sp|P42056|VDAC2_SOLTU ----> Mitochondrial outer membrane protein porin of 36 kDa

Intron 1 GTAAGATTTA ... TGCTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.32	334	10.2	80
A2	20.4	238	7.8	61
A3	21.15	290.8	8.6	78
A4	21.33	273	8.9	74
A5	23.6	136	5.7	42
A6	21.23	2137	65.6	576
A7	20.78	1544.3	46.5	405
A8	21.06	1427.6	45.5	381
A9	21.78	1590.8	50.8	443
A10	21.26	1158.8	34.5	313

>TRINITY_DN102544_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGCATTTACATCTA
CTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCGCCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTTGAGCTTCAATAT
CTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGG

TAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATG
AGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCA
CCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTGTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTAGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTT
GTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCC

>TRINITY_DN102544_c0_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGCATTTACATCTA
CTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATGTATGGTGTTCTGTATTTATTTTACATGTTTTATAATCCATTTGATTGCTTTTATTTGTTGAACCCAAATCTGATCATTAATTCCAGAAGATGAAACTCTTC
TCCTGGCAATATGTAGAGTTTAAAATTGTATTTATTTAAAATTGGTCATCTCTTACTGTTTTCATCACACAACTTTGATATTAATATAAGAGGGGTGTGCTTGATAGTGCTGTCATGTGACTGCTTTTCTCACATGCTGTGTTGAGATATTCATGGTTTTCTATTGTTTTGGTTAACAGTTATTTGCGACTGTGACAATT
GATGAACCGGCGCCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTATGAGACTACTTTCATGAATACAATGCATGTCTGTTTTATGATTAAAACATTTATTATGCATACAAGAACTGTAAATGCTGTAATGTCAATCCTCAAGGCATCAAGATTTCTATTGTGGATTTGAGTTGGGT
CCTCTTTGATGCTTACACAGATCTTTGGCTAGGAAAAGGTTCACCTGCTTAAACAGTACATCTATGCCATTAAATCTGGGATCCTTTCATAAAGTACAGTGATGTAGGTTAAAAAAGATAACATGGCGAAGAATATTACATCAAATTTTTAACTTCAAGTTTATTTTATATAGCTAATATACTGCTCACTAAAGGCTGAC
CAAAAGGTCTCAAGTTCAACCATAGTTTTTGTCTGATCTTATTCAAACAAGTGATCAAAATCACCTTTTGTCATTTCCATTATCCATTCACTATTACAAGTGCTGCTTTTGCAATCTCATCTGAAATTATCTTAACTTGGAGTTCCACTCTTTATTGGCAACTTGGTATTGATGCGATCATCTACCCTGGATTTTTTCAT
TTCTTTCTTATGTTATTGAAGCAGTATGCAGACTGATTCCTTGTTAAAAGGATTTTGTTTGTTAGGTTAATTTCATTTTTTACAGGCTAAAGCCTCATGACCATATTCACAATAGGTTCTACACCTAAATATACCAATTTTAATCCAGACTGCGTTGATAGGTAAACTTTGGAGAAATCTAGCATGCTTTTTTCTATTCC
CAAATCCATTTCAATATAGACTTTAGCGTAGATGACTAGAAGTTCCTCCTATGTATTCTCTAGGATGGAGATGAAGATTTTGTGAGAGGTATGAAGGACAAGAAAAAAGTTCACTATTATTGCCAGTAGCTTGTGGTTCTTTAATTTAAGAAGGCAACAATATTCTTTCCAAGTAATTATTGCTAGCCCAGGGCTATGAG
CTAATTCATGCTTAAGCTTTATATGCATAGCTTCACAGTTGCATTTATACCACTCTATTCATGGGGAAGGAGCCAGTAGGGTAGGCGGGTTGATTCGTCTAGTGCAATGAATGATTTGAATGGAGGAGTCTTGAGCAGCTTCTGAAAGAATCTTTGTCAGGAAGTCAGATTTCACGATGGCGGTTGGAATGGTAAAGAAA
GTAGGGGGCAGATGCAGTAGATAGGCCTTGTTAACCGGGGCATAAGAGTAGCCAGTCTCAGTAACATATGTTGGGAAAAAGAGGAATTGATCTAGGGTAATCAGATGTCAAAGGTCAGACAGAGTAAACTTGGCATAGCCCAGAAGACAGTTGTTTAGAAATTCAGAAATCCCAAACATGCAGAATGATAGAGAGAATGG
TTAGGACATAATCGACCCTACTAGCAACCCCCTTATGGGGAAAGCAAGTAAAACTATTACTAGACTCGGGGAGGTAGAAAATTATGTTCACAATAGAGAGATCATTGGACTCACCTATCTCCAGAAGTTGTCTTCCATAGATGATTGGGTTTGATTTGTCTTCCGATCCCAGTCAATCTCAATTTCTTCAAGATCAAGTT
TGTGAAGCCATTTGATTACTTTTAAAGGTCATAGACTCATGTCAGATTCCCTGCTCCATTGATGCATATGATTTACACTAATTCAGGATTATGTCACTCTGTTTTAGTATGCCTCCAGTATAAACTGATTATTACTTTTTCACAGTGTTTAAACTATTGTCATTTGTTCTAATTGTTTGGGTTCATACCTATTCATTTTC
TCTGATCCTCAATGGTTTGTTTCATTTGATTTCTCTTCATCTTTTAATTTGAATTTCCCTTTTCCTATTGTAGTGCTACTTTTGCCTGTACCATTCCATGATTTGTCTCTTGCACCTTTTCTTTTATATGCTTATTGTAGGTGCTTGTCAGTAAGGTAACAGCCCTGCAGTACTCTATTAATTGGGATATTTCTGCACTA
CTCTGTATTAATTGGGACATTGCTGCATTGTTTAAGTTAAATCACTCTTTCAGTTATTGTCATTTATTTTTTACCATTTAGAAAGATAAGACAATTAAAGTGACTAGACATTTGTTGCAATTGTGCCTCAATCCCTTTGATAGTTCGTTAATAGGATTTTATATTTTATGGTCTCTGTTTGAGGAAAACTAGTTGCATTA
ACTATGGTCCACTGCCCATTTTCTTCAAAGCATTTATTTGCAATATGTTCTAGTTTTTCCTGGAGTTTGCTCTCCCACTCCCCCACTCGAGAAGGGAAACAAATTGCCAGTTCACCAGTTTGAAATAGGCCTTTTGAAAGATTTTGTAAACTAGTAAATGGTATGTATATGTGAGAAGCATCGCAATAAAAAAATCTTGT
TTTTATTTCTGTCTGGAGCCTTTTCTTTATAATATTTTAGACATTTTTTCAGACATCTGTATAAGTCAGGCTTCAGCTTGTTCCCTAATTTTGATCGTCAGTAGTCACAAGGTTATCTACGCTGTAATATTTCAAGCTGGTATGTTGTGATTAACACAATGCTAATGACCATTCTTCATGTTTTATAGTGATAAAAATAG
AAATTGTTCATGACACTGATTCTACTAAAACTTTGCTTACATTATATACTGTATTGTTACCAGGTTGAGCTTCAATATCTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGC
ATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTgtaagatttatcccatgtcattcctctaagttgaaatagttgctttttagtgggttttctgatagaagataaggcaattgcaattttttttatgaaccattgcatagaatgttttctggtgtcatact
gaaagtggcctatgctttgcagAACTGGTAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTAC
GGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATGAGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTT
TCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCACCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTGTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTAGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGC
TCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTTGTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCC

Intron 2 GTAAGTATTT ... TCATTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.81	594	196	7
A2	30.32	678	295	9
A3	26.92	714	263	24
A4	26.72	628	229	16
A5	29.1	382.5	157	8
A6	26.68	3445	1253	12
A7	25.63	2847	981	16
A8	23.87	1907	598	17
A9	25.33	2641	896	15
A10	27.09	2199	817	22

>TRINITY_DN128683_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGCATTTACATCTA
CTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTTGAGCTTCAATAT
CTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGG
TAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATG
AGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCA
CCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTTTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTT
GTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTATTGGACATGCTTCAATACTTTCATTGCA
TTAGTGTTTATGTTTAATGCCTGTAATCTAAGCTAGTTATTGTATTAGCAAGCTAGAACGCCCAAAACAACACAAGAAGCATAACTGTTCTGACTTTAGTCTTTTTCAAAGTTATTAAGATAGCTCTTGTATTAACCGCATTATGAAGTAGCTTGGGGGAACTTTGCTATGTTAGTAGAGATCACATTATGAACTGTATT
ACATTTGTTGCTGCATTGTTGAATTTCTTGTAAATGTCCTTTGATGATGTCCATATGCCATGCATTAATGCTGCTGCTGTTGGTGTAATAAAACACTTTGTTATTGCAGCAAAGTGATTCGAACGAGGATTTATGAGTTCGTTTTGTTATCCTCTGCTGTAATGAGTAATATAATGGTTTCAAGGGCAGACCAATCAGGT
TACTTGGGCAGACATTTTTTTTAGACAGAAACGGTTATGTTTTTATATTATGAAAACAGCAGGTAAACCACTGTTGCAAATACAGCAAGTCCAACTTCTACAAAATACCATAGGCAGTTCAGGTATTGCAAAGTTTAAAATCATCATGTACTTGTTCAAAACAGAGTTTAAACTGTAAACTACTAACTAGCGCTAGAAAC
CTAAGCTTCAACAGCCTTTAAACCTGAGAATCCATGCCACTACTGCTC

>TRINITY_DN128683_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGgtaagtattttgg
ttttcttgcatccgctggtagatttaaaggcaaaacaaaaagggcaaatggaatttataacaaggttttcctactacaaaatcggttgtcgcgagatatcactgcatgggcggtcatcattttagttttatagtttattatctatttagcagcgtacattgtgtagaaatcatgcattatatatccagttatgatactaa
aatacctagggttttaagtaaatttcttgatattggcatccttaatagccaagatccttggatggtctggcttaagaaattattgggccattgatgccgtgcatgggtggccaggtcaagaaaagtaaagaatcattcaccattgcattactgttttgatgccatgcatggtagccattgatcgcctctgtttcgctgat
atcgccatcaactttcttaactaactgctctatgcctgcagctgcttctggttcctgtcaccagtctcacaagactgcttgtagatatctgaggatttcgtacagtgatgactacattttgactgtatttataaggatatcaaaatagctccttatatcttaagaaagtcctccccatccttgacaaagttgatctggcc
tcctcactcatttaaatgacaatgtttttcttcgatgttgagtgtgcaggaatcttgaagctctgcttctagatttcttctcctcatttatcctcttcctgttattacaacgctctcttcctaagccatcctctgtcctcggcttaccttcttctccgtggaggatgtctattatgtcaaaagtcagatgacttttactg
cgccaataactcagcaagccaaaaagtaagagtcaatacacagacttcgtgaaattcagcaaaaacagggcaactgttatcaatctaaaaggtataaaaattatttagaagttaatcaaagaatttccgtgttctcaacttctgatcgattagctgagttttgaccaagtttagccaagttttgaacgagtctaaccaag
tttgttgagttgtgagcaagtcctgagtactcgattttattattgtatatgctggatcaatctcaatgttcaagagtgtctcatctgctgcttactgtcacagaatttagggtaatacttgctgcatgccaggtgtcttattccgtcacagcttagtatggccatcgttactactgtatcataagtggccactttaccac
tatctttttttcaagatacagtttcagttgtaactttttttaccatacttaacaacacgaatttagctctatcatgggatgttcttatttatggttggcttggggctaattgtggacacctagataagccatcctatcagttgctttcgtcaaactttgatttccttgttatgcaagaattatgcatcttagggatcttt
gtggacaaattcctgatcttctccaatgtctcctgtattgcctgattattggaaattagcattcttttgaagaaattacccaggcaaattaatgtgtgacgatgacatagtagtcattatggttcctaatcaccctccgcctgcttatgttcctgcattgccttcagcagtcatgtgaaaattcagtttctataaacctg
ctcacatttgattctagatggtggggtcctttggggaaaaagcagtcccagctctgaagtgttaatatcaacttgttagacaatatttgttaaatacctctagtatttgtacgtttttagtaatggttatagagttgtcagtttgtgatcaatcttgggcaattttatgtatgagtggattccagattgtttttactttc
tcttgtgaatggtttgaatgctactcacacatctttgtcatttacagGCATTTACATCTACTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATGTATGGTGTTCTGTATTTATTTTACATGTTTTATAATTCATT
TGATTGCTTTTACTTGTTGAACCCAAATCTGATCATTAATTCCAGAAGATGAAACTCTTCTCCTGGCAATATGTAGAGTTTAAAATTGTATTTATCTAAAATTGGTCATCTCTTACTGTTTTCATCACACAACTTTGATATTAATATAAGAGGGGTGTGCTTGATAGTGCTGTCATGTGACTGCTTTTCTCACATGCTGT
GTTGAGATATTCATGGTTTTCTATTGTTTTGGTTAACAGTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTATGAGACTACTTTCATGAATACAATGCATGCCTGTTTTATGATTAAAACATTTATTAAGCATACAAGAACTG
TAAATGCTGTAATGTCAATCCTCAAGGCATCAAGATTTCTATTGTGGATTTGAGTTGGGTCCTCTTTGATGCTTACACAGATCTTTGGCTAGGAAAAGGTTCACCTGCTTAAACAGTACATCTATGCCATTAAATCTGGGATCCTTTCATAAAGTACAGCGATGTAGGTTTAAAAAGATAACATGGCGAAGAATATTACA
TCAAATTTTTAACTTCAAGTTTATTTTATATAGCTAATATACTGCTCACTAAAGGCTGACCAAAAGGTCTCAAGTTCAACCATAGTTTTTGTCTGATCTTATTCAAACAAGTGATCAAAATCACCTTTTGTCATTTCCATTATCCATTCACTATTACAAGTGCTGCTTTTGCAATCTCATCTGAAATTATCTTAACTTGG
AGTTCCACTCTTTGTTGGGAACTTGGTATTGATGCAATCATCTACCCTGGATTTTTTCATTTCTTTCTTATGTTATTGAAGCAGTATGCAGACTGATTCCTTGTTAAAAGGATTTTGTTTGTTAGGTTAATTTCATTTTTTACAGGCTAAAGCCTCATGACCATATTCACAATAGGTTCTACACCTAAATACACCAATTT
TAATCCAGACTGTGTTGACAGGTAAACTTTGGAGAAATCTAGCATGCTTTTTTCTATTCCCAAATCCATTTCAATATAGATTTCAGCGTAGATGACTAGAAGTTCCTCCTATGTATTCTCTAGGATGGAGATGAAGATTTTGTGAGAGGTATAAAGGACAAGAAAAAAGTTCACTCCTTATTGCCAGTAGCTTGTGGTTC
TTTAATTTAAGAAGGCAACAGTATTCTTTCCAAGTAATTATTGCTAGCCCAGGGCTATGAGCTAAATCATGCTTAAGCTTTATATGCATAGCTTCACAGTTGCATTTATACCACTCTATTCATGGGGAAGGAGCCAGGAGGGTAGGTGGGTTGATTCGTCTAGTGCAATGAATGATTTGAATGGAGGAGTCTTGAGCAGC
TTCTGAAAGAATCTTTGTCAGGAAGTCAGATTTCATGATGGCGATTGGAAGGGTAAAGAAAGTAGGGAGCAGATGCAGTAGATAGGCCTTGTTAACCGGGGCATAAGAGTAGCCAGTCTCAGTAACATATGTTGGGAAAAAGAGGAATTGATCTAGGGTAATCAGATGTCAAAGGGCAGACAGAGTAAACTTGGCATAGC
CCAGAAGACAGTTGTTTAGAAATTCAGAAATCCCAAACATGCAGAATGATAGAGAGAATGGTTAGGACATAATCGACCCTACTAGCATCCCCCTTATGGGGAAAGCAAGTAAAACTATTACTAGACTCGGGGAGGTAGAAAACTATGTTCACAATAGAGAGATCATTGGACTCACCTATCTCCAGAAGTTGTCTTCCATA
GATGATTGGGTTTGATTTGTCTTCCGATCCCAGTCAATCTCAATTTCTTCAAGATCAAGTTTGTGAAGCCATTTGATTACTTTTAAAGGTCATAGACTCATGTCAGATTCCCTGCTCCATTGATGCATATGATTTACACTAATTCAGGATTATGTCACTCTGTTTTAGTATGCCTCCAGTATAAACTGATTATTACTTTT
TCACAGTGTTTAAACTATTGTCATTTGTTCTAATTGTTTGGGTTCATACCTATTCATTTTCTCTGATCCTCAATGGTTTGTTTCATTTGATTTCTCTTCATCTTTTAATTTGAATTTCCCTTTTCCTATTGTAGTGCTACTTTTGCCTGTACCATTCCATGATTTGTCTCTTGCACCTTTTCTTTTATATGCTTATTGTA
GGTGCTTGTCAGTAAGGTAACAGCCCTGCAGTACTCTATTAATTGGGATATTTCTGCACTACTCTGTATTAATTGGGACATTGCTGCATTGTTTAAGTTAAATCACTCTTTCAGTTATTGTCATTTATTTTTTACCATTTAGAAAGATAAGACAATTAAAGTGACTAGACATCTGTTGCAATTGTGCCTTAATCCCTTTG
ATAGTTCGTTAGTAGGATTTTATATTTTATGGTCTCTGTTTGAGGAAAACTAGTTGCATTAACTATGGTCCACTGCCCATTTTCTTCAAAGCATTTATTTGCAATATGTTCTAGTTTTTCCTGGAGTTTGCTCTCCCACTCCCCCACTCGAGAAGGGAAACAAATTGCCAGTTCACCAGTTTGAAATAGGCCTTTTGAAA
GATTTTGTAAACTAGTAAATGGTATGTATATGTGAGAAGCATCGCAATAAAAAAATCTTGTTTTTATTTCTGTCTGGAGCCTTTTCTTTATAATATTTTAGACATTTTTTCAGACATCTGTATAAGTCAGGCTTCAGCTTGTTCCCTAATTTTGATCGTCAGTAGTCACAAGGTTATCTACGCTGTAATATTTCAAGCTG
GTATGTTGTGATTAACACAATGCTAATGACCATTCTTCATGTTTTATAGTGATAAAAATAGAAATTGTTCATGACACTGATTCTACTAAAACTTTGCTTACATTATATACTGTATTGTTACCAGGTTGAGCTTCAATATCTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATT
TCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGGTAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCT
GTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATGAGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAA
CAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCACCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTTTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTAAGGCATA
TGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTTGTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAA
TACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTATTGGACATGCTTCAATACTTTCATTGCATTAGTGTTTATGTTTAATGCCTGTAATCTAAGCTAGTTATTGTATTAGCAAGCTAGAACGC
CCAAAACAACACAAGAAGCATAACTGTTCTGACTTTAGTCTTTTTCAAAGTTATTAAGATAGCTCTTGTATTAACCGCATTATGAAGTAGCTTGGGGGAACTTTGCTATGTTAGTAGAGATCACATTATGAACTGTATTACATTTGTTGCTGCATTGTTGAATTTCTTGTAAATGTCCTTTGATGATGTCCATATGCCAT
GCATTAATGCTGCTGCTGTTGGTGTAATAAAACACTTTGTTATTGCAGCAAAGTGATTCGAACGAGGATTTATGAGTTCGTTTTGTTATCCTCTGCTGTAATGAGTAATATAATGGTTTCAAGGGCAGACCAATCAGGTTACTTGGGCAGACATTTTTTTTAGACAGAAACGGTTATGTTTTTATATTATGAAAACAGCA
GGTAAACCACTGTTGCAAATACAGCAAGTCCAACTTCTACAAAATACCATAGGCAGTTCAGGTATTGCAAAGTTTAAAATCATCATGTACTTGTTCAAAACAGAGTTTAAACTGTAAACTACTAACTAGCGCTAGAAACCTAAGCTTCAACAGCCTTTAAACCTGAGAATCCATGCCACTACTGCTC

Intron 3 GTATAAAAAT ... TCATTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	5.51	120	9	7
A2	6.29	134	1	9
A3	15.38	132	1	24
A4	11.85	119	10	16
A5	9.2	79	9	8
A6	1.83	642	2	12
A7	2.99	519	2	16
A8	4.09	399	0	17
A9	2.81	519	7	15
A10	4.92	425	3	22

>TRINITY_DN128683_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGGTTGGATTTTCAGCTTGATTTGTTACAAGAGTTTTATATACATTTATCAATTGCTGAGTTCTATGTTTCTTTCTCAGATCT
TCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGTAAGTATTTTGGTTTTCTTGCATCCGCTGGTAGATTTAAAGGCAAAACAAAAAGGGCAAATGGAATTTATAACAAGGTTTTCCTACTACAAAATCGGTTGTCGCGAGATATCACTGCATGGGCGGTCATCATTTT
AGTTTTATAGTTTATTATCTATTTAGCAGCGTACATTGTGTAGAAATCATGCATTATATATCCAGTTATGATACTAAAATACCTAGGGTTTTAAGTAAATTTCTTGATATTGGCATCCTTAATAGCCAAGATCCTTGGATGGTCTGGCTTAAGAAATTATTGGGCCATTGATGCCGTGCATGGGTGGCCAGGTCAAGAAA
AGTAAAGAATCATTCACCATTGCATTACTGTTTTGATGCCATGCATGGTAGCCATTGATCGCCTCTGTTTCGCTGATATCGCCATCAACTTTCTTAACTAACTGCTCTATGCCTGCAGCTGCTTCTGGTTCCTGTCACCAGTCTCACAAGACTGCTTGTAGATATCTGAGGATTTCGTACAGTGATGACTACATTTTGAC
TGTATTTATAAGGATATCAAAATAGCTCCTTATATCTTAAGAAAGTCCTCCCCATCCTTGACAAAGTTGATCTGGCCTCCTCACTCATTTAAATGACAATGTTTTTCTTCGATGTTGAGTGTGCAGGAATCTTGAAGCTCTGCTTCTAGATTTCTGCTCCTCATTTATTCTTTTCCTGTTATTACAACGCTCTCTTCCTA
AGCCATCCTCTGTCCTCGGCTTACCTTCTTCTCCGTGGAGGATGTCTATTATGTCAAAAGTCAGATGACTTTTACTGCGCCAATAACTCAGCAAGCCAAAAAGTAAGAGTCAATACACAGACTTCGTGAAATTCAGCAAAAACAGGGCAACTGTTATCAATCTAAAAGGCATTTACATCTACTGGCATCAAGAAAGGAGA
GTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTTGAGCTTCAATATCTGCATGATTATGCAGCTG
TCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGGTAAGGGTGATACCTTGAAG
GCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATGAGTGGAGGCCTAAAAGTTT
TGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCACCTTGACTTAATTAGCTAG
GTAATTTTTTTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTTGTTCAGGCCCTTCATTTCA
TATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTATTGGACATGCTTCAATACTTTCATTGCATTAGTGTTTATGTTTAATG
CCTGTAATCTAAGCTAGTTATTGTATTAGCAAGCTAGAACGCCCAAAACAACACAAGAAGCATAACTGTTCTGACTTTAGTCTTTTTCAAAGTTATTAAGATAGCTCTTGTATTAACCGCATTATGAAGTAGCTTGGGGGAACTTTGCTATGTTAGTAGAGATCACATTATGAACTGTATTACATTTGTTGCTGCATTGT
TGAATTTCTTGTAAATGTCCTTTGATGATGTCCATATGCCATGCATTAATGCTGCTGCTGTTGGTGTAATAAAACACTTTGTTATTGCAGCAAAGTGATTCGAACGAGGATTTATGAGTTCGTTTTGTTATCCTCTGCTGTAATGAGTAATATAATGGTTTCAAGGGCAGACCAATCAGGTTACTTGGGCAGACATTTTT
TTTAGACAGAAACGGTTATGTTTTTATATTATGAAAACAGCAGGTAAACCACTGTTGCAAATACAGCAAGTCCAACTTCTACAAAATACCATAGGCAGTTCAGGTATTGCAAAGTTTAAAATCATCATGTACTTGTTCAAAACAGAGTTTAAACTGTAAACTACTAACTAGCGCTAGAAACCTAAGCTTCAACAGCCTTT
AAACCTGAGAATCCATGCCACTACTGCTC

>TRINITY_DN128683_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGTAAGTATTTTGG
TTTTCTTGCATCCGCTGGTAGATTTAAAGGCAAAACAAAAAGGGCAAATGGAATTTATAACAAGGTTTTCCTACTACAAAATCGGTTGTCGCGAGATATCACTGCATGGGCGGTCATCATTTTAGTTTTATAGTTTATTATCTATTTAGCAGCGTACATTGTGTAGAAATCATGCATTATATATCCAGTTATGATACTAA
AATACCTAGGGTTTTAAGTAAATTTCTTGATATTGGCATCCTTAATAGCCAAGATCCTTGGATGGTCTGGCTTAAGAAATTATTGGGCCATTGATGCCGTGCATGGGTGGCCAGGTCAAGAAAAGTAAAGAATCATTCACCATTGCATTACTGTTTTGATGCCATGCATGGTAGCCATTGATCGCCTCTGTTTCGCTGAT
ATCGCCATCAACTTTCTTAACTAACTGCTCTATGCCTGCAGCTGCTTCTGGTTCCTGTCACCAGTCTCACAAGACTGCTTGTAGATATCTGAGGATTTCGTACAGTGATGACTACATTTTGACTGTATTTATAAGGATATCAAAATAGCTCCTTATATCTTAAGAAAGTCCTCCCCATCCTTGACAAAGTTGATCTGGCC
TCCTCACTCATTTAAATGACAATGTTTTTCTTCGATGTTGAGTGTGCAGGAATCTTGAAGCTCTGCTTCTAGATTTCTTCTCCTCATTTATCCTCTTCCTGTTATTACAACGCTCTCTTCCTAAGCCATCCTCTGTCCTCGGCTTACCTTCTTCTCCGTGGAGGATGTCTATTATGTCAAAAGTCAGATGACTTTTACTG
CGCCAATAACTCAGCAAGCCAAAAAGTAAGAGTCAATACACAGACTTCGTGAAATTCAGCAAAAACAGGGCAACTGTTATCAATCTAAAAGgtataaaaattatttagaagttaatcaaagaatttccgtgttctcaacttctgatcgattagctgagttttgaccaagtttagccaagttttgaacgagtctaaccaag
tttgttgagttgtgagcaagtcctgagtactcgattttattattgtatatgctggatcaatctcaatgttcaagagtgtctcatctgctgcttactgtcacagaatttagggtaatacttgctgcatgccaggtgtcttattccgtcacagcttagtatggccatcgttactactgtatcataagtggccactttaccac
tatctttttttcaagatacagtttcagttgtaactttttttaccatacttaacaacacgaatttagctctatcatgggatgttcttatttatggttggcttggggctaattgtggacacctagataagccatcctatcagttgctttcgtcaaactttgatttccttgttatgcaagaattatgcatcttagggatcttt
gtggacaaattcctgatcttctccaatgtctcctgtattgcctgattattggaaattagcattcttttgaagaaattacccaggcaaattaatgtgtgacgatgacatagtagtcattatggttcctaatcaccctccgcctgcttatgttcctgcattgccttcagcagtcatgtgaaaattcagtttctataaacctg
ctcacatttgattctagatggtggggtcctttggggaaaaagcagtcccagctctgaagtgttaatatcaacttgttagacaatatttgttaaatacctctagtatttgtacgtttttagtaatggttatagagttgtcagtttgtgatcaatcttgggcaattttatgtatgagtggattccagattgtttttactttc
tcttgtgaatggtttgaatgctactcacacatctttgtcatttacagGCATTTACATCTACTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATGTATGGTGTTCTGTATTTATTTTACATGTTTTATAATTCATT
TGATTGCTTTTACTTGTTGAACCCAAATCTGATCATTAATTCCAGAAGATGAAACTCTTCTCCTGGCAATATGTAGAGTTTAAAATTGTATTTATCTAAAATTGGTCATCTCTTACTGTTTTCATCACACAACTTTGATATTAATATAAGAGGGGTGTGCTTGATAGTGCTGTCATGTGACTGCTTTTCTCACATGCTGT
GTTGAGATATTCATGGTTTTCTATTGTTTTGGTTAACAGTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTATGAGACTACTTTCATGAATACAATGCATGCCTGTTTTATGATTAAAACATTTATTAAGCATACAAGAACTG
TAAATGCTGTAATGTCAATCCTCAAGGCATCAAGATTTCTATTGTGGATTTGAGTTGGGTCCTCTTTGATGCTTACACAGATCTTTGGCTAGGAAAAGGTTCACCTGCTTAAACAGTACATCTATGCCATTAAATCTGGGATCCTTTCATAAAGTACAGCGATGTAGGTTTAAAAAGATAACATGGCGAAGAATATTACA
TCAAATTTTTAACTTCAAGTTTATTTTATATAGCTAATATACTGCTCACTAAAGGCTGACCAAAAGGTCTCAAGTTCAACCATAGTTTTTGTCTGATCTTATTCAAACAAGTGATCAAAATCACCTTTTGTCATTTCCATTATCCATTCACTATTACAAGTGCTGCTTTTGCAATCTCATCTGAAATTATCTTAACTTGG
AGTTCCACTCTTTGTTGGGAACTTGGTATTGATGCAATCATCTACCCTGGATTTTTTCATTTCTTTCTTATGTTATTGAAGCAGTATGCAGACTGATTCCTTGTTAAAAGGATTTTGTTTGTTAGGTTAATTTCATTTTTTACAGGCTAAAGCCTCATGACCATATTCACAATAGGTTCTACACCTAAATACACCAATTT
TAATCCAGACTGTGTTGACAGGTAAACTTTGGAGAAATCTAGCATGCTTTTTTCTATTCCCAAATCCATTTCAATATAGATTTCAGCGTAGATGACTAGAAGTTCCTCCTATGTATTCTCTAGGATGGAGATGAAGATTTTGTGAGAGGTATAAAGGACAAGAAAAAAGTTCACTCCTTATTGCCAGTAGCTTGTGGTTC
TTTAATTTAAGAAGGCAACAGTATTCTTTCCAAGTAATTATTGCTAGCCCAGGGCTATGAGCTAAATCATGCTTAAGCTTTATATGCATAGCTTCACAGTTGCATTTATACCACTCTATTCATGGGGAAGGAGCCAGGAGGGTAGGTGGGTTGATTCGTCTAGTGCAATGAATGATTTGAATGGAGGAGTCTTGAGCAGC
TTCTGAAAGAATCTTTGTCAGGAAGTCAGATTTCATGATGGCGATTGGAAGGGTAAAGAAAGTAGGGAGCAGATGCAGTAGATAGGCCTTGTTAACCGGGGCATAAGAGTAGCCAGTCTCAGTAACATATGTTGGGAAAAAGAGGAATTGATCTAGGGTAATCAGATGTCAAAGGGCAGACAGAGTAAACTTGGCATAGC
CCAGAAGACAGTTGTTTAGAAATTCAGAAATCCCAAACATGCAGAATGATAGAGAGAATGGTTAGGACATAATCGACCCTACTAGCATCCCCCTTATGGGGAAAGCAAGTAAAACTATTACTAGACTCGGGGAGGTAGAAAACTATGTTCACAATAGAGAGATCATTGGACTCACCTATCTCCAGAAGTTGTCTTCCATA
GATGATTGGGTTTGATTTGTCTTCCGATCCCAGTCAATCTCAATTTCTTCAAGATCAAGTTTGTGAAGCCATTTGATTACTTTTAAAGGTCATAGACTCATGTCAGATTCCCTGCTCCATTGATGCATATGATTTACACTAATTCAGGATTATGTCACTCTGTTTTAGTATGCCTCCAGTATAAACTGATTATTACTTTT
TCACAGTGTTTAAACTATTGTCATTTGTTCTAATTGTTTGGGTTCATACCTATTCATTTTCTCTGATCCTCAATGGTTTGTTTCATTTGATTTCTCTTCATCTTTTAATTTGAATTTCCCTTTTCCTATTGTAGTGCTACTTTTGCCTGTACCATTCCATGATTTGTCTCTTGCACCTTTTCTTTTATATGCTTATTGTA
GGTGCTTGTCAGTAAGGTAACAGCCCTGCAGTACTCTATTAATTGGGATATTTCTGCACTACTCTGTATTAATTGGGACATTGCTGCATTGTTTAAGTTAAATCACTCTTTCAGTTATTGTCATTTATTTTTTACCATTTAGAAAGATAAGACAATTAAAGTGACTAGACATCTGTTGCAATTGTGCCTTAATCCCTTTG
ATAGTTCGTTAGTAGGATTTTATATTTTATGGTCTCTGTTTGAGGAAAACTAGTTGCATTAACTATGGTCCACTGCCCATTTTCTTCAAAGCATTTATTTGCAATATGTTCTAGTTTTTCCTGGAGTTTGCTCTCCCACTCCCCCACTCGAGAAGGGAAACAAATTGCCAGTTCACCAGTTTGAAATAGGCCTTTTGAAA
GATTTTGTAAACTAGTAAATGGTATGTATATGTGAGAAGCATCGCAATAAAAAAATCTTGTTTTTATTTCTGTCTGGAGCCTTTTCTTTATAATATTTTAGACATTTTTTCAGACATCTGTATAAGTCAGGCTTCAGCTTGTTCCCTAATTTTGATCGTCAGTAGTCACAAGGTTATCTACGCTGTAATATTTCAAGCTG
GTATGTTGTGATTAACACAATGCTAATGACCATTCTTCATGTTTTATAGTGATAAAAATAGAAATTGTTCATGACACTGATTCTACTAAAACTTTGCTTACATTATATACTGTATTGTTACCAGGTTGAGCTTCAATATCTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATT
TCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGGTAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCT
GTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATGAGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAA
CAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCACCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTTTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTAAGGCATA
TGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTTGTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAA
TACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTATTGGACATGCTTCAATACTTTCATTGCATTAGTGTTTATGTTTAATGCCTGTAATCTAAGCTAGTTATTGTATTAGCAAGCTAGAACGC
CCAAAACAACACAAGAAGCATAACTGTTCTGACTTTAGTCTTTTTCAAAGTTATTAAGATAGCTCTTGTATTAACCGCATTATGAAGTAGCTTGGGGGAACTTTGCTATGTTAGTAGAGATCACATTATGAACTGTATTACATTTGTTGCTGCATTGTTGAATTTCTTGTAAATGTCCTTTGATGATGTCCATATGCCAT
GCATTAATGCTGCTGCTGTTGGTGTAATAAAACACTTTGTTATTGCAGCAAAGTGATTCGAACGAGGATTTATGAGTTCGTTTTGTTATCCTCTGCTGTAATGAGTAATATAATGGTTTCAAGGGCAGACCAATCAGGTTACTTGGGCAGACATTTTTTTTAGACAGAAACGGTTATGTTTTTATATTATGAAAACAGCA
GGTAAACCACTGTTGCAAATACAGCAAGTCCAACTTCTACAAAATACCATAGGCAGTTCAGGTATTGCAAAGTTTAAAATCATCATGTACTTGTTCAAAACAGAGTTTAAACTGTAAACTACTAACTAGCGCTAGAAACCTAAGCTTCAACAGCCTTTAAACCTGAGAATCCATGCCACTACTGCTC

Intron 4 GTAAGTATTT ... AATCTAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	4.51	594	8.7	31.3
A2	4.01	678	17.7	32.1
A3	4.96	714	4.6	40.2
A4	4.52	628	1.4	32.7
A5	4.21	382.3	1.7	19.1
A6	3.74	3444.7	0	151.2
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A8	4.45	1907	0	100.3
A9	4.15	2641	0.2	128.6
A10	4.13	2199	0	106.1

>TRINITY_DN128683_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGCATTTACATCTA
CTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTTGAGCTTCAATAT
CTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGG
TAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATG
AGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCA
CCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTTTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTT
GTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTATTGGACATGCTTCAATACTTTCATTGCA
TTAGTGTTTATGTTTAATGCCTGTAATCTAAGCTAGTTATTGTATTAGCAAGCTAGAACGCCCAAAACAACACAAGAAGCATAACTGTTCTGACTTTAGTCTTTTTCAAAGTTATTAAGATAGCTCTTGTATTAACCGCATTATGAAGTAGCTTGGGGGAACTTTGCTATGTTAGTAGAGATCACATTATGAACTGTATT
ACATTTGTTGCTGCATTGTTGAATTTCTTGTAAATGTCCTTTGATGATGTCCATATGCCATGCATTAATGCTGCTGCTGTTGGTGTAATAAAACACTTTGTTATTGCAGCAAAGTGATTCGAACGAGGATTTATGAGTTCGTTTTGTTATCCTCTGCTGTAATGAGTAATATAATGGTTTCAAGGGCAGACCAATCAGGT
TACTTGGGCAGACATTTTTTTTAGACAGAAACGGTTATGTTTTTATATTATGAAAACAGCAGGTAAACCACTGTTGCAAATACAGCAAGTCCAACTTCTACAAAATACCATAGGCAGTTCAGGTATTGCAAAGTTTAAAATCATCATGTACTTGTTCAAAACAGAGTTTAAACTGTAAACTACTAACTAGCGCTAGAAAC
CTAAGCTTCAACAGCCTTTAAACCTGAGAATCCATGCCACTACTGCTC

>TRINITY_DN128683_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGGTTGGATTTTCAGCTTGATTTGTTACAAGAGTTTTATATACATTTATCAATTGCTGAGTTCTATGTTTCTTTCTCAGATCT
TCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGgtaagtattttggttttcttgcatccgctggtagatttaaaggcaaaacaaaaagggcaaatggaatttataacaaggttttcctactacaaaatcggttgtcgcgagatatcactgcatgggcggtcatcatttt
agttttatagtttattatctatttagcagcgtacattgtgtagaaatcatgcattatatatccagttatgatactaaaatacctagggttttaagtaaatttcttgatattggcatccttaatagccaagatccttggatggtctggcttaagaaattattgggccattgatgccgtgcatgggtggccaggtcaagaaa
agtaaagaatcattcaccattgcattactgttttgatgccatgcatggtagccattgatcgcctctgtttcgctgatatcgccatcaactttcttaactaactgctctatgcctgcagctgcttctggttcctgtcaccagtctcacaagactgcttgtagatatctgaggatttcgtacagtgatgactacattttgac
tgtatttataaggatatcaaaatagctccttatatcttaagaaagtcctccccatccttgacaaagttgatctggcctcctcactcatttaaatgacaatgtttttcttcgatgttgagtgtgcaggaatcttgaagctctgcttctagatttctgctcctcatttattcttttcctgttattacaacgctctcttccta
agccatcctctgtcctcggcttaccttcttctccgtggaggatgtctattatgtcaaaagtcagatgacttttactgcgccaataactcagcaagccaaaaagtaagagtcaatacacagacttcgtgaaattcagcaaaaacagggcaactgttatcaatctaaaagGCATTTACATCTACTGGCATCAAGAAAGGAGA
GTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTTGAGCTTCAATATCTGCATGATTATGCAGCTG
TCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGGTAAGGGTGATACCTTGAAG
GCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATGAGTGGAGGCCTAAAAGTTT
TGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCACCTTGACTTAATTAGCTAG
GTAATTTTTTTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTTGTTCAGGCCCTTCATTTCA
TATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTATTGGACATGCTTCAATACTTTCATTGCATTAGTGTTTATGTTTAATG
CCTGTAATCTAAGCTAGTTATTGTATTAGCAAGCTAGAACGCCCAAAACAACACAAGAAGCATAACTGTTCTGACTTTAGTCTTTTTCAAAGTTATTAAGATAGCTCTTGTATTAACCGCATTATGAAGTAGCTTGGGGGAACTTTGCTATGTTAGTAGAGATCACATTATGAACTGTATTACATTTGTTGCTGCATTGT
TGAATTTCTTGTAAATGTCCTTTGATGATGTCCATATGCCATGCATTAATGCTGCTGCTGTTGGTGTAATAAAACACTTTGTTATTGCAGCAAAGTGATTCGAACGAGGATTTATGAGTTCGTTTTGTTATCCTCTGCTGTAATGAGTAATATAATGGTTTCAAGGGCAGACCAATCAGGTTACTTGGGCAGACATTTTT
TTTAGACAGAAACGGTTATGTTTTTATATTATGAAAACAGCAGGTAAACCACTGTTGCAAATACAGCAAGTCCAACTTCTACAAAATACCATAGGCAGTTCAGGTATTGCAAAGTTTAAAATCATCATGTACTTGTTCAAAACAGAGTTTAAACTGTAAACTACTAACTAGCGCTAGAAACCTAAGCTTCAACAGCCTTT
AAACCTGAGAATCCATGCCACTACTGCTC

Intron 5 GTATGAGACT ... ATTTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	21	15
A2	100	0	9	5
A3	83.33	2	12	8
A4	51.35	9	15	4
A5	100	0	7	3
A6	66.67	1	1	3
A7	71.83	10	16	35
A8	66.67	8	9	23
A9	60	3	4	5
A10	57.89	8	11	11

>TRINITY_DN102544_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

TTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCGCCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGACATCTGTATAAGTCAGGCTTCAGCTTGTTCCCTAATTTTGATCGTCAGTAGTCACAAGGTTATCTACGCTGTAATATTTCAAGCTGGTATGTTGTGATTAACACAATGCTAA
TGACCATTCTTCATGTTTTATAGTGATAAAAATAGAAATTGTTCATGACACTGATTCTACTAAAACTTTGCTTACATTATATACTGTATTGTTACCAGGTTGAGCTTCAATATCTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACT
TTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTT

>TRINITY_DN102544_c0_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGCATTTACATCTA
CTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATGTATGGTGTTCTGTATTTATTTTACATGTTTTATAATCCATTTGATTGCTTTTATTTGTTGAACCCAAATCTGATCATTAATTCCAGAAGATGAAACTCTTC
TCCTGGCAATATGTAGAGTTTAAAATTGTATTTATTTAAAATTGGTCATCTCTTACTGTTTTCATCACACAACTTTGATATTAATATAAGAGGGGTGTGCTTGATAGTGCTGTCATGTGACTGCTTTTCTCACATGCTGTGTTGAGATATTCATGGTTTTCTATTGTTTTGGTTAACAGTTATTTGCGACTGTGACAATT
GATGAACCGGCGCCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGgtatgagactactttcatgaatacaatgcatgtctgttttatgattaaaacatttattatgcatacaagaactgtaaatgctgtaatgtcaatcctcaaggcatcaagatttctattgtggatttgagttgggt
cctctttgatgcttacacagatctttggctaggaaaaggttcacctgcttaaacagtacatctatgccattaaatctgggatcctttcataaagtacagtgatgtaggttaaaaaagataacatggcgaagaatattacatcaaatttttaacttcaagtttattttatatagctaatatactgctcactaaaggctgac
caaaaggtctcaagttcaaccatagtttttgtctgatcttattcaaacaagtgatcaaaatcaccttttgtcatttccattatccattcactattacaagtgctgcttttgcaatctcatctgaaattatcttaacttggagttccactctttattggcaacttggtattgatgcgatcatctaccctggattttttcat
ttctttcttatgttattgaagcagtatgcagactgattccttgttaaaaggattttgtttgttaggttaatttcattttttacaggctaaagcctcatgaccatattcacaataggttctacacctaaatataccaattttaatccagactgcgttgataggtaaactttggagaaatctagcatgcttttttctattcc
caaatccatttcaatatagactttagcgtagatgactagaagttcctcctatgtattctctaggatggagatgaagattttgtgagaggtatgaaggacaagaaaaaagttcactattattgccagtagcttgtggttctttaatttaagaaggcaacaatattctttccaagtaattattgctagcccagggctatgag
ctaattcatgcttaagctttatatgcatagcttcacagttgcatttataccactctattcatggggaaggagccagtagggtaggcgggttgattcgtctagtgcaatgaatgatttgaatggaggagtcttgagcagcttctgaaagaatctttgtcaggaagtcagatttcacgatggcggttggaatggtaaagaaa
gtagggggcagatgcagtagataggccttgttaaccggggcataagagtagccagtctcagtaacatatgttgggaaaaagaggaattgatctagggtaatcagatgtcaaaggtcagacagagtaaacttggcatagcccagaagacagttgtttagaaattcagaaatcccaaacatgcagaatgatagagagaatgg
ttaggacataatcgaccctactagcaacccccttatggggaaagcaagtaaaactattactagactcggggaggtagaaaattatgttcacaatagagagatcattggactcacctatctccagaagttgtcttccatagatgattgggtttgatttgtcttccgatcccagtcaatctcaatttcttcaagatcaagtt
tgtgaagccatttgattacttttaaaggtcatagactcatgtcagattccctgctccattgatgcatatgatttacactaattcaggattatgtcactctgttttagtatgcctccagtataaactgattattactttttcacagtgtttaaactattgtcatttgttctaattgtttgggttcatacctattcattttc
tctgatcctcaatggtttgtttcatttgatttctcttcatcttttaatttgaatttcccttttcctattgtagtgctacttttgcctgtaccattccatgatttgtctcttgcaccttttcttttatatgcttattgtaggtgcttgtcagtaaggtaacagccctgcagtactctattaattgggatatttctgcacta
ctctgtattaattgggacattgctgcattgtttaagttaaatcactctttcagttattgtcatttattttttaccatttagaaagataagacaattaaagtgactagacatttgttgcaattgtgcctcaatccctttgatagttcgttaataggattttatattttatggtctctgtttgaggaaaactagttgcatta
actatggtccactgcccattttcttcaaagcatttatttgcaatatgttctagtttttcctggagtttgctctcccactcccccactcgagaagggaaacaaattgccagttcaccagtttgaaataggccttttgaaagattttgtaaactagtaaatggtatgtatatgtgagaagcatcgcaataaaaaaatcttgt
ttttatttctgtctggagccttttctttataatattttagacattttttcagACATCTGTATAAGTCAGGCTTCAGCTTGTTCCCTAATTTTGATCGTCAGTAGTCACAAGGTTATCTACGCTGTAATATTTCAAGCTGGTATGTTGTGATTAACACAATGCTAATGACCATTCTTCATGTTTTATAGTGATAAAAATAG
AAATTGTTCATGACACTGATTCTACTAAAACTTTGCTTACATTATATACTGTATTGTTACCAGGTTGAGCTTCAATATCTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGC
ATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTGTAAGATTTATCCCATGTCATTCCTCTAAGTTGAAATAGTTGCTTTTTAGTGGGTTTTCTGATAGAAGATAAGGCAATTGCAATTTTTTTTATGAACCATTGCATAGAATGTTTTCTGGTGTCATACT
GAAAGTGGCCTATGCTTTGCAGAACTGGTAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTAC
GGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATGAGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTT
TCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCACCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTGTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTAGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGC
TCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTTGTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCC

Intron 6 GTATGAGACT ... TTGTTACCAG

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A5	23.97	241	7	76
A6	23.25	2879	1	872
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A9	24.86	1986	4	657
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>TRINITY_DN102544_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGCATTTACATCTA
CTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCGCCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTTGAGCTTCAATAT
CTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGG
TAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATG
AGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCA
CCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTGTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTAGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTT
GTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCC

>TRINITY_DN102544_c0_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGCATTTACATCTA
CTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATGTATGGTGTTCTGTATTTATTTTACATGTTTTATAATCCATTTGATTGCTTTTATTTGTTGAACCCAAATCTGATCATTAATTCCAGAAGATGAAACTCTTC
TCCTGGCAATATGTAGAGTTTAAAATTGTATTTATTTAAAATTGGTCATCTCTTACTGTTTTCATCACACAACTTTGATATTAATATAAGAGGGGTGTGCTTGATAGTGCTGTCATGTGACTGCTTTTCTCACATGCTGTGTTGAGATATTCATGGTTTTCTATTGTTTTGGTTAACAGTTATTTGCGACTGTGACAATT
GATGAACCGGCGCCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGgtatgagactactttcatgaatacaatgcatgtctgttttatgattaaaacatttattatgcatacaagaactgtaaatgctgtaatgtcaatcctcaaggcatcaagatttctattgtggatttgagttgggt
cctctttgatgcttacacagatctttggctaggaaaaggttcacctgcttaaacagtacatctatgccattaaatctgggatcctttcataaagtacagtgatgtaggttaaaaaagataacatggcgaagaatattacatcaaatttttaacttcaagtttattttatatagctaatatactgctcactaaaggctgac
caaaaggtctcaagttcaaccatagtttttgtctgatcttattcaaacaagtgatcaaaatcaccttttgtcatttccattatccattcactattacaagtgctgcttttgcaatctcatctgaaattatcttaacttggagttccactctttattggcaacttggtattgatgcgatcatctaccctggattttttcat
ttctttcttatgttattgaagcagtatgcagactgattccttgttaaaaggattttgtttgttaggttaatttcattttttacaggctaaagcctcatgaccatattcacaataggttctacacctaaatataccaattttaatccagactgcgttgataggtaaactttggagaaatctagcatgcttttttctattcc
caaatccatttcaatatagactttagcgtagatgactagaagttcctcctatgtattctctaggatggagatgaagattttgtgagaggtatgaaggacaagaaaaaagttcactattattgccagtagcttgtggttctttaatttaagaaggcaacaatattctttccaagtaattattgctagcccagggctatgag
ctaattcatgcttaagctttatatgcatagcttcacagttgcatttataccactctattcatggggaaggagccagtagggtaggcgggttgattcgtctagtgcaatgaatgatttgaatggaggagtcttgagcagcttctgaaagaatctttgtcaggaagtcagatttcacgatggcggttggaatggtaaagaaa
gtagggggcagatgcagtagataggccttgttaaccggggcataagagtagccagtctcagtaacatatgttgggaaaaagaggaattgatctagggtaatcagatgtcaaaggtcagacagagtaaacttggcatagcccagaagacagttgtttagaaattcagaaatcccaaacatgcagaatgatagagagaatgg
ttaggacataatcgaccctactagcaacccccttatggggaaagcaagtaaaactattactagactcggggaggtagaaaattatgttcacaatagagagatcattggactcacctatctccagaagttgtcttccatagatgattgggtttgatttgtcttccgatcccagtcaatctcaatttcttcaagatcaagtt
tgtgaagccatttgattacttttaaaggtcatagactcatgtcagattccctgctccattgatgcatatgatttacactaattcaggattatgtcactctgttttagtatgcctccagtataaactgattattactttttcacagtgtttaaactattgtcatttgttctaattgtttgggttcatacctattcattttc
tctgatcctcaatggtttgtttcatttgatttctcttcatcttttaatttgaatttcccttttcctattgtagtgctacttttgcctgtaccattccatgatttgtctcttgcaccttttcttttatatgcttattgtaggtgcttgtcagtaaggtaacagccctgcagtactctattaattgggatatttctgcacta
ctctgtattaattgggacattgctgcattgtttaagttaaatcactctttcagttattgtcatttattttttaccatttagaaagataagacaattaaagtgactagacatttgttgcaattgtgcctcaatccctttgatagttcgttaataggattttatattttatggtctctgtttgaggaaaactagttgcatta
actatggtccactgcccattttcttcaaagcatttatttgcaatatgttctagtttttcctggagtttgctctcccactcccccactcgagaagggaaacaaattgccagttcaccagtttgaaataggccttttgaaagattttgtaaactagtaaatggtatgtatatgtgagaagcatcgcaataaaaaaatcttgt
ttttatttctgtctggagccttttctttataatattttagacattttttcagacatctgtataagtcaggcttcagcttgttccctaattttgatcgtcagtagtcacaaggttatctacgctgtaatatttcaagctggtatgttgtgattaacacaatgctaatgaccattcttcatgttttatagtgataaaaatag
aaattgttcatgacactgattctactaaaactttgcttacattatatactgtattgttaccagGTTGAGCTTCAATATCTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGC
ATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTGTAAGATTTATCCCATGTCATTCCTCTAAGTTGAAATAGTTGCTTTTTAGTGGGTTTTCTGATAGAAGATAAGGCAATTGCAATTTTTTTTATGAACCATTGCATAGAATGTTTTCTGGTGTCATACT
GAAAGTGGCCTATGCTTTGCAGAACTGGTAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTAC
GGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATGAGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTT
TCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCACCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTGTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTAGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGC
TCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTTGTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCC

Intron 7 GTATGGTGTT ... TGGTTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A9	7.93	1709	161.5	1
A10	7.88	1397.8	131.2	5

>TRINITY_DN128683_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGCATTTACATCTA
CTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTTGAGCTTCAATAT
CTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGG
TAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATG
AGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCA
CCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTTTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTT
GTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTATTGGACATGCTTCAATACTTTCATTGCA
TTAGTGTTTATGTTTAATGCCTGTAATCTAAGCTAGTTATTGTATTAGCAAGCTAGAACGCCCAAAACAACACAAGAAGCATAACTGTTCTGACTTTAGTCTTTTTCAAAGTTATTAAGATAGCTCTTGTATTAACCGCATTATGAAGTAGCTTGGGGGAACTTTGCTATGTTAGTAGAGATCACATTATGAACTGTATT
ACATTTGTTGCTGCATTGTTGAATTTCTTGTAAATGTCCTTTGATGATGTCCATATGCCATGCATTAATGCTGCTGCTGTTGGTGTAATAAAACACTTTGTTATTGCAGCAAAGTGATTCGAACGAGGATTTATGAGTTCGTTTTGTTATCCTCTGCTGTAATGAGTAATATAATGGTTTCAAGGGCAGACCAATCAGGT
TACTTGGGCAGACATTTTTTTTAGACAGAAACGGTTATGTTTTTATATTATGAAAACAGCAGGTAAACCACTGTTGCAAATACAGCAAGTCCAACTTCTACAAAATACCATAGGCAGTTCAGGTATTGCAAAGTTTAAAATCATCATGTACTTGTTCAAAACAGAGTTTAAACTGTAAACTACTAACTAGCGCTAGAAAC
CTAAGCTTCAACAGCCTTTAAACCTGAGAATCCATGCCACTACTGCTC

>TRINITY_DN128683_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGTAAGTATTTTGG
TTTTCTTGCATCCGCTGGTAGATTTAAAGGCAAAACAAAAAGGGCAAATGGAATTTATAACAAGGTTTTCCTACTACAAAATCGGTTGTCGCGAGATATCACTGCATGGGCGGTCATCATTTTAGTTTTATAGTTTATTATCTATTTAGCAGCGTACATTGTGTAGAAATCATGCATTATATATCCAGTTATGATACTAA
AATACCTAGGGTTTTAAGTAAATTTCTTGATATTGGCATCCTTAATAGCCAAGATCCTTGGATGGTCTGGCTTAAGAAATTATTGGGCCATTGATGCCGTGCATGGGTGGCCAGGTCAAGAAAAGTAAAGAATCATTCACCATTGCATTACTGTTTTGATGCCATGCATGGTAGCCATTGATCGCCTCTGTTTCGCTGAT
ATCGCCATCAACTTTCTTAACTAACTGCTCTATGCCTGCAGCTGCTTCTGGTTCCTGTCACCAGTCTCACAAGACTGCTTGTAGATATCTGAGGATTTCGTACAGTGATGACTACATTTTGACTGTATTTATAAGGATATCAAAATAGCTCCTTATATCTTAAGAAAGTCCTCCCCATCCTTGACAAAGTTGATCTGGCC
TCCTCACTCATTTAAATGACAATGTTTTTCTTCGATGTTGAGTGTGCAGGAATCTTGAAGCTCTGCTTCTAGATTTCTTCTCCTCATTTATCCTCTTCCTGTTATTACAACGCTCTCTTCCTAAGCCATCCTCTGTCCTCGGCTTACCTTCTTCTCCGTGGAGGATGTCTATTATGTCAAAAGTCAGATGACTTTTACTG
CGCCAATAACTCAGCAAGCCAAAAAGTAAGAGTCAATACACAGACTTCGTGAAATTCAGCAAAAACAGGGCAACTGTTATCAATCTAAAAGGTATAAAAATTATTTAGAAGTTAATCAAAGAATTTCCGTGTTCTCAACTTCTGATCGATTAGCTGAGTTTTGACCAAGTTTAGCCAAGTTTTGAACGAGTCTAACCAAG
TTTGTTGAGTTGTGAGCAAGTCCTGAGTACTCGATTTTATTATTGTATATGCTGGATCAATCTCAATGTTCAAGAGTGTCTCATCTGCTGCTTACTGTCACAGAATTTAGGGTAATACTTGCTGCATGCCAGGTGTCTTATTCCGTCACAGCTTAGTATGGCCATCGTTACTACTGTATCATAAGTGGCCACTTTACCAC
TATCTTTTTTTCAAGATACAGTTTCAGTTGTAACTTTTTTTACCATACTTAACAACACGAATTTAGCTCTATCATGGGATGTTCTTATTTATGGTTGGCTTGGGGCTAATTGTGGACACCTAGATAAGCCATCCTATCAGTTGCTTTCGTCAAACTTTGATTTCCTTGTTATGCAAGAATTATGCATCTTAGGGATCTTT
GTGGACAAATTCCTGATCTTCTCCAATGTCTCCTGTATTGCCTGATTATTGGAAATTAGCATTCTTTTGAAGAAATTACCCAGGCAAATTAATGTGTGACGATGACATAGTAGTCATTATGGTTCCTAATCACCCTCCGCCTGCTTATGTTCCTGCATTGCCTTCAGCAGTCATGTGAAAATTCAGTTTCTATAAACCTG
CTCACATTTGATTCTAGATGGTGGGGTCCTTTGGGGAAAAAGCAGTCCCAGCTCTGAAGTGTTAATATCAACTTGTTAGACAATATTTGTTAAATACCTCTAGTATTTGTACGTTTTTAGTAATGGTTATAGAGTTGTCAGTTTGTGATCAATCTTGGGCAATTTTATGTATGAGTGGATTCCAGATTGTTTTTACTTTC
TCTTGTGAATGGTTTGAATGCTACTCACACATCTTTGTCATTTACAGGCATTTACATCTACTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATgtatggtgttctgtatttattttacatgttttataattcatt
tgattgcttttacttgttgaacccaaatctgatcattaattccagaagatgaaactcttctcctggcaatatgtagagtttaaaattgtatttatctaaaattggtcatctcttactgttttcatcacacaactttgatattaatataagaggggtgtgcttgatagtgctgtcatgtgactgcttttctcacatgctgt
gttgagatattcatggttttctattgttttggttaacagTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTATGAGACTACTTTCATGAATACAATGCATGCCTGTTTTATGATTAAAACATTTATTAAGCATACAAGAACTG
TAAATGCTGTAATGTCAATCCTCAAGGCATCAAGATTTCTATTGTGGATTTGAGTTGGGTCCTCTTTGATGCTTACACAGATCTTTGGCTAGGAAAAGGTTCACCTGCTTAAACAGTACATCTATGCCATTAAATCTGGGATCCTTTCATAAAGTACAGCGATGTAGGTTTAAAAAGATAACATGGCGAAGAATATTACA
TCAAATTTTTAACTTCAAGTTTATTTTATATAGCTAATATACTGCTCACTAAAGGCTGACCAAAAGGTCTCAAGTTCAACCATAGTTTTTGTCTGATCTTATTCAAACAAGTGATCAAAATCACCTTTTGTCATTTCCATTATCCATTCACTATTACAAGTGCTGCTTTTGCAATCTCATCTGAAATTATCTTAACTTGG
AGTTCCACTCTTTGTTGGGAACTTGGTATTGATGCAATCATCTACCCTGGATTTTTTCATTTCTTTCTTATGTTATTGAAGCAGTATGCAGACTGATTCCTTGTTAAAAGGATTTTGTTTGTTAGGTTAATTTCATTTTTTACAGGCTAAAGCCTCATGACCATATTCACAATAGGTTCTACACCTAAATACACCAATTT
TAATCCAGACTGTGTTGACAGGTAAACTTTGGAGAAATCTAGCATGCTTTTTTCTATTCCCAAATCCATTTCAATATAGATTTCAGCGTAGATGACTAGAAGTTCCTCCTATGTATTCTCTAGGATGGAGATGAAGATTTTGTGAGAGGTATAAAGGACAAGAAAAAAGTTCACTCCTTATTGCCAGTAGCTTGTGGTTC
TTTAATTTAAGAAGGCAACAGTATTCTTTCCAAGTAATTATTGCTAGCCCAGGGCTATGAGCTAAATCATGCTTAAGCTTTATATGCATAGCTTCACAGTTGCATTTATACCACTCTATTCATGGGGAAGGAGCCAGGAGGGTAGGTGGGTTGATTCGTCTAGTGCAATGAATGATTTGAATGGAGGAGTCTTGAGCAGC
TTCTGAAAGAATCTTTGTCAGGAAGTCAGATTTCATGATGGCGATTGGAAGGGTAAAGAAAGTAGGGAGCAGATGCAGTAGATAGGCCTTGTTAACCGGGGCATAAGAGTAGCCAGTCTCAGTAACATATGTTGGGAAAAAGAGGAATTGATCTAGGGTAATCAGATGTCAAAGGGCAGACAGAGTAAACTTGGCATAGC
CCAGAAGACAGTTGTTTAGAAATTCAGAAATCCCAAACATGCAGAATGATAGAGAGAATGGTTAGGACATAATCGACCCTACTAGCATCCCCCTTATGGGGAAAGCAAGTAAAACTATTACTAGACTCGGGGAGGTAGAAAACTATGTTCACAATAGAGAGATCATTGGACTCACCTATCTCCAGAAGTTGTCTTCCATA
GATGATTGGGTTTGATTTGTCTTCCGATCCCAGTCAATCTCAATTTCTTCAAGATCAAGTTTGTGAAGCCATTTGATTACTTTTAAAGGTCATAGACTCATGTCAGATTCCCTGCTCCATTGATGCATATGATTTACACTAATTCAGGATTATGTCACTCTGTTTTAGTATGCCTCCAGTATAAACTGATTATTACTTTT
TCACAGTGTTTAAACTATTGTCATTTGTTCTAATTGTTTGGGTTCATACCTATTCATTTTCTCTGATCCTCAATGGTTTGTTTCATTTGATTTCTCTTCATCTTTTAATTTGAATTTCCCTTTTCCTATTGTAGTGCTACTTTTGCCTGTACCATTCCATGATTTGTCTCTTGCACCTTTTCTTTTATATGCTTATTGTA
GGTGCTTGTCAGTAAGGTAACAGCCCTGCAGTACTCTATTAATTGGGATATTTCTGCACTACTCTGTATTAATTGGGACATTGCTGCATTGTTTAAGTTAAATCACTCTTTCAGTTATTGTCATTTATTTTTTACCATTTAGAAAGATAAGACAATTAAAGTGACTAGACATCTGTTGCAATTGTGCCTTAATCCCTTTG
ATAGTTCGTTAGTAGGATTTTATATTTTATGGTCTCTGTTTGAGGAAAACTAGTTGCATTAACTATGGTCCACTGCCCATTTTCTTCAAAGCATTTATTTGCAATATGTTCTAGTTTTTCCTGGAGTTTGCTCTCCCACTCCCCCACTCGAGAAGGGAAACAAATTGCCAGTTCACCAGTTTGAAATAGGCCTTTTGAAA
GATTTTGTAAACTAGTAAATGGTATGTATATGTGAGAAGCATCGCAATAAAAAAATCTTGTTTTTATTTCTGTCTGGAGCCTTTTCTTTATAATATTTTAGACATTTTTTCAGACATCTGTATAAGTCAGGCTTCAGCTTGTTCCCTAATTTTGATCGTCAGTAGTCACAAGGTTATCTACGCTGTAATATTTCAAGCTG
GTATGTTGTGATTAACACAATGCTAATGACCATTCTTCATGTTTTATAGTGATAAAAATAGAAATTGTTCATGACACTGATTCTACTAAAACTTTGCTTACATTATATACTGTATTGTTACCAGGTTGAGCTTCAATATCTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATT
TCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGGTAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCT
GTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATGAGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAA
CAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCACCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTTTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTAAGGCATA
TGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTTGTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAA
TACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTATTGGACATGCTTCAATACTTTCATTGCATTAGTGTTTATGTTTAATGCCTGTAATCTAAGCTAGTTATTGTATTAGCAAGCTAGAACGC
CCAAAACAACACAAGAAGCATAACTGTTCTGACTTTAGTCTTTTTCAAAGTTATTAAGATAGCTCTTGTATTAACCGCATTATGAAGTAGCTTGGGGGAACTTTGCTATGTTAGTAGAGATCACATTATGAACTGTATTACATTTGTTGCTGCATTGTTGAATTTCTTGTAAATGTCCTTTGATGATGTCCATATGCCAT
GCATTAATGCTGCTGCTGTTGGTGTAATAAAACACTTTGTTATTGCAGCAAAGTGATTCGAACGAGGATTTATGAGTTCGTTTTGTTATCCTCTGCTGTAATGAGTAATATAATGGTTTCAAGGGCAGACCAATCAGGTTACTTGGGCAGACATTTTTTTTAGACAGAAACGGTTATGTTTTTATATTATGAAAACAGCA
GGTAAACCACTGTTGCAAATACAGCAAGTCCAACTTCTACAAAATACCATAGGCAGTTCAGGTATTGCAAAGTTTAAAATCATCATGTACTTGTTCAAAACAGAGTTTAAACTGTAAACTACTAACTAGCGCTAGAAACCTAAGCTTCAACAGCCTTTAAACCTGAGAATCCATGCCACTACTGCTC

Intron 8 GTTGGATTTT ... TCTTTCTCAG

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>TRINITY_DN128683_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGCATTTACATCTA
CTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTTGAGCTTCAATAT
CTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGG
TAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATG
AGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCA
CCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTTTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTT
GTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTATTGGACATGCTTCAATACTTTCATTGCA
TTAGTGTTTATGTTTAATGCCTGTAATCTAAGCTAGTTATTGTATTAGCAAGCTAGAACGCCCAAAACAACACAAGAAGCATAACTGTTCTGACTTTAGTCTTTTTCAAAGTTATTAAGATAGCTCTTGTATTAACCGCATTATGAAGTAGCTTGGGGGAACTTTGCTATGTTAGTAGAGATCACATTATGAACTGTATT
ACATTTGTTGCTGCATTGTTGAATTTCTTGTAAATGTCCTTTGATGATGTCCATATGCCATGCATTAATGCTGCTGCTGTTGGTGTAATAAAACACTTTGTTATTGCAGCAAAGTGATTCGAACGAGGATTTATGAGTTCGTTTTGTTATCCTCTGCTGTAATGAGTAATATAATGGTTTCAAGGGCAGACCAATCAGGT
TACTTGGGCAGACATTTTTTTTAGACAGAAACGGTTATGTTTTTATATTATGAAAACAGCAGGTAAACCACTGTTGCAAATACAGCAAGTCCAACTTCTACAAAATACCATAGGCAGTTCAGGTATTGCAAAGTTTAAAATCATCATGTACTTGTTCAAAACAGAGTTTAAACTGTAAACTACTAACTAGCGCTAGAAAC
CTAAGCTTCAACAGCCTTTAAACCTGAGAATCCATGCCACTACTGCTC

>TRINITY_DN128683_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGgttggattttcagcttgatttgttacaagagttttatatacatttatcaattgctgagttctatgtttctttctcagATCT
TCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGTAAGTATTTTGGTTTTCTTGCATCCGCTGGTAGATTTAAAGGCAAAACAAAAAGGGCAAATGGAATTTATAACAAGGTTTTCCTACTACAAAATCGGTTGTCGCGAGATATCACTGCATGGGCGGTCATCATTTT
AGTTTTATAGTTTATTATCTATTTAGCAGCGTACATTGTGTAGAAATCATGCATTATATATCCAGTTATGATACTAAAATACCTAGGGTTTTAAGTAAATTTCTTGATATTGGCATCCTTAATAGCCAAGATCCTTGGATGGTCTGGCTTAAGAAATTATTGGGCCATTGATGCCGTGCATGGGTGGCCAGGTCAAGAAA
AGTAAAGAATCATTCACCATTGCATTACTGTTTTGATGCCATGCATGGTAGCCATTGATCGCCTCTGTTTCGCTGATATCGCCATCAACTTTCTTAACTAACTGCTCTATGCCTGCAGCTGCTTCTGGTTCCTGTCACCAGTCTCACAAGACTGCTTGTAGATATCTGAGGATTTCGTACAGTGATGACTACATTTTGAC
TGTATTTATAAGGATATCAAAATAGCTCCTTATATCTTAAGAAAGTCCTCCCCATCCTTGACAAAGTTGATCTGGCCTCCTCACTCATTTAAATGACAATGTTTTTCTTCGATGTTGAGTGTGCAGGAATCTTGAAGCTCTGCTTCTAGATTTCTGCTCCTCATTTATTCTTTTCCTGTTATTACAACGCTCTCTTCCTA
AGCCATCCTCTGTCCTCGGCTTACCTTCTTCTCCGTGGAGGATGTCTATTATGTCAAAAGTCAGATGACTTTTACTGCGCCAATAACTCAGCAAGCCAAAAAGTAAGAGTCAATACACAGACTTCGTGAAATTCAGCAAAAACAGGGCAACTGTTATCAATCTAAAAGGCATTTACATCTACTGGCATCAAGAAAGGAGA
GTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTTGAGCTTCAATATCTGCATGATTATGCAGCTG
TCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGGTAAGGGTGATACCTTGAAG
GCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATGAGTGGAGGCCTAAAAGTTT
TGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCACCTTGACTTAATTAGCTAG
GTAATTTTTTTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTTGTTCAGGCCCTTCATTTCA
TATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTATTGGACATGCTTCAATACTTTCATTGCATTAGTGTTTATGTTTAATG
CCTGTAATCTAAGCTAGTTATTGTATTAGCAAGCTAGAACGCCCAAAACAACACAAGAAGCATAACTGTTCTGACTTTAGTCTTTTTCAAAGTTATTAAGATAGCTCTTGTATTAACCGCATTATGAAGTAGCTTGGGGGAACTTTGCTATGTTAGTAGAGATCACATTATGAACTGTATTACATTTGTTGCTGCATTGT
TGAATTTCTTGTAAATGTCCTTTGATGATGTCCATATGCCATGCATTAATGCTGCTGCTGTTGGTGTAATAAAACACTTTGTTATTGCAGCAAAGTGATTCGAACGAGGATTTATGAGTTCGTTTTGTTATCCTCTGCTGTAATGAGTAATATAATGGTTTCAAGGGCAGACCAATCAGGTTACTTGGGCAGACATTTTT
TTTAGACAGAAACGGTTATGTTTTTATATTATGAAAACAGCAGGTAAACCACTGTTGCAAATACAGCAAGTCCAACTTCTACAAAATACCATAGGCAGTTCAGGTATTGCAAAGTTTAAAATCATCATGTACTTGTTCAAAACAGAGTTTAAACTGTAAACTACTAACTAGCGCTAGAAACCTAAGCTTCAACAGCCTTT
AAACCTGAGAATCCATGCCACTACTGCTC

Intron 9 GTATGAGACT ... TTGTTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A4	21.53	466.4	63.5	128
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A9	24.87	1985.4	216.1	657
A10	25.15	1676	188.5	563

>TRINITY_DN128683_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGCATTTACATCTA
CTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTTGAGCTTCAATAT
CTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGG
TAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATG
AGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCA
CCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTTTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTT
GTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTATTGGACATGCTTCAATACTTTCATTGCA
TTAGTGTTTATGTTTAATGCCTGTAATCTAAGCTAGTTATTGTATTAGCAAGCTAGAACGCCCAAAACAACACAAGAAGCATAACTGTTCTGACTTTAGTCTTTTTCAAAGTTATTAAGATAGCTCTTGTATTAACCGCATTATGAAGTAGCTTGGGGGAACTTTGCTATGTTAGTAGAGATCACATTATGAACTGTATT
ACATTTGTTGCTGCATTGTTGAATTTCTTGTAAATGTCCTTTGATGATGTCCATATGCCATGCATTAATGCTGCTGCTGTTGGTGTAATAAAACACTTTGTTATTGCAGCAAAGTGATTCGAACGAGGATTTATGAGTTCGTTTTGTTATCCTCTGCTGTAATGAGTAATATAATGGTTTCAAGGGCAGACCAATCAGGT
TACTTGGGCAGACATTTTTTTTAGACAGAAACGGTTATGTTTTTATATTATGAAAACAGCAGGTAAACCACTGTTGCAAATACAGCAAGTCCAACTTCTACAAAATACCATAGGCAGTTCAGGTATTGCAAAGTTTAAAATCATCATGTACTTGTTCAAAACAGAGTTTAAACTGTAAACTACTAACTAGCGCTAGAAAC
CTAAGCTTCAACAGCCTTTAAACCTGAGAATCCATGCCACTACTGCTC

>TRINITY_DN128683_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCAT
TTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGTAAGTATTTTGG
TTTTCTTGCATCCGCTGGTAGATTTAAAGGCAAAACAAAAAGGGCAAATGGAATTTATAACAAGGTTTTCCTACTACAAAATCGGTTGTCGCGAGATATCACTGCATGGGCGGTCATCATTTTAGTTTTATAGTTTATTATCTATTTAGCAGCGTACATTGTGTAGAAATCATGCATTATATATCCAGTTATGATACTAA
AATACCTAGGGTTTTAAGTAAATTTCTTGATATTGGCATCCTTAATAGCCAAGATCCTTGGATGGTCTGGCTTAAGAAATTATTGGGCCATTGATGCCGTGCATGGGTGGCCAGGTCAAGAAAAGTAAAGAATCATTCACCATTGCATTACTGTTTTGATGCCATGCATGGTAGCCATTGATCGCCTCTGTTTCGCTGAT
ATCGCCATCAACTTTCTTAACTAACTGCTCTATGCCTGCAGCTGCTTCTGGTTCCTGTCACCAGTCTCACAAGACTGCTTGTAGATATCTGAGGATTTCGTACAGTGATGACTACATTTTGACTGTATTTATAAGGATATCAAAATAGCTCCTTATATCTTAAGAAAGTCCTCCCCATCCTTGACAAAGTTGATCTGGCC
TCCTCACTCATTTAAATGACAATGTTTTTCTTCGATGTTGAGTGTGCAGGAATCTTGAAGCTCTGCTTCTAGATTTCTTCTCCTCATTTATCCTCTTCCTGTTATTACAACGCTCTCTTCCTAAGCCATCCTCTGTCCTCGGCTTACCTTCTTCTCCGTGGAGGATGTCTATTATGTCAAAAGTCAGATGACTTTTACTG
CGCCAATAACTCAGCAAGCCAAAAAGTAAGAGTCAATACACAGACTTCGTGAAATTCAGCAAAAACAGGGCAACTGTTATCAATCTAAAAGGTATAAAAATTATTTAGAAGTTAATCAAAGAATTTCCGTGTTCTCAACTTCTGATCGATTAGCTGAGTTTTGACCAAGTTTAGCCAAGTTTTGAACGAGTCTAACCAAG
TTTGTTGAGTTGTGAGCAAGTCCTGAGTACTCGATTTTATTATTGTATATGCTGGATCAATCTCAATGTTCAAGAGTGTCTCATCTGCTGCTTACTGTCACAGAATTTAGGGTAATACTTGCTGCATGCCAGGTGTCTTATTCCGTCACAGCTTAGTATGGCCATCGTTACTACTGTATCATAAGTGGCCACTTTACCAC
TATCTTTTTTTCAAGATACAGTTTCAGTTGTAACTTTTTTTACCATACTTAACAACACGAATTTAGCTCTATCATGGGATGTTCTTATTTATGGTTGGCTTGGGGCTAATTGTGGACACCTAGATAAGCCATCCTATCAGTTGCTTTCGTCAAACTTTGATTTCCTTGTTATGCAAGAATTATGCATCTTAGGGATCTTT
GTGGACAAATTCCTGATCTTCTCCAATGTCTCCTGTATTGCCTGATTATTGGAAATTAGCATTCTTTTGAAGAAATTACCCAGGCAAATTAATGTGTGACGATGACATAGTAGTCATTATGGTTCCTAATCACCCTCCGCCTGCTTATGTTCCTGCATTGCCTTCAGCAGTCATGTGAAAATTCAGTTTCTATAAACCTG
CTCACATTTGATTCTAGATGGTGGGGTCCTTTGGGGAAAAAGCAGTCCCAGCTCTGAAGTGTTAATATCAACTTGTTAGACAATATTTGTTAAATACCTCTAGTATTTGTACGTTTTTAGTAATGGTTATAGAGTTGTCAGTTTGTGATCAATCTTGGGCAATTTTATGTATGAGTGGATTCCAGATTGTTTTTACTTTC
TCTTGTGAATGGTTTGAATGCTACTCACACATCTTTGTCATTTACAGGCATTTACATCTACTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATGTATGGTGTTCTGTATTTATTTTACATGTTTTATAATTCATT
TGATTGCTTTTACTTGTTGAACCCAAATCTGATCATTAATTCCAGAAGATGAAACTCTTCTCCTGGCAATATGTAGAGTTTAAAATTGTATTTATCTAAAATTGGTCATCTCTTACTGTTTTCATCACACAACTTTGATATTAATATAAGAGGGGTGTGCTTGATAGTGCTGTCATGTGACTGCTTTTCTCACATGCTGT
GTTGAGATATTCATGGTTTTCTATTGTTTTGGTTAACAGTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGgtatgagactactttcatgaatacaatgcatgcctgttttatgattaaaacatttattaagcatacaagaactg
taaatgctgtaatgtcaatcctcaaggcatcaagatttctattgtggatttgagttgggtcctctttgatgcttacacagatctttggctaggaaaaggttcacctgcttaaacagtacatctatgccattaaatctgggatcctttcataaagtacagcgatgtaggtttaaaaagataacatggcgaagaatattaca
tcaaatttttaacttcaagtttattttatatagctaatatactgctcactaaaggctgaccaaaaggtctcaagttcaaccatagtttttgtctgatcttattcaaacaagtgatcaaaatcaccttttgtcatttccattatccattcactattacaagtgctgcttttgcaatctcatctgaaattatcttaacttgg
agttccactctttgttgggaacttggtattgatgcaatcatctaccctggattttttcatttctttcttatgttattgaagcagtatgcagactgattccttgttaaaaggattttgtttgttaggttaatttcattttttacaggctaaagcctcatgaccatattcacaataggttctacacctaaatacaccaattt
taatccagactgtgttgacaggtaaactttggagaaatctagcatgcttttttctattcccaaatccatttcaatatagatttcagcgtagatgactagaagttcctcctatgtattctctaggatggagatgaagattttgtgagaggtataaaggacaagaaaaaagttcactccttattgccagtagcttgtggttc
tttaatttaagaaggcaacagtattctttccaagtaattattgctagcccagggctatgagctaaatcatgcttaagctttatatgcatagcttcacagttgcatttataccactctattcatggggaaggagccaggagggtaggtgggttgattcgtctagtgcaatgaatgatttgaatggaggagtcttgagcagc
ttctgaaagaatctttgtcaggaagtcagatttcatgatggcgattggaagggtaaagaaagtagggagcagatgcagtagataggccttgttaaccggggcataagagtagccagtctcagtaacatatgttgggaaaaagaggaattgatctagggtaatcagatgtcaaagggcagacagagtaaacttggcatagc
ccagaagacagttgtttagaaattcagaaatcccaaacatgcagaatgatagagagaatggttaggacataatcgaccctactagcatcccccttatggggaaagcaagtaaaactattactagactcggggaggtagaaaactatgttcacaatagagagatcattggactcacctatctccagaagttgtcttccata
gatgattgggtttgatttgtcttccgatcccagtcaatctcaatttcttcaagatcaagtttgtgaagccatttgattacttttaaaggtcatagactcatgtcagattccctgctccattgatgcatatgatttacactaattcaggattatgtcactctgttttagtatgcctccagtataaactgattattactttt
tcacagtgtttaaactattgtcatttgttctaattgtttgggttcatacctattcattttctctgatcctcaatggtttgtttcatttgatttctcttcatcttttaatttgaatttcccttttcctattgtagtgctacttttgcctgtaccattccatgatttgtctcttgcaccttttcttttatatgcttattgta
ggtgcttgtcagtaaggtaacagccctgcagtactctattaattgggatatttctgcactactctgtattaattgggacattgctgcattgtttaagttaaatcactctttcagttattgtcatttattttttaccatttagaaagataagacaattaaagtgactagacatctgttgcaattgtgccttaatccctttg
atagttcgttagtaggattttatattttatggtctctgtttgaggaaaactagttgcattaactatggtccactgcccattttcttcaaagcatttatttgcaatatgttctagtttttcctggagtttgctctcccactcccccactcgagaagggaaacaaattgccagttcaccagtttgaaataggccttttgaaa
gattttgtaaactagtaaatggtatgtatatgtgagaagcatcgcaataaaaaaatcttgtttttatttctgtctggagccttttctttataatattttagacattttttcagacatctgtataagtcaggcttcagcttgttccctaattttgatcgtcagtagtcacaaggttatctacgctgtaatatttcaagctg
gtatgttgtgattaacacaatgctaatgaccattcttcatgttttatagtgataaaaatagaaattgttcatgacactgattctactaaaactttgcttacattatatactgtattgttaccagGTTGAGCTTCAATATCTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATT
TCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGGTAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCT
GTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTACGGAAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATGAGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAA
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TGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTTGTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAA
TACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTATTGGACATGCTTCAATACTTTCATTGCATTAGTGTTTATGTTTAATGCCTGTAATCTAAGCTAGTTATTGTATTAGCAAGCTAGAACGC
CCAAAACAACACAAGAAGCATAACTGTTCTGACTTTAGTCTTTTTCAAAGTTATTAAGATAGCTCTTGTATTAACCGCATTATGAAGTAGCTTGGGGGAACTTTGCTATGTTAGTAGAGATCACATTATGAACTGTATTACATTTGTTGCTGCATTGTTGAATTTCTTGTAAATGTCCTTTGATGATGTCCATATGCCAT
GCATTAATGCTGCTGCTGTTGGTGTAATAAAACACTTTGTTATTGCAGCAAAGTGATTCGAACGAGGATTTATGAGTTCGTTTTGTTATCCTCTGCTGTAATGAGTAATATAATGGTTTCAAGGGCAGACCAATCAGGTTACTTGGGCAGACATTTTTTTTAGACAGAAACGGTTATGTTTTTATATTATGAAAACAGCA
GGTAAACCACTGTTGCAAATACAGCAAGTCCAACTTCTACAAAATACCATAGGCAGTTCAGGTATTGCAAAGTTTAAAATCATCATGTACTTGTTCAAAACAGAGTTTAAACTGTAAACTACTAACTAGCGCTAGAAACCTAAGCTTCAACAGCCTTTAAACCTGAGAATCCATGCCACTACTGCTC

Intron 10 GTATGAGACT ... TTGTTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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>TRINITY_DN48225_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

CACCCCCCCTCAAAAAAGTGGTAACACGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGT
TGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCATTTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACAC
ATCCACTGGACTGGCATTTACATCTACTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAA
GATCTGGAAAGGTTGAGCTTCAATATCTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGAT
TTTGTTTCTTCTTTGACCTTAACTGGTAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTATGG
AAGGGCAGCGGCACTGCTTCAGCATGAGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTC
AGTTGAAGCACAGAACCAGCTCAGCACCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTTTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTC
TTCAGTATTTGATATGGATGGGGCTTTGTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTAT
TAGACATGCTTCAATACTTTCATTGCATTAGTGTTTATGTTTAATGCCTGTAATCTAAGCTAGTTAT

>TRINITY_DN48225_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CACCCCCCCTCAAAAAAGTGGTAACACGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGT
TGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCATTTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACAC
ATCCACTGGACTGGCATTTACATCTACTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGAGATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCACCGGGTTTGAAGACAATTCTGAGCTTTACTGTTCCAGATCAAA
GATCTGGAAAGgtatgagactactttcatgaatacaatgcatgcctgttttatgattaaaacatttattaagcatacaagaactgtaaatgctgtaatgtcaatcctcaaggcatcaagatttctattgtggatttgagttgggtcctctttgatgcttacacagatctttggctaggaaaaggttcacctgcttaaaca
gtacatctatgccattaaatctgggatcctttcataaagtacagcgatgtaggtttaaaaagataacatggcgaagaatattacatcaaatttttaacttcaagtttattttatatagctaatatactgctcactaaaggctgaccaaaaggtctcaagttcaaccatagtttttgtctgatcttattcaaacaagtgat
caaaatcaccttttgtcatttccattatccattcactattacaagtgctgcttttgcaatctcatctgaaattatcttaacttggagttccactctttgttgggaacttggtattgatgcaatcatctaccctggattttttcatttctttcttatgttattgaagcagtatgcagactgattccttgttaaaaggattt
tgtttgttaggttaatttcattttttacaggctaaagcctcatgaccatattcacaataggttctacacctaaatacaccaattttaatccagactgtgttgacaggtaaactttggagaaatctagcatgcttttttctattcccaaatccatttcaatatagatttcagcgtagatgactagaagttcctcctatgta
ttctctaggatggagatgaagattttgtgagaggtataaaggacaagaaaaaagttcactccttattgccagtagcttgtggttctttaatttaagaaggcaacagtattctttccaagtaattattgctagcccagggctatgagctaaatcatgcttaagctttatatgcatagcttcacagttgcatttataccact
ctattcatggggaaggagccaggagggtaggtgggttgattcgtctagtgcaatgaatgatttgaatggaggagtcttgagcagcttctgaaagaatctttgtcaggaagtcagatttcatgatggcgattggaagggtaaagaaagtagggagcagatgcagtagataggccttgttaaccggggcataagagtagcca
gtctcagtaacatatgttgggaaaaagaggaattgatctagggtaatcagatgtcaaagggcagacagagtaaacttggcatagcccagaagacagttgtttagaaattcagaaatcccaaacatgcagaatgatagagagaatggttaggacataatcgaccctactagcatcccccttatggggaaagcaagtaaaac
tattactagactcggggaggtagaaaactatgttcacaatagagagatcattggactcacctatctccagaagttgtcttccatagatgattgggtttgatttgtcttccgatcccagtcaatctcaatttcttcaagatcaagtttgtgaagccatttgattacttttaaaggtcatagactcatgtcagattccctgc
tccattgatgcatatgatttacactaattcaggattatgtcactttgtctttagtataaactgattattactttttcacagtgtttaaactattgtcatttgttctaattgtttgggttcatacctattcattttctctgatcctcaatggtttgtttcatttgatttctcttcatcttttaatttgaatttcccttttc
ctattgtagtgctacttttgcctgtaccattccatgatttgtctcttgcaccttttcttttatatgcttattgtaggtgcttgtcagtaaggtaacagccctgcagtactctattaattgggatatttctgcactactctgtattaattgggacattgctgcattgtttaagttaaatcactctttcagttattgtcatt
tattttttaccatttagaaagataagacaattaaagtgactagacatttgttgcaattgtgcctcaatccctttgatagttcgttaataggattttatattttatggtctctgtttgaggaaaactagttgcattaactatggtccactgcccattttcttcaaagcatttatttgcaatatgttctagtttttcctgga
gtttgctctcccactcccccactcgagaagggaaacaaattgccagttcaccagtttgaaataggccttttgaaagattttgtaaactagtaaatggtatgtatatgtgagaagcatcgcaataaaaaaatcttgtttttatttctgtctggagccttttctttataatattttagacattttttcagacatctgtataa
gtcaggcttcagcttgttccctaattttgatcgtcagtagtcacaaggttatctacgctgtaatatttcaagctggtatgttgtgattaacacaatgctaatgaccattcttcatgttttatagtgataaaaatagaaattgttcatgacactgattctactaaaactttgcttacattatatactgtattgttaccagG
TTGAGCTTCAATATCTGCATGATTATGCAGCTGTCAGCACAAGCATTGGGTTGACACCATCTCCTATAACACATTTCTCAGGAGTAATTGGAAATGAGACTTTTTCTGTAGGTGGCGAAGTTTCATTTGACACGGCATCAGGAAACTTCTTGAAATATGATGCAGGCTTGAGTTTTTCAAAGCCTGATTTTGTTTCTTCT
TTGACCTTAACTGGTAAGGGTGATACCTTGAAGGCATCCTACTTGCACACTGTTAGCCCTCTGACAAAAACTGCTGTTGGAGCAGAGATATCTCACAGCTTTTCAAGAAGTGAGAATACGTTCACCATAGGCACTCAGCATGCTTTGGACCCCTTAACAACAGTTAAGGGGCGCCTCAATAATTATGGAAGGGCAGCGGC
ACTGCTTCAGCATGAGTGGAGGCCTAAAAGTTTTGTTACTCTTTCTGGAGAGGTGGACACCAAAGCCCTTCACAACAGTGCAAAAGTGGGGTTATCTCTGATTTTGAAGCCTTGAAGGACCTGCCAAATTTTGATTGGAATTTTTGAGTTTTGCCTTTCAGAATAATTATTTCAATGCCTGTGTTTTCAGTTGAAGCACA
GAACCAGCTCAGCACCTTGACTTAATTAGCTAGGTAATTTTTTTAAGTCAGTTGCTGGTAATTTTTTTAAGGCATATGCTCTTGAAAATGGGTGTTGCCAAACATGGTTGGCTAGAGCTTGAATCTGGTTGATAAAGTTGTGAAACATTTTTTGGTTTTAGGCAATGTTAAGAGTATTAACTGAGCTCTTCAGTATTTGA
TATGGATGGGGCTTTGTTCAGGCCCTTCATTTCATATTGGATGAAGGCTTAGACCTTCCCATTTTGATTGAATTAATACTTTGAGGATGAATAATTTCTGGTAAGTAGTCTAACTTTCTCTGCGGCAGCCTAACTAATAATGTGATGCAAACTTTATAGTCATGTTGCCCTTTTTACTGTGGTTCTATTAGACATGCTTC
AATACTTTCATTGCATTAGTGTTTATGTTTAATGCCTGTAATCTAAGCTAGTTATGTTTGTATTAGCAAGCTAGAACGTCCAAAACAACACAACAAGCATAACTATTCTGACTTTAGTCTTTTTCAAAGTTATTAAGATAGCTCTTGTATTAACCGCATTATGAAGTAGCTTGGGGGAACTTTGCTATGTTAGTAGAGAT
CACATTATGAACGGTAC

Intron 11 GTATGGATTC ... TCTTTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.67	369	13.6	101.4
A2	20.94	537	28	152
A3	19.88	608	30.3	163.3
A4	20.37	526	21.8	146.2
A5	22.22	408	22.4	124.7
A6	21.41	2962	69.6	881.7
A7	20.79	2765	64.9	793.2
A8	20.33	1401	40.2	388.4
A9	20.24	2565	81.5	710.9
A10	20.91	2355	77.8	677.8

>TRINITY_DN109541_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGTGGAGAAAGGGATTCTGTCATTTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCA
GGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGCATTTACATCTACTGGCATCAAGAAAGGAGAGTTTTTTCTGGGA
GATCTGAACACACAGCTGAAGAATAATAATATTACAACTGATATTAAAGTGGATACAAGTTCCAATGTATGGTGTTCTGTATTTATTTTACATGTTTTATAATCCATTTGATTGCTTTTATTTGTTGAACCCAAATCTGATCATTAATTCCAGAAGATGAAACTCTTCTCCTGGCAATATGTAGAGTTTAAAATTGTATT
TATCTAAAATTGGTCATCTCTTACTGTTTTCATCACACAACTTTGATATTAATATAAGAGGGGTGTGCTTGATAGTGCTGTCATGTGACTGCTTTTCTCACATGCTGTGTTGAGATATTCATGGTTTTCTATTGTTTTGGTTTACAGTTATTTGCGACTGTGACAATTGATGAACCGGCGCCGGGTTTGAAGACAATTCT
GAGCTTTACTGTTCCAGATCAAAGATCTGGAAAGGTATGAGACTACTTTCATGAATACAATGCATGCCTGTTTTATGATTAAAACATTTATTAAGCATACAAGAACTGTAAATGCTGTAATGTCAATCCTCAAGGCATCAAGATTTCTATTGTGGATTTGAGTTGGGTCCTCTTTGATGCTTACACAGATCTTTGGCTAG
GAAAAGGTTCACCTGCTTAAACAGTACATCTATGCCATTAAATCTGGGATCCTTTCATAAAGTACAGCGATGTAGGTTTAAAAAGATAACATGGCGAAGAATATTACATCAAATTTTTAACTTCAAGTTTATTTTATATAGCTAATATACTGCTCACTAAAGGCTGACCAAAAGGTCTCAAGTTCAACCATAGTTTTTGT
CTGATCTTATTCAAACAAGTGATCAAAATCACCTTTTGTCATTTCCATTATCCATTCACTATTACAAGTGCTGCTTTTGCAATCTCATCTGAAATTATCTTAACTTGGAGTTCCACTCTTTGTTGGGAACTTGGTATTGATGCAATCATCTACCCTGGATTTTTTCATTTCTTTCTTATGTTATTGAAGCAGTATGCAGA
CTGATTCCTTGTTAAAAGGATTTTGTTTGTTAGGTTAATTTCATTTTTTACAGGCTAAAGCCTCATGACCATATTCACAATAGGTTCTACACCTAAATACACCAATTTTAATCCAGACTGTGTTGACAGGTAAACTTTGGAGAAATCTAGCATGCTTTTTTCTATTCCCAAATCCATTTCAATATAGACTTTAGCGTAGA
TGACTAGAAGTTCCTCCTATGTATTCTCTAGGATGGAGATGAAGATTTTGTGAGAGGTATGAAGGACAAGAAAAAAGTTCACTATTATTGCCAGTAGCTTGTGGTTCTTTAATTTAAGAAGGCAACAATATTCTTTCCAAGTAATTATTGCTAGCCCAGGGCTATGAGCTAAATCATGCTTAAGCTTTATATGCATAGCT
TCACAGTTGCATTTATACCACTCTATTCATGGGGAAGGAGCCAGGAGGGTAGGTGGGTTGATTCGTCTAGTGCAATGAATGATTTGAATGGAGGAGTCTTGAGCAGCTTCTGAAAGAATCTTTGTCAGGAAGTCAGATTTCACGATGGCGGTTGGAATGGTAAAGAAAGTAGGGGGCAGATGCAGTAGATAGGCCTTGTT
AACCGGGGCATAAGAGTAGCCAGTCTCAGTAACATATGTTGGGAAAAAGAGGAATTGATCTAGGGTAATCAGATGTCAAAGGTCAGACAGAGTAAACTTGGCATAGCCCAGAAGACAGTTGTTTAGAAATTCAGAAATCCCAAACATGCAGAATGATAGAGAGAATGGTTAGGACATAATCGACCCTACTAGCATCCCCC
TTATGGGGAAAGCAAGTAAAACTATTACTAGACTCGGGGAGGTAGAAAACTATGTTCACAATAGAGAGATCATTGGACTCACCTATCTCCAGAAGTTGTCTTCCATAGATGATTGGGTTTGATTTGTCTTCCGATCCCAGTCAATCTCAATTTCTTCAAGATCAAGTTTGTGAAGCCATTTGATTACTTTTAAAGGTCAT
AGACTCATGTCAGATTCCCTGCTCCATTGATGCATATGATTTACACTAATTCAGGATTATGTCACTCTGTTTTAGTATGCCTCCAGTATAAACTGATTATTACTTTTTCA

>TRINITY_DN109541_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGGAGCTCGTCCCATCTTCAGgtatggattccgatctctcgttataacgatctttcggtggaatccctgttctccatgaaacccttttaactatttttgttgaatttccgggacatttgagctcacgcggggactgtttctttcttttgaagGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGG
TCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGGTTGGATTTTCAGCTTGATTTGTTACAAGAGTTTTATATACATTTATCAATTGCTGAGTTCTATGTTTCTTTCTCAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGTAAGTATTTTGGTTTT
CTTGCATCCGCTGGTAGATTTAAAGGCAAAACAAAAAGGGCAAATGGAATTTATAACAAGGTTTTCCTACTACAAAATCGGTTGTCGCGAGATATCACTGCATGGGCGGTCATCATTTTAGTTTTATAGTTTATTATCTATTTAGCAGCGTACATTGTGTAGAAATCATGCATTATATATCCAGTTATGATACTAAAATA
CCGC

Intron 12 GTGGAATCCC ... TCTTTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.68	9	3	28
A2	78.05	9	8	32
A3	68.97	9	13	20
A4	73.91	6	5	17
A5	77.78	8	11	28
A6	90.99	10	15	101
A7	89.01	10	12	81
A8	82.14	10	15	46
A9	86.67	10	10	65
A10	88.17	11	13	82

>TRINITY_DN112048_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

CCCTCAAAAAAGTGGTAACACGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGT
GGAGAAAGGGATTCTGTCATTTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTATGGATTCCGATCTCTCGTTATAACGATCTTTCGGTGTATTTTTCTTTGGAAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGGTTGGATTTTCAGCTTGATTTGTTA
CAAGAGTTTTATATACATTTATCAATTGCTGAGTTCTATGTTTCTTTCTCAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTACACATCCACTGGACTGGTAAGTATTTTGGTTTTCTTGCATCCGCTGGTAGATTTAAAGGCAAAACAAAAAGGGCAAATGGAATTTATAACAAGGTT
TTCCTACTACAAAATCGGTTGTCGCGAGATATCACTGCATGGGCGGTCATCATTTAAGTTTAATAGTTTATTATCTATTTAGCAGCGTACATTGTGTAGAAATCATGCATTATATATCCAGTTATGATACTAAAATACCTAGGGTTTTAAGTAAATTTCTTGATATTGGCATCCTTAATAGCCAAGATCCTTGGATGGTC
TGGCTTAAGAAATTATTGGATCATTGATGCCGTGCATGGGTGGCCAGGTCAAGAAAAGTAAAGAATCATTCACCATTGCATTACTGTTTTGATGCCATGCATGGTAGCCATTGATCGCCTCTGTTTCGCTGATATCGCCATCAACTTTCTTAACTAACTGCTCTATGCCTGCA

>TRINITY_DN112048_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CCCTCAAAAAAGTGGTAACACGCCACTCGATTTTGTAAACTATTTAATGGGTGGCAAATACCTTGAAATATCTTGCCTCTGTATGCATCGACGGCTGCGTGACCCAGACTTGTGGGCCAATCCAGGATCGGACGGTTGTGGTCGCTTGGAATTGATTAAAAGCTGTCCCTGCTAGGGTTTTGAGCGATATTGGTTGGTGT
GGAGAAAGGGATTCTGTCATTTCTAACCGGGCCGGAGCTCGTCCCATCTTCAGGTATGGATTCCGATCTCTCGTTATAACGATCTTTCGgtggaatccctgttctccatgaaacccttttaactatttttgttgaatttccgggacatttgagctcacgcggggactgtttctttcttttgaagGTGTATTTTTCTTTGG
AAGAAATCGAAGAATTTAGCCATGGGAAAGGGTCCTGGACTGTACTCTGACATTGGAAAGAAGACCAGAGGTTGGATTTTCAGCTTGATTTGTTACAAGAGTTTTATATACATTTATCAATTGCTGAGTTCTATGTTTCTTTCTCAGATCTTCTTAACAAGGATTACAATTTCGATCAGAAGTTTAGTTTCACCTCCTAC
ACATCCACTGGACTGGTAAGTATTTTGGTTTTCTTGCATCCGCTGGTAGATTTAAAGGCAAAACAAAAAGGGCAAATGGAATTTATAACAAGGTTTTCCTACTACAAAATCGGTTGTCGCGAGATATCACTGCATGGGCGGTCATCATTTTAGTTTTATAGTTTATTATCTATTTAGCAGCGTACATTGTGTAGAAATCA
TGCATTATATATCCAGTTATGATACTAAAATACCTAGGGTTTTAAGTAAATTTCTTGATATTGGCATCCTTAATAGCCAAGATCCTTGGATGGTCTGGCTTAAGAAATTATTGGATCATTGATGCCGTGCATGGGTGGCCAGGTCAAGAAAAGTAAAGAATCATTCACCATTGCATTACTGTTTTGATGCCATGCATGGT
AGCCATTGATCGCCTCTGTTTCGCTGATATCGCCATCAACTTTCTTAACTAACTGCTCTATGCCTGCA