sp|Q65X23|WNK2_ORYSJ ----> Probable serine/threonine-protein kinase WNK2

Intron 1 GTAAGCTTTG ... AAACTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	10	1	9
A2	21.43	11	6	0
A3	25	12	2	6
A4	26.98	23	12	5
A5	22.22	7	3	1
A6	-1	0	0	0
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A8	0	1	0	0
A9	20	6	3	0
A10	23.08	5	2	1

>TRINITY_DN102039_c0_g3_i7 from sample A4 / Example spliced isoform

CAAAATAATCCGAACAGAACCTACAGCGCTCATCGTTGTCTGGAAGAATTCTTTCACACCGCGATCGATAGCCTCATTACTGCCCTTTTTTTGGTTGGCACCGGTGGATTTCTGCATAGTCTGGGCGCCATTCTTGTTCCTGCCGTTACCAGCTTTAAACCGGTCCCTGTGAATTTTTTGTTGTTGGAATCGGCAGTTTC
TGTGGTAGAAATTTCTACGCAGTAGGGGTTTTTGTGGACAAAATTGATGCACGGAAGCTGCTTTTGTGGTCAAAATTGATGCACTGAGCGGTTTTGCAGTCTGGAAATACAACGGCAGTGCTTTTATAAAGCTTTCATTAGGTGGTTTAAGGTTGTTGACTGGCGTGAAGTGAAGATTAGGGGAGCTGAGGTTTGGAAAG
ATTTCTGGAGGGTGTTGGGGTTTGGTGTGGGCTGGAGTTGCAATTTGTTGTTAGGGGGGTGAAGTACTTTCAAAATGGTCGATAAGAGATCTGGTGGAGATCACAAGGATGCCTCTGCAGAACAAGACAGCGATGAAGCTGATTCAGAGTTCGAGGAGGTTGATCCCAAGGGACGCTATGGTCGATATAAGGAGGTGCTT
GGAAAGGGGGCTTTCAAGACCGTGTATCCTTTCAGCAACCTTGAGTGGAAAATATATAACAATTAATTGTTTCAGTATGTATTGTAGGTTATAGATAAGTTTTCTTAACACGCTTTTCAGTTATAGAGCCTTTGATGAATTAGAGGGCATGGAAGTTGCCTGGAACCAGGTTAAAGTGCAAGATGTTTTACAGAGAGCCG
AGGATCTGGAACGCCTTTATTCTGAGGTTCATTTGCTGAAGACACTTAAGCACAAGAATATTATTAAATTTTATAACTCATGGGTGGATACCAAGACTGACAATATCAATTTCATCACAGAAATATTCACATCTGGGACATTGAGGCAGTATCGAAGAAAACATAAACATGTTGATATGAGAGCAGTGAAAAATTGGTCA
CGACAAATTTTGCGAGGCCTTCTATACTTGCATAGTCATGATCCACCCATCATTCACCGTGACCTGAAATGTGACAACATATTTGTAAATGGAAATCAAGGAGAAGTGAAAATTGGAGACCTGGGACTGGCAGCAATTCTTCGTCAGGCCCATGCAGCTCATAGTGTGATTGGCACACCAGAATTCATGGCTCCAGAACT
CTATGAAGAAGAGTACAATGAGTTGGTTGATATTTATGCTTTTGGTATGTGCCTTTTGGAGATGGTTACTTTTGAATATCCATACAGCGAGTGTGCAAATGCAGCCCAGATTTACAAGAAAGTTACCTCGGGTAAAAAACCTGCTGCCTTGGATAAAGTAAAGGATCCTGAAGTCCGAGAGTTTGTAGAAAAATGCTTAG
CTACTGCATCCAGAAGGTTGCCTGCTAGAGAATTGTTGATGGACCCATTTCTGCAGTGTGATGGTGGCGAGAGTATAGATCATGTGCCCCGTCCTACTTCGCTGTCTATGTTTGGGGATGGTCCTAAAGACTTGTCTACTATTGTAGAAGAACCCAGTCAAAGTAGCAAACCCTTAGAAGCAAACTGCGTACCAAAGCTT
GCAGATATGGGGAAGTTAAAAAGAGCAAAAAATCTGACATTGCAGGTCCACTCAAATGCCTTGGCGGTGTCTTGTTTGCATTCTGAATCAGCTGGAGGAGACAATTATCAACATCCAGAGAGTTACTCGGAAGGTGAAGGCAGCCCTTCTCCTGCAAGGGTGAATAGAGGTTTCACAGTGAAGGGTCAAAGAAAAGATGA
TAACACAGTATTCTTAAGACTTCGGATTGCAGATTCAGAAGGTCATGTTCGCAATATTCACTTTCCCTTTGACATAGATGCTGACACTGCAATGAGTGTTGCAAGTGAAATGGTGACAGAGTTGGATCTATCAGATCAAGATGTGACAAATATTGCAGCCATGATTGATGCAGAAATACAAGCTCTTGTGCCAGAATGGC
GACCTGTAGTAGCTTTTGTGGATACTGCTGAGGAAGAGATGTATAGTGATTATCCTGGTTCTGTAATTGACGATGATGTTTCGGAGATGCTCAGTGATAATGATAGTCCTCCTGGTGCATTTGTACTTGAACGCCTTCCTTCAGGTCGCAAGTATTGGTCCGATTCCCCAAGGTCTTTAACTCCAGATTCTTATATGAAG
ACTGCATTAATGAATGCTTCTTCTAAAGCAGAAGGGTTAATGCCTGGCAGGTTTGATGAAGTGAACCATGTCCAGTCTTCCTCAAGCAATGTTGTGCATCAACATAATGAATTCAATGATCACAAGAACAAAGGAGCTGATTTAGATTCAAGTTCAAAGTTTCCCAGATCTTTAGGGCGAGGCAACTTGCAAGAAAATGC
TGTGCTGATTGATAAAGAGAAAAACCACTCTCTCTCTGAGGTCATAAAGAATACTGTGGTGGCTGAAGTGAAGATGTCAACTGAAGATATGAATACTGACTGCAAAACTCAAAAGGGGTTTGAAAGAATGAGTCAAGAGAATCTACAAATGGAGGATTGTAAAATTGATACTGCTTTGGATCAGAATGTGGTTGCAGGCA
AGCATGATGGTAAAACTCTTTCTACAGAGGCTGGTGTGACTTTGCCAGATTCTACTGATTCATTGGCCGATGAGGTTGAAGATGAGAATAGCATAGCCCAGAAAATCAAACTTTTAATACTTAAGCAACAAGAAGAAATAGAGGAATTGAGACAAAAGCATGAACGGATACTGCAGGATTTTATAAATCAACTGCCACAG
AAGGGTTTTACTGTGAAATTTTTAAGGAATGGTTTGCTTTCGTCTTCTAATGATACCTGCTACAAGGTCTCTGCCGATCCCAGTGTAAGTAAAATTAAACCATTTCATGGTGCAGACTTGGTGAGCAGCAAAGAGGAGAGTGATGAAACTTCAAACCAAAAAGCATCAGTTGAAGAATTTGGCAATCTTACTTCGGTTGT
CAGGAAGGAAACAGTGCAGGGAGCTCCATACAAAGATATTGGTATTGAGACTGCAAGTAAAGAGTCAACCTCTGGCTTAGCTGCCAAAGATGAGCAGACTGTTAAGCATAATGCACACCCTCTTGATAAAAAAGTTGTCACAAAGGAGACAGAGAATCCCTGTTCCTTGAAATGTACTGAGCCTTTGGAGATTTCATGTT
TTGCAGTCTCTGCATCAAAGATGGAAACAGGTTGTAATCAAGCTGATACATCTACAGTGGACAAATGCTTAAGGCAGGATGTAACAGGTGCACAATTCAAAATGTCGAATAATGTTAAAAAATTCCCCATTTCAAAATGTAGTAGTGTTTCTAATAGCATTGACAAGCTTGGCAAACGTGGTTCTTTCATTGAACTTTAC
AAGGATACATCATCCCTCAGGGATAAATCAACCTCCTCTAGGGGGGAAGTGAAATCTTTGGACATGGACACTAAATGGGATCTATCAAGGAGTTCAGACAAATCGAAAAACGATGATAAAGAGCTTTATCAGCTGAAGAAGGAACAGCTTCAGAAGTCCATTGCAGACCTTGAGGCCAGAACTCTAGAAGGCTTGAAGCA
ATCTAAAAGTGGTTATTTGATTAATAATTCAGGAAAGAAGCTCAGTGCTGGTGTCTCCCAAGCTGGTGCTGTTGGATCCAATGTTTCTGCCACAAGGCAGCAGGCTTCATCTGAGGTAACTAGGGTATGATTTCCTTCTCGATGATATTATTTCAGGATGGAGTCACTTGTGAGTTGATAGAAATGCAGCTGGCCATCAG
GATTGAACATGTAGAGCTCAGATTACATATCCATCCTAGAAAATGGATGTGCATATACTTATAGTTGAGGATTTTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCACTTTTCAGGGTTTGTTATCAAGCAAAGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAGCTCATGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCAGGCTTTGTAGTG
ATCATGGCCAGAAAATCTTTGTTCTCTATTTTGTTTGAGAAAGGATGATGCAGAGAAGAAAGAACAATTTTGACACATGATGAGATACTGGTAGAAGGCTCCAGCATGGCAATTTTTTCAGCTTTTATGGTGGTATTCACAATACAATTTTATGGGGCTATCATTCAGTCAAATAAAAATCTGTCTATCTGAAGTATCTG
CCTGGCTAATAAGCAATTATTGCCTGTGTTTGACAAGATCACTTTGCTGGTACACCATGATCATTTTCAAGTTATTTGGCTTGAGGCACATATTGCATTCTATCATTTTGTAATATACATTCTGCTCTCAGACAAGAACATGTATTACTGTCAACTATCCATTTACCGTG

>TRINITY_DN102039_c0_g3_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CAAAATAATCCGAACAGAACCTACAGCGCTCATCGTTGTCTGGAAGAATTCTTTCACACCGCGATCGATAGCCTCATTACTGCCCTTTTTTTGGTTGGCACCGGTGGATTTCTGCATAGTCTGGGCGCCATTCTTGTTCCTGCCGTTACCAGCTTTAAACCGGTCCCTGTGAATTTTTTGTTGTTGGAATCGGCAGTTTC
TGTGGTAGAAATTTCTACGCAGTAGGGGTTTTTGTGGACAAAATTGATGCACGGAAGCTGCTTTTGTGGTCAAAATTGATGCACTGAGCGGTTTTGCAGTCTGGAAATACAACGGCAGTGCTTTTATAAAGCTTTCATTAGGTGGTTTAAGGTTGTTGACTGGCGTGAAGTGAAGATTAGGGGAGCTGAGGTTTGGAAAG
ATTTCTGGAGGGTGTTGGGGTTTGGTGTGGGCTGGAGTTGCAATTTGTTGTTAGGGGGGTGAAGTACTTTCAAAATGGTCGATAAGAGATCTGGTGGAGATCACAAGGATGCCTCTGCAGAACAAGACAGCGATGAAGCTGATTCAGAGTTCGAGGAGGTTGATCCCAAGGGACGCTATGGTCGATATAAGGAGGTGCTT
GGAAAGGGGGCTTTCAAGACCGTGTATCCTTTCAGCAACCTTGAGTGGAAAATATATAACAATTAATTGTTTCAGTATGTATTGTAGGTTATAGATAAGTTTTCTTAACACGCTTTTCAGTTATAGAGCCTTTGATGAATTAGAGGGCATGGAAGTTGCCTGGAACCAGGTTAAAGTGCAAGATGTTTTACAGAGAGCCG
AGGATCTGGAACGCCTTTATTCTGAGGTTCATTTGCTGAAGACACTTAAGCACAAGAATATTATTAAATTTTATAACTCATGGGTGGATACCAAGACTGACAATATCAATTTCATCACAGAAATATTCACATCTGGGACATTGAGGCAGTATCGAAGAAAACATAAACATGTTGATATGAGAGCAGTGAAAAATTGGTCA
CGACAAATTTTGCGAGGCCTTCTATACTTGCATAGTCATGATCCACCCATCATTCACCGTGACCTGAAATGTGACAACATATTTGTAAATGGAAATCAAGGAGAAGTGAAAATTGGAGACCTGGGACTGGCAGCAATTCTTCGTCAGGCCCATGCAGCTCATAGTGTGATTGgtaagctttgaactgtgatgtatttcca
gggaatgttataatcaacctaccattctctttgcagatatcaacaattatggcatgccttatccatggctttaaacttgcagGCACACCAGAATTCATGGCTCCAGAACTCTATGAAGAAGAGTACAATGAGTTGGTTGATATTTATGCTTTTGGTATGTGCCTTTTGGAGATGGTTACTTTTGAATATCCATACAGCGA
GTGTGCAAATGCAGCCCAGATTTACAAGAAAGTTACCTCGGGTAAAAAACCTGCTGCCTTGGATAAAGTAAAGGATCCTGAAGTCCGAGAGTTTGTAGAAAAATGCTTAGCTACTGCATCCAGAAGGTTGCCTGCTAGAGAATTGTTGATGGACCCATTTCTGCAGTGTGATGGTGGCGAGAGTATAGATCATGTGCCCC
GTCCTACTTCGCTGTCTATGTTTGGGGATGGTCCTAAAGACTTGTCTACTATTGTAGAAGAACCCAGTCAAAGTAGCAAACCCTTAGAAGCAAACTGCGTACCAAAGCTTGCAGATATGGGGAAGTTAAAAAGAGCAAAAAATCTGACATTGCAGGTCCACTCAAATGCCTTGGCGGTGTCTTGTTTGCATTCTGAATCA
GCTGGAGGAGACAATTATCAACATCCAGAGAGTTACTCGGAAGGTGAAGGCAGCCCTTCTCCTGCAAGGGTGAATAGAGGTTTCACAGTGAAGGGTCAAAGAAAAGATGATAACACAGTATTCTTAAGACTTCGGATTGCAGATTCAGAAGGTCATGTTCGCAATATTCACTTTCCCTTTGACATAGATGCTGACACTGC
AATGAGTGTTGCAAGTGAAATGGTGACAGAGTTGGATCTATCAGATCAAGATGTGACAAATATTGCAGCCATGATTGATGCAGAAATACAAGCTCTTGTGCCAGAATGGCGACCTGTAGTAGCTTTTGTGGATACTGCTGAGGAAGAGATGTATAGTGATTATCCTGGTTCTGTAATTGACGATGATGTTTCGGAGATGC
TCAGTGATAATGATAGTCCTCCTGGTGCATTTGTACTTGAACGCCTTCCTTCAGGTCGCAAGTATTGGTCCGATTCCCCAAGGTCTTTAACTCCAGATTCTTATATGAAGACTGCATTAATGAATGCTTCTTCTAAAGCAGAAGGGTTAATGCCTGGCAGGTTTGATGAAGTGAACCATGTCCAGTCTTCCTCAAGCAAT
GTTGTGCATCAACATAATGAATTCAATGATCACAAGAACAAAGGAGCTGATTTAGATTCAAGTTCAAAGTTTCCCAGATCTTTAGGGCGAGGCAACTTGCAAGAAAATGCTGTGCTGATTGATAAAGAGAAAAACCACTCTCTCTCTGAGGTCATAAAGAATACTGTGGTGGCTGAAGTGAAGATGTCAACTGAAGATAT
GAATACTGACTGCAAAACTCAAAAGGGGTTTGAAAGAATGAGTCAAGAGAATCTACAAATGGAGGATTGTAAAATTGATACTGCTTTGGATCAGAATGTGGTTGCAGGCAAGCATGATGGTAAAACTCTTTCTACAGAGGCTGGTGTGACTTTGCCAGATTCTACTGATTCATTGGCCGATGAGGTTGAAGATGAGAATA
GCATAGCCCAGAAAATCAAACTTTTAATACTTAAGCAACAAGAAGAAATAGAGGAATTGAGACAAAAGCATGAACGGATACTGCAGGATTTTATAAATCAACTGCCACAGAAGGGTTTTACTGTGAAATTTTTAAGGAATGGTTTGCTTTCGTCTTCTAATGATACCTGCTACAAGGTCTCTGCCGATCCCAGTGTAAGT
AAAATTAAACCATTTCATGGTGCAGACTTGGTGAGCAGCAAAGAGGAGAGTGATGAAACTTCAAACCAAAAAGCATCAGTTGAAGAATTTGGCAATCTTACTTCGGTTGTCAGGAAGGAAACAGTGCAGGGAGCTCCATACAAAGATATTGGTATTGAGACTGCAAGTAAAGAGTCAACCTCTGGCTTAGCTGCCAAAGA
TGAGCAGACTGTTAAGCATAATGCACACCCTCTTGATAAAAAAGTTGTCACAAAGGAGACAGAGAATCCCTGTTCCTTGAAATGTACTGAGCCTTTGGAGATTTCATGTTTTGCAGTCTCTGCATCAAAGATGGAAACAGGTTGTAATCAAGCTGATACATCTACAGTGGACAAATGCTTAAGGCAGGATGTAACAGGTG
CACAATTCAAAATGTCGAATAATGTTAAAAAATTCCCCATTTCAAAATGTAGTAGTGTTTCTAATAGCATTGACAAGCTTGGCAAACGTGGTTCTTTCATTGAACTTTACAAGGATACATCATCCCTCAGGGATAAATCAACCTCCTCTAGGGGGGAAGTGAAATCTTTGGACATGGACACTAAATGGGATCTATCAAGG
AGTTCAGACAAATCGAAAAACGATGATAAAGAGCTTTATCAGCTGAAGAAGGAACAGCTTCAGAAGTCCATTGCAGACCTTGAGGCCAGAACTCTAGAAGGCTTGAAGCAATCTAAAAGTGGTTATTTGATTAATAATTCAGGAAAGAAGCTCAGTGCTGGTGTCTCCCAAGCTGGTGCTGTTGGATCCAATGTTTCTGC
CACAAGGCAGCAGGCTTCATCTGAGGTAACTAGGGTATGATTTCCTTCTCGATGATATTATTTCAGGATGGAGTCACTTGTGAGTTGATAGAAATGCAGCTGGCCATCAGGATTGAACATGTAGAGCTCAGATTACATATCCATCCTAGAAAATGGATGTGCATATACTTATAGTTGAGGATTTTTTGTTATCAAGCAAA
GGTTTTCACTTTTCAGGGTTTGTTATCAAGCAAAGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAGCTCATGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCAGGCTTTGTAGTGATCATGGCCAGAAAATCTTTGTTCTCTATTTTGTTTGAGAAAGGATGATGCAGAGAAGAAAGAACAATTTTGACACATGATGAGATACTG
GTAGAAGGCTCCAGCATGGCAATTTTTTCAGCTTTTATGGTGGTATTCACAATACAATTTTATGGGGCTATCATTCAGTCAAATAAAAATCTGTCTATCTGAAGTATCTGCCTGGCTAATAAGCAATTATTGCCTGTGTTTGACAAGATCACTTTGCTGGTACACCATGATCATTTTCAAGTTATTTGGCTTGAGGCACA
TATTGCATTCTATCATTTTGTAATATACATTCTGCTCTCAGACAAGAACATGTATTACTGTCAACTATCCATTTACCGTG

Intron 2 GTAAGATGTT ... TTATATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.36	23	7	2
A2	28.57	20	12	4
A3	26.67	11	1	7
A4	26.92	19	3	11
A5	55.56	2	2	3
A6	42.86	2	2	1
A7	33.33	10	5	5
A8	-1	0	0	0
A9	11.11	4	0	1
A10	20	6	3	0

>TRINITY_DN44805_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CCAAAATAATCCGAACAGAACCTACAGCGCTCATCGTTGTCTGGAAGAATTCTTTCACACCGCGATCGATAGCCTCATTACTGCCCTTTTTTTGGTTGGCACCGGTGGATTTCTGCATAGTCTGGGCGCCATTCTTGTTCCTGCCGTTACCAGCTTTAAACCGGTCCCTGTGAATTTTTTGTTGTTGGAATCGGCAGTTT
CTGTGGTAGAAATTTCTACGCAGTAGGGGTTTTTGTGGACAAAATTGATGCACGGAAGCTGCTTTTGTGGTCAAAATTGATGCACTGAGCGGTTTTGCAGTCTGGAAATACAACGGCAGTGCTTTTATAAAGCTTTCATTAGGTGGTTTAAGGTTGTTGACTGGCGTGAAGTGAAGATTAGGGGAGCTGAGGTTTGGAAA
GATTTCTGGAGGGTGTTGGGGTTTGGTGTGGGCTGGAGTTGCAATTTGTTGTTAGGGGGGTGAAGTACTTTCAAAATGGTCGATAAGAGATCTGGTGGAGATCACAAGGATGCCTCTGCAGAACAAGACAGCGATGAAGCTGATTCAGAGTTCGAGGAGGTTGATCCCAAGGGACGCTATGGTCGATATAAGGAGGTGCT
TGGAAAGGGGGCTTTCAAGACCGTTTATAGAGCCTTTGATGAATTAGAGGGCATGGAAGTTGCCTGGAACCAGGTTAAAGTGCAAGATGTTTTACAGAGAGCCGAGGATCTGGAACGCCTTTATTCTGAGGTTCATTTGCTGAAGACACTGAAGCACAAGAATATTATTAAATTTTATAACTCATGGGTGGATACCAAGA
CTGACAATATCAATTTCATCACAGAAATATTCACATCTGGGACATTGAGGCAGTATCGAAGAAAACATAAACACGTTGATATGAGAGCAGTGAAAAATTGGTCACGACAAATTTTGCGAGGCCTTCTATACTTGCATAGTCATGATCCACCCATCATTCACCGTGACCTGAAATGTGACAACATATTTGTAAATGGAAAT
CAAGGAGAAGTGAAAATTGGAGACCTGGGACTGGCAGCAATTCTTCGTCAGGCCCATGCAGCTCATAGTGTGATTGGCACACCAGAATTCATGGCTCCAGAACTCTATGAAGAAGAGTACAATGAGTTGGTTGATATTTATGCTTTTGGTATGTGCCTTTTGGAGATGGTTACTTTTGAATATCCATACAGCGAGTGTGC
AAATGCAGCCCAGATTTACAAGAAAGTTACCTCGGGTAAAAAACCTGCTGCCTTGGATAAAGTAAAGGATCCTGAAGTCCGAGAGTTTGTAGAAAAATGCTTAGCTACTGCATCCAGAAGGTTGCCTGCTAGAGAATTGTTGATGGACCCATTTCTGCAGTGTGATGGTGGCGAGAGTATAGATCATGTGCCCCGTCCTA
CTTCGCTGTCTATGTTTGGGGATGGTCCTAAAGACTTGTCTACAATTGTAGAAGAACCCAGTCAAAGTAGCAAACCCTTAGAAGCAAACTGCGTACCAAAGCTTGCAGATATGGGGAAGTTAAAAAGAGCAAAAAATCTGACATTGCAGGTCCACTCAAATGCCTTGGCGGTGTCTTGTTTGCATTCTGAATCAGCTGGA
GGAGACAATTATCAACATCCAGAGAGTTACTCGGAAGGTGAAGGCAGCCCTTCTCCTGCAAGGGTGAATAGAGGTTTCACAGTGAAGGGTCAAAGAAAAGATGATAACACAGTATTCTTAAGACTTCGGATTGCAGATTCAGAAGGTCATGTTCGCAATATTCACTTTCCCTTTGACATAGATGCTGACACTGCAATGAG
TGTTGCAAGTGAAATGGTGACAGAGTTGGATCTATCAGATCAAGATGTGACAAATATTGCAGCCATGATTGATGCAGAAATACAAGCTCTTGTGCCAGAATGGCGACCTGTAGTAGCTTTTGTGGATACTGCTGAGGAAGAGATGTATAGTGATTATCCTGGTTCTGTAATTGACGATGATGTTTCGGAGATGCTCAGTG
ATAATGATAGTCCTCCTGGTGCATTTGTACTTGAACGCCTTCCTTCAGGTCGCAAGTATTGGTCCGATTCCCCAAGGTCTTTAACTCCAGATTCTTATATGAAGACTGCATTAATGAATGCTTCTTCTAAAGCAGAAGGGTTAATGCCTGGCAGGTTTGATGAAGTGAACCATGTCCAGTCTTCCTCAAGCAATGTTGCG
CATCAACATAATGAATTCAATGATCACAAGAACAAAGGAGCTGATTTAGATTCAAGTTCAAAGTTTCCCAGATCTTTAGGGCGAGGCAACTTGCAAGAAAATGCTGTGCTGATTGATAAAGAGAAAAACCACTCTCTCTCTGAGGTCATAAAGAATACTGTGGTGGCTGAAGTGAAGATGTCAACTGAAGATATGAATAC
TGACTGCAAAACTCAAAAGGGGTTTGAAAGAATGAGTCAAGAGAATCTACAAATGGAGGATTGTAAAATTGATACTGCTTTGGATCAGAATGTGGTTGCAGGCAAGCATGATGGTAAAACTCTTTCTACAGAGGCTGGTGTGACTTTGCCAGATTCTACTGATTCATTGGCCGATGAGGTTGAAGATGAGAATAGCATAG
CCCAGAAAATCAAACTTTTAATACTTAAGCAACAAGAAGAAATAGAGGAATTGAGACAAAAGCATGAACGGATACTGCAGGATTTTATAAATCAACTGCCACAGAAGGGTTTTACTGTGAAATTTTTAAGGAATGGTTTGCTTTCGTCTTCTAATGATACCTGCTACAAGGTCTCTGCCGATCCCAGTGTAAGTAAAATT
AAACCATTTCATGGTGCAGACTTGGTGAGCAGCAAAGAGGAGAGTGATGAAACTTCAAACCAAAAAGCATCAGTTGAAGAATTTGGCAATCTTACTTCGGTTGTCAGGAAGGAAACAGTGCAGGGAGCTCCATACAAAGATATTGGTATTGAGACTGCAAGTAAAGAGTCAACCTCTGGCTTAGCTGCCAAAGATGAGCA
GACTGTTAAGCATAATGCACACCCTCTTGATAAAAAAGTTGTCACAAAGGAGACAGAGAATCCCTGTTCCTTGAAATGTACTGAGCCTTTGGAGATTTCATGTTTTGCAGTCTCTGCATCAAAGATGGAAACAGGTTGTAATCAAGCTGATACATCTACAGTGGACAAATGCTTAAGGCAGGATGTAACAGGTGCACAAT
TCAAAATGTCGAATAATGTTAAAAAATTCCCCATTTCAAAATGTAGTAGTGTTTCTAATAGCATTGACAAGCTTGGCAAACGTGGTTCTTTCATTGAACTTTACAAGGATACATCATCCCTCAGGGATAAATCAACCTCCTCTAGGGGGGAAGTGAAATCTTTGGACATGGACACTAAATGGGATCTATCAAGGAGTTCA
GACAAATCGAAAAACGATGATAAAGAGCTTTATCAGCTGAAGAAGGAACAGCTTCAGAAGTCCATTGCAGACCTTGAGGCCAGAACTCTAGAAGGCTTGAAGCAATCTAAAAGTGGTTATTTGATTAATAATTCAGGAAAGAAGCTCAGTGCTGGTGTCTCCCAAGCTGGTGCTGTTGGATCCAATGTTTCTGCCACAAG
GCAGCAGGCTTCATCTGAGGTAACTAGGGTATGATTTCCTTCTCGATGATATTATTTCAGGATGGAGTCACTTGTGAGTTGATAGAAATGCAGCTGGCCATCAGGATTGAACATGTAGAGCTCAGATTACATATCCATCCTAGAAAATGGATGTGCATATACTTATAGTTGAGGATTTTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTT
CACTTTTCAGGGTTTGTTATCAAGCAAAGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCAGGCTTTGTAGTGATCATGGCCAGAAAATCTTTGTTCTCTATTTTGTTTGAGAAAGGATGATGCAGAGAAGAAAGAACAATTTTGACACATGATGAGATACTGGTAGAAGGCTCCAGCATGGCAATTTTTTCAGCTT
TTATGGTGGTATTCACAATACAATTTTATGGGGCTATCATTCAGTCAAATAAAAATCTGTCTATCTGAAGTATCTGCCTGGCTAATAAGCAATTATTGCCTGTGTTTGACAAGATCACTTTGCTGGTACACCATGATCATTTTCAAGTTATTTGGCTTGAGGCACATATTGCATTCTATCATTTTGTAATATACATTCTG
CTCTCAGACAAGAACATGTATTACTGTCAACTATCCATTTACCGTGTTTTCCTTTGGGTTGCATGGAATATCTTGAGTCATGAAATGATTTAAGGTGAGTACCATTGTCACGTGTTATCACTCTACGTAACAGTTTCTTAGAAGTTAAACATTAATTTTATTATTAATGAAAATCTAGATATGGT

>TRINITY_DN44805_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCAAAATAATCCGAACAGAACCTACAGCGCTCATCGTTGTCTGGAAGAATTCTTTCACACCGCGATCGATAGCCTCATTACTGCCCTTTTTTTGGTTGGCACCGGTGGATTTCTGCATAGTCTGGGCGCCATTCTTGTTCCTGCCGTTACCAGCTTTAAACCGGTCCCTGTGAATTTTTTGTTGTTGGAATCGGCAGTTT
CTGTGGTAGAAATTTCTACGCAGTAGGGGTTTTTGTGGACAAAATTGATGCACGGAAGCTGCTTTTGTGGTCAAAATTGATGCACTGAGCGGTTTTGCAGTCTGGAAATACAACGGCAGTGCTTTTATAAAGCTTTCATTAGGTGGTTTAAGGTTGTTGACTGGCGTGAAGTGAAGATTAGGGGAGCTGAGGTTTGGAAA
GATTTCTGGAGGGTGTTGGGGTTTGGTGTGGGCTGGAGTTGCAATTTGTTGTTAGGGGGGTGAAGTACTTTCAAAATGGTCGATAAGAGATCTGGTGGAGATCACAAGGATGCCTCTGCAGAACAAGACAGCGATGAAGCTGATTCAGAGTTCGAGGAGGTTGATCCCAAGGGACGCTATGGTCGATATAAGGAGGTGCT
TGGAAAGGGGGCTTTCAAGACCGTTTATAGAGCCTTTGATGAATTAGAGGGCATGGAAGTTGCCTGGAACCAGGTTAAAGTGCAAGATGTTTTACAGAGAGCCGAGGATCTGGAACGCCTTTATTCTGAGGTTCATTTGCTGAAGACACTGAAGCACAAGAATATTATTAAATTTTATAACTCATGGGTGGATACCAAGA
CTGACAATATCAATTTCATCACAGAAATATTCACATCTGGGACATTGAGGCAGTATCGAAGAAAACATAAACACGTTGATATGAGAGCAGTGAAAAATTGGTCACGACAAATTTTGCGAGGCCTTCTATACTTGCATAGTCATGATCCACCCATCATTCACCGTGACCTGAAATGTGACAACATATTTGTAAATGGAAAT
CAAGGAGAAGTGAAAATTGGAGACCTGGGACTGGCAGCAATTCTTCGTCAGGCCCATGCAGCTCATAGTGTGATTGGCACACCAGAATTCATGGCTCCAGAACTCTATGAAGAAGAGTACAATGAGTTGGTTGATATTTATGCTTTTGGTATGTGCCTTTTGGAGATGGTTACTTTTGAATATCCATACAGCGAGTGTGC
AAATGCAGCCCAGATTTACAAGAAAGTTACCTCGgtaagatgtttagtacatttgcttggaaacttttttatagggagaatattgtatctggaggtgggctactttttttttttatcaaacagaagactgcttctttagagtgtcagattgtccctgggtcgtagcgagggtaccacacccaagggccatgctttacctt
cttcttcttctctgttcgtattgatctgcggagtcacagatattttcatactggttgctgcattagtagctcatatcattatttttgattccttatatacagGGTAAAAAACCTGCTGCCTTGGATAAAGTAAAGGATCCTGAAGTCCGAGAGTTTGTAGAAAAATGCTTAGCTACTGCATCCAGAAGGTTGCCTGCTAG
AGAATTGTTGATGGACCCATTTCTGCAGTGTGATGGTGGCGAGAGTATAGATCATGTGCCCCGTCCTACTTCGCTGTCTATGTTTGGGGATGGTCCTAAAGACTTGTCTACAATTGTAGAAGAACCCAGTCAAAGTAGCAAACCCTTAGAAGCAAACTGCGTACCAAAGCTTGCAGATATGGGGAAGTTAAAAAGAGCAA
AAAATCTGACATTGCAGGTCCACTCAAATGCCTTGGCGGTGTCTTGTTTGCATTCTGAATCAGCTGGAGGAGACAATTATCAACATCCAGAGAGTTACTCGGAAGGTGAAGGCAGCCCTTCTCCTGCAAGGGTGAATAGAGGTTTCACAGTGAAGGGTCAAAGAAAAGATGATAACACAGTATTCTTAAGACTTCGGATT
GCAGATTCAGAAGGTCATGTTCGCAATATTCACTTTCCCTTTGACATAGATGCTGACACTGCAATGAGTGTTGCAAGTGAAATGGTGACAGAGTTGGATCTATCAGATCAAGATGTGACAAATATTGCAGCCATGATTGATGCAGAAATACAAGCTCTTGTGCCAGAATGGCGACCTGTAGTAGCTTTTGTGGATACTGC
TGAGGAAGAGATGTATAGTGATTATCCTGGTTCTGTAATTGACGATGATGTTTCGGAGATGCTCAGTGATAATGATAGTCCTCCTGGTGCATTTGTACTTGAACGCCTTCCTTCAGGTCGCAAGTATTGGTCCGATTCCCCAAGGTCTTTAACTCCAGATTCTTATATGAAGACTGCATTAATGAATGCTTCTTCTAAAG
CAGAAGGGTTAATGCCTGGCAGGTTTGATGAAGTGAACCATGTCCAGTCTTCCTCAAGCAATGTTGCGCATCAACATAATGAATTCAATGATCACAAGAACAAAGGAGCTGATTTAGATTCAAGTTCAAAGTTTCCCAGATCTTTAGGGCGAGGCAACTTGCAAGAAAATGCTGTGCTGATTGATAAAGAGAAAAACCAC
TCTCTCTCTGAGGTCATAAAGAATACTGTGGTGGCTGAAGTGAAGATGTCAACTGAAGATATGAATACTGACTGCAAAACTCAAAAGGGGTTTGAAAGAATGAGTCAAGAGAATCTACAAATGGAGGATTGTAAAATTGATACTGCTTTGGATCAGAATGTGGTTGCAGGCAAGCATGATGGTAAAACTCTTTCTACAGA
GGCTGGTGTGACTTTGCCAGATTCTACTGATTCATTGGCCGATGAGGTTGAAGATGAGAATAGCATAGCCCAGAAAATCAAACTTTTAATACTTAAGCAACAAGAAGAAATAGAGGAATTGAGACAAAAGCATGAACGGATACTGCAGGATTTTATAAATCAACTGCCACAGAAGGGTTTTACTGTGAAATTTTTAAGGA
ATGGTTTGCTTTCGTCTTCTAATGATACCTGCTACAAGGTCTCTGCCGATCCCAGTGTAAGTAAAATTAAACCATTTCATGGTGCAGACTTGGTGAGCAGCAAAGAGGAGAGTGATGAAACTTCAAACCAAAAAGCATCAGTTGAAGAATTTGGCAATCTTACTTCGGTTGTCAGGAAGGAAACAGTGCAGGGAGCTCCA
TACAAAGATATTGGTATTGAGACTGCAAGTAAAGAGTCAACCTCTGGCTTAGCTGCCAAAGATGAGCAGACTGTTAAGCATAATGCACACCCTCTTGATAAAAAAGTTGTCACAAAGGAGACAGAGAATCCCTGTTCCTTGAAATGTACTGAGCCTTTGGAGATTTCATGTTTTGCAGTCTCTGCATCAAAGATGGAAAC
AGGTTGTAATCAAGCTGATACATCTACAGTGGACAAATGCTTAAGGCAGGATGTAACAGGTGCACAATTCAAAATGTCGAATAATGTTAAAAAATTCCCCATTTCAAAATGTAGTAGTGTTTCTAATAGCATTGACAAGCTTGGCAAACGTGGTTCTTTCATTGAACTTTACAAGGATACATCATCCCTCAGGGATAAAT
CAACCTCCTCTAGGGGGGAAGTGAAATCTTTGGACATGGACACTAAATGGGATCTATCAAGGAGTTCAGACAAATCGAAAAACGATGATAAAGAGCTTTATCAGCTGAAGAAGGAACAGCTTCAGAAGTCCATTGCAGACCTTGAGGCCAGAACTCTAGAAGGCTTGAAGCAATCTAAAAGTGGTTATTTGATTAATAAT
TCAGGAAAGAAGCTCAGTGCTGGTGTCTCCCAAGCTGGTGCTGTTGGATCCAATGTTTCTGCCACAAGGCAGCAGGCTTCATCTGAGGTAACTAGGGTATGATTTCCTTCTCGATGATATTATTTCAGGATGGAGTCACTTGTGAGTTGATAGAAATGCAGCTGGCCATCAGGATTGAACATGTAGAGCTCAGATTACAT
ATCCATCCTAGAAAATGGATGTGCATATACTTATAGTTGAGGATTTTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCACTTTTCAGGGTTTGTTATCAAGCAAAGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCAGGCTTTGTAGTGATCATGGCCAGAAAATCTTTGTTCTCTATTTTGTTTGAGAAAGGATGATGCAGAGA
AGAAAGAACAATTTTGACACATGATGAGATACTGGTAGAAGGCTCCAGCATGGCAATTTTTTCAGCTTTTATGGTGGTATTCACAATACAATTTTATGGGGCTATCATTCAGTCAAATAAAAATCTGTCTATCTGAAGTATCTGCCTGGCTAATAAGCAATTATTGCCTGTGTTTGACAAGATCACTTTGCTGGTACACC
ATGATCATTTTCAAGTTATTTGGCTTGAGGCACATATTGCATTCTATCATTTTGTAATATACATTCTGCTCTCAGACAAGAACATGTATTACTGTCAACTATCCATTTACCGTGTTTTCCTTTGGGTTGCATGGAATATCTTGAGTCATGAAATGATTTAAGGTGAGTACCATTGTCACGTGTTATCACTCTACGTAACA
GTTTCTTAGAAGTTAAACATTAATTTTATTATTAATGAAAATCTAGATATGGT

Intron 3 GTAAGTTGTC ... TATGTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A2	26.32	56	32	8
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A4	22.28	75	30	13
A5	29.55	31	14	12
A6	21.74	9	3	2
A7	20.48	33	11	6
A8	22.58	12	7	0
A9	27.87	22	13	4
A10	21.05	30	12	4

>TRINITY_DN119724_c0_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

GATAATTGTATGATTTACCATTTAATTAAGTAGGAATCTGGATAAAAAATATTGCAAAGCCAAAATAATCCGAACAGAACCTACAGCGCTCATCGTTGTCTGGAAGAATTCTTTCACACCGCGATCGATAGCCTCATTACTGCCCTTTTTTTGGTTGGCACCGGTGGATTTCTGCATAGTCTGGGCGCCATTCTTGTTCC
TGCCGTTACCAGCTTTAAACCGGTCCCTGTGAATTTTTTGTTGTTGGAATCGGCAGTTTCTGTGGTAGAAATTTCTACGCAGTAGGGGTTTTTGTGGACAAAATTGATGCACGGAAGCTGCTTTTGTGGTCAAAATTGATGCACTGAGCGGTTTTGCAGTCTGGAAATACAACGGCAGTGCTTTTATAAAGCTTTCATTA
GGTGGTTTAAGGTTGTTGACTGGCGTGAAGTGAAGATTAGGGGAGCTGAGGTTTGGAAAGATTTCTGGAGGGTGTTGGGGTTTGGTGTGGGCTGGAGTTGCAATTTGTTGTTAGGGGGGTGAAGTACTTTCAAAATGGTCGATAAGAGATCTGGTGGAGATCACAAGGATGCCTCTGCAGAACAAGACAGCGATGAAGCT
GATTCAGAGTTCGAGGAGGTTGATCCCAAGGGACGCTATGGTCGATATAAGGAGGTGCTTGGAAAGGGGGCTTTCAAGACCGTTTATAGAGCCTTTGATGAATTAGAGGGCATGGAAGTTGCCTGGAACCAGGTTAAAGTGCAAGATGTTTTACAGAGAGCCGAGGATCTGGAACGCCTTTATTCTGAGGTTCATTTGCT
GAAGACACTTAAGCACAAGAATATTATTAAATTTTATAACTCATGGGTGGATACCAAGACTGACAATATCAATTTCATCACAGAAATATTCACATCTGGGACATTGAGGCAGTATCGAAGAAAACATAAACATGTTGATATGAGAGCAGTGAAAAATTGGTCACGACAAATTTTGCGAGGCCTTCTATACTTGCATAGTC
ATGATCCACCCATCATTCACCGTGACCTGAAATGTGACAACATATTTGTAAATGGAAATCAAGGAGAAGTGAAAATTGGAGACCTGGGACTGGCAGCAATTCTTCGTCAGGCCCATGCAGCTCATAGTGTGATTGGCACACCAGAATTCATGGCTCCAGAACTCTATGAAGAAGAGTACAATGAGTTGGTTGATATTTAT
GCTTTTGGTATGTGCCTTTTGGAGATGGTTACTTTTGAATATCCATACAGCGAGTGTGCAAATGCAGCCCAGATTTACAAGAAAGTTACCTCGGTAAGATGTTTAGTACATTTGCTTGGAAACTTTTTTATAGGGAGAATATTGTATCTGGAGGTGGGCTACTTTTTTTTTTTATCAAACAGAAGACTGCTTCTTTAGAG
TGTCAGATTGTCCCTGGGTCGTAGCGAGGGTACCACACCCAAGGGC

>TRINITY_DN119724_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATAATCTAGAGTATAGATTGGGCAGGAACAGAAGGCAGCGACTATATTTTCAATACGAGAGTGCATTCACATTAGAAATGTGAATATACTCTGATGATTTGTCTAGATTCTAGACTAATTGATAGACTATGTGCCTAACCTTACCCTCTATTGCTGTTTTTATCAAATTTTGTTCTGACTGTCTGATCCTTTCCGTTGT
GCAGTATAAGGAGGTGCTTGGAAAGGGGGCTTTCAAGACCGTGTATCCTTTCAGCAACCTTGAGTGGAAAATATATAACAATTAATTGTTTCAGTATGTATTGTAGGTTATAGATAAGTTTTCTTAACACGCTTTTCAGTTATAGAGCCTTTGATGAATTAGAGGGCATGGAAGTTGCCTGGAACCAGGTTAAAGTGCAA
GATGTTTTACAGAGAGCCGAGGATCTGGAACGCCTTTATTCTGAGGTTCATTTGCTGAAGACACTTAAGCACAAGAATATTATTAAATTTTATAACTCATGGGTGGATACCAAGACTGACAATATCAATTTCATCACAGAAATATTCACATCTGGGACATTGAGGCAgtaagttgtcatcttgagatatgatccttttgt
tgcatggttggcatggaagattctactttgcagtgtaattcaggtcattttgttcttctgtatgttgtagGTATCGAAGAAAACATAAACATGTTGATATGAGAGCAGTGAAAAATTGGTCACGACAAATTTTGCGAGGCCTTCTATACTTGCATAGTCATGATCCACCCATCATTCACCGTGACCTGAAATGTGACAAC
ATATTTGTAAATGGAAATCAAGGAGAAGTGAAAATTGGAGACCTGGGACTGGCAGCAATTCTTCGTCAGGCCCATGCAGCTCATAGTGTGATTGGCACACCAGAATTCATGGCTCCAGAACTCTATGAAGAAGAGTACAATGAGTTGGTTGATATTTATGCTTTTGGTATGTGCCTTTTGGAGATGGTTACTTTTGAATA
TCCATACAGCGAGTGTGCAAATGCAGCCCAGATTTACAAGAAAGTTACCTCGGGTAAAAAACCTGCTGCCTTGGATAAAGTAAAGGATCCTGAAGTCCGAGAGTTTGTAGAAAAATGCTTAGCTACTGCATCCAGAAGGTTGCCTGCTAGAGAATTGTTGATGGACCCATTTCTGCAGTGTGATGGTGGCGAGAGTATAG
ATCATGTGCCCCGTCCTACTTCGCTGTCTATGTTTGGGGATGGTCCTAAAGACTTGTCTACAATTGTAGAAGAACCCAGTCAAAGTAGCAAACCCTTAGAAGCAAACTGCGTACCAAAGCTTGCAGATATGGGGAAGTTAAAAAGAGCAAAAAATCTGACATTGCAGGTCCACTCAAATGCCTTGGCGGTGTCTTGTTTG
CATTCTGAATCAGCTGGAGGAGACAATTATCAACATCCAGAGAGTTACTCGGAAGGTGAAGGCAGCCCTTCTCCTGCAAGGGTGAATAGAGGTTTCACAGTGAAGGGTCAAAGAAAAGATGATAACACAGTATTCTTAAGACTTCGGATTGCAGATTCAGAAGGTCATGTTCGCAATATTCACTTTCCCTTTGACATAGA
TGCTGACACTGCAATGAGTGTTGCAAGTGAAATGGTGACAGAGTTGGATCTATCAGATCAAGATGTGACAAATATTGCAGCCATGATTGATGCAGAAATACAAGCTCTTGTGCCAGAATGGCGACCTGTAGTAGCTTTTGTGGATACTGCTGAGGAAGAGATGTATAGTGATTATCCTGGTTCTGTAATTGACGATGATG
TTTCGGAGATGCTCAGTGATAATGATAGTCCTCCTGGTGCATTTGTACTTGAACGCCTTCCTTCAGGTCGCAAGTATTGGTCCGATTCCCCAAGGTCTTTAACTCCAGATTCTTATATGAAGACTGCATTAATGAATGCTTCTTCTAAAGCAGAAGGGTTAATGCCTGGCAGGTTTGATGAAGTGAACCATGTCCAGTCT
TCCTCAAGCAATGTTGCGCATCAACATAATGAATTCAATGATCACAAGAACAAAGGAGCTGATTTAGATTCAAGTTCAAAGTTTCCCAGATCTTTAGGGCGAGGCAACTTGCAAGAAAATGCTGTGCTGATTGATAAAGAGAAAAACCACTCTCTCTCTGAGGTCATAAAGAATACTGTGGTGGCTGAAGTGAAGATGTC
AACTGAAGATATGAATACTGACTGCAAAACTCAAAAGGGGTTTGAAAGAATGAGTCAAGAGAATCTACAAATGGAGGATTGTAAAATTGATACTGCTTTGGATCAGAATGTGGTTGCAGGCAAGCATGATGGTAAAACTCTTTCTACAGAGGCTGGTGTGACTTTGCCAGATTCTACTGATTCATTGGCCGATGAGGTTG
AAGATGAGAATAGCATAGCCCAGAAAATCAAACTTTTAATACTTAAGCAACAAGAAGAAATAGAGGAATTGAGACAAAAGCATGAACGGATACTGCAGGATTTTATAAATCAACTGCCACAGAAGGGTTTTACTGTGAAATTTTTAAGGAATGGTTTGCTTTCGTCTTCTAATGATACCTGCTACAAGGTCTCTGCCGAT
CCCAGTGTAAGTAAAATTAAACCATTTCATGGTGCAGACTTGGTGAGCAGCAAAGAGGAGAGTGATGAAACTTCAAACCAAAAAGCATCAGTTGAAGAATTTGGCAATCTTACTTCGGTTGTCAGGAAGGAAACAGTGCAGGGAGCTCCATACAAAGATATTGGTATTGAGACTGCAAGTAAAGAGTCAACCTCTGGCTT
AGCTGCCAAAGATGAGCAGACTGTTAAGCATAATGCACACCCTCTTGATAAAAAAGTTGTCACAAAGGAGACAGAGAATCCCTGTTCCTTGAAATGTACTGAGCCTTTGGAGATTTCATGTTTTGCAGTCTCTGCATCAAAGATGGAAACAGGTTGTAATCAAGCTGATACATCTACAGTGGACAAATGCTTAAGGCAGG
ATGTAACAGGTGCACAATTCAAAATGTCGAATAATGTTAAAAAATTCCCCATTTCAAAATGTAGTAGTGTTTCTAATAGCATTGACAAGCTTGGCAAACGTGGTTCTTTCATTGAACTTTACAAGGATACATCATCCCTCAGGGATAAATCAACCTCCTCTAGGGGGGAAGTGAAATCTTTGGACATGGACACTAAATGG
GATCTATCAAGGAGTTCAGACAAATCGAAAAACGATGATAAAGAGCTTTATCAGCTGAAGAAGGAACAGCTTCAGAAGTCCATTGCAGACCTTGAGGCCAGAACTCTAGAAGGCTTGAAGCAATCTAAAAGTGGTTATTTGATTAATAATTCAGGAAAGAAGCTCAGTGCTGGTGTCTCCCAAGCTGGTGCTGTTGGATC
CAATGTTTCTGCCACAAGGCAGCAGGCTTCATCTGAGGTAACTAGGGTATGATTTCCTTCTCGATGATATTATTTCAGGATGGAGTCACTTGTGAGTTGATAGAAATGCAGCTGGCCATCAGGATTGAACATGTAGAGCTCAGATTACATATCCATCCTAGAAAATGGATGTGCATATACTTATAGTTGAGGATTTTTTG
TTATCAAGCAAAGGTTTTCACTTTTCAGGGTTTGTTATCAAGCAAAGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAGCTCATGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCAGGCTTTGTAGTGATCATGGCCAGAAAATCTTTGTTCTCTATTTTGTTTGAGAAAGGATGATGCAGAGAAGAAAGAACAATTTTGACACAT
GATGAGATACTGGTAGAAGGCTCCAGCATGGCAATTTTTTCAGCTTTTATGGTGGTATTCACAATACAATTTTATGGGGCTATCATTCAGTCAAAATAAAATCTGTCTATCTGAAGTATCTGCCTGGCTAATAAGCAATTATTGCCTGTGTTTGACAAGAA

Intron 4 GTCCCTGTGA ... GAATCGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.2	30	42	35
A2	62.07	22	35	37
A3	52.88	45	63	38
A4	51.06	23	26	22
A5	65.71	12	24	22
A6	53.85	3	4	3
A7	62.5	6	12	8
A8	37.5	10	7	5
A9	61.29	6	11	8
A10	60	14	21	21

>TRINITY_DN119724_c0_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform

GATAATTGTATGATTTACCATTTAATTAAGTAGGAATCTGGATAAAAAATATTGCAAAGCCAAAATAATCCGAACAGAACCTACAGCGCTCATCGTTGTCTGGAAGAATTCTTTCACACCGCGATCGATAGCCTCATTACTGCCCTTTTTTTGGTTGGCACCGGTGGATTTCTGCATAGTCTGGGCGCCATTCTTGTTCC
TGCCGTTACCAGCTTTAAACCGTTTCTGTGGTAGAAATTTCTACGCAGTAGGGGTTTTTGTGGACAAAATTGATGCACGGAAGCTGCTTTTGTGGTCAAAATTGATGCACTGAGCGGTTTTGCAGTCTGGAAATACAACGGCAGTGCTTTTATAAAGCTTTCATTAGGTGGTTTAAGGTTGTTGACTGGCGTGAAGTGAA
GATTAGGGGAGCTGAGGTTTGGAAAGATTTCTGGAGGGTGTTGGGGTTTGGTGTGGGCTGGAGTTGCAATTTGTTGTTAGGGGGGTGAAGTACTTTCAAAATGGTCGATAAGAGATCTGGTGGAGATCACAAGGATGCCTCTGCAGAACAAGACAGCGATGAAGCTGATTCAGAGTTCGAGGAGGTTGATCCCAAGGGAC
GCTATGGTCGATATAAGGAGGTGCTTGGAAAGGGGGCTTTCAAGACCGTTTATAGAGCCTTTGATGAATTAGAGGGCATGGAAGTTGCCTGGAACCAGGTTAAAGTGCAAGATGTTTTACAGAGAGCCGAGGATCTGGAACGCCTTTATTCTGAGGTTCATTTGCTGAAGACACTTAAGCACAAGAATATTATTAAATTT
TATAACTCATGGGTGGATACCAAGACTGACAATATCAATTTCATCACAGAAATATTCACATCTGGGACATTGAGGCAGTATCGAAGAAAACATAAACATGTTGATATGAGAGCAGTGAAAAATTGGTCACGACAAATTTTGCGAGGCCTTCTATACTTGCATAGTCATGATCCACCCATCATTCACCGTGACCTGAAATG
TGACAACATATTTGTAAATGGAAATCAAGGAGAAGTGAAAATTGGAGACCTGGGACTGGCAGCAATTCTTCGTCAGGCCCATGCAGCTCATAGTGTGATTGGCACACCAGAATTCATGGCTCCAGAACTCTATGAAGAAGAGTACAATGAGTTGGTTGATATTTATGCTTTTGGTATGTGCCTTTTGGAGATGGTTACTT
TTGAATATCCATACAGCGAGTGTGCAAATGCAGCCCAGATTTACAAGAAAGTTACCTCGGGTAAAAAACCTGCTGCCTTGGATAAAGTAAAGGATCCTGAAGTCCGAGAGTTTGTAGAAAAATGCTTAGCTACTGCATCCAGAAGGTTGCCTGCTAGAGAATTGTTGATGGACCCATTTCTGCAGTGTGATGGTGGCGAG
AGTATAGATCATGTGCCCCGTCCTACTTCGCTGTCTATGTTTGGGGATGGTCCTAAAGACTTGTCTACAATTGTAGAAGAACCCAGTCAAAGTAGCAAACCCTTAGAAGCAAACTGCGTACCAAAGCTTGCAGATATGGGGAAGTTAAAAAGAGCAAAAAATCTGACATTGCAGGTCCACTCAAATGCCTTGGCGGTGTC
TTGTTTGCATTCTGAATCAGCTGGAGGAGACAATTATCAACATCCAGAGAGTTACTCGGAAGGTGAAGGCAGCCCTTCTCCTGCAAGGGTGAATAGAGGTTTCACAGTGAAGGGTCAAAGAAAAGATGATAACACAGTATTCTTAAGACTTCGGATTGCAGATTCAGAAGGTCATGTTCGCAATATTCACTTTCCCTTTG
ACATAGATGCTGACACTGCAATGAGTGTTGCAAGTGAAATGGTGACAGAGTTGGATCTATCAGATCAAGATGTGACAAATATTGCAGCCATGATTGATGCAGAAATACAAGCTCTTGTGCCAGAATGGCGACCTGTAGTAGCTTTTGTGGATACTGCTGAGGAAGAGATGTATAGTGATTATCCTGGTTCTGTAATTGAC
GATGATGTTTCGGAGATGCTCAGTGATAATGATAGTCCTCCTGGTGCATTTGTACTTGAACGCCTTCCTTCAGGTCGCAAGTATTGGTCCGATTCCCCAAGGTCTTTAACTCCAGATTCTTATATGAAGACTGCATTAATGAATGCTTCTTCTAAAGCAGAAGGGTTAATGCCTGGCAGGTTTGATGAAGTGAACCATGT
CCAGTCTTCCTCAAGCAATGTTGCGCATCAACATAATGAATTCAATGATCACAAGAACAAAGGAGCTGATTTAGATTCAAGTTCAAAGTTTCCCAGATCTTTAGGGCGAGGCAACTTGCAAGAAAATGCTGTGCTGATTGATAAAGAGAAAAACCACTCTCTCTCTGAGGTCATAAAGAATACTGTGGTGGCTGAAGTGA
AGATGTCAACTGAAGATATGAATACTGACTGCAAAACTCAAAAGGGGTTTGAAAGAATGAGTCAAGAGAATCTACAAATGGAGGATTGTAAAATTGATACTGCTTTGGATCAGAATGTGGTTGCAGGCAAGCATGATGGTAAAACTCTTTCTACAGAGGCTGGTGTGACTTTGCCAGATTCTACTGATTCATTGGCCGAT
GAGGTTGAAGATGAGAATAGCATAGCCCAGAAAATCAAACTTTTAATACTTAAGCAACAAGAAGAAATAGAGGAATTGAGACAAAAGCATGAACGGATACTGCAGGATTTTATAAATCAACTGCCACAGAAGGGTTTTACTGTGAAATTTTTAAGGAATGGTTTGCTTTCGTCTTCTAATGATACCTGCTACAAGGTCTC
TGCCGATCCCAGTGTAAGTAAAATTAAACCATTTCATGGTGCAGACTTGGTGAGCAGCAAAGAGGAGAGTGATGAAACTTCAAACCAAAAAGCATCAGTTGAAGAATTTGGCAATCTTACTTCGGTTGTCAGGAAGGAAACAGTGCAGGGAGCTCCATACAAAGATATTGGTATTGAGACTGCAAGTAAAGAGTCAACCT
CTGGCTTAGCTGCCAAAGATGAGCAGACTGTTAAGCATAATGCACACCCTCTTGATAAAAAAGTTGTCACAAAGGAGACAGAGAATCCCTGTTCCTTGAAATGTACTGAGCCTTTGGAGATTTCATGTTTTGCAGTCTCTGCATCAAAGATGGAAACAGGTTGTAATCAAGCTGATACATCTACAGTGGACAAATGCTTA
AGGCAGGATGTAACAGGTGCACAATTCAAAATGTCGAATAATGTTAAAAAATTCCCCATTTCAAAATGTAGTAGTGTTTCTAATAGCATTGACAAGCTTGGCAAACGTGGTTCTTTCATTGAACTTTACAAGGATACATCATCCCTCAGGGATAAATCAACCTCCTCTAGGGGGGAAGTGAAATCTTTGGACATGGACAC
TAAATGGGATCTATCAAGGAGTTCAGACAAATCGAAAAACGATGATAAAGAGCTTTATCAGCTGAAGAAGGAACAGCTTCAGAAGTCCATTGCAGACCTTGAGGCCAGAACTCTAGAAGGCTTGAAGCAATCTAAAAGTGGTTATTTGATTAATAATTCAGGAAAGAAGCTCAGTGCTGGTGTCTCCCAAGCTGGTGCTG
TTGGATCCAATGTTTCTGCCACAAGGCAGCAGGCTTCATCTGAGGTAACTAGGGTATGATTTCCTTCTCGATGATATTATTTCAGGATGGAGTCACTTGTGAGTTGATAGAAATGCAGCTGGCCATCAGGATTGAACATGTAGAGCTCAGATTACATATCCATCCTAGAAAATGGATGTGCATATACTTATAGTTGAGGA
TTTTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCACTTTTCAGGGTTTGTTATCAAGCAAAGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAGCTCATGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCAGGCTTTGTAGTGATCATGGCCAGAAAATCTTTGTTCTCTATTTTGTTTGAGAAAGGATGATGCAGAGAAGAAAGAACAATTTT
GACACATGATGAGATACTGGTAGAAGGCTCCAGCATGGCAATTTTTTCAGCTTTTATGGTGGTATTCACAATACAATTTTATGGGGCTATCATTCAGTCAAAATAAAATCTGTCTATCTGAAGTATCTGCCTGGCTAATAAGCAATTATTGCCTGTGTTTGACAAGAA

>TRINITY_DN119724_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATAATTGTATGATTTACCATTTAATTAAGTAGGAATCTGGATAAAAAATATTGCAAAGCCAAAATAATCCGAACAGAACCTACAGCGCTCATCGTTGTCTGGAAGAATTCTTTCACACCGCGATCGATAGCCTCATTACTGCCCTTTTTTTGGTTGGCACCGGTGGATTTCTGCATAGTCTGGGCGCCATTCTTGTTCC
TGCCGTTACCAGCTTTAAACCGgtccctgtgaattttttgttgttggaatcggcagTTTCTGTGGTAGAAATTTCTACGCAGTAGGGGTTTTTGTGGACAAAATTGATGCACGGAAGCTGCTTTTGTGGTCAAAATTGATGCACTGAGCGGTTTTGCAGTCTGGAAATACAACGGCAGTGCTTTTATAAAGCTTTCATTA
GGTGGTTTAAGGTTGTTGACTGGCGTGAAGTGAAGATTAGGGGAGCTGAGGTTTGGAAAGATTTCTGGAGGGTGTTGGGGTTTGGTGTGGGCTGGAGTTGCAATTTGTTGTTAGGGGGGTGAAGTACTTTCAAAATGGTCGATAAGAGATCTGGTGGAGATCACAAGGATGCCTCTGCAGAACAAGACAGCGATGAAGCT
GATTCAGAGTTCGAGGAGGTTGATCCCAAGGGACGCTATGGTCGATATAAGGAGGTGCTTGGAAAGGGGGCTTTCAAGACCGTTTATAGAGCCTTTGATGAATTAGAGGGCATGGAAGTTGCCTGGAACCAGGTTAAAGTGCAAGATGTTTTACAGAGAGCCGAGGATCTGGAACGCCTTTATTCTGAGGTTCATTTGCT
GAAGACACTTAAGCACAAGAATATTATTAAATTTTATAACTCATGGGTGGATACCAAGACTGACAATATCAATTTCATCACAGAAATATTCACATCTGGGACATTGAGGCAGTATCGAAGAAAACATAAACATGTTGATATGAGAGCAGTGAAAAATTGGTCACGACAAATTTTGCGAGGCCTTCTATACTTGCATAGTC
ATGATCCACCCATCATTCACCGTGACCTGAAATGTGACAACATATTTGTAAATGGAAATCAAGGAGAAGTGAAAATTGGAGACCTGGGACTGGCAGCAATTCTTCGTCAGGCCCATGCAGCTCATAGTGTGATTGGCACACCAGAATTCATGGCTCCAGAACTCTATGAAGAAGAGTACAATGAGTTGGTTGATATTTAT
GCTTTTGGTATGTGCCTTTTGGAGATGGTTACTTTTGAATATCCATACAGCGAGTGTGCAAATGCAGCCCAGATTTACAAGAAAGTTACCTCGGTCCACTCAAATGCCTTGGCGGTGTCTTGTTTGCATTCTGAATCAGCTGGAGGAGACAATTATCAACATCCAGAGAGTTACTCGGAAGGTGAAGGCAGCCCTTCTCC
TGCAAGGGTGAATAGAGGTTTCACAGTGAAGGGTCAAAGAAAAGATGATAACACAGTATTCTTAAGACTTCGGATTGCAGATTCAGAAGGTCATGTTCGCAATATTCACTTTCCCTTTGACATAGATGCTGACACTGCAATGAGTGTTGCAAGTGAAATGGTGACAGAGTTGGATCTATCAGATCAAGATGTGACAAATA
TTGCAGCCATGATTGATGCAGAAATACAAGCTCTTGTGCCAGAATGGCGACCTGTAGTAGCTTTTGTGGATACTGCTGAGGAAGAGATGTATAGTGATTATCCTGGTTCTGTAATTGACGATGATGTTTCGGAGATGCTCAGTGATAATGATAGTCCTCCTGGTGCATTTGTACTTGAACGCCTTCCTTCAGGTCGCAAG
TATTGGTCCGATTCCCCAAGGTCTTTAACTCCAGATTCTTATATGAAGACTGCATTAATGAATGCTTCTTCTAAAGCAGAAGGGTTAATGCCTGGCAGGTTTGATGAAGTGAACCATGTCCAGTCTTCCTCAAGCAATGTTGCGCATCAACATAATGAATTCAATGATCACAAGAACAAAGGAGCTGATTTAGATTCAAG
TTCAAAGTTTCCCAGATCTTTAGGGCGAGGCAACTTGCAAGAAAATGCTGTGCTGATTGATAAAGAGAAAAACCACTCTCTCTCTGAGGTCATAAAGAATACTGTGGTGGCTGAAGTGAAGATGTCAACTGAAGATATGAATACTGACTGCAAAACTCAAAAGGGGTTTGAAAGAATGAGTCAAGAGAATCTACAAATGG
AGGATTGTAAAATTGATACTGCTTTGGATCAGAATGTGGTTGCAGGCAAGCATGATGGTAAAACTCTTTCTACAGAGGCTGGTGTGACTTTGCCAGATTCTACTGATTCATTGGCCGATGAGGTTGAAGATGAGAATAGCATAGCCCAGAAAATCAAACTTTTAATACTTAAGCAACAAGAAGAAATAGAGGAATTGAGA
CAAAAGCATGAACGGATACTGCAGGATTTTATAAATCAACTGCCACAGAAGGGTTTTACTGTGAAATTTTTAAGGAATGGTTTGCTTTCGTCTTCTAATGATACCTGCTACAAGGTCTCTGCCGATCCCAGTGTAAGTAAAATTAAACCATTTCATGGTGCAGACTTGGTGAGCAGCAAAGAGGAGAGTGATGAAACTTC
AAACCAAAAAGCATCAGTTGAAGAATTTGGCAATCTTACTTCGGTTGTCAGGAAGGAAACAGTGCAGGGAGCTCCATACAAAGATATTGGTATTGAGACTGCAAGTAAAGAGTCAACCTCTGGCTTAGCTGCCAAAGATGAGCAGACTGTTAAGCATAATGCACACCCTCTTGATAAAAAAGTTGTCACAAAGGAGACAG
AGAATCCCTGTTCCTTGAAATGTACTGAGCCTTTGGAGATTTCATGTTTTGCAGTCTCTGCATCAAAGATGGAAACAGGTTGTAATCAAGCTGATACATCTACAGTGGACAAATGCTTAAGGCAGGATGTAACAGGTGCACAATTCAAAATGTCGAATAATGTTAAAAAATTCCCCATTTCAAAATGTAGTAGTGTTTCT
AATAGCATTGACAAGCTTGGCAAACGTGGTTCTTTCATTGAACTTTACAAGGATACATCATCCCTCAGGGATAAATCAACCTCCTCTAGGGGGGAAGTGAAATCTTTGGACATGGACACTAAATGGGATCTATCAAGGAGTTCAGACAAATCGAAAAACGATGATAAAGAGCTTTATCAGCTGAAGAAGGAACAGCTTCA
GAAGTCCATTGCAGACCTTGAGGCCAGAACTCTAGAAGGCTTGAAGCAATCTAAAAGTGGTTATTTGATTAATAATTCAGGAAAGAAGCTCAGTGCTGGTGTCTCCCAAGCTGGTGCTGTTGGATCCAATGTTTCTGCCACAAGGCAGCAGGCTTCATCTGAGGTAACTAGGGTATGATTTCCTTCTCGATGATATTATT
TCAGGATGGAGTCACTTGTGAGTTGATAGAAATGCAGCTGGCCATCAGGATTGAACATGTAGAGCTCAGATTACATATCCATCCTAGAAAATGGATGTGCATATACTTATAGTTGAGGATTTTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCACTTTTCAGGGTTTGTTATCAAGCAAAGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAGCTCAT
GGTTAAGGATTCTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCAGGCTTTGTAGTGATCATGGCCAGAAAATCTTTGTTCTCTATTTTGTTTGAGAAAGGATGATGCAGAGAAGAAAGAACAATTTTGACACATGATGAGATACTGGTAGAAGGCTCCAGCATGGCAATTTTTTCAGCTTTTATGGTGGTATTCACAATACAATTTTA
TGGGGCTATCATTCAGTCAAATAAAAATCTGTCTATCTGAAGTATCTGCCTGGCTAATAAGCAATTATTGCCTGTGTTTGACAAGAA

Intron 5 GTATCCTTTC ... CGCTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.08	35	5.2	13
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A3	43.1	33	9.2	25
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A10	11.76	15	2.5	2

>TRINITY_DN119724_c0_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

GATAATTGTATGATTTACCATTTAATTAAGTAGGAATCTGGATAAAAAATATTGCAAAGCCAAAATAATCCGAACAGAACCTACAGCGCTCATCGTTGTCTGGAAGAATTCTTTCACACCGCGATCGATAGCCTCATTACTGCCCTTTTTTTGGTTGGCACCGGTGGATTTCTGCATAGTCTGGGCGCCATTCTTGTTCC
TGCCGTTACCAGCTTTAAACCGGTCCCTGTGAATTTTTTGTTGTTGGAATCGGCAGTTTCTGTGGTAGAAATTTCTACGCAGTAGGGGTTTTTGTGGACAAAATTGATGCACGGAAGCTGCTTTTGTGGTCAAAATTGATGCACTGAGCGGTTTTGCAGTCTGGAAATACAACGGCAGTGCTTTTATAAAGCTTTCATTA
GGTGGTTTAAGGTTGTTGACTGGCGTGAAGTGAAGATTAGGGGAGCTGAGGTTTGGAAAGATTTCTGGAGGGTGTTGGGGTTTGGTGTGGGCTGGAGTTGCAATTTGTTGTTAGGGGGGTGAAGTACTTTCAAAATGGTCGATAAGAGATCTGGTGGAGATCACAAGGATGCCTCTGCAGAACAAGACAGCGATGAAGCT
GATTCAGAGTTCGAGGAGGTTGATCCCAAGGGACGCTATGGTCGATATAAGGAGGTGCTTGGAAAGGGGGCTTTCAAGACCGTTTATAGAGCCTTTGATGAATTAGAGGGCATGGAAGTTGCCTGGAACCAGGTTAAAGTGCAAGATGTTTTACAGAGAGCCGAGGATCTGGAACGCCTTTATTCTGAGGTTCATTTGCT
GAAGACACTTAAGCACAAGAATATTATTAAATTTTATAACTCATGGGTGGATACCAAGACTGACAATATCAATTTCATCACAGAAATATTCACATCTGGGACATTGAGGCAGTATCGAAGAAAACATAAACATGTTGATATGAGAGCAGTGAAAAATTGGTCACGACAAATTTTGCGAGGCCTTCTATACTTGCATAGTC
ATGATCCACCCATCATTCACCGTGACCTGAAATGTGACAACATATTTGTAAATGGAAATCAAGGAGAAGTGAAAATTGGAGACCTGGGACTGGCAGCAATTCTTCGTCAGGCCCATGCAGCTCATAGTGTGATTGGCACACCAGAATTCATGGCTCCAGAACTCTATGAAGAAGAGTACAATGAGTTGGTTGATATTTAT
GCTTTTGGTATGTGCCTTTTGGAGATGGTTACTTTTGAATATCCATACAGCGAGTGTGCAAATGCAGCCCAGATTTACAAGAAAGTTACCTCGGTAAGATGTTTAGTACATTTGCTTGGAAACTTTTTTATAGGGAGAATATTGTATCTGGAGGTGGGCTACTTTTTTTTTTTATCAAACAGAAGACTGCTTCTTTAGAG
TGTCAGATTGTCCCTGGGTCGTAGCGAGGGTACCACACCCAAGGGC

>TRINITY_DN119724_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATAATCTAGAGTATAGATTGGGCAGGAACAGAAGGCAGCGACTATATTTTCAATACGAGAGTGCATTCACATTAGAAATGTGAATATACTCTGATGATTTGTCTAGATTCTAGACTAATTGATAGACTATGTGCCTAACCTTACCCTCTATTGCTGTTTTTATCAAATTTTGTTCTGACTGTCTGATCCTTTCCGTTGT
GCAGTATAAGGAGGTGCTTGGAAAGGGGGCTTTCAAGACCGTgtatcctttcagcaaccttgagtggaaaatatataacaattaattgtttcagtatgtattgtaggttatagataagttttcttaacacgcttttcagTTATAGAGCCTTTGATGAATTAGAGGGCATGGAAGTTGCCTGGAACCAGGTTAAAGTGCAA
GATGTTTTACAGAGAGCCGAGGATCTGGAACGCCTTTATTCTGAGGTTCATTTGCTGAAGACACTTAAGCACAAGAATATTATTAAATTTTATAACTCATGGGTGGATACCAAGACTGACAATATCAATTTCATCACAGAAATATTCACATCTGGGACATTGAGGCAGTATCGAAGAAAACATAAACATGTTGATATGAG
AGCAGTGAAAAATTGGTCACGACAAATTTTGCGAGGCCTTCTATACTTGCATAGTCATGATCCACCCATCATTCACCGTGACCTGAAATGTGACAACATATTTGTAAATGGAAATCAAGGAGAAGTGAAAATTGGAGACCTGGGACTGGCAGCAATTCTTCGTCAGGCCCATGCAGCTCATAGTGTGATTGGCACACCAG
AATTCATGGCTCCAGAACTCTATGAAGAAGAGTACAATGAGTTGGTTGATATTTATGCTTTTGGTATGTGCCTTTTGGAGATGGTTACTTTTGAATATCCATACAGCGAGTGTGCAAATGCAGCCCAGATTTACAAGAAAGTTACCTCGGGTAAAAAACCTGCTGCCTTGGATAAAGTAAAGGATCCTGAAGTCCGAGAG
TTTGTAGAAAAATGCTTAGCTACTGCATCCAGAAGGTTGCCTGCTAGAGAATTGTTGATGGACCCATTTCTGCAGTGTGATGGTGGCGAGAGTATAGATCATGTGCCCCGTCCTACTTCGCTGTCTATGTTTGGGGATGGTCCTAAAGACTTGTCTACAATTGTAGAAGAACCCAGTCAAAGTAGCAAACCCTTAGAAGC
AAACTGCGTACCAAAGCTTGCAGATATGGGGAAGTTAAAAAGAGCAAAAAATCTGACATTGCAGGTCCACTCAAATGCCTTGGCGGTGTCTTGTTTGCATTCTGAATCAGCTGGAGGAGACAATTATCAACATCCAGAGAGTTACTCGGAAGGTGAAGGCAGCCCTTCTCCTGCAAGGGTGAATAGAGGTTTCACAGTGA
AGGGTCAAAGAAAAGATGATAACACAGTATTCTTAAGACTTCGGATTGCAGATTCAGAAGGTCATGTTCGCAATATTCACTTTCCCTTTGACATAGATGCTGACACTGCAATGAGTGTTGCAAGTGAAATGGTGACAGAGTTGGATCTATCAGATCAAGATGTGACAAATATTGCAGCCATGATTGATGCAGAAATACAA
GCTCTTGTGCCAGAATGGCGACCTGTAGTAGCTTTTGTGGATACTGCTGAGGAAGAGATGTATAGTGATTATCCTGGTTCTGTAATTGACGATGATGTTTCGGAGATGCTCAGTGATAATGATAGTCCTCCTGGTGCATTTGTACTTGAACGCCTTCCTTCAGGTCGCAAGTATTGGTCCGATTCCCCAAGGTCTTTAAC
TCCAGATTCTTATATGAAGACTGCATTAATGAATGCTTCTTCTAAAGCAGAAGGGTTAATGCCTGGCAGGTTTGATGAAGTGAACCATGTCCAGTCTTCCTCAAGCAATGTTGCGCATCAACATAATGAATTCAATGATCACAAGAACAAAGGAGCTGATTTAGATTCAAGTTCAAAGTTTCCCAGATCTTTAGGGCGAG
GCAACTTGCAAGAAAATGCTGTGCTGATTGATAAAGAGAAAAACCACTCTCTCTCTGAGGTCATAAAGAATACTGTGGTGGCTGAAGTGAAGATGTCAACTGAAGATATGAATACTGACTGCAAAACTCAAAAGGGGTTTGAAAGAATGAGTCAAGAGAATCTACAAATGGAGGATTGTAAAATTGATACTGCTTTGGAT
CAGAATGTGGTTGCAGGCAAGCATGATGGTAAAACTCTTTCTACAGAGGCTGGTGTGACTTTGCCAGATTCTACTGATTCATTGGCCGATGAGGTTGAAGATGAGAATAGCATAGCCCAGAAAATCAAACTTTTAATACTTAAGCAACAAGAAGAAATAGAGGAATTGAGACAAAAGCATGAACGGATACTGCAGGATTT
TATAAATCAACTGCCACAGAAGGGTTTTACTGTGAAATTTTTAAGGAATGGTTTGCTTTCGTCTTCTAATGATACCTGCTACAAGGTCTCTGCCGATCCCAGTGTAAGTAAAATTAAACCATTTCATGGTGCAGACTTGGTGAGCAGCAAAGAGGAGAGTGATGAAACTTCAAACCAAAAAGCATCAGTTGAAGAATTTG
GCAATCTTACTTCGGTTGTCAGGAAGGAAACAGTGCAGGGAGCTCCATACAAAGATATTGGTATTGAGACTGCAAGTAAAGAGTCAACCTCTGGCTTAGCTGCCAAAGATGAGCAGACTGTTAAGCATAATGCACACCCTCTTGATAAAAAAGTTGTCACAAAGGAGACAGAGAATCCCTGTTCCTTGAAATGTACTGAG
CCTTTGGAGATTTCATGTTTTGCAGTCTCTGCATCAAAGATGGAAACAGGTTGTAATCAAGCTGATACATCTACAGTGGACAAATGCTTAAGGCAGGATGTAACAGGTGCACAATTCAAAATGTCGAATAATGTTAAAAAATTCCCCATTTCAAAATGTAGTAGTGTTTCTAATAGCATTGACAAGCTTGGCAAACGTGG
TTCTTTCATTGAACTTTACAAGGATACATCATCCCTCAGGGATAAATCAACCTCCTCTAGGGGGGAAGTGAAATCTTTGGACATGGACACTAAATGGGATCTATCAAGGAGTTCAGACAAATCGAAAAACGATGATAAAGAGCTTTATCAGCTGAAGAAGGAACAGCTTCAGAAGTCCATTGCAGACCTTGAGGCCAGAA
CTCTAGAAGGCTTGAAGCAATCTAAAAGTGGTTATTTGATTAATAATTCAGGAAAGAAGCTCAGTGCTGGTGTCTCCCAAGCTGGTGCTGTTGGATCCAATGTTTCTGCCACAAGGCAGCAGGCTTCATCTGAGGTAACTAGGGTATGATTTCCTTCTCGATGATATTATTTCAGGATGGAGTCACTTGTGAGTTGATAG
AAATGCAGCTGGCCATCAGGATTGAACATGTAGAGCTCAGATTACATATCCATCCTAGAAAATGGATGTGCATATACTTATAGTTGAGGATTTTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCACTTTTCAGGGTTTGTTATCAAGCAAAGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAGCTCATGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAAGCAAAG
GTTTTCAGGCTTTGTAGTGATCATGGCCAGAAAATCTTTGTTCTCTATTTTGTTTGAGAAAGGATGATGCAGAGAAGAAAGAACAATTTTGACACATGATGAGATACTGGTAGAAGGCTCCAGCATGGCAATTTTTTCAGCTTTTATGGTGGTATTCACAATACAATTTTATGGGGCTATCATTCAGTCAAATAAAAATC
TGTCTATCTGAAGTATCTGCCTGGCTAATAAGCAATTATTGCCTGTGTTTGACAAGAA

Intron 6 GTAAGTTATC ... AATATAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A2	48.43	15	12	17
A3	29.16	22	15	5
A4	55.55	7	13	5
A5	30.34	19	12	6
A6	33.47	9	3.5	6
A7	32.55	17	11.5	6
A8	91.75	1	9.5	13
A9	38.16	7	4.5	5
A10	34.38	9	6	4

>TRINITY_DN44805_c0_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

CCAAAATAATCCGAACAGAACCTACAGCGCTCATCGTTGTCTGGAAGAATTCTTTCACACCGCGATCGATAGCCTCATTACTGCCCTTTTTTTGGTTGGCACCGGTGGATTTCTGCATAGTCTGGGCGCCATTCTTGTTCCTGCCGTTACCAGCTTTAAACCGGTCCCTGTGAATTTTTTGTTGTTGGAATCGGCAGTTT
CTGTGGTAGAAATTTCTACGCAGTAGGGGTTTTTGTGGACAAAATTGATGCACGGAAGCTGCTTTTGTGGTCAAAATTGATGCACTGAGCGGTTTTGCAGTCTGGAAATACAACGGCAGTGCTTTTATAAAGCTTTCATTAGGTGGTTTAAGGTTGTTGACTGGCGTGAAGTGAAGATTAGGGGAGCTGAGGTTTGGAAA
GATTTCTGGAGGGTGTTGGGGTTTGGTGTGGGCTGGAGTTGCAATTTGTTGTTAGGGGGGTGAAGTACTTTCAAAATGGTCGATAAGAGATCTGGTGGAGATCACAAGGATGCCTCTGCAGAACAAGACAGCGATGAAGCTGATTCAGAGTTCGAGGAGGTTGATCCCAAGGGACGCTATGGTCGAAGATTCCGGGTCCA
ACAGATAAATTAGGATTAATCTTGATCCAAGAGGCATAAGCAAAATACAAAAGCGATGGAAATATTATTTTCACGATTTTGTTTATTCATCCTGTTGCAGTTTCGTACTCTATTTTTTTGATAAGAAAAACATTATATTTTGTTTCTTCGAAGTGCTTCTTTTAAAATCCAGAAGCTGTGCAATTGGCCCGAAAACGTCA
AGTACCACAAGTCGGGTGAGAACGCCCTTGAAGGGATAGATAGATTAGATAGGTAGCTTTTATTACACTATCGCCGAAACTGAGTGGCCAGCCGCCAGTGGCCATATGGGACAAAAAAATTACATTTTGTGTGACATTTTCAAG

>TRINITY_DN44805_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATCCCAAGGGACGCTATGGTCGAgtaagttatctttctcgtttctacatttttttgaaatcaagtttttagccggctggttaaagaaatctaattttcactttggacaaaattaatgagacatggaaaatataacagAGATTCCGGGTCCAACAGATAAATTAGGATTAATCTTGATCCAAGAGGCATAAGCAAAATACA
AAAGCGATGGAAATATTATTTTCACGATTTTGTTTATTCATCCTGTTGCAGTTTCGTACTCTATTTTTTTGATAAGAAAAACATTATATTTTGTTTCTTCGAAGTGCTTCTTTTAAAATCCAGAAGCTGTGCAATTGGCCCGAAAACGTCAAGTACCACAAGTCGGGTGAGAACGCCCTTGAAGGGATAGATAGATTAGA
TAGGTAGCTTTTATTACACTATCGCCGAAACTGAGTGGCCAGCCGCCAGTGGCCATATGGGACAAAAAAATTACATTTTGTGTGACATTTTCAAG

Intron 7 GTAAGATGTT ... TTATATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.36	23	7	2
A2	28.57	20	12	4
A3	26.67	11	1	7
A4	26.92	19	3	11
A5	55.56	2	2	3
A6	42.86	2	2	1
A7	33.33	10	5	5
A8	-1	0	0	0
A9	11.11	4	0	1
A10	20	6	3	0

>TRINITY_DN102039_c0_g3_i7 from sample A4 / Example spliced isoform

CAAAATAATCCGAACAGAACCTACAGCGCTCATCGTTGTCTGGAAGAATTCTTTCACACCGCGATCGATAGCCTCATTACTGCCCTTTTTTTGGTTGGCACCGGTGGATTTCTGCATAGTCTGGGCGCCATTCTTGTTCCTGCCGTTACCAGCTTTAAACCGGTCCCTGTGAATTTTTTGTTGTTGGAATCGGCAGTTTC
TGTGGTAGAAATTTCTACGCAGTAGGGGTTTTTGTGGACAAAATTGATGCACGGAAGCTGCTTTTGTGGTCAAAATTGATGCACTGAGCGGTTTTGCAGTCTGGAAATACAACGGCAGTGCTTTTATAAAGCTTTCATTAGGTGGTTTAAGGTTGTTGACTGGCGTGAAGTGAAGATTAGGGGAGCTGAGGTTTGGAAAG
ATTTCTGGAGGGTGTTGGGGTTTGGTGTGGGCTGGAGTTGCAATTTGTTGTTAGGGGGGTGAAGTACTTTCAAAATGGTCGATAAGAGATCTGGTGGAGATCACAAGGATGCCTCTGCAGAACAAGACAGCGATGAAGCTGATTCAGAGTTCGAGGAGGTTGATCCCAAGGGACGCTATGGTCGATATAAGGAGGTGCTT
GGAAAGGGGGCTTTCAAGACCGTGTATCCTTTCAGCAACCTTGAGTGGAAAATATATAACAATTAATTGTTTCAGTATGTATTGTAGGTTATAGATAAGTTTTCTTAACACGCTTTTCAGTTATAGAGCCTTTGATGAATTAGAGGGCATGGAAGTTGCCTGGAACCAGGTTAAAGTGCAAGATGTTTTACAGAGAGCCG
AGGATCTGGAACGCCTTTATTCTGAGGTTCATTTGCTGAAGACACTTAAGCACAAGAATATTATTAAATTTTATAACTCATGGGTGGATACCAAGACTGACAATATCAATTTCATCACAGAAATATTCACATCTGGGACATTGAGGCAGTATCGAAGAAAACATAAACATGTTGATATGAGAGCAGTGAAAAATTGGTCA
CGACAAATTTTGCGAGGCCTTCTATACTTGCATAGTCATGATCCACCCATCATTCACCGTGACCTGAAATGTGACAACATATTTGTAAATGGAAATCAAGGAGAAGTGAAAATTGGAGACCTGGGACTGGCAGCAATTCTTCGTCAGGCCCATGCAGCTCATAGTGTGATTGGCACACCAGAATTCATGGCTCCAGAACT
CTATGAAGAAGAGTACAATGAGTTGGTTGATATTTATGCTTTTGGTATGTGCCTTTTGGAGATGGTTACTTTTGAATATCCATACAGCGAGTGTGCAAATGCAGCCCAGATTTACAAGAAAGTTACCTCGGGTAAAAAACCTGCTGCCTTGGATAAAGTAAAGGATCCTGAAGTCCGAGAGTTTGTAGAAAAATGCTTAG
CTACTGCATCCAGAAGGTTGCCTGCTAGAGAATTGTTGATGGACCCATTTCTGCAGTGTGATGGTGGCGAGAGTATAGATCATGTGCCCCGTCCTACTTCGCTGTCTATGTTTGGGGATGGTCCTAAAGACTTGTCTACTATTGTAGAAGAACCCAGTCAAAGTAGCAAACCCTTAGAAGCAAACTGCGTACCAAAGCTT
GCAGATATGGGGAAGTTAAAAAGAGCAAAAAATCTGACATTGCAGGTCCACTCAAATGCCTTGGCGGTGTCTTGTTTGCATTCTGAATCAGCTGGAGGAGACAATTATCAACATCCAGAGAGTTACTCGGAAGGTGAAGGCAGCCCTTCTCCTGCAAGGGTGAATAGAGGTTTCACAGTGAAGGGTCAAAGAAAAGATGA
TAACACAGTATTCTTAAGACTTCGGATTGCAGATTCAGAAGGTCATGTTCGCAATATTCACTTTCCCTTTGACATAGATGCTGACACTGCAATGAGTGTTGCAAGTGAAATGGTGACAGAGTTGGATCTATCAGATCAAGATGTGACAAATATTGCAGCCATGATTGATGCAGAAATACAAGCTCTTGTGCCAGAATGGC
GACCTGTAGTAGCTTTTGTGGATACTGCTGAGGAAGAGATGTATAGTGATTATCCTGGTTCTGTAATTGACGATGATGTTTCGGAGATGCTCAGTGATAATGATAGTCCTCCTGGTGCATTTGTACTTGAACGCCTTCCTTCAGGTCGCAAGTATTGGTCCGATTCCCCAAGGTCTTTAACTCCAGATTCTTATATGAAG
ACTGCATTAATGAATGCTTCTTCTAAAGCAGAAGGGTTAATGCCTGGCAGGTTTGATGAAGTGAACCATGTCCAGTCTTCCTCAAGCAATGTTGTGCATCAACATAATGAATTCAATGATCACAAGAACAAAGGAGCTGATTTAGATTCAAGTTCAAAGTTTCCCAGATCTTTAGGGCGAGGCAACTTGCAAGAAAATGC
TGTGCTGATTGATAAAGAGAAAAACCACTCTCTCTCTGAGGTCATAAAGAATACTGTGGTGGCTGAAGTGAAGATGTCAACTGAAGATATGAATACTGACTGCAAAACTCAAAAGGGGTTTGAAAGAATGAGTCAAGAGAATCTACAAATGGAGGATTGTAAAATTGATACTGCTTTGGATCAGAATGTGGTTGCAGGCA
AGCATGATGGTAAAACTCTTTCTACAGAGGCTGGTGTGACTTTGCCAGATTCTACTGATTCATTGGCCGATGAGGTTGAAGATGAGAATAGCATAGCCCAGAAAATCAAACTTTTAATACTTAAGCAACAAGAAGAAATAGAGGAATTGAGACAAAAGCATGAACGGATACTGCAGGATTTTATAAATCAACTGCCACAG
AAGGGTTTTACTGTGAAATTTTTAAGGAATGGTTTGCTTTCGTCTTCTAATGATACCTGCTACAAGGTCTCTGCCGATCCCAGTGTAAGTAAAATTAAACCATTTCATGGTGCAGACTTGGTGAGCAGCAAAGAGGAGAGTGATGAAACTTCAAACCAAAAAGCATCAGTTGAAGAATTTGGCAATCTTACTTCGGTTGT
CAGGAAGGAAACAGTGCAGGGAGCTCCATACAAAGATATTGGTATTGAGACTGCAAGTAAAGAGTCAACCTCTGGCTTAGCTGCCAAAGATGAGCAGACTGTTAAGCATAATGCACACCCTCTTGATAAAAAAGTTGTCACAAAGGAGACAGAGAATCCCTGTTCCTTGAAATGTACTGAGCCTTTGGAGATTTCATGTT
TTGCAGTCTCTGCATCAAAGATGGAAACAGGTTGTAATCAAGCTGATACATCTACAGTGGACAAATGCTTAAGGCAGGATGTAACAGGTGCACAATTCAAAATGTCGAATAATGTTAAAAAATTCCCCATTTCAAAATGTAGTAGTGTTTCTAATAGCATTGACAAGCTTGGCAAACGTGGTTCTTTCATTGAACTTTAC
AAGGATACATCATCCCTCAGGGATAAATCAACCTCCTCTAGGGGGGAAGTGAAATCTTTGGACATGGACACTAAATGGGATCTATCAAGGAGTTCAGACAAATCGAAAAACGATGATAAAGAGCTTTATCAGCTGAAGAAGGAACAGCTTCAGAAGTCCATTGCAGACCTTGAGGCCAGAACTCTAGAAGGCTTGAAGCA
ATCTAAAAGTGGTTATTTGATTAATAATTCAGGAAAGAAGCTCAGTGCTGGTGTCTCCCAAGCTGGTGCTGTTGGATCCAATGTTTCTGCCACAAGGCAGCAGGCTTCATCTGAGGTAACTAGGGTATGATTTCCTTCTCGATGATATTATTTCAGGATGGAGTCACTTGTGAGTTGATAGAAATGCAGCTGGCCATCAG
GATTGAACATGTAGAGCTCAGATTACATATCCATCCTAGAAAATGGATGTGCATATACTTATAGTTGAGGATTTTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCACTTTTCAGGGTTTGTTATCAAGCAAAGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAGCTCATGGTTAAGGATTCTTTGTTATCAAGCAAAGGTTTTCAGGCTTTGTAGTG
ATCATGGCCAGAAAATCTTTGTTCTCTATTTTGTTTGAGAAAGGATGATGCAGAGAAGAAAGAACAATTTTGACACATGATGAGATACTGGTAGAAGGCTCCAGCATGGCAATTTTTTCAGCTTTTATGGTGGTATTCACAATACAATTTTATGGGGCTATCATTCAGTCAAATAAAAATCTGTCTATCTGAAGTATCTG
CCTGGCTAATAAGCAATTATTGCCTGTGTTTGACAAGATCACTTTGCTGGTACACCATGATCATTTTCAAGTTATTTGGCTTGAGGCACATATTGCATTCTATCATTTTGTAATATACATTCTGCTCTCAGACAAGAACATGTATTACTGTCAACTATCCATTTACCGTG

>TRINITY_DN102039_c0_g3_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CAAAATAATCCGAACAGAACCTACAGCGCTCATCGTTGTCTGGAAGAATTCTTTCACACCGCGATCGATAGCCTCATTACTGCCCTTTTTTTGGTTGGCACCGGTGGATTTCTGCATAGTCTGGGCGCCATTCTTGTTCCTGCCGTTACCAGCTTTAAACCGGTCCCTGTGAATTTTTTGTTGTTGGAATCGGCAGTTTC
TGTGGTAGAAATTTCTACGCAGTAGGGGTTTTTGTGGACAAAATTGATGCACGGAAGCTGCTTTTGTGGTCAAAATTGATGCACTGAGCGGTTTTGCAGTCTGGAAATACAACGGCAGTGCTTTTATAAAGCTTTCATTAGGTGGTTTAAGGTTGTTGACTGGCGTGAAGTGAAGATTAGGGGAGCTGAGGTTTGGAAAG
ATTTCTGGAGGGTGTTGGGGTTTGGTGTGGGCTGGAGTTGCAATTTGTTGTTAGGGGGGTGAAGTACTTTCAAAATGGTCGATAAGAGATCTGGTGGAGATCACAAGGATGCCTCTGCAGAACAAGACAGCGATGAAGCTGATTCAGAGTTCGAGGAGGTTGATCCCAAGGGACGCTATGGTCGATATAAGGAGGTGCTT
GGAAAGGGGGCTTTCAAGACCGTTTATAGAGCCTTTGATGAATTAGAGGGCATGGAAGTTGCCTGGAACCAGGTTAAAGTGCAAGATGTTTTACAGAGAGCCGAGGATCTGGAACGCCTTTATTCTGAGGTTCATTTGCTGAAGACACTTAAGCACAAGAATATTATTAAATTTTATAACTCATGGGTGGATACCAAGAC
TGACAATATCAATTTCATCACAGAAATATTCACATCTGGGACATTGAGGCAGTATCGAAGAAAACATAAACATGTTGATATGAGAGCAGTGAAAAATTGGTCACGACAAATTTTGCGAGGCCTTCTATACTTGCATAGTCATGATCCACCCATCATTCACCGTGACCTGAAATGTGACAACATATTTGTAAATGGAAATC
AAGGAGAAGTGAAAATTGGAGACCTGGGACTGGCAGCAATTCTTCGTCAGGCCCATGCAGCTCATAGTGTGATTGGCACACCAGAATTCATGGCTCCAGAACTCTATGAAGAAGAGTACAATGAGTTGGTTGATATTTATGCTTTTGGTATGTGCCTTTTGGAGATGGTTACTTTTGAATATCCATACAGCGAGTGTGCA
AATGCAGCCCAGATTTACAAGAAAGTTACCTCGgtaagatgtttagtacatttgcttggaaacttttttatagggagaatattgtatctggaggtgggctacttttttttttatcaaacagaagactgcttctttagagtgtcagattgtccctgggtggtagcgagggtaccacacccaagggccatgctttaccttct
tcttcttctctgttcgtattgatctgcggagtcacagatattttcatactggttgctgcattagtagctcatatcattattttcgattccttatatacagGGTAAAAAACCTGCTGCCTTGGATAAAGTAAAGGATCCTGAAGTCCGAGAGTTTGTAGAAAAATGCTTAGCTACTGCATCCAGAAGGTTGCCTGCTAGAG
AATTGTTGATGGACCCATTTCTGCAGTGTGATGGTGGCGAGAGTATAGATCATGTGCCCCGTCCTACTTCGCTGTCTATGTTTGGGGATGGTCCTAAAGACTTGTCTACTATTGTAGAAGAACCCAGTCAAAGTAGCAAACCCTTAGAAGCAAACTGCGTACCAAAGCTTGCAGATATGGGGAAGTTAAAAAGAGCAAAA
AATCTGACATTGCAGGTCCACTCAAATGCCTTGGCGGTGTCTTGTTTGCATTCTGAATCAGCTGGAGGAGACAATTATCAACATCCAGAGAGTTACTCGGAAGGTGAAGGCAGCCCTTCTCCTGCAAGGGTGAATAGAGGTTTCACAGTGAAGGGTCAAAGAAAAGATGATAACACAGTATTCTTAAGACTTCGGATTGC
AGATTCAGAAGGTACATACTCTCAATTTGACTTTAATCGGCAACTTATAATATGCTTTCTTCTCCTACATGGTTGATTGTGTACATTTTAAGGGAATATAAAATTCCAATGGTGACGGC