sp|P80461|GSHRP_TOBAC ----> Glutathione reductase, chloroplastic (Fragment)

Intron 1 GCATGCAATT ... TTCATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.61	55	1	17
A2	20	28	0	7
A3	20	36	3	9
A4	41.86	25	6	18
A5	26.32	14	0	5
A6	23.53	91	4	28
A7	20.69	138	3	36
A8	29.27	116	1	48
A9	23.13	123	1	37
A10	20.39	121	0	31

>TRINITY_DN97453_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

GGAAGGGTGACACTCGAATTCCAAATCTGTCTACTAGCGAATAAGGACACAGCTAGATAATGAATGGAAGAGTCCAAATTTTCCTAAATTCGTTAATAAAAGACATTGCTATCCACCACATGGCGATAGTAGAACCAAAACCTCAGAATTTTTACTGAAAACTAATAGAAGAGAGGCAGCCATGGCTAGCTCCATGGGAG
CCCCTAGATGCGCCGCTGCACTGTTTTCCTCTCACAATGTACAAAACCTGTACACTCCACACTCCAATTATATCATTTCCCAATGGTCCGGCCTAAGGGCTCTGTGCAAAACCAGTTTCAGAAACCCTAAAGTCTTCACAGAAAGAAATATAAAAGTTATTCGGCAATGGCGCAGTTTGACTACGAGAGCAGAGGTCAAT
AATGGGCCTGTACTGCTGGGAAAGAGTGAAGAATTTGATTATGATCTATTCACAATCGGCGCTGGGAGCGGTGGAGTCAGGGCCTCCAGGTTCGCTGCTAATTTTGGCGCCAGGGTTGCAATTTGCGAGATGCCTTTTGCTACTATTTCCTCAGATAGTGCTGGGGGTGTTGGTGGCACGTGTGTACTTCGTGGTTGTGT
CCCCAAAAAGTTACTTGTTTATGCTTCCAAATTTTCTCATGAATTTGAAGAGAGTGTAGGCTTTGGTTGGTCATATGAATGTGAGCCCAAGCATGACTGGGCCACTCTGATATCTAATAAAAATGCAGAGATTAGACGGTTGACTGGAGTGTACAAAAATGTTTTGAACAATGCTGGTGTGACTCTAATAGAAGGTCGCG
GAAAGATTGTTGATCCACATACAGTGGAAGTGGATGGAAAATTATATTCAGCAAAGCACATACTTGTTTCTGTCGGTGGACGCCCATTTATTCCCAGCATTCCTGGAAAAGAACTTGCAATCAATTCTGACAATGCTCTAGATTTACCTTCACGACCAGACAAAATTGCTATAATTGGAGGTGGTTACATTGCTTTGGAA
TTTGCAAGTATCTTCAATGGATTAAACAGTGACGTTCATGTGTTCATCCGCCAGAATAAGGTTTTAAGAGGCTTCGATGAGGAAGTTAGAGATTTTGTAGCAGAACAAATAGCCCTGAGAGGGGTTGAATTTCATGTTGAAGAGTCCCCAGAAGCTATAGAACAAGCATCAGATGGATTACTTACATTAAAGACTACCAA
AGGAATTAACGAGGGTTTTTCTCATGTCATGTTTGCTACTGGTCGGGTGCCAAACACTAAGAATTTGGGTTTAGAGGAGATTGGAGTGAAAATGAACAAGACTGGTGCCATTGAGGTAGATGAATATTCAAGGGCATCTGTTGAATCGATATGGGCTGTCGGGGATGTGACTAACAGGGTAAATTTGACTCCAGTTGCTA
TAATGGAAGGAGGGGCATTTGCTAAAACTGTGTTTGGCAACCAACCTACAAAATCTGAATACAGAAATATACCATCTGCGGTGTTCACTCAACCACCAATTGGAACGGTTGGTCTCAGCGAACAACAGGCAATTGACCAATATAAAGACATTGATGTTTACACAACTAGCTTTCGACCCATGAAAGCAACATTATCAGGG
CTTCCTGATCGAATGTTTATGAAAATAATTGTGTGCGCAAAAACAAACAAGGTTATAGGGGTTCACATGTGTGGGGATGACGCACCTGAGATTTTACAGGGAGTTGCAATAGCTGTGAAAGCTGGCTTAACAAAAGCAGATTTTGATGCAACGGTAGGAATTCATCCCACAGCCGCAGAAGAGCTGGTAACCATGCGGAC
TCCTACTCGAAAAATTCGTCAAAGTGATGCTCATGCTGAGGTAGAAGGAATGTCTACGGCCTCAACCACCTAGAAGCAGCCGATTGAGGAGGGTTTGAAACTGCTAAGATGATGACAACTATTCTCCTATGCAAATTCTCTATCTTATCTACACGATAGGTTTTGTCGGAGTCCTGTTTCATTAGACTGTACTGAGAGAT
CCGTCCTTTGGTGCTTCCTTTCAATTGTGCAATTACCTATCAATCTGAATCTTTTTGGAAGCAAACGTGCAAATAACCATATATTCCATCGTTGTCATTTATCAAGTCTTCATTTCTGTTAATTTCGAGAGTCGTGTCTTTATATTTGATAGCCTTTATTGAGTTTATTTACGTGTAATCCTGGATCTAGTTAGTTGGGA
AATTGTATTATTTGAGATGATGAAGATCATGCTTCATGGGGACATATCACACATTTGTCTGGTCTTGTTTGGAGACCACATTTTCCTCAGCAATACTTCTCCAGGGGTCATTCACCATGGCGTTGCGTCTATCCCATAATGTTTTTCAAACATTAATGTCAAAAATCATTGTATTATAAAACATCTCAGGGATAGTTGTT
TCCAATTGAAGAGGGCAATGGAATCTCCACCGGAAAAAATTGAGTACATCGATTACATACATTCATGCAATTTGATTCCGTTAAATTGTATGGAGTTTTGTTACCGCTCATTGTCCTTGATTAATGT

>TRINITY_DN97453_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTACACTGAGTATGCTAACACTGGTGGTGATATCTATGCATTTTATCTTTTTTTCATGAAATGTCTGAAAATACTTTAAGATCATTCCTGTTTAGTTGGTTTGTGTTTTCTTAAAAGCTACTTTTAACAGTTTGGGATATGTTTGTAATGCAAGACAGAAATATACCATCTGCGGTGTTCACTCAACCACCAATTGGAAC
GGTTGGTCTCAGCGAACAACAGgcatgcaattatctctattttctatgaaatgtgtttgctgtggatcttgattttaacgttttagaaaacgtatagttatatttgaattttattatactacacatgcttaattgcttctatattgcatattaaaaattctggcatacatttatgacttgcaccattacttctttccagc
cgaccttaactgtgcttaatgccattttcgtagattccatattttggctagacattcattcatgcatttcattgcagGCAATTGACCAATATAAAGACATTGATGTTTACACAACTAGCTTTCGACCCATGAAAGCAACATTATCAGGGCTTCCTGATCGAATGTTTATGAAAATAATTGTGTGCGCAAAAACAAACAAG
GTTATAGGGGTTCACATGTGTGGGGATGACGCACCTGAGATTTTACAGGGAGTTGCAATAGCTGTGAAAGCTGGCTTAACAAAAGCAGATTTTGATGCAACGGTAGGAATTCATCCCACAGCCGCAGAAGAGCTGGTAACCATGCGGACTCCTACTCGAAAAATTCGTCAAAGTGATGCTCATGCTGAGGTAGAAGGAAT
GTCTACGGCCTCAACCACCTAGAAGCAGCCGATTGAGGAGGGTTTGAAACTGCTAAGATGATGACAACTATTCTCCTATGCAAATTCTCTATCTTATCTACACGATAGGTTTTGTCGGAGTCCTGTTTCATTAGACTGTACTGAGAGATCCGTCCTTTGGTGCTTCCTTTCAATTGTGCAATTACCTATCAATCTGAATC
TTTTTGGAAGCAAACGTGCAAATAACCATATATTCCATCGTTGTCATTTATCAAGTCTTCATTTCTGTTAATTTCGAGAGTCGTGTCTTTATATTTGATAGCCTTTATTGAGTTTATTTACGTGTAATCCTGGATCTAGTTAGTTGGGAAATTGTATTATTTGAGATGATGAAGATCATGCTTCATGGGGACATATCACA
CATTTGTCTGGTCTTGTTTGGAGACCACATTTTCCTCAGCAATACTTCTCCAGGGGTCATTCACCATGGCGTTGCGTCTATCCCATAATGTTTTTCAAACATTAATGTCAAAAATCATTGTATTATAAAACATCTCAGGGATAGTTGTTTCCAATTGAAGAGGGCAATGGAATCTCCACCGGAAAAAATTGAGTACATCG
ATTACATACATTCATGCAATTTGATTCCGTTAAATTGTATGGAGTTTTGTTACCGCTCATTGTCCTTGATTAATGT

Intron 2 GTCTGATGTC ... CATGCATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.81	41	13	6
A2	18.52	11	2	3
A3	22.29	61	23	12
A4	20.69	23	8	4
A5	44	7	6	5
A6	23.51	135	55	28
A7	21.33	190	70	33
A8	21.1	177	49.7	45
A9	21.21	143	48	29
A10	20.16	101	43	8

>TRINITY_DN41659_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GCGAATAAGGACACAGCTAGATAATGAATGGAAGAGTCCAAATTTTCCTAAATTCGTTAATAAAAGACATTGCTATCCACCACATGGCGATAGTAGAACCAAAACCTCAGAATTTTTACTGAAAACTAATAGAAGAGAGGCAGCCATGGCTAGCTCCATGGGAGCCCCTAGATGCGCCGCTGCACTGTTTTCCTCTCACA
ATGTACAAAACCTGTACACTCCACACTCCAATTATATCATTTCCCAATGGTCCGGCCTAAGGGCTCTGTGCAAAACCAGTTTCAGAAACCCTAAAGTCTTCACAGAAAGAAATATAAAAGTTATTCGGCAATGGCGCAGTTTGACTACGAGAGCAGAGGTCAATAATGGGCCTGTACTGCTGGGAAAGAGTGAAGAATTT
GATTATGATCTATTCACAATCGGCGCTGGGAGCGGTGGAGTCAGGGCCTCCAGGTTCGCTGCTAATTTTGGCGCCAGGGTTGCAATTTGCGAGATGCCTTTTGCTACTATTTCCTCAGATAGTGCTGGGGGTGTTGGTGGCACGTGTGTACTTCGTGGTTGTGTCCCCAAAAAGTTACTTGTTTATGCTTCCAAATTTTC
TCATGAATTTGAAGAGAGTGTAGGCTTTGGTTGGTCATATGAATGTGAGCCCAAGCATGACTGGGCCACTCTGATATCTAATAAAAATGCAGAGATTAGACGGTTGACTGGAGTGTACAAAAATGTTTTGAACAATGCTGGTGTGACTCTAATAGAAGGTCGCGGAAAGATTGTTGATCCACATACAGTGGAAGTGGATG
GAAAATTATATTCAGCAAAGCACATACTTGTTTCTGTCGGTGGACGCCCATTTATTCCCAGCATTCCTGGAAAAGAACTTGCAATCAATTCTGACAATGCTCTAGATTTACCTTCACGACCAGACAAAATTGCTATAATTGGAGGTGGTTACATTGCTTTGGAATTTGCAAGTATCTTCAATGGATTAAACAGTGACGTT
CATGTGTTCATCCGCCAGAATAAGGTTTTAAGAGGCTTCGATGAGGAAGTTAGAGATTTTGTAGCAGAACAAATAGCCCTGAGAGGGGTTGAATTTCATGTTGAAGAGTCCCCAGAAGCTATAGAACAAGCATCAGATGGATTACTTACATTAAAGACTACCAAAGGAATTAACGAGGGTTTTTCTCATGTCATGTTTGC
TACTGGTCGGGTGCCAAACACTAAGAATTTGGGTTTAGAGGAGATTGGAGTGAAAATGAACAAGACTGGTGCCATTGAGGTAGATGAATATTCAAGGGCATCTGTTGAATCGATATGGGCTGTCGGGGATGTGACTAACAGGGTAAATTTGACTCCAGTTGCTATAATGGAAGGAGGGGCATTTGCTAAAACTGTGTTTG
GCAACCAACCTACAAAATCTGAATACAGAAATATACCATCTGCGGTGTTCACTCAACCACCAATTGGAACGGTTGGTCTCAGCGAACAACAGGCAATTGACCAATATAAAGACATTGATGTTTACACAACTAGCTTTCGACCCATGAAAGCAACATTATCAGGGCTTCCTGATCGAATGTTTATGAAAATAATTGTGTGC
GCAAAAACAAACAAGGTTATAGGGGTTCACATGTGTGGGGATGACGCACCTGAGATTTTACAGGGAGTTGCAATAGCTGTGAAAGCTGGCTTAACAAAAGCAGATTTTGATGCAACGGTAGGAATTCATCCCACAGCCGCAGAAGAGCTGGTAACCATGCGGACTCCTACTCGAAAAATTCGTCAAAGTGATGCTCATGC
TGAGGTAGAAGGAATGTCTACGGCCTCAACCACCTAGAAGCAGCCGATTGAGGAGGGTTTGAAACTGCTAAGATGATGACAACTATTCTCCTATGCAAATTCTCTATCTTATCTACACGATAGGTTTTGTCGGAGTCCTGTTTCATTAGACTGTACTGAGAGATCCGTCCTTTGGTGCTTCCTTTCAATTGTGCAATTAC
CTATCAATCTGAATCTTTTTGGAAGCAAACGTGCAAATAACCATATATTCCATCGTTGTCATTTATCAAGTCTTCATTTCTGTTAATTTCGAGAGTCGTGTCTTTATATTTGATAGCCTTTATTGAGTTTATTTACGTGTAATCCTGGATCTAGTTAGTTGGGAAATTGTATTATTTGAGATGATGAAGATCATGCTTCA
TGGGGACATATCACACATTTGTCTGGTCTTGTTTGGAGACCACATTTTCCTCAGCAATACTTCTCCAGGGGTCATTCACCATGGCGTTGCGTCTATCCCATAATGTTTTTCAAACATTAATGTCAAAAATCATTGTATTATAAAACATCTCAGGGATAGTTGTTTCCAATTGAAGAGGGCAATGGAATCTCCACCGGAAA
AAATTGAGTACATCGATTACATACATTCATGCAATTTGATTCCGTTAAATTGTATGGAGTTTTGTTACCGCTCATTGTCCTTGATTAATGTACGACATCAATTGATCAATCTAAACAATCTTTATGATTTTAGAATGCTTGATTAAATTGTACTCGTGCCTTTAAATTAATCCGTTC

>TRINITY_DN41659_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCGAATAAGGACACAGCTAGATAATGAATGGAAGAGTCCAAATTTTCCTAAATTCGTTAATAAAAGACATTGCTATCCACCACATGGCGATAGTAGAACCAAAACCTCAGAATTTTTACTGAAAACTAATAGAAGAGAGGCAGCCATGGCTAGCTCCATGGGAGCCCCTAGATGCGCCGCTGCACTGTTTTCCTCTCACA
ATGTACAAAACCTGTACACTCCACACTCCAATTATATCATTTCCCAATGGTCCGGCCTAAGGGCTCTGTGCAAAACCAGTTTCAGAAACCCTAAAGTCTTCACAGAAAGAAATATAAAAGTTATTCGGCAATGGCGCAGTTTGACTACGAGAGCAGAGGTCAATAATGGGCCTGTACTGCTGGGAAAGAGTGAAGAATTT
GATTATGATCTATTCACAATCGGCGCTGGGAGCGGTGGAGTCAGGGCCTCCAGGTTCGCTGCTAATTTTGGCGCCAGGGTTGCAATTTGCGAGATGCCTTTTGCTACTATTTCCTCAGATAGTGCTGGGGGTGTTGGTGGCACGTGTGTACTTCGTGGTTGTGTCCCCAAAAAGTTACTTGTTTATGCTTCCAAATTTTC
TCATGAATTTGAAGAGAGTGTAGGCTTTGGTTGGTCATATGAATGTGAGCCCAAGCATGACTGGGCCACTCTGATATCTAATAAAAATGCAGAGATTAGACGGTTGACTGGAGTGTACAAAAATGTTTTGAACAATGCTGGTGTGACTCTAATAGAAGGTCGCGGAAAGATTGTTGATCCACATACAGTGGAAGTGGATG
GAAAATTATATTCAGCAAAGCACATACTTGTTTCTGTCGGTGGACGCCCATTTATTCCCAGCATTCCTGGAAAAGAACTTGCAATCAATTCTGACAATGCTCTAGATTTACCTTCACGACCAGACAAAATTGCTATAATTGGAGGTGGTTACATTGCTTTGGAATTTGCAAGTATCTTCAATGGATTAAACAGTGACGTT
CATGTGTTCATCCGCCAGAATAAGGTTTTAAGAGGCTTCGATGAGGAAGTTAGAGATTTTGTAGCAGAACAAATAGCCCTGAGAGGGGTTGAATTTCATGTTGAAGAGTCCCCAGAAGCTATAGAACAAGCATCAGATGGATTACTTACATTAAAGACTACCAAAGGAATTAACGAGGGTTTTTCTCATGTCATGTTTGC
TACTGGTCGGGTGCCAAACACTAAGAATTTGGGTTTAGAGGAGATTGGAGTGAAAATGAACAAGACTGGTGCCATTGAGGTAGATGAATATTCAAGGGCATCTGTTGAATCGATATGGGCTGTCGGGGATGTGACTAACAGGGTAAATTTGACTCCAGTTGCTATAATGGAAGGAGGGGCATTTGCTAAAACTGTGTTTG
GCAACCAACCTACAAAATCTGAATACAGAAATATACCATCTGCGGTGTTCACTCAACCACCAATTGGAACGGTTGGTCTCAGCGAACAACAGGCAATTGACCAATATAAAGACATTGATGTTTACACAACTAGCTTTCGACCCATGAAAGCAACATTATCAGGGCTTCCTGATCGAATGTTTATGAAAATAATTGTGTGC
GCAAAAACAAACAAGGTTATAGGGGTTCACATGTGTGGGGATGACGCACCTGAGATTTTACAGGGAGTTGCAATAGCTGTGAAAGCTGGCTTAACAAAAGCAGATTTTGATGCAACGGTAGGAATTCATCCCACAGCCGCAGAAGAGCTGGTAACCATGCGGACTCCTACTCGAAAAATTCGTCAAAGTGATGCTCATGC
TGAGgtctgatgtctgcccttgcatgaatgccttctgtcctcgctgttttctgagcatgcattagGTAGAAGGAATGTCTACGGCCTCAACCACCTAGAAGCAGCCGATTGAGGAGGGTTTGAAACTGCTAAGATGATGACAACTATTCTCCTATGCAAATTCTCTATCTTATCTACACGATAGGTTTTGTCGGAGTCCT
GTTTCATTAGACTGTACTGAGAGATCCGTCCTTTGGTGCTTCCTTTCAATTGTGCAATTACCTATCAATCTGAATCTTTTTGGAAGCAAACGTGCAAATAACCATATATTCCATCGTTGTCATTTATCAAGTCTTCATTTCTGTTAATTTCGAGAGTCGTGTCTTTATATTTGATAGCCTTTATTGAGTTTATTTACGTG
TAATCCTGGATCTAGTTAGTTGGGAAATTGTATTATTTGAGATGATGAAGATCATGCTTCATGGGGACATATCACACATTTGTCTGGTCTTGTTTGGAGACCACATTTTCCTCAGCAATACTTCTCCAGGGGTCATTCACCATGGCGTTGCGTCTATCCCATAATGTTTTTCAAACATTAATGTCAAAAATCATTGTATT
ATAAAACATCTCAGGGATAGTTGTTTCCAATTGAAGAGGGCAATGGAATCTCCACCGGAAAAAATTGAGTACATCGATTACATACATTCATGCAATTTGATTCCGTTAAATTGTATGGAGTTTTGTTACCGCTCATTGTCCTTGATTAATGTACGACATCAATTGATCAATCTAAACAATCTTTATGATTTTAGAATGCT
TGATTAAATTGTACTCGTGCCTTTAAATTAATCCGTTC

Intron 3 GTCTGATGTC ... AACCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.15	41	11	0
A2	15.38	11	2	0
A3	28.24	61	24	0
A4	23.33	23	7	0
A5	46.15	7	6	0
A6	27.42	135	51	0
A7	26.64	190	69	0
A8	20.63	177	46	1
A9	23.53	143	44	0
A10	29.37	101	42	0

>TRINITY_DN35016_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CGAATTCCAAATCTGTCTACTAGCGAATAAGGACACAGCTAGATAATGAATGGAAGAGTCCAAATTTTCCTAAATTCGTTAATAAAAGACATTGCTATCCACCACATGGCGATAGTAGAACCAAAACCTCAGAATTTTTACTGAAAACTAATAGAAGAGAGGCAGCCATGGCTAGCTCCATGGGAGCCCCTAGATGCGCC
GCTGCACTGTTTTCCTCTCACAATGTACAAAACCTGTACACTCCACACTCCAATTATATCATTTCCCAATGGTCCGGCCTAAGGGCTCTGTGCAAAACCAGTTTCAGAAACCCTAAAGTCTTCACAGAAAGAAATATAAAAGTTATTCGGCAATGGCGCAGTTTGACTACGAGAGCAGAGGTCAATAATGGGCCTGTACT
GCTGGGAAAGAGTGAAGAATTTGATTATGATCTATTCACAATCGGCGCTGGGAGCGGTGGAGTCAGGGCCTCCAGGTTCGCTGCTAATTTTGGCGCCAGGGTTGCAATTTGCGAGATGCCTTTTGCTACTATTTCCTCAGATAGTGCTGGGGGTGTTGGTGGCACGTGTGTACTTCGTGGTTGTGTCCCCAAAAAGTTAC
TTGTTTATGCTTCCAAATTTTCTCATGAATTTGAAGAGAGTGTAGGCTTTGGTTGGTCATATGAATGTGAGCCCAAGCATGACTGGGCCACTCTGATATCTAATAAAAATGCAGAGATTAGACGGTTGACTGGAGTGTACAAAAATGTTTTGAACAATGCTGGTGTGACTCTAATAGAAGGTCGCGGAAAGATTGTTGAT
CCACATACAGTGGAAGTGGATGGAAAATTATATTCAGCAAAGCACATACTTGTTTCTGTCGGTGGACGCCCATTTATTCCCAGCATTCCTGGAAAAGAACTTGCAATCAATTCTGACAATGCTCTAGATTTACCTTCACGACCAGACAAAATTGCTATAATTGGAGGTGGTTACATTGCTTTGGAATTTGCAAGTATCTT
CAATGGATTAAACAGTGACGTTCATGTGTTCATCCGCCAGAATAAGGTTTTAAGAGGCTTCGATGAGGAAGTTAGAGATTTTGTAGCAGAACAAATAGCCCTGAGAGGGGTTGAATTTCATGTTGAAGAGTCCCCAGAAGCTATAGAACAAGCATCAGATGGATTACTTACATTAAAGACTACCAAAGGAATTAACGAGG
GTTTTTCTCATGTCATGTTTGCTACTGGTCGGGTGCCAAACACTAAGAATTTGGGTTTAGAGGAGATTGGAGTGAAAATGAACAAGACTGGTGCCATTGAGGTAGATGAATATTCAAGGGCATCTGTTGAATCGATATGGGCTGTCGGGGATGTGACTAACAGGGTAAATTTGACTCCAGTTGCTATAATGGAAGGAGGG
GCATTTGCTAAAACTGTGTTTGGCAACCAACCTACAAAATCTGAATACAGAAATATACCATCTGCGGTGTTCACTCAACCACCAATTGGAACGGTTGGTCTCAGCGAACAACAGGCAATTGACCAATATAAAGACATTGATGTTTACACAACTAGCTTTCGACCCATGAAAGCAACATTATCAGGGCTTCCTGATCGAAT
GTTTATGAAAATAATTGTGTGCGCAAAAACAAACAAGGTTATAGGGGTTCACATGTGTGGGGATGACGCACCTGAGATTTTACAGGGAGTTGCAATAGCTGTGAAAGCTGGCTTAACAAAAGCAGATTTTGATGCAACGGTAGGAATTCATCCCACAGCCGCAGAAGAGCTGGTAACCATGCGGACTCCTACTCGAAAAA
TTCGTCAAAGTGATGCTCATGCTGAGGTAGAAGGAATGTCTACGGCCTCAACCACCTAGAAGCAGCCGATTGAGGAGGGTTTGAAACTGCTAAGATGATGACAACTATTCTCCTATGCAAATTCTCTATCTTATCTACACGATAGGTTTTGTCGGAGTCCTGTTTCATTAGACTGTACTGAGAGATCCGTCCTTTGGTGC
TTCCTTTCAATTGTGCAATTACCTATCAATCTGAATCTTTTTGGAAGCAAACGTGCAAATAACCATATATTCCATCGTTGTCATTTATCAAGTCTTCATTTCTGTTAATTTCGAGAGTCGTGTCTTTATATTTGATAGCCTTTATTGAGTTTATTTACGTGTAATCCTGGATCTAGTTAGTTGGGAAATTGTATTATTTG
AGATGATGAAGATCATGCTTCATGGGGACATATCACACATTTGTCTGGTCTTGTTTGGAGACCACATTTTCCTCAGCAATACTTCTCCAGGGGTCATTCACCATGGCGTTGCGTCTATCCCATAATGTTTTTCAAACATTAATGTCAAAAATCATTGTATTATAAAACATCTCAGGGATAGTTGTTTCCAATTGAAGAGG
GCAATGGAATCTCCACCGGAAAAAATTGAGTACATCGATTACATACATTCATGCAATTTGATTCCGTTAAATTGTATGGAGTTTTGTTACCGCTCATTGTCCTTGATTAATGTACGACATCAATTGATCAATCTAAACAATCTTTATGATTTTAGAATGCTTGATTAAATTGTACTCGTG

>TRINITY_DN35016_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ACAGAAATATACCATCTGCGGTGTTCACTCAACCACCAATTGGAACGGTTGGTCTCAGCGAACAACAGGCAATTGACCAATATAAAGACATTGATGTTTACACAACTAGCTTTCGACCCATGAAAGCAACATTATCAGGGCTTCCTGATCGAATGTTTATGAAAATAATTGTGTGCGCAAAAACAAACAAGGTTATAGGG
GTTCACATGTGTGGGGATGACGCACCTGAGATTTTACAGGGAGTTGCAATAGCTGTGAAAGCTGGCTTAACAAAAGCAGATTTTGATGCAACGGTAGGAATTCATCCCACAGCCGCAGAAGAGCTGGTAACCATGCGGACTCCTACTCGAAAAATTCGTCAAAGTGATGCTCATGCTGAGgtctgatgtctgcccttgca
tgaatgccttctgtcctcgctgttttctgagcatgcattaggtttgagaagatattaatatcttattattgttgatttttattttattttttatacgaggcaacatttcatatcagcttgcaattgtaattccatacttggccagagtgcagaatgttaatgcttgtcctgaagcgatcctttataattgatggcttaac
catgcagGTAGAAGGAATGTCTACGGCC

Intron 4 GTTTGAGAAG ... AACCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	6	0	0
A2	57.14	3	4	0
A3	36.84	12	7	0
A4	20	4	1	0
A5	28.57	5	2	0
A6	12.5	28	4	0
A7	15.38	33	6	0
A8	11.76	45	6	1
A9	12.12	29	4	0
A10	27.27	8	3	0

>TRINITY_DN35016_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CGAATTCCAAATCTGTCTACTAGCGAATAAGGACACAGCTAGATAATGAATGGAAGAGTCCAAATTTTCCTAAATTCGTTAATAAAAGACATTGCTATCCACCACATGGCGATAGTAGAACCAAAACCTCAGAATTTTTACTGAAAACTAATAGAAGAGAGGCAGCCATGGCTAGCTCCATGGGAGCCCCTAGATGCGCC
GCTGCACTGTTTTCCTCTCACAATGTACAAAACCTGTACACTCCACACTCCAATTATATCATTTCCCAATGGTCCGGCCTAAGGGCTCTGTGCAAAACCAGTTTCAGAAACCCTAAAGTCTTCACAGAAAGAAATATAAAAGTTATTCGGCAATGGCGCAGTTTGACTACGAGAGCAGAGGTCAATAATGGGCCTGTACT
GCTGGGAAAGAGTGAAGAATTTGATTATGATCTATTCACAATCGGCGCTGGGAGCGGTGGAGTCAGGGCCTCCAGGTTCGCTGCTAATTTTGGCGCCAGGGTTGCAATTTGCGAGATGCCTTTTGCTACTATTTCCTCAGATAGTGCTGGGGGTGTTGGTGGCACGTGTGTACTTCGTGGTTGTGTCCCCAAAAAGTTAC
TTGTTTATGCTTCCAAATTTTCTCATGAATTTGAAGAGAGTGTAGGCTTTGGTTGGTCATATGAATGTGAGCCCAAGCATGACTGGGCCACTCTGATATCTAATAAAAATGCAGAGATTAGACGGTTGACTGGAGTGTACAAAAATGTTTTGAACAATGCTGGTGTGACTCTAATAGAAGGTCGCGGAAAGATTGTTGAT
CCACATACAGTGGAAGTGGATGGAAAATTATATTCAGCAAAGCACATACTTGTTTCTGTCGGTGGACGCCCATTTATTCCCAGCATTCCTGGAAAAGAACTTGCAATCAATTCTGACAATGCTCTAGATTTACCTTCACGACCAGACAAAATTGCTATAATTGGAGGTGGTTACATTGCTTTGGAATTTGCAAGTATCTT
CAATGGATTAAACAGTGACGTTCATGTGTTCATCCGCCAGAATAAGGTTTTAAGAGGCTTCGATGAGGAAGTTAGAGATTTTGTAGCAGAACAAATAGCCCTGAGAGGGGTTGAATTTCATGTTGAAGAGTCCCCAGAAGCTATAGAACAAGCATCAGATGGATTACTTACATTAAAGACTACCAAAGGAATTAACGAGG
GTTTTTCTCATGTCATGTTTGCTACTGGTCGGGTGCCAAACACTAAGAATTTGGGTTTAGAGGAGATTGGAGTGAAAATGAACAAGACTGGTGCCATTGAGGTAGATGAATATTCAAGGGCATCTGTTGAATCGATATGGGCTGTCGGGGATGTGACTAACAGGGTAAATTTGACTCCAGTTGCTATAATGGAAGGAGGG
GCATTTGCTAAAACTGTGTTTGGCAACCAACCTACAAAATCTGAATACAGAAATATACCATCTGCGGTGTTCACTCAACCACCAATTGGAACGGTTGGTCTCAGCGAACAACAGGCAATTGACCAATATAAAGACATTGATGTTTACACAACTAGCTTTCGACCCATGAAAGCAACATTATCAGGGCTTCCTGATCGAAT
GTTTATGAAAATAATTGTGTGCGCAAAAACAAACAAGGTTATAGGGGTTCACATGTGTGGGGATGACGCACCTGAGATTTTACAGGGAGTTGCAATAGCTGTGAAAGCTGGCTTAACAAAAGCAGATTTTGATGCAACGGTAGGAATTCATCCCACAGCCGCAGAAGAGCTGGTAACCATGCGGACTCCTACTCGAAAAA
TTCGTCAAAGTGATGCTCATGCTGAGGTCTGATGTCTGCCCTTGCATGAATGCCTTCTGTCCTCGCTGTTTTCTGAGCATGCATTAGGTAGAAGGAATGTCTACGGCCTCAACCACCTAGAAGCAGCCGATTGAGGAGGGTTTGAAACTGCTAAGATGATGACAACTATTCTCCTATGCAAATTCTCTATCTTATCTACA
CGATAGGTTTTGTCGGAGTCCTGTTTCATTAGACTGTACTGAGAGATCCGTCCTTTGGTGCTTCCTTTCAATTGTGCAATTACCTATCAATCTGAATCTTTTTGGAAGCAAACGTGCAAATAACCATATATTCCATCGTTGTCATTTATCAAGTCTTCATTTCTGTTAATTTCGAGAGTCGTGTCTTTATATTTGATAGC
CTTTATTGAGTTTATTTACGTGTAATCCTGGATCTAGTTAGTTGGGAAATTGTATTATTTGAGATGATGAAGATCATGCTTCATGGGGACATATCACACATTTGTCTGGTCTTGTTTGGAGACCACATTTTCCTCAGCAATACTTCTCCAGGGGTCATTCACCATGGCGTTGCGTCTATCCCATAATGTTTTTCAAACAT
TAATGTCAAAAATCATTGTATTATAAAACATCTCAGGGATAGTTGTTTCCAATTGAAGAGGGCAATGGAATCTCCACCGGAAAAAATTGAGTACATCGATTACATACATTCATGCAATTTGATTCCGTTAAATTGTATGGAGTTTTGTTACCGCTCATTGTCCTTGATTAATGTACGACATCAATTGATCAATCTAAACA
ATCTTTATGATTTTAGAATGCTTGATTAAATTGTACTCGTG

>TRINITY_DN35016_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ACAGAAATATACCATCTGCGGTGTTCACTCAACCACCAATTGGAACGGTTGGTCTCAGCGAACAACAGGCAATTGACCAATATAAAGACATTGATGTTTACACAACTAGCTTTCGACCCATGAAAGCAACATTATCAGGGCTTCCTGATCGAATGTTTATGAAAATAATTGTGTGCGCAAAAACAAACAAGGTTATAGGG
GTTCACATGTGTGGGGATGACGCACCTGAGATTTTACAGGGAGTTGCAATAGCTGTGAAAGCTGGCTTAACAAAAGCAGATTTTGATGCAACGGTAGGAATTCATCCCACAGCCGCAGAAGAGCTGGTAACCATGCGGACTCCTACTCGAAAAATTCGTCAAAGTGATGCTCATGCTGAGGTCTGATGTCTGCCCTTGCA
TGAATGCCTTCTGTCCTCGCTGTTTTCTGAGCATGCATTAGgtttgagaagatattaatatcttattattgttgatttttattttattttttatacgaggcaacatttcatatcagcttgcaattgtaattccatacttggccagagtgcagaatgttaatgcttgtcctgaagcgatcctttataattgatggcttaac
catgcagGTAGAAGGAATGTCTACGGCC