sp|Q8LG03|FB345_ARATH ----> F-box protein At4g00755

Intron 1 GTAAGCTACC ... GTCGTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.95	58	17	28
A2	11.69	34	3	6
A3	17.65	28	7	5
A4	15.07	31	4	7
A5	23.68	29	14	4
A6	16.11	138	15	38
A7	17.2	77	15	17
A8	16.2	75	10	19
A9	19.23	105	26	24
A10	17.12	92	13	25

>TRINITY_DN119971_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CATATGTGTTCTTTCTGTTGTTGTGTGTGGTTTTTCTTGGCTATGAAGATTGCAGAAGATACTTCATCATCCATGGAAGAAGATACCCTAAGTTTGGTAGAGCGCCTGGACTCGGACACGACAGGCCGAATATTCAGTTACCTGGATGAACCCATTGATCTTGCTCGCCTCGCTACAGTTTCCCGTTCTTGCCGGCGAAT
GGTGGTTGAAAGTAGATGCTTTAAAGACCTCTGCATCAAAATCTCTCCAGAAGTATCCAGATTTAATTCTGTGATGGAAGAAGATAAAATGTGCATTTCTGGAGGACCAAGTTCAAGTAAAGGTTTTGAATGGACAAATTTGAATATGGAACATAGAGTCTATGGCAAGCTGGCCCATGAACTTATTGAACCCCCCGTGG
AAAAAAGTTGCATACGTGAGCCTATTTGTGCTTCCAGCACTGACAACTATCCAGATGAAAGCATCGTCTATACATTGGACCCATTGGAAAAAACAGATGGTAGGCCATCTTATTGGTCGAGTAAAGGAGAGAGCAGTAGAGATGTCTCCGAGACATTGACTTACAGGTTGCACACGAATTTGTCTGTTGTGCACGAAGTT
AAAATACGTCCATTCCAAGCTTACTTTCAGAGGGGGGCTCCTATATATTCAGCAAATGCAGTTCGCTTTCGGTTTGGTTATTCTAGCTCATCACCAGCAATCAACAGTTCTATATTGGATTTGTCCATGTCATCTGTTAGAGCTCCCTGTGAAGACTATGTCTGGACCTATATCTCTCAAGAGTACCTAGTGTTACAGGA
GGATAAATTACAATCGTTCAAGCTTCCAAGACCAGTCTTATGCATTGGGGACATCTTACAGGTTGAACTCTTGGGGAGGGTTCAAAAACAAGAAATGGATGGATTGTATTATATATGTGTGTGTCATGTGTGCGTGGTTGGGAGACCTCTCTCTTCCATCAGTTTTGAGGTTCAAGGTCAGCCAAAACAGTATATTTTAA
AGTACTTGGAGCACGAAGGGCATCTTCATAAGCCATTTGAAGATACTTCAAGAGTTGCATCCCTCGAAGATGAAGCTGGTCCCCCTTCTGATTGGTATTCCATTGCAGAGGGGATAAGACAGATCAGAGCTGAAAGGGTGCTTGCAATGTATAGAAATATTGCAGTGGTGAATTTCATTCCAGATGATAATCAGGATTCA
GATGAAGATGGCAATATGAATATGGACTTATTTCTCGAATGAGTTGTACGGTTCTCAAGTTTATGTTCCTGCAGCCAATGTTTTTATTTTCTTTGGATGTTGGTTCTGAGAAAATAAGTTGATTCAGTGGTGTACAGAATGTACATTTTTTTGGTTGCCATTATCCAGCGATGAAAGGTTAATTTAGTGATTCAAAGGTG
TATATTCACATCTCCCTCAATATCCGGCACTGATGATCTGCAATGCCATGCAATGCAGAATTGCTATGCTGCAGCTCTAACAGAACAAAGGTGTGGACAGTGTCAAGACTGCATAGATCCCTCGCCAACAAACAACATAATTAAACATTTTACTTTGCAGTGAACAGGTGCATACTTTTGACTGCATGGAAAGGATCCCA
TAATTGTATTAGCTTTGGGTACCATCAATAGAGAGACTCATGAATTTGATGACTTTGTTGGTGATTTAATAGAAGTATGTTAATTTTGAGTCTCTCTTTGCATGCTTTATGAAAGTAGGAATTCTGGAGCAGATTATGGTTCGGTTTTTGTCAAGAAAGCAATCTTATTGAAGCACCTTTC

>TRINITY_DN119971_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AATATACGTAGCCTAACTGTGGCAAACCTTTCACATATCTCGAGCATTATTTCTTCACTGTTTATTCTATATCAAAGACTGGGAAATGCAGAATCATGGATGATGAAATTTTTTCAGTTGTTAAATGTATTTAATGGGTTCCAAAGAACATACAAGACCCCTATATGTTGCCTGTTATGGAACCTTTTTCTGGTACTTTA
TGGCACTTAGATGTTGTAAGTTGCCATTCTTGTATAGGAGTGATCACTTATGTGGTACTTTAAAAGGGAGAAAAGTTAACTTAGCAGTGGAATTATTTAACTATAATATGCATTTTGGCATATGATCTGAAAATATCAGATTACAGTGAGTTTCCAAGGTGTATTTCCTATTCCCAAGTTTTGATACTGAAGCATTCTTG
TGCATCAGGAGGATAAATTACAATCGTTCAAGCTTCCAAGACCAGTCTTATGCATTGGGGACATCTTACAGGTTGAACTCTTGGGGAGGGTTCAAAAACAAGAAATGGATGGATTGTATTATATATGgtaagctaccaatctttgaagcatgtacatgcgtaggatatgttgtaggaaatagtaaagctttcataaaatg
ttatatagacttctcttttttggcagtacaagatttctatttactgtttcgtacagttggtgcttgacagtatttatgtctgttggcggccttacatgttgcaagtgtatctttgttgtaggcactataacattttgagtctattcagagtcttggtttctttcaggctctagggttctatttaactttgcactcttgct
tggattatttgtggcgcatcatcactgtactttaggccttatgtttcttaatcttgcattttaatacaaagtaacataattccctttttcttggtgaaatgtcgtgtcagTGTGTGTCATGTGTGCGTGGTTGGGAGACCTCTCTCTTCCATCAGTTTTGAGGTTCAAGGTCAGCCAAAACAGTATATTTTAAAGTACTT
GGAGCACGAAGGGCATCTTCATAAGCCATTTGAAGATACTTCAAGAGTTGCATCCCTCGAAGATGAAGCTGGTCCCCCTTCTGATTGGTATTCCATTGCAGAGGGGATAAGACAGATCAGAGCTGAAAGGGTGCTTGCAATGTATAGAAATATTGCAGTGGTGAATTTCATTCCAGATGATAATCAGGATTCAGATGAAG
ATGGCAATATGAATATGGACTTATTTCTCGAATGAGTTGTACGGTTCTCAAGTTTATGTTCCTGCAGCCAATGTTTTTATTTTCTTTGGATGTTGGTTCTGAGAAAATAAGTTGATTCAGTGGTGTACAGAATGTACATTTTTTTGGTTGCCATTATCCAGCGATGAAAGGTTAATTTAGTGATTCAAAGGTGTATATTC
ACATCTCCCTCAATATCCGGCACTGATGATCTGCAATGCCATGCAATGCAGAATTGCTATGCTGCAGCTCTAACAGAACAAAGGTGTGGACAGTGTCAAGACTGCATAGATCCCTCGCCAACAAACAACATAATTAAACATTTTACTTTGCAGTGAACAGGTGCATACTTTTGACTGCATGGAAAGGATCCCATAATTGT
ATTAGCTTTGGGTACCATCAATAGAGAGACTCATGAATTTGATGACTTTGTTGGTGATTTAATAGAAGTATGTTAATTTTGAGTCTCTCTTTGCATGCTTTATGAAAGTAGGAATTCTGGAGCAGATTATGGTTCGGTTTTTGTCAAGAAAGCAATCTTATTGAAGCACCTTTC

Intron 2 GTTGTGTGAA ... TTCTACTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.86	64	9.8	39
A2	31.43	24	9.9	11
A3	26.92	38	10.5	14
A4	38.98	36	5.5	23
A5	33.33	12	2.8	6
A6	20.34	94	14	24
A7	14.43	68	13.8	11.5
A8	34.43	40	5.3	21
A9	23.38	59	9.3	18
A10	13.04	60	14.3	9

>TRINITY_DN112892_c0_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

TGCATATGTGTTCTTTCTGTTGTTGTGTGTGGTTTTTCTTGGCTATGAAGATTGCAGAAAATACTTCATCATCCATGGAAGAAGATACCCTAAGTTTGGTAGAGCGCCTGGACTCGGACACGGCAGGCCGAATATTCAGTTACCTGGATGAACCCATTGATCTTGCTCGCCTCGCTACAGTTTCCCGTTCTTGCCGGCGA
ATGGTGGTTGAAAGTAGATGCTTTAAAGACCTCTGCATCAAAATCTCTCCAGAAGTATCCAGATTTAATTCTGTGATGGAAGAAGATAAAATGTGCATTTCTGGAGGACCAAGTTCAAGTAAAGGTTTTGAATGGACAAATTTGAATATGGAACATAGAGTCTATGGCAAGCTGGCCCATGAACTTATTGAACCCCCCGT
GGAAAAAAGTTGCATACGTGAGCCTATTTGTGCTTCCAGCACTGACAACTATCCAGATGAAAGCATCGTCTATACATTGGACCCATTGGAAAAAACAGATGGTAGGCCATCTTATTGGTCGAGTAAAGGAGAGAGCAGTAGAGATGTCTCCGAGACATTGACTTACAGGTTGCACACGAATTTGTCTGTTGTGCACGAAG
TTAAAATACGTCCATTCCAAGCTTACTTTCAGAGGGGGTCTCCTATATATTCAGCAAATGCAGTTCGCTTTCGGTTTGGTTATTCTAGCTCATCACCAGCAATCAACAGTTCTATATTGGATTTGTCCATGTCATCTGTTAGAGCTCCCTGTGAAGACTATGTCTGGACCTATATCTCTCAAGAGTACCTAGTGTTACAG
GAGGATAAATTACAATCGTTCAAGCTTCCAAGACCAGTCTTATGCATTGGGGACATCTTACAGGTTGAACTCTTGGGGAGGGTTCAAAAACAAGAAATGGATGGATTGTATTATATATGTGTGTGTCATGTGTGCGTGGTTGGGAGACCTCTCTCTTCCATCAGTTTTGAGGTTCAAGGTCAGCCAAAACAGTATATTTT
AAAGTACTTGGAGCACGAAGGGCATCTTCATAAGCCATTTGAAGATACTTCAAGAGTTGCATCCCTCGAAGATGAAGCTGGTCCCCCTTCTGATTGGTATTCCATTGCAGAGGGGATAAGACAGATCAGAGCTGAAAGGGTGCTTGCAATGTATAGAAATATTGCAGTGGTGAATTTCATTCCAGATGATAATCAGGATT
CAGATGAAGATGGCAATATGAATATGGACTTATTTCTCGAATGAGTTGTACGGTTCTCAAGTTTATGTTCCTGCAGCCAATGTTTTTATTTTCTTTGGATGTTGGTTCTGAGAAAATAAGTTGATTCAGTGGTGTACAGAATGTACATTTTTTTGGTTGCCATTATCCAGCGATGAAAGGTTAATTTAGTGATTCAAAGG
TGTATATTCACATCTCCCTCAATATCCGGCACTGATGATCTGCAATGCCATGCAATGCAGAATTGCTATGCTGCAGCTCTAACAGAACAAAGGTGTGGACAGTGTCAAGACTGCATAGATCCCTCGCCAACAAACAACATAATTAAACATTTTACTTTGCAGTGAACAGGTGCATACTTTTTACTGCATGGAAAGGATCT
CATAATTGTATTAGCTTTGGGTACCATCAATAGAGAGACTCATGAATTTGATGACTTTGTTGGTGATTTAATAGAAGTATGTTAATTTTGAGTCTCTCTTTGCATGCTTTATGAAAGTAGGAATTCTGGAGCAGATTATGG

>TRINITY_DN112892_c0_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AATACGTCCATTCCAAGgttgtgtgaaatgaagcaatgccattcatgggaagagagttatatttcattgtttgagtttcattttctgctatcaatatgatttgacaaaaaaatctgtttatggcacatgtccttttgttggctgtaactaagttactaactaatgtccacgcaaacgtttctactcagCTTACTTTCAGA
GGGGGGCTCCTATATATTCAGCAAATGCAGTTCGCTTTCGGTTTGGTTATTCTAGCTCATCACCAGCAATCAACAGTTCTATATTGGATTTGTCCATGTCATCTGTTAGAGCTCCCTGTGAAGACTATGTCTGGACCTATATCTCTCAAGAGTACCTAGTGTTACAGGTACCTTCTAGGCTTCTACTAATATATGCTTCA
CTTGAAAGTAGCAATGGATGAATTGCTTTTGAGGAAAATAACATATATGTATTTCACTTTACGCAAGCATCCCCGTTAATTGCTATTGCCACCTTTCGCACAGTACAGGACATAATTCATTGTCAGCGTGTGGGGAGACAGAATCAGATTTCTTACAAAAGCAAGTTGACTTTTAGTGTGTTGCATATATCTAAGATTCA
ATCATTTGGGGAGTTTGTACTTGGTGTAAGAAACATACTTACACATCTACTACACAGTTTAGTTGCTTGCTTATGTTGACATCCTCAATTCACTGGGCTCAAAATAGATGGGAATTGTAGCTAGACGATAAAGTTATCGATTCCAAATGTCCTTCACTAGGTATATCTTTTAGACTTGGACCTTAGACAGCAGGATATAG
TGTAGCTTAACTCAATTTGGTATAAAACAGATTGGAGTGTGACTCTAACAGCTCTATGTGCAATATTGTATTTAACAGAATAATGCCAGCCATACAAAAGTAGTGAAATTTGACTGGTCCAGACTATTGCCAACTTAAGGGAATTAGTGGTGTCTAGGTTTTAGGGTGGGTTTCAGAAATAAATGTTTGTAATTTACTAT
TTTAATGTCACCTTTGCAAGATAACTTGTTGCTAGGTGGTCCGTTTCAAAGCAGGAAAGGTTGTATTTATGGTCTTTTTTTTTTGTTTCTCTGGGGAAAAAATAATTGTTGCATCACTCGAGTCATGTCAGCTGTATTGCTAATGTATCAAAGTTTATGCGTCAACCCCTAATTGGTTTGATTAGTAGTGGGTTTCACAC
ACAAATGTGGACATGGATACACATCAGAATGAGAAAGAGTGGATTCATTCATATGTTATTACATAGTGGATGAGGAGTATGTTACATAACTCTCAAATACGTAACCATTAACTACCACACTAATTACTATATTAAATCATCTCATCATTATCTTTCTGTCAGACTATTGATTCGTTAGCTGGGTGAGAGCCAATGTTGGC
TGAATAGTCAACCTTTCCACCATTGACATAGAACTTGGATTGTTCATTGAACTTGCC

Intron 3 GTAGGCCATC ... TTCTACTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.79	47	58	39
A2	68.42	9	28	11
A3	63.81	19	53	14
A4	48.08	27	27	23
A5	54.29	8	13	6
A6	53.93	44	79	24
A7	67.83	23	84	13
A8	50	26	31	21
A9	60.87	27	66	18
A10	67.92	17	63	9

>TRINITY_DN111415_c12_g2_i6 from sample A3 / Example spliced isoform

GACGTTTTATTGCATATGTGTTCTTTCTGTTGTTGTGTGTGGTTTTTCTTGGCTATGAAGATTGCAGAAGATACTTCATCATCCATGGAAGAAGATACCCTAAGTTTGGTAGAGCGCCTGGACTCGGACACGACAGGCCGAATATTCAGTTACCTGGATGAACCCATTGATCTTGCTCGCCTCGCTACAGTTTCCCGTTC
TTGCCGGCGAATGGTGGTTGAAAGTAGATGCTTTAAAGACCTCTGCATCAAAATCTCTCCAGAAGTATCCAGATTTAATTCTGTGATGGAAGAAGATAAAATGTGCATTTCTGGAGGACCAAGTTCAAGTAAAGGTTTTGAATGGACAAATTTGAATATGGAACATAGAGTCTATGGCAAGCTGGCCCATGAACTTATTG
AACCCCCCGTGGAAAAAAGTTGCATACGTGAGCCTATTTGTGCTTCCAGCACTGACAACTATCCAGATGAAAGCATCGTCTATACATTGGACCCATTGGAAAAAACAGATGCTTACTTTCAGAGGGGGGCTCCTATATATTCAGCAAATGCAGTTCGCTTTCGGTTTGGTTATTCTAGCTCATCACCAGCAATCAACAGT
TCTATATTGGATTTGTCCATGTCATCTGTTAGAGCTCCCTGTGAAGACTATGTCTGGACCTATATCTCTCAAGAGTACCTAGTGTTACAGGAGGATAAATTACAATCGTTCAAGCTTCCAAGACCAGTCTTATGCATTGGGGACATCTTACAGGTTGAACTCTTGGGGAGGGTTCAAAAACAAGAAATGGATGGATTGTA
TTATATATGTGTGTGTCATGTGTGCGTGGTTGGGAGACCTCTCTCTTCCATCAGTTTTGAGGTTCAAGGTCAGCCAAAACAGTATATTTTAAAGTACTTGGAGCACGAAGGGCATCTTCATAAGCCATTTGAAGATACTTCAAGAGTTGCATCCCTCGAAGATGAAGCTGGTCCCCCTTCTGATTGGTATTCCATTGCAG
AGGGGATAAGACAGATCAGAGCTGAAAGGGTGCTTGCAATGTATAGAAATATTGCAGTGGTGAATTTCATTCCAGATGATAATCAGGATTCAGACGAAGATGGCAATATGAATATGGACTTATTTCTCGAATGAGTTGTACGGTTCTCAAGTTTATGTTCCTGCAGCCAATGTTTTTATTTTCTTTGGATGTTGGTTCTG
AGAAAATAAGTTGATTCAGTGGTGTACAGAATGTACATTTTTTTGGTTGCCATTATCCAGCGATGAAAGGTTAATTTAGTGATTCAAAGGTGTATATTCACATCTCCCTCAATATCCGGCACTGATGATCTGCAATGCCATGCAATGCAGAATTGCTATGCTGCAGCTCTAACAGAACAAAGGTGTGGACAGTGTCAAGA
CTGCATAGATCCCTCGCCAACAAACAACATAATTAAACATTTTACTTTGCAGTGAACAGGTGCATACTTTTGACTGCATGGAAAGGATCCCATAATTGTATTAGCTTTGGGTACCATCAATAGAGAGACTCATGAATTTGATGACTTTGTTGGTGATTTAATAGAAGTATGTTAATTTTGAGTCTCTCTTTGCATGCTTT
ATGAAAGTAGGAATTCTGGAGCAGATTATGGTTCGGTTTTTGTCAAGAAAGCAATCTTATTGAAGCACCTTTCAATATCTTGGTTCTTCTATTCTATTGTGGGATTTATTTTGAAGCACCTTTCATAATGTGTGTTGCAACCTGCTACTATGAACTATTGTTTTAGGAAATTCGTTTGGCTCAGAAAAACAGTCCTGTAA
AACTATGGGTAGCATCATTGTTACCTGACATACCAAATGTGCATATTATAGGCTGCTATTTCATGGTCCTGGTAAATGCCTTTTCTTTCCTGTGTTGTACCATCTTGAATTAATGGCATGCATAATTTGTTGGTATGCTTAGAAG

>TRINITY_DN111415_c12_g2_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TCTCAATTGATATATGTGGAAATCGTTGCTTCTTTTATTTTGTTATAGCTCAGTTTCAGTGGTTGAAAGTAGATGCTTTAAAGACCTCTGCATCAAAATCTCTCCAGAAGTATCCAGATTTAATTCTGTGATGGAAGAAGATAAAATGTGCATTTCTGGAGGACCAAGTTCAAGTAAAGGTTTTGAATGGACAAATTTGA
ATATGGAACATAGAGTCTATGGCAAGCTGGCCCATGAACTTATTGAACCCCCCGTGGAAAAAAGTTGCATACGTGAGCCTATTTGTGCTTCCAGCACTGACAACTATCCAGATGAAAGCATCGTCTATACATTGGACCCATTGGAAAAAACAGATGgtaggccatcttattggtcaagtaaaggagagagcagtagagat
gtctccgagacattgacttacaggttgcacacgaatttgtctgttgtgcacgaagttaaaatacgtccattccaaggatgtgtgaaatgaagcaatgccattcatgggaagagagttatatttcattgtttgagtttcattttctgctatcaatatgatttgacaaaaaaatctgtttatggcacatgtccttttgttgg
ctgtaactaagttactaactaatgtccacgcaaacgtttctactcagCTTACTTTCAGAGGGGGGCTCCTATATATTCAGCAAATGCAGTTCGCTTTCGGTTTGGTTATTCTAGCTCATCACCAGCAATCAACAGTTCTATATTGGATTTGTCCATGTCATCTGTTAGAGCTCCCTGTGAAGACTATGTCTGGACCTATA
TCTCTCAAGAGTACCTAGTGTTACAGGAGGATAAATTACAATCGTTCAAGCTTCCAAGACCAGTCTTATGCATTGGGGACATCTTACAGGTTGAACTCTTGGGGAGGGTTCAAAAACAAGAAATGGATGGATTGTATTATATATGTGTGTGTCATGTGTGCGTGGTTGGGAGACCTCTCTCTTCCATCAGTTTTGAGGTT
CAAGGTCAGCCAAAACAGTATATTTTAAAGTACTTGGAGCACGAAGGGCATCTTCATAAGCCATTTGAAGATACTTCAAGAGTTGCATCCCTCGAAGATGAAGCTGGTCCCCCTTCTGATTGGTATTCCATTGCAGAGGGGATAAGACAGATCAGAGCTGAAAGGGTGCTTGCAATGTATAGAAATATTGCAGTGGTGAA
TTTCATTCCAGATGATAATCAGGATTCAGACGAAGATGGCAATATGAATATGGACTTATTTCTCGAATGAGTTGTACGGTTCTCAAGTTTATGTTCCTGCAGCCAATGTTTTTATTTTCTTTGGATGTTGGTTCTGAGAAAATAAGTTGATTCAGTGGTGTACAGAATGTACATTTTTTTGGTTGCCATTATCCAGCGAT
GAAAGGTTAATTTAGTGATTCAAAGGTGTATATTCACATCTCCCTCAATATCCGGCACTGATGATCTGCAATGCCATGCAATGCAGAATTGCTATGCTGCAGCTCTAACAGAACAAAGGTGTGGACAGTGTCAAGACTGCATAGATCCCTCGCCAACAAACAACATAATTAAACATTTTACTTTGCAGTGAACAGGTGCA
TACTTTTGACTGCATGGAAAGGATCCCATAATTGTATTAGCTTTGGGTACCATCAATAGAGAGACTCATGAATTTGATGACTTTGTTGGTGATTTAATAGAAGTATGTTAATTTTGAGTCTCTCTTTGCATGCTTTATGAAAGTAGGAATTCTGGAGCAGATTATGGTTCGGTTTTTGTCAAGAAAGCAATCTTATTGAA
GCACCTTTCAATATCTTGGTTCTTCTATTCTATTGTGGGATTTATTTTGAAGCACCTTTCATAATGTGTGTTGCAACCTGCTACTATGAACTATTGTTTTAGGAAATTCGTTTGGCTCAGAAAAACAGTCCTGTAAAACTATGGGTAGCATCATTGTTACCTGACATACCAAATGTGCATATTATAGGCTGCTATTTCAT
GGTCCTGGTAAATGCCTTTTCTTTCCTGTGTTGTACCATCTTGAATTAATGGCATGCATAATTTGTTGGTATGCTTAGAAG

Intron 4 GTAAGCTACC ... GTCGTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.95	58	17	28
A2	11.69	34	3	6
A3	17.65	28	7	5
A4	15.07	31	4	7
A5	23.68	29	14	4
A6	16.11	138	15	38
A7	17.2	77	15	17
A8	16.2	75	10	19
A9	19.23	105	26	24
A10	16.83	92	12.3	25

>TRINITY_DN40993_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GTTTTATTGCATATGTGTTCTTTCTGTTGTTGTGTGTGGTTTTTCTTGGCTATGAAGATTGCAGAAGATACTTCATCATCCATGGAAGAAGATACCCTAAGTTTGGTAGAGCGCCTGGACTCGGACACGACAGGCCGAATATTCAGTTACCTGGATGAACCCATTGATCTTGCTCGCCTCGCTACAGTTTCCCGTTCTTG
CCGGCGAATGGTGGTTGAAAGTAGATGCTTTAAAGACCTCTGCATCAAAATCTCTCCAGAAGTATCCAGATTTAATTCTGTGATGGAAGAAGATAAAATGTGCATTTCTGGAGGACCAAGTTCAAGTAAAGGTTTTGAATGGACAAATTTGAATATGGAACATAGAGTCTATGGCAAGCTGGCCCATGAACTTATTGAAC
CCCCCGTGGAAAAAAGTTGCATACGTGAGCCTATTTGTGCTTCCAGCACTGACAACTATCCAGATGAAAGCATCGTCTATACATTGGACCCATTGGAAAAAACAGATGGTAGGCCATCTTATTGGTCGAGTAAAGGAGAGAGCAGTAGAGATGTCTCCGAGACATTGACTTACAGGTTGCACACGAATTTGTCTGTTGTG
CACGAAGTTAAAATACGTCCATTCCAAGCTTACTTTCAGAGGGGGGCTCCTATATATTCAGCAAATGCAGTTCGCTTTCGGTTTGGTTATTCTAGCTCATCACCAGCAATCAACAGTTCTATATTGGATTTGTCCATGTCATCTGTTAGAGCTCCCTGTGAAGACTATGTCTGGACCTATATCTCTCAAGAGTACCTAGT
GTTACAGGAGGATAAATTACAATCGTTCAAGCTTCCAAGACCAGTCTTATGCATTGGGGACATCTTACAGGTTGAACTCTTGGGGAGGGTTCAAAAACAAGAAATGGATGGATTGTATTATATATGTGTGTGTCATGTGTGCGTGGTTGGGAGACCTCTCTCTTCCATCAGTTTTGAGGTTCAAGGTCAGCCAAAACAGT
ATATTTTAAAGTACTTGGAGCACGAAGGGCATCTTCATAAGCCATTTGAAGATACTTCAAGAGTTGCATCCCTCGAAGATGAAGCTGGTCCCCCTTCTGATTGGTATTCCATTGCAGAGGGGATAAGACAGATCAGAGCTGAAAGGGTGCTTGCAATGTATAGAAATATTGCAGTGGTGAATTTCATTCCAGATGATAAT
CAGGATTCAGATGAAGATGGCAATATGAATATGGACTTATTTCTCGAATGAGTTGTACGGTTCTCAAGTTTATGTTCCTGCAGCCAATGTTTTTATTTTCTTTGGATGTTGGTTCTGAGAAAATAAGTTGATTCAGTGGTGTACAGAATGTACATTTTTTTGGTTGCCATTATCCAGCGATGAAAGGTTAATTTAGTGAT
TCAAAGGTGTATATTCACATCTCCCTCAATATCCGGCACTGATGATCTGCAATGCCATGCAATGCAGAATTGCTATGCTGCAGCTCTAACAGAACAAAGGTGTGGACAGTGTCAAGACTGCATAGATCCCTCGCCAACAAACAACATAATTAAACATTTTACTTTGCAGTGAACAGGTGCATACTTTTGACTGCATGGAA
AGGATCCCATAATTGTATTAGCTTTGGGTACCATCAATAGAGAGACTCATGAATTTGATGACTTTGTTGGTGATTTAATAGAAGTATGTTAATTTTGAGTCTCTCTTTGCATGCTTTATGAAAGTAGGAATTCTGGAGCAGAACAAACAACATAATTAAACATTTTACTTTCCAGTGAACAGGTGCATACTTTTTACTGC
ATGGAAAGGATCTCATAATTGTATTAGCTTTGGGTACCATCAATAGAGAGACTCATGAATTTGATGACTTTGTTGGTGATTTAATAGAAGTATGTTAATTTTGAGTCTTTCTCTTTGCATGCTTTATGAAAGTTATGGTTCGGTTTTTGTCAAGAAAGCAATCTTATTGAAGCACCTTTCAATATCTTGGTTCTTCTATT
CTATTGTGGGATTTATTTTGAAGCACCTTTCATAATGTGTGTTGCAACCTGCTACTATGAACTATTGTTTTAGGAAATTCGTTTGGCTCAGAAAAACAGTCCTGTAAAACTATGGGTAGCATCATTGTTACCTGACATACCAAATGTGCATATTATAGGCTGCTATTTCATGGTCCTGGTAAATGCCTTTTCTTTCCTGT
GTTGTACCATCTTGAATTAATGGCATGCATAATTTGTTGGTATTAGGAATTCTGGAGCAGAACAAACAACATAATTAAACATT

>TRINITY_DN40993_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTTAAATGTATTTAATGGGTTCCAAAGAACATACAAGACCCCTATATGTTGCCTGTTATGGAACCTTTTTCTGGTACTTTATGGCACTTAGATGTTGTAAGTTGCCATTCTTGTATAGGAGTGATCACTTATGTGGTACTTTAAAAGGGAGAAAAGTTAACTTAGCAGTGGAATTATTTAACTATAATATGCATTTTGGC
ATATGATCTGAAAATGCCAGATTACAGTGAGTTTCCAAGGTGTATTTCCTATTCCCAAGTTTTGATACTGAAGCATTCTTGTGCATCAGGAGGATAAATTACAATCGTTCAAGCTTCCAAGACCAGTCTTATGCATTGGGGACATCTTACAGGTTGAACTCTTGGGGAGGGTTCAAAAACAAGAAATGGATGGATTGTAT
TATATATGgtaagctaccaatctttgaagcatatacatgcgtaggatatgttgtaggaaatagtaaagctttcataaaatgttatatagacttctcttttttggcagtacaagatttctatttactgtttcgtacagttggtgcttgacagtatttatgtctgttggcggccttacatgttgcaagtgtatctttgttgt
aggcactataacattttgagtctattcagagtcttggtttctttcaggctctagggttctatttaacttgcactcttgcttggattatttgtggcgcatcatcactgtactttaggccttatgtttcttaatcttgcattttaatacaaagtaacataattccctttttcttggtgaaatgtcgtgtcagTGTGTGTCAT
GTGTGCGTGGTTGGGAGACCTCTCTCTTCCATCAGTTTTGAGGTTCAAGGTCAGCCAAAACAGTATATTTTAAAGTACTTGGAGCACGAAGGGCATCTTCATAAGCCATTTGAAGATACTTCAAGAGTTGCATCCCTCGAAGATGAAGCTGGTCCCCCTTCTGATTGGTATTCCATTGCAGAGGGGATAAGACAGATCAG
AGCTGAAAGGGTGCTTGCAATGTATAGAAATATTGCAGTGGTGAATTTCATTCCAGATGATAATCAGGATTCAGATGAAGATGGCAATATGAATATGGACTTATTTCTCGAATGAGTTGTACGGTTCTCAAGTTTATGTTCCTGCAGCCAATGTTTTTATTTTCTTTGGATGTTGGTTCTGAGAAAATAAGTTGATTCAG
TGGTGTACAGAATGTACATTTTTTTGGTTGCCATTATCCAGCGATGAAAGGTTAATTTAGTGATTCAAAGGTGTATATTCACATCTCCCTCAATATCCGGCACTGATGATCTGCAATGCCATGCAATGCAGAATTGCTATGCTGCAGCTCTAACAGAACAAAGGTGTGGACAGTGTCAAGACTGCATAGATCCCTCGCCA
ACAAACAACATAATTAAACATTTTACTTTGCAGTGAACAGGTGCATACTTTTGACTGCATGGAAAGGATCCCATAATTGTATTAGCTTTGGGTACCATCAATAGAGAGACTCATGAATTTGATGACTTTGTTGGTGATTTAATAGAAGTATGTTAATTTTGAGTCTCTCTTTGCATGCTTTATGAAAGTAGGAATTCTGG
AGCAGAACAAACAACATAATTAAACATTTTACTTTCCAGTGAACAGGTGCATACTTTTTACTGCATGGAAAGGATCTCATAATTGTATTAGCTTTGGGTACCATCAATAGAGAGACTCATGAATTTGATGACTTTGTTGGTGATTTAATAGAAGTATGTTAATTTTGAGTCTTTCTCTTTGCATGCTTTATGAAAGTAGG
AATTCTGGAGCAGAACAAACAACATAATTAAACATT

Intron 5 GTAGGCCATC ... CCATTCCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.48	47	58	64
A2	74.29	9	28	24
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A4	53.85	27	27	36
A5	60.98	8	13	12
A6	66.41	44	80	94
A7	76.77	23	84	68
A8	57.72	26	31	40
A9	69.83	27	66	59
A10	78.34	17	63	60

>TRINITY_DN111415_c12_g2_i6 from sample A3 / Example spliced isoform

GACGTTTTATTGCATATGTGTTCTTTCTGTTGTTGTGTGTGGTTTTTCTTGGCTATGAAGATTGCAGAAGATACTTCATCATCCATGGAAGAAGATACCCTAAGTTTGGTAGAGCGCCTGGACTCGGACACGACAGGCCGAATATTCAGTTACCTGGATGAACCCATTGATCTTGCTCGCCTCGCTACAGTTTCCCGTTC
TTGCCGGCGAATGGTGGTTGAAAGTAGATGCTTTAAAGACCTCTGCATCAAAATCTCTCCAGAAGTATCCAGATTTAATTCTGTGATGGAAGAAGATAAAATGTGCATTTCTGGAGGACCAAGTTCAAGTAAAGGTTTTGAATGGACAAATTTGAATATGGAACATAGAGTCTATGGCAAGCTGGCCCATGAACTTATTG
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>TRINITY_DN111415_c12_g2_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

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