sp|Q9SJF3|DCP1_ARATH ----> mRNA-decapping enzyme-like protein

Intron 1 GTATGTATCC ... TAATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.71	9	4	6
A2	41.54	19	10	17
A3	36.36	14	9	7
A4	33.33	5	0	5
A5	44.44	5	1	7
A6	26.9	409	64	237
A7	23.86	292	58	125
A8	24.26	445	76	209
A9	25.48	291	48	151
A10	23.47	194	52	67

>TRINITY_DN42726_c2_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

ATTTTGACAAGGGAGGTACATCATCTGAAAAGAAATAAAGGAACAGTATCATTATTTTAAATAAATTATTATTTTTATAAAATTTAAGAATTTCCATATCCACCGTTCTTTAACTTGAAGGAGAACCTTGTCGTCCAATTGATCACTTAGACACATGACAAAGACTTGCTCTTGGTTGATACATACGTTGAGTACAAAGT
GAGGGATTCGATCTCACGAGCTTCCTGTGAGATGATGATCCCAGAACCAACAAAATTCCATGTATATATAACCTCTCTAGGTATACAGCTCATTCCTTGGAGGATTTCCGATTAGCCCCTGCAAGCGCTCCTGAGAAGAGCCACAGCCCTATACGGCAAGGGAGAGCAGCCTTTCGAAGGGCCAGATCATAAGAAGGAAC
CCTAATGTCGCAGAACGGGAAATTGATGCCACAGCTGGACCAGCAGAGCACCAAGCTCCTCAACCTCACGGTGCTTCAGCGGATCGATCCCTCTGTCGAAGACATCCTCTTCACGGCTGCTCATGTTACATTCTACGAGTTCAATACCGATCTCACCCAATGGAGTCGCAAAGATGTCGAGGGATCGCTTTTCGTCGTCA
AGAGGAAGACGCAACCGCGTTTCCAATTTATTGTCATGAATAGGCGTAATACTGATAACTTGGTTGAGAATCTGCTTGGTGATTTTGAATACGAAGTCCAAGTTCCATATGTGCTTTATCGAAATGCAGCTCAGGAAGTGAATGGAATTTGGTTTTATGAGCGACGTGATTGTGAAGATATTGCAAATCTTTTCAACAGG
ATATTGCTTGCATTCTCCAAAGTTCCTCCAAAGCCAAAAGCATTCACACCTAAAAGCACTGAGTTTCAAGAGCTGGAAAGAGTTCCAACTTCGGCAATAATGGAGGGTCCTCTGGAGCCTACTGAATCAGCTCCACCAAATGTTGCAGAGCTGTCTGAAGAACCATATGAACGCTTTTTTACTGGACCTTTGCACACAAA
TAATCCTTCAAATCTGACATTGTCAGCTCCTATACGGCCATCAACAGCACCACACCCTCTACCAAGTCGTTCATTGACAAGTTCATCACCAACTCTTACACCAACGCTGATACTCACTCCCCCAATAGCTGTGCCATCTGTGTCAGTAGGTTCCATGGATGGGACAGAAGCTGGCATCAATCGCCTTGTCAAACCATCTT
TCTTTGTACCACCACTGGTATCTCCAGCACTAATGCCTCCACCCATGTCTTCCACACCAACAGCCCCATCTCTTCAACCACCCTCACAATTGCAACCTTCACATGGTGCACCCCTTCTTCAACCTTTTCCTCCTCCTACTCCACCCCCATCTCTTGCTCCAGCTTCAAGCATGAGTCATGGACCAGTTATAACAAGAGAT
GGAGTTCGTGATGCACTAGTTAAATTAGTCGAGAATGAACATTTCATTGACATGGTGTATCGGGAGATGTTGAATGCTCACCTTTCATAACGATGCTTGGGAAGATACTCTTTGTAGCGTTTCAGTTTTGTAAACTCACTTTTCTTGTGTAACTTATACATGCGTTCCGTTTTCTTCAATGATGGTTTTGTGTTTTAGAT
TTCTGTAGTATATTGTTGTATCCCCAAAACCATCTAGAATTTTTTTTATATCTTGTAAATCACTCAGTTCCATTTGTACATTGCAGATGGGTTTTTATTATAATTTCTTTCTTTCCATTTGTACGTTGCTCTCCTCTCACATTATATTTTTTTACATATGGTATTTTAAGTAGATGAATAATTTTTTGGTCATTTTTCTT
ATTGAATTCCTAAGAGAGATGCCCGCTATTGTTTGGAAAGCAACACAACATTATTATTATTATTATGCCACATTCAGTAGCTATATTCTACTCGAGATTTAGGAGAATATATGCTAGCACATCTCCATTGATTACAAAATAATAAGCTCATTGACAGTGCTGAGCTTGCTCGATGGTAGTGCTTTGATGGTGTTATTATT
CTATCCATCCTTTATAATTGGAAAGTCGAATAGTTGGTTTACCAAAATATGTCAAGCTCAATTATGATCAGGAGTAGCTATAATCTACTCGAGATATAATAGAATATATGCCATCACATCTCCATTGGTAACATAATAATAAGCTCATTGACAATGATCTTGCTCGATGGTAGTGCTTTTATGATGTTATTATTGCATCT
ATCGTATATATGTTGAAGATATTAAGCTCAATTATGATTTGTAAGTTTGTGGGATTTTGTGAACGCCAACAGTGTTGTTAATCAAGTTCAT

>TRINITY_DN42726_c2_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATTTTGACAAGGGAGGTACATCATCTGAAAAGAAATAAAGGAACAGTATCATTATTTTAAATAAATTATTATTTTTATAAAATTTAAGAATTTCCATATCCACCGTTCTTTAACTTGAAGGAGAACCTTGTCGTCCAATTGATCACTTAGACACATGACAAAGACTTGCTCTTGGTTGATACATACGTTGAGTACAAAGT
GAGGGATTCGATCTCACGAGCTTCCTGTGAGATGATGATCCCAGAACCAACAAAATTCCATGTATATATAACCTCTCTAGGTATACAGCTCATTCCTTGGAGGATTTCCGATTAGCCCCTGCAAGCGCTCCTGAGAAGAGCCACAGCCCTATACGGCAAGGGAGAGCAGCCTTTCGAAGGGCCAGATCATAAGAAGGAAC
CCTAATGTCGCAGAACGGGAAATTGATGCCACAGCTGGACCAGCAGAGCACCAAGCTCCTCAACCTCACGGTGCTTCAGCGGATCGATCCCTCTGTCGAAGACATCCTCTTCACGGCTGCTCATGTTACATTCTACGAGTTCAATACCGATCTCACCCAATGGAGTCGCAAAGATGTCGAGGGATCGCTTTTCGTCGTCA
AGAGGAAGACGCAACCGCGTTTCCAATTTATTGTCATGAATAGGCGTAATACTGATAACTTGGTTGAGAATCTGCTTGGTGATTTTGAATACGAAGTCCAAGTTCCATATGTGCTTTATCGAAATGCAGCTCAGGAAGTGAATGGAATTTGGTTTTATGAGCGACGTGATTGTGAAGATATTGCAAATCTTTTCAACAGG
ATATTGCTTGCATTCTCCAAAGTTCCTCCAAAGCCAAAAGCATTCACACCTAAAAGCACTGAGTTTCAAGAGCTGGAAAGAGTTCCAACTTCGGCAATAATGGAGGGTCCTCTGGAGCCTACTGAATCAGCTCCACCAAATGTTGCAGAGCTGTCTGAAGAACCATATGAACGCTTTTTTACTGGACCTTTGCACACAAA
TAATCCTTCAAATCTGACATTGTCAGCTCCTATACGGCCATCAACAGCACCACACCCTCTACCAAGTCGTTCATTGACAAGTTCATCACCAACTCTTACACCAACGCTGATACTCACTCCCCCAATAGCTGTGCCATCTGTGTCAGTAGGTTCCATGGATGGGACAGAAGCTGGCATCAATCGCCTTGTCAAACCATCTT
TCTTTGTACCACCACTGGTATCTCCAGCACTAATGCCTCCACCCATGTCTTCCACACCAACAGCCCCATCTCTTCAACCACCCTCACAATTGCAACCTTCACATGGTGCACCCCTTCTTCAACCTTTTCCTCCTCCTACTCCACCCCCATCTCTTGCTCCAGCTTCAAGCATGAGTCATGGACCAGTTATAACAAGAGAT
GGAGTTCGTGATGCACTAGTTAAATTAGTCGAGgtatgtatcccacattcccttcaatccagtctccctttatcatgagttttggaagccacacttttattgaatttcatactaaccttgagctatgtggtcagtcttatccaagtcttttgggtgatagatgatgctaaagttgtgaatgggggcatcctgtatggagg
agggatttataacattgaaatgatgaataaacgtcttcctcataggattgtttctaattgcatcttaattttcatatatgacatacacatatttaatgctgacaataagagagtgatgccagacctttatttaaatttgtagatttacattgaattttgtagattttgtagtggaactgatggtattctgtgcagcactc
atggttactcaattaattaagatgaaaatgtcattgtgtttgcattggtgaaaggacatttttgttttggatcaaccatttgtttaaggggatggcttatttaatatattgttcagttatagatcatttggaacattgtgtaatttagtagaaatgagacgctgttggaacttgactttttgaattttcaaaatcacaga
ttcaaggacacacggtgaagcagtacaacacatagatttgatttctttaatctttggttgaaatcctgcagtactcctgcagtgctaatgtgctactgaagtttgtgatctttgttttaatttgcagAATGAACATTTCATTGACATGGTGTATCGGGAGATGTTGAATGCTCACCTTTCATAACGATGCTTGGGAAGAT
ACTCTTTGTAGCGTTTCAGTTTTGTAAACTCACTTTTCTTGTGTAACTTATACATGCGTTCCGTTTTCTTCAATGATGGTTTTGTGTTTTAGATTTCTGTAGTATATTGTTGTATCCCCAAAACCATCTAGAATTTTTTTTATATCTTGTAAATCACTCAGTTCCATTTGTACATTGCAGATGGGTTTTTATTATAATTT
CTTTCTTTCCATTTGTACGTTGCTCTCCTCTCACATTATATTTTTTTACATATGGTATTTTAAGTAGATGAATAATTTTTTGGTCATTTTTCTTATTGAATTCCTAAGAGAGATGCCCGCTATTGTTTGGAAAGCAACACAACATTATTATTATTATTATGCCACATTCAGTAGCTATATTCTACTCGAGATTTAGGAGA
ATATATGCTAGCACATCTCCATTGATTACAAAATAATAAGCTCATTGACAGTGCTGAGCTTGCTCGATGGTAGTGCTTTGATGGTGTTATTATTCTATCCATCCTTTATAATTGGAAAGTCGAATAGTTGGTTTACCAAAATATGTCAAGCTCAATTATGATCAGGAGTAGCTATAATCTACTCGAGATATAATAGAATA
TATGCCATCACATCTCCATTGGTAACATAATAATAAGCTCATTGACAATGATCTTGCTCGATGGTAGTGCTTTTATGATGTTATTATTGCATCTATCGTATATATGTTGAAGATATTAAGCTCAATTATGATTTGTAAGTTTGTGGGATTTTGTGAACGCCAACAGTGTTGTTAATCAAGTTCAT

Intron 2 GTCTGTACAT ... TTGCGCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.33	67.2	17	3.5
A2	14.13	32.5	6.5	6
A3	19.87	38	12	2
A4	16.2	47	11.5	0
A5	11.54	18.7	3	2
A6	13.2	153	28.5	2
A7	13.65	182.3	35.5	4.5
A8	13.37	133.8	25	0.5
A9	14.87	151.2	33	4
A10	14.13	128.8	26	4.5

>TRINITY_DN107441_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

GACAAAGACTTGCTCTTGGTTGATACATACGTTGAGTACAAAGTGAGGGATTCGATCTCACGAGCTTCCTGTGAGATGATGATCCCAGAACCAACAAAATTCCATGTATATATAACCTCTCTAGGTATACAGCTCATTCCTTGGAGGATTTCCGATTAGCCCCTGCAAGCGCTCCTGAGAAGAGCCACAGCCCTATACGG
CAAGGGAGAGCAGCCTTTCGAAGGGCCAGATCATAAGAAGGAACCCTAATGTCGCAGAACGGGAAATTGATGCCACAGCTGGACCAGCAGAGCACCAAGCTCCTCAACCTCACGGTGCTTCAGCGGATCGATCCCTCTGTCGAAGACATCCTCTTCACGGCTGCTCATGTTACATTCTACGAGTTCAATACCGATCTCAC
CCAATGGAGTCGCAAAGATGTCGAGGGATCGCTTTTCGTCGTCAAGAGGAAGACGCAACCGCGTTTCCAATTTATTGTCATGAATAGGCGTAATACTGATAACTTGGTTGAGAATCTGCTTGGTGATTTTGAATACGAAGTCCAAGTTCCATATGTGCTTTATCGAAATGCAGCTCAGGAAGTGAATGGAATTTGGTTTT
ATGAGCGACGTGATTGTGAAGATATTGCAAATCTTTTCAACAGGATATTGCTTGCATTCTCCAAAGTTCCTCCAAAGCCAAAAGCATTCACACCTAAAAGCACTGAGTTTCAAGAGCTGGAAAGAGTTCCAACTTCGGCAATAATGGAGGGTCCTCTGGAGCCTACTGAATCAGCTCCACCAAATGTTGCAGAGCTGTCT
GAAGAACCATATGAACGCTTTTTTACTGGACCTTTGCACACAAATAATCCTTCAAATCTGACATTGTCAGCTCCTATACGGCCATCAACAGCACCACACCCTCTACCAAGTCGTTCATTGACAAGTTCATCACCAACTCTTACACCAACGCTGATACTCACTCCCCCAATAGCTGTGCCATCTGTGTCAGTAGGTTCCAT
GGATGGGACAGAAGCTGGCATCAATCGCCTTGTCAAACCATCTTTCTTTGTACCACCACTGGTATCTCCAGCACTAATGCCTCCACCCATGTCTTCCACACCAACAGCCCCATCTCTTCAACCACCCTCACAATTGCAACCTTCACATGGTGCACCCCTTCTTCAACCTTTTCCTCCTCCTACTCCACCCCCATCTCTTG
CTCCAGCTTCAAGCATGAGTCATGGACCAGTTATAACAAGAGATGGAGTTCGTGATGCACTAGTTAAATTAGTCGAGAATGAACATTTCATTGACATGGTGTATCGGGAGATGTTGAATGCTCACCTTTCATAACGATGCTTGGGAAGATACTCTTTGTAGCGTTTCAGTTTTGTAAACTCACTTTTCTTGTGTAACTTA
TACATGCGTTCCGTTTTCTTCAATGATGGTTTTGTGTTTTAGATTTCTGTAGTATATTGTTGTATCCCCAAAACCATCTAGAATTTTTTTTATATCTTGTAAATCACTCAGTTCCATTTGTACATTGCAGATGGGTTTTTATTATAATTTCTTTCTTTCCATTTGTACGTTGCTCTCCTCTCACATTATATTTTTTTACA
TATGGA

>TRINITY_DN107441_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TCAATACCGATCTCACCCAATGGgtctgtacatcttttttccctgttctgaacataaaatgaatttaatagtgctggaatttaattctgccttcaaggttttggtaattctattggttttttaagacatttttggtatagtccagagcgatttgcttgattgaaaagtgaagttccagagactgacatggattttgcgcg
cagAGTCGCAAAGATGTCGAGGGATCGCTTTTCGTCGTCAAGAGGAAGACGCAACCGCGTTTCCAATTTATTGTCATGAATAGGCGTAATACTGGTATGTAGTTTTCTGTAACATAATTCTACTTGCCTTCATATCTTAGATTCTCTTATTGACATTTCACTGGTTTAGTACCCCGAGTAAATCTCTGCTTAATGCTT

Intron 3 GTGAAATACC ... TGAACCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.53	60	25	6
A2	21.05	45	13	11
A3	20	40	18	2
A4	20.83	19	8	2
A5	25	6	1	3
A6	17.85	290	68	58
A7	20.63	279	79	66
A8	20.44	251	49	80
A9	19.48	250	60	61
A10	20.07	233	57	60

>TRINITY_DN45973_c0_g2_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

AATTGATCACTTAGACACATGACAAAGACTTGCTCTTGGTTGATACATACGTTGAGTACAAAGTGAGGGATTCGATCTCACGAGCTTCCTGTGAGATGATGATCCCAGAACCAACAAAATTCCATGTATATATAACCTCTCTAGGTATACAGCTCATTCCTTGGAGGATTTCCGATTAGCCCCTGCAAGCGCTCCTGAGA
AGAGCCACAGCCCTATACGGCAAGGGAGAGCAGCCTTTCGAAGGGCCAGATCATAAGAAGGAACCCTAATGTCGCAGAACGGGAAATTGATGCCACAGCTGGACCAGCAGAGCACCAAGCTCCTCAACCTCACGGTGCTTCAGCGGATCGATCCCTCTGTCGAAGACATCCTCTTCACGGCTGCTCATGTTACATTCTAC
GAGTTCAATACCGATCTCACCCAATGGAGTCGCAAAGATGTCGAGGGATCGCTTTTCGTCGTCAAGAGGAAGACGCAACCGCGTTTCCAATTTATTGTCATGAATAGGCGTAATACTGATAACTTGGTTGAGAATCTGCTTGGTGATTTTGAATACGAAGTCCAAGTTCCATATGTGCTTTATCGAAATGCAGCTCAGGA
AGTGAATGGAATTTGGTTTTATGAGCGACGTGATTGTGAAGATATTGCAAATCTTTTCAACAGGATATTGCTTGCATTCTCCAAAGTTCCTCCAAAGCCAAAAGCATTCACACCTAAAAGCACTGAGTTTCAAGAGCTGGAAAGAGTTCCAACTTCGGCAATAATGGAGGGTCCTCTGGAGCCTACTGAATCAGCTCCAC
CAAATGTTGCAGAGCTGTCTGAAGAACCATATGAACGCTTTTTTACTGGACCTTTGCACACAAATAATCCTTCAAATCTGACATTGTCAGCTCCTATACGGCCATCAACAGCACCACACCCTCTACCAAGTCGTTCATTGACAAGTTCATCACCAACTCTTACACCAACGCTGATACTCACTCCCCCAATAGCTGTGCCA
TCTGTGTCAGTAGGTTCCATGGATGGGACAGAAGCTGGCATCAATCGCCTTGTCAAACCATCTTTCTTTGTACCACCACTGGTATCTCCAGCACTAATGCCTCCACCCATGTCTTCCACACCAACAGCCCCATCTCTTCAACCACCCTCACAATTGCAACCTTCACATGGTGCACCCCTTCTTCAACCTTTTCCTCCTCC
TACTCCACCCCCATCTCTTGCTCCAGCTTCAAGCATGAGTCATGGACCAGTTATAACAAGAGATGGAGTTCGTGATGCACTAGTTAAATTAGTCGAGAATGAACATTTCATTGACATGGTGTATCGGGAGATGTTGAATGCTCACCTTTCATAACGATGCTTGGGAAGATACTCTTTGTAGCGTTTCAGTTTTGTAAACT
CACTTTTCTTGTGTAACTTATACATGCGTTCCGTTTTCTTCAATGATGGTTTTGTGTTTTAGATTTCTGTAGTATATTGTTGTATCCCCAAAACCATCTAGAATTTTTTTTATATCTTGTAAATCACTCAGTTCCATTTGTACATTGCAGATGGGTTTTTATTATAATTTCTTTCTTTCCATTTGTACGTTGCTCTCCTC
TCACATTATATTTTTTTACATATGGTATTTTAAGTAGATGAATAATTTTTTGGTCATTTTTCTTATTGAATTCCTAAGAGAGATGCCCGCTATTGTTTGGAAAGCAACACAACATTATTATTATTATTATGCCACATTCAGTAGCTATATTCTACTCGAGATTTAGGAGAATATATGCTAGCACATCTCCATTGATTACA
AAATAATAAGCTCATTGACAGTGCTGAGCTTGCTCGATGGTAGTGCTTTGATGGTGTTATTATTCTATCCATCCTTTATAATTGGAAAGTCGAATAGTTGGTTTACCAAAATATGTCAAGCTCAATTATGATCAGGAGTAGCTATAATCTACTCGAGATATAATAGAATATATGCCATCACATCTCCATTGGTAACATAA
TAATAAGCTCATTGACAATGATCTTGCTCGATGGTAGTGCTTTTATGATGTTATTATTGCATCTATCGTATATATGTTGAAGATATTAAGCTCAATTATGATTTGTAAGTTTGTGGGATTTTGTGAACGCCAACAGTGTTGTTAATCAAGTTCATTAC

>TRINITY_DN45973_c0_g2_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AATTGATCACTTAGACACATGACAAAGACTTGCTCTTGGTTGATACATACGTTGAGTACAAAGTGAGGGATTCGATCTCACGAGCTTCCTGTGAGATGATGATCCCAGAACCAACAAAATTCCATGTATATATAACCTCTCTAGGTATACAGCTCATTCCTTGGAGGATTTCCGATTAGCCCCTGCAAGCGCTCCTGAGA
AGAGCCACAGCCCTATACGGCAAGGGAGAGCAGCCTTTCGAAGGGCCAGATCATAAGAAGGAACCCTAATGTCGCAGAACGGGAAATTGATGCCACAGCTGGACCAGCAGAGCACCAAGCTCCTCAACCTCACGGTGCTTCAGCGGATCGATCCCTCTGTCGAAGACATCCTCTTCACGGCTGCTCATGTTACATTCTAC
GAGTTCAATACCGATCTCACCCAATGGAGTCGCAAAGATGTCGAGGGATCGCTTTTCGTCGTCAAGAGGAAGACGCAACCGCGTTTCCAATTTATTGTCATGAATAGGCGTAATACTGATAACTTGGTTGAGAATCTGCTTGGTGATTTTGAATACGAAGTCCAAGTTCCATATGTGCTTTATCGAAATGCAGCTCAGGA
AGTGAATGGAATTTGGTTTTATGAGCGACGTGATTGTGAAGATATTGCAAATCTTTTCAACAGGATATTGCTTGCATTCTCCAAAGTTCCTCCAAAGCCAAAAGCATTCACACCTAAAAGgtgaaatacctccccttccaatacatatcaagaaggattttttctgatttatcaattcagaccgactgaaccacagCACT
GAGTTTCAAGAGCTGGAAAGAGTTCCAACTTCGGCAATAATGGAGGGTCCTCTGGAGCCTACTGAATCAGCTCCACCAAATGTTGCAGAGCTGTCTGAAGAACCATATGAACGCTTTTTTACT