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>TRINITY_DN118837_c8_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoform
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CAGAGCATACGCCATTGGCATATACGTGGAAGATGGAAACAGCATACATCAACGGATGCCAAAGGATGTCGTTTTCTTTGTTGGGCTGCCAAAACGGCGAGCCTTATGCACCCGGCGGACTTCTCCAGCTCCTCGAGAAGACCATCAGTAATTGTATCATGGCTGCCGCTCGTCTCAAAATCCTTGAGGTGGGCGATTGG
CGCAGAAAAGGTTTATTCAATCATTCCTAATTAGTAGCTGCACTGGCACGCTCTCTCCTACTCGCTGTTCATTATTTCAATTGTTCACCTGCGGTTGTTTGGAGTTTTCTGATTAAAATGTATGATGTATTGATATCTGGATATGAAACAAACGGGTATTGAGCTTGCCCTGTACTATTTCTGCATTCAGACTATGGGTA
TGAGATTGTTTTTGCGTTTGCTTGTTGGCATAGGTTTTGATATTGTAAGTCAATGTGAATATTAGAGGCCTAGGCTAAAGAATTCTGAAATTTGGGTTTTCTGATAAAAAAATTGGGTTGTCTGATAAAAGAATTGGGTTTTCTGATAAAAGAATTGGGTTTTCTGGTCAGTTTCTAGTGGTAGTTTAAATAGTAGAAAC
TAAAGAAGTTACATAGGTCAGATATTTAGAGGGCAGAAAAGGTGGGTGTTTTTCTGTGTGGAGTATAAACTTGCCATACATCAATGCTGAGACAAAACAATATGTTGTATTTATGTACACACTTTGGTAAGAATATGTGCAAATTTCATACTAAGTTTCAGTTCTCCAGATCTGCTACAAAACTGCTTTGTTAGTGCAAC
ATTTATTGCTTCATTCCAAAGCTAAGCTATAGTTTCAGTTCAAGATGGTGCGGGCTTAGCAATTTTTTGGGTTCTGGGAATTAGTTCCTTGTTTTAATTGGCATGCTAGTATTGAACAGAATGGCATTTTTTTATGCTCTTTAAACTACTCTGGGCACCAAGTTAGCTCAGCACAATAGCAGGTTTCTTCAGCAATTCTG
GGATTGCAAATAGCAAAGATTTGCTCATTCATCTAAATCGGCAGTTATTTGCGAAGTGGGAGGCAGAATGCAATTAACAATACAGAATATAATCCAAGCTTAATAGCAGGTTCCTTCAACAATTCTGGGATTACAAATAGCAAAGATTGGCTCATTCGTCTAAGTCGGCAGTTATTTGCGAAATGGAAGGCAGAATGTAA
TTAACAATACAGAATATAATCCAAGTCCTTGAGCAATATGTAAACACAGTTGAAGGGTAATGTACCTTACTTCAACAACAGAATCATCATCAGCAATGGACAAGCTTCAAGAAGCAATGGCCAGCGGCCAGCTTGTTGATGGTCAAACCTCTTCACCAAATTGGTTGTTGAATCAAGTCTGTTCTTTACACCCTCTTTTA
CTTGATTCTCATCATTTTGCATGGAGAAAGAAAGGATGATGCAGTGAAAAAAGAAAGCTGAAAACTAGATGCTTGAGTTGAAAAAGAAGACAGTGGTTAAGAAGGCGATGCAACCACCCTTTTTCTACTTGCTTCTCATCATTCCGCCTGGAGAAAGAACAGATGGTGCAGTGGAAGAAGAAGGCTGAAAAGCAGATGCT
TGGATTGAAAAAGAAGACAGCGGTGAGGAAGGCGCTGTAGCCAAGACACGAACACCGAAGGCGGTGCACCCAAGAGACCAAAGACCGAATGCGGAGGAGCATTTGAGAGCAAGTTGGTGGAACAGTGGAAATGGGAAGGCAAGTCGCAAAGAAGCCAGTTTTTTTTAAATAACTTTTCAATTACCAAGAAGTGCCCTGCC
GGCTCGGCAACAATACCCCAAAACTCTCAACCAATAGCATGGAAGCCATCAATTTTAAAACTTTGGTTAGTGTTACTGCATGAAAGCAGCCAAGAGACCAGACCGAAGGCGGACCCTCCGCCGCGGAGGAGCATTCAGAAGCAAGTTCGTGGAACAGTGGAAATGGGAAGGCAAGTGGCAATGTAAGCTGTCAATGTAAA
ATCTAATACAAGATACACTGCACACTGCTGCTAAAATCAAATACAATGCACTGAGATATAATAATGTAACTTGCAAAGGACCAATTTAATTAGACATTATGCTTTACCTGCCATCCGATATCATCATTGGATTTCCACGTTTCTACAATAATTGATCCCAATTCCCATCAACACACAAAATTACTTTGGCGAAAGCTGCA
AAGCTCAGTGCTTAGGTGCGAAAGCTGCAAAGCTCAGTGCTTAGGTGGGGTCCGTTGGATTTGGAGATTATCCAATTTTATATCATTTTCATGTTTGCACAGTAATTGAGAAAAAGCAATTGAATGTCGACATTGGACAATTATGCAGCACTGTCCAAAAAATAAGTTAGAAAAAACCAAAATGATCACTGTTCAAAAAG
TGGCATGTGTTTTGTCAAAGTTTTTAGATCACTCTTCACACGTGCAGCACTGTCCAAAAAATAAGTTAGAAAAAACCAAAATGATCACTGTTCAAAAAGTGGCATGTGTTTTGTCAAAGTTTTTAGATCACTCTTCACACGTGTAAACGATGCTTAACAGGGCGATATGATATTTGATGGTCAAAAACAGATGGCCGCCG
GGGCCCAATCACCAACCGGGGAACCTTTCCAGGAATCCGTTCAACACTTGATAACACAACCCAGTCAATAATACTGCTGCAGGTCTCGATAAAAGCGTGGCAATACGTCTACAACTCCATAATTTTGATTCATTTGTTTTTATTAGCAGTATGGACGGGCATAGCCTCTGCAAGTCTCATCTCCTCAAATTGCAATTCCG
TTCCACAGTTTTCCTCATCCTTGGCTATTTCATCATGTTGTTATATATTCACAGCAAACTCAGTGAAGCTGCTGCAGTCACTGATCCAAAAGAAGTGAGTGCGCTGAGAATAATTGGAACCAAGATGGGGAACACCAAATGGAATTTCAATGTGGATCCCTGCAGCCGCGACCCGTCTTGGTATACTCTCGACAACATCG
AGGGGGAGCTTGGCGTCATCTGCAACTGTGCCTTCAATAGAAATACCACTTGCCATGTCCTTAAAATAAAAATTAGGTATGAAGAAATGACGGGAATTATTCCACCAGAGCTGGCTAATCTCACATATTTGGAAAACATAGATTTGAGATACAACCTTCTGCAAGGATCGATCCCTGCATCGCTGGGTTCCTTGACTCGC
ATGCAATATCGGTAAGTCATCGCTTGTCCGCCGTTGATGTTTTTGAGTAATAAATTGCTGCC


>TRINITY_DN118837_c8_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:
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CAGAGCATACGCCATTGGCATATACGTGGAAGATGGAAACAGCATACATCAACGGATGCCAAAGGATGTCGTTTTCTTTGTTGGGCTGCCAAAACGGCGAGCCTTATGCACCCGGCGGACTTCTCCAGCTCCTCGAGAAGACCATCAGTAATTGTATCATGGCTGCCGCTCGTCTCAAAATCCTTGAGGTGGGCGATTGG
CGCAGAAAAGGTTTATTCAATCATTCCTAATTAGTAGCTGCACTGGCACGCTCTCTCCTACTCGCTGTTCATTATTTCAATTGTTCACCTGCGGTTGTTTGGAGTTTTCTGATTAAAATGTATGATGTATTGATATCTGGATATGAAACAAACGGGTATTGAGCTTGCCCTGTACTATTTCTGCATTCAGACTATGGGTA
TGAGATTGTTTTTGCGTTTGCTTGTTGGCATAGGTTTTGATATTGTAAGTCAATGTGAATATTAGAGGCCTAGGCTAAAGAATTCTGAAATTTGGGTTTTCTGATAAAAAAATTGGGTTGTCTGATAAAAGAATTGGGTTTTCTGATAAAAGAATTGGGTTTTCTGGTCAGTTTCTAGTGGTAGTTTAAATAGTAGAAAC
TAAAGAAGTTACATAGGTCAGATATTTAGAGGGCAGAAAAGGTGGGTGTTTTTCTGTGTGGAGTATAAACTTGCCATACATCAATGCTGAGACAAAACAATATGTTGTATTTATGTACACACTTTGGTAAGAATATGTGCAAATTTCATACTAAGTTTCAGTTCTCCAGATCTGCTACAAAACTGCTTTGTTAGTGCAAC
ATTTATTGCTTCATTCCAAAGCTAAGCTATAGTTTCAGTTCAAGATGGTGCGGGCTTAGCAATTTTTTGGGTTCTGGGAATTAGTTCCTTGTTTTAATTGGCATGCTAGTATTGAACAGAATGGCATTTTTTTATGCTCTTTAAACTACTCTGGGCACCAAGTTAGCTCAGCACAATAGCAGGTTTCTTCAGCAATTCTG
GGATTGCAAATAGCAAAGATTTGCTCATTCATCTAAATCGGCAGTTATTTGCGAAGTGGGAGGCAGAATGCAATTAACAATACAGAATATAATCCAAGCTTAATAGCAGGTTCCTTCAACAATTCTGGGATTACAAATAGCAAAGATTGGCTCATTCGTCTAAGTCGGCAGTTATTTGCGAAATGGAAGGCAGAATGTAA
TTAACAATACAGAATATAATCCAAGTCCTTGAGCAATATGTAAACACAGTTGAAGGGTAATGTACCTTACTTCAACAACAGAATCATCATCAGCAATGGACAAGCTTCAAGAAGCAATGGCCAGCGGCCAGCTTGTTGATGGTCAAACCTCTTCACCAAATTGGTTGTTGAATCAAGTCTGTTCTTTACACCCTCTTTTA
CTTGATTCTCATCATTTTGCATGGAGAAAGAAAGGATGATGCAGTGAAAAAAGAAAGCTGAAAACTAGATGCTTGAGTTGAAAAAGAAGACAGTGGTTAAGAAGGCGATGCAACCACCCTTTTTCTACTTGCTTCTCATCATTCCGCCTGGAGAAAGAACAGATGGTGCAGTGGAAGAAGAAGGCTGAAAAGCAGATGCT
TGGATTGAAAAAGAAGACAGCGGTGAGGAAGGCGCTGTAGCCAAGACACGAACACCGAAGGCGGTGCACCCAAGAGACCAAAGACCGAATGCGGAGGAGCATTTGAGAGCAAGTTGGTGGAACAGTGGAAATGGGAAGGCAAGTCGCAAAGAAGCCAGTTTTTTTTAAATAACTTTTCAATTACCAAGAAGTGCCCTGCC
GGCTCGGCAACAATACCCCAAAACTCTCAACCAATAGCATGGAAGCCATCAATTTTAAAACTTTGGTTAGTGTTACTGCATGAAAGCAGCCAAGAGACCAGACCGAAGGCGGACCCTCCGCCGCGGAGGAGCATTCAGAAGCAAGTTCGTGGAACAGTGGAAATGGGAAGGCAAGTGGCAATGTAAGCTGTCAATGTAAA
ATCTAATACAAGATACACTGCACACTGCTGCTAAAATCAAATACAATGCACTGAGATATAATAATGTAACTTGCAAAGGACCAATTTAATTAGACATTATGCTTTACCTGCCATCCGATATCATCATTGGATTTCCACGTTTCTACAATAATTGATCCCAATTCCCATCAACACACAAAATTACTTTGGCGAAAGCTGCA
AAGCTCAGTGCTTAGGTGCGAAAGCTGCAAAGCTCAGTGCTTAGGTGGGGTCCGTTGGATTTGGAGATTATCCAATTTTATATCATTTTCATGTTTGCACAGTAATTGAGAAAAAGCAATTGAATGTCGACATTGGACAATTATGCAGCACTGTCCAAAAAATAAGTTAGAAAAAACCAAAATGATCACTGTTCAAAAAG
TGGCATGTGTTTTGTCAAAGTTTTTAGATCACTCTTCACACGTGCAGCACTGTCCAAAAAATAAGTTAGAAAAAACCAAAATGATCACTGTTCAAAAAGTGGCATGTGTTTTGTCAAAGTTTTTAGATCACTCTTCACACGTGTAAACGATGCTTAACAGGGCGATATGATATTTGATGGTCAAAAACAGATGGCCGCCG
GGGCCCAATCACCAACCGGGGAACCTTTCCAGGAATCCGTTCAACACTTGATAACACAACCCAGTCAATAATACTGCTGCAGGTCTCGATAAAAGCGTGGCAATACGTCTACAACTCCATAATTTTGATTCATTTGTTTTTATTAGCAGTATGGACGGGCATAGCCTCTGCAAGTCTCATCTCCTCAAATTGCAATTCCG
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TAATTGGAACCAAGATGGGGAACACCAAATGGAATTTCAATGTGGATCCCTGCAGCCGCGACCCGTCTTGGTATACTCTCGACAACATCGAGGGGGAGCTTGGCGTCATCTGCAACTGTGCCTTCAATAGAAATACCACTTGCCATGTCCTTAAAATAAAAATTAGGTATGAAGAAATGACGGGAATTATTCCACCAGAG
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Intron 2 GTAGCTGTTC ... TTCAATACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN106705_c0_g4_i1 from sample A2 / Example spliced isoform
GGAACGCTCATTTTCTTGCCAACCCCAGGATCAAAAACCTAACGAAATGGGTACCTTGACTTACTATCCAAACCAGAATACTAGCGATGCTGTCAAACAACTTTTACTGGAATCGAATTCCCTCGCTCCAAGGATGACTACATTCTCCTAGGCACAGCCGTTCGATGCATGCTAGGACAGCTATCAATAATTACAGTTCT
GTGCATGCTAGGACAGCTATCAACAATTACTGTTCCTTTTCTTCTTCTACAATACACTCGAGGTCTGCAATCAATAATACATATACACATTGTGTTGTTTTTTGTGTGTAAATTTGTAAAAGCACAAGCAGAGCATACGCCATTGGCATATACGTGGAAGATGGAAACAGCATACATCAACGGATGCCAAAGGATGTCGT
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GGCTAAAGAATTCTGAAATTTGGGTTTTCTGATAAAAAAATTGGGTTGTCTGATAAAAGAATTGGGTTTTCTGATAAAAGAATTGGGTTTTCTGGTCAGTTTCTAGTGGTAGTTTAAATAGTAGAAACTAAAGAAGTTACATAGGTCAGATATTTAGAGGGCAGAAAAGGTGGGTGTTTTTCTGTGTGGAGTATAAACTT
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TCTGGGAATTAGTTCCTTGTTTTAATTGGCATGCTAGTATTGAACAGAATGGCATTTTTTTATGCTCTTTAAACTACTCTGGGCACCAAGTTAGCTCAGCACAATAGCAGGTTTCTTCAGCAATTCTGGGATTGCAAATAGCAAAGATTTGCTCATTCATCTAAATCGGCAGTTATTTGCGAAGTGGGAGGCAGAATGCA
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>TRINITY_DN106705_c0_g4_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:
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TTAAATAGTAGAAACTAAAGAAGTTACATAGGTCAGATATTTAGAGGGCAGAAAAGGTGGGTGTTTTTCTGTGTGGAGTATAAACTTGCCATACATCAATGCTGAGACAAAACAATATGTTGTATTTATGTACACACTTTGGTAAGAATATGTGCAAATTTCATACTAAGTTTCAGTTCTCCAGATCTGCTACAAAACTG
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