sp|Q9LXG9|PCO1_ARATH ----> Plant cysteine oxidase 1
Intron 1 GTGAGTGCTA ... TCTCATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.36 | 21 | 8.8 | 12 |
| A2 | 5.26 | 18 | 5.8 | 1 |
| A3 | 0 | 24 | 8.8 | 0 |
| A4 | 18.75 | 26 | 8 | 6 |
| A5 | 21.05 | 15 | 5.6 | 4 |
| A6 | 12.03 | 117 | 34.4 | 16 |
| A7 | 15.65 | 97 | 29.6 | 18 |
| A8 | 16.13 | 78 | 17.6 | 15 |
| A9 | 10.87 | 82 | 23.4 | 10 |
| A10 | 19 | 81 | 20.8 | 19 |
>TRINITY_DN122277_c0_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoformAGATAGCTTAACGGGTACATAATCCTGCCAATTCTAAACTGCGAAATCTGCATGGTGAATAAAAGTTTCTTCTTGTTTCGCCACTACCTCCGTGAGCGAACTGAATACTTTTCCCAGTTTCGTGGACTTTCCCTAACAACTAATCATACTCAGATTTGGAGTTTGTAATATATTTATACATTTAATATCGCCCTACAGTT
CTCAATATTGATCGGATATATATACTCGCAGATCATAGTTGGTTGGGCTAATAGTAGCTGGTTGGGCTGTGGCTTTGCTGCCATTTCACCACAATCAGCTTGATTCTCAGCGCACTTCTGTATTGGCTGACAAGATGTCCCAGAAGTATCAATTCCAGTCAGGCTGAGAATTGGGCGTTTTCTGTCAACTAAGAAAGCGA
AACCCATTAGAAGGGGCGTCCTGCACGGGAATTCTTGTTTTGGGGTATTGTTTTGATCAATTTGGGGAGAATTGAGGGGCGATGGTTAAGCCCTGAATGGACTGAAACAAGTGTTAAGGACTATTATGTTAAGATTAAAGGGTTGTAGGAAGGAGCAGCGATGCCGAGACGGATAAAGTCAGCAGAAAATGGAGAACCCA
CCCAAGGGTTCGAACGGAACAGGAAACCCTCGGCCATTAAGGGTTTGAATAATAGTAATAATAATAATAAGAAGAGCGCAGTTCATAGGCTTTATGAACTCTGCGTCGAGACGTTTTCGCCCCCAGGGACGGTGGCTTCACCGGAGGCCATTGAGAATCTGCGGTCCTTTTTAGGATTCTGCCAATGAACCTGTTAGACG
GCCAAATGTGCGAAAGGGCCAATGCTCGGGCAGTAAAAGAGCTGGATTTGCACCACCCATCACATACGTGCATGTGTATGAATGTGCTAGCTTTTCGATAGGTATTTTTTGTCTGCCACCATCAGCTGTTCTTCCACTTCACAATCATCCTGGAATGACCGTCTTGAGCAAGCTTCTCTATGGTTCAATGCATTTAAAAT
CTTATGATTGTGTTGATCCAATAGATATAGGAATAAGTTCCTGCCAACCACAGGCGAAGTTAGCAAAAACAAAGGTCAACACAATACATGAGGCACCCTGTGAATCTTCTGTACTCTGTCCGAGAACTGGAGGTAACATACATTCTTTGACAGCAGTGACATCGTGTGCTGTACTTGATGTCCTTGCTCCTCCTTATTCA
GACGAGGATGGCCGACATTGCACTTATTATCGTGCCTATCCTTGCTCGGGGCTTCCTGAAAATGGTAATACACAATCCAATGATGATCAAAATTATTTGTGGTTGGAGGAGATCGAGAGGCCAGATGATTTTTTTATTAAAGGGGGACAATATCTGGGCCCTAAAATTGAGGCTCGGTGATTTTGTGATTATATAATGCT
GGTGCCTTCGAGGCATTATTTGTGCTTTGAAGAGGATATATGTCTCAGATCTCTTCACTTTTAATGGATCGTGTTCAGTCCATTGAAGAAAAAATGCTGCTTGCAACTCTTGAAGACTTCAACTTAGGCGACTTGTGTCCATTAGGCTGCTGGGTGGACATTCTGCTTCTTCCTTTTTTTACAATTGTGGCTTAAGTGCA
TTTTCTAAGTGGTTCATGCAGCTGTATGTTAATGTAGAACATTTGTAGATATCAGATGTTTTTCAGCCGTTGATAATTATAATTAGAAATTCTTGCAAAACAACGGTTGATGCTCTTGTATTCTAGCTCAAATCGGGATTATGTTATGGTTGCAGAAGCACATCAGTTGCTCTATTTTGCTAGTAGAACACAATTAGTTC
TTTAGATCATTGAAAGAGATTCCATGCTGAAATCATTGTGTTTTCGGAGCATTCTGTTCAGTTGTGGCTTCTTTGAAGTATTTGCATTGGGAGAATTGAAGAGAAATATCATGTTGCTGATCTGTTGATCAATTTGAATATCGTTTTTCTGTCTGGGAAAGTTCAATAGGTCTTATGAGAGCAGAGATTGGAATTGTGGA
CTAAAACAAAACAGTCTGCTAGAAACGATTCTGAAACAACCATTCTGCCTTGGAACTGTTCTTACAATTATAGTTAAACTCTAAGGGACGGAAGTAGTTTTTATTGGATGGAAATAATTTTTATTATGCATTATGTAAATCATTCGTGAATTTATTTTTTGTGTTACTTTTAAGATATCATACCTCAACCCTAGAGCCAT
GACAAGAAAAATAAGTTGCTGTCAGACAGTATTTGTGAAAAATTGTTTTTTCACATTAATTAGATAATATGTGACATTTGAAAATTACTTCATAAAT
>TRINITY_DN122277_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGATAGCTTAACGGGTACATAATCCTGCCAATTCTAAACTGCGAAATCTGCATGGTGAATAAAAGTTTCTTCTTGTTTCGCCACTACCTCCGTGAGCGAACTGAATACTTTTCCCAGTTTCGTGGACTTTCCCTAACAACTAATCATACTCAGATTTGGAGTTTGTAATATATTTATACATTTAATATCGCCCTACAGTT
CTCAATATTGATCGGATATATATACTCGCAGATCATAGTTGGTTGGGCTAATAGTAGCTGGTTGGGCTGTGGCTTTGCTGCCATTTCACCACAATCAGCTTGATTCTCAGCGCACTTCTGTATTGGCTGACAAGATGTCCCAGAAGTATCAATTCCAGTCAGGCTGAGAATTGGGCGTTTTCTGTCAACTAAGAAAGCGA
AACCCATTAGAAGGGGCGTCCTGCACGGGAATTCTTGTTTTGGGGTATTGTTTTGATCAATTTGGGGAGAATTGAGGGGCGATGGTTAAGCCCTGAATGGACTGAAACAAGTGTTAAGGACTATTATGTTAAGATTAAAGGGTTGTAGGAAGGAGCAGCGATGCCGAGACGGATAAAGTCAGCAGAAAATGGAGAACCCA
CCCAAGGGTTCGAACGGAACAGGAAACCCTCGGCCATTAAGGGTTTGAATAATAGTAATAATAATAATAAGAAGAGCGCAGTTCATAGGCTTTATGAACTCTGCGTCGAGACGTTTTCGCCCCCAGGGACGGTGGCTTCACCGGAGGCCATTGAGAATCTGCGGTCCTTTTTAGATACAATTAAACCTGTAGACGTCGGA
CTTAAGGAAGTTGTGTCAATACAGGATTCTGCCAATGAACCTGTTAGACGGCCAAATGTGCGAAAGGGCCAATGCTCGGGCAGTAAAAGAGCTGGATTTGCACCACCCATCACATACGTGCATGTGTATGAATGTGCTAGCTTTTCGATAGGTATTTTTTGTCTGCCACCATCAGCTGTTCTTCCACTTCACAATCATCC
TGGAATGACCGTCTTGAGCAAGCTTCTCTATGGTTCAATGCATTTAAAATCTTATGATTGTGTTGATCCAATAGATATAGGAATAAGTTCCTGCCAACCACAGGgtgagtgctattcctggtaatctttaggtacttggcctctttctttcgggtttgctttatgagatgcatggttttacttttatccgcaaaaggatg
tatgtattcatattttcgctttgagaaataatggccttttattacttttctcatgcagCGAAGTTAGCAAAAACAAAGGTCAACACAATACATGAGGCACCCTGTGAATCTTCTGTACTCTGTCCGAGAACTGGAGGTAACATACATTCTTTGACAGCAGTGACATCGTGTGCTGTACTTGATGTCCTTGCTCCTCCTTA
TTCAGACGAGGATGGCCGACATTGCACTTATTATCGTGCCTATCCTTGCTCGGGGCTTCCTGAAAATGGTAATACACAATCCAATGATGATCAAAATTATTTGTGGTTGGAGGAGATCGAGAGGCCAGATGATTTTTTTATTAAAGGGGGACAATATCTGGGCCCTAAAATTGAGGCTCGGTGATTTTGTGATTATATAA
TGCTGGTGCCTTCGAGGCATTATTTGTGCTTTGAAGAGGATATATGTCTCAGATCTCTTCACTTTTAATGGATCGTGTTCAGTCCATTGAAGAAAAAATGCTGCTTGCAACTCTTGAAGACTTCAACTTAGGCGACTTGTGTCCATTAGGCTGCTGGGTGGACATTCTGCTTCTTCCTTTTTTTACAATTGTGGCTTAAG
TGCATTTTCTAAGTGGTTCATGCAGCTGTATGTTAATGTAGAACATTTGTAGATATCAGATGTTTTTCAGCCGTTGATAATTATAATTAGAAATTCTTGCAAAACAACGGTTGATGCTCTTGTATTCTAGCTCAAATCGGGATTATGTTATGGTTGCAGAAGCACATCAGTTGCTCTATTTTGCTAGTAGAACACAATTA
GTTCTTTAGATCATTGAAAGAGATTCCATGCTGAAATCATTGTGTTTTCGGAGCATTCTGTTCAGTTGTGGCTTCTTTGAAGTATTTGCATTGGGAGAATTGAAGAGAAATATCATGTTGCTGATCTGTTGATCAATTTGAATATCGTTTTTCTGTCTGGGAAAGTTCAATAGGTCTTATGAGAGCAGAGATTGGAATTG
TGGACTAAAACAAAACAGTCTGCTAGAAACGATTCTGAAACAACCATTCTGCCTTGGAACTGTTCTTACAATTATAGTTAAACTCTAAGGGACGGAAGTAGTTTTTATTGGATGGAAATAATTTTTATTATGCATTATGTAAATCATTCGTGAATTTATTTTTTGTGTTACTTTTAAGATATCATACCTCAACCCTAGAG
CCATGACAAGAAAAATAAGTTGCTGTCAGACAGTATTTGTGAAAAATTGTTTTTTCACATTAATTAGATAATATGTGACATTTGAAAATTACTTCATAAAT
Intron 2 GTGAGTGCTA ... TAATCTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 43.24 | 21 | 17 | 15 |
| A2 | 36.84 | 18 | 12 | 9 |
| A3 | 41.46 | 24 | 19 | 15 |
| A4 | 42.22 | 26 | 22 | 16 |
| A5 | 30.23 | 15 | 8 | 5 |
| A6 | 40.46 | 117 | 92 | 67 |
| A7 | 37.82 | 97 | 71 | 47 |
| A8 | 41.35 | 78 | 59 | 51 |
| A9 | 39.26 | 82 | 60 | 46 |
| A10 | 34.94 | 81 | 47 | 40 |
>TRINITY_DN110383_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformTTTGTAATATATTTATACATTTAATATCGCCCTACAGTTCTCAATATTGATCGGATATATATACTCGCAGATCATAGTTGGTTGGGCTAATAGTAGCTGGTTGGGCTGTGGCTTTGCTGCCATTTCACCACAATCAGCCTGATTCTCAGCGCACTTCTGTATTGGCTGACAAGATGTCCCAGAAGTATCAATTCCAGTCA
GGCTGAGAATTGGGCGTTTTCTGTCAACTAAGAAAGCGAAACCCATTAGAAGGGGCGTCCTGCACGGGAATTCTTGTTTTGGGGTATTGTTTTGATCAATTTGGGGAGAATTGAGGGGCGATGGTTAAGCCCTGAATGGACTGAAACAAGTGTTAAGGACTATTATGTTAAGATTAAAGGGTTGTAGGAAGGAGCAGCGA
TGCCGAGACGGATAAAGTCAGCAGAAAATGGAGAACCCACCCAAGGGTTCGAACGGAACAGGAAACCCTCGGCCATTAAGGGTTTGAATAATAGTAATAATAATAATAAGAAGAGCGCAGTTCATAGGCTTTATGAACTCTGCGTCGAGACGTTTTCGCCCCCAGGGACGGTGGCTTCACCGGAGGCCATTGAGAATCTG
CGGTCCTTTTTAGATACAATTAAACCTGTAGACGTCGGACTTAAGGAAGTTGTGTCAATACAGGATTCTGCCAATGAACCTGTTAGACGGCCAAATGTGCGAAAGGGCCAATGCTCGGGCAGTAAAAGAGCTGGATTTGCACCACCCATCACATACGTGCATGTTTATGAATGTGCTAGCTTTTCGATAGGTATTTTTTG
TCTGCCACCATCAGCTGTTCTTCCACTTCACAATCATCCTGGAATGACCGTCTTGAGCAAGCTTCTCTATGGTTCAATGCATTTAAAATCTTATGATTGTGTTGATCCAATAGATATAGGAATAAGTTCCTGCCAACCACAGGCGAAGTTAGCAAAAACAAAGGTCAACACAATACATGAGGCACCCTGTGAATCTTCTG
TACTCTGTCCGAGAACTGGAGGTAACATACATTCTTTGACAGCAGTGACATCGTGTGCTGTACTTGATGTCCTTGCTCCTCCTTATTCAGACGAGGATGGCCGACATTGCACTTATTATCGTGCCTATCCTTGCTCGGGGCTTCCTGAAAATGGTAATACACAATCCAATGATGATCAAAATTATTTGTGGTTGGAGGAG
ATCGAGAGGCCAGATGATTTTTTTATTAAAGGGGGACAATATCTGGGCCCTAAAATTGAGGCTCGGTGATTTTGTGATTCTATAATGCTGGTGCCTTCGAGGCATTATTTTTGCTTTGAAGAGGATATATGTCTCAGATCTCTTCACTTTTAATGGATCGTGTTCAGTCCATTGAAGAAAAAATGCTGCTTGCAACTCTT
GAAGACTTCAACTTAGGCGATTTGTGTCCATTAGGCTGCTGGGTGGACATTCTGCTTCTTCCTTTTTTTACAATTGTGGCTTAAGTGCATTTTCTAAGTGGTTCATGCAGCTGTATGTTAATGTAGAACATTTGTAGATATCAGATGTTTTTCAGCCGTTGATAATTGTAATTAGAAATTCTTGCAAAACAACGGTTGAT
GCTCTTGTATGGTCTTCTAGCTCAAATCGGGATTATGTTATGGTTGCAGAAGCACATCAGTTGCTCTATTTTGCTAGTAGAACACAATTAGTTCTTTAGATCATTGAAAGAGATTCCATGCTGAAATCATTGTGTTTTCGTAGCATTCTGTTCAGTTGTGGCTTCTTTGAAGTATTTGCATTGGGAGAATTGAAGAGAAA
TATCATGTTGCTGATCTGTTGATCAATTTGAATATCGTTTTTCTGTCTGGGAAAGTTCAATAGGTCTTATGAGAGCAGAGATTGGAATTGTGGACTAAAACAAAACAGTCTGCTAGAAACGATTCTGAAACAACCATTCTGCCTTGGAACTGTTCTTACAATTATAGTTAAACTCTAAGGGACGGAAGTAGTTTTTATTG
GATGGA
>TRINITY_DN110383_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTTGTAATATATTTATACATTTAATATCGCCCTACAGTTCTCAATATTGATCGGATATATATACTCGCAGATCATAGTTGGTTGGGCTAATAGTAGCTGGTTGGGCTGTGGCTTTGCTGCCATTTCACCACAATCAGCCTGATTCTCAGCGCACTTCTGTATTGGCTGACAAGATGTCCCAGAAGTATCAATTCCAGTCA
GGCTGAGAATTGGGCGTTTTCTGTCAACTAAGAAAGCGAAACCCATTAGAAGGGGCGTCCTGCACGGGAATTCTTGTTTTGGGGTATTGTTTTGATCAATTTGGGGAGAATTGAGGGGCGATGGTTAAGCCCTGAATGGACTGAAACAAGTGTTAAGGACTATTATGTTAAGATTAAAGGGTTGTAGGAAGGAGCAGCGA
TGCCGAGACGGATAAAGTCAGCAGAAAATGGAGAACCCACCCAAGGGTTCGAACGGAACAGGAAACCCTCGGCCATTAAGGGTTTGAATAATAGTAATAATAATAATAAGAAGAGCGCAGTTCATAGGCTTTATGAACTCTGCGTCGAGACGTTTTCGCCCCCAGGGACGGTGGCTTCACCGGAGGCCATTGAGAATCTG
CGGTCCTTTTTAGATACAATTAAACCTGTAGACGTCGGACTTAAGGAAGTTGTGTCAATACAGGATTCTGCCAATGAACCTGTTAGACGGCCAAATGTGCGAAAGGGCCAATGCTCGGGCAGTAAAAGAGCTGGATTTGCACCACCCATCACATACGTGCATGTTTATGAATGTGCTAGCTTTTCGATAGGTATTTTTTG
TCTGCCACCATCAGCTGTTCTTCCACTTCACAATCATCCTGGAATGACCGTCTTGAGCAAGCTTCTCTATGGTTCAATGCATTTAAAATCTTATGATTGTGTTGATCCAATAGATATAGGAATAAGTTCCTGCCAACCACAGGgtgagtgctattcctggtaatctttagCGAAGTTAGCAAAAACAAAGGTCAACACAA
TACATGAGGCACCCTGTGAATCTTCTGTACTCTGTCCGAGAACTGGAGGTAACATACATTCTTTGACAGCAGTGACATCGTGTGCTGTACTTGATGTCCTTGCTCCTCCTTATTCAGACGAGGATGGCCGACATTGCACTTATTATCGTGCCTATCCTTGCTCGGGGCTTCCTGAAAATGGTAATACACAATCCAATGAT
GATCAAAATTATTTGTGGTTGGAGGAGATCGAGAGGCCAGATGATTTTTTTATTAAAGGGGGACAATATCTGGGCCCTAAAATTGAGGCTCGGTGATTTTGTGATTCTATAATGCTGGTGCCTTCGAGGCATTATTTTTGCTTTGAAGAGGATATATGTCTCAGATCTCTTCACTTTTAATGGATCGTGTTCAGTCCATT
GAAGAAAAAATGCTGCTTGCAACTCTTGAAGACTTCAACTTAGGCGATTTGTGTCCATTAGGCTGCTGGGTGGACATTCTGCTTCTTCCTTTTTTTACAATTGTGGCTTAAGTGCATTTTCTAAGTGGTTCATGCAGCTGTATGTTAATGTAGAACATTTGTAGATATCAGATGTTTTTCAGCCGTTGATAATTGTAATT
AGAAATTCTTGCAAAACAACGGTTGATGCTCTTGTATGGTCTTCTAGCTCAAATCGGGATTATGTTATGGTTGCAGAAGCACATCAGTTGCTCTATTTTGCTAGTAGAACACAATTAGTTCTTTAGATCATTGAAAGAGATTCCATGCTGAAATCATTGTGTTTTCGTAGCATTCTGTTCAGTTGTGGCTTCTTTGAAGT
ATTTGCATTGGGAGAATTGAAGAGAAATATCATGTTGCTGATCTGTTGATCAATTTGAATATCGTTTTTCTGTCTGGGAAAGTTCAATAGGTCTTATGAGAGCAGAGATTGGAATTGTGGACTAAAACAAAACAGTCTGCTAGAAACGATTCTGAAACAACCATTCTGCCTTGGAACTGTTCTTACAATTATAGTTAAAC
TCTAAGGGACGGAAGTAGTTTTTATTGGATGGA
Intron 3 GTGCGTAAGT ... TCATCCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 5.56 | 34 | 8.4 | 2 |
| A2 | 5.88 | 32 | 0.6 | 2 |
| A3 | 11.32 | 47 | 2.4 | 6 |
| A4 | 14.89 | 40 | 4 | 7 |
| A5 | 5.88 | 16 | 1.8 | 1 |
| A6 | 6.52 | 129 | 18 | 9 |
| A7 | 6.15 | 183 | 23.6 | 12 |
| A8 | 12.88 | 115 | 12.4 | 17 |
| A9 | 14.04 | 98 | 9 | 16 |
| A10 | 12.06 | 124 | 12 | 17 |
>TRINITY_DN109629_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformATAAAAGTTTCTTCTTGTTTCGCCACTACCTCCGTGAGCGAACTGAATACTTTTCCCAGTTTCGTGGACTTTCCCTAACAACTAATCATACTCAGATTTGGAGTTTGTAATATATTTATACATTTAATATCGCCCTACAGTTCTCAATATTGATCGGATATATATACTCGCAGATCATAGTTGGTTGGGCTAATAGTAGC
TGGTTGGGCTGTGGCTTTGCTGCCATTTCACCACAATCAGCCTGATTCTCAGCGCACTTCTGTATTGGCTGACAAGATGTCCCAGAAGTATCAAGTCCAGTCAGGCTGAGAATTGGGCGTTTTCTGTCAACTAAGAAAGCGAAACCCATTAGAAGGGGCGTCCTGCACGGGAATTCTTGTTTTGGGGTATTGTTTTGATC
AATTTGGGGAGAATTGAGGGGCGATGGTTAAGCCCTGAATGGACTGAAACAAGTGTTAAGGACTATTATGTTAAGATTAAAGGGTTGTAGGAAGGAGCAGCGATGCCGAGACGGATAAAGTCAGCAGAAAATGGAGAACCCACCCAAGGGTTCGAACGGAACAGGAAACCCTCGGCTATTAAGGGTTTGAATAATAGTAA
TAATAATAATAAGAAGAGCGCAGTTCATAGGCTTTATGAACTCTGCGTCGAGACGTTTTCGCCCCCAGGGACGGTGGCTTCACCGGAGGCCATTGAGAATCTGCGGTCCTTTTTAGATACAATTAAACCTGTAGACGTCGGACTTAAGGAAGTTGTGTCAATACAGGATTCTGCCAATGAACCTGTTAGACGGCCAAATG
TGCGAAAGGGCCAATGCTCGGGCAGTAAAAGAGCTGGATTTGCACCACCCATCACATACGTGCATGTTTATGAATGTGCTAGCTTTTCGATAGGTATTTTTTGTCTGCCACCATCAGCTGTTCTTCCACTTCACAATCATCCTGGAATGACCGTCTTGAGCAAGCTTCTCTATGGTTCAATGCATTTAAAATCTTATGAT
TGTGTTGATCCAATAGATATAGGAATAAGTTCCTGCCAACCACAGGCGAAGTTAGCAAAAACAAAGGTCAACACAATACATGAGGCACCCTGTGAATCTTCTGTACTCTGTCCGAGAACTGGAGGTAACATACATTCTTTGACAGCAGTGACATCGTGTGCTGTACTTGATGTCCTTGCTCCTCCTTATTCAGACGAGGA
TGGCCGACATTGCACTTATTATCGTGCCTATCCTTGCTCGGGGCTTCCTGAAAATGGTAATACACAATCCAATGATGATCAAAATTATTTGTGGTTGGAGGAGATCGAGAGGCCAGATGATTTTTTTATTAAAGGGGGACAATATCTGGGCCCTAAAATTGAGGCTCGGTGATTTTGTGATTCTATAATGCTGGTGCCTT
CGAGGCATTATTTTTGCTTTGAAGAGGATATATGTCTCAGATCTCTTCACTTTTAATGGATCGTGTTCAGTCCATTGAAGAAAAAATGCTGCTTGCAACTCTTGAAGACTTCAACTTAGGCGACTTGTGTCCATTAGGCTGCTGGGTGGACATTCTGCTTCTTCTTTTTTTACAATTGTGGCTTAAGTGCATTTTCTAAG
TGGTTCATGCAGCTGTATGTTAATGTAGAACATTTGTAGATATCAGATGTTTTTCAGCCGTTGATAATTGTAATTAGAAATTCTTGCAAAACAACGGTTGATGCTCTTGTATGGTCTTCTAGCTCAAATCGGGATTATGTTATGGTTGCAGAAGCACATCAGTTGCTCTATTTTGCTAGTAGAACACAATTAGTTCTTTA
GATCATTGAAAGAGATTCCATGCTGAAATCATTGTGTTTTCGGAGCATTCTGTTCAGTTGTGGCTTCTTTGAAGTATTTGCATTGGGAGAATTGAAGAGAAATATCATGTTGCTGATCTGTTGATCAATTTGAATATCGTTTTTCTGTCTGGGAAAGTTCAATAGGTCTTATGAGAGCAGAGATTGGAATTG
>TRINITY_DN109629_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:CAATTATATATCTCAATTTATTGAAATATTCACAAAGAATGTTTAATTGCTTGCTAATTATTATCAATCTAGTTTAGTGATGCTTTCATGTATTGTTGTGCATTGTATGGTGCAATTGTATGATAATCTTCATATACATGAAGATGGGTGTATTGACTTTTGACTGATGTCATTTATGCGTCCAGATACAATTAAACCTG
TAGACGTCGGACTTAAGGAAGTTGTGTCAATACAGGATTCTGCCAATGAACCTGTTAGACGGCCAAATGTGCGAAAGGGCCAATGCTCGGGCAGTAAAAGAGCTGGATTTGCACCACCCATCACATACGTGCATGTGTATGAATGTGCTAGCTTTTCGgtgcgtaagtaaatgtgtagtaccattgggaccaattttcag
atgcacttatttccttctatttctagccattataagtgactgattatgctctgaagttacatgtcgagcaaagtaggattatcattctgaatgtttggaggatacttgactaatttgtttgttaattttcaagtagctgagtttggtatgttgtttcatccacagATAGGTATTTTTTGTCTGCCACCATCAGCTGTTCT
TCCACTTCACAATCATCCTGGAATGACCGTCTTGAGCAAGCTTCTCTATGGTTCAATGCATTTAAAATCTTATGATTGTGTTGATCCAATAGATATAGGAATAAGTTCCTGCCAACCACAGGGTGAGTGCTATTCCTGGTAATCTTTAGGTACTTGGCCGCTTTCTTTCGGGTTTGCTTTATGAGATGCATGGTTTTACT
TTTATCCGCC
Intron 4 GTAATTCAAG ... TGCTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.11 | 23 | 2 | 13 |
| A2 | 43.48 | 13 | 1.3 | 10 |
| A3 | 34.21 | 25 | 4.7 | 13 |
| A4 | 38.24 | 21 | 8 | 13 |
| A5 | 45.45 | 6 | 0 | 5 |
| A6 | 21.69 | 130 | 25.3 | 36 |
| A7 | 24.83 | 112 | 19.3 | 37 |
| A8 | 25.81 | 115 | 25.3 | 40 |
| A9 | 21.48 | 106 | 19.3 | 29 |
| A10 | 18.32 | 107 | 22 | 24 |
>TRINITY_DN99331_c0_g2_i4 from sample A4 / Example spliced isoformGGTTGGGCTAATAGTAGCTGGTTGGGCTGTGGCTTTGCTGCCATTTCACCACAATCAGCCTGATTCTCAGCGCACTTCTGTATTGGCTGACAAGATGTCCCAGAAGTATCAAGTCCAGTCAGGCTGAGAATTGGGCGTTTTCTGTCAACTAAGAAAGCGAAACCCATTAGAAGGGGCGTCCTGCACGGGAATTCTTGTTT
TGGGGTATTGTTTTGATCAATTTGGGGAGAATTGAGGGGCGATGGTTAAGCCCTGAATGGACTGAAACAAGTGTTAAGGACTATTATGTTAAGATTAAAGGGTTGTAGGAAGGAGCAGCGATGCCGAGACGGATAAAGTCAGCAGAAAATGGAGAACCCACCCAAGGGTTCGAACGGAACAGGAAACCCTCGGCCATTAA
GGGTTTGAATAATAGTAATAATAATAATAAGAAGAGCGCAGTTCATAGGCTTTATGAACTCTGCGTCGAGACGTTTTCGCCCCCAGGGACGGTGGCTTCACCGGAGGCCATTGAGAATCTGCGGTCCTTTTTAGATACAATTAAACCTGTAGACGTCGGACTTAAGGAAGTTGTGTCAATACAGGATTCTGCCAATGAAC
CTGTTAGACGGCCAAATATGCGAAAGGGCCAATGCTCGGGCAGTAAAAGAGCTGGATTTGCACCACCCATCACATACGTGCATGTTTATGAATGTGCTAGCTTTTCGATAGGTATTTTTTGTCTGCCACCATCAGCTGTTCTTCCACTTCACAATCATCCTGGAATGACCGTCTTGAGCAAGCTTCTCTATGGTTCAATG
CATTTAAAATCTTATGATTGTGTTGATCCAATAGATATAGGAATAAGTTCCTGCCAACCACAGGCGAAGTTAGCAAAAACAAAGGTCAACACAATACATGAGGCACCCTGTGAATCTTCTGTACTCTGTCCGAGAACTGGAGGTAACATACATTCTTTGACAGCAGTGACATCGTGTGCTGTACTTGATGTCCTTGCTCC
TCCTTATTCAGACGAGGATGGCCGACATTGCACTTATTATCGTGCCTATCCTTGCTCGGGGCTTCCTGAAAATGGTAATACACAATCCAATGATGATCAAAATTATTTGTGGTTGGAGGAGATCGAGAGGCCAGATGATTTTTTTATTAAAGGGGGACAATATCTGGGCCCTAAAATTGAGGCTCGGTGATTTTGTGATT
CTATAATGCTGGTGCCTTCGAGGCATTATTTTTGCTTTGAAGAGGATATATGTCTCAGATCTCTTCACTTTTAATGGATCGTGTTCAGTCCATTGAAGAAAAAATGCTGCTTGCAACTCTTGAAGACTTCAACTTAGGCGACTTGTGTCCATTAGGCTGCTGGGTGGACATTCTGCTTCTTCTTTTTTTACAATTGTGGC
TTAAGTGCATTTTCTAAGTGGTTCATGCAGCTGTATGTTAATGTAGAACATTTGTAGATATCAGATGTTTTTCAGCCGTTGATAATTGTAATTAGAAATTCTTGCAAAACAACGGTTGATGCTCTTGTATGGTCTTCTAGCTCAAATCGGGATTATGTTATGGTTGCAGAAGCACATCAGTTGCTCTATTTTGCTAGTAG
AACACAATTAGTTCTTTAGATCATTGAAAGAGATTCCATGCTGAAATCATTGTGTTTTCGTAGCATTCTGTTCAGTTGTGGCTTCTTTGAAGTATTTGCATTGGGAGAATTGAAGAGAAATATCATGTTGCTGATCTGTTGATCAATTTGAATATCGTTTTTCTGTCTGGGAAAGTTCAG
>TRINITY_DN99331_c0_g2_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGTTGGGCTAATAGTAGCTGGTTGGGCTGTGGCTTTGCTGCCATTTCACCACAATCAGCCTGATTCTCAGCGCACTTCTGTATTGGCTGACAAGATGTCCCAGAAGTATCAAGTCCAGTCAGGCTGAGAATTGGGCGTTTTCTGTCAACTAAGAAAGCGAAACCCATTAGAAGGGGCGTCCTGCACGGGAATTCTTGTTT
TGGGGTATTGTTTTGATCAATTTGGGGAGAATTGAGGGGCGATGGTTAAGCCCTGAATGGACTGAAACAAGTGTTAAGGACTATTATGTTAAGATTAAAGGGTTGTAGGAAGGAGCAGCGATGCCGAGACGGATAAAGTCAGCAGAAAATGGAGAACCCACCCAAGGGTTCGAACGGAACAGGAAACCCTCGGCCATTAA
GGGTTTGAATAATAGTAATAATAATAATAAGAAGAGCGCAGTTCATAGGCTTTATGAACTCTGCGTCGAGACGTTTTCGCCCCCAGGGACGGTGGCTTCACCGGAGGCCATTGAGAATCTGCGGTCCTTTTTAGATACAATTAAACCTGTAGACGTCGGACTTAAGGAAGTTGTGTCAATACAGGATTCTGCCAATGAAC
CTGTTAGACGGCCAAATATGCGAAAGGGCCAATGCTCGGGCAGTAAAAGAGCTGGATTTGCACCACCCATCACATACGTGCATGTTTATGAATGTGCTAGCTTTTCGATAGGTATTTTTTGTCTGCCACCATCAGCTGTTCTTCCACTTCACAATCATCCTGGAATGACCGTCTTGAGCAAGCTTCTCTATGGTTCAATG
CATTTAAAATCTTATGATTGTGTTGATCCAATAGATATAGGAATAAGTTCCTGCCAACCACAGGCGAAGTTAGCAAAAACAAAGGTCAACACAATACATGAGGCACCCTGTGAATCTTCTGTACTCTGTCCGAGAACTGGAGGTAACATACATTCTTTGACAGCAGTGACATCGTGTGCTGTACTTGATGTCCTTGCTCC
TCCTTATTCAGACGAGGATGGCCGACATTGCACTTATTATCGTGCCTATCCTTGCTCGGGGCTTCCTGgtaattcaagtccctcctcgaatccctttgaagtatgtttaatttttctctgatatattgcggatatatgctcaggtcattctgctgtattagctgacacctatgtctcttggttcatgtttgtgtttgagt
tcgaattctgtgacaatgatatctggaaaaatatcaccggtgcaaaagttaggataaaaattgcgattaagtttgtcaaggcataattctaaaattctaaaatttagaaatctgcatgataaaattccaatcgctggcgacttttatttgaaatttatgaatgaattcaatttggcagacaagttcaaacgttattcgat
ttgaattgaatcataaatttatcgaaaataagcgaattatttgttgggtcatgatatttgctgaattttaattattttccatagaagttggggtacacaatgactaaggcttgacaccactcattatatatttcgtgcttttcagAAAATGGTAATACACAATCCAATGATGATCAAAATTATTTGTGGTTGGAGGAGAT
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AGACTTCAACTTAGGCGACTTGTGTCCATTAGGCTGCTGGGTGGACATTCTGCTTCTTCTTTTTTTACAATTGTGGCTTAAGTGCATTTTCTAAGTGGTTCATGCAGCTGTATGTTAATGTAGAACATTTGTAGATATCAGATGTTTTTCAGCCGTTGATAATTGTAATTAGAAATTCTTGCAAAACAACGGTTGATGCT
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