sp|Q9LPL4|SKP2A_ARATH ----> F-box protein SKP2A
Intron 1 GTAGGTGAAA ... GCCCTATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 5 | 7 | 3 |
| A2 | 60 | 3 | 7 | 2 |
| A3 | 33.33 | 2 | 1 | 1 |
| A4 | 66.67 | 1 | 3 | 1 |
| A5 | 100 | 0 | 1 | 1 |
| A6 | 33.33 | 2 | 2 | 0 |
| A7 | 44.19 | 12 | 14 | 5 |
| A8 | 60 | 1 | 1 | 2 |
| A9 | 33.33 | 2 | 2 | 0 |
| A10 | 66.67 | 1 | 2 | 2 |
>TRINITY_DN49133_c1_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoformGCAGAAACAGAGGTGATATCTGAGCATCCTCTTCTCAAGCTCACCTGAATCAAATCAAACAGCTACGCAATTCTCTCGTGTCTAAGCTTGCAATGAAATCATTTACGAAATGTATCTCTATTAAAAGACCCAGAAAAATCTATCGGTGCAGGTTAATTTTTTTGCTCGCTGCGTGTCCCCCACACCTGTCCCTGCTTGTA
CTGTTTATCACATCAAGTCATCGGTGGTCAGATCGGCGGTCCGGGTTTAGAGCTGGAGCCGCGGTTAAAAAATGAGGGCAGGTTTATAATGCTCGTCAAGGGCAGGTCCATTGTTTTTATTTGCAGCCATTTTCTCAACTGATAGCTGTTACTCTGCTTTGGATTTACCAAGGAGGAGGAGCCCCAATTAATTTTTCGGT
GGTTTGTTATTTATGTTGATTTTCCAAGCGATTTTTGGACGATCATGGGGAAATGATGATGCCGTTGGGGTGTGATATTTCTACTGGTGATGGTATCGAGAGTGGATGAATCCCCAGCGATGGCGATCATCCACTATGGCGTTGGCCAGGAATCAATTCTTTCTGTTTTTGCCTTCAAAGGTGATCGCGTGGGCGGATTT
TCAACTACCTTCCATTCAGTACCATGAAAACCCCCGCTTAAGTGCGTAGCAGGTTTCAGCGGCCTGGTTTGGTGAAATCCGTGTTTCTATTTCGCAAGGAGGGATTTAGTTATCCTGGATTCAAGGTTTAGATTGCAGCGGAAATTAGGGTTTTAAGCAGGTTCAACTGTTGTGTTAGGTTAACATTTGTTCGGTCACTG
CATTGGTGAGAGCGTAGAAAGGATATTCTCTTCTTTATCTTTTATGAAGAAAGATAGGAGGCTTCTTATATTTTATGAAAAAACAGCATCTTGGAGATGAAACCTGTGAAGTCCTAGCTTTTGCAGCAGGTTTAAATAATTAGTTTAGAAAGAACGGCAGGCATTTTGCAGTATGTTTTTAGATTTCTGGGAGAACTTGA
GACGCTTTTTCCTTGTTTTAGCCTGTACTGGAAAACTAGGGTTTTATCAGAGACGTCTTGTAAAAGATTTCGATAGATTCAGTGGTTCTGTACGAAAAAATCTTGTAATTAAGATACCTGTTGAGGAGGTTAGGGCTCGAGCAAT
>TRINITY_DN49133_c1_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:GCAGAAACAGAGGTGATATCTGAGCATCCTCTTCTCAAGCTCACCTGAATCAAATCAAACAGCTAGGCAATTCTCCCGTGTCTAAGCTTGCAATGAAATCATTTACGAAATGTATCTCTATTAAAAGACCCAGAAAAAgtaggtgaaatctttaatccttagctcattttctccattatttcgtttttctagctttgaat
tttattatagtaaagtgttttgcttagttacaatttcatttgctgtaataaggtataaccggtgataatttgcattgaattgtggatcttgatatctatttaacctctgccattgccatgtaattaagcattggatgcatgctaaagatgatatggactatgatatattgttatgtccatgacatgttgtaacggatttg
gccctattagTCTATCGGTGCAGGTTAATTTTTTTGCTCGCTGCGTGTCCCCCACACCTGTCCCTGCTTGTACTGTTTATCACATCAAGTCATCGGTGGTCAGATCGGCGGTCCGGGTTTAGAGCTGGAGCCGCGGTTAAAAAATGAGGGCAGGTTTATAATGCTCGTCAAGGGCAGGTCCATTGTTTTTATTTGCAGCC
ATTTTCTCAACTGATAGCTGTTACTCTGCTTTGGATTTACCAAGGAGGAGGAGCCCCAATTAATTTTTCGGTGGTTTGTTATTTATGTTGATTTTCCAAGCGATTTTTGGACGATCATGGGGAAATGATGATGCCGTTGGGGTGTGATATTTCTACTGGTGATGGTATCGAGAGTGGATGAATCCCCAGCGATGGCGATC
ATCCACTATGGCGTTGGCCAGGAATCAATTCTTTCTGTTTTTGCCTTCAAAGGTGATCGCGTGGGCGGATTTTCAACTACCTTCCATTCAGTACCATGAAAACCCCCGCTTAAGTGCGTAGCACGTTTCAGCGGCCTAGTTTGGTGAAATCTGTGTTTCTATTTCGCAAGGAGGGATTTAGTTATCCTGGATTCAAGGTT
TAGATTGCATTTCAATGCCTGGAGCGGAAATTAGGGTTTTAAGCAGGTTCAACTGTTGTGTTAGGTTAACATTTGTTCGGTCACTGCATTGGTGAGAGCGCAGAAAGGATATTCTCTTCTTTATCTTTTATGAAGAAAGATAGGAGGCTTCTTATATTTTATGAAAAAACAGCATCTTGGAGATGAAACCTGTGAAGTCC
TAGCTTTTGCAGCAGGTTTAAATAATTAGTTTAGAAAGAACGGCAGGCATTTTGCAGTATGTTTTTAGATTTCTGGGAGAACTTGAGACGCTTTTTCCTTGTTTTAGCCTGTACTGGAAAACTAGGGTTTTATCAGAGACGTCTTGTAAAAGATTTCGATAGATTCAGTGGTTCTGTACGAAAAAATCTTGTAATTAAGA
TACCTGTTGAGGAGGTTAGGGCTCGAGCAATTGTTGGCAAAAGATTCAATGAAAAATGCTGTTTTTTAAAGATATAGACGACCTCTCTAGCGTTTAGGTTATTTTTTATCTACAGGGTTCAGGGTTCCGGTTCTATAAGGCAAGTAATTTTCCAAATCACTCAATAATTTATGTCCAAGGGTAATTGCTCAAGGTTAGTC
CCCTCATTTTTAATTGTATTCTGGAATTTCAGGTGTCTCACTTGCATTTTCTAGCTTTTTCATTGCCTTTAGTGGCTAGAAAATATCTGCATTATTTCTAAAATATAAAGGCTTAAGTTTTGCATTTAAGGATGCTATATTGCGTTCTACGAATGGAATTTAGAAAAGACTTTATGTAAAGACTTTAATGTAAAGCAGAG
GTTTGGAAAGCGAAACCGTTTGAATGTCCAAAACATATTGCCTCTACAGCAGCCATTGATATGCATTTGTTCACAATATTGGCCGTATGGCATTCGCCCTTTATATGACGTTTGAGCAGCAACATCATGACCAGAATTTCGTTTCGGGATTTTAGTTTAGACATGAGGAAAACAACAACTCCTTATCAGGTAAAGCGATC
AGAATTTTGGATTTTGAGCTGGAGCCGAGGGTCACAAACGAGGGCAGGTCCATGGAAACAAAGTTACAAATAAAAGAATAATTGGGTACATCGAGAAGGTATGCTTGAATATATTTAAAGCCAGAGCTAGAAATACAAAAATATTTATATTTCTTATAAGAGGAGAGGTTGCATTTTTAGCTGATATGTTCCTTGAATCA
TTCATTCTTTGTTTTGTAGACATTAGCAACAAACACTTCCATTCTGCTCTCTTTTGGAAAATCAGTGGGCGTGGAGGTAATAGTTGATCAACCTACAGTAATTGAATTGACATGCACAGATCGAACAGGTTTACTATCTGAAATATTTGCGGTGCTTAGTGACCTAAAATGTAACGTTGTGGACGCAGAGGTATGGACTC
TCAACATGAGGGTTGCCTATCTTGTTTACATTATTGATGGGGAGACAGGTGCTCCCATCGAAGAGGGACACAAGATTTGTAAAATTGAAGAGCTCCTGTGTTTCGTAATGAGAGGAAACAACAACATCCGAGGTGCTAAAAGGGTGGTGTCAATGGGATTCACTCACACAGAAATGAGACTGCATCAATTGATGTTTGCT
GACCGTGACTATGAGAAATTCGGGCGAACTGGAGGAAGGGCACCTCCTCTTCTCAACGACCATGACAACTCCAACCCTCCTGTGACTGTTCGCGACTGTTTGGAGAGGGGGTAGTCTATGGTGAATGTTCAGTGTAAAGATAGGCCTAGGCTTCTCTTTGATATTGTATACACCTTGACTGATATGGAGTATGTTGTCTT
TCATGCCACTATAGATTCTCAGGGCCCAGAAACTTATCAGAGTACTACATCAGGCACACTGATGGATGTACCGTGAATTCAGAAGCAGAGAGGCAGCATGTGATTCAGTGTTTGGAGGCTGCCATTAAAAGAAGAGCATTAGAGGGCATGAGACTGGAACTATGCACCAAGGATTGAGTTGGGCCAGCTACAATTTGTCC
TTGCAGAGAGAGTTAAGGGAGCAGTTTCAGTCACACTCTATAAGATCACACAGGTTTCGATTTCAGATTAAAATGCCTCACGCATTCCCATGTTATGCTCATATCACATGCCTTCGGAGCTTGGTCTCCATTCCTTCATCCACCATTCACCTTTCTTGTCTTCTTTCATTTGTTCTTCATTCTAACTGTTTTGTTCCAAG
TTTCCCATTGCTCTGTTCTATACCCGTTCTACCCTGTAAACCCAATTCTTCCCACGTTTCCCATTTGGTCATGCTTCATATTTTACTTATTTCCCACATTTTTCTTTTTCCTTTTCCTTCTCCTGTATGTTCTTGATACCCTTCCATCTCTTGTTTGTTTTGAGCTGCGACAACACTAAAATGGGAGAAACTATGATGTC
CTTGTTCAGGTTTTCTTTCCATTTTTTAATCTTGATGTAAGCTGTTTTTCTTATTGATTTCTGTGAATTCAGGTTTTGACTCTGGTGTTTTCTGTTGTAGGTGTTAATAATTCAGCTTATGTGTATAAAGTAAACTTCACATATTAGCTCGCCTGGTTGACCATACCCTAGAAAGAAAACATTAAAACCATGATCTTTTC
ACCACCATCAACATTGGATGCAATGGACTTAGAAGTACCAAAGCAAGAATGGAACTTT
Intron 2 GTAATAGTTG ... GTGGACGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 75.76 | 4 | 8 | 17 |
| A2 | 70 | 3 | 2 | 12 |
| A3 | 62.5 | 6 | 10 | 10 |
| A4 | 78.57 | 3 | 8 | 14 |
| A5 | 77.78 | 2 | 7 | 7 |
| A6 | 51.72 | 7 | 4 | 11 |
| A7 | 57.78 | 19 | 20 | 32 |
| A8 | 51.43 | 17 | 15 | 21 |
| A9 | 68.75 | 5 | 7 | 15 |
| A10 | 67.86 | 9 | 19 | 19 |
>TRINITY_DN49133_c1_g2_i6 from sample A7 / Example spliced isoformGCAGAAACAGAGGTGATATCTGAGCATCCTCTTCTCAAGCTCACCTGAATCAAATCAAACAGCTAGGCAATTCTCCCGTGTCTAAGCTTGCAATGAAATCATTTACGAAATGTATCTCTATTAAAAGACCCAGAAAAAGTAGGTGAAATCTTTAATCCTTAGCTCATTTTCTCCATTATTTCGTTTTTCTAGCTTTGAAT
TTTATTATAGTAAAGTGTTTTGCTTAGTTACAATTTCATTTGCTGTAATAAGGTATAACCGGTGATAATTTGCATTGAATTGTGGATCTTGATATCTATTTAACCTCTGCCATTGCCATGTAATTAAGCATTGGATGCATGCTAAAGATGATATGGACTATGATATATTGTTATGTCCATGACATGTTGTAACGGATTTG
GCCCTATTAGTCTATCGGTGCAGGTTAATTTTTTTGCTCGCTGCGTGTCCCCCACACCTGTCCCTGCTTGTACTGTTTATCACATCAAGTCATCGGTGGTCAGATCGGCGGTCCGGGTTTAGAGCTGGAGCCGCGGTTAAAAAATGAGGGCAGGTTTATAATGCTCGTCAAGGGCAGGTCCATTGTTTTTATTTGCAGCC
ATTTTCTCAACTGATAGCTGTTACTCTGCTTTGGATTTACCAAGGAGGAGGAGCCCCAATTAATTTTTCGGTGGTTTGTTATTTATGTTGATTTTCCAAGCGATTTTTGGACGATCATGGGGAAATGATGATGCCGTTGGGGTGTGATATTTCTACTGGTGATGGTATCGAGAGTGGATGAATCCCCAGCGATGGCGATC
ATCCACTATGGCGTTGGCCAGGAATCAATTCTTTCTGTTTTTGCCTTCAAAGGTGATCGCGTGGGCGGATTTTCAACTACCTTCCATTCAGTACCATGAAAACCCCCGCTTAAGTGCGTAGCACGTTTCAGCGGCCTAGTTTGGTGAAATCTGTGTTTCTATTTCGCAAGGAGGGATTTAGTTATCCTGGATTCAAGGTT
TAGATTGCATTTCAATGCCTGGAGCGGAAATTAGGGTTTTAAGCAGGTTCAACTGTTGTGTTAGGTTAACATTTGTTCGGTCACTGCATTGGTGAGAGCGCAGAAAGGATATTCTCTTCTTTATCTTTTATGAAGAAAGATAGGAGGCTTCTTATATTTTATGAAAAAACAGCATCTTGGAGATGAAACCTGTGAAGTCC
TAGCTTTTGCAGCAGGTTTAAATAATTAGTTTAGAAAGAACGGCAGGCATTTTGCAGTATGTTTTTAGATTTCTGGGAGAACTTGAGACGCTTTTTCCTTGTTTTAGCCTGTACTGGAAAACTAGGGTTTTATCAGAGACGTCTTGTAAAAGATTTCGATAGATTCAGTGGTTCTGTACGAAAAAATCTTGTAATTAAGA
TACCTGTTGAGGAGGTTAGGGCTCGAGCAATCGTCGGCAAAAGATTCAACGAAAAATGCCGTTTTTTAAAGATATAGACGGCCTCTCTAGCGTTTACGTTATTTCTGATCTACAGGGTTCAGGGTTCCGGTTCTATAAGGCAAGTAATTTTCCAAATCACTCAATAATTTATGTCCAAGGGTAATTGCTCAAGGTTAGTC
CCCTCATTTTTAATTGTATTCTGGAATTTCAGGTGTCTCACTTGCATTTTCTAGCTTTTTCATTGCCTTTAGTGGCTAGAAAATATCTGCATTATTTCTAAAATATAAAGGCTTAAGTTTTGCATTTAAGGATGCTATATTGCGTTCTACGAATGGAATTTAGAAAAGACTTTATGTAAAGACTTTAATGTAAAGCAGAG
GTTTGGAAAGCGAAACCGTTTGAATGTCCAAAACATATTGCCTCTACAGCAGCCATTGATATGCATTTGTTCACAATATTGGCCGTATGGCATTCGCCCTTTATATGACGTTTGAGCAGCAACATCATGACCAGAATTTCGTTTCGGGATTTTAGTTTAGACATGAGGAAAACAACAACTCCTTATCAGGTAAAGCGATC
AGAATTTTGGATTTTGAGCTGGAGCCGAGGGTCACAAACGAGGGCAGGTCCATGGAAACAAAGTTACAAATAAAAGAATAATTGGGTACATCGAGAAGACATTAGCAACAAACACTTCCATTCTGCTCTCTTTTGGAAAATCAGTGGGCGTGGAGAGGTATGGACTCTCAACAGGAGGGTTGCCTGTCTTGTTTACGTTA
TTGATGGGGAGACAGGTGCTCCCATCGAAGAGGGACACAAGATTTGTAAAATTGAAGAGCTCCTGTGTTTCGTAATGAGAGGAAACAACAACATCCGAGGTGCTAAAAGGGTGGTGTCAATGGGATTCACTCACACAGAAATGAGACTGCATCAATTGATGTTTGCTGACCGTGACTATGAGAAATTCGGGCGAACTGGA
GGAAGGGCACCTCCTCTTCTCAACGACCATGACAACTCCAACCCTCCTGTGACTGTTCGCGACTGTTTGGAGAGGGGGTAGTCTATGGTGAATGTTCAGTGTAAAGATAGGCCTAGGCTTCTCTTTGATATTGTATACACCTTGACTGATATGGAGTATGTTGTCTTTCATGCCACTATAGATTCTCAGGGCCCAGAAAC
TTATCAGAGTACTACATCAGGCACACTGATGGATGTACCGTGAATTCAGAAGCAGAGAGGCAGCATGTGATTCAGTGTTTGGAGGCTGCCATTAAAAGAAGAGCATTAGAGGGCATGAGACTGGAACTATGCACCAAGGATTGAGTTGGGCCAGCTACAATTTGTCCTTGCAGAGAGAGTTAAGGGAGCAGTTTCAGTCA
CACTCTATAAGATCACACAGGTTTCGATTTCAGATTAAAATGCCTCACGCATTCCCATGTTATGCTCATATCACATGCCTTCGGAGCTTGGTCTCCATTCCTTCATCCACCATTCACCTTTCTTGTCTTCTTTCATTTGTTCTTCATTCTAACTGTTTTGTTCCAAGTTTCCCATTGCTCTGTTCTATACCCGTTCTACC
CTGTAAACCCAATTCTTCCCACGTTTCCCATTTGGTCATGCTTCATATTTTACTTATTTCCCACATTTTTCTTTTTCCTTTTCCTTCTCCTGTATGTTCTTGATACCCTTCCATCTCTTGTTTGTTTTGAGCTGCGACAACACTAAAATGGGAGAAACTATGATGTCCTTGTTCAGGTTTTCTTTCCATTTTTTAATCTT
GATGTAAGCTGTTTTTCTTATTGATTTCTGTGAATTCAGGTTTTGACTCTGGTGTTTTCTGTTGTAGGTGTTAATAATTCAGCTTATGTGTATAAAGTAAACTTCACATATTAGCTCGCCTGGTTGACCATACCCTAGAAAGAAAACATTAAAACCATGATCTTTTCACCACCATCAACATTGGATGCAATGGACTTAGA
AGTACCAAAGCAAGAATGGAACTTT
>TRINITY_DN49133_c1_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:GCAGAAACAGAGGTGATATCTGAGCATCCTCTTCTCAAGCTCACCTGAATCAAATCAAACAGCTAGGCAATTCTCCCGTGTCTAAGCTTGCAATGAAATCATTTACGAAATGTATCTCTATTAAAAGACCCAGAAAAAGTAGGTGAAATCTTTAATCCTTAGCTCATTTTCTCCATTATTTCGTTTTTCTAGCTTTGAAT
TTTATTATAGTAAAGTGTTTTGCTTAGTTACAATTTCATTTGCTGTAATAAGGTATAACCGGTGATAATTTGCATTGAATTGTGGATCTTGATATCTATTTAACCTCTGCCATTGCCATGTAATTAAGCATTGGATGCATGCTAAAGATGATATGGACTATGATATATTGTTATGTCCATGACATGTTGTAACGGATTTG
GCCCTATTAGTCTATCGGTGCAGGTTAATTTTTTTGCTCGCTGCGTGTCCCCCACACCTGTCCCTGCTTGTACTGTTTATCACATCAAGTCATCGGTGGTCAGATCGGCGGTCCGGGTTTAGAGCTGGAGCCGCGGTTAAAAAATGAGGGCAGGTTTATAATGCTCGTCAAGGGCAGGTCCATTGTTTTTATTTGCAGCC
ATTTTCTCAACTGATAGCTGTTACTCTGCTTTGGATTTACCAAGGAGGAGGAGCCCCAATTAATTTTTCGGTGGTTTGTTATTTATGTTGATTTTCCAAGCGATTTTTGGACGATCATGGGGAAATGATGATGCCGTTGGGGTGTGATATTTCTACTGGTGATGGTATCGAGAGTGGATGAATCCCCAGCGATGGCGATC
ATCCACTATGGCGTTGGCCAGGAATCAATTCTTTCTGTTTTTGCCTTCAAAGGTGATCGCGTGGGCGGATTTTCAACTACCTTCCATTCAGTACCATGAAAACCCCCGCTTAAGTGCGTAGCACGTTTCAGCGGCCTAGTTTGGTGAAATCTGTGTTTCTATTTCGCAAGGAGGGATTTAGTTATCCTGGATTCAAGGTT
TAGATTGCATTTCAATGCCTGGAGCGGAAATTAGGGTTTTAAGCAGGTTCAACTGTTGTGTTAGGTTAACATTTGTTCGGTCACTGCATTGGTGAGAGCGCAGAAAGGATATTCTCTTCTTTATCTTTTATGAAGAAAGATAGGAGGCTTCTTATATTTTATGAAAAAACAGCATCTTGGAGATGAAACCTGTGAAGTCC
TAGCTTTTGCAGCAGGTTTAAATAATTAGTTTAGAAAGAACGGCAGGCATTTTGCAGTATGTTTTTAGATTTCTGGGAGAACTTGAGACGCTTTTTCCTTGTTTTAGCCTGTACTGGAAAACTAGGGTTTTATCAGAGACGTCTTGTAAAAGATTTCGATAGATTCAGTGGTTCTGTACGAAAAAATCTTGTAATTAAGA
TACCTGTTGAGGAGGTTAGGGCTCGAGCAATTGTTGGCAAAAGATTCAATGAAAAATGCTGTTTTTTAAAGATATAGACGACCTCTCTAGCGTTTAGGTTATTTTTTATCTACAGGGTTCAGGGTTCCGGTTCTATAAGGCAAGTAATTTTCCAAATCACTCAATAATTTATGTCCAAGGGTAATTGCTCAAGGTTAGTC
CCCTCATTTTTAATTGTATTCTGGAATTTCAGGTGTCTCACTTGCATTTTCTAGCTTTTTCATTGCCTTTAGTGGCTAGAAAATATCTGCATTATTTCTAAAATATAAAGGCTTAAGTTTTGCATTTAAGGATGCTATATTGCGTTCTACGAATGGAATTTAGAAAAGACTTTATGTAAAGACTTTAATGTAAAGCAGAG
GTTTGGAAAGCGAAACCGTTTGAATGTCCAAAACATATTGCCTCTACAGCAGCCATTGATATGCATTTGTTCACAATATTGGCCGTATGGCATTCGCCCTTTATATGACGTTTGAGCAGCAACATCATGACCAGAATTTCGTTTCGGGATTTTAGTTTAGACATGAGGAAAACAACAACTCCTTATCAGGTAAAGCGATC
AGAATTTTGGATTTTGAGCTGGAGCCGAGGGTCACAAACGAGGGCAGGTCCATGGAAACAAAGTTACAAATAAAAGAATAATTGGGTACATCGAGAAGGTATGCTTGAATATATTTAAAGCCAGAGCTAGAAATACAAAAATATTTATATTTCTTATAAGAGGAGAGGTTGCATTTTTAGCTGATATGTTCCTTGAATCA
TTCATTCTTTGTTTTGTAGACATTAGCAACAAACACTTCCATTCTGCTCTCTTTTGGAAAATCAGTGGGCGTGGAGgtaatagttgatcaacctacagtaattgaattgacatgcacagatcgaacaggtttactatctgaaatatttgcggtgcttagtgacctaaaatgtaacgttgtggacgcagAGGTATGGACTC
TCAACATGAGGGTTGCCTATCTTGTTTACATTATTGATGGGGAGACAGGTGCTCCCATCGAAGAGGGACACAAGATTTGTAAAATTGAAGAGCTCCTGTGTTTCGTAATGAGAGGAAACAACAACATCCGAGGTGCTAAAAGGGTGGTGTCAATGGGATTCACTCACACAGAAATGAGACTGCATCAATTGATGTTTGCT
GACCGTGACTATGAGAAATTCGGGCGAACTGGAGGAAGGGCACCTCCTCTTCTCAACGACCATGACAACTCCAACCCTCCTGTGACTGTTCGCGACTGTTTGGAGAGGGGGTAGTCTATGGTGAATGTTCAGTGTAAAGATAGGCCTAGGCTTCTCTTTGATATTGTATACACCTTGACTGATATGGAGTATGTTGTCTT
TCATGCCACTATAGATTCTCAGGGCCCAGAAACTTATCAGAGTACTACATCAGGCACACTGATGGATGTACCGTGAATTCAGAAGCAGAGAGGCAGCATGTGATTCAGTGTTTGGAGGCTGCCATTAAAAGAAGAGCATTAGAGGGCATGAGACTGGAACTATGCACCAAGGATTGAGTTGGGCCAGCTACAATTTGTCC
TTGCAGAGAGAGTTAAGGGAGCAGTTTCAGTCACACTCTATAAGATCACACAGGTTTCGATTTCAGATTAAAATGCCTCACGCATTCCCATGTTATGCTCATATCACATGCCTTCGGAGCTTGGTCTCCATTCCTTCATCCACCATTCACCTTTCTTGTCTTCTTTCATTTGTTCTTCATTCTAACTGTTTTGTTCCAAG
TTTCCCATTGCTCTGTTCTATACCCGTTCTACCCTGTAAACCCAATTCTTCCCACGTTTCCCATTTGGTCATGCTTCATATTTTACTTATTTCCCACATTTTTCTTTTTCCTTTTCCTTCTCCTGTATGTTCTTGATACCCTTCCATCTCTTGTTTGTTTTGAGCTGCGACAACACTAAAATGGGAGAAACTATGATGTC
CTTGTTCAGGTTTTCTTTCCATTTTTTAATCTTGATGTAAGCTGTTTTTCTTATTGATTTCTGTGAATTCAGGTTTTGACTCTGGTGTTTTCTGTTGTAGGTGTTAATAATTCAGCTTATGTGTATAAAGTAAACTTCACATATTAGCTCGCCTGGTTGACCATACCCTAGAAAGAAAACATTAAAACCATGATCTTTTC
ACCACCATCAACATTGGATGCAATGGACTTAGAAGTACCAAAGCAAGAATGGAACTTT
Intron 3 GTATGCTTGA ... TGTTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 55.09 | 11.5 | 13 | 15 |
| A2 | 51.43 | 3 | 3 | 3 |
| A3 | 72 | 4.5 | 10 | 11 |
| A4 | 50.11 | 5.5 | 9 | 2 |
| A5 | 57.5 | 5.5 | 10 | 2 |
| A6 | 44.45 | 3.5 | 1 | 4 |
| A7 | 53.77 | 21.5 | 26 | 23 |
| A8 | 44.64 | 12.5 | 10 | 10 |
| A9 | 60 | 3.5 | 3 | 5 |
| A10 | 44.36 | 15.5 | 15 | 9 |
>TRINITY_DN49133_c1_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoformCGTCAAGGGCAGGTCCATTGTTTTTATTTGCAGCCATTTTCTCAACTGACGGCTGTTACTCTGCTTTGGATTTACCAAGGAGGAGGAGCCCCAATTAATTGTTCGGTGGTTTGTTATTTATGTTGATTTTCCAATGCGATTTTTGGACGATCATGGGGAAATGATATGCCGTTGGGGTGTGATGATTTCTACTGGTGATG
GTGTCGAGCGTGGATGAATCCCCGGCGATGGCGATCATCCACTATGGTGTTGGCCAGGCATCAATTCTTTCTGTTTTGGCCTCCAAAGGCGATCGTGTGGGCGGTTTTTCAACTACCTTCCATTCAGTACCATGAAAACCCCCGCTTAAGTGCGTAGCAGGTTTCAGCGGCCTGGTTTGGTGAAATCCGTGTTTCTAATT
CGCAAGAAGGGATTTAGTTATCCTGGATTCAAGGTTTAGATTGCATTTCATTGCCTGGAGCGGAAATTAGGGTTTTAAGCAGGTTCAACTGTTGTGTTAGGTTAACATTTGTTCGGTCACTGCATCGGTGAGAGCGCAGAAAGGATATTCTCTTCTTTATCTTTTATGAAGAAAGATAGGAGGCTTCTTATATTTTATGA
AAAAACAGCATCTTGGAGATGAAACCTGTGAAGTCCTAGCTTTTGCAGCAGGTTTAAATAATTAGTTTAGAAAGAACGGCAGGCATTTTGCAGTATGTTTTTAGATTTCTGGGAGAACTTGAGACGCTTTTTCCTTGTTTTAGCCTGTACTGGAAAACTAGGGTTTTATCAGAGACGTCTTGTAAAAGATTTCGATAGAT
TCAGTGGTTCTGTACGAAAAAATCTTGTAATTAAGATACCTGTTGAGGAGGTTAGGGCTCGAGCAATTGTTGGCAAAAGATTCAATGAAAAATGCTGTTTTTTAAAGATATAGACGACCTCTCTAGCGTTTAGGTTATTTTTTATCTACAGGGTTCAGGGTTCCGGTTCTATAAGGCAAGTAATTTTCCAAATCACTCAA
TAATTTATGTCCAAGGGTAATTGCTCAAGGTTAGTCCCCTCATTTTTAATTGTATTCTGGAATTTCAGGTGTCTCACTTGCATTTTCTAGCTTTTTCATTGCCTTTAGTGGCTAGAAAATATCTGCATTATTTCTAAAATATAAAGGCTTAAGTTTTGCATTTAAGGATGCTATATTGCGTTCTACGAATGGAATTTAGA
AAAGACTTTATGTAAAGACTTTAATGTAAAGCAGAGGTTTGGAAAGCGAAACCGTTTGAATGTCCAAAACATATTGCCTCTACAGCAGCCATTGATATGCATTTGTTCACAATATTGGCCGTATGGCATTCGCCCTTTATATGACGTTTGAGCAGCAACATCATGACCAGAATTTCGTTTCGGGATTTTAGTTTAGACAT
GAGGAAAACAACAACTCCTTATCAGGTAAAGCGATCAGAATTTTGGATTTTGAGCTGGAGCCGAGGGTCACAAACGAGGGCAGGTCCATGGAAACAAAGTTACAAATAAAAGAATAATTGGGTACATCGAGAAGACATTAGCAACAAACACTTCCATTCTGCTCTCTTTTGGAAAATCAGTGGGCGTGGAGGTAATAGTT
GATCAACCTACAGTAATTGAATTGACATGCACAGATCGAACAGGTTTACTATCTGAAATATTTGCGGTGCTTAGTGACCTAAAATGTAACGTTGTGGACGCAGAGGTATGGACTCTCAACATGAGGGTTGCCTATCTTGTTTACATTATTGATGGGGAGACAGGTGCTCCCATCGAAGAGGGACACAAGATTTGTAAAAT
TGAAGAGCTCCTGTGTTTCGTAATGAGAGGAAACAACAACATCCGAGGTGCTAAAAGGGTGGTGTCAATGGGATTCACTCACACAGAAATGAGACTGCATCAATTGATGTTTGCTGACCGTGACTATGAGAAATTCGGGCGAACTGGAGGAAGGGCACCTCCTCTTCTCAACGACCATGACAACTCCAACCCTCCTGTGA
CTGTTCGCGACTGTTTGGAGAGGGGGTAGTCTATGGTGAATGTTCAGTGTAAAGATAGGCCTAGGCTTCTCTTTGATATTGTATACACCTTGACTGATATGGAGTATGTTGTCTTTCATGCCACTATAGATTCTCAGGGCCCAGAAACTTATCAGAGTACTACATCAGGCACACTGATGGATGTACCGTGAATTCAGAAG
CAGAGAGGCAGCATGTGATTCAGTGTTTGGAGGCTGCCATTAAAAGAAGAGCATTAGAGGGCATGAGACTGGAACTATGCACCAAGGATTGAGTTGGGCCAGCTACAATTTGTCCTTGCAGAGAGAGTTAAGGGAGCAGTTTCAGTCACACTCTATAAGATCACACAGGTTTCGATTTCAGATTAAAATGCCTCACGCAT
TCCCATGTTATGCTCATATCACATGCCTTCGGAGCTTGGTCTCCATTCCTTCATCCACCATTCACCTTTCTTGTCTTCTTTCATTTGTTCTTCATTCTAACTGTTTTGTTCCAAGTTTCCCATTGCTCTGTTCTATACCCGTTCTACCCTGTAAACCCAATTCTTCCCACGTTTCCCATTTGGTCATGCTTCATATTTTA
CTTATTTCCCACATTTTTCTTTTTCCTTTTCCTTCTCCTGTATGTTCTTGATACCCTTCCATCTCTTGTTTGTTTTGAGCTGCGACAACACTAAAATGGGAGAAACTATGATGTCCTTGTTCAGGTTTTCTTTCCATTTTTTAATCTTGATGTAAGCTGTTTTTCTTATTGATTTCTGTGAATTCAGGTTTTGACTCTGG
TGTTTTCTGTTGTAGGTGTTAATAATTCAGCTTATGTGTATAAAGTAAACTTCACATATTAGCTCGCCTGGTTGACCATACCCTAGAAAGAAAACATTAAAACCATGATCTTTTCACCACCATCAACATTGGATGCAATGGACTTAGAAGTACCAAAGCAAGAATGGAACTTT
>TRINITY_DN49133_c1_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:GCAGAAACAGAGGTGATATCTGAGCATCCTCTTCTCAAGCTCACCTGAATCAAATCAAACAGCTAGGCAATTCTCCCGTGTCTAAGCTTGCAATGAAATCATTTACGAAATGTATCTCTATTAAAAGACCCAGAAAAAGTAGGTGAAATCTTTAATCCTTAGCTCATTTTCTCCATTATTTCGTTTTTCTAGCTTTGAAT
TTTATTATAGTAAAGTGTTTTGCTTAGTTACAATTTCATTTGCTGTAATAAGGTATAACCGGTGATAATTTGCATTGAATTGTGGATCTTGATATCTATTTAACCTCTGCCATTGCCATGTAATTAAGCATTGGATGCATGCTAAAGATGATATGGACTATGATATATTGTTATGTCCATGACATGTTGTAACGGATTTG
GCCCTATTAGTCTATCGGTGCAGGTTAATTTTTTTGCTCGCTGCGTGTCCCCCACACCTGTCCCTGCTTGTACTGTTTATCACATCAAGTCATCGGTGGTCAGATCGGCGGTCCGGGTTTAGAGCTGGAGCCGCGGTTAAAAAATGAGGGCAGGTTTATAATGCTCGTCAAGGGCAGGTCCATTGTTTTTATTTGCAGCC
ATTTTCTCAACTGATAGCTGTTACTCTGCTTTGGATTTACCAAGGAGGAGGAGCCCCAATTAATTTTTCGGTGGTTTGTTATTTATGTTGATTTTCCAAGCGATTTTTGGACGATCATGGGGAAATGATGATGCCGTTGGGGTGTGATATTTCTACTGGTGATGGTATCGAGAGTGGATGAATCCCCAGCGATGGCGATC
ATCCACTATGGCGTTGGCCAGGAATCAATTCTTTCTGTTTTTGCCTTCAAAGGTGATCGCGTGGGCGGATTTTCAACTACCTTCCATTCAGTACCATGAAAACCCCCGCTTAAGTGCGTAGCACGTTTCAGCGGCCTAGTTTGGTGAAATCTGTGTTTCTATTTCGCAAGGAGGGATTTAGTTATCCTGGATTCAAGGTT
TAGATTGCATTTCAATGCCTGGAGCGGAAATTAGGGTTTTAAGCAGGTTCAACTGTTGTGTTAGGTTAACATTTGTTCGGTCACTGCATTGGTGAGAGCGCAGAAAGGATATTCTCTTCTTTATCTTTTATGAAGAAAGATAGGAGGCTTCTTATATTTTATGAAAAAACAGCATCTTGGAGATGAAACCTGTGAAGTCC
TAGCTTTTGCAGCAGGTTTAAATAATTAGTTTAGAAAGAACGGCAGGCATTTTGCAGTATGTTTTTAGATTTCTGGGAGAACTTGAGACGCTTTTTCCTTGTTTTAGCCTGTACTGGAAAACTAGGGTTTTATCAGAGACGTCTTGTAAAAGATTTCGATAGATTCAGTGGTTCTGTACGAAAAAATCTTGTAATTAAGA
TACCTGTTGAGGAGGTTAGGGCTCGAGCAATTGTTGGCAAAAGATTCAATGAAAAATGCTGTTTTTTAAAGATATAGACGACCTCTCTAGCGTTTAGGTTATTTTTTATCTACAGGGTTCAGGGTTCCGGTTCTATAAGGCAAGTAATTTTCCAAATCACTCAATAATTTATGTCCAAGGGTAATTGCTCAAGGTTAGTC
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