NA ----> NA

Intron 1 GTTCTCATCT ... TTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.22	2	1.3	0
A2	33.33	1	0	1
A3	-1	0.3	1	0
A4	-1	0	0	0
A5	86.67	0.7	3.3	0
A6	4.35	11	0	1
A7	24.51	6.7	0.3	4
A8	63.97	3	4.7	6
A9	21.03	4.3	0.3	2
A10	55.56	1	1.7	1

>TRINITY_DN5791_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGTGAATCTGGAGGCGGATATGCTCTCTAAGCGGGCTCTTAACTCTCAGATGGGGGTCATCATGTGGCAGGAATGGCCGGATGATATGCTTTTTTCACATGCCTATATTTCAGCCTCTTGCAGATGCTGTTCGGTTTTCACTGATCAGATGGAATCTCAGTATTACACTCCGCTTTTGGCTTCTACATATCTGCTGGGG
ATGCCTTTGGTGTTTGGCATATGTGGTTATCTATAGTTTGGACCTATTATGAGACATATGTATTTTTGATGATGTGGCATTTGATTTCTGTTATGTTACTGGACGCATATCTGTTTTGTCTTATGGGAGATTTTAGGGTATTGTGGCACCTTTTATTGACATTTTCAGAACAGTTTATTGATACATTATGATGATGTAAC
TAGTATGTCCTGGGGTCTACTTCTGACAGCTTTGTATAACTTTGTTATGGTCTGACA

>TRINITY_DN5791_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGTGAATCTGGAGGCGGATATGCTCTCTAAGCGGGCTCTTAACTCTCAGATGGGGGTCATCATGTGGCAGGAATGGCCGGATGATATGCTTTTTTCACATGgttctcatctgttacattggacaagaggattgttatcatttatgttcgttcttttgtgttttccttaaggttatatgcggcatgtattacttatatga
cttttagtttctatgtgcagttatatatactctcatattttttgcagCCTATATTTCAGCCTCTTGCAGATGCTGTTCGGTTTTCACTGATCAGATGGAATCTCAGTATTACACTCCGCTTTTGGCTTCTACATATCTGCTGGGGATGCCTTTGGTGTTTGGCATATGTGGTTATCTATAGTTTGGACCTATTATGAGAC
ATATGTATTTTTGATGATGTGGCATTTGATTTCTGTTATGTTACTGGACGCATATCTGTTTTGTCTTATGGGAGATTTTAGGGTATTGTGGCACCTTTTATTGACATTTTCAGAACAGTTTATTGATACATTATGATGATGTAACTAGTATGTCCTGGGGTCTACTTCTGACAGCTTTGTATAACTTTGTTATGGTCTGA
CA

Intron 2 GTTCTCATCT ... TATATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	2	0	1
A2	50	1	0	1
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	1	0
A6	18.75	13	0	3
A7	40	6	0	4
A8	57.14	3	4	4
A9	33.33	4	0	2
A10	50	4	1	4

>TRINITY_DN37222_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

GCTCTTAACTCTCAGATGGGGGTCATCATGTGGCAGGAATGGCCGGATGATATGCTTTTTTCACATGCCTCTTGCAGATGCTGTTCGGTTTTCACTGATCAGATGGAATCTCAGTATTACACTCCGCTTTTGGCTTCTACATATCTGCTGGGGATGCCTTTGGTGTTTGGCATATGTGGTTATCTATAGTTTGGACCTAT
TATGAGACATATGTATTTTTGATGATGTGGCATTTGATTTCTGTTATGTTACTGGACGCATATCTGTTTTGTCTTATGGGAGATTTTAGGGTATTGTGGCACCTTTTATTGACATTTTCAGAACAGTTTATTGATACATTATGATGATGTAACTAGTATGTCCTGGGGTCTACTTCTGACAGCTTTGTATAACTTTGTTA
TGGTCTGACAGTTGC

>TRINITY_DN37222_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GCTCTTAACTCTCAGATGGGGGTCATCATGTGGCAGGAATGGCCGGATGATATGCTTTTTTCACATGgttctcatctgttacattggacaagaggattgttatcatttatgttcgttcttttgtgttttccttaaggttatatgcggcatgtattacttatatgacttttagtttctatgtgcagttatatatactctca
tattttttgcagcctatatttcagCCTCTTGCAGATGCTGTTCGGTTTTCACTGATCAGATGGAATCTCAGTATTACACTCCGCTTTTGGCTTCTACATATCTGCTGGGGATGCCTTTGGTGTTTGGCATATGTGGTTATCTATAGTTTGGACCTATTATGAGACATATGTATTTTTGATGATGTGGCATTTGATTTCTG
TTATGTTACTGGACGCATATCTGTTTTGTCTTATGGGAGATTTTAGGGTATTGTGGCACCTTTTATTGACATTTTCAGAACAGTTTATTGATACATTATGATGATGTAACTAGTATGTCCTGGGGTCTACTTCTGACAGCTTTGTATAACTTTGTTATGGTCTGACAGTTGC

Intron 3 GTTCTCATCT ... TATATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	2	0	1
A2	50	1	0	1
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	18.75	13	0	3
A7	40	6	0	4
A8	40	3	0	2
A9	42.86	4	1	3
A10	50	4	0	4

>TRINITY_DN37222_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

GCTCTTAACTCTCAGATGGGGGTCATCATGTGGCAGGAATGGCCGGATGATATGCTTTTTTCACATGCCTCTTGCAGATGCTGTTCGGTTTTCACTGATCAGATGGAATCTCAGTATTACACTCCGCTTTTGGCTTCTACATATCTGCTGGGGATGCCTTTGGTGTTTGGCATATGTGGTTATCTATAGTTTGGACCTAT
TATGAGACATATGTATTTTTGATGATGTGGCATTTGATTTCTGTTATGTTACTGGACGCATATCTGTTTTGTCTTATGGGAGATTTTAGGGTATTGTGGCACCTTTTATTGACATTTTCAGAACAGTTTATTGATACATTATGATGATGTAACTAGTATGTCCTGGGGTCTACTTCTGACAGCTTTGTATAACTTTGTTA
TGGTCTGACAGTTGC

>TRINITY_DN37222_c0_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GCTCTTAACTCTCAGATGGGGGTCATCATGTGGCAGGAATGGCCGGATGATATGCTTTTTTCACATGgttctcatctgttacattggacaagaggattgttatcatttatcctatatttcagCCTCTTGCAGATGCTGTTCGGTTTTCACTGATCAGATGGAATCTCAGTATTACACTCCGCTTTTGGCTTCTACATATC
TGCTGGGGATGCCTTTGGTGTTTGGCATATGTGGTTATCTATAGTTTGGACCTATTATGAGACATATGTATTTTTGATGATGTGGCATTTGATTTCTGTTATGTTACTGGACGCATATCTGTTTTGTCTTATGGGAGATTTTAGGGTATTGTGGCACCTTTTATTGACATTTTCAGAACAGTTTATTGATACATTATGAT
GATGTAACTAGTATGTCCTGGGGTCTACTTCTGACAGCTTTGTATAACTTTGTTATGGTCTGACAGTTGC

Intron 4 GTTCGTTCTT ... TTTTTTGCAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	33.33	1	0	1
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	100	0	1	0
A6	33.33	1	0	1
A7	33.33	4	0	4
A8	73.33	2	5	6
A9	25	3	0	2
A10	50	1	1	1

>TRINITY_DN37222_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

GCTCTTAACTCTCAGATGGGGGTCATCATGTGGCAGGAATGGCCGGATGATATGCTTTTTTCACATGGTTCTCATCTGTTACATTGGACAAGAGGATTGTTATCATTTATCCTATATTTCAGCCTCTTGCAGATGCTGTTCGGTTTTCACTGATCAGATGGAATCTCAGTATTACACTCCGCTTTTGGCTTCTACATATC
TGCTGGGGATGCCTTTGGTGTTTGGCATATGTGGTTATCTATAGTTTGGACCTATTATGAGACATATGTATTTTTGATGATGTGGCATTTGATTTCTGTTATGTTACTGGACGCATATCTGTTTTGTCTTATGGGAGATTTTAGGGTATTGTGGCACCTTTTATTGACATTTTCAGAACAGTTTATTGATACATTATGAT
GATGTAACTAGTATGTCCTGGGGTCTACTTCTGACAGCTTTGTATAACTTTGTTATGGTCTGACAGTTGC

>TRINITY_DN37222_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GCTCTTAACTCTCAGATGGGGGTCATCATGTGGCAGGAATGGCCGGATGATATGCTTTTTTCACATGGTTCTCATCTGTTACATTGGACAAGAGGATTGTTATCATTTATgttcgttcttttgtgttttccttaaggttatatgcggcatgtattacttatatgacttttagtttctatgtgcagttatatatactctca
tattttttgcagCCTATATTTCAGCCTCTTGCAGATGCTGTTCGGTTTTCACTGATCAGATGGAATCTCAGTATTACACTCCGCTTTTGGCTTCTACATATCTGCTGGGGATGCCTTTGGTGTTTGGCATATGTGGTTATCTATAGTTTGGACCTATTATGAGACATATGTATTTTTGATGATGTGGCATTTGATTTCTG
TTATGTTACTGGACGCATATCTGTTTTGTCTTATGGGAGATTTTAGGGTATTGTGGCACCTTTTATTGACATTTTCAGAACAGTTTATTGATACATTATGATGATGTAACTAGTATGTCCTGGGGTCTACTTCTGACAGCTTTGTATAACTTTGTTATGGTCTGACAGTTGC