sp|Q9ZTR1|SPDS1_PEA ----> Spermidine synthase 1
Intron 1 GTTTGTTTCC ... GATTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 5.47 | 484 | 57 | 28 |
| A2 | 13.26 | 399 | 39.5 | 61 |
| A3 | 8.87 | 370 | 40 | 36 |
| A4 | 9.92 | 354 | 40.5 | 39 |
| A5 | 10.09 | 196 | 17 | 22 |
| A6 | 9.86 | 2030.5 | 241.5 | 222 |
| A7 | 11.56 | 1766.5 | 191.5 | 231 |
| A8 | 12.84 | 1928 | 199 | 284 |
| A9 | 9.49 | 1717 | 188.5 | 180 |
| A10 | 9.51 | 1265 | 149 | 133 |
>TRINITY_DN41781_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoformCCGTTTGGTAAAACTGATTAACGAACCCTAGGAAGCCAAACGAAAGAAATATCAGATCCCGAGGGCCAGAAAAGTTGTTAAACTCTGAACACCTTCTGGGCCCCGAGGAGCCCCCGGGATTTTTCGAACCGCCAGATGCTCGCGATGCGACGTGGGTTTAAAGGGTCTTAGATTTTGTGAGTTGCGACGAGGGATAAGCG
AGGGAATTCGATTTATAAAAGGGCGAAGGCTCTGAACGAAGGAGGCGCATATTTGGGCGAATTTGCTGTGTTATTTTATTGATATTTTAGCATTTTATTGTTATTTTCGGCTTCAGAGATAGAGTGGAATAAGTGGCAGATATCTTTTGGAGAAAGGTAGATTCGGTCTGTGCGACTGAATCCAATCCATGGCCGAAAAC
AAGAACAACAATAATAACAGCAACAACAATGGCGTCGATCTGCCCCATAAGCGGATCAGGCCTCAAGAAGAAGAAGCAGACGACCACCCACCTTGCTGTGCGGACGCCATGGATGGAGTGGAGGGAGAATACCCATCTGTTATTCCTGGATGGTTTGCTGAAATAAGTCCCATGTGGCCTGGAGAGGCCCACTCTCTAAA
AGTTGAGAAGGTTTTGTTCCAAGGCAAGTCCAAATATCAAGATGTAATGGTATTTCAGTCATTAACATATGGCAAGGTTCTGGTGCTGGATGGTGTTATTCAGTTGACTGAAAGAGATGAATGTGCTTACCAAGAAATGATAACACATCTTCCACTTTGCTCTGTTCCAAATCCAAAGAAGGTATTGGTCATTGGAGGAG
GTGATGGTGGGGTTCTTCGTGAGGTTTCTCGACATATTTCAGTTGAGCAGATTGATATTTGTGAAATTGATGGAATGGTCATAGATGTATCCAAGCAATATTTCCCTGAAATTGCTGTGGGATTTGATGATCCTCGTGTGAGGGTTAATGTCGGTGATGGAGTTGCGTTCTTAAGGGAGTCTCCAGAAAGTGTCTATGAT
GTTGTTATTGTAGATTCTTCCGACCCCATAGGCCCTGCAGAGGAACTATTTAAAAAGCCATTTTTTGAATTGGTGGCAAGAGCTTTGCGACCGGGAGGAGTAGTGTGTACCCAGGCAGAAAGTATTTGGTTGCACATGCCCATCATTGAAGATATTGTTTCAGCTTGTCGCCAAACTTTCAAAGGCTCAATTAATTATGC
TTGGACAACTGTTCCCACATATCCAAGCGGGGTAATTGGTTTTATGCTGTGTTCAACTGAGGGGCCAGCTGTAGACTTCCAACATCCTATCAATCCTATTGAAAAGCAGGCATCTAATGAGTCACAGCGTCCCTTAAAGTTCTACAATTCAGAGATGCATACGGCATCATTTTGTTTGCCAGCATTTGCTAGAAGGGCGA
TAGGTTCCAATGTTCAGCCACCATTATCTTAAGTTTCAAGTATTTGTGAGCTCATTGTTGTTCTATCGGAAGAACACATTGCATTATTGTTCTATTTGATTATGTTATACTTGTAAAATGGCAAATGCTTGGTATTTGAGAATAATCTTAATTCAGGAACAGCAGATCTAACTAGCATTAATCTATCGTCTTTGTGGTAT
ATGCCTTCATGATAATTTTTTTCCGGTGTGGTTCATGAAGGAATCCCATCAATTTGAGAAATATCCCCAGCGACAATGGATCTGGCAAGTTGCCTAGTATTTCTTCATATTATTTCTGGACTAAAAGTTCAGAACTATTTGTGACCACTATCGCCCTCTGTTAATTGTTTTATGAATCAAATGGGATTAGTAAAGAAATT
GGCAATAATTACAGTTAAATACTGGGCATCATGCAAAAGGGGCCTTAAAATGAAACAGCGAAATAGGATTTGTAAAAACTGAGCAAAGGGGCATTTATTCGATATGATTGGTCAATTTAGTAATGGGAAAATACATTTTGAATGCTTTTGCAAGTGTGCGAAATTTTGGCAATTGAAAGAAATTTGGGAAG
>TRINITY_DN41781_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:CCTTAAAGTTCTACAATTCAGAGgtttgtttccgttttgtttctaatattttgtatattcaccatgatgggaagttgttgtttcaagtcatttggattgcaccaaatttattatttgccctgttgaaatatacctcccaaagctaatgatgaccatatttgacatatctctgctctgttgaaatagttgcaaatattgtc
agagaaactgtactattagccattttcatgatttgttctaaaatatcccaaatattccaaaatattatatttttcatctctctactctgtagttcaatttacaagtagggctgaataaacttgctgccccaaatgttgcgatatgtcatgctgaggaccacttgtaattgtcattcatagattctgccttgtccaatgtt
attgcaacttctgccttccaacctaatgttctaatgcagcaagatttggtatgccgttgcttaaatcatctgtatgactaataataacatgttagatctatgcgtctatctttgggaaatcaccagacattttgaaatattttttgattgttctatttggcaatttatagccagttaagaagattaccctttttcttaaa
ttcctataagaagcttttgacctatcctcagaggtagtgctcctattgcatgcttaattttttttcctagtatgctgtaaatcaccttagaatcaaaagggacatcaagtactgtatcttgaattctgttctagactaaaacttctctgtgaaattgcagggacagtagaccaattgcttcatctttatatcatcttgaa
tctaactttaatccttttgggattttgcagATGCATACGGCATCATTTTGTTTGCCAGCATTTGCTAGAAGGGCGATAGGTTCCAATGTTCAGCCACCATTATCTTAAGTTTCAAGTATTTGTGAGCTCATTGTTGTTCTATCGGAAGAACACATTGCATTATTGTTCTATTTGATTATGTTATACTTGTAAAATGGCAA
ATGCTTGGTATTTGAGAATAATCTTAATTCAGGAACAGCAGATCTAACTAGCATTAATCTATCGTCTTTGTGGTATATGCCTTCATGATAATTTTTTTCCGGTGTGGTTCATGAAGGAATCCCATCAATTTGAGAAATATCCCCAGCGACAATGGATCTGGCAAGTTGCCTAGTATTTCTTCATATTATTTCTGGACTAA
AAGTTCAGAACTATTTGTGACCACTATCGCCCTCTGTTAATTGTTTTATGAATCAAATGGGATTAGTAAAGAAATTGGCAATAATTACAGTTAAATACTGGGCATCATGCAAAAGGGGCCTTAAAATGAAACAGCGAAATAGGATTTGTAAAAACTGAGCAAAGGGGCATTTATTCGATATGATTGGTCAATTTAGTAAT
GGGAAAATACATTTTGAATGCTTTTGCAAGTGTGCGAAATTTTGGCAATTGAAAGAAATTTGGGAAG
Intron 2 GTATGTTGAT ... CTTGAAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.22 | 322 | 16.5 | 92 |
| A2 | 18.69 | 404.5 | 30 | 93 |
| A3 | 18.45 | 442 | 24.5 | 100 |
| A4 | 17.27 | 364 | 25 | 76 |
| A5 | 13.88 | 304 | 17 | 49 |
| A6 | 21.09 | 2062.5 | 96 | 551 |
| A7 | 20.66 | 2012.5 | 95 | 524 |
| A8 | 22.18 | 1463 | 62.5 | 417 |
| A9 | 19.21 | 1892.5 | 105.5 | 450 |
| A10 | 18.04 | 1631.5 | 90 | 359 |
>TRINITY_DN115640_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformGAAGCCAAACGAAAGAAATATCAGATCCCGAGGGCCAGAAAAGTTGTTAAACTCTGAACACCTTCTGGGCCCCGAGGAGCCCCCGGGATTTTTCGAACCGCCAGATGCTCGCGATGCGACGTGGGTTTAAAGGGTCTTAGATTTTGTGAGTTGCGACGAGGGATAAGCGAGGGAATTCGATTTATAAAAGGGCGAAGGCT
CTGAACGAAGGAGGCGCATATTTGGGCGAATTTGCTGTGTTATTTTATTGATATTTTAGCATTTTATTGTTATTTTCGGCTTCAGAGATAGAGTGGAATAAGTGGCAGATATCTTTTGGAGAAAGGTAGATTCGGTCTGTGCGACTGAATCCAATCCATGGCCGAAAACAAGAACAACAATAATAACAGCAACAACAATG
GCGTCGATCTGCCCCATAAGCGGATCAGGCCTCAAGAAGAAGAAGCAGACGACCACCCACCTTGCTGTGCGGACGCCATGGATGGAGTGGAGGGAGAATACCCATCTGTTATTCCTGGATGGTTTGCTGAAATAAGTCCCATGTGGCCTGGAGAGGCCCACTCTCTAAAAGTTGAGAAGGTTTTGTTCCAAGGCAAGTCC
AAATATCAAGATGTAATGGTATTTCAGTCATTAACATATGGCAAGGTTCTGGTGCTGGATGGTGTTATTCAGTTGACTGAAAGAGATGAATGTGCTTACCAAGAAATGATAACACATCTTCCACTTTGCTCTGTTCCAAATCCAAAGAAGGTATTGGTCATTGGAGGAGGTGATGGTGGGGTTCTTCGTGAGGTTTCTCG
ACATATGTCAGTTGAGCAGATTGATATTTGTGAAATTGATGGAATGGTCATAGATGTATCCAAGCAATATTTCCCTGAAATTGCTGTGGGATTTGATGATCCTCGTGTGAGGGTTAATGTCGGTGATGGAGTTGCGTTCTTAAGGGAGTCTCCAGAAAGTGTCTATGATGTTGTTATTGTAGATTCTTCCGACCCCATAG
GCCCTGCAGAGGAACTATTTAAAAAGCCATTTTTTGAATTGGTGGCAAGAGCTTTGCGACCGGGAGGAGTAGTGTGTACCCAGGCAGAAAGTATTTGGTTGCACATGCCCATCATTGAAGATATTGTTTCAGCTTGTCGCCAAACTTTCAAAGGCTCAATTAATTATGCTTGGACAACTGTTCCCACATATCCAAGCGGG
GTAATTGGTTTTATGCTGTGTTCAACTGAGGGGCCAGCTGTAGACTTCCAACATCCTATCAATCCTATTGAAAAGCAGGCATCTAATGAGTCACAGCGTCCCTTAAAGTTCTACAATTCAGAGATGCATACGGCATCATTTTGTTTGCCAGCATTTGCTAGAAGGGCGATAGGTTCCAATGTTCAGCCACCATTATCTTA
AGTTTCAAGTATTTGTGAGCTCATTGTTGTTCTATCGGAAGAACACATTGCATTATTGTTCTATTTGATTATGTTATACTTGTAAAATGGCAAATGCTTGGTATTTGAGAATAATCTTAATTCAGGAACAGCAGATCTAACTAGCATTAATCTATCGTCTTTGTGGTATATGCCTTCATGATAATTTTTTTCCGGTGTGG
TTCATGAAGGAATCCCATCAATTTGAGAAAAATCCCCAGCGACAATGGATCTGGCAAGTTGCCTAGTATTTCTTCATATTATTTCTGGACTAAAAGTTCAGAACTATTTGTGACCACTATCGCCCTCTGTTAATTGTTTTATGAATCAAATGGGATTAGTAAAGAAATTGGCAATAATTACAGTTAAATACTGGGCATCA
TGCAAAAGGGGCCTTAAAATGAAACAGCGAAATAGGATTTGTAAAAACTGAGCAAAGGCATTTATTCGATATGATTGGTCAATTTAGTAATGGGAAAATACATTTTGAATGCTTTTGCAAGTGTGCGAAATTTTGGCAATTGAAAGAAATTTGGGAAGAATGGCATAGTAATATATTAGTGACTAGTTCTTACTGTAGTT
TTATATATATTAGTGATATATTTG
>TRINITY_DN115640_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTAGATTCTTCCGACCCCATAGgtatgttgatttcttgtcataagatttcctagtactgaaagccatcaacagcttgtcatatatctcatatgcatgaaggattgttgtcatataccttcacctgaaggtatattgtcatatacctgaagggatatcttgttttcttgaagtttccatgcttgttcagttttcttgtgca
catgtaataagtcaagttatgttggtgcttgaagcagGCCCTGCAGAGGAACTATTTAAAAAGCCATTTTTTGAATTGGTGGCAAGAGCTTTGCGACCGGGAGGAGTAGTGTGTACCCAGGCAGAAAGTATTTGGTTGCACATGCCCATCATTGAAGATATTGTTTCAGCTTGTCGCCAAACTTTCAAAGGCTCAATTAA
TTATGCTTGGACAACTGTTCCCACATATCCAAGCGGGGTAATTGGTTTTATGCTGTGTTCAACTGAGGGGCCAGCTGTAGACTTCCAACATCCTATCAATCCTATTGAAAAGCAGGCATCTAATGAGTCACAGCGTCCCTTAAAGTTCTACAATTCAGAGATGCATACGGCATCATTTTGTTTGCCAGCATTTGCTAGAA
GGGCGATAGGTTCCAATGTTCAGCCACCATTATCTTAAGTTTCAAGTATTTGTGAGCTCATTGTTGTTCTATCGGAAGAACACATTGCATTATTGTTCTATTTGATTATGTTATACTTGTAAAATGGCAAATGCTTGGTATTTGAGAATAATCTTAATTCAGGAACAGCAGATCTAACTAGCATTAATCTATCGTCTTTG
TGGTATATGCCTTCATGATAATTTTTTTCCGGTGTGGTTCATGAAGGAATCCCATCAATTTGAGAAAAATCCCCAGCGACAATGGATCTGGCAAGTTGCCTAGTATTTCTTCATATTATTTCTGGACTAAAAGTTCAGAACTATTTGTGACCACTATCGCCCTCTGTTAATTGTTTTATGAATCAAATGGGATTAGTAAA
GAAATTGGCAATAATTACAGTTAAATACTGGGCATCATGCAAAAGGGGCCTTAAAATGAAACAGCGAAATAGGATTTGTAAAAACTGAGCAAAGGCATTTATTCGATATGATTGGTCAATTTAGTAATGGGAAAATACATTTTGAATGCTTTTGCAAGTGTGCGAAATTTTGGCAATTGAAAGAAATTTGGGAAGAATGG
CATAGTAATATATTAGTGACTAGTTCTTACTGTAGTTTTATATATATTAGTGATATATTTG
Intron 3 GTTTTTGTTC ... TTCTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.59 | 314 | 58 | 16 |
| A2 | 17.39 | 304 | 64 | 12 |
| A3 | 18.52 | 374 | 85 | 8 |
| A4 | 16.71 | 324 | 65 | 9 |
| A5 | 21.77 | 212 | 59 | 3 |
| A6 | 14.37 | 1144 | 192 | 12 |
| A7 | 14.88 | 1270 | 222 | 9 |
| A8 | 14.16 | 667 | 110 | 8 |
| A9 | 13.77 | 1152 | 184 | 17 |
| A10 | 13.36 | 992 | 153 | 14 |
>TRINITY_DN115640_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformGAAGCCAAACGAAAGAAATATCAGATCCCGAGGGCCAGAAAAGTTGTTAAACTCTGAACACCTTCTGGGCCCCGAGGAGCCCCCGGGATTTTTCGAACCGCCAGATGCTCGCGATGCGACGTGGGTTTAAAGGGTCTTAGATTTTGTGAGTTGCGACGAGGGATAAGCGAGGGAATTCGATTTATAAAAGGGCGAAGGCT
CTGAACGAAGGAGGCGCATATTTGGGCGAATTTGCTGTGTTATTTTATTGATATTTTAGCATTTTATTGTTATTTTCGGCTTCAGAGATAGAGTGGAATAAGTGGCAGATATCTTTTGGAGAAAGGTAGATTCGGTCTGTGCGACTGAATCCAATCCATGGCCGAAAACAAGAACAACAATAATAACAGCAACAACAATG
GCGTCGATCTGCCCCATAAGCGGATCAGGCCTCAAGAAGAAGAAGCAGACGACCACCCACCTTGCTGTGCGGACGCCATGGATGGAGTGGAGGGAGAATACCCATCTGTTATTCCTGGATGGTTTGCTGAAATAAGTCCCATGTGGCCTGGAGAGGCCCACTCTCTAAAAGTTGAGAAGGTTTTGTTCCAAGGCAAGTCC
AAATATCAAGATGTAATGGTATTTCAGTCATTAACATATGGCAAGGTTCTGGTGCTGGATGGTGTTATTCAGTTGACTGAAAGAGATGAATGTGCTTACCAAGAAATGATAACACATCTTCCACTTTGCTCTGTTCCAAATCCAAAGAAGGTATTGGTCATTGGAGGAGGTGATGGTGGGGTTCTTCGTGAGGTTTCTCG
ACATATGTCAGTTGAGCAGATTGATATTTGTGAAATTGATGGAATGGTCATAGATGTATCCAAGCAATATTTCCCTGAAATTGCTGTGGGATTTGATGATCCTCGTGTGAGGGTTAATGTCGGTGATGGAGTTGCGTTCTTAAGGGAGTCTCCAGAAAGTGTCTATGATGTTGTTATTGTAGATTCTTCCGACCCCATAG
GCCCTGCAGAGGAACTATTTAAAAAGCCATTTTTTGAATTGGTGGCAAGAGCTTTGCGACCGGGAGGAGTAGTGTGTACCCAGGCAGAAAGTATTTGGTTGCACATGCCCATCATTGAAGATATTGTTTCAGCTTGTCGCCAAACTTTCAAAGGCTCAATTAATTATGCTTGGACAACTGTTCCCACATATCCAAGCGGG
GTAATTGGTTTTATGCTGTGTTCAACTGAGGGGCCAGCTGTAGACTTCCAACATCCTATCAATCCTATTGAAAAGCAGGCATCTAATGAGTCACAGCGTCCCTTAAAGTTCTACAATTCAGAGATGCATACGGCATCATTTTGTTTGCCAGCATTTGCTAGAAGGGCGATAGGTTCCAATGTTCAGCCACCATTATCTTA
AGTTTCAAGTATTTGTGAGCTCATTGTTGTTCTATCGGAAGAACACATTGCATTATTGTTCTATTTGATTATGTTATACTTGTAAAATGGCAAATGCTTGGTATTTGAGAATAATCTTAATTCAGGAACAGCAGATCTAACTAGCATTAATCTATCGTCTTTGTGGTATATGCCTTCATGATAATTTTTTTCCGGTGTGG
TTCATGAAGGAATCCCATCAATTTGAGAAAAATCCCCAGCGACAATGGATCTGGCAAGTTGCCTAGTATTTCTTCATATTATTTCTGGACTAAAAGTTCAGAACTATTTGTGACCACTATCGCCCTCTGTTAATTGTTTTATGAATCAAATGGGATTAGTAAAGAAATTGGCAATAATTACAGTTAAATACTGGGCATCA
TGCAAAAGGGGCCTTAAAATGAAACAGCGAAATAGGATTTGTAAAAACTGAGCAAAGGCATTTATTCGATATGATTGGTCAATTTAGTAATGGGAAAATACATTTTGAATGCTTTTGCAAGTGTGCGAAATTTTGGCAATTGAAAGAAATTTGGGAAGAATGGCATAGTAATATATTAGTGACTAGTTCTTACTGTAGTT
TTATATATATTAGTGATATATTTG
>TRINITY_DN115640_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAAGCCAAACGAAAGAAATATCAGATCCCGAGGGCCAGAAAAGTTGTTAAACTCTGAACACCTTCTGGGCCCCGAGGAGCCCCCGGGATTTTTCGAACCGCCAGATGCTCGCGATGCGACGTGGGTTTAAAGGGTCTTAGATTTTGTGAGTTGCGACGAGGGATAAGCGAGGGAATTCGATTTATAAAAGGGCGAAGGCT
CTGAACGAAGGAGGCGCATATTTGGGCGAATTTGCTGTGTTATTTTATTGATATTTTAGCATTTTATTGTTATTTTCGGCTTCAGAGATAGAGTGGAATAAGTGGCAGATATCTTTTGGAGAAAGGTAGATTCGGTCTGTGCGACTGAATCCAATCCATGGCCGAAAACAAGAACAACAATAATAACAGCAACAACAATG
GCGTCGATCTGCCCCATAAGCGGATCAGGCCTCAAGAAGAAGAAGCAGACGACCACCCACCTTGCTGTGCGGACGCCATGGATGGAGTGGAGGGAGAATACCCATCTGTTATTCCTGGATGGTTTGCTGAAATAAGTCCCATGTGGCCTGGAGAGGCCCACTCTCTAAAAGTTGAGAAGGTTTTGTTCCAAGGCAAGTCC
AAATATCAAGATGTAATGGTATTTCAGTCATTAACATATGGCAAGGTTCTGGTGCTGGATGGTGTTATTCAGTTGACTGAAAGAGATGAATGTGCTTACCAAGAAATGATAACACATCTTCCACTTTGCTCTGTTCCAAATCCAAAGAAGgtttttgttcataaatccctagccatcttaaaagcatcatgtaactatgt
caaatgcaatccatttttttaaattccattttttaaaaattccattttctattaatttgagggttcagttaacagtcttttcaagccatttttaagctacaggctttaagtattcgcataatgtagcatgtctaactcgagattattaaattgcattgtcgttgatgtcctttttcttggtagtgctgtgttgtgtttta
attctttacttcgtagttttaatatgttcctgtctaatgtgccccctaaataatatttcttttccaatcataacgctaggttgaaaaactaactgcatcgaggcactttaaatatatattgctaatgcagagatttgtgccttgcaaagaatccaatgagtaaaaactgtaacttaagggccagaagaactgcttttact
gttttcttaatgcaatgtcatctgtaatgagaaatgcctctttattaggatgctgcaccttatggatttcagtaatattttgtccgttcattccatacaagcagggattttagtgtgctggtctactcttgaggtaatcagtagtcatatgccatgcatataacctatgtaacaaacatgaggctatgtaacattccctg
ttgattggtttagaccttaatgctccagtacatgggtttcttattattctttcttattgactgcttaatgttatatctatattatagagaaatctttttgaacttgaagcctagtacttttgatatttgtacttttacttttgatgaatgcatatagtttttgaatggttactatttttgttgcacaaacttgctacttc
ttgctcatcttcattcattgctatgatttttgggttcaataattattggatatttaacatgcaaaaaagtttgtttcaattgccaaagggtgctatgcagtaaaatttattaggaagatctgtaatgttttctgtttatatttgatggttatttattctttgtagGTATTGGTCATTGGAGGAGGTGATGGTGGGGTTCT
TCGTGAGGTTTCTCGACATATGTCAGTTGAGCAGATTGATATTTGTGAAATTGATGGAATGGTCATAGATGTGAGTGCATCTTACAAATTCTGCATATAGTAATTGCTTCCTTCAACTACTCTGTTGTTGTCAACATTTCAGAAATCTCAAACAATCTCTCTCTCTTTGTATTGTCAAGATAGGGGGGATCCATCTACTT
TTCATGTGTGTGTGTGTGCCTGTTTGTGAAACATTAAAAATAACTCGCTGATCAAACTGTGTAAAGTACTAAAGACTATTTAACCACACCAAGTAGATACCAACACATTGAGATTGGCATTGTGAGGAATTTGATAGGTTTTGATTCTCAATGCATGACAGATT
Intron 4 GTGAGTGCAT ... GATCATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 6.86 | 515.5 | 55.5 | 40 |
| A2 | 6.38 | 549 | 46.5 | 40 |
| A3 | 7.12 | 542 | 57.5 | 45 |
| A4 | 5.62 | 513.5 | 51 | 32.5 |
| A5 | 9.75 | 254 | 22.5 | 30 |
| A6 | 8.16 | 1840 | 151.5 | 178.5 |
| A7 | 8.38 | 1756 | 147.5 | 176 |
| A8 | 9 | 1138.5 | 87.5 | 123 |
| A9 | 8.26 | 1526.5 | 153 | 151 |
| A10 | 7.12 | 1453.5 | 132 | 120.5 |
>TRINITY_DN38496_c1_g2_i1 from sample A8 / Example spliced isoformGGTAAAACTGATTAACGAACCCTAGGAAGCCAAACGAAAGAAATATCAGATCCCGAGGGCCAGAAAAGTTGTTAAACTCTGAACACCTTCTGGGCCCCGAGGAGCCCCCGGGATTTTTCGAACCGCCAGATGCTCGCGATGCGACGTGGGTTTAAAGGGTCTTAGATTTTGTGAGTTGCGACGAGGGATAAGCGAGGGAA
TTCGATTTATAAAAGGGCGAAGGCTCTGAACGAAGGAGGCGCATATTTGGGCGAATTTGCTGTGTTATTTTATTGATATTTTAGCATTTTATTGTTATTTTCGGCTTCAGAGATAGAGTGGAATAAGTGGCAGATATCTTTTGGAGAAAGGTAGATTCGGTCTGTGCGACTGAATCCAATCCATGGCCGAAAACAAGAAC
AACAATAATAACAGCAACAACAATGGCGTCGATCTGCCCCATAAGCGGATCAGGCCTCAAGAAGAAGAAGCAGACGACCACCCACCTTGCTGTGCGGACGCCATGGATGGAGTGGAGGGAGAATACCCATCTGTTATTCCTGGATGGTTTGCTGAAATAAGTCCCATGTGGCCTGGAGAGGCCCACTCTCTAAAAGTTGA
GAAGGTTTTGTTCCAAGGCAAGTCCAAATATCAAGATGTAATGGTATTTCAGTCATTAACATATGGCAAGGTTCTGGTGCTGGATGGTGTTATTCAGTTGACTGAAAGAGATGAATGTGCTTACCAAGAAATGATAACACATCTTCCACTTTGCTCTGTTCCAAATCCAAAGAAGGTATTGGTCATTGGAGGAGGTGATG
GTGGGGTTCTTCGTGAGGTTTCTCGACATATTTCAGTTGAGCAGATTGATATTTGTGAAATTGATGGAATGGTCATAGATGTATCCAAGCAATATTTCCCTGAAATTGCTGTGGGCTTTGATGATCCTCGTGTGAGGGTTAATGTCGGTGATGGAGTTGCGTTCTTAAGGGAGTCTCCAGAAAGTGTCTATGATGTTGTT
ATTGTAGATTCTTCCGACCCCATAGGCCCTGCAGAGGAACTATTTAAAAAGCCATTTTTTGAATTGGTGGCAAGAGCTTTGCGACCGGGAGGAGTAGTGTGTACCCAGGCAGAAAGTATTTGGTTGCACATGCCCATCATTGAAGATATTGTTTCAGCTTGTCGCCAAACTTTCAAAGGCTCAATTAATTATGCTTGGAC
AACTGTTCCCACATATCCAAGCGGGGTAATTGGTTTTATGCTGTGTTCAACTGAGGGGCCAGCTGTAGACTTCCAACATCCTATCAATCCTATTGAAAAGCAGGCATCTAATGAGTCACAGCGTCCCTTAAAGTTCTACAATTCAGAGATGCATACGGCATCATTTTGTTTGCCAGCATTTGCTAGAAGGGCGATAGGTT
CCAATGTTCAGCCACCATTATCTTAAGTTTCAAGTATTTGTGAGCTCATTGTTGTTCTATCGGAAGAACACATTGCATTATTGTTCTATTTGATTATGTTATACTTGTAAAATGGCAAATGCTTGGTATTTGAGAATAATCTTAATTCAGGAACAGCAGATCTAACTAGCATTAATCTATCGTCTTTGTGGTATATGCCT
TCATGATAATTTTTTTCCGGTGTGGTTCATGAAGGAATCCCATCAATTTGAGAAAAATCCCCAGCGACAATGGATCTGGCAAGTTGCCTAGTATTTCTTCATATTATTTCTGGACTAAAAGTTCAGAACTATTTGTGACCACTATCGCCCTCTGTTAATTGTTTTATGAATCAAATGGGATTAGTAAAGAAATTGGCAAT
AATTACAGTTAAATACTGGGCATCATGCAAAAGGGGCCTTAAAATGAAACAGCGAAATAGGATTTGTAAAAACTGAGCAAAGGGGCATTTATTCGATATGATTGGTCAATTTAGTAATGGGAAAATACATTTTGAATGCTTTTGCAAGTGTGCGAAATTTTGGCAATTGAAAGAAATTTGGGAAGAATGGCATAGTAATA
TATTAGTGAC
>TRINITY_DN38496_c1_g2_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:GGTAAAACTGATTAACGAACCCTAGGAAGCCAAACGAAAGAAATATCAGATCCCGAGGGCCAGAAAAGTTGTTAAACTCTGAACACCTTCTGGGCCCCGAGGAGCCCCCGGGATTTTTCGAACCGCCAGATGCTCGCGATGCGACGTGGGTTTAAAGGGTCTTAGATTTTGTGAGTTGCGACGAGGGATAAGCGAGGGAA
TTCGATTTATAAAAGGGCGAAGGCTCTGAACGAAGGAGGCGCATATTTGGGCGAATTTGCTGTGTTATTTTATTGATATTTTAGCATTTTATTGTTATTTTCGGCTTCAGAGATAGAGTGGAATAAGTGGCAGATATCTTTTGGAGAAAGGTAGATTCGGTCTGTGCGACTGAATCCAATCCATGGCCGAAAACAAGAAC
AACAATAATAACAGCAACAACAATGGCGTCGATCTGCCCCATAAGCGGATCAGGCCTCAAGAAGAAGAAGCAGACGACCACCCACCTTGCTGTGCGGACGCCATGGATGGAGTGGAGGGAGAATACCCATCTGTTATTCCTGGATGGTTTGCTGAAATAAGTCCCATGTGGCCTGGAGAGGCCCACTCTCTAAAAGTTGA
GAAGGTTTTGTTCCAAGGCAAGTCCAAATATCAAGATGTAATGGTATTTCAGTCATTAACATATGGCAAGGTTCTGGTGCTGGATGGTGTTATTCAGTTGACTGAAAGAGATGAATGTGCTTACCAAGAAATGATAACACATCTTCCACTTTGCTCTGTTCCAAATCCAAAGAAGGTATTGGTCATTGGAGGAGGTGATG
GTGGGGTTCTTCGTGAGGTTTCTCGACATATTTCAGTTGAGCAGATTGATATTTGTGAAATTGATGGAATGGTCATAGATgtgagtgcatcttacaaattctgcatatagtaattgcttccttcaactactctgttgttgtcaacatttcagaaagctcaaacaatctctctctctttgtattgtcaagataggggggat
ccatctacttttcatgtgtgtgtgtgtgcctgtttgtgaaacattaaaaataactagctgattaaactgtgtaaagtactaaagactatttaaccacaccaagtagatcctaacacattgagattggcactgtgaggattttgataggtttttactcaatgcatgtcagatttggggttaagatggatctgtgctggtta
taaggtttcttaataaccttgtatgaatcagaaaatgcctcgtacagttctccattgtaagggtaacagtttattaggaaagggcttctagatgatttccaaatgtgggaaaacacatactacaataagtaggaaaggatttaaaaatcttcctcatacatcgaagtaaaccatttataatagaccacatagatatgcat
ttttcttgtagactgtattatttgagctaaatgaatttagacaggagggtaaaagctataaagtgttctaatgatcttgtatgattgagaaagggcctcaacaattcagtaggagaaggggcctctagaggattcccaaatttgtcaaaacacttactacaataagtaaaaaaggttatgaaaatgttcttgtacattga
aggataccatttatagtaggcatcatagatatgtatttttcttctaaactgtattatttgagctaaatgcatttagacatgagggtaaacaactgaacatgttgctaccataagtatttttagaactaatgtgatgaccccatctgatcattcagGTATCCAAGCAATATTTCCCTGAAATTGCTGTGGGCTTTGATGAT
CCTCGTGTGAGGGTTAATGTCGGTGATGGTATGCCATTTCTTTGAATTAAGTTTTACACTCTCGAGTTTGTTTTGAATATTTCTGTTTACATAATTTTGTTTTTCATGTCATCAATTCAATATGGGTTCATACTTACAGTCTGAGTTTTTGGTTTATAATTCTTTAGTTAGATGAGATTACTATTTTGAATGGTAACTTT
TTATAGTACAGTTTTATCATTTTATGTCAATAACTCTATTGTATGTAAAAAATATTGCTCATGATTTGGAGTTTGTTCTTTTGCAGGAGTTGCGTTCTTAAGGGAGTCTCCAGAAAGTGTCTATGATGTTGTTATTGTAGATTCTTCCGACCCCATAGGCCCTGCAGAGGAACTATTTAAAAAGCCATTTTTTGAATTGG
TGGCAAGAGCTTTGCGACCGGGAGGAGTAGTGTGTACCCAGGCAGAAAGTATTTGGTTGCACATGCCCATCATTGAAGATATTGTTTCAGCTTGTCGCCAAACTTTCAAAGGCTCAATTAATTATGCTTGGACAACTGTTCCCACATATCCAAGCGGGGTAATTGGTTTTATGCTGTGTTCAACTGAGGGGCCAGCTGTA
GACTTCCAACATCCTATCAATCCTATTGAAAAGCAGGCATCTAATGAGTCACAGCGTCCCTTAAAGTTCTACAATTCAGAGATGCATACGGCATCATTTTGTTTGCCAGCATTTGCTAGAAGGGCGATAGGTTCCAATGTTCAGCCACCATTATCTTAAGTTTCAAGTATTTGTGAGCTCATTGTTGTTCTATCGGAAGA
ACACATTGCATTATTGTTCTATTTGATTATGTTATACTTGTAAAATGGCAAATGCTTGGTATTTGAGAATAATCTTAATTCAGGAACAGCAGATCTAACTAGCATTAATCTATCGTCTTTGTGGTATATGCCTTCATGATAATTTTTTTCCGGTGTGGTTCATGAAGGAATCCCATCAATTTGAGAAAAATCCCCAGCGA
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AAAAACTGAGCAAAGGGGCATTTATTCGATATGATTGGTCAATTTAGTAATGGGAAAATACATTTTGAATGCTTTTGCAAGTGTGCGAAATTTTGGCAATTGAAAGAAATTTGGGAAGAATGGCATAGTAATATATTAGTGAC
Intron 5 GTATGCCATT ... TCTTTTGCAG
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| A4 | 25.09 | 406 | 1 | 136 |
| A5 | 28.79 | 319 | 3 | 129 |
| A6 | 27.85 | 2010 | 4 | 776 |
| A7 | 29.46 | 1966 | 7 | 821 |
| A8 | 29.03 | 1342 | 6 | 549 |
| A9 | 30.22 | 1845 | 4 | 799 |
| A10 | 29.45 | 1689 | 1 | 705 |
>TRINITY_DN38496_c1_g2_i1 from sample A8 / Example spliced isoformGGTAAAACTGATTAACGAACCCTAGGAAGCCAAACGAAAGAAATATCAGATCCCGAGGGCCAGAAAAGTTGTTAAACTCTGAACACCTTCTGGGCCCCGAGGAGCCCCCGGGATTTTTCGAACCGCCAGATGCTCGCGATGCGACGTGGGTTTAAAGGGTCTTAGATTTTGTGAGTTGCGACGAGGGATAAGCGAGGGAA
TTCGATTTATAAAAGGGCGAAGGCTCTGAACGAAGGAGGCGCATATTTGGGCGAATTTGCTGTGTTATTTTATTGATATTTTAGCATTTTATTGTTATTTTCGGCTTCAGAGATAGAGTGGAATAAGTGGCAGATATCTTTTGGAGAAAGGTAGATTCGGTCTGTGCGACTGAATCCAATCCATGGCCGAAAACAAGAAC
AACAATAATAACAGCAACAACAATGGCGTCGATCTGCCCCATAAGCGGATCAGGCCTCAAGAAGAAGAAGCAGACGACCACCCACCTTGCTGTGCGGACGCCATGGATGGAGTGGAGGGAGAATACCCATCTGTTATTCCTGGATGGTTTGCTGAAATAAGTCCCATGTGGCCTGGAGAGGCCCACTCTCTAAAAGTTGA
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GTGGGGTTCTTCGTGAGGTTTCTCGACATATTTCAGTTGAGCAGATTGATATTTGTGAAATTGATGGAATGGTCATAGATGTATCCAAGCAATATTTCCCTGAAATTGCTGTGGGCTTTGATGATCCTCGTGTGAGGGTTAATGTCGGTGATGGAGTTGCGTTCTTAAGGGAGTCTCCAGAAAGTGTCTATGATGTTGTT
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AACTGTTCCCACATATCCAAGCGGGGTAATTGGTTTTATGCTGTGTTCAACTGAGGGGCCAGCTGTAGACTTCCAACATCCTATCAATCCTATTGAAAAGCAGGCATCTAATGAGTCACAGCGTCCCTTAAAGTTCTACAATTCAGAGATGCATACGGCATCATTTTGTTTGCCAGCATTTGCTAGAAGGGCGATAGGTT
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TCATGATAATTTTTTTCCGGTGTGGTTCATGAAGGAATCCCATCAATTTGAGAAAAATCCCCAGCGACAATGGATCTGGCAAGTTGCCTAGTATTTCTTCATATTATTTCTGGACTAAAAGTTCAGAACTATTTGTGACCACTATCGCCCTCTGTTAATTGTTTTATGAATCAAATGGGATTAGTAAAGAAATTGGCAAT
AATTACAGTTAAATACTGGGCATCATGCAAAAGGGGCCTTAAAATGAAACAGCGAAATAGGATTTGTAAAAACTGAGCAAAGGGGCATTTATTCGATATGATTGGTCAATTTAGTAATGGGAAAATACATTTTGAATGCTTTTGCAAGTGTGCGAAATTTTGGCAATTGAAAGAAATTTGGGAAGAATGGCATAGTAATA
TATTAGTGAC
>TRINITY_DN38496_c1_g2_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:GGTAAAACTGATTAACGAACCCTAGGAAGCCAAACGAAAGAAATATCAGATCCCGAGGGCCAGAAAAGTTGTTAAACTCTGAACACCTTCTGGGCCCCGAGGAGCCCCCGGGATTTTTCGAACCGCCAGATGCTCGCGATGCGACGTGGGTTTAAAGGGTCTTAGATTTTGTGAGTTGCGACGAGGGATAAGCGAGGGAA
TTCGATTTATAAAAGGGCGAAGGCTCTGAACGAAGGAGGCGCATATTTGGGCGAATTTGCTGTGTTATTTTATTGATATTTTAGCATTTTATTGTTATTTTCGGCTTCAGAGATAGAGTGGAATAAGTGGCAGATATCTTTTGGAGAAAGGTAGATTCGGTCTGTGCGACTGAATCCAATCCATGGCCGAAAACAAGAAC
AACAATAATAACAGCAACAACAATGGCGTCGATCTGCCCCATAAGCGGATCAGGCCTCAAGAAGAAGAAGCAGACGACCACCCACCTTGCTGTGCGGACGCCATGGATGGAGTGGAGGGAGAATACCCATCTGTTATTCCTGGATGGTTTGCTGAAATAAGTCCCATGTGGCCTGGAGAGGCCCACTCTCTAAAAGTTGA
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GTGGGGTTCTTCGTGAGGTTTCTCGACATATTTCAGTTGAGCAGATTGATATTTGTGAAATTGATGGAATGGTCATAGATGTGAGTGCATCTTACAAATTCTGCATATAGTAATTGCTTCCTTCAACTACTCTGTTGTTGTCAACATTTCAGAAAGCTCAAACAATCTCTCTCTCTTTGTATTGTCAAGATAGGGGGGAT
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CCTCGTGTGAGGGTTAATGTCGGTGATGgtatgccatttctttgaattaagttttacactctcgagtttgttttgaatatttctgtttacataattttgtttttcatgtcatcaattcaatatgggttcatacttacagtctgagtttttggtttataattctttagttagatgagattactattttgaatggtaacttt
ttatagtacagttttatcattttatgtcaataactctattgtatgtaaaaaatattgctcatgatttggagtttgttcttttgcagGAGTTGCGTTCTTAAGGGAGTCTCCAGAAAGTGTCTATGATGTTGTTATTGTAGATTCTTCCGACCCCATAGGCCCTGCAGAGGAACTATTTAAAAAGCCATTTTTTGAATTGG
TGGCAAGAGCTTTGCGACCGGGAGGAGTAGTGTGTACCCAGGCAGAAAGTATTTGGTTGCACATGCCCATCATTGAAGATATTGTTTCAGCTTGTCGCCAAACTTTCAAAGGCTCAATTAATTATGCTTGGACAACTGTTCCCACATATCCAAGCGGGGTAATTGGTTTTATGCTGTGTTCAACTGAGGGGCCAGCTGTA
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CAATGGATCTGGCAAGTTGCCTAGTATTTCTTCATATTATTTCTGGACTAAAAGTTCAGAACTATTTGTGACCACTATCGCCCTCTGTTAATTGTTTTATGAATCAAATGGGATTAGTAAAGAAATTGGCAATAATTACAGTTAAATACTGGGCATCATGCAAAAGGGGCCTTAAAATGAAACAGCGAAATAGGATTTGT
AAAAACTGAGCAAAGGGGCATTTATTCGATATGATTGGTCAATTTAGTAATGGGAAAATACATTTTGAATGCTTTTGCAAGTGTGCGAAATTTTGGCAATTGAAAGAAATTTGGGAAGAATGGCATAGTAATATATTAGTGAC