sp|P42798|R15A1_ARATH ----> Small ribosomal subunit protein uS8z/uS8w

Intron 1 GTACTATTTT ... GTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.76	198	19	3
A2	9.17	198	20	2
A3	7.11	209	16	2
A4	3.21	151	5	0
A5	11.49	131	17	2
A6	6.91	2951	219	0
A7	6.57	1550	109	0
A8	6.8	1466	107	0
A9	7.53	1584	129	0
A10	5.48	1000	58	1

>TRINITY_DN118238_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

CCTTTAACAAGCACTAAACCCTGCTATTTATTTAAGAGGCCTTCTTCGAATCCCTATCTATTTGTAGTAATATAGAAGGGGTTTTGCACAGGCCTTTCTTCGGGAGCGAGCCCTAGTGGAAAGGCACGGCAAGTGAGTGTTTGCAGGATCTCGCAGCGCAAGCAGGAGGAGATCCGGAAGGATTATATAAGTTACAATGG
TGAGGATTAGTGTTTTGAACGATGCTCTTAGGAGCATGTATAATGCAGAAAAGCGTGGAAAGCGGCAAGTGATGATCAGACCATCATCGAAAGTTATCATCAAGTTCCTACAAGTCATGCAAAAGCATGGTTATATTGGAGAGTTTGAGCTAGTTGATGATCATAGAGCAGGTAAAATCGTTGTAGAGCTTAATGGAAGG
CTCAACAAGTGTGGAGTAATCAGTCCTCGTTTTAATATCGGGGTGAAAGAAATTGAGTCATGGACTGCTCGCCTCCTTCCATCTCGACAGTTTGGATTCATTGTTTTGACAACATCTGCTGGCATCATGGATCATGATGAAGCCAGGAGAAAGAATGCTGGTGGAAAAATTTTGGGCTTTTTCTATTAGAGGCAACTCAT
ATATTTCTTCTCCATGGAGCTTGGAACTGGTTCATCAGGATAGTAGTTATTCTCGAGAATTAACAAATTTTGGAAGAGTTTTAACACGTATTGAAATTAAGAAATTGACTTTTATATTTGAAGGTGATTTAATTTCTGTTTATCTCCTTGTTTTCTGTTGATCATTATCAGTCTATAACCCGTCACATCAATCCTTTTTT
ATTTATATTTTGAAATGATTCTTCTTTACTAATTTTACTTAGGTGTGTCCATGCAAGCTATTATTTAAGTACATACAACTTTTTGGTTTTGAATACTAGAAGTAAATGGGTTCATCGTATTTTAGTCGTTCATCTACATTTAGATTTGATAAAAAAATTAGTTTTATCTTCCCTAGTGAGATTACATTGCTTCTATGCCC
ACCTTGTGTGTTTTTCGTTTAATTATTATTTACTTTTAGTTGAGTTAGAAAATTTTGAATTAGCAGG

>TRINITY_DN118238_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CCTTTAACAAGCACTAAACCCTGCTATTTATTTAAGAGGCCTTCTTCGAATCCCTATCTATTTGTAGTAATATAGAAGGGGTTTTGCACAGGCCTTTCTTCGGGAGCGAGCCCTAGTGGAAAGGCACGGCAAGTGAGTGTTTGCAGGATCTCGCAGCGCAAGCAGGAGGAGATCCGGAAGGATTATATAAGTTACAATGG
TGAGGATTAGTGTTTTGAACGATGCTCTTAGGAGCATGTATAATGCAGAAAAGCGTGGAAAGCGGCAAGTGATGATCAGACCATCATCGAAAGTTATCATCAAGTTCCTACAAGTCATGCAAAAGCATGGTTATATTGGAGAGTTTGAGCTAGTTGATGATCATAGAGCAGGTAAAATCGTTGTAGAGCTTAATGGAAGG
CTCAACAAGTGTGGAGTAATCAGTCCTCGTTTTAATATTGGGGTCAAAGAAATTGAGTCATGGACTGCTCGCCTCCTTCCATCTCGACAGgtactattttatgagatataattgaactaatatgtttaaactcaatatgtcatatctataaaatgaactaaacattcacagatcttgtttctttcaagatatatttggca
tgcttgatagacatttgcctcttttgtgtttgcagTTTGGATTCATTGTTTTGACAACATCTGCTGGCATCATGGATCATGATGAAGCCAGGAGAAAGAATGCTGGTGGAAAAAT

Intron 2 GTTTTATTCT ... TAAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.77	98	13	57
A2	28.23	89	4	35
A3	27.22	115	1	43
A4	26.83	60	10	22
A5	16.67	30	3	6
A6	24.11	576	5	183
A7	23.11	569	10	171
A8	24.69	549	12	180
A9	23.39	501	8	153
A10	24.42	325	2	105

>TRINITY_DN39835_c1_g4_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

CATGGCAGAGCGAGAAAAACGGAATAATAAAAGCCAATGAGTGGTCCTGTGCGTGCCCTAAAAAGATGTCGGTCGCTTGGTATGAACCCCATGTGATCGATGCTTATTTATAAGACTAGGTTAAAGGCAATTAATTCCATCAAAGAGAAGAGACAGTAGCTTTTGGCATCATTCGTTCCAATCCTCTTATCACATTCTTT
CTTCGTAGGCGGGGTATTCTTCTTAGCTTTTTGGACGACGGGATTTCACTTTTATTGGGTTCCAGGGATTCTTTCTGCTCCCTTCTCTTATCCCATAAAACCCTCATTCTCTTCAACGGAGACCCTACCCTGACCTTCACATCTGTCTCTCTATCCTTTATTTGTGGTCTCAGTTCGGTACTCTGGGATTTTTGTTTCTG
TATTCGCTATCAAGTCGATTACTAGGTTTATTTTTGCAATCACCATGAGCTCGTCCACCGCTCACAAGGGCCAGGGCCTCAGCAAAATAGCTTCCAATAGGCTCCAGAAGGAACTTGTGGAATGGCAAGTGAACCCACCTGCTGGTTTCAAGCACAAACCCACTGACAATTTGCAGAGGTGGATAATTGAGCTCACAGGG
GCCCCTGGCACAATGTATGCCAATGAATCTTATCAGCTCCAAGTGGATTTCCCTGATCATTACCCCATGGAAGCTCCACAGGTTATTTTTCTCCCACAAGCGCCTATGCATCCTCATATTTACAGCAATGGTCACATATGTCTAGATATTCTGTATGATTCCTGGTCGCCAGCTATGACAGTCAGCTCTGTCTGCATCAG
CATTCTTTCAATGTTATCTAGCTCTACTGTGAAGCAAAGGCCGCCAGATAATGATCGATATGTCAAAAATTGTAGAAATGGTCGATCACCTAAAGAGACTCGCTGGTGGTTCCATGATGACAAAGCATAGTTATAACTGCTTTGGTCGTGCTTGGTAGAAGGTCATCTGGATATATCACCATACATTGTAACTCCTTCCT
CCTGAGTCACGAGATTTCTGAAACATTGCTGTGTTGCTCCGTGGCTTTTGTTTTGGAGCTTGTCATAGGCTGCATGTTCAGCTGTTTGTAAAGATGTTGTATTTGTGCTTACTATTCCCAACGTTTTTATTGTCTACCACATGCAAATGAAAATTCACAAGGAGATCATTTGCAGGTGGAAGACCATTAGTTGTGGTTGA
TCAGTTTAATGAATGATCAAATAAATATTTAAGTTTGCAAAGTAATTGTTAAAATTGCAATCACTCTGAGCATCTGGAAGGTTAAAGGTCAGATTGCATTACATAATTTTGAAGGTCCAAAGTGGTAGGCACTGCAAGTGGCAAACTCTTTAATATGCTTGAAAGACCTAATAGTGATTGTTAAGTGGAATTCCCAAATT
TCTATAGCTACATCAATTAAACAGGAAGTCTGGAATGGACTTTTAATGGTTTGTTGCGTATCCACATTTTGTGATCAAATTAAACATTTGAAAAAAAGATGCTCTGTTTAAAATTTTAATAGTGGTTATGGTATTGTGTCTATTGGTACCTTTCATTTCCAGATCCAGCAAAGTATAG

>TRINITY_DN39835_c1_g4_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CATGGCAGAGCGAGAAAAACGGAATAATAAAAGCCAATGAGTGGTCCTGTGCGTGCCCTAAAAAGATGTCGGTCGCTTGGTATGAACCCCATGTGATCGATGCTTATTTATAAGACTAGGTTAAAGGCAATTAATTCCATCAAAGAGAAGAGACAGTAGCTTTTGGCATCATTCGTTCCAATCCTCTTATCACATTCTTT
CTTCGTAGGCGGGGTATTCTTCTTAGCTTTTTGGACGACGGGATTTCACTTTTATTGGGTTCCAGGGATTCTTTCTGCTCCCTTCTCTTATCCCATAAAACCCTCATTCTCTTCAACGGAGACCCTACCCTGACCTTCACATCTGTCTCTCTATCCTTTATTTGTGGTCTCAGTTCGGTACTCTGGGATTTTTGTTTCTG
TATTCGCTATCAAGTCGATTACTAGGTTTATTTTTGCAATCACCATGAGCTCGTCCACCGCTCACAAGGGCCAGGGCCTCAGCAAAATAGCTTCCAATAGGCTCCAGAAGGAACTTGTGGAATGGCAAGTGAACCCACCTGCTGGTTTCAAGCACAAACCCACTGACAATTTGCAGAGGTGGATAATTGAGCTCACAGGG
GCCCCTGGCACAATGTATGCCAATGAATCTTATCAGCTCCAAGTGGATTTCCCTGATCATTACCCCATGGAAGCTCCACAGGTTATTTTTCTCCCACAAGCGCCTATGCATCCTCATATTTACAGCAATGGTCACATATGTCTAGGTATGTATCCCGTTGCCGTAGAGTTAAATCATTGGTATTCTATCAGGTCTGTTAT
GATTTGTATTTATGTTTTTTTCTGGAATTAGATTTGAAATTTGAATGCATACTGTTTTCTTGTACTGATTTTGGCATGAAATTGCTATTCTTTTTGTTTATGTTTTTTCTTTAATGTATCTTGAGATCTATCTAGTCTATTCTAGCTCTTTTTAAAAATCAAAATCGCAAATGATTATGTAATTCTTACATTCTTCTTAT
TCAAGATGCATATTGCAATCCAATATTTCAGCAACAAGCATAAAGTGTCAGCAATGCACAATGAAAACTACTGATATATTGATGTCATGTAATGAAAATGATCTTCATAAAAAATGCTGATTGTAGAATTTATGGTCTTATTGTTTTAGTATTTAGAAGGCAATTTCAAACTTTCTACCATTCTCTATCCCAGGCTTTTG
TTTTGGTATACGCCATATTAATTGTTCCTTTCCAATTAATTGATGGAAGTCATGCCATGGAAGAATGAGCACTTTATTCTCAGCTATTTGAAACTAGTTGAATATTTCCATAACTTGCATTTTGTGATCAGCATGCAGTCAGACTCCCTGTAAGGGCTTGATTTTCTATTCTGGCAATGCGTAACCTTATTCTCCTTTTG
TTTTTTCAATTTTAGGTCACGGGTTTAGTGTTTTTTCCTGTAAATATATCTAGATTAAATTTGCTGTTGCTGCCAATTAACAAGGTAGCAATTCTGGTTCTCCTTTTCACTAGTTTTAAGCTTTAACCTTTTACTGGTATTGTTGAGCATATTTATAGCTTTAAAACTGGTTATGGGCATGACTCTATTTTGATGATGTG
CTAAGTTTGAAATAAAAAACGCTTTTTAAGATGGGCCTTATATGGTTGGCTTAGTCAGTTAAGCCTAGGTTGGCTGGCTTTGCATCCAATATAGAATATGCTTAAACAGGACTACTGGTAAATAAACAGTATGCTTAAGAATATTAAAATTATATACTTGTCAGGCTGTTACCTGGTTTTGCCTCCCGTGATATACCATT
AAATTTCTCCTTCTGAAAAAGAGACGATTGTCTACAAGTTGATTCATGGCCTGCTAGTAAGATGTGCTTTCTTATTCCATGAACACTATTGTAGATTTCTCAGATTGTTGATAGGCCTTGTAGAAAACATTTAATGAGGTGGAAGTAGGAATGACTGCTATGCCTTGTAGAAAACATTTAATGAGGTGGAAGTAGGAATG
ACTGCTAAAAGACAGTGACTGGCTGGCGATAATGTTATCCAATGGGCAATGTATGATTCTGAGTTTTCTCATTTATTGCTTGTATTGCATGTCTGAACAGATATTCTGTATGATTCCTGGTCGCCAGCTATGACAGTCAGCTCTGTCTGCATCAGCATTCTTTCAATGTTATCTAGCTCTACTGTGAAGgttttattctg
gtccatatttcttttctttggaggtgttaggtgatttttagttttacaagctactttaaagttttaaacctatatatagaagcacttgattatcagattgtaatgcttcactgtctgtaaaatgcagCAAAGGCCGCCAGATAATGATCGATATGTCAAAAATTGTAGAAATGGTCGATCACCTAAAGAGACTCGCTGGT
GGTTCCATGATGACAAAGCATAGTTATAACTGCTTTGGTCGTGCTTGGTAGAAGGTCATCTGGATATATCACCATACATTGTAACTCCTTCCTCCTGAGTCACGAGATTTCTGAAACATTGCTGTGTTGCTCCGTGGCTTTTGTTTTGGAGCTTGTCATAGGCTGCATGTTCAGCTGTTTGTAAAGATGTTGTATTTGTG
CTTACTATTCCCAACGTTTTTATTGTCTACCACATGCAAATGAAAATTCACAAGGAGATCATTTGCAGGTGGAAGACCATTAGTTGTGGTTGATCAGTTTAATGAATGATCAAATAAATATTTAAGTTTGCAAAGTAATTGTTAAAATTGCAATCACTCTGAGCATCTGGAAGGTTAAAGGTCAGATTGCATTACATAAT
TTTGAAGGTCCAAAGTGGTAGGCACTGCAAGTGGCAAACTCTTTAATATGCTTGAAAGACCTAATAGTGATTGTTAAGTGGAATTCCCAAATTTCTATAGCTACATCAATTAAACAGGAAGTCTGGAATGGACTTTTAATGGTTTGTTGCGTATCCACATTTTGTGATCAAATTAAACATTTGAAAAAAAGATGCTCTGT
TTAAAATTTTAATAGTGGTTATGGTATTGTGTCTATTGGTACCTTTCATTTCCAGATCCAGCAAAGTATAG

Intron 3 GTATGGACTG ... TCTTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.93	240	28	84
A2	25.79	328	25	114
A3	32.37	305	32	146
A4	31.41	262	12	120
A5	29.3	181	14	75
A6	30.28	2293	158	996
A7	30.24	1472	111	638
A8	31.08	1011	81	456
A9	29.81	1420	89	603
A10	31.13	1230	41	556

>TRINITY_DN110845_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

CCTGAGAACACGCCTTGTTGTCCAAAGGGAAGCTCTTTCAAGTAGTGTTAGGGTTTTGGACAAGGAAAAGGCAAGGGTTCTTAGGAGTTAGTTATTCTTCGCGACAGAGCACAAGCAGAGCGAGACGGCAAGCGTGAGCAGGTGGCGGCAACAGTAGCAGGAGGAGATCCACAAGGAAAAGATAAGTCGCGATGGTGAGG
ATTAGTGTCTTGAACGATGCACTTAGGAGCATGTATAATGCTGAAAAGCGTGGGAAACGGCAAGTGATGATCAGACCGTCATCAAAAGTTATCATCAAGTTCCTCCAAGTCATGCAAAAGCATGGCTATATTGGAGAGTTCGAGCTAGTTGATGATCACAGAGCAGGTAAAATTGTTGTAGAGCTTAATGGAAGGCTCAA
CAAGTGTGGGGTCATTAGTCCGCGTTTTAATATTGGGGTGAAAGAAATTGAATCCTGGACAGCTCGTTTGCTTCCTTCTCGACAGTTTGGATTCATTGTGTTGACAACATCTGCTGGCATCATGGATCATGATGAAGCCAGGAGAAAGAATGCTGGTGGAAAAATTTTGGGTTTTTTCTATTAGAGGCATTTGGTATTAT
TATTCTCCGTGGAGCTTAGGAATGGTTTTCATGGTAGTTATCACTGCGAGTCAACATTTTTTTTGGAAGAATTATGACAATTTTGTATTCAGATTAAGAATTTGACTTTTATATTTGGGGTGAACTTGATTTATTTTTTCTTAATGTTCTTGGTTTCCTTGAATCATTTCACACTACTACTAGAAATCATATCGATCAGT
CCTTTACATATATATTCTGAGATATCTACTTCAATTTACTTGTTATTCGTTGTGAAAGACTTCCTTTGGGTTGAAGTGCATTAAATCTTATATCTTGGCTTCTATTATCTTCCGAAAAATTATTTGGCCTTTGATAATATGCTGAAACAGCTATGCACCTTTATGCCCACTAACTGTGATTTGGAGCCGGTTAAATTTAA
TCTTTGTAGATGATAAAAAGTCAACGATGGGATGTCAGTTGAGTGTTATGCTTCCTGAACCATTTAAAAACATTTCCTTTTGCAATGCTTAGGTATTTGAGTGGAGTTAATGGTAACCTTTGTGTTATATATTAAGTAATTTTGGCATTGTTATAGGCTAGCACCAGATGCTTTCATAACAGTATCAACATTCAAAACAG
TTGCAAATTTGATACTATTAGTTGTAAAAGCCTGAACTATTTTTCCATCAAGGATTATTTTTCCAAGAAAAACCTCATGGAAAACTCTCAGCACTGCACTTCGATTCATGTATGATAACCAGGTAAACCGATGTGTGAATTAGGTGTTTAACCCTGAGGCAATTGAGTCAGTTGAGCATCTGACCTCCCAACTATGAGAG
GACTCAAGTTGCATCATAAATGAACTTGTCCCTCGTTGTTTCATGGATGGGATTTTTACAGGC

>TRINITY_DN110845_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CCTGAGAACACGCCTTGTTGTCCAAAGGGAAGCTCTTTCAAGTAGTGTTAGGGTTTTGGACAAGGAAAAGGCAAGGGTTCTTAGGAGTTAGTTATTCTTCGCGACAGAGCACAAGCAGAGCGAGACGGCAAGCGTGAGCAGGTGGCGGCAACAGTAGCAGGAGGAGATCCACAAGgtatggactggcattaaacatcaat
gtttcttcatatgcgctgaactatattttttctgtaacaactatgtcaatcgaatcctacaattacctcccaacttctgtaaagttgcaaatatgttgttgttttatttattttttctctcggttttacctatatataagcagttctgcaatgatagtgcctatggtttcaaatttactttttcccaattgaaggccttt
tgtggtttacgcactttctttgtttgggaacttttatgggttttaagactttgggatttttctgagatgtagggttctgggagactgtgctttagagatctgtttttttttctgagattttagggttttgggagagggatttctgtgctctcagtgctatcaaagtgtgtggcacatatgttatctttccgtaggaacct
tgagcattggggggggtttacttatcaccgatagtttccatagatctcgtgtaatgcaaggctctatctgagcaggattaaagtttcgttttatttgtttttttccatttttgtatctttgtttataatttagaagcgcactcgatcaatgaaacattattagattttccttaatctgtatttaagtatgtagaaaaata
tagctaatgtatcatgcattaatggggcaaaaggaggtgttatttaatttctgagagtcctcttttgtagGAAAAGATAAGTCGCGATGGTGAGGATTAGTGTCTTGAACGATGCACTTAGGAGCATGTATAATGCTGAAAAGCGTGGGAAACGGCAAGTGATGATCAGACCGTCATCAAAAGTTATCATCAAGTTCCTC
CAAGTCATGCAAAAGCATGGCTATATTGGAGAGTTCGAGCTAGTTGATGATCACAGAGCAGGTAAAATTGTTGTAGAGCTTAATGGAAGGCTCAACAAGTGTGGGGTCATTAGTCCGCGTTTTAATATTGGGGTGAAAGAAATTGAATCCTGGACAGCTCGTTTGCTTCCTTCTCGACAGTTTGGATTCATTGTGTTGAC
AACATCTGCTGGCATCATGGATCATGATGAAGCCAGGAGAAAGAATGCTGGTGGAAAAATTTTGGGTTTTTTCTATTAGAGGCATTTGGTATTATTATTCTCCGTGGAGCTTAGGAATGGTTTTCATGGTAGTTATCACTGCGAGTCAACATTTTTTTTGGAAGAATTATGACAATTTTGTATTCAGATTAAGAATTTGA
CTTTTATATTTGGGGTGAACTTGATTTATTTTTTCTTAATGTTCTTGGTTTCCTTGAATCATTTCACACTACTACTAGAAATCATATCGATCAGTCCTTTACATATATATTCTGAGATATCTACTTCAATTTACTTGTTATTCGTTGTGAAAGACTTCCTTTGGGTTGAAGTGCATTAAATCTTATATCTTGGCTTCTAT
TATCTTCCGAAAAATTATTTGGCCTTTGATAATATGCTGAAACAGCTATGCACCTTTATGCCCACTAACTGTGATTTGGAGCCGGTTAAATTTAATCTTTGTAGATGATAAAAAGTCAACGATGGGATGTCAGTTGAGTGTTATGCTTCCTGAACCATTTAAAAACATTTCCTTTTGCAATGCTTAGGTATTTGAGTGGA
GTTAATGGTAACCTTTGTGTTATATATTAAGTAATTTTGGCATTGTTATAGGCTAGCACCAGATGCTTTCATAACAGTATCAACATTCAAAACAGTTGCAAATTTGATACTATTAGTTGTAAAAGCCTGAACTATTTTTCCATCAAGGATTATTTTTCCAAGAAAAACCTCATGGAAAACTCTCAGCACTGCACTTCGAT
TCATGTATGATAACCAGGTAAACCGATGTGTGAATTAGGTGTTTAACCCTGAGGCAATTGAGTCAGTTGAGCATCTGACCTCCCAACTATGAGAGGACTCAAGTTGCATCATAAATGAACTTGTCCCTCGTTGTTTCATGGATGGGATTTTTACAGGC

Intron 4 GTGGGTGAAG ... ATGGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.05	105	2	28
A2	15.29	72	1	13
A3	22.41	90	0	26
A4	19.09	89	0	21
A5	17.78	37	0	8
A6	18.85	551	0	128
A7	20	520	0	130
A8	19.54	383	0	93
A9	19.84	489	1	121
A10	13.96	456	0	74

>TRINITY_DN39835_c1_g4_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

CATGGCAGAGCGAGAAAAACGGAATAATAAAAGCCAATGAGTGGTCCTGTGCGTGCCCTAAAAAGATGTCGGTCGCTTGGTATGAACCCCATGTGATCGATGCTTATTTATAAGACTAGGTTAAAGGCAATTAATTCCATCAAAGAGAAGAGACAGTAGCTTTTGGCATCATTCGTTCCAATCCTCTTATCACATTCTTT
CTTCGTAGGCGGGGTATTCTTCTTAGCTTTTTGGACGACGGGATTTCACTTTTATTGGGTTCCAGGGATTCTTTCTGCTCCCTTCTCTTATCCCATAAAACCCTCATTCTCTTCAACGGAGACCCTACCCTGACCTTCACATCTGTCTCTCTATCCTTTATTTGTGGTCTCAGTTCGGTACTCTGGGATTTTTGTTTCTG
TATTCGCTATCAAGTCGATTACTAGGTTTATTTTTGCAATCACCATGAGCTCGTCCACCGCTCACAAGGGCCAGGGCCTCAGCAAAATAGCTTCCAATAGGCTCCAGAAGGAACTTGTGGAATGGCAAGTGAACCCACCTGCTGGTTTCAAGCACAAACCCACTGACAATTTGCAGAGGTGGATAATTGAGCTCACAGGG
GCCCCTGGCACAATGTATGCCAATGAATCTTATCAGCTCCAAGTGGATTTCCCTGATCATTACCCCATGGAAGCTCCACAGGTTATTTTTCTCCCACAAGCGCCTATGCATCCTCATATTTACAGCAATGGTCACATATGTCTAGGTATGTATCCCGTTGCCGTAGAGTTAAATCATTGGTATTCTATCAGGTCTGTTAT
GATTTGTATTTATGTTTTTTTCTGGAATTAGATTTGAAATTTGAATGCATACTGTTTTCTTGTACTGATTTTGGCATGAAATTGCTATTCTTTTTGTTTATGTTTTTTCTTTAATGTATCTTGAGATCTATCTAGTCTATTCTAGCTCTTTTTAAAAATCAAAATCGCAAATGATTATGTAATTCTTACATTCTTCTTAT
TCAAGATGCATATTGCAATCCAATATTTCAGCAACAAGCATAAAGTGTCAGCAATGCACAATGAAAACTACTGATATATTGATGTCATGTAATGAAAATGATCTTCATAAAAAATGCTGATTGTAGAATTTATGGTCTTATTGTTTTAGTATTTAGAAGGCAATTTCAAACTTTCTACCATTCTCTATCCCAGGCTTTTG
TTTTGGTATACGCCATATTAATTGTTCCTTTCCAATTAATTGATGGAAGTCATGCCATGGAAGAATGAGCACTTTATTCTCAGCTATTTGAAACTAGTTGAATATTTCCATAACTTGCATTTTGTGATCAGCATGCAGTCAGACTCCCTGTAAGGGCTTGATTTTCTATTCTGGCAATGCGTAACCTTATTCTCCTTTTG
TTTTTTCAATTTTAGGTCACGGGTTTAGTGTTTTTTCCTGTAAATATATCTAGATTAAATTTGCTGTTGCTGCCAATTAACAAGGTAGCAATTCTGGTTCTCCTTTTCACTAGTTTTAAGCTTTAACCTTTTACTGGTATTGTTGAGCATATTTATAGCTTTAAAACTGGTTATGGGCATGACTCTATTTTGATGATGTG
CTAAGTTTGAAATAAAAAACGCTTTTTAAGATGGGCCTTATATGGTTGGCTTAGTCAGTTAAGCCTAGGTTGGCTGGCTTTGCATCCAATATAGAATATGCTTAAACAGGACTACTGGTAAATAAACAGTATGCTTAAGAATATTAAAATTATATACTTGTCAGGCTGTTACCTGGTTTTGCCTCCCGTGATATACCATT
AAATTTCTCCTTCTGAAAAAGAGACGATTGTCTACAAGTTGATTCATGGCCTGCTAGTAAGATGTGCTTTCTTATTCCATGAACACTATTGTAGATTTCTCAGATTGTTGATAGGCCTTGTAGAAAACATTTAATGAGGTGGAAGTAGGAATGACTGCTATGCCTTGTAGAAAACATTTAATGAGGTGGAAGTAGGAATG
ACTGCTAAAAGACAGTGACTGGCTGGCGATAATGTTATCCAATGGGCAATGTATGATTCTGAGTTTTCTCATTTATTGCTTGTATTGCATGTCTGAACAGATATTCTGTATGATTCCTGGTCGCCAGCTATGACAGTCAGCTCTGTCTGCATCAGCATTCTTTCAATGTTATCTAGCTCTACTGTGAAGGTTTTATTCTG
GTCCATATTTCTTTTCTTTGGAGGTGTTAGGTGATTTTTAGTTTTACAAGCTACTTTAAAGTTTTAAACCTATATATAGAAGCACTTGATTATCAGATTGTAATGCTTCACTGTCTGTAAAATGCAGCAAAGGCCGCCAGATAATGATCGATATGTCAAAAATTGTAGAAATGGTCGATCACCTAAAGAGACTCGCTGGT
GGTTCCATGATGACAAAGCATAGTTATAACTGCTTTGGTCGTGCTTGGTAGAAGGTCATCTGGATATATCACCATACATTGTAACTCCTTCCTCCTGAGTCACGAGATTTCTGAAACATTGCTGTGTTGCTCCGTGGCTTTTGTTTTGGAGCTTGTCATAGGCTGCATGTTCAGCTGTTTGTAAAGATGTTGTATTTGTG
CTTACTATTCCCAACGTTTTTATTGTCTACCACATGCAAATGAAAATTCACAAGGAGATCATTTGCAGGTGGAAGACCATTAGTTGTGGTTGATCAGTTTAATGAATGATCAAATAAATATTTAAGTTTGCAAAGTAATTGTTAAAATTGCAATCACTCTGAGCATCTGGAAGGTTAAAGGTCAGATTGCATTACATAAT
TTTGAAGGTCCAAAGTGGTAGGCACTGCAAGTGGCAAACTCTTTAATATGCTTGAAAGACCTAATAGTGATTGTTAAGTGGAATTCCCAAATTTCTATAGCTACATCAATTAAACAGGAAGTCTGGAATGGACTTTTAATGGTTTGTTGCGTATCCACATTTTGTGATCAAATTAAACATTTGAAAAAAAGATGCTCTGT
TTAAAATTTTAATAGTGGTTATGGTATTGTGTCTATTGGTACCTTTCATTTCCAGATCCAGCAAAGTATAG

>TRINITY_DN39835_c1_g4_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTCGTCCACCGCTCACAAGgtgggtgaagttatattttatgttataacttaatataagtttactgcatcatttttctgttctttttaactgaaacagcatggatgcagGGCCAGGGCCTCAGCAAAATAGCTTCCAATAGGCTCCAGAAGGAACTTGTGGAATGGCAAGTGAACCCACCTGCTGGTTTCAAGCACAAACC
CACTGACAATTTGCAGAGGTGGATAATTGAGCTCACAGGGGCCCCTGGCACAATGTATGCCAATGAATCTTATCAGCTCCAAGTGGATTTCCCTGATCATTACCCCATGGAAGCTCCACAGGTTATTTTTCTCCCACAAGCGCCTATGCATCCTCATATTTACAGCAATGGTCACATATGTCTAG

Intron 5 GTATGTATCC ... GTCTGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.4	83	38	9
A2	23.17	63	19	8
A3	24.8	94	31	7
A4	31.53	76	35	12
A5	22.22	35	10	6
A6	21.72	454	126	3
A7	24.15	471	150	15
A8	21.33	402	109	17
A9	24.09	457	145	12
A10	26.3	325	116	11

>TRINITY_DN39835_c1_g4_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

CATGGCAGAGCGAGAAAAACGGAATAATAAAAGCCAATGAGTGGTCCTGTGCGTGCCCTAAAAAGATGTCGGTCGCTTGGTATGAACCCCATGTGATCGATGCTTATTTATAAGACTAGGTTAAAGGCAATTAATTCCATCAAAGAGAAGAGACAGTAGCTTTTGGCATCATTCGTTCCAATCCTCTTATCACATTCTTT
CTTCGTAGGCGGGGTATTCTTCTTAGCTTTTTGGACGACGGGATTTCACTTTTATTGGGTTCCAGGGATTCTTTCTGCTCCCTTCTCTTATCCCATAAAACCCTCATTCTCTTCAACGGAGACCCTACCCTGACCTTCACATCTGTCTCTCTATCCTTTATTTGTGGTCTCAGTTCGGTACTCTGGGATTTTTGTTTCTG
TATTCGCTATCAAGTCGATTACTAGGTTTATTTTTGCAATCACCATGAGCTCGTCCACCGCTCACAAGGGCCAGGGCCTCAGCAAAATAGCTTCCAATAGGCTCCAGAAGGAACTTGTGGAATGGCAAGTGAACCCACCTGCTGGTTTCAAGCACAAACCCACTGACAATTTGCAGAGGTGGATAATTGAGCTCACAGGG
GCCCCTGGCACAATGTATGCCAATGAATCTTATCAGCTCCAAGTGGATTTCCCTGATCATTACCCCATGGAAGCTCCACAGGTTATTTTTCTCCCACAAGCGCCTATGCATCCTCATATTTACAGCAATGGTCACATATGTCTAGATATTCTGTATGATTCCTGGTCGCCAGCTATGACAGTCAGCTCTGTCTGCATCAG
CATTCTTTCAATGTTATCTAGCTCTACTGTGAAGCAAAGGCCGCCAGATAATGATCGATATGTCAAAAATTGTAGAAATGGTCGATCACCTAAAGAGACTCGCTGGTGGTTCCATGATGACAAAGCATAGTTATAACTGCTTTGGTCGTGCTTGGTAGAAGGTCATCTGGATATATCACCATACATTGTAACTCCTTCCT
CCTGAGTCACGAGATTTCTGAAACATTGCTGTGTTGCTCCGTGGCTTTTGTTTTGGAGCTTGTCATAGGCTGCATGTTCAGCTGTTTGTAAAGATGTTGTATTTGTGCTTACTATTCCCAACGTTTTTATTGTCTACCACATGCAAATGAAAATTCACAAGGAGATCATTTGCAGGTGGAAGACCATTAGTTGTGGTTGA
TCAGTTTAATGAATGATCAAATAAATATTTAAGTTTGCAAAGTAATTGTTAAAATTGCAATCACTCTGAGCATCTGGAAGGTTAAAGGTCAGATTGCATTACATAATTTTGAAGGTCCAAAGTGGTAGGCACTGCAAGTGGCAAACTCTTTAATATGCTTGAAAGACCTAATAGTGATTGTTAAGTGGAATTCCCAAATT
TCTATAGCTACATCAATTAAACAGGAAGTCTGGAATGGACTTTTAATGGTTTGTTGCGTATCCACATTTTGTGATCAAATTAAACATTTGAAAAAAAGATGCTCTGTTTAAAATTTTAATAGTGGTTATGGTATTGTGTCTATTGGTACCTTTCATTTCCAGATCCAGCAAAGTATAG

>TRINITY_DN39835_c1_g4_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CATGGCAGAGCGAGAAAAACGGAATAATAAAAGCCAATGAGTGGTCCTGTGCGTGCCCTAAAAAGATGTCGGTCGCTTGGTATGAACCCCATGTGATCGATGCTTATTTATAAGACTAGGTTAAAGGCAATTAATTCCATCAAAGAGAAGAGACAGTAGCTTTTGGCATCATTCGTTCCAATCCTCTTATCACATTCTTT
CTTCGTAGGCGGGGTATTCTTCTTAGCTTTTTGGACGACGGGATTTCACTTTTATTGGGTTCCAGGGATTCTTTCTGCTCCCTTCTCTTATCCCATAAAACCCTCATTCTCTTCAACGGAGACCCTACCCTGACCTTCACATCTGTCTCTCTATCCTTTATTTGTGGTCTCAGTTCGGTACTCTGGGATTTTTGTTTCTG
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