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Intron 1 GTGATCCTTG ... AATATAATAG

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>TRINITY_DN118108_c2_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform
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AACAGCAAATGCATTACAACCAGGGAAAATTCTTTCGGGTGTGTTCATCAAGGCATAAATTATACTTTCAATCATGGTGGAAGTGGGCAGAGTTCTTCATTACCCTTCATTGGCCAATAGAGCGTTCTGCCAGCCTTCTTATAAGATTTTGGGATTCTTTTTTGCTGGAATCGTCCTAAATCAGTTTGGCTTGATTAGAA
ACATAACAGATATCAAGGTCGTGTCAGAGTGGGGAATTCTTTTTCTGCTATTTGAAATGGGTTTGGAGCTGTCCCTTGCACGACTAAAAGGACTAGCCAAGTTTGCATTTGGAATGGGTTTGTCCCAGGTCATATTATCTACTTTGGCATTCACAGCATTCGAACTTCCACCAAATGGAGCTATTGGGACAAAAATTCTG
CAATTCTTGTTCCATTCAGGACCTGATTTGGTGAACATAAGAAGTATTGATGAAGCTGTGGTGATTGGAGCTGCTCTATCTCTGTCTTCTTCAGCATTTGTCCTCCAGTTGCTTGCAGAGAAGGGTGAACTACCAACTCGATTTGGGTCAGCAACACTTGGGATCCTTCTACTCCAGGATATTGCTGTTGTGCCACTATT
GGTCATTCTTCCAGTGCTAGAGAGTCAGAATCTTGGAGAAGAAAGTCTTTGGCCAATGTTACTTGCAGAGAGCTTGAAGGCACTTGGTGGACTATGTTTGCTGTCATTTGGAGGAAAGTTTCTGTTGCGACGCATCTTTGAGGTTGTTGCAGATTCCAGAAGTTCAGAAGCTTTTATTGCACTCTGCCTTCTAACAGTGA
CAGGCACCTCACTTCTGACACAGAAATTGGGTTTTAGTGACACGCTTGGGGCATTCCTAGCCGGTGCCCTTCTTGCGGAGACCAATTACCGAACTCAGATTGAAGCGGACATCCGGCCTTTTAGAGGCCTACTTCTAGGCCTCTTTTTTGTAACAACAGGAACATCTATCGACATCGAGCTCCTATTACGAGAGTGGCCT
AATGTTCTAACTCTACTGGGAGGGTTAATATTTATCAAGACATCGATCATAACTGCCCTTGGCCCTCGTGTTGGACTTTCCTTACAAGAAAGTATACGGATAGGATTCCTTCTTTCACAAGGTGGAGAATTTGCTTTTGTGGTGTTTTCTCTAGCAAATAGGCTTGGAGTCCTGCCACTTGAGTTGAACAGGCTACTCAT
CATAGTTGTGGTTTTGTCTATGGCTCTGACCCCCTTTCTCAATGAAATTGGCCGCAAAGCTGCCGAGGCAATTGATTCAAGGTTTGAGAAAAATGAAAAAAATACAGAACCAATGAATTACAATGTTAGTGAACCAGTTGTCATTCTTGGATTTGGCCAAATGGGTCAGGTTCTTGCCAACTTTTTGTCAACTCCTTTAG
TGGCTGCTTTAGATGGAGATCTGGCTGGCATGCCTTATGTAGCATTTGACTTGGATCCTACAGTTATAAAGACTGCTCGAAATCTTGGCTATCCAGTTCTTTATGGGGATGGATCGCGACCAATTGTATTGCAGACAGCTGGTATTACTCTACCAAAAGCTGTAATGGTCATGTACACTGGAAAGAAAATAACTGTTGAG
TCAGTTGAAAGGCTCCGACTTGCTTTCCCTTCGGTTCCTATCTATGCAAGAGCACAGGATGTTGGACATCTTTTAGAACTAAAAAAGGCAGGTGCAACAGATGTCATTTTGGAGAATGCAGAGACAAGTTTGCAGTTGGGTTCCAAGCTTTTAAGGGGGCTTGGTGTCATGTCTGATGATGTGACCTTCTTAAGTCAACT
GATGCGTGAATCTATGGAGCTTCAAGCACAGGAAGCACTTGAGCAAAAGGATGGAAAAGAGCCTGAGATTATGAAGACATTGCAGGTAAAGGTGACAGATTCCTTCAATACGAAAATGGAAAAAAATCAGGATATGAGCCTGGAAATCAGAGGCGTTACACAGAAGATGACTTCCCAGTTTACAGGTTCCAAAGAGCCAG
AGAGTGAGCCACGAAAAGATAAATTTGACCATTCACATGAAAGCAGCAAAACAAGTTCTGTTTCATCTAACGTATTTGATCCTTTGGTTAGCTCTTCTGAGAACGCATCTGTACTGTCAACTACTTCTATTGAGTCTGAATTAAAAGAAAATGGAAATATTGAATGGAAAGAAGGTAGTAAACTCTCTGAAAGGCATTCA
AGTACAGCAGAAAGCCATTCTGTATCTGATAATGACCGCTTCACTGCAAGGGAAGATTCAGATTTTGAGATAACTCTTGACACCTCTGAGAATACAAATGATAATGGTATTGGAAAGGGCGTGACATGGTGTGCGCTGAACAGTGATGACATTCTTCCAAAAGAACTGGATGAAGGCAAGAAAGAAGATTTACTAGATCA
GAGCATGAAATGTGGATCCTCTGTTGAGGGATCATAAGTTTCCTTTTGATCATCATATCTTTTGAATGTAGTCATCGATTGATTTATTATATTGAAAGTTTACACCACCTATAATCTGATTCAGGGAAGTTGAGATAGGCAGTATTGTTGTATGCTGAGAGCAGTTTTCTCTGTATAACTGCAGTATTGTTCACAGTTTT
CGATGATATTTCCTTCACAAAGTACAAAATATTCTTTCTTGTGAAATTTTCAGCACCAACTTTCAACATACTAAAGTGTGATGTCTTCGAACCAAAGCAAAGTCCTCTATTAGTT


>TRINITY_DN118108_c2_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:
AAAGGATCTTGTTTATTTTATAAAATTCAACAACAGAGATAGTGTCTAGAGTAATTTATTTATTGGAATTTGTATCTTTTAGTTGCTTGCAGAGAAGGGTGAACTACCAACTCGATTTGGGTCAGCAACACTTGGGATCCTTCTACTCCAGGATATTGCTGTTGTGCCACTATTGGTCATTCTTCCAGTGCTAGAGAGTC
AGAATCTTGGAGAAGAAAGTCTTTGGCCAATGTTACTTGCAGAGAGCTTGAAGGCACTTGGTGGACTATGTTTGCTGTCATTTGGAGGAAAGTTTCTGTTGCGACGCATCTTTGAGgtgatccttgtttttggtgaaacgataaacatgtatttccaactatatgaattttctttgagttttctattccctggtatattg
gcatttagataattattgacaagctacacactccaatataatagGTTGTTGCAGATTCCAGAAGTTCAGAAGCTTTTATTGCACTCTGCCTTCTAACAGTGACAGGCACCTCACTTCTGACACAGAAATTGGGTTTTAGTGACACGGTTTGATGTTGAAACCCTTTGCACTTAAATTCATGCAAGACTTATTGCTACTTT
CAATTTGACTGAAGCATCACATCTGTAC



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>TRINITY_DN118108_c2_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform
GATAAGGTTGACCTCAAGAGTTCCTTATGAATACGAATTGTTCCCTCACAGATAAAATTTGATTTAGTGGCAACCATTTAATATGTGTTCGCTCCATTGCCCGAGAGCGCTCTGCTTCTGCATGTTCATTGTTAACTTCATTTAATGGCAACCCGTATAAGTAAGATGCGAATATACATGAATTGAAATACAGGTGGACT
AACAGCAAATGCATTACAACCAGGGAAAATTCTTTCGGGTGTGTTCATCAAGGCATAAATTATACTTTCAATCATGGTGGAAGTGGGCAGAGTTCTTCATTACCCTTCATTGGCCAATAGAGCGTTCTGCCAGCCTTCTTATAAGATTTTGGGATTCTTTTTTGCTGGAATCGTCCTAAATCAGTTTGGCTTGATTAGAA
ACATAACAGATATCAAGGTCGTGTCAGAGTGGGGAATTCTTTTTCTGCTATTTGAAATGGGTTTGGAGCTGTCCCTTGCACGACTAAAAGGACTAGCCAAGTTTGCATTTGGAATGGGTTTGTCCCAGGTCATATTATCTACTTTGGCATTCACAGCATTCGAACTTCCACCAAATGGAGCTATTGGGACAAAAATTCTG
CAATTCTTGTTCCATTCAGGACCTGATTTGGTGAACATAAGAAGTATTGATGAAGCTGTGGTGATTGGAGCTGCTCTATCTCTGTCTTCTTCAGCATTTGTCCTCCAGTTGCTTGCAGAGAAGGGTGAACTACCAACTCGATTTGGGTCAGCAACACTTGGGATCCTTCTACTCCAGGATATTGCTGTTGTGCCACTATT
GGTCATTCTTCCAGTGCTAGAGAGTCAGAATCTTGGAGAAGAAAGTCTTTGGCCAATGTTACTTGCAGAGAGCTTGAAGGCACTTGGTGGACTATGTTTGCTGTCATTTGGAGGAAAGTTTCTGTTGCGACGCATCTTTGAGGTTGTTGCAGATTCCAGAAGTTCAGAAGCTTTTATTGCACTCTGCCTTCTAACAGTGA
CAGGCACCTCACTTCTGACACAGAAATTGGGTTTTAGTGACACGCTTGGGGCATTCCTAGCCGGTGCCCTTCTTGCGGAGACCAATTACCGAACTCAGATTGAAGCGGACATCCGGCCTTTTAGAGGCCTACTTCTAGGCCTCTTTTTTGTAACAACAGGAACATCTATCGACATCGAGCTCCTATTACGAGAGTGGCCT
AATGTTCTAACTCTACTGGGAGGGTTAATATTTATCAAGACATCGATCATAACTGCCCTTGGCCCTCGTGTTGGACTTTCCTTACAAGAAAGTATACGGATAGGATTCCTTCTTTCACAAGGTGGAGAATTTGCTTTTGTGGTGTTTTCTCTAGCAAATAGGCTTGGAGTCCTGCCACTTGAGTTGAACAGGCTACTCAT
CATAGTTGTGGTTTTGTCTATGGCTCTGACCCCCTTTCTCAATGAAATTGGCCGCAAAGCTGCCGAGGCAATTGATTCAAGGTTTGAGAAAAATGAAAAAAATACAGAACCAATGAATTACAATGTTAGTGAACCAGTTGTCATTCTTGGATTTGGCCAAATGGGTCAGGTTCTTGCCAACTTTTTGTCAACTCCTTTAG
TGGCTGCTTTAGATGGAGATCTGGCTGGCATGCCTTATGTAGCATTTGACTTGGATCCTACAGTTATAAAGACTGCTCGAAATCTTGGCTATCCAGTTCTTTATGGGGATGGATCGCGACCAATTGTATTGCAGACAGCTGGTATTACTCTACCAAAAGCTGTAATGGTCATGTACACTGGAAAGAAAATAACTGTTGAG
TCAGTTGAAAGGCTCCGACTTGCTTTCCCTTCGGTTCCTATCTATGCAAGAGCACAGGATGTTGGACATCTTTTAGAACTAAAAAAGGCAGGTGCAACAGATGTCATTTTGGAGAATGCAGAGACAAGTTTGCAGTTGGGTTCCAAGCTTTTAAGGGGGCTTGGTGTCATGTCTGATGATGTGACCTTCTTAAGTCAACT
GATGCGTGAATCTATGGAGCTTCAAGCACAGGAAGCACTTGAGCAAAAGGATGGAAAAGAGCCTGAGATTATGAAGACATTGCAGGTAAAGGTGACAGATTCCTTCAATACGAAAATGGAAAAAAATCAGGATATGAGCCTGGAAATCAGAGGCGTTACACAGAAGATGACTTCCCAGTTTACAGGTTCCAAAGAGCCAG
AGAGTGAGCCACGAAAAGATAAATTTGACCATTCACATGAAAGCAGCAAAACAAGTTCTGTTTCATCTAACGTATTTGATCCTTTGGTTAGCTCTTCTGAGAACGCATCTGTACTGTCAACTACTTCTATTGAGTCTGAATTAAAAGAAAATGGAAATATTGAATGGAAAGAAGGTAGTAAACTCTCTGAAAGGCATTCA
AGTACAGCAGAAAGCCATTCTGTATCTGATAATGACCGCTTCACTGCAAGGGAAGATTCAGATTTTGAGATAACTCTTGACACCTCTGAGAATACAAATGATAATGGTATTGGAAAGGGCGTGACATGGTGTGCGCTGAACAGTGATGACATTCTTCCAAAAGAACTGGATGAAGGCAAGAAAGAAGATTTACTAGATCA
GAGCATGAAATGTGGATCCTCTGTTGAGGGATCATAAGTTTCCTTTTGATCATCATATCTTTTGAATGTAGTCATCGATTGATTTATTATATTGAAAGTTTACACCACCTATAATCTGATTCAGGGAAGTTGAGATAGGCAGTATTGTTGTATGCTGAGAGCAGTTTTCTCTGTATAACTGCAGTATTGTTCACAGTTTT
CGATGATATTTCCTTCACAAAGTACAAAATATTCTTTCTTGTGAAATTTTCAGCACCAACTTTCAACATACTAAAGTGTGATGTCTTCGAACCAAAGCAAAGTCCTCTATTAGTT


>TRINITY_DN118108_c2_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:
CAAGAGATGTGTGAGTGAAATAACATTTTCGATGCTGCAGAAAAATACAGAACCAATGAATTACAATGTTAGTGAACCAGTTGTCATTCTTGGATTTGGCCAAATGGGTCAGgtattagttttgttaccatctttgaaattgctttagagtagatgtcaagatctctatcatctctgtttatgctttttgcaattaaata
gttttgtcccagGTTCTTGCCAACTTTTTGTCAACTCCTTTAGTGGCTGCTTTAGATGGAGATCTGGCTGGCATGCCTTATGTAGCATTTGACTTGGATCCTACAGTTATAAAGACTGCTCGAAATCTTGGCTATCCAGTTCTTTATGGGGATGGATCGCGACCAATTGTATTGCAGACAGCTGGTATTACTCTACCAAA
AGCTGTAATGGTCATGTACACTGGAAAGAAAATAACTGTTGAGTCAGTTGAAAGGCTCCGACTTGCTTTCCCTTCGGTTCCTATCTATGCAAGAGCACAGGATGTTGGACATCTTTTAGAACTAAAAAAGGCAGGTGCAACAGATGTCATTTTGGAGAATGCAGAGACAAGTTTGCAGTTGGGTTCCAAGCTTTTAAGGG
GGCTTGGTGTCATGTCTGATGATGTGACCTTCTTAAGTCAACTGATGCGTGAATCTATGGAGCTTCAAGCACAGGAAGCACTTGAGCAAAAGGATGGAAAAGAGCCTGAGATTATGAAGACATTGCAGGTAAAGGTGACAGATTCCTTCAATACGAAAATGGAAAAAAATCAGGATATGAGCCTGGAAATCAGAGGCGTT
ACACAGAAGATGACTTCCCAGTTTACAGGTTCCAAAGAGCCAGAGAGTGAGCCACGAAAAGATAAATTTGACCATTCACATGAAAGCAGCAAAACAAGTTCTGTTTCATCTAACGTATTTGATCCTTTGGTTAGCTCTTCTGAGAACGCATCTGTACTGTCAACTACTTCTATTGAGTCTGAATTAAAAGAAAATGGAAA
TATTGAATGGAAAGAAGGTAGTAAACTCTCTGAAAGGCATTCAAGTACAGCAGAAAGCCATTCTGTATCTGATAATGACCGCTTCACTGCAAGGGAAGATTCAGATTTTGAGATAACTCTTGACACCTCTGAGAATACAAATGATAATGGTATTGGAAAGGGCGTGACATGGTGTGCGCTGAACAGTGATGACATTCTTC
CAAAAGAACTGGATGAAGGCAAGAAAGAAGATTTACTAGATCAGAGCATGAAATGTGGATCCTCTGTTGAGGGATCATAAGTTTCCTTTTGATCATCATATCTTTTGAATGTAGTCATCGATTGATTTATTATATTGAAAGTTTACACCACCTATAATCTGATTCAGGGAAGTTGAGATAGGCAGTATTGTTGTATGCTG
AGAGCAGTTTTCTCTGTATAACTGCAGTATTGTTCACAGTTTTCGATGATATTTCCTTCACAAAGTACAAAATATTCTTTCTTGTGAAATTTTCAGCACCAACTTTCAACATACTAAAGTGTGATGTCTTCGAACCAAAGCAAAGTCCTCTATTAGTT



Intron 3 GTAATCTGGG ... AACACACCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN99850_c0_g1_i8 from sample A4 / Example spliced isoform
TTGGAATGGGAATAGCTCACGTGGGCACCTAATGAAACACTAAATTAAATGAGATATAGACTTTGGAATATGGTAATGGCAACTTACCACCCAATTGGTTCGATAAGGTTGACCTCAAGAGTTCCTTATGAATACGAATTGTTCCCTCACAGATAAAATTTGATTTAGTGGCAACCATTTAATATGTGTTCGCTCCATTG
CCCGAGAGCGCTCTGCTTCTGCATGTTCATTGTTAACTTCATTTAATGGCAACCCGTATAAGTAAGATGCGAATATACATGAATTGAAATACAGGTGGACTAACAGCAAATGCATTACAACCAGGGAAAATTCTTTCGGGTGTGTTCATCAAGGCATAAATTATACTTTCAATCATGGTGGAAGTGGGCAGAGTTCTTCA
TTACCCTTCATTGGCCAATAGAGCGTTCTGCCAGCCTTCTTATAAGTACATGGCCGTCTTATATTTGTACATCATATTCTACAATAGGGGCAGCTGTGCAGGCTAATTCATGTTACATAATATCTGGTGTTATCACTAAAGGACTTGTAAAATTGAAGAGTGTTTTCAGTGATTACAGAATCAGGAATCTTAAGTCATTC
TCATGCTATCAATGTAGAGGTTTTCGGTCCCCTGTTCCTCTGCATTCAGTGATAGACTGGAAAATAGGCCACAAAGATGGTTTCAAGAACCAGAAGAACTGTACATGGAGAAAACATCGGATCCATGCTGAGCTTGAAATTGCAACTGCAGTAGATGTGATTAATGATTTAGGTTTAGACACCATGACATTTTTTGCAGT
GACTGTTATGGTAGTTCCAGCATTCAAGGTCATCAAAGCTAGTCCGATTTTGGGATTCTTTTTTGCTGGAATCGTCCTAAATCAGTTTGGCTTGATTAGAAACATAACAGATATCAAGGTCGTGTCAGAGTGGGGAATTCTTTTTCTGCTATTTGAAATGGGTTTGGAGCTGTCCCTTGCACGACTAAAAGGACTAGCCA
AGTTTGCATTTGGAATGGGTTTGTCCCAGGTCATATTATCTACTTTGGCATTCACAGCATTCGAACTTCCACCAAATGGAGCTATTGGGACAAAAATTCTGCAATTCTTGTTCCATTCAGGACCTGATTTGGTGAACATAAGAAGTATTGATGAAGCTGTGGTGATTGGAGCTGCTCTATCTCTGTCTTCTTCAGCATTT
GTCCTCCAGTTGCTTGCAGAGAAGGGTGAACTACCAACTCGATTTGGGTCAGCAACACTTGGGATCCTTCTACTCCAGGATATTGCTGTTGTGCCACTATTGGTCATTCTTCCAGTGCTAGAGAGTCAGAATCTTGGAGAAGAAAGTCTTTGGCCAATGTTACTTGCAGAGAGCTTGAAGGCACTTGGTGGACTATGTTT
GCTGTCATTTGGAGGAAAGTTTCTGTTGCGACGCATCTTTGAGGTTGTTGCAGATTCCAGAAGTTCAGAAGCTTTTATTGCACTCTGCCTTCTAACAGTGACAGGCACCTCACTTCTGACACAGAAATTGGGTTTTAGTGACACGCTTGGGGCATTCCTAGCCGGTGCCCTTCTTGCGGAGACCAATTACCGAACTCAGA
TTGAAGCGGACATCCGGCCTTTTAGAGGCCTACTTCTAGGCCTCTTTTTTGTAACAACAGGAACATCTATCGACATCGAGCTCCTATTACGAGAGTGGCCTAATGTTCTAACTCTACTGGGAGGGTTAATATTTATCAAGACATCGATCATAACTGCCCTTGGCCCTCGTGTTGGACTTTCCTTACAAGAAAGTATACGG
ATAGGATTCCTTCTTTCACAAGGTGGAGAATTTGCTTTTGTGGTGTTTTCTCTAGCAAATAGGCTTGGAGTCCTGCCACTTGAGTTGAACAGGCTACTCATCATAGTTGTGGTTTTGTCTATGGCTCTGACCCCCTTTCTCAATGAAATTGGCCGCAAAGCTGCCGAGGCAATTGATTCAAGGTTTGAGAAAAATGAAAA
AAATACAGAACCAATGAATTACAATGTTAGTGAACCAGTTGTCATTCTTGGATTTGGCCAAATGGGTCAGGTTCTTGCCAACTTTTTGTCAACTCCTTTAGTGGCTGCTTTAGATGGAGATCTGGCTGGCATGCCTTATGTAGCATTTGACTTGGATCCTACAGTTATAAAGACTGCTCGAAATCTTGGCTATCCAGTTC
TTTATGGGGATGGATCGCGACCAATTGTATTGCAGACAGCTGGTATTACTCTACCAAAAGCTGTAATGGTCATGTACACTGGAAAGAAAATAACTGTTGAGTCAGTTGAAAGGCTCCGACTTGCTTTCCCTTCGGTTCCTATCTATGCAAGAGCACAGGATGTTGGACATCTTTTAGAACTAAAAAAGGCAGGTGCAACA
GATGTCATTTTGGAGAATGCAGAGACAAGTTTGCAGTTGGGTTCCAAGCTTTTAAGGGGGCTTGGTGTCATGTCTGATGATGTGACCTTCTTAAGTCAACTGATGCGTGAATCTATGGAGCTTCAAGCACAGGAAGCACTTGAGCAAAAGGATGGAAAAGAGCCTGAGATTATGAAGACATTGCAGGTAAAGGTGACAGA
TTCCTTCAATACGAAAATGGAAAAAAATCAGGATATGAGCCTGGAAATCAGAGGCGTTACACAGAAGATGACTTCCCAGTTTACAGGTTCCAAAGAGCCAGAGAGTGAGCCACGAAAAGATAAATTTGACCATTCACATGAAAGCAGCAAAACAAGTTCTGTTTCATCTAACGTATTTGATCCTTTGGTTAGCTCTTCTG
AGAACGCATCTGTACTGTCAACTACTTCTATTGAGTCTGAATTAAAAGAAAATGGAAATATTGAATGGAAAGAAGGTAGTAAACTCTCTGAAAGGCATTCAAGTACAGCAGAAAGCCATTCTGTATCTGATAATGACCGCTTCACTGCAAGGGAAGATTCAGATTTTGAGATAACTCTTGACACCTCTGAGAATACAAAT
GATAATGGTATTGGAAAGGGCGTGACATGGTGTGCGCTGAACAGTGATGACATTCTTCCAAAAGAACTGGATGAAGGCAAGAAAGAAGATTTACTAGATCAGAGCATGAAATGTGGATCCTCTGTTGAGGGATCATAAGTTTCCTTTTGATCATCATATCTTTTGAATGTAGTCATCGATTGATTTATTATATTGAAAGT
TTACACCACCTATAATCTGATTCAGGGAAGTTGAGATAGGCAGTATTGTTGTATGCTGAGAGCAGTTTTCTCTGTATAACTGCAGTATTGTTCACAGTTTTCGATGATATTTCCTTCACAAAGTACAAAATATTCTTTCTTGTGAAATTTTCAGCACCAACTTTCAACATACTAAAGTGTGATGTCTTCGAACCAAAGCA
AAGCCC


>TRINITY_DN99850_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:
TTGGAATGGGAATAGCTCACGTGGGCACCTAATGAAACACTAAATTAAATGAGATATAGACTTTGGAATATGGTAATGGCAACTTACCACCCAATTGGTTCGATAAGGTTGACCTCAAGAGTTCCTTATGAATACGAATTGTTCCCTCACAGATAAAATTTGATTTAGTGGCAACCATTTAATATGTGTTCGCTCCATTG
CCCGAGAGCGCTCTGCTTCTGCATGTTCATTGTTAACTTCATTTAATGGCAACCCGTATAAGTAAGATGCGAATATACATGAATTGAAATACAGGTGGACTAACAGCAAATGCATTACAACCAGGGAAAATTCTTTCGGGTGTGTTCATCAAGGCATAAATTATACTTTCAATCATGGTGGAAGTGGGCAGAGTTCTTCA
TTACCCTTCATTGGCCAATAGAGCGTTCTGCCAGCCTTCTTATAAGgtaatctgggtacctctctttctttttgtaaaaaaattggatagaatacatgatgtaagaaattaacgacatagacggcagcactatatcaaatcccggtagtgtttggtgcaaaaattatgtggcggaagcaaattgagccagggaataccca
ttggcaaagacaggctgcaacactttgtcagacccactatttactgaagtcatggaacacaccagTACATGGCCGTCTTATATTTGTACATCATATTCTACAATAGGGGCAGCTGTGCAGGCTAATTCATGTTACATAATATCTGGTGTTATCACTAAAGGACTTGTAAAATTGAAGAGTGTTTTCAGTGATTACAGAAT
CAGGAATCTTAAGTCATTCTCATGCTATCAATGTAGAGGTTTTCGGTCCCCTGTTCCTCTGCATTCAGTGATAGACTGGAAAATAGGCCACAAAGATGGTTTCAAGAACCAGAAGAACTGTACATGGAGAAAACATCGGATCCATGCTGAGCTTGAAATTGCAACTGCAGTAGATGTGATTAATGATTTAGGTTTAGACA
CCATGACATTTTTTGCAGTGACTGTTATGGTAGTTCCAGCATTCAAGGTCATCAAAGCTAGTCCGATTTTGGGATTCTTTTTTGCTGGAATCGTCCTAAATCAGTTTGGCTTGATTAGAAACATAACAGATATCAAGGTCGTGTCAGAGTGGGGAATTCTTTTTCTGCTATTTGAAATGGGTTTGGAGCTGTCCCTTGCA
CGACTAAAAGGACTAGCCAAGTTTGCATTTGGAATGGGTTTGTCCCAGGTCATATTATCTACTTTGGCATTCACAGCATTCGAACTTCCACCAAATGGAGCTATTGGGACAAAAATTCTGCAATTCTTGTTCCATTCAGGACCTGATTTGGTGAACATAAGAAGTATTGATGAAGCTGTGGTGATTGGAGCTGCTCTATC
TCTGTCTTCTTCAGCATTTGTCCTCCAGTTGCTTGCAGAGAAGGGTGAACTACCAACTCGATTTGGGTCAGCAACACTTGGGATCCTTCTACTCCAGGATATTGCTGTTGTGCCACTATTGGTCATTCTTCCAGTGCTAGAGAGTCAGAATCTTGGAGAAGAAAGTCTTTGGCCAATGTTACTTGCAGAGAGCTTGAAGG
CACTTGGTGGACTATGTTTGCTGTCATTTGGAGGAAAGTTTCTGTTGCGACGCATCTTTGAGGTTGTTGCAGATTCCAGAAGTTCAGAAGCTTTTATTGCACTCTGCCTTCTAACAGTGACAGGCACCTCACTTCTGACACAGAAATTGGGTTTTAGTGACACGCTTGGGGCATTCCTAGCCGGTGCCCTTCTTGCGGAG
ACCAATTACCGAACTCAGATTGAAGCGGACATCCGGCCTTTTAGAGGCCTACTTCTAGGCCTCTTTTTTGTAACAACAGGAACATCTATCGACATCGAGCTCCTATTACGAGAGTGGCCTAATGTTCTAACTCTACTGGGAGGGTTAATATTTATCAAGACATCGATCATAACTGCCCTTGGCCCTCGTGTTGGACTTTC
CTTACAAGAAAGTATACGGATAGGATTCCTTCTTTCACAAGGTGGAGAATTTGCTTTTGTGGTGTTTTCTCTAGCAAATAGGCTTGGAGTCCTGCCACTTGAGTTGAACAGGCTACTCATCATAGTTGTGGTTTTGTCTATGGCTCTGACCCCCTTTCTCAATGAAATTGGCCGCAAAGCTGCCGAGGCAATTGATTCAA
GGTTTGAGAAAAATGAAAAAAATACAGAACCAATGAATTACAATGTTAGTGAACCAGTTGTCATTCTTGGATTTGGCCAAATGGGTCAGGTTCTTGCCAACTTTTTGTCAACTCCTTTAGTGGCTGCTTTAGATGGAGATCTGGCTGGCATGCCTTATGTAGCATTTGACTTGGATCCTACAGTTATAAAGACTGCTCGA
AATCTTGGCTATCCAGTTCTTTATGGGGATGGATCGCGACCAATTGTATTGCAGACAGCTGGTATTACTCTACCAAAAGCTGTAATGGTCATGTACACTGGAAAGAAAATAACTGTTGAGTCAGTTGAAAGGCTCCGACTTGCTTTCCCTTCGGTTCCTATCTATGCAAGAGCACAGGATGTTGGACATCTTTTAGAACT
AAAAAAGGCAGGTGCAACAGATGTCATTTTGGAGAATGCAGAGACAAGTTTGCAGTTGGGTTCCAAGCTTTTAAGGGGGCTTGGTGTCATGTCTGATGATGTGACCTTCTTAAGTCAACTGATGCGTGAATCTATGGAGCTTCAAGCACAGGAAGCACTTGAGCAAAAGGATGGAAAAGAGCCTGAGATTATGAAGACAT
TGCAGGTAAAGGTGACAGATTCCTTCAATACGAAAATGGAAAAAAATCAGGATATGAGCCTGGAAATCAGAGGCGTTACACAGAAGATGACTTCCCAGTTTACAGGTTCCAAAGAGCCAGAGAGTGAGCCACGAAAAGATAAATTTGACCATTCACATGAAAGCAGCAAAACAAGTTCTGTTTCATCTAACGTATTTGAT
CCTTTGGTTAGCTCTTCTGAGAACGCATCTGTACTGTCAACTACTTCTATTGAGTCTGAATTAAAAGAAAATGGAAATATTGAATGGAAAGAAGGTAGTAAACTCTCTGAAAGGCATTCAAGTACAGCAGAAAGCCATTCTGTATCTGATAATGACCGCTTCACTGCAAGGGAAGATTCAGATTTTGAGATAACTCTTGA
CACCTCTGAGAATACAAATGATAATGGTATTGGAAAGGGCGTGACATGGTGTGCGCTGAACAGTGATGACATTCTTCCAAAAGAACTGGATGAAGGCAAGAAAGAAGATTTACTAGATCAGAGCATGAAATGTGGATCCTCTGTTGAGGGATCATAAGTTTCCTTTTGATCATCATATCTTTTGAATGTAGTCATCGATT
GATTTATTATATTGAAAGTTTACACCACCTATAATCTGATTCAGGGAAGTTGAGATAGGCAGTATTGTTGTATGCTGAGAGCAGTTTTCTCTGTATAACTGCAGTATTGTTCACAGTTTTCGATGATATTTCCTTCACAAAGTACAAAATATTCTTTCTTGTGAAATTTTCAGCACCAACTTTCAACATACTAAAGTGTG
ATGTCTTCGAACCAAAGCAAAGCCC



Intron 4 GTTTGATGTT ... ATCTGTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A118.18368.58
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A329.413610.515
A423.6829129
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A96.67141.51
A1011.54233.53



>TRINITY_DN99850_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoform
TTGGAATGGGAATAGCTCACGTGGGCACCTAATGAAACACTAAATTAAATGAGATATAGACTTTGGAATATGGTAATGGCAACTTACCACCCAATTGGTTCGATAAGGTTGACCTCAAGAGTTCCTTATGAATACGAATTGTTCCCTCACAGATAAAATTTGATTTAGTGGCAACCATTTAATATGTGTTCGCTCCATTG
CCCGAGAGCGCTCTGCTTCTGCATGTTCATTGTTAACTTCATTTAATGGCAACCCGTATAAGTAAGATGCGAATATACATGAATTGAAATACAGGTGGACTAACAGCAAATGCATTACAACCAGGGAAAATTCTTTCGGGTGTGTTCATCAAGGCATAAATTATACTTTCAATCATGGTGGAAGTGGGCAGAGTTCTTCA
TTACCCTTCATTGGCCAATAGAGCGTTCTGCCAGCCTTCTTATAAGGAACACACCAGTACATGGCCGTCTTATATTTGTACATCATATTCTACAATAGGGGCAGCTGTGCAGGCTAATTCATGTTACATAATATCTGGTGTTATCACTAAAGGACTTGTAAAATTGAAGAGTGTTTTCAGTGATTACAGAATCAGGAATC
TTAAGTCATTCTCATGCTATCAATGTAGAGGTTTTCGGTCCCCTGTTCCTCTGCATTCAGTGATAGACTGGAAAATAGGCCACAAAGATGGTTTCAAGAACCAGAAGAACTGTACATGGAGAAAACATCGGATCCATGCTGAGCTTGAAATTGCAACTGCAGTAGATGTGATTAATGATTTAGGTTTAGACACCATGACA
TTTTTTGCAGTGACTGTTATGGTAGTTCCAGCATTCAAGGTCATCAAAGCTAGTCCGATTTTGGGATTCTTTTTTGCTGGAATCGTCCTAAATCAGTTTGGCTTGATTAGAAACATAACAGATATCAAGGTCGTGTCAGAGTGGGGAATTCTTTTTCTGCTATTTGAAATGGGTTTGGAGCTGTCCCTTGCACGACTAAA
AGGACTAGCCAAGTTTGCATTTGGAATGGGTTTGTCCCAGGTCATATTATCTACTTTGGCATTCACAGCATTCGAACTTCCACCAAATGGAGCTATTGGGACAAAAATTCTGCAATTCTTGTTCCATTCAGGACCTGATTTGGTGAACATAAGAAGTATTGATGAAGCTGTGGTGATTGGAGCTGCTCTATCTCTGTCTT
CTTCAGCATTTGTCCTCCAGTTGCTTGCAGAGAAGGGTGAACTACCAACTCGATTTGGGTCAGCAACACTTGGGATCCTTCTACTCCAGGATATTGCTGTTGTGCCACTATTGGTCATTCTTCCAGTGCTAGAGAGTCAGAATCTTGGAGAAGAAAGTCTTTGGCCAATGTTACTTGCAGAGAGCTTGAAGGCACTTGGT
GGACTATGTTTGCTGTCATTTGGAGGAAAGTTTCTGTTGCGACGCATCTTTGAGGTTGTTGCAGATTCCAGAAGTTCAGAAGCTTTTATTGCACTCTGCCTTCTAACAGTGACAGGCACCTCACTTCTGACACAGAAATTGGGTTTTAGTGACACGCTTGGGGCATTCCTAGCCGGTGCCCTTCTTGCGGAGACCAATTA
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GAACCAAAGCAAAGCCC


>TRINITY_DN99850_c0_g1_i9 from sample A4 / Example unspliced isoform:
TTGGAATGGGAATAGCTCACGTGGGCACCTAATGAAACACTAAATTAAATGAGATATAGACTTTGGAATATGGTAATGGCAACTTACCACCCAATTGGTTCGATAAGGTTGACCTCAAGAGTTCCTTATGAATACGAATTGTTCCCTCACAGATAAAATTTGATTTAGTGGCAACCATTTAATATGTGTTCGCTCCATTG
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