sp|Q10MI0|SRL2_ORYSJ ----> Protein SEMI-ROLLED LEAF 2
Intron 1 GTAAAACGAC ... CAGTCCGGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.34 | 23 | 6 | 35 |
| A2 | 52.89 | 57 | 2 | 64 |
| A3 | 58.96 | 35.5 | 2.5 | 51 |
| A4 | 51.19 | 41 | 6 | 43 |
| A5 | 54.55 | 25 | 2.5 | 30 |
| A6 | 78.26 | 5 | 0 | 18 |
| A7 | 48.65 | 19 | 2 | 18 |
| A8 | 80 | 1 | 0 | 4 |
| A9 | 56.52 | 10 | 2 | 13 |
| A10 | 56.25 | 14 | 2 | 18 |
>TRINITY_DN109209_c0_g1_i14 from sample A3 / Example spliced isoformGTTGACAGCTTCATTGAAGATTTCACTGGCTTCTACAGTCGAAATGATTCTAATTTTGTCGATATCTATGCATTTGCGCAGTTTTGGAAAAAAATAAGATCATCTTAAAAAACAAGAATCACTCGATTTTGCTTTAAAAAAATGAAAGCTGTGGTAGACTCCACAGTACCACGTTGTGACCGCTAGATCAAAGCCGTGGT
AGATTCTACAGTGGCACCTGACTACCGCTAGATCAGCGCAACCGACAGAGACTCATTGGATTATAATAAAGCATGAAACCAAAACTAGAAACAAACTTCACATAGTTCACCCACGTGCCCATCACTAGCACACTGCAGCACAGCTCAGTTTTGCCTGCCAAAATAGCAAATCTGCCATCATTCATTTCACACAAGACCAA
TATGGTCTGTTTTCAACCAACGCGACATATATATGAGTATTCCCCAAGGTCGTTTTCATTTTATTACCCCAGTTTCATGTGAAGACAGACCCACATAAGGGGCCACAAACATCACACATTCCGCTACAGAATACAGGATGGGTTTTATGTCAAGGAAAGTTCTGCCCATATGTGGGAACATGTGTGTATGCTGTCCAGGG
CTGCGATCACGGTCTCGCCAGCCTGTGAAGCGGTACAAGAAGCTGTTTGCTGATATTTTCCCCAAGAACCAGGATGATCCGCCGAATGAGCGTAAACTTGTTAAGCTCTCTGAATATGCAGCGAAGAATCCATTGCGGATACCAAAGATAGCGAACCTTTTGGAGCAAAGGGGTTACAAGGAGTTGCGGAATGAGCACTT
TGGATCTGTCCGTGTTATCATGACTGCATATAGCAAGCTACTTTCATTATGCAGGGACCAAATGCCACTCTTCGCTATCAGTCTCTTGAGTATGATTCATACACTTCTTGAGCAGACAAGAAATGACGATATGCGCATTCTTGGTTGTCATATATTAAAGGATTTCATATATAGTCAGACAGATGGGACTTACATGCACA
ATTTGAATGGATTACTTCCAAAAGTCTGTGGGCTTGCTCGTGAGAATGGGGAACTGGATAGCCATTGTCGGTTACGAGCTTCTAGTCTAGAGGCTCTTTCTGCGATGGTTTGGTTCATGGGTGAATGCTCACCTATTTCAGCTAATTTTGATGATATTGTCTATGTTACATTGGACAATTATGGATTTCCTACAGTTGAT
CAAGAGCATAACCATGAGAGAGGTGATTTGCATCATAATTGGGTGGACGAGGTTCTTAGATGTGAGGGAAGGGGAGCTAATTCTGATTTAGAAAGACCTCATTTCAAAGATCCTTCTACACTTACAAGGGAAGAGAAGGACACACCTAAGGTGTGGGCTCAAATCTGTATCCAAAGTATGGTGCGATTGGCCAAAGAAAC
CACTACAGTGCGACGTGTTTTAGAACCAATATTTCAGTACTTTGACATGGGGAAGCATTGGTCTCCTGAGAATGGATTGGCTGTTTCTGTTCTTCGTGACATGTCATACTTAATGCAAGATACAGGAAATGATGATTTGCTCTTCTCGGTCCTCATCAGACATCTTGATCACAAAAATGTAGTGCACCAGCCTCAGATGA
AAACTGATATAGTTGAAATTGCTGCTATCTTGGCTAGGAAGTCTAGATCAAAATCCACAGTTTCTGAAATTGGTGCAATCAACGATCTGTCTAGGCATTTAAGGAAAAGTCTTCAGGCCACAATGGAGGCTGTGGGTCCTCTGGAGGCTAGCTGGAACATGTCTCTCCAAAATGCCATTGAAGAATGTTTAATGGAACTC
ATGAAAAGGGGTGGAGATCCTGGACCAGTATTTGACATGATGGCCACAACATTGGAGAAGGTCTCAGCTGTGCCAGTTACAGCAAGGGCCACAATTGGAGCAATGTTCATTCTTGCTCAGATAATAGCTTCTGTATCTAATCAGTCATATGTACAGCGGGGTTTTCCAGATGCTCTTTTCCACCAACTTTTACAGGCTAT
GTTGCACCCTGATGCTCAAACACGTGTAACAGCTCATCAAATTTTCACTGTTATCCTTGTACCGACATCCGTTTCTCCAAGATCTGAATGTCAACCATTCCAATCAGTCTCTCAGTATGACTCAAAGAGGGCACTTTCCAAGCCCACATCAGCATTTTCTTCTGCAGCAGCACTTTTTGAAAAGCTAAGGAAGGAAAAGG
TAGTCTTACAAGAAGAGAAAAATGGCAGTGAGGCATCTGATGAAATAAAGGAAAGGGATGGCATTGAGGAAGAATGGAAGCAGGATGGTATTCGTAAAAGCCCCACAAGGTTTTATACCATGAATCGTACTTTCCCTGATATGCGAACAGTCTCTCTTAGCCCAACTGAGACAGAAATGGGTGCAGTGAAGCTCAGTGGT
GATCAGGCTGCTCAACTGCTTTCTGCACTTTGGATTCAAGCCAATTTACCTGATAACATCCCTGCAAACATTGAAGCAATTGCTCATACTTTCAGTCTAACTTTGTTTTTTTCACGAATGAAGAATTCAAACCATAGCATACTTATTCGGTCTTTTCAACTGGCTTTATCACTAAGAGCTGTTTCTCTTGATTTAACTGG
CTTATTGCCTCCATCAAGGTGTAGATCGTTGTTCACTTTAGCGACAGCCATGCTTGTATTTGCAGCCAGGGTCTATAACATTCCAGAGATAATTGATGTAGCTAAGGGATCGCTTACAGCAAATATTGATGATCCATACTTGGAGCTTTCAGAGGACCTCCGGCTTATTGTTAAAGTTCATGCAGATTTGAAGGAGTATG
GGTCAATATCTGATGATGGTGCTGCCTTATCCTCACTTTTGGCTGTGAGGCTGACTGAGAACGAGTCCAATGAAGCACTGGTCGATATGATAGTCCAAGCTTTGTCTACATCATCTGATGATGATTCAAACATAGCCAAAGAATTGTTGGAAACATTTTCTCCGGTTGATGGATTTGCTTTTGGTCCTCATCTCCTGCTG
GAGTCTGGCAACAGCCATAAAGCAGGGTTTTCTAAGGAATCACTTTCATTCGATGAGGTTTTACCAGCAAGTTCTTGCATGGATGAGGACCTTATAAGTGAGACGTCTGGCACAGATATGCCTCGTCTTCTCTCCAAGACTTATGTTCCTGCCCCTCCACCACATATCATAAGTGTTGGCCAATTACTGGAGTCGGCCCT
TGAAGCGGCAGGACATGTTGCGAGTGCTGCTGTGTCAACATCGCCACTTCCTTTCAGTGCGATGGCTAGCCAATGCGAGGCTTTTGGTTCCAGCACAAGAAGAAAGCTCTCTGTCTGGATGAATGAAGACACAAATCCAGATACTTTATTGTTGACATTTCCAGCCAATGAAGAGTCAGAAAGGACATTTGTGGCCCAGA
ACTTTGAGAAGAATGAAGTGAAGGTTGCCATGCAAAGGGATCAAGGAATGGATAAAATTCCAAGTTCTTGTTATCTGTATCGAGGATCACTGCCACATGAGCCATGGCAGGCAATGCGGCTTCCTGCAGCTAGTCCATTTGATAATTTTTTGAAGGCGGCAGGCTGTTAGGCTTTCTGAGAAACACAAAGAAGTTAAGTA
CAAATTGTTGGCTAGTTTGCTGTGTCTTTTGGCTATTTCTAATCTGGCTTATTGGCTGTGTTCCTGGACTTTTTGCTGATGCGCTCCATGACTTTTCGGATATGGGCTTATTAACATGTATATAATATTATAATATAATTATTGGTTTTAATCTGGTTCCTATTGAAGTCTATTTTGAAATGTATTGAATTCTATTTTGA
AATGTATTTGAAGTATTCCCTATCCTCAAGCTTACTGTTTTTCCTTATTATCTAAAGTTCCATTCTTGAATAGTCCTGAAGTTTGAGTTGAATTCTCTACTGGGAAAGTATCGTTTATGAAGAGATTTAACTATTCTCTGGCCATATCTGAACGATTTGAAAATGGATGATCTTGGTGGGTGGCATTGACATGACATAAT
TCAGTATCCATGTTACATGTTCTTGATAATCCTGTTCAACAGAAATCATTTATATTGCTCGTCATATTTTATATAAAATTACTAAGTAGTCCA
>TRINITY_DN109209_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:GTTGACAGCTTCATTGAAGATTTCACTGGCTTCTACAGTCGAAATGATTCTAATTTTGTCGATATCTATGCATTTGCGCAGTTTTGGAAAAAAATAAGATCATCTTAAAAAACAAGAATCACTCGATTTTGCTTTAAAAAAATGAAAGCTGTGGTAGACTCCACAGTACCACGTTGTGACCGCTAGATCAAAGCCGTGGT
AGATTCTACAGTGGCACCTGACTACCGCTAGATCAGCGCAACCGACAGAGACTCATTGGATTATAATAAAGCATGAAACCAAAACTAGAAACAAACTTCACATAGTTCACCCACGTGCCCATCACTAGCACACTGCAGCACAGCTCAGTTTTGCCTGCCAAAATAGCAAATCTGCCATCATTCATTTCACACAAGACCAA
TATGGTCTGTTTTCAACCAACGCGACATATATATGAGTATTCCCCAAGGTCGTTTTCATTTTATTACCCCAGTTTCATGTGAAGACAGACCCACATAAGGGGCCACAAACATCACACATTCCGCTACAGAATACAGgtaaaacgactgcttattaccagcttacagttagttcaaatcagtttgaaggccttcacagtgg
aatctcacacacattgttcattgtctttatttggggtttcttaagagaagggtatgactgtttcccactgaaaagcacttgcacagcagagtgataacagtggaaaatttcagtccggagGATGGGTTTTATGTCAAGGAAAGTTCTGCCCATATGTGGGAACATGTGTGTATGCTGTCCAGGGCTGCGATCACGGTCTC
GCCAGCCTGTGAAGCGGTACAAGAAGCTGTTTGCTGATATTTTCCCCAAGAACCAGGATGATCCGCCGAATGAGCGTAAACTTGTTAAGCTCTCTGAATATGCAGCGAAGAATCCATTGCGGATACCAAAGATAGCGAACCTTTTGGAGCAAAGGGGTTACAAGGAGTTGCGGAATGAGCACTTTGGATCTGTCCGTGTT
ATCATGACTGCATATAGCAAGCTACTTTCATTATGCAGGGACCAAATGCCACTCTTCGCTATCAGTCTCTTGAGTATGATTCATACACTTCTTGAGCAGACAAGAAATGACGATATGCGCATTCTTGGTTGTCATATATTAAAGGATTTCATATATAGTCAGACAGATGGGACTTACATGCACAATTTGAATGGATTACT
TCCAAAAGTCTGTGGGCTTGCTCGTGAGAATGGGGAACTGGATAGCCATTGTCGGTTACGAGCTTCTAGTCTAGAGGCTCTTTCTGCGATGGTTTGGTTCATGGGTGAATGCTCACCTATTTCAGCTAATTTTGATGATATTGTCTATGTTACATTGGACAATTATGGATTTCCTACAGTTGATCAAGAGCATAACCATG
AGAGAGGTGATTTGCATCATAATTGGGTGGACGAGGTTCTTAGATGTGAGGGAAGGGGAGCTAATTCTGATTTAGAAAGACCTCATTTCAAAGATCCTTCTACACTTACAAGGGAAGAGAAGGACACACCTAAGGTGTGGGCTCAAATCTGTATCCAAAGTATGGTGCGATTGGCCAAAGAAACCACTACAGTGCGACGT
GTTTTAGAACCAATATTTCAGTACTTTGACATGGGGAAGCATTGGTCTCCTGAGAATGGATTGGCTGTTTCTGTTCTTCGTGACATGTCATACTTAATGCAAGATACAGGAAATGATGATTTGCTCTTCTCGGTCCTCATCAGACATCTTGATCACAAAAATGTAGTGCACCAGCCTCAGATGAAAACTGATATAGTTGA
AATTGCTGCTATCTTGGCTAGGAAGTCTAGATCAAAATCCACAGTTTCTGAAATTGGTGCAATCAACGATCTGTCTAGGCATTTAAGGAAAAGTCTTCAGGCCACAATGGAGGCTGTGGGTCCTCTGGAGGCTAGCTGGAACATGTCTCTCCAAAATGCCATTGAAGAATGTTTAATGGAACTCATGAAAAGGGGTGGAG
ATCCTGGACCAGTATTTGACATGATGGCCACAACATTGGAGAAGGTCTCAGCTGTGCCAGTTACAGCAAGGGCCACAATTGGAGCAATGTTCATTCTTGCTCAGATAATAGCTTCTGTATCTAATCAGTCATATGTACAGCGGGGTTTTCCAGATGCTCTTTTCCACCAACTTTTACAGGCTATGTTGCACCCTGATGCT
CAAACACGTGTAACAGCTCATCAAATTTTCACTGTTATCCTTGTACCGACATCCGTTTCTCCAAGATCTGAATGTCAACCATTCCAATCAGTCTCTCAGTATGACTCAAAGAGGGCACTTTCCAAGCCCACATCAGCATTTTCTTCTGCAGCAGCACTTTTTGAAAAGCTAAGGAAGGAAAAGGTAGTCTTACAAGAAGA
GAAAAATGGCAGTGAGGCATCTGATGAAATAAAGGAAAGGGATGGCATTGAGGAAGAATGGAAGCAGGATGGTATTCGTAAAAGCCCCACAAGGTTTTATACCATGAATCGTACTTTCCCTGATATGCGAACAGTCTCTCTTAGCCCAACTGAGACAGAAATGGGTGCAGTGAAGCTCAGTGGTGATCAGGCTGCTCAAC
TGCTTTCTGCACTTTGGATTCAAGCCAATTTACCTGATAACATCCCTGCAAACATTGAAGCAATTGCTCATACTTTCAGTCTAACTTTGTTTTTTTCACGAATGAAGAATTCAAACCATAGCATACTTATTCGGTCTTTTCAACTGGCTTTATCACTAAGAGCTGTTTCTCTTGATTTAACTGGCTTATTGCCTCCATCA
AGGTGTAGATCGTTGTTCACTTTAGCGACAGCCATGCTTGTATTTGCAGCCAGGGTCTATAACATTCCAGAGATAATTGATGTAGCTAAGGGATCGCTTACAGCAAATATTGATGATCCATACTTGGAGCTTTCAGAGGACCTCCGGCTTATTGTTAAAGTTCATGCAGATTTGAAGGAGTATGGGTCAATATCTGATGA
TGGTGCTGCCTTATCCTCACTTTTGGCTGTGAGGCTGACTGAGAACGAGTCCAATGAAGCACTGGTCGATATGATAGTCCAAGCTTTGTCTACATCATCTGATGATGATTCAAACATAGCCAAAGAATTGTTGGAAACATTTTCTCCGGTTGATGGATTTGCTTTTGGTCCTCATCTCCTGCTGGAGTCTGGCAACAGCC
ATAAAGCAGGGTTTTCTAAGGAATCACTTTCATTCGATGAGGTTTTACCAGCAAGTTCTTGCATGGATGAGGACCTTATAAGTGAGACGTCTGGCACAGATATGCCTCGTCTTCTCTCCAAGACTTATGTTCCTGCCCCTCCACCACATATCATAAGTGTTGGCCAATTACTGGAGTCGGCCCTTGAAGCGGCAGGACAT
GTTGCGAGTGCTGCTGTGTCAACATCGCCACTTCCTTTCAGTGCGATGGCTAGCCAATGCGAGGCTTTTGGTTCCAGCACAAGAAGAAAGCTCTCTGTCTGGATGAATGAAGACACAAATCCAGATACTTTATTGTTGACATTTCCAGCCAATGAAGAGTCAGAAAGGACATTTGTGGCCCAGAACTTTGAGAAGAATGA
AGTGAAGGTTGCCATGCAAAGGGATCAAGGAATGGATAAAATTCCAAGTTCTTGTTATCTGTATCGAGGATCACTGCCACATGAGCCATGGCAGGCAATGCGGCTTCCTGCAGCTAGTCCATTTGATAATTTTTTGAAGGCGGCAGGCTGTTAGGCTTTCTGAGAAACACAAAGAAGTTAAGTACAAATTGTTGGCTAGT
TTGCTGTGTCTTTTGGCTATTTCTAATCTGGCTTATTGGCTGTGTTCCTGGACTTTTTGCTGATGCGCTCCATGACTTTTCGGATATGGGCTTATTAACATGTATATAATATTATAATATAATTATTGGTTTTAATCTGGTTCCTATTGAAGTCTATTTTGAAATGTATTGAATTCTATTTTGAAATGTATTTGAAGTAT
TCCCTATCCTCAAGCTTACTGTTTTTCCTTATTATCTAAAGTTCCATTCTTGAATAGTCCTGAAGTTTGAGTTGAATTCTCTACTGGGAAAGTATCGTTTATGAAGAGATTTAACTATTCTCTGGCCATATCTGAACGATTTGAAAATGGATGATCTTGGTGGGTGGCATTGACATGACATAATTCAGTATCCATGTTAC
ATGTTCTTGATAATCCTGTTCAACAGAAATCATTTATATTGCTCGTCATATTTTATATAAAATTACTAAGTAGTCCA
Intron 2 GTACTAACAT ... CTTACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.6 | 54 | 6 | 11 |
| A2 | 21.37 | 46 | 8 | 17 |
| A3 | 17.43 | 45 | 6 | 13 |
| A4 | 21.43 | 44 | 10 | 14 |
| A5 | 15.22 | 39 | 7 | 7 |
| A6 | 16.67 | 20 | 4 | 4 |
| A7 | 13.92 | 34 | 2 | 9 |
| A8 | 0 | 5 | 0 | 0 |
| A9 | 12.9 | 27 | 0 | 8 |
| A10 | 15.79 | 32 | 2 | 10 |
>TRINITY_DN109209_c0_g1_i14 from sample A3 / Example spliced isoformGTTGACAGCTTCATTGAAGATTTCACTGGCTTCTACAGTCGAAATGATTCTAATTTTGTCGATATCTATGCATTTGCGCAGTTTTGGAAAAAAATAAGATCATCTTAAAAAACAAGAATCACTCGATTTTGCTTTAAAAAAATGAAAGCTGTGGTAGACTCCACAGTACCACGTTGTGACCGCTAGATCAAAGCCGTGGT
AGATTCTACAGTGGCACCTGACTACCGCTAGATCAGCGCAACCGACAGAGACTCATTGGATTATAATAAAGCATGAAACCAAAACTAGAAACAAACTTCACATAGTTCACCCACGTGCCCATCACTAGCACACTGCAGCACAGCTCAGTTTTGCCTGCCAAAATAGCAAATCTGCCATCATTCATTTCACACAAGACCAA
TATGGTCTGTTTTCAACCAACGCGACATATATATGAGTATTCCCCAAGGTCGTTTTCATTTTATTACCCCAGTTTCATGTGAAGACAGACCCACATAAGGGGCCACAAACATCACACATTCCGCTACAGAATACAGGATGGGTTTTATGTCAAGGAAAGTTCTGCCCATATGTGGGAACATGTGTGTATGCTGTCCAGGG
CTGCGATCACGGTCTCGCCAGCCTGTGAAGCGGTACAAGAAGCTGTTTGCTGATATTTTCCCCAAGAACCAGGATGATCCGCCGAATGAGCGTAAACTTGTTAAGCTCTCTGAATATGCAGCGAAGAATCCATTGCGGATACCAAAGATAGCGAACCTTTTGGAGCAAAGGGGTTACAAGGAGTTGCGGAATGAGCACTT
TGGATCTGTCCGTGTTATCATGACTGCATATAGCAAGCTACTTTCATTATGCAGGGACCAAATGCCACTCTTCGCTATCAGTCTCTTGAGTATGATTCATACACTTCTTGAGCAGACAAGAAATGACGATATGCGCATTCTTGGTTGTCATATATTAAAGGATTTCATATATAGTCAGACAGATGGGACTTACATGCACA
ATTTGAATGGATTACTTCCAAAAGTCTGTGGGCTTGCTCGTGAGAATGGGGAACTGGATAGCCATTGTCGGTTACGAGCTTCTAGTCTAGAGGCTCTTTCTGCGATGGTTTGGTTCATGGGTGAATGCTCACCTATTTCAGCTAATTTTGATGATATTGTCTATGTTACATTGGACAATTATGGATTTCCTACAGTTGAT
CAAGAGCATAACCATGAGAGAGGTGATTTGCATCATAATTGGGTGGACGAGGTTCTTAGATGTGAGGGAAGGGGAGCTAATTCTGATTTAGAAAGACCTCATTTCAAAGATCCTTCTACACTTACAAGGGAAGAGAAGGACACACCTAAGGTGTGGGCTCAAATCTGTATCCAAAGTATGGTGCGATTGGCCAAAGAAAC
CACTACAGTGCGACGTGTTTTAGAACCAATATTTCAGTACTTTGACATGGGGAAGCATTGGTCTCCTGAGAATGGATTGGCTGTTTCTGTTCTTCGTGACATGTCATACTTAATGCAAGATACAGGAAATGATGATTTGCTCTTCTCGGTCCTCATCAGACATCTTGATCACAAAAATGTAGTGCACCAGCCTCAGATGA
AAACTGATATAGTTGAAATTGCTGCTATCTTGGCTAGGAAGTCTAGATCAAAATCCACAGTTTCTGAAATTGGTGCAATCAACGATCTGTCTAGGCATTTAAGGAAAAGTCTTCAGGCCACAATGGAGGCTGTGGGTCCTCTGGAGGCTAGCTGGAACATGTCTCTCCAAAATGCCATTGAAGAATGTTTAATGGAACTC
ATGAAAAGGGGTGGAGATCCTGGACCAGTATTTGACATGATGGCCACAACATTGGAGAAGGTCTCAGCTGTGCCAGTTACAGCAAGGGCCACAATTGGAGCAATGTTCATTCTTGCTCAGATAATAGCTTCTGTATCTAATCAGTCATATGTACAGCGGGGTTTTCCAGATGCTCTTTTCCACCAACTTTTACAGGCTAT
GTTGCACCCTGATGCTCAAACACGTGTAACAGCTCATCAAATTTTCACTGTTATCCTTGTACCGACATCCGTTTCTCCAAGATCTGAATGTCAACCATTCCAATCAGTCTCTCAGTATGACTCAAAGAGGGCACTTTCCAAGCCCACATCAGCATTTTCTTCTGCAGCAGCACTTTTTGAAAAGCTAAGGAAGGAAAAGG
TAGTCTTACAAGAAGAGAAAAATGGCAGTGAGGCATCTGATGAAATAAAGGAAAGGGATGGCATTGAGGAAGAATGGAAGCAGGATGGTATTCGTAAAAGCCCCACAAGGTTTTATACCATGAATCGTACTTTCCCTGATATGCGAACAGTCTCTCTTAGCCCAACTGAGACAGAAATGGGTGCAGTGAAGCTCAGTGGT
GATCAGGCTGCTCAACTGCTTTCTGCACTTTGGATTCAAGCCAATTTACCTGATAACATCCCTGCAAACATTGAAGCAATTGCTCATACTTTCAGTCTAACTTTGTTTTTTTCACGAATGAAGAATTCAAACCATAGCATACTTATTCGGTCTTTTCAACTGGCTTTATCACTAAGAGCTGTTTCTCTTGATTTAACTGG
CTTATTGCCTCCATCAAGGTGTAGATCGTTGTTCACTTTAGCGACAGCCATGCTTGTATTTGCAGCCAGGGTCTATAACATTCCAGAGATAATTGATGTAGCTAAGGGATCGCTTACAGCAAATATTGATGATCCATACTTGGAGCTTTCAGAGGACCTCCGGCTTATTGTTAAAGTTCATGCAGATTTGAAGGAGTATG
GGTCAATATCTGATGATGGTGCTGCCTTATCCTCACTTTTGGCTGTGAGGCTGACTGAGAACGAGTCCAATGAAGCACTGGTCGATATGATAGTCCAAGCTTTGTCTACATCATCTGATGATGATTCAAACATAGCCAAAGAATTGTTGGAAACATTTTCTCCGGTTGATGGATTTGCTTTTGGTCCTCATCTCCTGCTG
GAGTCTGGCAACAGCCATAAAGCAGGGTTTTCTAAGGAATCACTTTCATTCGATGAGGTTTTACCAGCAAGTTCTTGCATGGATGAGGACCTTATAAGTGAGACGTCTGGCACAGATATGCCTCGTCTTCTCTCCAAGACTTATGTTCCTGCCCCTCCACCACATATCATAAGTGTTGGCCAATTACTGGAGTCGGCCCT
TGAAGCGGCAGGACATGTTGCGAGTGCTGCTGTGTCAACATCGCCACTTCCTTTCAGTGCGATGGCTAGCCAATGCGAGGCTTTTGGTTCCAGCACAAGAAGAAAGCTCTCTGTCTGGATGAATGAAGACACAAATCCAGATACTTTATTGTTGACATTTCCAGCCAATGAAGAGTCAGAAAGGACATTTGTGGCCCAGA
ACTTTGAGAAGAATGAAGTGAAGGTTGCCATGCAAAGGGATCAAGGAATGGATAAAATTCCAAGTTCTTGTTATCTGTATCGAGGATCACTGCCACATGAGCCATGGCAGGCAATGCGGCTTCCTGCAGCTAGTCCATTTGATAATTTTTTGAAGGCGGCAGGCTGTTAGGCTTTCTGAGAAACACAAAGAAGTTAAGTA
CAAATTGTTGGCTAGTTTGCTGTGTCTTTTGGCTATTTCTAATCTGGCTTATTGGCTGTGTTCCTGGACTTTTTGCTGATGCGCTCCATGACTTTTCGGATATGGGCTTATTAACATGTATATAATATTATAATATAATTATTGGTTTTAATCTGGTTCCTATTGAAGTCTATTTTGAAATGTATTGAATTCTATTTTGA
AATGTATTTGAAGTATTCCCTATCCTCAAGCTTACTGTTTTTCCTTATTATCTAAAGTTCCATTCTTGAATAGTCCTGAAGTTTGAGTTGAATTCTCTACTGGGAAAGTATCGTTTATGAAGAGATTTAACTATTCTCTGGCCATATCTGAACGATTTGAAAATGGATGATCTTGGTGGGTGGCATTGACATGACATAAT
TCAGTATCCATGTTACATGTTCTTGATAATCCTGTTCAACAGAAATCATTTATATTGCTCGTCATATTTTATATAAAATTACTAAGTAGTCCA
>TRINITY_DN109209_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGGACTTACATGTGTACTGTTTTGAATGATAAATACAGACAGATGGGACTTACATGCACAATTTGAATGGATTACTTCCAAAAGTCTGTGGGCTTGCTCGTGAGAATGGGGAACTGGATAGCCATTGTCGGTTACGAGCTTCTAGTCTAGAGGCTCTTTCTGCGATGgtactaacattctagccgtagagtcagttgctg
tcctttttttagaaaactggtttacattatcttagtagctgtgagttatatgtatagaaacttcttgtagagttttatcatgggacaccctgagcatcattagaagttgtaccaagtaaggtaagtagtctgacatgtttcatgcttactgcagGTTTGGTTCATGGGTGAATGCTCACCTATTTCAGCTAATTTTGATG
ATATTGTCTATGTTACATTGGACAATTATGGATTTCCTACAGTTGATCAAGAGCATAACCATGAGAGAGGTGATTTGCATCATAATTGGGTGGACGAGGTTCTTAGATGTGAGGGAAGGGGAGCTAATTCTGATTTAGAAAGACCTCATTTCAAAGATCCTTCTACACTTACAAGGGAAGAGAAGGACACACCTAAGGTG
TGGGCTCAAATCTGTATCCAAAGTATGGTGCGATTGGCCAAAGAAACCACTACAGTGCGACGTGTTTTAGAACCAATATTTCAGTACTTTGACATGGGGAAGCATTGGTCTCCTGAGAATGGATTGGCTGTTTCTGTTCTTCGTGACATGTCATACTTAATGCAAGATACAGGAAATGATGATTTGCTCTTCTCGGTCCT
CATCAGACATCTTGATCACAAAAATGTAGTGCACCAGCCTCAGATGAAAACTGATATAGTTGAAATTGCTGCTATCTTGGCTAGGAAGTCTAGATCAAAATCCACAGTTTCTGAAATTGGTGCAATCAACGATCTGTCTAGGCATTTAAGGAAAAGTCTTCAGGCCACAATGGAGGCTGTGGGTCCTCTGGAGGCTAGCT
GGAACATGTCTCTCCAAAATGCCATTGAAGAATGTTTAATGGAACTCATGAAAAGGGGTGGAGATCCTGGACCAGTATTTGACATGATGGCCACAACATTGGAGAAGGTCTCAGCTGTGCCAGTTACAGCAAGGGCCACAATTGGAGCAATGTTCATTCTTGCTCAGATAATAGCTTCTGTATCTAATCAGTCATATGTA
CAGCGGGGTTTTCCAGATGCTCTTTTCCACCAACTTTTACAGGCTATGTTGCACCCTGATGCTCAAACACGTGTAACAGCTCATCAAATTTTCACTGTTATCCTTGTACCGACATCCGTTTCTCCAAGATCTGAATGTCAACCATTCCAATCAGTCTCTCAGTATGACTCAAAGAGGGCACTTTCCAAGCCCACATCAGC
ATTTTCTTCTGCAGCAGCACTTTTTGAAAAGCTAAGGAAGGAAAAGGTAGTCTTACAAGAAGAGAAAAATGGCAGTGAGGCATCTGATGAAATAAAGGAAAGGGATGGCATTGAGGAAGAATGGAAGCAGGATGGTATTCGTAAAAGCCCCACAAGGTTTTATACCATGAATCGTACTTTCCCTGATATGCGAACAGTCT
CTCTTAGCCCAACTGAGACAGAAATGGGTGCAGTGAAGCTCAGTGGTGATCAGGCTGCTCAACTGCTTTCTGCACTTTGGATTCAAGCCAATTTACCTGATAACATCCCTGCAAACATTGAAGCAATTGCTCATACTTTCAGTCTAACTTTGTTTTTTTCACGAATGAAGAATTCAAACCATAGCATACTTATTCGGTCT
TTTCAACTGGCTTTATCACTAAGAGCTGTTTCTCTTGATTTAACTGGCTTATTGCCTCCATCAAGGTGTAGATCGTTGTTCACTTTAGCGACAGCCATGCTTGTATTTGCAGCCAGGGTCTATAACATTCCAGAGATAATTGATGTAGCTAAGGGATCGCTTACAGCAAATATTGATGATCCATACTTGGAGCTTTCAGA
GGACCTCCGGCTTATTGTTAAAGTTCATGCAGATTTGAAGGAGTATGGGTCAATATCTGATGATGGTGCTGCCTTATCCTCACTTTTGGCTGTGAGGCTGACTGAGAACGAGTCCAATGAAGCACTGGTCGATATGATAGTCCAAGCTTTGTCTACATCATCTGATGATGATTCAAACATAGCCAAAGAATTGTTGGAAA
CATTTTCTCCGGTTGATGGATTTGCTTTTGGTCCTCATCTCCTGCTGGAGTCTGGCAACAGCCATAAAGCAGGGTTTTCTAAGGAATCACTTTCATTCGATGAGGTTTTACCAGCAAGTTCTTGCATGGATGAGGACCTTATAAGTGAGACGTCTGGCACAGATATGCCTCGTCTTCTCTCCAAGACTTATGTTCCTGCC
CCTCCACCACATATCATAAGTGTTGGCCAATTACTGGAGTCGGCCCTTGAAGCGGCAGGACATGTTGCGAGTGCTGCTGTGTCAACATCGCCACTTCCTTTCAGTGCGATGGCTAGCCAATGCGAGGCTTTTGGTTCCAGCACAAGAAGAAAGCTCTCTGTCTGGATGAATGAAGACACAAATCCAGATACTTTATTGTT
GACATTTCCAGCCAATGAAGAGTCAGAAAGGACATTTGTGGCCCAGAACTTTGAGAAGAATGAAGTGAAGGTTGCCATGCAAAGGGATCAAGGAATGGATAAAATTCCAAGTTCTTGTTATCTGTATCGAGGATCACTGCCACATGAGCCATGGCAGGCAATGCGGCTTCCTGCAGCTAGTCCATTTGATAATTTTTTGA
AGGCGGCAGGCTGTTAGGCTTTCTGAGAAACACAAAGAAGTTAAGTACAAATTGTTGGCTAGTTTGCTGTGTCTTTTGGCTATTTCTAATCTGGCTTATTGGCTGTGTTCCTGGACTTTTTGCTGATGCGCTCCATGACTTTTCGGATATGGGCTTATTAACATGTATATAATATTATAATATAATTATTGGTTTTAATC
TGGTTCCTATTGAAGTCTATTTTGAAATGTATTGAATTCTATTTTGAAATGTATTTGAAGTATTCCCTATCCTCAAGCTTACTGTTTTTCCTTATTATCTAAAGTTCCATTCTTGAATAGTCCTGAAGTTTGAGTTGAATTCTCTACTGGGAAAGTATCGTTTATGAAGAGATTTAACTATTCTCTGGCCATATCTGAAC
GATTTGAAAATGGATGATCTTGGTGGGTGGCATTGACATGACATAATTCAGTATCCATGTTACATGTTCTTGATAATCCTGTTCAACAGAAATCATTTATATTGCTCGTCATATTTTATATAAAATTACTAAGTAGTCCA
Intron 3 GTAAAACGAC ... GTTTCTTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.91 | 34 | 6.4 | 7.8 |
| A2 | 24.9 | 33 | 2 | 11.4 |
| A3 | 23.14 | 20.9 | 2.2 | 6.6 |
| A4 | 22.15 | 33 | 6 | 9.6 |
| A5 | 23.37 | 15 | 2.2 | 5.2 |
| A6 | 39.24 | 11 | 0 | 7.6 |
| A7 | 7.5 | 7 | 2 | 0.6 |
| A8 | 25.72 | 4 | 0 | 1.8 |
| A9 | 10 | 10 | 2.6 | 1.2 |
| A10 | 15.65 | 17 | 2 | 3.6 |
>TRINITY_DN109209_c0_g1_i11 from sample A3 / Example spliced isoformGTTGACAGCTTCATTGAAGATTTCACTGGCTTCTACAGTCGAAATGATTCTAATTTTGTCGATATCTATGCATTTGCGCAGTTTTGGAAAAAAATAAGATCATCTTAAAAAACAAGAATCACTCGATTTTGCTTTAAAAAAATGAAAGCTGTGGTAGACTCCACAGTACCACGTTGTGACCGCTAGATCAAAGCCGTGGT
AGATTCTACAGTGGCACCTGACTACCGCTAGATCAGCGCAACCGACAGAGACTCATTGGATTATAATAAAGCATGAAACCAAAACTAGAAACAAACTTCACATAGTTCACCCACGTGCCCATCACTAGCACACTGCAGCACAGCTCAGTTTTGCCTGCCAAAATAGCAAATCTGCCATCATTCATTTCACACAAGACCAA
TATGGTCTGTTTTCAACCAACGCGACATATATATGAGTATTCCCCAAGGTCGTTTTCATTTTATTACCCCAGTTTCATGTGAAGACAGACCCACATAAGGGCCACAAACATCACACATTCCGCTACAGAATACAGAGAAGGGTATGACTGTTTCCCACTGAAAAGCACTTGCACAGCAGAGTGATAACAGTGGAAAATTT
CAGTCCGGAGGATGGGTTTTATGTCAAGGAAAGTTCTGCCCATATGTGGGAACATGTGTGTATGCTGTCCAGGGCTGCGATCACGGTCTCGCCAGCCTGTGAAGCGGTACAAGAAGCTGTTTGCTGATATTTTCCCCAAGAACCAGGATGATCCGCCGAATGAGCGTAAACTTGTTAAGCTCTCTGAATATGCAGCGAAG
AATCCATTGCGGATACCAAAGATAGCGAACCTTTTGGAGCAAAGGGGTTACAAGGAGTTGCGGAATGAGCACTTTGGATCTGTCCGTGTTATCATGACTGCATATAGCAAGCTACTTTCATTATGCAGGGACCAAATGCCACTCTTCGCTATCAGTCTCTTGAGTATGATTCATACACTTCTTGAGCAGACAAGAAATGA
CGATATGCGCATTCTTGGTTGTCATATATTAAAGGATTTCATATATAGTCAGACAGATGGGACTTACATGCACAATTTGAATGGATTACTTCCAAAAGTCTGTGGGCTTGCTCGTGAGAATGGGGAACTGGATAGCCATTGTCGGTTACGAGCTTCTAGTCTAGAGGCTCTTTCTGCGATGGTTTGGTTCATGGGTGAAT
GCTCACCTATTTCAGCTAATTTTGATGATATTGTCTATGTTACATTGGACAATTATGGATTTCCTACAGTTGATCAAGAGCATAACCATGAGAGAGGTGATTTGCATCATAATTGGGTGGACGAGGTTCTTAGATGTGAGGGAAGGGGAGCTAATTCTGATTTAGAAAGACCTCATTTCAAAGATCCTTCTACACTTACA
AGGGAAGAGAAGGACACACCTAAGGTGTGGGCTCAAATCTGTATCCAAAGTATGGTGCGATTGGCCAAAGAAACCACTACAGTGCGACGTGTTTTAGAACCAATATTTCAGTACTTTGACATGGGGAAGCATTGGTCTCCTGAGAATGGATTGGCTGTTTCTGTTCTTCGTGACATGTCATACTTAATGCAAGATACAGG
AAATGATGATTTGCTCTTCTCGGTCCTCATCAGACATCTTGATCACAAAAATGTAGTGCACCAGCCTCAGATGAAAACTGATATAGTTGAAATTGCTGCTATCTTGGCTAGGAAGTCTAGATCAAAATCCACAGTTTCTGAAATTGGTGCAATCAACGATCTGTCTAGGCATTTAAGGAAAAGTCTTCAGGCCACAATGG
AGGCTGTGGGTCCTCTGGAGGCTAGCTGGAACATGTCTCTCCAAAATGCCATTGAAGAATGTTTAATGGAACTCATGAAAAGGGGTGGAGATCCTGGACCAGTATTTGACATGATGGCCACAACATTGGAGAAGGTCTCAGCTGTGCCAGTTACAGCAAGGGCCACAATTGGAGCAATGTTCATTCTTGCTCAGATAATA
GCTTCTGTATCTAATCAGTCATATGTACAGCGGGGTTTTCCAGATGCTCTTTTCCACCAACTTTTACAGGCTATGTTGCACCCTGATGCTCAAACACGTGTAACAGCTCATCAAATTTTCACTGTTATCCTTGTACCGACATCCGTTTCTCCAAGATCTGAATGTCAACCATTCCAATCAGTCTCTCAGTATGACTCAAA
GAGGGCACTTTCCAAGCCCACATCAGCATTTTCTTCTGCAGCAGCACTTTTTGAAAAGCTAAGGAAGGAAAAGGTAGTCTTACAAGAAGAGAAAAATGGCAGTGAGGCATCTGATGAAATAAAGGAAAGGGATGGCATTGAGGAAGAATGGAAGCAGGATGGTATTCGTAAAAGCCCCACAAGGTTTTATACCATGAATC
GTACTTTCCCTGATATGCGAACAGTCTCTCTTAGCCCAACTGAGACAGAAATGGGTGCAGTGAAGCTCAGTGGTGATCAGGCTGCTCAACTGCTTTCTGCACTTTGGATTCAAGCCAATTTACCTGATAACATCCCTGCAAACATTGAAGCAATTGCTCATACTTTCAGTCTAACTTTGTTTTTTTCACGAATGAAGAAT
TCAAACCATAGCATACTTATTCGGTCTTTTCAACTGGCTTTATCACTAAGAGCTGTTTCTCTTGATTTAACTGGCTTATTGCCTCCATCAAGGTGTAGATCGTTGTTCACTTTAGCGACAGCCATGCTTGTATTTGCAGCCAGGGTCTATAACATTCCAGAGATAATTGATGTAGCTAAGGGATCGCTTACAGCAAATAT
TGATGATCCATACTTGGAGCTTTCAGAGGACCTCCGGCTTATTGTTAAAGTTCATGCAGATTTGAAGGAGTATGGGTCAATATCTGATGATGGTGCTGCCTTATCCTCACTTTTGGCTGTGAGGCTGACTGAGAACGAGTCCAATGAAGCACTGGTCGATATGATAGTCCAAGCTTTGTCTACATCATCTGATGATGATT
CAAACATAGCCAAAGAATTGTTGGAAACATTTTCTCCGGTTGATGGATTTGCTTTTGGTCCTCATCTCCTGCTGGAGTCTGGCAACAGCCATAAAGCAGGGTTTTCTAAGGAATCACTTTCATTCGATGAGGTTTTACCAGCAAGTTCTTGCATGGATGAGGACCTTATAAGTGAGACGTCTGGCACAGATATGCCTCGT
CTTCTCTCCAAGACTTATGTTCCTGCCCCTCCACCACATATCATAAGTGTTGGCCAATTACTGGAGTCGGCCCTTGAAGCGGCAGGACATGTTGCGAGTGCTGCTGTGTCAACATCGCCACTTCCTTTCAGTGCGATGGCTAGCCAATGCGAGGCTTTTGGTTCCAGCACAAGAAGAAAGCTCTCTGTCTGGATGAATGA
AGACACAAATCCAGATACTTTATTGTTGACATTTCCAGCCAATGAAGAGTCAGAAAGGACATTTGTGGCCCAGAACTTTGAGAAGAATGAAGTGAAGGTTGCCATGCAAAGGGATCAAGGAATGGATAAAATTCCAAGTTCTTGTTATCTGTATCGAGGATCACTGCCACATGAGCCATGGCAGGCAATGCGGCTTCCTG
CAGCTAGTCCATTTGATAATTTTTTGAAGGCGGCAGGCTGTTAGGCTTTCTGAGAAACACAAAGAAGTTAAGTACAAATTGTTGGCTAGTTTGCTGTGTCTTTTGGCTATTTCTAATCTGGCTTATTGGCTGTGTTCCTGGACTTTTTGCTGATGCGCTCCATGACTTTTCGGATATGGGCTTATTAACATGTATATAAT
ATTATAATATAATTATTGGTTTTAATCTGGTTCCTATTGAAGTCTATTTTGAAATGTATTGAATTCTATTTTGAAATGTATTTGAAGTATTCCCTATCCTCAAGCTTACTGTTTTTCCTTATTATCTAAAGTTCCATTCTTGAATAGTCCTGAAGTTTGAGTTGAATTCTCTACTGGGAAAGTATCGTTTATGAAGAGAT
TTAACTATTCTCTGGCCATATCTGAACGATTTGAAAATGGATGATCTTGGTGGGTGGCATTGACATGACATAATTCAGTATCCATGTTACATGTTCTTGATAATCCTGTTCAACAGAAATCATTTATATTGCTCGTCATATTTTATATAAAATTACTAAGTAGTCCA
>TRINITY_DN109209_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:GTTGACAGCTTCATTGAAGATTTCACTGGCTTCTACAGTCGAAATGATTCTAATTTTGTCGATATCTATGCATTTGCGCAGTTTTGGAAAAAAATAAGATCATCTTAAAAAACAAGAATCACTCGATTTTGCTTTAAAAAAATGAAAGCTGTGGTAGACTCCACAGTACCACGTTGTGACCGCTAGATCAAAGCCGTGGT
AGATTCTACAGTGGCACCTGACTACCGCTAGATCAGCGCAACCGACAGAGACTCATTGGATTATAATAAAGCATGAAACCAAAACTAGAAACAAACTTCACATAGTTCACCCACGTGCCCATCACTAGCACACTGCAGCACAGCTCAGTTTTGCCTGCCAAAATAGCAAATCTGCCATCATTCATTTCACACAAGACCAA
TATGGTCTGTTTTCAACCAACGCGACATATATATGAGTATTCCCCAAGGTCGTTTTCATTTTATTACCCCAGTTTCATGTGAAGACAGACCCACATAAGGGGCCACAAACATCACACATTCCGCTACAGAATACAGgtaaaacgactgcttattaccagcttacagttagttcaaatcagtttgaaggccttcacagtgg
aatctcacacacattgttcattgtctttatttggggtttcttaagAGAAGGGTATGACTGTTTCCCACTGAAAAGCACTTGCACAGCAGAGTGATAACAGTGGAAAATTTCAGTCCGGAGGATGGGTTTTATGTCAAGGAAAGTTCTGCCCATATGTGGGAACATGTGTGTATGCTGTCCAGGGCTGCGATCACGGTCTC
GCCAGCCTGTGAAGCGGTACAAGAAGCTGTTTGCTGATATTTTCCCCAAGAACCAGGATGATCCGCCGAATGAGCGTAAACTTGTTAAGCTCTCTGAATATGCAGCGAAGAATCCATTGCGGATACCAAAGATAGCGAACCTTTTGGAGCAAAGGGGTTACAAGGAGTTGCGGAATGAGCACTTTGGATCTGTCCGTGTT
ATCATGACTGCATATAGCAAGCTACTTTCATTATGCAGGGACCAAATGCCACTCTTCGCTATCAGTCTCTTGAGTATGATTCATACACTTCTTGAGCAGACAAGAAATGACGATATGCGCATTCTTGGTTGTCATATATTAAAGGATTTCATATATAGTCAGACAGATGGGACTTACATGCACAATTTGAATGGATTACT
TCCAAAAGTCTGTGGGCTTGCTCGTGAGAATGGGGAACTGGATAGCCATTGTCGGTTACGAGCTTCTAGTCTAGAGGCTCTTTCTGCGATGGTTTGGTTCATGGGTGAATGCTCACCTATTTCAGCTAATTTTGATGATATTGTCTATGTTACATTGGACAATTATGGATTTCCTACAGTTGATCAAGAGCATAACCATG
AGAGAGGTGATTTGCATCATAATTGGGTGGACGAGGTTCTTAGATGTGAGGGAAGGGGAGCTAATTCTGATTTAGAAAGACCTCATTTCAAAGATCCTTCTACACTTACAAGGGAAGAGAAGGACACACCTAAGGTGTGGGCTCAAATCTGTATCCAAAGTATGGTGCGATTGGCCAAAGAAACCACTACAGTGCGACGT
GTTTTAGAACCAATATTTCAGTACTTTGACATGGGGAAGCATTGGTCTCCTGAGAATGGATTGGCTGTTTCTGTTCTTCGTGACATGTCATACTTAATGCAAGATACAGGAAATGATGATTTGCTCTTCTCGGTCCTCATCAGACATCTTGATCACAAAAATGTAGTGCACCAGCCTCAGATGAAAACTGATATAGTTGA
AATTGCTGCTATCTTGGCTAGGAAGTCTAGATCAAAATCCACAGTTTCTGAAATTGGTGCAATCAACGATCTGTCTAGGCATTTAAGGAAAAGTCTTCAGGCCACAATGGAGGCTGTGGGTCCTCTGGAGGCTAGCTGGAACATGTCTCTCCAAAATGCCATTGAAGAATGTTTAATGGAACTCATGAAAAGGGGTGGAG
ATCCTGGACCAGTATTTGACATGATGGCCACAACATTGGAGAAGGTCTCAGCTGTGCCAGTTACAGCAAGGGCCACAATTGGAGCAATGTTCATTCTTGCTCAGATAATAGCTTCTGTATCTAATCAGTCATATGTACAGCGGGGTTTTCCAGATGCTCTTTTCCACCAACTTTTACAGGCTATGTTGCACCCTGATGCT
CAAACACGTGTAACAGCTCATCAAATTTTCACTGTTATCCTTGTACCGACATCCGTTTCTCCAAGATCTGAATGTCAACCATTCCAATCAGTCTCTCAGTATGACTCAAAGAGGGCACTTTCCAAGCCCACATCAGCATTTTCTTCTGCAGCAGCACTTTTTGAAAAGCTAAGGAAGGAAAAGGTAGTCTTACAAGAAGA
GAAAAATGGCAGTGAGGCATCTGATGAAATAAAGGAAAGGGATGGCATTGAGGAAGAATGGAAGCAGGATGGTATTCGTAAAAGCCCCACAAGGTTTTATACCATGAATCGTACTTTCCCTGATATGCGAACAGTCTCTCTTAGCCCAACTGAGACAGAAATGGGTGCAGTGAAGCTCAGTGGTGATCAGGCTGCTCAAC
TGCTTTCTGCACTTTGGATTCAAGCCAATTTACCTGATAACATCCCTGCAAACATTGAAGCAATTGCTCATACTTTCAGTCTAACTTTGTTTTTTTCACGAATGAAGAATTCAAACCATAGCATACTTATTCGGTCTTTTCAACTGGCTTTATCACTAAGAGCTGTTTCTCTTGATTTAACTGGCTTATTGCCTCCATCA
AGGTGTAGATCGTTGTTCACTTTAGCGACAGCCATGCTTGTATTTGCAGCCAGGGTCTATAACATTCCAGAGATAATTGATGTAGCTAAGGGATCGCTTACAGCAAATATTGATGATCCATACTTGGAGCTTTCAGAGGACCTCCGGCTTATTGTTAAAGTTCATGCAGATTTGAAGGAGTATGGGTCAATATCTGATGA
TGGTGCTGCCTTATCCTCACTTTTGGCTGTGAGGCTGACTGAGAACGAGTCCAATGAAGCACTGGTCGATATGATAGTCCAAGCTTTGTCTACATCATCTGATGATGATTCAAACATAGCCAAAGAATTGTTGGAAACATTTTCTCCGGTTGATGGATTTGCTTTTGGTCCTCATCTCCTGCTGGAGTCTGGCAACAGCC
ATAAAGCAGGGTTTTCTAAGGAATCACTTTCATTCGATGAGGTTTTACCAGCAAGTTCTTGCATGGATGAGGACCTTATAAGTGAGACGTCTGGCACAGATATGCCTCGTCTTCTCTCCAAGACTTATGTTCCTGCCCCTCCACCACATATCATAAGTGTTGGCCAATTACTGGAGTCGGCCCTTGAAGCGGCAGGACAT
GTTGCGAGTGCTGCTGTGTCAACATCGCCACTTCCTTTCAGTGCGATGGCTAGCCAATGCGAGGCTTTTGGTTCCAGCACAAGAAGAAAGCTCTCTGTCTGGATGAATGAAGACACAAATCCAGATACTTTATTGTTGACATTTCCAGCCAATGAAGAGTCAGAAAGGACATTTGTGGCCCAGAACTTTGAGAAGAATGA
AGTGAAGGTTGCCATGCAAAGGGATCAAGGAATGGATAAAATTCCAAGTTCTTGTTATCTGTATCGAGGATCACTGCCACATGAGCCATGGCAGGCAATGCGGCTTCCTGCAGCTAGTCCATTTGATAATTTTTTGAAGGCGGCAGGCTGTTAGGCTTTCTGAGAAACACAAAGAAGTTAAGTACAAATTGTTGGCTAGT
TTGCTGTGTCTTTTGGCTATTTCTAATCTGGCTTATTGGCTGTGTTCCTGGACTTTTTGCTGATGCGCTCCATGACTTTTCGGATATGGGCTTATTAACATGTATATAATATTATAATATAATTATTGGTTTTAATCTGGTTCCTATTGAAGTCTATTTTGAAATGTATTGAATTCTATTTTGAAATGTATTTGAAGTAT
TCCCTATCCTCAAGCTTACTGTTTTTCCTTATTATCTAAAGTTCCATTCTTGAATAGTCCTGAAGTTTGAGTTGAATTCTCTACTGGGAAAGTATCGTTTATGAAGAGATTTAACTATTCTCTGGCCATATCTGAACGATTTGAAAATGGATGATCTTGGTGGGTGGCATTGACATGACATAATTCAGTATCCATGTTAC
ATGTTCTTGATAATCCTGTTCAACAGAAATCATTTATATTGCTCGTCATATTTTATATAAAATTACTAAGTAGTCCA
Intron 4 GCCCTTGAAG ... TGAAGTGAAG
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| A2 | 61.64 | 28 | 44 | 46 |
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| A4 | 71.79 | 11 | 26 | 30 |
| A5 | 68.83 | 12 | 29 | 24 |
| A6 | 62.69 | 72 | 81 | 161 |
| A7 | 65.73 | 61 | 103 | 131 |
| A8 | 69.43 | 59 | 83 | 185 |
| A9 | 58.89 | 59 | 65 | 104 |
| A10 | 61.68 | 41 | 57 | 75 |
>TRINITY_DN40952_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformCACAAGACCAATATGGTCTGTTTTCAACCAACGCGACATATATATGAGTATTCCCCAAGGTCGTTTTCATTTTATTACCCCAGTTTCATGTGAAGACAGACCCACATAAGGGCCACAAACATCACACATTCCGCTACAGAATACAGAGAAGGGTATGACTGTTTCCCACTGAAAAGCACTTGCACAGCAGAGTGATAACA
GTGGAAAATTTCAGTCCGGAGGATGGGTTTTATGTCAAGGAAAGTTCTGCCCATATGTGGGAACATGTGTGTATGCTGTCCAGGGCTGCGATCACGGTCTCGCCAGCCTGTGAAGCGGTACAAGAAGCTGTTTGCTGATATTTTCCCCAAGAACCAGGATGATCCGCCGAATGAGCGTAAACTTGTTAAGCTCTCTGAAT
ATGCAGCGAAGAATCCATTGCGGATACCAAAGATAGCGAACCTTTTGGAGCAAAGGGGTTACAAGGAGTTGCGGAATGAGCACTTTGGATCTGTCCGTGTTATCATGACTGCATATGGCAAGCTACTTTCATTATGCAGGGACCAAATGCCACTCTTCGCTATCAGTCTCTTGAGTATGATTCATACACTTCTTGAGCAG
ACAAGAAATGACGATATGCGCATTCTTGGTTGTCATATATTAAAGGATTTCATATATAGTCAGACAGATGGGACTTACATGCACAATTTGAATGGATTACTTCCAAAAGTCTGTGGGCTTGCTCGTGAGAATGGGGAACTGGATAGCCATTGTCGGTTACGAGCTTCTAGTCTAGAGGCTCTTTCTGCGATGGTTTGGTT
CATGGGTGAATGCTCACCTATTTCAGCTAATTTTGATGATATTGTCTATGTTACATTGGACAATTATGGATTTCCTACAGTTGATCAAGAGCATAACCATGAGAGAGGTGATTTGCATCATAATTGGGTGGACGAGGTTCTTAGATGTGAGGGAAGGGGAGCTAATTCTGATTTAGAAAGACCTCATTTCAAAGATCCTT
CTACACTTACAAGGGAAGAGAAGGACACACCTAAGGTGTGGGCTCAAATCTGTATCCAAAGTATGGTGCGATTGGCCAAAGAAACCACTACAGTGCGACGTGTTTTAGAACCAATATTTCAGTACTTTGACATGGGGAAGCATTGGTCTCCTGAGAATGGATTGGCTGTTTCTGTTCTTCGTGACATGTCATACTTAATG
CAAGATACAGGAAATGATGATTTGCTCTTCTCGGTCCTCATCAGACATCTTGATCACAAAAATGTAGTGCACCAGCCTCAGATGAAAACTGATATAGTTGAAATTGCTGCTATCTTGGCTAGGAAGTCTAGATCAAAATCCACAGTTTCTGAAATTGGTGCAATCAACGATCTGTCTAGGCATTTAAGGAAAAGTCTTCA
GGCCACAATGGAGGCTGTGGGTCCTCTGGAGGCTAGCTGGAACATGTCTCTCCAAAATGCCATTGAAGAATGTTTAATGGAACTCATGAAAAGGGGTGGAGATCCTGGACCAGTATTTGACATGATGGCCACAACATTGGAGAAGGTCTCAGCTGTGCCAGTTACAGCAAGGGCCACAATTGGAGCAATGTTCATTCTTG
CTCAGATAATAGCTTCTGTATCTAATCAGTCATATGTACAGCGGGGTTTTCCAGATGCTCTTTTCCACCAACTTTTACAGGCTATGTTGCACCCTGATGCTCAAACACGTGTAACAGCTCATCAAATTTTCACTGTTATCCTTGTACCGACATCCGTTTCTCCAAGATCTGAATGTCAACCATTCCAATCAGTCTCTCAG
TATGACTCAAAGAGGGCACTTTCCAAGCCCACATCAGCATTTTCTTCTGCAGCAGCACTTTTTGAAAAGCTAAGGAAGGAAAAGGTAGTCTTACAAGAAGAGAAAAATGGCAGTGAGGCATCTGATGAAATAAAGGAAAGGGATGGCATTGAGGAAGAATGGAAGCAGGATGGTATTCGTAAAAGCCCCACAAGGTTTTA
TACCATGAATCGTACTTTCCCTGATATGCGAACAGTCTCTCTTAGCCCAACTGAGACAGAAATGGGTGCAGTGAAGCTCAGTGGTGATCAGGCTGCTCAACTGCTTTCTGCACTTTGGATTCAAGCCAATTTACCTGATAACATCCCTGCAAACATTGAAGCAATTGCTCATACTTTCAGTCTAACTTTGTTTTTTTCAC
GAATGAAGAATTCAAACCATAGCATACTTATTCGGTCTTTTCAACTGGCTTTATCACTAAGAGCTGTTTCTCTTGATTTAACTGGCTTATTGCCTCCATCAAGGTGTAGATCGTTGTTCACTTTAGCGACAGCCATGCTTGTATTTGCAGCCAGGGTCTATAACATTCCAGAGATAATTGATGTAGCTAAGGGATCGCTT
ACAGCAAATATTGATGATCCATACTTGGAGCTTTCAGAGGACCTCCGGCTTATTGTTAAAGTTCATGCAGATTTGAAGGAGTATGGGTCAATATCTGATGATGGTGCTGCCTTATCCTCACTTTTGGCTGTGAGGCTGACTGAGAACGAGTCCAATGAAGCACTGGTCGATATGATAGTCCAAGCTTTGTCTACATCATC
TGATGATGATTCAAACATAGCCAAAGAATTGTTGGAAACATTTTCTCCGGTTGATGGATTTGCTTTTGGTCCTCATCTCCTGCTGGAGTCTGGCAACAGCCATAAAGCAGGGTTTTCTAAGGAATCACTTTCATTCGATGAGGTTTTACCAGCAAGTTCTTGCATGGATGAGGACCTTATAAGTGAGACGTCTGGCACAG
ATATGCCTCGTCTTCTCTCCAAGACTTATGTTCCTGCCCCTCCACCACATATCATAAGTGTTGGCCAATTACTGGAGTCGGTTGCCATGCAAAGGGATCAAGGAATGGATAAAATTCCAAGTTCTTGTTATCTGTATCGAGGATCACTGCCACATGAGCCATGGCAGGCAATGCGGCTTCCTGCAGCTAGTCCATTTGAT
AATTTTTTGAAGGCGGCAGGCTGTTAGGCTTTCTGAGAAACACAAAGAAGTTAAGTACAAATTGTTGGCTAGTTTGCTGTGTCTTTTGGCTATTTCTAATCTGGCTTATTGGCTGTGTTCCTGGACTTTTTGCTGATGCGCTCCATGACTTTTCGGATATGGGCTTATTAACATGTATATAATATTATAATATAATTATT
GGTTTTAATCTGGTTCCTATTGAAGTCTATTTTGAAATGTATTGAATTCTATTTTGAAATGTATTTGAAGTATTCCCTATCCTCAAGCTTACTGTTTTTCCTTATTATCTAAAGTTCCATTCTTGAATAGTCCTGAAGTTTGAGTTGAATTCTCTACTGGGAAAGTATCGTTTATGAAGAGATTTAACTATTCTCTGGCC
ATATCTGAACGATTTGAAAATGGATGATCTTGGTGGGTGGCATTGACATGACATAATTCAGTATCCATGTTACATGTTCTTGATAATCCTGTTCAACAGAAATCATTTATATTGCTCGTCATATTTTATATAAAATTACTAAGTAGTCCTTGAAGTGGCAGG
>TRINITY_DN40952_c0_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:CACAAGACCAATATGGTCTGTTTTCAACCAACGCGACATATATATGAGTATTCCCCAAGGTCGTTTTCATTTTATTACCCCAGTTTCATGTGAAGACAGACCCACATAAGGGCCACAAACATCACACATTCCGCTACAGAATACAGGATGGGTTTTATGTCAAGGAAAGTTCTGCCCATATGTGGGAACATGTGTGTATG
CTGTCCAGGGCTGCGATCACGGTCTCGCCAGCCTGTGAAGCGGTACAAGAAGCTGTTTGCTGATATTTTCCCCAAGAACCAGGATGATCCGCCGAATGAGCGTAAACTTGTTAAGCTCTCTGAATATGCAGCGAAGAATCCATTGCGGATACCAAAGATAGCGAACCTTTTGGAGCAAAGGGGTTACAAGGAGTTGCGGA
ATGAGCACTTTGGATCTGTCCGTGTTATCATGACTGCATATGGCAAGCTACTTTCATTATGCAGGGACCAAATGCCACTCTTCGCTATCAGTCTCTTGAGTATGATTCATACACTTCTTGAGCAGACAAGAAATGACGATATGCGCATTCTTGGTTGTCATATATTAAAGGATTTCATATATAGTCAGACAGATGGGACT
TACATGCACAATTTGAATGGATTACTTCCAAAAGTCTGTGGGCTTGCTCGTGAGAATGGGGAACTGGATAGCCATTGTCGGTTACGAGCTTCTAGTCTAGAGGCTCTTTCTGCGATGGTTTGGTTCATGGGTGAATGCTCACCTATTTCAGCTAATTTTGATGATATTGTCTATGTTACATTGGACAATTATGGATTTCC
TACAGTTGATCAAGAGCATAACCATGAGAGAGGTGATTTGCATCATAATTGGGTGGACGAGGTTCTTAGATGTGAGGGAAGGGGAGCTAATTCTGATTTAGAAAGACCTCATTTCAAAGATCCTTCTACACTTACAAGGGAAGAGAAGGACACACCTAAGGTGTGGGCTCAAATCTGTATCCAAAGTATGGTGCGATTGG
CCAAAGAAACCACTACAGTGCGACGTGTTTTAGAACCAATATTTCAGTACTTTGACATGGGGAAGCATTGGTCTCCTGAGAATGGATTGGCTGTTTCTGTTCTTCGTGACATGTCATACTTAATGCAAGATACAGGAAATGATGATTTGCTCTTCTCGGTCCTCATCAGACATCTTGATCACAAAAATGTAGTGCACCAG
CCTCAGATGAAAACTGATATAGTTGAAATTGCTGCTATCTTGGCTAGGAAGTCTAGATCAAAATCCACAGTTTCTGAAATTGGTGCAATCAACGATCTGTCTAGGCATTTAAGGAAAAGTCTTCAGGCCACAATGGAGGCTGTGGGTCCTCTGGAGGCTAGCTGGAACATGTCTCTCCAAAATGCCATTGAAGAATGTTT
AATGGAACTCATGAAAAGGGGTGGAGATCCTGGACCAGTATTTGACATGATGGCCACAACATTGGAGAAGGTCTCAGCTGTGCCAGTTACAGCAAGGGCCACAATTGGAGCAATGTTCATTCTTGCTCAGATAATAGCTTCTGTATCTAATCAGTCATATGTACAGCGGGGTTTTCCAGATGCTCTTTTCCACCAACTTT
TACAGGCTATGTTGCACCCTGATGCTCAAACACGTGTAACAGCTCATCAAATTTTCACTGTTATCCTTGTACCGACATCCGTTTCTCCAAGATCTGAATGTCAACCATTCCAATCAGTCTCTCAGTATGACTCAAAGAGGGCACTTTCCAAGCCCACATCAGCATTTTCTTCTGCAGCAGCACTTTTTGAAAAGCTAAGG
AAGGAAAAGGTAGTCTTACAAGAAGAGAAAAATGGCAGTGAGGCATCTGATGAAATAAAGGAAAGGGATGGCATTGAGGAAGAATGGAAGCAGGATGGTATTCGTAAAAGCCCCACAAGGTTTTATACCATGAATCGTACTTTCCCTGATATGCGAACAGTCTCTCTTAGCCCAACTGAGACAGAAATGGGTGCAGTGAA
GCTCAGTGGTGATCAGGCTGCTCAACTGCTTTCTGCACTTTGGATTCAAGCCAATTTACCTGATAACATCCCTGCAAACATTGAAGCAATTGCTCATACTTTCAGTCTAACTTTGTTTTTTTCACGAATGAAGAATTCAAACCATAGCATACTTATTCGGTCTTTTCAACTGGCTTTATCACTAAGAGCTGTTTCTCTTG
ATTTAACTGGCTTATTGCCTCCATCAAGGTGTAGATCGTTGTTCACTTTAGCGACAGCCATGCTTGTATTTGCAGCCAGGGTCTATAACATTCCAGAGATAATTGATGTAGCTAAGGGATCGCTTACAGCAAATATTGATGATCCATACTTGGAGCTTTCAGAGGACCTCCGGCTTATTGTTAAAGTTCATGCAGATTTG
AAGGAGTATGGGTCAATATCTGATGATGGTGCTGCCTTATCCTCACTTTTGGCTGTGAGGCTGACTGAGAACGAGTCCAATGAAGCACTGGTCGATATGATAGTCCAAGCTTTGTCTACATCATCTGATGATGATTCAAACATAGCCAAAGAATTGTTGGAAACATTTTCTCCGGTTGATGGATTTGCTTTTGGTCCTCA
TCTCCTGCTGGAGTCTGGCAACAGCCATAAAGCAGGGTTTTCTAAGGAATCACTTTCATTCGATGAGGTTTTACCAGCAAGTTCTTGCATGGATGAGGACCTTATAAGTGAGACGTCTGGCACAGATATGCCTCGTCTTCTCTCCAAGACTTATGTTCCTGCCCCTCCACCACATATCATAAGTGTTGGCCAATTACTGG
AGTCGgcccttgaagcggcaggacatgttgcgagtgctgctgtgtcaacatcgccacttcctttcagtgcgatggctagccaatgcgaggcttttggttccagcacaagaagaaagctctctgtctggatgaatgaagacacaaatccagatactttattgttgacatttccagccaatgaagagtcagaaaggacattt
gtggcccagaactttgagaagaatgaagtgaagGTTGCCATGCAAAGGGATCAAGGAATGGATAAAATTCCAAGTTCTTGTTATCTGTATCGAGGATCACTGCCACATGAGCCATGGCAGGCAATGCGGCTTCCTGCAGCTAGTCCATTTGATAATTTTTTGAAGGCGGCAGGCTGTTAGGCTTTCTGAGAAACACAAAG
AAGTTAAGTACAAATTGTTGGCTAGTTTGCTGTGTCTTTTGGCTATTTCTAATCTGGCTTATTGGCTGTGTTCCTGGACTTTTTGCTGATGCGCTCCATGACTTTTCGGATATGGGCTTATTAACATGTATATAATATTATAATATAATTATTGGTTTTAATCTGGTTCCTATTGAAGTCTATTTTGAAATGTATTGAAT
TCTATTTTGAAATGTATTTGAAGTATTCCCTATCCTCAAGCTTACTGTTTTTCCTTATTATCTAAAGTTCCATTCTTGAATAGTCCTGAAGTTTGAGTTGAATTCTCTACTGGGAAAGTATCGTTTATGAAGAGATTTAACTATTCTCTGGCCATATCTGAACGATTTGAAAATGGATGATCTTGGTGGGTGGCATTGAC
ATGACATAATTCAGTATCCATGTTACATGTTCTTGATAATCCTGTTCAACAGAAATCATTTATATTGCTCGTCATATTTTATATAAAATTACTAAGTAGTCCTTGAAGTGGCAGG