sp|Q9M7Q5|AI5L4_ARATH ----> ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 5-like protein 4


Intron 1 GTATTGTTTT ... TTTCTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A128.5720133
A240302416
A331.0320144
A455.566312
A533.33541
A622.29611421
A726.571235237
A830.131385960
A926.32983436
A1025.76853326



>TRINITY_DN113831_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
AAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGTAAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGA
CTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGT
TAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAGGGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGATTAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAAT
TGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC


>TRINITY_DN113831_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGgtattgttttgttcaaacctataattgatataaactataaggatccacaggatgtattacttggaattggtgcttttaattacagtagaatatatgtactaatgatcaatgggtcttttgtttacaaaagcaggcagaaatggctgaaa
tgctaaaaaaacaggtacccaaacctagaagtctgactttgcagtctacttggatgaatatctatatatacacaccatttgattgtggggaataataaaattgacataccatgttacaataatctagattatgttctgccttttttgttgcagttttgagggggtgtagccattgccttacggcttaaactttttttgtt
gtcaaatttctttcag
ATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGTAAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTA
ATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAG
GGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGATTAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGT
AAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC




Intron 2 GTATTGTTTT ... ACAAAAGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A146.4315134
A253.3321241
A334.1527147
A437.5533
A540640
A62542141
A727.08140523
A828.781465910
A927.6489341
A1027.97853310



>TRINITY_DN113831_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform
AAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGGCAGAAATGGCTGAAATGCTAAAAAAACAGATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGT
AAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAA
ATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAGGGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGAT
TAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC


>TRINITY_DN113831_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGgtattgttttgttcaaacctataattgatataaactataaggatccacaggatgtattacttggaattggtgcttttaattacagtagaatatatgtactaatgatcaatgggtcttttgtttacaaaagcagGCAGAAATGGCTGAAA
TGCTAAAAAAACAGGTACCCAAACCTAGAAGTCTGACTTTGCAGTCTACTTGGATGAATATCTATATATACACACCATTTGATTGTGGGGAATAATAAAATTGACATACCATGTTACAATAATCTAGATTATGTTCTGCCTTTTTTGTTGCAGTTTTGAGGGGGTGTAGCCATTGCCTTACGGCTTAAACTTTTTTTGTT
GTCAAATTTCTTTCAGATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGTAAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTA
ATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAG
GGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGATTAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGT
AAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC




Intron 3 GTAAGTGGAT ... AGATTTCTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A172.04133829
A267.82143029
A365.35224736
A473.9192130
A549.2517825
A667.279829
A757.21434075
A868.9791822
A953.57262733
A1062.96304359



>TRINITY_DN38172_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform
CGACCTGTGAAAAACATGAGTAAAATAAATTGAAAAATCTGGCATTTAATGTGTTGCATAAATCTGTTTGCGAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCGCAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATG
ACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAGAATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCT
GTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTTTGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTTGGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCT
GACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGCAGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTC
CTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCTTAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTG
GGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATATCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAAT
CAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGCTGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGAT
CACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTTCTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCT
TATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAAGCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGCA
GGCAGAAATGGCTGAAATGCTAAAAAAACAGATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGTAAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAA
CCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCAGG
AAAAAGTAGCAAAAGGGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGATTAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATC
AAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACCAATGTGGAATATAATAAATTGAAAATAATTATTTGAAACAAGTTGAGATGGAGGATAAAGAATTGCCAATGCCTTAGCCAAGGCTAAAGTAGTGGATCCTTAATTGGCATAACTCCATTTAACCCAGATTTACCAAGCAAAAGGGAATGCTCAAATGA
TCCCATTGTTTTGCCTACTCACTACTTAAATGATCC


>TRINITY_DN38172_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:
CGACCTGTGAAAAACATGAGTAAAATAAATTGAAAAATCTGGCATTTAATGTGTTGCATAAATCTGTTTGCGAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCGCAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATG
ACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAGAATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCT
GTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTTTGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTgtaagtggatatcttggacttatattgacaaataagtttgtatggttcctgttgtgggttattgggatttgatcattaagagtaa
tcttgcaaatgggtttcgtgatttgatcagttataggggctgaaacttgaattgggtatttttttatgatggaacgaattcagttttttaagtagccattggcagagctatttggtgtctgtcttgtagtgttctattgtattaagtacttttgagtgagcaggaggcttttgtattgttttttagtttaggatatttgt
taaataaatgggttccaatgaagattcaagatttctag
GTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTTGGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCA
AGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGCAGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAAC
GGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCTTAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTT
GGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATATCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAAC
AACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGCTGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGG
ACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTTCTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACG
TATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAAGCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGCAGGCAGAAATGGCTGAAATGCTAAAAAAACAGGTACCCAAACCTAGAAGTCTGACTTTGCAGTCTACTTGGATGAATA
TCTATATATACACACCATTTGATTGTGGGGAATAATAAAATTGACATACCATGTTACAATAATCTAGATTATGTTCTGCCTTTTTTGTTGCAGTTTTGAGGGGGTGTAGCCATTGCCTTACGGCTTAAACTTTTTTTGTTGTCAAATTTCTTTCAGATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAG
TAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGTAAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCA
AAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAGGGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTAC
TGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGATTAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACCAATGTGGAATATAATAAATTGAAAATAATTATT
TGAAACAAGTTGAGATGGAGGATAAAGAATTGCCAATGCCTTAGCCAAGGCTAAAGTAGTGGATCCTTAATTGGCATAACTCCATTTAACCCAGATTTACCAAGCAAAAGGGAATGCTCAAATGATCCCATTGTTTTGCCTACTCACTACTTAAATGATCC




Intron 4 GCAGAAATGG ... AAAAAAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A142.03201514
A238.9129.82117
A353.312026.818.8
A450657
A547.37563
A643.0660.84250
A752.23122.3139.5128
A852137.5145.8152
A947.5497.78988
A1047.37858568



>TRINITY_DN113831_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
AAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGTAAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGA
CTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGT
TAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAGGGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGATTAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAAT
TGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC


>TRINITY_DN113831_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGgcagaaatggctgaaatgctaaaaaaacagATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGT
AAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAA
ATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAGGGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGAT
TAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC




Intron 5 GTATTGTTTT ... TTTACAAAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A161.98136
A26016241
A34021147
A460233
A550440
A638.8922141
A739.3980523
A841.55835910
A942.546340
A1033673310



>TRINITY_DN106115_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoform
CCCTCTCCTCCGACAACGACCTGTGAAAAACATGAGTAAAATAAATTGAAAAATCTGGCATTTAATGTGTTGCATAAATCTGTTTGCGAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCGCAGCCATCAACAATAATTGGG
AGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAGAATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTGGATGATGTAATTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGG
ATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTTTGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGA
TTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGATGGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGGGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTT
TTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTTGGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGA
ATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGCAGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGC
ACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCTTAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTT
GGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATATCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATA
GACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGCTGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGG
CTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTTCTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGT
TGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAAGCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGCAGGCAGAAATGGCTGAAATGCTAAAAAAACAGGTACCCAAACCTAGAAGTCTGACTTTGC
AGTCTACTTGGATGAATATCTATATATACACACCATTTGATTGTGGGGAATAATAAAATTGACATACCATGTTACAATAATCTAGATTATGTTCTGCCTTTTTTGTTGCAGTTTTGAGGGG


>TRINITY_DN106115_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:
CCCTCTCCTCCGACAACGACCTGTGAAAAACATGAGTAAAATAAATTGAAAAATCTGGCATTTAATGTGTTGCATAAATCTGTTTGCGAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCGCAGCCATCAACAATAATTGGG
AGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAGAATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTGGATGATGTAATTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGG
ATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTTTGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGA
TTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGATGGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGGGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTT
TTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTTGGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGA
ATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGCAGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGC
ACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCTTAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTT
GGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATATCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATA
GACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGCTGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGG
CTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTTCTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGT
TGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAAGCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGgtattgttttgttcaaacctataattgatataaactataaggatccacaggatgtattact
tggaattggtgcttttaattacagtagaatatatgtactaatgattaatgggtcttttgtttacaaaag
CAGGCAGAAATGGCTGAAATGCTAAAAAAACAGGTACCCAAACCTAGAAGTCTGACTTTGCAGTCTACTTGGATGAATATCTATATATACACACCATTTGATTGTGGGGAATAATAAAATTGACATACCAT
GTTACAATAATCTAGATTATGTTCTGCCTTTTTTGTTGCAGTTTTGAGGGG




Intron 6 GTACCCAAAC ... TTTCTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A117.65145.83
A248.48171.516
A317.39199.54
A463.1672.312
A525301
A629.585011.521
A722.36128.540.837
A828.31524360
A929.038818.336
A1027.66683226



>TRINITY_DN113831_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform
AAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGGCAGAAATGGCTGAAATGCTAAAAAAACAGATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGT
AAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAA
ATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAGGGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGAT
TAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC


>TRINITY_DN113831_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGGTATTGTTTTGTTCAAACCTATAATTGATATAAACTATAAGGATCCACAGGATGTATTACTTGGAATTGGTGCTTTTAATTACAGTAGAATATATGTACTAATGATCAATGGGTCTTTTGTTTACAAAAGCAGGCAGAAATGGCTGAAA
TGCTAAAAAAACAGgtacccaaacctagaagtctgactttgcagtctacttggatgaatatctatatatacacaccatttgattgtggggaataataaaattgacataccatgttacaataatctagattatgttctgccttttttgttgcagttttgagggggtgtagccattgccttacggcttaaactttttttgtt
gtcaaatttctttcag
ATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGTAAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTA
ATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAG
GGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGATTAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGT
AAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC