NA ----> NA

Intron 1 GTTAGGCTAG ... GTATATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	21	16
A2	96	1	17	31
A3	74.07	7	4	36
A4	100	0	12	13
A5	85.71	1	4	8
A6	100	0	1	5
A7	95.24	1	11	29
A8	100	0	10	14
A9	100	0	2	11
A10	92.31	1	2	22

>TRINITY_DN122435_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGCTAGGGTCAAGTAGATTAGGCTTATACTTAGGGTTAAGGCTTAAAATTGACTCCAAAAGGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAAGGATTAAGGTTAGACTAGGTAGGGTAGCGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAGGGTCAAGTAGATTAGGTTAGACCTTTGGGTAGGTTATTATAATG
TAGGATAGATTGGAATAGGTTGTTTAGGTTGAGATAAGGTAGATTTATGTAGGATAGGGATATATAAGTTAGGTTAGTATAAGTTAGGGTAAGATAGGCTAAGCTAGGTTAGGTAGGGAAGGATTAATATTAGGATTAGGATTAATGCTTAGGATTAGGGTTTAGGATTAAGGTTAGATTTGGGTAGGGTAGGGTAGAGT
AGATTAGGTTAGGTAGGGAAGGTATTCATCTAGGGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAGGGTCAAGTAGATTAGGCTTATACTTAGGGTTAAGGCTTAAAATTGACTCCAAAAGATTAAGGTTAGACTAGGTAGGGTAG

>TRINITY_DN122435_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TAGGGTAGGTAGATTAGTATATGTAGgttaggctaggctaagttcaagtagattaggttaggtagggtagattgaaatatgtagtttaggttagaataaggtagatctatgcagtctagagatatataggttaggttagtataagctagggtaaggtagactaagctagattagatatggttagcattaggatttaggct
tagaattcactccaaagggtatatgattaaggttagactaggtagggtagcgtagattagtatatgtagGTTAGGCTAGGCTAGGGTCAAGTAGATTAGGTTAGACCTTTGGGTAGGTTATTATAATGTAGGATAGATTGGAATAGGTTGTTTAGGTTGAGATAAGGTAGATTTATGTAGGATAGGGATATATAAGTTAG
GTTAGTATAAGTTAGGGTAAGATAGGCTAAGCTAGGTTAGGTAGGGAAGGATTAATATTAGGATTAGGATTAATGCTTAGGATTAGGGTTTAGGATTAAGGTTAGATTTGGGTAGGGTAGGGTAGAGTAGATTAGGTTAGGTAGGGAAGGTATTCATCTAGTGTAGGGTTTAATTAGTTAGATTATGGTATAGTAGTCAA
GGAAAGGGTAGTTTATATGAAGGGTAAGATAAGTTAGGTTGGGTTGGGTAGGGTGATGGAGGGTAGTGGTAGGGTGTAGTGTAGGGATAAGAGGCTTGCTTATAAGATAGGTTAGTGTAGGGCATGCTAGGGTAGGGTAGCATAAGGTAGGGCAAGATAGGGTAGGATCAAGATTCATGCTTAGGATTAGGGATTTAGGC
TTAAGGTTAAGCTAAGGAAAGGTAGATTAGGGTAAGGTTAGAATAAGTAGGGTAAGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAGGGTCAAGTAGATTAGGTTAGGAAGGGTAGGTTAGTGAAGGGTAGGTTATTATAGTATAGCGTAGATTGGAAAAGGTAGATTAGGGTAAGGTTAGAATAAGTAGGGTAAGTAG
ATTAGTATATGTAGGTTAGTAGGTAGTTTAAATTGAGATAACGTAGG

Intron 2 GTAGGGTTTA ... GGTAGGGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	85.71	4	17	31
A2	77.78	10	28	42
A3	72.97	10	21	33
A4	68.67	13	20	37
A5	100	0	4	12
A6	73.33	2	5	6
A7	96.43	1	15	39
A8	93.33	1	3	25
A9	85.71	2	9	15
A10	75.86	7	8	36

>TRINITY_DN122435_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGCTAGGGTCAAGTAGATTAGGCTTATACTTAGGGTTAAGGCTTAAAATTGACTCCAAAAGGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAAGGATTAAGGTTAGACTAGGTAGGGTAGCGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAGGGTCAAGTAGATTAGGTTAGACCTTTGGGTAGGTTATTATAATG
TAGGATAGATTGGAATAGGTTGTTTAGGTTGAGATAAGGTAGATTTATGTAGGATAGGGATATATAAGTTAGGTTAGTATAAGTTAGGGTAAGATAGGCTAAGCTAGGTTAGGTAGGGAAGGATTAATATTAGGATTAGGATTAATGCTTAGGATTAGGGTTTAGGATTAAGGTTAGATTTGGGTAGGGTAGGGTAGAGT
AGATTAGGTTAGGTAGGGAAGGTATTCATCTAGGGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAGGGTCAAGTAGATTAGGCTTATACTTAGGGTTAAGGCTTAAAATTGACTCCAAAAGATTAAGGTTAGACTAGGTAGGGTAG

>TRINITY_DN122435_c0_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GATAGATTGGAATAGGTTGTTAAGGTTAGACTAGGTAGGGTAGGGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAAGGTCAAGTAGATTAGCGTTAGGTAGGTTAGGTAGCGTAGATTGAAATATGTAGTTTAGGTTAGAATAAGGTAGATCTATGCAGTCTAGAGATATATAGGTTAGGTTAGTATAAGCAGTTAGTA
TAAGTTAGGGTAAGGTAGACTAAGCTAGATTAGATATGGTTAGCATTAGGATTTAGGCTTAGAATTCACTCCAAAGGGTATATGATTAAGGTTATACTAGGTAGGGTAGCGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAGGGTCAAGTAGATTAGGTTAGACCTTTGGGTAGGTTATTATAATGTAGGATAGATTGG
AATAGGTTGTTTAGGTTGAGATAAGGTAGATTTATGTAGGATAGGGATATATAAGTTAGGTTAGTATAAGTTAGGGTAAGATAGGCTAAGCTAGGTTAGGTAGGGAAGGATTAATATTAGGATTAGGATTAATGCTTAGGATTAGGGTTTAGGATTAAGGTTAGATTTGGGTAGGGTAGGGTAGAGTAGATTAGGTTAGG
TAGGGAAGGTATTCATCTAGGgtagggtttaattagttagattatggtagagtagtcaaggaaaggagtttatatgaagggtgagataagttaggttggataaggtagggtgatggagggtagtggtagggtgtagtgtagggataagaggcttgcttataagataggttagtgtagggcatgctagggtagggtagcat
aaggtagggcaagatagggtaggatcaagattcatgcttaggattagggatttaggcttaaggttaagctaaggaagggtagattagggtaaggttagactaggtagggtagGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAGGGTCAAGTAGTATTAGGTTAGGAAGGGTAGGTTAGTATAGTATAGCGTAGATTGG
AATAGGTAGTTTAAATTGAGATAACGTAGGTTTATGTAGGATAGGGATATAAGTTAGGTTAGTATAAAATAGGGTAAGCTAGGATGGGATAAGCTTCAATGATAGAAGCAATTTTATAATTTTAAAACATTTTGAAGTTTCAAAACTGCATTTAGATTTAATCTAGTTGCATTGTACAATTTGAATAAATGATTTTAGAA
ATATTTCACCATTGTGTTGAGCCTTTCCTTTGATATATCTCTTCTACATGCTTTGAATCTACTGTATGATTATTGATTTGAAAGAAGGAACCAATGTTCTTGTCGAGATAAGATTTAGCTTTTGAGATATCGATTTGTTTGATGAGAGTATCTCTTATGAACTTATGTTTCACTGAAAATAGTTTATATTATGTAATAAG
TGCCGAAAGAATAAATAAAACAATGTTCATGCAATGGATAGAGTCGGCAATGGTAAGTACCAACTTTGTCTCGTTAAGCAGTCTCGTCACTGTTTACATCAATCATTGTCAACTCTATAGCCGTCTTCTCTATTGTTCCAATTGTAGAGTTAAATGCAAAAAGAGCATCAACCACTCTAGAGTTAAATGCAAAAAGAGCA
TCGACCACTCTTCTAATTGCAGAGTTAAATGCAAAAATAGCATCAACCTTTACAACAAGAAAATCCC

Intron 3 GTTAGGTTAG ... TATGATTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.52	16	29	5
A2	62.3	23	53	23
A3	69.57	14	29	35
A4	52.17	11	19	5
A5	53.33	7	9	7
A6	75	2	8	4
A7	55.56	18	25	20
A8	69.7	10	31	15
A9	73.91	3	10	7
A10	64.71	6	10	12

>TRINITY_DN49034_c1_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CAAAGGGTATATGATTAAGGTTAGACTAGGTAGGGTAGGGTTGGCTAGGGTGATGGAGGGTAGTGGTACGGTGTAGTGTAGGGATAAGAGGCTTGCTTATAAGATAGGTTAGTGTAGGGCATGCTAGGGTAGGGTAGCATAAGGTAGGGAAAGATAGGGTAGGATCAAGATTCATGCTCAGGATTAGGGATTTAGGCTTA
AGGTTAAGCTAAGGAAGGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAAGGTCAAGTAGATTAGGTTAGGTAGGGTAGATTGAAATATGTAGTTTAGGTTAGGATAAGGTAGATCTATGCAGTCTAGAGATATATAGGTTAGACTAGGTAGGGTAGCGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAGGGTCAAGTA
GATTAGGTTAACCTTAGGGTAGGTTATTATAATGTAGGATAGATTGGAATAGGTTGTTTAGGTTGAGATAAGGTAGATTTATGTAGGATAGGGATATATAAGTTAGGTTGGTATAAGTTAGGGTAAGATAGGCTAAGCTAGGTTAGGTAGGGAAGGATTAATATTAGGATTAGGATTAATGCTTAGGATTAGGGTTTAGG
ATTAAGGTTAGATTTGGGTAGGGTAGGGTAGAGTAGATTAGGTTAGGTAGGGAAGGTATTCATCTAGGGTAGGGTTTAATTAGTTAGATTATGGTATAGTAGTCAAGGAAAGGGTAGTTTATATGAAGGGTAAGATAAGTTAGGTTGGGTTGGCTAGGGTGATGGAGGGTAGTGGTACGGTGTAGTGTAGGGATAAGAGG
CTTGCTTATAAGATAGGTTAGTGTAGGGCATGCTAGGGTAGGGTAGCATAAGGTAGGGAAAGATAGGGTAGGATCAAGATTCATGCTTAGGATTAGGGATTTAGGATTAAGGTTAAGCTAAGGAAGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGTTAGGCTAGGGTCAAGTAGATTAGGTTAGGAAGGGTAGGTTAGTATAGTAT
AGCGTAGATTGGAATAGGTAGTTTAAATTGAGATAACGTAGG

>TRINITY_DN49034_c1_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAAAGGGTATATGATTAAGGTTAGACTAGGTAGGGTAGGGTTGGCTAGGGTGATGGAGGGTAGTGGTACGGTGTAGTGTAGGGATAAGAGGCTTGCTTATAAGATAGGTTAGTGTAGGGCATGCTAGGGTAGGGTAGCATAAGGTAGGGAAAGATAGGGTAGGATCAAGATTCATGCTCAGGATTAGGGATTTAGGCTTA
AGGTTAAGCTAAGGAAGGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAAGGTCAAGTAGATTAGGTTAGGTAGGGTAGATTGAAATATGTAGTTTAGGTTAGGATAAGGTAGATCTATGCAGTCTAGAGATATATAGgttaggttagtataagctagggtaaggtagactaagctagattagatatggttagcattagg
atttaggcttagaattcactccaaagggtatatgattaagGTTAGACTAGGTAGGGTAGCGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGCTAGGCTAGGGTCAAGTAGATTAGGTTAGACCTTTGGGTAGGTTATTATAATGTAGGATAGATTGGAATAGGTTGTTTAGGTTGAGATAAGGTAGATTTATGTAGGATAGGGATAT
ATAAGTTAGGTTGGTATAAGTTAGGGTAAGATAGGCTAAGCTAGGTTAGGTAGGGAAGGATTAATATTAGGATTAGGATTAATGCTTAGGATTAGGGTTTAGGATTAAGGTTAGATTTGGGTAGGGTAGGGTAGAGTAGATTAGGTTAGGTAGGGAAGGTATTCATCTAGGGTAGGGTTTAATTAGTTAGATTATGGTAT
AGTAGTCAAGGAAAGGGTAGTTTATATGAAGGGTAAGATAAGTTAGGTTGGGTTGGCTAGGGTGATGGAGGGTAGTGGTACGGTGTAGTGTAGGGATAAGAGGCTTGCTTATAAGATAGGTTAGTGTAGGGCATGCTAGGGTAGGGTAGCATAAGGTAGGGAAAGATAGGGTAGGATCAAGATTCATGCTTAGGATTAGG
GATTTAGGATTAAGGTTAAGCTAAGGAAGTAGATTAGTATATGTAGGTTAGGTTAGGCTAGGGTCAAGTAGATTAGGTTAGGAAGGGTAGGTTAGTATAGTATAGCGTAGATTGGAATAGGTAGTTTAAATTGAGATAACGTAGG