sp|Q9M7Q5|AI5L4_ARATH ----> ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 5-like protein 4
Intron 1 GTATTGTTTT ... TTTCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.57 | 20 | 13 | 3 |
| A2 | 40 | 30 | 24 | 16 |
| A3 | 31.03 | 20 | 14 | 4 |
| A4 | 55.56 | 6 | 3 | 12 |
| A5 | 33.33 | 5 | 4 | 1 |
| A6 | 22.29 | 61 | 14 | 21 |
| A7 | 26.57 | 123 | 52 | 37 |
| A8 | 30.13 | 138 | 59 | 60 |
| A9 | 26.32 | 98 | 34 | 36 |
| A10 | 25.76 | 85 | 33 | 26 |
>TRINITY_DN113831_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformAAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
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TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGTAAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGA
CTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGT
TAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAGGGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGATTAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAAT
TGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC
>TRINITY_DN113831_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGgtattgttttgttcaaacctataattgatataaactataaggatccacaggatgtattacttggaattggtgcttttaattacagtagaatatatgtactaatgatcaatgggtcttttgtttacaaaagcaggcagaaatggctgaaa
tgctaaaaaaacaggtacccaaacctagaagtctgactttgcagtctacttggatgaatatctatatatacacaccatttgattgtggggaataataaaattgacataccatgttacaataatctagattatgttctgccttttttgttgcagttttgagggggtgtagccattgccttacggcttaaactttttttgtt
gtcaaatttctttcagATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGTAAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTA
ATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAG
GGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGATTAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGT
AAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC
Intron 2 GTATTGTTTT ... ACAAAAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.43 | 15 | 13 | 4 |
| A2 | 53.33 | 21 | 24 | 1 |
| A3 | 34.15 | 27 | 14 | 7 |
| A4 | 37.5 | 5 | 3 | 3 |
| A5 | 40 | 6 | 4 | 0 |
| A6 | 25 | 42 | 14 | 1 |
| A7 | 27.08 | 140 | 52 | 3 |
| A8 | 28.78 | 146 | 59 | 10 |
| A9 | 27.64 | 89 | 34 | 1 |
| A10 | 27.97 | 85 | 33 | 10 |
>TRINITY_DN113831_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformAAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGGCAGAAATGGCTGAAATGCTAAAAAAACAGATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGT
AAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAA
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TAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC
>TRINITY_DN113831_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
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TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGgtattgttttgttcaaacctataattgatataaactataaggatccacaggatgtattacttggaattggtgcttttaattacagtagaatatatgtactaatgatcaatgggtcttttgtttacaaaagcagGCAGAAATGGCTGAAA
TGCTAAAAAAACAGGTACCCAAACCTAGAAGTCTGACTTTGCAGTCTACTTGGATGAATATCTATATATACACACCATTTGATTGTGGGGAATAATAAAATTGACATACCATGTTACAATAATCTAGATTATGTTCTGCCTTTTTTGTTGCAGTTTTGAGGGGGTGTAGCCATTGCCTTACGGCTTAAACTTTTTTTGTT
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GGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGATTAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGT
AAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC
Intron 3 GTAAGTGGAT ... AGATTTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 72.04 | 13 | 38 | 29 |
| A2 | 67.82 | 14 | 30 | 29 |
| A3 | 65.35 | 22 | 47 | 36 |
| A4 | 73.91 | 9 | 21 | 30 |
| A5 | 49.25 | 17 | 8 | 25 |
| A6 | 67.27 | 9 | 8 | 29 |
| A7 | 57.21 | 43 | 40 | 75 |
| A8 | 68.97 | 9 | 18 | 22 |
| A9 | 53.57 | 26 | 27 | 33 |
| A10 | 62.96 | 30 | 43 | 59 |
>TRINITY_DN38172_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoformCGACCTGTGAAAAACATGAGTAAAATAAATTGAAAAATCTGGCATTTAATGTGTTGCATAAATCTGTTTGCGAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCGCAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATG
ACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAGAATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCT
GTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTTTGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTTGGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCT
GACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGCAGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTC
CTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCTTAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTG
GGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATATCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAAT
CAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGCTGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGAT
CACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTTCTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCT
TATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAAGCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGCA
GGCAGAAATGGCTGAAATGCTAAAAAAACAGATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGTAAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAA
CCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCAGG
AAAAAGTAGCAAAAGGGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGATTAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATC
AAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACCAATGTGGAATATAATAAATTGAAAATAATTATTTGAAACAAGTTGAGATGGAGGATAAAGAATTGCCAATGCCTTAGCCAAGGCTAAAGTAGTGGATCCTTAATTGGCATAACTCCATTTAACCCAGATTTACCAAGCAAAAGGGAATGCTCAAATGA
TCCCATTGTTTTGCCTACTCACTACTTAAATGATCC
>TRINITY_DN38172_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:CGACCTGTGAAAAACATGAGTAAAATAAATTGAAAAATCTGGCATTTAATGTGTTGCATAAATCTGTTTGCGAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCGCAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATG
ACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAGAATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCT
GTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTTTGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTgtaagtggatatcttggacttatattgacaaataagtttgtatggttcctgttgtgggttattgggatttgatcattaagagtaa
tcttgcaaatgggtttcgtgatttgatcagttataggggctgaaacttgaattgggtatttttttatgatggaacgaattcagttttttaagtagccattggcagagctatttggtgtctgtcttgtagtgttctattgtattaagtacttttgagtgagcaggaggcttttgtattgttttttagtttaggatatttgt
taaataaatgggttccaatgaagattcaagatttctagGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTTGGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCA
AGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGCAGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAAC
GGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCTTAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTT
GGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATATCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAAC
AACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGCTGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGG
ACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTTCTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACG
TATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAAGCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGCAGGCAGAAATGGCTGAAATGCTAAAAAAACAGGTACCCAAACCTAGAAGTCTGACTTTGCAGTCTACTTGGATGAATA
TCTATATATACACACCATTTGATTGTGGGGAATAATAAAATTGACATACCATGTTACAATAATCTAGATTATGTTCTGCCTTTTTTGTTGCAGTTTTGAGGGGGTGTAGCCATTGCCTTACGGCTTAAACTTTTTTTGTTGTCAAATTTCTTTCAGATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAG
TAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGTAAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCA
AAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAGGGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTAC
TGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGATTAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACCAATGTGGAATATAATAAATTGAAAATAATTATT
TGAAACAAGTTGAGATGGAGGATAAAGAATTGCCAATGCCTTAGCCAAGGCTAAAGTAGTGGATCCTTAATTGGCATAACTCCATTTAACCCAGATTTACCAAGCAAAAGGGAATGCTCAAATGATCCCATTGTTTTGCCTACTCACTACTTAAATGATCC
Intron 4 GCAGAAATGG ... AAAAAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.03 | 20 | 15 | 14 |
| A2 | 38.91 | 29.8 | 21 | 17 |
| A3 | 53.31 | 20 | 26.8 | 18.8 |
| A4 | 50 | 6 | 5 | 7 |
| A5 | 47.37 | 5 | 6 | 3 |
| A6 | 43.06 | 60.8 | 42 | 50 |
| A7 | 52.23 | 122.3 | 139.5 | 128 |
| A8 | 52 | 137.5 | 145.8 | 152 |
| A9 | 47.54 | 97.7 | 89 | 88 |
| A10 | 47.37 | 85 | 85 | 68 |
>TRINITY_DN113831_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformAAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGTAAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGA
CTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGT
TAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAGGGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGATTAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAAT
TGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC
>TRINITY_DN113831_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGgcagaaatggctgaaatgctaaaaaaacagATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGT
AAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAA
ATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAGGGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGAT
TAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC
Intron 5 GTATTGTTTT ... TTTACAAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.9 | 8 | 13 | 6 |
| A2 | 60 | 16 | 24 | 1 |
| A3 | 40 | 21 | 14 | 7 |
| A4 | 60 | 2 | 3 | 3 |
| A5 | 50 | 4 | 4 | 0 |
| A6 | 38.89 | 22 | 14 | 1 |
| A7 | 39.39 | 80 | 52 | 3 |
| A8 | 41.55 | 83 | 59 | 10 |
| A9 | 42.5 | 46 | 34 | 0 |
| A10 | 33 | 67 | 33 | 10 |
>TRINITY_DN106115_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoformCCCTCTCCTCCGACAACGACCTGTGAAAAACATGAGTAAAATAAATTGAAAAATCTGGCATTTAATGTGTTGCATAAATCTGTTTGCGAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCGCAGCCATCAACAATAATTGGG
AGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAGAATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTGGATGATGTAATTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGG
ATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTTTGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGA
TTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGATGGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGGGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTT
TTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTTGGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGA
ATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGCAGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGC
ACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCTTAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTT
GGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATATCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATA
GACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGCTGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGG
CTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTTCTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGT
TGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAAGCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGCAGGCAGAAATGGCTGAAATGCTAAAAAAACAGGTACCCAAACCTAGAAGTCTGACTTTGC
AGTCTACTTGGATGAATATCTATATATACACACCATTTGATTGTGGGGAATAATAAAATTGACATACCATGTTACAATAATCTAGATTATGTTCTGCCTTTTTTGTTGCAGTTTTGAGGGG
>TRINITY_DN106115_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:CCCTCTCCTCCGACAACGACCTGTGAAAAACATGAGTAAAATAAATTGAAAAATCTGGCATTTAATGTGTTGCATAAATCTGTTTGCGAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCGCAGCCATCAACAATAATTGGG
AGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAGAATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTGGATGATGTAATTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGG
ATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTTTGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGA
TTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGATGGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGGGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTT
TTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTTGGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGA
ATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGCAGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGC
ACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCTTAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTT
GGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATATCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATA
GACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGCTGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGG
CTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTTCTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGT
TGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAAGCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGgtattgttttgttcaaacctataattgatataaactataaggatccacaggatgtattact
tggaattggtgcttttaattacagtagaatatatgtactaatgattaatgggtcttttgtttacaaaagCAGGCAGAAATGGCTGAAATGCTAAAAAAACAGGTACCCAAACCTAGAAGTCTGACTTTGCAGTCTACTTGGATGAATATCTATATATACACACCATTTGATTGTGGGGAATAATAAAATTGACATACCAT
GTTACAATAATCTAGATTATGTTCTGCCTTTTTTGTTGCAGTTTTGAGGGG
Intron 6 GTACCCAAAC ... TTTCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.65 | 14 | 5.8 | 3 |
| A2 | 48.48 | 17 | 1.5 | 16 |
| A3 | 17.39 | 19 | 9.5 | 4 |
| A4 | 63.16 | 7 | 2.3 | 12 |
| A5 | 25 | 3 | 0 | 1 |
| A6 | 29.58 | 50 | 11.5 | 21 |
| A7 | 22.36 | 128.5 | 40.8 | 37 |
| A8 | 28.3 | 152 | 43 | 60 |
| A9 | 29.03 | 88 | 18.3 | 36 |
| A10 | 27.66 | 68 | 32 | 26 |
>TRINITY_DN113831_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformAAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
TGCAATCTATGGTTCATCTGTAAAGAGGCAGGGTAATGGGGCATTGATGGGATCACCCCTTGGAGGAGGACTTGGTCTTTCTCCGACAATGGGTGGAGGGATTGGGAATGGGCTCCAGGGAGGATTGGGGACGGGTTTGGCAGGTCTCGGACCTACTGCGCTTACCATTGGAGTAGTATCTCCTGCCAACCAACTTTCTT
CTGATGGTATGGGCACTAGCCATGGAGACAACTCAACATTATCGCCAATTCCTTATGGGTTGGATGTAGGTGTAAGAGGCAGGAAAAGAGGTGGACCTGTGGAGAAAGTAGTTGAAAGAAGGCAGAGACGTATGATAAAGAATAGAGAGTCGGCAGCAAGGTCACGAGCTAGAAAACAGGCATATACTGTTGAGTTGGAA
GCTGAGGTAACAGAACTCAAAGAAGAGAACAAGGAATTGCGAAGAAAACAGGCAGAAATGGCTGAAATGCTAAAAAAACAGATTATTGATATGATGGGTCCCGCAAAGTCTCAGCAATTGAAAAGTAAAACAAGAGTACTAAAGAGGACACTGACAGGACCATGGTAAAGGCTGCAATGAAAATCAGACTGCAGTTGTGT
AAGATGAGTACTCATGAGCAGAGCTATTGACTCTCCTGTAAATTATTTAACCATTTCTTCTAGTAATTTTAGAAATGGCCAACAGCATTCTATCCAAATTCCCTTCAGAGATGCAAGTGAAACCAAAATACTGATAACAAGGACTCAGAGATACTGTCTTCTGTTTGTATGCCAGCTCGGTCACTCACACTTTGGGTTAA
ATGCACAGAATTTCCTCAAACTATTTGGGTTAAATGCACAGAATTTCAGGAAAAAGTAGCAAAAGGGGATTTCAGCATTACTATCATTCCTTCCTGTACAATACATCTCTTGTTTATACTACTACTGAAATGCAATTAAATGCCTTGTTTAACCAAGTGAACCGAGTTTTCATCATCCCGCACTTGAACCTTGTTGGGAT
TAGTCATTTAGGTGCTTTGCCTTTGTTAATTGGACCAAAAGATAAACATCAAATTGGTACTTTGTAAAGATTGATATGCAATGTTTGATACC
>TRINITY_DN113831_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGAGCCGGTGCAATGCAGATGCGAGTTTTTATTAAAATCGTGTGTCTTTGTGTTTTTGTGGTAGACAACCACAGCCACGGCCACACAGCCACAGCCATCAACAATAATTGGGAGAAAGCAAGAATATGACAGTACGCTGACAATTTTGGGTATTTCAACTTGTCTGGCCTTTTTTTTCTCCCGTGCTTTTTTGTTTCAG
AATGAATGGAAAATCATCAGATCTGAGGCTGTGAAAGGCTTTCAACAGAGAAATAGTTTTGATGATGTAGTTGTTTGGCCAAGGCTAGGATTTTGGCAGATAGTTTGGGTGGATCATCATCATCATATCTGTTGTTGTTGTTGACGGATCAAGATGGACTTCCTTTATTTCTGTGAATGAAAGGGTAATGTTGATTTCTT
TGTATGTTGAAGAGATCAAGGGTGTTGTATTTCTGCAAAGAAACTGTAAGTGGATATCTTGGACTTATATTGACAAATAAGTTTGTATGGTTCCTGTTGTGGGTTATTGGGATTTGATCATTAAGAGTAATCTTGCAAATGGGTTTCGTGATTTGATCAGTTATAGGGGCTGAAACTTGAATTGGGTATTTTTTTATGAT
GGAACGAATTCAGTTTTTTAAGTAGCCATTGGCAGAGCTATTTGGTGTCTGTCTTGTAGTGTTCTATTGTATTAAGTACTTTTGAGTGAGCAGGAGGCTTTTGTATTGTTTTTTAGTTTAGGATATTTGTTAAATAAATGGGTTCCAATGAAGATTCAAGATTTCTAGGTGCAGCGGCTGCGGCTGCTTCATATCCTGTT
GGAGGGAAAATGGGAAGTTTCTCGTTGGCGAGACAGGCTTCTATCTACTCCCTGACGTTGGAGGAATTTCAGAACAGTCTTGGGGAACCTGGGAAGAATTTTGGATCTATGAATATGGAGGAACTTCTCAAGAACATATGGACTGCGGAGGAAGGCCAGGCAATGGCTGCAGCTATGGGTGCAGCAGAGGGGACTACCGC
AGGAAACCTTGCAAGTCAAGCCAGTTTACAGAGGCAGGGTTCATTAACCCTTCCTAGGACACTGAGTAGGAAGACTGTGGACGAAGTATGGAGAGATTTGTACAGAGAGAGCACTTATGGGAATGGGAACGGGAATGGGAATGGGCATGTAAATGCCCAGCGCCAGGCCACATTCGGGGAAATAACCTTAGAGGATTTCT
TAGTGAAAGCTGGAGTAGTGAGAGAGGAGAACACGGAACCATATGGGAGATTGGGGAATGACCAATTTGGTGGTTTTGTTGGTAATTCAATGGAGAGGAATGAAGACAGGTTGGGTATTAGCAATGCTTTGGGATTTTCTGAAAGAGGGGTAAGTAATGGAGAAGTGATTAATAACGGAGCACAAGGGACAGCTGCAATA
TCTCTTTCTCCGTCGAATAATGGTTTATCTAATCAAGCCATGCTTGATGCAATCAATTTGGAAGCATTGAAAGCTTCTCAGCAGCAAACAGGTTGGCTCAACAATCATTATAGACCATCCATTGTCCAACAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAAATACTGCAGCATCAACAGCAGCAGCAAGTGGCAGATGCTGCTGC
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