGGTGAGAATTTGGAGTGCACTGAGCCATATCAGTATCTCCCTGGAGGGAAGAGAATGGCAGGACTAACCGATCTTTCCATCAGTTAATGAAAGAGCCCAATACGAGAAAATGCATGTTGG
GTTCTTGGGCAGTTCAAATCATTTTGATAAAGCATTGATCCCGGAGTGCATAGAGTGTGTGATTCGCCACAGCCCGCCAGGATCTCGTCCACCATGGATTGATGATTATGGGCCAGTTTTTTGGCCATCGGATGCTGCTTCTGGTTGAGTCTATACAACTTCTGTTCTTGAAGTGTAAAAATTCGATTTGTATCCATGCA
CTCCAAGGAAATCTTTATGGATTTATGGCCAGTAATGTCTGTGGATTTTGAAACAAAATGTATTGACATGATGCCAATATGACTTTGCTTGGTTTTGTGGTATCAGAATTGCTTACTTGCAGTGCATATTGAATATGCATATTTTAAATAGGTTTTAAGATTTGGAATTCGGTGCTACAATTCGCATTTTAATTACAATT
CAGGTTTTGATTTTGCTAGCAAATGATGAATGAATTAGAAGAGGGTATGTTTTGTTTACTGATCTTGCTACTTTGTTAGCGTATGATGAATGAATTAGAAGATGGTACATGTTCTGGTCTCCAGCCTAATCAATTCTTACTTTGTGGCCAAATGAATTTGCATGTTTAATCAATTGTGA

Intron 2 GTATGTAATG ... CAGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	8	3.2	4
A2	38.46	16	5	10
A3	14.55	29.4	17.6	5
A4	44.12	19	12.6	15
A5	30.3	23	8	10
A6	23.52	183.4	86.6	56.4
A7	21.53	175	81.2	48
A8	21.97	120.8	57.2	34
A9	23.06	150.2	68.4	45
A10	24.23	118.8	72	38

>TRINITY_DN97216_c1_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

CCGACTGTGAATGGTAAAAGGATTAATAGCGGAGACGGTGGCAGGAAAGGACAAGAATAGAGGCTGCCATTTTAGTCACAGACAGCATGGCCTTTTGTGTAAGGTTTAGGGTTACTCGGATGCTCGCTCTCTATACAATGTTTTTGTTTTTTTCTTTTCTTCTTGCAGATGAAGTACTGCAGGCGGTCAGTGGTGGGGAG
GATTTCGAGCATCAGTGTTGCGGATGAGTGAAACGTTGGTTTGAATGGTGAGAATTTGGAGTGCACTGAGCCATATCAGTATCTCCCTGGAGGGAAGAGAATGGCAGGACTAACCGATCTTTCCATCAGTTAATGAAAGAGCCCAATACGAGAAAATGCATGTTGGGTTCTTGGGCAGTTCAAATCATTTTGATAAAGCA
TTGATCCCGGAGTGCATAGAGTGTGTGATTCGCCACAGCCCGCCAGGATCTCTTCCACCATGGATTGATGATTATGGGCCAGTTTTTTGGCCATCGGATGCTGCTTCTGGTTGAGTCTATACAACTTCTGTTCTTGAAGTGTAAAAATTCGATTTGTATCCATGCACTCCAAGGAAATCTTTATGGATTTATGGCCAGTA
ATGTCTGTGGATTTTGAAACAAAATGTATTGACATGATGCCAATATGACTTTGCTTGGTTTTGTGGTATCAGAATTGCTTACTTGCAGTGCATATTGAATATGCATATTTTAAATAGGTTTGAAGATTTGGAATTCGGTGTTACACC

>TRINITY_DN97216_c1_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CCGACTGTGAATGGTAAAAGGATTAATAGCGGAGACGGTGGCAGGAAAGGACAAGAATAGAGGCTGCCATTTTAGTCACAGACAGCATGGCCTTTTGTGTAAGGTTTAGGGTTACTCGGATGCTCGCTCTCTATACAATGTTTTTGTTTTTTTCTTTTCTTCTTGCAGATGAAGTACTGCAGGCGGTCAGTGGTGGGGAG
GATTTCGAGCATCAGTGTTGCGgtatgtaatgcttttataacgcttgaggatgatttctccattatggttttgtatgcatgaaggtctctactttttcattttgtgaaaggattttttagatttagtataataataagttgcaggatctgtgaaacgctagcttggttggtgataaggctgcatgtttagatttagtaaa
gcaacagtttgcagGATGAGTGAAACGTTGGTTTGAATGGTGAGAATTTGGAGTGCACTGAGCCATATCAGTATCTCCCTGGAGGGAAGAGAATGGCAGGACTAACCGATCTTTCCATCAGTTAATGAAAGAGCCCAATACGAGAAAATGCATGTTGGGTTCTTGGGCAGTTCAAATCATTTTGATAAAGCATTGATCCC
GGAGTGCATAGAGTGTGTGATTCGCCACAGCCCGCCAGGATCTCTTCCACCATGGATTGATGATTATGGGCCAGTTTTTTGGCCATCGGATGCTGCTTCTGGTTGAGTCTATACAACTTCTGTTCTTGAAGTGTAAAAATTCGATTTGTATCCATGCACTCCAAGGAAATCTTTATGGATTTATGGCCAGTAATGTCTGT
GGATTTTGAAACAAAATGTATTGACATGATGCCAATATGACTTTGCTTGGTTTTGTGGTATCAGAATTGCTTACTTGCAGTGCATATTGAATATGCATATTTTAAATAGGTTTGAAGATTTGGAATTCGGTGTTACACC

Intron 3 GTATGTAATG ... GAAACGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	2	4	2
A2	75	2	6	1
A3	95.65	1	22	1
A4	100	0	14	6
A5	90.91	1	10	2
A6	90.6	11	106	21
A7	92.66	8	101	10
A8	98.59	1	70	5
A9	96.51	3	83	6
A10	94.57	5	87	19

>TRINITY_DN40022_c0_g3_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GGATTTCGAGCATCAGTGTTGCGCTTGGTTGGTGATAAGGCTGCATGTTTAGATTTAGTAAAGCAACAGTTTGCAGGATGAGTGAAACGTTGGTTTGAATGGTGAGAATTTGGAGTGCACTGAGCCATATCAGTATCTCCCTGGAGGGAAGAGAATGGCAGGACTAACCGATCTTTCCATCAGTTAATGAAAGAGCCCAA
TGCGAGAAAATGCATGTTGGGTTCTTGGGCAGTTCAAATCATTTTGATAAAGCATTGATCCCGGAGTGCATAGAGTGTGTGATTCGCCACAGCCCGCCAGGATCTCTTCCACCATGGATTGATGATTATGGGCCTGTTTTTTGGCCATCGGATGCTGCTTCTGGTTGAGTCTATACATCTTCTGTTCTTGAAGTGTAAAA
ATTCGATTTGTATACATGCACTCCAAGGAAATCTTTATGGCTTTATGACCGGTAATCTCTATGGATTTTGAAACAAAATGTATTGACATGATACCAATATGACTTTGCTTGGTTGTGGTATCATAATTGCTTACTTGCAGTGCATATTGAATATGCATATTTTAAATAGGTTTGAAGATTTGGAATTCGGTGTTACACCT
CGCATTTTAATTACAATTCATGTTTTGATTTTGTTAGCAAATGATGAATGAAGAATTAGAAGAGGGTATGTTTTGTTTACTGGTCTTGCTACTTTGTTAGCGTATGATGAATGAATTAGAAGATGGTAC

>TRINITY_DN40022_c0_g3_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTTGTTTTCATCCAAAAATAGGAGGAAAAATATGATGTTTAGAGGTTCACATGGACAGATGGCGGTATATATACAGAGAATATACATATACTAGTCAGGTGTCAGAAAGGGACACTCCGACTGTGAATGGTAAAAGGATTAATAGCGGAGACGGTGGCAGGAAAGGACAAGAATAGAGGCTGCCATTTTAGTCACAGACA
GCATGGCCTTTTGTGTAAGGTTTAGGGTTACTCGGATGCTCGCTCTCTATACAATGTTTTTGTTTTTTTCTTTTCTTCTTGCAGATGAAGTACTGCAGGCGGTCAGTGGTGGGGAGGATTTCGAGCATCAGTGTTGCGgtatgtaatgcttttataacgcttgaggatgatttctccattatggttttgtatgcatgaag
gtctctactttttcattttgtgaaaggatttgttagatttagtataataataagttgcaggatctgtgaaacgctagCTTGGTTGGTGATAAGGCTGCATGTTTAGATTTAGTAAAGCAACAGTTTGCAGGATGAGTGAAACGTTGGTTTGAATGGTGAGAATTTGGAGTGCACTGAGCCATATCAGTATCTCCCTGGAG
GGAAGAGAATGGCAGGACTAACCGATCTTTCCATCAGTTAATGAAAGAGCCCAATGCGAGAAAATGCATGTTGGGTTCTTGGGCAGTTCAAATCATTTTGATAAAGCATTGATCCCGGAGTGCATAGAGTGTGTGATTCGCCACAGCCCGCCAGGATCTCTTCCACCATGGATTGATGATTATGGGCCTGTTTTTTGGCC
ATCGGATGCTGCTTCTGGTTGAGTCTATACATCTTCTGTTCTTGAAGTGTAAAAATTCGATTTGTATACATGCACTCCAAGGAAATCTTTATGGCTTTATGACCGGTAATCTCTATGGATTTTGAAACAAAATGTATTGACATGATACCAATATGACTTTGCTTGGTTGTGGTATCATAATTGCTTACTTGCAGTGCATA
TTGAATATGCATATTTTAAATAGGTTTGAAGATTTGGAATTCGGTGTTACACCTCGCATTTTAATTACAATTCATGTTTTGATTTTGTTAGCAAATGATGAATGAAGAATTAGAAGAGGGTATGTTTTGTTTACTGGTCTTGCTACTTTGTTAGCGTATGATGAATGAATTAGAAGATGGTAC