sp|O48845|CYB5B_ARATH ----> Cytochrome b5 isoform B

Intron 1 GTAGGTCGAA ... GTGACATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.53	332	80.6	98.3
A2	19.81	271.2	67	76.9
A3	25.7	384.4	132.9	99.2
A4	23.7	283	87.9	81
A5	22.85	175.6	52	50.1
A6	20.99	2168.4	576	506.4
A7	21.5	2062.2	564.8	514.7
A8	21.05	1765.6	470.6	490.8
A9	22.43	2223.6	643	584.2
A10	23.09	1795.8	538.9	434.7

>TRINITY_DN113572_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

ATACACCAGCGTCTTGAATGTGGTATGGGTGGAACTTTGACCATTACCTTGAAAGTGTTACATGGACACGAGGGTGGAGCTTTGACCATTATTTTTTTTGACAAACAGAACCCTTTACTCCTAAATATTTGGCCGAATTGTTAGGTGTGGGCAAATGTGATTAAATATATAAATTAGTGAGGAAGATTTGCCCGAACTGT
TAGGTGCAGGCATGGTTGATTACATCTATAACAACAGGAGCAGGGTTTGTTGAATATGGCCAGGCTTTGAATAGAGGGTTTCACCATCCAACCTACCCCTTACCCCACCATCCACTCTTCTCTTTAAATCAAACTAAACTCTCTACCTGCCCTAGTTCCCCCACTCCCTGCTTTCACACATCAATCTGTTCAGTCTGGTC
CACAGATTTAGGGCTCTATTTTTTAAACTTCCAATCACAGGGTAAGCTGCAAGATGGGTTCTGATGCCAAGGTCTATTCGCTTGCCGAGGTCTCTGAGCACAATTACAACAAGGACTGCTGGCTTGTTATTGGTGGGAAGGTGTATGATGTAACCAATTTTTTGGAAGAACACCCAGGAGGAGATGAAGTGCTGTTATCA
GCAACCGGCAAAGATGCAACAGATGATTTTGAAGATGTCGGCCACAGTAACAGTGCGAGAGAGATGATGGACCAGTACTACATTGGAGAAATAGACCCTTCAACATTTCCTAAGAAGGCAACATACAAACCTGCTAAACAGGCACATTACGATCAGGACAAAACCTCTGAATTTATTATCAGAATTTTGCAGTTTTTGGT
TCCATTGGCAATTCTTGGATTAGCTGTTGCAGTTCGCTTCTACACCAAAACAAGCTGAGGATCGAGATTCTAAGTAGAATCAGGTTCAGAATAATTCTCTTTGTAGCTGTATCATTTATATTGTCTGGCTCTGTGGCTTGTCAGGGCAGTCTAGAAACAATATCAGGCCAGTTATAATAGTTTGATTGAGAAGGCCAAGG
GAGTGAAATAGAAAGGCAGAAATAGGTAGTCAGTTTATAATAATGAGTGTTGGGTGAAGATTTTTTGCAAATTTTAATAACAGACCGAGTGAAGCCTCATCTCCAAGAGATGTCACAAGTGTCTTTTTTCTAACTGTTTTTACTTGTGTATTCAATTTGTTCCAGTTTATTTTCTCTTGCACACAGTAGCCTAATATGTT
TTCTTTTGTGTATTGCTTCTGATTTTAAGTGCAATTTTATTCACCATGAAAAAACTGAAACAATTATTTAAAATGCCAATGTAATGCTCCTTTGAAAAAATAGCACTTCAAAGTTTAACTAAGCTGGATGATTGATA

>TRINITY_DN113572_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATACACCAGCGTCTTGAATGTGGTATGGGTGGAACTTTGACCATTACCTTGAAAGTGTTACATGGACACGAGGGTGGAGCTTTGACCATTATTTTTTTTGACAAACAGAACCCTTTACTCCTAAATATTTGGCCGAATTGTTAGGTGTGGGCAAATGTGATTAAATATATAAATTAGTGAGGAAGATTTGCCCGAACTGT
TAGGTGCAGGCATGGTTGATTACATCTATAACAACAGGAGCAGGGTTTGTTGAATATGGCCAGGCTTTGAATAGAGGGTTTCACCATCCAACCTACCCCTTACCCCACCATCCACTCTTCTCTTTAAATCAAACTAAACTCTCTACCTGCCCTAGTTCCCCCACTCCCTGCTTTCACACATCAATCTGTTCAGTCTGGTC
CACAGATTTAGGGCTCTATTTTTTAAACTTCCAATCACAGgtaggccgaagtaggtgcttggaattcctgcctgtttcggaattcagtgtgctacctaactcattccacagtctgcttttgaaataatttaggtggctcagtctcaagaacacactagttacccaccgttttcacagttttcgtgcgtgattttaattga
tctgagccttggaaggcacttgctgtgttggttttaacatttggctgtgcaaggagattttatctttgattgattttattgttctttggtgacattagGGTAAGCTGCAAGATGGGTTCTGATGCCAAGGTCTATTCGCTTGCCGAGGTCTCTGAGCACAATTACAACAAGGACTGCTGGCTTGTTATTGGTGGGAAGGT
GTATGATGTAACCAATTTTTTGGAAGAACACCCAGGAGGAGATGAAGTGCTGTTATCAGCAACCGGCAAAGATGCAACAGATGATTTTGAAGATGTCGGCCACAGTAACAGTGCGAGAGAGATGATGGACCAGTACTACATTGGAGAAATAGACCCTTCAACATTTCCTAAGAAGGCAACATACAAACCTGCTAAACAGG
CACATTACGATCAGGACAAAACCTCTGAATTTATTATCAGAATTTTGCAGTTTTTGGTTCCATTGGCAATTCTTGGATTAGCTGTTGCAGTTCGCTTCTACACCAAAACAAGCTGAGGATCGAGATTCTAAGTAGAATCAGGTTCAGAATAATTCTCTTTGTAGCTGTATCATTTATATTGTCTGGCTCTGTGGCTTGTC
AGGGCAGTCTAGAAACAATATCAGGCCAGTTATAATAGTTTGATTGAGAAGGCCAAGGGAGTGAAATAGAAAGGCAGAAATAGGTAGTCAGTTTATAATAATGAGTGTTGGGTGAAGATTTTTTGCAAATTTTAATAACAGACCGAGTGAAGCCTCATCTCCAAGAGATGTCACAAGTGTCTTTTTTCTAACTGTTTTTA
CTTGTGTATTCAATTTGTTCCAGTTTATTTTCTCTTGCACACAGTAGCCTAATATGTTTTCTTTTGTGTATTGCTTCTGATTTTAAGTGCAATTTTATTCACCATGAAAAAACTGAAACAATTATTTAAAATGCCAATGTAATGCTCCTTTGAAAAAATAGCACTTCAAAGTTTAACTAAGCTGGATGATTGATA

Intron 2 GTGTGCTACC ... GTGACATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.68	81	20	106
A2	54.09	73	32	86
A3	55.38	87	39	108
A4	52.69	79	21	88
A5	52.88	49	22	55
A6	52.76	497	183	555
A7	51.98	521	187	564
A8	51.34	508	170	536
A9	52.05	586	172	636
A10	51.62	448	150	478

>TRINITY_DN45409_c2_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

ATACACCAGCGTCTTGAATGTGGTATGGGTGGAACTTTGACCATTACCTTGAAAGTGTTACATGGACACGAGGGTGGAGCTTTGACCATTATTTTTTTTGACAAACAGAACCCTTTACTCCTAAATATTTGGCCGAATTGTTAGGTGTGGGCAAATGTGATTAAATATATAAATTAGTGAGGAAGATTTGCCCGAACTGT
TAGGTGCAGGCATGGTTGATTACATCTATAACAACAGGAGCAGGGTTTGTTGAATATGGCCAGGCTTTGAATAGAGGGTTTCACCATCCAACCTACCCCTTACCCCACCATCCACTCTTCTCTTTAAATCAAACTAAACTCTCTACCTGCCCTAGTTCCCCCACTCCCTGCTTTCACACATCAATCTGTTCAGTCTGGTC
CACAGATTTAGGGCTCTATTTTTTAAACTTCCAATCACAGGTAGGCCGAAGTAGGTGCTTGGAATTCCTGCCTGTTTCGGAATTCAGGTAAGCTGCAAGATGGGTTCTGATGCCAAGGTCTATTCGCTTGCCGAGGTCTCTGAGCACAATTACAACAAGGACTGCTGGCTTGTTATTGGTGGGAAGGTGTATGATGTAAC
CAATTTTTTGGAAGAACACCCAGGAGGAGATGAAGTGCTGTTATCAGCAACCGGCAAAGATGCAACAGATGATTTTGAAGATGTCGGCCACAGTAACAGTGCGAGAGAGATGATGGACCAGTACTACATTGGAGAAATAGACCCTTCAACATTTCCTAAGAAGGCAACATACAAACCTGCTAAACAGGCACATTACGATC
AGGACAAAACCTCTGAATTTATTATCAGAATTTTGCAGTTTTTGGTTCCATTGGCAATTCTTGGATTAGCTGTTGCAGTTCGCTTCTACACCAAAACAAGCTGAGGATCGAGATTCTAAGTAGAATCAGGTTCAGAATAATTCTCTTTGTAGCTGTATCATTTATATTGTCTGGCTCTGTGGCTTGTCAGGGCAGTCTAG
AAACAATATCAGGCCAGTTATAATAGTTTGATTGAGAAGGCCAAGGGAGTGAAATAGAAAGGCAGAAATAGGTAGTCAGTTTATAATAATGAGTGTTGGGTGAAGATTTTTTGCAAATTTTAATAACAGACCGAGTGAAGCCTCATCTCCAAGAGATGTCACAAGTGTCTTTTTTCTAACTGTTTTTACTTGTGTATTCA
ATTTGTTCCAGTTTATTTTCTCTTGCACACAGTAGCCTAATATGTTTTCTTTTGTGTATTGCTTCTGATTTTAAGTGCAATTTTATTCACCATGAAAAAACTGAAACAATTATTTAAAATGCCAATGTAATGCTCCTTTGAAAAAATAGCACTTCAAAGTTTAACTAAGCTGGATGATTGATATTTGAAGTATGCAACAG
ATTGAAAGGTTGACCGTGT

>TRINITY_DN45409_c2_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATACACCAGCGTCTTGAATGTGGTATGGGTGGAACTTTGACCATTACCTTGAAAGTGTTACATGGACACGAGGGTGGAGCTTTGACCATTATTTTTTTTGACAAACAGAACCCTTTACTCCTAAATATTTGGCCGAATTGTTAGGTGTGGGCAAATGTGATTAAATATATAAATTAGTGAGGAAGATTTGCCCGAACTGT
TAGGTGCAGGCATGGTTGATTACATCTATAACAACAGGAGCAGGGTTTGTTGAATATGGCCAGGCTTTGAATAGAGGGTTTCACCATCCAACCTACCCCTTACCCCACCATCCACTCTTCTCTTTAAATCAAACTAAACTCTCTACCTGCCCTAGTTCCCCCACTCCCTGCTTTCACACATCAATCTGTTCAGTCTGGTC
CACAGATTTAGGGCTCTATTTTTTAAACTTCCAATCACAGGTAGGCCGAAGTAGGTGCTTGGAATTCCTGCCTGTTTCGGAATTCAgtgtgctacctaactcattccacagtctgcttttgaaataatttaggtggctcagtctcaagaacacactagttacccaccgttttcacagttttcgtgcgtgattttaattga
tctgagccttggaaggcacttgctgtgttggttttaacatttggctgtgcaaggagattttatctttgattgattttattgttctttggtgacattagGGTAAGCTGCAAGATGGGTTCTGATGCCAAGGTCTATTCGCTTGCCGAGGTCTCTGAGCACAATTACAACAAGGACTGCTGGCTTGTTATTGGTGGGAAGGT
GTATGATGTAACCAATTTTTTGGAAGAACACCCAGGAGGAGATGAAGTGCTGTTATCAGCAACCGGCAAAGATGCAACAGATGATTTTGAAGATGTCGGCCACAGTAACAGTGCGAGAGAGATGATGGACCAGTACTACATTGGAGAAATAGACCCTTCAACATTTCCTAAGAAGGCAACATACAAACCTGCTAAACAGG
CACATTACGATCAGGACAAAACCTCTGAATTTATTATCAGAATTTTGCAGTTTTTGGTTCCATTGGCAATTCTTGGATTAGCTGTTGCAGTTCGCTTCTACACCAAAACAAGCTGAGGATCGAGATTCTAAGTAGAATCAGGTTCAGAATAATTCTCTTTGTAGCTGTATCATTTATATTGTCTGGCTCTGTGGCTTGTC
AGGGCAGTCTAGAAACAATATCAGGCCAGTTATAATAGTTTGATTGAGAAGGCCAAGGGAGTGAAATAGAAAGGCAGAAATAGGTAGTCAGTTTATAATAATGAGTGTTGGGTGAAGATTTTTTGCAAATTTTAATAACAGACCGAGTGAAGCCTCATCTCCAAGAGATGTCACAAGTGTCTTTTTTCTAACTGTTTTTA
CTTGTGTATTCAATTTGTTCCAGTTTATTTTCTCTTGCACACAGTAGCCTAATATGTTTTCTTTTGTGTATTGCTTCTGATTTTAAGTGCAATTTTATTCACCATGAAAAAACTGAAACAATTATTTAAAATGCCAATGTAATGCTCCTTTGAAAAAATAGCACTTCAAAGTTTAACTAAGCTGGATGATTGATATTTGA
AGTATGCAACAGATTGAAAGGTTGACCGTGT

Intron 3 GTGCGTGATT ... GTGACATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.63	95.9	25	96.3
A2	42.47	96	26	75.3
A3	45.36	111.6	27	97.3
A4	45.98	88.6	19	79.4
A5	44.58	57.3	11	49
A6	42.8	615.4	124	494.4
A7	43.97	594.5	107.1	502.5
A8	43.28	584.8	98	479.1
A9	43.73	684.9	126	570.5
A10	43.41	513.8	70	424.4

>TRINITY_DN113572_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

ATACACCAGCGTCTTGAATGTGGTATGGGTGGAACTTTGACCATTACCTTGAAAGTGTTACATGGACACGAGGGTGGAGCTTTGACCATTATTTTTTTTGACAAACAGAACCCTTTACTCCTAAATATTTGGCCGAATTGTTAGGTGTGGGCAAATGTGATTAAATATATAAATTAGTGAGGAAGATTTGCCCGAACTGT
TAGGTGCAGGCATGGTTGATTACATCTATAACAACAGGAGCAGGGTTTGTTGAATATGGCCAGGCTTTGAATAGAGGGTTTCACCATCCAACCTACCCCTTACCCCACCATCCACTCTTCTCTTTAAATCAAACTAAACTCTCTACCTGCCCTAGTTCCCCCACTCCCTGCTTTCACACATCAATCTGTTCAGTCTGGTC
CACAGATTTAGGGCTCTATTTTTTAAACTTCCAATCACAGGTAGGCCGAAGTAGGTGCTTGGAATTCCTGCCTGTTTCGGAATTCAGTGTGCTACCTAACTCATTCCACAGTCTGCTTTTGAAATAATTTAGGTGGCTCAGTCTCAAGAACACACTAGTTACCCACCGTTTTCACAGTTTTCGGTAAGCTGCAAGATGGG
TTCTGATGCCAAGGTCTATTCGCTTGCCGAGGTCTCTGAGCACAATTACAACAAGGACTGCTGGCTTGTTATTGGTGGGAAGGTGTATGATGTAACCAATTTTTTGGAAGAACACCCAGGAGGAGATGAAGTGCTGTTATCAGCAACCGGCAAAGATGCAACAGATGATTTTGAAGATGTCGGCCACAGTAACAGTGCGA
GAGAGATGATGGACCAGTACTACATTGGAGAAATAGACCCTTCAACATTTCCTAAGAAGGCAACATACAAACCTGCTAAACAGGCACATTACGATCAGGACAAAACCTCTGAATTTATTATCAGAATTTTGCAGTTTTTGGTTCCATTGGCAATTCTTGGATTAGCTGTTGCAGTTCGCTTCTACACCAAAACAAGCTGA
GGATCGAGATTCTAAGTAGAATCAGGTTCAGAATAATTCTCTTTGTAGCTGTATCATTTATATTGTCTGGCTCTGTGGCTTGTCAGGGCAGTCTAGAAACAATATCAGGCCAGTTATAATAGTTTGATTGAGAAGGCCAAGGGAGTGAAATAGAAAGGCAGAAATAGGTAGTCAGTTTATAATAATGAGTGTTGGGTGAA
GATTTTTTGCAAATTTTAATAACAGACCGAGTGAAGCCTCATCTCCAAGAGATGTCACAAGTGTCTTTTTTCTAACTGTTTTTACTTGTGTATTCAATTTGTTCCAGTTTATTTTCTCTTGCACACAGTAGCCTAATATGTTTTCTTTTGTGTATTGCTTCTGATTTTAAGTGCAATTTTATTCACCATGAAAAAACTGA
AACAATTATTTAAAATGCCAATGTAATGCTCCTTTGAAAAAATAGCACTTCAAAGTTTAACTAAGCTGGATGATTGATA

>TRINITY_DN113572_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATACACCAGCGTCTTGAATGTGGTATGGGTGGAACTTTGACCATTACCTTGAAAGTGTTACATGGACACGAGGGTGGAGCTTTGACCATTATTTTTTTTGACAAACAGAACCCTTTACTCCTAAATATTTGGCCGAATTGTTAGGTGTGGGCAAATGTGATTAAATATATAAATTAGTGAGGAAGATTTGCCCGAACTGT
TAGGTGCAGGCATGGTTGATTACATCTATAACAACAGGAGCAGGGTTTGTTGAATATGGCCAGGCTTTGAATAGAGGGTTTCACCATCCAACCTACCCCTTACCCCACCATCCACTCTTCTCTTTAAATCAAACTAAACTCTCTACCTGCCCTAGTTCCCCCACTCCCTGCTTTCACACATCAATCTGTTCAGTCTGGTC
CACAGATTTAGGGCTCTATTTTTTAAACTTCCAATCACAGGTAGGCCGAAGTAGGTGCTTGGAATTCCTGCCTGTTTCGGAATTCAGTGTGCTACCTAACTCATTCCACAGTCTGCTTTTGAAATAATTTAGGTGGCTCAGTCTCAAGAACACACTAGTTACCCACCGTTTTCACAGTTTTCgtgcgtgattttaattga
tctgagccttggaaggcacttgctgtgttggttttaacatttggctgtgcaaggagattttatctttgattgattttattgttctttggtgacattagGGTAAGCTGCAAGATGGGTTCTGATGCCAAGGTCTATTCGCTTGCCGAGGTCTCTGAGCACAATTACAACAAGGACTGCTGGCTTGTTATTGGTGGGAAGGT
GTATGATGTAACCAATTTTTTGGAAGAACACCCAGGAGGAGATGAAGTGCTGTTATCAGCAACCGGCAAAGATGCAACAGATGATTTTGAAGATGTCGGCCACAGTAACAGTGCGAGAGAGATGATGGACCAGTACTACATTGGAGAAATAGACCCTTCAACATTTCCTAAGAAGGCAACATACAAACCTGCTAAACAGG
CACATTACGATCAGGACAAAACCTCTGAATTTATTATCAGAATTTTGCAGTTTTTGGTTCCATTGGCAATTCTTGGATTAGCTGTTGCAGTTCGCTTCTACACCAAAACAAGCTGAGGATCGAGATTCTAAGTAGAATCAGGTTCAGAATAATTCTCTTTGTAGCTGTATCATTTATATTGTCTGGCTCTGTGGCTTGTC
AGGGCAGTCTAGAAACAATATCAGGCCAGTTATAATAGTTTGATTGAGAAGGCCAAGGGAGTGAAATAGAAAGGCAGAAATAGGTAGTCAGTTTATAATAATGAGTGTTGGGTGAAGATTTTTTGCAAATTTTAATAACAGACCGAGTGAAGCCTCATCTCCAAGAGATGTCACAAGTGTCTTTTTTCTAACTGTTTTTA
CTTGTGTATTCAATTTGTTCCAGTTTATTTTCTCTTGCACACAGTAGCCTAATATGTTTTCTTTTGTGTATTGCTTCTGATTTTAAGTGCAATTTTATTCACCATGAAAAAACTGAAACAATTATTTAAAATGCCAATGTAATGCTCCTTTGAAAAAATAGCACTTCAAAGTTTAACTAAGCTGGATGATTGATA

Intron 4 GTATGGGTGG ... CCAATCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.52	101.9	0.8	332
A2	75.59	87.4	5.5	270.6
A3	78.01	108.3	2	384
A4	75.09	93.9	4.5	282.9
A5	75.41	57.3	3.6	175.5
A6	79.39	562.8	2.9	2167.1
A7	76.89	619.3	5.9	2060
A8	75.55	571.3	2.8	1764.9
A9	75.78	710.1	5.5	2222.3
A10	75.77	574	4	1794.5

>TRINITY_DN106280_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

ATAAAATATTTCCGCAAAGTTTATGTCAAAGTTATCCATAGAAGAGGGATCCTTCAGCTACTCCAAAAGTCCCCAATATCAAAACACGTTTGGGCGGCCTGTCAAGAACCTATACACCAGCGTCTTGAATGTGGGTAAGCTGCAAGATGGGTTCTGATGCCAAGGTCTATTCGCTTGCCGAGGTCTCTGAGCACAATTAC
AGCAAGGACTGCTGGCTTGTTATTGGTGGGAAGGTGTATGATGTAACCAATTTTTTGGAAGAACACCCAGGAGGAGATGAAGTGCTGTTATCAGCAACCGGCAAAGATGCAACAGATGATTTTGAAGATGTCGGCCACAGTAACAGTGCGAGAGAGATGATGGACCAGTACTACATTGGAGAAATAGACCCTTCAACATT
TCCTAAGAAGGCAACATACAAACCTGCTAAACAGGCACATTACGATCAGGACAAAACCTCTGAATTTATTATCAGAATTTTGCAGTTTTTGGTTCCATTGGCAATTCTTGGATTAGCTGTTGCAGTTCGCTTCTACACCAAAACAAGCTGAGGATCGAGATTCTAAGTAGAATCAGGTTCAGAATAATTCTCTTTGTAGC
TGTATCATTTATATTGTCTGGCTCTGTGGCTTGTCAGGGCAGTCTAGAAACAATATCAGGCCAGTTATAATAGTTTGATTGAGAAGGCCAAGGGAGTGAAATAGAAAGGCAGAAATAGGTAGTCAGTTTATAATAATGAGTGTTGGGTGAAGATTTTTTGCAAATTTTAATAACAGACCGAGTGAAGCCTCATCTCCAAG
AGATGTCACAAGTGTCTTTTTTCTAACTGTTTTTACTTGTGTATTCAATTTGTTCCAGTTTATTTTCTCTTGCACACAGTAGCCC

>TRINITY_DN106280_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATAAAATATTTCCGCAAAGTTTATGTCAAAGTTATCCATAGAAGAGGGATCCTTCAGCTACTCCAAAAGTCCCCAATATCAAAACACGTTTGGGCGGCCTGTCAAGAACCTATACACCAGCGTCTTGAATGTGgtatgggtggaactttgaccattaccttgaaagtgttacatggacacgagggtggagctttgaccat
tattttttttgacaaacagaaccctttactcctaaatatttggccgaattgttaggtgtgggcaaatgtgattaaatatataaattagtgaggaagatttgcccgaactgttaggtgcaggcatggttgattacatctataacaacaggagcagggtttgttgaatatggccaggctttgaatagagggtttcaccatcc
aacctaccccttaccccaccatccactcttctctttaaatcaaactaaactctctacctgccctagttcccccactccctgctttcacacatcaatctgttcagtctggtccacagatttagggctctattttttaaacttccaatcacagGGTAAGCTGCAAGATGGGTTCTGATGCCAAGGTCTATTCGCTTGCCGAG
GTCTCTGAGCACAATTACAGCAAGGACTGCTGGCTTGTTATTGGTGGGAAGGTGTATGATGTAACCAATTTTTTGGAAGAACACCCAGGAGGAGATGAAGTGCTGTTATCAGCAACCGGCAAAGATGCAACAGATGATTTTGAAGATGTCGGCCACAGTAACAGTGCGAGAGAGATGATGGACCAGTACTACATTGGAGA
AATAGACCCTTCAACATTTCCTAAGAAGGCAACATACAAACCTGCTAAACAGGCACATTACGATCAGGACAAAACCTCTGAATTTATTATCAGAATTTTGCAGTTTTTGGTTCCATTGGCAATTCTTGGATTAGCTGTTGCAGTTCGCTTCTACACCAAAACAAGCTGAGGATCGAGATTCTAAGTAGAATCAGGTTCAG
AATAATTCTCTTTGTAGCTGTATCATTTATATTGTCTGGCTCTGTGGCTTGTCAGGGCAGTCTAGAAACAATATCAGGCCAGTTATAATAGTTTGATTGAGAAGGCCAAGGGAGTGAAATAGAAAGGCAGAAATAGGTAGTCAGTTTATAATAATGAGTGTTGGGTGAAGATTTTTTGCAAATTTTAATAACAGACCGAG
TGAAGCCTCATCTCCAAGAGATGTCACAAGTGTCTTTTTTCTAACTGTTTTTACTTGTGTATTCAATTTGTTCCAGTTTATTTTCTCTTGCACACAGTAGCCC

Intron 5 GTATGGGTGG ... GTGACATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.77	102.4	0.8	90.4
A2	41.73	87	5.2	68.8
A3	43.7	108.6	2	90.8
A4	42.31	94	4.8	74.2
A5	42	57	3.4	45.4
A6	41.99	563.4	3	458
A7	40.18	621.2	5.6	465.6
A8	41	572.4	3	445
A9	40.17	712.6	5.6	531.2
A10	38.06	575.4	3.8	392.2

>TRINITY_DN106280_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

ATAAAATATTTCCGCAAAGTTTATGTCAAAGTTATCCATAGAAGAGGGATCCTTCAGCTACTCCAAAAGTCCCCAATATCAAAACACGTTTGGGCGGCCTGTCAAGAACCTATACACCAGCGTCTTGAATGTGGGTAAGCTGCAAGATGGGTTCTGATGCCAAGGTCTATTCGCTTGCCGAGGTCTCTGAGCACAATTAC
AGCAAGGACTGCTGGCTTGTTATTGGTGGGAAGGTGTATGATGTAACCAATTTTTTGGAAGAACACCCAGGAGGAGATGAAGTGCTGTTATCAGCAACCGGCAAAGATGCAACAGATGATTTTGAAGATGTCGGCCACAGTAACAGTGCGAGAGAGATGATGGACCAGTACTACATTGGAGAAATAGACCCTTCAACATT
TCCTAAGAAGGCAACATACAAACCTGCTAAACAGGCACATTACGATCAGGACAAAACCTCTGAATTTATTATCAGAATTTTGCAGTTTTTGGTTCCATTGGCAATTCTTGGATTAGCTGTTGCAGTTCGCTTCTACACCAAAACAAGCTGAGGATCGAGATTCTAAGTAGAATCAGGTTCAGAATAATTCTCTTTGTAGC
TGTATCATTTATATTGTCTGGCTCTGTGGCTTGTCAGGGCAGTCTAGAAACAATATCAGGCCAGTTATAATAGTTTGATTGAGAAGGCCAAGGGAGTGAAATAGAAAGGCAGAAATAGGTAGTCAGTTTATAATAATGAGTGTTGGGTGAAGATTTTTTGCAAATTTTAATAACAGACCGAGTGAAGCCTCATCTCCAAG
AGATGTCACAAGTGTCTTTTTTCTAACTGTTTTTACTTGTGTATTCAATTTGTTCCAGTTTATTTTCTCTTGCACACAGTAGCCC

>TRINITY_DN106280_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATAAAATATTTCCGCAAAGTTTATGTCAAAGTTATCCATAGAAGAGGGATCCTTCAGCTACTCCAAAAGTCCCCAATATCAAAACACGTTTGGGCGGCCTGTCAAGAACCTATACACCAGCGTCTTGAATGTGgtatgggtggaactttgaccattaccttgaaagtgttacatggacacgagggtggagctttgaccat
tattttttttgacaaacagaaccctttactcctaaatatttggccgaattgttaggtgtgggcaaatgtgattaaatatataaattagtgaggaagatttgcccgaactgttaggtgcaggcatggttgattacatctataacaacaggagcagggtttgttgaatatggccaggctttgaatagagggtttcaccatcc
aacctaccccttaccccaccatccactcttctctttaaatcaaactaaactctctacctgccctagttcccccactccctgctttcacacatcaatctgttcagtctggtccacagatttagggctctattttttaaacttccaatcacaggtaggccgaagtaggtgcttggaattcctgcctgtttcggaattcagtg
tgctacctaactcattccacagtctgcttttgaaataatttaggtggctcagtctcaagaacacactagttacccaccgttttcacagttttcgtgcgtgattttaattgatctgagccttggaaggcacttgctgtgttggttttaacatttggctgtgcaaggagattttatctttgattgattttattgttctttgg
tgacattagGGTAAGCTGCAAGATGGGTTCTGATGCCAAGGTCTATTCGCTTGCCGAGGTCTCTGAGCACAATTACAGCAAGGACTGCTGGCTTGTTATTGGTGGGAAGGTGTATGATGTAACCAATTTTTTGGAAGAACACCCAGGAGGAGATGAAGTGCTGTTATCAGCAACCGGCAAAGATGCAACAGATGATTTTG
AAGATGTCGGCCACAGTAACAGTGCGAGAGAGATGATGGACCAGTACTACATTGGAGAAATAGACCCTTCAACATTTCCTAAGAAGGCAACATACAAACCTGCTAAACAGGCACATTACGATCAGGACAAAACCTCTGAATTTATTATCAGAATTTTGCAGTTTTTGGTTCCATTGGCAATTCTTGGATTAGCTGTTGCA
GTTCGCTTCTACACCAAAACAAGCTGAGGATCGAGATTCTAAGTAGAATCAGGTTCAGAATAATTCTCTTTGTAGCTGTATCATTTATATTGTCTGGCTCTGTGGCTTGTCAGGGCAGTCTAGAAACAATATCAGGCCAGTTATAATAGTTTGATTGAGAAGGCCAAGGGAGTGAAATAGAAAGGCAGAAATAGGTAGTC
AGTTTATAATAATGAGTGTTGGGTGAAGATTTTTTGCAAATTTTAATAACAGACCGAGTGAAGCCTCATCTCCAAGAGATGTCACAAGTGTCTTTTTTCTAACTGTTTTTACTTGTGTATTCAATTTGTTCCAGTTTATTTTCTCTTGCACACAGTAGCCC

Intron 6 GTATGGGTGG ... CCAATCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.5	102	1	332
A2	75.62	88	7	273
A3	77.94	109	2	385
A4	75.07	94	6	283
A5	75.43	57	4	175
A6	79.43	561	4	2166
A7	76.76	624	8	2061
A8	75.56	572	4	1768
A9	75.61	717	6	2223
A10	75.6	579	4	1794

>TRINITY_DN38655_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

CGCAAAGTTTATGTCAAAGTTATCCATAGAAGAGGGATCCTTCAGCTACTCCAAAAGTCCCCAATATCAAAACACGTTTGGGCGGCCTGTCAAGAACCTATACACCAGCGTCTTGAATGTGGGTAAGCTGCAAGATGGGTTCTGATGCCAAGGTCTATTCGCTTGCCGAGGTCTCTGAGCACAATTACAGCAAGGACTGC
TGGCTTGTTATTGGTGGGAAGGTGTATGATGTAACCAATTTTTTGGAAGAACACCCAGGAGGAGATGAAGTGCTGTTATCAGCAACCGGCAAAGATGCAACAGATGATTTTGAAGATGTCGGCCACAGTAACAGTGCGAGAGAGATGATGGACCAGTACTACATTGGAGAAATAGACCCTTCAACATTTCCTAAGAAGGC
AACATACAAACCTGCTAAACAGGCACATTACGATCAGGACAAAACCTCTGAATTTATTATCAGAATTTTGCAGTTTTTGGTTCCATTGGCAATTCTTGGATTAGCTGTTGCAGTTCGCTTCTACACCAAAACAAGCTGAGGATCGAGATTCTAAGTAGAATCAGGTTCAGAATAATTCTCTTTGTAGCTGTATCATTTAT
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>TRINITY_DN38655_c0_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CGCAAAGTTTATGTCAAAGTTATCCATAGAAGAGGGATCCTTCAGCTACTCCAAAAGTCCCCAATATCAAAACACGTTTGGGCGGCCTGTCAAGAACCTATACACCAGCGTCTTGAATGTGgtatgggtggaactttgaccattaccttgaaagtgttacatggacacgagggtggagctttgaccattattttttttga
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