sp|Q5PNS0|Y3228_ARATH ----> PHD finger protein At3g20280
Intron 1 GTAAATTCTC ... TGTCTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.48 | 17 | 18 | 14 |
| A2 | 60.87 | 9 | 15 | 13 |
| A3 | 60 | 10 | 14 | 16 |
| A4 | 53.33 | 7 | 11 | 5 |
| A5 | 39.13 | 7 | 5 | 4 |
| A6 | 100 | 0 | 4 | 1 |
| A7 | 63.64 | 6 | 10 | 11 |
| A8 | 100 | 0 | 0 | 1 |
| A9 | 63.64 | 2 | 2 | 5 |
| A10 | 51.35 | 9 | 11 | 8 |
>TRINITY_DN44149_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoformCAACAACCACTCTTCTTTCCCACTTAAATTTGCCAAAGCCACTCTTCCCCAACCCTTAGCCCACTCTTCCTCCAATGGAGAAGCCCTAATTATTTTCCCCCAAAAACTTAAAAACCCTTGTTGTGCTTCCCTATGTGCTTTTTTTAACCTTCTGCACAACTCTTCCTTTTCCCTTAATAAATCTTGAATTTCGTCAGTCA
TCCATTTATTGATTCTGCTGTGCAATTCATGAAATATAATTTGAGGCCTCATACCTGGGGCGTCGGCCTAATCCAATCCAAAGCCTTTTATCAACAATTATAGCACGAGTTTTAATGAATTCAGCGGAACAATAGAACTAAAGAAGAGCGCTTCATCGCAGTGGAATGAATGAACGAATGGATGGATTAGTTCGGTTGAT
CGATGATATAGATTCATAGGCGCCCAAAAAGAGCAGACTCCACAACGCATCCAGTTCTAATGCCTTTGTTTTTGGATTGAGTTCTGTCGACACAAAGTATATTTTGTATAAAGGATAACACGTTTAATTGTAATCAATGATTAAAAATGCAACGGGTTGGATAGTTCCTATCGGTCTCTATCTCATCTTGTGCTAAAGAA
GAACATCTCTCAAAATCAAACCGGGGAGATGGCCTGGTATTGGGCCAGCCACTCTCTGAATATATTAGTATTAGTACGTATCAACATCAACATTTTCTACATTACTAACATCCGTGGGTTGCTGCCTTAATTTGTTAGAGTCCGATATTTGATTTTTGGAATACCTGGAGAATTGGGATTACTGGGCGAATTATGGTGTA
AACATCTTCTTTTGATGGGAGCCTCTGGCCATGATAGGCGGGTCATTTACTTCAAGATTTTCTTCCCATCCGTGCTTAAGAATGCAGTTCCTCACACTCTGGCAGGAGAGCAATGTTTGGGCAATACACGTCAAGTAGATATTTACTTTAGAACTTCTAGAGCATAAAGATAGTGCAGATCAGTCACTTATGATCTTAGT
AAAACATCTTTATAGAAACTGAGATAACTTTGGTTCATACTGATGGCCACTGAATCTAATGGTTCAATCCTCCTGGAGCCACCAGACACACGAGATGGCCTCACAGTGGTTTCACCATTACCTCAGGAAGGTGGTTTCCCAGATGGCGCCACAGTGGTTCCAACATTACCTCAGGAAGGCGATATCCCTCATTCTTCAAC
AGAACTGAATGATGAAAGTATGCAAATTTCACCCATCAAGAAAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTTATGCAAGTTTCACCCATCAAGACAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTCACGCAAATTTCACCTGTCAAGACAAGTGTGTCAGGTAAAGAAGATGTTATGCAAATTTCACCAATCAAGACAACTGTGTCAGATA
AAGAAGATGCTATGGACATTTCACCCAGAAAGACAACTGTGTCAGATATAGAAGATGTGAATTTGATTTCTTTGAAGCACCCCGACACAGCCATAGATAGTAAAGCAGAGGTTGGGTTACCTGAGAGCTTCTCTGATAAAAATATTGGCATGCAGCATGATATTCTTACAGGGGGGAATACTAAAGGGGTTAGTTCTTTA
TGCTCTGCTGACAAGGATGAAGAAGAAGACCGCATTGAACATGTTGCTAAGAAACTAAAAATTGGCAAGGACACTAAAATTGAGAAAAGAAAATCACTTGATGCTGCAATCAAGCAGACATCAGAGATGGTGCTTGTTTTAGCGGGGATGGGACGGATGAGAGCAGGCAGATGTCCAACAGACTTTGAAAGAGGACTTAT
GGCTGAGGCACGGCAAAAACTTGGATATTTGGCTGGAAAGCTGGCTCCCAAGGATTTAGTTTCAAAGGACGCTGTTGAAAGTATGATAGAAGATCTTGGGCTAAACAGAGTGAAGGACCCTACAAAAACTGCAGGTCCAAAGAAATCAATAGCGGAAAGAGCACTGGAAACCATGAAGAAGATTGAACAAGCAAGGCAAT
TGACAACAGGTGCACGCATGTTACCCACTTCATTGTCTAAAGCAGAACATGCCTCTGTTAATTCTACAAGCCATGATACCTCATCGGCATTGACAAATCAAGGAGCCCAACCAGCTCCAGTGAAACTGTCACCTTCAATTTCACAGCCTCTTCCAGGAGCGCAGTTATTCATGCCAGCTATTTCAGTAACACCACGGGCT
CCGATTGCACAATCTGTTTCAATTGAGCCAAGGGCTCCAGTTGTAACAACAGCTTCAGTTGTACGACAGTCCCCGGGTGGGCCAACATCGTTGGTTTCTCAGCAGGCTCAAGTTTCACTGATGGCACCAGTTGCATTGTTTGCTCCTGTTGCACAAGAAGCAGAGACAAAGCCACCAGTAGTTGCACTACCTACCACAAG
GGTGTTGCAACCTGTTCCAGAGGCACAGTCATTACTACTTCAAAAACCTGGTGAGGTCGTGAAGCCATTGGCAGCTCCTGGTAATATATCTGAAGAAAATACAAAACCTCTTTCAGCAGAGGCAGCAAGGGTTGTTGATAGGGAACATTCAAAGGATTCTGTAATTTCACCTTCTAAAGTTTTACCTCTTGTTCAGACCT
CAACATCGTCAGCTAATGTTGGCAAGGATGTTGATCTGCCTGCAAAAATATTAAGGAAGCTTGAGAATCTTCACACGACACAGACTTCTCAAGGTCCAAAGCCAGCTGAATCTCTTGCAATTCGTGCTAATCATGCTGACATTGCAAAAAATGTTCAGAAAATCTTGCAATCAAGGCCTCCAGATTTTCGTCAATGGGAA
CCTCCTTCAAAAGCCTATATGAGTGCTCCTGTATTGTGCCAAATCTGTAAGATTAATTCTATTGATATAGACAATATACTAGTTTGTGATGCTTGTGAGAAAGCAGTTCACTTAAAATGTGTTCAGTCGTACAACCAGAGGGGTATCCCGAAGGGTGACTGGCACTGCCCTAAGTGCTTGATTGCAAGCAATGGTCGTCC
ATTTCCTCCCAAGTATGGTCGTGTTGGTAAAAGTACTATTGTTCGGAAAATGCCAGCAAACAAGAGTAGCCATCAAGCTTCTCCTGTGAAGAAGATGGAAACTTCCCATCCAAAGTCTCCTCAGCACACAATTGTATCAAATGGCCTGAATACTGCTGCAGAGGTTCCTGTCCATGTTGATCTGAGTCGTAGCAACCACA
TGCATATCCTTCAGGAAACGGGAAACACAAGTGGAGACCTAAGGCCAAATTCTGAAATGTCTTTTGCTGAAAGCAGAAAGAATGCAGAAGATGTGTCAAATGAGCCTTTAAACCATGACTTTTCTCAACAAGCCCCTGAAGCGGTTAATGCTCTCTTAGTAAAGCTTCCAGAGAATGAGAATAACTGTAGCCCAAGTAAT
ACAGTTTCACAATTTCCCGATCAGCAGTCTGCCCATGCTGCTGCATTAGTGTCTGCCAGTCAAATTGGATCTAAAGGTTCTCAAACCAGGCAGCAATCAAGCATTAATTTGCATGATGTAAAGCAACCTCAAACCTCCAGTAATTCCCAGGGTGCAGACAGATTAAGATTGCAGCAAGAAGCTGGTGCATCTGGAACTCT
TTTACAGGACAATGAAATTCAGAGAGTACCTGCAGAATCAAAAGGGTTGCCTTTTTCTCAGTTCCCTATGGCAGGACAGAATTGTGCAGCTATAGGAAGTGACAGTTGTCAACAAGGTGAAGATGCCCAATGGAGAACATTGCACAAGAATTCTGTTCTTGATGCAAAATCATTATGTGAAGGTATTAATCAAAACAGAT
CTACTGAAGGGGAGCCGGAGGATGCCTATCGTGTTGAGTGGGTTGGTGATAAGTTGCAAGTTACAGACGGAAAAACATATTACCATTCATGCTCTGTAAGGGGTGTTCTATATAAGCTGCATGATTATGCTTTATTTCGCCCTGAAACTCCTAATGTTCCTCCGTACATTGCAAGGCTTCAGATTTTGTGGGAGGATGAT
AATACTGGGTCAAAGTGGGTACGGGTCAACTGGTGTTATTATCCCAATGATATCCCACAAATGGTCTGCCGTCCTACACCACCAGAAAAAGATGAGGTTTATGAATCAAATCATGGAGACAACAACCTGGTGGGTTCTATCCAAGGTCCTTGTCAGGTTCTGTCTTCTGAGAAGTACACGGAAGAGATTGAGAAGCGAAT
GGCACTTTTGAAGGGAGGGCATGAGATTACTGCATTTCATCCAGTCTTCCTGTGCAAGTGGTTTTATGATGCACAAAAGGGAAATTTCCACTCTGTTTGACATTGATGCAGTTGATACTTTTCCTCAGATTTCTCTTTAAGTTGTAATATACATTAGGGAATGATTGCAAGGTCTTACTCTCTGCAGCCAGGTAATTTGT
ACTCTAGACACCTGGATCATTTAATTGAGATATGATGAATACCACTGCTTAGTGCAAAATTCAGTGATGTGCTTCATTATGTCCAGTGTATCCTATAATTTCTTACACGTACCTTTTGTTATCCTTAATACAAGCAACTTCTCTTGGAGAAGGCAGTTTATTGTAAGTTATTCCTATTGTTTCATATCCGAGCTCTAATT
TTTTGATGGAATATAACAAACACTTACACATTCTGGAAGTAAAAAGGCAATCGTTTGGATGGTGGCATCATTTGATGATTTTCCACCTGAGGCCTCGTGCAATCTTCACTCAACAGATCTGAACAATCCAGTTGAGTATGTGCAGTGTTTCAAGACAGACTTTTGTAATTGTAAACCAAATTTGGAAAACTGTATTTTGG
ACTGTAAAAGAGAGTAAAATATTAACATCGGCCTCATGCTATGACATTGTAAATCATATCTATTGGTTATGCAATTGTACCAAGTTCATTATTCTACTGCTTAATTGTAATTAATGTTCTAAATCTGTAAACTAAGCAAGCAAGTTTCCAGGTCTGAAACCATCTTTCTAAGTCTCTGTCTAAGTCCAG
>TRINITY_DN44149_c0_g1_i6 from sample A10 / Example unspliced isoform:CAACAACCACTCTTCTTTCCCACTTAAATTTGCCAAAGCCACTCTTCCCCAACCCTTAGCCCACTCTTCCTCCAATGGAGAAGCCCTAATTATTTTCCCCCAAAAACTTAAAAACCCTTGTTGTGCTTCCCTATGTGCTTTTTTTAACCTTCTGCACAACTCTTCCTTTTCCCTTAATAAATCTTGAATTTCGTCAGTCA
TCCATTTATTGATTCTGCTGTGCAATTCATGAAATATAATTTGAGGCCTCATACCTGGGGCGTCGGCCTAATCCAATCCAAAGCCTTTTATCAACAATTATAGCACGAGTTTTAATGAATTCAGCGGAACAATAGAACTAAAGAAGAGCGCTTCATCGCAGTGGAATGAATGAACGAATGGATGGATTAGTTCGGTTGAT
CGATGATATAGATTCATAGGCGCCCAAAAAGAGgtaaattctctctctctcctctccttacgcttaaaaacaattcaaaacttagttcatttcttcctgcactccacagttgcagggccattcgcgatcgggactcgaccccgagaccccccagtggcaatatcagaggtgggtatccggtgtttgttgctctctccttc
gctgcttctgcttctgtagcgtttgggtgcctgttatcttccctccactccgtacccatttctttgtctatgcaagttcatggattagtaggaattgggtattttcacaacatggctgaacatgttctttctttgtggtcacttgtagtgtacaccattactgttctcaaagatttctgttagatacagttacaaggcac
tgcgttccttatctccaatttgactgaaaaaattccgtttatgtcttccagCAGACTCCACAACGCATCCAGTTCTAATGCCTTTGTTTTTGGATTGAGTTCTGTCGACACAAAGTATATTTTGTATAAAGGATAACACGTTTAATTGTAATCAATGATTAAAAATGCAACGGGTTGGATAGTTCCTATCGGTCTCTATC
TCATCTTGTGCTAAAGAAGAACATCTCTCAAAATCAAACCGGGGAGATGGCCTGGTATTGGGCCAGCCACTCTCTGAATATATTAGTATTAGTACGTATCAACATCAACATTTTCTACATTACTAACATCCGTGGGTTGCTGCCTTAATTTGTTAGAGTCCGATATTTGATTTTTGGAATACCTGGAGAATTGGGATTAC
TGGGCGAATTATGGTGTAAACATCTTCTTTTGATGGGAGCCTCTGGCCATGATAGGCGGGTCATTTACTTCAAGATTTTCTTCCCATCCGTGCTTAAGAATGCAGTTCCTCACACTCTGGCAGGAGAGCAATGTTTGGGCAATACACGTCAAGTAGATATTTACTTTAGAACTTCTAGAGCATAAAGATAGTGCAGATCA
GTCACTTATGATCTTAGTAAAACATCTTTATAGAAACTGAGATAACTTTGGTTCATACTGATGGCCACTGAATCTAATGGTTCAATCCTCCTGGAGCCACCAGACACACGAGATGGCCTCACAGTGGTTTCACCATTACCTCAGGAAGGTGGTTTCCCAGATGGCGCCACAGTGGTTCCAACATTACCTCAGGAAGGCGA
TATCCCTCATTCTTCAACAGAACTGAATGATGAAAGTATGCAAATTTCACCCATCAAGAAAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTTATGCAAGTTTCACCCATCAAGACAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTCACGCAAATTTCACCTGTCAAGACAAGTGTGTCAGGTAAAGAAGATGTTATGCAAATTTCACCAATCA
AGACAACTGTGTCAGATAAAGAAGATGCTATGGACATTTCACCCAGAAAGACAACTGTGTCAGATATAGAAGATGTGAATTTGATTTCTTTGAAGCACCCCGACACAGCCATAGATAGTAAAGCAGAGGTTGGGTTACCTGAGAGCTTCTCTGATAAAAATATTGGCATGCAGCATGATATTCTTACAGGGGGGAATACT
AAAGGGGTTAGTTCTTTATGCTCTGCTGACAAGGATGAAGAAGAAGACCGCATTGAACATGTTGCTAAGAAACTAAAAATTGGCAAGGACACTAAAATTGAGAAAAGAAAATCACTTGATGCTGCAATCAAGCAGACATCAGAGATGGTGCTTGTTTTAGCGGGGATGGGACGGATGAGAGCAGGCAGATGTCCAACAGA
CTTTGAAAGAGGACTTATGGCTGAGGCACGGCAAAAACTTGGATATTTGGCTGGAAAGCTGGCTCCCAAGGATTTAGTTTCAAAGGACGCTGTTGAAAGTATGATAGAAGATCTTGGGCTAAACAGAGTGAAGGACCCTACAAAAACTGCAGGTCCAAAGAAATCAATAGCGGAAAGAGCACTGGAAACCATGAAGAAGA
TTGAACAAGCAAGGCAATTGACAACAGGTGCACGCATGTTACCCACTTCATTGTCTAAAGCAGAACATGCCTCTGTTAATTCTACAAGCCATGATACCTCATCGGCATTGACAAATCAAGGAGCCCAACCAGCTCCAGTGAAACTGTCACCTTCAATTTCACAGCCTCTTCCAGGAGCGCAGTTATTCATGCCAGCTATT
TCAGTAACACCACGGGCTCCGATTGCACAATCTGTTTCAATTGAGCCAAGGGCTCCAGTTGTAACAACAGCTTCAGTTGTACGACAGTCCCCGGGTGGGCCAACATCGTTGGTTTCTCAGCAGGCTCAAGTTTCACTGATGGCACCAGTTGCATTGTTTGCTCCTGTTGCACAAGAAGCAGAGACAAAGCCACCAGTAGT
TGCACTACCTACCACAAGGGTGTTGCAACCTGTTCCAGAGGCACAGTCATTACTACTTCAAAAACCTGGTGAGGTCGTGAAGCCATTGGCAGCTCCTGGTAATATATCTGAAGAAAATACAAAACCTCTTTCAGCAGAGGCAGCAAGGGTTGTTGATAGGGAACATTCAAAGGATTCTGTAATTTCACCTTCTAAAGTTT
TACCTCTTGTTCAGACCTCAACATCGTCAGCTAATGTTGGCAAGGATGTTGATCTGCCTGCAAAAATATTAAGGAAGCTTGAGAATCTTCACACGACACAGACTTCTCAAGGTCCAAAGCCAGCTGAATCTCTTGCAATTCGTGCTAATCATGCTGACATTGCAAAAAATGTTCAGAAAATCTTGCAATCAAGGCCTCCA
GATTTTCGTCAATGGGAACCTCCTTCAAAAGCCTATATGAGTGCTCCTGTATTGTGCCAAATCTGTAAGATTAATTCTATTGATATAGACAATATACTAGTTTGTGATGCTTGTGAGAAAGCAGTTCACTTAAAATGTGTTCAGTCGTACAACCAGAGGGGTATCCCGAAGGGTGACTGGCACTGCCCTAAGTGCTTGAT
TGCAAGCAATGGTCGTCCATTTCCTCCCAAGTATGGTCGTGTTGGTAAAAGTACTATTGTTCGGAAAATGCCAGCAAACAAGAGTAGCCATCAAGCTTCTCCTGTGAAGAAGATGGAAACTTCCCATCCAAAGTCTCCTCAGCACACAATTGTATCAAATGGCCTGAATACTGCTGCAGAGGTTCCTGTCCATGTTGATC
TGAGTCGTAGCAACCACATGCATATCCTTCAGGAAACGGGAAACACAAGTGGAGACCTAAGGCCAAATTCTGAAATGTCTTTTGCTGAAAGCAGAAAGAATGCAGAAGATGTGTCAAATGAGCCTTTAAACCATGACTTTTCTCAACAAGCCCCTGAAGCGGTTAATGCTCTCTTAGTAAAGCTTCCAGAGAATGAGAAT
AACTGTAGCCCAAGTAATACAGTTTCACAATTTCCCGATCAGCAGTCTGCCCATGCTGCTGCATTAGTGTCTGCCAGTCAAATTGGATCTAAAGGTTCTCAAACCAGGCAGCAATCAAGCATTAATTTGCATGATGTAAAGCAACCTCAAACCTCCAGTAATTCCCAGGGTGCAGACAGATTAAGATTGCAGCAAGAAGC
TGGTGCATCTGGAACTCTTTTACAGGACAATGAAATTCAGAGAGTACCTGCAGAATCAAAAGGGTTGCCTTTTTCTCAGTTCCCTATGGCAGGACAGAATTGTGCAGCTATAGGAAGTGACAGTTGTCAACAAGGTGAAGATGCCCAATGGAGAACATTGCACAAGAATTCTGTTCTTGATGCAAAATCATTATGTGAAG
GTATTAATCAAAACAGATCTACTGAAGGGGAGCCGGAGGATGCCTATCGTGTTGAGTGGGTTGGTGATAAGTTGCAAGTTACAGACGGAAAAACATATTACCATTCATGCTCTGTAAGGGGTGTTCTATATAAGCTGCATGATTATGCTTTATTTCGCCCTGAAACTCCTAATGTTCCTCCGTACATTGCAAGGCTTCAG
ATTTTGTGGGAGGATGATAATACTGGGTCAAAGTGGGTACGGGTCAACTGGTGTTATTATCCCAATGATATCCCACAAATGGTCTGCCGTCCTACACCACCAGAAAAAGATGAGGTTTATGAATCAAATCATGGAGACAACAACCTGGTGGGTTCTATCCAAGGTCCTTGTCAGGTTCTGTCTTCTGAGAAGTACACGGA
AGAGATTGAGAAGCGAATGGCACTTTTGAAGGGAGGGCATGAGATTACTGCATTTCATCCAGTCTTCCTGTGCAAGTGGTTTTATGATGCACAAAAGGGAAATTTCCACTCTGTTTGACATTGATGCAGTTGATACTTTTCCTCAGATTTCTCTTTAAGTTGTAATATACATTAGGGAATGATTGCAAGGTCTTACTCTC
TGCAGCCAGGTAATTTGTACTCTAGACACCTGGATCATTTAATTGAGATATGATGAATACCACTGCTTAGTGCAAAATTCAGTGATGTGCTTCATTATGTCCAGTGTATCCTATAATTTCTTACACGTACCTTTTGTTATCCTTAATACAAGCAACTTCTCTTGGAGAAGGCAGTTTATTGTAAGTTATTCCTATTGTTT
CATATCCGAGCTCTAATTTTTTGATGGAATATAACAAACACTTACACATTCTGGAAGTAAAAAGGCAATCGTTTGGATGGTGGCATCATTTGATGATTTTCCACCTGAGGCCTCGTGCAATCTTCACTCAACAGATCTGAACAATCCAGTTGAGTATGTGCAGTGTTTCAAGACAGACTTTTGTAATTGTAAACCAAATT
TGGAAAACTGTATTTTGGACTGTAAAAGAGAGTAAAATATTAACATCGGCCTCATGCTATGACATTGTAAATCATATCTATTGGTTATGCAATTGTACCAAGTTCATTATTCTACTGCTTAATTGTAATTAATGTTCTAAATCTGTAAACTAAGCAAGCAAGTTTCCAGGTCTGAAACCATCTTTCTAAGTCTCTGTCTA
AGTCCAG
Intron 2 GTAAATTCTC ... CACTCCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.99 | 22.3 | 18 | 14 |
| A2 | 42.75 | 17.7 | 15 | 11 |
| A3 | 40.79 | 13.1 | 14 | 4 |
| A4 | 48.26 | 14.1 | 11 | 15 |
| A5 | 24.94 | 10.6 | 5 | 2 |
| A6 | 81.48 | 1.1 | 4 | 4 |
| A7 | 55.3 | 8 | 10 | 9 |
| A8 | 100 | 0 | 0 | 1 |
| A9 | 100 | 0 | 2 | 2 |
| A10 | 42.26 | 8.9 | 11 | 2 |
>TRINITY_DN124632_c1_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGGCGGGATAGTCAAATCAACAACATACTTGGAGACAACAACCACTCTTCTTTCCCACTTAAATTTGCCAAAGCCACTCTTCCCCAACCCTTAGCCCACTCTTCCTCCAATGGAGAAGCCCTAATTATTTTCCCCCAAAAACTTAAAAACCCTTGTTGTGCTTCCCTATGTGCTTTTTTTAACCTTCTGCACAACTCTTCC
TTTTCCCTTAATAAATCTTGAATTTCGTCAGTCATCCATTTATTGATTCTGCTGTGCAATTCATGAAATATAATTTGAGGCCTCATACCTGGGGCGTCGGCCTAATCCAATCCAAAGCCTTTTATCAACAATTATAGCACGAGTTTTAATGAATTCAGCGGAACAATAGAACTAAAGAAGAGCGCTTCATCGCAGTGGAA
TGAATGAACGAATGGATGGATTAGTTCGGTTGATCGATGATATAGATTCATAGGCGCCCAAAAAGAGTTGCAGGGCCATTCGCGATCGGGACTCGACCCCGAGACCCCCCAGTGGCAATATCAGAGGTGGGTATCCGGTGTTTGTTGCTCTCTCCTTCGCTGCTTCTGCTTCTGTAGCGTTTGGGTGCCTGTTATCTTCC
CTCCACTCCGTACCCATTTCTTTGTCTATGCAAGTTCATGGATTAGTAGGAATTGGGTATTTTCACAACATGGCTGAACATGTTCTTTCTTTGTGGTCACTTGTAGTGTACACCATTACTGTTCTCAAAGATTTCTGTTAGATACAGTTACAAGGCACTGCGTTCCTTATCTCCAATTTGACTGAAAAAATTCCGTTTAT
GTCTTCCAGCAGACTCCACAACGCATCCAGTTCTAATGCCTTTGTTTTTGGATTGAGTTCTGTCGACACAAAGTATATTTTGTATAAAGGATAACACGTTTAATTGTAATCAATGATTAAAAATGCAACGGGTTGGATAGTTCCTATCGGTCTCTATCTCATCTTGTGCTAAAGAAGAACATCTCTCAAAATCAAACCGG
GGAGATGGCCTGGTATTGGGCCAGCCACTCTCTGAATATATTAGTATTAGTACGTATCAACATCAACATTTTCTACATTACTAACATCCGTGGGTTGCTGCCTTAATTTGTTAGAGTCCGATATTTGATTTTTGGAATACCTGGAGAATTGGGATTACTGGGCGAATTATGGTGTAAACATCTTCTTTTGATGGGAGCCT
CTGGCCATGATAGGCGGGTCATTTACTTCAAGATTTTCTTCCCATCCGTGCTTAAGAATGCAGTTCCTCACACTCTGGCAGGAGAGCAATGTTTGGGCAATACACGTCAAGTAGATATTTACTTTAGAACTTCTAGAGCATAAAGATAGTGCAGATCAGTCACTTATGATCTTAGTAAAACATCTTTATAGAAACTGAGA
TAACTTTGGTTCATACTGATGGCCACTGAATCTAATGGTTCAATCCTCCTGGAGCCACCAGACACACGAGATGGCCTCACAGTGGTTTCACCATTACCTCAGGAAGGTGGTTTCCCAGATGGCGCCACAGTGGTTCCAACATTACCTCAGGAAGGCGATATCCCTCATTCTTCAACAGAACTGAATGATGAAAGTATGCA
AATTTCACCCATCAAGAAAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTTATGCAAGTTTCACCCATCAAGACAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTCACGCAAATTTCACCTGTCAAGACAAGTGTGTCAGGTAAAGAAGATGTTATGCAAATTTCACCAATCAAGACAACTGTGTCAGATAAAGAAGATGCTATGGACATTTCAC
CCAGAAAGACAACTGTGTCAGATATAGAAGATGTGAATTTGATTTCTTTGAAGCACCCCGACACAGCCATAGATAGTAAAGCAGAGGTTGGGTTACCTGAGAGCTTCTCTGATAAAAATATTGGCATGCAGCATGATATTCTTACAGGGGGGAATACTAAAGGGGTTAGTTCTTTATGCTCTGCTGACAAGGATGAAGAA
GAAGACCGCATTGAACATGTTGCTAAGAAACTAAAAATTGGCAAGGACACTAAAATTGAGAAAAGAAAATCACTTGATGCTGCAATCAAGCAGACATCAGAGATGGTGCTTGTTTTAGCGGGGATGGGACGGATGAGAGCAGGCAGATGTCCAACAGACTTTGAAAGAGGACTTATGGCTGAGGCACGGCAAAAACTTGG
ATATTTGGCTGGAAAGCTGGCTCCCAAGGATTTAGTTTCAAAGGACGCTGTTGAAAGTATGATAGAAGATCTTGGGCTAAACAGAGTGAAGGACCCTACAAAAACTGCAGGTCCAAAGAAATCAATAGCGGAAAGAGCACTGGAAACCATGAAGAAGATTGAACAAGCAAGGCAATTGACAACAGGTGCACGCATGTTAC
CCACTTCATTGTCTAAAGCAGAACATGCCTCTGTTAATTCTACAAGCCATGATACCTCATCGGCATTGACAAATCAAGGAGCCCAACCAGCTCCAGTGAAACTGTCACCTTCAATTTCACAGCCTCTTCCAGGAGCGCAGTTATTCATGCCAGCTATTTCAGTAACACCACGGGCTCCGATTGCACAATCTGTTTCAATT
GAGCCAAGGGCTCCAGTTGTAACAACAGCTTCAGTTGTACGACAGTCCCCGGGTGGGCCAACATCGTTGGTTTCTCAGCAGGCTCAAGTTTCACTGATGGCACCAGTTGCATTGTTTGCTCCTGTTGCACAAGAAGCAGAGACAAAGCCACCAGTAGTTGCACTACCTACCACAAGGGTGTTGCAACCTGTTCCAGAGGC
ACAGTCATTACTACTTCAAAAACCTGGTGAGGTCGTGAAGCCATTGGCAGCTCCTGGTAATATATCTGAAGAAAATACAAAACCTCTTTCAGCAGAGGCAGCAAGGGTTGTTGATAGGGAACATTCAAAGGATTCTGTAATTTCACCTTCTAAAGTTTTACCTCTTGTTCAGACCTCAACATCGTCAGCTAATGTTGGCA
AGGATGTTGATCTGCCTGCAAAAATATTAAGGAAGCTTGAGAATCTTCACACGACACAGACTTCTCAAGGTCCAAAGCCAGCTGAATCTCTTGCAATTCGTGCTAATCATGCTGACATTGCAAAAAATGTTCAGAAAATCTTGCAATCAAGGCCTCCAGATTTTCGTCAATGGGAACCTCCTTCAAAAGCCTATATGAGT
GCTCCTGTATTGTGCCAAATCTGTAAGATTAATTCTATTGATATAGACAATATACTAGTTTGTGATGCTTGTGAGAAAGCAGTTCACTTAAAATGTGTTCAGTCGTACAACCAGAGGGGTATCCCGAAGGGTGACTGGCACTGCCCTAAGTGCTTGATTGCAAGCAATGGTCGTCCATTTCCTCCCAAGTATGGTCGTGT
TGGTAAAAGTACTATTGTTCGGAAAATGCCAGCAAACAAGAGTAGCCATCAAGCTTCTCCTGTGAAGAAGATGGAAACTTCCCATCCAAAGTCTCCTCAGCACACAATTGTATCAAATGGCCTGAATACTGCTGCAGAGGTTCCTGTCCATGTTGATCTGAGTCGTAGCAACCACATGCATATCCTTCAGGAAACGGGAA
ACACAAGTGGAGACCTAAGGCCAAATTCTGAAATGTCTTTTGCTGAAAGCAGAAAGAATGCAGAAGATGTGTCAAATGAGCCTTTAAACCATGACTTTTCTCAACAAGCCCCTGAAGCGGTTAATGCTCTCTTAGTAAAGCTTCCAGAGAATGAGAATAACTGTAGCCCAAGTAATACAGTTTCACAATTTCCCGATCAG
CAGTCTGCCCATGCTGCTGCAGTAGTGTCTGCCAGTCAAATTGGATCTAAAGGTTCTCAAACCAGGCAGCAATCAAGCATTAATTTGCATGATGTAAAGCAACCTCAAACCTCCAGTAATTCCCAGGGTGCAGACAGATTAAGATTGCAGCAAGAAGCTGGTGCATCTGGAACTCTTTTACAGGACAATGAAATTCAGAG
AGTACCTGCAGAATCAAAAGGGTTGCCTTTTTCTCAGTTCCCTATGGCAGGACAGAATTGTGCAGCTATAGGAAGTGACAGTTGTCAACAAGGTGAAGATGCCCAATGGAGAACATTGCACAAGAATTCTGTTCTTGATGCAAAATCATTATGTGAAGGTATTAATCAAAACAGATCTACTGAAGGGGAGCCGGAGGATG
CCTATCGTGTTGAGTGGGTTGGTGATAAGTTGCAAGTTACAGACGGAAAAACATATTACCATTCATGCTCTGTAAGGGGTGTTCTATATAAGCTGCATGATTATGCTTTATTTCGCCCTGAAACTCCTAATGTTCCTCCGTACATTGCAAGGCTTCAGATTTTGTGGGAGGATGATAATACTGGGTCAAAGTGGGTACGG
GTCAACTGGTGTTATTATCCCAATGATATCCCACAAATGGTCTGCCGTCCTACACCACCAGAAAAAGATGAGGTTTATGAATCAAATCATGGAGACAACAACCTGGTGGGTTCTATCCAAGGTCCTTGTCAGGTTCTGTCTTCTGAGAAGTACACGGAAGAGATTGAGAAGCGAATGGCACTTTTGAAGGGAGGGCATGA
GATTACTGCATTTCATCCAGTCTTCCTGTGCAAGTGGTTTTATGATGCACAAAAGGGAAATTTCCACTCTGTTTGACATTGATGCAGTTGATACTTTTCCTCAGATTTCTCTTTAAGTTGTAATATACATTAGGGAATGATTGCAAGGTCTTACTCTCTGCAGCCAGGTAATTTGTACTCTAGACACCTGGATCATTTAA
TTGAGATATGATGAATACCACTGCTTAGTGCAAAATTCAGTGATGTGCTTCATTATGTCCAGTGTATCCTATAATTTCTTACACGTACCTTTTGTTATCCTTAATACAAGCAACTTCTCTTGGAGAAGGCAGTTTATTGTAAGTTATTCCTATTGTTTCATATCCGAGCTCTAATTTTTTGATGGAATATAACAAACACT
TACACATTCTGGAAGTAAAAAGGCAATCGTTTGGATGGTGGCATCATTTGATGATTTTCCACCTGAGGCCTCGTGCAATCTTCACTCAACAGATCTGAACAATCCAGTTGAGTATGTGCAGTGTTTCAAGACAGACTTTTGTAATTGTAAACCAAATTTGGAAAACTGTATTTTGGACTGTAAAAGAGAGTAAAATATTA
ACATCGGCCTCATGCTATGACATTGTAAATCATATCTATTGGTTATGCAATTGTACCAAGTTCATTATTCTACTGCTTAATTGTAATTAATGTTCTAAATCTGTAAACTAAGCAAGCAAGTTTCCAGGTCTGAAA
>TRINITY_DN124632_c1_g1_i21 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGCGGGATAGTCAAATCAACAACATACTTGGAGACAACAACCACTCTTCTTTCCCACTTAAATTTGCCAAAGCCACTCTTCCCCAACCCTTAGCCCACTCTTCCTCCAATGGAGAAGCCCTAATTATTTTCCCCCAAAAACTTAAAAACCCTTGTTGTGCTTCCCTATGTGCTTTTTTTAACCTTCTGCACAACTCTTCC
TTTTCCCTTAATAAATCTTGAATTTCGTCAGTCATCCATTTATTGATTCTGCTGTGCAATTCATGAAATATAATTTGAGGCCTCATACCTGGGGCGTCGGCCTAATCCAATCCAAAGCCTTTTATCAACAATTATAGCACGAGTTTTAATGAATTCAGCGGAACAATAGAACTAAAGAAGAGCGCTTCATCGCAGTGGAA
TGAATGAACGAATGGATGGATTAGTTCGGTTGATCGATGATATAGATTCATAGGCGCCCAAAAAGAGgtaaattctctctctctcctctccttacgcttaaaaacaattcaaaacttagttcatttcttcctgcactccacagTTGCAGGGCCATTCGCGATCGGGACTCGACCCCGAGACCCCCCAGTGGCAATATCAG
AGGTGGGTATCCGGTGTTTGTTGCTCTCTCCTTCGCTGCTTCTGCTTCTGTAGCGTTTGGGTGCCTGTTATCTTCCCTCCACTCCGTACCCATTTCTTTGTCTATGCAAGTTCATGGATTAGTAGGAATTGGGTATTTTCACAACATGGCTGAACATGTTCTTTCTTTGTGGTCACTTGTAGTGTACACCATTACTGTTC
TCAAAGATTTCTGTTAGATACAGTTACAAGGCACTGCGTTCCTTATCTCCAATTTGACTGAAAAAATTCCGTTTATGTCTTCCAGCAGACTCCACAACGCATCCAGTTCTAATGCCTTTGTTTTTGGATTGAGTTCTGTCGACACAAAGTATATTTTGTATAAAGGATAACACGTTTAATTGTAATCAATGATTAAAAAT
GCAACGGGTTGGATAGTTCCTATCGGTCTCTATCTCATCTTGTGCTAAAGAAGAACATCTCTCAAAATCAAACCGGGGAGATGGCCTGGTATTGGGCCAGCCACTCTCTGAATATATTAGTATTAGTACGTATCAACATCAACATTTTCTACATTACTAACATCCGTGGGTTGCTGCCTTAATTTGTTAGAGTCCGATAT
TTGATTTTTGGAATACCTGGAGAATTGGGATTACTGGGCGAATTATGGTGTAAACATCTTCTTTTGATGGGAGCCTCTGGCCATGATAGGCGGGTCATTTACTTCAAGATTTTCTTCCCATCCGTGCTTAAGAATGCAGTTCCTCACACTCTGGCAGGAGAGCAATGTTTGGGCAATACACGTCAAGTAGATATTTACTT
TAGAACTTCTAGAGCATAAAGATAGTGCAGATCAGTCACTTATGATCTTAGTAAAACATCTTTATAGAAACTGAGATAACTTTGGTTCATACTGATGGCCACTGAATCTAATGGTTCAATCCTCCTGGAGCCACCAGACACACGAGATGGCCTCACAGTGGTTTCACCATTACCTCAGGAAGGTGGTTTCCCAGATGGCG
CCACAGTGGTTCCAACATTACCTCAGGAAGGCGATATCCCTCATTCTTCAACAGAACTGAATGATGAAAGTATGCAAATTTCACCCATCAAGAAAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTTATGCAAGTTTCACCCATCAAGACAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTCACGCAAATTTCACCTGTCAAGACAAGTGTGTCA
GGTAAAGAAGATGTTATGCAAATTTCACCAATCAAGACAACTGTGTCAGATAAAGAAGATGCTATGGACATTTCACCCAGAAAGACAACTGTGTCAGATATAGAAGATGTGAATTTGATTTCTTTGAAGCACCCCGACACAGCCATAGATAGTAAAGCAGAGGTTGGGTTACCTGAGAGCTTCTCTGATAAAAATATTGG
CATGCAGCATGATATTCTTACAGGGGGGAATACTAAAGGGGTTAGTTCTTTATGCTCTGCTGACAAGGATGAAGAAGAAGACCGCATTGAACATGTTGCTAAGAAACTAAAAATTGGCAAGGACACTAAAATTGAGAAAAGAAAATCACTTGATGCTGCAATCAAGCAGACATCAGAGATGGTGCTTGTTTTAGCGGGGA
TGGGACGGATGAGAGCAGGCAGATGTCCAACAGACTTTGAAAGAGGACTTATGGCTGAGGCACGGCAAAAACTTGGATATTTGGCTGGAAAGCTGGCTCCCAAGGATTTAGTTTCAAAGGACGCTGTTGAAAGTATGATAGAAGATCTTGGGCTAAACAGAGTGAAGGACCCTACAAAAACTGCAGGTCCAAAGAAATCA
ATAGCGGAAAGAGCACTGGAAACCATGAAGAAGATTGAACAAGCAAGGCAATTGACAACAGGTGCACGCATGTTACCCACTTCATTGTCTAAAGCAGAACATGCCTCTGTTAATTCTACAAGCCATGATACCTCATCGGCATTGACAAATCAAGGAGCCCAACCAGCTCCAGTGAAACTGTCACCTTCAATTTCACAGCC
TCTTCCAGGAGCGCAGTTATTCATGCCAGCTATTTCAGTAACACCACGGGCTCCGATTGCACAATCTGTTTCAATTGAGCCAAGGGCTCCAGTTGTAACAACAGCTTCAGTTGTACGACAGTCCCCGGGTGGGCCAACATCGTTGGTTTCTCAGCAGGCTCAAGTTTCACTGATGGCACCAGTTGCATTGTTTGCTCCTG
TTGCACAAGAAGCAGAGACAAAGCCACCAGTAGTTGCACTACCTACCACAAGGGTGTTGCAACCTGTTCCAGAGGCACAGTCATTACTACTTCAAAAACCTGGTGAGGTCGTGAAGCCATTGGCAGCTCCTGGTAATATATCTGAAGAAAATACAAAACCTCTTTCAGCAGAGGCAGCAAGGGTTGTTGATAGGGAACAT
TCAAAGGATTCTGTAATTTCACCTTCTAAAGTTTTACCTCTTGTTCAGACCTCAACATCGTCAGCTAATGTTGGCAAGGATGTTGATCTGCCTGCAAAAATATTAAGGAAGCTTGAGAATCTTCACACGACACAGACTTCTCAAGGTCCAAAGCCAGCTGAATCTCTTGCAATTCGTGCTAATCATGCTGACATTGCAAA
AAATGTTCAGAAAATCTTGCAATCAAGGCCTCCAGATTTTCGTCAATGGGAACCTCCTTCAAAAGCCTATATGAGTGCTCCTGTATTGTGCCAAATCTGTAAGATTAATTCTATTGATATAGACAATATACTAGTTTGTGATGCTTGTGAGAAAGCAGTTCACTTAAAATGTGTTCAGTCGTACAACCAGAGGGGTATCC
CGAAGGGTGACTGGCACTGCCCTAAGTGCTTGATTGCAAGCAATGGTCGTCCATTTCCTCCCAAGTATGGTCGTGTTGGTAAAAGTACTATTGTTCGGAAAATGCCAGCAAACAAGAGTAGCCATCAAGCTTCTCCTGTGAAGAAGATGGAAACTTCCCATCCAAAGTCTCCTCAGCACACAATTGTATCAAATGGCCTG
AATACTGCTGCAGAGGTTCCTGTCCATGTTGATCTGAGTCGTAGCAACCACATGCATATCCTTCAGGAAACGGGAAACACAAGTGGAGACCTAAGGCCAAATTCTGAAATGTCTTTTGCTGAAAGCAGAAAGAATGCAGAAGATGTGTCAAATGAGCCTTTAAACCATGACTTTTCTCAACAAGCCCCTGAAGCGGTTAA
TGCTCTCTTAGTAAAGCTTCCAGAGAATGAGAATAACTGTAGCCCAAGTAATACAGTTTCACAATTTCCCGATCAGCAGTCTGCCCATGCTGCTGCAGTAGTGTCTGCCAGTCAAATTGGATCTAAAGGTTCTCAAACCAGGCAGCAATCAAGCATTAATTTGCATGATGTAAAGCAACCTCAAACCTCCAGTAATTCCC
AGGGTGCAGACAGATTAAGATTGCAGCAAGAAGCTGGTGCATCTGGAACTCTTTTACAGGACAATGAAATTCAGAGAGTACCTGCAGAATCAAAAGGGTTGCCTTTTTCTCAGTTCCCTATGGCAGGACAGAATTGTGCAGCTATAGGAAGTGACAGTTGTCAACAAGGTGAAGATGCCCAATGGAGAACATTGCACAAG
AATTCTGTTCTTGATGCAAAATCATTATGTGAAGGTATTAATCAAAACAGATCTACTGAAGGGGAGCCGGAGGATGCCTATCGTGTTGAGTGGGTTGGTGATAAGTTGCAAGTTACAGACGGAAAAACATATTACCATTCATGCTCTGTAAGGGGTGTTCTATATAAGCTGCATGATTATGCTTTATTTCGCCCTGAAAC
TCCTAATGTTCCTCCGTACATTGCAAGGCTTCAGATTTTGTGGGAGGATGATAATACTGGGTCAAAGTGGGTACGGGTCAACTGGTGTTATTATCCCAATGATATCCCACAAATGGTCTGCCGTCCTACACCACCAGAAAAAGATGAGGTTTATGAATCAAATCATGGAGACAACAACCTGGTGGGTTCTATCCAAGGTC
CTTGTCAGGTTCTGTCTTCTGAGAAGTACACGGAAGAGATTGAGAAGCGAATGGCACTTTTGAAGGGAGGGCATGAGATTACTGCATTTCATCCAGTCTTCCTGTGCAAGTGGTTTTATGATGCACAAAAGGGAAATTTCCACTCTGTTTGACATTGATGCAGTTGATACTTTTCCTCAGATTTCTCTTTAAGTTGTAAT
ATACATTAGGGAATGATTGCAAGGTCTTACTCTCTGCAGCCAGGTAATTTGTACTCTAGACACCTGGATCATTTAATTGAGATATGATGAATACCACTGCTTAGTGCAAAATTCAGTGATGTGCTTCATTATGTCCAGTGTATCCTATAATTTCTTACACGTACCTTTTGTTATCCTTAATACAAGCAACTTCTCTTGGA
GAAGGCAGTTTATTGTAAGTTATTCCTATTGTTTCATATCCGAGCTCTAATTTTTTGATGGAATATAACAAACACTTACACATTCTGGAAGTAAAAAGGCAATCGTTTGGATGGTGGCATCATTTGATGATTTTCCACCTGAGGCCTCGTGCAATCTTCACTCAACAGATCTGAACAATCCAGTTGAGTATGTGCAGTGT
TTCAAGACAGACTTTTGTAATTGTAAACCAAATTTGGAAAACTGTATTTTGGACTGTAAAAGAGAGTAAAATATTAACATCGGCCTCATGCTATGACATTGTAAATCATATCTATTGGTTATGCAATTGTACCAAGTTCATTATTCTACTGCTTAATTGTAATTAATGTTCTAAATCTGTAAACTAAGCAAGCAAGTTTC
CAGGTCTGAAA
Intron 3 GTAAATTCTC ... AATTTGTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.44 | 16 | 18 | 27 |
| A2 | 43.21 | 23 | 15 | 20 |
| A3 | 54.29 | 16 | 14 | 24 |
| A4 | 44.44 | 15 | 11 | 13 |
| A5 | 41.94 | 9 | 5 | 8 |
| A6 | 100 | 0 | 4 | 1 |
| A7 | 50 | 5 | 10 | 0 |
| A8 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A9 | 100 | 0 | 2 | 9 |
| A10 | 44 | 14 | 11 | 11 |
>TRINITY_DN124632_c1_g1_i17 from sample A1 / Example spliced isoformGGCGGGATAGTCAAATCAACAACATACTTGGAGACAACAACCACTCTTCTTTCCCACTTAAATTTGCCAAAGCCACTCTTCCCCAACCCTTAGCCCACTCTTCCTCCAATGGAGAAGCCCTAATTATTTTCCCCCAAAAACTTAAAAACCCTTGTTGTGCTTCCCTATGTGCTTTTTTTAACCTTCTGCACAACTCTTCC
TTTTCCCTTAATAAATCTTGAATTTCGTCAGTCATCCATTTATTGATTCTGCTGTGCAATTCATGAAATATAATTTGAGGCCTCATACCTGGGGCGTCGGCCTAATCCAATCCAAAGCCTTTTATCAACAATTATAGCACGAGTTTTAATGAATTCAGCGGAACAATAGAACTAAAGAAGAGCGCTTCATCGCAGTGGAA
TGAATGAACGAATGGATGGATTAGTTCGGTTGATCGATGATATAGATTCATAGGCGCCCAAAAAGAGAGTCCGATATTTGATTTTTGGAATACCTGGAGAATTGGGATTACTGGGCGAATTATGGTGTAAACATCTTCTTTTGATGGGAGCCTCTGGCCATGATAGGCGGGTCATTTACTTCAAGATTTTCTTCCCATCC
GTGCTTAAGAATGCAGTTCCTCACACTCTGGCAGGAGAGCAATGTTTGGGCAATACACGTCAAGTAGATATTTACTTTAGAACTTCTAGAGCATAAAGATAGTGCAGATCAGTCACTTATGATCTTAGTAAAACATCTTTATAGAAACTGAGATAACTTTGGTTCATACTGATGGCCACTGAATCTAATGGTTCAATCCT
CCTGGAGCCACCAGACACACGAGATGGCCTCACAGTGGTTTCACCATTACCTCAGGAAGGTGGTTTCCCAGATGGCGCCACAGTGGTTCCAACATTACCTCAGGAAGGCGATATCCCTCATTCTTCAACAGAACTGAATGATGAAAGTATGCAAATTTCACCCATCAAGAAAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTTATGC
AAGTTTCACCCATCAAGACAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTCACGCAAATTTCACCTGTCAAGACAAGTGTGTCAGGTAAAGAAGATGTTATGCAAATTTCACCAATCAAGACAACTGTGTCAGATAAAGAAGATGCTATGGACATTTCACCCAGAAAGACAACTGTGTCAGATATAGAAGATGTGAATTTGATTTCT
TTGAAGCACCCCGACACAGCCATAGATAGTAAAGCAGAGGTTGGGTTACCTGAGAGCTTCTCTGATAAAAATATTGGCATGCAGCATGATATTCTTACAGGGGGGAATACTAAAGGGGTTAGTTCTTTATGCTCTGCTGACAAGGATGAAGAAGAAGACCGCATTGAACATGTTGCTAAGAAACTAAAAATTGGCAAGGA
CACTAAAATTGAGAAAAGAAAATCACTTGATGCTGCAATCAAGCAGACATCAGAGATGGTGCTTGTTTTAGCGGGGATGGGACGGATGAGAGCAGGCAGATGTCCAACAGACTTTGAAAGAGGACTTATGGCTGAGGCACGGCAAAAACTTGGATATTTGGCTGGAAAGCTGGCTCCCAAGGATTTAGTTTCAAAGGACG
CTGTTGAAAGTATGATAGAAGATCTTGGGCTAAACAGAGTGAAGGACCCTACAAAAACTGCAGGTCCAAAGAAATCAATAGCGGAAAGAGCACTGGAAACCATGAA
>TRINITY_DN124632_c1_g1_i21 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGCGGGATAGTCAAATCAACAACATACTTGGAGACAACAACCACTCTTCTTTCCCACTTAAATTTGCCAAAGCCACTCTTCCCCAACCCTTAGCCCACTCTTCCTCCAATGGAGAAGCCCTAATTATTTTCCCCCAAAAACTTAAAAACCCTTGTTGTGCTTCCCTATGTGCTTTTTTTAACCTTCTGCACAACTCTTCC
TTTTCCCTTAATAAATCTTGAATTTCGTCAGTCATCCATTTATTGATTCTGCTGTGCAATTCATGAAATATAATTTGAGGCCTCATACCTGGGGCGTCGGCCTAATCCAATCCAAAGCCTTTTATCAACAATTATAGCACGAGTTTTAATGAATTCAGCGGAACAATAGAACTAAAGAAGAGCGCTTCATCGCAGTGGAA
TGAATGAACGAATGGATGGATTAGTTCGGTTGATCGATGATATAGATTCATAGGCGCCCAAAAAGAGgtaaattctctctctctcctctccttacgcttaaaaacaattcaaaacttagttcatttcttcctgcactccacagttgcagggccattcgcgatcgggactcgaccccgagaccccccagtggcaatatcag
aggtgggtatccggtgtttgttgctctctccttcgctgcttctgcttctgtagcgtttgggtgcctgttatcttccctccactccgtacccatttctttgtctatgcaagttcatggattagtaggaattgggtattttcacaacatggctgaacatgttctttctttgtggtcacttgtagtgtacaccattactgttc
tcaaagatttctgttagatacagttacaaggcactgcgttccttatctccaatttgactgaaaaaattccgtttatgtcttccagcagactccacaacgcatccagttctaatgcctttgtttttggattgagttctgtcgacacaaagtatattttgtataaaggataacacgtttaattgtaatcaatgattaaaaat
gcaacgggttggatagttcctatcggtctctatctcatcttgtgctaaagaagaacatctctcaaaatcaaaccggggagatggcctggtattgggccagccactctctgaatatattagtattagtacgtatcaacatcaacattttctacattactaacatccgtgggttgctgccttaatttgttagAGTCCGATAT
TTGATTTTTGGAATACCTGGAGAATTGGGATTACTGGGCGAATTATGGTGTAAACATCTTCTTTTGATGGGAGCCTCTGGCCATGATAGGCGGGTCATTTACTTCAAGATTTTCTTCCCATCCGTGCTTAAGAATGCAGTTCCTCACACTCTGGCAGGAGAGCAATGTTTGGGCAATACACGTCAAGTAGATATTTACTT
TAGAACTTCTAGAGCATAAAGATAGTGCAGATCAGTCACTTATGATCTTAGTAAAACATCTTTATAGAAACTGAGATAACTTTGGTTCATACTGATGGCCACTGAATCTAATGGTTCAATCCTCCTGGAGCCACCAGACACACGAGATGGCCTCACAGTGGTTTCACCATTACCTCAGGAAGGTGGTTTCCCAGATGGCG
CCACAGTGGTTCCAACATTACCTCAGGAAGGCGATATCCCTCATTCTTCAACAGAACTGAATGATGAAAGTATGCAAATTTCACCCATCAAGAAAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTTATGCAAGTTTCACCCATCAAGACAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTCACGCAAATTTCACCTGTCAAGACAAGTGTGTCA
GGTAAAGAAGATGTTATGCAAATTTCACCAATCAAGACAACTGTGTCAGATAAAGAAGATGCTATGGACATTTCACCCAGAAAGACAACTGTGTCAGATATAGAAGATGTGAATTTGATTTCTTTGAAGCACCCCGACACAGCCATAGATAGTAAAGCAGAGGTTGGGTTACCTGAGAGCTTCTCTGATAAAAATATTGG
CATGCAGCATGATATTCTTACAGGGGGGAATACTAAAGGGGTTAGTTCTTTATGCTCTGCTGACAAGGATGAAGAAGAAGACCGCATTGAACATGTTGCTAAGAAACTAAAAATTGGCAAGGACACTAAAATTGAGAAAAGAAAATCACTTGATGCTGCAATCAAGCAGACATCAGAGATGGTGCTTGTTTTAGCGGGGA
TGGGACGGATGAGAGCAGGCAGATGTCCAACAGACTTTGAAAGAGGACTTATGGCTGAGGCACGGCAAAAACTTGGATATTTGGCTGGAAAGCTGGCTCCCAAGGATTTAGTTTCAAAGGACGCTGTTGAAAGTATGATAGAAGATCTTGGGCTAAACAGAGTGAAGGACCCTACAAAAACTGCAGGTCCAAAGAAATCA
ATAGCGGAAAGAGCACTGGAAACCATGAAGAAGATTGAACAAGCAAGGCAATTGACAACAGGTGCACGCATGTTACCCACTTCATTGTCTAAAGCAGAACATGCCTCTGTTAATTCTACAAGCCATGATACCTCATCGGCATTGACAAATCAAGGAGCCCAACCAGCTCCAGTGAAACTGTCACCTTCAATTTCACAGCC
TCTTCCAGGAGCGCAGTTATTCATGCCAGCTATTTCAGTAACACCACGGGCTCCGATTGCACAATCTGTTTCAATTGAGCCAAGGGCTCCAGTTGTAACAACAGCTTCAGTTGTACGACAGTCCCCGGGTGGGCCAACATCGTTGGTTTCTCAGCAGGCTCAAGTTTCACTGATGGCACCAGTTGCATTGTTTGCTCCTG
TTGCACAAGAAGCAGAGACAAAGCCACCAGTAGTTGCACTACCTACCACAAGGGTGTTGCAACCTGTTCCAGAGGCACAGTCATTACTACTTCAAAAACCTGGTGAGGTCGTGAAGCCATTGGCAGCTCCTGGTAATATATCTGAAGAAAATACAAAACCTCTTTCAGCAGAGGCAGCAAGGGTTGTTGATAGGGAACAT
TCAAAGGATTCTGTAATTTCACCTTCTAAAGTTTTACCTCTTGTTCAGACCTCAACATCGTCAGCTAATGTTGGCAAGGATGTTGATCTGCCTGCAAAAATATTAAGGAAGCTTGAGAATCTTCACACGACACAGACTTCTCAAGGTCCAAAGCCAGCTGAATCTCTTGCAATTCGTGCTAATCATGCTGACATTGCAAA
AAATGTTCAGAAAATCTTGCAATCAAGGCCTCCAGATTTTCGTCAATGGGAACCTCCTTCAAAAGCCTATATGAGTGCTCCTGTATTGTGCCAAATCTGTAAGATTAATTCTATTGATATAGACAATATACTAGTTTGTGATGCTTGTGAGAAAGCAGTTCACTTAAAATGTGTTCAGTCGTACAACCAGAGGGGTATCC
CGAAGGGTGACTGGCACTGCCCTAAGTGCTTGATTGCAAGCAATGGTCGTCCATTTCCTCCCAAGTATGGTCGTGTTGGTAAAAGTACTATTGTTCGGAAAATGCCAGCAAACAAGAGTAGCCATCAAGCTTCTCCTGTGAAGAAGATGGAAACTTCCCATCCAAAGTCTCCTCAGCACACAATTGTATCAAATGGCCTG
AATACTGCTGCAGAGGTTCCTGTCCATGTTGATCTGAGTCGTAGCAACCACATGCATATCCTTCAGGAAACGGGAAACACAAGTGGAGACCTAAGGCCAAATTCTGAAATGTCTTTTGCTGAAAGCAGAAAGAATGCAGAAGATGTGTCAAATGAGCCTTTAAACCATGACTTTTCTCAACAAGCCCCTGAAGCGGTTAA
TGCTCTCTTAGTAAAGCTTCCAGAGAATGAGAATAACTGTAGCCCAAGTAATACAGTTTCACAATTTCCCGATCAGCAGTCTGCCCATGCTGCTGCAGTAGTGTCTGCCAGTCAAATTGGATCTAAAGGTTCTCAAACCAGGCAGCAATCAAGCATTAATTTGCATGATGTAAAGCAACCTCAAACCTCCAGTAATTCCC
AGGGTGCAGACAGATTAAGATTGCAGCAAGAAGCTGGTGCATCTGGAACTCTTTTACAGGACAATGAAATTCAGAGAGTACCTGCAGAATCAAAAGGGTTGCCTTTTTCTCAGTTCCCTATGGCAGGACAGAATTGTGCAGCTATAGGAAGTGACAGTTGTCAACAAGGTGAAGATGCCCAATGGAGAACATTGCACAAG
AATTCTGTTCTTGATGCAAAATCATTATGTGAAGGTATTAATCAAAACAGATCTACTGAAGGGGAGCCGGAGGATGCCTATCGTGTTGAGTGGGTTGGTGATAAGTTGCAAGTTACAGACGGAAAAACATATTACCATTCATGCTCTGTAAGGGGTGTTCTATATAAGCTGCATGATTATGCTTTATTTCGCCCTGAAAC
TCCTAATGTTCCTCCGTACATTGCAAGGCTTCAGATTTTGTGGGAGGATGATAATACTGGGTCAAAGTGGGTACGGGTCAACTGGTGTTATTATCCCAATGATATCCCACAAATGGTCTGCCGTCCTACACCACCAGAAAAAGATGAGGTTTATGAATCAAATCATGGAGACAACAACCTGGTGGGTTCTATCCAAGGTC
CTTGTCAGGTTCTGTCTTCTGAGAAGTACACGGAAGAGATTGAGAAGCGAATGGCACTTTTGAAGGGAGGGCATGAGATTACTGCATTTCATCCAGTCTTCCTGTGCAAGTGGTTTTATGATGCACAAAAGGGAAATTTCCACTCTGTTTGACATTGATGCAGTTGATACTTTTCCTCAGATTTCTCTTTAAGTTGTAAT
ATACATTAGGGAATGATTGCAAGGTCTTACTCTCTGCAGCCAGGTAATTTGTACTCTAGACACCTGGATCATTTAATTGAGATATGATGAATACCACTGCTTAGTGCAAAATTCAGTGATGTGCTTCATTATGTCCAGTGTATCCTATAATTTCTTACACGTACCTTTTGTTATCCTTAATACAAGCAACTTCTCTTGGA
GAAGGCAGTTTATTGTAAGTTATTCCTATTGTTTCATATCCGAGCTCTAATTTTTTGATGGAATATAACAAACACTTACACATTCTGGAAGTAAAAAGGCAATCGTTTGGATGGTGGCATCATTTGATGATTTTCCACCTGAGGCCTCGTGCAATCTTCACTCAACAGATCTGAACAATCCAGTTGAGTATGTGCAGTGT
TTCAAGACAGACTTTTGTAATTGTAAACCAAATTTGGAAAACTGTATTTTGGACTGTAAAAGAGAGTAAAATATTAACATCGGCCTCATGCTATGACATTGTAAATCATATCTATTGGTTATGCAATTGTACCAAGTTCATTATTCTACTGCTTAATTGTAATTAATGTTCTAAATCTGTAAACTAAGCAAGCAAGTTTC
CAGGTCTGAAA
Intron 4 GTGGTTTTAT ... CTGCAGCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.72 | 26 | 35 | 36 |
| A2 | 71.88 | 9 | 15 | 31 |
| A3 | 65.22 | 16 | 35 | 25 |
| A4 | 57.38 | 13 | 25 | 10 |
| A5 | 77.78 | 2 | 5 | 9 |
| A6 | 55.44 | 84 | 98 | 111 |
| A7 | 65.3 | 55 | 91 | 116 |
| A8 | 64.58 | 82 | 128 | 171 |
| A9 | 58.69 | 88 | 120 | 130 |
| A10 | 55.22 | 45 | 51 | 60 |
>TRINITY_DN124632_c1_g1_i19 from sample A1 / Example spliced isoformGGTAATATATCTGAAGAAAATACAAAACCTCTTTCAGCAGAGGCAGCAAGGGTTGTTGATAGGGAACATTCAAAGGATTCTGTAATTTCACCTTCTAAAGTTTTACCTCTTGTTCAGACCTCAACATCGTCAGCTAATGTTGGCAAGGATGTTGATCTGCCTGCAAAAATATTAAGGAAGCTTGAGAATCTTCACACGAC
ACAGACTTCTCAAGGTCCAAAGCCAGCTGAATCTCTTGCAATTCGTGCTAATCATGCTGACATTGCAAAAAATGTTCAGAAAATCTTGCAATCAAGGCCTCCAGATTTTCGTCAATGGGAACCTCCTTCAAAAGCCTATATGAGTGCTCCTGTATTGTGCCAAATCTGTAAGATTAATTCTATTGATATAGACAATATAC
TAGTTTGTGATGCTTGTGAGAAAGCAGTTCACTTAAAATGTGTTCAGTCGTACAACCAGAGGGGTATCCCGAAGGGTGACTGGCACTGCCCTAAGTGCTTGATTGCAAGCAATGGTCGTCCATTTCCTCCCAAGTATGGTCGTGTTGGTAAAAGTACTATTGTTCGGAAAATGCCAGCAAACAAGAGTAGCCATCAAGCT
TCTCCTGTGAAGAAGATGGAAACTTCCCATCCAAAGTCTCCTCAGCACACAATTGTATCAAATGGCCTGAATACTGCTGCAGAGGTTCCTGTCCATGTTGATCTGAGTCGTAGCAACCACATGCATATCCTTCAGGAAACGGGAAACACAAGTGGAGACCTAAGGCCAAATTCTGAAATGTCTTTTGCTGAAAGCAGAAA
GAATGCAGAAGATGTGTCAAATGAGCCTTTAAACCATGACTTTTCTCAACAAGCCCCTGAAGCGGTTAATGCTCTCTTAGTAAAGCTTCCAGAGAATGAGAATAACTGTAGCCCAAGTAATACAGTTTCACAATTTCCCGATCAGCAGTCTGCCCATGCTGCTGCAGTAGTGTCTGCCAGTCAAATTGGATCTAAAGGTT
CTCAAACCAGGCAGCAATCAAGCATTAATTTGCATGATGTAAAGCAACCTCAAACCTCCAGTAATTCCCAGGGTGCAGACAGATTAAGATTGCAGCAAGAAGCTGGTGCATCTGGAACTCTTTTACAGGACAATGAAATTCAGAGAGTACCTGCAGAATCAAAAGGGTTGCCTTTTTCTCAGTTCCCTATGGCAGGACAG
AATTGTGCAGCTATAGGAAGTGACAGTTGTCAACAAGGTGAAGATGCCCAATGGAGAACATTGCACAAGAATTCTGTTCTTGATGCAAAATCATTATGTGAAGGTATTAATCAAAACAGATCTACTGAAGGGGAGCCGGAGGATGCCTATCGTGTTGAGTGGGTTGGTGATAAGTTGCAAGTTACAGACGGAAAAACATA
TTACCATTCATGCTCTGTAAGGGGTGTTCTATATAAGCTGCATGATTATGCTTTATTTCGCCCTGAAACTCCTAATGTTCCTCCGTACATTGCAAGGCTTCAGATTTTGTGGGAGGATGATAATACTGGGTCAAAGTGGGTACGGGTCAACTGGTGTTATTATCCCAATGATATCCCACAAATGGTCTGCCGTCCTACAC
CACCAGAAAAAGATGAGGTTTATGAATCAAATCATGGAGACAACAACCTGGTGGGTTCTATCCAAGGTCCTTGTCAGGTTCTGTCTTCTGAGAAGTACACGGAAGAGATTGAGAAGCGAATGGCACTTTTGAAGGGAGGGCATGAGATTACTGCATTTCATCCAGTCTTCCTGTGCAAGTAATTTGTACTCTAGACACCT
GGATCATTTAATTGAGATATGATGAATACCACTGCTTAGTGCAAAATTCAGTGATGTGCTTCATTATGTCCAGTGTATCCTATAATTTCTTACACGTACCTTTTGTTATCCTTAATACAAGCAACTTCTCTTGGAGAAGGCAGTTTATTGTAAGTTATTCCTATTGTTTCATATCCGAGCTCTAATTTTTTGATGGAATA
TAACAAACACTTACACATTCTGGAAGTAAAAAGGCAATCGTTTGGATGGTGGCATCATTTGATGATTTTCCACCTGAGGCCTCGTGCAATCTTCACTCAACAGATCTGAACAATCCAGTTGAGTATGTGCAGTGTTTCAAGACAGACTTTTGTAATTGTAAACCAAATTTGGAAAACTGTATTTTGGACTGTAAAAGAGA
GTAAAATATTAACATCGGCCTCATGCTATGACATTGTAAATCATATCTATTGGTTATGCAATTGTACCAAGTTCATTATTCTACTGCTTAATTGTAATTAATGTTCTAAATCTGTAAACTAAGCAAGCAAGTTTCCAGGTCTGAAA
>TRINITY_DN124632_c1_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGCGGGATAGTCAAATCAACAACATACTTGGAGACAACAACCACTCTTCTTTCCCACTTAAATTTGCCAAAGCCACTCTTCCCCAACCCTTAGCCCACTCTTCCTCCAATGGAGAAGCCCTAATTATTTTCCCCCAAAAACTTAAAAACCCTTGTTGTGCTTCCCTATGTGCTTTTTTTAACCTTCTGCACAACTCTTCC
TTTTCCCTTAATAAATCTTGAATTTCGTCAGTCATCCATTTATTGATTCTGCTGTGCAATTCATGAAATATAATTTGAGGCCTCATACCTGGGGCGTCGGCCTAATCCAATCCAAAGCCTTTTATCAACAATTATAGCACGAGTTTTAATGAATTCAGCGGAACAATAGAACTAAAGAAGAGCGCTTCATCGCAGTGGAA
TGAATGAACGAATGGATGGATTAGTTCGGTTGATCGATGATATAGATTCATAGGCGCCCAAAAAGAGTTGCAGGGCCATTCGCGATCGGGACTCGACCCCGAGACCCCCCAGTGGCAATATCAGAGGTGGGTATCCGGTGTTTGTTGCTCTCTCCTTCGCTGCTTCTGCTTCTGTAGCGTTTGGGTGCCTGTTATCTTCC
CTCCACTCCGTACCCATTTCTTTGTCTATGCAAGTTCATGGATTAGTAGGAATTGGGTATTTTCACAACATGGCTGAACATGTTCTTTCTTTGTGGTCACTTGTAGTGTACACCATTACTGTTCTCAAAGATTTCTGTTAGATACAGTTACAAGGCACTGCGTTCCTTATCTCCAATTTGACTGAAAAAATTCCGTTTAT
GTCTTCCAGCAGACTCCACAACGCATCCAGTTCTAATGCCTTTGTTTTTGGATTGAGTTCTGTCGACACAAAGTATATTTTGTATAAAGGATAACACGTTTAATTGTAATCAATGATTAAAAATGCAACGGGTTGGATAGTTCCTATCGGTCTCTATCTCATCTTGTGCTAAAGAAGAACATCTCTCAAAATCAAACCGG
GGAGATGGCCTGGTATTGGGCCAGCCACTCTCTGAATATATTAGTATTAGTACGTATCAACATCAACATTTTCTACATTACTAACATCCGTGGGTTGCTGCCTTAATTTGTTAGAGTCCGATATTTGATTTTTGGAATACCTGGAGAATTGGGATTACTGGGCGAATTATGGTGTAAACATCTTCTTTTGATGGGAGCCT
CTGGCCATGATAGGCGGGTCATTTACTTCAAGATTTTCTTCCCATCCGTGCTTAAGAATGCAGTTCCTCACACTCTGGCAGGAGAGCAATGTTTGGGCAATACACGTCAAGTAGATATTTACTTTAGAACTTCTAGAGCATAAAGATAGTGCAGATCAGTCACTTATGATCTTAGTAAAACATCTTTATAGAAACTGAGA
TAACTTTGGTTCATACTGATGGCCACTGAATCTAATGGTTCAATCCTCCTGGAGCCACCAGACACACGAGATGGCCTCACAGTGGTTTCACCATTACCTCAGGAAGGTGGTTTCCCAGATGGCGCCACAGTGGTTCCAACATTACCTCAGGAAGGCGATATCCCTCATTCTTCAACAGAACTGAATGATGAAAGTATGCA
AATTTCACCCATCAAGAAAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTTATGCAAGTTTCACCCATCAAGACAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTCACGCAAATTTCACCTGTCAAGACAAGTGTGTCAGGTAAAGAAGATGTTATGCAAATTTCACCAATCAAGACAACTGTGTCAGATAAAGAAGATGCTATGGACATTTCAC
CCAGAAAGACAACTGTGTCAGATATAGAAGATGTGAATTTGATTTCTTTGAAGCACCCCGACACAGCCATAGATAGTAAAGCAGAGGTTGGGTTACCTGAGAGCTTCTCTGATAAAAATATTGGCATGCAGCATGATATTCTTACAGGGGGGAATACTAAAGGGGTTAGTTCTTTATGCTCTGCTGACAAGGATGAAGAA
GAAGACCGCATTGAACATGTTGCTAAGAAACTAAAAATTGGCAAGGACACTAAAATTGAGAAAAGAAAATCACTTGATGCTGCAATCAAGCAGACATCAGAGATGGTGCTTGTTTTAGCGGGGATGGGACGGATGAGAGCAGGCAGATGTCCAACAGACTTTGAAAGAGGACTTATGGCTGAGGCACGGCAAAAACTTGG
ATATTTGGCTGGAAAGCTGGCTCCCAAGGATTTAGTTTCAAAGGACGCTGTTGAAAGTATGATAGAAGATCTTGGGCTAAACAGAGTGAAGGACCCTACAAAAACTGCAGGTCCAAAGAAATCAATAGCGGAAAGAGCACTGGAAACCATGAAGAAGATTGAACAAGCAAGGCAATTGACAACAGGTGCACGCATGTTAC
CCACTTCATTGTCTAAAGCAGAACATGCCTCTGTTAATTCTACAAGCCATGATACCTCATCGGCATTGACAAATCAAGGAGCCCAACCAGCTCCAGTGAAACTGTCACCTTCAATTTCACAGCCTCTTCCAGGAGCGCAGTTATTCATGCCAGCTATTTCAGTAACACCACGGGCTCCGATTGCACAATCTGTTTCAATT
GAGCCAAGGGCTCCAGTTGTAACAACAGCTTCAGTTGTACGACAGTCCCCGGGTGGGCCAACATCGTTGGTTTCTCAGCAGGCTCAAGTTTCACTGATGGCACCAGTTGCATTGTTTGCTCCTGTTGCACAAGAAGCAGAGACAAAGCCACCAGTAGTTGCACTACCTACCACAAGGGTGTTGCAACCTGTTCCAGAGGC
ACAGTCATTACTACTTCAAAAACCTGGTGAGGTCGTGAAGCCATTGGCAGCTCCTGGTAATATATCTGAAGAAAATACAAAACCTCTTTCAGCAGAGGCAGCAAGGGTTGTTGATAGGGAACATTCAAAGGATTCTGTAATTTCACCTTCTAAAGTTTTACCTCTTGTTCAGACCTCAACATCGTCAGCTAATGTTGGCA
AGGATGTTGATCTGCCTGCAAAAATATTAAGGAAGCTTGAGAATCTTCACACGACACAGACTTCTCAAGGTCCAAAGCCAGCTGAATCTCTTGCAATTCGTGCTAATCATGCTGACATTGCAAAAAATGTTCAGAAAATCTTGCAATCAAGGCCTCCAGATTTTCGTCAATGGGAACCTCCTTCAAAAGCCTATATGAGT
GCTCCTGTATTGTGCCAAATCTGTAAGATTAATTCTATTGATATAGACAATATACTAGTTTGTGATGCTTGTGAGAAAGCAGTTCACTTAAAATGTGTTCAGTCGTACAACCAGAGGGGTATCCCGAAGGGTGACTGGCACTGCCCTAAGTGCTTGATTGCAAGCAATGGTCGTCCATTTCCTCCCAAGTATGGTCGTGT
TGGTAAAAGTACTATTGTTCGGAAAATGCCAGCAAACAAGAGTAGCCATCAAGCTTCTCCTGTGAAGAAGATGGAAACTTCCCATCCAAAGTCTCCTCAGCACACAATTGTATCAAATGGCCTGAATACTGCTGCAGAGGTTCCTGTCCATGTTGATCTGAGTCGTAGCAACCACATGCATATCCTTCAGGAAACGGGAA
ACACAAGTGGAGACCTAAGGCCAAATTCTGAAATGTCTTTTGCTGAAAGCAGAAAGAATGCAGAAGATGTGTCAAATGAGCCTTTAAACCATGACTTTTCTCAACAAGCCCCTGAAGCGGTTAATGCTCTCTTAGTAAAGCTTCCAGAGAATGAGAATAACTGTAGCCCAAGTAATACAGTTTCACAATTTCCCGATCAG
CAGTCTGCCCATGCTGCTGCAGTAGTGTCTGCCAGTCAAATTGGATCTAAAGGTTCTCAAACCAGGCAGCAATCAAGCATTAATTTGCATGATGTAAAGCAACCTCAAACCTCCAGTAATTCCCAGGGTGCAGACAGATTAAGATTGCAGCAAGAAGCTGGTGCATCTGGAACTCTTTTACAGGACAATGAAATTCAGAG
AGTACCTGCAGAATCAAAAGGGTTGCCTTTTTCTCAGTTCCCTATGGCAGGACAGAATTGTGCAGCTATAGGAAGTGACAGTTGTCAACAAGGTGAAGATGCCCAATGGAGAACATTGCACAAGAATTCTGTTCTTGATGCAAAATCATTATGTGAAGGTATTAATCAAAACAGATCTACTGAAGGGGAGCCGGAGGATG
CCTATCGTGTTGAGTGGGTTGGTGATAAGTTGCAAGTTACAGACGGAAAAACATATTACCATTCATGCTCTGTAAGGGGTGTTCTATATAAGCTGCATGATTATGCTTTATTTCGCCCTGAAACTCCTAATGTTCCTCCGTACATTGCAAGGCTTCAGATTTTGTGGGAGGATGATAATACTGGGTCAAAGTGGGTACGG
GTCAACTGGTGTTATTATCCCAATGATATCCCACAAATGGTCTGCCGTCCTACACCACCAGAAAAAGATGAGGTTTATGAATCAAATCATGGAGACAACAACCTGGTGGGTTCTATCCAAGGTCCTTGTCAGGTTCTGTCTTCTGAGAAGTACACGGAAGAGATTGAGAAGCGAATGGCACTTTTGAAGGGAGGGCATGA
GATTACTGCATTTCATCCAGTCTTCCTGTGCAAgtggttttatgatgcacaaaagggaaatttccactctgtttgacattgatgcagttgatacttttcctcagatttctctttaagttgtaatatacattagggaatgattgcaaggtcttactctctgcagccagGTAATTTGTACTCTAGACACCTGGATCATTTAA
TTGAGATATGATGAATACCACTGCTTAGTGCAAAATTCAGTGATGTGCTTCATTATGTCCAGTGTATCCTATAATTTCTTACACGTACCTTTTGTTATCCTTAATACAAGCAACTTCTCTTGGAGAAGGCAGTTTATTGTAAGTTATTCCTATTGTTTCATATCCGAGCTCTAATTTTTTGATGGAATATAACAAACACT
TACACATTCTGGAAGTAAAAAGGCAATCGTTTGGATGGTGGCATCATTTGATGATTTTCCACCTGAGGCCTCGTGCAATCTTCACTCAACAGATCTGAACAATCCAGTTGAGTATGTGCAGTGTTTCAAGACAGACTTTTGTAATTGTAAACCAAATTTGGAAAACTGTATTTTGGACTGTAAAAGAGAGTAAAATATTA
ACATCGGCCTCATGCTATGACATTGTAAATCATATCTATTGGTTATGCAATTGTACCAAGTTCATTATTCTACTGCTTAATTGTAATTAATGTTCTAAATCTGTAAACTAAGCAAGCAAGTTTCCAGGTCTGAAA
Intron 5 GTGGGTATCC ... CTTCCAGCAG
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| A3 | 61.11 | 7 | 7 | 15 |
| A4 | 55.8 | 8 | 15.3 | 5 |
| A5 | 40.51 | 8 | 6 | 5 |
| A6 | 100 | 0 | 3.5 | 1 |
| A7 | 83.33 | 2 | 9 | 11 |
| A8 | 100 | 0 | 0.8 | 1 |
| A9 | 74.11 | 1 | 0.8 | 5 |
| A10 | 76.47 | 2 | 5 | 8 |
>TRINITY_DN124632_c1_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoformGGCGGGATAGTCAAATCAACAACATACTTGGAGACAACAACCACTCTTCTTTCCCACTTAAATTTGCCAAAGCCACTCTTCCCCAACCCTTAGCCCACTCTTCCTCCAATGGAGAAGCCCTAATTATTTTCCCCCAAAAACTTAAAAACCCTTGTTGTGCTTCCCTATGTGCTTTTTTTAACCTTCTGCACAACTCTTCC
TTTTCCCTTAATAAATCTTGAATTTCGTCAGTCATCCATTTATTGATTCTGCTGTGCAATTCATGAAATATAATTTGAGGCCTCATACCTGGGGCGTCGGCCTAATCCAATCCAAAGCCTTTTATCAACAATTATAGCACGAGTTTTAATGAATTCAGCGGAACAATAGAACTAAAGAAGAGCGCTTCATCGCAGTGGAA
TGAATGAACGAATGGATGGATTAGTTCGGTTGATCGATGATATAGATTCATAGGCGCCCAAAAAGAGTTGCAGGGCCATTCGCGATCGGGACTCGACCCCGAGACCCCCCAGTGGCAATATCAGAGACTCCACAACGCATCCAGTTCTAATGCCTTTGTTTTTGGATTGAGTTCTGTCGACACAAAGTATATTTTGTATA
AAGGATAACACGTTTAATTGTAATCAATGATTAAAAATGCAACGGGTTGGATAGTTCCTATCGGTCTCTATCTCATCTTGTGCTAAAGAAGAACATCTCTCAAAATCAAACCGGGGAGATGGCCTGGTATTGGGCCAGCCACTCTCTGAATATATTAGTATTAGTACGTATCAACATCAACATTTTCTACATTACTAACA
TCCGTGGGTTGCTGCCTTAATTTGTTAGAGTCCGATATTTGATTTTTGGAATACCTGGAGAATTGGGATTACTGGGCGAATTATGGTGTAAACATCTTCTTTTGATGGGAGCCTCTGGCCATGATAGGCGGGTCATTTACTTCAAGATTTTCTTCCCATCCGTGCTTAAGAATGCAGTTCCTCACACTCTGGCAGGAGAG
CAATGTTTGGGCAATACACGTCAAGTAGATATTTACTTTAGAACTTCTAGAGCATAAAGATAGTGCAGATCAGTCACTTATGATCTTAGTAAAACATCTTTATAGAAACTGAGATAACTTTGGTTCATACTGATGGCCACTGAATCTAATGGTTCAATCCTCCTGGAGCCACCAGACACACGAGATGGCCTCACAGTGGT
TTCACCATTACCTCAGGAAGGTGGTTTCCCAGATGGCGCCACAGTGGTTCCAACATTACCTCAGGAAGGCGATATCCCTCATTCTTCAACAGAACTGAATGATGAAAGTATGCAAATTTCACCCATCAAGAAAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTTATGCAAGTTTCACCCATCAAGACAACTGTGTCGGATATAGAAG
ATGTCACGCAAATTTCACCTGTCAAGACAAGTGTGTCAGGTAAAGAAGATGTTATGCAAATTTCACCAATCAAGACAACTGTGTCAGATAAAGAAGATGCTATGGACATTTCACCCAGAAAGACAACTGTGTCAGATATAGAAGATGTGAATTTGATTTCTTTGAAGCACCCCGACACAGCCATAGATAGTAAAGCAGAG
GTTGGGTTACCTGAGAGCTTCTCTGATAAAAATATTGGCATGCAGCATGATATTCTTACAGGGGGGAATACTAAAGGGGTTAGTTCTTTATGCTCTGCTGACAAGGATGAAGAAGAAGACCGCATTGAACATGTTGCTAAGAAACTAAAAATTGGCAAGGACACTAAAATTGAGAAAAGAAAATCACTTGATGCTGCAAT
CAAGCAGACATCAGAGATGGTGCTTGTTTTAGCGGGGATGGGACGGATGAGAGCAGGCAGATGTCCAACAGACTTTGAAAGAGGACTTATGGCTGAGGCACGGCAAAAACTTGGATATTTGGCTGGAAAGCTGGCTCCCAAGGATTTAGTTTCAAAGGACGCTGTTGAAAGTATGATAGAAGATCTTGGGCTAAACAGAG
TGAAGGACCCTACAAAAACTGCAGGTCCAAAGAAATCAATAGCGGAAAGAGCACTGGAAACCATGAAGAAGATTGAACAAGCAAGGCAATTGACAACAGGTGCACGCATGTTACCCACTTCATTGTCTAAAGCAGAACATGCCTCTGTTAATTCTACAAGCCATGATACCTCATCGGCATTGACAAATCAAGGAGCCCAA
CCAGCTCCAGTGAAACTGTCACCTTCAATTTCACAGCCTCTTCCAGGAGCGCAGTTATTCATGCCAGCTATTTCAGTAACACCACGGGCTCCGATTGCACAATCTGTTTCAATTGAGCCAAGGGCTCCAGTTGTAACAACAGCTTCAGTTGTACGACAGTCCCCGGGTGGGCCAACATCGTTGGTTTCTCAGCAGGCTCA
AGTTTCACTGATGGCACCAGTTGCATTGTTTGCTCCTGTTGCACAAGAAGCAGAGACAAAGCCACCAGTAGTTGCACTACCTACCACAAGGGTGTTGCAACCTGTTCCAGAGGCACAGTCATTACTACTTCAAAAACCTGGTGAGGTCGTGAAGCCATTGGCAGCTCCTGGTAATATATCTGAAGAAAATACAAAACCTC
TTTCAGCAGAGGCAGCAAGGGTTGTTGATAGGGAACATTCAAAGGATTCTGTAATTTCACCTTCTAAAGTTTTACCTCTTGTTCAGACCTCAACATCGTCAGCTAATGTTGGCAAGGATGTTGATCTGCCTGCAAAAATATTAAGGAAGCTTGAGAATCTTCACACGACACAGACTTCTCAAGGTCCAAAGCCAGCTGAA
TCTCTTGCAATTCGTGCTAATCATGCTGACATTGCAAAAAATGTTCAGAAAATCTTGCAATCAAGGCCTCCAGATTTTCGTCAATGGGAACCTCCTTCAAAAGCCTATATGAGTGCTCCTGTATTGTGCCAAATCTGTAAGATTAATTCTATTGATATAGACAATATACTAGTTTGTGATGCTTGTGAGAAAGCAGTTCA
CTTAAAATGTGTTCAGTCGTACAACCAGAGGGGTATCCCGAAGGGTGACTGGCACTGCCCTAAGTGCTTGATTGCAAGCAATGGTCGTCCATTTCCTCCCAAGTATGGTCGTGTTGGTAAAAGTACTATTGTTCGGAAAATGCCAGCAAACAAGAGTAGCCATCAAGCTTCTCCTGTGAAGAAGATGGAAACTTCCCATC
CAAAGTCTCCTCAGCACACAATTGTATCAAATGGCCTGAATACTGCTGCAGAGGTTCCTGTCCATGTTGATCTGAGTCGTAGCAACCACATGCATATCCTTCAGGAAACGGGAAACACAAGTGGAGACCTAAGGCCAAATTCTGAAATGTCTTTTGCTGAAAGCAGAAAGAATGCAGAAGATGTGTCAAATGAGCCTTTA
AACCATGACTTTTCTCAACAAGCCCCTGAAGCGGTTAATGCTCTCTTAGTAAAGCTTCCAGAGAATGAGAATAACTGTAGCCCAAGTAATACAGTTTCACAATTTCCCGATCAGCAGTCTGCCCATGCTGCTGCAGTAGTGTCTGCCAGTCAAATTGGATCTAAAGGTTCTCAAACCAGGCAGCAATCAAGCATTAATTT
GCATGATGTAAAGCAACCTCAAACCTCCAGTAATTCCCAGGGTGCAGACAGATTAAGATTGCAGCAAGAAGCTGGTGCATCTGGAACTCTTTTACAGGACAATGAAATTCAGAGAGTACCTGCAGAATCAAAAGGGTTGCCTTTTTCTCAGTTCCCTATGGCAGGACAGAATTGTGCAGCTATAGGAAGTGACAGTTGTC
AACAAGGTGAAGATGCCCAATGGAGAACATTGCACAAGAATTCTGTTCTTGATGCAAAATCATTATGTGAAGGTATTAATCAAAACAGATCTACTGAAGGGGAGCCGGAGGATGCCTATCGTGTTGAGTGGGTTGGTGATAAGTTGCAAGTTACAGACGGAAAAACATATTACCATTCATGCTCTGTAAGGGGTGTTCTA
TATAAGCTGCATGATTATGCTTTATTTCGCCCTGAAACTCCTAATGTTCCTCCGTACATTGCAAGGCTTCAGATTTTGTGGGAGGATGATAATACTGGGTCAAAGTGGGTACGGGTCAACTGGTGTTATTATCCCAATGATATCCCACAAATGGTCTGCCGTCCTACACCACCAGAAAAAGATGAGGTTTATGAATCAAA
TCATGGAGACAACAACCTGGTGGGTTCTATCCAAGGTCCTTGTCAGGTTCTGTCTTCTGAGAAGTACACGGAAGAGATTGAGAAGCGAATGGCACTTTTGAAGGGAGGGCATGAGATTACTGCATTTCATCCAGTCTTCCTGTGCAAGTGGTTTTATGATGCACAAAAGGGAAATTTCCACTCTGTTTGACATTGATGCA
GTTGATACTTTTCCTCAGATTTCTCTTTAAGTTGTAATATACATTAGGGAATGATTGCAAGGTCTTACTCTCTGCAGCCAGGTAATTTGTACTCTAGACACCTGGATCATTTAATTGAGATATGATGAATACCACTGCTTAGTGCAAAATTCAGTGATGTGCTTCATTATGTCCAGTGTATCCTATAATTTCTTACACGT
ACCTTTTGTTATCCTTAATACAAGCAACTTCTCTTGGAGAAGGCAGTTTATTGTAAGTTATTCCTATTGTTTCATATCCGAGCTCTAATTTTTTGATGGAATATAACAAACACTTACACATTCTGGAAGTAAAAAGGCAATCGTTTGGATGGTGGCATCATTTGATGATTTTCCACCTGAGGCCTCGTGCAATCTTCACT
CAACAGATCTGAACAATCCAGTTGAGTATGTGCAGTGTTTCAAGACAGACTTTTGTAATTGTAAACCAAATTTGGAAAACTGTATTTTGGACTGTAAAAGAGAGTAAAATATTAACATCGGCCTCATGCTATGACATTGTAAATCATATCTATTGGTTATGCAATTGTACCAAGTTCATTATTCTACTGCTTAATTGTAA
TTAATGTTCTAAATCTGTAAACTAAGCAAGCAAGTTTCCAGGTCTGAAA
>TRINITY_DN124632_c1_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGCGGGATAGTCAAATCAACAACATACTTGGAGACAACAACCACTCTTCTTTCCCACTTAAATTTGCCAAAGCCACTCTTCCCCAACCCTTAGCCCACTCTTCCTCCAATGGAGAAGCCCTAATTATTTTCCCCCAAAAACTTAAAAACCCTTGTTGTGCTTCCCTATGTGCTTTTTTTAACCTTCTGCACAACTCTTCC
TTTTCCCTTAATAAATCTTGAATTTCGTCAGTCATCCATTTATTGATTCTGCTGTGCAATTCATGAAATATAATTTGAGGCCTCATACCTGGGGCGTCGGCCTAATCCAATCCAAAGCCTTTTATCAACAATTATAGCACGAGTTTTAATGAATTCAGCGGAACAATAGAACTAAAGAAGAGCGCTTCATCGCAGTGGAA
TGAATGAACGAATGGATGGATTAGTTCGGTTGATCGATGATATAGATTCATAGGCGCCCAAAAAGAGTTGCAGGGCCATTCGCGATCGGGACTCGACCCCGAGACCCCCCAGTGGCAATATCAGAGgtgggtatccggtgtttgttgctctctccttcgctgcttctgcttctgtagcgtttgggtgcctgttatcttcc
ctccactccgtacccatttctttgtctatgcaagttcatggattagtaggaattgggtattttcacaacatggctgaacatgttctttctttgtggtcacttgtagtgtacaccattactgttctcaaagatttctgttagatacagttacaaggcactgcgttccttatctccaatttgactgaaaaaattccgtttat
gtcttccagcagACTCCACAACGCATCCAGTTCTAATGCCTTTGTTTTTGGATTGAGTTCTGTCGACACAAAGTATATTTTGTATAAAGGATAACACGTTTAATTGTAATCAATGATTAAAAATGCAACGGGTTGGATAGTTCCTATCGGTCTCTATCTCATCTTGTGCTAAAGAAGAACATCTCTCAAAATCAAACCGG
GGAGATGGCCTGGTATTGGGCCAGCCACTCTCTGAATATATTAGTATTAGTACGTATCAACATCAACATTTTCTACATTACTAACATCCGTGGGTTGCTGCCTTAATTTGTTAGAGTCCGATATTTGATTTTTGGAATACCTGGAGAATTGGGATTACTGGGCGAATTATGGTGTAAACATCTTCTTTTGATGGGAGCCT
CTGGCCATGATAGGCGGGTCATTTACTTCAAGATTTTCTTCCCATCCGTGCTTAAGAATGCAGTTCCTCACACTCTGGCAGGAGAGCAATGTTTGGGCAATACACGTCAAGTAGATATTTACTTTAGAACTTCTAGAGCATAAAGATAGTGCAGATCAGTCACTTATGATCTTAGTAAAACATCTTTATAGAAACTGAGA
TAACTTTGGTTCATACTGATGGCCACTGAATCTAATGGTTCAATCCTCCTGGAGCCACCAGACACACGAGATGGCCTCACAGTGGTTTCACCATTACCTCAGGAAGGTGGTTTCCCAGATGGCGCCACAGTGGTTCCAACATTACCTCAGGAAGGCGATATCCCTCATTCTTCAACAGAACTGAATGATGAAAGTATGCA
AATTTCACCCATCAAGAAAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTTATGCAAGTTTCACCCATCAAGACAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTCACGCAAATTTCACCTGTCAAGACAAGTGTGTCAGGTAAAGAAGATGTTATGCAAATTTCACCAATCAAGACAACTGTGTCAGATAAAGAAGATGCTATGGACATTTCAC
CCAGAAAGACAACTGTGTCAGATATAGAAGATGTGAATTTGATTTCTTTGAAGCACCCCGACACAGCCATAGATAGTAAAGCAGAGGTTGGGTTACCTGAGAGCTTCTCTGATAAAAATATTGGCATGCAGCATGATATTCTTACAGGGGGGAATACTAAAGGGGTTAGTTCTTTATGCTCTGCTGACAAGGATGAAGAA
GAAGACCGCATTGAACATGTTGCTAAGAAACTAAAAATTGGCAAGGACACTAAAATTGAGAAAAGAAAATCACTTGATGCTGCAATCAAGCAGACATCAGAGATGGTGCTTGTTTTAGCGGGGATGGGACGGATGAGAGCAGGCAGATGTCCAACAGACTTTGAAAGAGGACTTATGGCTGAGGCACGGCAAAAACTTGG
ATATTTGGCTGGAAAGCTGGCTCCCAAGGATTTAGTTTCAAAGGACGCTGTTGAAAGTATGATAGAAGATCTTGGGCTAAACAGAGTGAAGGACCCTACAAAAACTGCAGGTCCAAAGAAATCAATAGCGGAAAGAGCACTGGAAACCATGAAGAAGATTGAACAAGCAAGGCAATTGACAACAGGTGCACGCATGTTAC
CCACTTCATTGTCTAAAGCAGAACATGCCTCTGTTAATTCTACAAGCCATGATACCTCATCGGCATTGACAAATCAAGGAGCCCAACCAGCTCCAGTGAAACTGTCACCTTCAATTTCACAGCCTCTTCCAGGAGCGCAGTTATTCATGCCAGCTATTTCAGTAACACCACGGGCTCCGATTGCACAATCTGTTTCAATT
GAGCCAAGGGCTCCAGTTGTAACAACAGCTTCAGTTGTACGACAGTCCCCGGGTGGGCCAACATCGTTGGTTTCTCAGCAGGCTCAAGTTTCACTGATGGCACCAGTTGCATTGTTTGCTCCTGTTGCACAAGAAGCAGAGACAAAGCCACCAGTAGTTGCACTACCTACCACAAGGGTGTTGCAACCTGTTCCAGAGGC
ACAGTCATTACTACTTCAAAAACCTGGTGAGGTCGTGAAGCCATTGGCAGCTCCTGGTAATATATCTGAAGAAAATACAAAACCTCTTTCAGCAGAGGCAGCAAGGGTTGTTGATAGGGAACATTCAAAGGATTCTGTAATTTCACCTTCTAAAGTTTTACCTCTTGTTCAGACCTCAACATCGTCAGCTAATGTTGGCA
AGGATGTTGATCTGCCTGCAAAAATATTAAGGAAGCTTGAGAATCTTCACACGACACAGACTTCTCAAGGTCCAAAGCCAGCTGAATCTCTTGCAATTCGTGCTAATCATGCTGACATTGCAAAAAATGTTCAGAAAATCTTGCAATCAAGGCCTCCAGATTTTCGTCAATGGGAACCTCCTTCAAAAGCCTATATGAGT
GCTCCTGTATTGTGCCAAATCTGTAAGATTAATTCTATTGATATAGACAATATACTAGTTTGTGATGCTTGTGAGAAAGCAGTTCACTTAAAATGTGTTCAGTCGTACAACCAGAGGGGTATCCCGAAGGGTGACTGGCACTGCCCTAAGTGCTTGATTGCAAGCAATGGTCGTCCATTTCCTCCCAAGTATGGTCGTGT
TGGTAAAAGTACTATTGTTCGGAAAATGCCAGCAAACAAGAGTAGCCATCAAGCTTCTCCTGTGAAGAAGATGGAAACTTCCCATCCAAAGTCTCCTCAGCACACAATTGTATCAAATGGCCTGAATACTGCTGCAGAGGTTCCTGTCCATGTTGATCTGAGTCGTAGCAACCACATGCATATCCTTCAGGAAACGGGAA
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CAGTCTGCCCATGCTGCTGCAGTAGTGTCTGCCAGTCAAATTGGATCTAAAGGTTCTCAAACCAGGCAGCAATCAAGCATTAATTTGCATGATGTAAAGCAACCTCAAACCTCCAGTAATTCCCAGGGTGCAGACAGATTAAGATTGCAGCAAGAAGCTGGTGCATCTGGAACTCTTTTACAGGACAATGAAATTCAGAG
AGTACCTGCAGAATCAAAAGGGTTGCCTTTTTCTCAGTTCCCTATGGCAGGACAGAATTGTGCAGCTATAGGAAGTGACAGTTGTCAACAAGGTGAAGATGCCCAATGGAGAACATTGCACAAGAATTCTGTTCTTGATGCAAAATCATTATGTGAAGGTATTAATCAAAACAGATCTACTGAAGGGGAGCCGGAGGATG
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GTCAACTGGTGTTATTATCCCAATGATATCCCACAAATGGTCTGCCGTCCTACACCACCAGAAAAAGATGAGGTTTATGAATCAAATCATGGAGACAACAACCTGGTGGGTTCTATCCAAGGTCCTTGTCAGGTTCTGTCTTCTGAGAAGTACACGGAAGAGATTGAGAAGCGAATGGCACTTTTGAAGGGAGGGCATGA
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ACATCGGCCTCATGCTATGACATTGTAAATCATATCTATTGGTTATGCAATTGTACCAAGTTCATTATTCTACTGCTTAATTGTAATTAATGTTCTAAATCTGTAAACTAAGCAAGCAAGTTTCCAGGTCTGAAA
Intron 6 GTGGGTATCC ... AATTTGTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 72.17 | 8 | 14.5 | 27 |
| A2 | 62.1 | 9 | 9.5 | 20 |
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| A6 | 100 | 0 | 3 | 1 |
| A7 | 69.23 | 2 | 9 | 0 |
| A8 | 50 | 0 | 0.5 | 0 |
| A9 | 82.57 | 1 | 0.5 | 9 |
| A10 | 66.67 | 4 | 5 | 11 |
>TRINITY_DN111891_c1_g1_i11 from sample A2 / Example spliced isoformCAACAACCACTCTTCTTTCCCACTTAAATTTGCCAAAGCCACTCTTCCCCAACCCTTAGCCCACTCTTCCTCCAATGGAGAAGCCCTAATTATTTTCCCCCAAAAACTTAAAAACCCTTGTTGTGCTTCCCTATGTGCTTTTTTTAACCTTCTGCACAACTCTTCCTTTTCCCTTAATAAATCTTGAATTTCGTCAGTCA
TCCATTTATTGATTCTGCTGTGCAATTCATGAAATATAATTTGAGGCCTCATACCTGGGGCGTCGGCCTAATCCAATCCAAAGCCTTTTATCAACAATTATAGCACGAGTTTTAATGAATTCAGCGGAACAATAGAACTAAAGAAGAGCGCTTCATCGCAGTGGAATGAATGAACGAATGGATGGATTAGTTCGGTTGAT
CGATGATATAGATTCATAGGCGCCCAAAAAGAGTTGCAGGGCCATTCGCGATCGGGACTCGACCCCGAGACCCCCCAGTGGCAATATCAGAGAGTCCGATATTTGATTTTTGGAATACCTGGAGAATTGGGATTACTGGGCGAATTATGGTGTAAACATCTTCTTTTGATGGGAGCCTCTGGCCATGATAGGCGGGTCAT
TTACTTCAAGATTTTCTTCCCATCCGTGCTTAAGAATGCAGTTCCTCACACTCTGGCAGGAGAGCAATGTTTGGGCAATACACGTCAAGTAGATATTTACTTTAGAACTTCTAGAGCATAAAGATAGTGCAGATCAGTCACTTATGATCTTAGTAAAACATCTTTATAGAAACTGAGATAACTTTGGTTCATACTGATGG
CCACTGAATCTAATGGTTCAATCCTCCTGGAGCCACCAGACACACGAGATGGCCTCACAGTGGTTTCACCATTACCTCAGGAAGGTGGTTTCCCAGATGGCGCCACAGTGGTTCCAACATTACCTCAGGAAGGCGATATCCCTCATTCTTCAACAGAACTGAATGATGAAAGTATGCAAATTTCACCCATCAAGAAAACT
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CTAAGAAACTAAAAATTGGCAAGGACACTAAAATTGAGAAAAGAAAATCACTTGATGCTGCAATCAAGCAGACATCAGAGATGGTGCTTGTTTTAGCGGGGATGGGACGGATGAGAGCAGGCAGATGTCCAACAGACTTTGAAAGAGGACTTATGGCTGAGGCACGGCAAAAACTTGGATATTTGGCTGGAAAGCTGGCT
CCCAAGGATTTAGTTTCAAAGGACGCTGTTGAAAGTATGATAGAAGATCTTGGGCTAAACAGAGTGAAGGACCCTACAAAAACTGCAGGTCCAAAGAAATCAATAGCGGAAAGAGCACTGGAAACCATGAAGAAG
>TRINITY_DN111891_c1_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:CAACAACCACTCTTCTTTCCCACTTAAATTTGCCAAAGCCACTCTTCCCCAACCCTTAGCCCACTCTTCCTCCAATGGAGAAGCCCTAATTATTTTCCCCCAAAAACTTAAAAACCCTTGTTGTGCTTCCCTATGTGCTTTTTTTAACCTTCTGCACAACTCTTCCTTTTCCCTTAATAAATCTTGAATTTCGTCAGTCA
TCCATTTATTGATTCTGCTGTGCAATTCATGAAATATAATTTGAGGCCTCATACCTGGGGCGTCGGCCTAATCCAATCCAAAGCCTTTTATCAACAATTATAGCACGAGTTTTAATGAATTCAGCGGAACAATAGAACTAAAGAAGAGCGCTTCATCGCAGTGGAATGAATGAACGAATGGATGGATTAGTTCGGTTGAT
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ttcatggattagtaggaattgggtattttcacaacatggctgaacatgttctttctttgtggtcacttgtagtgtacaccattactgttctcaaagatttctgttagatacagttacaaggcactgcgttccttatctccaatttgactgaaaaaattccgtttatgtcttccagcagactccacaacgcatccagttct
aatgcctttgtttttggattgagttctgtcgacacaaagtatattttgtataaaggataacacgtttaattgtaatcaatgattaaaaatgcaacgggttggatagttcctatcggtctctatctcatcttgtgctaaagaagaacatctctcaaaatcaaaccggggagatggcctggtattgggccagccactctctg
aatatattagtattagtacgtatcaacatcaacattttctacattactaacatccgtgggttgctgccttaatttgttagAGTCCGATATTTGATTTTTGGAATACCTGGAGAATTGGGATTACTGGGCGAATTATGGTGTAAACATCTTCTTTTGATGGGAGCCTCTGGCCATGATAGGCGGGTCATTTACTTCAAGAT
TTTCTTCCCATCCGTGCTTAAGAATGCAGTTCCTCACACTCTGGCAGGAGAGCAATGTTTGGGCAATACACGTCAAGTAGATATTTACTTTAGAACTTCTAGAGCATAAAGATAGTGCAGATCAGTCACTTATGATCTTAGTAAAACATCTTTATAGAAACTGAGATAACTTTGGTTCATACTGATGGCCACTGAATCTA
ATGGTTCAATCCTCCTGGAGCCACCAGACACACGAGATGGCCTCACAGTGGTTTCACCATTACCTCAGGAAGGTGGTTTCCCAGATGGCGCCACAGTGGTTCCAACATTACCTCAGGAAGGCGATATCCCTCATTCTTCAACAGAACTGAATGATGAAAGTATGCAAATTTCACCCATCAAGAAAACTGTGTCGGATATA
GAAGATGTTATGCAAGTTTCACCCATCAAGACAACTGTGTCGGATATAGAAGATGTCACGCAAATTTCACCTGTCAAGACAAGTGTGTCAGGTAAAGAAGATGTTATGCAAATTTCACCAATCAAGACAACTGTGTCAGATAAAGAAGATGCTATGGACATTTCACCCAGAAAGACAACTGTGTCAGATATAGAAGATGT
GAATTTGATTTCTTTGAAGCACCCCGACACAGCCATAGATAGTAAAGCAGAGGTTGGGTTACCTGAGAGCTTCTCTGATAAAAATATTGGCATGCAGCATGATATTCTTACAGGGGGGAATACTAAAGGGGTTAGTTCTTTATGCTCTGCTGACAAGGATGAAGAAGAAGACCGCATTGAACATGTTGCTAAGAAACTAA
AAATTGGCAAGGACACTAAAATTGAGAAAAGAAAATCACTTGATGCTGCAATCAAGCAGACATCAGAGATGGTGCTTGTTTTAGCGGGGATGGGACGGATGAGAGCAGGCAGATGTCCAACAGACTTTGAAAGAGGACTTATGGCTGAGGCACGGCAAAAACTTGGATATTTGGCTGGAAAGCTGGCTCCCAAGGATTTA
GTTTCAAAGGACGCTGTTGAAAGTATGATAGAAGATCTTGGGCTAAACAGAGTGAAGGACCCTACAAAAACTGCAGGTCCAAAGAAATCAATAGCGGAAAGAGCACTGGAAACCATGAAGAAGATTGAACAAGCAAGGCAATTGACAACAGGTGCACGCATGTTACCCACTTCATTGTCTAAAGCAGAACATGCCTCTGT
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