NA ----> NA

Intron 1 GTATGATGAG ... TTTCGGTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.35	32	53	2
A2	66.67	6	12	0
A3	54.05	17	20	0
A4	61.54	15	24	0
A5	75	7	21	0
A6	100	0	9	0
A7	88.24	2	15	0
A8	29.41	12	5	0
A9	50	2	2	0
A10	94.74	1	18	0

>TRINITY_DN112452_c0_g1_i11 from sample A5 / Example spliced isoform

TTGTCAAAGCCCAATCCCCGCCCAATCCCCTTTAAGGCTGATTGTTCAAGAGCTTCTTGGTTTTTGCTTTTTAACCTTTTGGTTGGTGCCTGAGGTTTTGAAAATTGCATAGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGTATGATATGGTGTTTTTGGTGTTTGGTTCTGATCTTTTCAATTCTTTTGTTTTGGGTT
GTTGATTTTTATATTTAGATTTGTGATCTGATTTCCTGTGTATGTGTATATTTGTAATTTGTTCTGGTTTGATTCTATTATTAAGGTCTCAATGTAGTGTTTCATCTTGTGTTTCTCCTTAGATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTAAAGCTAAATTCAAAGAAGGTATGATTATATTTTTCGATATTCTATTGCAAC
TATTTCTTTACAGTATTTGAATTCTGACCAATATGAATAGAAACGCATGCATTCAGATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACCATTGGAGATAGTAGAGGCAGCAAGGTAAGATTTAACTTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTTGCTATGAT
TCTCTTCATTTCTCCTTCATTCCCTTGGTTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATGGCATGATCTAAATAACAATAGGAATGTATATTATTTCATAGAATTATTGGAGTTCCTCTAATTTTCTTGATTTCTCTGTTTAGAATTGTATCTAATTTTCTCGATTCTCTGTTTA
GAATTGTTTGTTGCATAGAGATCTTTCATTTCCCATTTAATCCTCATTCCTGTTTTGGAGTGCGAGCTATTTTCCTCTGTTTTCCTTCATGGCTTCTTGTTGAACCTTCTTGTTGCACGCTTATGCTAATTTAGCTTCCTGTCTGCGAAGCTGCCAGAGTCCTCACGCTTTTAACGCTTTCTGATTTTAATGTCAATTTT
TTTTCAGTTTAGTAACGGGTGTTGATTTTGTTGTTTAGATTTTGCATATTTCCACGATGCCACTGTTGTCATGATTTTTATGGGTTTCTTGTCTGTTTTTCTGGATGGCTTTGTTGGCTCTGAGAAAATTATATGCGGTTGATAGATTTATTTGATTTCAGTGTTGAAAACTTGGGTAAATTTTTGTGAGTAAATTTCTT
TATAATTTTCTTGTGGGCATGTTGTTGCCTTTTGCCTTTTCTTTTGACAATTTTTGGAGTCTCGGCATTATTTCCTTTGACAGCACTTTACTTCTCTATTCAGGCATTTTGGCTGTTTCTCTTGCTCAAATCCTTCGTCCCACCTTCAAGCCAGCTACTGTTATGAATTTAATTTTCTCTAATAGATGTTTTTTTGGACC
CAATAATTATTACTAGGTCGATAAATTTATCTCGTTTTGGCCTTGAAAGCTTTCGTAAATTTTTTAACGAGTAAAATTCTTTTGTCGGTGTGATGATGATTTTTGCCAAATCCTTTTGTTGGTATGATGAGATGATAATTTTTTTTTATTGGATCATTCTTTTAGTTGGGCAGCCTTAAATACTCTGTTCAAGATTTTTG
CCAAATCCTTTTGTTGGTATGATGAGATGATAATTTTTTTTTATTGGATCATTCTTTTAGTTGGGCAGCCTTAAATGCTCTGTTCAATCTTATTGATTGTTCCTCTGTTTTCCATACTCTGTTCAATTTCCTTGAGGTCGTCTACAGACTACATGTTCAAGTTCTTCTTCTCACCTAATTCAATCCTTTCGGTAA

>TRINITY_DN112452_c0_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TTGTCAAAGCCCAATCCCCGCCCAATCCCCTTTAAGGCTGATTGTTCAAGAGCTTCTTGGTTTTTGCTTTTTAACCTTTTGGTTGGTGCCTGAGGTTTTGAAAATTGCATAGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGTATGATATGGTGTTTTTGGTGTTTGGTTCTGATCTTTTCAATTCTTTTGTTTTGGGTT
GTTGATTTTTATATTTAGATTTGTGATCTGATTTCCTGTGTATGTGTATATTTGTAATTTGTTCTGGTTTGATTCTATTATTAAGGTCTCAATGTAGTGTTTCATCTTGTGTTTCTCCTTAGATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTAAAGCTAAATTCAAAGAAGGTATGATTATATTTTTCGATATTCTATTGCAAC
TATTTCTTTACAGTATTTGAATTCTGACCAATATGAATAGAAACGCATGCATTCAGATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACCATTGGAGATAGTAGAGGCAGCAAGGTAAGATTTAACTTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTTGCTATGAT
TCTCTTCATTTCTCCTTCATTCCCTTGGTTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATGGCATGATCTAAATAACAATAGGAATGTATATTATTTCATAGAATTATTGGAGTTCCTCTAATTTTCTTGATTTCTCTGTTTAGAATTGTATCTAATTTTCTCGATTCTCTGTTTA
GAATTGTTTGTTGCATAGAGATCTTTCATTTCCCATTTAATCCTCATTCCTGTTTTGGAGTGCGAGCTATTTTCCTCTGTTTTCCTTCATGGCTTCTTGTTGAACCTTCTTGTTGCACGCTTATGCTAATTTAGCTTCCTGTCTGCGAAGCTGCCAGAGTCCTCACGCTTTTAACGCTTTCTGATTTTAATGTCAATTTT
TTTTCAGTTTAGTAACGGGTGTTGATTTTGTTGTTTAGATTTTGCATATTTCCACGATGCCACTGTTGTCATGATTTTTATGGGTTTCTTGTCTGTTTTTCTGGATGGCTTTGTTGGCTCTGAGAAAATTATATGCGGTTGATAGATTTATTTGATTTCAGTGTTGAAAACTTGGGTAAATTTTTGTGAGTAAATTTCTT
TATAATTTTCTTGTGGGCATGTTGTTGCCTTTTGCCTTTTCTTTTGACAATTTTTGGAGTCTCGGCATTATTTCCTTTGACAGCACTTTACTTCTCTATTCAGGCATTTTGGCTGTTTCTCTTGCTCAAATCCTTCGTCCCACCTTCAAGCCAGCTACTGTTATGAATTTAATTTTCTCTAATAGATGTTTTTTTGGACC
CAATAATTATTACTAGGTCGATAAATTTATCTCGTTTTGGCCTTGAAAGCTTTCGTAAATTTTTTAACGAGTAAAATTCTTTTGTCGGTGTGATGATGATTTTTGCCAAATCCTTTTGTTGGTATGATGAGATGATAATTTTTTTTATTATTGGATCATTCTTTTAGTTGGGCAGCCTTAAATACTCTGTTCAAGATTTT
TGCCAAATCCTTTTGTTGgtatgatgagatgataattttttttattattggatcattcttttagttgggcagccttaaatgctctgttcaatcttattgattgttcctctgttttccatactctgttcaatttccttgaggtcgtctacagactacatgttcaagttcttctgcaatctcgtacagactacatgttcaag
ctcttcatctcacctaattcaatcctttcggtaagGTATGATGAGATGATAATTTTTTTTTATTGGATCATTCTTTTAGTTG

Intron 2 GTATGATTAT ... ACACATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.05	41	49	7
A2	40.78	40.7	28	6
A3	40.76	41	27.7	0
A4	48.62	43.7	41.3	4
A5	43.92	20.7	16.3	1
A6	7.19	250.3	18	2
A7	13.14	207.3	30.7	8
A8	7.82	226.7	18.3	5
A9	6.13	239	14.7	5
A10	9.16	216.3	21	6

>TRINITY_DN45801_c2_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

GGCTGATTGTTGAAGAGCTTCTTGGTGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGAATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTAAAGCTAAATTCAAAGAAGATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACCATTGGAGATAGTAGAGGCAGCAAGGTAAGATTTAAC
TTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTTGCTATGATTCTCTTCATTTCTCCTTCATTCCCTTGGTTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATGGCATGATCTAAATAACAATAGGAATGTATATTATTTCATAGAATTATTGGAGTTCCTCTAATTTTCTT
GATTTCTCTTCATTGTTTCGAATTTTCTTGATTTCGCTGTTTAGAATTGTTTGTTGCACAGAGATCTTTCATTTCTCATTTAAGCCTCATTCCTGGTTTGGAGTACAAGCTATTTTCCTCTGTTTTCCTTCATGGCTTCTTGTTTAACCTTCTTGTTGCACGCTTATTCTAATTTTAGCTTCCTGTCCACCAAGCTGCCA
GAGTACTCATACTGT

>TRINITY_DN45801_c2_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAGAATTCATAGTGTGAAATTGAGTCATTATAGCCGTTGGAGCATTTTTCCAGCAGAATAGCCGTTGGAGCTTTATGTCTATATATATAGCCATCTTGTCAAAGCCCAATCCCCGCCCAATCCCCTTTAAGGCTGATTGTTCAAGAGCTTCTTGGTTTTTGCTTTTTAACCTTTTGGTTGGTGCCTGAGGTTTTGAAAAT
TGCATAGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGTATGATATGGTGTTTTTGGTGTTTGGTTCTGATCTTTTCAATTCTTTTGTTTTGGGTTGTTGATTTTTATATTTAGATTTGTGATCTGATTTCCTGTGTATATTTGTAGTTTGTTCTGGTTTGATTCTATTATTAAGGTCTCAATCTAGTGTTTCTTCTTGTA
TTTTTCCTTCATTTTTCCATGAATACAAGAGAGGTGTCTGTAGATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTATGGCTAAATTCAAAGAAGgtatgattatatttttcgatattctattgcaactatttctttacagtatttgaattctgaccaatatgaatagaaacgcatgcattcctacaatatttgaattctgaccaat
atgataagaaatgcacacattcagATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACCATTGGAGATAGTAGAGGCAGCAAGAGATTTGAGCAGCGGTCTCTAGGAAGTAATGGCATTAGTGGATAGGGCTGACTCTATACCCCATTGGAGACGCTTGAGGCAACCAGGTAAG
ATTTAACTTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTTGCTATGATTCTCTTCATTTCTCCTTCATTCCCTTGGTTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATGGCATGATCTAAATAACAATAGGAATGTATATTATTTCATAGAATTATTGGAGTTCCTCTAA
TTTTCTTGATTTCTCTTCATTGTTTCGAATTTTCTTGATTTCGCTGTTTAGAATTGTTTGTTGCACAGAGATCTTTCATTTCTCATTTAAGCCTCATTCCTGGTTTGGAGTACAAGCTATTTTCCTCTGTTTTCCTTCATGGCTTCTTGTTTAACCTTCTTGTTGCACGCTTATTCTAATTTTAGCTTCCTGTCCACCAA
GCTGCCAGAGTACTCATACTGT

Intron 3 GTATGATTAT ... ACATATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.3	3.5	1	2
A2	36.84	6	2	5
A3	27.37	12	4	5
A4	28	9	0	7
A5	25.39	6	2	2
A6	4.09	82.5	3	4
A7	2.39	82.5	2	2
A8	2.44	80.5	4	0
A9	6.31	104	9	5
A10	4.9	98	3	7

>TRINITY_DN122588_c0_g1_i18 from sample A3 / Example spliced isoform

CTGATTGTTGAAGAGCTTCTTGTTTTTTGCTTTTATACTTTTTGCTGGGTGCTCGAGGTTTTAAGGATTGTATAGCCATAATCACTGTGTTTATATTTTTATCAGTATTATAGAGTGTTTTTTATGTTTGGTTCTAATCTTTTCCAATTTTTGTTTTTGTTTTGAACTGCTGATTTTTATATTTAGATTTGTGATCTGAT
TTACTGTGTATATTTGTAGTTCGTTCTGGATTGATTCTATTATTAAGGTCTCGACTCCCGATGTAGTGTTTCTTTTTGTGTTTTCCATGAATAAAAGGGAGGTGTCTGTAGATTTTCATGGCGGGTGTGATCTCACTGTGGCTAAAATCAAAGTATGATATGGTGTTTTTGGTGTTATTTGAGCAGCGGTTTCTAGAAAG
TAATGACATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATAACGCCATTGGAGATGCTAAAGGCAACAAGGTAAGATTTAACTTGCAACTTGACTGTGATATTCTATTGCAACTATTTCTTGTGAATTACTTTCCTCTTTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTCGCTATGATTCTCTTCATTCCCTTGGTTTTGAG
CCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATGGCATGATCTAAATAACAATAGGAATGTATATTATTTCATAGAATTATTGGAGTTCCTCTAATTTTCTTGATTTCTCTTCATTGTTTCGAATTTTCTTGATTTCGCTGTTTAGAATTGTTTGTTGCACAGAGATCTTTCATTTCTCATTTA
AGCCTCATTCCTGGTTTGGAGTGCAAGCTATTTTCCTCTGTTTTCCTTCGTGGCTTCTTGTTTAACCTTCTTGTTGCACGCTTATTCTAATTTTAGCTTCCTGTCCACCAAGCTGCCAGAGTACTCATACTTTTATATTGCTTTCTGATTTTTATGTCGATTTTTTCAGTTTAGTAACGGAGTTGAATTCGTTGTTTAGA
TTTTGCATTTTTCCATGATGCCACTATTGTCATGATTTTTGTGGGCTTCTTGTCTGTTTTTCTGGATGGCTTTGTTGGCTCTGAGAAAATTATATGTGGTTGATAGATTTATCTGGTTTCAGTGTTGAAAATTTGGGTAAATTTGTGGGAGTAAAATTCTTTTATAATATGTTGATTCCTTT

>TRINITY_DN122588_c0_g1_i13 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTGATTGTTGAAGAGCTTCTTGTTTTTTGCTTTTATACTTTTTGCTGGGTGCTCGAGGTTTTAAGGATTGTATAGCCATAATCACTGTGTTTATATTTTTATCAGTATTATAGAGTGTTTTTTATGTTTGGTTCTAATCTTTTCCAATTTTTGTTTTTGTTTTGAACTGCTGATTTTTATATTTAGATTTGTGATCTGAT
TTACTGTGTATATTTGTAGTTCGTTCTGGATTGATTCTATTATTAAGGTCTCGACTCCCAATGTAGTGTTTCTTTTTTTGTTTTCCATGAATAAAATGGAGGTGTCTGTAGATTTTCATGGCGGGTGTGATCTCACTGTGGCTAAAATCAAAGTATGATATGGTGTTTTTGGTGTTgtatgattatattttcgatattct
attgcaactatttcttttacaatatttgaattctgaccaacatgaatggaaatgcacatattcagATTTGAGCAGCGGTTTCTAGAAAGTAATGACATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATAACGCCATTGGAGATGCTAAAGGCAACAAGGTAAGATTTAACTTGCAACTTGACTGTGATATTCTATTGCAACTATTTCT
TGTGAATTACTTTCCTCTTTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTCGCTATGATTCTCTTCATTCCCTTGGTTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATGGCATGATCTAAATAACAATAGGAATGTATATTATTTCATAGAATTATTGGAGTTCCTCTAA
TTTTCTTGATTTCTCTTCATTGTTTCGAATTTTCTTGATTTCGCTGTTTAGAATTGTTTGTTGCACAGAGATCTTTCATTTCTCATTTAAGCCTCATTCCTGGTTTGGAGTGCAAGCTATTTTCCTCTGTTTTCCTTCGTGGCTTCTTGTTTAACCTTCTTGTTGCACGCTTATTCTAATTTTAGCTTCCTGTCCACCAA
GCTGCCAGAGTACTCATACTTTTATATTGCTTTCTGATTTTTATGTCGATTTTTTCAGTTTAGTAACGGAGTTGAATTCGTTGTTTAGATTTTGCATTTTTCCATGATGCCACTATTGTCATGATTTTTGTGGGCTTCTTGTCTGTTTTTCTGGATGGCTTTGTTGGCTCTGAGAAAATTATATGTGGTTGATAGATTTA
TCTGGTTTCAGTGTTGAAAATTTGGGTAAATTTGTGGGAGTAAAATTCTTTTATAATATGTTGATTCCTTT

Intron 4 GTATGATATG ... TTTTCCTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.84	20	42	20
A2	33.62	25.7	14	12
A3	49.01	27.3	30	22
A4	52.49	27.7	27	34
A5	41.67	13	8	10
A6	6.12	230.7	19	11
A7	12.32	171	27	21
A8	9.17	183.7	13	24
A9	10.24	211	26	22
A10	14.29	168.3	28	28

>TRINITY_DN123823_c0_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

GGCTGATTGTTGAAGAGCTTCTTGGTGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGAATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTAAAGCTAAATTCAAAGAAGAAACGCATGCATTCAGATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACCATTGGAGATAGTAGAGGCAG
CAAGGTAAGATTTAACTTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTTGCTATGATTCTCTTCATTTCTCCTTCATTCCCTTGGTTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATG

>TRINITY_DN123823_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGCTGATTGTTGAAGAGCTTCTTGGTGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGAgtatgatatggtgtttttggtgttgtatttgttcaactcttttgttttgggttgttgatttttatatttagatttgtgatctgatttcctgtgtatatttgtagtttgttctggtttgattctattattaaggtctcaatgt
agtgtttcttcttgtgtttttccttagATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTAAAGCTAAATTCAAAGAAGA

Intron 5 GTATGATTAT ... ATATGAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.2	36.4	72.4	99.4
A2	57.96	27.6	31.1	44.7
A3	55.01	36	39.7	48.3
A4	57.14	43.3	40.3	74.9
A5	72.15	14.9	34.6	42.1
A6	4.17	223.6	7.4	11.7
A7	20.76	165.7	36.4	48.3
A8	9.35	196.3	11.9	27.9
A9	6.58	213.6	6.6	23
A10	16.13	193.4	23.9	49.7

>TRINITY_DN123823_c0_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

GGCTGATTGTTGAAGAGCTTCTTGGTGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGAATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTAAAGCTAAATTCAAAGAAGAAACGCATGCATTCAGATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACCATTGGAGATAGTAGAGGCAG
CAAGGTAAGATTTAACTTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTTGCTATGATTCTCTTCATTTCTCCTTCATTCCCTTGGTTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATG

>TRINITY_DN123823_c0_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGCTGATTGTTGAAGAGCTTCTTGGTGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGAGTATGATATGGTGTTTTTGGTGTTGTATTTGTTCAACTCTTTTGTTTTGGGTTGTTGATTTTTATATTTAGATTTGTGATCTGATTTCCTGTGTATGTGTATATTTGTAGTTTGTTCTGGTTTGATTCTATTATTAAGGTCT
CAATGTAGTGTTTCATCTTGTGTTTCTCCTTAGATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTATGGCTAAATTCAAAGAAGgtatgattatatttttcgatattctattgcaactatttctttacagtatttgaattctgaccaatatgaatagAAACGCATGCATTCAGATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCAT
GAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACCATTGGAGATAGTAGAGGCAGCAAGGTAAGATTTAACTTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTTGCTATGATTCTCTTCATTTCTCCTTCATTCCCTTGGTTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATG

Intron 6 GTATGATATG ... GTGTCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.21	20	28	35
A2	38.41	25.7	12	20
A3	47.53	27.3	28	21
A4	51.23	27.7	20	38
A5	39.43	13.3	6	11
A6	3.99	229.3	14	5
A7	8.88	170	19	14
A8	5.22	182.3	12	8
A9	5.46	208.7	18	6
A10	6.97	167.3	24	1

>TRINITY_DN122588_c0_g1_i16 from sample A3 / Example spliced isoform

GGCTGATTGTTGAAGAGCTTCTTGGTGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGAATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTAAAGCTAAATTCAAAGAAGATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACAATTGGAGATAGTAGAGGCAGCAAGGTAAGATTTAAC
TTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGT

>TRINITY_DN122588_c0_g1_i17 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGCTGATTGTTGAAGAGCTTCTTGGTGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGAgtatgatatggtgtttttggtgttgtatttgttcaactcttttgttttgggttgttgatttttatatttagatttgtgatctgatttcctgtgtatatttgtaggttgttctggtttgattatttgttctggtttgattcta
ttattaaggtctcaatgtagtgtttcttcttgtgtttttcctatgaatacaagaggtgtctgtagATTTTCATGGTGGGTGTGATCGTACTGTGGCTAAAATCTAAGAAGGTATGATTATATTTCAGATATTCTATTGCAACTATTTCTCTACAATATTTGAATTCTGACCAATATGATAAGAAATGCACACATTCAGAT
TTGAGCAGCGGTCTCTAGGAAGTAATGGCATTAGTGGATAGGGCTGACTCTATACCCCATTGGAGACGCTTGAGGCAACCAGGTAAGATTTAACTTGGATAGGGCTGACTGTGAATTAATTTCCTCTTGTTTTTCTACGCTGCTCTGTTAAATCGTACTCACTAAAGCTAAATTCAAAGAAGGTATGATTATATTTTTCG
ATATTCTATTGCAACTATTTCTTTACAGTATTTGAATTCTGACCAATATGAATAGAAACGCATGCATTCAGATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACAATTGGAGATAGTAGAGGCAGCAAGGGTTGTTTGCTATGATTCTCTTCATTTCTCCTTCATTCCCTTGG
TTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAA

Intron 7 GTATAGCCAT ... TGAATAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	95.83	1	38	8
A2	81.82	5	26	19
A3	85.92	5	37	24
A4	89.83	3	34	19
A5	83.33	3	18	12
A6	80.29	55	227	221
A7	84.25	56	336	263
A8	85.71	42	269	235
A9	85.93	62	397	360
A10	85.5	49	305	273

>TRINITY_DN43310_c0_g1_i9 from sample A6 / Example spliced isoform

AGTCATTATAGCCGTTGGAGCATTTTTCCAGCAGAATAGCCGTTGGAGCTTTATGTCTATATATATAGCCATCTTGTCAAAGCCCAATCCCCTTTAAGGCTGATTGTTCAAGAGCTTCTTGTTTTTTGCTTTTATACTTTTTGCTGGGTGCTCGAGGTTTTAAGGATTGGAGGTGTCTGTAGATTTTCATGGCGGGTGTG
ATCTCACTGTGGCTAAAATCAAAGAAGATTTGAGCAGCGGTTTATAGGAAGTAATGACATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCGCCATTGGAGATGCTAAAGGCAACAAGTTTTTGGAGTCTCGGCATTCTTTTCCTTTGGCGGCACCTT

>TRINITY_DN43310_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGTCATTATAGCCGTTGGAGCATTTTTCCAGCAGAATAGCCGTTGGAGCTTTATGTCTATATATATAGCCATCTTGTCAAAGCCCAATCCCCTTTAAGGCTGATTGTTCAAGAGCTTCTTGTTTTTTGCTTTTATACTTTTTGCTGGGTGCTCGAGGTTTTAAGGATTgtatagccataatcactgtgtttatattttta
tcagtattatagagtgttttttatgtttggttctaatcttttccaatttttgtttttgttttgaactgctgatttttatatttagatttgtgatctgatttactgtgtatatttgtagttcgttctggattgattctattattaaggtctcgactcccgatgtagtgtttctttttgtgttttccatgaataaaagGGAG
GTGTCTGTAGATTTTCATGGCGGGTGTGATCTCACTGTGGCTAAAATCAAAGAAGATTTGAGCAGCGGTTTATAGGAAGTAATGACATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCGCCATTGGAGATGCTAAAGGCAACAAGTTTTTGGAGTCTCGGCATTCTTTTCCTTTGGCGGCACCTT

Intron 8 GTATGATATG ... TTCTCCTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.91	19.5	30	36
A2	26.09	25.5	7	11
A3	51.7	26	25	30
A4	43.83	27	19	23
A5	43.75	12	7	11
A6	5.24	226.5	17	8
A7	12.02	168.5	22	24
A8	5.26	180.5	9	11
A9	5.94	206.5	17	9
A10	11.75	165.5	24	20

>TRINITY_DN123823_c0_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

GGCTGATTGTTGAAGAGCTTCTTGGTGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGAATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTAAAGCTAAATTCAAAGAAGAAACGCATGCATTCAGATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACCATTGGAGATAGTAGAGGCAG
CAAGGTAAGATTTAACTTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTTGCTATGATTCTCTTCATTTCTCCTTCATTCCCTTGGTTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATG

>TRINITY_DN123823_c0_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGCTGATTGTTGAAGAGCTTCTTGGTGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGAgtatgatatggtgtttttggtgttgtatttgttcaactcttttgttttgggttgttgatttttatatttagatttgtgatctgatttcctgtgtatgtgtatatttgtagtttgttctggtttgattctattattaaggtct
caatgtagtgtttcatcttgtgtttctccttagATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTATGGCTAAATTCAAAGAAGGTATGATTATATTTTTCGATATTCTATTGCAACTATTTCTTTACAGTATTTGAATTCTGACCAATATGAATAGAAACGCATGCATTCAGATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCAT
GAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACCATTGGAGATAGTAGAGGCAGCAAGGTAAGATTTAACTTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTTGCTATGATTCTCTTCATTTCTCCTTCATTCCCTTGGTTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATG

Intron 9 GTATGATTAT ... ATGCATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.93	43.6	76.9	97.9
A2	49.61	41.5	36.7	45.4
A3	51.2	41.9	42.3	44.8
A4	53.86	45.3	44	62.2
A5	62.45	23.3	36.1	41.3
A6	6.24	268	13.1	16.3
A7	19.21	219	43.2	53
A8	10.06	238.8	17.3	31.1
A9	6.92	252.9	11.1	21.3
A10	15.89	225.3	26.8	50.1

>TRINITY_DN123823_c0_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

GGCTGATTGTTGAAGAGCTTCTTGGTGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGAATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTAAAGCTAAATTCAAAGAAGATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACCATTGGAGATAGTAGAGGCAGCAAGGTAAGATTTAAC
TTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTTGCTATGATTCTCTTCATTTCTCCTTCATTCCCTTGGTTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATG

>TRINITY_DN123823_c0_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGCTGATTGTTGAAGAGCTTCTTGGTGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGAGTATGATATGGTGTTTTTGGTGTTGTATTTGTTCAACTCTTTTGTTTTGGGTTGTTGATTTTTATATTTAGATTTGTGATCTGATTTCCTGTGTATGTGTATATTTGTAGTTTGTTCTGGTTTGATTCTATTATTAAGGTCT
CAATGTAGTGTTTCATCTTGTGTTTCTCCTTAGATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTATGGCTAAATTCAAAGAAGgtatgattatatttttcgatattctattgcaactatttctttacagtatttgaattctgaccaatatgaatagaaacgcatgcattcagATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCAT
GAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACCATTGGAGATAGTAGAGGCAGCAAGGTAAGATTTAACTTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTTGCTATGATTCTCTTCATTTCTCCTTCATTCCCTTGGTTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATG

Intron 10 GTATGATGAG ... TTTCGGTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.76	32	42	2
A2	64.71	6	11	0
A3	51.43	17	18	0
A4	57.14	15	20	0
A5	74.07	7	20	2
A6	100	0	9	0
A7	86.67	2	13	0
A8	20	12	3	0
A9	50	2	2	0
A10	94.74	1	18	0

>TRINITY_DN112452_c0_g1_i11 from sample A5 / Example spliced isoform

TTGTCAAAGCCCAATCCCCGCCCAATCCCCTTTAAGGCTGATTGTTCAAGAGCTTCTTGGTTTTTGCTTTTTAACCTTTTGGTTGGTGCCTGAGGTTTTGAAAATTGCATAGCCATAACCACTGTGTTTATATTTTTATCAGTATGATATGGTGTTTTTGGTGTTTGGTTCTGATCTTTTCAATTCTTTTGTTTTGGGTT
GTTGATTTTTATATTTAGATTTGTGATCTGATTTCCTGTGTATGTGTATATTTGTAATTTGTTCTGGTTTGATTCTATTATTAAGGTCTCAATGTAGTGTTTCATCTTGTGTTTCTCCTTAGATTTTCATGGTGGGTGTGATCTCACTAAAGCTAAATTCAAAGAAGGTATGATTATATTTTTCGATATTCTATTGCAAC
TATTTCTTTACAGTATTTGAATTCTGACCAATATGAATAGAAACGCATGCATTCAGATTTGACCAGCGTTCTCCAGGAAGTAATGGCATGAGTGGAGAGGGCTGATTCTATACCACCATTGGAGATAGTAGAGGCAGCAAGGTAAGATTTAACTTATTTTTCTACACTGCTCTGTTAAATCGTGTGTTGTTTGCTATGAT
TCTCTTCATTTCTCCTTCATTCCCTTGGTTTTGAGCCTTCTATTTCTCCTTCAATGGTTGATCCAACCCATGGGCTATCATTATGGCATGATCTAAATAACAATAGGAATGTATATTATTTCATAGAATTATTGGAGTTCCTCTAATTTTCTTGATTTCTCTGTTTAGAATTGTATCTAATTTTCTCGATTCTCTGTTTA
GAATTGTTTGTTGCATAGAGATCTTTCATTTCCCATTTAATCCTCATTCCTGTTTTGGAGTGCGAGCTATTTTCCTCTGTTTTCCTTCATGGCTTCTTGTTGAACCTTCTTGTTGCACGCTTATGCTAATTTAGCTTCCTGTCTGCGAAGCTGCCAGAGTCCTCACGCTTTTAACGCTTTCTGATTTTAATGTCAATTTT
TTTTCAGTTTAGTAACGGGTGTTGATTTTGTTGTTTAGATTTTGCATATTTCCACGATGCCACTGTTGTCATGATTTTTATGGGTTTCTTGTCTGTTTTTCTGGATGGCTTTGTTGGCTCTGAGAAAATTATATGCGGTTGATAGATTTATTTGATTTCAGTGTTGAAAACTTGGGTAAATTTTTGTGAGTAAATTTCTT
TATAATTTTCTTGTGGGCATGTTGTTGCCTTTTGCCTTTTCTTTTGACAATTTTTGGAGTCTCGGCATTATTTCCTTTGACAGCACTTTACTTCTCTATTCAGGCATTTTGGCTGTTTCTCTTGCTCAAATCCTTCGTCCCACCTTCAAGCCAGCTACTGTTATGAATTTAATTTTCTCTAATAGATGTTTTTTTGGACC
CAATAATTATTACTAGGTCGATAAATTTATCTCGTTTTGGCCTTGAAAGCTTTCGTAAATTTTTTAACGAGTAAAATTCTTTTGTCGGTGTGATGATGATTTTTGCCAAATCCTTTTGTTGGTATGATGAGATGATAATTTTTTTTTATTGGATCATTCTTTTAGTTGGGCAGCCTTAAATACTCTGTTCAAGATTTTTG
CCAAATCCTTTTGTTGGTATGATGAGATGATAATTTTTTTTTATTGGATCATTCTTTTAGTTGGGCAGCCTTAAATGCTCTGTTCAATCTTATTGATTGTTCCTCTGTTTTCCATACTCTGTTCAATTTCCTTGAGGTCGTCTACAGACTACATGTTCAAGTTCTTCTTCTCACCTAATTCAATCCTTTCGGTAA

>TRINITY_DN112452_c0_g1_i20 from sample A5 / Example unspliced isoform:

ACCTAATTCAATCCTTTCGGTAATATTGGATCATTCTTTTAGTTGGGCAGCCTTAAATACTCTGTTCAAGATTTTTGCCAAATCCTTTTGTTGgtatgatgagatgataatttttttttattggatcattcttttagttgggcagccttaaatgctctgttcaatcttattgattgttcctctgttttccatactctgtt
caatttccttgaggtcgtctacagactacatgttcaagttcttctgcaatctcgtacagactacatgttcaagctcttcatctcacctaattcaatcctttcggtaagGTATGATGAGATGATAATTTTTTTTTATTGGATCATTCTTTTAGTTGACTGTTTGTGGGTGGCGATCACCGATTTCATGCATTTGCAATTTG
GAAAAATCTTACATATATTCTTCA