NA ----> NA

Intron 1 GTAAGCTTCA ... AACACTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.89	16	7	6
A2	20	8	1	3
A3	27.27	12	6	3
A4	39.13	7	3	6
A5	20	8	2	2
A6	-1	0	0	0
A7	100	0	0	3
A8	25	3	2	0
A9	0	8	0	0
A10	20	2	1	0

>TRINITY_DN128298_c1_g4_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TGACATCTGTATAATTATCAGTAAATGATTAATTTATTAATTATATCATGACTGCAATTCTGAAACTTAAAATAGTTTCAGTTTGCACATCAGTTTTACTGACACAACTTTCTTAAGTGGCAAGGCTCTTTGTCGAGCTGATCCAAAATCTCTGCATGCACAGTGGACTATGCTTTTGCCCACTCATGATGTGCTGCAAC
CTCGGATTCAGGCGTTATCAGGCAACATTGATGACTTGTTTGCTGTTTGACCCCGTAGTGAAGACACGGATAGCTGCCACTACAACTCTAGCTACAATGTTGGAGGGTCCTTCTTCTGTTTTCCTTCAAGTAGCAGAATATAAAGAATCTGCAAAATCAGGGTCATTTACGACACTTTCTAGCGCGCTGGGTCAAATACT
GATGCAGCTTCATGCAGGTCTTCTGCACTTGGTTCTCAATGAATCTCACAGCGGACTACTGATGACCATTTTTAAAGCTCTCTCACTCTTGATATCTGCTGCTCCGT

>TRINITY_DN128298_c1_g4_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGACATCTGTATAATTATCAGTAAATGATTAATTTATTAATTATATCATGACTGCAATTCTGAAACTTAAAATAGTTTCAGTTTGCACATCAGTTTTACTGACACAACTTTCTTAAGTGGCAAGGCTCTTTGTCGAGCTGATCCAAAATCTCTGCATGCACAGTGGACTATGCTTTTGCCCACTCATGATGTGCTGCAAC
CTCGgtaagcttcagttatcaactttaatagtgtagcattgatgaatccaaagtttattcttttgcttccaaaacattactatgccgtgccttaattgactaacactgtagGATTCAGGCGTTATCAGGCAACATTGATGACTTGTTTGCTGTTTGACCCCGTATTGAAGGTACTCTCACAGGAATTGATCTCAATTATA
ATCATATACTATTTATGGTTATATTAAAGTTGGAAATAGAAAAAACCTGTATTCAGAGCAGTTTTCTGGACTGTAGGAACTAGGAAAGGACTCATGCTTGTCTAATACTTGTATATTTAGGGTCTGTAACTAATTCATTGGTTGTTCCATCAAATCTATTCAAGACACGGATAGCTGCCACTACAACTCTAGCTACAATG
TTGGAGGGTCCTTCTTCTGTTTTCCTTCAAGTAGCAGAATATAAAGAATCTGCAAAATCAGGGTCATTTACGACACTTTCTAGCGCGCTGGGTCAAATACTGATGCAGCTTCATGCAGGTCTTCTGCACTTGGTTCTCAATGAATCTCACAGCGGACTACTGATGACCATTTTTAAAGCTCTCTCACTCTTGATATCTGC
TGCTCCGTTCAATCGATTGCCTCAGGATCTTCTTCCCAACGTTATATCTTCAGTAGAAAAGAAAACAAAGGAGCTCCTGACATCTTTACAGGACCAGAGCAACATAGTGGCCACTTCAGTTAGTTGCCTGGGAGCAACATTGAACACAACTCCACCGTCTCCACAAGTAGCCGCTATGCTTGCAGCAGAGTTATCATCAG
GGACAGATGACAACCAGGCACTACTTTCTATGTTTTTCTCGTTTACAGAGCCAGCCGCACATCCAGTCATTCGTTTTGAGGCTTTGCAGGCCCTTAGAGCAGCAATACACAATTATCCATCCATTATGTCTTTATGTTGGAACCAAATTTCTTCTACAGTCTTGGGATTAATTGCATCATCTTATCTTGACACTGGTGCA
CATGCCACATCAACAACATTCTGCAAGGGGGTCTCTGGGCAAAACCTGAGACCAGTTGATGACAAAACAATGCTGAGCGCTGTAAAGGTACTGGATGAATATCTTCGAGCTGTGTCTGGTTTTAAAGGGACAGATGATTTCTTGGATGATGGACCACCCACCGTATTGCCAAGACCAATCAGGTCTTTGCCAACTCTTTC
CACATATGAAGTGAAAGGTAGTGAAGGCTGCCAGAAAGACGATCCTGGTAAAGCATCTGGGAGCAGTCAGTGGGTAGAAGCACTAGAGAGATATCTATCTCCAACCCTTGTGCATTATGCTCCCATGGTAGGCTTATCTTGTTTATGCTTAAAAATTGACTTGCTAGCTTATTGAGGAAACTTGTTTAAATGCAGTGAAA
ATAAACTGACTTAGTTGTGCGTTGGATTAATTTAGCCCATAAGTTTATGCAAAGATGTTTCTGGTGCCAGGAAATATAGTAACCCACAATTTCTGCCTGACCATTTCCTTGAGGATAGAAATTTGATGAGTGAGACAAAATAATGCCATGTTGGAAACAAAAAGAAGAAAGCTTGTCCGAGTTAAAGG

Intron 2 GTTACTTTTA ... TGATTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.55	37	10.7	6.3
A2	16.61	33	6.7	10
A3	9.2	13	1.3	3.3
A4	13.33	16	2.7	1
A5	0	6	0	1.3
A6	12.12	18	2.7	2.3
A7	6.45	28	2	5
A8	8.89	13	1.3	1.7
A9	14.81	28	5.3	3
A10	6.35	19	1.3	1.7

>TRINITY_DN128298_c1_g4_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGCGTAGGTGGCTGAGCACGGTGCTCGCGGGCTCCAGAGAACTGAATAGTTACAAGTGAGTTTATATAGCCAAGGGCCTAGGCATTTGGGCGAGACAGTTCCGAAGATACTGGGGCCGGTAGGAAGACTGTTGCCCCATAATTCGAACGAGTAGATAGGCGAAGGATCAGTTCCAATGTCAGGAAATGGTAAAAACGGG
ATTGCCCACAACCTCTAACCGAAAGAAAATTGAACGCGTTTAACTACGCGACGAATTGGGCTTGCACCGCAAACCAAAAAGCACTATAAGCAGTATCAGTACTACCTCGTTAACAAATGATTTTTCGAACTGCAATGAAAACCATGCTGACCTGCAACCACTCTCGGTGCAACATATGTGCAGATTCGAAGGACCTAATG
ACACATATCTAGGCCTTTGGGTTTCAATTTTCGGCACAGACTAGCAGGAATTCGCAATAAGCAATGGCAACTCCCAGAGGAAGATCATGGAGGGCGGCATTCCTTAATCTCAAGGACCCAGCACTCATTTCGTCCCCTCATTTGCTATTGACAGCTCTTCAGCATCTTCTGTCTCAATCCAAGATGCTGGTCTCTGCAGC
TCCAGACTTGTCGTCTCAAGAGGTGGCTGGAGACATAATGCTGTTGGTAGATTTGACATCGAGAGAGGGCCTGCTTTCTGAAGGTGGTGAACGGAGCAACATTGTTGGTTGCATTTGTCACCTGATCCTTGAATTGAGCTGCCGTTCACAGCTTGAGTTGAAATCATCATCTCTTGTTACCATGATCAACTTTCTTCGAG
GGATTATAGAGTCCTGCCATGAAGCAGCTTGGATTAATTCAACCCTTCCGAAAGATGTTGTCAGTAATGGTAGCAGAAATAAAATGGCAGTGGAGGCATTGCAAGTCCTTACGCATGTTATACATGAAAATGGAGGGAATATGTCTCCGGTAGATGTTACATTTACCTTGGATTTTCTTCTATGCCTACTGTCGTGCTCG
GATCTTGAAGCGTTATCCACTTCATGGGCAAACATTAAAAAAGTACAGCCTGCAAAAAACTATTTTAGGAGTCAGAATGTGGAAAATGAAATTGAGCTTCAGACATTGGTTTTTGTTGCCCTAGCCAACCTTTTTGCTCGGGCTGGGTCTGTAGTGTCAAGAGAAACATGGAAATCAACAATTGAGGCCCTGAGGAAAGT
GATGGATTTCCTGGCATCTAAGTCCCACCTGGAAGAAGACAATGCTATGTCTAGGTACTATGCTGCTGTTCTTCGTTGTCTGCAGTTGGTGTTGTCAGACCCAAAAGGTCCTGTTGCAGAGCATGTGCCAGGTTTTGTGGCAGCATTGGGGATGTTTTTTTCTTATGGGTTGATGGGCAGTCTTTTTATATTTCCTGCTT
GCAATCTAGTTAAAGGCAGTTGTGATCAGAAATCAGATTTGGGTACTGGTCGAGAAGGGGTGACTTCAAGAAAGAGTGATTCTGGTCGTTATCGTCCACCTCATTTGCGCAATAGGACTAAGTCAGCAGCACACCAAACAGCAACAAACGGACAGATCAGTGGGTCTGTGCAGCCTGAGGCTTCTGGAACTTGGGCTTTC
TCCTCTGATTCTGAGCTTAGTGATACCGATGGCTCTTTAAGGGATGGAGACCGTTTCAAAAGTTCCAAGGCCAGAACAGCTGCCATTTTGTGCATACAGTGGCAAGGCTCTTTGTCGAGCTGATCCAAAATCTCTGCATGCACAGTGGACTATGCTTTTGCCCACTCATGATGTGCTGCAACCTCGGCGTTATCAGGCAA
CATTGATGACTTGTTTGCTGTTTGACCCCGTATTGAAGACACGGATAGCTGCCACTACAACTCTAGCTACAATGTTGGAGGGTCCTTCTTCTGTTTTCCTTCAAGTAGCAGAATATAAAGAATCTGCAAAATCAGGGTCATTTACGACACTTTCTAGCGCGCTGGGTCAAATACTGATGCAGCTTCATGCAGGTCTTCTG
CACTTGGTTCTCAATGAATCTCACAGCGGACTACTGATGACCATTTTTAAAGCTCTCTCACTCTTGATATCTGCTGCTCCGTTCAATCGATTGCCTCAGGATCTTCTTCCCAACGTTATATCTTCAGTAGAAAAGAAAACAAAGGAGCTCCTGACATCTTTACAGGACCAGAGCAACATAGTGGCCACTTCAGTTAGTTG
CCTGGGAGCAACATTGAACACAACTCCACCGTCTCCACAAGTAGCCGCTATGCTTGCAGCAGAGTTATCATCAGGGACAGATGACAACCAGGCACTACTTTCTATGTTTTTCTCGTTTACAGAGCCAGCCGCACATCCAGTCATTCGTTTTGAGGCTTTGCAGGCCCTTAGAGCAGCAATACACAATTATCCATCCATTA
TGTCTTTATGTTGGAACCAAATTTCTTCTACAGTCTTGGGATTAATTGCATCATCTTATCTTGACACTGGTGCACATGCCACATCAACAACATTCTGCAAGGGGGTCTCTGGGCAAAACCTGAGACCAGTTGATGACAAAACAATGCTGAGCGCTGTAAAGGTACTGGATGAATATCTTCGAGCTGTGTCTGGTTTTAAA
GGGACAGATGATTTCTTGGATGATGGACCACCCACCGTATTGCCAAGACCAATCAGGTCTTTGCCAACTCTTTCCACATATGAAGTGAAAGGTAGTGAAGGCTGCCAGAAAGACGATCCTGGTAAAGCATCTGGGAGCAGTCAGTGGGTAGAAGCACTAGAGAGATATCTATCTCCAACCCTTGTGCATTATGCTCCCAT
GGTTCGAGCAGCTGCACTTACATGTTTTGCTGGTTTAACATCATCTGTTTTCTTTTCTCTTCCTGATAGCAAACAAAATTTCATTATTTCCTCTATTGTAAGTGCTGCATCAAAAGATGAGGTGCCCTCTGTTAGATCAGCTGCATGCCGAGCAATTGGTGTGATAGCAAGTTTTCCACGGATTTCTGCCAGCAAGAATA
GTTTGGAAGAACTTGCGAATGTCATTCTATCCAACACACTTGATACTTCAGTGTCAGTGAGAATCACAGCATCATGGGCATTGGCAAATATTTGTGATTCACTACGACATAATTTGGGAACTGTGGATGCAGAAAAATGTGCAACAATTGATGTGTCCCCTTTATCCTTGTTAGCTGAATGTGCATTGCGACTTTCAAAG
GATGGTGACAAGATCAAGGCGAATGCTGTGAGGGCTCTGGGCAACCTTTCAAGATTCGTTAAGTTTATTGATGATAACCCCATTGATTCTCTCAGTTATTCCTGCAGTGAGGTCTCCTTGAATTCTGAGTTTAAGTATGAGACTAAGAGAGAAGCAAAACCTTCTACAAGTTCGCCCTGGTTGGAGAGGATGGTGCAAAC
TTTTGTTTCCTGTGTGACTACTGGAAATGTTAAGGTTCAGTGGAATGTGTGCCATGCTTTGCGTAATCTCTTCTTAAATGAGTCTATAAGGTTGCAGTATATGACATGGGCACCTTCAGTTTATAGTATTCTTCTTCTATTGCTTCGTGATTCATCAAATTTTAAGATCCGCATACATGCAGCATCAGCATTGGCTGTAC
CATCAACACGGGAAGATTATGGTGATTCATTTGCCAATATCACACAAGCCCTGGGGCATACATTGGAAGTATTGGACTCTGATATGGGTATAGCACCTTCAAGTTTCAAATATAGAAAAACTCTTGCAGAACAGTTGACATCAACTACTGTTCATATTTTTGGTCTTGCTTTGCCAGAAGATTATGAAAATCTTAATGGC
TTTCTTACCAAGAGGGCATCCTTTTTAGAAGAGTGGTTAAGATCAACATGTGATATTATTGTCAAGTTTGTATCATCTTCTAACACAAAGGACATATTTAGAGAGGATAATGAAGGTGATACCATGTATAGCAAGGATTGCTTGGGTAGCTACACACTGAATGGAGAATGGATTTCGTCCCAAGAATATCTTGCTGACTA
TTGTAACAAACCTGAAGTTGCTGCCTCTGTGAAAGATGAGTTAATGCAAAGTAAATCAAACATTTTGAGGGCAGTAAGAGCATTGATTGAAATGTATCGCTATGGTAATCATCAGCATCTTGTTGCAAAATTTGAGAATTTGGCTTCTCAGATTTCTTAAGGTCCCAATAAGTCACACTCTTTGAAGCTATTTTTATGGC
GTCTTATTAACAGTGACAGTTTTATAACATGTCAGTTTATCAGATTAGGTTTTCCCATTATGTAAATCATTTCCCTTAGTTTATATAGTTGGAAGACCATGGTTTTGAACATTGTGGAGCAATTTGAATGAAGTGACAGTTGCTCCCTTAGTTCCAGAACACTGGAATAGTGTATTCTATAGAAAAGCACAAATGAAAAA
AGCAACAGCCTAAAAGGAATTTGTAATATTGAGTTTCTAGTGTCAATGTTCTTTGTTACAGCAGTAAAAGGAAGAAATTCTTCCTATGTTCTGAATAATTTTTTCCTGCACAGTGCAGTCATTTCTCATAGTAAAGCAATTTGTTTTCTTGGAAAAATCTTAATTGTACATCAAGAATAATACATCTTGGGGCCAAGGGG
CAGATAAGTTGTTTCCCGTTTCTACACAATCAATG

>TRINITY_DN128298_c1_g4_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCAGACTTAATCTTATTTCCACTTTTGTATTAATGTAAGTTTTATTTCTTTACCAAATTGTTGTCTAATCTGGTGGGCAACTTTCATATTTAGGTAAGTGCTGCATCAAAAGATGAGGTGCCCTCTGTTAGATCAGCTGCATGCCGAGCAATTGGTGTGATAGCAAGTTTTCCACGGATTTCTGCCAGgttacttttaag
aaaatattgcagagggaaagattcatttagttttattcatttagatataattaattggccaacataaatgtcaccttatagagccgattttttgtttgatttgtagCAAGAATAGTTTGGAAGAACTTGCGAATGTCATTCTATCCAACACACTTGATACTTCAGTGTCAGTGAGAATCACAGCATCATGGGCATTGGCA
AATATTTGTGATTCACTACGACATAATTTGGGAACTGTGGATGCAGAAAAATGTGCAACAATTGATGTGTCCCCTTTATCCTTGTTAGCTGAATGTGCATTGCGACTTTCAAAGGATGGTGACAAGATCAAGGCGAATGCTGTGAGGGCTCTGGGCAACCTTTCAAGATTCGTTAAGTTTATTGATGATAACCCCATTGA
TTCTCTCAGTTATTCCTGCAGTGAGGTCTCCTTGAATTCTGAGTTTAAGTATGAGACTAAGAGAGAAGCAAAACCTTCTACAAGTTCGCCCTGGTTGGAGAGGATGGTGCAAACTTTTGTTTCCTGTGTGACTACTGGAAATGTTAAGGTTCAGTGGAATGTGTGCCATGCTTTGCGTAATCTCTTCTTAAATGAGTCTA
TAAGGTTGCAGTATATGACATGGGCACCTTCAGTTTATAGTATTCTTCTTCTATTGCTTCGTGATTCATCAAATTTTAAGATCCGCATACATGCAGCATCAGCATTGGCTGTACCATCAACACGGGAAG

Intron 3 GTACTCAGGT ... TCTATCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.05	34	7	9
A2	21.21	13	4	3
A3	28.57	20	9	7
A4	31.48	37	15	19
A5	14.29	6	0	2
A6	23.23	38	7	16
A7	26.05	44	15	16
A8	22	39	8	14
A9	24.07	41	12	14
A10	34.48	19	8	12

>TRINITY_DN40667_c1_g1_i7 from sample A9 / Example spliced isoform

TGCAAACTTTTGTTTCCTGTGTGGCTACTGGAAATGTTAAGGTGTTGTTTCAAAATATTTCTCATTTTATGGAAGCCAGAATTTTCTGCAGACTTTAACTTACTTAGGGTTCACCTCAAGGGGTTTCAAGATCAATTTGTCTTTTGGCAGGTTCAGTGGAATGTGTGCCATGCTTTGCGTAATCTCTTCTTAAATGAGTC
TATAAGGTTGCAGTATATGACATGGGCACCTTCAGTTTATAGTATTCTTCTTCTATTGCTTCGTGATTCATCAAATTTTAAGATCCGCATACATGCAGCATCAGCATTGGCTGTACCATCAACACGGGAAGATTATGGTGATTCATTTGCCAATATCACACAAGCCCTGGGGCATACATTGGAAGTATTGGACTCTGATA
TGGGTATAGCACCTTCAAGTTTCAAATATAGAAAAACTCTTGCAGAACAGTTGACATCAACTACTGTTCATATTTTTGGTCTTGCTTTGCCAGAAGATTATGAAAATCTTAATGGCTTTCTTACCAAGAGGGCATCCTTTTTAGAAGAGTGGTTAAGATCAACATGTGATATTATTGTCAAGTTTGTATCATCTTCTAAC
ACAAAGGACATATTTAGAGAGGATAATGAAGGTGATACCATGTATAGCAAGGATTGCTTGGGTAGCTACACACTGAATGGAGAATGGATTTCGTCCCAAGAATATCTTGCTGACTATTGTAACAAACCTGAAGTTGCTGCCTCTGTGAAAGATGAGTTAATGCAAAGTAAATCAAACATTTTGAGGGCAGTAAGAGCATT
GATTGAAATGTATCGCTATGGTAATCATCAGCATCTTGTTGCAAAATTTGAGAATTTGGCTTCTCAGATTTCTTAAGGTCCCAATAAGTCACACTCTTTGAAGCTATTTTTATGGCGTCTTATTAACAGTGACAGTTTTATAACATGTCAGTTTATCAGATTAGGTTTTCCCATTATGTAAATCATTTCCCTTAGTTTAT
ATAGTTGGAAGACCATGGTTTTGAACATTGTGGAGCAATTTGAATGAAGTGACAGTTGCTCCCTTAGTTCCAGAACACTGGAATAGTGTATTCTATAGAAAAGCACAAATGAAAAAAGCAACAGCCTAAAAGGAATTTGTAATATTGAGTTTCTAGTGTCAATGTTCTTTGTTACAGCAGTAAAAGGAAGAAATTCTTCC
TATGTTCTGAATAATTTTTTCCTGCACAGTGCAGTCATTTCTCATAGTAAAGCAATTTGTTTTCTTGGAAAAATCTTAATTGTACATCAAGAATAATACATCTTGGGGCCAAGGGGCAGATAAGTTGTTTCCCGTTTCTACACAATCAATGAGAGCTAGCATGTCTGTCTTGGTGCCCATATAAGATTCTATATCCATCC
TAAATATGCCAATCCTGCCGCAAATCTGCATGTCCAACTTTCATTTAAATATTGACACATAACTCTAATTAAAGAGTAGGGGCATCATGAAAAGTTGCTTGATGCTGGCTTGCCCATAAAGAGATGCCTGTCAACCTGATCATGTCCCACAGTCCTTAAAGCCAGTCGGATCATCAATATCTCTCCAACTAGGACCCCTA
TCCAGTGAAGAGTAGCAGCAAGGAGGGGTACACACTGGCAGTCCATGGCCAAAGAGCTCTGGGAACCTTGTAGTTCCACATAACATGCCATGGTTGGCTCTTATAAACATTTTAGCACTGAAGCCAACTTTTTATGTGAGCTTAATAGTATGTTCACACACATTTGACATCTTTTATGGTTGAATTATCGTAAAGGCA

>TRINITY_DN40667_c1_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TAGGAAGACTGTTGCCCCATAATTCGAACGAGTAGATAGGCGAAGGATCAGTTCCAATGTCAGGAAATGGTAAAAACGGGATTGCCCACAACCTCTAACCGAAAGAAAATTGAACGCGTTTAACTACGCGACGAATTGGGCTTGCACCGCAAACCAAAAAGCACTATAAGCAGTATCAGTACTACCTCGTTAACAAATGA
TTTTTCGAACTGCAATGAAAACCATGCTGACCTGCAACCACTCTCGGTGCAACATATGTGCAGATTCGAAGGACCTAATGACACATATCTAGGCCTTTGGGTTTCAATTTTCGGCACAGACTAGCAGGAATTCGCAATAAGCAATGGCAACTCCCAGAGGAAGATCATGGAGGGCGGCATTCCTTAATCTCAAGGACCCA
GCACTCATTTCGTCCCCTCATTTGCTATTGACTGCTCTTCAGCATCTTCTGTCTCAATCCAAGATGCTGGTCTCTGCAGCTCCAGACTTGTCGTCTCAAGAGGTGGCTGGAGACATAATGCTGTTGGTAGATTTGACATCGAGAGAGGGCCTGCTTTCTGAAGGTGGTGAACGGAGCAACATTGTTGGTTGCATTTGTCA
CCTGATCCTTGAATTGAGCTGCCGTTCACAGCTTGAGTTGAAATCATCATCTCTTGTTACCATGATCAACTTTCTTCGAGGGATTATAGAGTCCTGCCATGAAGCAGCTTGGATTAATTCAACCCTTCCGAAAGATGTTGTCAGTAATGGTAGCAGAAATAAAATGGCAGTGGAGGCATTGCAAGTCCTTACGCATGTTA
TACATGAAAATGGAGGGAATATGTCTCCGGTAGATGTTACATTTACCTTGGATTTTCTTCTATGCCTACTGTCGTGCTCGGATCTTGAAGCGTTATCCACTTCATGGGCAAACATTAAAAAAGTACAGCCTGCAAAAAACTATTTTAGGAGTCAGAATGTGGAAAATGAAATTGAGCTTCAGACATTGGTTTTTGTTGCC
CTAGCCAACCTTTTTGCTCGGGCTGGGTCTGTAGTGTCAAGAGAAACATGGAAATCAACAATTGAGGCCCTGAGGAAAGTGATGGATTTCCTGGCATCTAAGTCCCACCTGGAAGAAGACAATGCTATGTCTAGGTACTATGCTGCTGTTCTTCGTTGTCTGCAGTTGGTGTTGTCAGACCCAAAAGGTCCTGTTGCAGA
GCATGTGCCAGGTTTTGTGGCAGCATTGGGGATGTTTTTTTCTTATGGGTTGATGGGCAGTCTTTTTATATTTCCTGCTTGCAATCTAGTTAAAGGCAGTTGTGATCAGAAATCAGATTTGGGTACTGGTCGAGAAGGGGTGACTTCAAGAAAGAGTGATTCTGGTCGTTATCGTCCACCTCATTTGCGCAATAGGACTA
AGTCAGCAGCACACCAAACAGCAACAAACGGACAGATCAGTGGGTCTGTGCAGCCTGAGGCTTCTGGAACTTGGGCTTTCTCCTCTGATTCTGAGCTTAGTGATACCGATGGCTCTTTAAGGGATGGAGACCGTTTCAAAAGTTCCAAGGCCAGAACAGCTGCCATTTTGTGCATACAGGCTCTTTGTCGAGCTGATCCA
AAATCTCTGCATGCACAGTGGACTATGCTTTTGCCCACTCATGATGTGCTGCAACCTCGGCGTTATCAGGCAACATTGATGACTTGTTTGCTGTTTGACCCCGTATTGAAGACACGGATAGCTGCCACTACAACTCTAGCTACAATGTTGGAGGGTCCTTCTTCTGTTTTCCTTCAAGTAGCAGAATATAAAGAATCTGC
AAAATCAGGGTCATTTACGACACTTTCTAGCGCGCTGGGTCAAATACTGATGCAGCTTCATGCAGGTCTTCTGCACTTGGTTCTCAATGAATCTCACAGCGGACTACTGATGACCATTTTTAAAGCTCTCTCACTCTTGATATCTGCTGCTCCGTTCAATCGATTGCCTCAGGATCTTCTTCCCAACGTTATATCTTCAG
TAGAAAAGAAAACAAAGGAGCTCCTGACATCTTTACAGGACCAGAGCAACATAGTGTTAGTTGCCTGGGAGCAACATTGAACACAACTCCACCGTCTCCACAAGTAGCCGCTATGCTTGCAGCAGAGTTATCATCAGGGACAGATGACAACCAGGCACTACTTTCTATGTTTTTCTCGTTTACAGAGCCAGCCGCACATC
CAGTCATTCGTTTTGAGGCTTTGCAGGCCCTTAGAGCAGCAATACACAATTATCCATCCATTATGTCTTTATGTTGGAACCAAATTTCTTCTACAGTCTTGGGATTAATTGCATCATCTTATCTTGACACTGGTGCACATGCCACATCAACAACATTCTGCAAGGGGGTCTCTGGGCAAAACCTGAGACCAGTTGATGAC
AAAACAATGCTGAGCGCTGTAAAGGTACTGGATGAATATCTTCGAGCTGTGTCTGGTTTTAAAGGGACAGATGATTTCTTGGATGATGGACCACCCACCGTATTGCCAAGACCAATCAGGTCTTTGCCAACTCTTTCCACATATGAAGTGAAAGGTAGTGAAGGCTGCCAGAAAGACGATCCTGGTAAAGCATCTGGGAG
CAGTCAGTGGGTAGAAGCACTAGAGAGATATCTATCTCCAACCCTTGTGCATTATGCTCCCATGGTTCGAGCAGCTGCACTTACATGTTTTGCTGGTTTAACATCATCTATTTTCTTTTCTCTTCCTGATAGCAAACAAAATTTCATTATTTCCTCTATTGTAAGTGCTGCATCAAAAGATGAGGTGCCCTCTGTTAGAT
CAGCTGCATGCCGAGCAATTGGTGTGATAGCAAGTTTTCCACGGATTTCTGCCAGCAAGAATAGTTTGGAAGAACTTGCGAATGTCATTCTATCCAACACACTTGATACTTCAGTGTCAGTGAGAATCACAGCATCATGGGCATTGGCAAATATTTGTGATTCACTACGACATAATTTGGGAACTGTGGATGCAGAAAAA
TGTGCAACAATTGATGTGTCCCCTTTATCCTTGTTAGCTGAATGTGCATTGCGACTTTCAAAGGATGGTGACAAGATCAAGGCGAATGCTGTGAGGGCTCTGGGCAACCTTTCAAGATTCGTTAAGTTTATTGATGATAACCCCATTGATTCTCTCAGTTATTCCTGCAGTGAGGTCTCCTTGAATTCTGAGTTTAAGTA
TGAGACTAAGAGAGAAGCAAAACCTTCTACAAGTTCCCCCTGGTTGGAGAGGATGGTGCAAACTTTTGTTTCCTGTGTGACTACTGGAAATGTTAAGGTTCAGTGGAATGTGTGCCATGCTTTGCGTAATCTCTTCTTAAATGAGTCTATAAGGTTGCAGTATATGACATGGGCACCTTCAGTTTATAGTATTCTTCTTC
TATTGCTTCGTGATTCATCAAATTTTAAGATCCGCATACATGCAGCATCAGCATTGGCTGTACCATCAACACGGGAAGgtactcaggtcgttattggtcatctggttggtcaaaacgctcacagaactcgctggttgctcaactagtggacgtgaagctggtcttcaacctatttcttccacacacatctatcccagATT
ATGGTGATTCATTTGCCAATATCACACAAGCCCTGGGGCATACATTGGAAGTATTGGACTCTGATATGGGTATAGCACCTTCAAGTTTCAAATATAGAAAAACTCTTGCAGAACAGTTGACATCAACTACTGTTCATATTTTTGGTCTTGCTTTGCCAGAAGATTATGAAAATCTTAATGGCTTTCTTACCAAGAGGGCA
TCCTTTTTAGAAGAGTGGTTAAGATCAACATGTGATATTATTGTCAAGTTTGTATCATCTTCTAACACAAAGGACATATTTAGAGAGGATAATGAAGGTGATACCATGTATAGCAAGGATTGCTTGGGTAGCTACACACTGAATGGAGAATGGATTTCGTCCCAAGAATATCTTGCTGACTATTGTAACAAACCTGAAGT
TGCTGCCTCTGTGAAAGATGAGTTAATGCAAAGTAAATCAAACATTTTGAGGGCAGTAAGAGCATTGATTGAAATGTATCGCTATGGTAATCATCAGCATCTTGTTGCAAAATTTGAGAATTTGGCTTCTCAGATTTCTTAAGGTCCCAATAAGTCACACTCTTTGAAGCTATTTTTATGGCGTCTTATTAACAGTGACA
GTTTTATAACATGTCAGTTTATCAGATTAGGTTTTCCCATTATGTAAATCATTTCCCTTAGTTTATATAGTTGGAAGACCATGGTTTTGAACATTGTGGAGCAATTTGAATGAAGTGACAGTTGCTCCCTTAGTTCCAGAACACTGGAATAGTGTATTCTATAGAAAAGCACAAATGAAAAAAGCAACAGCCTAAAAGGA
ATTTGTAATATTGAGTTTCTAGTGTCAATGTTCTTTGTTACAGCAGTAAAAGGAAGAAATTCTTCCTATGTTCTGAATAATTTTTTCCTGCACAGTGCAGTCATTTCTCATAGTAAAGCAATTTGTTTTCTTGGAAAAATCTTAATTGTACATCAAGAATAATACATCTTGGGGCCAAGGGGCAGATAAGTTGTTTCCCG
TTTCTACACAATCAATGAGAGCTAGCATGTCTGTCTTGGTGCCCATATAAGATTCTATATCCATCCTAAATATGCCAATCCTGCCGCAAATCTGCATGTCCAACTTTCATTTAAATATTGACACATAACTCTAATTAAAGAGTAGGGGCATCATGAAAAGTTGCTTGATGCTGGCTTGCCCATAAAGAGATGCCTGTCAA
CCTGATCATGTCCCACAGTCCTTAAAGCCAGTCGGATCATCAATATCTCTCCAACTAGGACCCCTATCCAGTGAAGAGTAGCAGCAAGGAGGGGTACACACTGGCAGTCCATGGCCAAAGAGCTCTGGGAACCTTGTAGTTCCACATAACATGCCATGGTTGGCTCTTATAAACATTTTAGCACTGAAGCCAACTTTTTA
TGTGAGCTTAATAGTATGTTCACACACATTTGACATCTTTTATGGTTGAATTATCGTAAAGGCA

Intron 4 GTAAACTTAC ... TGTTTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	4.85	49	3	2
A2	29.03	11	4	5
A3	34.33	22	8	15
A4	25.33	28	11	8
A5	4.17	23	1	1
A6	0	5	0	0
A7	0	11	0	0
A8	0	3	0	0
A9	17.65	7	1	2
A10	0	7	0	0

>TRINITY_DN114022_c1_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoform

CATGTTATACATGAAAATGGAGGGAATATGTCTCCGGTAGATGTTACATTTACCTTGGATTTTCTTCTATGCCTACTGTCGTGCTCGGATCTTGAAGCGTTATCCACTTCATGGGCAAACATTAAAAAAGTACAGCCTGCAAAAAACTATTTTAGGAGTCAGAATGTGGAAAATGAAATTGAGCTTCAGACATTGGTTTT
TGTTGCCCTAGCCAACCTTTTTGCTCGGGCTGGGTCTGTAGTGTCAAGAGAAACATGGAAATCAACAATTGAGGCCCTGAGGAAAGTGATGGATTTCCTGGCATCTAAGTCCCACCTGGAAGAAGACAATGCTATGTCTAGAGTGTTTACATGGGTCCACAGGTACTATGCTGCTGTTCTTCGTTGTCTGCAGTTGGTGT
TGTCAGACCCAAAAGGTCCTGTTGCAGAGCATGTGCCAGGTTTTGTGGCAGCATTGGGGATGTTTTTTTCTTATGGGTTGATGGGCAGTCTTTTTATATTTCCTGCTTGCAATCTAGTTAAAGGCAGTTGTGATCAGAAATCAGATTTGGGTACTGGTCGAGAAGGGGTGACTTCAAGAAAGAGTGATTCTGGTCGTTAT
CGTCCACCTCATTTGCGCAATAGGACTAAGTCAGCAGCACACCAAACAGCAACAAACGGACAGATCAGTGGGTCTGTGCAGCCTGAGGCTTCTGGAACTTGGGCTTTCTCCTCTGATTCTGAGCTTAGTGATACCGATGGCTCTTTAAGGGATGGAGACCGTTTCAAAAGTTCCAAGGCCAGAACAGCTGCCATTTTGTG
CATACAGGTAGTGTATTCATCTATATCTTGAAATTCTACTGAACAACTGAACTATCAATATGAATGATGTTGGCCAGATTTCAGTATCTAAATGATATGAAACATAAACTATGGAGAGGGTAATTTGGAGATTTTGTTCCTCAAGTTATGCCAGACACTTGGAATTTGAGGAAAATTGATCCAAGGATTATAGAGAAAAC
AAGAGAAATAAGCAACATAGTTGCTTAATACCTGCCTCTTATGTAAAAAGATAATAAGATAATGTAAAATAAATTAGCATCTATTTTTTTTTAAATGTCTTCATATATTATTTGTTTTTAGTTTTAAAAACTAGAATAACTATAAAATATCAAAGATATAATACTTTTACTAAAAATATGCATTGGATAAATAATAGTAG
TAGTCTGTAGTAAG

>TRINITY_DN114022_c1_g1_i19 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GACCAATTGGCGTAGGTGGCTGAGCACGGTGCTCGCGGGCTCCAGAGAACTGAATAGTTACAAGTGAGTTTATATAGCCAAGGGCCTAGGCATTTGGGCGAGACAGTTCCCGAAGATACTGGGGCCGGTAGGAAGACTGTTGCCCCATAATTCGAACGAGTAGATAGGCGAAGGATCAGTTCCAATATCAGGAAATGGTA
AAAACGGGATTGCCCACAACCTCTAACCGAAAGAAAATTGAACGCGTTTAACTACGCGACGAATTGGGCTTGCACCGCAAACCAAAAAGCACTATAAGCAGTATCAGTACTACCTCGTTAACAAATGATTTTTCGAACTGCAATGAAAACCATGCTGACCTGCAACCACTCTCGGTGCAACATATGTGCAGATTCGAAGG
ACCTAATGACACATATCTAGGCCTTTGGGTTTCAATTTTCGGCACAGACTAGCAGGAATTCGCAATAAGCAATGGCAACTCCCAGAGGAAGATCATGGAGGGCGGCATTCCTTAATCTCAAGGACCCAGCACTCATTTCGTCCCCTCATTTGCTATTGACAGCTCTTCAGCATCTTCTGTCTCAATCCAAGATGCTGGTC
TCTGCAGCTCCAGACTTGTCGTCTCAAGAGGTGGCTGGAGACATAATGCTGTTGGTAGATTTGACATCGAGAGAGGGCCTGCTTTCTGAAGGTGGTGAACGGAGCAACATTGTTGGTTGCATTTGTCACCTGATCCTTGAATTGAGCTGCCGTTCACAGCTTGAGTTGAAATCATCATCTCTTGTTACCATGATCAACTT
TCTTCGAGGGATTATAGAGTCCTGCCATGAAGCAGCTTGGATTAATTCAACCCTTCCGAAAGATGTTGTCAGTAATGGTAGCAGAAATAAAATGGCAGTGGAGGCATTGCAAGTCCTTACGCATGTTATACATGAAAATGGAGGGAATATGTCTCCGGTAGATGTTACATTTACCTTGGATTTTCTTCTATGCCTACTGT
CGTGCTCGGATCTTGAAGCGTTATCCACTTCATGGGCAAACATTAAAAAAGTACAGCCTGCAAAAAACTATTTTAGGAGTCAGAATGTGGAAAATGAAATTGAGCTTCAGACATTGGTTTTTGTTGCCCTAGCCAACCTTTTTGCTCGGGCTGGGTCTGTAGTGTCAAGAGAAACATGGAAATCAACAATTGAGGTATGG
AATAGTTGTGCAAAGCTGTCAAAGTTTCAAACATTACCTTGCACTGCATGTACAAGAACTAATATATTAATTTGACTTAGGCCCTGAGGAAAGTGATGGATTTCCTGGCATCTAAGTCCCACCTGGAAGAAGACAATGCTATGTCTAGgtaaacttacatatgatttttatttttgaggagttcagatgaacttaacttg
cccaagagtagagatgttttgaagAGTGTTTACATGGGTCCACAGGTACTATGCTGCTGTTCTTCGTTGTCTGCAGTTGGTGTTGTCAGACCCAAAAGGTCCTGTTGCAGAGCATGTGCCAGGTTTTGTGGCAGCATTGGGGATGTTTTTTTCTTATGGGTTGATGGGCAGTCTTTTTATATTTCCTGCTTGCAATCTAG
TTAAAGGCAGTTGTGATCAGAAATCAGATTTGGGTACTGGTCGAGAAGGGGTGACTTCAAGAAAGAGTGATTCTGGTCGTTATCGTCCACCTCATTTGCGCAATAGGACTAAGTCAGCAGCACACCAAACAGCAACAAACGGACAGATCAGTGGGTCTGTGCAGCCTGAGGCTTCTGGAACTTGGGCTTTCTCCTCTGAT
TCTGAGCTTAGTGATACCGATGGCTCTTTAAGGGATGGAGACCGTTTCAAAAGTTCCAAGGCCAGAACAGCTGCCATTTTGTGCATACAGGCTCTTTGTCGAGCTGATCCAAAATCTCTGCATGCACAGTGGACTATGCTTTTGCCCACTCATGATGTGCTGCAACCTCGGCGTTATCAGGCAACATTGATGACTTGTTT
GCTGTTTGACCCCGTATTGAAGACACGGATAGCTGCCACTACAACTCTAGCTACAATGTTGGAGGGTCCTTCTTCTGTTTTCCTTCAAGTAGCAGAATATAAAGAATCTGCAAAATCAGGGTCATTTACGACACTTTCTAGCGCGCTGGGTCAAATACTGATGCAGCTTCATGCAGGTCTTCTGCACTTGGTTCTCAATG
AATCTCACAGCGGACTACTGATGACCATTTTTAAAGCTCTCTCACTCTTGATATCTGCTGCTCCGTTCAATCGATTGCCTCAGGATCTTCTTCCCAACGTTATATCTTCAGTAGAAAAGAAAACAAAGGAGCTCCTGACATCTTTACAGGACCAGAGCAACATAGTGGCCACTTCAGTTAGTTGCCTGGGAGCAACATTG
AACACAACTCCACCGTCTCCACAAGTAGCCGCTATGCTTGCAGCAGAGTTATCATCAGGGACAGATGACAACCAGGCACTACTTTCTATGTTTTTCTCGTTTACAGAGCCAGCCGCACATCCAGTCATTCGTTTTGAGGCTTTGCAGGCCCTTAGAGCAGCAATACACAATTATCCATCCATTATGTCTTTATGTTGGAA
CCAAATTTCTTCTACAGTCTTGGGATTAATTGCATCATCTTATCTTGACACTGGTGCACATGCCACATCAACAACATTCTGCAAGGGGGTCTCTGGGCAAAACCTGAGACCAGTTGATGACAAAACAATGCTGAGCGCTGTAAAGGTACTGGATGAATATCTTCGAGCTGTGTCTGGTTTTAAAGGGACAGATGATTTCT
TGGATGATGGACCACCCACCGTATTGCCAAGACCAATCAGGTCTTTGCCAACTCTTTCCACATATGAAGTGAAAGGTAGTGAAGGCTGCCAGAAAGACGATCCTGGTAAAGCATCTGGGAGCAGTCAGTGGGTAGAAGCACTAGAGAGATATCTATCTCCAACCCTTGTGCATTATGCTCCCATGGTTCGAGCAGCTGCA
CTTACATGTTTTGCTGGTTTAACATCATCTATTTTCTTTTCTCTTCCTGATAGCAAACAAAATTTCATTATTTCCTCTATTGTAAGTGCTGCATCAAAAGATGAGGTGCCCTCTGTTAGATCAGCTGCATGCCGAGCAATTGGTGTGATAGCAAGTTTTCCACGGATTTCTGCCAGCAAGAATAGTTTGGAAGAACTTGC
GAATGTCATTCTATCCAACACACTTGATACTTCAGTGTCAGTGAGAATCACAGCATCATGGGCATTGGCAAATATTTGTGATTCACTACGACATAATTTGGGAACTGTGGATGCAGAAAAATGTGCAACAATTGATGTGTCCCCTTTATCCTTGTTAGCTGAATGTGCATTGCGACTTTCAAAGGATGGTGACAAGATCA
AGGCGAATGCTGTGAGGGCTCTGGGCAACCTTTCAAGATTCGTTAAGTTTATTGATGATAACCCCATTGATTCTCTCAGTTATTCCTGCAGTGAGGTCTCCTTGAATTCTGAGTTTAAGTATGAGACTAAGAGAGAAGCAAAACCTTCTACAAGTTCGCCCTGGTTGGAGAGGATGGTGCAAACTTTTGTTTCCTGTGTG
ACTACTGGAAATGTTAAGGTGTTGTTTCAAAATATTTCTCATTTTATGGAAGCCAGAATTTTCTGCAGACTTTAACTTACTTAGGGTTCACCTCAAGGGGC

Intron 5 GTAATTTGTT ... CTACATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.53	26	1	8
A2	27.78	13	0	5
A3	24.14	22	0	7
A4	26.53	36	3	13
A5	50	2	2	2
A6	12.77	41	2	6
A7	17.86	69	0	15
A8	12.12	87	3	12
A9	8.96	61	0	6
A10	14.75	52	2	9

>TRINITY_DN106239_c1_g2_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

GCGGGAATAGAGTTAGGTTTTGAGCCATCTCTATAAGAGAAGGAGCTCACTCATTTGAGACTTCCTCTTGGCATTGTAAAAGCTTGAGATTGGAGTAATATAGAGATCTTTCTCCCGACTTCTTGAGATGATGTGTATGGATTGTGAATGGTGTTGATTGTTAGCTAGCCTTCATAGCTTTGTGGAGCATTCTTAGTGAG
TTTTCTGTCCATATTTGGCTAACAGGAATTGTAGGGAAGGTGGCCATTTGAAGGGAGGCGCTACACTTGGAGTGGGAGCTCCATTCTAGCAAATCTCGTCAAATTTATTCACAAGGGAGTTGTCTTTGCTTTCAGCTTGTCAATTCCTTTACTTTCAGCCATCTATTTGCTGTTCTTACTTGTTTATTTGTTGCACCTAT
TGACTTTCTCTTGTTGTGGCAGGTACTCAGGTCGCTATTGGTCATCCGGTTGGTCAAAACGCTCACAGAACTCGCTGGTTGCTCAACTATTGGACGTGAAGCTGGTCTTCAACCTATTTCTTCCACACACATCTATCCCAGATTATGGTGATTCATTTGCCAATATCACACAAGCCCTGGGGCATACATTGGAAGTATTG
GACTCTGATATGGGTATAGCACCTTCAAGTTTCAAATATAGAAAAACTCTTGCAGAACAGTTGACATCAACTACTGTTCATATTTTTGGTCTTGCTTTGCCAGAAGATTATGAAAATCTTAATGGCTTTCTTACCAAGAGGGCATCCTTTTTAGAAGAGTGGTTAAGATCAACATGTGATATTATTGTCAAGTTTGTATC
ATCTTCTAACACAAAGGACATATTTAGAGAGGATAATGAAGGTGATACCATGTATAGCAAGGATTGCTTGGGTAGCTACACACTGAATGGAGAATGGATTTCGTCCCAAGAATATCTTGCTGACTATTGTAACAAACCTGAAGTTGCTGCCTCTGTGAAAGATGAGTTAATGCAAAGTAAATCAAACATTTTGAGGGCAG
TAAGAGCATTGATTGAAATGTATCGCTATGGTAATCATCAGCATCTTGTTGCAAAATTTGAGAATTTGGCTTCTCAGATTTCTTAAGGTCCCAATAAGTCACACTCTTTGAAGCTATTTTTATGGCGTCTTATTAACAGTGACAGTTTTATAACATGTCAGTTTATCAGATTAGGTTTTCCCATTATGTAAATCATTTCC
CTTAGTTTATATAGTTGGAAGACCATGGTTTTGAACATTGTGGAGCAATTTGAATGAAGTGACAGTTGCTCCCTTAGTTCCAGAACACTGGAATAGTGTATTCTATAGAAAAG

>TRINITY_DN106239_c1_g2_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GAAAAACTCTTGCAGAACAGGTAGAGGTTTATTGTCAGATTATGTCAGTCATTTAACTGTATAGGGCAGTGCTTTTTCTTAGCAATATATAGCTTACTTTGAAATTTTATTTGTGCTGAACATTTTCCGGGCATCTTTGACAGTTGACATCAACTACTGTTCATATTTTTGGTCTTGCTTTGCCAGAAGATTATGAAAAT
CTTAATGGCTTTCTTACCAAGgtaatttgttattgttctttgaacctttcaatggtgtggattaatagttgtgtttttcacagatctgatggattataatgcttttgcctttttgtctacattcagAGGGCATCCTTTTTAGAAGAGTGGTTAAGATCAACATGTGATATTATTGTCAAGTTTGTATCATCTTCTAACAC
AAAGGACATATTTAGAGAGGATAATGAAGGTGATACCATGTATAGCAAGGATTGCTTGGGTAGCTACACACTGAATGGAGAATGGATTTCGTCCCAAGAATATCTTGCTGACTATTGTAACAAACCTGAAGTTGCTGCCTCTGTGAAAGATGAGTTAATGCAAAGTAAATCAAACATTTTGAGGGCAGTAAGAGCATTGA
TTGAAATGTATCGCTATGGTAATCATCAGCATCTTGTTGCAAAATTTGAGAATTTGGCTTCTCAGATTTCTTAAGGTCCCAATAAGTCACACTCTTTGAAGCTATTTTTATGGCGTCTTATTAACAGTGACAGTTTTATAACATGTCAGTTTATCAGATTAGGTTTTCCCATTATGTAAATCATTTCCCTTAGTTTATAT
AGTTGGAAGACCATGGTTTTGAACATTGTGGAGCAATTTGAATGAAGTGACAGTTGCTCCCTTAGTTCCAGAACACTGGAATAGTGTATTCTATAGAAAAG

Intron 6 GTAGAGGTTT ... TCTTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.79	33	3.4	0
A2	13.08	17	2.6	2
A3	11.43	20	2.9	0
A4	16.46	48	10.7	3
A5	22.34	12	3.9	0
A6	12.57	39	6.3	2
A7	9.41	66	7.4	1
A8	5.06	72	4	1
A9	8.57	68	6.9	0
A10	7.55	46	4	2

>TRINITY_DN106239_c1_g2_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

GCGGGAATAGAGTTAGGTTTTGAGCCATCTCTATAAGAGAAGGAGCTCACTCATTTGAGACTTCCTCTTGGCATTGTAAAAGCTTGAGATTGGAGTAATATAGAGATCTTTCTCCCGACTTCTTGAGATGATGTGTATGGATTGTGAATGGTGTTGATTGTTAGCTAGCCTTCATAGCTTTGTGGAGCATTCTTAGTGAG
TTTTCTGTCCATATTTGGCTAACAGGAATTGTAGGGAAGGTGGCCATTTGAAGGGAGGCGCTACACTTGGAGTGGGAGCTCCATTCTAGCAAATCTCGTCAAATTTATTCACAAGGGAGTTGTCTTTGCTTTCAGCTTGTCAATTCCTTTACTTTCAGCCATCTATTTGCTGTTCTTACTTGTTTATTTGTTGCACCTAT
TGACTTTCTCTTGTTGTGGCAGGTACTCAGGTCGCTATTGGTCATCCGGTTGGTCAAAACGCTCACAGAACTCGCTGGTTGCTCAACTATTGGACGTGAAGCTGGTCTTCAACCTATTTCTTCCACACACATCTATCCCAGATTATGGTGATTCATTTGCCAATATCACACAAGCCCTGGGGCATACATTGGAAGTATTG
GACTCTGATATGGGTATAGCACCTTCAAGTTTCAAATATAGAAAAACTCTTGCAGAACAGTTGACATCAACTACTGTTCATATTTTTGGTCTTGCTTTGCCAGAAGATTATGAAAATCTTAATGGCTTTCTTACCAAGAGGGCATCCTTTTTAGAAGAGTGGTTAAGATCAACATGTGATATTATTGTCAAGTTTGTATC
ATCTTCTAACACAAAGGACATATTTAGAGAGGATAATGAAGGTGATACCATGTATAGCAAGGATTGCTTGGGTAGCTACACACTGAATGGAGAATGGATTTCGTCCCAAGAATATCTTGCTGACTATTGTAACAAACCTGAAGTTGCTGCCTCTGTGAAAGATGAGTTAATGCAAAGTAAATCAAACATTTTGAGGGCAG
TAAGAGCATTGATTGAAATGTATCGCTATGGTAATCATCAGCATCTTGTTGCAAAATTTGAGAATTTGGCTTCTCAGATTTCTTAAGGTCCCAATAAGTCACACTCTTTGAAGCTATTTTTATGGCGTCTTATTAACAGTGACAGTTTTATAACATGTCAGTTTATCAGATTAGGTTTTCCCATTATGTAAATCATTTCC
CTTAGTTTATATAGTTGGAAGACCATGGTTTTGAACATTGTGGAGCAATTTGAATGAAGTGACAGTTGCTCCCTTAGTTCCAGAACACTGGAATAGTGTATTCTATAGAAAAG

>TRINITY_DN106239_c1_g2_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GAAAAACTCTTGCAGAACAGgtagaggtttattgtcagattatgtcagtcatttaactgtatagggcagtgctttttcttagcaatatatagcttactttgaaattttatttgtgctgaacattttccgggcatctttgacagTTGACATCAACTACTGTTCATATTTTTGGTCTTGCTTTGCCAGAAGATTATGAAAAT
CTTAATGGCTTTCTTACCAAGGTAATTTGTTATTGTTCTTTGAACCTTTCAATGGTGTGGATTAATAGTTGTGTTTTTCACAGATCTGATGGATTATAATGCTTTTGCCTTTTTGTCTACATTCAGAGGGCATCCTTTTTAGAAGAGTGGTTAAGATCAACATGTGATATTATTGTCAAGTTTGTATCATCTTCTAACAC
AAAGGACATATTTAGAGAGGATAATGAAGGTGATACCATGTATAGCAAGGATTGCTTGGGTAGCTACACACTGAATGGAGAATGGATTTCGTCCCAAGAATATCTTGCTGACTATTGTAACAAACCTGAAGTTGCTGCCTCTGTGAAAGATGAGTTAATGCAAAGTAAATCAAACATTTTGAGGGCAGTAAGAGCATTGA
TTGAAATGTATCGCTATGGTAATCATCAGCATCTTGTTGCAAAATTTGAGAATTTGGCTTCTCAGATTTCTTAAGGTCCCAATAAGTCACACTCTTTGAAGCTATTTTTATGGCGTCTTATTAACAGTGACAGTTTTATAACATGTCAGTTTATCAGATTAGGTTTTCCCATTATGTAAATCATTTCCCTTAGTTTATAT
AGTTGGAAGACCATGGTTTTGAACATTGTGGAGCAATTTGAATGAAGTGACAGTTGCTCCCTTAGTTCCAGAACACTGGAATAGTGTATTCTATAGAAAAG

Intron 7 GCCCTTAGAG ... CGCTGTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	86.44	4	20	31
A2	50.68	18	12	25
A3	68.57	11	21	27
A4	76.27	7	26	19
A5	85.71	1	6	6
A6	70	3	5	9
A7	88.24	1	11	4
A8	62.5	3	6	4
A9	67.44	7	18	11
A10	88.24	2	3	27

>TRINITY_DN46070_c5_g1_i10 from sample A7 / Example spliced isoform

TGTAGGAAATGGCAAGCTAGCATTTGATTAAAATTGACAAATGATTTGAAGTAATGGGATATGCGTTCTCTTGCATTGGTGCAAAATCTAATGTTAGATTACTTTTTTTCATACCTTATGGTGAGCTTGTTCATCACATTCCCTTGTCTTCTGTATTACATGTATTAATTTTACAGTTGCATTAACTGGCTATGGTAATT
CGTGGATATTGATATTTTGTTTTCCTTTTCATTTCTTTTTGGCCTCACTAAGTTTTACCTTGTTAAAACAGGTTCAATCGATTGCCTCAGGATCTTCTTCCCAACGTTATATCTTCAGTAGAAAAGAAAACAAAGGAGCTCCTGACATCTTTACAGGACCAGAGCAACATAGTGGCCACTTCAGTTAGTTGCCTGGGAGC
AACATTGAACACAACTCCACCGTCTCCACAAGTAGCCGCTATGCTTGCAGCAGAGTTATCATCAGGGACAGATGACAACCAGGCACTACTTTCTATGTTTTTCTCGTTTACAGAGCCAGCCGCACATCCAGTCATTCGTTTTGAGGCTTTGCAGGTACTGGATGAATATCTTCGAGCTGTGTCTGGTTTTAAAGGGACAG
ATGATTTCTTGGATGATGGACCACCCACCGTATTGCCAAGACCAATCAGGTCTTTGCCAACTCTTTCCACATATGAAGTGAAAGGTAGTGAAGGCTGCCAGAAAGACGATCCTGGTAAAGCATCTGGGAGCAGTCAGTGGGTAGAAGCACTAGAGAGATATCTATCTCCAACCCTTGTGCATTATGCTCCCATGGTTCGA
GCAGCTGCACTTACATGTTTTGCTGGTTTAACATCATCTATTTTCTTTTCTCTTCCTGATAGCAAACAAAATTTCATTATTTCCTCTATTGTAAGTGCTGCATCAAAAGATGAGGTGCCCTCTGTTAGATCAGCTGCATGCCGAGCAATTGGTGTGATAGCAAGTTTTCCACGGATTTCTGCCAGCAAGAATAGTTTGGA
AGAACTTGCGAATGTCATTCTATCCAACACACTTGATACTTCAGTGTCAGTGAGAATCACAGCATCATGGGCATTGGCAAATATTTGTGATTCACTACGACATAATTTGGGAACTGTGGATGCAGAAAAATGTGCAACAATTGATGTGTCCCCTTTATCCTTGTTAGCTGAATGTGCATTGCGACTTTCAAAGGATGGTG
ACAAGATCAAGGCGAATGCTGTGAGGGCTCTGGGCAACCTTTCAAGATTCGTTAAGTTTATTGATGATAACCCCATTGATTCTCTCAGTTATTCCTGCAGTGAGGTCTCCTTGAATTCTGAGTTTAAGTATGAGACTAAGAGAGAAGCAAAACCTTCTACAAGTTCCCCCTGGTTGGAGAGGATGGTGCAAACTTTTGTT
TCCTGTGTGACTACTGGAAATGTTAAGGTTCAGTGGAATGTGTGCCATGCTTTGCGTAATCTCTTCTTAAATGAGTCTATAAGGTTGCAGTATATGACATGGGCACCTTCAGTTTATAGTATTCTTCTTCTATTGCTTCGTGATTCATCAAATTTTAAGATCCGCATACATGCAGCATCAGCATTGGCTGTACCATCAAC
ACGGGAAGATTATGGTGATTCATTTGCCAATATCACACAAGCCCTGGGGCATACATTGGAAGTATTGGACTCTGATATGGGTATAGCACCTTCAAGTTTCAAATATAGAAAAACTCTTGCAGAACAGTTGACATCAACTACTGTTCATATTTTTGGTCTTGCTTTGCCAGAAGATTATGAAAATCTTAATGGCTTTCTTA
CCAAGAGGGCATCCTTTTTAGAAGAGTGGTTAAGATCAACATGTGATATTATTGTCAAGTTTGTATCATCTTCTAACACAAAGGACATATTTAGAGAGGATAATGAAGGTGATACCATGTATAGCAAGGATTGCTTGGGTAGCTACACACTGAATGGAGAATGGATTTCGTCCCAAGAATATCTTGCTGACTATTGTAAC
AAACCTGAAGTTGCTGCCTCTGTGAAAGATGAGTTAATGCAAAGTAAATCAAACATTTTGAGGGCAGTAAGAGCATTGATTGAAATGTATCGCTATGGTAATCATCAGCATCTTGTTGCAAAATTTGAGAATTTGGCTTCTCAGATTTCTTAAGGTCCCAATAAGTCACACTCTTTGAAGCTATTTTTATGGCGTCTTAT
TAACAGTGACAGTTTTATAACATGTCAGTTTATCAGATTAGGTTTTCCCATTATGTAAATCATTTCCCTTAGTTTATATAGTTGGAAGACCATGGTTTTGAACATTGTGGAGCAATTTGAATGAAGTGACAGTTGCTCCCTTAGTTCCAGAACACTGGAATAGTGTATTCTATAGAAAAGCACAAATGAAAAAAGCAACA
GCCTAAAAGGAATTTGTAATATTGAGTTTCTAGTGTCAATGTTCTTTGTTACAGCAGTAAAAGGAAGAAATTCTTCCTATGTTCTGAATAATTTTTTCCTGCACAGTGCAGTCATTTCTCATAGTAAAGCAATTTGTTTTCTTGGAAAAATCTTAATTGTACATCAAGAATAATACATCTTGGGGCCAAGGGGCAGATAA
GTTGTTTCCCGT

>TRINITY_DN46070_c5_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CATATACTATTTATGGTTATATTAAAGTTGGAAATAGAAAAAACCTGTATTCAGAGCAGTTTTCTGGACTGTAGGAACTAGGAAAGGACTCATGCTTGTCTAATACTTGTATATTTAGGGTCTGTAACTAATTCATTGGTTGTTCCATCAAATCTATTCAAGACACGGATAGCTGCCACTACAACTCTAGCTACAATGTT
GGAGGGTCCTTCTTCTGTTTTCCTTCAAGTAGCAGAATATAAAGAATCTGCAAAATCAGGGTCATTTACGACACTTTCTAGCGCGCTGGGTCAAATACTGATGCAGCTTCATGCAGGTCTTCTGCACTTGGTTCTCAATGAATCTCACAGCGGACTACTGATGACCATTTTTAAAGCTCTCTCACTCTTGATATCTGCTG
CTCCGTTCAATCGATTGCCTCAGGATCTTCTTCCCAACGTTATATCTTCAGTAGAAAAGAAAACAAAGGAGCTCCTGACATCTTTACAGGACCAGAGCAACATAGTGGCCACTTCAGTTAGTTGCCTGGGAGCAACATTGAACACAACTCCACCGTCTCCACAAGTAGCCGCTATGCTTGCAGCAGAGTTATCATCAGGG
ACAGATGACAACCAGGCACTACTTTCTATGTTTTTCTCGTTTACAGAGCCAGCCGCACATCCAGTCATTCGTTTTGAGGCTTTGCAGgcccttagagcagcaatacacaattatccatccattatgtctttatgttggaaccaaatttcttctacagtcttgggattaattgcatcatcttatcttgacactggtgcaca
tgccacatcaacaacattctgcaagggggtctctgggcaaaacctgagaccagttgatgacaaaacaatgctgagcgctgtaaagGTACTGGATGAATATCTTCGAGCTGTGTCTGGTTTTAAAGGGACAGATGATTTCTTGGATGATGGACCACCCACCGTATTGCCAAGACCAATCAGGTCTTTGCCAACTCTTTCCA
CATATGAAGTGAAAGGTAGTGAAGGCTGCCAGAAAGACGATCCTGGTAAAGCATCTGGGAGCAGTCAGTGGGTAGAAGCACTAGAGAGATATCTATCTCCAACCCTTGTGCATTATGCTCCCATGGTTCGAGCAGCTGCACTTACATGTTTTGCTGGTTTAACATCATCTATTTTCTTTTCTCTTCCTGATAGCAAACAA
AATTTCATTATTTCCTCTATTGTAAGTGCTGCATCAAAAGATGAGGTGCCCTCTGTTAGATCAGCTGCATGCCGAGCAATTGGTGTGATAGCAAGTTTTCCACGGATTTCTGCCAGCAAGAATAGTTTGGAAGAACTTGCGAATGTCATTCTATCCAACACACTTGATACTTCAGTGTCAGTGAGAATCACAGCATCATG
GGCATTGGCAAATATTTGTGATTCACTACGACATAATTTGGGAACTGTGGATGCAGAAAAATGTGCAACAATTGATGTGTCCCCTTTATCCTTGTTAGCTGAATGTGCATTGCGACTTTCAAAGGATGGTGACAAGATCAAGGCGAATGCTGTGAGGGCTCTGGGCAACCTTTCAAGATTCGTTAAGTTTATTGATGATA
ACCCCATTGATTCTCTCAGTTATTCCTGCAGTGAGGTCTCCTTGAATTCTGAGTTTAAGTATGAGACTAAGAGAGAAGCAAAACCTTCTACAAGTTCCCCCTGGTTGGAGAGGATGGTGCAAACTTTTGTTTCCTGTGTGACTACTGGAAATGTTAAGGTTCAGTGGAATGTGTGCCATGCTTTGCGTAATCTCTTCTTA
AATGAGTCTATAAGGTTGCAGTATATGACATGGGCACCTTCAGTTTATAGTATTCTTCTTCTATTGCTTCGTGATTCATCAAATTTTAAGATCCGCATACATGCAGCATCAGCATTGGCTGTACCATCAACACGGGAAGATTATGGTGATTCATTTGCCAATATCACACAAGCCCTGGGGCATACATTGGAAGTATTGGA
CTCTGATATGGGTATAGCACCTTCAAGTTTCAAATATAGAAAAACTCTTGCAGAACAGTTGACATCAACTACTGTTCATATTTTTGGTCTTGCTTTGCCAGAAGATTATGAAAATCTTAATGGCTTTCTTACCAAGAGGGCATCCTTTTTAGAAGAGTGGTTAAGATCAACATGTGATATTATTGTCAAGTTTGTATCAT
CTTCTAACACAAAGGACATATTTAGAGAGGATAATGAAGGTGATACCATGTATAGCAAGGATTGCTTGGGTAGCTACACACTGAATGGAGAATGGATTTCGTCCCAAGAATATCTTGCTGACTATTGTAACAAACCTGAAGTTGCTGCCTCTGTGAAAGATGAGTTAATGCAAAGTAAATCAAACATTTTGAGGGCAGTA
AGAGCATTGATTGAAATGTATCGCTATGGTAATCATCAGCATCTTGTTGCAAAATTTGAGAATTTGGCTTCTCAGATTTCTTAAGGTCCCAATAAGTCACACTCTTTGAAGCTATTTTTATGGCGTCTTATTAACAGTGACAGTTTTATAACATGTCAGTTTATCAGATTAGGTTTTCCCATTATGTAAATCATTTCCCT
TAGTTTATATAGTTGGAAGACCATGGTTTTGAACATTGTGGAGCAATTTGAATGAAGTGACAGTTGCTCCCTTAGTTCCAGAACACTGGAATAGTGTATTCTATAGAAAAGCACAAATGAAAAAAGCAACAGCCTAAAAGGAATTTGTAATATTGAGTTTCTAGTGTCAATGTTCTTTGTTACAGCAGTAAAAGGAAGAA
ATTCTTCCTATGTTCTGAATAATTTTTTCCTGCACAGTGCAGTCATTTCTCATAGTAAAGCAATTTGTTTTCTTGGAAAAATCTTAATTGTACATCAAGAATAATACATCTTGGGGCCAAGGGGCAGATAAGTTGTTTCCCGT

Intron 8 GTGTTGTTTC ... CTTTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	20	1.2	5
A2	31.03	20	8.6	9
A3	27.78	26	5	10
A4	20	40	5.4	10
A5	0	7	1.8	0
A6	23.4	36	6	11
A7	29.31	41	1.8	17
A8	12.9	54	11.4	8
A9	26.92	38	4.2	14
A10	13.33	26	1.2	4

>TRINITY_DN119263_c1_g1_i29 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCGGTAAGCTTCAGTTATCAACTTTAATAGTGTAGCATTGATGAATCCAAAGTTTATTCTTTTGCTTCCAAAACATTACTATGCCGTGCCTTAATTGACTAACACTGTAGGATTCAGGCGTTATCAGGCAACATTGATGACTTGTTTGCTGTTTGACCCCGTATTGAAGACACGGATAGCTGCCACTACAACTCTAGCT
ACAATGTTGGAGGGTCCTTCTTCTGTTTTCCTTCAAGTAGCAGAATATAAAGAATCTGCAAAATCAGGGTCATTTACGACACTTTCTAGCGCGCTGGGTCAAATACTGATGCAGCTTCATGCAGGTCTTCTGCACTTGGTTCTCAATGAATCTCACAGCGGACTACTGATGACCATTTTTAAAGCTCTCTCACTCTTGAT
ATCTGCTGCTCCGTTCAATCGATTGCCTCAGGATCTTCTTCCCAACGTTATATCTTCAGTAGAAAAGAAAACAAAGGAGCTCCTGACATCTTTACAGGACCAGAGCAACATAGTGGCCACTTCAGTTAGTTGCCTGGGAGCAACATTGAACACAACTCCACCGTCTCCACAAGTAGCCGCTATGCTTGCAGCAGAGTTAT
CATCAGGGACAGATGACAACCAGGCACTACTTTCTATGTTTTTCTCGTTTACAGAGCCAGCCGCACATCCAGTCATTCGTTTTGAGGCTTTGCAGGCCCTTAGAGCAGCAATACACAATTATCCATCCATTATGTCTTTATGTTGGAACCAAATTTCTTCTACAGTCTTGGGATTAATTGCATCATCTTATCTTGACACT
GGTGCACATGCCACATCAACAACATTCTGCAAGGGGGTCTCTGGGCAAAACCTGAGACCAGTTGATGACAAAACAATGCTGAGCGCTGTAAAGGTACTGGATGAATATCTTCGAGCTGTGTCTGGTTTTAAAGGGACAGATGATTTCTTGGATGATGGACCACCCACCGTATTGCCAAGACCAATCAGGTCTTTGCCAAC
TCTTTCCACATATGAAGTGAAAGGTAGTGAAGGCTGCCAGAAAGACGATCCTGGTAAAGCATCTGGGAGCAGTCAGTGGGTAGAAGCACTAGAGAGATATCTATCTCCAACCCTTGTGCATTATGCTCCCATGGTTCGAGCAGCTGCACTTACATGTTTTGCTGGTTTAACATCATCTGTTTTCTTTTCTCTTCCTGATA
GCAAACAAAATTTCATTATTTCCTCTATTGTAAGTGCTGCATCAAAAGATGAGGTGCCCTCTGTTAGATCAGCTGCATGCCGAGCAATTGGTGTGATAGCAAGTTTTCCACGGATTTCTGCCAGCAAGAATAGTTTGGAAGAACTTGCGAATGTCATTCTATCCAACACACTTGATACTTCAGTGTCAGTGAGAATCACA
GCATCATGGGCATTGGCAAATATTTGTGATTCACTACGACATAATTTGGGAACTGTGGATGCAGAAAAATGTGCAACAATTGATGTGTCCCCTTTATCCTTGTTAGCTGAATGTGCATTGCGACTTTCAAAGGATGGTGACAAGATCAAGGCGAATGCTGTGAGGGCTCTGGGCAACCTTTCAAGATTCGTTAAGTTTAT
TGATGATAACCCCATTGATTCTCTCAGTTATTCCTGCAGTGAGGTCTCCTTGAATTCTGAGTTTAAGTATGAGACTAAGAGAGAAGCAAAACCTTCTACAAGTTCCCCCTGGTTGGAGAGGATGGTGCAAACTTTTGTTTCCTGTGTGACTACTGGAAATGTTAAGGTTCAGTGGAATGTGTGCCATGCTTTGCGTAATC
TCTTCTTAAATGAGTCTATAAGGTTGCAGTATATGACATGGGCACCTTCAGTTTATAGTATTCTTCTTCTATTGCTTCGTGATTCATCAAATTTTAAGATCCGCATACATGCAGCATCAGCATTGGCTGTACCATCAACACGGGAAGATTATGGTGATTCATTTGCCAATATCACACAAGCCCTGGGGCATACATTGGAA
GTATTGGACTCTGATATGGGTATAGCACCTTCAAGTTTCAAATATAGAAAAACTCTTGCAGAACAGTTGACATCAACTACTGTTCATATTTTTGGTCTTGCTTTGCCAGAAGATTATGAAAATCTTAATGGCTTTCTTACCAAGAGGGCATCCTTTTTAGAAGAGTGGTTAAGATCAACATGTGATATTATTGTCAAGTT
TGTATCATCTTCTAACACAAAGGACATATTTAGAGAGGATAATGAAGGTGATACCATGTATAGCAAGGATTGCTTGGGTAGCTACACACTGAATGGAGAATGGATTTCGTCCCAAGAATATCTTGCTGACTATTGTAACAAACCTGAAGTTGCTGCCTCTGTGAAAGATGAGTTAATGCAAAGTAAATCAAACATTTTGA
GGGCAGTAAGAGCATTGATTGAAATGTATCGCTATGGTAATCATCAGCATCTTGTTGCAAAATTTGAGAATTTGGCTTCTCAGATTTCTTAAGGTCCCAATAAGTCACACTCTTTGAAGCTATTTTTATGGCGTCTTATTAACAGTGACAGTTTTATAACATGTCAGTTTATCAGATTAGGTTTTCCCATTATGTAAATC
ATTTCCCTTAGTTTATATAGTTGGAAGACCATGGTTTTGAACATTGTGGAGCAATTTGAATGAAGTGACAGTTGCTCCCTTAGTTCCAGAACACTGGAATAGTGTATTCTATAGAAAAGCACAAATGAAAAAAGCAACAGCCTAAAAGGAATTTGTAATATTGAGTTTCTAGTGTCAATGTTCTTTGTTACAGCAGC

>TRINITY_DN119263_c1_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATCAAGGCGAATGCTGTGAGGGCTCTGGGCAACCTTTCAAGATTCGTTAAGTTTATTGATGATAACCCCATTGATTCTCTCAGTTATTCCTGCAGTGAGGTCTCCTTGAATTCTGAGTTTAAGTATGAGACTAAGAGAGAAGCAAAACCTTCTACAAGTTCCCCCTGGTTGGAGAGGATGGTGCAAACTTTTGTTTCCTG
TGTGACTACTGGAAATGTTAAGgtgttgtttcaaaatatttctcattttatggaagccagaattttctgcagactttaacttacttagggttcacctcaaggggtttcaagatcaatttgtcttttggcagGTTCAGTGGAATGTGTGCCATGCTTTGCGTAATCTCTTCTTAAATGAGTCTATAAGGTTGCAGTATATG
ACATGGGCACCTTCAGTTTATAGTATTCTTCTTCTATTGCTTCGTGATTCATCAAATTTTAAGATCCGCATACATGCAGCATCAGCATTGGCTGTACCATCAACACGGGAAGGTACTCAGGTCGTTATTGGTCATCTGGTTGGTCAAAACGCTCACAGAACTCGCTGGTTGCTCAACTATTGGACGTGAAGCTGGTCTTC
AACCTATTTCTTCCACACACATCTATCCCAGGTACTCCTCTTTGCTGATCTCACAGAGT

Intron 9 GTATGGAATA ... TTTGACTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.78	45.2	15	5
A2	38.46	32	20	1.5
A3	35.76	23.6	13	4.5
A4	29.4	34	14	6
A5	26.1	11.8	4	0
A6	13.33	6.6	1	0
A7	25.45	8.8	3	0
A8	0	0.8	0	0
A9	29.01	9.8	4	0
A10	14.77	5.8	1	0

>TRINITY_DN119263_c1_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GCGAGACAGTTCCCGAAGATACTGGGGCCGGTAGGAAGACTGTTGCCCCATAATTCGAACGAGTAGATAGGCGAAGGATCAGTTCCAATGTCAGGAAATGGTAAAAACGGGATTGCCCACAACCTCTAACCGAAAGAAAATTGAACGCGTTTAACTACGCGACGAATTGGGCTTGCACCGCAAACCAAAAAGCACTATAA
GCAGTATCAGTACTACCTCGTTAACAAATGATTTTTCGAACTGCAATGAAAACCATGCTGACCTGCAACCACTCTCGGTGCAACATATGTGCAGATTCGAAGGACCTAATGACACATATCTAGGCCTTTGGGTTTCAATTTTCGGCACAGACTAGCAGGAATTCGCAATAAGCAATGGCAACTCCCAGAGGAAGATCATG
GAGGGCGGCATTCCTTAATCTCAAGGACCCAGCACTCATTTCGTCCCCTCATTTGCTATTGACTGCTCTTCAGCATCTTCTGTCTCAATCCAAGATGCTGGTCTCTGCAGCTCCAGACTTGTCGTCTCAAGAGGTGGCTGGAGACATAATGCTGTTGGTAGATTTGACATCGAGAGAGGGCCTGCTTTCTGAAGGTGGTG
AACGGAGCAACATTGTTGGTTGCATTTGTCACCTGATCCTTGAATTGAGCTGCCGTTCACAGCTTGAGTTGAAATCATCATCTCTTGTTACCATGATCAACTTTCTTCGAGGGATTATAGAGTCCTGCCATGAAGCAGCTTGGATTAATTCAACCCTTCCGAAAGATGTTGTCAGTAATGGTAGCAGAAATAAAATGGCA
GTGGAGGCATTGCAAGTCCTTACGCATGTTATACATGAAAATGGAGGGAATATGTCTCCGGTAGATGTTACATTTACCTTGGATTTTCTTCTATGCCTACTGTCGTGCTCGGATCTTGAAGCGTTATCCACTTCATGGGCAAACATTAAAAAAGTACAGCCTGCAAAAAACTATTTTAGGAGTCAGAATGTGGAAAATGA
AATTGAGCTTCAGACATTGGTTTTTGTTGCCCTAGCCAACCTTTTTGCTCGGGCTGGGTCTGTAGTGTCAAGAGAAACATGGAAATCAACAATTGAGGCCCTGAGGAAAGTGATGGATTTCCTGGCATCTAAGTCCCACCTGGAAGAAGACAATGCTATGTCTAGGTACTATGCTGCTGTTCTTCGTTGTCTGCAGTTGG
TGTTGTCAGACCCAAAAGGTCCTGTTGCAGAGCATGTGCCAGGTTTTGTGGCAGCATTGGGGATGTTTTTTTCTTATGGGTTGATGGGCAGTCTTTTTATATTTCCTGCTTGCAATCTAGTTAAAGGCAGTTGTGATCAGAAATCAGATTTGGGTACTGGTCGAGAAGGGGTGACTTCAAGAAAGAGTGATTCTGGTCGT
TATCGTCCACCTCATTTGCGCAATAGGACTAAGTCAGCAGCACACCAAACAGCAACAAACGGACAGATCAGTGGGTCTGTGCAGCCTGAGGCTTCTGGAACTTGGGCTTTCTCCTCTGATTCTGAGCTTAGTGATACCGATGGCTCTTTAAGGGATGGAGACCGTTTCAAAAGTTCCAAGGCCAGAACAGCTGCCATTTT
GTGCATACAGGTAGTGTATTCATCTATATCTTGAAATTCTACTGAACAACTGAACTATCAATATGAATGATGTTGGCCAGATTTCAGTATCTAAATGATATGAAACATAAACTATGGAGAGGGTAATTTGGAGATTTTGTTCCTCAAGTTATGCCAGACACTTGGAATTTGAGGAAAATTGATCCAAGGATTATAGAGAA
AACAAGAGAAATAAGCAACATAGTTGCTTAATACCTGCCTCTTATGTAAAAAGATAATAAGATAATGTAAAATAAATTAGCATCTATTTTTTTTTAAATGTCTTCATATATTATTTGTTTTTAGTTTTAAAAACTAGAATAACTATAAAATATCAAAGATATAATACTTTTACTAAAAATATGCATTGGATAAATAATAG
TAGTAGTCTGTAGTAAGAAAGTG

>TRINITY_DN119263_c1_g1_i16 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CATGTTATACATGAAAATGGAGGGAATATGTCTCCGGTAGATGTTACATTTACCTTGGATTTTCTTCTATGCCTACTGTCGTGCTCGGATCTTGAAGCGTTATCCACTTCATGGGCAAACATTAAAAAAGTACAGCCTGCAAAAAACTATTTTAGGAGTCAGAATGTGGAAAATGAAATTGAGCTTCAGACATTGGTTTT
TGTTGCCCTAGCCAACCTTTTTGCTCGGGCTGGGTCTGTAGTGTCAAGAGAAACATGGAAATCAACAATTGAGgtatggaatagttgtgcaaagctgtcaaagtttcaaacattaccttgcactgcatgtacaagaactaatatattaatttgacttagGCCCTGAGGAAAGTGATGGATTTCCTGGCATCTAAGTCCCA
CCTGGAAGAAGACAATGCTATGTCTAGGTA

Intron 10 GTACTCTCAC ... TCTATTCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.81	21	6	11
A2	22.58	12	1	6
A3	26.47	25	4	14
A4	40	12	7	9
A5	13.04	10	1	2
A6	33.33	2	0	2
A7	50	4	3	5
A8	9.09	5	0	1
A9	11.11	12	0	3
A10	23.08	5	0	3

>TRINITY_DN128298_c1_g4_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGCGTAGGTGGCTGAGCACGGTGCTCGCGGGCTCCAGAGAACTGAATAGTTACAAGTGAGTTTATATAGCCAAGGGCCTAGGCATTTGGGCGAGACAGTTCCGAAGATACTGGGGCCGGTAGGAAGACTGTTGCCCCATAATTCGAACGAGTAGATAGGCGAAGGATCAGTTCCAATGTCAGGAAATGGTAAAAACGGG
ATTGCCCACAACCTCTAACCGAAAGAAAATTGAACGCGTTTAACTACGCGACGAATTGGGCTTGCACCGCAAACCAAAAAGCACTATAAGCAGTATCAGTACTACCTCGTTAACAAATGATTTTTCGAACTGCAATGAAAACCATGCTGACCTGCAACCACTCTCGGTGCAACATATGTGCAGATTCGAAGGACCTAATG
ACACATATCTAGGCCTTTGGGTTTCAATTTTCGGCACAGACTAGCAGGAATTCGCAATAAGCAATGGCAACTCCCAGAGGAAGATCATGGAGGGCGGCATTCCTTAATCTCAAGGACCCAGCACTCATTTCGTCCCCTCATTTGCTATTGACAGCTCTTCAGCATCTTCTGTCTCAATCCAAGATGCTGGTCTCTGCAGC
TCCAGACTTGTCGTCTCAAGAGGTGGCTGGAGACATAATGCTGTTGGTAGATTTGACATCGAGAGAGGGCCTGCTTTCTGAAGGTGGTGAACGGAGCAACATTGTTGGTTGCATTTGTCACCTGATCCTTGAATTGAGCTGCCGTTCACAGCTTGAGTTGAAATCATCATCTCTTGTTACCATGATCAACTTTCTTCGAG
GGATTATAGAGTCCTGCCATGAAGCAGCTTGGATTAATTCAACCCTTCCGAAAGATGTTGTCAGTAATGGTAGCAGAAATAAAATGGCAGTGGAGGCATTGCAAGTCCTTACGCATGTTATACATGAAAATGGAGGGAATATGTCTCCGGTAGATGTTACATTTACCTTGGATTTTCTTCTATGCCTACTGTCGTGCTCG
GATCTTGAAGCGTTATCCACTTCATGGGCAAACATTAAAAAAGTACAGCCTGCAAAAAACTATTTTAGGAGTCAGAATGTGGAAAATGAAATTGAGCTTCAGACATTGGTTTTTGTTGCCCTAGCCAACCTTTTTGCTCGGGCTGGGTCTGTAGTGTCAAGAGAAACATGGAAATCAACAATTGAGGCCCTGAGGAAAGT
GATGGATTTCCTGGCATCTAAGTCCCACCTGGAAGAAGACAATGCTATGTCTAGGTACTATGCTGCTGTTCTTCGTTGTCTGCAGTTGGTGTTGTCAGACCCAAAAGGTCCTGTTGCAGAGCATGTGCCAGGTTTTGTGGCAGCATTGGGGATGTTTTTTTCTTATGGGTTGATGGGCAGTCTTTTTATATTTCCTGCTT
GCAATCTAGTTAAAGGCAGTTGTGATCAGAAATCAGATTTGGGTACTGGTCGAGAAGGGGTGACTTCAAGAAAGAGTGATTCTGGTCGTTATCGTCCACCTCATTTGCGCAATAGGACTAAGTCAGCAGCACACCAAACAGCAACAAACGGACAGATCAGTGGGTCTGTGCAGCCTGAGGCTTCTGGAACTTGGGCTTTC
TCCTCTGATTCTGAGCTTAGTGATACCGATGGCTCTTTAAGGGATGGAGACCGTTTCAAAAGTTCCAAGGCCAGAACAGCTGCCATTTTGTGCATACAGTGGCAAGGCTCTTTGTCGAGCTGATCCAAAATCTCTGCATGCACAGTGGACTATGCTTTTGCCCACTCATGATGTGCTGCAACCTCGGCGTTATCAGGCAA
CATTGATGACTTGTTTGCTGTTTGACCCCGTATTGAAGACACGGATAGCTGCCACTACAACTCTAGCTACAATGTTGGAGGGTCCTTCTTCTGTTTTCCTTCAAGTAGCAGAATATAAAGAATCTGCAAAATCAGGGTCATTTACGACACTTTCTAGCGCGCTGGGTCAAATACTGATGCAGCTTCATGCAGGTCTTCTG
CACTTGGTTCTCAATGAATCTCACAGCGGACTACTGATGACCATTTTTAAAGCTCTCTCACTCTTGATATCTGCTGCTCCGTTCAATCGATTGCCTCAGGATCTTCTTCCCAACGTTATATCTTCAGTAGAAAAGAAAACAAAGGAGCTCCTGACATCTTTACAGGACCAGAGCAACATAGTGGCCACTTCAGTTAGTTG
CCTGGGAGCAACATTGAACACAACTCCACCGTCTCCACAAGTAGCCGCTATGCTTGCAGCAGAGTTATCATCAGGGACAGATGACAACCAGGCACTACTTTCTATGTTTTTCTCGTTTACAGAGCCAGCCGCACATCCAGTCATTCGTTTTGAGGCTTTGCAGGCCCTTAGAGCAGCAATACACAATTATCCATCCATTA
TGTCTTTATGTTGGAACCAAATTTCTTCTACAGTCTTGGGATTAATTGCATCATCTTATCTTGACACTGGTGCACATGCCACATCAACAACATTCTGCAAGGGGGTCTCTGGGCAAAACCTGAGACCAGTTGATGACAAAACAATGCTGAGCGCTGTAAAGGTACTGGATGAATATCTTCGAGCTGTGTCTGGTTTTAAA
GGGACAGATGATTTCTTGGATGATGGACCACCCACCGTATTGCCAAGACCAATCAGGTCTTTGCCAACTCTTTCCACATATGAAGTGAAAGGTAGTGAAGGCTGCCAGAAAGACGATCCTGGTAAAGCATCTGGGAGCAGTCAGTGGGTAGAAGCACTAGAGAGATATCTATCTCCAACCCTTGTGCATTATGCTCCCAT
GGTTCGAGCAGCTGCACTTACATGTTTTGCTGGTTTAACATCATCTGTTTTCTTTTCTCTTCCTGATAGCAAACAAAATTTCATTATTTCCTCTATTGTAAGTGCTGCATCAAAAGATGAGGTGCCCTCTGTTAGATCAGCTGCATGCCGAGCAATTGGTGTGATAGCAAGTTTTCCACGGATTTCTGCCAGCAAGAATA
GTTTGGAAGAACTTGCGAATGTCATTCTATCCAACACACTTGATACTTCAGTGTCAGTGAGAATCACAGCATCATGGGCATTGGCAAATATTTGTGATTCACTACGACATAATTTGGGAACTGTGGATGCAGAAAAATGTGCAACAATTGATGTGTCCCCTTTATCCTTGTTAGCTGAATGTGCATTGCGACTTTCAAAG
GATGGTGACAAGATCAAGGCGAATGCTGTGAGGGCTCTGGGCAACCTTTCAAGATTCGTTAAGTTTATTGATGATAACCCCATTGATTCTCTCAGTTATTCCTGCAGTGAGGTCTCCTTGAATTCTGAGTTTAAGTATGAGACTAAGAGAGAAGCAAAACCTTCTACAAGTTCGCCCTGGTTGGAGAGGATGGTGCAAAC
TTTTGTTTCCTGTGTGACTACTGGAAATGTTAAGGTTCAGTGGAATGTGTGCCATGCTTTGCGTAATCTCTTCTTAAATGAGTCTATAAGGTTGCAGTATATGACATGGGCACCTTCAGTTTATAGTATTCTTCTTCTATTGCTTCGTGATTCATCAAATTTTAAGATCCGCATACATGCAGCATCAGCATTGGCTGTAC
CATCAACACGGGAAGATTATGGTGATTCATTTGCCAATATCACACAAGCCCTGGGGCATACATTGGAAGTATTGGACTCTGATATGGGTATAGCACCTTCAAGTTTCAAATATAGAAAAACTCTTGCAGAACAGTTGACATCAACTACTGTTCATATTTTTGGTCTTGCTTTGCCAGAAGATTATGAAAATCTTAATGGC
TTTCTTACCAAGAGGGCATCCTTTTTAGAAGAGTGGTTAAGATCAACATGTGATATTATTGTCAAGTTTGTATCATCTTCTAACACAAAGGACATATTTAGAGAGGATAATGAAGGTGATACCATGTATAGCAAGGATTGCTTGGGTAGCTACACACTGAATGGAGAATGGATTTCGTCCCAAGAATATCTTGCTGACTA
TTGTAACAAACCTGAAGTTGCTGCCTCTGTGAAAGATGAGTTAATGCAAAGTAAATCAAACATTTTGAGGGCAGTAAGAGCATTGATTGAAATGTATCGCTATGGTAATCATCAGCATCTTGTTGCAAAATTTGAGAATTTGGCTTCTCAGATTTCTTAAGGTCCCAATAAGTCACACTCTTTGAAGCTATTTTTATGGC
GTCTTATTAACAGTGACAGTTTTATAACATGTCAGTTTATCAGATTAGGTTTTCCCATTATGTAAATCATTTCCCTTAGTTTATATAGTTGGAAGACCATGGTTTTGAACATTGTGGAGCAATTTGAATGAAGTGACAGTTGCTCCCTTAGTTCCAGAACACTGGAATAGTGTATTCTATAGAAAAGCACAAATGAAAAA
AGCAACAGCCTAAAAGGAATTTGTAATATTGAGTTTCTAGTGTCAATGTTCTTTGTTACAGCAGTAAAAGGAAGAAATTCTTCCTATGTTCTGAATAATTTTTTCCTGCACAGTGCAGTCATTTCTCATAGTAAAGCAATTTGTTTTCTTGGAAAAATCTTAATTGTACATCAAGAATAATACATCTTGGGGCCAAGGGG
CAGATAAGTTGTTTCCCGTTTCTACACAATCAATG

>TRINITY_DN128298_c1_g4_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGACATCTGTATAATTATCAGTAAATGATTAATTTATTAATTATATCATGACTGCAATTCTGAAACTTAAAATAGTTTCAGTTTGCACATCAGTTTTACTGACACAACTTTCTTAAGTGGCAAGGCTCTTTGTCGAGCTGATCCAAAATCTCTGCATGCACAGTGGACTATGCTTTTGCCCACTCATGATGTGCTGCAAC
CTCGGTAAGCTTCAGTTATCAACTTTAATAGTGTAGCATTGATGAATCCAAAGTTTATTCTTTTGCTTCCAAAACATTACTATGCCGTGCCTTAATTGACTAACACTGTAGGATTCAGGCGTTATCAGGCAACATTGATGACTTGTTTGCTGTTTGACCCCGTATTGAAGgtactctcacaggaattgatctcaattata
atcatatactatttatggttatattaaagttggaaatagaaaaaacctgtattcagagcagttttctggactgtaggaactaggaaaggactcatgcttgtctaatacttgtatatttagggtctgtaactaattcattggttgttccatcaaatctattcaagACACGGATAGCTGCCACTACAACTCTAGCTACAATG
TTGGAGGGTCCTTCTTCTGTTTTCCTTCAAGTAGCAGAATATAAAGAATCTGCAAAATCAGGGTCATTTACGACACTTTCTAGCGCGCTGGGTCAAATACTGATGCAGCTTCATGCAGGTCTTCTGCACTTGGTTCTCAATGAATCTCACAGCGGACTACTGATGACCATTTTTAAAGCTCTCTCACTCTTGATATCTGC
TGCTCCGTATGGCACACCCCTATATTTGTTTATTGGTTTAAAACTAAAACGAGAGTTTTTTAAATTTTCTGTAGGAAATGGCAAGCTAGCATTTGATTAAAATTGACAAATGATTTGAAGTAATGGGATATGCGTTCTCTTGCATTGGTGCAAAATCTAATGTTAGATTACTTTTTTTCATACCTTATGGTGAGCTTGTT
CATCACATTCCCTTGTCTTCTGTATTACATGTATTAATTTTACAGTTGCATTAACTGGCTATGGTAATTCGTGGATATTGATATTTTGTTTTCCTTTTCATTTCTTTTTGGC

Intron 11 ATCCTTGAAT ... AAGTCCTTAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.96	15	30	21
A2	69.57	7	17	15
A3	62.5	9	17	13
A4	61.11	7	8	14
A5	68.18	7	9	21
A6	77.78	1	4	3
A7	60	2	2	4
A8	75	1	3	3
A9	60	2	3	3
A10	45.45	3	1	4

>TRINITY_DN128298_c1_g4_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGCGTAGGTGGCTGAGCACGGTGCTCGCGGGCTCCAGAGAACTGAATAGTTACAAGTGAGTTTATATAGCCAAGGGCCTAGGCATTTGGGCGAGACAGTTCCGAAGATACTGGGGCCGGTAGGAAGACTGTTGCCCCATAATTCGAACGAGTAGATAGGCGAAGGATCAGTTCCAATGTCAGGAAATGGTAAAAACGGG
ATTGCCCACAACCTCTAACCGAAAGAAAATTGAACGCGTTTAACTACGCGACGAATTGGGCTTGCACCGCAAACCAAAAAGCACTATAAGCAGTATCAGTACTACCTCGTTAACAAATGATTTTTCGAACTGCAATGAAAACCATGCTGACCTGCAACCACTCTCGGTGCAACATATGTGCAGATTCGAAGGACCTAATG
ACACATATCTAGGCCTTTGGGTTTCAATTTTCGGCACAGACTAGCAGGAATTCGCAATAAGCAATGGCAACTCCCAGAGGAAGATCATGGAGGGCGGCATTCCTTAATCTCAAGGACCCAGCACTCATTTCGTCCCCTCATTTGCTATTGACAGCTCTTCAGCATCTTCTGTCTCAATCCAAGATGCTGGTCTCTGCAGC
TCCAGACTTGTCGTCTCAAGAGGTGGCTGGAGACATAATGCTGTTGGTAGATTTGACATCGAGAGAGGGCCTGCTTTCTGAAGGTGGTGAACGGAGCAACATTGTTGGTTGCATTTGTCACCTGGCATGTTATACATGAAAATGGAGGGAATATGTCTCCGGTAGATGTTACATTTACCTTGGATTTTCTTCTATGCCTA
CTGTCGTGCTCGGATCTTGAAGCGTTATCCACTTCATGGGCAAACATTAAAAAAGTACAGCCTGCAAAAAACTATTTTAGGAGTCAGAATGTGGAAAATGAAATTGAGCTTCAGACATTGGTTTTTGTTGCCCTAGCCAACCTTTTTGCTCGGGCTGGGTCTGTAGTGTCAAGAGAAACATGGAAATCAACAATTGAGGC
CCTGAGGAAAGTGATGGATTTCCTGGCATCTAAGTCCCACCTGGAAGAAGACAATGCTATGTCTAGGTACTATGCTGCTGTTCTTCGTTGTCTGCAGTTGGTGTTGTCAGACCCAAAAGGTCCTGTTGCAGAGCATGTGCCAGGTTTTGTGGCAGCATTGGGGATGTTTTTTTCTTATGGGTTGATGGGCAGTCTTTTTA
TATTTCCTGCTTGCAATCTAGTTAAAGGCAGTTGTGATCAGAAATCAGATTTGGGTACTGGTCGAGAAGGGGTGACTTCAAGAAAGAGTGATTCTGGTCGTTATCGTCCACCTCATTTGCGCAATAGGACTAAGTCAGCAGCACACCAAACAGCAACAAACGGACAGATCAGTGGGTCTGTGCAGCCTGAGGCTTCTGGA
ACTTGGGCTTTCTCCTCTGATTCTGAGCTTAGTGATACCGATGGCTCTTTAAGGGATGGAGACCGTTTCAAAAGTTCCAAGGCCAGAACAGCTGCCATTTTGTGCATACAG

>TRINITY_DN128298_c1_g4_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGGCGTAGGTGGCTGAGCACGGTGCTCGCGGGCTCCAGAGAACTGAATAGTTACAAGTGAGTTTATATAGCCAAGGGCCTAGGCATTTGGGCGAGACAGTTCCGAAGATACTGGGGCCGGTAGGAAGACTGTTGCCCCATAATTCGAACGAGTAGATAGGCGAAGGATCAGTTCCAATGTCAGGAAATGGTAAAAACGGG
ATTGCCCACAACCTCTAACCGAAAGAAAATTGAACGCGTTTAACTACGCGACGAATTGGGCTTGCACCGCAAACCAAAAAGCACTATAAGCAGTATCAGTACTACCTCGTTAACAAATGATTTTTCGAACTGCAATGAAAACCATGCTGACCTGCAACCACTCTCGGTGCAACATATGTGCAGATTCGAAGGACCTAATG
ACACATATCTAGGCCTTTGGGTTTCAATTTTCGGCACAGACTAGCAGGAATTCGCAATAAGCAATGGCAACTCCCAGAGGAAGATCATGGAGGGCGGCATTCCTTAATCTCAAGGACCCAGCACTCATTTCGTCCCCTCATTTGCTATTGACAGCTCTTCAGCATCTTCTGTCTCAATCCAAGATGCTGGTCTCTGCAGC
TCCAGACTTGTCGTCTCAAGAGGTGGCTGGAGACATAATGCTGTTGGTAGATTTGACATCGAGAGAGGGCCTGCTTTCTGAAGGTGGTGAACGGAGCAACATTGTTGGTTGCATTTGTCACCTGatccttgaattgagctgccgttcacagcttgagttgaaatcatcatctcttgttaccatgatcaactttcttcgag
ggattatagagtcctgccatgaagcagcttggattaattcaacccttccgaaagatgttgtcagtaatggtagcagaaataaaatggcagtggaggcattgcaagtccttacGCATGTTATACATGAAAATGGAGGGAATATGTCTCCGGTAGATGTTACATTTACCTTGGATTTTCTTCTATGCCTACTGTCGTGCTCG
GATCTTGAAGCGTTATCCACTTCATGGGCAAACATTAAAAAAGTACAGCCTGCAAAAAACTATTTTAGGAGTCAGAATGTGGAAAATGAAATTGAGCTTCAGACATTGGTTTTTGTTGCCCTAGCCAACCTTTTTGCTCGGGCTGGGTCTGTAGTGTCAAGAGAAACATGGAAATCAACAATTGAGGCCCTGAGGAAAGT
GATGGATTTCCTGGCATCTAAGTCCCACCTGGAAGAAGACAATGCTATGTCTAGGTACTATGCTGCTGTTCTTCGTTGTCTGCAGTTGGTGTTGTCAGACCCAAAAGGTCCTGTTGCAGAGCATGTGCCAGGTTTTGTGGCAGCATTGGGGATGTTTTTTTCTTATGGGTTGATGGGCAGTCTTTTTATATTTCCTGCTT
GCAATCTAGTTAAAGGCAGTTGTGATCAGAAATCAGATTTGGGTACTGGTCGAGAAGGGGTGACTTCAAGAAAGAGTGATTCTGGTCGTTATCGTCCACCTCATTTGCGCAATAGGACTAAGTCAGCAGCACACCAAACAGCAACAAACGGACAGATCAGTGGGTCTGTGCAGCCTGAGGCTTCTGGAACTTGGGCTTTC
TCCTCTGATTCTGAGCTTAGTGATACCGATGGCTCTTTAAGGGATGGAGACCGTTTCAAAAGTTCCAAGGCCAGAACAGCTGCCATTTTGTGCATACAGTGGCAAGGCTCTTTGTCGAGCTGATCCAAAATCTCTGCATGCACAGTGGACTATGCTTTTGCCCACTCATGATGTGCTGCAACCTCGGCGTTATCAGGCAA
CATTGATGACTTGTTTGCTGTTTGACCCCGTATTGAAGACACGGATAGCTGCCACTACAACTCTAGCTACAATGTTGGAGGGTCCTTCTTCTGTTTTCCTTCAAGTAGCAGAATATAAAGAATCTGCAAAATCAGGGTCATTTACGACACTTTCTAGCGCGCTGGGTCAAATACTGATGCAGCTTCATGCAGGTCTTCTG
CACTTGGTTCTCAATGAATCTCACAGCGGACTACTGATGACCATTTTTAAAGCTCTCTCACTCTTGATATCTGCTGCTCCGTTCAATCGATTGCCTCAGGATCTTCTTCCCAACGTTATATCTTCAGTAGAAAAGAAAACAAAGGAGCTCCTGACATCTTTACAGGACCAGAGCAACATAGTGGCCACTTCAGTTAGTTG
CCTGGGAGCAACATTGAACACAACTCCACCGTCTCCACAAGTAGCCGCTATGCTTGCAGCAGAGTTATCATCAGGGACAGATGACAACCAGGCACTACTTTCTATGTTTTTCTCGTTTACAGAGCCAGCCGCACATCCAGTCATTCGTTTTGAGGCTTTGCAGGCCCTTAGAGCAGCAATACACAATTATCCATCCATTA
TGTCTTTATGTTGGAACCAAATTTCTTCTACAGTCTTGGGATTAATTGCATCATCTTATCTTGACACTGGTGCACATGCCACATCAACAACATTCTGCAAGGGGGTCTCTGGGCAAAACCTGAGACCAGTTGATGACAAAACAATGCTGAGCGCTGTAAAGGTACTGGATGAATATCTTCGAGCTGTGTCTGGTTTTAAA
GGGACAGATGATTTCTTGGATGATGGACCACCCACCGTATTGCCAAGACCAATCAGGTCTTTGCCAACTCTTTCCACATATGAAGTGAAAGGTAGTGAAGGCTGCCAGAAAGACGATCCTGGTAAAGCATCTGGGAGCAGTCAGTGGGTAGAAGCACTAGAGAGATATCTATCTCCAACCCTTGTGCATTATGCTCCCAT
GGTTCGAGCAGCTGCACTTACATGTTTTGCTGGTTTAACATCATCTGTTTTCTTTTCTCTTCCTGATAGCAAACAAAATTTCATTATTTCCTCTATTGTAAGTGCTGCATCAAAAGATGAGGTGCCCTCTGTTAGATCAGCTGCATGCCGAGCAATTGGTGTGATAGCAAGTTTTCCACGGATTTCTGCCAGCAAGAATA
GTTTGGAAGAACTTGCGAATGTCATTCTATCCAACACACTTGATACTTCAGTGTCAGTGAGAATCACAGCATCATGGGCATTGGCAAATATTTGTGATTCACTACGACATAATTTGGGAACTGTGGATGCAGAAAAATGTGCAACAATTGATGTGTCCCCTTTATCCTTGTTAGCTGAATGTGCATTGCGACTTTCAAAG
GATGGTGACAAGATCAAGGCGAATGCTGTGAGGGCTCTGGGCAACCTTTCAAGATTCGTTAAGTTTATTGATGATAACCCCATTGATTCTCTCAGTTATTCCTGCAGTGAGGTCTCCTTGAATTCTGAGTTTAAGTATGAGACTAAGAGAGAAGCAAAACCTTCTACAAGTTCGCCCTGGTTGGAGAGGATGGTGCAAAC
TTTTGTTTCCTGTGTGACTACTGGAAATGTTAAGGTTCAGTGGAATGTGTGCCATGCTTTGCGTAATCTCTTCTTAAATGAGTCTATAAGGTTGCAGTATATGACATGGGCACCTTCAGTTTATAGTATTCTTCTTCTATTGCTTCGTGATTCATCAAATTTTAAGATCCGCATACATGCAGCATCAGCATTGGCTGTAC
CATCAACACGGGAAGGCAAGGACTTTACTGCAGTAAATACATGATTGTTTCTATTTCTTGCTCTGTAATAATAGTGGTCTTCATTTTTTATGCTTTTTTCCTTTACTTTTGAATTCAATTTTTCTTAAAAAATGCTTTGTTTTGACATTTGCCTTTTACAAAATTTTTAGAGTTTGGATACAGTGTTCTTGACAAGGGAC
AGGCTTATATAATTGGCTTTCTTACCAAGTGAGATTTCTTGCTATGTGAATACAATAAATGATCAAAGCATACATCAGATGATATCTTCTTTTAATCTGCACAAAGCAATAACCAACAACACCACCACAAAGGGACATTTTCATATAACTGGCTTTCCTTCCAATTGACATGTTGATTGTCAAACATGAGGTCATGAACA
AATCAATGTGGCCAAATTGTCAGATGCACATCTTGCAGTCCAACCACATAATCTCCACTTATGATTGTTGGTAACTAGGGCAGCTATCATTTGGATCTCATGCTTAGGGATAGTAGTCAATTTCTAGGCTCGCTATTGTTTAGATCTTTTGTTGGACACTACTCTGTTCCCTTTGCACCTAGTGTTGCCTTTGAATATTT
TCCTGTTATGTTGTCCATGTGCCTAGTCGTGGTTCCACGTGTGATGCATCGAAAGAACTTTACTT

Intron 12 GTAAGCTTCA ... TAGGATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.53	18	7	6
A2	10.53	17	1	3
A3	19.15	19	6	3
A4	42.86	6	3	6
A5	16.67	10	2	2
A6	0	3	0	0
A7	27.27	4	0	3
A8	25	3	2	0
A9	0	10	0	0
A10	11.11	4	1	0

>TRINITY_DN128298_c1_g4_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGCGTAGGTGGCTGAGCACGGTGCTCGCGGGCTCCAGAGAACTGAATAGTTACAAGTGAGTTTATATAGCCAAGGGCCTAGGCATTTGGGCGAGACAGTTCCGAAGATACTGGGGCCGGTAGGAAGACTGTTGCCCCATAATTCGAACGAGTAGATAGGCGAAGGATCAGTTCCAATGTCAGGAAATGGTAAAAACGGG
ATTGCCCACAACCTCTAACCGAAAGAAAATTGAACGCGTTTAACTACGCGACGAATTGGGCTTGCACCGCAAACCAAAAAGCACTATAAGCAGTATCAGTACTACCTCGTTAACAAATGATTTTTCGAACTGCAATGAAAACCATGCTGACCTGCAACCACTCTCGGTGCAACATATGTGCAGATTCGAAGGACCTAATG
ACACATATCTAGGCCTTTGGGTTTCAATTTTCGGCACAGACTAGCAGGAATTCGCAATAAGCAATGGCAACTCCCAGAGGAAGATCATGGAGGGCGGCATTCCTTAATCTCAAGGACCCAGCACTCATTTCGTCCCCTCATTTGCTATTGACAGCTCTTCAGCATCTTCTGTCTCAATCCAAGATGCTGGTCTCTGCAGC
TCCAGACTTGTCGTCTCAAGAGGTGGCTGGAGACATAATGCTGTTGGTAGATTTGACATCGAGAGAGGGCCTGCTTTCTGAAGGTGGTGAACGGAGCAACATTGTTGGTTGCATTTGTCACCTGATCCTTGAATTGAGCTGCCGTTCACAGCTTGAGTTGAAATCATCATCTCTTGTTACCATGATCAACTTTCTTCGAG
GGATTATAGAGTCCTGCCATGAAGCAGCTTGGATTAATTCAACCCTTCCGAAAGATGTTGTCAGTAATGGTAGCAGAAATAAAATGGCAGTGGAGGCATTGCAAGTCCTTACGCATGTTATACATGAAAATGGAGGGAATATGTCTCCGGTAGATGTTACATTTACCTTGGATTTTCTTCTATGCCTACTGTCGTGCTCG
GATCTTGAAGCGTTATCCACTTCATGGGCAAACATTAAAAAAGTACAGCCTGCAAAAAACTATTTTAGGAGTCAGAATGTGGAAAATGAAATTGAGCTTCAGACATTGGTTTTTGTTGCCCTAGCCAACCTTTTTGCTCGGGCTGGGTCTGTAGTGTCAAGAGAAACATGGAAATCAACAATTGAGGCCCTGAGGAAAGT
GATGGATTTCCTGGCATCTAAGTCCCACCTGGAAGAAGACAATGCTATGTCTAGGTACTATGCTGCTGTTCTTCGTTGTCTGCAGTTGGTGTTGTCAGACCCAAAAGGTCCTGTTGCAGAGCATGTGCCAGGTTTTGTGGCAGCATTGGGGATGTTTTTTTCTTATGGGTTGATGGGCAGTCTTTTTATATTTCCTGCTT
GCAATCTAGTTAAAGGCAGTTGTGATCAGAAATCAGATTTGGGTACTGGTCGAGAAGGGGTGACTTCAAGAAAGAGTGATTCTGGTCGTTATCGTCCACCTCATTTGCGCAATAGGACTAAGTCAGCAGCACACCAAACAGCAACAAACGGACAGATCAGTGGGTCTGTGCAGCCTGAGGCTTCTGGAACTTGGGCTTTC
TCCTCTGATTCTGAGCTTAGTGATACCGATGGCTCTTTAAGGGATGGAGACCGTTTCAAAAGTTCCAAGGCCAGAACAGCTGCCATTTTGTGCATACAGTGGCAAGGCTCTTTGTCGAGCTGATCCAAAATCTCTGCATGCACAGTGGACTATGCTTTTGCCCACTCATGATGTGCTGCAACCTCGGCGTTATCAGGCAA
CATTGATGACTTGTTTGCTGTTTGACCCCGTATTGAAGACACGGATAGCTGCCACTACAACTCTAGCTACAATGTTGGAGGGTCCTTCTTCTGTTTTCCTTCAAGTAGCAGAATATAAAGAATCTGCAAAATCAGGGTCATTTACGACACTTTCTAGCGCGCTGGGTCAAATACTGATGCAGCTTCATGCAGGTCTTCTG
CACTTGGTTCTCAATGAATCTCACAGCGGACTACTGATGACCATTTTTAAAGCTCTCTCACTCTTGATATCTGCTGCTCCGTTCAATCGATTGCCTCAGGATCTTCTTCCCAACGTTATATCTTCAGTAGAAAAGAAAACAAAGGAGCTCCTGACATCTTTACAGGACCAGAGCAACATAGTGGCCACTTCAGTTAGTTG
CCTGGGAGCAACATTGAACACAACTCCACCGTCTCCACAAGTAGCCGCTATGCTTGCAGCAGAGTTATCATCAGGGACAGATGACAACCAGGCACTACTTTCTATGTTTTTCTCGTTTACAGAGCCAGCCGCACATCCAGTCATTCGTTTTGAGGCTTTGCAGGCCCTTAGAGCAGCAATACACAATTATCCATCCATTA
TGTCTTTATGTTGGAACCAAATTTCTTCTACAGTCTTGGGATTAATTGCATCATCTTATCTTGACACTGGTGCACATGCCACATCAACAACATTCTGCAAGGGGGTCTCTGGGCAAAACCTGAGACCAGTTGATGACAAAACAATGCTGAGCGCTGTAAAGGTACTGGATGAATATCTTCGAGCTGTGTCTGGTTTTAAA
GGGACAGATGATTTCTTGGATGATGGACCACCCACCGTATTGCCAAGACCAATCAGGTCTTTGCCAACTCTTTCCACATATGAAGTGAAAGGTAGTGAAGGCTGCCAGAAAGACGATCCTGGTAAAGCATCTGGGAGCAGTCAGTGGGTAGAAGCACTAGAGAGATATCTATCTCCAACCCTTGTGCATTATGCTCCCAT
GGTTCGAGCAGCTGCACTTACATGTTTTGCTGGTTTAACATCATCTGTTTTCTTTTCTCTTCCTGATAGCAAACAAAATTTCATTATTTCCTCTATTGTAAGTGCTGCATCAAAAGATGAGGTGCCCTCTGTTAGATCAGCTGCATGCCGAGCAATTGGTGTGATAGCAAGTTTTCCACGGATTTCTGCCAGCAAGAATA
GTTTGGAAGAACTTGCGAATGTCATTCTATCCAACACACTTGATACTTCAGTGTCAGTGAGAATCACAGCATCATGGGCATTGGCAAATATTTGTGATTCACTACGACATAATTTGGGAACTGTGGATGCAGAAAAATGTGCAACAATTGATGTGTCCCCTTTATCCTTGTTAGCTGAATGTGCATTGCGACTTTCAAAG
GATGGTGACAAGATCAAGGCGAATGCTGTGAGGGCTCTGGGCAACCTTTCAAGATTCGTTAAGTTTATTGATGATAACCCCATTGATTCTCTCAGTTATTCCTGCAGTGAGGTCTCCTTGAATTCTGAGTTTAAGTATGAGACTAAGAGAGAAGCAAAACCTTCTACAAGTTCGCCCTGGTTGGAGAGGATGGTGCAAAC
TTTTGTTTCCTGTGTGACTACTGGAAATGTTAAGGTTCAGTGGAATGTGTGCCATGCTTTGCGTAATCTCTTCTTAAATGAGTCTATAAGGTTGCAGTATATGACATGGGCACCTTCAGTTTATAGTATTCTTCTTCTATTGCTTCGTGATTCATCAAATTTTAAGATCCGCATACATGCAGCATCAGCATTGGCTGTAC
CATCAACACGGGAAGATTATGGTGATTCATTTGCCAATATCACACAAGCCCTGGGGCATACATTGGAAGTATTGGACTCTGATATGGGTATAGCACCTTCAAGTTTCAAATATAGAAAAACTCTTGCAGAACAGTTGACATCAACTACTGTTCATATTTTTGGTCTTGCTTTGCCAGAAGATTATGAAAATCTTAATGGC
TTTCTTACCAAGAGGGCATCCTTTTTAGAAGAGTGGTTAAGATCAACATGTGATATTATTGTCAAGTTTGTATCATCTTCTAACACAAAGGACATATTTAGAGAGGATAATGAAGGTGATACCATGTATAGCAAGGATTGCTTGGGTAGCTACACACTGAATGGAGAATGGATTTCGTCCCAAGAATATCTTGCTGACTA
TTGTAACAAACCTGAAGTTGCTGCCTCTGTGAAAGATGAGTTAATGCAAAGTAAATCAAACATTTTGAGGGCAGTAAGAGCATTGATTGAAATGTATCGCTATGGTAATCATCAGCATCTTGTTGCAAAATTTGAGAATTTGGCTTCTCAGATTTCTTAAGGTCCCAATAAGTCACACTCTTTGAAGCTATTTTTATGGC
GTCTTATTAACAGTGACAGTTTTATAACATGTCAGTTTATCAGATTAGGTTTTCCCATTATGTAAATCATTTCCCTTAGTTTATATAGTTGGAAGACCATGGTTTTGAACATTGTGGAGCAATTTGAATGAAGTGACAGTTGCTCCCTTAGTTCCAGAACACTGGAATAGTGTATTCTATAGAAAAGCACAAATGAAAAA
AGCAACAGCCTAAAAGGAATTTGTAATATTGAGTTTCTAGTGTCAATGTTCTTTGTTACAGCAGTAAAAGGAAGAAATTCTTCCTATGTTCTGAATAATTTTTTCCTGCACAGTGCAGTCATTTCTCATAGTAAAGCAATTTGTTTTCTTGGAAAAATCTTAATTGTACATCAAGAATAATACATCTTGGGGCCAAGGGG
CAGATAAGTTGTTTCCCGTTTCTACACAATCAATG

>TRINITY_DN128298_c1_g4_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGACATCTGTATAATTATCAGTAAATGATTAATTTATTAATTATATCATGACTGCAATTCTGAAACTTAAAATAGTTTCAGTTTGCACATCAGTTTTACTGACACAACTTTCTTAAGTGGCAAGGCTCTTTGTCGAGCTGATCCAAAATCTCTGCATGCACAGTGGACTATGCTTTTGCCCACTCATGATGTGCTGCAAC
CTCGgtaagcttcagttatcaactttaatagtgtagcattgatgaatccaaagtttattcttttgcttccaaaacattactatgccgtgccttaattgactaacactgtaggattcagGCGTTATCAGGCAACATTGATGACTTGTTTGCTGTTTGACCCCGTATTGAAGGTACTCTCACAGGAATTGATCTCAATTATA
ATCATATACTATTTATGGTTATATTAAAGTTGGAAATAGAAAAAACCTGTATTCAGAGCAGTTTTCTGGACTGTAGGAACTAGGAAAGGACTCATGCTTGTCTAATACTTGTATATTTAGGGTCTGTAACTAATTCATTGGTTGTTCCATCAAATCTATTCAAGACACGGATAGCTGCCACTACAACTCTAGCTACAATG
TTGGAGGGTCCTTCTTCTGTTTTCCTTCAAGTAGCAGAATATAAAGAATCTGCAAAATCAGGGTCATTTACGACACTTTCTAGCGCGCTGGGTCAAATACTGATGCAGCTTCATGCAGGTCTTCTGCACTTGGTTCTCAATGAATCTCACAGCGGACTACTGATGACCATTTTTAAAGCTCTCTCACTCTTGATATCTGC
TGCTCCGTTCAATCGATTGCCTCAGGATCTTCTTCCCAACGTTATATCTTCAGTAGAAAAGAAAACAAAGGAGCTCCTGACATCTTTACAGGACCAGAGCAACATAGTGGCCACTTCAGTTAGTTGCCTGGGAGCAACATTGAACACAACTCCACCGTCTCCACAAGTAGCCGCTATGCTTGCAGCAGAGTTATCATCAG
GGACAGATGACAACCAGGCACTACTTTCTATGTTTTTCTCGTTTACAGAGCCAGCCGCACATCCAGTCATTCGTTTTGAGGCTTTGCAGGCCCTTAGAGCAGCAATACACAATTATCCATCCATTATGTCTTTATGTTGGAACCAAATTTCTTCTACAGTCTTGGGATTAATTGCATCATCTTATCTTGACACTGGTGCA
CATGCCACATCAACAACATTCTGCAAGGGGGTCTCTGGGCAAAACCTGAGACCAGTTGATGACAAAACAATGCTGAGCGCTGTAAAGGTACTGGATGAATATCTTCGAGCTGTGTCTGGTTTTAAAGGGACAGATGATTTCTTGGATGATGGACCACCCACCGTATTGCCAAGACCAATCAGGTCTTTGCCAACTCTTTC
CACATATGAAGTGAAAGGTAGTGAAGGCTGCCAGAAAGACGATCCTGGTAAAGCATCTGGGAGCAGTCAGTGGGTAGAAGCACTAGAGAGATATCTATCTCCAACCCTTGTGCATTATGCTCCCATGGTAGGCTTATCTTGTTTATGCTTAAAAATTGACTTGCTAGCTTATTGAGGAAACTTGTTTAAATGCAGTGAAA
ATAAACTGACTTAGTTGTGCGTTGGATTAATTTAGCCCATAAGTTTATGCAAAGATGTTTCTGGTGCCAGGAAATATAGTAACCCACAATTTCTGCCTGACCATTTCCTTGAGGATAGAAATTTGATGAGTGAGACAAAATAATGCCATGTTGGAAACAAAAAGAAGAAAGCTTGTCCGAGTTAAAGG

Intron 13 GTAAACTTAC ... GGGTCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.73	55	7.4	7.5
A2	26.29	15	4.9	5.9
A3	29.39	27	8.9	14.1
A4	22.23	32	9.3	9.5
A5	8.96	27	1.9	3.5
A6	0	5	0	0
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A8	0	3	0	0
A9	15.72	7	1	1.6
A10	9.58	7	0.9	0.6

>TRINITY_DN119263_c1_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GCGAGACAGTTCCCGAAGATACTGGGGCCGGTAGGAAGACTGTTGCCCCATAATTCGAACGAGTAGATAGGCGAAGGATCAGTTCCAATGTCAGGAAATGGTAAAAACGGGATTGCCCACAACCTCTAACCGAAAGAAAATTGAACGCGTTTAACTACGCGACGAATTGGGCTTGCACCGCAAACCAAAAAGCACTATAA
GCAGTATCAGTACTACCTCGTTAACAAATGATTTTTCGAACTGCAATGAAAACCATGCTGACCTGCAACCACTCTCGGTGCAACATATGTGCAGATTCGAAGGACCTAATGACACATATCTAGGCCTTTGGGTTTCAATTTTCGGCACAGACTAGCAGGAATTCGCAATAAGCAATGGCAACTCCCAGAGGAAGATCATG
GAGGGCGGCATTCCTTAATCTCAAGGACCCAGCACTCATTTCGTCCCCTCATTTGCTATTGACTGCTCTTCAGCATCTTCTGTCTCAATCCAAGATGCTGGTCTCTGCAGCTCCAGACTTGTCGTCTCAAGAGGTGGCTGGAGACATAATGCTGTTGGTAGATTTGACATCGAGAGAGGGCCTGCTTTCTGAAGGTGGTG
AACGGAGCAACATTGTTGGTTGCATTTGTCACCTGATCCTTGAATTGAGCTGCCGTTCACAGCTTGAGTTGAAATCATCATCTCTTGTTACCATGATCAACTTTCTTCGAGGGATTATAGAGTCCTGCCATGAAGCAGCTTGGATTAATTCAACCCTTCCGAAAGATGTTGTCAGTAATGGTAGCAGAAATAAAATGGCA
GTGGAGGCATTGCAAGTCCTTACGCATGTTATACATGAAAATGGAGGGAATATGTCTCCGGTAGATGTTACATTTACCTTGGATTTTCTTCTATGCCTACTGTCGTGCTCGGATCTTGAAGCGTTATCCACTTCATGGGCAAACATTAAAAAAGTACAGCCTGCAAAAAACTATTTTAGGAGTCAGAATGTGGAAAATGA
AATTGAGCTTCAGACATTGGTTTTTGTTGCCCTAGCCAACCTTTTTGCTCGGGCTGGGTCTGTAGTGTCAAGAGAAACATGGAAATCAACAATTGAGGCCCTGAGGAAAGTGATGGATTTCCTGGCATCTAAGTCCCACCTGGAAGAAGACAATGCTATGTCTAGGTACTATGCTGCTGTTCTTCGTTGTCTGCAGTTGG
TGTTGTCAGACCCAAAAGGTCCTGTTGCAGAGCATGTGCCAGGTTTTGTGGCAGCATTGGGGATGTTTTTTTCTTATGGGTTGATGGGCAGTCTTTTTATATTTCCTGCTTGCAATCTAGTTAAAGGCAGTTGTGATCAGAAATCAGATTTGGGTACTGGTCGAGAAGGGGTGACTTCAAGAAAGAGTGATTCTGGTCGT
TATCGTCCACCTCATTTGCGCAATAGGACTAAGTCAGCAGCACACCAAACAGCAACAAACGGACAGATCAGTGGGTCTGTGCAGCCTGAGGCTTCTGGAACTTGGGCTTTCTCCTCTGATTCTGAGCTTAGTGATACCGATGGCTCTTTAAGGGATGGAGACCGTTTCAAAAGTTCCAAGGCCAGAACAGCTGCCATTTT
GTGCATACAGGTAGTGTATTCATCTATATCTTGAAATTCTACTGAACAACTGAACTATCAATATGAATGATGTTGGCCAGATTTCAGTATCTAAATGATATGAAACATAAACTATGGAGAGGGTAATTTGGAGATTTTGTTCCTCAAGTTATGCCAGACACTTGGAATTTGAGGAAAATTGATCCAAGGATTATAGAGAA
AACAAGAGAAATAAGCAACATAGTTGCTTAATACCTGCCTCTTATGTAAAAAGATAATAAGATAATGTAAAATAAATTAGCATCTATTTTTTTTTAAATGTCTTCATATATTATTTGTTTTTAGTTTTAAAAACTAGAATAACTATAAAATATCAAAGATATAATACTTTTACTAAAAATATGCATTGGATAAATAATAG
TAGTAGTCTGTAGTAAGAAAGTG

>TRINITY_DN119263_c1_g1_i24 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GCGAGACAGTTCCCGAAGATACTGGGGCCGGTAGGAAGACTGTTGCCCCATAATTCGAACGAGTAGATAGGCGAAGGATCAGTTCCAATGTCAGGAAATGGTAAAAACGGGATTGCCCACAACCTCTAACCGAAAGAAAATTGAACGCGTTTAACTACGCGACGAATTGGGCTTGCACCGCAAACCAAAAAGCACTATAA
GCAGTATCAGTACTACCTCGTTAACAAATGATTTTTCGAACTGCAATGAAAACCATGCTGACCTGCAACCACTCTCGGTGCAACATATGTGCAGATTCGAAGGACCTAATGACACATATCTAGGCCTTTGGGTTTCAATTTTCGGCACAGACTAGCAGGAATTCGCAATAAGCAATGGCAACTCCCAGAGGAAGATCATG
GAGGGCGGCATTCCTTAATCTCAAGGACCCAGCACTCATTTCGTCCCCTCATTTGCTATTGACTGCTCTTCAGCATCTTCTGTCTCAATCCAAGATGCTGGTCTCTGCAGCTCCAGACTTGTCGTCTCAAGAGGTGGCTGGAGACATAATGCTGTTGGTAGATTTGACATCGAGAGAGGGCCTGCTTTCTGAAGGTGGTG
AACGGAGCAACATTGTTGGTTGCATTTGTCACCTGATCCTTGAATTGAGCTGCCGTTCACAGCTTGAGTTGAAATCATCATCTCTTGTTACCATGATCAACTTTCTTCGAGGGATTATAGAGTCCTGCCATGAAGCAGCTTGGATTAATTCAACCCTTCCGAAAGATGTTGTCAGTAATGGTAGCAGAAATAAAATGGCA
GTGGAGGCATTGCAAGTCCTTACGCATGTTATACATGAAAATGGAGGGAATATGTCTCCGGTAGATGTTACATTTACCTTGGATTTTCTTCTATGCCTACTGTCGTGCTCGGATCTTGAAGCGTTATCCACTTCATGGGCAAACATTAAAAAAGTACAGCCTGCAAAAAACTATTTTAGGAGTCAGAATGTGGAAAATGA
AATTGAGCTTCAGACATTGGTTTTTGTTGCCCTAGCCAACCTTTTTGCTCGGGCTGGGTCTGTAGTGTCAAGAGAAACATGGAAATCAACAATTGAGGCCCTGAGGAAAGTGATGGATTTCCTGGCATCTAAGTCCCACCTGGAAGAAGACAATGCTATGTCTAGgtaaacttacatatgatttttatttttgaggagtt
cagatgaacttaacttgcccaagagtagagatgttttgaagagtgtttacatgggtccacagGTACTATGCTGCTGTTCTTCGTTGTCTGCAGTTGGTGTTGTCAGACCCAAAAGGTCCTGTTGCAGAGCATGTAAGGCACTTCACAATGTTCCAGGGACAATAGTCTTTGCAGCATCTAGATTAGATCGATC