NA ----> NA

Intron 1 GTAAAGTCAA ... GGTCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.54	11.5	1	8
A2	16.47	29	3.5	8
A3	13.13	15	2.5	2
A4	49.54	7.5	7.5	7
A5	9.09	9.5	2	0
A6	25.23	19.5	5	8
A7	20.21	25.5	5.5	7.5
A8	6.35	32.5	2	2
A9	12.82	35.5	2	8.5
A10	12.73	36	0.5	10

>TRINITY_DN122396_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

GGATGATGAGGTAAAGTCAACAACTGGAAATTGTTGAGGTAGTTTTGGAAAGGATGTATGCAATAAAGCACTCTAATATTTTGGGGGCTGGTCTTGTAGCTGAACTTAACAGCAGGAGAGGAAGTCGAAATTTTAGATGAACTAGCGGAGTGCTTTTTTGTAATCAAGAAGCAGCCTGGAAGATATAGTAAAGTGGCGGG
ATGGGTTCCTGTGTTTGCTGTAAGCTCCTCTTACAGCAGTTTTTCAATGGCTACCACTAGATATTTGCAGAGTCCTGTGTCACATGACGTGAAAGAAGAAGAGGGTCTTACTGAAAACCAATTGTTTGGTAAGGCGTTATATGATTTCTCAGCTGAATGGGATGATGAGCTGAACTTAATGGCCGGAGAGGAAGTCAAAA
TTTTAGATGAACAAGCACAGCGGTTCTATGTAATCAAGAAGCAGTCTGGAAGAGATAGTGAAGTGGCAGGTTGGGTTCCTGTGTTTGCAGTAAGCTCCTCTTACAGCAGTTTTTCAGTGGCTACCACTAGATATTTGCAGGTAAATTTTCAGTAGAAGCACCATAAAATTGGAGGCAACAGAGATGTCGAGATGGTAATT
TTAGTAAGTGATGTGCAACTACGAGAAACCAATATGCAAGTATTGGTGAAAGGGAATTCCAACTCAGTCAACATTTTGGGTTGTTTGTCTTTAAGTACCTCTGCTCCTGAGTTCAACTATATGCAACCCTATCTTGTTTTCTTGGAGTGTAATTAACTAGCTAGCTTCAAGCTCCTTCCCTTTAGATAGTTTACAGTGCA
CGCTGAGGGTATATATATTATAAAGGACTCATTCAATTAATCCTACCTACATTTGAATGACATTTCTCCAGCATGGTGCACATGCACATGTTTAAATAATTTTGAATATATATATGATTTAATAATTGTCCACTCGGTCATATTTATTTAGTGCTTTATTGTTCCCTCTTTCTTGTCCCCTACTTTTGTAGTAAATCAAA
CGTAGTTCTTGAC

>TRINITY_DN122396_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTCCCAGCTGAATGGGATGATGAGgtaaagtcaacaattggaaacagtcgaggtagttttagaaaggaagtatgcaataaagcacactaatatttttggggctggtcttgcagCTGAACTTAATGGCCGGAGAGGAAGTCAAAATTTTAGATGAACAAGCACAGCGGTTCTATGTAATCAAGAAGCAGTCTGGAAGAGAT
AGTGAAGTGGCAGGTTGGGTTCCTGTGTTTGCAGTAAGCTCCTCTTACAGCAGTTTTTCAGTGGCTACCACTAGATATTTGCAGGAGGATAAGCCTGTAACTGGGACTGCCAGCGGACTAAGCAACCTTTCAAAAGTTTCATCATTCGAAGATCAACAGCCGGACTCTCATGGTCTTGTGTCACATGATGCGGAAGAACA
AGAGGTTCTTACTAAAAATCAACGGTTGAGTAAGGCGTTATATGATTTCCCAGCTGGTTCGGAGGATGAGCTGAACTTAACCGCCGGAGAGGAAGTCGAAATTTTAGGTGAACAGGCGGGGTGGTTCTATGCAAGTAAGAAGCAGCCTGGAAGAGATAGTGAAGTGGCAGGATGGGTTCCTGTGTTTTGTGTAAGCTCCC
CTTACAGCAGTTTTTAAGTGGTTACCACTGGATGTGGGACGCTATATCAGTTTTTAAGTGGTTAGCACTAGATTTGGGACGTTTATATAGCAGTATCCTTTTATATTTAAGTGTTTAACACTAGATTTGGGACGTTTATATAGTAGTATTCTTTTATATTGTCAGGTCTTTTGTATAGTCAACTAGATTGGGTGAACGTA
CCAAGAATAAATCTAGATACTACACGGATATTTTTGGGATAGTCTTTTACTTTAGCATAAAATCATCACATGGATATTTATATTTTTCATTGGCTTATATACTTAGCATTATGAGTTGTCATGTTTTCATACATGTTATGTTCTGTGTTAATTATCATGTTTTCAAAAGTCACTAATAT

Intron 2 GTAAGCATCT ... TGTGAACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28	18	9	5
A2	7.69	18	0	3
A3	11.11	16	2	2
A4	20	10	4	1
A5	28	9	5	2
A6	9.52	19	4	0
A7	11.93	48	4	9
A8	9.3	39	2	6
A9	13.98	40	9	4
A10	5.88	32	0	4

>TRINITY_DN122396_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GGTGAGACCATGCAAAAGTTGCATGCAAAGAGTAAACCAATAAGAATTAGATTGCTACCTCCGTTCAAAAACCCGGTCAAATGAGCCAGGCATACACCGACAGGCACATGGAATGAAAAATGGAGCAGTATACCTGTAAATACACACCAGTTTCGCGACGAAAACTCCTACGCCCAGGAAAGAATGCCTTTCGGCATACG
GTGCTTAATTTCCAGTGTGACGAACCATGACAAACCGCCTTCGGCGTAACCAGGGTAAGAAATTGCCTTTCTACTTCTCTCGTAACATGAGAGACCGAATTGAAACTACGGTGCTGAGTTTCCAGCGTGACGAACAACCATGAACAACGGAAGTGAAGGTTCTCAGAAAGTGACATGAAGATTCCCAGAATGTGAAATGA
AGATTCCCAGAATGTGAAATGACGATTCCCAGAAAGTGTATATTCAAAAGCCCCCAGTGGCGCCATTGCCACATAGCAATTTTAAAAGCCTCCACAGTATGGACTCCTTGGCAGGTTGGGGATTCTCATCCTCCTCACAGCTTCGTTCTAGGGTGTTCTTTTGGTGTTACCGAGGGATTGCATATATCCTGTAAAGGGTT
CAGTTAATTATTGGACCAATCATGGTTGATCCTGGTTTCATCCCTGGACTTATTGGTGTGGGCATACAGATGACAATCAACAAAATTCTTCGGCACATTAACATTGCCCTTCGCTACAGGAAAGAGCTGGCCGCTCTGAAAGATACATTAAGGAGAATTAAACCTTTTATCGAGCAGATCCGCCCGGCATTGAACGAGCA
CGAAGATGGGTCTTCAGCTGTTCACAATTGGTTTAAAGAGTTCGACACGCTTCTCAAAGAAGCATCAGCAATTGTGCAGCTGTGTATTCGAAAGAAGGCGTGGGGTGTTCCTTTTCGTTATCAAACCAGCACGAAGATCATCGAATTGACTCAAAAGATTGACAAACTTCTAACACAGTCTGGTTTGGTTATCACGGTCC
AAATTCAAGAGCTAACTCGGAAGTTTAATGAAATCGAAGCTTTGGCTTCTTCAAGCAGTTCTGCAAGCACTTTCCAAGCCACTCATTATCCAATTGCCACAATCAACAGCAAAAAGGGGGATAAGACTGCAACTGGAACTGTTAGCAGACTAAGCGACCTTTCAAAAGTTTCATCATTCCAAGATCAACAGCTGGACTCT
CGTGATTTTGTGTCACATGATGTGGAAGAAGAAGATCATTCTGGAAATCAACGGTCTGGTAAGGCGTTATATGATTTCCCAGCTGGTTCGGAGGATGAGCTGAACTTAACCGCCGGAGAGGAAGTCGAAATTTTAGGTGAACAGGCGGGGTGGTTCTATGCAAGTAAGAAGCAGCCTGGAAGAGATAGTGAAGTGGCAGG
ATGGGTTCCTGTGTTTTGTGTAAGCTCCCCTTACAGCAGTTTTTAAGTGGTTACCACTGGATGTGGGACGCTATATCAGTTTTTAAGTGGTTAGCACTAGATTTGGGACGTTTATATAGCAGTATCCTTTTATATTTAAGTGTTTAACACTAGATTTGGGACGTTTATATAGTAGTATTCTTTTATATTGTCAGGTCTTT
TGTATAGTCAACTAGATTGGGTGAACGTACCAAGAATAAATCTAGATACTACACGGATATTTTTGGGATAGTCTTTTACTTTAGCATAAAATCATCACATGGATATTTATATTTTTCATTGGCTTATATACTTAGCATTATGAGTTGTCATGTTTTCATACATGTTATGTTCTGTGTTAATTATCATGTTTTCAAAAGTC
ACTAATAT

>TRINITY_DN122396_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGTGAGACCATGCAAAAGTTGCATGCAAAGAGTAAACCAATAAGAATTAGATTGCTACCTCCGTTCAAAAACCCGGTCAAATGAGCCAGGCATACACCGACAGGCACATGGAATGAAAAATGGAGCAGTATACCTGTAAATACACACCAGTTTCGCGACGAAAACTCCTACGCCCAGGAAAGAATGCCTTTCGGCATACG
GTGCTTAATTTCCAGTGTGACGAACCATGACAAACCGCCTTCGGCGTAACCAGGGTAAGAAATTGCCTTTCTACTTCTCTCGTAACATGAGAGACCGAATTGAAACTACGGTGCTGAGTTTCCAGCGTGACGAACAACCATGAACAACGGAAGTGAAGGTTCTCAGAAAGTGACATGAAGATTCCCAGAATGTGAAATGA
AGATTCCCAGAATGTGAAATGACGATTCCCAGAAAGTGTATATTCAAAAGCCCCCAGTGGCGCCATTGCCACATAGCAATTTTAAAAGCCTCCACAGTATGGACTCCTTGGCAGGTTGGGGATTCTCATCCTCCTCACAGCTTCGTTCTAGGGTGTTCTTTTGGTGTTACCGAGGGATTGCATATATCCTGTAAAGGGTT
CAGTTAATTATTGGACCAATCATGGTTGATCCTGGTTTCATCCCTGGACTTATTGGTGTGGGCATACAGATGACAATCAACAAAATTCTTCGGCACATTAACATTGCCCTTCGCTACAGGAAAGAGCTGGCCGCTCTGAAAGATACATTAAGGAGAATTAAACCTTTTATCGAGCAGATCCGCCCGGCATTGAACGAGCA
CGAAGATGGGTCTTCAGCTGTTCACAATTGGTTTAAAGAGTTCGACACGCTTCTCAAAGAAGCATCAGCAATTGTGCAGCTGTGTATTCGAAAGAAGGCGTGGGGTGTTCCTTTTCGTTATCAAACCAGCACGAAGATCATCGAATTGACTCAAAAGATTGACAAACTTCTAACACAGTCTGGTTTGGTTATCACGGTCC
AAATTCAAGAGCTAACTCGGAAGTTTAATGAAATCGAAGCTTTGGCTTCTTCAAGCAGTTCTGCAAGCACTTTCCAAGCCACTCATTATCCAATTGCCACAATCAACAGCAAAAAGGGGGATAAGACTGCAACTGGAACTGTTAGCAGACTAAGCGACCTTTCAAAAGTTTCATCATTCCAAGATCAACAGCTGGACTCT
CGTgtaagcatctttttcttttttttccttcagaaccttgtttaagctatgttggattcctgtctaaaaatcgttccattgtccgctctcaatggatggaccaccaagctattagtcgactataatgcagatatttgaattatatgaaaatccagtggctggctgtgtgaaccagGATTTTGTGTCACATGATGTGGAAG
AAGAAGATCATTCTGGAAATCAACGGTCTGGTAAGGCGTTATATGATTTCCCAGCTGGTTCGGAGGATGAGCTGAACTTAACCGCCGGAGAGGAAGTCGAAATTTTAGGTGAACAGGCGGGGTGGTTCTATGCAAGTAAGAAGCAGCCTGGAAGAGATAGTGAAGTGGCAGGATGGGTTCCTGTGTTTTGTGTAAGCTCC
CCTTACAGCAGTTTTTAAGTGGTTACCACTGGATGTGGGACGCTATATCAGTTTTTAAGTGGTTAGCACTAGATTTGGGACGTTTATATAGCAGTATCCTTTTATATTTAAGTGTTTAACACTAGATTTGGGACGTTTATATAGTAGTATTCTTTTATATTGTCAGGTCTTTTGTATAGTCAACTAGATTGGGTGAACGT
ACCAAGAATAAATCTAGATACTACACGGATATTTTTGGGATAGTCTTTTACTTTAGCATAAAATCATCACATGGATATTTATATTTTTCATTGGCTTATATACTTAGCATTATGAGTTGTCATGTTTTCATACATGTTATGTTCTGTGTTAATTATCATGTTTTCAAAAGTCACTAATAT