sp|Q8L586|Y4958_ARATH ----> Uncharacterized membrane protein At4g09580

Intron 1 GTAGGTCTAT ... AATTTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.29	55	5	9
A2	18.92	30	1	13
A3	6.25	45	3	3
A4	9.52	38	3	5
A5	12.5	7	0	2
A6	18.47	64	12	17
A7	5.41	166	6	13
A8	11.48	189	14	35
A9	11.85	145	15	24
A10	4.71	81	2	6

>TRINITY_DN105115_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

GGCGGGGAGCGAGCTGCAAAGTAAAAGAGAAGCAAAAGAAACGCGTGCAGGAGGAGAAGCAGGGTCATAATATACCTAACGTTCAAATGTAAGCCGGCGGTGGCGTGTTCTTGGGGCAGCGCAGATTGCTGTGGTTTTTGCAGTTTCAATTCGCCATCTGCGTTGGCAATTGACCGCCGGCTGCCGCTGATTCACGTATG
GAATCTTTCTGTGAAGGCGCGTGGACGTTCAGAAATCTCATGACCACAAGGGTTTGATCTCAAGATGTCATGTAAAATCCCAATTGGGCAAAAATCGATTCAAGGATTAAAGTCTCAGGCATAAATTATTACAGAAAAGACTGCAATTGCTTGCCAGCTCGGTACCAATAGAAGGCCTTCTCTACAGTTAATGGGAAGCG
AGTACCACTACTGAAGACTAGAGTTTGATCTTTTGGTGTGGACCCATGTTCACAAGTACAACGGCCTAGGTCAGAGTTGCATGAGTCTACAATGGGAAATTCAACCCTTGAATCACTATGATGATTTTTTCGCCGTTGGGGTCGAGCGAGACAGAACTGTGCAAGTTTTTGAAATAACTACCATAAAACCAGTCTGGTGT
TTTGATGAAATCATAAAATTGAAGATTTCATGTAGGAATGAATCATCAAGCCGTGCAATGACAAGCAGGTACTGCTGTTGAAGGGAGGGTAGATTTGTGGATCCAGGCGTCTCATTCACTGTGGAAGTTAAAAGAATTTAAAAGATCCTTTCACTACACTTCCTTGAAGATTCAAATTTCTTTTGGCAGAAATGTTAAGA
TTAAGATGACATTGCAAGGACTTTCTGAAGACATCAATTACAGATGTCCGATACTAATGACCAACGGCATGCTGTGCACAGACTAAAAATTGTTATAAATGTCTTCGGATCAACTTATGCAAAGTAACCTTAAGAATGACAAGCTGTCTGATAGTCATCTTGAAAAAATGGGGGAAGTAGTTGTAAATGTTGCCCAGGGA
ATACAGCAAGAAAATACTGATTATGTTAGATTGGGTTATTTTGATGAACAAGAGCCTGAGGAATATGGGAGATTGCTGCCTGGTAAAGAGCCAGGTTCGTGTTCTATGTGGTGGTGGATTAAGGTGGTTATGTTAGCTCTTTGTTTGTTGACACTTGTAGCTGCCTTCTTCAACTGGGGAATGCCATTTCTAATTGACAA
GGTGATTATACCAGTTTTGGATTGGGAGGCGTTGACCTTTAGCACACACACTCTTGTGTTTGTGCTTATTGCATCCATAGGTTTGTTTCCTGTTTTCTTGCTACCATCGGCACCTTCAATGTGGTTAGCAGGAATAAACTTTGGATATGGCTTTGGATTCCTGATAGTAATGGCAGGGACCAGTGTGGGCATGTCCTTAC
CGTACTTCATTGGGTCACTTTTTCACAGCCGGATACAAAAATGGCTTGAAAGATGGCCTAAAAAAGCTGCTGTGGTAAGGCTAGCAGGAGAGGGAAACTGGTTCCATCAGTTTCGAGCTGTTGCTCTCTTAAGGATCTCACCATTTCCTTATATTATCTTCAATTATGCTGTTGTTGCGACAAATGTCAAGTATTGTCCA
TACATAATTGGGTCATATGTTGGAACAATTCCTGAAGTTTTTATCACTATCTACAGTGGCCGTCTCCTACGAGAATTGGCAGACATGAAACATGACTATCATCATTTAACGACATTGCAGAATGTATATAATACTCTGGGATTTTGCATGGCTGTTGGTACCACAATTTGCATCACACTGTATGCAAAGAAAGCATTGCG
CACTCTCCAGACATGATGAACCATGTAGCAGTGGAATTGCTTACATTCTGAAAGTTATGGATTTGTCTCACAATTGCAGATACCAAAAAACAGAAGGGATTATGATCGCAATCCTGAATCTCATGCCAAGTCAAAGATGAAGTTTGCTAGTAGATGGAGGTCAAGTTGGGCAATGCTGAAGCTTTTATAGTTTCTAATTC
AGTTTGCAGTCAACAGATGAGGTCAACTTTTCCATTTTCGTTCATACATGATTATTTGTCGATGATATAAGTCATATTGACTGTAGAAAAATATCCTCGACCAGATGAAATTTGTTGCCATACACGAAGTGTGGAAAATGTATATGTTATCTTTACACATTGTTGGTGCAAATTTCATCTGGTAATCAATTTAATTTGTA
TCATTTTTAGTATCAATGAATTTGTAAACTGCAAAAAATCAAGTCATAACTTGAAAAGCATAAAGTGAAGCATTTATAACTGTAGTATGCTGTTCTCGTAGCTATAAACGAAGTGTGGAAAATGTATATTTTATCTTCACGCTATGCTTGTGCAAACTTCGTAAGTATCAATGAATTTGTAAAGTGCAAAAAAAGTCATT
TTGAAAAGCATTAA

>TRINITY_DN105115_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTAGCAGTGGAATTGCTTACATTgtaggtctatccatgtggttcgcatttaagaattttctttctaagctaaagcaattttaaagCTGAAAGTTATGGATTTGTCTCACAATTGCAGATACCAAAAAACAGAAGGGATTATGATCGCAATCCTGAATCTCATGCCAAGTCAAAGATGAAGTTTGCTAGTAGATGGAGGTC
AAGTTGGGCAATGCTGAAGCTTTTATAGTTTCTAATTCAGTTTGCAGTCAACAGATGAGGTCAACTTTTCCATTTTCGTTCATACATGATTATTTGTCGATGATATAAGTCATATTGACTGTAGAAAAATATCCTCGACCAGATGAAATTTGTTGCCATACACGAAGTGTGGAAAATGTATATGTTATCTTTACACATTG
TTGGTGCAAATTTCATCTGGTAATCAATTTAATTTGTATCATTTTTAGTATCAATGAATTTGTAAACTGCAAAAAATCAAGTCATAACTTGAAAAGCATAAAGTGAAGCATTTATAACTGTAGTATGCTGTTCTCGTAGCTATAAACGAAGTGTGGAAAATGTATATTTTATCTTCACGCTATGCTTGTGCAAACTTCGT
AAGTATCAATGAATTTGTAAAGTGCAAAAAAAGTCATTTTGAAAAGCATTAA

Intron 2 GCGTCTCATT ... CTTTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.41	157	338	409
A2	73.7	106	275	319
A3	69.73	148	322	360
A4	68.31	119	243	270
A5	66.91	67	127	144
A6	68.78	111	221	268
A7	72.54	265	630	770
A8	71.93	160	366	454
A9	70.91	258	543	715
A10	74.83	221	568	746

>TRINITY_DN37504_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GAGAAATAATACTAATTAAAACCAATCAAACAATAATTGCGTGTCAAAAAAGATCCACTGTCCGATGTGGCGGATACGCCGCGACAAACATTAACTGTAACTAAAAATGCGATCACAGCGAGCTGCAAAGTAAAAGAGAAGCAAAAGAAACGCGTGCAGGAGGAGAAGCAGGGTCATAATATACCTAACGTTCAAATGTA
AGCCGGCGGTGGCGTGTTCTTGGGGCAGCGCAGATTGCTGTGGTTTTTGCAGTTTCAATTCGCCATCTGCGTTGGCAATTGACCGCCGGCTGCCGCTGATTCACGTATGGAATCTTTCTGTGAAGGCGCGTGGACGTTCAGAAATCTCATGACCACAAGGGTTTGATCTCAAGATGTCATGTAAAATCCCAATTGGGCAA
AAATCGATTCAAGGATTAAAGTCTCAGGCATAAATTATTACAGAAAAGACTGCAATTGCTTGCCAGCTCGGTACCAATAGAAGGCCTTCTCTACAGTTAATGGGAAGCGAGTACCACTACTGAAGACTAGAGTTTGATCTTTTGGTGTGGACCCATGTTCACAAGTACAACGGCCTAGGTCAGAGTTGCATGAGTCTACA
ATGGGAAATTCAACCCTTGAATCACTATGATGATTTTTTCGCCGTTGGGGTCGAGCGAGACAGAACTGTGCAAGTTTTTGAAATAACTACCATAAAACCAGTCTGGTGTTTTGATGAAATCATAAAATTGAAGATTTCATGTAGGAATGAATCATCAAGCCGTGCAATGACAAGCAGGTACTGCTGTTGAAGGGAGGGTA
GATTTGTGGATCCAGAAATGTTAAGATTAAGATGACATTGCAAGGACTTTCTGAAGACATCAATTACAGATGTCCGATACTAATGACCAACGGCATGCTGTGCACAGACTAAAAATTGTTATAAATGTCTTCGGATCAACTTATGCAAAGTAACCTTAAGAATGACAAGCTGTCTGATAGTCATCTTGAAAAAATGGGGG
AAGTAGTTGTAAATGTTGCCCAGGGAATACAGCAAGAAAATACTGATTATGTTAGATTGGGTTATTTTGATGAACAAGAGCCTGAGGAATATGGGAGATTGCTGCCTGGTAAAGAGCCAGGTTCGTGTTCTATGTGGTGGTGGATTAAGGTGGTTATGTTAGCTCTTTGTTTGTTGACACTTGTAGCTGCCTTCTTCAAC
TGGGGAATGCCATTTCTAATTGACAAGGTGATTATACCAGTTTTGGATTGGGAGGCGTTGACCTTTAGCACACACACTCTTGTGTTTGTGCTTATTGCATCCATAGGTTTGTTTCCTGTTTTCTTGCTACCATCGGCACCTTCAATGTGGTTAGCAGGAATAAACTTTGGATATGGCTTTGGATTCCTGATAGTAATGGC
AGGGACCAGTGTGGGCATGTCCTTACCGTACTTCATTGGGTCACTTTTTCACAGCCGGATACAAAAATGGCTTGAAAGATGGCCTAAAAAAGCTGCTGTGGTAAGGCTAGCAGGAGAGGGAAACTGGTTCCATCAGTTTCGAGCTGTTGCTCTCTTAAGGATCTCACCATTTCCTTATATTATCTTCAATTATGCTGTTG
TTGCGACAAATGTCAAGTATTGTCCATACATAATTGGGTCATATGTTGGAACAATTCCTGAAGTTTTTATCACTATCTACAGTGGCCGTCTCCTACGAGAATTGGCAGACATGAAACATGACTATCATCATTTAACGACATTGCAGAATGTATATAATACTCTGGGATTTTGCATGGCTGTTGGTACCACAATTTGCATC
ACACTGTATGCAAAGAAAGCATTGCGCACTCTCCAGACATGATGAACCATGTAGCAGTGGAATTGCTTACATTATACCAAAAAACAGAAGGGATTATGATCGCAATCCTGAATCTCATGCCAAGTCAAAGATGAAGTTTGCTAGTAGATGGAGGTCAAGTTGGGCAATGCTGAAGCTTTTATAGTTTCTAATTCAGTTTG
CAGTCAACAGATGAGGTCAACTTTTCCATTTTCGTTCATACATGATTATTTGTCGATGATATAAGTCATATTGACTGTAGAAAAATATCCTCGACCAGATGAAATTTGTTGCCATACACGAAGTGTGGAAAATGTATATGTTATCTTTACACATTGTTGGTGCAAATTTCATCTGGTAATCAATTTAATTTGTATCATTT
TTAGTATCAATGAATTTGTAAACTGCAAAAAATCAAGTCATAACTTGAAAAGCATAAAGTGAAGCATTTATAACTGTAGTATGCTGTTCTCGTAGCTATAAACGAAGTGTGGAAAATGTATATTTTATCTTCACGCTATGCTTGTGCAAACTTCGTAAGTATCAATGAATTTGTAAAGTGCAAAAAAAGTCATTTTGAAA
AGCATTAAGTGGAGCATTTATGATTATAGTATGCTGTTGTCGCCAAGAATGTATAAGCCACACCTTTACTAAGTACTCTTCACTACCCTACCATATATGGATGAATTTACACATTTTCAACTTGTAACCGGATCGTTAAATATATATTC

>TRINITY_DN37504_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAGAAATCTCATGACCACAAGCGTGAAATTTATTGTAACTTGGGGTTTGTTTGTTGTAACCTATATAGGGTTTGATCTCAAGATGTCATGTAAAATCCCAATTGGGCAAAAATCGATTCAAGGATTAAAGTCTCAGGCATAAATTATTACAGAAAAGACTGCAATTGCTTGCCAGCTCGGTACCAATAGAAGGCCTTCTC
TACAGTTAATGGGAAGCGAGTACCACTACTGAAGACTAGAGTTTGATCTTTTGGTGTGGACCCATGTTCACAAGTACAACGGCCTAGGTCAGAGTTGCATGAGTCTACAATGGGAAATTCAACCCTTGAATCACTATGATGATTTTTTCGCCGTTGGGGTCGAGCGAGACAGAACTGTGCAAGTTTTTGAAATAACTACC
ATAAAACCAGTCTGGTGTTTTGATGAAATCATAAAATTGAAGATTTCATGTAGGAATGAATCATCAAGCCGTGCAATGACAAGCAGGTACTGCTGTTGAAGGGAGGGTAGATTTGTGGATCCAGgcgtctcattcactgtggaagttaaaagaatttaaaagatcctttcactacacttccttgaagattcaaatttctt
ttggcagAAATGTTAAGATTAAGATGACATTGCAAGGACTTTCTGAAGACATCAATTACAGATGTCCGATACTAATGACCAACGGCATGCTGTGCACAGACTAAAAATTGTTATAAATGTCTTCGGATCAACTTATGCAAAGTAACCTTAAGAATGACAAGCTGTCTGATAGTCATCTTGAAAAAATGGGGGAAGTAGTT
GTAAATGTTGCCCAGGGAATACAGCAAGAAAATACTGATTATGTTAGATTGGGTTATTTTGATGAACAAGAGCCTGAGGAATATGGGAGATTGCTGCCTGGTAAAGAGCCAGGTTCGTGTTCTATGTGGTGGTGGATTAAGGTGGTTATGTTAGCTCTTTGTTTGTTGACACTTGTAGCTGCCTTCTTCAACTGGGGAAT
GCCATTTCTAATTGACAAGGTGATTATACCAGTTTTGGATTGGGAGGCGTTGACCTTTAGCACACACACTCTTGTGTTTGTGCTTATTGCATCCATAGGTTTGTTTCCTGTTTTCTTGCTACCATCGGCACCTTCAATGTGGTTAGCAGGAATAAACTTTGGATATGGCTTTGGATTCCTGATAGTAATGGCAGGGACCA
GTGTGGGCATGTCCTTACCGTACTTCATTGGGTCACTTTTTCACAGCCGGATACAAAAATGGCTTGAAAGATGGCCTAAAAAAGCTGCTGTGGTAAGGCTAGCAGGAGAGGGAAACTGGTTCCATCAGTTTCGAGCTGTTGCTCTCTTAAGGATCTCACCATTTCCTTATATTATCTTCAATTATGCTGTTGTTGCGACA
AATGTCAAGTATTGTCCATACATAATTGGGTCATATGTTGGAACAATTCCTGAAGTTTTTATCACTATCTACAGTGGCCGTCTCCTACGAGAATTGGCAGACATGAAACATGACTATCATCATTTAACGACATTGCAGAATGTATATAATACTCTGGGATTTTGCATGGCTGTTGGTACCACAATTTGCATCACACTGTA
TGCAAAGAAAGCATTGCGCACTCTCCAGACATGATGAACCATGTAGCAGTGGAATTGCTTACATTATACCAAAAAACAGAAGGGATTATGATCGCAATCCTGAATCTCATGCCAAGTCAAAGATGAAGTTTGCTAGTAGATGGAGGTCAAGTTGGGCAATGCTGAAGCTTTTATAGTTTCTAATTCAGTTTGCAGTCAAC
AGATGAGGTCAACTTTTCCATTTTCGTTCATACATGATTATTTGTCGATGATATAAGTCATATTGACTGTAGAAAAATATCCTCGACCAGATGAAATTTGTTGCCATACACGAAGTGTGGAAAATGTATATGTTATCTTTACACATTGTTGGTGCAAATTTCATCTGGTAATCAATTTAATTTGTATCATTTTTAGTATC
AATGAATTTGTAAACTGCAAAAAATCAAGTCATAACTTGAAAAGCATAAAGTGAAGCATTTATAACTGTAGTATGCTGTTCTCGTAGCTATAAACGAAGTGTGGAAAATGTATATTTTATCTTCACGCTATGCTTGTGCAAACTTCGTAAGTATCAATGAATTTGTAAAGTGCAAAAAAAGTCATTTTGAAAAGCATTAA
GTGGAGCATTTATGATTATAGTATGCTGTTGTCGCCAAGAATGTATAAGCCACACCTTTACTAAGTACTCTTCACTACCCTACCATATATGGATGAATTTACACATTTTCAACTTGTAACCGGATCGTTAAATATATATTC

Intron 3 GTATTTCAAC ... TGATTGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.69	424	4	139
A2	24.08	331	0	105
A3	20.81	491	0	129
A4	22.82	345	0	102
A5	16.86	143	2	29
A6	19.58	616	0	150
A7	18.63	1411	1	323
A8	21.17	946	0	254
A9	17.47	1257	0	266
A10	18.39	1198	0	270

>TRINITY_DN110788_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTAAAACCAATCAAACAATAATTGCGTGTCAAAAAAGATCCACTGTCCGATGTGGCGGATACGCCGCGACAAACATTAACTGTAACTAAAAATGCGATCACAGCGAGCTGCAAAGTAAAAGAGAAGCAAAAGAAACGCGTGCAGGAGGAGAAGCAGGGTCATAATATACCTAACGTTCAAATGTAAGCCGGCGGTGGCG
TGTTCTTGGGGCAGCGCAGATTGCTGTGGTTTTTGCAGTTTCAATTCGCCATCTGCGTTGGCAATTGACCGCCGGCTGCCGCTGATTCACGTATGGAATCTTTCTGTGAAGGCGCGTGGACGTTCAGAAATCTCATGACCACAAGGGTTTGATCTCAAGATGTCATGTAAAATCCCAATTGGGCAAAAATCGATTCAAGG
ATTAAAGTCTCAGGCATAAATTATTACAGAAAAGACTGCAATTGCTTGCCAGCTCGGTACCAATAGAAGGCCTTCTCTACAGTTAATGGGAAGCGAGTACCACTACTGAAGACTAGAGTTTGATCTTTTGGTGTGGACCCATGTTCACAAGTACAACGGCCTAGGTCAGAGTTGCATGAGTCTACAATGGGAAATTCAAC
CCTTGAATCACTATGATGATTTTTTCGCCGTTGGGGTCGAGCGAGACAGAACTGTGCAAGTTTTTGAAATAACTACCATAAAACCAGTCTGGTGTTTTGATGAAATCATAAAATTGAAGATTTCATGTAGGAATGAATCATCAAGCCGTGCAATGACAAGCAGGTACTGCTGTTGAAGGGAGGGTAGATTTGTGGATCCA
GGCGTCTCATTCACTGTGGAAGTTAAAAGAATTTAAAAGATCCTTTCACTACACTTCCTTGAAGATTCAAATTTCTTTTGGCAGAAATGTTAAGATTAAGATGACATTGCAAGGACTTTCTGAAGACATCAATTACAGATGTCCGATACTAATGACCAACGGCATGCTGTGCACAGACTAAAAATTGTTATAAATGTCTT
CGGATCAACTTATGCAAAGTAACCTTAAGAATGACAAGCTGTCTGATAGTCATCTTGAAAAAATGGGGGAAGTAGTTGTAAATGTTGCCCAGGGAATACAGCAAGAAAATACTGATTATGTTAGATTGGGTTATTTTGATGAACAAGAGCCTGAGGAATATGGGAGATTGCTGCCTGGTAAAGAGCCAGGTTCGTGTTCT
ATGTGGTGGTGGATTAAGGTGGTTATGTTAGCTCTTTGTTTGTTGACACTTGTAGCTGCCTTCTTCAACTGGGGAATGCCATTTCTAATTGACAAGGTGATTATACCAGTTTTGGATTGGGAGGCGTTGACCTTTAGCACACACACTCTTGTGTTTGTGCTTATTGCATCCATAGGTTTGTTTCCTGTTTTCTTGCTACC
ATCGGCACCTTCAATGTGGTTAGCAGGAATAAACTTTGGATATGGCTTTGGATTCCTGATAGTAATGGCAGGGACCAGTGTGGGCATGTCCTTACCGTACTTCATTGGGTCACTTTTTCACAGCCGGATACAAAAATGGCTTGAAAGATGGCCTAAAAAAGCTGCTGTGGTAAGGCTAGCAGGAGAGGGAAACTGGTTCC
ATCAGTTTCGAGCTGTTGCTCTCTTAAGGATCTCACCATTTCCTTATATTATCTTCAATTATGCTGTTGTTGCGACAAATGTCAAGTATTGTCCATACATAATTGGGTCATATGTTGGAACAATTCCTGAAGTTTTTATCACTATCTACAGTGGCCGTCTCCTACGAGAATTGGCAGACATGAAACATGACTATCATCAT
TTAACGACATTGCAGAATGTATATAATACTCTGGGATTTTGCATGGCTGTTGGTACCACAATTTGCATCACACTGTATGCAAAGAAAGCATTGCGCACTCTCCAGACATGATGAACCATGTAGCAGTGGAATTGCTTACATTGTAGGTCTATCCATGTGGTTCGCATTTAAGAATTTTCTTTCTAAGCTAAAGCAATTTT
AAAGCTGAAAGTTATGGATTTGTCTCACAATTGCAGATACCAAAAAACAGAAGGGATTATGATCGCAATCCTGAATCTCATGCCAAGTCAAAGATGAAGTTTGCTAGTAGATGGAGGTCAAGTTGGGCAATGCTGAAGCTTTTATAGTTTCTAATTCAGTTTGCAGTCAACAGATGAGGTCAACTTTTCCATTTTCGTTC
ATACATGATTATTTGTCGATGATATAAGTCATATTGACTGTAGAAAAATATCCTCGACCAGATGAAATTTGTTGCCATACACGAAGTGTGGAAAATGTATATGTTATCTTTACACATTGTTGGTGCAAATTTCATCTGGTAATCAATTTAATTTGTATCATTTTTAGTATCAATGAATTTGTAAACTGCAAAAAATCAAG
TCATAACTTGAAAAGCATAAAGTGAAGCATTTATAACTGTAGTATGCTGTTCTCGTAGCTATAAACGAAGTGTGGAAAATGTATATTTTATCTTCACGCTATGCTTGTGCAAACTTCGTAAGTATCAATGAATTTGTAAAGTGCAAAAAAAGTCATTTTGAAAAGCATTAAGTGGAGCATTTATGATTATAGTATGCTGT
TGTCGCC

>TRINITY_DN110788_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATGCCATTTCTAATTGACAAGgtatttcaacctttccttattttttaatacatactgtaatgatctgttgtaagtttccatttgttgtccagtctatattatctgagattgaaataatgggaaagcatgcattgtgttagttctcaaatgttttggaatagggatacagcaaactcaggcttttgtgaagtcatataaaa
gatttatcagatgactcagaattaggaggaaaagaacaggaaatcctggaaggcatttggagttttggattttttttggaagtttgcagtgattatttgtaactattattcaatttcctgcatggctgaaaaaaataatttcccagaaatagcagctgtttgacgggtaatggtctgtaactgtttgtggtcaaccaatc
agaaattaggtggttgggaaacatttccttgtggttcaggataggttcccaggatcggagaagttatttaaattggtaatcttcagggatgggggtcaggccatgggcagtgtagatctggttcatctctttgactagatctgatgatccattatgtttgactttgaactagtccaagtagagtgaggtttaaactctat
gcaaacattataagatgaaaggcagattctttggatttgatttttgctttactctgtaagtttctcaggatttttttttaaatgattgatagGTGATTATACCAGTTTTGGATTGGGAGGCGTTGACCTTTAGCACACACACTCTTGTGTTTGTGCTTATTGCATCCATAGGTTTGTTTCCTGTTTTCTTGCTACCATCG
GCACCTTCAATGTGGTTAGCAGGAATAAACTTTGGATATGGCTTTGGATTCCTGATAGTAATGGCAGGGACCAGTGTGGGCATGTCCTTACCGTACTTCATTGGGTCACTTTTTCACAGCCGGATACAAAAATGGCTTGAAAGATGGCCTAAAAAAGCTGCTGTGGTAAGGCTAGCAGGAGAGGGAAACTGGTTCCATCA
GTTTCGAGCTGTTGCTCTCTTAAGGATCTCACCATTTCCTTATATTATCTTCAATTATGCTGTTGTTGCGACAAATGTCAAGTATTGTCCATACATAATTGGGTCATATGTTGGAACAATTCCTGAAGTTTTTATCACTATCTACAGTGGCCGTCTCCTACGAGAATTGGCAGACATGAAACATGACTATCATCATTTAA
CGACATTGCAGAATGTATATAATACTCTGGGATTTTGCATGGCTGTTGGTACCACAATTTGCATCACACTGTATGCAAAGAAAGCATTGCGCACTCTCCAGACATGATGAACCATGTAGCAGTGGAATTGCTTACATTATACCAAAAAACAGAAGGGATTATGATCGCAATCCTGAATCTCATGCCAAGTCAAAGATGAA
GTTTGCTAGTAGATGGAGGTCAAGTTGGGCAATGCTGAAGCTTTTATAGTTTCTAATTCAGTTTGCAGTCAACAGATGAGGTCAACTTTTCCATTTTCGTTCATACATGATTATTTGTCGATGATATAAGTCATATTGACTGTAGAAAAATATCCTCGACCAGATGAAATTTGTTGCCATACACGAAGTGTGGAAAATGT
ATATGTTATCTTTACACATTGTTGGTGCAAATTTCATCTGGTAATCAATTTAATTTGTATCATTTTTAGTATCAATGAATTTGTAAACTGCAAAAAATCAAGTCATAACTTGAAAAGCATAAAGTGAAGCATTTATAACTGTAGTATGCTGTTCTCGTAGCTATAAACGAAGTGTGGAAAATGTATATTTTATCTTCACG
CTATGCTTGTGCAAACTTCGTAAGTATCAATGAATTTGTAAAGTGCAAAAAAAGTCATTTTGAAAAGCATTAAGTGGAGCATTTATGATTATAGTATGCTGTTGTCGCC

Intron 4 GTAGGTCTAT ... ACAATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.57	171	57.5	58.8
A2	30.53	132	24.6	58
A3	21.16	190	41.5	51
A4	18.49	119	32.8	27
A5	13.33	52	7	8
A6	25.7	387	68.9	133.9
A7	21.81	774	149.5	215.9
A8	26.61	1064	169.8	385.9
A9	27.04	795	140.1	294.6
A10	23.57	507	90.4	156.4

>TRINITY_DN110788_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ATGCCATTTCTAATTGACAAGGTATTTCAACCTTTCCTTATTTTTTAATACATACTGTAATGATCTGTTGTAAGTTTCCATTTGTTGTCCAGTCTATATTATCTGAGATTGAAATAATGGGAAAGCATGCATTGTGTTAGTTCTCAAATGTTTTGGAATAGGGATACAGCAAACTCAGGCTTTTGTGAAGTCATATAAAA
GATTTATCAGATGACTCAGAATTAGGAGGAAAAGAACAGGAAATCCTGGAAGGCATTTGGAGTTTTGGATTTTTTTTGGAAGTTTGCAGTGATTATTTGTAACTATTATTCAATTTCCTGCATGGCTGAAAAAAATAATTTCCCAGAAATAGCAGCTGTTTGACGGGTAATGGTCTGTAACTGTTTGTGGTCAACCAATC
AGAAATTAGGTGGTTGGGAAACATTTCCTTGTGGTTCAGGATAGGTTCCCAGGATCGGAGAAGTTATTTAAATTGGTAATCTTCAGGGATGGGGGTCAGGCCATGGGCAGTGTAGATCTGGTTCATCTCTTTGACTAGATCTGATGATCCATTATGTTTGACTTTGAACTAGTCCAAGTAGAGTGAGGTTTAAACTCTAT
GCAAACATTATAAGATGAAAGGCAGATTCTTTGGATTTGATTTTTGCTTTACTCTGTAAGTTTCTCAGGATTTTTTTTTAAATGATTGATAGGTGATTATACCAGTTTTGGATTGGGAGGCGTTGACCTTTAGCACACACACTCTTGTGTTTGTGCTTATTGCATCCATAGGTTTGTTTCCTGTTTTCTTGCTACCATCG
GCACCTTCAATGTGGTTAGCAGGAATAAACTTTGGATATGGCTTTGGATTCCTGATAGTAATGGCAGGGACCAGTGTGGGCATGTCCTTACCGTACTTCATTGGGTCACTTTTTCACAGCCGGATACAAAAATGGCTTGAAAGATGGCCTAAAAAAGCTGCTGTGGTAAGGCTAGCAGGAGAGGGAAACTGGTTCCATCA
GTTTCGAGCTGTTGCTCTCTTAAGGATCTCACCATTTCCTTATATTATCTTCAATTATGCTGTTGTTGCGACAAATGTCAAGTATTGTCCATACATAATTGGGTCATATGTTGGAACAATTCCTGAAGTTTTTATCACTATCTACAGTGGCCGTCTCCTACGAGAATTGGCAGACATGAAACATGACTATCATCATTTAA
CGACATTGCAGAATGTATATAATACTCTGGGATTTTGCATGGCTGTTGGTACCACAATTTGCATCACACTGTATGCAAAGAAAGCATTGCGCACTCTCCAGACATGATGAACCATGTAGCAGTGGAATTGCTTACATTATACCAAAAAACAGAAGGGATTATGATCGCAATCCTGAATCTCATGCCAAGTCAAAGATGAA
GTTTGCTAGTAGATGGAGGTCAAGTTGGGCAATGCTGAAGCTTTTATAGTTTCTAATTCAGTTTGCAGTCAACAGATGAGGTCAACTTTTCCATTTTCGTTCATACATGATTATTTGTCGATGATATAAGTCATATTGACTGTAGAAAAATATCCTCGACCAGATGAAATTTGTTGCCATACACGAAGTGTGGAAAATGT
ATATGTTATCTTTACACATTGTTGGTGCAAATTTCATCTGGTAATCAATTTAATTTGTATCATTTTTAGTATCAATGAATTTGTAAACTGCAAAAAATCAAGTCATAACTTGAAAAGCATAAAGTGAAGCATTTATAACTGTAGTATGCTGTTCTCGTAGCTATAAACGAAGTGTGGAAAATGTATATTTTATCTTCACG
CTATGCTTGTGCAAACTTCGTAAGTATCAATGAATTTGTAAAGTGCAAAAAAAGTCATTTTGAAAAGCATTAAGTGGAGCATTTATGATTATAGTATGCTGTTGTCGCC

>TRINITY_DN110788_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTAAAACCAATCAAACAATAATTGCGTGTCAAAAAAGATCCACTGTCCGATGTGGCGGATACGCCGCGACAAACATTAACTGTAACTAAAAATGCGATCACAGCGAGCTGCAAAGTAAAAGAGAAGCAAAAGAAACGCGTGCAGGAGGAGAAGCAGGGTCATAATATACCTAACGTTCAAATGTAAGCCGGCGGTGGCG
TGTTCTTGGGGCAGCGCAGATTGCTGTGGTTTTTGCAGTTTCAATTCGCCATCTGCGTTGGCAATTGACCGCCGGCTGCCGCTGATTCACGTATGGAATCTTTCTGTGAAGGCGCGTGGACGTTCAGAAATCTCATGACCACAAGGGTTTGATCTCAAGATGTCATGTAAAATCCCAATTGGGCAAAAATCGATTCAAGG
ATTAAAGTCTCAGGCATAAATTATTACAGAAAAGACTGCAATTGCTTGCCAGCTCGGTACCAATAGAAGGCCTTCTCTACAGTTAATGGGAAGCGAGTACCACTACTGAAGACTAGAGTTTGATCTTTTGGTGTGGACCCATGTTCACAAGTACAACGGCCTAGGTCAGAGTTGCATGAGTCTACAATGGGAAATTCAAC
CCTTGAATCACTATGATGATTTTTTCGCCGTTGGGGTCGAGCGAGACAGAACTGTGCAAGTTTTTGAAATAACTACCATAAAACCAGTCTGGTGTTTTGATGAAATCATAAAATTGAAGATTTCATGTAGGAATGAATCATCAAGCCGTGCAATGACAAGCAGGTACTGCTGTTGAAGGGAGGGTAGATTTGTGGATCCA
GGCGTCTCATTCACTGTGGAAGTTAAAAGAATTTAAAAGATCCTTTCACTACACTTCCTTGAAGATTCAAATTTCTTTTGGCAGAAATGTTAAGATTAAGATGACATTGCAAGGACTTTCTGAAGACATCAATTACAGATGTCCGATACTAATGACCAACGGCATGCTGTGCACAGACTAAAAATTGTTATAAATGTCTT
CGGATCAACTTATGCAAAGTAACCTTAAGAATGACAAGCTGTCTGATAGTCATCTTGAAAAAATGGGGGAAGTAGTTGTAAATGTTGCCCAGGGAATACAGCAAGAAAATACTGATTATGTTAGATTGGGTTATTTTGATGAACAAGAGCCTGAGGAATATGGGAGATTGCTGCCTGGTAAAGAGCCAGGTTCGTGTTCT
ATGTGGTGGTGGATTAAGGTGGTTATGTTAGCTCTTTGTTTGTTGACACTTGTAGCTGCCTTCTTCAACTGGGGAATGCCATTTCTAATTGACAAGGTGATTATACCAGTTTTGGATTGGGAGGCGTTGACCTTTAGCACACACACTCTTGTGTTTGTGCTTATTGCATCCATAGGTTTGTTTCCTGTTTTCTTGCTACC
ATCGGCACCTTCAATGTGGTTAGCAGGAATAAACTTTGGATATGGCTTTGGATTCCTGATAGTAATGGCAGGGACCAGTGTGGGCATGTCCTTACCGTACTTCATTGGGTCACTTTTTCACAGCCGGATACAAAAATGGCTTGAAAGATGGCCTAAAAAAGCTGCTGTGGTAAGGCTAGCAGGAGAGGGAAACTGGTTCC
ATCAGTTTCGAGCTGTTGCTCTCTTAAGGATCTCACCATTTCCTTATATTATCTTCAATTATGCTGTTGTTGCGACAAATGTCAAGTATTGTCCATACATAATTGGGTCATATGTTGGAACAATTCCTGAAGTTTTTATCACTATCTACAGTGGCCGTCTCCTACGAGAATTGGCAGACATGAAACATGACTATCATCAT
TTAACGACATTGCAGAATGTATATAATACTCTGGGATTTTGCATGGCTGTTGGTACCACAATTTGCATCACACTGTATGCAAAGAAAGCATTGCGCACTCTCCAGACATGATGAACCATGTAGCAGTGGAATTGCTTACATTgtaggtctatccatgtggttcgcatttaagaattttctttctaagctaaagcaatttt
aaagctgaaagttatggatttgtctcacaattgcagATACCAAAAAACAGAAGGGATTATGATCGCAATCCTGAATCTCATGCCAAGTCAAAGATGAAGTTTGCTAGTAGATGGAGGTCAAGTTGGGCAATGCTGAAGCTTTTATAGTTTCTAATTCAGTTTGCAGTCAACAGATGAGGTCAACTTTTCCATTTTCGTTC
ATACATGATTATTTGTCGATGATATAAGTCATATTGACTGTAGAAAAATATCCTCGACCAGATGAAATTTGTTGCCATACACGAAGTGTGGAAAATGTATATGTTATCTTTACACATTGTTGGTGCAAATTTCATCTGGTAATCAATTTAATTTGTATCATTTTTAGTATCAATGAATTTGTAAACTGCAAAAAATCAAG
TCATAACTTGAAAAGCATAAAGTGAAGCATTTATAACTGTAGTATGCTGTTCTCGTAGCTATAAACGAAGTGTGGAAAATGTATATTTTATCTTCACGCTATGCTTGTGCAAACTTCGTAAGTATCAATGAATTTGTAAAGTGCAAAAAAAGTCATTTTGAAAAGCATTAAGTGGAGCATTTATGATTATAGTATGCTGT
TGTCGCC

Intron 5 GTAATTCATA ... ACCTATATAG

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>TRINITY_DN95357_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

CAATAATTGCGTGTCAAAAAAGATCCACTGTCCGATGTGGCGGATACGCCGCGACAAACATTAACTGTAACTAAAAATGCGATCACAGCGAGCTGCAAAGTAAAAGAGAAGCAAAAGAAACGCGTGCAGGAGGAGAAGCAGGGTCATAATATACCTAACGTTCAAATGTAAGCCGGCGGTGGCGTGTTCTTGGGGCAGCG
CAGATTGCTGTGGTTTTTGCAGTTTCAATTCGCCATCTGCGTTGGCAATTGACCGCCGGCTGCCGCTGATTCACGTATGGAATCTTTCTGTGAAGGCGCGTGGACGTTCAGAAATCTCATGACCACAAGGGTTTGATCTCAAGATGTCATGTAAAATCCCAATTGGGCAAAAATCGATTCAAGGATTAAAGTCTCAGGCA
TAAATTATTACAGAAAAGACTGCAATTGCTTGCCAGCTCGGTACCAATAGAAGGCCTTCTCTACAGTTAATGGGAAGCGAGTACCACTACTGAAGACTAGAGTTTGATCTTTTGGTGTGGACCCATGTTCACAAGTACAACGGCCTAGGTCAGAGTTGCATGAGTCTACAATGGGAAATTCAACCCTTGAATCACTATGA
TGATTTTTTCGCCGTTGGGGTCGAGCGAGACAGAACTGTGCAAGTTTTTGAAATAACTACCATAAAACCAGTCTGGTGTTTTGATGAAATCATAAAATTGAAGATTTCATGTAGGAATGAATCATCAAGCCGTGCAATGACAAGCAGGTACTGCTGTTGAAGGGAGGGTAGATTTGTGGATCCAGGCGTCTCATTCACTG
TGGAAGTTAAAAGAATTTAAAAGATCCTTTCACTACACTTCCTTGAAGATTCAAATTTCTTTTGGCAGAAATGTTAAGATTAAGATGACATTGCAAGGACTTTCTGAAGACATCAATTACAGATGTCCGATACTAATGACCAACGGCATGCTGTGCACAGACTAAAAATTGTTATAAATGTCTTCGGATCAACTTATGCA
AAGTAACCTTAAGAATGACAAGCTGTCTGATAGTCATCTTGAAAAAATGGGGGAAGTAGTTGTAAATGTTGCCCAGGGAATACAGCAAGAAAATACTGATTATGTTAGATTGGGTTATTTTGATGAACAAGAGCCTGAGGAATATGGGAGATTGCTGCCTGGTAAAGAGCCAGGTTCGTGTTCTATGTGGTGGTGGATTA
AGGTGGTTATGTTAGCTCTTTGTTTGTTGACACTTGTAGCTGCCTTCTTCAACTGGGGAATGCCATTTCTAATTGACAAGGTGATTATACCAGTTTTGGATTGGGAGGCGTTGACCTTTAGCACACACACTCTTGTGTTTGTGCTTATTGCATCCATAGGTTTGTTTCCTGTTTTCTTGCTACCATCGGCACCTTCAATG
TGGTTAGCAGGAATAAACTTTGGATATGGCTTTGGATTCCTGATAGTAATGGCAGGGACCAGTGTGGGCATGTCCTTACCGTACTTCATTGGGTCACTTTTTCACAGCCGGATACAAAAATGGCTTGAAAGATGGCCTAAAAAAGCTGCTGTGGTAAGGCTAGCAGGAGAGGGAAACTGGTTCCATCAGTTTCGAGCTGT
TGCTCTCTTAAGGATCTCACCATTTCCTTATATTATCTTCAATTATGCTGTTGTTGCGACAAATGTCAAGTATTGTCCATACATAATTGGGTCATATGTTGGAACAATTCCTGAAGTTTTTATCACTATCTACAGTGGCCGTCTCCTACGAGAATTGGCAGACATGAAACATGACTATCATCATTTAACGACATTGCAGA
ATGTATATAATACTCTGGGATTTTGCATGGCTGTTGGTACCACAATTTGCATCACACTGTATGCAAAGAAAGCATTGCGCACTCTCCAGACATGATGAACCATGTAGCAGTGGAATTGCTTACATTATACCAAAAAACAGAAGGGATTATGATCGCAATCCTGAATCTCATGCCAAGTCAAAGATGAAGTTTGCTAGTAG
ATGGAGGTCAAGTTGGGCAATGCTGAAGCTTTTATAGTTTCTAATTCAGTTTGCAGTCAACAGATGAGGTCAACTTTTCCATTTTCGTTCATACATGATTATTTGTCGATGATATAAGTCATATTGACTGTAGAAAAATATCCTCGACCAGATGAAATTTGTTGCCATACACGAAGTGTGGAAAATGTATATGTTATCTT
TACACATTGTTGGTGCAAATTTCATCTGGTAATCAATTTAATTTGTATCATTTTTAGTATCAATGAATTTGTAAACTGCAAAAAATCAAGTCATAACTTGAAAAGCATAAAGTGAAGCATTTATAACTGTAGTATGCTGTTCTCGTAGCTATAAACGAAGTGTGGAAAATGTATATTTTATCTTCACGCTATGCTTGTGC
AAACTTCGTAAGTATCAATGAATTTGTAAAGTGCAAAAAAAGTCATTTTGAAAAGCAA

>TRINITY_DN95357_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CAATAATTGCGTGTCAAAAAAGATCCACTGTCCGATGTGGCGGATACGCCGCGACAAACATTAACTGTAACTAAAAATGCGATCACAGCGAGCTGCAAAGTAAAAGAGAAGCAAAAGAAACGCGTGCAGGAGGAGAAGCAGGGTCATAATATACCTAACGTTCAAATGTAAGCCGGCGGTGGCGTGTTCTTGGGGCAGCG
CAGATTGCTGTGGTTTTTGCAGTTTCAATTCGCCATCTGCGTTGGCAATTGACCGCCGGCTGCCGCTGATTCACGTATGGAATCTTTCTGTGAAGGCGCGTGGACGTTCAGAAATCTCATGACCACAAGgtaattcataccctgattcctgtactttgttaaagcgcaaaaaacgttacttgtatatgcaattcagatga
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atagGGTTTGATCTCAAGATGTCATGTAAAATCCCAATTGGGCAAAAATCGATTCAAGGATTAAAGTCTCAGGCATAAATTATTACAGAAAAGACTGCAATTGCTTGCCAGCTCGGTACCAATAGAAGGCCTTCTCTACAGTTAATGGGAAGCGAGTACCACTACTGAAGACTAGAGTTTGATCTTTTGGTGTGGACCCA
TGTTCACAAGTACAACGGCCTAGGTCAGAGTTGCATGAGTCTACAATGGGAAATTCAACCCTTGAATCACTATGATGATTTTTTCGCCGTTGGGGTCGAGCGAGACAGAACTGTGCAAGTTTTTGAAATAACTACCATAAAACCAGTCTGGTGTTTTGATGAAATCATAAAATTGAAGATTTCATGTAGGAATGAATCAT
CAAGCCGTGCAATGACAAGCAGGTACTGCTGTTGAAGGGAGGGTAGATTTGTGGATCCAGGCGTCTCATTCACTGTGGAAGTTAAAAGAATTTAAAAGATCCTTTCACTACACTTCCTTGAAGATTCAAATTTCTTTTGGCAGAAATGTTAAGATTAAGATGACATTGCAAGGACTTTCTGAAGACATCAATTACAGATG
TCCGATACTAATGACCAACGGCATGCTGTGCACAGACTAAAAATTGTTATAAATGTCTTCGGATCAACTTATGCAAAGTAACCTTAAGAATGACAAGCTGTCTGATAGTCATCTTGAAAAAATGGGGGAAGTAGTTGTAAATGTTGCCCAGGGAATACAGCAAGAAAATACTGATTATGTTAGATTGGGTTATTTTGATG
AACAAGAGCCTGAGGAATATGGGAGATTGCTGCCTGGTAAAGAGCCAGGTTCGTGTTCTATGTGGTGGTGGATTAAGGTGGTTATGTTAGCTCTTTGTTTGTTGACACTTGTAGCTGCCTTCTTCAACTGGGGAATGCCATTTCTAATTGACAAGGTGATTATACCAGTTTTGGATTGGGAGGCGTTGACCTTTAGCACA
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CTATCTACAGTGGCCGTCTCCTACGAGAATTGGCAGACATGAAACATGACTATCATCATTTAACGACATTGCAGAATGTATATAATACTCTGGGATTTTGCATGGCTGTTGGTACCACAATTTGCATCACACTGTATGCAAAGAAAGCATTGCGCACTCTCCAGACATGATGAACCATGTAGCAGTGGAATTGCTTACAT
TATACCAAAAAACAGAAGGGATTATGATCGCAATCCTGAATCTCATGCCAAGTCAAAGATGAAGTTTGCTAGTAGATGGAGGTCAAGTTGGGCAATGCTGAAGCTTTTATAGTTTCTAATTCAGTTTGCAGTCAACAGATGAGGTCAACTTTTCCATTTTCGTTCATACATGATTATTTGTCGATGATATAAGTCATATT
GACTGTAGAAAAATATCCTCGACCAGATGAAATTTGTTGCCATACACGAAGTGTGGAAAATGTATATGTTATCTTTACACATTGTTGGTGCAAATTTCATCTGGTAATCAATTTAATTTGTATCATTTTTAGTATCAATGAATTTGTAAACTGCAAAAAATCAAGTCATAACTTGAAAAGCATAAAGTGAAGCATTTATA
ACTGTAGTATGCTGTTCTCGTAGCTATAAACGAAGTGTGGAAAATGTATATTTTATCTTCACGCTATGCTTGTGCAAACTTCGTAAGTATCAATGAATTTGTAAAGTGCAAAAAAAGTCATTTTGAAAAGCAA